lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1111 222222222 1111 111111 3333333333333333333 1 111111111 333333 11111 11111 11 1111 2222222222222222 33333333333 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 33 3 3 44 44 777 6 0000 3 999999999 6666 6 6666 44 3 555555 3 6 2 6 6 6 8888888888888888888 5 77 6 77 333333333 1 0 2 66 333333 44444 5 0 44444 77 77 5 5 5 5 99 77 1111 5 2222222222222222 6 99 4 8 4 4 55555555555 8 777 555 55 4 000 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 1 66 66 55 66
lowQualScore : . .. . . .. .. ... . .... . ......... .... . .... .. . ...... . . . . . . ................... . .. . .. ......... . . . .. ...... ..... . . ..... .. .. . . . . .. .. .... . ................ . .. . . . . ........... . ... ... .. . ... . ................................................................................................................ . . .. .. .. ..
lowQualScore : 5 66 1 1 22 22 222 2 8888 1 888888888 5555 6 5555 22 1 111111 3 7 5 7 7 7 7777777777777777777 7 99 6 99 777777777 0 7 0 99 666666 33333 7 7 33333 99 99 7 7 7 7 33 99 7777 7 3333333333333333 7 22 0 0 0 0 33333333333 0 000 444 55 0 444 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 6 11 11 66 11
consensus : AGTAGTTGAAAAGT-G-TTGT--TT--T-TCC-AA----GTGGGGT-CCACAG-N-TC---NACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---NT-CCTA-AC-TAAGGGNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGG--TGT---------G-TC-CCCTACGTGT-GT--AGTTAAAC--TG-GA---CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-A--T-TTT-----TTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTC--AGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTTT-GG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
Reference ( gi|3 ) : AGTAGATGAAAAGT-G-TTGT--TT--T-TGC-AA----GTGGGGT-CCACAG-A-TC---AACAAGA--TCTGGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCAT-A-GGC-CCCCGG--CGT---------G-TT-CCCTACGTGT-GT--AGTTTAAC--TG-GA---CT-CACTGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-A--C-TTT-----TTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTT--AATCAT-AC--C-CCA------TC---AA---------TTTTT-GA-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
gi|20 : AGTAGTTTGAAAGT-GCTTGT--TT--T-TGC-AAAGTCGTGGG-T-CCACAG-AATC---AACAAGA--TCTGGGG----CCACAGCC--A-C---GT-CCTA-A--TAAGGGG
gi|1 : tcttactgttgtggtattgtgtgtagggctaaaagccatAGTAGTTGAAA-GT-G-TTGT--TT--T-CCC-AA----GTGGGGT-CCACAG-C-TT---CACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCTA-AC-TAAGG
gi|7 : ccaccacacccacagtcgccccatgtatttgtgtagttgttgtgtaactagttaaatcatggtgtcttctctttcctatgtttccagagttttcgcagatgcatttacaagtcaggactcatagtataagtcactaaaagagcagtcctgagacaaatcagaatacattggattatgtgttaattggataagctcgatcttgggaacgttatatcctccattcgtgcaatgaagcctggagcttagtgttaggtttttcgatatttaggcaaactcataagaagagagaataggggtaactgtactaggttgctagctttttgcatattacgggctactacaatatcacaggcatttactcatattaaattttttaggttattatcctcacttgtcgcaattttctgggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtggtgtattgtgtaggctaaaAGTAATTGAAA--TAG-CTGA--TT--T-TGC-AA----GTGGGAT-TCACAG-T-TT---TATAAGAT-TTTGGGG----CCACACCC--A-C---TT-CCCA-AG-TAa
gi|2 : aagccaaaaagtactAGTAGTTGAAAAGT-G-TTGT--TT--T-TCCCAA----GTGGGGT-CCACAG-C-TT---CACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacataggtccccggtgtttcttctacatgtttagttaaattgggcacaccggtcggctacccagctactcaaaaacatttttgtaagtgcatattaccaccatatactagtgttttgtgtca
gi|9 : ccacccacccaccctattttttatttttgtgtgttgtgtgttgtaacagtttactgctgtctttttctttctattccagggtgttcagatgcattttatgcaggcctctgcagagcactaaagcagccttgagacgaaatcggaccattggactatgcgtttaattggacaaagtgattctatgggacattgttatctcccatttcgtgttaaaatgaaccctgggcgataggtgttaggtttcattttaggcaacctagagataggcgtatgtctaggtttgcagctaggctagttagggctacaacaatcagcatttcataaattagtatttttgtattatctccctgtcgcattttttctggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgttgtgttattgtgtaggctaaaagcctaacAGTAGTTGAAAGTT-G-T-GT--TTATT-TGC-AAAA--GTGGGGTTCCACAG-G-AC---AGCAAGA--T-TGGGG----CCACATCC--AGC---GT-CCTACAC-TAAGtt
gi|10 : ggtcgcacattgtttatctaaatgattaatgctctgctcatgcaatcagtttcataaaggataagtctcttctagtatatatgtaaaaaatttatatgtgtggggccattataaatatcaagtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacatctactgtttgtgtattgtgtagcgcaaagcctaaaAGTAGTTTGAAAGT-G-TTGT--TT--T-CCC-AA----GT-GGGT-CCACAG-C-TC----ACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCt
gi|16 : ggtcggactgtatatctcgatcctggtatgctgtagctcatgcatcagtgtgtagtcttatactatatgtaaaatttatgtgggggacattataaaataatgtctgtggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatctactgttgtgtattgtgtaggctaaaagctaaaAGTAG-TGGAAA-T-G-TTGT--TT--T-CCC-AA----GCGGGGT-CCACAG---TCTTTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGaa
gi|12 : tctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtAGTAG-TGGAAA-T-G-TTGT--TT--T-CCC-AA----GCGGGGT-CCACAG---TCTTTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGatccgggatgctaaaatcacctctttaacggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagt
gi|6 : aagtttcttaatatatcgtagaagtagttttaggcagtgggggacttaaaatatggtccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtAGCAG-TGTAAAGT-G-TTAT--TT--G-TTT-AA----TTGGGGT-TAACAGTG-TC----ACAAGC--GCTAGGGCGGCCCACATCC--A-C---GG-CTCA-AA-TAAGGGTCGa
gi|5 : catagtttgatccattcttgtgtggatatgaacgttttgctacatattgacctttgatttttggtcccatgtgcttcggtgttacgaattgttgtcagcgtttttatatgctcatgacatatacctaatcccctcgtttagtattttttcgtgtcttataaaatttgtgcgggggtattaattctagtgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagtatttgtatggagatggctacatataaaaatcaatcGTAGTTGAAAAGT-G-TTGT--TT--T-TCCCAA----GTGGGGT-CCACAG-C-TT---CACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGG
gi|4 : TAG-TGAAAAGT-G-TTGT--TT--TTTGC-AA----GTGGGGT-CCACAG-A-TC---AACAAGA--TCTGGGG----CCACATCT--A-----GT-CCTA-AC-TAAGGGttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|11 : ATAAAAGAT-G-TTGTCATT--T-TGC-A------TGGGGT-CCACAG-A-TC---AACAAGA--ATT-GGG----CCACATTCCAA-C---GT-CCTA-AC-TAGGGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgcataggcccccggtggttccctacgtgtgtagttaaactggactcactgttggctccagttccccacaaaatttttttcttatgcgaccataataccaccatttactgtgtgctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatttaaccctacatctggttgtaatcataccccatcattttttggaatggctttgtttctcaggtcatgggttctctttatctcaataatta
gi|8 : AAGG-G-TTGT--TT--TGTTC-AA----GTGGGGT-CCACAG-C-GT---AACAAGC--GCTGGGG----CCACATCC--A-C---GG-CCCA-GC--AAGGGtagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcacataggccccggtgtgtccctacgtgtgtagttaactgacta
gi|4 : cctgtgcagatatgaacattctgttccttgctagtttgaactgttcaatttggtaccttgtttgtgttttgttctatcctatgtgatttgttcattcccccttattgtgtcatataaaatttgtgtgtgggggacattattcatatgttattcataatgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagcatggctaaaagccaatagttttgtcGCAT-A-GGC-CCCCGG--TG----------G-TT-CCCTACGTGT-GT--AGTTAAAC--TG-GA---CT-CACTG-TTGGCTCC--AGTTCCC--CACAA-AATT-TTT-----TTCTTATGCGACCA-----TAAT--A-CCAC-CATTT-AC-TG-TG--TGC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-T-T-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTG---G-TTG-T--AATCAT-AC--C-CCA------TC---AT---------TTTTTGGA-ATGG----------------CTT-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAGGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTt
gi|5 : tagtgaaaagtgttgttttttgcaagtggggtccacagatcaacaagatctggggccacatctagtcctaactaagggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGCATTA-GGC-CCCCGG--TGT---------GCTT-CCCTACGTGT-GTGTAGTTAAAC--TG-GA---CTTCACTGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--GACAA-A--AATTT-----TTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCTC-CATTT-AC-TG-TG--TTC---T-GTGTTA-------TTCC------TGCTTTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----a
gi|13 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCAT-AAGGCATCCCGG--TAC---------G-TCGTCCTACGTGTTGT--AGTT-AACCTTGCGATCTCT-CACTGGTCGGCTCCC-AGTTCCC--CACAA-A--T-TTT-----TTCT-ATGCGA-CAGTCTTT--T--ATCCAC-CATTT--C-T--TGTTTTC---T-GTGTTAT------TTGC------TGC-TTTCTTA--CATGTTA-ACT-ACA-TCT-----TGAA-CACTA---CA-CACTGT--GATTGTTTCTATCAT-A-----CCA-----------AG---------TTTAT-GG-ATGG----------------C-T-------CGTTCTGCTTCATTGTT-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGAGaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|15 : CAT-A-GGC-CCCCAGTGCGTCCCCTAGGGG-TC-CCCTACCTGG-TT--AGTTAAAA--TG-GG---CA-CTCCGATCGGCTCCCC-----CA--CACAA--------TAAAAATTCT-ATGCGTCCT-----T--T--A-CCAA-CATGC-AC-T--TG--TGT---T-GTGTGTT------TTTC------TAC-ATTGATGGCTATG-TA-A-T-AAAATGT-----A-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTC--AGTCAT-AC--C-ACC------TC---AAATTTATGG-TTTCT-GG-AAGG----------------C-T-------TGTATGCTTCCCTTA-T-------------T-TCT--------CAAATCG-TGTGTTCAATA--TTTAT--TCAAT--ggcgttttaaactcttattatcaaaaactttcaata
