lowQualScore : 11 333333333333333 111111111 33333 11 2222222222 22222222222222 1111 111 11111 88888888888888888888888888888 1111 1 1111 22222 111
lowQualScore : 5 5 5 5 66 5 88 4 111111111111111 555555555 7 55 00000 55 3 3 7777 33 55 6666666666 4 4 4 4 77777777777777 66 4 55555 3 5 0000 4 4 111 99 4 4 4 00000 4 9999 2 66666666666666666666666666666 4 66 4 4 8 4 66 0000 8 4444 22222 3 0 000
lowQualScore : . . . . .. . .. . ............... ......... . .. ..... .. . . .... .. .. .......... . . . . .............. .. . ..... . . .... . . ... .. . . . ..... . .... . ............................. . .. . . . . .. .... . .... ..... . . ...
lowQualScore : 7 7 0 0 99 0 22 1 222222222222222 999999999 3 00 99999 00 6 6 7777 66 00 1111111111 0 0 0 0 66666666666666 55 0 99999 0 0 3333 0 0 000 33 0 0 0 00000 0 3333 5 00000000000000000000000000000 4 11 6 4 9 4 99 6666 1 0000 99999 3 9 000
consensus : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCG-TT--TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--C--AAC------C---C-TTATG-TTTT-T-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAGC-A--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-A-----AACA-AAAT---AAACTCCGAGAT----------ATCC--AGAGATCTC-CGAGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATCG----G-AAT---GAGCGGAATATAACGACTG
Reference ( gi|3 ) : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCAT---------------AAGATC-------G-TCA-TT--T-----CTTA--CAAG-TT-C----A--C--AAC------C---C-TTATG-TTTT-T-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACAACAAGC-A--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-A-----AACA-AAAT---AAACTCAGAGAT----------ATCC--AGAGAT-TC-CGAGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-CCGTC--GC----GATGTT-A--TGGAGTGATC-----G-AAT---GAGCGGAATATAACGACTG
gi|7 : TATATGA-C-AAT-CTT-TCGAT-CGTTTCGTCGT---------------AAGATC-------G-TCG-TT--TA----CGTT--CAAG-T--C----A--C--AAC------A---C-TTATG-CTTTCT-A-------------CTGGAT-GATAAG-CAC--CG--CGACAAGCCA--A-AA-TC---AAAT--TACTTGA-A-C-A-----AACA-AAAT-----------AGAT----------CTCC---GA---------AGAG-----AACTCGA-A-TTTTC--CCGTC--GC----GAGGTT-AACTGGAGTGAT------G-AGT---GAGCGGAATATAA
gi|11 : gTAT-TGA-CGAAT-CTT-C--AT-CGTT--GTCGT---------------AAGATCC------GCTCA-TTATT-----CTTA--CAGGAGT-C----AGAC--AGC------C---C-TTATG-TTTT-T-A-------------ATTGAT-GATAAG-CA---AG-A-AA-AGGC----A-AA-TCGAGAAGTA-TA-TAGA-ACC-A-----AACAGAAAT----GACTCCGAGAC-----------TCC--AGAG
gi|1 : ATATGA-C-AATTCTT-C--ATTCGTT--GTCGT---------------AAGATC-------G-TCA-TT--TT----CTTA--CAAG-TTTC----A--C--AAA------CGCGC-TTATG-TTTT-T-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACACTAA-C-A--ACAA-T----AAATATTATTTGA-A-C-A-----AACA-AAATAAAAAACTCCGAGAT----------ATCTCAAGAGATCTC-CGAGAGTTTGTAATAGGA-A-TTTTCT-CTGTCGGGC----GA-GTT-A--TGGAGTGATCGGTTGG-AAT---GAAGGCAATAtagtcttccatggtag
gi|9 : ATATGA-T-AAT-CTT-C--GT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATA-------T-TCG-TT--TA----CTTC--CATG-TT-C----A--C--AAC------A---C-TTATG-TTTT-T-A--------------TTGAT--ATAAG-CAC--A---TGACAAGC-A--A-AA-TC---AAGTT-TATTAGA-A-C-A-----AACA-AAAT---AAA-TC-----------------------------TC-TGAGAG--TGTAACGCGA-A--TTTCT-CCATC--AC----GAGGTA-A--TGCAGTGATG-----G-AGT---GAGCGGAATAT
