lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111
lowQualScore : 1 1 1111 111111111111 1111111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 222222222222222222222222222 11 2222 33333 1 1 333333333333333 111 111 222222 1 1 00000000000000 1111 2222222222 1 444444444 4444444444 11 1 44444444444444444 1 111 111 1 1 555555555555 444444444444 222 2222 1 1 222
lowQualScore : 0 6 1 2 2222 1 6 6 5 888888888888 0 4444444 8888 2 0 4 8888 4 55 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 555555555555555555555555555 00 6666 6 6 1 33333 8 4 0 2 0 1 999999999999999 6 4 111 99 7 111 6 333333 0 6 0 6 4 6 2 33333333333333 2 5 0000 7777777777 0 5 5 7 000000000 1 3 777 0000000000 1 66 1 55555555555555555 0 777 777 333 0 0 888888888888 333333333333 1 3 333 6666 1 3 3 9 2 6 333
lowQualScore : . . . . .... . . . . ............ . ....... .... . . . .... . .. ...... ............................................................................................................................................................... .. ........................... .. .... . . . ..... . . . . . . ............... . . ... .. . ... . ...... . . . . . . . .............. . . .... .......... . . . . ......... . . ... .......... . .. . ................. . ... ... ... . . ............ ............ . . ... .... . . . . . . ...
lowQualScore : 7 0 0 0 0000 0 0 7 7 999999999999 2 4444444 5555 3 5 5 5555 0 55 555555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 888888888888888888888888888 66 1111 7 7 4 88888 8 4 8 8 8 4 000000000000000 7 7 777 22 5 777 0 888888 8 7 7 7 2 0 5 88888888888888 5 0 4444 4444444444 8 0 0 8 777777777 0 7 000 8888888888 4 22 0 22222222222222222 0 555 555 888 5 0 222222222222 555555555555 0 0 555 3333 0 7 3 0 0 0 333
consensus : TTGAATTACAATCGCGAAATACA-TAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAA-TCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTAGTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGG------AA--------AN---NC-CA----AC-----------------------T---A----------T----G---T------T----------TTA--------T-GTCT-AA-------------A---G---TTAG--------GTCTG------------AAAGAGCGTAAAACA--A-C--GAA-NTGCTA--------CTAAG--GTATTTGG-A-AT-TTT-TGTTTTTCTTTA-ATTTAAGGCACCGTATTGTAGTAATAAAATGCACAG---------AG----ACC-TNT---GG--TATCT---TACCT-----CTGAACTGGACACGTG-CTTCGTCGCTCGATTCGTGAT-A--A-GCATAAATAGAAATGGCGGAGTGAGTTATTTGTAAA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAATA-TGTAC-GATATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTAC--------ATGTGCGATG-ATTTAACAGCGTTTTTACA-------------GGG-GGGAT-TG---TCG---AAATNCGGATTAAT-CA-------T-AT-ACAACT-------NA---AATCGGCGAAAGAAAGNGGGTGGGCTGGAATCGGCCGATGAAAACT-CTTGTTGTATTACATCGAACA---AATTCAATTGT
Reference ( gi|1 ) : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTTTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCACCCAAATTTCCTTTTATGGGAGTACTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAAC----CC-CGCGCGCACCAAGGG------AA--------AA---AC-CA----AC-----------------------T---A----------T----G---T------T----------TTA--------T-GTTT-AA-------------A---G---TTTG--------GTCTA------------AAAGAGCGTATGACA--A-A--GAA-GTGCTA--------CTAAG--GTATTTGG-A-AT-TTT-TGTTTTTCTTTA-ATTCAAGACACGGTAATGTAGTGATAAAATGCACAG---------GG----ACC-TAT---GG--TGTCT---TGCCT-----TTGAACGGGTCACGTG-CTTTGTTGCTTGATTCATGATTACCAGGTATAAATAGAAATGGCGAAGTGAGTTATTTGTAAAGACTGATTTAAAATGACATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAATGTTGTAC-AATATCTCGCAC-AGCTTCATAAATATGTA---------ATGTGCGATG-ATTTAACAGAGTTTTTACA-------------GAG-GGGAT-TG---TTG---AAATTCAGTTTAAT-CA-------T-ATGACAACT-------GA---AATTGGCGAAAGAAAGTGGGCGGGCTGGAAACAGCCAATGAAAACT-CTCGTTGTATGACATTAAACA---AATTCAATTGT
gi|2 : TTGAATTACAATTGCGAAACACA---GAAAATCTCATTGGTCCATACATTTTAAGTCCACCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTAGTCTACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAAGCGTCTATAAATAGC----TC-CGCGTGCACCAAGAGGCCAACAATAT-----AA---AT-TA----TC-----------------------TTAGA----------T----T---T------T----------TTA--------T-GGTA-GA-------------T---GCTATTT----------TCTG------------AAAGAGTGTAAAACA--A-T--GAA-TTACTA--------CTAAGA-GTATTTTG-ATAT-TTT-TGTTTTTCTTTA---TTAAGGCACGGTATTGTAGTAACAAAATGCACTG---------AG----AGC-TGT---GG--TATCT---TACCT-----CAGAACTGGACATGTG-CTT-GTCACTTGATTCCTGA---------ATA--TAGAAACGGTGGAGTGAA--ATTTGTAAATACTGATTTAAAATGAAATAATTTTGGTTAAAACAATTGAAATAATGTAT-GATATCTCGCAC-AGCTTCATATATATGTAC--------ATGTGCAATA-ATTTAACAGAATTTTTACA-------------GGT-GGGGT-TG---TCG---AAAGTTGGATTAAT-CA-------CCAT-ACAACT-------CA---AGTTGGTGAAAGAAAGTGGGTGGGCTGGAATCGGCCAATAAAAACT-CTTGTTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTG
gi|5 : TTGAATTACAATCGTGAAATACATTAGAAACTCTCAATGGTCCATATGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTATACAGGAGTACCCAACATTTGC-A-A--T-------CAT-------GT----TAGGCGTCTATAAAAAAT----CC-CGAGCGCACCAAGGG------AA--------AA---AC-CA----ACAATATAAATATTTTTACCTTGGAT---A----------T----G---T------T----------TTA-----------TTT-AA-------------A---G---TTAG--------GTCTG------------AAA-AGTGTGTAATA--------AA-ATGC-A--------CTGAG--ACCTGTGG-T-AT-CTT-
gi|7 : GAATTACAATTGCCAAATACAATAGAAACTTTCATTGGATCAGA-GTTT-------GTCCAAATTTCCTTTTACGAAAGTAGTCAACATTTGC-A-CAAT-------TGT-------GT----TAAGAGTTTATATATAGCTCAATC-TGCATGCACCGAGGG------AA--------AA---TC-CA----AA-----------------------A---A----------C----A---T------------------------------------A-------------A---A---T----------------------------AAAGAGTGTAAAACAGTA-ACTTAA-TTATTA--------AAGAG--GTATTTGA-------------TATTACATA-ATT---GGTACTGTACT-TAAT--TAA--TGCACAG---------AG----ACC-CAT---GA--TATCTAAATACCT-----CTGAACTGGACATGTG-CTTTGTCACTTGATTCGTGAacccctgaacggggcacatgctttgtcgcttaattcgtgattataaatagaaatcaaatggcgaagtgagttatttgtaaagactgatttaaaatgaaataattctggttcaaacaagtgaaatattgtatgatatcttgcacaccttcat
gi|10 : ACATTTGCTA-C--TATTAAGTC-T-------GT----TTGGTGTCTATAAATAGC----CC-TATGCCCAT-GAGGG------AA--------AT---CC-CA----AT-----------------------T---AATTTACCTGAT----G---TATATAAT----------TTAGACTTAATT-GTCT-AA-------------A---T---TTAG--------GTCTG------------AAAGAGCATAAAACA--A-T--AAA-GTACTA--------A-GAG--GTATTTGATA-AT-TTTATATTTCTCaaata
gi|6 : tATATTTGC-AGC--T-------CGTTAAGTCTAT----TAAGTGTTTATAAATAGC----AC-CACACA-AGTGAGGG------AA--------AT---TC-CA----AC-----------------------T---A----------TATAAG---T------TAGACGCAAAATGG--------T-GTCT-AA-------------A--------TAG--------GTCTA------------AAAGAGCGTAAAACA--A-C--GGA-GTTCTA--------A-AAG--GCATTT
gi|4 : tCATTCGA-A-G--C-------CAT-------GTATGGTATGTATCTACATGTAGC----CC-CAAGCGCACGAGGGG------AACCCTACATGACGTACATA----AC-----------------------TCAGA----------T----G---C-------------------AAC------T-GTCT-AA-------------A---T---TTTG--------ACTCA------------AAAGGACGTAAAACA--A-C--GAATGTATTAAGGAATTACTAAGAGGTATTTC----ATATTT-TACTTCTCTTTACA--CAAAATCTTGTATTGTAGTAACAAAATACACAGCTTCACACAGGTAGCACCATATCGAGGATTCTCT---TATTTCAAGTTTGAACTGGACACGTGAC--TGTCACATGATTCATTCTGAATATGCAT---TAGAAATGACCTAGTGA-----CTGT------TG--TTAAAACCAGATGATTCTGGCTAAAACAGACGAAATA----ACAAACATGTCACACAAAATTCATAGATACGTA---------tataattgctcggaactgtggtatgagaccactggtgatcttgcctctgaaagtctgaaaaaaacacgtgactgccacttgataaatacccgagtcacagttttctgtacacaccgaattaaaataagtatggttaaaacaggtgtaataacgaatgtattcctcataaacacgtacatgatatgctttgacagtgtttcaacagg
gi|12 : ttgctC-G-C--T-------TGT-------GT----CAG-TGTCTATAAATAGC----CC-CATACACATCA--GT------GA--------AT---CC-CA----ACA----------------------C---A----------T----GATAT------A----------TTA--------TCATTT-AG-------------ACATG---TTAGACACAACTGTCTAACTTTAGGCATGAAAGAGTGTAAAACA--A-T--GAA----CTA--------CTAAG--ACATCT
gi|3 : tcc--T-------CGT-------GT----TAGGCTTCTATCAATAGC----AA-CGCATACACCATGAA------AA--------AA---AC-CA----ACAATAAGAATATATTACCTTGGA-T---A----------T----G---T------T----------TAT--------T-GTTT-GATGCAACTGTTTACA---G---TTTG--------GTCTG------------AAAGAGCGTATAACA--A-C--GAA-TTGCTA--------CTAAG--GTA-TTGG-ATAT-TTT-TGTTTTTCTTCA-ATCTAAGACACCGTATTGTAGTAATCAAATGCATAA---------AG----ACC-TTT---GG--TATCT---TACCT-----AAGAACTGAACATGTG-CTTCGTCGCTCGATTCAcatactggct
gi|9 : T-------GC----TACTCGTCTATAAATAGC----CCGCACGCGCATAAAGGG------AA--------ntaaagacctttggtatcttacctatgaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcgtgaaaatagaaatggtggagctagttattttaaaatgaaataatgctggttcaaaaaaatgaaataatgtatgatatttcgcacagcttcatgaatatgtacatgtaatgatgttcgatcatttaacagcgtttttacagtgcgggattgacattgtccaaattcggattaatcattatacagctgaaatcggcgaaagaaaactctggttgtattacatcaaacaaattcaattgtc
gi|13 : cattcatcggcgattggaaaccatgtgttgtttacgtc----TATGTGTCTATAAATAGC----CC-CATATGCA-TAAGTG------GA--------AT---CC-CATTGCAT-----------------------G---A----------T----G---TACATAAT----------TCAAATGCAACT-GTCTAAA-------------A---A---TTAG--------GTTTG------------AAAGAGCATA-AACA--ACA--AAA-ATG-TA---------TA-----TATTTAG-G-Atccccgtttggcgtaaataacttaaattaaaggaacatctgtctaattttagacccgatagaccgtaaggctgttgatatattgaagtattcctgaaaggtattttattttttttactctagaacaaaaccgtg
gi|5 : AGTGT-GTAATAAAATGCACTG---------AG----ACC-TGT---GG--TATCT---TACCC-----CTGAACGGGGCACATG-CTTTGTCGCTTAATTCGTGATTAT-AAATAGAAATC-AAATGGCGAAGTGAGTTATTTGTAAAGACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAATATTGTAT-GATATCTTGCAC-ACCTTCAT
