lowQualScore : 11111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 11111111 11111
lowQualScore : 1 2 1 44444 22 1111 77777777777777777 1 11 2222222 8888 2 2 2222222222 333 4444444444444 2 11 44444444444444444444444444444444 111 444 1 2 22222222222 111 9999999999999999999999999999999999999999999 11 1 3333333333 111 2222222 222 11 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 4 2222222 11111111 11 00000
lowQualScore : 6 6 5 4 0 2 0 88888 22 4 4 4 4 0 0000 44444444444444444 9 5 3 33 2 77 0000000 0000 8 4 8 6 4 99 2222222222 22 666 7 2 2 2 2222222222222 0 2 0 88 55555555555555555555555555555555 2 3 99999 3 0 777 6 3 2 222 0 0 0 55555555555 4 222 2222222222222222222222222222222222222222222 444 11 0 6666666666 0 0 444 0 1 4444444 5 222 11 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 6 0 1111111 6 44444444 22 00000 6
lowQualScore : . . . . . . . ..... .. . . . . . .... ................. . . . .. . .. ....... .... . . . . . .. .......... .. ... . . . . ............. . . . .. ................................ . . ..... . . ... . . . ... . . . ........... . ... ........................................... ... .. . .......... . . ... . . ....... . ... .. . .................................................................. . . . ....... . ........ .. ..... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 5 5 55555 55 4 7 3 0 1 5555 55555555555555555 8 0 2 00 5 33 8888888 2222 0 0 0 0 0 22 2222222222 22 444 8 2 2 0 0000000000000 2 5 0 00 88888888888888888888888888888888 5 2 55555 0 2 555 0 2 5 555 5 0 2 88888888888 0 777 1111111111111111111111111111111111111111111 666 00 0 2222222222 8 8 000 8 0 4444444 2 000 00 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 0 0 0000000 0 00000000 00 00000 0
consensus : CAAGAGACCTCAATCAAGTTCGAGTNTCATACANACCGACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCNGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAG-----G--GG---AC-GTGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCCGGGA-TGG----AATGGTCCTC----CAGTG-GGTGGT-GGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTT--G----C--AATTTGTCTAGATAATTTAGATGGTCGCCTAAATAT-----CCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA--------GTTGTGTGTGT-CAGATGTGT---TTAAGGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCANACTCGCACGTCC---ATGACTTTGTAAGAAAGTCANAGAAAACGCG-TTAGACCNCTGTCCAT-AG-CGGA--TAGNTGGCCTCTAGCACC-G-----------TAGCATTANTTGATAGCA-T---TTA----TTAAGTGTA--TATGTA---T------TTAGTTTT---GAGCTATAATATA--GAAGAGTTT---AAA--CCCTATAATGGAGCA--------TATAG-------GCTGGAGGATGGANAGTATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGATTCTGANCCCGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACC------GGGTATTTAAAGATAGGGACATATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTT-----TGTAAGAGAT
Reference ( gi|1 ) : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTGGAGTATCA-ACAGACTAACTGAAG--TGACTGACTAGGACGGAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGAGCCTTGCCACGCTTGGTGTGTTGCGTCGAG-----G--AT---A---TGGTGGTCGACCCTTGGATCACCTGGAAACGGGGACGGGTCCTTTTGAAGATCCGGGG-TAG----AATGGTCCTCTGGACAGTG-GG-GGT-GGATGGGCCCCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCACCA-GCAAGTGCCT--G----C--AATTTGTCTATA-AATTTAAATGATCGCTTAAACAT-----CCCTATGTACTGGCCGAAA-CAGGAAAGGATA-TACAGGAGTTGTGTGTGTGCAAATGCATAAATTAAGGCCGAAAGTGTTTAACATGAAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTACAAGAAAGTCACAGAAAACGTGTTTAGACCCCT-TCCAT-AG-TGGA--CAGATGGCCTCCGACACC-G-----------TAGCATTAATTATTAGCA-T---TTA----TTAAGTGTA--TAGGTA---T------TTAGTTTT---GAGCTATAATGTA--GAAGAATTT---AAA--CCCTATTATGGAGCA--------AATAG-------GTAAGAGG--AGATA------------------------CAGG---TTAAGCCTGATTTGAATAAAGAAAGGAGG-TAAAACCTATATGAGGTATTTAAAAATAGGGATTT-----AACAATGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAAAGAT
gi|14 : CAAGAGACCTCAATCAAGTTCGAGTATCA-ACAGA
gi|8 : AGTTTCATACACACCCACTGGAGCCTGACTGACTAGGACTTAATTTA-AAGTGCGGACTGCCCTGAAGGGGACTTGCCACACTTGaaagtcagact
gi|3 : gcaaACTGATTGA-----GACTGACTAGGACTAAGTTTA-TAGTGCGGACTGTCCTGAAGGGACCTTGCCACAC---------------GAG-----G--GG---ACCGTGGGGGTCGACCCTCGGATTCCCTGGAAACGGGGACGGGTTGTCTTGAAGATCCGGAA-TGG----AATGGTCCTC----CAGTG-GGTGGT-GGATGGGccttgcctggagccgttgg
gi|2 : TAGGACTTAATTTA-TAGTGTGGACTGCCCGGAAGAGGCCTTGTTGCGCT---------GTGTCGAG-----GGGACG--A---TGGTGGTCGACCCTCAGATCCCCTGGAAATGGGGACGGGTCGTTTTGAAGATCCTGGA-TGAAATCAATGGTCCTC----CAGTG-GG-TTTAAGATGGGagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccactacgcaagtgcttgcaatatatctaataatttagatgatcgcttaaacattactgccgaaacaagaaaggacagttgtatgtttaaggccgaaagtgtttaacatggggttgaccagactcccacatccatgagtttgtaagaaagtcacagaaaatgcattatacctctttcatagcgtatagatggcctttgttttgaactaaaatgtagaagatttttaaaccctataatggagcatatagcttaattgctagaggatagatagtattccgaatcctatatttaatacaggttaaccctgatttgaataaggaaaggaggttaaaaccgggtatttaaagatagggacatataaaaacggtgtaatgaatgtttgtttgtaagagata
gi|7 : aTAGGACATAATTTACTAGTGCGGATTGCCCTGAAGGGGCCTTGCTACACTTGGTGTGCTGCGTCGAG-----G--GG---ACGGTGGTGGTCGAACCTCGGATCCCCTGGAAAC-GGGACGGGT-CTTTTGAAGATCCGGGA-TGG----AATGGTCCTCtacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccaccacgcaagtgcttgcaataatataatgtagatggtcacctaaatacctaattactggccgaaacaagaaatgatagtaaactgttgcgtgtgtgcaaatgtatttaaggccaaaagtgtttaacttggagttgaccagactcacgcgtcctccatgactttgtaagaagtcagagaatgcgttagacctcttccatattggatagatggcctctggcaccttagcgttaattgacagcattaattaaagtttaagtatatatgtaattagttttgagctatgatatatggaagagtttaaaaaaccctataatggagcataaagcttaattgatggaggggaaataggattctgaacccaatttagtaggtactggtttattaa
gi|6 : TAGGATAAGATTCA-TAGTGCAGACTGCCCGGTAGGGGGCCTGCTACACTTGGTCGGTTGCGTCGAG-----A--AGCCGA---TGGTGTTTGACCCTTGGATCCACTGGAAACGGGGACAAGTCTTCTTGAAGATCCGGGGATGG----TTGGGTCCTCT----AGTA-GATGGA-GGATGGGTCCc
gi|10 : TAGGACATAATATA-TAGTGCATACTGTCCTGAAGGGCCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAG-----G--gtcccctcttc
gi|15 : AATTTA-TAGTGCCAATTGCCCGGAAGGGGCCTTGTCACACTTGGT
gi|4 : ATTTA-TAGTACAGACTGCCCAGTGGGAACCCTGCTACACTTGGTATGTTGCGTCGAGTAGCCG--CG---A---TGGTGGGCGATCCT--------CCGGAAACA-------------TCGAGGAT----AG-TTG-------GGTCCTC----CAGTG-GGTGGT-GGAAGGG
gi|13 : gaaaatTTA-TAGTGCAAACTGCCAAGCAGGGGCTCTGCTAttcattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgagcttagtttgtctaaataatttacatggttgcctaaatatccctatttattggacgaaagcagaaggctagttatatgtgcagatatgtttatggccgatagtatttaacgtggagttaaccatactcgcacgtccatgactttatgagaaagtcaaagaaaatgcgttagaccactgtctatgagatagatgtagttggtctctagcaccaatactattacgtggtagcttgcgtgtatatttatctaattcaaactataatagagttttacacctatc
gi|11 : ctgggagtagaTCTTCTTAAAGATCCGGGA-TGA----AATGGTCCTC----CAGTGAGA-GGT-GGATGGGTCCtattt
gi|2 : CCCACCACGCAAGTGCTT--G----C--AATA-----ATATAATGTAGATGGTCACCTAAATA-------CCTAATTACTGGCCGAAA-CAAGAAATGATAGTA-AACTGTTGCGTGTGTGCAAATGTAT---TTAAGGCCAAAAGTGTTTAACTTGGAGTTGACCAGACTCACGCGTCCTCCATGACTTTGTAAGAA-GTCAGAGAATGCGT---TAGACCTCT-TCCAT-AT-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-T-----------TAGCGTTAATTGACAGCA-TTAATTAAAGTTTAAGTATA--TATGTA---A------TTAGTTTT---GAGCTATGATATATGGAAGAGTTTAAAAAA--CCCTATAATGGAGCATAAAGCTTAATTG-------AT-GGAGG--GGAAA------------------------TAGGATTCTGAACCCAATTTatctactcttcg
