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lowQualScore                  :        .  ... ...    .  . .  .. ..  ................ . .   ........  ............................................................................................................................. . . ...    .  . .  .    .  ..    
lowQualScore                  :        4  555 666    7  3 7  33 33  4444444444444444 5 5   66666666  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 5 777    5  5 1  5    7  55    
consensus                     :    AGCT-GC---AA--TAAT-GT-A-GC--C--CTC---TC-C-GA---T-T-T-TTT--------TT--------A------------TTC--T------G-ACG--TT----TA---CGG----GAA-----A------A------A-----------------------T-----AAAAAA-A-N-----G-G-A---GAGG-GC-T-AC-ATTA-TT--GCAG
Reference ( gi|8 )            :    AGCT-GC---A---TAAT-GT-A-GC--C--CT----TC-C-G----T-T-T-TTT--------TT--------A------------TTC--T------G-ACG--TT----TA---CGG----GAA-----A------A------A-----------------------T-----AAAAAA-A-G-----G-G-A---GAGG-GC-T-AC-ATTA-TT--GCAG
gi|6                          :    AGCT-GC---AA--TACT-GT-A-GC--C--CTCT--TC-C-T----T-T-T-TTTAAATTTTTTT--------T------------TTC--TCTCGAAA-ACG--TC-----A---CCA----AAA-----A------A------A-----------------------A-----AAAAGA-A-TC----G-G-A---GAGG-GC-T-AC-ACTA-
gi|4                          :    AGCT-GC---AA--TAAT-GC-A-AC--C--CTC---TC-C-A----A-TAT-TTT--------TTCAAAA---A------------TTC--T------G-ATG--TT----GA---CATTCCCAAA-----A------A------A-----------------------T-----AAAAAA-A-AAAA--G-G-A---GAGG-GC-T-AC-AGTA-TT--GCAa
gi|12                         :   tAGCT-GC---AA--TAAT-GTTA-GC--C--CTC---TT-C-GATT-T-T-T-TTT--------TA--------A------------TTC--T------G-GTG--TT----TA---TGG----GA-------------------------------------------------------------------G-A---GAGG-AC-T-AC-ATTG-TT--GC
gi|9                          :    AGCT-GC---AA--TAAT-AT-A-GC--C--CT----CT-C-G----A-T-T-TTT--------TT--------T------------TTT--T-------------TT----TATT-CTG----AAA-----A------A------A-----------------------------AAAGAA-A-G-----G-G-
gi|7                          :  atAGCT-GC---AAT-TAA--GT-A-GC--C--CTCGTGTC-C-GAT--T-T-C-TTT--------TTGTTTAAAAA------------TTC--T------G-A-G--TT----TA---ACG----GAA-----A------A------A-------------------------------AAAA-A-G-----G-G-------GG-GC-T-AC-ATccacaattgtatattattg
gi|2                          :    AGCTTGC---AAACTAAT-GT-A-GCA-C--CTC---TC-C-GA---T-T-G-TTT--------TT--------AAA----------TTC--T------G-ACG--TT----TA---CGG----GAat
gi|18                         :   tAGCT-GC---AA--TTAT-GT-A-GCA-C--TT----TC-C-GA---T-T-T-CTT--------TT--------A------------TTccccccccccccctcaaaaaaaaaagaaaaaaaaaaaggagagaccacatt
gi|13                         :    AGAT-GC---AA--TAGT-GT-A-AC--C--CTC---TC-T-GAT--T-T-TATTT--------TT--------A------------TTT--T------G-AGG--TT----T
gi|11                         : aattGCT-GC---AA--TGAT-GT-A-GC--A--CTC---TC-C-GAT--T-T-T-TTT--------TT--------A------------CTC--C---------CC--CC----CC---C----------------------------------------------------T-----AAAAAA-A-G-----G-GGA---GAGG-GC-T-AC-ATTA-TT--ttcaagaaagggctacaatc
gi|17                         :     GCT-GC---AA--TAAT-GT-A-GC--C--CTC---TC-C-AA---TAT-T-TTT--------TT--------A------------TTC--T------G-ACG--TT----TA---C
gi|16                         :     GCT-GC---AA--TAAT-GT-A-GC--C--CTC---TCAC-G----T-T-T-TTT--------TT---------------------TTC--C--------------------------------AA-----A------A------A-------------------------------------------------------G-GC-T-AC-ATTA-TT--GCAG