gi|7 : CAT-A-GGT-CCCCGG--TGT---------T-TC-TTCTACATGT-TT--AGTTAAAT--TG-GG---CA-CACCGGTCGGCTACCCAGCTACT--CAAAA-A--CATTT-----TTGT-AAGTGCATA-----T--T--A-CCAC-CATAT-AC-TAGTG--TTT---T-GTGTCA
gi|11 : aagccaaaaagtactagtaattgaaatagctgattttgcaagtgggattcacagttttataagattttggggccacacccacttcccaagtattgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaCAT-A-GGC-CCC-GG--TGT---------G-T--CCCTACGTGT-GT--AG-TTAAC--T--GA---CT-
gi|27 : ataaaagatgttgtcattttgcatggggtccacagatcaacaagaattgggccacattccaacgtcctaactagggtagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcaTACGTTG-GT--AGTTAAAC--TG------TTACACTGGTCCCCTACCCAG-TCCC--TACAA-A--a
gi|19 : CCAGTTCCC--CACAA-ATTT-TTT-----TTCT-ATGGAACCA-----T--T--A-CCTCACATTT-ATAC--TG--TTG---TCGTGTTTT------TT--------TGT-TTCCTTA--CATG-TA-A-TAAAA-TCT-----T-AA-CACTA---AA----TGT--G-TTGTT---ATCAT-AC--C----------------A---------GTTTT-GG-ATGGGCCGAGTACTCTTTTAC-T-------TG--------------T-------------T-TCT----------AATCA-TGGGTTC--TC--TTTAT--TCAAT--ACTTaaattt
gi|17 : GTTTCCAGCACAACA--T-TGT-----TCTT-ATGCGACCA-----T--TTAA-CCAC-CATTTTAC-T--GG--TTAGGGT-GTGCTATACTCACTTTCGCTTAATGC-TTTCA-G--CATG-TC-A---AAA-TCT-----TTAA-CCATATCTCACT-CTGTCTG-TCGT---GATCATGAT--C-CCA------TC---AAAATA-----TATTT-GATATGC----------------C-TATGATTGTG--------------T-------------TCTCT--------CAA-TCAATGGGTTC--TCTTTTTATCATCAATTAAATTc
gi|23 : gATG-TATG-T-AAA-----------AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTC--AGT-AT-TT--A-TCA------CC---AAGAATTCTGGTTTCT-GG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--aa
gi|22 : tgtgataaaATG-TATG-T-AAA-----------AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTC--AGT-AT-TT--A-TCA------CC---AAGAATTCTGGTTTCT-GG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|25 : tgtgataaaATG-TG-A-T-AAA-TATGGTTGT-AAACCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTC--AGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAAG---------TTTTC-GT-ATGG----------------T-T-------T
gi|24 : ATG-TG-A-T-AAA-TATGGTTGT-AAACCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTC--AGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAAG---------TTTTC-GT-ATGG----------------T-T-------Tctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|21 : -AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTC--AGTCAT-AT--CACCAAGAATTTCT--GG---------TTTCT-GG-ATAG----------------C-T-------TGTATGCTGCCTTA--T-------------T-TCA--------CAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--AActgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|26 : gataaaatgtatgtaAT-AC--C-CCA-------C---AA---------GTTTT-GG-ATGG----------------C-T-------TG--------------TCTGTTTCACTTGCT-TCT--------CAAGTCA-TAGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
gi|5 : ---------TTTTT-GG-ATG-----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTC--TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AAT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTAGCAGGCTCTGCAGAGCACTTAAGGCAGCCTTCGAAGACGAAATACAGAGCGACTTGGACCAAGTGATTGACTCTGGGGTTGTTTATTATATACTGCACATTGTGTATAAAGAACCCACTGGGCTTATGTTTTTAGGATTTTACAGTTAGAGGCAGACCTCGAGAAGGGGTATGTATACAGTTTCAGCTTGGCTAGTTAGAGTTACAAAACAACCAAAGATTTCATATAATTAGTTTTTTCGTGTTTATCTGCTCCCCTGATCGCATTTTTCTGGGG
Unaligned ( gi|18 ): ACAATTGGACAAATGTGAACAATTGGACATATGTGAACAATGGGACATCTATATTCTCACATACATGTATAGCTGGACTTCGAACTCATGGTTATGAATTAAGGTTTCCAGTTAGGGACGACCTAGAAATAGGAGCATGTCTAGATTGCAATTAGGCTAGAGTTGCAATTAGCGTTGCAGTCATGCTTAGGGCTACAGCTATCAACACTTC
Alignments
lowQualScore : 111 1111 1111 111 111111 22222222222222 11111111111 222222 11111 11111 11 1111 2222222222222222 3333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 55 2 2 33 33 2 000 0000 2 1111 3 111 3 6666 33 2 111111 3 6 1 6 6 6 4 6 6 44444444444444 77 66666666666 0 1 7 2 66 777777 44444 5 0 44444 77 77 5 5 5 5 99 77 1111 5 2222222222222222 6 99 4 99999 1111111111 8 777 555 55 4 0 4 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 1 66 66 55 66
lowQualScore : . .. . . .. .. . ... .... . .... . ... . .... .. . ...... . . . . . . . . . .............. .. ........... . . . . .. ...... ..... . . ..... .. .. . . . . .. .. .... . ................ . .. . ..... .......... . ... ... .. . . . . ............................................................................................................... . . .. .. .. ..
lowQualScore : 2 44 9 9 99 99 9 999 0000 9 7777 8 333 8 1111 99 9 111111 1 2 0 7 7 7 2 7 7 44444444444444 99 66666666666 7 0 9 0 99 666666 33333 7 7 33333 99 99 7 7 7 7 33 99 7777 7 3333333333333333 7 22 0 99999 3333333333 0 000 444 55 0 7 1 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 6 11 11 66 11
consensus : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTG---------T-G--T--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-A--T-TTT-----TTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAATCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
Reference ( family-1799 ) : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---NT-CCTA-AC-TAAGGGNCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGTG-TC-CCCTACGTG---------T-G--T--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-A--T-TTT-----TTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAATCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
gi|1 : AGTAGTTGAAA--G-TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCTA-AC-TAAGG
gi|10 : ccaccacacccacagtcgccccatgtatttgtgtagttgttgtgtaactagttaaatcatggtgtcttctctttcctatgtttccagagttttcgcagatgcatttacaagtcaggactcatagtataagtcactaaaagagcagtcctgagacaaatcagaatacattggattatgtgttaattggataagctcgatcttgggaacgttatatcctccattcgtgcaatgaagcctggagcttagtgttaggtttttcgatatttaggcaaactcataagaagagagaataggggtaactgtactaggttgctagctttttgcatattacgggctactacaatatcacaggcatttactcatattaaattttttaggttattatcctcacttgtcgcaattttctgggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtggtgtattgtgtaggctaaaAGTAGTTTGAA-AG-TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GT-GGGT-CCACAG--C-TC-ACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCa
gi|11 : ggtcggactgtatatctcgatcctggtatgctgtagctcatgcatcagtgtgtagtcttatactatatgtaaaatttatgtgggggacattataaaataatgtctgtggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatctactgttgtgtattgtgtaggctaaaagctaaaAAA-AGATG-TTGTCATT--T-T-G-CA------TGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--ATT-GGG----CCACATTCCAA-C---GT-CCTA-AC-TAGGGaa
gi|11 : atCAT-A-GGC-CCC-GGTGTG-TC-CC-TACGTG---------T-G--T--AGTT-AACT---GA---CT-tagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcacataggccccggtgtgtccctacgtgtgtagttaactgacta
gi|12 : ataaaagatgttgtcattttgcatggggtccacagatcaacaagaattgggccacattccaacgtcctaactagggtagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcaAGTAGTGGAAA----TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GCGGGGT-CCACAGTCT-TTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGa
gi|13 : aagtttcttaatatatcgtagaagtagttttaggcagtgggggacttaaaatatggtccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtCAT-AAGGCATCCCGGTACG-TCGTCCTACGTG---------TTG--T--AGTTAACCTTGCGATCTCT-CACTGGTCGGCTCCC-AGTTCCC--CACAA-A--T-TTT-----TTCT-ATGCGA-CAGTCTTT--T--ATCCAC-CATTT--C-T--TGTTTTC---T-GTGTTAT------TTGC------TGC-TTTCTTA--CATGTTA-ACT-ACATCT-----TGAA-CACTA---CA-CACTGT--GATTGTT--TC-T-AT--C-ATA------CC---AA---------GTTTATGG-ATGG----------------C-T-------CGTTCTGCTTCATTGTT-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGAGa
gi|15 : CAT-A-GGC-CCCCAGTGCG-TC-CCCTAGGGGTCCCCTACCT-GGTT--AGTTAAAAT-G-GG---CA-CTCCGATCGGCTCCC-----CCA--CACAA--------TAAAAATTCT-ATGCGTCCT-----T--T--A-CCAA-CATGC-AC-T--TG--TGT---T-GTGTGTT------TTTC------TAC-ATTGATGGCTATG-TA-A-TAAAATGT-----A-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AC--C-ACC------TC---AAATTTATGG-TTTC-TGG-AAGG----------------C-T-------TGTATGCTTCCCTTA-T-------------T-TCT--------CAAATCG-TGTGTTCAATA--TTTAT--TCAAT--ggcgttttaaactcttattatcaaaaactttcaata
