lowQualScore : 111111 11 111111 111
lowQualScore : 555 22 22 2 333 2 2 2 2 2 2 33 2 55 2 99999 33 333333 33 2 88 2 00 2 99 33 555 555555 44 555 7777 44 3 77 222 3 3 3 0
lowQualScore : ... .. .. . ... . . . . . . .. . .. . ..... .. ...... .. . .. . .. . .. .. ... ...... .. ... .... .. . .. ... . . . .
lowQualScore : 555 88 88 0 555 0 0 0 0 1 2 11 2 33 2 55555 22 222222 11 4 44 4 33 9 66 11 000 000000 66 888 1111 66 3 99 333 3 3 3 8
consensus : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--T-CAC--T-A----TAT--A-AT---TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
Reference ( gi|12 ) : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--T-CAC--T-A----TAT--A-AC---TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
gi|13 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--T-CAC--T-A----TAT--A-AT---TC-AT-TG-AA-TAA--TACAT-T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CATCA-TAA-CT-ATATAAATCTCACAAATC
gi|9 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--T-CTC--T-A----TAT--A-AT---TC-AT-TG-AA-TTA--TACAT-T-TTTTTA---GAG----C-ACT--AATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
gi|10 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-AT--C---CGCCACTG-C-T-AA-AT-TGAT-CAC--TTA----AAT--A-AT---TC-AT-TGCAA-TAA--TACA--T-TTTT-A---GAG----CCACT--GAGC---TC----AATA--TTTTC--TACCGC--CATCA-TAAACT-ATAAAAATCTCACAAATCtgc
gi|1 : ACACTCAAG---GGTCCAA--AAAGC-AT--------A-ACT---------TTGT--T-CAC--T-A-----ATCAA-AA---TC-ATGTG-AG-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG------ACT--GATATACTC----AA-A--TGT-C--TACTGTG-AGTCATTAA-CTAATGAAAATCTCACAAATCA
gi|6 : taagtaagtaagtaagtaaattttatttaaagtcggcactgtgtacatACACTTATG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--T-CAC--T-A----TAT--A-TC---TC--T-T---A-CAACTTTCA--T-ATTTTA---AActgg
gi|23 : gtACACTCAAG---GGTC--A--AAAAT-ATTTC---TGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--T-Catcttcacaaaaattttatattcaatgttatcattgtgaaattttcagaatatatgcagaattcactca
gi|3 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-TAAA-TA-T--T-CAA--T-A-----AT--A-ATA--TCTAT-TA-AACTCG--TTCA--T-ATTTTA---AAA----G-ACTCCGACA----C----AAAAGTTTT-CTTTATTGTAATGTTA-TCA-TT-GTGGAAATTTg
gi|25 : atACACTCTAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-Tttcaggacatattgaattcactatcaagattc
gi|21 : ACACCCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---TGC-ACTG-C-T-AA-TG-T--T-AACGTT-A----TAT---------TT-AT-T---A-CAA--TA
gi|24 : tACACTCAAG---AGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-Atcaaat
gi|8 : accgtttctCACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CTC-ACTG-C-T-AA-TT-T--T-CAC--T-A----TAT--A-TC---TT-AT-TA-AA-ACT--TTCA--T-ATTTTA---AAAACTTC-ACG--AATT---TT----TTTA--TAT-T--TATTGT--TATCA-TG-----ATCAAATTTTCAGAA
gi|5 : CACTCAAG---TGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA--T-T--T-CAC--T-A----TAT--A-TC---T--AT-T---A-CAACTTTCA--T-ATTTTA---AAtatatgcagaattc
gi|2 : CACTCAAGCGGGATC--A--AAAGT-A-TTC---CAC-ACTG-C-T--A-TT-A--T-CAC--T-A-----AT--A-TC---T--AC-TT-AA-CAA--aacttcacaaaaattttatattcaatgttatcattatgaaatgtttagaatatatgcagaattaattcaagatc
gi|7 : CACGCAAG---G-TC--AGAAAAGT-ATTT----CGC-A-TG-C-G-AA--T-T--T-CAC--T-A----Tctttaacataaatttattaaaaaaaccttccacaaaaacttttatatttaaattctcatgccattgtaaaaatttcagcaatatatgccagaattcactcaagaa
gi|14 : ACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--T-CAC--T-A----TAT--A-AT---TC-AT-TG-AA-TAA--TACC--TGTTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCtatctatatacaactttcatatttaaaaactcacaaaaattcttattttgatgtatcattgtgaacattttcggaatatactgcagattacttcaaacc