gi|5                          :      CT-GCCAAA---TAATTGT-A-GCT-C--CTC---TC-C-G----A-T-G-TTT--------TT--------A------------TTC---------G-ACA--TT----TC---CCG----TAA-----A------ATTGTCCAGAAT-------------------T-----AAAAAA-A-ATC---G-G-A---GAGG-GC-TAAC-ATTA-TT--GCA
gi|3                          :      CT-GC---AA--TAAT-GT-A-GC--C--CT----CC-CCA----A-T-T-TTT--------TC--------ACCGAGGGCCCCGTTC--T------G-ACG--AT----TT---TGG----GAG-----AGAAGGAA------A-----------------------TTTAAAAAAAAA-A-G-----G-G-G---GGGG-GG-T-AC-ATTA-TT--GCAG
gi|10                         :      CT-GC---AA--TAAT-GT-A-GC--CATCT----CC-A-A----T-T-T-CTT--------TC--------A------------TTC--T------G-ACA--TTTTTCTT---TGG----GGG-----G------G------A-----------------------T--------------------G-G-A---GAGG-GC-T-AC-TTTA-TT--GCAct
gi|16                         :      CT-GC---AA--TAAT-GT-A-GC--C------------------------TTT--------TT-----------------------------------------------------G----GAA-----A------A------A------------------------------AAAAA-C-G-----T-G-A---GAGG-GC-T-AC-ATTA-TT--GCAGa
gi|4                          :       T-GC---AA--TACT-GT-A-GC--C--CTC---TC-C-T----T-T-T-TTT--------TTTT------A------------TTT--TTTGGG-A-ATG--TC----AA---CAT----CAG-----A------A------T-----------------------TTTT--GAAAAA-A-TATT--G-G-A---GAGG-GT-T-GC-ATTA-TT--GCAGc
gi|5                          :    tagT-GC---AA--TAAT-GTTA-GC--C--CTC---TC-C-GA---T-T-T-TTT--------TT--------AA-----------TTC--T------GGACAATTT----TA---CGG----GAA-----ATGTCG-A------A-----------------------T-----AAAAAC-ATC-----G-G-A---GAGGAGC-T-ACAATTA-TTTGGCAG
gi|11                         :           ---A---TAAT-GT-A-GC--C--CTC---TC-C-C----C-T-T-TTT--------TT--------A------------------------G-G-G--------------GG----GGG-----G------A------G-----------------------T-----AAAAAA-A-AATC--G-G-A---GAGT-GC-T-AC-ATCA-TT--GCAG
gi|14                         :          g---A---TAAT-GT-A-GA--C--TC----TC-C-A-------------------------------A------------TT-----------------TT----TA---CGG----GAG-----A------AG-----A-----------------------A-----AAAAAA-A-G-----G-G-G---GGCG-GC-T-AC-ATTA-Ttg
gi|14                         :     tagcca---A---TAAT-GT-A-GCCGC--CC----CC-C-T----T-T-T-TTT--------TT--------C------------TTC--T------C-CCG--T------------------AA-----A------A------A-----------------------T--------------T-----G-G-A---GA-G-TC-T-AC-ATTA-TT--
gi|6                          :           tagc---TAGT-GT-A-GC--C--CTC---TC-C-GATTCT-T-T-TTT--------TT--------T------------TTTGGT------G-ACG--TT----TT---CGA----GAG-----A------A------AAAAAAAATT--------------T-----AAAAAA-A-G-----G-A-A---GAGG-GC-T-AC-AGTA-TT--GCAG
gi|1                          :                   AAT-GT-ACGC--C--CTC---TC-C-GATTTT-T-T-TTT--------TT--------A------------TTT--T------G-ACG--TT----TA---CGG----AAAGGCC-A------A------AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT-----AAAAAA-A-G-----GTG-A---GAGG-GT-T-AC-ATGATTT--GCAGcta
gi|7                          :                tatcAT-GT-A-GC--C--C------C-C-C----T-T-T-TTT--------TT---------------------TTC------------CG--TT----AAACTCAG-----AATTTTTA------A------A-----------------------C-----AAAAAG-A-AATC--G-G-ACACGAGG-GC-T-AC-TTAA-TT--GCAGcat
gi|9                          :                   agT-GT-G-GC--C--CT----TT-C--------T-T-TTT--------TT---------------------TTC--A------G-A-----------A---TAA----AAA-----A------A------A-----------------------------AAAAAA-A-T-----C-G-A---GAGG-GC-T-AT-ATTA-TT--GCAGat
gi|1                          :                                           atag----T-T-T-TTT--------TT--------T------------TTT--T------G-GCC--TT----TC---CGT----AAACGTCAA------A------A-----------------------T-----AAAAAA-A-AAAATCG-G-A---GAGG-GCGT-AC-ATTattgtatattattg