gi|2 : ACATGA-C-AAT-CTT-C--GT-CATTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TTGTTT--T-----CTTC--CATA-TT-C----A--CAAAAC------TTGAC-TTATGCTTTT-T-A-----------------------AAG-CAC--CG-ACTACAAGC-A--A-AA-TC---AAATC-TATTTTA-A-A-AAAAACAACA-AAAT---AAACTCGGAGACCTCCAGTTCGATCC--AGAGATCTC-CAAGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-CTATC--GC----GAGGTTAA--TGGAATGATTG----G-AGT---GAG
gi|4 : atgTATGA-C-AAT-CTTTC--AT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATC-------G-TCA-TT--TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--C--AAC------C---C-TTATG--TTC-T-A-------------ATTGAT-GATAAGCCAC--AG-ACAACAAGC----A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-CAA-----AACA-AAA----AAACTCGG--------------ATC----------TC-CGAGAG--TGTAACTGGA-A-TTTTCTCCCATC--GC-----AGGTT-A--TG--ATG-TCG----G-AAT---GAGCGGAATATAAC
gi|10 : ATGAAC-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTTATCTCTATTCAGTAAACAAGATCAAACCCAG-TCG-TT--TTTCCTCCTATCCAAA-TA-C----ATAC--AGCACCACTC---C-TTATG-TTTT-A-AAGATTGTCAGAACATTGAT---TAAG-CAA--AATACAACAAGC-A--A-AA-TCA--AAATC-TATTTGa
gi|6 : tcgtaT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATT---------TCATTT--T-----CTTA--CAAG-TT-C----A--C--AAC------C---C-TTATT-TTTT-T-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACAA-C-A--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-------AACA-A------AAACTCCAAGAT----------CTCC--AG-GATCTC-CGAGAG--TGTAACTCGATATTTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT----TGGA-TGATCGG---G-AAT---GAGCGGAATATA
gi|8 : AGATC-------G-TCA-TT--TT----CTTA--CAAG-TT-C----AA-C--AAC------C---CATTATG-TTTT-TTA-------------ATTGATTGATAAG-CAC--AT-ACAACAAGC-A--A-AAATA---AAATA-TATTTGA-A-C-A-----AACA-AAAT---AAACTCCGA-AG----------ATCC--AGAGATCTCACGAGAG--TG-AACTCGA-ATTTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATCG----G-AAT---GAGCGAAATATAGCGACcg
gi|18 : AGATC-------G-TCA-TT--TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--C--AAC------
gi|5 : TC-------G-TTG-TT--T-----CTTC--CATG-TT-TTTGTA--C--AACAA----C---T-CTATC-TTTT-C-----------------TGAT-GATAAG-CACCCGG-ACGACAA-C-AGGA-AA-TC---CAATC-TATCTGACA-C-A-----AACA-AAAT---GAACTC-GAGAT----------CTC----GAG-------GAGAT--TG-ATCTCAA-A-TTTTCT--CATC--GCAAAAGAGGTTAA--TGGAGTGATC-----G-
gi|12 : cgtagttctatgcaatttat-TATTAGA-A-C-A-----AACA-AAAT---AAA--------------------TC----------TC-TGAGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-Cggaagagtcgagc
gi|16 : AGTGATC-----GGAAT---GAGCGGAATATAACGAATG
gi|14 : GTGATC-----G-GAGA--GAGCGGAATATAACGACTGgatt
gi|13 : GATC-----G-A-TAGGGAGCGGAATATAACAACTGgattattcgg
gi|15 : -----G-AGT---GAGCGGAATATAACGACTGgattatttgggt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGACGAATTATCCGAAGAAGTCGTCAGGCTAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222222 1111111 11111 11 2222222222 222222222222222 111 55555555555555555555555555 1111 11111
lowQualScore : 5 5 4 4 66 4 55 777777777777777 4444444 3 3 00000 44 3 3 7777 22 44 2222222222 3 7 333333333333333 55 3 666 3 9 44 55 3 3 000 77 3 3 3 99999 3 7777 11111111111111111111111111 4 4 55 3 4 8 4 66 9999 1111 11111
lowQualScore : . . . . .. . .. ............... ....... . . ..... .. . . .... .. .. .......... . . ............... .. . ... . . .. .. . . ... .. . . . ..... . .... .......................... . . .. . . . . .. .... .... .....
