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lowQualScore                  :                            .....   .    ......   ......... ..    .. ..   ...   .  ...............     ............ .... . .. ...... . ..... .  ... ..  ...  ......    .      
lowQualScore                  :                            33333   1    333333   999999999 00    55 55   666   5  999999999999999     777777777777 8888 5 22 666666 6 00000 7  000 55  777  999999    7      
consensus                     :                  AGGAGAGGGC-----TTA-CATA------GGC--TC-GG--C--CTGC--T--GCC--CAAT-CC---T---T-T-----TATGT--TN--T--A--C----A-T--A------A-T-----A-AA---A--TA--NTG-T-T--AAAT-CAAATT
Reference ( gi|8 )            :                  AGGAGAAGGC-----TTA-CATA------GGC--TT-TC--C--CTGC--T--GCC--TAAT-CC---T---T-T-----TATGT--TT--T--G--C----A-T--A------A-T-----A-AA---A--TA--ATG-T-T--AAAT-TAAATT
gi|25                         :                  AGGAAAAGGC-----TGA-CATA------GGC--TT-GC--C--CTGC--T--TCC--TAAT-CC---T---A-T-----TATAT--TT--T--T--CCCTTATT--A------A-T-----A-AA---G--T
gi|15                         :                 aAGGAGAAGGC-----TTA-TAAT------GGC--TA-AG--C--CTGC--T--GCC--TAAT-CC---T---TAT-----TACGT--AT--T--A--T----A-C--A------A-T-----A-GC---A--TA--CTGTT-T--AAA
gi|13                         :                  AGGAGAGGAC-----TTA-TTTA------GGC--AA-CG--C--CTGT--T--GTC--CAAT-CC---T---T-T-----TATGC--ATGAT--A--C----A-T--A------A-T-----T-AA---A--TA--TTGCT-T--AAAT-cag
gi|12                         :                 aAGGAGAGGGC-----TTA-TA-A------GGT--TA-TG--C--CTGT--T--GCC--CAGT-CC---T---T-T-----TGAAT------------C----A-TTCA------A-T-----A-CA---A--TA--CGT-T-T--AAAT-CAAc
gi|16                         :              attttGGAGAAGGC-----TTA-TGTA------GGC--TC-AG--C--CTGC--T---CC--TA--------------T-----TATGT--TA--T--G--C----A-T--A------A-TGATTAA-AA---A--T---ATGTT-T--GAAT-TAAATT
gi|5                          :                   GGAGAGGGC-----TTA-TATA------GGC--TC-AG--C--CTGC--T--ATC--CAAC-CA---T---T-T-----AACGT--TA--T--A--C----A-T--A------A-T-----A-CATGTA--AA--ATA-T-----AAT-TAAAT
gi|9                          :                  tGGAGATAGC-----TTA-TATA------AGC--AA-CG--C--CTGT--T--GTA--CAAT-CC---T---T-T-----TATGTAGTA--T--A--C----A-T--A------A-A-----A-AA---A--TA--TCG-T-TTAAAAT-c
gi|7                          :                 atGGAGAGGACCTTAATTATCATA------TGC--TA-TG--C--CTGT--T--GCC--TAAT-CC---T---T-T-----TGT---------------------C--A------A-T-----A-AA---A--TA--c
gi|21                         : gtttgatctttatatttgGGAAAGGGC-----TTA-TATA------GG---TA-AC--G--CTAT--TT-GTC--CAAT-CC---T---T-T-----TATGT--AT--T--A--C----A-
gi|1                          :              tgtatGGAGAGGGC-----CTA-TATACATGTAGGC--AT--A--C--CTGT--C--GCC--CGAT-CC---T---T-T-----TGAGT--T---------C----G-TC-A------A-T-----A-AA---AATTAATATG-T-TC-AAATCTAAATggtggtatacataa
gi|17                         :      gacctttgtactttGAGAGAGG-----TTA-CATA------G----TT-GC--CGCCTGCCTT--GCC--ATAT-CC---T---T-T-----AATGT--TT--G--C--C----A-T--A------A-T-----A-AA---A--TA--A-G-T-T--AAAA-TAAgt
gi|24                         :                   aGAGAGGGC-----TTA-TATA------GGC---T-AC--G--CT-C--T--GTC--C-AT-GC---T---T-T-----TATTT--TA--T--A--CA---A-T--A------A-T-----A-AA---
gi|11                         :                    GAAAAGGG-----TTAATATA------GGCA-GT-GC--T--CTAC--TTTGCC--TAATGCC---T---T-T-----CATGT--tatggtctatatc
gi|3                          :                tgtatAGAAGGC-----TTA-GATA------GGC--CT-TG--C--CTAT--T--TCC--TAAT-CC---T---A-T-----TATGT--TA--T--A--T----A-C--AGTGTACA-T-----ATAC---A--TA--ATG------AAA--TAGATTaccattttattatggtagtatac
gi|34                         :                      GAAGGC-----TTA-TTTA------GGC--TC-TG--C--CTGC--T--GCC--TTAT-CC---T---A-T-----TATGT--TG--T--A--C----A-T--A------A-T-----A-tgatttaa
gi|20                         :                      GATGGC-----TTA-TATA------GGC--AA-TA--C--CTTC--T--GTC--CAAT-CT---A---T-T-----TAGGT--TT--TTGA--C----A-T--G------A-T-----A-AA---A--TA--TTG-TAT--AAAT-
gi|4                          :                       AGGGC-----TTA-CATA------GGTGATT-GC--G--CTGC--T--GCC--AAGT-CCAAAT---T-TTG---TATGT--TC--T--ATTC----A-TG-A------A-T-----A-AA---A--TATGCTG-T-C--AAAA-CAAAT
gi|18                         :                       AAGAC-----TTA-TATA------GTC--TC-AG--C--CTGC--T--GCC--TGGT-TC---T---TAT-----GATGT--TT--T--A--C----A-T--G------T-T-----G-AT---T--TA--TTGTT-T--AAAT-CAAag
gi|2                          :                       AAGCT-----TTG-CATA------GGCA-TT-GCG-C--CTGC--T--GCC---AAT-GCAA-T---C-T-----TATGTA-AA--T--G--C----A-T--A------A-T-----t
gi|22                         :                        AGGC-----TTA-CATA------GGC--TT-GG--C--CTGC--T--GCCTATAAT-CC---TA--A-T-----TATGT--TA--T--A--C----A-G--G------A-T-----A-AA---A--TA--TTG-T-T--tgttagttgtattacatgaatagatatacctgttcaaat