gi|16 : AGTAGTGGAAA----TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GCGGGGT-CCACAGTCT-TTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGATC
gi|17 : tctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtGTTTCCAGCACAACA--T-TGT-----TCTT-ATGCGACCA-----T--TTAA-CCAC-CATTTTAC-T--GG--TTAGGGT-GTGCTATACTCACTTTCGCTTAATGC-TTTCA-G--CATG-TC-A---AAATCT-----TTAA-CCATATCTCACT-CTGTCTG-TCGTGA-TCATGAT--C-CCA------TC---AAAATA-----TATT-TGATATGC----------------C-TATGATTGTG--------------T-------------TCTCT--------CAA-TCAATGGGTTC--TCTTTTTATCATCAATTAAATTcgggatgctaaaatcacctctttaacggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagt
gi|19 : gCCAGTTCCC--CACAA-ATTT-TTT-----TTCT-ATGGAACCA-----T--T--A-CCTCACATTT-ATAC--TG--TTG---TCGTGTTTT------TT--------TGT-TTCCTTA--CATG-TA-A-TAAAATCT-----T-AA-CACTA---AA----TGT--G-TTGTTA-TCAT-AC--C----------------A---------GTTT-TGG-ATGGGCCGAGTACTCTTTTAC-T-------TG--------------T-------------T-TCT----------AATCA-TGGGTTC--TC--TTTAT--TCAAT--ACTTaa
gi|2 : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-TCC-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGc
gi|20 : ccacccacccaccctattttttatttttgtgtgttgtgtgttgtaacagtttactgctgtctttttctttctattccagggtgttcagatgcattttatgcaggcctctgcagagcactaaagcagccttgagacgaaatcggaccattggactatgcgtttaattggacaaagtgattctatgggacattgttatctcccatttcgtgttaaaatgaaccctgggcgataggtgttaggtttcattttaggcaacctagagataggcgtatgtctaggtttgcagctaggctagttagggctacaacaatcagcatttcataaattagtatttttgtattatctccctgtcgcattttttctggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgttgtgttattgtgtaggctaaaagcctaacAGTAGTTTGAA-AG-TGCTTGT--TT--T-T-G-CAAAGTCGTGGG-T-CCACAG--AATCAACAAGA--TCTGGGG----CCACAGCC--A-C---GT-CCTA-A--TAAGGGtt
gi|21 : tcttactgttgtggtattgtgtgtagggctaaaagccat-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--CACCAAGAATTTCT--GG---------TTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TGTATGCTGCCTTA--T-------------T-TCA--------CAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--AAg
gi|22 : gataaaatgtatgtaATG-TATG-T-AAA----------AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGT-AT-TT--A-TCA------CC---AAGAATTCTGGTTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|23 : tgtgataaaATG-TATG-T-AAA----------AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGT-AT-TT--A-TCA------CC---AAGAATTCTGGTTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|24 : tgtgataaaATG-TG-A-T-AAATATGGTTGT-AAACCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAAG---------TTTT-CGT-ATGG----------------T-T-------T
gi|25 : ATG-TG-A-T-AAATATGGTTGT-AAACCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAAG---------TTTT-CGT-ATGG----------------T-T-------Tctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|26 : AT-AC--C-CCA-------C---AA---------GTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------TCTGTTTCACTTGCT-TCT--------CAAGTCA-TAGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|27 : TACGTT---------G-G--T--AGTTAAACT-G------TTACACTGGTCCCCTACCCAG-TCCC--TACAA-A--
gi|3 : AGTAGATGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-G-CAA----GTGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--TCTGGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGGCGaaattt
gi|4 : TAGT-GAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-TGCAA----GTGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--TCTGGGG----CCACATCT--A-----GT-CCTA-AC-TAAGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcataggcccccggcgtgttccctacgtgtgtagtttaactggactcactggtcggctccccagttccccacaaactttttctatgcgaccattaccaccatttacttgttctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatcttaaccctacatctgtgttgttaatcataccccatcaatttttgaatggcttgtttctcaagtcatgggttctctttatctcaataatt
gi|4 : GCAT-A-GGC-CCCCGGTG-G-TT-CCCTACGTG---------T-G--T--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACTG-TTGGCTCC--AGTTCCC--CACAA-AATT-TTT-----TTCTTATGCGACCA-----TAAT--A-CCAC-CATTT-AC-TG-TG--TGC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAAT-T-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTG---G-TTGT-AATCAT-AC--C-CCA------TC---AT---------TTTT-TGGAATGG----------------CTT-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAGGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgcataggcccccggtggttccctacgtgtgtagttaaactggactcactgttggctccagttccccacaaaatttttttcttatgcgaccataataccaccatttactgtgtgctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatttaaccctacatctggttgtaatcataccccatcattttttggaatggctttgtttctcaggtcatgggttctctttatctcaataatta
gi|5 : tagtgaaaagtgttgttttttgcaagtggggtccacagatcaacaagatctggggccacatctagtcctaactaagggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-TCC-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGa
gi|5 : GCATTA-GGC-CCCCGGTGTGCTT-CCCTACGTG---------T-G--TGTAGTTAAACT-G-GA---CTTCACTGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--GACAA-A--AATTT-----TTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCTC-CATTT-AC-TG-TG--TTC---T-GTGTTA-------TTCC------TGCTTTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAATCT-----ttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|5 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc---------TTTT-TGG-ATG-----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTC--TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|6 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaatAGCAGT-GTAA-AG-TG-TTAT--TT--G-T-T-TAA----TTGGGGT-TAACAG--T-GTCACAAGC--GCTAGGGCGGCCCACATCC--A-C---GG-CTCA-AA-TAAGGGTCGaa
gi|7 : catagtttgatccattcttgtgtggatatgaacgttttgctacatattgacctttgatttttggtcccatgtgcttcggtgttacgaattgttgtcagcgtttttatatgctcatgacatatacctaatcccctcgtttagtattttttcgtgtcttataaaatttgtgcgggggtattaattctagtgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagtatttgtatggagatggctacatataaaaatcaatcAGTAATTGAAATAG-C---TGA--TT--T-T-G-CAA----GTGGGAT-TCACAG--T-TTTATAAGAT-TTTGGGG----CCACACCC--A-C---TT-CCCA-AG-TA
gi|7 : aagccaaaaagtactCAT-A-GGT-CCCCGGTGTT-TC-TTCTACATG---------T-T--T--AGTTAAATT-G-GG---CA-CACCGGTCGGCTACCCAGCTACT--CAAAA-A--CATTT-----TTGT-AAGTGCATA-----T--T--A-CCAC-CATAT-AC-TAGTG--TTT---T-GTGTCAttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacataggtccccggtgtttcttctacatgtttagttaaattgggcacaccggtcggctacccagctactcaaaaacatttttgtaagtgcatattaccaccatatactagtgttttgtgtca
gi|8 : aagccaaaaagtactagtaattgaaatagctgattttgcaagtgggattcacagttttataagattttggggccacacccacttcccaagtattgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaA-AG-GG-TTGT--TT--TGT-T-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-GTAACAAGC--GCTGGGG----CCACATCC--A-C---GG-CCCA-GC--AAGGG
gi|9 : cctgtgcagatatgaacattctgttccttgctagtttgaactgttcaatttggtaccttgtttgtgttttgttctatcctatgtgatttgttcattcccccttattgtgtcatataaaatttgtgtgtgggggacattattcatatgttattcataatgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagcatggctaaaagccaatagttttgtcAGTAGTTGAAA-GT-TG-T-GT--TTATT-T-G-CAAAA--GTGGGGTTCCACAG--G-ACAGCAAGA--TT-GGGG----CCACATCC--AGC---GT-CCTACAC-TAAGt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTAGCAGGCTCTGCAGAGCACTTAAGGCAGCCTTCGAAGACGAAATACAGAGCGACTTGGACCAAGTGATTGACTCTGGGGTTGTTTATTATATACTGCACATTGTGTATAAAGAACCCACTGGGCTTATGTTTTTAGGATTTTACAGTTAGAGGCAGACCTCGAGAAGGGGTATGTATACAGTTTCAGCTTGGCTAGTTAGAGTTACAAAACAACCAAAGATTTCATATAATTAGTTTTTTCGTGTTTATCTGCTCCCCTGATCGCATTTTTCTGGGG
Unaligned ( gi|18 ): ACAATTGGACAAATGTGAACAATTGGACATATGTGAACAATGGGACATCTATATTCTCACATACATGTATAGCTGGACTTCGAACTCATGGTTATGAATTAAGGTTTCCAGTTAGGGACGACCTAGAAATAGGAGCATGTCTAGATTGCAATTAGGCTAGAGTTGCAATTAGCGTTGCAGTCATGCTTAGGGCTACAGCTATCAACACTTC
Alignments
lowQualScore : 111 1111 1111 111 111111 3333333333 11 11111111111 3333333333 11111 11 1111 2222222222222222 33333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 55 2 2 33 33 2 000 0000 2 1111 3 111 3 6666 33 2 222222 3 6 6 6 6 777 6 0000000000 33 66666666666 0 1 0 2 66 0000000000 1 5 0 44444 77 77 5 5 5 5 99 77 1111 5 2222222222222222 6 99 4 8 4 4 55555555555 8 777 555 55 4 0 4 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 1 66 66 55 66
lowQualScore : . .. . . .. .. . ... .... . .... . ... . .... .. . ...... . . . . . ... . .......... .. ........... . . . . .. .......... . . . ..... .. .. . . . . .. .. .... . ................ . .. . . . . ........... . ... ... .. . . . . ............................................................................................................... . . .. .. .. ..