lowQualScore : 0 0 4 4 11 4 22 888888888888888 2222222 3 3 66666 66 3 3 1111 55 66 9999999999 6 3 555555555555555 00 6 222 6 5 22 00 6 6 000 77 6 6 6 11111 6 6666 11111111111111111111111111 0 0 55 2 0 0 0 11 4444 4444 44444
consensus : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAGAT-----------TCC--AGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
Reference ( family-1866 ) : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAGAT----------ATCC--AGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
gi|1 : ATATGA-C-AATTCTT-C--ATTCGTT--GTCGT---------------AAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TTTC----A--CAA--A------CGCGC-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACTAA-CA--ACAA-T----AAATATTATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAATAAAAAACTCCGAGAT----------ATCTCAAGAGATCTC-CG-AGAGTTTGTAATAGGA-A-TTTTCT-CTGTCGGGC----GA-GTT-A--TGGAGTGATCGGTTGGAATGAAGGCAATA
gi|10 : ATGAAC-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTTATCTCTATTCAGTAAACAAGATCAAACCCAG-TCGTT-TTTCCTCCTATCCAAA-TA-C----ATACAG--CACCACTC---C-TTATG-TTTTA-AAGATTGTCAGAACATTGAT---TAAG-CAA--AATACAACAAG-CA--A-AA-TCA--AAATC-TATTTG
gi|11 : tcgtaTAT-TGA-CGAAT-CTT-C--AT-CGTT--GTCGT---------------AAGATCC------GCTCATTATT----CTTA--CAGGAGT-C----AGACAG--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CA---AG-A--AAAGG-C---A-AA-TCGAGAAGTA-TA-TAGA-ACC-AAA-----CAGAAAT----GACTCCGAGAC-----------TCC--AGAG
gi|12 : -TATTAGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAA------------------------------TCTC-TG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-Ctagtcttccatggtag
gi|14 : GTGATC----GGAGAGAGCGGAATATAACGACTG
gi|15 : TT----GGAGTGAGCGGAATATAACGACTGgattattcgg
gi|16 : AGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGAATGgaatattcggg
gi|18 : AGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------gatt
gi|2 : ACATGA-C-AAT-CTT-C--GT-CATTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TTGTT-TT----CTTC--CATA-TT-C----A--CAAAAC------TTGAC-TTATGCTTTTT-A-------------A----------AG-CAC--CG-ACTACAAG-CA--A-AA-TC---AAATC-TATTTTA-A-A-AAAAACAACA-AAAT---AAACTCGGAGACCTCCAGTTCGATCC--AGAGATCTC-CA-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-CTATC--GC----GAGGTTAA--TGGAATGATT----GGAGTGAG
gi|3 : atgTATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCAT---------------AAGATC-------G-TCATT-T-----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACAACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCAGAGAT----------ATCC--AGAGAT-TC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTTCT-CCGTC--GC----GATGTT-A--TGGAGTGATC-----GAATGAGCGGAATATAACGACTG
gi|4 : TATGA-C-AAT-CTTTC--AT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG--TTCT-A-------------ATTGAT-GATAAGCCAC--AG-ACAACAAG-C---A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-CAAAA-----CA-AAA----AAACTC------------------------GGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTGGA-A-TTTTCTCCCATC--GC-----AGGTT-A--TG--ATG-TC----GGAATGAGCGGAATATAAC
gi|5 : TC-------G-TTGTT-T-----CTTC--CATG-TT-TTTGTA--CAA--CAA----C---T-CTATC-TTTTC-----------------TGAT-GATAAG-CACCCGG-ACGACAA--CAGGA-AA-TC---CAATC-TATCTGACA-C-AAA-----CA-AAAT---GAACT-CGAGAT----------CTC----GAG-------G-AGAT--TG-ATCTCAA-A-TTTTCT--CATC--GCAAAAGAGGTTAA--TGGAGTGATC----GGGAAGAGa
gi|6 : cgtagttctatgcaatttatT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATT---------TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATT-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACAA--CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C--AA-----CA-A------AAACTCCAAGAT----------CTCC--AG-GATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGATATTTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT----TGGA-TGATCG---GGAATGAGCGGAATATAtcgagc
