lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                                                                                                             
lowQualScore                  :           333        111                    1       1  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777                                    111                      2222       2                         2         11      11                        4          333333333333333      2222222222    11   333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   11   11                  1    44444444444444444444444      1111            11    33            1111       
lowQualScore                  :    8      444        111 3 7  6     9     5 1       5  6666666666666666666666666666666666666666666666666666666       7   99 6  3  6      6        888  888888     77       2222    5  2   4     5          6    0       1 22 6    99   6  6 4 6    77       0      6   333333333333333      8888888888  0 88   333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   11   88        0  2   66 0    99999999999999999999999   6  3333    5    3  00    77        5   3333  3    
lowQualScore                  :    .      ...        ... . .  .     .     . .       .  .......................................................       .   .. .  .  .      .        ...  ......     ..       ....    .  .   .     .          .    .       . .. .    ..   .  . . .    ..       .      .   ...............      ..........  . ..   ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................   ..   ..        .  .   .. .    .......................   .  ....    .    .  ..    ..        .   ....  .    
lowQualScore                  :    0      333        777 3 5  7     1     7 4       3  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777       0   22 7  5  7      7        444  111111     99       1111    7  3   3     7          7    3       0 77 7    33   7  7 7 7    77       0      7   333333333333333      8888888888  8 88   666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   00   99        4  5   99 4    11111111111111111111111   2  6666    0    2  55    33        7   0000  2    
consensus                     : TAC-TGCCAA--CTTTCCCGA---TTTAGG-CGGGANTTCCC-C-GATTTTACGCCTT-GACAA---ACGCCC---AT------TCCC-------CGAATCGG--GAA--CAAAAAACCCC--AGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAAC-ATGACCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCG-CG-CCATT-TCT-TT-GCG-GCCA-GCCAATCA-GAAATC-GGG---AG-N-AT--AGGCGGCCA-TTG----TCTGTTT-ACA--TTCTGGA-A-ACGTGCCGTCGGAAT-GTGTA---ATTGTGTATTGCACCCTGGGCTTA-----AACTGTGTCGGAACTTATTT--TTGGGACAATTAAATAGC-ATTATCAA-TCGGGAAGA-TGGACTT--TNA-AATGG-CAAATT-C--TG--TCAC-AGGCG----TGAGTGAACGG-C-TACTACG-A-TGATGGT-TAGCTTTAAN-TACACCATC-ACCAANCAAT--TT--GAACAC-T--GGA--ACTCGGGAT-AT--TCGG-------GATA------AG-G-TAC-----GT-CATGTT-----GT-------------T-TGAA-GTT-GAA----ATATA-----T-CC----AAAACTAG-N---GNAT-AC-ATTAAATAATT-ATA--GGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACG-TTGTG-ANACTGGGTTTATTCGGGACATNATCTG-CTCNAGTTAGTCTGATTCATGTCTAAGCTTTTTTTTTNNAATAATGANATTGTGCTATGACTAGAACNTAGTTACAGTAAAAGATATANNACTGGTGTTTTG-ATGAAATTT--GGTAATTATT-TCAGATGTC--ATGNGT-CAA-TGATTTG-GTTCGC-GAAG-TTT-TGT--G-CAGAGCANAAACGT--TCCTTTTCTGG--TTGCAANAT-TG-TTCCAT--C-AAACT-CTGCAAG-TC-CA--CC-TGTTC-A-GTGTT----TTT-ACANAAACAG-CAA--G-ATGCAT-CG---------AGTGCTT------------------TTAAA-CTTTAAATC-A-----T-AGT---GACGCAACGT--TAAGTAATAA--TTTGTGTATTCAACTTAT-TGC-TGGGAT-GTA-T---------TTACACTGTAAATGTA-TCTT--TATCTAATAT-TG-TT-TC--AG-CGAG--AATTTGACAGTNTAATATGANTATGTATA--TT------TTCA-AG-NTA-TGTTTATTT-----TTATTA----CATT--TAGTTTTG-TT-G--AAGTTAAG-CAGGAAAAAGGAACTTG--ATGCTT--TTGTTGATATA-TGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGA-TTG--CTATTCGT--CTT--TGAA-AA--GA-TGTA--CATCT-GCATTCA-C-GA---ACAAAATGTCCGCGAATTTAGAGCTT--TNAAAA------AAG-AGTTC-GT-CGCGCGCAAAATC-CCCC-ATGGAGAT-TTTCC-AAAAGTTG-GCA--T-GTATATG
Reference ( gi|2 )            : TAC-TGCCAAACTTTTCCCGA---TCTAGG-CGGGAATTCTC-C-GATTTTATGCCTT-GACAA---ACGCTT---AT------TCCC-------CGAATCGG--AAA--CAAAAAAACCC--AGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAAC-ATTACCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTAAAAATCCCG-TG-CCATA-TCT-TT-GTG-GCCA-GCCAATCATGAAATC-GGG---AG-C-AT--AGTCGGCCA-TTG----TTTGTTG-ACA--TTTTGAAAAAACGTGTTATCGGAAT-GTGTACCTATT-TGTACGGTACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCAAGATTTATTTAATTGGAACAATTAAATAGC-ATTATCAA-TCGGGAAGA-TGGACTTC-TCA-AATGG-CAAATT-C--TG--TCAC-AGGCG---TTGAGTGTACAGATTTACTACGTA-TGATAGT-TAG------G--ACACC-TCAATCAAACAATTATTTGGAACACGCGCGGAGAACTCGAGAT-AT--TCGG-------GATA------AG-G-TAC-----GT-CATGTT-----GT-------------T-TGAT-GTT-GA-----ATATA-----T-CC----AAAACTAA-A---GTAT-GC-ATTAAATAATTGGTAGGGGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACG-TTGTGAAAAC-GA---TATTCGA-ACATTATCTGCCTCCATTTAGTCTG-T-------TAAAC-----TTTTTTA-----GAAATTG-GC---AATTAAGCCTT--TTACAAT-AAAAATATAACAC-GGTATTTTGAATGAATTTTGGGGTAATTATTGTCAGTTGTC--ATGGGTGCAA-TGATTTG-GTTCACAGAAAGTTT-TGT--G-CAGAGCAGAAACGT--TCCTTTTCTGG--TTGCAAAAT-TGTTTCCATAACAAAACTCCTGCAAGTTC-CATGCCATGTTC-ACGTTTTTTGGTTTTACACAACCAG-CAA--GAATGCATGCG---------AGTGCTT------------------TTAAAAGTTTAAATCTACTTTTTCAGT---TACGCAACGT--TAAGTAA-AACATTTGTGTATTCAACTCAT-TGC-TGGGAT-GTA-T---------TTACACGGTAAATGTA-TCTTTATATCTAATAT-TG-TTGCCATAG-TGAGC-AATTTG--AATTTAA-ATAAATATGCATA--TT------TTCAAAA-GTA-TGTTTATTT-----TTATTACTG-TATT--TAGTTTTG-TT-G--AAGTTAAG-CAAGAAAAATGAACTTGGCATGTTT--TTATTGATATATTGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGA-TTAGCCTATTTGT--CTT--TGAA-AA--GA-TGTA--CATTTGGCATTCATC-GAAACACAAATTGTCCGCGAATTTAGAGCTT--TAAAAA------AAA-AGTTC-GTCCACACGCAAAAAT-CCCC-ATGGAGAT-TTTTCAAAAAGTTG-GCA--T-GTATATG
gi|6                          : TACGTGCCAA--CTTTCCCGA---TTCCGG-CGGGATTTTCC-C-GATTTTAAGC-----ACGATTCCCGCTT-----------TCCC---------AATTGG--GAAAGCAAAAAACCCC--ACAAATC-TCGATT-TTGTAAAAAA-GT-T-C--CCCGA--TTTACGA----CAAC-ACGA-CCGATTT-CCAATATGAA-TTTT-AAAATCCCG-CA-CCATT-TCT-TT-GAG-GCCA-GCTAATCA-GAAATC-GGG---AA-A-ATAAAG-CGGTCA---G----TTT
gi|1                          : aAT-TGCCAA---TTTCCCGA---TTTAGGGCGAGAATTCTCGC-GATTTTACGCCTT-GACAA----CGCC----AT------TCCCGTTCAC-CGA-TCGG--GAAAGCAAAAAAACCCCCAGAA--T-CCGATT-T-GTAAAA--CGT-TCC--TACGA--TTTACGA----CA-C-ATTACGATATTG-TCAACATGAA-TTATTAAAATCCAG-CG-CCATATTCT-TT-TTGTGCCA-GCCAATCG-AAAATC-GGG---AG-CAAT--AGTCGGCC--TT-----TCTG-TG-ACA-----TGGAAAA--GTGTTATCGGAATAATGTA-----T-TGTA------CCTGGCTTTACTAATAACTGTGTCAAAGATAATTT-ATTAGGACAAAT-CATAGC-A--ATGAATTCGGGAAGATTGGACTT--TCAGAATGG---AATT-C--TGTATCAC-AGACG----TGAGTGGA-A----CACTACG---TGATACTATGG------GCTACAC-----ATTCAAC-----TTT-GACCAC---CGGAGA---CGGGAT-ATAATCGG-------GATA------AGTG-TAT------T-CATTTT-----G-----------------GATAGTTGGA-----ATATA-----T--C----AAAACTGATA---GTAA-GCTTTTAAATAAT--ATA--GGGACACTACG--TATTT--ACATGACGTTTGTG-AAAC-GA---TATTCGAGACATGATCTG-CTCTAGTTA---TGAT-------TAAGC-----TTTTAAA-----AATATTG-G----GATTAGAACAT--TTACAATAAAAAATATACTACTGGTGTTTTG-ATGAAATTT--GGTAATTAATTTCAATT-TCTGATGGAT-CAATTGATTTGAGTTCAC-GAAG--TT-TGTTAG-CAAAGCAG-AACGT--TCCTTTTCTGGT-TTGCAACATATG-TTCCAT--CACAACCATTGCAAG-TC-CAT-CC-TGTTCTACATGTTTAGGTTTAACAATACCAGCCAA--GTATGGATGCATCGGAGCTTAGTGCTTTAAAGATTTTTTTAAAGCTTAAAGTTTTAAATCTAC----TCAGT---TACGCAAAGTTGTAAGTAATAACATTTG-GTATTC-ACT--T-TGC-TGGGATAGTATT---------TTACATGTTAAATGTAGTCTT--TATCT-ATATCTGTTTGTTCT---TGATCTGATT----AATCTAA-ATGAGTATTTATA--GTGAGATATGCAAGG-TTA-TTCTTAATTGTGTGTTA-TACTGATATTTATAGTTTTGTTT-GATAAGTTAGGACAGAAGAAGAGAACTTG--ATGCTTACTTGGTGA-GTATTGATAATTTGCACGGTACAA-AAA-ATTAGA-TTG--CTA-TTGTCCCTTTGTGAATAA--GA--ATA--CAT-----GTTCAT----ACCTCAA--TGT-CGCGAATTTAGAGCTT--TTTGAA------AAA-AG-TC-GT-CACACGC--AAATCCCCC-ATGGAGA--TTTTCAAAAAG-TG-GCacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcgaggtacgcgcggagttcagagtgtctgtttctgtttacaagctacat
gi|5                          :    -TGCCAA--CTTTCCCGA---TTTAGG-CGGGA-TCCTC-CCGATTTTACGCCTC-GGCAA---ACGCC----AT------TCCCGCTTTCCCGA-TCGGG-AAA--GCAAAAAACCC--A-AAATC-CCGGTT-TTGTAAAAA-TGT-TCC--CC-GA--TTTACGA----CAAC-AAGACCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTT-AAAATCCCG-CG-CCATT-TCT-TT-GAG-GCCA-GCCAATCA-GAAACC-GGGA--AA-C-A---AGGCTGCCA-TT-----TTTGTTT-ACAAGTTCT------AC-----------AT-GTGTA-----T-TGCA------CCT-GACTTA-----------------ACTTATT------GGACAATT-AATAGC-A-TATTAA-TCGGGAAGA-TGGACTT--TCA-AATGG-CAAATT-C--CG--T-GC-AGGCGAGATTGAGTGAACG-----ACTACG-A-TGATAGT-TAG------GTTACACC----ATCACACAAT------------GTG------ACTCGAGAT-CT-----------------------AG-G-TAC-----GT-CATGTT-----GTGTTGTTCAACTTGT-TGAA-GTT-GA-----ATATA-----T-CC----AAAAcctccgtatgtgaataaaaatta
gi|3                          : aca-TGCCAA----TTCCCGA---TTTAGG-CGGTGATTCTC-C-GCTTTTACACCTTTGAAAA---ACGCTC---ATATCCGCTTCC-------CGA-TCGG--G----CAAAAAACCCT--AGAAATCTCCGATTGTTGTAAAAAGTGTGTCTGTCCCGA--TCTTC-A----CAAC-ACGACCCGATTT-C--ACCTTA---TTTAAA--TCCTG-CGTCCATT-TTTGTC-GTG-GCCA--CCAATCA----ATC-AGG---AG-T-CT--AAGTGGCCAATTAGGCCTATATTCTACA--TTT-GAATACACGTGCCGTTGGA-T-GTGT--------TGT-------CCTTGGCTTA-----------------ACTTATT------GGACAATT------C-ATT-T----TCGGAAAGA-------TCATTA----GG-C-AATT-C--TG--T-----GG------TGAAT-----GGCTTGCCATATATTGATTGA-TAG---------------TCAA------AATGAT---GGACACAT---GAAGACTC--GAT-AT--TCGGTATGACCGATAGGCT--AG-GTTACTCATGAT-CATGTTTTACAGT-------------TGTGTT-GTT-GAAGTTGATATA-----TGCT----ATAACTAT-ATGTGCAT-AC-ATTTAATAATT-GTA--GGGAC-CTA-G--TGT----AC----CG-TT----ACACTGGGTTTATT--G-ACATT------TTCAA--TAGTCTG-TTCATGTCTAAGCTTTTTTTTTTTAATAATGAAATTGTGCTATAACTAG--CTTAGTTACAGT---AGAT-TAAAA---ATATTTT--ATGAATTTT-CGGTAAGTAT--TCAGATGTC--ATGTGTCAAA-TGAGTTG-GTTC-C-GA---TGT-TGT--A-CAGAGC-TAAACGTTCTCTTTTTCTGGGTTTTTAGCAT-TG--TCCAT--C-AAACT-CTGCAAGGTCACAGGTC----TT-AAGTATTAT--TTTTATATAAACA--CAACTGGA-GCA--CG---------A-TGC--------------------TTACATCTTTAAAT----------AGTAAAGACGCAACAT--TA--T-------TTTAT-TATTCAACTTATGTGC-TGGGAT-----T---------TTTCACTG---ATATA-TCTTTATCT-TAATAT-TT-TTTC---AA-CGAG--AATTTGACAGTATAATATAATTATGCATGGTTT------TTC--AA-GTAGTGT---TCT-----TTATT-----CATT--TA-TTTTG-TTGG--AAGT--AG-CA--AAAAAGGAACTTAA-----TT--ATGTTGATATA-TGAT-------AT-GT-C-A-AAATATT--A-TTG--CTATTCGT--C-T--TGAA-AAGGGA-TGTAGTCATCT-GCATTC--C-G----ACAATATGTGCGCGAATTT-GA--TT--TAAAAAGCTGGCGGA-AATCC-GCCT-----------T-CCCT-GTGAAGAT-TTTC----AAGTTGTGCA--TAGT-TATGg
