lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 444444 2222 1 333333333 222222222 222222222 44444444444444444 11111 11111111 1 11111111 1 1 22222222222222222222222222222222222222222 111111 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666666666666666666 1
lowQualScore : 6 6 6 88888888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 6 66 7 000000 0000 0 3 777777777 66 2 000000000 4 000000000 44444444444444444 66 77777 44444444 3 3 6 11111111 2 6666 44 666 4 9 5 1 4 7 77777777777777777777777777777777777777777 000000 4 55 2 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 222222222222222222 3 0 2 4 6 6
lowQualScore : . . . ........ ...................................................................... . . .. . ...... .... . . ......... .. . ......... . ......... ................. .. ..... ........ . . . ........ . .... .. ... . . . . . . ......................................... ...... . .. . . ......................................................................................... . .................. . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 00000000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 0 55 0 000000 5555 0 0 000000000 66 7 000000000 0 000000000 11111111111111111 99 00000 66666666 6 3 7 22222222 9 5555 22 555 6 6 0 6 0 5 44444444444444444444444444444444444444444 555555 3 00 9 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 000000000000000000 7 5 5 0 0 0
consensus : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACACACACACCCC-------TCC---CCCA------AGAAAACAA-----ACCCCTTAAATTTTNTTGGTCAATTTATTAATTTCANCTCATNNAAAGTGACAGATAGNNTTAAAAATN---ACTA-CATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAA---------ATCTG---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCCG----C---GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT----TTG--CCC--CCTGTAACCTCAAATCCTGGATCCG-CCCCTGA----------------T--------CT--------------TTG------ACC--AACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACGGTTTCT----CGAACCGTT-----TCGTNAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACANCNAATTTCGACTCTGTTAATTCA
Reference ( gi|1 ) : AAAAAAACTAAAAAAAAAAC-CAAAAAAACCCCAAACAAATAAAAACCCAGAAAGAAAAAAACAAAAACCACCCCTTATATTTTGT--GTTATTTTATTAATATCACCCCATCAATAATGACAGAAAAAATTAAAAATT---ACTA-CATGAGACACATACTTCTACTCTTGTAAA---------ACCTG---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCCG----C---GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATAAAGTT----TTG--CCC--TCTGTAGCCTAAAATCCAGGATCCG-CCACTGA----------------T--------CT--------------TTG------ATC--AACTCTCTGAGAGAAGATTGATGC-AAGTCGCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAACAGTTTCTCGAACGAACTGCT-----TCGTGAATATCCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTTTTTCGTGAATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTAATAAGGTTAACACCAAATTTCGACTTTGTTAATTTAG
gi|2 : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACACACACACCCC-------TCC---CCCA------AGAAAACAA--------CCTTAAATT--GT--ATTA-------AAT-TCAACTCATAAAAAGTGACAGATAGTATTAAAAATG---ACTA-CATGGTAAAC------------TTGTATA---------ATTTG---------GGAGC---T-----------T-CC--CC--C--TCCCCG----C--------TTCAGA-CACTC--------T-GTCTCATA--GTT----TTG--CAC--CCTGTAACCTAAAATCATGGATCCG-CCTCTGA----------------T--------CT--------------TTG------ACC--AACTCTCTGAGAGATGGTTGCTGC-AAGTCGCCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACGGTTTCT----CGAACTATT-----CCGTGAATATCC
gi|4 : ACCTCTTA-ATTTTTTTGGTCAATTTATTAATTTCACCTCATCTAAAATAACAG---AACTTATTAACT---CCCAGCATTATAAA---A--TCTAA------AGA---------ATCCA---------GGAGT---TTCCGGTTGCTAA-CC--CC--CATTCCCCGGCCCCTGAGAGC-CTTAGA-A-CTA--------T-CCCTCTTAAAGTTGCCCCCC--CCC--CCT-TAACGTCAAATCCCATATCCG-CCCCTGA----------------T--------CTAGGTGGCTTTGTCTTTG------ACC--AACTCTCTGGGAGAAGTTTGATGC-AAGannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttcataccaaatttcgactctgttaattcaat
gi|8 : aaaAAAAATG---ACTA-CATGGGAGATATACTTTTAGCCGTATAAAATCTTTAATACCCG---------GGGGT---TTCTGGG-----A-TC--TTAGT--TCCTTA--------GGGCTCTCAGA-CTCCC--------T-ACTTCATAATATT----TCG--GCC--c
gi|12 : tgAATTCTGACTA-CATGGGAGACAT----CTACTCTTATAAA---------ATCTGTAAAATCATGGAGC---T-----------A-TC--CCT-C--TCCCCG----C---GGGC-CTTAGATC-CCC--------T-GCCT
gi|9 : GGGAGACATACTTCTTCTCTTATAAA---------ATCTA---------GGAGA---T-----------G-CCAACC--C--TCCCCG----C---AGGC-CTCAGA-CTCTC--------T-ACCCCATGACGTT----TTGTTCCA--TATGTAACTCAAA
gi|7 : TACTCTTGTAAA---------ATCTG---------GGTGC---T-----------T-CC--TC--C---CTCCG----C---GGCA-CTCAGA-C-CCCCCCCCCCCT-GCCTCATGAAGCG----TTG--CCT--TCAGTAACCTAAAATCCTGGATCCG-CCTCTGC----------------T--------CT--------------TTG------ACC--AA
gi|6 : ATTCTTATGAA---------ATCTG---------GATGC---T-----------A-CC--CC-----TCCCTG----G---TGGC-CTC--------T--------T-G-------AAGTT----TGG--CCC--CCTGTAACCTAAAATCCTGGATCCG-CCCCTAA----------------T--------CT--------------TTG------ACC--AACTC-------------TGATGC-AAGT-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACGGTTTCT----CGAACCGTT-----TCGTCAATATCCGgtttgatgcagtt
gi|3 : ---------ATCTG---------GGAGCAGCC-----------ATCC--CC--C--TCTCCG----C---GGGC-CTCAGA-CTCCT--------T-GCCTCATGAAGTT----TTG--TCCCATATGTAACCTCAAATCCTGGATCCG-CGCCTGA----------------TCGGGATGGCT--------------TTGTCTTTCATC--AACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGTCGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACAGTTTCTCGAA--A--TGCTTGAAGTCGTAAATATCC
gi|10 : CCCTG----G---GGGC-CTCAGA-C-CCC--------TTGCCTTATAAAGTT----GTG--CCC--CGTCTAACCACAAATCCAGGATCCG-CC-CTGA----------------T--------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggttgacaactaatttcgactctgttaatt
gi|11 : CCCTG----T---G----CTCAGA-C-CCC--------T-----CATGAAGTT----TTG--TCC--CCTTTAATCTCAGCTCCTGGATAAG-CGCCTGA----------------T--------Cggggcccgtggtgactgtctttgacca
gi|16 : atctgacaaccgagcG----C---GGTC-CTCCGA-CACCT--------T-GCCTCATGAAGAT----CTG--CTC--CC--TACCTTCAATTTCTGCATTCG-CCggggtggctttgtctttg
gi|17 : aag-C-TCT--------T-GCCTCATAAAGTT----GTG--TCC--CTTCTAACCACAAATCcttg
gi|21 : gtcC--------T-GCCACATAAAGTT----GCG--GCC--CCTCTAACCTCAAATCCTGGATCCA-CCttgtaccggaggacgcgccct
gi|5 : -GCCTCATGAAGTT----TTG--CCT--CCTGTA----AACCTCAAGAATCTGCCCGCTGATGCGGGGGTGGCTTTGT--------CT--------------TTG------AACCTAACTCTCTG-GAG-----TGATGCAAAGTCGC
gi|18 : ----------------T--------TT--------------TTG------ATC--AACTCTCTGAGAGAAGATTGATGtgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaatcagtttctcagaactggcttacgtcaaatagtc
gi|20 : atccgcgcctgataggggtgactttg----------------T--------CT--------------TTG------ACC--AGCTCTTTGAGAAAAGTTTGATGC-AAGCCGC
gi|14 : gtggctttg----------------T--------CT--------------TTG------ACC--AGCTCTCTGAGAGAAGTTTGATGG-AAGCTGC
gi|19 : aacatcaaaccggcgctgcgatggctttg----------------T--------TT--------------TTT------ACC--AACTCTCTGAGAGAAATTTGTTGC-AAGCCGCaggn
gi|15 : aggtggcttag----------------T--------CT--------------ATG------ACC--AACTCT--GAGAGAAGTTTGATGC-AAG
gi|2 : tcaaatccgcccctgatccatgtggggtggcttatgAGGTTCATACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCc
gi|3 : aaagaaactagaaagaaaacacacacacacccctcccccaagaaaacaaccttaaattgtattaaattcaactcataaaaagtgacagatagtattaaaaatgactacatggtaaacttgtataatttgggagcttccccctccccgcttcagacactctgtctcatagttttgcaccctgtaacctaaaatcatggatccgcctctgatctttgaccaactctctgagagatggttgctgcaagtcgccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacggtttctcgaactattccgtgaatatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAGGTTGACAACTAATTTCGACTCTGTTAATTat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAAACTTAAATTTTTTGTCAATTTATCAATTTCACCTCATCTCAAATAATAGAAAATGTTAACTTCCACCATTATAAAATGTGCAAAATC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111111111111111111 444444 333333 11111 11111 2222222222222222222 33333333333333333 11111 1111111 1 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222 22222
lowQualScore : 5 2 2 2 44444444444444444444444 000000 3 222222 777 1 22 2 99999 1 8 1 3 66666 1 0 9999999999999999999 77777777777777777 66 44444 3 1111111 3 3 2 00000000 5 0 555 44 777 2 2 6666 3 2 111111111111111111111111111111111111111111111 0000000 999999 44 0 1 3 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 2 55555 1 1 1 1
lowQualScore : . . . . ....................... ...... . ...... ... . .. . ..... . . . . ..... . . ................... ................. .. ..... . ....... . . . ........ . . ... .. ... . . .... . . ............................................. ....... ...... .. . . . . ................................................................................... .... . ..... . . . .
lowQualScore : 5 5 5 5 55555555555555555555555 777777 2 000000 000 0 00 0 55555 0 0 0 7 88888 4 1 1111111111111111111 22222222222222222 11 00000 3 3333333 3 1 3 44444444 3 4 000 22 777 9 9 5555 1 9 999999999999999999999999999999999999999999999 8888888 666666 66 3 3 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 0 00000 0 0 0 0
consensus : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTT--GTCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAANATTAAAAATGACTA-CATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACGGTTTCT----CGAACTGCT-----TCGTGAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
Reference ( family-1567 ) : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACACACACACCCC-------TCC---CCCA------AGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTNTTGGTCAATTTATTAATTTCANCTCATNNAAAGTGACAGATAGNNTTAAAAATNACTA-CATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACGGTTTCT----CGAACCGTT-----TCGTNAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACANCNAATTTCGACTCTGTTAATTCA
gi|1 : AAAAAAACTAAAAAAAAAAC-CAAAAAAACCCCAAACAAATAAAAACCCAGAAAGAAAAAAACAAAAACCACCCCTTATATTTTGT--GTTATTTTATTAATATCACCCCATCAATAATGACAGAAAAAATTAAAAATTACTA-CATGAGACACATACTTCTACTCTTGTAAAACCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATAAAGTT---TTGCCCT--CT--GT-AGCC-TAAAATC----CAG-GATCCGCCA-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--TCAACTCTCTGAGAGAAGATTGATGC-AAGTCGCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAACAGTTTCTCGAACGAACTGCT-----TCGTGAATATCCG
gi|1 : AGGTTAACACCAAATTTCGACTTTGTTAATTTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctttttcgtgaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaataaggttaacaccaaatttcgactttgttaatttag
gi|10 : aaaaaaactaaaaaaaaaaccaaaaaaaccccaaacaaataaaaacccagaaagaaaaaaacaaaaaccaccccttatattttgtgttattttattaatatcaccccatcaataatgacagaaaaaattaaaaattactacatgagacacatacttctactcttgtaaaacctgggagctaccccctccccgcgggcctcagacccctgcctcataaagttttgccctctgtagcctaaaatccaggatccgccactgatctttgatcaactctctgagagaagattgatgcaagtcgccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaacagtttctcgaacgaactgcttcgtgaatatccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctttttcgtgaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaataCCCT-GG------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------TTGCCTTATAAAGTT---GTGCCCC--GT--CT-AACC-ACAAATC----CAG-GATCCG-CC-CTGA----------------T--------------C-------------g
gi|11 : CCCT-GT------G----CTCAGA-C-CCC--------T-----CATGAAGTT---TTGTCCC--CT--TT-AATC-TCAGCTC----CTG-GATAAGCGC-CTGA----------------T--------------C-------------ggggcccgtggtgactgtctttgacca