gi|32                         :                        AGGC-----TTA-CATA------GGC-----------------------C--TAAT-A----T---T-T-----TATGT--TT--TT-G--C----A-T--A------A-T-----A-AA---A---A--ATGTT-T--AAAT-tgaat
gi|14                         :                        agGC-----TTA-CATA------GGCA-TT-GCA-C--CTGT--T--GCT--CGAT-CCAA-T---T-TATGTATATGTA-TG--T--A--C----A-TG-A------A-T-----A-AA---A--TA--CTG-T-TC-AAAT-ata
gi|6                          :                           C-----TTA-CATA------GGCA-TT-GCGGC--CTGCC-T--TCC--CAAT-TC---CAA-T-TATG--TATGT--TT--A--A--C----A-T--G------A-T-----A-AA---A--TA--TTG-T-TC-AAAA-CAAAa
gi|29                         :                                 gcA-CATA------GGCA-TTGTG--C--CTGC--T--GCC--CAAT-CCAA-T---T-TATG--TCTGT--TT--T--A--C----A-T--A------AGT-----A-AA---A--TA--
gi|28                         :                               gtaaA-TATA------GGC--TA-AA--C--CTGT--T--GCC--CGAT-CC---T---T-T-----TGAGT--TT--G--T--C----A----A------A-T-------GA---A--T---ATGTT-T--AAAT-AAAATT
gi|31                         :                                   A-CATA------GGCA-TT-GCA-C--CTGC--T--GCC--CAAC-CTA--T---T-T-----TTCAC--TA--T--A--C----A-TG-A------A-T-----A-AA---A--TA--
gi|30                         :                                       aA------GGCA-TT-GCG-C--CTGC--T--GTC--CAAT-CCAA-TTTAT-T-----TATGT--TT--T--A--T----A-TG-A------A-T-----A-AA---A--TA--TTG-T-T--ttttt
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGAGAGGGCTATAGCAGGCTATTGCCTGCCACCCAATCACATTCTCTGTTTGTGAATAAAATTATCATAAGCAAATA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAGAGAGCAGAATAGGCTGCTGCTCAACTCCCATTCTCTTTTTGTGAATAAAATTATCATAAATTAAAT
Unaligned ( gi|23 ): TACGGAGAAGGCTAATATAAGCAACGACTGTTGCCCCATTTCATGGCGAATTAAATATTGTTCAAATCA
Unaligned ( gi|26 ): TTGGAGTAGGGTTTATATAGGCCCAGCCCTACCCGATCTATTCATATTTATACAAAATTAAAATATA
Unaligned ( gi|27 ): GAGAGGCTATAATAAGGCTAATACCTTGCTCCCAATCCCATTCCAACTAATTTGTGAATTAAATTAT
Unaligned ( gi|33 ): ACCTTGAAAAAGAGGGCTTATGCTGCCTTAACCTATTGTGTTTAATAAGATGAAAGAT
Unaligned ( gi|35 ): GGAAAGGGTTATATAACAGGCCACTAGTATTGCCTGCTGCCCAATCCCATT






Alignments
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lowQualScore                  :                        8     88888 5  22   222222   666666666666      22 3   7777     3 111111111111111    33 77777 99999 3333 4 1  000000 66666    33  222222 0 88 4    1     
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Reference ( family-1683 )     :                   AGGAG-AGGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--CG----GCCTGC--T-GCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--TN-T--A--C----A-T-AA------T-----AAAA--TA--NTG-T-T--A-AATC-AAATT
gi|1                          :                    GGAG-AGGGC-----C-TA-TATACATGTAGGCA--T--------ACCTGT--C-GCC----CGATC-C---T---T-T-----TGAG--T--T--------C----G-TCAA------T-----AAAAATTAATATG-T-TC-A-AATCTAAAT
gi|10                         :      gacctttgtactttGGAG-AGGGC-----TATA--GCA------GGC---TA-TT----GCCTGC--C-ACC----CAATCACA--T---T-C-----TCTG--T--TTGT--G-----------AA------T-----AAAA--T----TA-T-C--ATAAGC-AAATgt
gi|12                         :                  gAGGAG-AGGGC-----T-TA-TA-A------GGT---T--AT----GCCTGT--T-GCC----CAGTC-C---T---T-T-----TGAA--T--CA-T--T--C--------AA------T-----ACAA--TA--CGT-T-T--A-AATC-AAa
gi|13                         :              attttAGGAG-AGGAC-----T-TA-TTTA------GGC---A--AC----GCCTGT--T-GTC----CAATC-C---T---T-T-----TATGCAT--GA-T--A--C----A-T-AA------T-----TAAA--TA--TTGCT-T--A-AATC-
gi|14                         :                           aGC-----T-TA-CATA------GGCA--T--TGC---ACCTGT--T-GCT----CGATC-CAA-T---T-TATGTATATG--TA-TG-T--A--C----A-TGAA------T-----AAAA--TA--CTG-T-TC-A-AAT
gi|15                         :                   AGGAG-AAGGC-----T-TA-TAAT------GGC---T--AA----GCCTGC--T-GCC----TAATC-C---T---TAT-----TACG--T--AT-T--A--T----A-C-AA------T-----AGCA--TA--CTG-T-T--T-AAAC-a
gi|16                         :                    GGAG-AAGGC-----T-TA-TGTA------GGC---T--CA----GCCTGC--------------TC-C---T---A-T-----TATG--T--TA-T--G--C----A-T-AA------TGATTAAAAA--TA--TGT-T-T--G-AATT-AAATTg
gi|17                         :                     GAG-AGAGG-----T-TA-CATA------GTT---G--CC----GCCTGCCTT-GCC----ATATC-C---T---T-T-----AATG--T--TT-G--C--C----A-T-AA------T-----AAAA--TA--A-G-T-T--A-AA
gi|18                         :                       a-AAGAC-----T-TA-TATA------GTC---T--CA----GCCTGC--T-GCC----TGGTT-C---T---TAT-----GATG--T--TT-T--A--C----A-T-GT------T-----GATT--TA--TTGTT-T--A-AATC-AAataa
gi|2                          :                              -----T-TG-CATA------GGCA--T--TGC---GCCTGC--T-GCCAATGCAATC-----------T-----TATG--TA-AA-T--G--C----A-T-AA------T-----t