gi|15 : ACTCAAGA--GGTC--A--AAAGTCATTTCAAGCG--ACTG-CCT-AA-TT-T--T-CACG-T-A-----AT--ATAT---TC-AT-TG-AA-TAA--T-CATTT-TTTTTA---GAG------GGG--GATA---TC----AATA--TT-----TA--GC--CATCA-TAA-TT-A-ATAAATCT--CAAATC
gi|11 : ACTCAAT---GGTC--A--AAAGT-A-TTC---CAC-ACTGCC-C-AA-TT-A--T-CAC--T-AAATCTAT--T-ACACTTC-AT-TA-AA-T
gi|16 : gtaCTCAAG---GGTC--A--AAAGT-A-TCC---CGC-ACTG-C-T-AATTT-T--T-CAC--T-A----TAT--A-AT---TC-AT-TG-AA-TAA--AACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA----T-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-AT-GAAATCTCAC-AATCAttttaaacaattcacaaattttaatgtattgaaatttcagaataaatgcagatgtcacttcaaa
gi|4 : CTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-AC-G-C-T-AA-TT-T--TACA---T-A----AAT--A-TC---T--AT-T---A-CAACTTTCA--A-ATTTTA---AAA----A-ACT---------TCACAAAAAA--TTT-CA-TATTAA--TGTTA-TCA-TT-GTGAAATTTTCAGAAATtg
gi|22 : TCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-aagcagaattcactcaagatcta
gi|17 : actacactcaactTG-C-T-AA-TT-T--T-CAC--T-A----TAT--A-AT---TC-AT-TG-AA-TAA--TACT--T-TTTTTTTCTGAA----A-ACG--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-ATAAAACTCTCACAAATC
gi|20 : AC--T-A----TAT--A--T---TC-AT-TG-AA-TAA--TATT--T-TTTTTA---TGG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--CACTGC--AGTCA-AAA-CT-ATAAAAATCTCACAA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTACAACTTTAATATTTTAAAAACCTCACACAATTTTTCATATTTAATGTTATCATAGGGAAATTTTCAGAATATATGTAGAATTCAATCAAGATCCA
Unaligned ( gi|19 ): TACAACTTTCAAATTTTAAAAACTTCACAATTTTTTTTTTATTTAATGTTATCATTGAGAAATTTTCAGAATGTATGCAGAATTCATTCAAGATCTA
Alignments
lowQualScore : 11 111111 111
lowQualScore : 555 22 22 1 333 1 1 1 1 2 2 22 2 2 99999999 33 33 2 2 2 66 2 00 2 99 2 444 333333 44 555 6666 44 3 77 000 3 3 3 0
lowQualScore : ... .. .. . ... . . . . . . .. . . ........ .. .. . . . .. . .. . .. . ... ...... .. ... .... .. . .. ... . . . .
lowQualScore : 222 66 66 9 333 9 9 9 9 0 1 99 1 1 11111111 11 55 4 4 4 99 4 33 2 00 7 777 111111 22 444 5555 22 1 33 666 1 1 1 1
consensus : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
Reference ( family-1656 ) : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
gi|1 : ACACTCAAG---GGTCCAA--AAAGC-AT--------A-ACT---------TTGT--TCAC-T-A--------ATCAA-AA-TC-ATGTG-AG-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG------ACT--GATATACTC----AA-A--TGT-C--TACTGTG-AGTCATTAA-CTAATGAAAATCTCACAAATCA
gi|10 : taagtaagtaagtaagtaaattttatttaaagtcggcactgtgtacatACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-AT--C---CGCCACTG-C-T-AA-AT-TGATCAC-TTA-------AAT--A-AT-TC-AT-TGCAA-TAA--TACA--T-TTTT-A---GAG----CCACT--GAGC---TC----AATA--TTTTC--TACCGC--CATCA-TAAACT-ATAAAAATCTCACAAATCctgg
gi|11 : ACTCAAT---GGTC--A--AAAGT-A-TTC---CAC-ACTGCC-C-AA-TT-A--TCAC-T-AAATCTATTAC--A-CT-TC-AT-TA-AA-T
gi|12 : gtaACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AC-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCAttttaaacaattcacaaattttaatgtattgaaatttcagaataaatgcagatgtcacttcaaa
gi|13 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACAT-T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CATCA-TAA-CT-ATATAAATCTCACAAATC
gi|14 : ACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACC--TGTTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATC
gi|15 : ACTCAAGA--GGTC--A--AAAGTCATTTCAAGCG--ACTG-CCT-AA-TT-T--TCACGT-AA------TAT--A--T-TC-AT-TG-AA-TAA--T-CATTT-TTTTTA---GAG------GGG--GATA---TC----AATA--TT-----TA--GC--CATCA-TAA-TT-A-ATAAATCT--CAAATC