gi|15                         :                                           tatc----T-T-T-TTT--------TT--------A------------TTC--T------G-ACG--TTC---TC---CCA----AAA-----A------A------A-----------------------T-----AAAAAA-A-G-----A-T-C---ATTA-GC-T-GC-ATTA-TT--GCAGaaaaaaaaaaaaataaaaaaaggtgagagggttacatgatttgcagcat
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAAAAAAAAGGCAGGGCCAATTGATATATTA






Alignments
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Reference ( family-148 )      :                                                                            AGCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CCTC---TCCG-AT-TT--T---TT-----------TT---------A--TTCT-----GACG--TT----TA--CG----GG------------------------A------A----A-----AA---------T-----AAAAAAA-NG-GAGAG-G-GCTAC-ATTA-TT--GCAG
gi|1                          :                                                                                        AATGT-ACGC-CCTC---TCCG-AT-TT--TTTTTT-----------TT---------A--TTTT-----GACG--TT----TA--CG----GA------------------------A------AGGCCA-----AA---------A-----AAAAAAA-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                  tatc------------------------A------A----A-----AA---------T-----AAAAAAA-GGTGAGAG-G-GTTAC-ATGATTT--GCAGaaaaaaaaaaaaaaataaaaaaaggtgagagggttacatgatttgcagcat
gi|10                         : tatcaatgtacgccctctccgatttttttttttattttgacgtttacggaaaggccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CATC---TCCA-AT-TT--C---TT-----------TC---------A--TTCT-----GACA--TTTTTCTT--TG----GG------------------------G------G----G-----GA---------T--------------G-GAGAG-G-GCTAC-TTTA-TT--GCAcat
gi|11                         :                                                                             GCT-GCAA--TGATGT-A-GC-ACTC---TCCG-ATTTT--T---TT-----------TT---------A--CTCC-------CC--CC----CC--C------------------------------------------------------------T-----AAAAAAAGGG-GAGAG-G-GCTAC-ATTA-TT--a
gi|12                         :                                                                            AGCT-GCAA--TAATGTTA-GC-CCTC---TTCG-AT-TT--T---TT-----------TTTA-------A--TTCT-----GGTG--TT----TA--TG----GG------------------------A---------------------------------------------GAGAG-G-ACTAC-ATTG-TT--GC
gi|13                         :                                                                            AGAT-GCAA--TAGTGT-A-AC-CCTC---TCTG-AT-TTTAT---TT-----------TT---------A--TTTT-----GAGG--TT----T
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Unaligned ( gi|20 ): AAAAAAAAAGGCAGGGCCAATTGATATATTA






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Reference ( family-148 )      :                                                                            AGCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CCTC---TCCG-AT-TT--T---TTT-----------T---------A--TTCT-----GACG--TT----TA--CG----GGAA----A------A-A---------T-----AAAAAAA-GG-GAGAGG-GCTAC-ATTA-TT--GCAG
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gi|10                         : tatcaatgtacgccctctccgatttttttttttattttgacgtttacggaaaggccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CATC---TCCA-AT-TT--C---TTT-----------C---------A--TTCT-----GACA--TTTTTCTT--TG----GGGG----G------G-A---------T--------------G-GAGAGG-GCTAC-TTTA-TT--GCAcat
gi|11                         :                                                                             GCT-GCAA--TGATGT-A-GC-ACTC---TCCG-ATTTT--T---TTT-----------T---------A--CTCC-------CC--CC----CC--C--------------------------------T-----AAAAAAAGGG-GAGAGG-GCTAC-ATTA-TT--a