gi|3 : ttgaattacaatcgtgaaatacattagaaactctcaatggtccatatgttttaactccgcccaaatttccttatacaggagtacccaacatttgcaatcatgttaggcgtctataaaaaatcccgagcgcaccaagggaaaaaccaacaatataaatatttttaccttggatatgttttatttaaagttaggtctgaaaG----ACC-TTT---GG--TATCT---TACCT-----ATGAACTGAACATGTG-CTTCGTCGCTCGATTCGTGA-----------AAATAGAAATGGTGGAGCTAGTTATTT-------------TAAAATGAAATAATGCTGGTTCAAAAAAATGAAATAATGTAT-GATATTTCGCAC-AGCTTCATGAATATGTACATGTAATGATGTTCGATC-ATTTAACAGCGTTTTTACA-------------GTGCGGGAT-TGACATTGTCCAAATTCGGATTAAT-CAT------T-AT-ACAGCT-------GA---AATCGGCGAAAGAAA
gi|6 : tcgtgttaggcttctatcaatagcaacgcatacaccatgaaaaaaaccaacaataagaatatattaccttggatatgtttattgtttgatgcaactgtttacagtttggtctgaaagagcgtataacaacgaattgctactaaggtattggatatttttgtttttcttcaatctaagacaccgtattgtagtaatcaaatgcataaagacctttggtatcttacctaagaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcantaaaAGTTTTCTGTACACACCGAATTAAA-----ATAAGTATGGTTAAAACAGGTGTAATA----ACGAATGTATT-------CCTCATAAACACGT----------ACATGATATG-CTTTGACAGTGTTTCAACA-------------Gactctggttgtattacatcaaacaaattcaattgtc
gi|8 : tatatttgcagctcgttaagtctattaagtgtttataaatagcaccacacaagtgagggaaattccaactatataagttagacgcaaaatggtgtctaaataggtctaaaagagcgtaaaacaacggagttctaaaaggcattttataattgctcggaactgtggtatgagaccactggtgatcttgcctctgaaagtctgaaaaaaacacgtgactgccacttgataaatacccgagtcacAAACAA-TGAACTACT--AA-GACATCTCATAC-TGGCTCATAAATACATA----------TGTGTAATGGACTTAACAGTATTTTTACAAGAGAAGGGGGGGGGG-GGGAGATG---TCG---AAATGCAGACCAATGCAACTTTATT-ATTACAACTTCAGTCTGACCAAATCTACGAAAGAAAGGGAAT---CTG----CAGCTGATGAAAACTTCTTGTTGTATAACATCGAACACGTGATTCAGTTGg
gi|16 : aCTTCATAAATATGAAC--------ATGTGCGAT--ATTTAACAGCGTTTTTACA-------------GAG-GAGAT-TG---TTG---AAATATGGTTTAAT-CA-------T-ACAACAACT-------CA---A
gi|3 : cGCTGAAATCGGCGAAAGAAAACT-CTGGTTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTGT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GAATGATGTTTAGGAATTACTTAGAGGCACCTGATTTTTTGAATTTCTCTTAAGCAAGATCATGAAACATTTATGGCACGGTACTGTACGTAGTTTACACAGATATCTCACCTCCAGAAGAACTGAACACGTGACTGTCACTTGATTTGCATTAGAAATGACCGAGT
Unaligned ( gi|14 ): TACTGTAGTAACAAAATATTATACAGCGACCATATAATATTATCCTGCGTCTAGAAGACTGGACTGGACACATGACTGTCACTACTCGCATGAGAAGCGGATAGTGACTG
Unaligned ( gi|15 ): CTAACGAATTACAATAGGTATTTAATGTCTTATTTCTGTTAAACTTAGGCAGGGGTGCTGTAAATATTAACAAATTACACAGCTTTGCACATATAAGACCAACCGA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333 3 111111111111 1111111 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222 333333333333333 111 3333333333 11111 11111111 11111 111 22222222222222222 11111 1 22 777777777777777777777777 11111 1111 3333 222 111 222222222 11 3333333333333 222222 444444444444 33333333333 222 222222 1 111
lowQualScore : 333 6 3 0 2 5 444444444444 3333333 7777 1 7777 3 00 99999 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 44444444444444444 666 7777 3 1 000000000000000 0 222 4 55 0000000000 4 2 2 00000 2 888 6 1 55 66 777 44444444 00000 8888888 222 4 777 55 44444444444444444 777 00000 6 00 6 111111111111111111111111 44444 0 3333 1111 66 2 1 5 5 888 66 000 5 1 6 555555555 11 3 6666666666666 6 333333 8 1 1 8 555555555555 66666666666 4444 000 444444 44 0 0 3 3 2 777
lowQualScore : ... . . . . . ............ ....... .... . .... . .. ..... .. ................................................................................................... . ................. ... .... . . ............... . ... . .. .......... . . . ..... . ... . . .. .. ... ........ ..... ....... ... . ... .. ................. ... ..... . .. . ........................ ..... . .... .... .. . . . . ... .. ... . . . ......... .. . ............. . ...... . . . . ............ ........... .... ... ...... .. . . . . . ...
lowQualScore : 222 5 2 0 5 0 555555555555 0000000 7777 2 7777 6 66 11111 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 88888888888888888 444 7777 6 8 555555555555555 8 555 0 55 4444444444 4 2 5 00000 1 888 5 8 22 77 888 55555555 00000 3333333 555 0 000 55 33333333333333333 000 00000 0 44 2 555555555555555555555555 33333 7 3333 8888 55 5 3 3 7 666 11 000 7 0 7 222222222 88 7 7777777777777 7 000000 0 0 4 0 000000000000 00000000000 0000 000 888888 55 2 0 2 5 0 555
consensus : TTGAATTACAATCGCGAAATACA-TTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGA-----AANCCC---------A----AC-----------------------TA----------T----G---T------T--------------T----TA-A---A----TGTCTA-----------AA--N-TT---AG----GT-CTGAAAGAGCGTAAAACAACGAANT--G----------CTACTA---AG-GTATT--TGG-A-A--T-TTT-TGTTTTTCTTTA-ATTTAAGGC---ACGGTACTGTA-GTAATAAAA---TGCACAG--------AG-----ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTGGA-----CACGTGACTT-GTCGCTTGATTCG--T----GA-----A-GCATAAATAG-----AAATGGCGGAGTGA--GTTATTTGTAAA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGGAA-CGGCCGATGAAAAC-TCTTGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
Reference ( family-185 ) : TTGAATTACAATCGCGAAATACA-T-AGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAA-TCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTAGTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGA-----AANNCC---------A----AC-----------------------TA----------T----G---T------T--------------T----TA----------TGTCTA-----------AA--G-TT---AG----GT-CTGAAAGAGCGTAAAACAACGAANT--G----------CTACTA---AG-GTATT--TGG-A-A--T-TTT-TGTTTTTCTTTA-ATTTAAGGC---ACCGTATTGTA-GTAATAAAA---TGCACAG--------AG-----ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTGGA-----CACGTG-CTTCGTCGCTCGATTCG--T----GAT----AAGCATAAATAG-----AAATGGCGGAGTGA--GTTATTTGTAAA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATNCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------NAAATCGGCGAAAGAAAGNGGGTGGGCTGGAATCGGCCGATGAAAAC-TCTTGTTGTATTACATCGAACA---AATTCAATTGT
gi|1 : TTGAATTACAATCGCGAAATACA-TTAGAAACTTTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCACCCAAATTTCCTTTTATGGGAGTACTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAAC----CC-CGCGCGCACCAAGGGA-----AAAACC---------A----AC-----------------------TA----------T----G---T------T--------------T----TA----------TGTTTA-----------AA--G-TT---TG----GT-CTAAAAGAGCGTATGACAAAGAAGT--G----------CTACTA---AG-GTATT--TGG-A-A--T-TTT-TGTTTTTCTTTA-ATTCAAGAC---ACGGTAATGTA-GTGATAAAA---TGCACAG--------GG-----ACC-TAT---GG---T-GTCT---TGC--CT------T-----T----GAA---CGGGT-----CACGTG-CTTTGTTGCTTGATTCA--T----GATTACCAGGTATAAATAG-----AAATGGCGAAGTGA--GTTATTTGTAAAGACTGATTTAAAATGACATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-GTTGTAC-AA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATATGTA-ATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGAGTTTTTACA-------------G-AGGGG------AT-TGTTGAAATTCAGTTTAAT-CA----TA----TGACAACT----------GAAATTGGCGAAAGAAAGTGGGCGGGCTGGAAACAGCCAATGAAAAC-TCTCGTTGTATGACATTAAACA---AATTCAATTGT
gi|10 : ACATTTGCTA-C--TATTAAGTC-T-------GT----TTGGTGTCTATAAATAGC----CC-TATGCCCAT-GAGGGA-----AATCCC---------A----AT-----------------------TAATTTACCTGAT----G---TATATAAT--------------T----TAGACTTAAT--TGTCTA-----------AA--T-TT---AG----GT-CTGAAAGAGCATAAAACAATAAAGT--A----------CTAA-G---AG-GTATT--TGATA-A--T-TTTATATTTCTC
gi|11 : t-ATTTATGGC---ACGGTACTGTACGTAGTT------TACACAG--------A---------------------T-ATCT---CAC--CT------C-----CAGAAGAA---CTGAA-----CACGTGACT--GTCACTTGATTT-----------------GCAT---TAG-----AAATGACCGAGT
gi|12 : gaatgatgtttaggaattacttagaggcacctgattttttgaatttctcttaagcaagatcatgaaacC-G-C--T-------TGT-------GT----CAG-TGTCTATAAATAGC----CC-CATACACATC-AGTGA-----A-TCCC---------A----ACACATGA-----------------TA----------T----A---T------TATCATTTAGACATGT----TAGACACAAC--TGTCTA-----------AC--T-TT---AG----GC-ATGAAAGAGTGTAAAACAATGAA---------------CTACTA---AG-ACATC--T
gi|13 : tcc----TATGTGTCTATAAATAGC----CC-CATATGCAT-AAGTGG-----AATCCC---------ATTGCAT-----------------------GA----------T----G---TACATAAT--------------T----CAAATGCAAC--TGTCTA-----------AA--AATT---AG----GT-TTGAAAGAGCAT-AAACAACAAAcatactggct
gi|14 : TACTGTA-GTAACAAAATATTATACAG--------CG-----ACCATAT---AATATT-ATCC---TGCGTCTAGAAGAC-----T----GGA---CTGGA-----CACATGACT--GTCACT--ACTCGCAT----GAG----AAGCaatgtatatatttagga
gi|16 : CTTCATAAATATGAACATG-TG--------CGAT--ATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-AGGAG------AT-TGTTGAAATATGGTTTAAT-CA----TA----CAACAACT----------CAAggatagtgactg
gi|2 : cTTGAATTACAATTGCGAAACACA----GAAAATCTCATTGGTCCATACATTTTAAGTCCACCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTAGTCTACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAAGCGTCTATAAATAGC----TC-CGCGTGCACCAAGAGGCCAACAATATA---------A----AT-----------------------TA----------TCTTAGATTT------T--------------T----TA----------TGG-TA-----------GAT-G-CT---AT----TTTCTGAAAGAGTGTAAAACAATGAATT--A----------CTACTA---AGAGTATT--TTG-ATA--T-TTT-TGTTTTTCTTTA---TTAAGGC---ACGGTATTGTA-GTAACAAAA---TGCACTG--------AG-----AGC-TGT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----A----GAA---CTGGA-----CATGTG-CTT-GTCACTTGATTCC--T----GA---------AT--ATAG-----AAACGGTGGAGTGA--A--ATTTGTAAATACTGATTTAAAATGAAATAATTTTGGTTAAAACAATTGAAATAA-TGTAT-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATATATATGTACATG-TG--------CAAT-AATTTAACAGAATTTTTACA-------------G-GTGGG------GT-TGTCGAAAGTTGGATTAAT-CAC---CA----T-ACAACT----------CAAGTTGGTGAAAGAAAGTGGGTGGGCTGGAATCGGCCAATAAAAAC-TCTTGTTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTG
gi|3 : --T-------CGT-------GT----TAGGCTTCTATCAATAGC----AA-CGCATACACCATGAAA-----AAAACC---------A----ACAATAAGAA---------------TA----------T----A---T------TACC-----------TTGGATA----------TGTTTATTGTTTGATGCAACTG-TTTACAGTTTGGT-CTGAAAGAGCGTATAACAACGAATT--G----------CTACTA---AG-GTA-T--TGG-ATA--T-TTT-TGTTTTTCTTCA-ATCTAAGAC---ACCGTATTGTA-GTAATCAAA---TGCATAA--------AG-----ACC-TTT---GG---T-ATCT---TAC--CT------A-----A----GAA---CTGAA-----CATGTG-CTTCGTCGCTCGATTC
gi|3 : AA--------AG-----ACC-TTT---GG---T-ATCT---TAC--CT------A-----T----GAA---CTGAA-----CATGTG-CTTCGTCGCTCGATTCG--T----GA-----------AAATAG-----AAATGGTGGAGCTA--GTTATTT-------------TAAAATGAAATAATGCTGGTTCAAAAAAATGAAAT-AATGTAT-GA---TATTTCGCAC-AGCTTCATGAATATGTACATG-TAATGATGTTCGAT-CATTTAACAGCGTTTTTACA-------------GTGCGGGATTGACAT-TGTCCAAATTCGGATTAAT-CAT---TA----T-ACAGCT----------GAAATCGGCGAAAGAAAAC---T---CTGG--------------------TTGT---ATTACATCAAACA---AATTCAATTGTantaaagacctttggtatcttacctatgaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcgtgaaaatagaaatggtggagctagttattttaaaatgaaataatgctggttcaaaaaaatgaaataatgtatgatatttcgcacagcttcatgaatatgtacatgtaatgatgttcgatcatttaacagcgtttttacagtgcgggattgacattgtccaaattcggattaatcattatacagctgaaatcggcgaaagaaaactctggttgtattacatcaaacaaattcaattgtc
gi|4 : tcgtgttaggcttctatcaatagcaacgcatacaccatgaaaaaaaccaacaataagaatatattaccttggatatgtttattgtttgatgcaactgtttacagtttggtctgaaagagcgtataacaacgaattgctactaaggtattggatatttttgtttttcttcaatctaagacaccgtattgtagtaatcaaatgcataaagacctttggtatcttacctaagaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcantCATTCGA-A-G--C-------CAT-------GTATGGTATGTATCTACATGTAGC----CC-CAAGCGCAC-GAGGGG-----AACCCT---------ACATGACG----------------------TA----------C----A---TAA----C--------------T----CAGATGCAAC--TGTCTA-----------AA--T-TT---TG----AC-TCAAAAGGACGTAAAACAACGAA-T--GTATTAAGGAATTACTAAG-AG-GTATT--T---C-A--TATTT-TACTTCTCTTTACA--CAAAAT---CTTGTATTGTA-GTAACAAAA---TACACAGCTTCACACAGGTAGCACCATATCGAGGAT-T-CTCT---TAT--TT------CAAGTTT----GAA---CTGGA-----CACGTGACT--GTCACATGATTCA--TTCTGAAT----ATGCAT---TAG-----AAATGACCTAGTGA-------CTGT------TG--TTAAAACCAGATGATTCTGGCTAAAACAGACGAAAT-A----ACAAA---CATGTCACACAAAATTCATAGATACGTAc
gi|5 : ttgctTTGAATTACAATCGTGAAATACA-TTAGAAACTCTCAATGGTCCATATGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTATACAGGAGTACCCAACATTTGC-A-A--T-------CAT-------GT----TAGGCGTCTATAAAAAAT----CC-CGAGCGCACCAAGGGA-----AAAACC---------A----ACAATATAAATATTTTTACCTTGGATA----------T----G---T------T--------------T----TA------------TTTA-----------AA--G-TT---AG----GT-CTGAAA-AGTGTGTAATA---AAAT--G----------C-ACTG---AG-ACCTG--TGG-T-A--T-CTT-
gi|5 : TGT--GTAATAAAA---TGCACTG--------AG-----ACC-TGT---GG---T-ATCT---TAC--CC------C-----T----GAA---CGGGG-----CACATG-CTTTGTCGCTTAATTCG--T----GAT-------TATAAATAGAAATCAAATGGCGAAGTGA--GTTATTTGTAAAGACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-ATTGTAT-GA---TATCTTGCAC-ACCTTCATacccctgaacggggcacatgctttgtcgcttaattcgtgattataaatagaaatcaaatggcgaagtgagttatttgtaaagactgatttaaaatgaaataattctggttcaaacaagtgaaatattgtatgatatcttgcacaccttcat
gi|6 : ttgaattacaatcgtgaaatacattagaaactctcaatggtccatatgttttaactccgcccaaatttccttatacaggagtacccaacatttgcaatcatgttaggcgtctataaaaaatcccgagcgcaccaagggaaaaaccaacaatataaatatttttaccttggatatgttttatttaaagttaggtctgaaaagATATTTGC-AGC--T-------CGTTAAGTCTAT----TAAGTGTTTATAAATAGC----AC-CACACA-AGTGAGGGA-----AATTCC---------A----AC-----------------------TA----------TATAAG---T------TAGACGCAAAA----T----GG----------TGTCTA-----------AA-----T---AG----GT-CTAAAAGAGCGTAAAACAACGGAGT--T----------CTAA-A---AG-GCATT--T----------------------TATA-ATT----GC---TCGGAACTGTG-GTA---------TG-------------AG-----ACC-ACT---GG---TGATCT---TGC--CT------C-----T----GAAAGTCTGAAAAAAACACGTGACT--GCCACTTGAT----------------------------------AAATACCCGAGTCACAGTTTTCTGTACACACCGAATTAAAAT-AAGTA----TGGTTAAAACAGGTGTAAT-A----AC-GAATGTATT---------CCTCATAAACACGTACATGAT-----------AT-GCTTTGACAGTGTTTCAACA-------------G-G
gi|7 : tGAATTACAATTGCCAAATACAAT-AGAAACTTTCATTGGATCAGA-GTTT-------GTCCAAATTTCCTTTTACGAAAGTAGTCAACATTTGC-A-CAAT-------TGT-------GT----TAAGAGTTTATATATAGCTCAATC-TGCATGCACCGAGGGA-----AAATCC---------A----A-----------------------------------------------------------------------------------------A-----------AA--C-AT---AA----AT----AAAGAGTGTAAAACAGT-AACTTAA----------TTATTAAAGAG-GTATT--TGA---------------TATTACATA-ATT---GGT---ACTGTACT-----TAAT-TAA---TGCACAG--------AG-----ACC-CAT---GA---T-ATCTAAATAC--CT------C-----T----GAA---CTGGA-----CATGTG-CTTTGTCACTTGATTCG--T----GAA----AA
gi|8 : AAAACAA-TGAACT-A-C-TAA-GA---CATCTCATAC-TGGCTCATAAATAC--ATATG-TG--------TAATGGACTTAACAGTATTTTTACAAGAGAAGGGGGGGG-GGGGG------AGATGTCGAAATGCAGACCAATGCAACTTTATTATT-ACAACTTCAGTCTGACCAAATCTACGAAAGAAAGGGAAT---CTG----CAGCTGATGAAAACTTCTTGTTGTATAACATCGAACACGTGATTCAGTTGta
gi|9 : T-------GC----TACTCGTCTATAAATAGC----CCGCACGCGCATAAAGGGA-----ATCCCCGTTTGGCGTA----AA-----------------------TA----------A----C---T------TAAA-----------T----TAAAGGAACATCTGTCTA-----------AT--T-TT---AG----AC-CCGATAGACCGTAAGGC--TG--TT--GAT--------ATATTG---AA-GTATTCCTGA-A-AGGTATTT-TATTTTT-TTTA-CTCTAGAACAAAACCGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTAACGAATTACAATAGGTATTTAATGTCTTATTTCTGTTAAACTTAGGCAGGGGTGCTGTAAATATTAACAAATTACACAGCTTTGCACATATAAGACCAACCGA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111111111111 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 111111111 333333333 111 11111 11111 1111111 111111 11111111 11111 111 22222222222222222 11111 111 66666666666666666666666666666 11111 33333 222 111 222222222 11 3333333333333 222222 444444444444 3333333333 22222222 3333333 1 111
lowQualScore : 9 6 3 2 1 5 444444444444 3333333 7777 1 7777 3 888 44 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999 3 4 0 33333333 444444444 1 99999 7777777 4 55 111111111 333 11111 0 00000 0 6666666 222222 0 4 3 7777 777 44444444 00000 8888888 222 4 777 55 44444444444444444 777 00000 666 66666666666666666666666666666 44444 0 77 44 11111 66 2 1 5 5 888 66 000 5 1 6 555555555 11 3 6666666666666 6 333333 8 1 1 8 555555555555 5555555555 22222222 5555555 44 0 0 0 1 777
lowQualScore : . . . . . . ............ ....... .... . .... . ... .. ................................................................................................................ ..... . . . ........ ......... . ..... ....... . .. ......... ... ..... . ..... . ....... ...... . . . .... ... ........ ..... ....... ... . ... .. ................. ... ..... ... ............................. ..... . .. .. ..... .. . . . . ... .. ... . . . ......... .. . ............. . ...... . . . . ............ .......... ........ ....... .. . . . . ...
lowQualScore : 8 5 2 5 0 0 555555555555 0000000 7777 2 7777 6 777 33 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 6 5 3 22222222 555555555 8 11111 3333333 0 55 555555555 444 11111 1 11111 5 2222222 888888 9 4 6 0000 888 55555555 00000 3333333 555 0 000 55 33333333333333333 000 00000 555 99999999999999999999999999999 33333 7 99 22 88888 55 5 3 3 7 666 11 000 7 0 7 222222222 88 7 7777777777777 7 000000 0 0 4 0 000000000000 0000000000 00000000 2222222 55 2 0 8 0 555
consensus : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCCC---------A----ACA---------------------TA----------TG-----T--------T--------------T-----------TA------A-A---A----TG-----TCT-AAANTTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGAAGT--GCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTTAAGGCACG-------GT------ACTGTA-GTAATAA--AA---TGCACAG--------AG-----ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACACGTGCCTTGTCGCTTGATTC-G---T----G------AA---GCAT-AATAG-----AAATGGCGGAGT--GAGTTATTTGTA-AA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
Reference ( family-185 ) : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCCC---------A----AC----------------------TA----------TG-----T--------T--------------T-----------TA------A-A--------TG-----TCT-AAANTTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGAANT--GCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTTAAGGCACG-------GT------ACTGTA-GTAATAA--AA---TGCACAG--------AG-----ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACACGTGACTTGTCGCTTGATTC-G---T----G------AA---GCATAAATAG-----AAATGGCGGAGT--GAGTTATTTGTA-AA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTTGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
gi|1 : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTTTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCACCCAAATTTCCTTTTATGGGAGTACTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAAC----CC-CGCGCGCACCAAGGGAAAAACC---------A----AC----------------------TA----------TG-----T--------T--------------T-----------T---------A--------TG-----TTT-AAAGTTTGGT--------CTAAAAGAGCGTATGAC---------AAAGAAGT--GCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTCAAGACACG-------GT------AATGTA-GTGATAA--AA---TGCACAG--------GG-----ACC-TAT---GG---T-GTCT---TGC--CT------T-----T----GAA---CGG-----GTCACGTGCTTTGTTGCTTGATTC-A---T----GATTACCAG---GTATAAATAG-----AAATGGCGAAGT--GAGTTATTTGTA-AAGACTGATTTAAAATGACATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-GTTGTAC-AA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATATGTA-ATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGAGTTTTTACA-------------G-AGGGG------AT-TGTTGAAATTCAGTTTAAT-CA----TA----TGACAACT----------GAAATTGGCGAAAGAAAGTGGGCGGGCTGGAAA-CAGCCAATGAAAAC-TCTCGTTGTATGACATTAAACA---AATTCAATTGT