gi|15                         :   t-TGCTTAACTTTCCCCGAATATCT-GG-CGGGATTTTCC-C-GATTTgacatc
gi|20                         :    catatgAACTTTCCCCGA---TTCTGG-CGGGATTTTCC-C-GATTTTAAGC------------ACGATTCCCGC------TCTC-------CTGATCGGGAAAG--CAAAAATCCCC--ACAATTA-CCGATT-TTGTAagcacgattccgctctcactgatcagggaaaagcaataatcccacattaccaagatatggtaaaattta
gi|18                         :                                gtgctATTCTC-CCAATTTCA-GCATT-GGCAA---AAAGCC---AT------TCTC-------GAGAGGGA--AAA--CAACAATCTTC--AGAAATC-CCAATC-TTGT-AAATATGT------CCCAATTTTTATGA----CAATGAT--CCCAATTT-
gi|4                          :                                                                                                                                                       T-TCC--CTCGA--TTTACGATAA-CAAC-AT-ACCGCATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCGACG-CCATT-TCT-TTCGCG-GCCA-AGCAATCA-GAAATC-GGGGAAAGAT-AT--AG-CAGCCA-TTG----CCTGT
gi|10                         :                                                                                                                                                     gcT-TCC--CTCGA--TTTACGATAAACAAC-AT-ACC-GATTTTCCAACCTGAAATTTTTAAAATCCAA-CG-CCATT-TCT-TT-GCG-GCCAAGCCAATCA-GAAATCGGGG---AA-A-AT--AAGCAGCCA-TTG-----CTGTTT-ACA--gttacacaatcgggaatcccggctaactcccctacgcgtttcattgtatgcgacaggtacgcgcgatccgagtgtctgtttacaatgctaaatgattgtgtattgcacctgcgcttaaactgttcggaatgtcttgttggacaaattaatagccatttcatcgggaagatggactttaaaatggcaaattccttaccacgaggtgtgatgaacgacatacatgatggttagctttaatacaccatcccaaccaatcttgaacacttaagatatttgggacgattgataggtaggtcatatgttaaagttgaatatatatcctccaaaactagtgaataacattaaaaattatacggaacctagttatttaaacagatg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATTGTGTATTGCACC-TGCGCTTA-----AACTGT-TCGGAATGTCTT--GTTGGACAAATTAA-TAGCCATT-TCA--TCGGGAAGA-TGGACTT--TAA-AATGG-CAAATT-CCTTA--CCACGAGGTG----TGA-TGAAC-GACATAC-----A-TGATGGT-TAGCTTTAAT--ACACCATC--CCAACCAATC-TT--GAAC-----------ACTTAAGAT-AT--TTGG-------GACGATTGATAG-G-TAG-----GT-CATA-T-----G--------------T-TAAA-GTT-GA-----ATATATATCCT-CC----AAAACTAG-T---GAATAAC-ATTAAA-AATT-ATA-CGGAAC-CTA-GT-TATTTAAACA-GATG-caatcgggaatcgccggctaactcccctacgctttcattgttgcgaggtacgcgcggagtccgagtgtctgtttaac
gi|8                          :                                                                                                                           gcttccctcgatttacgataacaacataccgcatttccaacctgaatttttaaaatcccgacgccatttctttcgcggccaagcaatcagaaatcggggaaagatatagcagccattgcctgtgttacacaatcgggaatcccggctaactcccctacgcgtttcattgtatgcgacaggtacgcgcgatccgagtgtctgtttacaatgctaaatgATTGTGTATTGCACCT--GGCTTA-----AACTGTGTCGGAAT--GTTTG-TTGGAA--ATTAATTAG--ATT-TCA--TCGGGAAGA-TGGACTT--TAA-AATGGCCAAATTCC--TG--TAAC-AGGTG----TGA-TGAACG-----ACAAC--A-TGATGGT-TAGCTTTAAT--ACACCATC--CCAACCAATT-T---GAACACTTAAGGAT-ATTTGGGACGAT--T----------GAT-------AG-G-TA------GTCCATA-T-----G--------------T-TAAA-GTT-GAAT---ATATA-----T-CCTCCAAAAACTAG-T---GAAT-AC-ATTAAAACATT-ATA---GGAC-CTA-AGTTATTT-AA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgAATGAAATTTGGG--AATTATT-TCAGATGTC--ATGAGTGCAA-TGATTCT-GTTCAC--AAAGTTCGTG---G-CAGAGCAG-AACAT--TCCTTTTCTGG--TTGCAAACT---ATTCCAT--C-AAACT----TAAGT-------CCATGTT------------------CACAAACAG-CAA--G-ATGCAT-------------GTGCTT------------------TTAAA--TCTAGTTCGA--TGTTAAAA---GACGTAACTT--TAAGTAATAA----TGTGTATTCAACTTAT-TGCTTGGGAT-ATA-TATTATGATATTACACTGTAAAT-TA-TCTT--TATCTAATAT-TG-TT-TCAGAGTTGAG--AAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttAA-TGACGTA--TTCGC-GAA--TTT-CGT--GACAAAGCACAG-CAT--TCCTTTTTCGA--TTGC-AGAT-TGTTTTC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATATGTATA--TT------TTCATAGTATA-TGTTTATTT-----TTTTTAA----AT----AGTTCTG-TT-G--AAATTAAG--AAGAAAAA-GAACTTG--ATGTTG--T-ATTGATATAATGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGA---------------------------------TGTA--CATTT-GCATTCA-C-G----ACAAAATGT-CACGAATTTAGAGCTT--T--GAA------AAA-AGTT--GT-CATGCGCAAAATC-CCCC-ATGG-GAA-TTGTC-AAAAGTTG-GCA--tccagactctggaggaccacgtgacatttgcaacagacagcaagatcacat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attgT-GTAC-A-AAA-ATTAGA-TTG--CTATTT-T--CTT--TG-----------------------CATTTA-C-GG----CAAAATGTC-GCGAATTTAGAGCTT--TCAAAA------AAG----TC-GT-CGCACGCAAAATC-CCCC-TTTGAGAT-TTTC--AAACGTTG-GCA--T-GTgata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC-AGAAA-ATAAGAGTT--CTCATTGAA--CTT--TGAA-AAA-GAGTGTA--CATCTTGC-TTCACCTGA--CA-AAATTGATCGTGAATTTAGAGTTTCATGAAAA------GAATAGTTCGGTGCG-GCGC-AAAAT-CACC-ATGGAGAT-TTTggcagctcatctggtgttaaatat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gacATTCA-C-GA----CAAATTGTC---GAATTTAGACCTT--TGAAAA------AAG----TC-GT-CGTGCGCAAAATC-CCCC-ATTG-GAA-TTTTC-AAAAGTTG-GCA--G-GTAc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACAAAATATC-ACAAATTTTGAGTTT--TTAAAA------AT---GTT---TTCACATGCAAA--T-CCCCAATGGAGACGTTTT--AAAAGTTG-GTA--T-GTAggaaacattaagtgttttcaaacat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atttattttcacaCGCGAATTTAGATCTT--TAAAAA------AAG----TC-GT-TGCGCGCAAAATC-CCCT-ATTGAAAT-TTTC--AAAAGTTG-GCAGGT-GTATAgggaag

Unaligned ( gi|13 ): ATTTTCGATAAATAAATGTACTATTAATGACTTACATTTTGATGGTGTTTGCCCATTTATTTTGATTATATATCGAATGACGTATTCGCGAATTTCGTGACAAAGCACAGCATTCCTTTTTCGATTGC
Unaligned ( gi|21 ): TGATTAGAATTAATAATCTCATAATTCCAATTTTTTT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           11111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                     111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                           111      1  111                              1111          22222222222222    11111111111       33                                    111                      1111                                                                                                              1111    111     11111111111111111111111111111111111111111111           222      444444444444444444444444444444        111      2222222                                          222        2222          33333333333333          111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111         222     111   11111        111                         11         2222         11      22      333333    222     1111111     1        666666666         888888888888888888888888888888888888888        11111        3333333333333    11         11       1             11      1    1       11          1       1111          1                11                   11        1            777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777         11        222                   1    1     555555555555555        11       1    11     11    1      33333333    11     222       2    1        11     111  11     2222         77777777777777777777777777        1   22        11111     1       11  2222222      1   222     222222                      111      333333333333333333333333          1         33333333         11                           333                    111111              222                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    6      444      1  000   5  5     1     5        6  1111   0 5    22222222222222  0 88888888888       99       77        1  5      5        000  5   66  2  66       9999  3   666  2     5          5    8         5  5    5    5  5 4 5   5         5      5   77  1 666 5        5  6666    333 0   55555555555555555555555555555555555555555555           111      000000000000000000000000000000 1      888    6 0000000 6         6      6 666     6      6 99   000  6     0000   6  6   88888888888888     44   888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   6     222     111 6 55555      8 444 1 1  8     8   6   88   99     8   0000   0 8 0 33      00   1  222222    555     6666666   1 5   6    888888888         333333333333333333333333333333333333333     0  77777  7  22 5555555555555    11     4   99       6   88 0   5  11   1  6 6  3       33   6 99   0   6   5555       1  5      99        55    0 8  8  8 0    99 8 8    6 0     99   777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777       0 33  3     777  3  55     3   7  0    0     111111111111111     2  33    6  0    33     33    0      22222222    33     444 0 1   3    0        33  3  444  11     1111  3      00000000000000000000000000  2     0   33    3   44444     2       33  0000000      0   333     777777  8    6 6   6    2   000  6   444444444444444444444444   99   3 3       5 88888888      5  44           1   66 1    4   777    4    4          222222  1           222        5    6  3    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    .      ...      .  ...   .  .     .     .        .  ....   . .    ..............  . ...........       ..       ..        .  .      .        ...  .   ..  .  ..       ....  .   ...  .     .          .    .         .  .    .    .  . . .   .         .      .   ..  . ... .        .  ....    ... .   ............................................           ...      .............................. .      ...    . ....... .         .      . ...     .      . ..   ...  .     ....   .  .   ..............     ..   ..........................................................................................................................................   .     ...     ... . .....      . ... . .  .     .   .   ..   ..     .   ....   . . . ..      ..   .  ......    ...     .......   . .   .    .........         .......................................     .  .....  .  .. .............    ..     .   ..       .   .. .   .  ..   .  . .  .       ..   . ..   .   .   ....       .  .      ..        ..    . .  .  . .    .. . .    . .     ..   ....................................................................................................................................       . ..  .     ...  .  ..     .   .  .    .     ...............     .  ..    .  .    ..     ..    .      ........    ..     ... . .   .    .        ..  .  ...  ..     ....  .      ..........................  .     .   ..    .   .....     .       ..  .......      .   ...     ......  .    . .   .    .   ...  .   ........................   ..   . .       . ........      .  ..           .   .. .    .   ...    .    .          ......  .           ...        .    .  .    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    7      444      4  000   1  7     0     0        6  4444   1 0    99999999999999  4 99999999999       33       99        7  7      7        888  0   99  5  99       4444  2   666  5     0          7    7         7  7    7    7  7 0 7   7         7      7   99  0 111 7        7  4444    888 1   00000000000000000000000000000000000000000000           888      222222222222222222222222222222 0      222    7 3333333 7         7      7 888     7      7 22   000  7     8888   7  7   77777777777777     77   777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777   7     333     777 7 22222      0 000 0 0  0     0   0   88   00     0   2222   8 0 8 22      00   0  333333    333     3333333   0 0   7    000000000         333333333333333333333333333333333333333     7  88888  0  00 5555555555555    22     4   00       0   88 8   0  00   0  0 7  3       33   3 22   8   7   2222       0  5      22        88    8 8  0  0 8    00 0 0    0 8     00   888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888       2 88  2     000  2  88     2   0  0    0     555555555555555     5  22    5  0    88     22    0      88888888    22     333 7 0   7    8        88  2  888  00     2222  2      55555555555555555555555555  5     0   88    2   22222     8       88  5555555      0   222     555555  0    7 7   7    5   222  7   000000000000000000000000   22   7 3       0 66666666      0  33           1   11 0    4   333    4    4          888888  9           222        0    7  8    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                 TAC-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGGGATTTTCC-CGATTTTACGCCTT-GACAAACGCC-----CGT------TCCC-------CGAATCGGGAAAGCAAAAAA--CCCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCC-AGCCAATCA-GAAATC-GGG--AGNA-T-A-GGCGGCCA-TT--GTCTGT---TTACA--T--TC-G--GAA---ACGTGCTATCGGAATGTGTA---ATTGTGTATTGCACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCGGAACTTATTT--TTGGGACAATT-AATAGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TNA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCG----TGAGTG-AACGG--C-TACTACG-ATGATAGTTAG-TTTGA-TACACCATC-ACCAANCAAT-T-T---GAACAC-C--G----GA-ACTCGGGAT-AT--TCGG-------GATA------AG-GT-----ACG-T-CATGTT----------GT-------------T--TGA-AGTTGAA-ATATA---T-CC----AAAACT-A---GTGNAT-ACATT-AAATAATT-ATA--GGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGAAACCGGGT-TATTC-GGACATTATCTG-CTCNA-TTAGTCTG-TT-----CTAAGCTTTTTT-----AA-AATGAAATTG-GC-ATGACTAGG-CTT--TTACAATAAA-AAATATANTACTGGTG-------TTTTG-ATGAANTTT--GGTAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGNGTGC-AA-TGATTTG-GTTCGC--GAAGTTT-CGT--G-CAGAGCANAAACGTTCC--TTTTCCGG--TTGCAANAT-TG-TTCCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-TCCAT-CN-TGT--TC-ACG-----TGTT---T---TT--AC-ACAAACAG-CAA-T---G-ATGCAT-CG------AGTGC-----------TTTT-AAA--------NTTTAAATCTACT----CAGT-----NACGCAACGT--TAAGTAATA--ATTTGTGTATTCAACTTAT-TGCT-GGGAT-GTA-T---------TTACACTG-TAAATGTA-TCTT--TATCT-AATAT-TGTTTC---AG---CGAG-AATTTGA-CAATNTAA-ATGANTATGCATA--TTTTC-A-AG-ATATGT----TTATTTTTA--------TTAC---ATT--------TAGTTTTG-TTGG-AAGTTAAG-CAAGAAAAANGAACTTG--ATGCTT--NTGTTGA-TAT-A-TGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTCGT--CTT--TGAA-AA-G--A-TGTA--CATCT-GCATTCA-C--GA---ACAAAAT-GTCCGCGAATTTAGAGCTT--TNAAAA-AAG---TCGT-CGCG-CGCAAAATCC------CCCATGGAGATTTTCC-AAAAGTTG-GCAT-GTATATG
Reference ( family-1796 )     :                                                                                                                                                                                                 TAC-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGGGANTTCCC-CGATTTTACGCCTT-GACAAACGCC-----CAT------TCCC-------CGAATCGGGAA--CAAAAAA--CCCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCC-AGCCAATCA-GAAATC-GGG--AGNA-T-A-GGCGGCCA-TT--GTCTGT---TTACA--T--TCTG--GAA---ACGTGCCGTCGGAATGTGTA---ATTGTGTATTGCACCCTGGGCTTA-----AACTGTGTCGGAACTTATTT--TTGGGACAATTAAATAGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TNA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCG----TGAGTG-AACGG--C-TACTACG-ATGATGGTTAGCTTTAANTACACCATC-ACCAANCAAT-T-T---GAACAC-T--G----GA-ACTCGGGAT-AT--TCGG-------GATA------AG-GT-----ACG-T-CATGTT----------GT-------------T--TGA-AGTTGAA-ATATA---T-CC----AAAACT-A---GNGNAT-ACATT-AAATAATT-ATA--GGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGANACTGGGTTTATTCGGGACATNATCTG-CTCNAGTTAGTCTGATTCATGTCTAAGCTTTTTTTTTNNAATAATGANATTGTGCTATGACTAGAACNTAGTTACAGTAAA-AGATATANNACTGGTG-------TTTTG-ATGAAATTT--GGTAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGNGT-C-AA-TGATTTG-GTTCGC--GAAGTTT-TGT--G-CAGAGCANAAACGTTCC--TTTTCTGG--TTGCAANAT-TG-TTCCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-TCCA--CC-TGT--TC-A-G-----TGTT---T---TT--AC-ANAAACAG-CAA-----G-ATGCAT-CG------AGTGC-----------TTTT-AAA--------CTTTAAATC-A------TAGT-----GACGCAACGT--TAAGTAATA--ATTTGTGTATTCAACTTAT-TGCT-GGGAT-GTA-T---------TTACACTG-TAAATGTA-TCTT--TATCT-AATAT-TGTTTC---AG---CGAG-AATTTGA-CAGTNTAATATGANTATGTATA--TTTTC-A-AG-NTATGT----TTATTTTTA--------TTAC---ATT--------TAGTTTTG-TTG--AAGTTAAG-CAGGAAAAAGGAACTTG--ATGCTT--TTGTTGA-TAT-A-TGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTCGT--CTT--TGAA-AA-G--A-TGTA--CATCT-GCATTCA-C--GA---ACAAAAT-GTCCGCGAATTTAGAGCTT--TNAAAA-AAGAGTTCGT-CGCG-CGCAAAATCC------CCCATGGAGATTTTCC-AAAAGTTG-GCAT-GTATATG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                  AT-TGCCAA---TTTCCC-GA---TTTAGGGCGAGAATTCTCGCGATTTTACGCCTT-GACAA-CGCCATTCCCGT------TCAC-------CGA-TCGGGAAAGCAAAAAAACCCCCAGAA--T-CCGATT-T-GTAAAA--CGT-TCC--TACGA--TTTACGA----CA-CATTA-CGATATTG-TCAACATGAA-TTATTAAAATCCAG-CG-CCATATTCT-TT-TTGTGCC-AGCCAATCG-AAAATC-GGG--AGCAAT-A-GTCGGCC--TT---TCTGT---G-ACA--T-----G--GAA---AAGTGTTATCGGAAT----A---AT---GTATTGTACC-TGGCTTTACTAATAACTGTGTCAAAGATAATTTA-TTAGGACAAATCA-TAGC-A--ATGAATTCGGGAAGATTGGACTT-TCAGAATGG---AATT-C--TGTATCAC-AGACG----TGAGTGGAAC-------ACTACG--TGATA-CTA---TGGGCTACAC-ATT---CAAC---T-T-T---GACCAC-C--G----GA-GA-CGGGAT-ATAATCGG-------GATA------AGTGT-----AT--T-CATTTT----------G------------------GATAGTTGGA-ATATA---T-C-----AAAACTGA---TAGTAA-GCTTTTAAATAAT--ATA--GGGACACTACG--TATTT-A-CATGACGTTTGTGAAAC--GAT--ATTCGAGACATGATCTG-CTCTAGTTA---TGATT-------AAGCTTTT-------AAAAAT---ATTG-G----GATTAGAACAT--TTACAATAAA-AAATATACTACTGGTG-------TTTTG-ATGAAATTT--GGTAATTAATT-TCA-ATTTCTGATGGAT-C-AATTGATTTGAGTTCAC--GAAG-TT-TGTTAG-CAAAGCAG-AACGTTCC--TTTTCTGGT-TTGCAACATATG-TTCCAT--C-ACAACCATTGCAAG-TCCAT-CC-TGT--TCTACA-----TGTT---TAGGTTTAAC-AATACCAGCCAAGTATGG-ATGCAT-CGGAGCTTAGTGCTTTAAAGATTTTTTT-AAAGCTTAAAGTTTTAAATCTACT----CAGT-----TACGCAAAGTTGTAAGTAATAACATTTG-GTATTC-ACT--T-TGCT-GGGATAGTATT---------TTACA-TGTTAAATGTAGTCTT--TATCT--ATATCTGTTTG---TT---CTTG--ATCTGATTAATCTAA-ATGAGTATTTATA--GT----G-AG-ATATGCAAGGTTATTCTTAATTGTGTGTTAT---ACTGATATTTATAGTTTTGTTTGATAAGTTAGGACAGAAGAAGAGAACTTG--ATGCTTACTTGGTGAGTAT---TGATAATTTGCACGGTACAA-AAA-ATTAGATTG--CT-ATT-GTCCCTTTGTGAATAA-G--A--ATA--CATGT-TCAT--A-C--------CTCAAT-GT-CGCGAATTTAGAGCTT--TTTGAA-AAAAG-TCGT-CACA-CGC-AAATCC------CCCATGGAGATTTTCA-AAAAG-TG-GC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T-TCC--CTCGA--TTTACGATAAACAACATA---CCGATTTTCCAACCTGAAATTTTTAAAATCCAA-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCCAAGCCAATCA-GAAATCGGGG--AAAA-T-A-AGCAGCCA-TT--G-CTGT---TTACA--CAATCGG--GAA---TCGcctccgtatgtgaataaaaatta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTT-T--CTT--TG------------------------CATTTA-C--GG----CAAAAT-GTC-GCGAATTTAGAGCTT--TCAAAA-AAG---TCGT-CGCA-CGCAAAATCC------CCCTTTGAGATTTT-C-AAACGTTG-GCAT-GTccggctaactcccctacgctttcattgttgcgaggtacgcgcggagtccgagtgtctgtttaac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AC-AGAAA-ATAAGAGTT--CTCATTGAA--CTT--TGAA-AAAG--AGTGTA--CATCTTGC-TTCA-CCTGA----CAAAATTGATCGTGAATTTAGAGTTTCATGAAAAGAATAGTTCGG-TGCGGCGCAAAATCA------CC-ATGGAGATTTTCggcagctcatctggtgttaaatat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gacTAAATAAATGTACTATTAATGACTTACATTTTG-ATGGTGTTT--GCCCATTTATT-TT-GAT--T--ATATAT-CGAA-TGACGTA--TTCGC--GAA-TTT-CGT--GACAAAGCACAG-CATTCC--TTTTTCGA--TTGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                attttcgaCGCGAATTTAGATCTT--TAAAAA-AAG---TCGT-TGCG-CGCAAAATCC------CCTATTGAAATTTT-C-AAAAGTTG-GCAG-GTGTAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         agacgtacatttaagtAA--CTTTCCCCGAATATCT-GG-CGGGATTTTCC-CGATTTagaccatcctgcgtattttaagaacagt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     catatgtgctt-AA-TGACGTA--TTCGC--GAA-TTT-CGT--GACAAAGCACAG-CATTCC--TTTTTCGA--TTGC-AGAT-TG-TTTTCTC-C-A-GACT-CTGGAGG-ACCA--CG-TG---AC-A--------------T---TT--GCAACAGACAG-CAA-----G-ATagcacgattccgctctcactgatcagggaaaagcaataatcccacattaccaagatatggtaaaattta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTCA-C--GA----CAAATT-GTC---GAATTTAGACCTT--TGAAAA-AAG---TCGT-CGTG-CGCAAAATCC------CCCATTGGAATTTT-C-AAAAGTTG-GCAG-GTAcacat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                     ATTCTCC-CAATTTCA-GCATT-GGCAAAAAGC-----CAT------TCTC-------GAGA--GGGAAAACAACAAT--CTTCAGAAATC-CCAATC-TTGT-AAATATGT------CCCAATTTTTATGA----CA--ATGATCCCAATTT-ggaaacattaagtgttttcaaacat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTCA-C---A---ACAAAAT-ATC-ACAAATTTTGAGTTT--TTAAAA-ATG--TTT-T-CACA-TGCAAA-TCC------CCAATGGAGACGTTTT-AAAAGTTG-GTAT-GTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                          atttattTAC-TGCCAAACTTTTCCC-GA---TCTAGG-CGGGAATTCTC-CGATTTTATGCCTT-GACAAACGCT-----TAT------TCCC-------CGAATCGGAAA--CAAAAAA--ACCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATTA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTAAAAATCCCG-TG-CCAT-ATCT-TT-GTG-GCC-AGCCAATCATGAAATC-GGG--AGCA-T-A-GTCGGCCA-TT--GTTTGT---TGACA--T--TTTGAAAAA---ACGTGTTATCGGAATGTGTACCTATT-TGTACGGTACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCAAGATTTATTTAATTGGAACAATTAAATAGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTTCTCA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCGT---TGAGTG-TACAGATT-TACTACGTATGATAGTTAG-------GACACC-TCAATCAAACAAT-TATTTGGAACACGC--GCGGAGA-ACTCGAGAT-AT--TCGG-------GATA------AG-GT-----ACG-T-CATGTT----------GT-------------T--TGA-TGTTG-A-ATATA---T-CC----AAAACT-A---AAGTAT-GCATT-AAATAATTGGTAGGGGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGAAAACGA---TATTC-GAACATTATCTGCCTCCATTTAGTCTG--------TTAAACTTTTTT-----A-----GAAATTG-GCAAT---TAAGCCTT--TTACAATAAA-A-ATATAACAC-GGTA-------TTTTGAATGAATTTTGGGGTAATT-ATTGTCAGTTGTC--ATGGGTGC-AA-TGATTTG-GTTCACAGAAAGTTT-TGT--G-CAGAGCAGAAACGTTCC--TTTTCTGG--TTGCAAAAT-TGTTTCCATAACAA-AACTCCTGCAAGTTCCATGCCATGT--TC-ACGTTTTTTGGT---T---TT--AC-ACAACCAG-CAA-----GAATGCATGCG------AGTGC-----------TTTTAAAA--------GTTTAAATCTACTTTTTCAGT-----TACGCAACGT--TAAGTAAAAC-ATTTGTGTATTCAACTCAT-TGCT-GGGAT-GTA-T---------TTACACGG-TAAATGTA-TCTTTATATCT-AATAT-TGTTGCCATAG---TGAGCAATTTG---AATTTAA-ATAAATATGCATA--TTTTCAA-AA-GTATGT----TTATTTTTA--------TTACTGTATT--------TAGTTTTG-TTG--AAGTTAAG-CAAGAAAAATGAACTTGGCATGTTT--TTATTGA-TAT-ATTGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTAGCCT-ATTTGT--CTT--TGAA-AA-G--A-TGTA--CATTTGGCATTCATC--GAAACACAAATT-GTCCGCGAATTTAGAGCTT--TAAAAA-AAAAGTTCGTCCACA-CGCAAAAATC------CCCATGGAGATTTTTCAAAAAGTTG-GCAT-GTATATGgggaag