gi|20                         :                  aagctG-ATGGC-----T-TA-TATA------GGC---A--AT----ACCTTC--T-GTC----CAATC-T---A---T-T-----TAGG--T--TT-TTGA--C----A-T-GA------T-----AAAA--TA--TTG-TAT--A-AATtgttagttgtattacatgaatagatatacctgttcaaat
gi|21                         :                    GGAA-AGGGC-----T-TA-TATA------GG----TAACG------CTAT--TTGTC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--AT-T--A--C----A-
gi|22                         :                      tgtatGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--TG----GCCTGC--T-GCCTA--TAATC-C---TA--A-T-----TATG--T--TA-T--A--C----A-G-GA------T-----AAAA--TA--TTG-T-T--ggtggtatacataa
gi|24                         :                    aGAG-AGGGC-----T-TA-TATA------GGC---TA-CG------CT-C--T-GTC----C-ATG-C---T---T-T-----TATT--T--TA-T--A--CA---A-T-AA------T-----AAAtgaat
gi|25                         :                   AGGAA-AAGGC-----T-GA-CATA------GGC---T--TG----CCCTGC--T-TCC----TAATC-C---T---A-T-----TATA--T--TT-T--T--CCCTTATT-AA------T-----AAAG--Ttatggtctatatc
gi|26                         :                   aGGAGTAGGGT-----T-TA-TATA------GGC---C--CA----GCC--C--T-ACC----CGATC-T---A---T-T-----CATAT-T--TA-T--A--C----A-A-AAT-----T-----AAAA--TA--
gi|28                         :                                    ttA-TATA------GGC---T--AA----ACCTGT--T-GCC----CGATC-C---T---T-T-----TGAG--T--TT-G--T--C----A---AA------T------GAA--TA--TGT-T-T--A-AATA-AAATTta
gi|29                         :                                      A-CATA------GGCA--T--TGT---GCCTGC--T-GCC----CAATC-CAA-T---T-TATG--TCTG--T--TT-T--A--C----A-T-AAG-----T-----AAAA--TA--
gi|3                          :                  gtaaAG-AAGGC-----T-TA-GATA------GGC---C--TT----GCCTAT--T-TCC----TAATC-C---T---A-T-----TATG--T--TA-T--A--T----A-C-AG------T-----
gi|30                         :                                           A------GGCA--T--TGC---GCCTGC--T-GTC----CAATC-CAA-TTTAT-T-----TATG--T--TT-T--A--T----A-TGAA------T-----AAAA--TA--TTG-T-T--gtacatatacataatgaaatagatttgatttaa
gi|31                         :                                    ccA-CATA------GGCA--T--TGC---ACCTGC--T-GCC----CAACC-TA--T---T-T-----TTCA--C--TA-T--A--C----A-TGAA------T-----AAAA--TA--TTT-T-T--
gi|32                         :                     aAG-AGG-C-----T-TA-CATA------GGC------------------------C----TAATA-----T---T-T-----TATG--T--TT-TT-G--C----A-T-AA------T-----AAAA---A--ATGTT-T--A-AAT
gi|34                         :                       G-AAGGC-----T-TA-TTTA------GGC---T--CT----GCCTGC--T-GCC----TTATC-C---T---A-T-----TATG--T--TG-T--A--C----A-T-AA------T-----Aata
gi|35                         :                    GGAA-AGGG------T-TA-TATAACA---GGCCACT--AGTATTGCCTGC--T-GCC----CAATC-C---
gi|4                          :                        -AGGGC-----T-TA-CATA------GGTGA-T--TG----CGCTGC--T-GCC----AAGTC-CAAAT---T-TTG---TATG--T--TC-T--ATTC----A-TGAA------T-----AAAA--TATGCTG-T-C--A-AAAC-AAATcatt
gi|5                          :                    GGAG-AGGGC-----T-TA-TATA------GGC---T--CA----GCCTGC--T-ATC----CAACC-A---T---T-T-----AACG--T--TA-T--A--C----A-T-AATACATGT-----AAAA--TA--TAA-T-T--A-AATC-ag
gi|6                          :                            tC-----T-TA-CATA------GGCAT-TG-CG----GCCTGCC-T-TCC----CAATT-C---CAA-T-TATG--TATG--T--TT-A--A--C----A-T-GA------T-----AAAA--TA--TTG-T-TC-A-AAAC-AAA
gi|7                          :                  gcGGAG-AGGACCTTAAT-TATCATA------TGC---T--AT----GCCTGT--T-GCC----TAATC-C---T---T-T-----TGT----------------------C-AA------T-----AAAA--TA--
gi|8                          : gtttgatctttatatttgAGGAG-AAGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--TT----CCCTGC--T-GCC----TAATC-C---T---T-T-----TATG--T--TT-T--G--C----A-T-AA------T-----AAAA--TA--ATG-T-T--A-AATT-AAATT
gi|9                          :                    GGAG-ATAGC-----T-TA-TATA------AGC---A--AC----GCCTGT--T-GTA----CAATC-C---T---T-T-----TATG--TAGTA-T--A--C----A-T-AA------A-----AAAA--TA--TCG-T-TTAA-AATC-
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TGTATGAAAAGGGTTAATATAGGCAGTGCTCTACTTTGCCTAATGCCTTTCATGTACCATTTTATTATGGTAGTATAC
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAGAGAGCAGAATAGGCTGCTGCTCAACTCCCATTCTCTTTTTGTGAATAAAATTATCATAAATTAAAT
Unaligned ( gi|23 ): TACGGAGAAGGCTAATATAAGCAACGACTGTTGCCCCATTTCATGGCGAATTAAATATTGTTCAAATCA
Unaligned ( gi|27 ): GAGAGGCTATAATAAGGCTAATACCTTGCTCCCAATCCCATTCCAACTAATTTGTGAATTAAATTAT
Unaligned ( gi|33 ): ACCTTGAAAAAGAGGGCTTATGCTGCCTTAACCTATTGTGTTTAATAAGATGAAAGAT






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lowQualScore                  :                        .     ..... .  ..   ......   ............      .. .   ....     . ... ... . .....    .. ............ .... . .  ...... .....  ..     ..  . . .. .    .     