gi|10 : ACATTTGCTA-C--TATTAAGTC-T-------GT----TTGGTGTCTATAAATAGC----CC-TATGCCCAT-GAGGGAAATCCC---------A----AT----------------------TAATTTACCTGATG-----TATATAA--T--------------T-----------TA------G-ACTTAAT--TG-----TCT-AAATTTAGGT--------CTGAAAGAGCATAAAAC---------AATAAAGT--ACTAA---G---AG-GTATT--T----GATA-ATTTTATATTTC-----TC
gi|11 : tATTTATGGCACG-------GT------ACTGTACGTAGT-----T---TACACAG--------A---------------------T-ATCT---CAC--CT------C-----CAGAAGAA---CTG-----AACACGTGAC-TGTCACTTGATTT----------------------GCAT---TAG-----AAATGACCGAGT--
gi|12 : gaatgatgtttaggaattacttagaggcacctgattttttgaatttctcttaagcaagatcatgaaacC-G-C--T-------TGT-------GT----CAG-TGTCTATAAATAGC----CC-CATACACATC-AGTGAA-TCCC---------A----ACACATGA----------------TA----------TA-----T--------TATCATTTAGACATGT-----------TA------G-ACACAAC--TG-----TCT-AACTTTAGGC--------ATGAAAGAGTGTAAAAC---------AATGAA-----CTACT--A---AG-ACATC--T----
gi|13 : tcc----TATGTGTCTATAAATAGC----CC-CATATGCA-TAAGTGGAATCCC---------ATTGCAT----------------------GA----------TG-----TACATAA--T--------------T-----------CA------A-ATGCAAC--TG-----TCTAAAAATTAGGT--------TTGAAAGAGCAT-AAAC---------AACAAAcatactggct
gi|14 : T------ACTGTA-GTAACAA--AATATTATACAG--------CG-----ACCATAT---AATATT-ATCC---TGCGTCTAGAAGAC-----T----GGA---CTG-----GACACATGAC-TGTCACT--ACTC-G---CATGAG------AA---GCaatgtatatatttagga
gi|16 : CTTCATAAATATGAACATG-TG--------CGAT--ATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-AGGAG------AT-TGTTGAAATATGGTTTAAT-CA----TA----CAACAACT----------CAAggatagtgactg
gi|2 : cTTGAATTACAATTGCGAAACACA---GAAAATCTCATTGGTCCATACATTTTAAGTCCACCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTAGTCTACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAAGCGTCTATAAATAGC----TC-CGCGTGCACCAAGAGG----CC---------A----ACAATA------------------TAAAT-------TA-----T--------C--------------T-----------TA------G-A--------TT-----TTT-TATGGTAGATGCTATTTTCTGAAAGAGTGTAAAAC---------AATGAATT--ACTACT--A---AGAGTATT--T----TG-ATATTTT-TGTTTT-----TCTTTA--TTAAGGCACG-------GT------ATTGTA-GTAACAA--AA---TGCACTG--------AG-----AGC-TGT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----A----GAA---CTG-----GACATGTG-CTTGTCACTTGATTC-C---T----G------A------AT--ATAG-----AAACGGTGGAGT--GAA--ATTTGTA-AATACTGATTTAAAATGAAATAATTTTGGTTAAAACAATTGAAATAA-TGTAT-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATATATATGTACATG-TG--------CAAT-AATTTAACAGAATTTTTACA-------------G-GTGGG------GT-TGTCGAAAGTTGGATTAAT-CAC---CA----T-ACAACT----------CAAGTTGGTGAAAGAAAGTGGGTGGGCTGG-AATCGGCCAATAAAAAC-TCTTGTTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTG
gi|3 : --T-------CGT-------GT----TAGGCTTCTATCAATAGC----AA-CGCATACACCATGAAAAAAACC---------A----ACAATAAGAATATATTACCTTGGATA----------TG-----T--------T--------------TATTGTTTGATGCA------A-C--------TG-----TTT-ACAGTTTGGT--------CTGAAAGAGCGTATAAC---------AACGAATT--GCTACT--A---AG-GTA-T--T----GG-ATATTTT-TGTTTT-----TCTTCAATCTAAGACACC-------GT------ATTGTA-GTAATCA--AA---TGCATAA--------AG-----ACC-TTT---GG---T-ATCT---TAC--CT------A-----A----GAA---CTG-----AACATGTGCTTCGTCGCTCGATTCAN---T----A------AA---G
gi|3 : AA--------AG-----ACC-TTT---GG---T-ATCT---TAC--CT------A-----T----GAA---CTG-----AACATGTGCTTCGTCGCTCGATTC-G---T----G------AA--------AATAG-----AAATGGTGGAGC--TAGTTATTT--------------TAAAATGAAATAATGCTGGTTCAAAAAAATGAAAT-AATGTAT-GA---TATTTCGCAC-AGCTTCATGAATATGTACATG-TAATGATGTTCGAT-CATTTAACAGCGTTTTTACA-------------GTGCGGGATTGACAT-TGTCCAAATTCGGATTAAT-CAT---TA----T-ACAGCT----------GAAATCGGCGAAAGAAAAC---T---CTGG------------------------TTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTGTacctttggtatcttacctatgaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcgtgaaaatagaaatggtggagctagttattttaaaatgaaataatgctggttcaaaaaaatgaaataatgtatgatatttcgcacagcttcatgaatatgtacatgtaatgatgttcgatcatttaacagcgtttttacagtgcgggattgacattgtccaaattcggattaatcattatacagctgaaatcggcgaaagaaaactctggttgtattacatcaaacaaattcaattgtc
gi|4 : tcgtgttaggcttctatcaatagcaacgcatacaccatgaaaaaaaccaacaataagaatatattaccttggatatgtttattgtttgatgcaactgtttacagtttggtctgaaagagcgtataacaacgaattgctactaaggtattggatatttttgtttttcttcaatctaagacaccgtattgtagtaatcaaatgcataaagacctttggtatcttacctaagaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcantCATTCGA-A-G--C-------CAT-------GTATGGTATGTATCTACATGTAGC----CC-CAAGCGCAC-GAGGGGAACCCT---------ACATGACG---------------------TA----------CA-----TAACTCAGAT--------------G-----------CA------A-C--------TG-----TCT-AAATTTTGAC--------TCAAAAGGACGTAAAAC---------AACGAA-T--G-TATT--A---AG-GAATTACTAAGAGG-T-ATTTCATATTTT-----ACTTCTCTTTA---CACAAAATCTTGT------ATTGTA-GTAACAA--AA---TACACAGCTTCACACAGGTAGCACCATATCGAGGAT-T-CTCT---TAT--TT------CAAGTTT----GAA---CTG-----GACACGTGAC-TGTCACATGATTC-ATTCT----G------AATATGCAT---TAG-----AAATGACCTAGT--GA-----CTGT-------TG--TTAAAACCAGATGATTCTGGCTAAAACAGACGAAAT-A----ACAAA---CATGTCACACAAAATTCATAGATACGTAc
gi|5 : ttgctTTGAATTACAATCGTGAAATACATTAGAAACTCTCAATGGTCCATATGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTATACAGGAGTACCCAACATTTGC-A-A--T-------CAT-------GT----TAGGCGTCTATAAAAAAT----CC-CGAGCGCACCAAGGGAAAAACC---------A----ACAA--------------------TA----------TAAATATT--------T--------------T-----------TACCTTGGATA--------TGTTTTATTT-AAAGTTAGGT--------CTGAAA-AGTGTGTAAT---------A---AAAT--GC-ACT--G---AG-ACCTG--T----GG-T-ATCTT-
gi|5 : -ATTTT-TACCTTGGATATGTTTTATTTAAAGTTAG-------GTCTGAAAAGTGT--GTAATAA--AA---TGCACTG--------AG-----ACC-TGT---GG---T-ATCT---TAC--CC------C-----T----GAA---CGG-----GGCACATGCTTTGTCGCTTAATTC-G---T----G-------A---TTATAAATAGAAATCAAATGGCGAAGT--GAGTTATTTGTA-AAGACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-ATTGTAT-GA---TATCTTGCAC-ACCTTCATacccctgaacggggcacatgctttgtcgcttaattcgtgattataaatagaaatcaaatggcgaagtgagttatttgtaaagactgatttaaaatgaaataattctggttcaaacaagtgaaatattgtatgatatcttgcacaccttcat
gi|6 : ttgaattacaatcgtgaaatacattagaaactctcaatggtccatatgttttaactccgcccaaatttccttatacaggagtacccaacatttgcaatcatgttaggcgtctataaaaaatcccgagcgcaccaagggaaaaaccaacaatataaatATATTTGC-AGC--T-------CGTTAAGTCTAT----TAAGTGTTTATAAATAGC----AC-CACACA-AGTGAGGGAAATTCC---------A----AC----------------------TA----------TA-----TAAG-----T--------------TAGACG------CA------A-AATGG----TG-----TCT-AAA--TAGGT--------CTAAAAGAGCGTAAAAC---------AACGGAGT--TCTAA---A---AG-GCATT--T----------------------------TATAATT----GCTCG-------GA------ACTGTG-GT-AT---------------G--------AG-----ACC-ACT---GG---TGATCT---TGC--CT------C-----T----GAAAGTCTGAAAAAAACACGTGAC-TGCCACTTGAT---------------------------------------AAATACCCGAGTCACAGTTTTCTGTACAC-ACCGAATTAAAAT-AAGTA----TGGTTAAAACAGGTGTAAT-A----AC-GAATGTATT---------CCTCATAAACACGTACATGAT-----------AT-GCTTTGACAGTGTTTCAACA-------------G-G
gi|7 : tGAATTACAATTGCCAAATACAATAGAAACTTTCATTGGATCAGA-GTTT-------GTCCAAATTTCCTTTTACGAAAGTAGTCAACATTTGC-A-CAAT-------TGT-------GT----TAAGAGTTTATATATAGCTCAATC-TGCATGCACCGAGGGAAAATCC---------A----A-------------------------------------------------------------------------------A------A-A--------CA-------T-AAAT-----------------AAAGAGTGTAAAAC---------AGT-AACTTAATTATT--AAAGAG-GTATT--T----GA------------TAT-----TACATAATT--------G-------GT------ACTGTA-CT--TAATTAA---TGCACAG--------AG-----ACC-CAT---GA---T-ATCTAAATAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACATGTGCTTTGTCACTTGATTC-G---T----G------AA---
gi|8 : AAAACAA-TGAACT-A-C-TAA-GA---CATCTCATAC-TGGCTCATAAATAC--ATATG-TG--------TAATGGACTTAACAGTATTTTTACAAGAGAAGGGGGGGG-GGGGG------AGATGTCGAAATGCAGACCAATGCAACTTTATTATT-ACAACTTCAGTCTGACCAAATCTACGAAAGAAAGGGAAT---CTG-----CAGCTGATGAAAACTTCTTGTTGTATAACATCGAACACGTGATTCAGTTGaata
gi|9 : T-------GC----TACTCGTCTATAAATAGC----CCGCACGCGCATAAAGGGAATCCCCGTTTGGCGTA----AA----------------------TA----------AC-----T--------TAAA-----------T-----------TA------A-AGGAACATCTG-----TCT-AATTTTAGAC--------CCGATAGACCGTAAGGCTGTTGATATATTGAAGT--ATTCCTGAA---AG-GTATT--T----T----ATTTT---TTTT-----ACTCTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTAACGAATTACAATAGGTATTTAATGTCTTATTTCTGTTAAACTTAGGCAGGGGTGCTGTAAATATTAACAAATTACACAGCTTTGCACATATAAGACCAACCGA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111111111111 1111111 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 111111111 333333333 111 11111 11111 1111111 111111 222222222222 111 22222222222222222 11111 111 7777777777777777777777777 11111 33333 222 111 222222222 11 3333333333333 222222 444444444444 3333333333 22222222 3333333 1 111
lowQualScore : 9 6 3 2 1 5 444444444444 3333333 7777 1 7777 3 00 1 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 33333333 444444444 1 666 8 4 7777777 4 55 111111111 333 11111 0 00000 0 6666666 222222 0 4 3 7777 777 000000000000 4 8888888 222 4 777 55 44444444444444444 777 00000 333 5555555555555555555555555 22222 66 66 44 11111 66 2 1 5 5 888 66 000 5 1 6 555555555 11 3 6666666666666 6 333333 8 1 1 8 555555555555 5555555555 22222222 5555555 44 0 0 4 1 777
lowQualScore : . . . . . . ............ ....... .... . .... . .. . .. .................................................................................................................... .. . ........ ......... . ... . . ....... . .. ......... ... ..... . ..... . ....... ...... . . . .... ... ............ . ....... ... . ... .. ................. ... ..... ... ......................... ..... .. .. .. ..... .. . . . . ... .. ... . . . ......... .. . ............. . ...... . . . . ............ .......... ........ ....... .. . . . . ...