gi|12 : atctgacaaccgagcTGACTA-CATGGGAGACAT----CTACTCTTATAAAATCT---------GTAAAATCATGGAGC---T-----------A-TC--CCT-C--TCCCC-GC------GGGC-CTTAGATC-CCC--------T-GCCTggggtggctttgtctttg
gi|13 : aattcCTTAAATTTTTT--GTCAATTTATCAATTTCACCTCATCTCAAATAATAGAAAATGTTAA
gi|14 : aaaa-AACA-TCAAACCGGCGCTGCGAT--GGCT-TTG-----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAGCTCTCTGAGAGAAGTTTGATGG-AAGCTGCAGGcttccaccattataaaatgtgcaaaatc
gi|15 : ATCCGCCC-CTGA----------------T--------------CCATGTGGGGTGGCTTATGTCTATG------A--CCAACTCT--GAGAGAAGTTTGATGC-AAGCn
gi|16 : tcaa-GC------GGTC-CTCCGA-CACCT--------T-GCCTCATGAAGAT---CTGCTCC--CT------ACCTTCAATTT----CTG-CATTCGCCC-TTG
gi|17 : aag-C-TCT--------T-GCCTCATAAAGTT---GTGTCCC--TT--CT-AACC-ACAAATC----TTG-
gi|18 : gtcATCCGCGC-CTGA----------------TAGGGGTGACTTTGTT-------------TT-------TG------A--TCAACTCTCTGAGAGAAGATTGATGtaccggaggacgcgccct
gi|19 : C-TTAG----------------T--------------T-------------TT-------TT------A--CCAACTCTCTGAGAGAAATTTGTTGC-AAGCCGC
gi|2 : aggtggAAAGAAACTAGAAAGAAAACACACACACACCCC-------TCC---CCCA------AGAAAACAA--------CCTTAAATT------GT------ATTAAATTCAACTCATAAAAAGTGACAGATAGTATTAAAAATGACTA-CATGGTAAA------------CTTGTATAATTT---------G---------GGAGC---T-----------T-CC--CC--C--TCCCC-----------GC-TTCAGA-CACTC--------T-GTCTCAT--AGTT---TTGCACC--CT--GT-AACC-TAAAATC----ATG-GATCCGCCT-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGATGGTTGCTGC-AAGTCGCCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACGGTTTCT----CGAACTATT-----CCGTGAATATCC
gi|2 : AGGTTCATACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttcataccaaatttcgactctgttaattcaat
gi|20 : aaagaaactagaaagaaaacacacacacacccctcccccaagaaaacaaccttaaattgtattaaattcaactcataaaaagtgacagatagtattaaaaatgactacatggtaaacttgtataatttgggagcttccccctccccgcttcagacactctgtctcatagttttgcaccctgtaacctaaaatcatggatccgcctctgatctttgaccaactctctgagagatggttgctgcaagtcgccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacggtttctcgaactattccgtgaatatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAGCTCTTTGAGAAAAGTTTGATGC-AAGCCGCat
gi|21 : gtggctttgC--------T-GCCACATAAAGTT---GCGGCCC--CT--CT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCACC
gi|3 : ATCT---------G---------GGAGCAGCC-----------ATCC--CC--C--TCTCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-TCC--------TTGCCTCATGAAGTT---TTGTCCC--ATATGT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCGC-CTGA----------------TCGGGATGG------C-------------TT-------TGTCTTTCA--TCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGTCGCCGGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACAGTTTCT----CGAAATGCTTGAAGTCGTAAATATCC
gi|3 : AGGTTGACAACTAATTTCGACTCTGTTAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggttgacaactaatttcgactctgttaatt
gi|4 : atctgggagcagccatccccctctccgcgggcctcagactccttgcctcatgaagttttgtcccatatgtaacctcaaatcctggatccgcgcctgatcgggatggctttgtctttcatcaactctctgagagaagtttgatgcaagtcgccgggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacagtttctcgaaatgcttgaagtcgtaaatatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAA-----CCTCTTAA-TTTTTTTGGTCAATTTATTAATTTCACCTCATCTAAAATAACAGA---ACTTATTAACTCCCAGCAT------TATAA----AATC-TAAAGAATCC---------A---------GGAGT---TTCCGGTTGCTAA-CC--CC--CATTCCCCGGCCCCTGAGAGC-CTTAGA-A-CTA--------T-CCCTCTTAAAGTTGCCCCCCCCC--CC--TT-AACG-TCAAATC----CCA-TATCCGCCC-CTGATCTAGGTGGCTTTG--T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGGGAGAAGTTTGATGC-AAGC
gi|5 : a-GCCTCATGAAGTT---TTGCCTC--CT--GTAAACC-TCAA---------G-AATCTGCCCGCTGATGCGGGGGTGGCTTTGT--------------C-------------TT-------TG------AACCTAACTCTCTG-GAG-----TGATGCAAAGTCGCTGGG
gi|6 : ATTCTTATGAAATCT---------G---------GATGC---T-----------A-CC--CC-----TCCCT-GG------TGGC-CTC----------------------T--TGAAGTT---TGGCCCC--CT--GT-AACC-TAAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTAA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTC-------------TGATGC-AAGT-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAACGGTTTCT----CGAACCGTT-----TCGTCAATATCCGtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaatcagtttctcagaactggcttacgtcaaatagtc
gi|7 : TACTCTTGTAAAATCT---------G---------GGTGC---T-----------T-CC--TC--C---CTCC-GC------GGCA-CTCAGA-C-CCCCCCCCCCCT-GCCTCATGAAGCG---TTGCCTT--CA--GT-AACC-TAAAATC----CTG-GATCCGCCT-CTGC----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CC-------------AAGTTTGATGC-A
gi|8 : AAAAATGACTA-CATGGGAGATATACTTTTAGCCGTATAAAATCTTTAATACCCG---------GGGGT---TTCTGGG-----A-TC--TTAGT--TCCTT-A-------GGGCTCTCAGA-CTCCC--------T-ACTTCATAATATT---TCGGCCgtt
gi|9 : tgGGGAGACATACTTCTTCTCTTATAAAATCT---------A---------GGAGA---T-----------G-CCAACC--C--TCCCC-GC------AGGC-CTCAGA-CTCTC--------T-ACCCCATGACGTT---TTGTTCCATAT--GT-AA-C-TCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 4444444444444 222222 444444 1 55555555555555555555555555555555555555555 11111 1111111 1 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 2222222
lowQualScore : 5 1 1 1 7777777777777 999999 000000 3 3 0 777 1 22 0 1 6666 1 1 00000000000000000000000000000000000000000 66 44444 3 1111111 3 3 2 00000000 5 0 555 44 777 2 2 6666 3 2 111111111111111111111111111111111111111111111 0000000 999999 44 0 1 3 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 7777 8 8 2222222 99 1
lowQualScore : . . . . ............. ...... ...... . . . ... . .. . . .... . . ......................................... .. ..... . ....... . . . ........ . . ... .. ... . . .... . . ............................................. ....... ...... .. . . . . ......................................................................................... . .... . . ....... .. .