lowQualScore                  :                        7     77777 5  44   000000   000000000000      11 3   5555     3 222 555 7 88888    22 000000000000 2222 3 5  777777 44444  11     44  6 6 88 1    7     
consensus                     :                   AGGAG-AGGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--CG----GCCTGC--T-GCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-N-T--A--C----A-T-AA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--A-AATC-AAATT
Reference ( family-1683 )     :                   AGGAG-AGGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--CG----GCCTGC--T-GCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-N-T--A--C----A-T-AA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--A-AATC-AAATT
gi|1                          :                    GGAG-AGGGC-----C-TA-TATACATGTAGGCA--T--------ACCTGT--C-GCC----CGATC-C---T---T-T-----TGAG--T--TCG-T--C--A----A-T-AA------A-----AATTAATA---TG-T-TC-A-AATCTAAAT
gi|10                         :      gacctttgtactttGGAG-AGGGC-----TATA--GCA------GGC---TA-TT----GCCTGC--C-ACC----CAATCACA--T---T-C-----TCTG--T--T-TGT--G-----------AA------T-----AA--A--AT--TA-T-C--ATAAGC-AAATgt
gi|12                         :                  gAGGAG-AGGGC-----T-TA-TA-A------GGT---T--AT----GCCTGT--T-GCC----CAGTC-C---T---T-T-----TGAA--T--C-A-T--T--C--------AA------T-----AC--AATAC--GT-T-T--A-AATC-AAa
gi|13                         :              attttAGGAG-AGGAC-----T-TA-TTTA------GGC---A--AC----GCCTGT--T-GTC----CAATC-C---T---T-T-----TATGCAT--G-A-T--A--C----A-T-AA------T-----TA--AATAT--TGCT-T--A-AATC-
gi|14                         :                           aGC-----T-TA-CATA------GGCA--T--TGC---ACCTGT--T-GCT----CGATC-CAA-T---T-TATGTATATG--TA-T-G-T--A--C----A-TGAA------T-----AA--AATAC--TG-T-TC-A-AAT
gi|15                         :                   AGGAG-AAGGC-----T-TA-TAAT------GGC---T--AA----GCCTGC--T-GCC----TAATC-C---T---TAT-----TACG--T--A-T-T--A--T----A-C-AA------T-----AG--CATAC--TG-T-T--T-AAAC-a
gi|16                         :                    GGAG-AAGGC-----T-TA-TGTA------GGC---T--CA----GCCTGC--------------TC-C---T---A-T-----TATG--T--T-A-T--G--C----A-T-AA------TGATTAAA--AATAT--GT-T-T--G-AATT-AAATTg
gi|17                         :                     GAG-AGAGG-----T-TA-CATA------GTT---G--CC----GCCTGCCTT-GCC----ATATC-C---T---T-T-----AATG--T--T-T-G--C--C----A-T-AA------T-----AA--AATA---AG-T-T--A-AA
gi|18                         :                       a-AAGAC-----T-TA-TATA------GTC---T--CA----GCCTGC--T-GCC----TGGTT-C---T---TAT-----GATG--T--T-T-T--A--C----A-T-GT------T-----GA--TTTAT--TGTT-T--A-AATC-AAataa
gi|2                          :                              -----T-TG-CATA------GGCA--T--TGC---GCCTGC--T-GCCAATGCAATC-----------T-----TATG--TA-A-A-T--G--C----A-T-AA------T-----t
gi|20                         :                  aagctG-ATGGC-----T-TA-TATA------GGC---A--AT----ACCTTC--T-GTC----CAATC-T---A---T-T-----TAGG--T--T-T-TTGA--C----A-T-GA------T-----AA--AATAT--TG-TAT--A-AATtgttagttgtattacatgaatagatatacctgttcaaat
gi|21                         :                    GGAA-AGGGC-----T-TA-TATA------GG----TAACG------CTAT--TTGTC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--A-T-T--A--C----A-
gi|22                         :                      tgtatGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--TG----GCCTGC--T-GCCTA--TAATC-C---TA--A-T-----TATG--T--T-A-T--A--C----A-G-GA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--ggtggtatacataa
gi|23                         :                   aGGAG-AAGGC-----T-AA-TATA------AGC---A--AC----GACTGT--T-GCC----C---C-A---T---T-T-----CATG--G--C-G----------------AA------T-----TA--AATAT--TG-T-TC-A-AATC-tgaat
gi|24                         :                  tacGAG-AGGGC-----T-TA-TATA------GGC---TA-CG------CT-C--T-GTC----C-ATG-C---T---T-T-----TATT--T--T-A-T--A--CA---A-T-AA------T------A--AATAT--GG-TCT--A-TATC-
gi|25                         :                   AGGAA-AAGGC-----T-GA-CATA------GGC---T--TG----CCCTGC--T-TCC----TAATC-C---T---A-T-----TATA--T--T-T-T--T--CCCTTATT-AA------T-----AA--AGT
gi|26                         :                   aGGAGTAGGGT-----T-TA-TATA------GGC---C--CA----GCC--C--T-ACC----CGATC-T---A---T-T-----CATAT-T--T-A-T--A--C----A-A-AAT-----T-----AA--AATAT--
gi|28                         :                                    ttA-TATA------GGC---T--AA----ACCTGT--T-GCC----CGATC-C---T---T-T-----TGAG--T--T-T-G--T--C----A---AA------T------G--AATAT--GT-T-T--A-AATA-AAATTa
gi|29                         :                                      A-CATA------GGCA--T--TGT---GCCTGC--T-GCC----CAATC-CAA-T---T-TATG--TCTG--T--T-T-T--A--C----A-T-AAG-----T-----AA--AATA
gi|3                          :                  gtaaAG-AAGGC-----T-TA-GATA------GGC---C--TT----GCCTAT--T-TCC----TAATC-C---T---A-T-----TATG--T--T-A-T--A--T----A-C-AG------T-----
gi|30                         :                                           A------GGCA--T--TGC---GCCTGC--T-GTC----CAATC-CAA-TTTAT-T-----TATG--T--T-T-T--A--T----A-TGAA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--gtacatatacataatgaaatagatttgatttaa
gi|31                         :                                    ccA-CATA------GGCA--T--TGC---ACCTGC--T-GCC----CAACC-TA--T---T-T-----TTCA--C--T-A-T--A--C----A-TGAA------T-----AA--AATAT--TT-T-T--
gi|32                         :                     aAG-AGG-C-----T-TA-CATA------GGC------------------------C----TAATA-----T---T-T-----TATG--T--T-T-TT-G--C----A-T-AA------T-----AA--AAAAT--GT-T-T--A-AAT
gi|34                         :                       G-AAGGC-----T-TA-TTTA------GGC---T--CT----GCCTGC--T-GCC----TTATC-C---T---A-T-----TATG--T--T-G-T--A--C----A-T-AA------T-----Aata