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                    -TGCTAA--CTTTCCCCGA---TTCTGG-CGGGATTTTCC-CGATTTTAAGC-----AC-GATTCC-----CGC------TCTC-------CTGATCGGGAAAGCAAAAAT--CCCCACAATTA-CCGATT-TTGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                   g-TGCCAA----TTCCC-GA---TTTAGG-CGGTGATTCTC-CGCTTTTACACCTTTGAAAAACGCT-----CATATCCGCTTCC-------CGA-TCGGG----CAAAAAA--CCCTAGAAATCTCCGATTGTTGTAAAAAGTGTGTCTGTCCCGA--TCTTC-A----CAACACGA-CCCGATTT-C--ACCTTA----TTTAAA-TCCTG-CGTCCAT-TTTTGTC-GTG-GCC-A-CCAATCA----ATC-AGG--AGTC-T-A-AGTGGCCAATTAGGCCTATATTCTACA--T--TT----GAATACACGTGCCGTTGGA-TGTGT--------TGT-------CCTTGGCTTA-----A------------CTTATT------GGACAATT------C-ATT-T---T-CGGAAAGAT----CAT-TA-----GG-CAA-TT-C--TGT-----------------GGTG-AATGG--C-T--TGCC-ATA-----TA---TTGATTG-ATAGTC-A--AAATGAT-------GGACACAT--G----AAGACTCG--AT-AT--TCGGTATGACCGATAGGCT--AG-GTTACTCATGAT-CATGTTTTACAGTTGTGT-------------TGTTGA-AGTTGA---TATA---TGCT----ATAACT-ATATGTGCAT-ACATT-TAATAATT-GTA--GGGAC-CTA-G--TGT----AC----CGTT----ACACTGGGTTTATT---GACATT------TTCAA--TAGTCTG-TTCATGTCTAAGCTTTTTTTTTTTAATAATGAAATTGTGCTATAACTAG--CTTAGTTACAGTA----GAT-TAAAA---ATA-------TTTT--ATGAATTTTC-GGTAAGT-ATT--CAGATGTC--ATGTGT-C-AAATGAGTTG-GTTC-C--GA--TGT-TGT--A-CAGAGC-TAAACGTTCTCTTTTTCTGGGTTTTTAGCAT-TG-T-CCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-GTCA--CA-GGTCTTA-A-G-----TATTATTT---TT--AT-ATAAACA--CAACTG--G-A-GCA--CG------A-TGC-----------TT---ACAT-------CTTTAAATA-G------TAAA-----GACGCAACAT--TA-----T----TTTAT-TATTCAACTTATGTGCT-GGGAT-----T---------TTTCACTG----ATATA-TCTT--TATCTTAATAT-TTTTTC---AA---CGAG-AATTTGA-CAGTATAATATAATTATGCATGGTTTTTC-A-AG-TAGTGT----TC---TTTA--------TT-C---ATT--------TA-TTTTG-TTGG-AAGT--AG-CA--AAAAAGGAACTTA--AT---T--ATGTTGA-TAT-A-TGATA-------T-GT-C-A-AAATATTA--TTG--CT-ATTCGT--CTT---GAA-AA-GGGA-TGTAGTCATCT-GCATTC--C--GA----CAATAT-GTGCGCGAATTT-GA---T--TTAAAA-A-------GC-TG-G-CG-GAAATCCGCCTTCCCTGTGAAGATTTTC----AAGTTGTGCATAGT-TATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tT-TCC--CTCGA--TTTACGATAA-CAACAT-A-CCGCATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCGACG-CCAT-TTCT-TTCGCG-GCC-AAGCAATCA-GAAATC-GGGGAAAGA-T-ATAGCAGCCA-TT--GCCTGTG--TTACA--CAATCGG--GAA---gacatc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcT--GTCTGT---TTACA-------------------ATGCTA----AATG-------ATTGTGTATTGCACC-TGCGCTTA-----AACTGT-TCGGAATGTCTTG--TTGG-ACAAATTAATAGCCATT-TCA-T-CGGGAAGAT-GGACTT-TAA-AATGG-CAAATT-CCTTAC--CACGAGGTG----TGA-TG-AACGA--CATAC-----ATGATGGTTAGCTTTAA-TACACCATC--CCAACCAATCT-T---GAACAC-TTAA----GATATTTGGGACGAT--T----------GAT-------AG-GT-----AGG-T-CATA-T----------G--------------T--TAA-AGTTGAATATATATCCT-CC----AAAACT-A---GTGAATAACATT-AAA-AATT-ATAC-GGAAC-CTA-GT-TATTTAAACA-GATGtcccggctaactcccctacgcgtttcattgtatgcgacaggtacgcgcgatccgagtgtctgtttacaatgctaaatgattgtgtattgcacctgcgcttaaactgttcggaatgtcttgttggacaaattaatagccatttcatcgggaagatggactttaaaatggcaaattccttaccacgaggtgtgatgaacgacatacatgatggttagctttaatacaccatcccaaccaatcttgaacacttaagatatttgggacgattgataggtaggtcatatgttaaagttgaatatatatcctccaaaactagtgaataacattaaaaattatacggaacctagttatttaaacagatg
gi|5                          : gcttccctcgatttacgataacaacataccgcatttccaacctgaatttttaaaatcccgacgccatttctttcgcggccaagcaatcagaaatcggggaaagatatagcagccattgcctgtgttacacaatcgggaatcccggctaactcccctacgcgtttcattgtatgcgacaggtacgcgcgatccgag-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGGGATCCTCC-CGATTTTACGCCTC-GGCAAACGCC------AT------TCCCGCTTTCCCGA-TCGGGAAAGCAAAAAA--CCC--AAAATC-CCGGTT-TTGTAAAAA-TGT-TCC--CC-GA--TTTACGA----CAACAAGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTT-AAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GAG-GCC-AGCCAATCA-GAAACC-GGG--AAAC-A-A-GGCTGCCA-TT---TTTGT---TTACAAGT--TCT---------ACA----------------------TGTGTATTGCACCT--GACTT-----------------AACTTATT------GGACAATT-AATAGC-A-TATTAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TCA-AATGG-CAAATT-C--CGT---GC-AGGCGAGATTGAGTG-AACG------ACTACG-ATGATAGTTAGGT-----TACACCATC-AC---ACAAT-G-T---G-----------------ACTCGAGAT-CT-----------------------AG-GT-----ACG-T-CATGTT----------GTGTTGTTCAACTTGT--TGA-AGTTG-A-ATATA---T-CC----AAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                              acaTACGTGCCAA--CTTTCCC-GA---TTCCGG-CGGGATTTTCC-CGATTTTAAGC-----ACGA-TTCC-----CGC------TTTC-------CCAATTGGGAAAGCAAAAAA--CCCCACAAATC-TCGATT-TTGTAAAAAA-GT-TCC--CC-GA--TTTACGA----CAACACGA-CC-GATTT-CCAATATGAA-TTTT-AAAATCCCG-CA-CCAT-TTCT-TT-GAG-GCC-AGCTAATCA-GAAATC-GGG--AAAA-TAA-AGCGGTCA---------GT---TTACA--g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aTTA-ATGAAATTT--GGGAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGAGTGC-AA-TGATTCT-GTTCAC--AAAGTTCGTG---G-CAGAGCAGAA-CATTCC--TTTTCTGG--TTGCAA-AC-TA-TTCCAT--C-A-AACT-T---AAG-TCCA---------------------TGTT------------C-ACAAACAG-CAA-----G-ATGCAT----------GTGC-----------TTTT-AAA---------TCTAGTTCGA------T-GTTAAAAGACGTAACTT--TAAGTAATA--AT--GTGTATTCAACTTAT-TGCTTGGGAT-ATA-TATTATGATATTACACTG-TAAAT-TA-TCTT--TATCT-AATAT-TGTTTC---AGAGTTGAG-AATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcgaggtacgcgcggagttcagagtgtctgtttctgtttacaagctacat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TG---ATTGTGTATTGCACCT--GGCTTA-----AACTGTGTCGGAA--TGTTT--GTTGGA-AATTAATTAG--ATT-TCA-T-CGGGAAGAT-GGACTT-TAA-AATGGCCAAATTCC--TGT--AAC-AGGTG----TGA-TG-AACGA--C-AAC-----ATGATGGTTAGCTTTAA-TACACCATC--CCAACCAAT-T-T---GAACAC-T------------TAAGGAT-AT--TTGG-------GACGATTGATAG-GT-----A-G-TCCATA-T----------G--------------T--TAA-AGTTGAATATATA---T-CCTCCAAAAACT-A---GTGAAT-ACATT-AAAACATT-ATA---GGAC-CTA-AGTTATTT-AA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGA-TATGTATA--TTTTC-ATAGTATATGT----TTATTTTTT--------TTAA---A----------TAGTTCTG-TTG--AAATTAAG--AAGAAAAA-GAACTTG--ATG-TT--GTATTGA-TATAA-TGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATT------------------------------A-G--A-TGTA--CATTT-GCATTCA-C--G----ACAAAAT-GT-CACGAATTTAGAGCTT--TGAAAA-AAG---TTGT-CATG-CGCAAAATCC------CCCATGGGAATTGT-C-AAAAGTTG-GCA

Unaligned ( gi|21 ): TGATTAGAATTAATAATCTCATAATTCCAATTTTTTT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                           111      1  111                               1111     444444444444444444444                                                                                     1111                                                                                                              1111    111     88888888888888888888888888888888888888888           222      333333333333333333333333333333                   2222222                                          222        2222          33333333333333            11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111          222     111   11111       111111                       11         2222         11      22      444444    111      111111     55555555555555555     33333       222222      44444444444444   11       22222  1      44444444444444444               11       1             11      1           11             11  2222          1                11                   11        1            2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222       3333333333333333333         11     222222                   1    1     555555555555555        11       1    11    1      1      33333333    11     222       1    1        11      1  222  1   22222        66666666666666666666666666          1111        11        1       111111  111      1   22    222222                       111      55555555555555555555555          1         33333333         11                            1111                   111111               222                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    6      444      1  000   5  5   5  5              4  8888   0 000000000000000000000  5   1 5 777  66     0       777        1  5      5    5   3 1  5   66     66       9999  3   666  2     5          77   1         5  5    5    5  5 4 5   5         5      5   77  1 666 5        5  6666    333 0   55555555555555555555555555555555555555555           111      888888888888888888888888888888 1    6  99  6   6 0000000 6         6      6 666     6      6 99   000  6     0000   6  6   88888888888888      2 6 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    6     666     111 6 55555       444444 1  8     8   6   88   99     8   0000   0 8 0 33      00      111111    888      555555   1 66666666666666666     33333     7 444444      99999999999999   33  3    44444  0      55555555555555555   0 8     1   99       6 0 8  0   5  11   1  0   6       33   6 99   6  22  1111       1  5   99        0  55    0 8  8  88     99 8 8    6 0     99   4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444       6666666666666666666       0 33  3  444444  3  55     3   7  0    0     111111111111111     2  33    6  0    33    0 3    0      22222222    33     444   1   3    0        33  3   0  333  0   44444        44444444444444444444444444  2       6666  2 3   22 77     0       777777  444      0   33    888888   8    6 6   6        000  6   00000000000000000000000   99   3 3       5 88888888      5  33           1 66  66 5       7777    4   4          222222               222        5    6  3    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    .      ...      .  ...   .  .   .  .              .  ....   . .....................  .   . . ...  ..     .       ...        .  .      .    .   . .  .   ..     ..       ....  .   ...  .     .          ..   .         .  .    .    .  . . .   .         .      .   ..  . ... .        .  ....    ... .   .........................................           ...      .............................. .    .  ..  .   . ....... .         .      . ...     .      . ..   ...  .     ....   .  .   ..............      . . . .............................................................................................................................    .     ...     ... . .....       ...... .  .     .   .   ..   ..     .   ....   . . . ..      ..      ......    ...      ......   . .................     .....     . ......      ..............   ..  .    .....  .      .................   . .     .   ..       . . .  .   .  ..   .  .   .       ..   . ..   .  ..  ....       .  .   ..        .  ..    . .  .  ..     .. . .    . .     ..   .......................................................................................................       ...................       . ..  .  ......  .  ..     .   .  .    .     ...............     .  ..    .  .    ..    . .    .      ........    ..     ...   .   .    .        ..  .   .  ...  .   .....        ..........................  .       ....  . .   .. ..     .       ......  ...      .   ..    ......   .    . .   .        ...  .   .......................   ..   . .       . ........      .  ..           . ..  .. .       ....    .   .          ......               ...        .    .  .    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    7      444      4  000   1  7   7  0              5  8888   9 555555555555555555555  0   1 0 444  99     1       666        7  7      7    0   5 7  0   99     99       4444  2   666  5     0          11   7         7  7    7    7  7 0 7   7         7      7   99  0 111 7        7  4444    888 1   11111111111111111111111111111111111111111           888      555555555555555555555555555555 0    7  88  7   7 3333333 7         7      7 888     7      7 22   000  7     8888   7  7   77777777777777      5 7 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    7     333     777 7 22222       666666 0  0     0   0   88   00     0   2222   8 0 8 22      00      777777    333      333333   0 33333333333333333     33333     3 333333      00000000000000   88  2    55555  0      22222222222222222   8 0     0   00       0 8 0  8   0  00   0  0   7       33   3 22   7  55  8888       0  5   22        7  88    8 8  0  88     00 0 0    0 8     00   0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000       0000000000000000000       2 88  2  555555  2  88     2   0  0    0     555555555555555     5  22    5  0    88    0 2    0      88888888    22     333   0   3    8        88  2   0  222  0   55555        55555555555555555555555555  5       5555  5 2   55 22     8       000000  888      0   22    222222   0    7 7   7        222  7   22222222222222222222222   22   7 3       0 66666666      0  66           1 11  11 3       2222    4   4          888888               222        0    7  8    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                 TAC-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGG-GA-TTCTCCCGATTTTACGCCTT-GACGAACG-----C------C-----CG-CTCCC-CGGATC--GGGAAAGCAAAAAA--CCCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCC-AGCCAATCA-GAAATC-GGG--AGNA-T-A-GGCGGCCA-TT--GTCTGT---TTACAT--TCGG---A-A-ACGTGCTATCGGAATGTGTA---ATTGTGTATTGCACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCGGAACTTATTT--TTGGGACAA-TT-AAT-AGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TNA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCG----TGAGTG-AACGG--C-TACTACG-ATGATAGT-TAG--TTGATACACCATCACCAANCAAT-T-T---GAACAC-------GAA--CTCGAGATAT--TCGG-------GACGA-T---AG-G-TAC-----GT-CATGTT-----GT-------------TTGA-AGTTGAA-ATATA---T-CC----AAAACTA---GT-GNAT-ACATT-AAATAATT-ATA--GGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGAAACCGGG--TATTCG-GACATTATCTG-CTCNA-TTAGTCTGT-----T-TAAGC-----TTTTTTAA-AATGAAATTG-GC-A-GATTAGG-CTT--TTACAATA----AA-AAATATACTACTGGTG-------TTTTG-ATGAANTTT--GGTAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGNGTNCAA-TGATTTG-GTTCGC--GAAGTTTCGT--GACAGAGCANAAACGT--TCCTTTTCCGG--TTGCAANAT-TG-TTCCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-TCCAT--CGTGT-TC-ACGT-T--TGTT----TTTAC-ACAA-A-CAGC--AA-T---GATGCAT-CG------AGTGC-----------TTTT-AAA--------NTTTAAATC--TAC----TCAGT---NACGCAACGT--TAAGTAATA--ATTTGTGTATTCAACTTAT-TGCT-GGGAT-GTA-T---------TTACACTG-TAAATGTA-TCTT--TATC-TAATAT-TGTTTC---AG---CGAG-AATTTGA-CAATNTAA-ATGANTATGCATA--TTTTCA-AG-A-TA-TGT----TTATTTTTA--------TTAC---ATT--------TAGTTTTGTTGG--AAGTTAAG-CAAGAAAAANGAACTTG--ATGCTT--NTGTTGA-TATA-TGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTCGT--CTT--TGAA-AA--GA-TGTA--CATCT-GCATTCA-C--GA---ACAAAAT-GTCCGCGAATTTAGAGC--TT--TGAAAAAAG----TCGT-CGC-GCGCAAAATC------CCCCATGGAGATTTTCC-AAAAGTTG-GCAT-GTATATG
Reference ( family-1796 )     :                                                                                                                                                                                                 TAC-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGG-GA-TTTTCCCGATTTTACGCCTT-GACAAACG-----C------C-----CG-TTCCC-CGAATC--GGGAAAGCAAAAAA--CCCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCC-AGCCAATCA-GAAATC-GGG--AGNA-T-A-GGCGGCCA-TT--GTCTGT---TTACAT--TCGG---A-A-ACGTGCTATCGGAATGTGTA---ATTGTGTATTGCACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCGGAACTTATTT--TTGGGACAA-TT-AAT-AGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TNA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCG----TGAGTG-AACGG--C-TACTACG-ATGATAGT-TAG-TTTGATACACCATCACCAANCAAT-T-T---GAACAC-CG----GAA--CTCGGGATAT--TCGG-------GATA------AG-G-TAC-----GT-CATGTT-----GT-------------TTGA-AGTTGAA-ATATA---T-CC----AAAACTA---GT-GNAT-ACATT-AAATAATT-ATA--GGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGAAACCGGG-TTATTCG-GACATTATCTG-CTCNA-TTAGTCTGT-----TCTAAGC-----TTTTTTAA-AATGAAATTG-GC-ATGACTAGG-CTT--TTACAATA----AA-AAATATANTACTGGTG-------TTTTG-ATGAANTTT--GGTAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGNGTGCAA-TGATTTG-GTTCGC--GAAGTTTCGT--G-CAGAGCANAAACGT--TCCTTTTCCGG--TTGCAANAT-TG-TTCCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-TCCAT--CNTGT-TC-ACG-----TGTT----TTTAC-ACAA-A-CAGC--AA-T---GATGCAT-CG------AGTGC-----------TTTT-AAA--------NTTTAAATC--TAC----TCAGT---NACGCAACGT--TAAGTAATA--ATTTGTGTATTCAACTTAT-TGCT-GGGAT-GTA-T---------TTACACTG-TAAATGTA-TCTT--TATC-TAATAT-TGTTTC---AG---CGAG-AATTTGA-CAATNTAA-ATGANTATGCATA--TTTTCA-AG-A-TA-TGT----TTATTTTTA--------TTAC---ATT--------TAGTTTTGTTGG--AAGTTAAG-CAAGAAAAANGAACTTG--ATGCTT--NTGTTGA-TATA-TGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTCGT--CTT--TGAA-AA--GA-TGTA--CATCT-GCATTCA-C--GA---ACAAAAT-GTCCGCGAATTTAGAGC--TT--TNAAAAAAG----TCGT-CGC-GCGCAAAATC------CCCCATGGAGATTTTCC-AAAAGTTG-GCAT-GTATATG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                  AT-TGCCAA---TTTCCC-GA---TTTAGGGCGA-GAATTCTCGCGATTTTACGCCTT-GACAA-CG-----C------CATTCCCG-TTCAC-CGA-TC--GGGAAAGCAAAAAAACCCCCAGAA--T-CCGATT-T-GTAAAA--CGT-TCC--TACGA--TTTACGA----CA-CATTA-CGATATTG-TCAACATGAA-TTATTAAAATCCAG-CG-CCATATTCT-TT-TTGTGCC-AGCCAATCG-AAAATC-GGG--AGCAAT-A-GTCGGCC--TT---TCTGT---G-ACAT----GG---A-A-AAGTGTTATCGGAAT----A---AT---GTATTGTACC-TGGCTTTACTAATAACTGTGTCAAAGATAATTTA-TTAGGACAA-AT-CAT-AGC-A--ATGAATTCGGGAAGATTGGACTT-TCAGAATGG---AATT-C--TGTATCAC-AGACG----TGAGTGGAAC-------ACTACG--TGATACTATGG----GCTACAC-ATT--CAAC---T-T-T---GACCAC-CG----GAG--A-CGGGATATAATCGG-------GATA------AGTG-TAT------T-CATTTT-----G----------------GATAGTTGGA-ATATA---T-C-----AAAACTG---ATAGTAA-GCTTTTAAATAAT--ATA--GGGACACTACG--TATTT-A-CATGACGTTTGTGAAAC---G-ATATTCGAGACATGATCTG-CTCTAGTTA---TGA-----T-TAAGC-----TTTTA-AA-AAT---ATTG-G----GATTAGAACAT--TTACAATA----AA-AAATATACTACTGGTG-------TTTTG-ATGAAATTT--GGTAATTAATT-TCA-ATTTCTGATGGAT-CAATTGATTTGAGTTCAC--GAAGTTT-GTTAG-CAAAGCAG-AACGT--TCCTTTTCTGGT-TTGCAACATATG-TTCCAT--C-ACAACCATTGCAAG-TCCAT--CCTGT-TCTACA-----TGTTTAGGTTTA--ACAATACCAGCCAAG-TATGGATGCAT-CGGAGCTTAGTGCTTTAAAGATTTTTTT-AAAGCTTAAAGTTTTAAATC--TAC----TCAGT---TACGCAAAGTTGTAAGTAATAACATTTG-GTATTC-ACT--T-TGCT-GGGATAGTATT---------TTACA-TGTTAAATGTAGTCTT--TATC-T-ATATCTGTTTG---TT---CTTG--ATCTGATTAATCTAA-ATGAGTATTTATA--GT---G-AG-A-TA-TGCAAGGTTATTCTTAATTGTGTGTTAT---ACTGATATTTATAGTTTTGTTTGATAAGTTAGGACAGAAGAAGAGAACTTG--ATGCTTACTTGGTGAGTAT--TGATAATTTGCACGGTACAA-AAA-ATTAGATTG--CT-ATT-GTCCCTTTGTGAATAA--GA--ATA--CATGT-TCAT--A-C--------CTCAAT-GT-CGCGAATTTAGAGCTTTT--TGAAAAAAG----TCGT-CAC-ACGC-AAATC------CCCCATGGAGATTTTCA-AAAAG-TG-GC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T-TCC--CTCGA--TTTACGATAAACAACATA---CCGATTTTCCAACCTGAAATTTTTAAAATCCAA-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCCAAGCCAATCA-GAAATCGGGG--AAAA-T-A-AGCAGCCA-TT--G-CTGT---TTACACAATCGG---G-A-Acctccgtatgtgaataaaaatta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTT-T--CTT--TG-----------------------CATTTA-C--GG----CAAAAT-GTC-GCGAATTTAGAGC--TT--TCAAAAAAG----TCGT-CGC-ACGCAAAATC------CCCCTTTGAGATTTT-C-AAACGTTG-GCAT-GTtcgccggctaactcccctacgctttcattgttgcgaggtacgcgcggagtccgagtgtctgtttaac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AC-AGAAA-ATAAGAGTT--CTCATTGAA--CTT--TGAA-AAA-GAGTGTA--CATCTTGC-TTCA-CCTGA----CAAAATTGATCGTGAATTTAGAGT--TTCATGAAAAGAATAGTTCGG-TGCGGCGCAAAAT-------CACCATGGAGATTTTCggcagctcatctggtgttaaatat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gacTT--TT-CGATA----AATAAATGTACTATTAATGACTTACATTTTG-ATGGTGTTT--GCCCATTTATT-TT-GAT--T--ATATATCGAA-TGACGTA--TTCGC--GAA-TTTCGT--GACAAAGCACAG-CAT--TCCTTTTTCGA--TTGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aCGCGAATTTAGATC--TT--TAAAAAAAG----TCGT-TGC-GCGCAAAATC------CCCTATTGAAATTTT-C-AAAAGTTG-GCAG-GTGTAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         