gi|7 : TATATGA-C-AAT-CTT-TCGAT-CGTTTCGTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TA----CGTT--CAAG--T-C----A--CAA--C------A---C-TTATGCTTTCT-A-------------CTGGAT-GATAAG-CAC--CG--CGACAAGCCA--A-AA-TC---AAAT--TACTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---------------------------------AGATCTC-CGAAGAG-----AACTCGA-A-TTTTC--CCGTC--GC----GAGGTT-AACTGGAGTGAT------GAGTGAGCGGAATATAAcg
gi|8 : gAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----AA-CAA--C------C---CATTATG-TTTTTTA-------------ATTGATTGATAAG-CAC--AT-ACAACAAG-CA--A-AAATA---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGA-AG----------ATCC--AGAGATCTCACG-AGAG--TG-AACTCGA-ATTTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGAAATATAGCGAC
gi|9 : ATATGA-T-AAT-CTT-C--GT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATA-------T-TCGTT-TA----CTTC--CATG-TT-C----A--CAA--C------A---C-TTATG-TTTTT---------------ATTGAT--ATAAG-CAC-----ATGACAAG-CA--A-AA-TC---AAGTT-TATTAGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AA------------------------------ATCTC-TG-AGAG--TGTAACGCGA-A--TTTCT-CCATC--AC----GAGGTA-A--TGCAGTGAT-----GGAGTGAGCGGAATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCGATAGGGAGCGGAATATAACAACTGGATTATTTGGGT
Unaligned ( gi|17 ): TTGACGAATTATCCGAAGAAGTCGTCAGGCTAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222222 1111111 11111 11 2222222222 222222222222222 111 555555555555555555555555 1111 11111
lowQualScore : 5 5 4 4 66 4 55 777777777777777 4444444 3 3 00000 44 3 3 7777 22 44 2222222222 3 7 333333333333333 55 3 666 3 9 44 55 3 3 000 77 3 3 3 99999 3 7777 222222222222222222222222 4 4 55 3 4 4 4 4 66 9999 1111 11111
lowQualScore : . . . . .. . .. ............... ....... . . ..... .. . . .... .. .. .......... . . ............... .. . ... . . .. .. . . ... .. . . . ..... . .... ........................ . . .. . . . . . .. .... .... .....
lowQualScore : 0 0 4 4 11 4 22 888888888888888 2222222 3 3 66666 66 3 3 1111 55 66 9999999999 6 3 555555555555555 00 6 222 6 5 22 00 6 6 000 77 6 6 6 11111 6 6666 444444444444444444444444 0 0 55 2 0 0 0 0 11 4444 4444 44444
consensus : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAGAT-----------TCCAGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
Reference ( family-1866 ) : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAGAT-----------TCCAGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
gi|1 : ATATGA-C-AATTCTT-C--ATTCGTT--GTCGT---------------AAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TTTC----A--CAA--A------CGCGC-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACTAA-CA--ACAA-T----AAATATTATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAATAAAAAACTCCGAGATATC--------TCAAGAGATCTC-CG-AGAGTTTGTAATAGGA-A-TTTT-CT-CTGTCGGGC----GA-GTT-A--TGGAGTGATCGGTTGGAATGAAGGCAATA
gi|10 : ATGAAC-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTTATCTCTATTCAGTAAACAAGATCAAACCCAG-TCGTT-TTTCCTCCTATCCAAA-TA-C----ATACAG--CACCACTC---C-TTATG-TTTTA-AAGATTGTCAGAACATTGAT---TAAG-CAA--AATACAACAAG-CA--A-AA-TCA--AAATC-TATTTG
gi|11 : tcgtaTAT-TGA-CGAAT-CTT-C--AT-CGTT--GTCGT---------------AAGATCC------GCTCATTATT----CTTA--CAGGAGT-C----AGACAG--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CA---AG-A--AAAGG-C---A-AA-TCGAGAAGTA-TA-TAGA-ACC-AAA-----CAGAAAT----GACTCCGAGAC-----------TCCAGAG
gi|12 : -TATTAGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAA----------------------------TCTC-TG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-Ctagtcttccatggtag
gi|14 : GTGATC----GGAGAGAGCGGAATATAACGACTG
gi|15 : TT----GGAGTGAGCGGAATATAACGACTGgattattcgg
gi|16 : AGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGAATGgaatattcggg
gi|18 : AGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------gatt