gi|35                         :                    GGAA-AGGG------T-TA-TATAACA---GGCCACT--AGTATTGCCTGC--T-GCC----CAATC-C---
gi|4                          :                        -AGGGC-----T-TA-CATA------GGTGA-T--TG----CGCTGC--T-GCC----AAGTC-CAAAT---T-TTG---TATG--T--T-C-T--ATTC----A-TGAA------T-----AA--AATATGCTG-T-C--A-AAAC-AAATcatt
gi|5                          :                    GGAG-AGGGC-----T-TA-TATA------GGC---T--CA----GCCTGC--T-ATC----CAACC-A---T---T-T-----AACG--T--T-A-T--A--C----A-T-AATACATGT-----AA--AATAT--AA-T-T--A-AATC-ag
gi|6                          :                            tC-----T-TA-CATA------GGCAT-TG-CG----GCCTGCC-T-TCC----CAATT-C---CAA-T-TATG--TATG--T--T-T-A--A--C----A-T-GA------T-----AA--AATAT--TG-T-TC-A-AAAC-AAA
gi|7                          :                  gcGGAG-AGGACCTTAAT-TATCATA------TGC---T--AT----GCCTGT--T-GCC----TAATC-C---T---T-T-----TGT-----------------------C-AA------T-----AA--AATA
gi|8                          : gtttgatctttatatttgAGGAG-AAGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--TT----CCCTGC--T-GCC----TAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-T-T--G--C----A-T-AA------T-----AA--AATAA--TG-T-T--A-AATT-AAATT
gi|9                          :                    GGAG-ATAGC-----T-TA-TATA------AGC---A--AC----GCCTGT--T-GTA----CAATC-C---T---T-T-----TATG--TAGT-A-T--A--C----A-T-AA------A-----AA--AATAT--CG-T-TTAA-AATC-
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TGTATGAAAAGGGTTAATATAGGCAGTGCTCTACTTTGCCTAATGCCTTTCATGTACCATTTTATTATGGTAGTATAC
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAGAGAGCAGAATAGGCTGCTGCTCAACTCCCATTCTCTTTTTGTGAATAAAATTATCATAAATTAAAT
Unaligned ( gi|27 ): GAGAGGCTATAATAAGGCTAATACCTTGCTCCCAATCCCATTCCAACTAATTTGTGAATTAAATTAT
Unaligned ( gi|33 ): ACCTTGAAAAAGAGGGCTTATGCTGCCTTAACCTATTGTGTTTAATAAGATGAAAGAT






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lowQualScore                  :                        7     77777 5  44   000000   000000000000      11 3   5555     3 222 555 7 88888    22 000000000000 2222 3 5  777777 44444  11     44  6 6 88 1    7     
consensus                     :                   AGGAG-AGGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--CG----GCCTGC--T-GCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-N-T--A--C----A-T-AA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--A-AATC-AAATT
Reference ( family-1683 )     :                   AGGAG-AGGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--CG----GCCTGC--T-GCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-N-T--A--C----A-T-AA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--A-AATC-AAATT
gi|1                          :                    GGAG-AGGGC-----C-TA-TATACATGTAGGCA--T--------ACCTGT--C-GCC----CGATC-C---T---T-T-----TGAG--T--TCG-T--C--A----A-T-AA------A-----AATTAATA---TG-T-TC-A-AATCTAAAT
gi|10                         :      gacctttgtactttGGAG-AGGGC-----TATA--GCA------GGC---TA-TT----GCCTGC--C-ACC----CAATCACA--T---T-C-----TCTG--T--T-TGT--G-----------AA------T-----AA--A--AT--TA-T-C--ATAAGC-AAATgt
gi|12                         :                  gAGGAG-AGGGC-----T-TA-TA-A------GGT---T--AT----GCCTGT--T-GCC----CAGTC-C---T---T-T-----TGAA--T--C-A-T--T--C--------AA------T-----AC--AATAC--GT-T-T--A-AATC-AAa
gi|13                         :              attttAGGAG-AGGAC-----T-TA-TTTA------GGC---A--AC----GCCTGT--T-GTC----CAATC-C---T---T-T-----TATGCAT--G-A-T--A--C----A-T-AA------T-----TA--AATAT--TGCT-T--A-AATC-
gi|14                         :                           aGC-----T-TA-CATA------GGCA--T--TGC---ACCTGT--T-GCT----CGATC-CAA-T---T-TATGTATATG--TA-T-G-T--A--C----A-TGAA------T-----AA--AATAC--TG-T-TC-A-AAT
gi|15                         :                   AGGAG-AAGGC-----T-TA-TAAT------GGC---T--AA----GCCTGC--T-GCC----TAATC-C---T---TAT-----TACG--T--A-T-T--A--T----A-C-AA------T-----AG--CATAC--TG-T-T--T-AAAC-a
gi|16                         :                    GGAG-AAGGC-----T-TA-TGTA------GGC---T--CA----GCCTGC--------------TC-C---T---A-T-----TATG--T--T-A-T--G--C----A-T-AA------TGATTAAA--AATAT--GT-T-T--G-AATT-AAATTg
gi|17                         :                     GAG-AGAGG-----T-TA-CATA------GTT---G--CC----GCCTGCCTT-GCC----ATATC-C---T---T-T-----AATG--T--T-T-G--C--C----A-T-AA------T-----AA--AATA---AG-T-T--A-AA
gi|18                         :                       a-AAGAC-----T-TA-TATA------GTC---T--CA----GCCTGC--T-GCC----TGGTT-C---T---TAT-----GATG--T--T-T-T--A--C----A-T-GT------T-----GA--TTTAT--TGTT-T--A-AATC-AAataa
gi|2                          :                              -----T-TG-CATA------GGCA--T--TGC---GCCTGC--T-GCCAATGCAATC-----------T-----TATG--TA-A-A-T--G--C----A-T-AA------T-----t
gi|20                         :                  aagctG-ATGGC-----T-TA-TATA------GGC---A--AT----ACCTTC--T-GTC----CAATC-T---A---T-T-----TAGG--T--T-T-TTGA--C----A-T-GA------T-----AA--AATAT--TG-TAT--A-AATtgttagttgtattacatgaatagatatacctgttcaaat
gi|21                         :                    GGAA-AGGGC-----T-TA-TATA------GG----TAACG------CTAT--TTGTC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--A-T-T--A--C----A-
gi|22                         :                      tgtatGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--TG----GCCTGC--T-GCCTA--TAATC-C---TA--A-T-----TATG--T--T-A-T--A--C----A-G-GA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--ggtggtatacataa
gi|23                         :                   aGGAG-AAGGC-----T-AA-TATA------AGC---A--AC----GACTGT--T-GCC----C---C-A---T---T-T-----CATG--G--C-G----------------AA------T-----TA--AATAT--TG-T-TC-A-AATC-tgaat