lowQualScore : 2 44 9 9 99 99 9 999 0000 9 7777 8 333 8 1111 99 9 666666 1 2 7 7 7 222 7 7777777777 66 66666666666 7 0 7 0 99 5555555555 4 7 7 33333 99 99 7 7 7 7 33 99 7777 7 3333333333333333 7 22 0 0 0 0 33333333333 0 000 444 55 0 7 1 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 6 11 11 66 11
consensus : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-----A--T-TTTTTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
Reference ( family-1799 ) : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-----A--T-TTTTTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
gi|1 : AGTAGTTGAAA--G-TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCTA-AC-TAAGG
gi|10 : ccaccacacccacagtcgccccatgtatttgtgtagttgttgtgtaactagttaaatcatggtgtcttctctttcctatgtttccagagttttcgcagatgcatttacaagtcaggactcatagtataagtcactaaaagagcagtcctgagacaaatcagaatacattggattatgtgttaattggataagctcgatcttgggaacgttatatcctccattcgtgcaatgaagcctggagcttagtgttaggtttttcgatatttaggcaaactcataagaagagagaataggggtaactgtactaggttgctagctttttgcatattacgggctactacaatatcacaggcatttactcatattaaattttttaggttattatcctcacttgtcgcaattttctgggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtggtgtattgtgtaggctaaaAGTAGTTTGAA-AG-TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GT-GGGT-CCACAG--C-TC-ACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCa
gi|11 : ggtcggactgtatatctcgatcctggtatgctgtagctcatgcatcagtgtgtagtcttatactatatgtaaaatttatgtgggggacattataaaataatgtctgtggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatctactgttgtgtattgtgtaggctaaaagctaaaAAA-AGATG-TTGTCATT--T-T-G-CA------TGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--ATT-GGG----CCACATTCCAA-C---GT-CCTA-AC-TAGGGaa
gi|11 : atCAT-A-GGC-CCC-GGTGTG-TC-CC-TACGTGT----------GT--AGTT-AACT---GA---CT-tagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcacataggccccggtgtgtccctacgtgtgtagttaactgacta
gi|12 : ataaaagatgttgtcattttgcatggggtccacagatcaacaagaattgggccacattccaacgtcctaactagggtagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcaAGTAGTGGAAA----TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GCGGGGT-CCACAGTCT-TTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGa
gi|13 : aagtttcttaatatatcgtagaagtagttttaggcagtgggggacttaaaatatggtccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtCAT-AAGGCATCCCGGTACG-TCGTCCTACGTGTT---------GT--AGTTAACCTTGCGATCTCT-CACTGGTCGGCTCCC-AGTTCCC--CACAA-----A--T-TTTTTCT-ATGCGA-CAGTCTTT--T--ATCCAC-CATTT--C-T--TGTTTTC---T-GTGTTAT------TTGC------TGC-TTTCTTA--CATGTTA-ACT-ACA-TCT-----TGAA-CACTA---CA-CACTGT--GATTGTT--TC-T-AT--C-ATA------CC---AA---------GTTTATGG-ATGG----------------C-T-------CGTTCTGCTTCATTGTT-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGAGa
gi|15 : CAT-A-GGC-CCCCAGTGCG-TC-CCCTAGGGGTCCCCTACCTGGTT-AGTTAAAAT-G-GG---CA-CTCCGATCGGCTCCCC-----CA--CACAATAAAAA--T-T----CT-ATGCGTCCT-----T--T--A-CCAA-CATGC-AC-T--TG--TGT---T-GTGTGTT------TTTC------TAC-ATTGATGGCTATG-TA-A-T-AAAATGT-----A-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AC--C-ACC------TC---AAATTTATGG-TTTC-TGG-AAGG----------------C-T-------TGTATGCTTCCCTTA-T-------------T-TCT--------CAAATCG-TGTGTTCAATA--TTTAT--TCAAT--ggcgttttaaactcttattatcaaaaactttcaata
gi|16 : AGTAGTGGAAA----TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GCGGGGT-CCACAGTCT-TTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGATC
gi|17 : tctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtGTTTCCAGCACAAC----A--T-TGTTCTT-ATGCGACCA-----T--TTAA-CCAC-CATTTTAC-T--GG--TTAGGGT-GTGCTATACTCACTTTCGCTTAATGC-TTTCA-G--CATG-TC-A---AAA-TCT-----TTAA-CCATATCTCACT-CTGTCTG-TCGTGA-TCATGAT--C-CCA------TC---AAAATA-----TATT-TGATATGC----------------C-TATGATTGTG--------------T-------------TCTCT--------CAA-TCAATGGGTTC--TCTTTTTATCATCAATTAAATTcgggatgctaaaatcacctctttaacggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagt
gi|19 : gCCAGTTCCC--CACAA-----ATTT-TTTTTCT-ATGGAACCA-----T--T--A-CCTCACATTT-ATAC--TG--TTG---TCGTGTTTT------TT--------TGT-TTCCTTA--CATG-TA-A-TAAAA-TCT-----T-AA-CACTA---AA----TGT--G-TTGTTA-TCAT-AC--C----------------A---------GTTT-TGG-ATGGGCCGAGTACTCTTTTAC-T-------TG--------------T-------------T-TCT----------AATCA-TGGGTTC--TC--TTTAT--TCAAT--ACTTaa
gi|2 : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-TCC-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGTc
gi|20 : ccacccacccaccctattttttatttttgtgtgttgtgtgttgtaacagtttactgctgtctttttctttctattccagggtgttcagatgcattttatgcaggcctctgcagagcactaaagcagccttgagacgaaatcggaccattggactatgcgtttaattggacaaagtgattctatgggacattgttatctcccatttcgtgttaaaatgaaccctgggcgataggtgttaggtttcattttaggcaacctagagataggcgtatgtctaggtttgcagctaggctagttagggctacaacaatcagcatttcataaattagtatttttgtattatctccctgtcgcattttttctggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgttgtgttattgtgtaggctaaaagcctaacAGTAGTTTGAA-AG-TGCTTGT--TT--T-T-G-CAAAGTCGTGGG-T-CCACAG--AATCAACAAGA--TCTGGGG----CCACAGCC--A-C---GT-CCTA-A--TAAGGGt
gi|21 : tcttactgttgtggtattgtgtgtagggctaaaagccat-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--CACCAAGAATTTCT--GG---------TTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TGTATGCTGCCTTA--T-------------T-TCA--------CAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--AAg
gi|22 : gataaaatgtatgtaATG-TATG-T-AAA-----------AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGT-AT-TT--A-TCA------CC---AAGAATTCTGGTTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|23 : tgtgataaaATG-TATG-T-AAA-----------AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGT-AT-TT--A-TCA------CC---AAGAATTCTGGTTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|24 : tgtgataaaATG-TG-A-T-AAA-TATGGTTGT-AAACCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAAG---------TTTT-CGT-ATGG----------------T-T-------T
gi|25 : ATG-TG-A-T-AAA-TATGGTTGT-AAACCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAAG---------TTTT-CGT-ATGG----------------T-T-------Tctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|26 : AT-AC--C-CCA-------C---AA---------GTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------TCTGTTTCACTTGCT-TCT--------CAAGTCA-TAGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|27 : TACGTTG----------GT--AGTTAAACT-G------TTACACTGGTCCCCTACCCAG-TCCC--TACAA-----A--
gi|3 : AGTAGATGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-G-CAA----GTGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--TCTGGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGGCGaaattt
gi|4 : TAGT-GAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-TGCAA----GTGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--TCTGGGG----CCACATCT--A-----GT-CCTA-AC-TAAGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcataggcccccggcgtgttccctacgtgtgtagtttaactggactcactggtcggctccccagttccccacaaactttttctatgcgaccattaccaccatttacttgttctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatcttaaccctacatctgtgttgttaatcataccccatcaatttttgaatggcttgtttctcaagtcatgggttctctttatctcaataatt
gi|4 : GCAT-A-GGC-CCCCGGTG-G-TT-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACTG-TTGGCTCC--AGTTCCC--CACAA-----AATT-TTTTTCTTATGCGACCA-----TAAT--A-CCAC-CATTT-AC-TG-TG--TGC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-T-T-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTG---G-TTGT-AATCAT-AC--C-CCA------TC---AT---------TTTT-TGGAATGG----------------CTT-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAGGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgcataggcccccggtggttccctacgtgtgtagttaaactggactcactgttggctccagttccccacaaaatttttttcttatgcgaccataataccaccatttactgtgtgctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatttaaccctacatctggttgtaatcataccccatcattttttggaatggctttgtttctcaggtcatgggttctctttatctcaataatta