lowQualScore : 8 5 2 5 0 0 555555555555 0000000 7777 2 7777 6 66 0 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 3 22222222 555555555 8 444 2 8 3333333 0 55 555555555 444 11111 1 11111 5 2222222 888888 9 4 6 0000 888 555555555555 0 3333333 555 0 000 55 33333333333333333 000 00000 666 4444444444444444444444444 55555 99 99 22 88888 55 5 3 3 7 666 11 000 7 0 7 222222222 88 7 7777777777777 7 000000 0 0 4 0 000000000000 0000000000 00000000 2222222 55 2 0 2 0 555
consensus : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCC--CA--------AC--A---------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------TA------A---A----A-------TG-----TCTAAAN-TTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGA---AGTGCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTTAAGGCACG-------GT------ACTGTA-GTAATAA--AA---TGCACAG------------AG-ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACACGTGCCTTGTCGCTTGATTC-G---TG------AA---GCAT-AATAG-----AAATGGCGG--AGT--GAGTTATTTGTA-AA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
Reference ( family-185 ) : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCC--CA--------AC--A---------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------TA------A---A----A-------TG-----TCTAAAN-TTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGA---AGTGCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTTAAGGCACG-------GT------ACTGTA-GTAATAA--AA---TGCACAG------------AG-ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACACGTGCCTTGTCGCTTGATTC-G---TG------AA---GCAT-AATAG-----AAATGGCGG--AGT--GAGTTATTTGTA-AA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
gi|1 : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTTTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCACCCAAATTTCCTTTTATGGGAGTACTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAAC----CC-CGCGCGCACCAAGGGAAAAAC--CA--------AC------------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------T----------------A-------TG-----TTTAAAG-TTTGGT--------CTAAAAGAGCGTATGAC---------AAAGA---AGTGCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTCAAGACACG-------GT------AATGTA-GTGATAA--AA---TGCACAG------------GG-ACC-TAT---GG---T-GTCT---TGC--CT------T-----T----GAA---CGG-----GTCACGTGCTTTGTTGCTTGATTC-A---TGATTACCAG---GTATAAATAG-----AAATGGCGA--AGT--GAGTTATTTGTA-AAGACTGATTTAAAATGACATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-GTTGTAC-AA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATATGTA-ATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGAGTTTTTACA-------------G-AGGGG------AT-TGTTGAAATTCAGTTTAAT-CA----TA----TGACAACT----------GAAATTGGCGAAAGAAAGTGGGCGGGCTGGAAA-CAGCCAATGAAAAC-TCTCGTTGTATGACATTAAACA---AATTCAATTGT
gi|10 : ACATTTGCTA-C--TATTAAGTC-T-------GT----TTGGTGTCTATAAATAGC----CC-TATGCCCAT-GAGGGAAATCC--CA--------ATTAA---------------------TTTACCTGA---T--G------------TATATAAT-------T------TAGACTT-A---A----T-------TG-----TCTAAAT-TTAGGT--------CTGAAAGAGCATAAAAC---------AATAA---AGTACTAA---G---AG-GTATT--T----GATA-ATTTTATATTTC-----TC
gi|11 : tATTTATGGCACG-------GT------ACTGTACGTAGT-----T---TACACAG------------A-----------------T-ATCT---CAC--CT------C-----CAGAAGAA---CTG-----AACACGTGAC-TGTCACTTGATTT------------------GCAT---TAG-----AAATGACCG--AGT--
gi|12 : gaatgatgtttaggaattacttagaggcacctgattttttgaatttctcttaagcaagatcatgaaacC-G-C--T-------TGT-------GT----CAG-TGTCTATAAATAGC----CC-CATACACATC-AGTGAA-TCC--CA--------AC--A---------------------C-------A---T--GATATATTATCATT------TAGACATGT------TAGACAC-A---A----C-------TG-----TCTAACT-TTAGGC--------ATGAAAGAGTGTAAAAC---------AATGA---A---CTACT--A---AG-ACATC--T----
gi|13 : tcc----TATGTGTCTATAAATAGC----CC-CATATGCAT-AAGTGGAATCC--CATT------GC--A---------------------TG------A---T--G------------TACATAAT-------T------CA------A---ATGCAAC------TG-----TCTAAAAATTAGGT--------TTGAAAGAGCAT-AAAC---------AACAA---Acatactggct
gi|14 : T------ACTGTA-GTAACAA--AATATTATACAG------------CG-ACCATAT---AATATT-ATCC---TGCGTCTAGAAGAC-----T----GGA---CTG-----GACACATGAC-TGTCACT--ACTC------------------GCAT-G--AG-----AA---GCGGATAGT--GAaatgtatatatttagga
gi|16 : CTTCATAAATATGAACATG-TG--------CGAT--ATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-AGGAG------AT-TGTTGAAATATGGTTTAAT-CA----TA----CAACAACT----------CAActg
gi|2 : cTTGAATTACAATTGCGAAACACA---GAAAATCTCATTGGTCCATACATTTTAAGTCCACCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTAGTCTACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAAGCGTCTATAAATAGC----TC-CGCGTGCACCAAGAG---GCCAACA--------AT--A---------------------T-------AAATT--A------------T------C-------T------TA------G---A----T-------TT-----TTTATGG-T-AGATGCTATTTTCTGAAAGAGTGTAAAAC---------AATGA---ATTACTACT--A---AGAGTATT--T----TG-ATATTTT-TGTTTT-----TCTTTA--TTAAGGCACG-------GT------ATTGTA-GTAACAA--AA---TGCACTG------------AG-AGC-TGT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----A----GAA---CTG-----GACATGTG-CTTGTCACTTGATTC-C---TG------A------AT--ATAG-----AAACGGTGG--AGT--GAA--ATTTGTA-AATACTGATTTAAAATGAAATAATTTTGGTTAAAACAATTGAAATAA-TGTAT-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATATATATGTACATG-TG--------CAAT-AATTTAACAGAATTTTTACA-------------G-GTGGG------GT-TGTCGAAAGTTGGATTAAT-CAC---CA----T-ACAACT----------CAAGTTGGTGAAAGAAAGTGGGTGGGCTGG-AATCGGCCAATAAAAAC-TCTTGTTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTG
gi|3 : --T-------CGT-------GT----TAGGCTTCTATCAATAGC----AA-CGCATACACCATGAAAAAAAC--CA--------AC--AATAAGAATATATTACCTTGGAT-------A---T--G------------T------T-------TATTGTTTG------ATGCA----AC------TG-----TTTACAG-TTTGGT--------CTGAAAGAGCGTATAAC---------AACGA---ATTGCTACT--A---AG-GTA-T--T----GG-ATATTTT-TGTTTT-----TCTTCAATCTAAGACACC-------GT------ATTGTA-GTAATCA--AA---TGCATAA------------AG-ACC-TTT---GG---T-ATCT---TAC--CT------A-----A----GAA---CTG-----AACATGTGCTTCGTCGCTCGATTCAN---TA------AA---G
gi|3 : AA------------AG-ACC-TTT---GG---T-ATCT---TAC--CT------A-----T----GAA---CTG-----AACATGTGCTTCGTCGCTCGATTC-G---TG------AA--------AATAG-----AAATGGTGG--AGC--TAGTTATTT--------------TAAAATGAAATAATGCTGGTTCAAAAAAATGAAAT-AATGTAT-GA---TATTTCGCAC-AGCTTCATGAATATGTACATG-TAATGATGTTCGAT-CATTTAACAGCGTTTTTACA-------------GTGCGGGATTGACAT-TGTCCAAATTCGGATTAAT-CAT---TA----T-ACAGCT----------GAAATCGGCGAAAGAAAAC---T---CTGG------------------------TTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTGTacctttggtatcttacctatgaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcgtgaaaatagaaatggtggagctagttattttaaaatgaaataatgctggttcaaaaaaatgaaataatgtatgatatttcgcacagcttcatgaatatgtacatgtaatgatgttcgatcatttaacagcgtttttacagtgcgggattgacattgtccaaattcggattaatcattatacagctgaaatcggcgaaagaaaactctggttgtattacatcaaacaaattcaattgtc
gi|4 : tcgtgttaggcttctatcaatagcaacgcatacaccatgaaaaaaaccaacaataagaatatattaccttggatatgtttattgtttgatgcaactgtttacagtttggtctgaaagagcgtataacaacgaattgctactaaggtattggatatttttgtttttcttcaatctaagacaccgtattgtagtaatcaaatgcataaagacctttggtatcttacctaagaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcantCATTCGA-A-G--C-------CAT-------GTATGGTATGTATCTACATGTAGC----CC-CAAGCGCAC-GAGGGGAACCC--TACATG----AC--G---------------------T-------A---C--A------------TAA----C-------T------CAGATGC-A---A----C-------TG-----TCTAAAT-TTTGAC--------TCAAAAGGACGTAAAAC---------AACGA---A-TG-TATT--A---AG-GAATTACTAAGAGG-T-ATTTCATATTTT-----ACTTCTCTTTA---CACAAAATCTTGT------ATTGTA-GTAACAA--AA---TACACAGCTTCACACAGGTAGCACCATATCGAGGAT-T-CTCT---TAT--TT------CAAGTTT----GAA---CTG-----GACACGTGAC-TGTCACATGATTC-ATTCTG------AATATGCAT---TAG-----AAATGACCT--AGT--GA-----CTGT-------TG--TTAAAACCAGATGATTCTGGCTAAAACAGACGAAAT-A----ACAAA---CATGTCACACAAAATTCATAGATACGTAc
gi|5 : ttgctTTGAATTACAATCGTGAAATACATTAGAAACTCTCAATGGTCCATATGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTATACAGGAGTACCCAACATTTGC-A-A--T-------CAT-------GT----TAGGCGTCTATAAAAAAT----CC-CGAGCGCACCAAGGGAAAAAC--CA--------ACA-A---------------------T-------A---T--AAATAT-------T------T-------T------TACCTTGGA---T----A-------TGTTTTATTTAAAG-TTAGGT--------CTGAAA-AGTGTGTAAT---------A---A---AATGC-ACT--G---AG-ACCTG--T----GG-T-ATCTT-
gi|5 : -ATTTT-TACCTTGGATATGTTTTATTTAAAGTTAG-------GTCTGAAAAGTGT--GTAATAA--AA---TGCACTG------------AG-ACC-TGT---GG---T-ATCT---TAC--CC------C-----T----GAA---CGG-----GGCACATGCTTTGTCGCTTAATTC-G---TG-------A---TTATAAATAGAAATCAAATGGCGA--AGT--GAGTTATTTGTA-AAGACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-ATTGTAT-GA---TATCTTGCAC-ACCTTCATacccctgaacggggcacatgctttgtcgcttaattcgtgattataaatagaaatcaaatggcgaagtgagttatttgtaaagactgatttaaaatgaaataattctggttcaaacaagtgaaatattgtatgatatcttgcacaccttcat
gi|6 : ttgaattacaatcgtgaaatacattagaaactctcaatggtccatatgttttaactccgcccaaatttccttatacaggagtacccaacatttgcaatcatgttaggcgtctataaaaaatcccgagcgcaccaagggaaaaaccaacaatataaatATATTTGC-AGC--T-------CGTTAAGTCTAT----TAAGTGTTTATAAATAGC----AC-CACACA-AGTGAGGGAAATTC--CA--------ACT-A---------------------T-------A---TAAG------------T------TAGAC---G------CA------A---A----A-------TGGTG--TCTAAA---TAGGT--------CTAAAAGAGCGTAAAAC---------AACGG---AGTTCTAA---A---AG-GCATT--T----------------------------TATAATT----GCTCG-------GA------ACTGTG-GT-AT---------------G------------AG-ACC-ACT---GG---TGATCT---TGC--CT------C-----T----GAAAGTCTGAAAAAAACACGTGAC-TGCCACTTGAT-----------------------------------AAATACCCG--AGTCACAGTTTTCTGTACAC-ACCGAATTAAAAT-AAGTA----TGGTTAAAACAGGTGTAAT-A----AC-GAATGTATT---------CCTCATAAACACGTACATGAT-----------AT-GCTTTGACAGTGTTTCAACA-------------G-G
gi|7 : tGAATTACAATTGCCAAATACAATAGAAACTTTCATTGGATCAGA-GTTT-------GTCCAAATTTCCTTTTACGAAAGTAGTCAACATTTGC-A-CAAT-------TGT-------GT----TAAGAGTTTATATATAGCTCAATC-TGCATGCACCGAGGGAAAATC--CA-------------------------------------------------------------------------------------A------A---A----A-------CA-------TAAAT------------------AAAGAGTGTAAAAC---------AGTAACTTAAT--TATT--AAAGAG-GTATT--T----GA------------TAT-----TACATAATT--------G-------GT------ACTGTA-CT--TAATTAA---TGCACAG------------AG-ACC-CAT---GA---T-ATCTAAATAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACATGTGCTTTGTCACTTGATTC-G---TG------AA---
gi|8 : AAAACAA-TGAACT-A-C-TAA-GA---CATCTCATAC-TGGCTCATAAATAC--ATATG-TG--------TAATGGACTTAACAGTATTTTTACAAGAGAAGGGGGGGG-GGGGG------AGATGTCGAAATGCAGACCAATGCAACTTTATTATT-ACAACTTCAGTCTGACCAAATCTACGAAAGAAAGGGAAT---CTG-----CAGCTGATGAAAACTTCTTGTTGTATAACATCGAACACGTGATTCAGTTGaata
gi|9 : T-------GC----TACTCGTCTATAAATAGC----CCGCACGCGCATAAAGGGAATCCC--CGTTTGGCGTAA--A---------------------T-------A---A--C------------T------TAAA----T------TA------A---A----GGAACATCTG-----TCTAATT-TTAGAC--------CCGATAGACCGTAAGGCTGTTGATATATTGA---AGTATTCCTGAA---AG-GTATT--T----T----ATTTT---TTTT-----ACTCTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTAACGAATTACAATAGGTATTTAATGTCTTATTTCTGTTAAACTTAGGCAGGGGTGCTGTAAATATTAACAAATTACACAGCTTTGCACATATAAGACCAACCGA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111111111111 1111111 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 111111111 333333333 111 11111 11111 1111111 111111 222222222222 111 22222222222222222 11111 111 7777777777777777777777777 11111 33333 222 111 222222222 11 3333333333333 222222 444444444444 3333333333 22222222 3333333 1 111
lowQualScore : 9 6 3 2 1 5 444444444444 3333333 7777 1 7777 3 00 1 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 33333333 444444444 1 666 8 4 7777777 4 55 111111111 333 11111 0 00000 0 6666666 222222 0 4 3 7777 777 000000000000 4 8888888 222 4 777 55 44444444444444444 777 00000 333 5555555555555555555555555 22222 66 66 44 11111 66 2 1 5 5 888 66 000 5 1 6 555555555 11 3 6666666666666 6 333333 8 1 1 8 555555555555 5555555555 22222222 5555555 44 0 0 4 1 777
lowQualScore : . . . . . . ............ ....... .... . .... . .. . .. .................................................................................................................... .. . ........ ......... . ... . . ....... . .. ......... ... ..... . ..... . ....... ...... . . . .... ... ............ . ....... ... . ... .. ................. ... ..... ... ......................... ..... .. .. .. ..... .. . . . . ... .. ... . . . ......... .. . ............. . ...... . . . . ............ .......... ........ ....... .. . . . . ...