gi|16 : CTCAAG---GGTC--A--AAAGT-A-TCC---CGC-ACTG-C-T-AATTT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--AACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA----T-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-AT-GAAATCTCAC-AATCA
gi|17 : TG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACT--T-TTTTTTTCTGAA----A-ACG--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-ATAAAACTCTCACAAATCtg
gi|2 : CACTCAAGCGGGATC--A--AAAGT-A-TTC---CAC-ACTG-C-T--A-TT-A--TCAC-T-A--------AT--A-
gi|20 : AC-T-A-------TAT--A--T-TC-AT-TG-AA-TAA--TATT--T-TTTTTA---TGG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--CACTGC--AGTCA-AAA-CT-ATAAAAATCTCACAAtctacttaacaactttaacataaatttattaaaaaaaccttccacaaaaacttttatatttaaattctcatgccattgtaaaaatttcagcaatatatgccagaattcactcaagaa
gi|21 : ACACCCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---TGC-ACTG-C-T-AA-TG-T--TAAC-G-T-------TAT----AT-TT-AT-T---A-CAA--TA
gi|22 : tTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-tcaaat
gi|23 : actacactcaactACACTCAAG---GGTC--A--AAAAT-ATTTC---TGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TC
gi|24 : ACACTCAAG---AGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-Ag
gi|25 : accgtttctACACTCTAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-T
gi|3 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-TAAA-TA-T--TCAA-T-A--------AT--A-ATATCTAT-TA-AACTCG--TTCA--T-ATTTTA---AAA----G-ACTCCGACA----C----AAAAGTTTT-CTTTATTGTAATGTTA-TCA-TT-GTGGAAATTT
gi|4 : atCTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-AC-G-C-T-AA-TT-T--T-AC---A-------TAA--ATAT-CT-AT-T---A-CAACTTTCA--A-ATTTTA---AAA----A-ACT---------TCACAAAAAA--TTT-CA-TATTAA--TGTTA-TCA-TT-GTGAAATTTTCAGAAATttcaggacatattgaattcactatcaagattc
gi|5 : CACTCAAG---TGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA--T-T--TCAC-T-A-------TAT----AT-CT-AT-T---A-CAACTTTCA--T-ATTTTA---AAaagcagaattcactcaagatcta
gi|6 : ACACTTATG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-TC-TC--T-T---A-CAACTTTCA--T-ATTTTA---AAaacttcacaaaaattttatattcaatgttatcattatgaaatgtttagaatatatgcagaattaattcaagatc
gi|7 : gtCACGCAAG---G-TC--AGAAAAGT-ATTT----CGC-A-TG-C-G-AA--T-T--TCAC-T-A-------Tatcttcacaaaaattttatattcaatgttatcattgtgaaattttcagaatatatgcagaattcactca
gi|8 : CACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CTC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-TC-TT-AT-TA-AA-ACT--TTCA--T-ATTTTA---AAAACTTC-ACG--AATT---TT----TTTA--TAT-T--TATTGT--TATCA-TG-----ATCAAATTTTCAGAAtatctatatacaactttcatatttaaaaactcacaaaaattcttattttgatgtatcattgtgaacattttcggaatatactgcagattacttcaaacc
gi|9 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCTC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TTA--TACAT-T-TTTTTA---GAG----C-ACT--AATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCAtatatgcagaattc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTACAACTTTAATATTTTAAAAACCTCACACAATTTTTCATATTTAATGTTATCATAGGGAAATTTTCAGAATATATGTAGAATTCAATCAAGATCCA
Unaligned ( gi|19 ): TACAACTTTCAAATTTTAAAAACTTCACAATTTTTTTTTTATTTAATGTTATCATTGAGAAATTTTCAGAATGTATGCAGAATTCATTCAAGATCTA
Alignments
lowQualScore : 11 111111 111
lowQualScore : 555 22 22 1 333 1 1 1 1 2 2 22 2 2 99999999 33 33 2 2 2 66 2 00 2 99 2 444 333333 44 555 6666 44 3 77 000 3 3 3 0
lowQualScore : ... .. .. . ... . . . . . . .. . . ........ .. .. . . . .. . .. . .. . ... ...... .. ... .... .. . .. ... . . . .