gi|5 : tagtgaaaagtgttgttttttgcaagtggggtccacagatcaacaagatctggggccacatctagtcctaactaagggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-TCC-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGTa
gi|5 : GCATTA-GGC-CCCCGGTGTGCTT-CCCTACGTGT----------GTGTAGTTAAACT-G-GA---CTTCACTGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--GACAA-----A--AATTTTTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCTC-CATTT-AC-TG-TG--TTC---T-GTGTTA-------TTCC------TGCTTTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----tcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|5 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc---------TTTT-TGG-ATG-----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTC--TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|6 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaatAGCAGT-GTAA-AG-TG-TTAT--TT--G-T-T-TAA----TTGGGGT-TAACAG--T-GTCACAAGC--GCTAGGGCGGCCCACATCC--A-C---GG-CTCA-AA-TAAGGGTCGaa
gi|7 : catagtttgatccattcttgtgtggatatgaacgttttgctacatattgacctttgatttttggtcccatgtgcttcggtgttacgaattgttgtcagcgtttttatatgctcatgacatatacctaatcccctcgtttagtattttttcgtgtcttataaaatttgtgcgggggtattaattctagtgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagtatttgtatggagatggctacatataaaaatcaatcAGTAATTGAAATAG-C---TGA--TT--T-T-G-CAA----GTGGGAT-TCACAG--T-TTTATAAGAT-TTTGGGG----CCACACCC--A-C---TT-CCCA-AG-TA
gi|7 : aagccaaaaagtactCAT-A-GGT-CCCCGGTGTT-TC-TTCTACATGT----------TT--AGTTAAATT-G-GG---CA-CACCGGTCGGCTACCCAGCTACT--CAAAA-----A--CATTTTTGT-AAGTGCATA-----T--T--A-CCAC-CATAT-AC-TAGTG--TTT---T-GTGTCAttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacataggtccccggtgtttcttctacatgtttagttaaattgggcacaccggtcggctacccagctactcaaaaacatttttgtaagtgcatattaccaccatatactagtgttttgtgtca
gi|8 : aagccaaaaagtactagtaattgaaatagctgattttgcaagtgggattcacagttttataagattttggggccacacccacttcccaagtattgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaA-AG-GG-TTGT--TT--TGT-T-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-GTAACAAGC--GCTGGGG----CCACATCC--A-C---GG-CCCA-GC--AAGGGT
gi|9 : cctgtgcagatatgaacattctgttccttgctagtttgaactgttcaatttggtaccttgtttgtgttttgttctatcctatgtgatttgttcattcccccttattgtgtcatataaaatttgtgtgtgggggacattattcatatgttattcataatgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagcatggctaaaagccaatagttttgtcAGTAGTTGAAA-GT-TG-T-GT--TTATT-T-G-CAAAA--GTGGGGTTCCACAG--G-ACAGCAAGA--TT-GGGG----CCACATCC--AGC---GT-CCTACAC-TAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTAGCAGGCTCTGCAGAGCACTTAAGGCAGCCTTCGAAGACGAAATACAGAGCGACTTGGACCAAGTGATTGACTCTGGGGTTGTTTATTATATACTGCACATTGTGTATAAAGAACCCACTGGGCTTATGTTTTTAGGATTTTACAGTTAGAGGCAGACCTCGAGAAGGGGTATGTATACAGTTTCAGCTTGGCTAGTTAGAGTTACAAAACAACCAAAGATTTCATATAATTAGTTTTTTCGTGTTTATCTGCTCCCCTGATCGCATTTTTCTGGGG
Unaligned ( gi|18 ): ACAATTGGACAAATGTGAACAATTGGACATATGTGAACAATGGGACATCTATATTCTCACATACATGTATAGCTGGACTTCGAACTCATGGTTATGAATTAAGGTTTCCAGTTAGGGACGACCTAGAAATAGGAGCATGTCTAGATTGCAATTAGGCTAGAGTTGCAATTAGCGTTGCAGTCATGCTTAGGGCTACAGCTATCAACACTTC
Alignments
lowQualScore : 111 1111 1111 111 111111 3333333333 11 11111111111 3333333333 11111 11 1111 2222222222222222 33333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 55 2 2 33 33 2 000 0000 2 1111 3 111 3 6666 33 2 222222 3 6 6 6 6 777 6 0000000000 33 66666666666 0 1 0 2 66 0000000000 1 5 0 44444 77 77 5 5 5 5 99 77 1111 5 2222222222222222 6 99 4 8 4 4 55555555555 8 777 555 55 4 0 4 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 1 66 66 55 66
lowQualScore : . .. . . .. .. . ... .... . .... . ... . .... .. . ...... . . . . . ... . .......... .. ........... . . . . .. .......... . . . ..... .. .. . . . . .. .. .... . ................ . .. . . . . ........... . ... ... .. . . . . ............................................................................................................... . . .. .. .. ..
lowQualScore : 2 44 9 9 99 99 9 999 0000 9 7777 8 333 8 1111 99 9 666666 1 2 7 7 7 222 7 7777777777 66 66666666666 7 0 7 0 99 5555555555 4 7 7 33333 99 99 7 7 7 7 33 99 7777 7 3333333333333333 7 22 0 0 0 0 33333333333 0 000 444 55 0 7 1 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 6 11 11 66 11
consensus : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-----A--T-TTTTTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
Reference ( family-1799 ) : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-----A--T-TTTTTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
gi|1 : AGTAGTTGAAA--G-TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCTA-AC-TAAGG
gi|10 : ccaccacacccacagtcgccccatgtatttgtgtagttgttgtgtaactagttaaatcatggtgtcttctctttcctatgtttccagagttttcgcagatgcatttacaagtcaggactcatagtataagtcactaaaagagcagtcctgagacaaatcagaatacattggattatgtgttaattggataagctcgatcttgggaacgttatatcctccattcgtgcaatgaagcctggagcttagtgttaggtttttcgatatttaggcaaactcataagaagagagaataggggtaactgtactaggttgctagctttttgcatattacgggctactacaatatcacaggcatttactcatattaaattttttaggttattatcctcacttgtcgcaattttctgggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtggtgtattgtgtaggctaaaAGTAGTTTGAA-AG-TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GT-GGGT-CCACAG--C-TC-ACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCa
gi|11 : ggtcggactgtatatctcgatcctggtatgctgtagctcatgcatcagtgtgtagtcttatactatatgtaaaatttatgtgggggacattataaaataatgtctgtggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatctactgttgtgtattgtgtaggctaaaagctaaaAAA-AGATG-TTGTCATT--T-T-G-CA------TGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--ATT-GGG----CCACATTCCAA-C---GT-CCTA-AC-TAGGGaa
gi|11 : atCAT-A-GGC-CCC-GGTGTG-TC-CC-TACGTGT----------GT--AGTT-AACT---GA---CT-tagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcacataggccccggtgtgtccctacgtgtgtagttaactgacta
gi|12 : ataaaagatgttgtcattttgcatggggtccacagatcaacaagaattgggccacattccaacgtcctaactagggtagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcaAGTAGTGGAAA----TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GCGGGGT-CCACAGTCT-TTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGa
gi|13 : aagtttcttaatatatcgtagaagtagttttaggcagtgggggacttaaaatatggtccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtCAT-AAGGCATCCCGGTACG-TCGTCCTACGTGTT---------GT--AGTTAACCTTGCGATCTCT-CACTGGTCGGCTCCC-AGTTCCC--CACAA-----A--T-TTTTTCT-ATGCGA-CAGTCTTT--T--ATCCAC-CATTT--C-T--TGTTTTC---T-GTGTTAT------TTGC------TGC-TTTCTTA--CATGTTA-ACT-ACA-TCT-----TGAA-CACTA---CA-CACTGT--GATTGTT--TC-T-AT--C-ATA------CC---AA---------GTTTATGG-ATGG----------------C-T-------CGTTCTGCTTCATTGTT-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGAGa
gi|15 : CAT-A-GGC-CCCCAGTGCG-TC-CCCTAGGGGTCCCCTACCTGGTT-AGTTAAAAT-G-GG---CA-CTCCGATCGGCTCCCC-----CA--CACAATAAAAA--T-T----CT-ATGCGTCCT-----T--T--A-CCAA-CATGC-AC-T--TG--TGT---T-GTGTGTT------TTTC------TAC-ATTGATGGCTATG-TA-A-T-AAAATGT-----A-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AC--C-ACC------TC---AAATTTATGG-TTTC-TGG-AAGG----------------C-T-------TGTATGCTTCCCTTA-T-------------T-TCT--------CAAATCG-TGTGTTCAATA--TTTAT--TCAAT--ggcgttttaaactcttattatcaaaaactttcaata
gi|16 : AGTAGTGGAAA----TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GCGGGGT-CCACAGTCT-TTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGATC
gi|17 : tctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtGTTTCCAGCACAAC----A--T-TGTTCTT-ATGCGACCA-----T--TTAA-CCAC-CATTTTAC-T--GG--TTAGGGT-GTGCTATACTCACTTTCGCTTAATGC-TTTCA-G--CATG-TC-A---AAA-TCT-----TTAA-CCATATCTCACT-CTGTCTG-TCGTGA-TCATGAT--C-CCA------TC---AAAATA-----TATT-TGATATGC----------------C-TATGATTGTG--------------T-------------TCTCT--------CAA-TCAATGGGTTC--TCTTTTTATCATCAATTAAATTcgggatgctaaaatcacctctttaacggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagt
gi|19 : gCCAGTTCCC--CACAA-----ATTT-TTTTTCT-ATGGAACCA-----T--T--A-CCTCACATTT-ATAC--TG--TTG---TCGTGTTTT------TT--------TGT-TTCCTTA--CATG-TA-A-TAAAA-TCT-----T-AA-CACTA---AA----TGT--G-TTGTTA-TCAT-AC--C----------------A---------GTTT-TGG-ATGGGCCGAGTACTCTTTTAC-T-------TG--------------T-------------T-TCT----------AATCA-TGGGTTC--TC--TTTAT--TCAAT--ACTTaa
gi|2 : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-TCC-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGTc
gi|20 : ccacccacccaccctattttttatttttgtgtgttgtgtgttgtaacagtttactgctgtctttttctttctattccagggtgttcagatgcattttatgcaggcctctgcagagcactaaagcagccttgagacgaaatcggaccattggactatgcgtttaattggacaaagtgattctatgggacattgttatctcccatttcgtgttaaaatgaaccctgggcgataggtgttaggtttcattttaggcaacctagagataggcgtatgtctaggtttgcagctaggctagttagggctacaacaatcagcatttcataaattagtatttttgtattatctccctgtcgcattttttctggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgttgtgttattgtgtaggctaaaagcctaacAGTAGTTTGAA-AG-TGCTTGT--TT--T-T-G-CAAAGTCGTGGG-T-CCACAG--AATCAACAAGA--TCTGGGG----CCACAGCC--A-C---GT-CCTA-A--TAAGGGt
gi|21 : tcttactgttgtggtattgtgtgtagggctaaaagccat-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--CACCAAGAATTTCT--GG---------TTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TGTATGCTGCCTTA--T-------------T-TCA--------CAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--AAg
gi|22 : gataaaatgtatgtaATG-TATG-T-AAA-----------AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGT-AT-TT--A-TCA------CC---AAGAATTCTGGTTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|23 : tgtgataaaATG-TATG-T-AAA-----------AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGT-AT-TT--A-TCA------CC---AAGAATTCTGGTTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTCA-GATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|24 : tgtgataaaATG-TG-A-T-AAA-TATGGTTGT-AAACCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAAG---------TTTT-CGT-ATGG----------------T-T-------T
gi|25 : ATG-TG-A-T-AAA-TATGGTTGT-AAACCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAAG---------TTTT-CGT-ATGG----------------T-T-------Tctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|26 : AT-AC--C-CCA-------C---AA---------GTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------TCTGTTTCACTTGCT-TCT--------CAAGTCA-TAGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|27 : TACGTTG----------GT--AGTTAAACT-G------TTACACTGGTCCCCTACCCAG-TCCC--TACAA-----A--
gi|3 : AGTAGATGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-G-CAA----GTGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--TCTGGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGGCGaaattt
gi|4 : TAGT-GAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-TGCAA----GTGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--TCTGGGG----CCACATCT--A-----GT-CCTA-AC-TAAGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcataggcccccggcgtgttccctacgtgtgtagtttaactggactcactggtcggctccccagttccccacaaactttttctatgcgaccattaccaccatttacttgttctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatcttaaccctacatctgtgttgttaatcataccccatcaatttttgaatggcttgtttctcaagtcatgggttctctttatctcaataatt
gi|4 : GCAT-A-GGC-CCCCGGTG-G-TT-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACTG-TTGGCTCC--AGTTCCC--CACAA-----AATT-TTTTTCTTATGCGACCA-----TAAT--A-CCAC-CATTT-AC-TG-TG--TGC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-T-T-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTG---G-TTGT-AATCAT-AC--C-CCA------TC---AT---------TTTT-TGGAATGG----------------CTT-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAGGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgcataggcccccggtggttccctacgtgtgtagttaaactggactcactgttggctccagttccccacaaaatttttttcttatgcgaccataataccaccatttactgtgtgctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatttaaccctacatctggttgtaatcataccccatcattttttggaatggctttgtttctcaggtcatgggttctctttatctcaataatta
gi|5 : tagtgaaaagtgttgttttttgcaagtggggtccacagatcaacaagatctggggccacatctagtcctaactaagggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-TCC-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGTa
gi|5 : GCATTA-GGC-CCCCGGTGTGCTT-CCCTACGTGT----------GTGTAGTTAAACT-G-GA---CTTCACTGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--GACAA-----A--AATTTTTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCTC-CATTT-AC-TG-TG--TTC---T-GTGTTA-------TTCC------TGCTTTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----tcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|5 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc---------TTTT-TGG-ATG-----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTC--TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|6 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaatAGCAGT-GTAA-AG-TG-TTAT--TT--G-T-T-TAA----TTGGGGT-TAACAG--T-GTCACAAGC--GCTAGGGCGGCCCACATCC--A-C---GG-CTCA-AA-TAAGGGTCGaa
gi|7 : catagtttgatccattcttgtgtggatatgaacgttttgctacatattgacctttgatttttggtcccatgtgcttcggtgttacgaattgttgtcagcgtttttatatgctcatgacatatacctaatcccctcgtttagtattttttcgtgtcttataaaatttgtgcgggggtattaattctagtgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagtatttgtatggagatggctacatataaaaatcaatcAGTAATTGAAATAG-C---TGA--TT--T-T-G-CAA----GTGGGAT-TCACAG--T-TTTATAAGAT-TTTGGGG----CCACACCC--A-C---TT-CCCA-AG-TA
gi|7 : aagccaaaaagtactCAT-A-GGT-CCCCGGTGTT-TC-TTCTACATGT----------TT--AGTTAAATT-G-GG---CA-CACCGGTCGGCTACCCAGCTACT--CAAAA-----A--CATTTTTGT-AAGTGCATA-----T--T--A-CCAC-CATAT-AC-TAGTG--TTT---T-GTGTCAttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacataggtccccggtgtttcttctacatgtttagttaaattgggcacaccggtcggctacccagctactcaaaaacatttttgtaagtgcatattaccaccatatactagtgttttgtgtca
gi|8 : aagccaaaaagtactagtaattgaaatagctgattttgcaagtgggattcacagttttataagattttggggccacacccacttcccaagtattgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaA-AG-GG-TTGT--TT--TGT-T-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-GTAACAAGC--GCTGGGG----CCACATCC--A-C---GG-CCCA-GC--AAGGGT
gi|9 : cctgtgcagatatgaacattctgttccttgctagtttgaactgttcaatttggtaccttgtttgtgttttgttctatcctatgtgatttgttcattcccccttattgtgtcatataaaatttgtgtgtgggggacattattcatatgttattcataatgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagcatggctaaaagccaatagttttgtcAGTAGTTGAAA-GT-TG-T-GT--TTATT-T-G-CAAAA--GTGGGGTTCCACAG--G-ACAGCAAGA--TT-GGGG----CCACATCC--AGC---GT-CCTACAC-TAAG
blockSeqs : T TA A C CA AT G CC AGTC T TCT A ACT T CGGC CA G CTATT C A T A A TGC G CCCCTACCTG GT TGCGATCTCT A T AG TAAAAAT G T . AA TA . A T A AG . AGGG C ACTCACTTTCGCTTAA T GC . T . A TATGGTTGT A TCT CT CT . G G CACCTCAAATTTATGGTTTCTGGAAGGCTTGTATGCTTCCCTTATTTCT A T . TT CA TA
blockSeqs : G A . . . . . TG AA . TCT C ACT T . . . CTATT . A . . . CG . T T GGACTT G T . ATTT T . . . . . . . . G . T . TTTC . . . T . . TATGGTTGT A . T . . G . CACCAAGAATTTCTGGTTTCTGGATAGCTTGTATGCTGCCTTATTTCA . G . . C .
blockSeqs : G A . . . . . CC . . AA C TT T . . . TTC . . . . . CG . . . GGGCA G T . AATT T . . . . . . . . G . G . TTCC . . . . . . ATGTA . . T . . G . ATCACCAAGAATTCTGGTTTCTGGATAGCTTGTATGCTGCCTTACA . G . . C .
blockSeqs : T A . . . . . C . . C C C T . . . TTC . . . . . TT . . . GGACT G T . CAT T . . . . . . . . . . C . TTCC . . . . . . TCTTT . . T . . G . ATCACCAAGAATTCTGGTTTCTGGATAGCTTGTATGCTGCCTTACA . T . . C .
blockSeqs : T A . . . . . G . . A A A G . . . TT . . . . . G . . . GGGCA . C . AAA T . . . . . . . . . . C . TT . . . . . . TCTT . . T . . G . CCCATCAAAATATATTTGATATGCCTATGATTGTGTTCTCT . T . . C .
blockSeqs : T A . . . . . C . . C A C G . . . GT . . . . GTTA . . ACA . . . . . . . . . . . T . . . . . TTT . . T . . G . CCCACAAGTTTTGGATGGCTTGTCTGTTTCACTTGCTTCT . T . . C .
blockSeqs : T A . . . . . C . . A A C G . . . GT . . . . . . . . . . . T . . A . CAGTTTTGGATGGGCCGAGTACTCTTTTACTTGTTTCT . G . . C .
blockSeqs : T A . . . . . G . . A C T T . . . GT . . . . . . . . . T . . . . CCCATCATTTTTTGGAATGGCTTTGTTTCT . G . . . .