gi|2 : ACATGA-C-AAT-CTT-C--GT-CATTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TTGTT-TT----CTTC--CATA-TT-C----A--CAAAAC------TTGAC-TTATGCTTTTT-A-------------A----------AG-CAC--CG-ACTACAAG-CA--A-AA-TC---AAATC-TATTTTA-A-A-AAAAACAACA-AAAT---AAACTCGGAGACCTCCAGTTCGATCCAGAGATCTC-CA-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CTATC--GC----GAGGTTAA--TGGAATGATT----GGAGTGAG
gi|3 : atgTATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCAT---------------AAGATC-------G-TCATT-T-----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACAACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCAGAGATA----------TCCAGAGAT-TC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GATGTT-A--TGGAGTGATC-----GAATGAGCGGAATATAACGACTG
gi|4 : TATGA-C-AAT-CTTTC--AT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG--TTCT-A-------------ATTGAT-GATAAGCCAC--AG-ACAACAAG-C---A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-CAAAA-----CA-AAA----AAACTC----------------------GGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTGGA-A-TTTT-CTCCCATC--GC-----AGGTT-A--TG--ATG-TC----GGAATGAGCGGAATATAAC
gi|5 : TC-------G-TTGTT-T-----CTTC--CATG-TT-TTTGTA--CAA--CAA----C---T-CTATC-TTTTC-----------------TGAT-GATAAG-CACCCGG-ACGACAA--CAGGA-AA-TC---CAATC-TATCTGACA-C-AAA-----CA-AAAT---GAACT-CGAGAT-----------CTC-GAG-------G-AGAT--TG-ATCTCAA-A-TTTT-CT--CATC--GCAAAAGAGGTTAA--TGGAGTGATC----GGGAAGAGa
gi|6 : cgtagttctatgcaatttatT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATT---------TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATT-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACAA--CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C--AA-----CA-A------AAACTCCAAGATC----------TCCAG-GATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGATATTTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT----TGGA-TGATCG---GGAATGAGCGGAATATAtcgagc
gi|7 : TATATGA-C-AAT-CTT-TCGAT-CGTTTCGTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TA----CGTT--CAAG--T-C----A--CAA--C------A---C-TTATGCTTTCT-A-------------CTGGAT-GATAAG-CAC--CG--CGACAAGCCA--A-AA-TC---AAAT--TACTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT-------------------------------AGATCTC-CGAAGAG-----AACTCGA-A-TTTT-C--CCGTC--GC----GAGGTT-AACTGGAGTGAT------GAGTGAGCGGAATATAAcg
gi|8 : gAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----AA-CAA--C------C---CATTATG-TTTTTTA-------------ATTGATTGATAAG-CAC--AT-ACAACAAG-CA--A-AAATA---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAAGA-----------TCCAGAGATCTCACG-AGAG--TG-AACTCGA-A-TTTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGAAATATAGCGAC
gi|9 : ATATGA-T-AAT-CTT-C--GT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATA-------T-TCGTT-TA----CTTC--CATG-TT-C----A--CAA--C------A---C-TTATG-TTTTT---------------ATTGAT--ATAAG-CAC-----ATGACAAG-CA--A-AA-TC---AAGTT-TATTAGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AA----------------------------ATCTC-TG-AGAG--TGTAACGCGA-A--TTT-CT-CCATC--AC----GAGGTA-A--TGCAGTGAT-----GGAGTGAGCGGAATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCGATAGGGAGCGGAATATAACAACTGGATTATTTGGGT
Unaligned ( gi|17 ): TTGACGAATTATCCGAAGAAGTCGTCAGGCTAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222222 1111111 11111 11 2222222222 222222222222222 111 555555555555555555555555 1111 11111
lowQualScore : 5 5 4 4 66 4 55 777777777777777 4444444 3 3 00000 44 3 3 7777 22 44 2222222222 3 7 333333333333333 55 3 666 3 9 44 55 3 3 000 77 3 3 3 99999 3 7777 222222222222222222222222 4 4 55 3 4 4 4 4 66 9999 1111 11111
lowQualScore : . . . . .. . .. ............... ....... . . ..... .. . . .... .. .. .......... . . ............... .. . ... . . .. .. . . ... .. . . . ..... . .... ........................ . . .. . . . . . .. .... .... .....