lowQualScore : 5 0 0 0 5555555555555 555555 777777 2 0 0 000 0 22 8 0 3333 5 4 77777777777777777777777777777777777777777 11 00000 3 3333333 3 1 3 44444444 3 4 000 22 777 9 9 5555 1 9 999999999999999999999999999999999999999999999 8888888 666666 66 3 3 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0000 0 0 0000000 44 0
consensus : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAATATTAAAAATGACTACATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
Reference ( family-1567 ) : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAANATTAAAAATGACTACATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
gi|1 : AAAAAAACTAAAAAAAAAAC-CAAAAAAACCCCAAACAAATAAAAACCCAGAAAGAAAAAAACAAAAACCACCCCTTATATTTTGTG-TTATTTTATTAATATCACCCCATCAATAATGACAGAAAAAATTAAAAATTACTACATGAGACACATACTTCTACTCTTGTAAAACCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATAAAGTT---TTGCCCT--CT--GT-AGCC-TAAAATC----CAG-GATCCGCCA-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--TCAACTCTCTGAGAGAAGATTGATGC-AAGTCGCCAAN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAA-CAGTTTCTCGAAC-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCG
gi|1 : AGGTTAACACCAAATTTCGACTTTGTTAATTTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctttttcgtgaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaataaggttaacaccaaatttcgactttgttaatttag
gi|10 : aaaaaaactaaaaaaaaaaccaaaaaaaccccaaacaaataaaaacccagaaagaaaaaaacaaaaaccaccccttatattttgtgttattttattaatatcaccccatcaataatgacagaaaaaattaaaaattactacatgagacacatacttctactcttgtaaaacctgggagctaccccctccccgcgggcctcagacccctgcctcataaagttttgccctctgtagcctaaaatccaggatccgccactgatctttgatcaactctctgagagaagattgatgcaagtcgccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaacagtttctcgaacgaactgcttcgtgaatatccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctttttcgtgaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaataCCCT-GG------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------TTGCCTTATAAAGTT---GTGCCCC--GT--CT-AACC-ACAAATC----CAG-GATCCG-CC-CTGA----------------T--------------C-------------g
gi|11 : CCCT-GT------G----CTCAGA-C-CCC--------T-----CATGAAGTT---TTGTCCC--CT--TT-AATC-TCAGCTC----CTG-GATAAGCGC-CTGA----------------T--------------C-------------ggggcccgtggtgactgtctttgacca
gi|12 : atctgacaaccgagcTGACTACATGGGAGACAT----CTACTCTTATAAAATCT---------GTAAAATCATGGAGC---T-----------A-TC--CCT-C--TCCCC-GC------GGGC-CTTAGATC-CCC--------T-GCCTggggtggctttgtctttg
gi|13 : aattcCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATCAATTTCACCTCATCTCAAATAATAGAAAATGTTAA
gi|14 : aaaa-AACA-TCAAACCGGCGCTGCGAT--GGCT-TTG-----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAGCTCTCTGAGAGAAGTTTGATGG-AAGCTGCAGGcttccaccattataaaatgtgcaaaatc
gi|15 : ATCCGCCC-CTGA----------------T--------------CCATGTGGGGTGGCTTATGTCTATG------A--CCAACTCT--GAGAGAAGTTTGATGC-AAGCn
gi|16 : tcaa-GC------GGTC-CTCCGA-CACCT--------T-GCCTCATGAAGAT---CTGCTCC--CT------ACCTTCAATTT----CTG-CATTCGCCC-TTG
gi|17 : aag-C-TCT--------T-GCCTCATAAAGTT---GTGTCCC--TT--CT-AACC-ACAAATC----TTG-
gi|18 : gtcATCCGCGC-CTGA----------------TAGGGGTGACTTTGTT-------------TT-------TG------A--TCAACTCTCTGAGAGAAGATTGATGtaccggaggacgcgccct
gi|19 : C-TTAG----------------T--------------T-------------TT-------TT------A--CCAACTCTCTGAGAGAAATTTGTTGC-AAGCCGC
gi|2 : aggtggAAAGAAACTAGAAAGAAAACACACACACACCCC-------TCC---CCCA------AGAAAACAA--------CCTTAAATT----G-T------ATTAAATTCAACTCATAAAAAGTGACAGATAGTATTAAAAATGACTACATGGTAAA------------CTTGTATAATTT---------G---------GGAGC---T-----------T-CC--CC--C--TCCCC-----------GC-TTCAGA-CACTC--------T-GTCTCAT--AGTT---TTGCACC--CT--GT-AACC-TAAAATC----ATG-GATCCGCCT-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGATGGTTGCTGC-AAGTCGCCGGN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-ATT-----C-CGT-GAATATCC
gi|2 : AGGTTCATACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttcataccaaatttcgactctgttaattcaat
gi|20 : aaagaaactagaaagaaaacacacacacacccctcccccaagaaaacaaccttaaattgtattaaattcaactcataaaaagtgacagatagtattaaaaatgactacatggtaaacttgtataatttgggagcttccccctccccgcttcagacactctgtctcatagttttgcaccctgtaacctaaaatcatggatccgcctctgatctttgaccaactctctgagagatggttgctgcaagtcgccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacggtttctcgaactattccgtgaatatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAGCTCTTTGAGAAAAGTTTGATGC-AAGCCGCat
gi|21 : gtggctttgC--------T-GCCACATAAAGTT---GCGGCCC--CT--CT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCACC
gi|3 : ATCT---------G---------GGAGCAGCC-----------ATCC--CC--C--TCTCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-TCC--------TTGCCTCATGAAGTT---TTGTCCC--ATATGT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCGC-CTGA----------------TCGGGATGG------C-------------TT-------TGTCTTTCA--TCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGTCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CAGTTTCT----C-GAAAT-GCTTGAAGT-CGT-AAATATCC
gi|3 : AGGTTGACAACTAATTTCGACTCTGTTAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggttgacaactaatttcgactctgttaatt
gi|4 : atctgggagcagccatccccctctccgcgggcctcagactccttgcctcatgaagttttgtcccatatgtaacctcaaatcctggatccgcgcctgatcgggatggctttgtctttcatcaactctctgagagaagtttgatgcaagtcgccgggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacagtttctcgaaatgcttgaagtcgtaaatatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAA-----CCTCTTAATTTTTTTGGTCAATTTATTAATTTCACCTCATCTAAAATAACAGAACTTATTA----------------------ACTCCCAGCATTATAAAATCTAAAGAATCCA---------GGAGT---TTCCGGTTGCTAA-CC--CC--CATTCCCCGGCCCCTGAGAGC-CTTAGA-A-CTA--------T-CCCTCTTAAAGTTGCCCCCCCCC--CC--TT-AACG-TCAAATC----CCA-TATCCGCCC-CTGATCTAGGTGGCTTTG--T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGGGAGAAGTTTGATGC-AAGC
gi|5 : a-GCCTCATGAAGTT---TTGCCTC--CT--GTAAACC-TCAA---------G-AATCTGCCCGCTGATGCGGGGGTGGCTTTGT--------------C-------------TT-------TG------AACCTAACTCTCTG-GAG-----TGATGCAAAGTCGCTGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAATCAGTTTCT----CAGAACTGGCT-----TACGTCAAATA
gi|6 : ATTCTTATGAAATCT---------G---------GATGC---T-----------A-CC--CC-----TCCCT-GG------TGGC-CTC----------------------T--TGAAGTT---TGGCCCC--CT--GT-AACC-TAAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTAA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTC-------------TGATGC-AAGT-----AN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACC-GTT-----T-CGT-CAATATCCGgtc
gi|7 : TACTCTTGTAAAATCT---------G---------GGTGC---T-----------T-CC--TC--C---CTCC-GC------GGCA-CTCAGA-C-CCCCCCCCCCCT-GCCTCATGAAGCG---TTGCCTT--CA--GT-AACC-TAAAATC----CTG-GATCCGCCT-CTGC----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CC-------------AAGTTTGATGC-A
gi|8 : AAAAATGACTACATGGGAGATATACTTTTAGCCGTATAAAATCTTTAATACCCG---------GGGGT---TTCTGGG-----A-TC--TTAGT--TCCTT-A-------GGGCTCTCAGA-CTCCC--------T-ACTTCATAATATT---TCGGCCgtt
gi|9 : tgGGGAGACATACTTCTTCTCTTATAAAATCT---------A---------GGAGA---T-----------G-CCAACC--C--TCCCC-GC------AGGC-CTCAGA-CTCTC--------T-ACCCCATGACGTT---TTGTTCCATAT--GT-AA-C-TCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 4444444444444 222222 444444 1 55555555555555555555555555555555555555555 11111 1111111 1 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 2222222
lowQualScore : 5 1 1 1 7777777777777 999999 000000 3 3 0 777 1 1 0 1 6666 1 1 00000000000000000000000000000000000000000 66 44444 3 1111111 3 3 2 00000000 5 0 555 44 777 2 2 6666 3 2 111111111111111111111111111111111111111111111 0000000 999999 44 0 1 3 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 7777 8 8 2222222 99 1
lowQualScore : . . . . ............. ...... ...... . . . ... . . . . .... . . ......................................... .. ..... . ....... . . . ........ . . ... .. ... . . .... . . ............................................. ....... ...... .. . . . . ......................................................................................... . .... . . ....... .. .
lowQualScore : 5 0 0 0 5555555555555 555555 777777 2 0 0 000 0 2 8 0 3333 5 4 77777777777777777777777777777777777777777 11 00000 3 3333333 3 1 3 44444444 3 4 000 22 777 9 9 5555 1 9 999999999999999999999999999999999999999999999 8888888 666666 66 3 3 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0000 0 0 0000000 44 0
consensus : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAATATTAAAAATGACTACATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
Reference ( family-1567 ) : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAATATTAAAAATGACTACATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
gi|1 : AAAAAAACTAAAAAAAAAAC-CAAAAAAACCCCAAACAAATAAAAACCCAGAAAGAAAAAAACAAAAACCACCCCTTATATTTTGTG-TTATTTTATTAATATCACCCCATCAATAATGACAGAAAAAATTAAAAATTACTACATGAGACACATACTTCTACTCTTGTAAAACCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATAAAGTT---TTGCCCT--CT--GT-AGCC-TAAAATC----CAG-GATCCGCCA-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--TCAACTCTCTGAGAGAAGATTGATGC-AAGTCGCCAAN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAA-CAGTTTCTCGAAC-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCG
gi|1 : AGGTTAACACCAAATTTCGACTTTGTTAATTTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctttttcgtgaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaataaggttaacaccaaatttcgactttgttaatttag
gi|10 : aaaaaaactaaaaaaaaaaccaaaaaaaccccaaacaaataaaaacccagaaagaaaaaaacaaaaaccaccccttatattttgtgttattttattaatatcaccccatcaataatgacagaaaaaattaaaaattactacatgagacacatacttctactcttgtaaaacctgggagctaccccctccccgcgggcctcagacccctgcctcataaagttttgccctctgtagcctaaaatccaggatccgccactgatctttgatcaactctctgagagaagattgatgcaagtcgccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaacagtttctcgaacgaactgcttcgtgaatatccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctttttcgtgaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaataCCCT-GG------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------TTGCCTTATAAAGTT---GTGCCCC--GT--CT-AACC-ACAAATC----CAG-GATCCG-CC-CTGA----------------T--------------C-------------g
gi|11 : CCCT-GT------G----CTCAGA-C-CCC--------T-----CATGAAGTT---TTGTCCC--CT--TT-AATC-TCAGCTC----CTG-GATAAGCGC-CTGA----------------T--------------C-------------ggggcccgtggtgactgtctttgacca
gi|12 : atctgacaaccgagcTGACTACATGGGAGACAT----CTACTCTTATAAAATCT---------GTAAAATCATGGAGC---T-----------A-TC--CCT-C--TCCCC-GC------GGGC-CTTAGATC-CCC--------T-GCCTggggtggctttgtctttg
gi|13 : aattcCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATCAATTTCACCTCATCTCAAATAATAGAAAATGTTAA