gi|3 : ataggacttaatttatagtgtggactgcccggaagaggccttgttgcgctgtgtcgaggggacgatggtggtcgaccctcagatcccctggaaatggggacgggtcgttttgaagatcctggatgaaatcaatggtcctccagtgggtttaagatgggtacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCCACTACGCAAGTGCTT--G----C--AATATATCTAAT-AATTTAGATGATCGCTTAAACAT------------TACTG-CCGAAA-CAAGAAAGGACA--------GTTGTATGT---------------TTAAGGCCGAAAGTGTTTAACATGGGGTTGACCAGACTCCCACATCC---ATGAGTTTGTAAGAAAGTCACAGAAAATGCA-TTATACCTCT-TTCAT-AG-CGTA--TAGATGGCCTagtaggtactggtttattaa
gi|16 : actgattgagactgactaggactaagtttatagtgcggactgtcctgaagggaccttgccacacgaggggaccgtgggggtcgaccctcggattccctggaaacggggacgggttgtcttgaagatccggaatggaatggtcctccagtgggtggtggatgggagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCCACCATGCAGGTGCTT--G----C--AATTTGTCTAGT-AATTTAGATttgttttgaactaaaatgtagaagatttttaaaccctataatggagcatatagcttaattgctagaggatagatagtattccgaatcctatatttaatacaggttaaccctgatttgaataaggaaaggaggttaaaaccgggtatttaaagatagggacatataaaaacggtgtaatgaatgtttgtttgtaagagata
gi|4 : CCACCA-G---ATGTCT--GAGCTT--AGTTTGTCTAAATAATTTACATGGTTGCCTAAATAT-----CCCTATTTATTGGACGAAAGCAG--AAGGCTA--------GTTATATGTG--CAGATATGT---TTATGGCCGATAGTATTTAACGTGGAGTTAACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATGAGAAAGTCAAAGAAAATGCG-TTAGACCACTGTCTATGAGATAGATGTAGTTGGTCTCTAGCACCAA-----------TACTATTACGTGGTAGC-------------TTGCGTGTA--TATTTA---T------CTAA-TTC---AAACTATAAT-------AGAGTTT---TAC--ACCTAT
gi|5 : gaaaatatttatagtacagactgcccagtgggaaccctgctacacttggtatgttgcgtcgagtagccgcgatggtgggcgatcctccggaaacatcgaggatagttgggtcctccagtgggtggtggaagggttcattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatCGCCA-GC---TGTCTATG----CTTAATTTGTCTAGATAATTTAGATGGTTGCCTAAATATAATATCCCTATTTGATGGCCGAAAGCAG--AAGGATA--------GCTATGTGT-T-CAGATGTGTTAAATAA--CCGAAAGTGTT------------GACCATGCTCGCACGTCC---ATGACATTATAAGAAAGCCACAGAAAACGCG-TTGGACCACTATCGTT-AA-AGG---TAGTTGATCTCTAGCACC-GATGTGTTGATTTAAGATTATTTATTGATAGT---TTA----T---GTTTA--TATGTA---T------CTAATTTTTTAAAGC---AATCT-----AAAATTT---GAA--Cc
gi|9 : ccttcactggatacagagcagaaattAGCATTAATTGATAGT-------------TTAAGTGTACATATGTA---CATGTAATTAGTTTT---GAGCTATAATATA--GAAGAGTTT---AAAAGCCCTATAGTGGAGCA--------TATAG-------acatgtccatgcccctttaatgatagatgggataggattctgaatcctatatttaaaacaggatatacctgttttaaaaa
gi|3 : tgacAGCGTA--TAGATGGCCT------TT-GTTTT---GAACTAAAATGTA--GAAGATTTTT--AAA--CCCTATAATGGAGCA--------TATAGCTTAATTGCTAGAGGATAGATAGTATTCCGAATCCTATATTTAATACAGG---TTAACCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACC------GGGTATTTAAAGATAGGGACATATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTT-----TGTAAGAGATcttaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AGCCCTATAGTGGAGCATATATGCTTTAATTGATAGAGGGGGAAAATAGGAT
Alignments
lowQualScore : 2 1 11 111 11111 1111 2222222 2 11 5555555 333 111 111 2 11 111 5555555555555 1111 5555555555555 1111111 111 4444444444444444444 555555555555555555 11 5555 1 555555 22222 55555
lowQualScore : 2 1 3 1 0 77 11 4 1 1 0 999 33 1 1 5 33333 2222 3 6 6 3 9 5555555 11 0 00 2222222 111 1 1 444 8 0 6 1 444 0 1 0 8 1 3 8 22 111 1 7777777777777 5555 2222222222222 0 99 99 9999999 111 8 99 1 3333333333333333333 111111111111111111 1 11 4 9 0 9 44 1111 6 1 6 5 777777 4 77777 00000
lowQualScore : . . . . . .. .. . . . . ... .. . . . ..... .... . . . . . ....... .. . .. ....... ... . . ... . . . . ... . . . . . . . .. ... . ............. .... ............. . .. .. ....... ... . .. . ................... .................. . .. . . . . .. .... . . . . ...... . ..... .....