agacgtacatttaagtAA--CTTTCCCCGAATATCT-GG-CGG-GA-TTTTCCCGATTTAGCAC----GAT----------T------C-----CG-CTCTCACTGATCAGGGAAAAGCAATAAT--CCCagaccatcctgcgtattttaagaacagt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                catatgtgcttAA-TGACGTA--TTCGC--GAA-TTTCGT--GACAAAGCACAG-CAT--TCCTTTTTCGA--TTGC-AGAT-TG-TTTTCTC-C-A-GACT-CTGGAGG-ACCA---CGTG-----ACA-------------TTTGCAACAG-A-CAGC--AA-----GATacattaccaagatatggtaaaattta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATTCA-C--GA----CAAATT-GTC---GAATTTAGACC--TT--TGAAAAAAG----TCGT-CGT-GCGCAAAATC------CCCCATTGGAATTTT-C-AAAAGTTG-GCAG-GTAcacat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                      A-TTCTCCCAATTTCA-GCATT-GGCAAAAA-----G------C-----CA-TTCTC-GAGA----GGGAAAACAACAAT--CTTCAGAAATC-CCAATC-TTGT-AAATATGT------CCCAATTTTTATGA----CA--ATGATCCCAATTT-ggaaacattaagtgttttcaaacat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTCA-C---A---ACAAAAT-ATC-ACAAATTTTGAGT--TT--TTAAAAATG----TTTT-CAC-ATGCAAA-TC------CCCAATGGAGACGTTTT-AAAAGTTG-GTAT-GTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                          atttattTAC-TGCCAAACTTTTCCC-GA---TCTAGG-CGG-GA-ATTCTCCGATTTTATGCCTT-GACAAACG-----C------T-----TA-TTCCC-CGAATC--GGAAA--CAAAAAA--ACCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATTA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTAAAAATCCCG-TG-CCAT-ATCT-TT-GTG-GCC-AGCCAATCATGAAATC-GGG--AGCA-T-A-GTCGGCCA-TT--GTTTGT---TGACAT--TTTGAAAA-A-ACGTGTTATCGGAATGTGTACCTATT-TGTACGGTACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCAAGATTTATTTAATTGGAACAA-TTAAAT-AGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTTCTCA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCGT---TGAGTG-TACAGATT-TACTACGTATGATAGT-TAG----GACACCTCA--ATCAAACAAT-TATTTGGAACACGCGCGGAGAA--CTCGAGATAT--TCGG-------GATA------AG-G-TAC-----GT-CATGTT-----GT-------------TTGA-TGTTG-A-ATATA---T-CC----AAAACTA---AA-GTAT-GCATT-AAATAATTGGTAGGGGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGAAAACGA---TATTCG-AACATTATCTGCCTCCATTTAGTCTGT-------TAAAC-----TTTTTTA-----GAAATTG-GC-A--ATTAAGCCTT--TTACAAT-----AA-AAATATAACAC-GGTA-------TTTTGAATGAATTTTGGGGTAATT-ATTGTCAGTTGTC--ATGGGTGCAA-TGATTTG-GTTCACAGAAAGTTTTGT--G-CAGAGCAGAAACGT--TCCTTTTCTGG--TTGCAAAAT-TGTTTCCATAACAA-AACTCCTGCAAGTTCCATGCCATGT-TC-ACGTTTTTTGGT----TTTAC-ACAA-C-CAGC--AA-G---AATGCATGCG------AGTGC-----------TTTTAAAA--------GTTTAAATC--TACTTTTTCAGT---TACGCAACGT--TAAGTAAAAC-ATTTGTGTATTCAACTCAT-TGCT-GGGAT-GTA-T---------TTACACGG-TAAATGTA-TCTTTATATC-TAATAT-TGTTGCCATAG---TGAGCAATTTG---AATTTAA-ATAAATATGCATA--TTTTCA-AA-AGTA-TGT----TTATTTTTA--------TTACTGTATT--------TAGTTTTGTT-G--AAGTTAAG-CAAGAAAAATGAACTTGGCATGTTT--TTATTGA-TATATTGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTAGCCT-ATTTGT--CTT--TGAA-AA--GA-TGTA--CATTTGGCATTCATC--GAAACACAAATT-GTCCGCGAATTTAGAGC--TT--TAAAAAAAAAGT-TCGTCCAC-ACGCAAAAAT------CCCCATGGAGATTTTTCAAAAAGTTG-GCAT-GTATATGgggaag
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                    -TGCTAA--CTTTCCCCGA---TTCTGG-CGG-GA-TTTTCCCGATTTTAAGC-----ACGA-TT-----C------C-----CG-CTCTC-CTGATC--GGGAAAGCAAAAAT--CCCCACAATTA-CCGATT-TTGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                   g-TGCCAA----TTCCC-GA---TTTAGG-CGGTGA-TTCTCC-GCTTTTACACCTTTGAAAAACG-----CTCATATC-----CG-CTTCC-CGA-TC--GGG----CAAAAAA--CCCTAGAAATCTCCGATTGTTGTAAAAAGTGTGTCTGTCCCGA--TCTTC-A----CAACACGA-CCCGATTT-C--ACCTTA----TTTAAA-TCCTG-CGTCCAT-TTTTGTC-GTG-GCC-A-CCAATCA----ATC-AGG--AGTC-T-A-AGTGGCCAATTAGGCCTATATTCTACAT--TTGA---ATACACGTGCCGTTGGA-TGTGT--------TGT-------CCTTGGCTTA-----A------------CTTATT------GGACAA-TT-------C-ATT-T---T-CGGAAAGAT----CAT-TA-----GG-CAA-TT-C--TGT-----------------GGTG-AATGG--C-T--TGCC-AT-ATA-T-T-G-ATTGATA----GTCA--AAATGAT-------GGACAC-AT----GAAGACTCG--ATAT--TCGGTATGACCGATAGGCT--AG-GTTACTCATGAT-CATGTTTTACAGTTGTGTTG------TTGA-AGTTG---ATATA---TGCT----ATAACTATATGT-GCAT-ACATT-TAATAATT-GTA--GGGAC-CTA-G--TGT----AC----CGTT----ACACTGGGTTTATT---GACATT------TTCAA--TAGTCTGTTCATGTCTAAGCTTTTTTTTTTTAATAATGAAATTGTGCTATAACTA-G-CTTAGTTACAGTAGATTAA-AAATAT-----------------TTT---ATGAATTTTC-GGTAAGT-A-T-TCAGATGTC--ATGTGTCAAA-TGAGTTG-GTTC-C--GATGTT--GT--A-CAGAGC-TAAACGTTCTCTTTTTCTGGGTTTTTAGCAT-TG--TCCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-GTCA---CAGGTCTT-AAGTAT--TATT----TTTAT-ATAA-A-CA-C--AACT---GGAGCA--CG------A-TGC-------------TT-ACAT-------CTTTAAAT------------AGTAAAGACGCAACAT--TA--T-------TTTAT-TATTCAACTTATGTGCT-GGGAT-----T---------TTTCACTG----ATATA-TCTT--TATCTTAATAT-TTTTTC---AA---CGAG-AATTTGA-CAGTATAATATAATTATGCATGGTTTTTCA-AG---TAGTGT-------TCTTTA--------TT-C---ATT--------TA-TTTTGTTGG--AAGT--AG-CA--AAAAAGGAACTTA--A---TT--ATGTTGA-TATA-TGAT-------AT-GT-C-A-AAATATT--ATTG--CT-ATTCGT--C-T--TGAA-AAGGGA-TGTAGTCATCT-GCATTC--C--G----ACAATAT-GTGCGCGAATTT-GA----TT--T--AAAAAG----CTG---GC-G---GAAATCCGCCTTCCCTGTGAAGATTTTC----AAGTTGTGCATAGT-TATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tT-TCC--CTCGA--TTTACGATAA-CAACAT-A-CCGCATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCGACG-CCAT-TTCT-TTCGCG-GCC-AAGCAATCA-GAAATC-GGGGAAAGA-T-ATAGCAGCCA-TT--GCCTGTG--TTACACAATCGG---G-A-Agacatc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gcT--GTCTGT---TTACA----------------ATGCTA----AATG-------ATTGTGTATTGCACC-TGCGCTTA-----AACTGT-TCGGAATGTCTTG--TTGG-ACAAATT-AAT-AGCCATT-TCA-T-CGGGAAGAT-GGACTT-TAA-AATGG-CAAATT-CCTTAC--CACGAGGTG----TGA-TG-AACGA--CATAC-----ATGATGGT-TAGCTTTAATACACCATC-CCAACCAATCT-T---GAAC-----------A--CTTAAGATAT--TTGG-------GACGATTGATAG-G-TAG-----GT-CATA-T-----G--------------TTAA-AGTTGAATATATATCCT-CC----AAAACTA---GT-GAATAACATT-AAA-AATT-ATAC-GGAAC-CTA-GT-TATTTAAACA-GATGtcccggctaactcccctacgcgtttcattgtatgcgacaggtacgcgcgatccgagtgtctgtttacaatgctaaatgattgtgtattgcacctgcgcttaaactgttcggaatgtcttgttggacaaattaatagccatttcatcgggaagatggactttaaaatggcaaattccttaccacgaggtgtgatgaacgacatacatgatggttagctttaatacaccatcccaaccaatcttgaacacttaagatatttgggacgattgataggtaggtcatatgttaaagttgaatatatatcctccaaaactagtgaataacattaaaaattatacggaacctagttatttaaacagatg
gi|5                          : gcttccctcgatttacgataacaacataccgcatttccaacctgaatttttaaaatcccgacgccatttctttcgcggccaagcaatcagaaatcggggaaagatatagcagccattgcctgtgttacacaatcgggaatcccggctaactcccctacgcgtttcattgtatgcgacaggtacgcgcgatccgag-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGG-GA-TCCTCCCGATTTTACGCCTC-GGCAAACGCCATTC------C-----CGCTTTCC-CG-ATC--GGGAAAGCAAAAAA--CCC--AAAATC-CCGGTT-TTGT-AAAAATGT-T-C--CCCGA--TTTACGA----CAACAAGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA--TTTTAAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GAG-GCC-AGCCAATCA-GAAACC-GGG--AAAC-A-A-GGCTGCCA-TT---TTTGT---TTACA----------A-----GTTCTA-CA--------------TGTGTATTGCACCT--GACTT-----------------AACTTATT------GGACAA-TT-AAT-AGC-A-TATTAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TCA-AATGG-CAAATT-C--CGT---GC-AGGCGAGATTGAGTG-AACG------ACTACG-ATGATAGT-TAG-GT---TACACCATCAC---ACAAT-G-T---G--------------A--CTCGAGATCT-----------------------AG-G-TAC-----GT-CATGTT-----GTGTTGTTCAACTTGTTGA-AGTTG-A-ATATA---T-CC----AAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                              acaTACGTGCCAA--CTTTCCC-GA---TTCCGG-CGG-GA-TTTTCCCGATTTTAAGC-----ACGA-TT-----C------C-----CG-CTTTC-CCAATT--GGGAAAGCAAAAAA--CCCCACAAATC-TCGATT-TTGTAAAAAA-GT-TCC--CC-GA--TTTACGA----CAACACGA-CC-GATTT-CCAATATGAA-TTTT-AAAATCCCG-CA-CCAT-TTCT-TT-GAG-GCC-AGCTAATCA-GAAATC-GGG--AAAA-TAA-AGCGGTCA---------GT---TTACAg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTTA-ATGAAATTT--GGGAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGAGTGCAA-TGATTCT-GTTCAC--AAAGTT-CGT--GGCAGAGCAGAA-CAT--TCCTTTTCTGG--TTGCAA-AC-TA-TTCCAT--C-A-AACT-T---AAG-TCCAT--------------------GTT--------C-ACAA-A-CAGC--AA-----GATGCAT----------GTGC-----------TTTT-AAA---------TCTAGTTCGATGT----TAAAA---GACGTAACTT--TAAGTAATA--AT--GTGTATTCAACTTAT-TGCTTGGGAT-ATA-TATTATGATATTACACTG-TAAAT-TA-TCTT--TATC-TAATAT-TGTTTC---AGAGTTGAG-AATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcgaggtacgcgcggagttcagagtgtctgtttctgtttacaagctacat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TG---ATTGTGTATTGCACCT--GGCTTA-----AACTGTGTCGGAA--TGTTT--GTTGGA-AA-TT-AATTAG--ATT-TCA-T-CGGGAAGAT-GGACTT-TAA-AATGGCCAAATTCC--TGT--AAC-AGGTG----TGA-TG-AACGA--C-AAC-----ATGATGGT-TAGCTTTAATACACCATC-CCAACCAAT-T-T---GAACAC------------TTAAGGATAT--TTGG-------GACGATTGATAG-G-TA------GTCCATA-T-----G--------------TTAA-AGTTGAATATATA---T-CCTCCAAAAACTA---GT-GAAT-ACATT-AAAACATT-ATA---GGAC-CTA-AGTTATTT-AA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGA-TATGTATA--TTTTCATAGTA-TA-TGT----TTATTTTTT--------TTAA---AT----------AGTTCTGTTGA--AA-TTAAG--AAGAAAAA-GAACTTG--ATG-TT--GTATTGA-TATAATGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGAT---------------------------------GTA--CATTT-GCATTCA-C--GA----CAAAAT-GTC-ACGAATTTAGAGC--TT--TGAAAAAAG----TTGT-CAT-GCGCAAAATC------CCCCATGGGAATTGT-C-AAAAGTTG-GCA