lowQualScore : 0 0 4 4 11 4 22 888888888888888 2222222 3 3 66666 66 3 3 1111 55 66 9999999999 6 3 555555555555555 00 6 222 6 5 22 00 6 6 000 77 6 6 6 11111 6 6666 444444444444444444444444 0 0 55 2 0 0 0 0 11 4444 4444 44444
consensus : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAGAT-----------TCCAGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
Reference ( family-1866 ) : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAGAT-----------TCCAGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
gi|1 : ATATGA-C-AATTCTT-C--ATTCGTT--GTCGT---------------AAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TTTC----A--CAA--A------CGCGC-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACTAA-CA--ACAA-T----AAATATTATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAATAAAAAACTCCGAGATATC--------TCAAGAGATCTC-CG-AGAGTTTGTAATAGGA-A-TTTT-CT-CTGTCGGGC----GA-GTT-A--TGGAGTGATCGGTTGGAATGAAGGCAATA
gi|10 : ATGAAC-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTTATCTCTATTCAGTAAACAAGATCAAACCCAG-TCGTT-TTTCCTCCTATCCAAA-TA-C----ATACAG--CACCACTC---C-TTATG-TTTTA-AAGATTGTCAGAACATTGAT---TAAG-CAA--AATACAACAAG-CA--A-AA-TCA--AAATC-TATTTG
gi|11 : tcgtaTAT-TGA-CGAAT-CTT-C--AT-CGTT--GTCGT---------------AAGATCC------GCTCATTATT----CTTA--CAGGAGT-C----AGACAG--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CA---AG-A--AAAGG-C---A-AA-TCGAGAAGTA-TA-TAGA-ACC-AAA-----CAGAAAT----GACTCCGAGAC-----------TCCAGAG
gi|12 : -TATTAGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAA----------------------------TCTC-TG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-Ctagtcttccatggtag
gi|14 : GTGATC----GGAGAGAGCGGAATATAACGACTG
gi|15 : TT----GGAGTGAGCGGAATATAACGACTGgattattcgg
gi|16 : AGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGAATGgaatattcggg
gi|18 : AGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------gatt
gi|2 : ACATGA-C-AAT-CTT-C--GT-CATTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TTGTT-TT----CTTC--CATA-TT-C----A--CAAAAC------TTGAC-TTATGCTTTTT-A-------------A----------AG-CAC--CG-ACTACAAG-CA--A-AA-TC---AAATC-TATTTTA-A-A-AAAAACAACA-AAAT---AAACTCGGAGACCTCCAGTTCGATCCAGAGATCTC-CA-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CTATC--GC----GAGGTTAA--TGGAATGATT----GGAGTGAG
gi|3 : atgTATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCAT---------------AAGATC-------G-TCATT-T-----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACAACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCAGAGATA----------TCCAGAGAT-TC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GATGTT-A--TGGAGTGATC-----GAATGAGCGGAATATAACGACTG
gi|4 : TATGA-C-AAT-CTTTC--AT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG--TTCT-A-------------ATTGAT-GATAAGCCAC--AG-ACAACAAG-C---A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-CAAAA-----CA-AAA----AAACTC----------------------GGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTGGA-A-TTTT-CTCCCATC--GC-----AGGTT-A--TG--ATG-TC----GGAATGAGCGGAATATAAC
gi|5 : TC-------G-TTGTT-T-----CTTC--CATG-TT-TTTGTA--CAA--CAA----C---T-CTATC-TTTTC-----------------TGAT-GATAAG-CACCCGG-ACGACAA--CAGGA-AA-TC---CAATC-TATCTGACA-C-AAA-----CA-AAAT---GAACT-CGAGAT-----------CTC-GAG-------G-AGAT--TG-ATCTCAA-A-TTTT-CT--CATC--GCAAAAGAGGTTAA--TGGAGTGATC----GGGAAGAGa
gi|6 : cgtagttctatgcaatttatT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATT---------TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATT-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACAA--CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C--AA-----CA-A------AAACTCCAAGATC----------TCCAG-GATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGATATTTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT----TGGA-TGATCG---GGAATGAGCGGAATATAtcgagc
gi|7 : TATATGA-C-AAT-CTT-TCGAT-CGTTTCGTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TA----CGTT--CAAG--T-C----A--CAA--C------A---C-TTATGCTTTCT-A-------------CTGGAT-GATAAG-CAC--CG--CGACAAGCCA--A-AA-TC---AAAT--TACTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT-------------------------------AGATCTC-CGAAGAG-----AACTCGA-A-TTTT-C--CCGTC--GC----GAGGTT-AACTGGAGTGAT------GAGTGAGCGGAATATAAcg