gi|14 : aaaa-AACA-TCAAACCGGCGCTGCGAT--GGCT-TTG-----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAGCTCTCTGAGAGAAGTTTGATGG-AAGCTGCAGGcttccaccattataaaatgtgcaaaatc
gi|15 : ATCCGCCC-CTGA----------------T--------------CCATGTGGGGTGGCTTATGTCTATG------A--CCAACTCT--GAGAGAAGTTTGATGC-AAGCn
gi|16 : tcaa-GC------GGTC-CTCCGA-CACCT--------T-GCCTCATGAAGAT---CTGCTCC--CT------ACCTTCAATTT----CTG-CATTCGCCC-TTG
gi|17 : aag-C-TCT--------T-GCCTCATAAAGTT---GTGTCCC--TT--CT-AACC-ACAAATC----TTG-
gi|18 : gtcATCCGCGC-CTGA----------------TAGGGGTGACTTTGTT-------------TT-------TG------A--TCAACTCTCTGAGAGAAGATTGATGtaccggaggacgcgccct
gi|19 : C-TTAG----------------T--------------T-------------TT-------TT------A--CCAACTCTCTGAGAGAAATTTGTTGC-AAGCCGC
gi|2 : aggtggAAAGAAACTAGAAAGAAAACACACACACACCCC-------TCC---CCCA------AGAAAACAA--------CCTTAAATT----G-T------ATTAAATTCAACTCATAAAAAGTGACAGATAGTATTAAAAATGACTACATGGTAAA------------CTTGTATAATTT---------G---------GGAGC---T-----------T-CC--CC--C--TCCCC-----------GC-TTCAGA-CACTC--------T-GTCTCAT--AGTT---TTGCACC--CT--GT-AACC-TAAAATC----ATG-GATCCGCCT-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGATGGTTGCTGC-AAGTCGCCGGN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-ATT-----C-CGT-GAATATCC
gi|2 : AGGTTCATACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttcataccaaatttcgactctgttaattcaat
gi|20 : aaagaaactagaaagaaaacacacacacacccctcccccaagaaaacaaccttaaattgtattaaattcaactcataaaaagtgacagatagtattaaaaatgactacatggtaaacttgtataatttgggagcttccccctccccgcttcagacactctgtctcatagttttgcaccctgtaacctaaaatcatggatccgcctctgatctttgaccaactctctgagagatggttgctgcaagtcgccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacggtttctcgaactattccgtgaatatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAGCTCTTTGAGAAAAGTTTGATGC-AAGCCGCat
gi|21 : gtggctttgC--------T-GCCACATAAAGTT---GCGGCCC--CT--CT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCACC
gi|3 : ATCT---------G---------GGAGCAGCC-----------ATCC--CC--C--TCTCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-TCC--------TTGCCTCATGAAGTT---TTGTCCC--ATATGT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCGC-CTGA----------------TCGGGATGG------C-------------TT-------TGTCTTTCA--TCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGTCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CAGTTTCT----C-GAAAT-GCTTGAAGT-CGT-AAATATCC
gi|3 : AGGTTGACAACTAATTTCGACTCTGTTAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggttgacaactaatttcgactctgttaatt
gi|4 : atctgggagcagccatccccctctccgcgggcctcagactccttgcctcatgaagttttgtcccatatgtaacctcaaatcctggatccgcgcctgatcgggatggctttgtctttcatcaactctctgagagaagtttgatgcaagtcgccgggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacagtttctcgaaatgcttgaagtcgtaaatatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAA-----CCTCTTAATTTTTTTGGTCAATTTATTAATTTCACCTCATCTAAAATAACAGAACTTATTA----------------------ACTCCCAGCATTATAAAATCTAAAGAATCCA---------GGAGT---TTCCGGTTGCTAA-CC--CC--CATTCCCCGGCCCCTGAGAGC-CTTAGA-A-CTA--------T-CCCTCTTAAAGTTGCCCCCCCCC--CC--TT-AACG-TCAAATC----CCA-TATCCGCCC-CTGATCTAGGTGGCTTTG--T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGGGAGAAGTTTGATGC-AAGC
gi|5 : a-GCCTCATGAAGTT---TTGCCTC--CT--GTAAACC-TCAA---------G-AATCTGCCCGCTGATGCGGGGGTGGCTTTGT--------------C-------------TT-------TG------AACCTAACTCTCTG-GAG-----TGATGCAAAGTCGCTGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAATCAGTTTCT----CAGAACTGGCT-----TACGTCAAATA
gi|6 : ATTCTTATGAAATCT---------G---------GATGC---T-----------A-CC--CC-----TCCCT-GG------TGGC-CTC----------------------T--TGAAGTT---TGGCCCC--CT--GT-AACC-TAAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTAA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTC-------------TGATGC-AAGT-----AN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACC-GTT-----T-CGT-CAATATCCGgtc
gi|7 : TACTCTTGTAAAATCT---------G---------GGTGC---T-----------T-CC--TC--C---CTCC-GC------GGCA-CTCAGA-C-CCCCCCCCCCCT-GCCTCATGAAGCG---TTGCCTT--CA--GT-AACC-TAAAATC----CTG-GATCCGCCT-CTGC----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CC-------------AAGTTTGATGC-A
gi|8 : AAAAATGACTACATGGGAGATATACTTTTAGCCGTATAAAATCTTTAATACCCG---------GGGGT---TTCTGGG-----A-TC--TTAGT--TCCTT-A-------GGGCTCTCAGA-CTCCC--------T-ACTTCATAATATT---TCGGCCgtt
gi|9 : tgGGGAGACATACTTCTTCTCTTATAAAATCT---------A---------GGAGA---T-----------G-CCAACC--C--TCCCC-GC------AGGC-CTCAGA-CTCTC--------T-ACCCCATGACGTT---TTGTTCCATAT--GT-AA-C-TCAAA
blockSeqs : A C C C TCC . A T T G CAA T A G TATA C C AAAGAATCCAGGAGTTTCCGGTTGCTAA AA CAT G CCCCTGA T T A CCCCCCCC T GCC AT ATG A T GGCG C G TGCGGGGGTGGCTTTGTC ATGTCTA TCTTTC AC T A A TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . A G TGAAGT CA C
blockSeqs : . T T . CAA A G A CATA T G TTAATACCCGGGGGTTTCTGGGA . AGT . G . . A . T . . C . . . . . TAGGGGTGACTTTGTT . . . T . C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . TA G G
blockSeqs : . . . . T T G CAT T T GTAAAATCATGGAGCTA . TC . T . . T . . . . T . . . . . TCTAGGTGGCTTTGTC . . . A . C ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . C A
blockSeqs : G A . C GGGAGCAGCCAT . C . C . . T . . . . C . . . . . TCCATGTGGGGTGGC . . . T . T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . T C
blockSeqs : . . . G GGGAGCTT . C . C . . . . . . . G . . . . . TCGGGATGGC . . . G . .