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gi|13                         :                                                                            AGAT-GCAA--TAGTGT-A-AC-CCTC---TCTG-AT-TTTAT---TTT-----------T---------A--TTTT-----GAGG--TT----T
gi|14                         :                                                                              aattCAA--TAATGT-A-GA-C-TC---TCCA-AT-TT--T---T------------------------------------------------A--CG----GGAG----A------AGA---------A-----AAAAAAA-GG-GGGGCG-GCTAC-ATTA-Tttcaagaaagggctacaatc
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gi|16                         :                                                                              CT-GCAA--TAATGT-A-GC-C------------------T---TTT-----------T-------------------------------------------GGAA----A------A-A----------------AAAAAC-GT-GAGAGG-GCTAC-ATTA-TT--GCAGc
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Reference ( family-148 )      :                                                                            AGCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CCTC---TCCG-AT-TT--T---TTT-----------T---------A--TTCT-----GACG--TT----TA--CG----GGAA----A------A-A---------T-----AAAAAAA-GG-GAGAGG-GCTAC-ATTA-TT--GCAG
gi|1                          :                                                                                        AATGT-ACGC-CCTC---TCCG-AT-TT--TTTTTTT-----------T---------A--TTTT-----GACG--TT----TA--CG----GAAAGGCCA------A-A---------A-----AAAAAAA-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                  tatcAA----A------A-A---------T-----AAAAAAA-GGTGAGAGG-GTTAC-ATGATTT--GCAGaaaaaaaaaaaaaaataaaaaaaggtgagagggttacatgatttgcagcat
gi|10                         : tatcaatgtacgccctctccgatttttttttttattttgacgtttacggaaaggccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CATC---TCCA-AT-TT--C---TTT-----------C---------A--TTCT-----GACA--TTTTTCTT--TG----GGGG----G------G-A---------T--------------G-GAGAGG-GCTAC-TTTA-TT--GCAcat
gi|11                         :                                                                             GCT-GCAA--TGATGT-A-GC-ACTC---TCCG-ATTTT--T---TTT-----------T---------A--CTCC-------CC--CC----CC--C--------------------------------T-----AAAAAAAGGG-GAGAGG-GCTAC-ATTA-TT--a
gi|12                         :                                                                            AGCT-GCAA--TAATGTTA-GC-CCTC---TTCG-AT-TT--T---TTT-----------TTA-------A--TTCT-----GGTG--TT----TA--TG----GGA-----------------------------------------GAGAGG-ACTAC-ATTG-TT--GC
gi|13                         :                                                                            AGAT-GCAA--TAGTGT-A-AC-CCTC---TCTG-AT-TTTAT---TTT-----------T---------A--TTTT-----GAGG--TT----T
gi|14                         :                                                                              aattCAA--TAATGT-A-GA-C-TC---TCCA-AT-TT--T---T------------------------------------------------A--CG----GGAG----A------AGA---------A-----AAAAAAA-GG-GGGGCG-GCTAC-ATTA-Tttcaagaaagggctacaatc
gi|15                         :                                                                                                            tagcT-TT--T---TTT-----------T---------A--TTCT-----GACG--TTC---TC--CC----AAAA----A------A-A---------T-----AAAAAAA-GA-TCATTA-GCTGC-ATTA-TT--GCAG
gi|16                         :                                                                              CT-GCAA--TAATGT-A-GC-C------------------T---TTT-----------T-------------------------------------------GGAA----A------A-A----------------AAAAAC-GT-GAGAGG-GCTAC-ATTA-TT--GCAGc