blockSeqs : T A . . . . . G . . C C T A . . . GT . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . A . . . . . T . . T T T G . . . GG . . .
blockSeqs : . G . . . . . G . . T A G G . . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . T . . C A G G . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . . G . . G . T . . . . GT
blockSeqCons : A* GGGCT****** AAT******* ***** ** TTT******** T** ** C*
originalCons : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACT-G-GA---CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA-----A--T-TTTTTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAA-TCT-----T-AA-CCCTA---CA-T-CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
finalCons : AGTAGTTGAAAA-G-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACTGGGCT------CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAAAAT-------TTTTTCT-ATGCGACCA-----T--T--A-CCAC-CATTT-AC-T--TG--TTC---T-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-T-AAATTT--------AA-CCCTA---CAT--CTGT--G-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---AA---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTCA-TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTAGCAGGCTCTGCAGAGCACTTAAGGCAGCCTTCGAAGACGAAATACAGAGCGACTTGGACCAAGTGATTGACTCTGGGGTTGTTTATTATATACTGCACATTGTGTATAAAGAACCCACTGGGCTTATGTTTTTAGGATTTTACAGTTAGAGGCAGACCTCGAGAAGGGGTATGTATACAGTTTCAGCTTGGCTAGTTAGAGTTACAAAACAACCAAAGATTTCATATAATTAGTTTTTTCGTGTTTATCTGCTCCCCTGATCGCATTTTTCTGGGG
Unaligned ( gi|18 ): ACAATTGGACAAATGTGAACAATTGGACATATGTGAACAATGGGACATCTATATTCTCACATACATGTATAGCTGGACTTCGAACTCATGGTTATGAATTAAGGTTTCCAGTTAGGGACGACCTAGAAATAGGAGCATGTCTAGATTGCAATTAGGCTAGAGTTGCAATTAGCGTTGCAGTCATGCTTAGGGCTACAGCTATCAACACTTC
Alignments
lowQualScore : 111 1111 1111 111 111111 2222222222 11 111111111 1111111 1111 11 1111 111111 111111 444444444444 11111 55555555555555555555555555 2222222222222222 1111111 7777777777777777777777777777 22222222
lowQualScore : 3 55 2 2 33 33 2 000 0000 2 1111 3 111 3 6666 33 2 222222 3 6 5 5 5 6 5 5 6666666666 11 0 666666666 1 0 66 5555555 0 66 7777 66 5 5 5 5 66 5555 5 666666 5 666666 5 1 77 3 7 3 555555555555 3 666 444 55 3 1 4 3 00000 44444444444444444444444444 3 6 0000000000000000 3 0000000 8888888888888888888888888888 3 66666666 3 0 55 55 4 55
lowQualScore : . .. . . .. .. . ... .... . .... . ... . .... .. . ...... . . . . . . . . .......... .. . ......... . . .. ....... . .. .... .. . . . . .. .... . ...... . ...... . . .. . . . ............ . ... ... .. . . . . ..... .......................... . . ................ . ....... ............................ . ........ . . .. .. . ..
lowQualScore : 2 44 9 9 99 99 9 999 0000 9 7777 8 333 8 1111 99 9 666666 1 2 7 7 7 3 7 7 9999999999 99 4 999999999 4 8 11 0000000 1 99 5555 99 0 0 0 0 99 9999 0 444444 3 444444 7 7 99 6 3 6 999999999999 3 444 111 00 6 2 3 3 33333 22222222222222222222222222 1 2 4444444444444444 1 0000000 3333333333333333333333333333 6 44444444 6 5 55 55 0 55
consensus : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACTGG-G----CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA----A-ATTTTTTC--TATGCGACCAT----T--A-CCAC-CA-TTTAC-T--TGTT---CT-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-TAAA--T----TT---AA-CCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---A----A---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTC-ATGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
Reference ( family-1799 ) : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--N-TCNACAAGA--TTTNGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAT-A-GGC-CCCCGGTGCG-TC-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACTGG-G----CT-CACCGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA----A-ATTTTTTC--TATGCGACCAT----T--A-CCAC-CA-TTTAC-T--TGTT---CT-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-TAAA--T----TT---AA-CCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTCAGTCAT-AT--C-CCA------TC---A----A---------TTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTC-ATGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATT
gi|1 : AGTAGTTGAAA--G-TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCTA-AC-TAAGG
gi|10 : ccaccacacccacagtcgccccatgtatttgtgtagttgttgtgtaactagttaaatcatggtgtcttctctttcctatgtttccagagttttcgcagatgcatttacaagtcaggactcatagtataagtcactaaaagagcagtcctgagacaaatcagaatacattggattatgtgttaattggataagctcgatcttgggaacgttatatcctccattcgtgcaatgaagcctggagcttagtgttaggtttttcgatatttaggcaaactcataagaagagagaataggggtaactgtactaggttgctagctttttgcatattacgggctactacaatatcacaggcatttactcatattaaattttttaggttattatcctcacttgtcgcaattttctgggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtggtgtattgtgtaggctaaaAGTAGTTTGAA-AG-TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GT-GGGT-CCACAG--C-TC-ACAAGA--CTTTGGG----CCACATCC--A-C---TT-CCa
gi|11 : ggtcggactgtatatctcgatcctggtatgctgtagctcatgcatcagtgtgtagtcttatactatatgtaaaatttatgtgggggacattataaaataatgtctgtggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataatctactgttgtgtattgtgtaggctaaaagctaaaAAA-AGATG-TTGTCATT--T-T-G-CA------TGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--ATT-GGG----CCACATTCCAA-C---GT-CCTA-AC-TAGGGaa
gi|11 : atCAT-A-GGC-CCC-GGTGTG-TC-CC-TACGTGT----------GT--AGTT-AACTGtagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcacataggccccggtgtgtccctacgtgtgtagttaactgacta
gi|12 : ataaaagatgttgtcattttgcatggggtccacagatcaacaagaattgggccacattccaacgtcctaactagggtagggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctcgctcaAGTAGTGGAAA----TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GCGGGGT-CCACAGTCT-TTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGacta
gi|13 : aagtttcttaatatatcgtagaagtagttttaggcagtgggggacttaaaatatggtccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtCAT-AAGGCATCCCGGTACG-TCGTCCTACGTGTT---------GT--AGTTAACCTTGCGATCTCT-CACTGGTCGGCTCCC-AGTTCCC--CACAA----A--TTTTTTC--TATGCGACAGTCTTTT--ATCCAC-CA-TTT-C-T--TGTTTT-CT-GTGTTAT------TTGC------TGC-TTTCTTA--CATGTTA-ACTACA--T----CTTG-AA-CACTA---CA-CACTG--TGATTGTT--TC-T-AT--C-ATA------CC---A----A---------GTTTATGG-ATGG----------------C-T-------CGTTCTGCTTCATTGTT-------------T-TCT--------CAAGTC-ATGAGa
gi|15 : CAT-A-GGC-CCCCAGTGCG-TC-CCCTAGGGGTCCCCTACCTGGTT-AGTTAAAATGG-G----CA-CTCCGATCGGCTCCCC-----CA--CACAATAAAA-ATT----C--TATGCGTCCTT----T--A-CCAA-CA-TGCAC-T--TGTG---TT-GTGTGTT------TTTC------TAC-ATTGATGGCTATG-TA-A-TAAAA-T----GT---AAACCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTCAGTCAT-AC--C-ACC------TC---A----AATTTATGG-TTTC-TGG-AAGG----------------C-T-------TGTATGCTTCCCTTA-T-------------T-TCT--------CAAATC-GTGTGTTCAATA--TTTAT--TCAAT--ggcgttttaaactcttattatcaaaaactttcaata
gi|16 : AGTAGTGGAAA----TG-TTGT--TT--T-C-C-CAA----GCGGGGT-CCACAGTCT-TTCACAAGA--CTTTGGG----ATACTTCC--A-TCTATT-CCTA-ACATAAGGATC
gi|17 : tctactgtgtgtttgttgtaggctaaaactaagtGTTTCCAGCACAA----C-ATTGTTCT--TATGCGACCAT----TTAA-CCAC-CATTTTAC-T--GGTTAGGGT-GTGCTATACTCACTTTCGCTTAATGC-TTTC-AG--CATG-TC-A--AAATCT----TT---AA-CCATATCTCACT-CTGTCTG-TCGTGA-TCATGAT--C-CCA------TC---AAAATA---------TATT-TGATATGC----------------C-TATGATTGTG--------------T-------------TCTCT--------CAA-TCAATGGGTTC--TCTTTTTATCATCAATTAAATTcgggatgctaaaatcacctctttaacggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagt
gi|19 : gCCAGTTCCC--CACAA----ATTTTTTTTC--TATGGAACCAT----T--A-CCTCACA-TTTATAC--TGTT---GTCGTGTTTT------TT--------TGT-TTCCTTA--CATG-TA-A-TAAAATC----TT---AA-CACTA---AA----TG--TG-TTGTTA-TCAT-AC--C--------------------A---------GTTT-TGG-ATGGGCCGAGTACTCTTTTAC-T-------TG--------------T-------------T-TCT----------AATC-ATGGGTTC--TC--TTTAT--TCAAT--ACTTaa