lowQualScore : 222 66 66 9 333 9 9 9 9 0 1 99 1 1 11111111 11 55 4 4 4 99 4 33 2 00 7 777 111111 22 444 5555 22 1 33 666 1 1 1 1
consensus : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
Reference ( family-1656 ) : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
gi|1 : ACACTCAAG---GGTCCAA--AAAGC-AT--------A-ACT---------TTGT--TCAC-T-A--------ATCAA-AA-TC-ATGTG-AG-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG------ACT--GATATACTC----AA-A--TGT-C--TACTGTG-AGTCATTAA-CTAATGAAAATCTCACAAATCA
gi|10 : taagtaagtaagtaagtaaattttatttaaagtcggcactgtgtacatACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-AT--C---CGCCACTG-C-T-AA-AT-TGATCAC-TTA-------AAT--A-AT-TC-AT-TGCAA-TAA--TACA--T-TTTT-A---GAG----CCACT--GAGC---TC----AATA--TTTTC--TACCGC--CATCA-TAAACT-ATAAAAATCTCACAAATCctgg
gi|11 : ACTCAAT---GGTC--A--AAAGT-A-TTC---CAC-ACTGCC-C-AA-TT-A--TCAC-T-AAATCTATTAC--A-CT-TC-AT-TA-AA-T
gi|12 : gtaACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AC-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCAttttaaacaattcacaaattttaatgtattgaaatttcagaataaatgcagatgtcacttcaaa
gi|13 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACAT-T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CATCA-TAA-CT-ATATAAATCTCACAAATC
gi|14 : ACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACC--TGTTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATC
gi|15 : ACTCAAGA--GGTC--A--AAAGTCATTTCAAGCG--ACTG-CCT-AA-TT-T--TCACGT-AA------TAT--A--T-TC-AT-TG-AA-TAA--T-CATTT-TTTTTA---GAG------GGG--GATA---TC----AATA--TT-----TA--GC--CATCA-TAA-TT-A-ATAAATCT--CAAATC
gi|16 : CTCAAG---GGTC--A--AAAGT-A-TCC---CGC-ACTG-C-T-AATTT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--AACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA----T-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-AT-GAAATCTCAC-AATCA
gi|17 : TG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACT--T-TTTTTTTCTGAA----A-ACG--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-ATAAAACTCTCACAAATCtg
gi|2 : CACTCAAGCGGGATC--A--AAAGT-A-TTC---CAC-ACTG-C-T--A-TT-A--TCAC-T-A--------AT--A-
gi|20 : AC-T-A-------TAT--A--T-TC-AT-TG-AA-TAA--TATT--T-TTTTTA---TGG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--CACTGC--AGTCA-AAA-CT-ATAAAAATCTCACAAtctacttaacaactttaacataaatttattaaaaaaaccttccacaaaaacttttatatttaaattctcatgccattgtaaaaatttcagcaatatatgccagaattcactcaagaa
gi|21 : ACACCCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---TGC-ACTG-C-T-AA-TG-T--TAAC-G-T-------TAT----AT-TT-AT-T---A-CAA--TA
gi|22 : tTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-tcaaat
gi|23 : actacactcaactACACTCAAG---GGTC--A--AAAAT-ATTTC---TGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TC
gi|24 : ACACTCAAG---AGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-Ag
gi|25 : accgtttctACACTCTAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-T
gi|3 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-TAAA-TA-T--TCAA-T-A--------AT--A-ATATCTAT-TA-AACTCG--TTCA--T-ATTTTA---AAA----G-ACTCCGACA----C----AAAAGTTTT-CTTTATTGTAATGTTA-TCA-TT-GTGGAAATTT
gi|4 : atCTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-AC-G-C-T-AA-TT-T--T-AC---A-------TAA--ATAT-CT-AT-T---A-CAACTTTCA--A-ATTTTA---AAA----A-ACT---------TCACAAAAAA--TTT-CA-TATTAA--TGTTA-TCA-TT-GTGAAATTTTCAGAAATttcaggacatattgaattcactatcaagattc
gi|5 : CACTCAAG---TGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA--T-T--TCAC-T-A-------TAT----AT-CT-AT-T---A-CAACTTTCA--T-ATTTTA---AAaagcagaattcactcaagatcta
gi|6 : ACACTTATG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-TC-TC--T-T---A-CAACTTTCA--T-ATTTTA---AAaacttcacaaaaattttatattcaatgttatcattatgaaatgtttagaatatatgcagaattaattcaagatc