gi|17                         :                                                                             GCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CCTC---TCCA-ATATT--T---TTT-----------T---------A--TTCT-----GACG--TT----TA--Cc
gi|18                         :                                                                            AGCT-GCAA--TTATGT-A-GC-ACTT---TCCG-AT-TT--C---TTT-----------T---------A--TT
gi|19                         :                                                                            AGCT-GCAA--TAATGA-G-GC-CCTC---TCCATAT-TT--T---TTT-----------
gi|2                          :                                                                         attAGCTTGCAAACTAATGT-A-GCACCTC---TCCG-AT-TG--T---TTT-----------T---------AAATTCT-----GACG--TT----TA--CG----GGA
gi|3                          :                                                                             tCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CCTC---CCCA-AT-TT--T---TTCACCGAGGGCCCC---------G--TTCT-----GACG--AT----TT--TG----GGAG----AGAAGGAA-A---------TTTAAAAAAAAAA-GG-GGGGGG-GGTAC-ATTA-TT--GCAGccccccccccccctcaaaaaaaaaagaaaaaaaaaaaggagagaccacatt
gi|4                          :                                                                            AGCT-GCAA--TAATGC-A-AC-CCTC---TCCA-AT-AT--T---TTT-----------TCAAAA----A--TTCT-----GATG--TT----GA--CATTCCCAAA----A------A-A---------TAAA--AAAAAAA-AG-GAGAGG-GCTAC-AGTA-TT--GCAct
gi|5                          :                                                                              tT-GCAA--TAATGTTA-GC-CCTC---TCCG-AT-TT--T---TTT-----------TA--------A--TTCTG----GACAATTT----TA--CG----GGAA----ATGTCG-A-A---------T-----AAAAACATCG-GAGAGGAGCTACAATTA-TTTGGCAG
gi|6                          :                                                                                     --TAGTGT-A-GC-CCTC---TCCG-AT-TC--T---TTT-----------T---------T--TTTTTTGGTGACG--TT----TT--CG----AGAG----A------A-AAAAAAAATTT-----AAAAAAA-GG-AAGAGG-GCTAC-AGTA-TT--GCAG
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gi|9                          :                                                                            AGCT-GCAA--TAATAT-A-GC-CCTC---T-CG-AT-TT--T---TTT-----------T------------TTTT-----------TT----TATTCT----GAAA----A------A-A---------------AAAGAAA-GG-G


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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAAAAAAAAGGCAGGGCCAATTGATATATTA






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Reference ( family-148 )      :                                                                            AGCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CCTC---TCCG-AT-TT--T---TTT-----------T---------A--TTCT-----GACG--TT----TA--CG----GGAA----A------A-A---------T-----AAAAAAA-GG-GAGAGG-GCTAC-ATTA-TT--GCAG
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gi|10                         : tatcaatgtacgccctctccgatttttttttttattttgacgtttacggaaaggccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCT-GCAA--TAATGT-A-GC-CATC---TCCA-AT-TT--C---TTT-----------C---------A--TTCT-----GACA--TTTTTCTT--TG----GGGG----G------G-A---------T--------------G-GAGAGG-GCTAC-TTTA-TT--GCAcat
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gi|16                         :                                                                              CT-GCAA--TAATGT-A-GC-C------------------T---TTT-----------T-------------------------------------------GGAA----A------A-A----------------AAAAAC-GT-GAGAGG-GCTAC-ATTA-TT--GCAGc
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAAAAAAAAGGCAGGGCCAATTGATATATTA