lowQualScore : 8 5 2 5 0 0 555555555555 0000000 7777 2 7777 6 66 0 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 3 22222222 555555555 8 444 2 8 3333333 0 55 555555555 444 11111 1 11111 5 2222222 888888 9 4 6 0000 888 555555555555 0 3333333 555 0 000 55 33333333333333333 000 00000 666 4444444444444444444444444 55555 99 99 22 88888 55 5 3 3 7 666 11 000 7 0 7 222222222 88 7 7777777777777 7 000000 0 0 4 0 000000000000 0000000000 00000000 2222222 55 2 0 2 0 555
consensus : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCC--CA--------AC--A---------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------TA------A---A----A-------TG-----TCTAAAN-TTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGA---AGTGCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTTAAGGCACG-------GT------ACTGTA-GTAATAA--AA---TGCACAG------------AG-ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACACGTGCCTTGTCGCTTGATTC-G---TG------AA---GCAT-AATAG-----AAATGGCGG--AGT--GAGTTATTTGTA-AA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
Reference ( family-185 ) : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCC--CA--------AC--A---------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------TA------A---A----A-------TG-----TCTAAAN-TTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGA---AGTGCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTTAAGGCACG-------GT------ACTGTA-GTAATAA--AA---TGCACAG------------AG-ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACACGTGCCTTGTCGCTTGATTC-G---TG------AA---GCAT-AATAG-----AAATGGCGG--AGT--GAGTTATTTGTA-AA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
gi|1 : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTTTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCACCCAAATTTCCTTTTATGGGAGTACTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAAC----CC-CGCGCGCACCAAGGGAAAAAC--CA--------AC------------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------T----------------A-------TG-----TTTAAAG-TTTGGT--------CTAAAAGAGCGTATGAC---------AAAGA---AGTGCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTCAAGACACG-------GT------AATGTA-GTGATAA--AA---TGCACAG------------GG-ACC-TAT---GG---T-GTCT---TGC--CT------T-----T----GAA---CGG-----GTCACGTGCTTTGTTGCTTGATTC-A---TGATTACCAG---GTATAAATAG-----AAATGGCGA--AGT--GAGTTATTTGTA-AAGACTGATTTAAAATGACATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-GTTGTAC-AA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATATGTA-ATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGAGTTTTTACA-------------G-AGGGG------AT-TGTTGAAATTCAGTTTAAT-CA----TA----TGACAACT----------GAAATTGGCGAAAGAAAGTGGGCGGGCTGGAAA-CAGCCAATGAAAAC-TCTCGTTGTATGACATTAAACA---AATTCAATTGT
gi|10 : ACATTTGCTA-C--TATTAAGTC-T-------GT----TTGGTGTCTATAAATAGC----CC-TATGCCCAT-GAGGGAAATCC--CA--------ATTAA---------------------TTTACCTGA---T--G------------TATATAAT-------T------TAGACTT-A---A----T-------TG-----TCTAAAT-TTAGGT--------CTGAAAGAGCATAAAAC---------AATAA---AGTACTAA---G---AG-GTATT--T----GATA-ATTTTATATTTC-----TC
gi|11 : tATTTATGGCACG-------GT------ACTGTACGTAGT-----T---TACACAG------------A-----------------T-ATCT---CAC--CT------C-----CAGAAGAA---CTG-----AACACGTGAC-TGTCACTTGATTT------------------GCAT---TAG-----AAATGACCG--AGT--
gi|12 : gaatgatgtttaggaattacttagaggcacctgattttttgaatttctcttaagcaagatcatgaaacC-G-C--T-------TGT-------GT----CAG-TGTCTATAAATAGC----CC-CATACACATC-AGTGAA-TCC--CA--------AC--A---------------------C-------A---T--GATATATTATCATT------TAGACATGT------TAGACAC-A---A----C-------TG-----TCTAACT-TTAGGC--------ATGAAAGAGTGTAAAAC---------AATGA---A---CTACT--A---AG-ACATC--T----
gi|13 : tcc----TATGTGTCTATAAATAGC----CC-CATATGCAT-AAGTGGAATCC--CATT------GC--A---------------------TG------A---T--G------------TACATAAT-------T------CA------A---ATGCAAC------TG-----TCTAAAAATTAGGT--------TTGAAAGAGCAT-AAAC---------AACAA---Acatactggct
gi|14 : T------ACTGTA-GTAACAA--AATATTATACAG------------CG-ACCATAT---AATATT-ATCC---TGCGTCTAGAAGAC-----T----GGA---CTG-----GACACATGAC-TGTCACT--ACTC------------------GCAT-G--AG-----AA---GCGGATAGT--GAaatgtatatatttagga
gi|16 : CTTCATAAATATGAACATG-TG--------CGAT--ATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-AGGAG------AT-TGTTGAAATATGGTTTAAT-CA----TA----CAACAACT----------CAActg
gi|2 : cTTGAATTACAATTGCGAAACACA---GAAAATCTCATTGGTCCATACATTTTAAGTCCACCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTAGTCTACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAAGCGTCTATAAATAGC----TC-CGCGTGCACCAAGAG---GCCAACA--------AT--A---------------------T-------AAATT--A------------T------C-------T------TA------G---A----T-------TT-----TTTATGG-T-AGATGCTATTTTCTGAAAGAGTGTAAAAC---------AATGA---ATTACTACT--A---AGAGTATT--T----TG-ATATTTT-TGTTTT-----TCTTTA--TTAAGGCACG-------GT------ATTGTA-GTAACAA--AA---TGCACTG------------AG-AGC-TGT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----A----GAA---CTG-----GACATGTG-CTTGTCACTTGATTC-C---TG------A------AT--ATAG-----AAACGGTGG--AGT--GAA--ATTTGTA-AATACTGATTTAAAATGAAATAATTTTGGTTAAAACAATTGAAATAA-TGTAT-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATATATATGTACATG-TG--------CAAT-AATTTAACAGAATTTTTACA-------------G-GTGGG------GT-TGTCGAAAGTTGGATTAAT-CAC---CA----T-ACAACT----------CAAGTTGGTGAAAGAAAGTGGGTGGGCTGG-AATCGGCCAATAAAAAC-TCTTGTTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTG
gi|3 : --T-------CGT-------GT----TAGGCTTCTATCAATAGC----AA-CGCATACACCATGAAAAAAAC--CA--------AC--AATAAGAATATATTACCTTGGAT-------A---T--G------------T------T-------TATTGTTTG------ATGCA----AC------TG-----TTTACAG-TTTGGT--------CTGAAAGAGCGTATAAC---------AACGA---ATTGCTACT--A---AG-GTA-T--T----GG-ATATTTT-TGTTTT-----TCTTCAATCTAAGACACC-------GT------ATTGTA-GTAATCA--AA---TGCATAA------------AG-ACC-TTT---GG---T-ATCT---TAC--CT------A-----A----GAA---CTG-----AACATGTGCTTCGTCGCTCGATTCAN---TA------AA---G
gi|3 : AA------------AG-ACC-TTT---GG---T-ATCT---TAC--CT------A-----T----GAA---CTG-----AACATGTGCTTCGTCGCTCGATTC-G---TG------AA--------AATAG-----AAATGGTGG--AGC--TAGTTATTT--------------TAAAATGAAATAATGCTGGTTCAAAAAAATGAAAT-AATGTAT-GA---TATTTCGCAC-AGCTTCATGAATATGTACATG-TAATGATGTTCGAT-CATTTAACAGCGTTTTTACA-------------GTGCGGGATTGACAT-TGTCCAAATTCGGATTAAT-CAT---TA----T-ACAGCT----------GAAATCGGCGAAAGAAAAC---T---CTGG------------------------TTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTGTacctttggtatcttacctatgaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcgtgaaaatagaaatggtggagctagttattttaaaatgaaataatgctggttcaaaaaaatgaaataatgtatgatatttcgcacagcttcatgaatatgtacatgtaatgatgttcgatcatttaacagcgtttttacagtgcgggattgacattgtccaaattcggattaatcattatacagctgaaatcggcgaaagaaaactctggttgtattacatcaaacaaattcaattgtc
gi|4 : tcgtgttaggcttctatcaatagcaacgcatacaccatgaaaaaaaccaacaataagaatatattaccttggatatgtttattgtttgatgcaactgtttacagtttggtctgaaagagcgtataacaacgaattgctactaaggtattggatatttttgtttttcttcaatctaagacaccgtattgtagtaatcaaatgcataaagacctttggtatcttacctaagaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcantCATTCGA-A-G--C-------CAT-------GTATGGTATGTATCTACATGTAGC----CC-CAAGCGCAC-GAGGGGAACCC--TACATG----AC--G---------------------T-------A---C--A------------TAA----C-------T------CAGATGC-A---A----C-------TG-----TCTAAAT-TTTGAC--------TCAAAAGGACGTAAAAC---------AACGA---A-TG-TATT--A---AG-GAATTACTAAGAGG-T-ATTTCATATTTT-----ACTTCTCTTTA---CACAAAATCTTGT------ATTGTA-GTAACAA--AA---TACACAGCTTCACACAGGTAGCACCATATCGAGGAT-T-CTCT---TAT--TT------CAAGTTT----GAA---CTG-----GACACGTGAC-TGTCACATGATTC-ATTCTG------AATATGCAT---TAG-----AAATGACCT--AGT--GA-----CTGT-------TG--TTAAAACCAGATGATTCTGGCTAAAACAGACGAAAT-A----ACAAA---CATGTCACACAAAATTCATAGATACGTAc