gi|24                         :                  tacGAG-AGGGC-----T-TA-TATA------GGC---TA-CG------CT-C--T-GTC----C-ATG-C---T---T-T-----TATT--T--T-A-T--A--CA---A-T-AA------T------A--AATAT--GG-TCT--A-TATC-
gi|25                         :                   AGGAA-AAGGC-----T-GA-CATA------GGC---T--TG----CCCTGC--T-TCC----TAATC-C---T---A-T-----TATA--T--T-T-T--T--CCCTTATT-AA------T-----AA--AGT
gi|26                         :                   aGGAGTAGGGT-----T-TA-TATA------GGC---C--CA----GCC--C--T-ACC----CGATC-T---A---T-T-----CATAT-T--T-A-T--A--C----A-A-AAT-----T-----AA--AATAT--
gi|28                         :                                    ttA-TATA------GGC---T--AA----ACCTGT--T-GCC----CGATC-C---T---T-T-----TGAG--T--T-T-G--T--C----A---AA------T------G--AATAT--GT-T-T--A-AATA-AAATTa
gi|29                         :                                      A-CATA------GGCA--T--TGT---GCCTGC--T-GCC----CAATC-CAA-T---T-TATG--TCTG--T--T-T-T--A--C----A-T-AAG-----T-----AA--AATA
gi|3                          :                  gtaaAG-AAGGC-----T-TA-GATA------GGC---C--TT----GCCTAT--T-TCC----TAATC-C---T---A-T-----TATG--T--T-A-T--A--T----A-C-AG------T-----
gi|30                         :                                           A------GGCA--T--TGC---GCCTGC--T-GTC----CAATC-CAA-TTTAT-T-----TATG--T--T-T-T--A--T----A-TGAA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--gtacatatacataatgaaatagatttgatttaa
gi|31                         :                                    ccA-CATA------GGCA--T--TGC---ACCTGC--T-GCC----CAACC-TA--T---T-T-----TTCA--C--T-A-T--A--C----A-TGAA------T-----AA--AATAT--TT-T-T--
gi|32                         :                     aAG-AGG-C-----T-TA-CATA------GGC------------------------C----TAATA-----T---T-T-----TATG--T--T-T-TT-G--C----A-T-AA------T-----AA--AAAAT--GT-T-T--A-AAT
gi|34                         :                       G-AAGGC-----T-TA-TTTA------GGC---T--CT----GCCTGC--T-GCC----TTATC-C---T---A-T-----TATG--T--T-G-T--A--C----A-T-AA------T-----Aata
gi|35                         :                    GGAA-AGGG------T-TA-TATAACA---GGCCACT--AGTATTGCCTGC--T-GCC----CAATC-C---
gi|4                          :                        -AGGGC-----T-TA-CATA------GGTGA-T--TG----CGCTGC--T-GCC----AAGTC-CAAAT---T-TTG---TATG--T--T-C-T--ATTC----A-TGAA------T-----AA--AATATGCTG-T-C--A-AAAC-AAATcatt
gi|5                          :                    GGAG-AGGGC-----T-TA-TATA------GGC---T--CA----GCCTGC--T-ATC----CAACC-A---T---T-T-----AACG--T--T-A-T--A--C----A-T-AATACATGT-----AA--AATAT--AA-T-T--A-AATC-ag
gi|6                          :                            tC-----T-TA-CATA------GGCAT-TG-CG----GCCTGCC-T-TCC----CAATT-C---CAA-T-TATG--TATG--T--T-T-A--A--C----A-T-GA------T-----AA--AATAT--TG-T-TC-A-AAAC-AAA
gi|7                          :                  gcGGAG-AGGACCTTAAT-TATCATA------TGC---T--AT----GCCTGT--T-GCC----TAATC-C---T---T-T-----TGT-----------------------C-AA------T-----AA--AATA
gi|8                          : gtttgatctttatatttgAGGAG-AAGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--TT----CCCTGC--T-GCC----TAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-T-T--G--C----A-T-AA------T-----AA--AATAA--TG-T-T--A-AATT-AAATT
gi|9                          :                    GGAG-ATAGC-----T-TA-TATA------AGC---A--AC----GCCTGT--T-GTA----CAATC-C---T---T-T-----TATG--TAGT-A-T--A--C----A-T-AA------A-----AA--AATAT--CG-T-TTAA-AATC-


blockSeqs                     :                        T     CTTAA A  TC   ACA      CACTAGTATT        CT T   AATG     A AAA TTA A ATGTA    CA TTTTGA       CCTT T G  TACATG GATTA  .      GC  C A TA T    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        ATTGCG            C  .   TA       . AA  AA  A ATG      T  TCTATT       A    . G  T      .      .      .   T C C  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        ATTGC             .  .   .        . AA  A   . ATG      .  AGTATA       .    . G  G      .      .      .   . . C  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  C    .        ATTGC             .  .   .        . AA  .   . TG       .  TTGTG        .    . G  .      .      .      .   . . C  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        TAACG             .  .   .        . A   .   . .        .  ATGTA        .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        ATTGT             .  .   .        . A   .   . .        .  AAATG        .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  C    .        ATTGC             .  .   .        . .   .   . .        .  TTTTG        .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        ATTGC             .  .   .        . .   .   . .        .  CATT         .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  C    .        GATTG             .  .   .        . .   .   . .        .  GATA         .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        TATT              .  .   .        . .   .   . .        .  ATTA         .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        TACG              .  .   .        . .   .   . .        .  TATG         .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  C    .        TAT               .  .   .        . .   .   . .        .  TTGC         .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        AAC               .  .   .        . .   .   . .        .  TTTA         .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        TAA               .  .   .        . .   .   . .        .  ATTA         .    . .  .      .      .      .   . . .  .    .
blockSeqs                     :                        .     .     .  C    .        TCA               .  .   .        . .   .   . .        .  TATA         .    . .  .      .      .      .   . . .  .     