gi|7 : gtCACGCAAG---G-TC--AGAAAAGT-ATTT----CGC-A-TG-C-G-AA--T-T--TCAC-T-A-------Tatcttcacaaaaattttatattcaatgttatcattgtgaaattttcagaatatatgcagaattcactca
gi|8 : CACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CTC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-TC-TT-AT-TA-AA-ACT--TTCA--T-ATTTTA---AAAACTTC-ACG--AATT---TT----TTTA--TAT-T--TATTGT--TATCA-TG-----ATCAAATTTTCAGAAtatctatatacaactttcatatttaaaaactcacaaaaattcttattttgatgtatcattgtgaacattttcggaatatactgcagattacttcaaacc
gi|9 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCTC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TTA--TACAT-T-TTTTTA---GAG----C-ACT--AATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCAtatatgcagaattc
blockSeqs : CGG . GA C AAG C C C A T . GA G T AATCTATT . TA A T . GC C CT A TT G TCT ACTTC CC . ACAA GT T TT AAT . A .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . AT . A . . . A . CT A T . . CC . . . . . A C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . G . CT A T . . C . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . G . . A . . . C . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . G . . A . . . C . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . G . . A . . . C . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . G . . A . . . A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . G . . A . . . C . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . G . . T . . . G . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . A . . T . . . A . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . A . . T . . . C . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . G . . T . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** T******* ** C***** *** C**
originalCons : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
finalCons : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-AT-------AT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAGC-----ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGCC--GTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTACAACTTTAATATTTTAAAAACCTCACACAATTTTTCATATTTAATGTTATCATAGGGAAATTTTCAGAATATATGTAGAATTCAATCAAGATCCA
Unaligned ( gi|19 ): TACAACTTTCAAATTTTAAAAACTTCACAATTTTTTTTTTATTTAATGTTATCATTGAGAAATTTTCAGAATGTATGCAGAATTCATTCAAGATCTA
Alignments
lowQualScore : 11 111111 111
lowQualScore : 555 22 22 1 333 1 1 1 1 2 2 22 2 2 99999999 33 33 2 2 2 66 2 00 2 99 2 444 333333 44 555 6666 44 3 77 000 3 3 3 0
lowQualScore : ... .. .. . ... . . . . . . .. . . ........ .. .. . . . .. . .. . .. . ... ...... .. ... .... .. . .. ... . . . .
lowQualScore : 222 66 66 9 333 9 9 9 9 0 1 99 1 1 11111111 11 55 4 4 4 99 4 33 2 00 7 777 111111 22 444 5555 22 1 33 666 1 1 1 1
consensus : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
Reference ( family-1656 ) : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCA
gi|1 : ACACTCAAG---GGTCCAA--AAAGC-AT--------A-ACT---------TTGT--TCAC-T-A--------ATCAA-AA-TC-ATGTG-AG-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG------ACT--GATATACTC----AA-A--TGT-C--TACTGTG-AGTCATTAA-CTAATGAAAATCTCACAAATCA
gi|10 : taagtaagtaagtaagtaaattttatttaaagtcggcactgtgtacatACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-AT--C---CGCCACTG-C-T-AA-AT-TGATCAC-TTA-------AAT--A-AT-TC-AT-TGCAA-TAA--TACA--T-TTTT-A---GAG----CCACT--GAGC---TC----AATA--TTTTC--TACCGC--CATCA-TAAACT-ATAAAAATCTCACAAATCctgg
gi|11 : ACTCAAT---GGTC--A--AAAGT-A-TTC---CAC-ACTGCC-C-AA-TT-A--TCAC-T-AAATCTATTAC--A-CT-TC-AT-TA-AA-T
gi|12 : gtaACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AC-TC-AT-TG-AA-TAA--TACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCAttttaaacaattcacaaattttaatgtattgaaatttcagaataaatgcagatgtcacttcaaa