lowQualScore : 5 0 7 0 5 55 55 0 0 4 4 333 55 0 7 7 99999 1111 5 5 7 5 3 8888888 66 0 66 0000000 666 4 4 000 0 8 4 0 000 8 0 8 0 0 2 0 66 888 0 8888888888888 0000 0000000000000 8 22 22 5555555 777 2 22 0 0000000000000000000 222222222222222222 0 55 2 2 8 2 22 7777 0 0 0 5 555555 0 55555 00000
consensus : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTAAATAT-----CCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA---A---GTTGTGTGTGTGCAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACG---TCCATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGCAT---TTA----TTAAGTGTA--TA--TGTAT------TTAGTTTT---GAGCTATAATGTA--GAAGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATATAG-------GCTGGAGGA-AGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGG---TTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
Reference ( family-1472 ) : CAAGAGACCTCAATCAAGTTCGAGTNTCATACANACCGACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCNGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTAGATAATTTAGATGGTCGCCTAAATAT-----CCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA-------GTTGTGTGTGT-CAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCANACTCGCACG---TCCATGACTTTGTAAGAAAGTCANAGAAAACGCG-TTAGACCNCTGTCCAT-AG-CGGA--TAGNTGGCCTCTAGCACC-G-----------TAGCATTA---NTTGATAGCAT---TTA----TTAAGTGTA--TA--TGTAT------TTAGTTTT---GAGCTATAATATA--GAAGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATATAG-------GCTGGAGGATGGANAGTATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGATTCTGANCCCGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACC------GGGTATTTAAAGATAGGGACATATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTT-----TGTAAGAGAT
gi|1 : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTGGAGTATCA-ACAGACTAACTGAAG--TGACTGACTAGGACGGAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGAGCCTTGCCACGCTTGGTGTGTTGCGTCGA--GGAT-A-TGGTGGTCGACCCTTGGATCACCTGGAAACGGGGACGGGTCCTTTTGAAGATCC-GGGGTAG----AATGGTCCTCTGGACAGTGGG-GGTGGATGGGCCC
gi|1 : CCCACCA-GCAAGTGCCTGCAATTTGTCTATA-AATTTAAATGATCGCTTAAACAT-----CCCTATGTACTGGCCGAAA-CAGGAAAGGATATACAGGAGTTGTGTGTGTGCAAATGCATAAATTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGAAGTTGACCATACTCGCACG---TCCATGACTTTACAAGAAAGTCACAGAAAACGTGTTTAGACCCCT-TCCAT-AG-TGGA--CAGATGGCCTCCGACACC-G-----------TAGCATTA---ATTATTAGCAT---TTA----TTAAGTGTA--TA--GGTAT------TTAGTTTT---GAGCTATAATGTA--GAAGAATTT---AAA-------------CCCTATTATGGAGCAAATAG-------GTAAGAGGA--GATA------------------------CAGG---TTAAGCCTGATTTGAATAAAGAAAGGAGG-TAAAACCTATATGAGGTATTTAAAAATAGGGATTT-----AACAATGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAAAGATcattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccaccagcaagtgcctgcaatttgtctataaatttaaatgatcgcttaaacatccctatgtactggccgaaacaggaaaggatatacaggagttgtgtgtgtgcaaatgcataaattaaggccgaaagtgtttaacatgaagttgaccatactcgcacgtccatgactttacaagaaagtcacagaaaacgtgtttagaccccttccatagtggacagatggcctccgacaccgtagcattaattattagcatttattaagtgtataggtatttagttttgagctataatgtagaagaatttaaaccctattatggagcaaataggtaagaggagatacaggttaagcctgatttgaataaagaaaggaggtaaaacctatatgaggtatttaaaaatagggatttaacaatgtaatgaatgtttgttgtgaatgtaaaagat
gi|10 : caagagacctcagtcgagttggagtatcaacagactaactgaagtgactgactaggacggaatttatagtgcggactgcccggaaggagccttgccacgcttggtgtgttgcgtcgaggatatggtggtcgacccttggatcacctggaaacggggacgggtccttttgaagatccggggtagaatggtcctctggacagtgggggtggatgggccccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAGGACATAATATA-TAGTGCATACTGTCCTGAAGGGCCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGG
gi|11 : TCTTCTTAAAGATCC-GGGATGA----AATGGTCCTC----CAGTGAGAGGTGGATGGGTCC
gi|12 : AG-------------CCCTATAGTGGAGCATATAT-------GCTatctactcttcg
gi|13 : CTGGGA-GTAGATTA-TAGTGCAAACTGCCAAGCAGGGGCTCTGCTATATTTttaattgatagagggggaaaataggat
gi|14 : CAAGAGACCTCAATCAAGTTCGAGTATCA-ACAGA
gi|15 : AATTTA-TAGTGCCAATTGCCCGGAAGGGGCCTTGTCACACTTGGTaaagtcagact
gi|16 : CCCACCATGCAGGTGCTTGCAATTTGTCTAG-TAATTTAGAT
gi|2 : TAGGACTTAATTTA-TAGTGTGGACTGCCCGGAAGAGGCCTTGT---------TGCGCTGTGTCGAGGGGAC-GATGGTGGTCGACCCTCAGATCCCCTGGAAATGGGGACGGGTCGTTTTGAAGATCC-TGGATGAAATCAATGGTCCTC----CAGTGGGTTTAAGATGGGT
gi|2 : aCCCACCACGCAAGTGCTTGCAAT-----AATATAATGTAGATGGTCACCTAAATA-------CCTAATTACTGGCCGAAA-CAAGAAATGATAGTAAACTGTTGCGTGTGTGCAAATGTAT---TTAA-GGCCAAAAGTGTTTAACTTGGAGTTGACCAGACTCACGCGTCCTCCATGACTTTGTAAG-AAGTCAGAG--AATGCG-TTAGACCTCT-TCCAT-AT-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-T-----------TAGCGTTA---ATTGACAGCATTAATTAAAGTTTAAGTATA--TA--TGTAA------TTAGTTTT---GAGCTATGATATATGGAAGAGTTTAAAAAA-------------CCCTATAATGGAGCATAAAGCTTAATTGATGGAGGGGAAATAGGATTCTGAA-CCCA-ATTTAGTAacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccaccacgcaagtgcttgcaataatataatgtagatggtcacctaaatacctaattactggccgaaacaagaaatgatagtaaactgttgcgtgtgtgcaaatgtatttaaggccaaaagtgtttaacttggagttgaccagactcacgcgtcctccatgactttgtaagaagtcagagaatgcgttagacctcttccatattggatagatggcctctggcaccttagcgttaattgacagcattaattaaagtttaagtatatatgtaattagttttgagctatgatatatggaagagtttaaaaaaccctataatggagcataaagcttaattgatggaggggaaataggattctgaacccaatttagtaggtactggtttattaa
gi|3 : ataggacttaatttatagtgtggactgcccggaagaggccttgttgcgctgtgtcgaggggacgatggtggtcgaccctcagatcccctggaaatggggacgggtcgttttgaagatcctggatgaaatcaatggtcctccagtgggtttaagatgggtacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGACTGACTAGGACTAAGTTTA-TAGTGCGGACTGTCCTGAAGGGACCTTGCCACAC---------------GAGGGGACCG-TGGGGGTCGACCCTCGGATTCCCTGGAAACGGGGACGGGTTGTCTTGAAGATCC-GGAATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGggtactggtttattaa
gi|3 : actgattgaCCCACTACGCAAGTGCTTGCAATATATCTA-ATAATTTAGATGATCGCTTAAACAT------------TACTG-CCGAAA-CAAGAAAGGACA-------GTTGTATGT---------------TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGGGGTTGACCAGACTCCCACA---TCCATGAGTTTGTAAGAAAGTCACAGAAAATGCA-TTATACCTCT-TTCAT-AG-CGTA--TAGATGGCCTTTagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccactacgcaagtgcttgcaatatatctaataatttagatgatcgcttaaacattactgccgaaacaagaaaggacagttgtatgtttaaggccgaaagtgtttaacatggggttgaccagactcccacatccatgagtttgtaagaaagtcacagaaaatgcattatacctctttcatagcgtatagatggcctttgttttgaactaaaatgtagaagatttttaaaccctataatggagcatatagcttaattgctagaggatagatagtattccgaatcctatatttaatacaggttaaccctgatttgaataaggaaaggaggttaaaaccgggtatttaaagatagggacatataaaaacggtgtaatgaatgtttgtttgtaagagata
gi|3 : actgattgagactgactaggactaagtttatagtgcggactgtcctgaagggaccttgccacacgaggggaccgtgggggtcgaccctcggattccctggaaacggggacgggttgtcttgaagatccggaatggaatggtcctccagtgggtggtggatgggagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAGCGTA--TAGATGGCC------TTTGTTTT---GAACTAAAATGTA--GAAGATTTTT--AAA-------------CCCTATAATGGAGCATATAGCTTAATTGCTAGAGGATAGATAGTATTCCGAATCCTATATTTAATACAGG---TTAACCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACC------GGGTATTTAAAGATAGGGACATATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTT-----TGTAAGAGATgttttgaactaaaatgtagaagatttttaaaccctataatggagcatatagcttaattgctagaggatagatagtattccgaatcctatatttaatacaggttaaccctgatttgaataaggaaaggaggttaaaaccgggtatttaaagatagggacatataaaaacggtgtaatgaatgtttgtttgtaagagata