blockSeqs : C GGATGCTA . C . C . . . . . . . C . . . . . TC . . . T .
blockSeqs : . GGGTGCTT . C . G . . . . . . . T . . . . . TC . . . T .
blockSeqs : AGGAGATG . . . C . . . . . . . G . . . . . TC . . . T .
blockSeqs : . C . . . . . . . G . . . . . TT . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . TC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TC
blockSeqs : . . . . . . TC
blockSeqs : .
blockSeqCons : ****
originalCons : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAATATTAAAAATGACTACATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
finalCons : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAATATTAAAAATGACTACATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 4444444444444 222222 444444 1 55555555555555555555555555555555555555555 11111 1111111 1 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 2222222
lowQualScore : 5 1 1 1 7777777777777 999999 000000 3 3 0 777 1 1 0 1 6666 1 1 00000000000000000000000000000000000000000 66 44444 3 1111111 3 3 2 00000000 5 0 555 44 777 2 2 6666 3 2 111111111111111111111111111111111111111111111 0000000 999999 44 0 1 3 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 7777 8 8 2222222 99 1
lowQualScore : . . . . ............. ...... ...... . . . ... . . . . .... . . ......................................... .. ..... . ....... . . . ........ . . ... .. ... . . .... . . ............................................. ....... ...... .. . . . . ......................................................................................... . .... . . ....... .. .
lowQualScore : 5 0 0 0 5555555555555 555555 777777 2 0 0 000 0 2 8 0 3333 5 4 77777777777777777777777777777777777777777 11 00000 3 3333333 3 1 3 44444444 3 4 000 22 777 9 9 5555 1 9 999999999999999999999999999999999999999999999 8888888 666666 66 3 3 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0000 0 0 0000000 44 0
consensus : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAATATTAAAAATGACTACATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
Reference ( family-1567 ) : AAAGAAACTAGAAAGAAAACACANANANACCCCAAACAAATNNAAACCCAGAAAGAAGAAAACAAA-----CCCCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATTAATTTCACCTCATCNAAAATGACAGAAAATATTAAAAATGACTACATGGGAGACATACTTCTACTCTTATAAAATCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATGAAGTT---TTGCCCC--CT--GT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGCCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTTNACACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCA
gi|1 : AAAAAAACTAAAAAAAAAAC-CAAAAAAACCCCAAACAAATAAAAACCCAGAAAGAAAAAAACAAAAACCACCCCTTATATTTTGTG-TTATTTTATTAATATCACCCCATCAATAATGACAGAAAAAATTAAAAATTACTACATGAGACACATACTTCTACTCTTGTAAAACCT---------G---------GGAGC---T-----------A-CC--CC--C--TCCCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------T-GCCTCATAAAGTT---TTGCCCT--CT--GT-AGCC-TAAAATC----CAG-GATCCGCCA-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--TCAACTCTCTGAGAGAAGATTGATGC-AAGTCGCCAAN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAA-CAGTTTCTCGAAC-GAACT-GCT-----T-CGT-GAATATCCG
gi|1 : AGGTTAACACCAAATTTCGACTTTGTTAATTTAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctttttcgtgaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaataaggttaacaccaaatttcgactttgttaatttag
gi|10 : aaaaaaactaaaaaaaaaaccaaaaaaaccccaaacaaataaaaacccagaaagaaaaaaacaaaaaccaccccttatattttgtgttattttattaatatcaccccatcaataatgacagaaaaaattaaaaattactacatgagacacatacttctactcttgtaaaacctgggagctaccccctccccgcgggcctcagacccctgcctcataaagttttgccctctgtagcctaaaatccaggatccgccactgatctttgatcaactctctgagagaagattgatgcaagtcgccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaacagtttctcgaacgaactgcttcgtgaatatccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctttttcgtgaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattaataCCCT-GG------GGGC-CTCAGA-C-CCC--------TTGCCTTATAAAGTT---GTGCCCC--GT--CT-AACC-ACAAATC----CAG-GATCCG-CC-CTGA----------------T--------------C-------------g
gi|11 : CCCT-GT------G----CTCAGA-C-CCC--------T-----CATGAAGTT---TTGTCCC--CT--TT-AATC-TCAGCTC----CTG-GATAAGCGC-CTGA----------------T--------------C-------------ggggcccgtggtgactgtctttgacca
gi|12 : atctgacaaccgagcTGACTACATGGGAGACAT----CTACTCTTATAAAATCT---------GTAAAATCATGGAGC---T-----------A-TC--CCT-C--TCCCC-GC------GGGC-CTTAGATC-CCC--------T-GCCTggggtggctttgtctttg
gi|13 : aattcCTTAAATTTTTTG-TCAATTTATCAATTTCACCTCATCTCAAATAATAGAAAATGTTAA