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        GCC               .  .   .        . .   .   . .        .  TATA         .    . .  .      .      .      .   . . .  .     
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        TCA               .  .   .        . .   .   . .        .  TTTT         .    . .  .      .      .      .   . . .  .     
blockSeqs                     :                        .     .     .  C    .        AAT               .  .   .        . .   .   . .        .  TATA         .    . .  .      .      .      .   . . .  .     
blockSeqs                     :                        .     .     .  G    .        TTG               .  .   .        . .   .   . .        .  TTGT         .    . .  .      .      .      .   . . .        
blockSeqs                     :                        .     .     .  C    .        AAC               .  .   .        . .   .   . .        .  TTTA         .    . .  .      .      .      .   . . .        
blockSeqs                     :                        .     .     .  C    .        TTG               .  .   .        . .   .   . .        .  TATA         .    . .  .      .      .      .   . . .        
blockSeqs                     :                        .     .     .  T    .        CCA               .  .   .        . .   .   . .        .  TTTA         .    . .  .      .      .      .                
blockSeqs                     :                              .     .  T    .        TAA               .  .   .        . .   .   . .        .  TATA         .    . .  .      .      .                       
blockSeqs                     :                              .     .  C    .        CTT               .  .   .        . .   .   . .        .  TGTA         .    . .  .      .      .                       
blockSeqs                     :                              .     .  T    .        TCT               .  .   .        . .   .   . .        .  TATA         .    . .  .      .      .                       
blockSeqs                     :                              .     .  C    .        TCA               .  .   .        . .   .   . .        .  TTAA         .    . .  .      .                              
blockSeqs                     :                                       C    .        TAT               .  .   .        . .   .   . .        .  TTTG         .    . .  .      .                              
blockSeqs                     :                                       T    .        TTT               .  .   .        . .   .   . .        .  CG           .    . .  .      .                              
blockSeqs                     :                                       .    .        AAC               .  .   .        . .   .   . .        .  .            .    .                                          
blockSeqs                     :                                            .        .                 .  .   .        . .                                                                                  


blockSeqCons                  :                                            ******   TNN*********                                              TNTA********                         **             **
originalCons                  :                   AGGAG-AGGGC-----T-TA-CATA------GGC---T--CG----GCCTGC--T-GCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-N-T--A--C----A-T-AA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--A-AATC-AAATT
finalCons                     :                   AGGAG-AGGGC-----T-TA-CATA------GGCTNN---------GCCTGC--T-GCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--TTNTA--------C----A-T-AA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--A-AATC-AAATT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TGTATGAAAAGGGTTAATATAGGCAGTGCTCTACTTTGCCTAATGCCTTTCATGTACCATTTTATTATGGTAGTATAC
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAGAGAGCAGAATAGGCTGCTGCTCAACTCCCATTCTCTTTTTGTGAATAAAATTATCATAAATTAAAT
Unaligned ( gi|27 ): GAGAGGCTATAATAAGGCTAATACCTTGCTCCCAATCCCATTCCAACTAATTTGTGAATTAAATTAT
Unaligned ( gi|33 ): ACCTTGAAAAAGAGGGCTTATGCTGCCTTAACCTATTGTGTTTAATAAGATGAAAGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                             33333 1  22   666666  222 000000000000 1     33    4444     1 000 555 2 00000    11 666666666666666666666  555555 33333  22     22  3 3 99 2    2     
lowQualScore                  :                             ..... .  ..   ......  ... ............ .     ..    ....     . ... ... . .....    .. .....................  ...... .....  ..     ..  . . .. .    .     
lowQualScore                  :                             88888 5  22   222222  333 000000000000 3     22    7777     3 555 777 8 22222    99 444444444444444444444  555555 66666  22     55  6 6 88 1    7     
consensus                     :                   AGGAGAGGGC-----T-TA-CATA------GG---C--TNC-------G-CCTGC--TGCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-N-T--A--C----A-T-AA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--A-AATC-AAATT
Reference ( family-1683 )     :                   AGGAGAGGGC-----T-TA-CATA------GG---C--TNN-------G-CCTGC--TGCC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--T-N-T--A--C----A-T-AA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--A-AATC-AAATT
gi|1                          :                    GGAGAGGGC-----C-TA-TATACATGTAGG---C---AT-------A-CCTGT--CGCC----CGATC-C---T---T-T-----TGAG--T--TCG-T--C--A----A-T-AA------A-----AATTAATA---TG-T-TC-A-AATCTAAAT
gi|10                         :      gacctttgtactttGGAGAGGGC-----TATA--GCA------GG---C--TATT------G-CCTGC--CACC----CAATCACA--T---T-C-----TCTG--T--T-TGT--G-----------AA------T-----AA--A--AT--TA-T-C--ATAAGC-AAATgt