gi|5 : ttgctTTGAATTACAATCGTGAAATACATTAGAAACTCTCAATGGTCCATATGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTATACAGGAGTACCCAACATTTGC-A-A--T-------CAT-------GT----TAGGCGTCTATAAAAAAT----CC-CGAGCGCACCAAGGGAAAAAC--CA--------ACA-A---------------------T-------A---T--AAATAT-------T------T-------T------TACCTTGGA---T----A-------TGTTTTATTTAAAG-TTAGGT--------CTGAAA-AGTGTGTAAT---------A---A---AATGC-ACT--G---AG-ACCTG--T----GG-T-ATCTT-
gi|5 : -ATTTT-TACCTTGGATATGTTTTATTTAAAGTTAG-------GTCTGAAAAGTGT--GTAATAA--AA---TGCACTG------------AG-ACC-TGT---GG---T-ATCT---TAC--CC------C-----T----GAA---CGG-----GGCACATGCTTTGTCGCTTAATTC-G---TG-------A---TTATAAATAGAAATCAAATGGCGA--AGT--GAGTTATTTGTA-AAGACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-ATTGTAT-GA---TATCTTGCAC-ACCTTCATacccctgaacggggcacatgctttgtcgcttaattcgtgattataaatagaaatcaaatggcgaagtgagttatttgtaaagactgatttaaaatgaaataattctggttcaaacaagtgaaatattgtatgatatcttgcacaccttcat
gi|6 : ttgaattacaatcgtgaaatacattagaaactctcaatggtccatatgttttaactccgcccaaatttccttatacaggagtacccaacatttgcaatcatgttaggcgtctataaaaaatcccgagcgcaccaagggaaaaaccaacaatataaatATATTTGC-AGC--T-------CGTTAAGTCTAT----TAAGTGTTTATAAATAGC----AC-CACACA-AGTGAGGGAAATTC--CA--------ACT-A---------------------T-------A---TAAG------------T------TAGAC---G------CA------A---A----A-------TGGTG--TCTAAA---TAGGT--------CTAAAAGAGCGTAAAAC---------AACGG---AGTTCTAA---A---AG-GCATT--T----------------------------TATAATT----GCTCG-------GA------ACTGTG-GT-AT---------------G------------AG-ACC-ACT---GG---TGATCT---TGC--CT------C-----T----GAAAGTCTGAAAAAAACACGTGAC-TGCCACTTGAT-----------------------------------AAATACCCG--AGTCACAGTTTTCTGTACAC-ACCGAATTAAAAT-AAGTA----TGGTTAAAACAGGTGTAAT-A----AC-GAATGTATT---------CCTCATAAACACGTACATGAT-----------AT-GCTTTGACAGTGTTTCAACA-------------G-G
gi|7 : tGAATTACAATTGCCAAATACAATAGAAACTTTCATTGGATCAGA-GTTT-------GTCCAAATTTCCTTTTACGAAAGTAGTCAACATTTGC-A-CAAT-------TGT-------GT----TAAGAGTTTATATATAGCTCAATC-TGCATGCACCGAGGGAAAATC--CA-------------------------------------------------------------------------------------A------A---A----A-------CA-------TAAAT------------------AAAGAGTGTAAAAC---------AGTAACTTAAT--TATT--AAAGAG-GTATT--T----GA------------TAT-----TACATAATT--------G-------GT------ACTGTA-CT--TAATTAA---TGCACAG------------AG-ACC-CAT---GA---T-ATCTAAATAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACATGTGCTTTGTCACTTGATTC-G---TG------AA---
gi|8 : AAAACAA-TGAACT-A-C-TAA-GA---CATCTCATAC-TGGCTCATAAATAC--ATATG-TG--------TAATGGACTTAACAGTATTTTTACAAGAGAAGGGGGGGG-GGGGG------AGATGTCGAAATGCAGACCAATGCAACTTTATTATT-ACAACTTCAGTCTGACCAAATCTACGAAAGAAAGGGAAT---CTG-----CAGCTGATGAAAACTTCTTGTTGTATAACATCGAACACGTGATTCAGTTGaata
gi|9 : T-------GC----TACTCGTCTATAAATAGC----CCGCACGCGCATAAAGGGAATCCC--CGTTTGGCGTAA--A---------------------T-------A---A--C------------T------TAAA----T------TA------A---A----GGAACATCTG-----TCTAATT-TTAGAC--------CCGATAGACCGTAAGGCTGTTGATATATTGA---AGTATTCCTGAA---AG-GTATT--T----T----ATTTT---TTTT-----ACTCTA
blockSeqs : T C T G G T CTATTAAGT TAAGTCT ATGG G TCAA G CA T AA ACAATAAGAATATATTACCTTGGATATGTTTATTGTTTGATGCAACTG AA GCTATTTT TGTTGATAT T CTT G A TAAAG A AC AAGAGGT ATA GGATA TATGG AAATCTT CTGAAA C A AATT TAT CTTCACACAGGT C ATATCGA TAT G AAA GT AGAAGACT AGT AAAAA CTT ATTCTGAATATGCAT AAATC AT CA GT AAAT AT G A T A ATG CA ATG A C A AATGATGTT GG C AGAGAAGGGGGGG T ATTGAC A A T G ACTTTATTATT TCAGTCTGAC TGGGTGGG GAATCG CA T T T CGT
blockSeqs : A T T C C . CAAT . . G . . CA T . ACACATGATATATTATCATTTAGACATGTTAGACACAACTG T . . T . T A TGAA . . GATA ATA . TAAGG . . . A AA . . . ATAT AT . . . CAAGTTT . . CTT GTGATTATAAA . . . GT AAAG AT G C A . TTG T . . C . G A A . . . . T A . TACA . GGAAT CA TG . T T .
blockSeqs : . . . . G . GCT . . T . . CA T . ATTAATTTACCTGATGTATATAATTTAGACTTAATTG T . . C . T G TA . . TGAT TG . TAAGA . . . A AA . . . TGT . . . . CCAGAA . . CTT CTGAATA . . . GT ACAC AA C A A . TG T . . C . G C C . . . . T A . CCAT . CT G . . . A .
blockSeqs : . CT . . A . . TG G . TTTGGCGTAAATAACTTAAATTAAAGGAACATCTG G . . T . A G TA . . GGAT TG . TAAAG . . . A CA . . . TTT . . . . CA . . CTT GTGAAAA . . . A . . G C G . C T . . C . G G T . . . . G A . TTAT .
blockSeqs : . CT . . G . . CG A . ACAATATAAATATTTTTACCTTGGATATGTTTTA G . . C . G G TA . . GGT TA . TA . . . A AA . . . TTT . . . . AA . . AC GCATG . . . . . . . A G . . C . . T . . . T . .
blockSeqs : . GC . . T . . AA C . TTGCATGATGTACATAATTCAAATGCAACTG T . . C . A T TA . . GA . . G . . . A AA . . . TGT . . . . AT . . AC GCAT . . . A . . . A . .
blockSeqs : . AT . . G . . G A . CATGACGTACATAACTCAGATGCAACTG G . . C . G A TG . . T . . . . . . . . . . . ACT . . . . CT . . CT . . . .
blockSeqs : . . A . . C T . ACTATATAAGTTAGACGCAAAATGGTG T . . T . . . G . . . . . . . . . . . . CAT . . . . CT . . AC
blockSeqs : . . A . . A A . ATATAAATTATCTTAGATTT T . . T . . . A . . . . . . . . . CT . . AC
blockSeqs : . C . . G C . AAAACA . . . . .
blockSeqCons : GAT****** AC* TGAATA******************* CG*
originalCons : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCC--CA--------AC--A---------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------TA------A---A----A-------TG-----TCTAAAN-TTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGA---AGTGCTACT--A---AG-GTATT--T----GG-A-ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTTAAGGCACG-------GT------ACTGTA-GTAATAA--AA---TGCACAG------------AG-ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACACGTGCCTTGTCGCTTGATTC-G---TG------AA---GCAT-AATAG-----AAATGGCGG--AGT--GAGTTATTTGTA-AA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
finalCons : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCC--CA--------AC--A---------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------TA------A---A----A-------TG-----TCTAAAN-TTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGA---AGTGCTACT--A---AG-GTATT--TGAT------ATTTT-TGTTTT-----TCTTTAATTTAAGGCACG-------GT------ACTGTA-GTAATAA--AA---TGCACAG------------AG-ACC-TNT---GG---T-ATCT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTG-----GACACGTGAC-TGTCGCTTGATTCTGAATA-------------------TAG-----AAATGGCGG--AGT--GAGTTATTTGTA-AA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-ACG-TAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTAACGAATTACAATAGGTATTTAATGTCTTATTTCTGTTAAACTTAGGCAGGGGTGCTGTAAATATTAACAAATTACACAGCTTTGCACATATAAGACCAACCGA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111111111111 1111111 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 111111111 2222222222222222 1111 222222222222222 111111 111111111111 22222222222222222 11111 2222222 555555555555555555555555 11111 1111 3333 333 111 222222222 11 3333333333333 222222 444444444444 3333333333 22222222 3333333 1 111
lowQualScore : 9 6 3 2 1 5 444444444444 3333333 7777 1 7777 3 00 1 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 33333333 333333333 0 555 77 6 3333333333333333 77 77 1 1111 99999 0 999999999999999 88 666 111111 4 8888 55 777 888888888888 4 8888888 55 4 777 777 55 44444444444444444 777 00000 8888888 8888 222222222222222222222222 22222 66 2222 1111 66 2 1 5 5 444 66 000 5 1 6 555555555 11 3 6666666666666 6 333333 8 1 1 8 555555555555 5555555555 22222222 5555555 44 0 0 4 1 777
lowQualScore : . . . . . . ............ ....... .... . .... . .. . .. .................................................................................................................... .. . ........ ......... . ... .. . ................ .. .. . .... ..... . ............... .. ... ...... . .... .. ... ............ . ....... .. . ... ... .. ................. ... ..... ....... .... ........................ ..... .. .... .... .. . . . . ... .. ... . . . ......... .. . ............. . ...... . . . . ............ .......... ........ ....... .. . . . . ...