gi|8 : gAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----AA-CAA--C------C---CATTATG-TTTTTTA-------------ATTGATTGATAAG-CAC--AT-ACAACAAG-CA--A-AAATA---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAAGA-----------TCCAGAGATCTCACG-AGAG--TG-AACTCGA-A-TTTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGAAATATAGCGAC
gi|9 : ATATGA-T-AAT-CTT-C--GT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATA-------T-TCGTT-TA----CTTC--CATG-TT-C----A--CAA--C------A---C-TTATG-TTTTT---------------ATTGAT--ATAAG-CAC-----ATGACAAG-CA--A-AA-TC---AAGTT-TATTAGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AA----------------------------ATCTC-TG-AGAG--TGTAACGCGA-A--TTT-CT-CCATC--AC----GAGGTA-A--TGCAGTGAT-----GGAGTGAGCGGAATAT
blockSeqs : A G . T CG . TT CTCTATTCAGTAAAC AAACCCA C A TTCCT TC A . TTGT TA AA ACCACTC A C AAGATTGTCAGAAC TG C CCG T A GC GG . A GAG C C C A AACAA G A CGGAGACCTCCAGTTCGATCCAGA A A . T T T T C . AAAA AAC CG
blockSeqs : . . . . . . TC . C . . T . . . . GA . TTGA . C TA G . A . T G . . . A A . . . . . A CAGAGATATCCAGA . . . T . . . . . . AA C
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . T . . . . A . AAC . . A G . A . A G . . . . C . . . . . A CCGAGACTCCAGA . . . T . . . . . . AA T
blockSeqs : . . . . . . T . . . . T . . . . . . C . . A G . C . A G . . . . A . . . . . A CCAAGATCTCCAG . . . T . . . . . . A C
blockSeqs : . . . . . . T . . . . T . . . . . . C . . A G . A . G G . . . . A . . . . . G CCGAAGATCCAGA . . . T . . . . . . A T
blockSeqs : . . . . . . T . . . . T . . . . . . C . . A G . A . G G . . . . C . . . . . A CGAGATCTCGA . . . T . . . . . . A C
blockSeqs : . . . . . . T . . . . A . . . . . . C . . A G . A . A G . . . . A . . . . . A CG . . . . . . . . . . A C
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . A . . A . . C . G G . . . . A . . . . . A A . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . A . . . . . . C . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T* C********* A* A*** CGAGACTCCAGA************ ** ** C****
originalCons : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACTCCGAGAT-----------TCCAGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
finalCons : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--CC---------C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAATA---AACTCGAGACTCCAGA------------GATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCGATAGGGAGCGGAATATAACAACTGGATTATTTGGGT
Unaligned ( gi|17 ): TTGACGAATTATCCGAAGAAGTCGTCAGGCTAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222222 1111111 11111 11 2222222222 222222222222222 111 666666666666666666666666666666 1111 11111
lowQualScore : 5 5 4 4 66 4 55 777777777777777 4444444 3 3 00000 44 3 3 7777 22 44 2222222222 3 7 333333333333333 55 3 666 3 9 44 55 3 3 000 77 3 3 3 99999 3 666 0 444444444444444444444444444444 4 4 55 3 4 4 4 4 66 9999 1111 11111
lowQualScore : . . . . .. . .. ............... ....... . . ..... .. . . .... .. .. .......... . . ............... .. . ... . . .. .. . . ... .. . . . ..... . ... . .............................. . . .. . . . . . .. .... .... .....
lowQualScore : 0 0 4 4 11 4 22 888888888888888 2222222 3 3 66666 66 3 3 1111 55 66 9999999999 6 3 555555555555555 00 6 222 6 5 22 00 6 6 000 77 6 6 6 11111 6 444 5 333333333333333333333333333333 0 0 55 2 0 0 0 0 11 4444 4444 44444
consensus : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACT-C--G-AGA---C-----------TCCAGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
Reference ( family-1866 ) : TATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACGACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACT-C--G-AGA---C-----------TCCAGAGATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGACTG
gi|1 : ATATGA-C-AATTCTT-C--ATTCGTT--GTCGT---------------AAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TTTC----A--CAA--A------CGCGC-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACTAA-CA--ACAA-T----AAATATTATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAATAAAAAACTCC--G-AGATATC-----------TCAAGAGATCTC-CG-AGAGTTTGTAATAGGA-A-TTTT-CT-CTGTCGGGC----GA-GTT-A--TGGAGTGATCGGTTGGAATGAAGGCAATA