Unaligned ( gi|21 ): TGATTAGAATTAATAATCTCATAATTCCAATTTTTTT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                           111      1  111             1              1  333333333333333333333333333333         11                                                                         1111                                                                                                              1111    111     88888888888888888888888888888888888888888           222      333333333333333333333333333333                   2222222                                          222        2222          33333333333333            000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000          222     111   11111       111111                       11         2222         11      22      333333    111      111111     44444444444444444     33333       222222      55555555555555   11       22222  1      44444444444444444               11       1             11                  11                          11                  11                   11        11           00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000       3333333333333333333         11     22222222                 1   1      555555555555555        11       1    11    1      1      33333333    11     222       1    1        11      1  222  1   22222        66666666666666666666666666          1111        11        1       111111  111      1   22    222222                       111      55555555555555555555555          1         33333333         11                            1111                   111111               222                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    6      444      1  000   5  5   5  0      2       0  888888888888888888888888888888     3 5 11   66     0       777        1  5      5    5   3 1  5   66     66       9999  3   666  2     5          77   1         5  5    5    5  5 4 5   5         5      5   77  1 666 5        5  6666    333 0   55555555555555555555555555555555555555555           111      888888888888888888888888888888 1    6  99  6   6 0000000 6         6      6 666     6      6 99   000  6     0000   6  6   88888888888888      2 6   888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    6     666     111 6 55555       444444 1  8     8   6   88   99     8   0000   0 8 0 33      00      666666    888      555555   1 66666666666666666     33333     7 444444      00000000000000   33  3    44444  0      33333333333333333   0 8     1   99       6 0 8  0   5  11   1  8   6       33   6 99   6   1  55       66 1   99        0  55    0 8  8  88     99 8 8    99      99   99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999       6666666666666666666       0 33  3  44444444   55     3   7  0   0      111111111111111     2  33    6  0    33    0 3    0      22222222    33     444   1   3    0        33  3   0  333  0   44444        44444444444444444444444444  2       6666  2 3   22 77     0       777777  444      0   33    888888   8    6 6   6        000  6   00000000000000000000000   99   3 3       5 88888888      5  33           1 66  66 4       7777    4   4          222222               222        5    6  3    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    .      ...      .  ...   .  .   .  .      .       .  ..............................     . . ..   ..     .       ...        .  .      .    .   . .  .   ..     ..       ....  .   ...  .     .          ..   .         .  .    .    .  . . .   .         .      .   ..  . ... .        .  ....    ... .   .........................................           ...      .............................. .    .  ..  .   . ....... .         .      . ...     .      . ..   ...  .     ....   .  .   ..............      . .   ..............................................................................................................................    .     ...     ... . .....       ...... .  .     .   .   ..   ..     .   ....   . . . ..      ..      ......    ...      ......   . .................     .....     . ......      ..............   ..  .    .....  .      .................   . .     .   ..       . . .  .   .  ..   .  .   .       ..   . ..   .   .  ..       .. .   ..        .  ..    . .  .  ..     .. . .    ..      ..   .....................................................................................................       ...................       . ..  .  ........   ..     .   .  .   .      ...............     .  ..    .  .    ..    . .    .      ........    ..     ...   .   .    .        ..  .   .  ...  .   .....        ..........................  .       ....  . .   .. ..     .       ......  ...      .   ..    ......   .    . .   .        ...  .   .......................   ..   . .       . ........      .  ..           . ..  .. .       ....    .   .          ......               ...        .    .  .    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    7      444      4  000   1  7   7  0      5       8  888888888888888888888888888888     1 0 00   99     1       666        7  7      7    0   5 7  0   99     99       4444  2   666  5     0          11   7         7  7    7    7  7 0 7   7         7      7   99  0 111 7        7  4444    888 1   11111111111111111111111111111111111111111           888      555555555555555555555555555555 0    7  88  7   7 3333333 7         7      7 888     7      7 22   000  7     8888   7  7   77777777777777      5 7   222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    7     333     777 7 22222       666666 0  0     0   0   88   00     0   2222   8 0 8 22      00      000000    333      333333   0 33333333333333333     33333     3 333333      77777777777777   88  2    55555  0      22222222222222222   8 0     0   00       0 8 0  8   0  00   0  8   7       33   3 22   7   0  22       55 7   22        7  88    8 8  0  88     00 0 0    22      00   88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888       0000000000000000000       2 88  2  88888888   88     2   0  0   0      555555555555555     5  22    5  0    88    0 2    0      88888888    22     333   0   3    8        88  2   0  222  0   55555        55555555555555555555555555  5       5555  5 2   55 22     8       000000  888      0   22    222222   0    7 7   7        222  7   22222222222222222222222   22   7 3       0 66666666      0  66           1 11  11 7       2222    4   4          888888               222        0    7  8    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                 TAC-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGG-GA-TTCTCCCGATTTTACGCCTT-GACGAACG-----C------C-----CGCTCTC-CNGATC--GGGAAAGCAAAAAA--CCCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCC-AGCCAATCA-GAAATC-GGG--AGNA-T-A-GGCGGCCA-TT--GTCTGT---TTACAT--TCGG---A-A-ACGTGCTATCGGAATGTGTA---ATTGTGTATTGCACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCGGAACTTATTT--TTGGGACAA-TT-AAT-AGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TNA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCG----TGAGTG-AACGG--C-TACTACG-ATGATAGT-TAG--TTGATACACCATCACCAANCAAT-T-T---GAACAC-------GAA--CTCGAGATAT--TCGG---GA-C----GATAGG------TAC-----GT-CATGTT-----GT-------------TTGA-AGTTGAA-ATATA---T-CC----AAAACTA---GT-GNAT-ACATT-AAATAATT-ATA--GGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGAAACC-GA--TATTCG-GACATTATCTG-CTCNA-TTAGTCTG-T------TAAGC-----TTTTTTAA-AATGAAATTG-GC-A-GATTAGG-CTT--TTACAATA----AA-AAATATACTACTGGTG-------TTTTG-ATGAANTTT--GGTAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGNGTNCAA-TGATTTG-GTTCGC--GAAGTTTCGTGACAGAGCANAAACGT--TCCTTTTCCGG--TTGCAANAT-TG-TTCCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-TCCAT--CGTGT-T---CACG---T-TTGGTTTTACACAA-A-CAGC--AA-T---GATGCAT-CG------AGTGC-----------TTTT-AAA--------NTTTAAATC--TAC----TCAGT---NACGCAACGT--TAAGTAATA--ATTTGTGTATTCAACTTAT-TGC-TGGGAT-GTA-T---------TTACACTG-TAAATGTA-TCTT--TATC-TAATAT-TGTTTC---AG---CGAG-AATTTGA-CAATNTAA-ATGANTATGCATA--TTTTCA-AG-A-TA-TGT----TTATTTTTA--------TTAC---ATT--------TAGTTTTGTTGG--AAGTTAAG-CAAGAAAAANGAACTTG--ATGCTT--NTGTTGA-TATA-TGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTCGT--CTT--TGAA-AA--GA-TGTA--CATCT-GCATTCA-C--GA---ACAAAAT-GTCCGCGAATTTAGAGC--TT--TGAAAAAAG----TCGT-CGC-GCGCAAAATC------CCCCATGGAGATTTTCC-AAAAGTTG-GCAT-GTATATG
Reference ( family-1796 )     :                                                                                                                                                                                                 TAC-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGG-GA-TTCTCCCGATTTTACGCCTT-GACGAACG-----C------C-----CGCTCCC-CGGATC--GGGAAAGCAAAAAA--CCCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCC-AGCCAATCA-GAAATC-GGG--AGNA-T-A-GGCGGCCA-TT--GTCTGT---TTACAT--TCGG---A-A-ACGTGCTATCGGAATGTGTA---ATTGTGTATTGCACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCGGAACTTATTT--TTGGGACAA-TT-AAT-AGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TNA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCG----TGAGTG-AACGG--C-TACTACG-ATGATAGT-TAG--TTGATACACCATCACCAANCAAT-T-T---GAACAC-------GAA--CTCGAGATAT--TCGG---GA-C----GATAGG------TAC-----GT-CATGTT-----GT-------------TTGA-AGTTGAA-ATATA---T-CC----AAAACTA---GT-GNAT-ACATT-AAATAATT-ATA--GGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGAAACCGGG--TATTCG-GACATTATCTG-CTCNA-TTAGTCTGTT------TAAGC-----TTTTTTAA-AATGAAATTG-GC-A-GATTAGG-CTT--TTACAATA----AA-AAATATACTACTGGTG-------TTTTG-ATGAANTTT--GGTAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGNGTNCAA-TGATTTG-GTTCGC--GAAGTTTCGTGACAGAGCANAAACGT--TCCTTTTCCGG--TTGCAANAT-TG-TTCCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-TCCAT--CGTGT-T---CACG---T-TTGTTTTTACACAA-A-CAGC--AA-T---GATGCAT-CG------AGTGC-----------TTTT-AAA--------NTTTAAATC--TAC----TCAGT---NACGCAACGT--TAAGTAATA--ATTTGTGTATTCAACTTAT-TGC-TGGGAT-GTA-T---------TTACACTG-TAAATGTA-TCTT--TATC-TAATAT-TGTTTC---AG---CGAG-AATTTGA-CAATNTAA-ATGANTATGCATA--TTTTCA-AG-A-TA-TGT----TTATTTTTA--------TTAC---ATT--------TAGTTTTGTTGG--AAGTTAAG-CAAGAAAAANGAACTTG--ATGCTT--NTGTTGA-TATA-TGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTCGT--CTT--TGAA-AA--GA-TGTA--CATCT-GCATTCA-C--GA---ACAAAAT-GTCCGCGAATTTAGAGC--TT--TGAAAAAAG----TCGT-CGC-GCGCAAAATC------CCCCATGGAGATTTTCC-AAAAGTTG-GCAT-GTATATG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                  