gi|14 : aaaa-AACA-TCAAACCGGCGCTGCGAT--GGCT-TTG-----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAGCTCTCTGAGAGAAGTTTGATGG-AAGCTGCAGGcttccaccattataaaatgtgcaaaatc
gi|15 : ATCCGCCC-CTGA----------------T--------------CCATGTGGGGTGGCTTATGTCTATG------A--CCAACTCT--GAGAGAAGTTTGATGC-AAGCn
gi|16 : tcaa-GC------GGTC-CTCCGA-CACCT--------T-GCCTCATGAAGAT---CTGCTCC--CT------ACCTTCAATTT----CTG-CATTCGCCC-TTG
gi|17 : aag-C-TCT--------T-GCCTCATAAAGTT---GTGTCCC--TT--CT-AACC-ACAAATC----TTG-
gi|18 : gtcATCCGCGC-CTGA----------------TAGGGGTGACTTTGTT-------------TT-------TG------A--TCAACTCTCTGAGAGAAGATTGATGtaccggaggacgcgccct
gi|19 : C-TTAG----------------T--------------T-------------TT-------TT------A--CCAACTCTCTGAGAGAAATTTGTTGC-AAGCCGC
gi|2 : aggtggAAAGAAACTAGAAAGAAAACACACACACACCCC-------TCC---CCCA------AGAAAACAA--------CCTTAAATT----G-T------ATTAAATTCAACTCATAAAAAGTGACAGATAGTATTAAAAATGACTACATGGTAAA------------CTTGTATAATTT---------G---------GGAGC---T-----------T-CC--CC--C--TCCCC-----------GC-TTCAGA-CACTC--------T-GTCTCAT--AGTT---TTGCACC--CT--GT-AACC-TAAAATC----ATG-GATCCGCCT-CTGA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGAGAGATGGTTGCTGC-AAGTCGCCGGN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACT-ATT-----C-CGT-GAATATCC
gi|2 : AGGTTCATACCAAATTTCGACTCTGTTAATTCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttcataccaaatttcgactctgttaattcaat
gi|20 : aaagaaactagaaagaaaacacacacacacccctcccccaagaaaacaaccttaaattgtattaaattcaactcataaaaagtgacagatagtattaaaaatgactacatggtaaacttgtataatttgggagcttccccctccccgcttcagacactctgtctcatagttttgcaccctgtaacctaaaatcatggatccgcctctgatctttgaccaactctctgagagatggttgctgcaagtcgccggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacggtttctcgaactattccgtgaatatccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttccccttaatttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAGCTCTTTGAGAAAAGTTTGATGC-AAGCCGCat
gi|21 : gtggctttgC--------T-GCCACATAAAGTT---GCGGCCC--CT--CT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCACC
gi|3 : ATCT---------G---------GGAGCAGCC-----------ATCC--CC--C--TCTCC-GC------GGGC-CTCAGA-C-TCC--------TTGCCTCATGAAGTT---TTGTCCC--ATATGT-AACC-TCAAATC----CTG-GATCCGCGC-CTGA----------------TCGGGATGG------C-------------TT-------TGTCTTTCA--TCAACTCTCTGAGAGAAGTTTGATGC-AAGTCGCCGGG-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CAGTTTCT----C-GAAAT-GCTTGAAGT-CGT-AAATATCC
gi|3 : AGGTTGACAACTAATTTCGACTCTGTTAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggttgacaactaatttcgactctgttaatt
gi|4 : atctgggagcagccatccccctctccgcgggcctcagactccttgcctcatgaagttttgtcccatatgtaacctcaaatcctggatccgcgcctgatcgggatggctttgtctttcatcaactctctgagagaagtttgatgcaagtcgccgggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaaacagtttctcgaaatgcttgaagtcgtaaatatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacttttccaactaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAA-----CCTCTTAATTTTTTTGGTCAATTTATTAATTTCACCTCATCTAAAATAACAGAACTTATTA----------------------ACTCCCAGCATTATAAAATCTAAAGAATCCA---------GGAGT---TTCCGGTTGCTAA-CC--CC--CATTCCCCGGCCCCTGAGAGC-CTTAGA-A-CTA--------T-CCCTCTTAAAGTTGCCCCCCCCC--CC--TT-AACG-TCAAATC----CCA-TATCCGCCC-CTGATCTAGGTGGCTTTG--T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTCTCTGGGAGAAGTTTGATGC-AAGC
gi|5 : a-GCCTCATGAAGTT---TTGCCTC--CT--GTAAACC-TCAA---------G-AATCTGCCCGCTGATGCGGGGGTGGCTTTGT--------------C-------------TT-------TG------AACCTAACTCTCTG-GAG-----TGATGCAAAGTCGCTGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAATCAGTTTCT----CAGAACTGGCT-----TACGTCAAATA
gi|6 : ATTCTTATGAAATCT---------G---------GATGC---T-----------A-CC--CC-----TCCCT-GG------TGGC-CTC----------------------T--TGAAGTT---TGGCCCC--CT--GT-AACC-TAAAATC----CTG-GATCCGCCC-CTAA----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CCAACTC-------------TGATGC-AAGT-----AN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAAA-CGGTTTCT----C-GAACC-GTT-----T-CGT-CAATATCCGgtc
gi|7 : TACTCTTGTAAAATCT---------G---------GGTGC---T-----------T-CC--TC--C---CTCC-GC------GGCA-CTCAGA-C-CCCCCCCCCCCT-GCCTCATGAAGCG---TTGCCTT--CA--GT-AACC-TAAAATC----CTG-GATCCGCCT-CTGC----------------T--------------C-------------TT-------TG------A--CC-------------AAGTTTGATGC-A
gi|8 : AAAAATGACTACATGGGAGATATACTTTTAGCCGTATAAAATCTTTAATACCCG---------GGGGT---TTCTGGG-----A-TC--TTAGT--TCCTT-A-------GGGCTCTCAGA-CTCCC--------T-ACTTCATAATATT---TCGGCCgtt
gi|9 : tgGGGAGACATACTTCTTCTCTTATAAAATCT---------A---------GGAGA---T-----------G-CCAACC--C--TCCCC-GC------AGGC-CTCAGA-CTCTC--------T-ACCCCATGACGTT---TTGTTCCATAT--GT-AA-C-TCAAA