gi|4 : actgattgagactgactaggactaagtttatagtgcggactgtcctgaagggaccttgccacacgaggggaccgtgggggtcgaccctcggattccctggaaacggggacgggttgtcttgaagatccggaatggaatggtcctccagtgggtggtggatgggagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccactacgcaagtgcttgcaatatatctaataatttagatgatcgcttaaacattactgccgaaacaagaaaggacagttgtatgtttaaggccgaaagtgtttaacatggggttgaccagactcccacatccatgagtttgtaagaaagtcacagaaaatgcattatacctctttcatATTTA-TAGTACAGACTGCCCAGTGGGAACCCTGCTACACTTGGTATGTTGCGTCGAGTAGCC-G-CGATGGTGGGC-----GATCCTCCGGAAA-----------CATC--GAGGAT----AGTTG--------GGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGAAGGGTTCa
gi|4 : gaaaatGCTT--AGTTTGTCTAAATAATTTACATGGTTGCCTAAATAT-----CCCTATTTATTGGACGAAAGCAG--AAGGCTA-------GTTATATGTG--CAGATATGT---TTAT-GGCCGATAGTATTTAACGTGGAGTTAACCATACTCGCACG---TCCATGACTTTATGAGAAAGTCAAAGAAAATGCG-TTAGACCACTGTCTATGAGATAGATGTAGTTGGTCTCTAGCACCAA-----------TACTATTA---CGTGGTAGC------------TTGCGTGTA--TA--TTTAT------CTAA-TTC---AAACTATAAT-------AGAGTTT---TAC-------------ACCTATattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgagcttagtttgtctaaataatttacatggttgcctaaatatccctatttattggacgaaagcagaaggctagttatatgtgcagatatgtttatggccgatagtatttaacgtggagttaaccatactcgcacgtccatgactttatgagaaagtcaaagaaaatgcgttagaccactgtctatgagatagatgtagttggtctctagcaccaatactattacgtggtagcttgcgtgtatatttatctaattcaaactataatagagttttacacctatc
gi|5 : gaaaatatttatagtacagactgcccagtgggaaccctgctacacttggtatgttgcgtcgagtagccgcgatggtgggcgatcctccggaaacatcgaggatagttgggtcctccagtgggtggtggaagggttcattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgaTGCTT--AATTTGTCTAGATAATTTAGATGGTTGCCTAAATATAATATCCCTATTTGATGGCCGAAAGCAG--AAGGATA-------GCTATGTGT-T-CAGATGTGT---TAAATAACCGAAAGTGTT------------GACCATGCTCGCACG---TCCATGACATTATAAGAAAGCCACAGAAAACGCG-TTGGACCACTATCGTT-AA-AGG---TAGTTGATCTCTAGCACC-GATGTGTTGATTTAAGATTATTTATTGATAG--T---TTA----T---GTTTA--TA--TGTAT------CTAATTTTTTAAAGC---AATCTA--AAA---TTT---GAACACATGTCCATGCCCCTTTAATG------ATAG-------A-TG------GGATAGGATTCTGAATCCTATATTTAAAACAGGATc
gi|6 : ccttcactggatacagagcagaaattcgccagctgtctaTAGGATAAGATTCA-TAGTGCAGACTGCCCGGTAGGGGGCCTGCTACACTTGGTCGGTTGCGTCGAGAAGCC-GATGGTGTTTGACCCTTGGATCCACTGGAAACGGGGACAAGTCTTCTTGAAGATCCGGGGATGG----TTGGGTCCTC----TAGTAGATGGAGGATGGGTCCatacctgttttaaaaa
gi|7 : TAGGACATAATTTACTAGTGCGGATTGCCCTGAAGGGGCCTTGCTACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGACGG-TGGTGGTCGAACCTCGGATCCCCTGGAAAC-GGGACGGGTCTT-TTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----Cgtcccctcttc
gi|8 : AGTTTCATACACACCCACTGGAGCCTGACTGACTAGGACTTAATTTA-AAGTGCGGACTGCCCTGAAGGGGACTTGCCACACTTG
gi|9 : gcaaAGCATTA---ATTGATAGT------------TTAAGTGTACATA--TGTACATGTAATTAGTTTT---GAGCTATAATATA--GAAGAGTTT---AAAAG-----------CCCTATAGTGGAGCATATAG-------ccttgcctggagccgttgg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 111 11111 1111 2222222 2 11 6666666666666 222 111 111 1 111 4444444444444 111 5555555555555 2222222 111 111111111 4444444444444444444 111111111111111111111111111111 1 333333 22222 22222