lowQualScore : 8 5 2 5 0 0 555555555555 0000000 7777 2 7777 6 66 0 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 3 22222222 333333333 8 888 66 4 9999999999999999 99 22 7 9999 11111 1 000000000000000 00 777 555555 0 5555 55 000 666666666666 0 3333333 55 0 000 000 55 33333333333333333 000 00000 0000000 5555 666666666666666666666666 55555 99 0000 8888 55 5 3 3 7 999 11 000 7 0 7 222222222 88 7 7777777777777 7 000000 0 0 4 0 000000000000 0000000000 00000000 2222222 55 2 0 2 0 555
consensus : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCC--CA--------AC--A---------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------TA------A---A----A-------TG-----TCTAAAN-TTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGA---A-GTACTA--------CT--A---AG--GTATTT-GATATTTTTG--TTTT-----TCTTTA---------------ATTTAAGGCA-CGGT------ACTGTA-G----TAACAA--AATGC---ACAG------------AG-ACC-TNT---GG--T-AT---CT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTGGA-----CACGTGAC--T--GTCGC----TTGATTC-TGA---------AT--A-----TAGAAAT-----GGCGG--AGTGA--GTTATTTGTAAA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-TGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
Reference ( family-185 ) : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTCTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTANTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAGC----CC-CGCGCGCACCGAGGGAAANCC--CA--------AC--A---------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------TA------A---A----A-------TG-----TCTAAAN-TTAGGT--------CTGAAAGAGCGTAAAAC---------AACGA---A-GTGCTA--------CT--A---AG--GTATTT-GATATTTTTG--TTTT-----TCTTTA---------------ATTTAAGGCA-CGGT------ACTGTA-G----TAATAA--AATGC---ACAG------------AG-ACC-TNT---GG--T-AT---CT---TAC--CT------C-----T----GAA---CTGGA-----CACGTGAC--T--GTCGC----TTGATTC-TGA---------AT--A-----TAGAAAT-----GGCGG--AGTGA--GTTATTTGTAAA-ACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTAAAACAAGTGAAAT-A-CGTAC-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATACGTACATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-GGGGG------AT-TGTCGAAATTCGGATTAAT-CA----TA----T-ACAACT----------CAAATCGGCGAAAGAAAGCGGGTGGGCTGG-AA-CGGCCGATGAAAAC-TCTCGTTGTATNACATCAAACA---AATTCAATTGT
gi|1 : TTGAATTACAATCGCGAAATACATTAGAAACTTTCATTGGTCCATACGTTTTAACTCCACCCAAATTTCCTTTTATGGGAGTACTCAACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAGGCGTCTATAAATAAC----CC-CGCGCGCACCAAGGGAAAAAC--CA--------AC------------------------T-------A---T--G------------T------T-------T------T----------------A-------TG-----TTTAAAG-TTTGGT--------CTAAAAGAGCGTATGAC---------AAAGA---A-GTGCTA--------CT--A---AG--GTATTT-GGAATTTTTG--TTTT-----TCTTTA---------------ATTCAAGACA-CGGT------AATGTA-G----TGATAA--AATGC---ACAG------------GG-ACC-TAT---GG--T-GT---CT---TGC--CT------T-----T----GAA---CGGGT-----CACGTG-CTTT--GTTGC----TTGATTCATGATTACCAGGTATAAA-----TAGAAAT-----GGCGA--AGTGA--GTTATTTGTAAAGACTGATTTAAAATGACATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-GTTGTAC-AA---TATCTCGCAC-AGCTTCATAAATATGTA-ATG-TG--------CGAT-GATTTAACAGAGTTTTTACA-------------G-AGGGG------AT-TGTTGAAATTCAGTTTAAT-CA----TA----TGACAACT----------GAAATTGGCGAAAGAAAGTGGGCGGGCTGGAAA-CAGCCAATGAAAAC-TCTCGTTGTATGACATTAAACA---AATTCAATTGT
gi|10 : ACATTTGCTA-C--TATTAAGTC-T-------GT----TTGGTGTCTATAAATAGC----CC-TATGCCCAT-GAGGGAAATCC--CA--------ATTAA---------------------TTTACCTGA---T--G------------TATATAAT-------T------TAGACTT-A---A----T-------TG-----TCTAAAT-TTAGGT--------CTGAAAGAGCATAAAAC---------AATAA---A-GTACTA--------A---G---AG--GTATTT-GATAATTTTA--TATT-----TCT
gi|11 : tTA--------CTTAG---AG--GCACCT-GAT-TTTTTGAATTTC-----TCTTAAGCAAGATCATGAAACATTTATGGCA-CGGT------ACTGTACG----TAGTT-----TAC---ACAG------------A----------------T-AT---CT---CAC--CT------C-----CAGAAGAA---CTGAA-----CACGTGAC--T--GTCAC----TTGATT--TGC---------AT--------TAGAAAT-----GACCG--AGTc
gi|12 : gaatgatgtttaggaatC-G-C--T-------TGT-------GT----CAG-TGTCTATAAATAGC----CC-CATACACATC-AGTGAA-TCC--CA--------AC--A---------------------C-------A---T--GATATATTATCATT------TAGACATGT------TAGACAC-A---A----C-------TG-----TCTAACT-TTAGGC--------ATGAAAGAGTGTAAAAC---------AATGA---A----CTA--------CT--A---AG--ACATCT-CATACT
gi|13 : tcc----TATGTGTCTATAAATAGC----CC-CATATGCAT-AAGTGGAATCC--CATT------GC--A---------------------TG------A---T--G------------TACATAAT-------T------CA------A---ATGCAAC------TG-----TCTAAAAATTAGGT--------TTGAAAGAGCAT-AAAC---------AACAA---A-ggct
gi|14 : T------ACTGTA-G----TAACAA--AATATTATACAG------------CG-ACCATAT---AA--T-ATTATCC---TGCGTCTAGAAGAC-----T----GGA---CTGGA-----CACATGAC--T--GTCAC----T--ACTC--GC---------AT--G------AGAA--------GCGGATAGTGA--aatgtatatatttagga
gi|15 : ---------AACGA---A-TTACAA--------T-------AG--GTATTT-AATG-TCTTA--TTTC-----TGTTAA---------------ACTT-AGGCAGGGGT------GCTGTA-AATATTAACAA--ATTAC---ACAG------------ctg
gi|16 : ctCTTCATAAATATGAACATG-TG--------CGAT--ATTTAACAGCGTTTTTACA-------------G-AGGAG------AT-TGTTGAAATATGGTTTAAT-CA----TA----CAACAACT----------CAActttgcacatataagaccaaccga
gi|2 : cTTGAATTACAATTGCGAAACACA---GAAAATCTCATTGGTCCATACATTTTAAGTCCACCCAAATTTCCTTTTACGGGAGTAGTCTACATTTGC-A-C--T-------CGT-------GT----TAAGCGTCTATAAATAGC----TC-CGCGTGCACCAAGAG---GCCAACA--------AT--A---------------------T-------AAATT--A------------T------C-------T------TA------G---A----T-------TT-----TTTATGG-T-AGATGCTATTTTCTGAAAGAGTGTAAAAC---------AATGA---A-TTACTA--------CT--A---AGA-GTATTTTGATATTTTTG--TTTT-----TCTTTA-----------------TTAAGGCA-CGGT------ATTGTA-G----TAACAA--AATGC---ACTG------------AG-AGC-TGT---GG--T-AT---CT---TAC--CT------C-----A----GAA---CTGGA-----CATGTGCT--T--GTCAC----TTGATTCCTGA---------AT--A-----TAGAAAC-----GGTGG--AGTGA--A--ATTTGTAAATACTGATTTAAAATGAAATAATTTTGGTTAAAACAATTGAAATAA-TGTAT-GA---TATCTCGCAC-AGCTTCATATATATGTACATG-TG--------CAAT-AATTTAACAGAATTTTTACA-------------G-GTGGG------GT-TGTCGAAAGTTGGATTAAT-CAC---CA----T-ACAACT----------CAAGTTGGTGAAAGAAAGTGGGTGGGCTGG-AATCGGCCAATAAAAAC-TCTTGTTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTG
gi|3 : --T-------CGT-------GT----TAGGCTTCTATCAATAGC----AA-CGCATACACCATGAAAAAAAC--CA--------AC--AATAAGAATATATTACCTTGGAT-------A---T--G------------T------T-------TATTGTTTG------ATGCA----AC------TG-----TTTACAG-TTTGGT--------CTGAAAGAGCGTATAAC---------AACGA---A-TTGCTA--------CT--A---AG--GTATTG-GATATTTTTG--TTTT-----TCTTCA---------------ATCTAAGACA-CCGT------ATTGTA-G----TAATCA--AATGC---ATAA------------AG-ACC-TTT---GG--T-AT---CT---TAC--CT------A-----A----GAA---CTGAA-----CATGTG-C--TTCGTCGC----TCGATTC---A---------NT--A-----AAGA
gi|3 : AA------------AG-ACC-TTT---GG--T-AT---CT---TAC--CT------A-----T----GAA---CTGAA-----CATGTG-C--TTCGTCGC----TCGATTCGTGA---------AA--A-----TAGAAAT-----GGTGG--AGCTA--GTTATTT-------------TAAAATGAAATAATGCTGGTTCAAAAAAATGAAAT-AATGTAT-GA---TATTTCGCAC-AGCTTCATGAATATGTACATG-TAATGATGTTCGAT-CATTTAACAGCGTTTTTACA-------------GTGCGGGATTGACAT-TGTCCAAATTCGGATTAAT-CAT---TA----T-ACAGCT----------GAAATCGGCGAAAGAAAAC---T---CTGG------------------------TTGTATTACATCAAACA---AATTCAATTGTcctttggtatcttacctatgaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcgtgaaaatagaaatggtggagctagttattttaaaatgaaataatgctggttcaaaaaaatgaaataatgtatgatatttcgcacagcttcatgaatatgtacatgtaatgatgttcgatcatttaacagcgtttttacagtgcgggattgacattgtccaaattcggattaatcattatacagctgaaatcggcgaaagaaaactctggttgtattacatcaaacaaattcaattgtc
gi|4 : tcgtgttaggcttctatcaatagcaacgcatacaccatgaaaaaaaccaacaataagaatatattaccttggatatgtttattgtttgatgcaactgtttacagtttggtctgaaagagcgtataacaacgaattgctactaaggtattggatatttttgtttttcttcaatctaagacaccgtattgtagtaatcaaatgcataaagacctttggtatcttacctaagaactgaacatgtgcttcgtcgctcgattcantCATTCGA-A-G--C-------CAT-------GTATGGTATGTATCTACATGTAGC----CC-CAAGCGCAC-GAGGGGAACCC--TACATG----AC--G---------------------T-------A---C--A------------TAA----C-------T------CAGATGC-A---A----C-------TG-----TCTAAAT-TTTGAC--------TCAAAAGGACGTAAAAC---------AACGA---ATGTATTAAGGAATTACT--A---AGAGGTATTT-CATATTTT-A--CTTC-----TCTTTAC--------------AC--AAAATC-TTGT------ATTGTA-G----TAACAA--AATAC---ACAGCTTCACACAGGTAGCACCATATCGAGGATT-CT---CT---TAT--TT------CAAGTTT----GAA---CTGGA-----CACGTGAC--T--GTCACATGATTCATTC-TGA---------AT--ATGCATTAGAAAT-----GACCT--AGTGA-------CTGT------TG--TTAAAACCAGATGATTCTGGCTAAAACAGACGAAAT-A----ACAAA---CATGTCACACAAAATTCATAGATACGTAc
gi|5 : ttgctTTGAATTACAATCGTGAAATACATTAGAAACTCTCAATGGTCCATATGTTTTAACTCCGCCCAAATTTCCTTATACAGGAGTACCCAACATTTGC-A-A--T-------CAT-------GT----TAGGCGTCTATAAAAAAT----CC-CGAGCGCACCAAGGGAAAAAC--CA--------ACA-A---------------------T-------A---T--AAATAT-------T------T-------T------TACCTTGGA---T----A-------TGTTTTATTTAAAG-TTAGGT--------CTGAAA-AGTGTGTAAT---------A---A---A-ATGC-A--------CT--G---AG--ACCTGT-GGTATCTT
gi|5 : ATATTTTTA--CCTTGGATATGTTTT---------------ATTTAAAGTT-AGGTCTGAAAAGTGT--G----TAATAA--AATGC---ACTG------------AG-ACC-TGT---GG--T-AT---CT---TAC--CC------C-----T----GAA---CGGGG-----CACATG-C--TTTGTCGC----TTAATTCGTGATT-------AT--AAA---TAGAAATCAAATGGCGA--AGTGA--GTTATTTGTAAAGACTGATTTAAAATGAAATAATTCTGGTTCAAACAAGTGAAAT-ATTGTAT-GA---TATCTTGCAC-ACCTTCATacccctgaacggggcacatgctttgtcgcttaattcgtgattataaatagaaatcaaatggcgaagtgagttatttgtaaagactgatttaaaatgaaataattctggttcaaacaagtgaaatattgtatgatatcttgcacaccttcat
gi|6 : ttgaattacaatcgtgaaatacattagaaactctcaatggtccatatgttttaactccgcccaaatttccttatacaggagtacccaacatttgcaatcatgttaggcgtctataaaaaatcccgagcgcaccaagggaaaaaccaacaatataaATATTTGC-AGC--T-------CGTTAAGTCTAT----TAAGTGTTTATAAATAGC----AC-CACACA-AGTGAGGGAAATTC--CA--------ACT-A---------------------T-------A---TAAG------------T------TAGAC---G------CA------A---A----A-------TGGTG--TCTAAA---TAGGT--------CTAAAAGAGCGTAAAAC---------AACGG---A-GTTCTA--------A---A---AG--GCATTT---TAT---------------------A---------------ATT----GCT-CGGA------ACTGTG-G----TA--------TG--------------------AG-ACC-ACT---GG--TGAT---CT---TGC--CT------C-----T----GAAAGTCTGAAAAAAACACGTGAC--T--GCCAC----TTGAT----------------------------AAAT-----ACCCG--AGTCACAGTTTTCTGTACACACCGAATTAAAAT-AAGTA----TGGTTAAAACAGGTGTAAT-A----AC-GAATGTATT---------CCTCATAAACACGTACATGAT-----------AT-GCTTTGACAGTGTTTCAACA-------------G-G
gi|7 : tGAATTACAATTGCCAAATACAATAGAAACTTTCATTGGATCAGA-GTTT-------GTCCAAATTTCCTTTTACGAAAGTAGTCAACATTTGC-A-CAAT-------TGT-------GT----TAAGAGTTTATATATAGCTCAATC-TGCATGCACCGAGGGAAAATC--CA-------------------------------------------------------------------------------------A------A---A----A-------CA-------TAAAT------------------AAAGAGTGTAAAAC---------AGTAACTTA-AT--TA--------TT--AAAGAG--GTATTT-GATA-----------T-----TACATA---------------ATT---------GGT------ACTGTA-C----T--TAATTAATGC---ACAG------------AG-ACC-CAT---GA--T-AT---CTAAATAC--CT------C-----T----GAA---CTGGA-----CATGTG-CTTT--GTCAC----TTGATTCGTGA---------AA--A-----TA
gi|8 : AAAACAA-TGAACT-A-C-TAA-GA---CATCTCATAC-TGGCTCATAAATAC--ATATG-TG--------TAATGGACTTAACAGTATTTTTACAAGAGAAGGGGGGGG-GGGGG------AGATGTCGAAATGCAGACCAATGCAACTTTATTATT-ACAACTTCAGTCTGACCAAATCTACGAAAGAAAGGGAAT---CTG-----CAGCTGATGAAAACTTCTTGTTGTATAACATCGAACACGTGATTCAGTTG
gi|9 : T-------GC----TACTCGTCTATAAATAGC----CCGCACGCGCATAAAGGGAATCCC--CGTTTGGCGTAA--A---------------------T-------A---A--C------------T------TAAA----T------TA------A---A----GGAACATCTG-----TCTAATT-TTAGAC--------CCGATAGACCGTAAGGCTGTTGATATATTGA---A-GTATTC--------CTGAA---AG--GTATTT---TATTTT----TTTT-----ACTCTA---------------