gi|13 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACAT-T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CATCA-TAA-CT-ATATAAATCTCACAAATC
gi|14 : ACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACC--TGTTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--CGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATC
gi|15 : ACTCAAGA--GGTC--A--AAAGTCATTTCAAGCG--ACTG-CCT-AA-TT-T--TCACGT-AA------TAT--A--T-TC-AT-TG-AA-TAA--T-CATTT-TTTTTA---GAG------GGG--GATA---TC----AATA--TT-----TA--GC--CATCA-TAA-TT-A-ATAAATCT--CAAATC
gi|16 : CTCAAG---GGTC--A--AAAGT-A-TCC---CGC-ACTG-C-T-AATTT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--AACA--T-TTTTTA---GAG----C-ACT--GATA---TC----AATA----T-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-AT-GAAATCTCAC-AATCA
gi|17 : TG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TAA--TACT--T-TTTTTTTCTGAA----A-ACG--GATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-ATAAAACTCTCACAAATCtg
gi|2 : CACTCAAGCGGGATC--A--AAAGT-A-TTC---CAC-ACTG-C-T--A-TT-A--TCAC-T-A--------AT--A-
gi|20 : AC-T-A-------TAT--A--T-TC-AT-TG-AA-TAA--TATT--T-TTTTTA---TGG----C-ACT--GATA---TC----AATA--TTT-C--CACTGC--AGTCA-AAA-CT-ATAAAAATCTCACAAtctacttaacaactttaacataaatttattaaaaaaaccttccacaaaaacttttatatttaaattctcatgccattgtaaaaatttcagcaatatatgccagaattcactcaagaa
gi|21 : ACACCCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---TGC-ACTG-C-T-AA-TG-T--TAAC-G-T-------TAT----AT-TT-AT-T---A-CAA--TA
gi|22 : tTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-tcaaat
gi|23 : actacactcaactACACTCAAG---GGTC--A--AAAAT-ATTTC---TGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TC
gi|24 : ACACTCAAG---AGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-Ag
gi|25 : accgtttctACACTCTAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-T
gi|3 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-TAAA-TA-T--TCAA-T-A--------AT--A-ATATCTAT-TA-AACTCG--TTCA--T-ATTTTA---AAA----G-ACTCCGACA----C----AAAAGTTTT-CTTTATTGTAATGTTA-TCA-TT-GTGGAAATTT
gi|4 : atCTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-AC-G-C-T-AA-TT-T--T-AC---A-------TAA--ATAT-CT-AT-T---A-CAACTTTCA--A-ATTTTA---AAA----A-ACT---------TCACAAAAAA--TTT-CA-TATTAA--TGTTA-TCA-TT-GTGAAATTTTCAGAAATttcaggacatattgaattcactatcaagattc
gi|5 : CACTCAAG---TGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA--T-T--TCAC-T-A-------TAT----AT-CT-AT-T---A-CAACTTTCA--T-ATTTTA---AAaagcagaattcactcaagatcta
gi|6 : ACACTTATG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-TC-TC--T-T---A-CAACTTTCA--T-ATTTTA---AAaacttcacaaaaattttatattcaatgttatcattatgaaatgtttagaatatatgcagaattaattcaagatc
gi|7 : gtCACGCAAG---G-TC--AGAAAAGT-ATTT----CGC-A-TG-C-G-AA--T-T--TCAC-T-A-------Tatcttcacaaaaattttatattcaatgttatcattgtgaaattttcagaatatatgcagaattcactca
gi|8 : CACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CTC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCAC-T-A-------TAT--A-TC-TT-AT-TA-AA-ACT--TTCA--T-ATTTTA---AAAACTTC-ACG--AATT---TT----TTTA--TAT-T--TATTGT--TATCA-TG-----ATCAAATTTTCAGAAtatctatatacaactttcatatttaaaaactcacaaaaattcttattttgatgtatcattgtgaacattttcggaatatactgcagattacttcaaacc
gi|9 : ACACTCAAG---GGTC--A--AAAGT-ATTTC---CGC-ACTG-C-T-AA-TT-T--TCTC-T-A-------TAT--A-AT-TC-AT-TG-AA-TTA--TACAT-T-TTTTTA---GAG----C-ACT--AATA---TC----AATA--TTT-C--TACTGC--AGTCA-TAA-CT-ATAAAAATCTCACAAATCAtatatgcagaattc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTACAACTTTAATATTTTAAAAACCTCACACAATTTTTCATATTTAATGTTATCATAGGGAAATTTTCAGAATATATGTAGAATTCAATCAAGATCCA
Unaligned ( gi|19 ): TACAACTTTCAAATTTTAAAAACTTCACAATTTTTTTTTTATTTAATGTTATCATTGAGAAATTTTCAGAATGTATGCAGAATTCATTCAAGATCTA