lowQualScore : 1 3 1 77 11 4 3 1 0 999 33 1 1 5 33333 2222 3 6 6 7 5555555 11 0 00 9999999999999 555 1 1 444 8 0 6 0 444 0 5 8 1 6 8 8 111 1 3 9999999999999 22 111 1 4444444444444 6 99 3333333 111 99 666666666 2 0000000000000000000 3 555555555555555555555555555555 0 0 4 9 0 9 1 5 000000 1 77777 66666
lowQualScore : . . . .. .. . . . . ... .. . . . ..... .... . . . . ....... .. . .. ............. ... . . ... . . . . ... . . . . . . . ... . . ............. .. ... . ............. . .. ....... ... .. ......... . ................... . .............................. . . . . . . . . ...... . ..... .....
lowQualScore : 0 3 0 55 55 0 2 4 4 333 55 0 7 7 99999 1111 5 5 7 5 8888888 66 0 66 4444444444444 666 4 4 000 0 8 4 6 000 8 0 0 0 0 0 0 888 4 2 2222222222222 00 777 7 3333333333333 7 22 3333333 777 22 222222222 5 1111111111111111111 5 333333333333333333333333333333 8 8 2 2 8 2 0 5 000000 0 55555 55555
consensus : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTAAATAT-----CCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA-------------GTTGTGTGTGTGCAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCGTT-AGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGC-T---TTA----TT-AAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATATAG-------G-T------------GG--GGAAGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
Reference ( family-1472 ) : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTAAATAT-----CCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA------A------GTTGTGTGTGTGCAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCGTT-AGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGCAT---TTA----TT-AAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATATAG-------GCT------------GGA-GGAAGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
gi|1 : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTGGAGTATCA-ACAGACTAACTGAAG--TGACTGACTAGGACGGAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGAGCCTTGCCACGCTTGGTGTGTTGCGTCGA--GGAT-A-TGGTGGTCGACCCTTGGATCACCTGGAAACGGGGACGGGTCCTTTTGAAGATCC-GGGGTAG----AATGGTCCTCTGGACAGTGGG-GGTGGATGGGCCC
gi|1 : CCCACCA-GCAAGTGCCTGCAATTTGTCTATA-AATTTAAATGATCGCTTAAACAT-----CCCTATGTACTGGCCGAAA-CAGGAAAGGATATACAGGA------GTTGTGTGTGTGCAAATGCATAAATTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGAAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTACAAGAAAGTCACAGAAAACGTGTTTAGACCCCT-TCCAT-AG-TGGA--CAGATGGCCTCCGACACC-G-----------TAGCATTA---ATTATTAGCAT---TTA----TT-AAGTGTA--TAGGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAATTT---AAA-------------CCCTATTATGGAGCAAATAG-------GT-------------------AAG--AGGA-----------------GATACAGGTTAAGCCTGATTTGAATAAAGAAAGGAGG-TAAAACCTATATGAGGTATTTAAAAATAGGGATTT-----AACAATGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAAAGATcattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccaccagcaagtgcctgcaatttgtctataaatttaaatgatcgcttaaacatccctatgtactggccgaaacaggaaaggatatacaggagttgtgtgtgtgcaaatgcataaattaaggccgaaagtgtttaacatgaagttgaccatactcgcacgtccatgactttacaagaaagtcacagaaaacgtgtttagaccccttccatagtggacagatggcctccgacaccgtagcattaattattagcatttattaagtgtataggtatttagttttgagctataatgtagaagaatttaaaccctattatggagcaaataggtaagaggagatacaggttaagcctgatttgaataaagaaaggaggtaaaacctatatgaggtatttaaaaatagggatttaacaatgtaatgaatgtttgttgtgaatgtaaaagat