AT-TGCCAA---TTTCCC-GA---TTTAGGGCGA-GAATTCTCGCGATTTTACGCCTT-GAC-AACG-----C------CATTCCCGTTCAC-CG-ATC--GGGAAAGCAAAAAAACCCCCAGAA--T-CCGATT-T-GTAAAA--CGT-TCC--TACGA--TTTACGA----CA-CATTA-CGATATTG-TCAACATGAA-TTATTAAAATCCAG-CG-CCATATTCT-TT-TTGTGCC-AGCCAATCG-AAAATC-GGG--AGCAAT-A-GTCGGCC--TT---TCTGT---G-ACAT----GG---A-A-AAGTGTTATCGGAAT----A---AT---GTATTGTACC-TGGCTTTACTAATAACTGTGTCAAAGATAATTTA-TTAGGACAA-AT-CAT-AGC-A--ATGAATTCGGGAAGATTGGACTT-TCAGAATGG---AATT-C--TGTATCAC-AGACG----TGAGTGGAAC-------ACTACG--TGATACTATGG----GCTACAC-ATT--CAAC---T-T-T---GACCACC------GGA--GACGGGATATAATCGG---GA--------TAAG------TGT-----ATTCATTTT-----G----------------GATAGTTGGA-ATATA---T-C-----AAAACTG---ATAGTAA-GCTTTTAAATAAT--ATA--GGGACACTACG--TATTT-A-CATGACGTTTGTGAAAC--GA--TATTCGAGACATGATCTG-CTCTAGTTA---TGAT------TAAGC-----TTTTA-AA-AAT---ATTG-G----GATTAGAACAT--TTACAATA----AA-AAATATACTACTGGTG-------TTTTG-ATGAAATTT--GGTAATTAATT-TCA-ATTTCTGATGGAT-CAATTGATTTGAGTTCAC--GAAGTTTGTTAGCAAAGCAG-AACGT--TCCTTTTCTGGT-TTGCAACATATG-TTCCAT--C-ACAACCATTGCAAG-TCCAT--CCTGT-TCTACATG---T-TTAGGTTTA-ACAATACCAGCCAAG-TATGGATGCAT-CGGAGCTTAGTGCTTTAAAGATTTTTTT-AAAGCTTAAAGTTTTAAATC--TAC----TCAGT---TACGCAAAGTTGTAAGTAATAACATTTG-GTATTC-ACT--T-TGC-TGGGATAGTATT---------TTACA-TGTTAAATGTAGTCTT--TATC-T-ATATCTGTTTG---TT---CTTG--ATCTGATTAATCTAA-ATGAGTATTTATA--GT---G-AG-A-TA-TGCAAGGTTATTCTTAATTGTGTGTTAT---ACTGATATTTATAGTTTTGTTTGATAAGTTAGGACAGAAGAAGAGAACTTG--ATGCTTACTTGGTGAGTAT--TGATAATTTGCACGGTACAA-AAA-ATTAGATTG--CT-ATT-GTCCCTTTGTGAATAA--GA--ATA--CATGT-TCAT--A-C--------CTCAAT-GT-CGCGAATTTAGAGCTTTT--TGAAAAAAG----TCGT-CAC-ACGC-AAATC------CCCCATGGAGATTTTCA-AAAAG-TG-GC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T-TCC--CTCGA--TTTACGATAAACAACATA---CCGATTTTCCAACCTGAAATTTTTAAAATCCAA-CG-CCAT-TTCT-TT-GCG-GCCAAGCCAATCA-GAAATCGGGG--AAAA-T-A-AGCAGCCA-TT--G-CTGT---TTACACAATCGG---G-A-Acctccgtatgtgaataaaaatta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-GTAC-A-AAA-ATTAGATTG--CT-ATTT-T--CTT--TG-----------------------CATTTA-C--GG----CAAAAT-GTC-GCGAATTTAGAGC--TT--TCAAAAAAG----TCGT-CGC-ACGCAAAATC------CCCCTTTGAGATTTT-C-AAACGTTG-GCAT-GTtcgccggctaactcccctacgctttcattgttgcgaggtacgcgcggagtccgagtgtctgtttaac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AC-AGAAA-ATAAGAGTT--CTCATTGAA--CTT--TGAA-AAA-GAGTGTA--CATCTTGC-TTCA-CCTGA----CAAAATTGATCGTGAATTTAGAGT--TTCATGAAAAGAATAGTTCGG-TGCGGCGCAAAAT-------CACCATGGAGATTTTCggcagctcatctggtgttaaatat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gacTT--TT-CGATA----AATAAATGTACTATTAATGACTTACATTTTG-ATGGTGTTT--GCCCATTTATT-TT-GAT--T--ATATATCGAA-TGACGTA--TTCGC--GAA-TTTCGTGACAAAGCAC-AGCAT--TCCTTTTTCGA--TTGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aCGCGAATTTAGATC--TT--TAAAAAAAG----TCGT-TGC-GCGCAAAATC------CCCTATTGAAATTTT-C-AAAAGTTG-GCAG-GTGTAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         agacgtacatttaagtAA--CTTTCCCCGAATATCT-GG-CGG-GA-TTTTCCCGA-TTTA-GC-----ACGA--T-----T------C-----CGCTCTCACTGATCAGGGAAAAGCAATAAT--CCCagaccatcctgcgtattttaagaacagt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                catatgtgcttAA-TGACGTA--TTCGC--GAA-TTTCGTGACAAAGCACAG-CAT--TCCTTTTTCGA--TTGC-AGAT-TG-TTTTCTC-C-A-GACT-CTGGAGG-ACCA---CGTG-------ACA---T-TTG----CA-ACAG-A-CAGC--AA-----GATacattaccaagatatggtaaaattta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTCA-C--GA----CAAATT-GTC---GAATTTAGACC--TT--TGAAAAAAG----TCGT-CGT-GCGCAAAATC------CCCCATTGGAATTTT-C-AAAAGTTG-GCAG-GTAcacat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                      A-TTCTCCCAATTTCA-GCATT-GGCAAAAA-----G------C-----CATTCTC-GAGA----GGGAAAACAACAAT--CTTCAGAAATC-CCAATC-TTGT-AAATATGT------CCCAATTTTTATGA----CA--ATGATCCCAATTT-ggaaacattaagtgttttcaaacat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTCA-C---A---ACAAAAT-ATC-ACAAATTTTGAGT--TT--TTAAAAATG----TTTT-CAC-ATGCAAA-TC------CCCAATGGAGACGTTTT-AAAAGTTG-GTAT-GTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                          atttattTAC-TGCCAAACTTTTCCC-GA---TCTAGG-CGG-GAATTCTCC-GATTTTATGCCTT-GACAAACG-----C------T-----TATTCCC-CGAATC--GGAAA--CAAAAAA--ACCCAGAAATC-CCGATT-TTGTAAAAAATGT-TCC--CCCGA--TTTACGA----CAACATTA-CCCGATTT-CCAACCTGAA-TTTTAAAAATCCCG-TG-CCAT-ATCT-TT-GTG-GCC-AGCCAATCATGAAATC-GGG--AGCA-T-A-GTCGGCCA-TT--GTTTGT---TGACAT--TTTGAAAA-A-ACGTGTTATCGGAATGTGTACCTATT-TGTACGGTACCCTGGGCTTA-----AACTGT-TCAAGATTTATTTAATTGGAACAA-TTAAAT-AGC-ATTATCAAT-CGGGAAGAT-GGACTTCTCA-AATGG-CAAATT-C--TGT--CAC-AGGCGT---TGAGTG-TACAGATT-TACTACGTATGATAGT-TAG----GACACCTCA--ATCAAACAAT-TATTTGGAACACGCGCGGAGAA--CTCGAGATAT--TCGG---GA-T----A--AGG------TAC-----GT-CATGTT-----GT-------------TTGA-TGTTG-A-ATATA---T-CC----AAAACTA---AA-GTAT-GCATT-AAATAATTGGTAGGGGGAC-CTA-G--TATTT-AACA-GACGTT-GTGAAAAC-GA--TATTCG-AACATTATCTGCCTCCATTTAGTCTG-T------TAAAC-----TTTTTTA-----GAAATTG-GC-A--ATTAAGCCTT--TTACAAT-----AA-AAATATAACAC-GGTA-------TTTTGAATGAATTTTGGGGTAATT-ATTGTCAGTTGTC--ATGGGTGCAA-TGATTTG-GTTCACAGAAAGTTTTGTG-CAGAGCAGAAACGT--TCCTTTTCTGG--TTGCAAAAT-TGTTTCCATAACAA-AACTCCTGCAAGTTCCATGCCATGT-T---CACGTTTT-TTGGTTTTACACAA-C-CAGC--AA-G---AATGCATGCG------AGTGC-----------TTTTAAAA--------GTTTAAATC--TACTTTTTCAGT---TACGCAACGT--TAAGTAAAAC-ATTTGTGTATTCAACTCAT-TGC-TGGGAT-GTA-T---------TTACACGG-TAAATGTA-TCTTTATATC-TAATAT-TGTTGCCATAG---TGAGCAATTTG---AATTTAA-ATAAATATGCATA--TTTTCA-AA-AGTA-TGT----TTATTTTTA--------TTACTGTATT--------TAGTTTTGTT-G--AAGTTAAG-CAAGAAAAATGAACTTGGCATGTTT--TTATTGA-TATATTGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGATTAGCCT-ATTTGT--CTT--TGAA-AA--GA-TGTA--CATTTGGCATTCATC--GAAACACAAATT-GTCCGCGAATTTAGAGC--TT--TAAAAAAAAAGT-TCGTCCAC-ACGCAAAAAT------CCCCATGGAGATTTTTCAAAAAGTTG-GCAT-GTATATGgggaag
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                    -TGCTAA--CTTTCCCCGA---TTCTGG-CGG-GA-TTTTCCCGATTTTAAGC-----ACGA-TT-----C------C-----CGCTCTC-CTGATC--GGGAAAGCAAAAAT--CCCCACAATTA-CCGATT-TTGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                   g-TGCCAA----TTCCC-GA---TTTAGG-CGGTGA-TTCTCC-GCTTTTACACCTTTGAAAAACG-----CTCATATC-----CGCTTCC-CG-ATC--GGG----CAAAAAA--CCCTAGAAATCTCCGATTGTTGTAAAAAGTGTGTCTGTCCCGA--TCTTC-A----CAACACGA-CCCGATTT-C--ACCTTA----TTTAAA-TCCTG-CGTCCAT-TTTTGTC-GTG-GCC-A-CCAATCA----ATC-AGG--AGTC-T-A-AGTGGCCAATTAGGCCTATATTCTACAT--TTGA---ATACACGTGCCGTTGGA-TGTGT--------TGT-------CCTTGGCTTA-----A------------CTTATT------GGACAA-TT-------C-ATT-T---T-CGGAAAGAT----CAT-TA-----GG-CAA-TT-C--TGT-----------------GGTG-AATGG--C-T--TGCC-AT-ATA-T-TGA--TTGATA----GTCA--AAATGAT-------GGACACAT-----GAAGACTCGA--TAT--TCGGTATGACC----GATAGGCTAGGTTACTCATGAT-CATGTTTTACAGTTGTGTTG------TTGA-AGTTG---ATATA---TGCT----ATAACTATATGT-GCAT-ACATT-TAATAATT-GTA--GGGAC-CTA-G--TGT----AC----CGTT----ACACTGGGTTTATT---GACATT------TTCAA--TAGTCTGTTCATGTCTAAGCTTTTTTTTTTTAATAATGAAATTGTGCTATAACTA-G-CTTAGTTACAGTAGATTAA-AAATAT-----------------TTT---ATGAATTTTC-GGTAAGT-A-T-TCAGATGTC--ATGTGTCAAA-TGAGTTG-GTTC-C--GATGTT--GT-ACAGAGC-TAAACGTTCTCTTTTTCTGGGTTTTTAGCAT-TG--TCCAT--C-A-AACT-CTGCAAG-GTCA---CAGGTCT---TAAG---TATTATTTTTATATAA-A-CA-C--AACT---GGAGCA--CG------A-TGC-------------TT-ACAT-------CTTTAAAT------------AGTAAAGACGCAACAT--TA--T-------TTTAT-TATTCAACTTATGTGC-TGGGAT-----T---------TTTCACTG----ATATA-TCTT--TATCTTAATAT-TTTTTC---AA---CGAG-AATTTGA-CAGTATAATATAATTATGCATGGTTTTTCA-AG---TAGTGT-------TCTTTA--------TT-C---ATT--------TA-TTTTGTTGG--AAGT--AG-CA--AAAAAGGAACTTA--A---TT--ATGTTGA-TATA-TGAT-------AT-GT-C-A-AAATATT--ATTG--CT-ATTCGT--C-T--TGAA-AAGGGA-TGTAGTCATCT-GCATTC--C--G----ACAATAT-GTGCGCGAATTT-GA----TT--T--AAAAAG----CTG---GC-G---GAAATCCGCCTTCCCTGTGAAGATTTTC----AAGTTGTGCATAGT-TATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tT-TCC--CTCGA--TTTACGATAA-CAACAT-A-CCGCATTT-CCAACCTGAA-TTTTTAAAATCCCGACG-CCAT-TTCT-TTCGCG-GCC-AAGCAATCA-GAAATC-GGGGAAAGA-T-ATAGCAGCCA-TT--GCCTGTG--TTACACAATCGG---G-A-Agacatc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gcT--GTCTGT---TTACA----------------ATGCTA----AATG-------ATTGTGTATTGCACC-TGCGCTTA-----AACTGT-TCGGAATGTCTTG--TTGG-ACAAATT-AAT-AGCCATT-TCA-T-CGGGAAGAT-GGACTT-TAA-AATGG-CAAATT-CCTTAC--CACGAGGTG----TGA-TG-AACGA--CATAC-----ATGATGGT-TAGCTTTAATACACCATC-CCAACCAATCT-T---GAAC-----------A--CTTAAGATAT--TTGG---GA-CGATTGATAGG------TAG-----GT-CATA-T-----G--------------TTAA-AGTTGAATATATATCCT-CC----AAAACTA---GT-GAATAACATT-AAA-AATT-ATAC-GGAAC-CTA-GT-TATTTAAACA-GATGtcccggctaactcccctacgcgtttcattgtatgcgacaggtacgcgcgatccgagtgtctgtttacaatgctaaatgattgtgtattgcacctgcgcttaaactgttcggaatgtcttgttggacaaattaatagccatttcatcgggaagatggactttaaaatggcaaattccttaccacgaggtgtgatgaacgacatacatgatggttagctttaatacaccatcccaaccaatcttgaacacttaagatatttgggacgattgataggtaggtcatatgttaaagttgaatatatatcctccaaaactagtgaataacattaaaaattatacggaacctagttatttaaacagatg
gi|5                          : gcttccctcgatttacgataacaacataccgcatttccaacctgaatttttaaaatcccgacgccatttctttcgcggccaagcaatcagaaatcggggaaagatatagcagccattgcctgtgttacacaatcgggaatcccggctaactcccctacgcgtttcattgtatgcgacaggtacgcgcgatccgag-TGCCAA--CTTTCCC-GA---TTTAGG-CGG-GA-TCCTCCCGATTTTACGCCTC-GGCAAACGCCATTC------C-----CGCTTTC-CCGATC--GGGAAAGCAAAAAA--CCC--AAAATC-CCGGTT-TTGT-AAAAATGT-T-C--CCCGA--TTTACGA----CAACAAGA-CCCGATTT-CCAACCTGAA--TTTTAAAATCCCG-CG-CCAT-TTCT-TT-GAG-GCC-AGCCAATCA-GAAACC-GGG--AAAC-A-A-GGCTGCCA-TT---TTTGT---TTACA----------A-----GTTCTA-CA--------------TGTGTATTGCACCT--GACTT-----------------AACTTATT------GGACAA-TT-AAT-AGC-A-TATTAAT-CGGGAAGAT-GGACTT-TCA-AATGG-CAAATT-C--CGT---GC-AGGCGAGATTGAGTG-AACG------ACTACG-ATGATAGT-TAG--GT--TACACCATCAC---ACAAT-G-T---G--------------A--CTCGAGA-----TC---------------TAGG------TAC-----GT-CATGTT-----GTGTTGTTCAACTTGTTGA-AGTTG-A-ATATA---T-CC----AAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                              acaTACGTGCCAA--CTTTCCC-GA---TTCCGG-CGG-GA-TTTTCCCGATTTTAAGC-----ACGA-TT-----C------C-----CGCTTTC-CCAATT--GGGAAAGCAAAAAA--CCCCACAAATC-TCGATT-TTGTAAAAAA-GT-TCC--CC-GA--TTTACGA----CAACACGA-CC-GATTT-CCAATATGAA-TTTT-AAAATCCCG-CA-CCAT-TTCT-TT-GAG-GCC-AGCTAATCA-GAAATC-GGG--AAAA-TAA-AGCGGTCA---------GT---TTACAg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTTA-ATGAAATTT--GGGAATT-ATT-TCAGATGTC--ATGAGTGCAA-TGATTCT-GTTCAC--AAAG-TTCGTGGCAGAGCAG-AACAT--TCCTTTTCTGG--TTGCAA-AC-TA-TTCCAT--C-A-AACT----TAAG-TCCA-----TGT-T---------------------CACAA-A-CAGC--AA-----GATGCAT----------GTGC-----------TTTT-AAA---------TCTAGTTCGATGT----TAAAA---GACGTAACTT--TAAGTAATA--A--TGTGTATTCAACTTAT-TGCTTGGGAT-ATA-TATTATGATATTACACTG-TAAAT-TA-TCTT--TATC-TAATAT-TGTTTC---AGAGTTGAG-AATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcgaggtacgcgcggagttcagagtgtctgtttctgtttacaagctacat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TG---ATTGTGTATTGCACCT--GGCTTA-----AACTGTGTCGGAA--TGTTT--GTTGGA-AA-TT-AATTAG--ATT-TCA-T-CGGGAAGAT-GGACTT-TAA-AATGGCCAAATTCC--TGT--AAC-AGGTG----TGA-TG-AACGA--C-AAC-----ATGATGGT-TAGCTTTAATACACCATC-CCAACCAAT-T-T---GAACAC------------TTAAGGATAT--TTGG---GA-CGATTGATAGG------TA------GTCCATA-T-----G--------------TTAA-AGTTGAATATATA---T-CCTCCAAAAACTA---GT-GAAT-ACATT-AAAACATT-ATA---GGAC-CTA-AGTTATTT-AA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGA-TATGTATA--TTTTCATAGTA-TA-TGT----TTATTTTTT--------TTAA---AT----------AGTTCTGTTGA--AA-TTAAG--AAGAAAAA-GAACTTG--ATG-TT--GTATTGA-TATAATGATA-----CAT-GTAC-A-AAA-ATTAGAT---------------------------------GTA--CATTT-GCATTCA-C--GA----CAAAAT-GTC-ACGAATTTAGAGC--TT--TGAAAAAAG----TTGT-CAT-GCGCAAAATC------CCCCATGGGAATTGT-C-AAAAGTTG-GCA