gi|2 : AGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-TCC-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGTc
gi|20 : ccacccacccaccctattttttatttttgtgtgttgtgtgttgtaacagtttactgctgtctttttctttctattccagggtgttcagatgcattttatgcaggcctctgcagagcactaaagcagccttgagacgaaatcggaccattggactatgcgtttaattggacaaagtgattctatgggacattgttatctcccatttcgtgttaaaatgaaccctgggcgataggtgttaggtttcattttaggcaacctagagataggcgtatgtctaggtttgcagctaggctagttagggctacaacaatcagcatttcataaattagtatttttgtattatctccctgtcgcattttttctggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctactgttgtgttattgtgtaggctaaaagcctaacAGTAGTTTGAA-AG-TGCTTGT--TT--T-T-G-CAAAGTCGTGGG-T-CCACAG--AATCAACAAGA--TCTGGGG----CCACAGCC--A-C---GT-CCTA-A--TAAGGGt
gi|21 : tcttactgttgtggtattgtgtgtagggctaaaagccat---AA-CCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTCAGTCAT-AT--CACCAAGAATTTCT--G----G---------TTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TGTATGCTGCCTTA--T-------------T-TCA--------CAAGTC-AGATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--AAg
gi|22 : gataaaatgtatgtaATG-TATG-TAAA------------AA-CCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTCAGT-AT-TT--A-TCA------CC---A----AGAATTCTGGTTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTC-AGATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|23 : tgtgataaaATG-TATG-TAAA------------AA-CCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTCAGT-AT-TT--A-TCA------CC---A----AGAATTCTGGTTTC-TGG-ATAG----------------C-T-------TG--------------TA------------T-GCTGCCTTACACAAGTC-AGATGTTC--TC--TTAATC-TCAAT--
gi|24 : tgtgataaaATG-TG-A-TAAA--TATGGTTGTAAA-CCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTCAGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAA----G---------TTTT-CGT-ATGG----------------T-T-------T
gi|25 : ATG-TG-A-TAAA--TATGGTTGTAAA-CCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTCAGTCAT-ATCAC-TCA------TTAGAA----G---------TTTT-CGT-ATGG----------------T-T-------Tctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|26 : AT-AC--C-CCA-------C---A----A---------GTTT-TGG-ATGG----------------C-T-------TG--------------TCTGTTTCACTTGCT-TCT--------CAAGTC-ATAGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTctgatagactttgtttatgctgcctattt
gi|27 : TACGTTG----------GT--AGTTAAACT---G----TTACACTGGTCCCCTACCCAG-TCCC--TACAA----A-A
gi|3 : AGTAGATGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-G-CAA----GTGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--TCTGGGG----CCACATCC--A-C---GT-CCTA-AC-TAAGGGGCGaattt
gi|3 : GCAT-A-GGC-CCCCGGCGTG-TT-CCCTACGTGT----------GT--AGTTTAACTGG-A----CT-CACTGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--CACAA----A--CTTTTTC--TATGCGACCAT----T--A-CCAC-CA-TTTAC-T--TGTT---CT-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-TAAA--TC---TT---AA-CCCTA---CA-T-CTG--TG-TTGTTAATCAT-AC--C-CCA------TC---A----A---------TTTT-TGA-ATGG----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTC-ATGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcataggcccccggcgtgttccctacgtgtgtagtttaactggactcactggtcggctccccagttccccacaaactttttctatgcgaccattaccaccatttacttgttctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatcttaaccctacatctgtgttgttaatcataccccatcaatttttgaatggcttgtttctcaagtcatgggttctctttatctcaataatt
gi|4 : agtagatgaaaagtgttgtttttgcaagtggggtccacagatcaacaagatctggggccacatccacgtcctaactaaggggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTAGT-GAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-T-TGCAA----GTGGGGT-CCACAG--A-TCAACAAGA--TCTGGGG----CCACATCT--A-----GT-CCTA-AC-TAAGGG
gi|4 : GCAT-A-GGC-CCCCGGTG-G-TT-CCCTACGTGT----------GT--AGTTAAACTGG-A----CT-CACTG-TTGGCTCC--AGTTCCC--CACAA----A-ATTTTTTTCTTATGCGACCATAA--T--A-CCAC-CA-TTTAC-TG-TGTG---CT-GTGTTAT------TTCC------TGC-TTTCTTG--CATG-TA-A-TAAA--T----TT---AA-CCCTA---CA-T-CTG---G-TTGT-AATCAT-AC--C-CCA------TC---A----T---------TTTT-TGGAATGG----------------CTT-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAGGTC-ATGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgcataggcccccggtggttccctacgtgtgtagttaaactggactcactgttggctccagttccccacaaaatttttttcttatgcgaccataataccaccatttactgtgtgctgtgttatttcctgctttcttgcatgtaataaatttaaccctacatctggttgtaatcataccccatcattttttggaatggctttgtttctcaggtcatgggttctctttatctcaataatta
gi|5 : tagtgaaaagtgttgttttttgcaagtggggtccacagatcaacaagatctggggccacatctagtcctaactaagggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGTAGTTGAAA-AG-TG-TTGT--TT--T-TCC-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-TTCACAAGGACTTTTGGG----CCACATCC--A-C---TTCCCTA-AC-TAAGGGTa
gi|5 : GCATTA-GGC-CCCCGGTGTGCTT-CCCTACGTGT----------GTGTAGTTAAACTGG-A----CTTCACTGGTCGGCTCCCCAGTTCCC--GACAA----A-AATTTTTC--TATGCGACCAT----T--A-CCTC-CA-TTTAC-TG-TGTT---CT-GTGTTA-------TTCC------TGCTTTTCTTG--CATG-TA-A-TAAA--T----CT---AA-tcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaattttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|5 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc---------TTTT-TGG-ATG-----------------C-T-------TG--------------T-------------T-TCT--------CAAGTC--TGGGTTC--TC--TTTATC-TCAAT--AATttttttggatgcttgtttctcaagtctgggttctctttatctcaataataa
gi|6 : gtagttgaaaagtgttgtttttcccaagtggggtccacagcttcacaaggacttttgggccacatccacttccctaactaagggttcgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcattaggcccccggtgtgcttccctacgtgtgtgtagttaaactggacttcactggtcggctccccagttcccgacaaaaatttttctatgcgaccattacctccatttactgtgttctgtgttattcctgcttttcttgcatgtaataaatctaatAGCAGT-GTAA-AG-TG-TTAT--TT--G-T-T-TAA----TTGGGGT-TAACAG--T-GTCACAAGC--GCTAGGGCGGCCCACATCC--A-C---GG-CTCA-AA-TAAGGGTCGaa
gi|7 : catagtttgatccattcttgtgtggatatgaacgttttgctacatattgacctttgatttttggtcccatgtgcttcggtgttacgaattgttgtcagcgtttttatatgctcatgacatatacctaatcccctcgtttagtattttttcgtgtcttataaaatttgtgcgggggtattaattctagtgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagtatttgtatggagatggctacatataaaaatcaatcAGTAATTGAAATAG-C---TGA--TT--T-T-G-CAA----GTGGGAT-TCACAG--T-TTTATAAGAT-TTTGGGG----CCACACCC--A-C---TT-CCCA-AG-TA
gi|7 : aagccaaaaagtactCAT-A-GGT-CCCCGGTGTT-TC-TTCTACATGT----------TT--AGTTAAATTGG-G----CA-CACCGGTCGGCTACCCAGCTACT--CAAAA----A-CATTTTTG--TAAGTGCATAT----T--A-CCAC-CA-TATAC-TAGTGTT---TT-GTGTCAttgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacataggtccccggtgtttcttctacatgtttagttaaattgggcacaccggtcggctacccagctactcaaaaacatttttgtaagtgcatattaccaccatatactagtgttttgtgtca
gi|8 : aagccaaaaagtactagtaattgaaatagctgattttgcaagtgggattcacagttttataagattttggggccacacccacttcccaagtattgtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaA-AG-GG-TTGT--TT--TGT-T-CAA----GTGGGGT-CCACAG--C-GTAACAAGC--GCTGGGG----CCACATCC--A-C---GG-CCCA-GC--AAGGGT
gi|9 : cctgtgcagatatgaacattctgttccttgctagtttgaactgttcaatttggtaccttgtttgtgttttgttctatcctatgtgatttgttcattcccccttattgtgtcatataaaatttgtgtgtgggggacattattcatatgttattcataatgtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtatacagcatggctaaaagccaatagttttgtcAGTAGTTGAAA-GT-TG-T-GT--TTATT-T-G-CAAAA--GTGGGGTTCCACAG--G-ACAGCAAGA--TT-GGGG----CCACATCC--AGC---GT-CCTACAC-TAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTAGCAGGCTCTGCAGAGCACTTAAGGCAGCCTTCGAAGACGAAATACAGAGCGACTTGGACCAAGTGATTGACTCTGGGGTTGTTTATTATATACTGCACATTGTGTATAAAGAACCCACTGGGCTTATGTTTTTAGGATTTTACAGTTAGAGGCAGACCTCGAGAAGGGGTATGTATACAGTTTCAGCTTGGCTAGTTAGAGTTACAAAACAACCAAAGATTTCATATAATTAGTTTTTTCGTGTTTATCTGCTCCCCTGATCGCATTTTTCTGGGG
Unaligned ( gi|18 ): ACAATTGGACAAATGTGAACAATTGGACATATGTGAACAATGGGACATCTATATTCTCACATACATGTATAGCTGGACTTCGAACTCATGGTTATGAATTAAGGTTTCCAGTTAGGGACGACCTAGAAATAGGAGCATGTCTAGATTGCAATTAGGCTAGAGTTGCAATTAGCGTTGCAGTCATGCTTAGGGCTACAGCTATCAACACTTC