gi|10 : ATGAAC-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTTATCTCTATTCAGTAAACAAGATCAAACCCAG-TCGTT-TTTCCTCCTATCCAAA-TA-C----ATACAG--CACCACTC---C-TTATG-TTTTA-AAGATTGTCAGAACATTGAT---TAAG-CAA--AATACAACAAG-CA--A-AA-TCA--AAATC-TATTTG
gi|11 : tcgtaTAT-TGA-CGAAT-CTT-C--AT-CGTT--GTCGT---------------AAGATCC------GCTCATTATT----CTTA--CAGGAGT-C----AGACAG--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CA---AG-A--AAAGG-C---A-AA-TCGAGAAGTA-TA-TAGA-ACC-AAA-----CAGAAAT---GACTC-C--G-AGA---C-----------TCCAGAG
gi|12 : -TATTAGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAA----------------------------------TCTC-TG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-Ctagtcttccatggtag
gi|14 : GTGATC----GGAGAGAGCGGAATATAACGACTG
gi|15 : TT----GGAGTGAGCGGAATATAACGACTGgattattcgg
gi|16 : AGTGATC----GGAATGAGCGGAATATAACGAATGgaatattcggg
gi|18 : AGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------gatt
gi|2 : ACATGA-C-AAT-CTT-C--GT-CATTT-GTCGT---------------AAGATC-------G-TTGTT-TT----CTTC--CATA-TT-C----A--CAAAAC------TTGAC-TTATGCTTTTT-A-------------A----------AG-CAC--CG-ACTACAAG-CA--A-AA-TC---AAATC-TATTTTA-A-A-AAAAACAACA-AAAT---AAACT-C--GGAGA---CCTCCAGTTCGATCCAGAGATCTC-CA-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CTATC--GC----GAGGTTAA--TGGAATGATT----GGAGTGAG
gi|3 : atgTATATGA-C-AAT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCAT---------------AAGATC-------G-TCATT-T-----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-ACAACAAG-CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACT-CA-G-AGA---TA----------TCCAGAGAT-TC-CG-AGAG--TGTAACTCGA-A-TTTT-CT-CCGTC--GC----GATGTT-A--TGGAGTGATC-----GAATGAGCGGAATATAACGACTG
gi|4 : TATGA-C-AAT-CTTTC--AT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATG--TTCT-A-------------ATTGAT-GATAAGCCAC--AG-ACAACAAG-C---A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-CAAAA-----CA-AAA----AAACT-C--G-------------------------GATCTC-CG-AGAG--TGTAACTGGA-A-TTTT-CTCCCATC--GC-----AGGTT-A--TG--ATG-TC----GGAATGAGCGGAATATAAC
gi|5 : TC-------G-TTGTT-T-----CTTC--CATG-TT-TTTGTA--CAA--CAA----C---T-CTATC-TTTTC-----------------TGAT-GATAAG-CACCCGG-ACGACAA--CAGGA-AA-TC---CAATC-TATCTGACA-C-AAA-----CA-AAAT---GAACT-C--G-AGAT--C-----------TC--GAG-------G-AGAT--TG-ATCTCAA-A-TTTT-CT--CATC--GCAAAAGAGGTTAA--TGGAGTGATC----GGGAAGAGa
gi|6 : cgtagttctatgcaatttatT-CTT-C--AT-CGTTT-GTCGT---------------AAGATT---------TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----A--CAA--C------C---C-TTATT-TTTTT-A-------------ATTGAT-GATAAG-CAC--AG-AC-ACAA--CA--A-AA-TC---AAATA-TATTTGA-A-C--AA-----CA-A------AAACTCC--A-AGAT--C-----------TCCAG-GATCTC-CG-AGAG--TGTAACTCGATATTTTT-CT-CCGTC--GC----GAGGTT----TGGA-TGATCG---GGAATGAGCGGAATATAtcgagc
gi|7 : TATATGA-C-AAT-CTT-TCGAT-CGTTTCGTCGT---------------AAGATC-------G-TCGTT-TA----CGTT--CAAG--T-C----A--CAA--C------A---C-TTATGCTTTCT-A-------------CTGGAT-GATAAG-CAC--CG--CGACAAGCCA--A-AA-TC---AAAT--TACTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT-------------------------------------AGATCTC-CGAAGAG-----AACTCGA-A-TTTT-C--CCGTC--GC----GAGGTT-AACTGGAGTGAT------GAGTGAGCGGAATATAAcg
gi|8 : gAGATC-------G-TCATT-TT----CTTA--CAAG-TT-C----AA-CAA--C------C---CATTATG-TTTTTTA-------------ATTGATTGATAAG-CAC--AT-ACAACAAG-CA--A-AAATA---AAATA-TATTTGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AAACT-CCGA-AGA---------------TCCAGAGATCTCACG-AGAG--TG-AACTCGA-A-TTTTTCT-CCGTC--GC----GAGGTT-A--TGGAGTGATC----GGAATGAGCGAAATATAGCGAC
gi|9 : ATATGA-T-AAT-CTT-C--GT-CGTTTTGTCGT---------------AAGATA-------T-TCGTT-TA----CTTC--CATG-TT-C----A--CAA--C------A---C-TTATG-TTTTT---------------ATTGAT--ATAAG-CAC-----ATGACAAG-CA--A-AA-TC---AAGTT-TATTAGA-A-C-AAA-----CA-AAAT---AA----------------------------------ATCTC-TG-AGAG--TGTAACGCGA-A--TTT-CT-CCATC--AC----GAGGTA-A--TGCAGTGAT-----GGAGTGAGCGGAATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GATCGATAGGGAGCGGAATATAACAACTGGATTATTTGGGT
Unaligned ( gi|17 ): TTGACGAATTATCCGAAGAAGTCGTCAGGCTAAT