gi|12                         :                  gAGGAGAGGGC-----T-TA-TA-A------GG---T--TAT-------G-CCTGT--TGCC----CAGTC-C---T---T-T-----TGAA--T--C-A-T--T--C--------AA------T-----AC--AATAC--GT-T-T--A-AATC-AAa
gi|13                         :              attttAGGAGAGGAC-----T-TA-TTTA------GG---C--AAC-------G-CCTGT--TGTC----CAATC-C---T---T-T-----TATGCAT--G-A-T--A--C----A-T-AA------T-----TA--AATAT--TGCT-T--A-AATC-
gi|14                         :                          aGC-----T-TA-CATA------GG---CATTGC-------A-CCTGT--TGCT----CGATC-CAA-T---T-TATGTATATG--TA-T-G-T--A--C----A-TGAA------T-----AA--AATAC--TG-T-TC-A-AAT
gi|15                         :                   AGGAGAAGGC-----T-TA-TAAT------GG---C--TAA-------G-CCTGC--TGCC----TAATC-C---T---TAT-----TACG--T--A-T-T--A--T----A-C-AA------T-----AG--CATAC--TG-T-T--T-AAAC-a
gi|16                         :                    GGAGAAGGC-----T-TA-TGTA------GG---C--TCA-------G-CCTGC-------------TC-C---T---A-T-----TATG--T--T-A-T--G--C----A-T-AA------TGATTAAA--AATAT--GT-T-T--G-AATT-AAATTg
gi|17                         :                     GAGAGAGG-----T-TA-CATA------GT---T--GCC-------G-CCTGCCTTGCC----ATATC-C---T---T-T-----AATG--T--T-T-G--C--C----A-T-AA------T-----AA--AATA---AG-T-T--A-AA
gi|18                         :                       aAAGAC-----T-TA-TATA------GT---C--TCA-------G-CCTGC--TGCC----TGGTT-C---T---TAT-----GATG--T--T-T-T--A--C----A-T-GT------T-----GA--TTTAT--TGTT-T--A-AATC-AAataa
gi|2                          :                             -----T-TG-CATA------GG---CATTGC-------G-CCTGC--TGCCAATGCAATC-----------T-----TATG--TA-A-A-T--G--C----A-T-AA------T-----t
gi|20                         :                  aagctGATGGC-----T-TA-TATA------GG---C--AAT-------A-CCTTC--TGTC----CAATC-T---A---T-T-----TAGG--T--T-T-TTGA--C----A-T-GA------T-----AA--AATAT--TG-TAT--A-AATtgttagttgtattacatgaatagatatacctgttcaaat
gi|21                         :                    GGAAAGGGC-----T-TA-TATA------GG---T--AAC-------G-CTATT--TGTC----CAATC-C---T---T-T-----TATG--T--A-T-T--A--C----A-
gi|22                         :                     tgtatGGC-----T-TA-CATA------GG---C--TTG-------G-CCTGC--TGCCTA--TAATC-C---TA--A-T-----TATG--T--T-A-T--A--C----A-G-GA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--ggtggtatacataa
gi|23                         :                   aGGAGAAGGC-----T-AA-TATA------AG---C--AAC-------G-ACTGT--TGCC----C---C-A---T---T-T-----CATG--G--C-G----------------AA------T-----TA--AATAT--TG-T-TC-A-AATC-tgaat
gi|24                         :                  tacGAGAGGGC-----T-TA-TATA------GG---C--TAC-------G-CT--C--TGTC----C-ATG-C---T---T-T-----TATT--T--T-A-T--A--CA---A-T-AA------T------A--AATAT--GG-TCT--A-TATC-
gi|25                         :                   AGGAAAAGGC-----T-GA-CATA------GG---C--TTG-------C-CCTGC--TTCC----TAATC-C---T---A-T-----TATA--T--T-T-T--T--CCCTTATT-AA------T-----AA--AGT
gi|28                         :                                    aA-TATA------GG---C--TAA-------A-CCTGT--TGCC----CGATC-C---T---T-T-----TGAG--T--T-T-G--T--C----A---AA------T------G--AATAT--GT-T-T--A-AATA-AAATT
gi|29                         :                                     A-CATA------GG---CATTGT-------G-CCTGC--TGCC----CAATC-CAA-T---T-TATG--TCTG--T--T-T-T--A--C----A-T-AAG-----T-----AA--AATA
gi|3                          :                  gtaaAGAAGGC-----T-TA-GATA------GG---C--CTT-------G-CCTAT--TTCC----TAATC-C---T---A-T-----TATG--T--T-A-T--A--T----A-C-AG------T-----
gi|30                         :                                          A------GG---CATTGC-------G-CCTGC--TGTC----CAATC-CAA-TTTAT-T-----TATG--T--T-T-T--A--T----A-TGAA------T-----AA--AATAT--TG-T-T--gtacatatacataatgaaatagatttgatttaa
gi|31                         :                                   ccA-CATA------GG---CATTGC-------A-CCTGC--TGCC----CAACC-TA--T---T-T-----TTCA--C--T-A-T--A--C----A-TGAA------T-----AA--AATAT--TT-T-T--
gi|32                         :                     aAGAGG-C-----T-TA-CATA------GG---C------------------------C----TAATA-----T---T-T-----TATG--T--T-T-TT-G--C----A-T-AA------T-----AA--AAAAT--GT-T-T--A-AAT
gi|34                         :                       GAAGGC-----T-TA-TTTA------GG---C--TCT-------G-CCTGC--TGCC----TTATC-C---T---A-T-----TATG--T--T-G-T--A--C----A-T-AA------T-----Aata
gi|35                         :                    GGAAAGGG------T-TA-TATAACA---GG---C--CACTAGTATTG-CCTGC--TGCC----CAATC-C---
gi|4                          :                        AGGGC-----T-TA-CATA------GGTGAT--TGC-------G--CTGC--TGCC----AAGTC-CAAAT---T-TTG---TATG--T--T-C-T--ATTC----A-TGAA------T-----AA--AATATGCTG-T-C--A-AAAC-AAATcatt
gi|5                          :                    GGAGAGGGC-----T-TA-TATA------GG---C--TCA-------G-CCTGC--TATC----CAACC-A---T---T-T-----AACG--T--T-A-T--A--C----A-T-AATACATGT-----AA--AATAT--AA-T-T--A-AATC-ag
gi|6                          :                           tC-----T-TA-CATA------GG---CATTGC-------GGCCTGCC-TTCC----CAATT-C---CAA-T-TATG--TATG--T--T-T-A--A--C----A-T-GA------T-----AA--AATAT--TG-T-TC-A-AAAC-AAA
gi|7                          :                  gcGGAGAGGACCTTAAT-TATCATA------TG---C--TAT-------G-CCTGT--TGCC----TAATC-C---T---T-T-----TGT-----------------------C-AA------T-----AA--AATA
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TGTATGAAAAGGGTTAATATAGGCAGTGCTCTACTTTGCCTAATGCCTTTCATGTACCATTTTATTATGGTAGTATAC
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAGAGAGCAGAATAGGCTGCTGCTCAACTCCCATTCTCTTTTTGTGAATAAAATTATCATAAATTAAAT
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Unaligned ( gi|27 ): GAGAGGCTATAATAAGGCTAATACCTTGCTCCCAATCCCATTCCAACTAATTTGTGAATTAAATTAT
Unaligned ( gi|33 ): ACCTTGAAAAAGAGGGCTTATGCTGCCTTAACCTATTGTGTTTAATAAGATGAAAGAT