gi|10 : caagagacctcagtcgagttggagtatcaacagactaactgaagtgactgactaggacggaatttatagtgcggactgcccggaaggagccttgccacgcttggtgtgttgcgtcgaggatatggtggtcgacccttggatcacctggaaacggggacgggtccttttgaagatccggggtagaatggtcctctggacagtgggggtggatgggccccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAGGACATAATATA-TAGTGCATACTGTCCTGAAGGGCCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGG
gi|11 : TCTTCTTAAAGATCC-GGGATGA----AATGGTCCTC----CAGTGAGAGGTGGATGGGTCC
gi|12 : AG-------------CCCTATAGTGGAGCATATAT-------GCTTTAATTGATAGAGGG-GGAAAATAGGATatctactcttcg
gi|13 : CTGGGA-GTAGATTA-TAGTGCAAACTGCCAAGCAGGGGCTCTGCTATATTT
gi|14 : CAAGAGACCTCAATCAAGTTCGAGTATCA-ACAGA
gi|15 : AATTTA-TAGTGCCAATTGCCCGGAAGGGGCCTTGTCACACTTGGTaaagtcagact
gi|16 : CCCACCATGCAGGTGCTTGCAATTTGTCTAG-TAATTTAGAT
gi|2 : TAGGACTTAATTTA-TAGTGTGGACTGCCCGGAAGAGGCCTTGT---------TGCGCTGTGTCGAGGGGAC-GATGGTGGTCGACCCTCAGATCCCCTGGAAATGGGGACGGGTCGTTTTGAAGATCC-TGGATGAAATCAATGGTCCTC----CAGTGGGTTTAAGATGGGT
gi|2 : aCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATA-----ATATAATGTAGATGGTCACCTAAATA-------CCTAATTACTGGCCGAAA-CAAGAAATGATA------GTAAACTGTTGCGTGTGTGCAAATGTAT---TTAA-GGCCAAAAGTGTTTAACTTGGAGTTGACCAGACTCACGCGTCCTCCATGACTTTGTAAGAA-GTCA--GAGAATGCGTT-AGACCTCT-TCCAT-AT-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-T-----------TAGCGTTA---ATTGACAGCATTAATTAAAGTTT-AAGTATA--TATGTAA------TTAGTTTT---GAG--CTATGATATATGG-A-AGAGTTTAAAAAA-------------CCCTATAATGGAGCATAAAGCTTAATTGAT------------GGAGGGGAAATAGGATTCTGAA-CCCA-ATTTAGTAacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccaccacgcaagtgcttgcaataatataatgtagatggtcacctaaatacctaattactggccgaaacaagaaatgatagtaaactgttgcgtgtgtgcaaatgtatttaaggccaaaagtgtttaacttggagttgaccagactcacgcgtcctccatgactttgtaagaagtcagagaatgcgttagacctcttccatattggatagatggcctctggcaccttagcgttaattgacagcattaattaaagtttaagtatatatgtaattagttttgagctatgatatatggaagagtttaaaaaaccctataatggagcataaagcttaattgatggaggggaaataggattctgaacccaatttagtaggtactggtttattaa
gi|3 : ataggacttaatttatagtgtggactgcccggaagaggccttgttgcgctgtgtcgaggggacgatggtggtcgaccctcagatcccctggaaatggggacgggtcgttttgaagatcctggatgaaatcaatggtcctccagtgggtttaagatgggtacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGACTGACTAGGACTAAGTTTA-TAGTGCGGACTGTCCTGAAGGGACCTTGCCACAC---------------GAGGGGACCG-TGGGGGTCGACCCTCGGATTCCCTGGAAACGGGGACGGGTTGTCTTGAAGATCC-GGAATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGggtactggtttattaa
gi|3 : actgattgaCCCACTACGCAAGTGCTTGCAATATATCTA-ATAATTTAGATGATCGCTTAAACAT------------TACTG-CCGAAA-CAAGAAAGGACA-------------GTTGTATGT---------------TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGGGGTTGACCAGACTCCCACATCC---ATGAGTTTGTAAGAAAGTCACAGAAAATGCATT-ATACCTCT-TTCAT-AG-CGTA--TAGATGGCCTTTG-----------------------TT-----TTGA-----------A----CTAAAATGTA--GAAG-AT----------TTTT---AAACCCTATAATGGA--GCATATAGCTT---AAT-------------TGCTA-----GAGGATA---------------------------------GATAGTATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAACCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACC------GGGTATTTAAAGATAGGGACATATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTT-----TGTAAGAGATagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccactacgcaagtgcttgcaatatatctaataatttagatgatcgcttaaacattactgccgaaacaagaaaggacagttgtatgtttaaggccgaaagtgtttaacatggggttgaccagactcccacatccatgagtttgtaagaaagtcacagaaaatgcattatacctctttcatagcgtatagatggcctttgttttgaactaaaatgtagaagatttttaaaccctataatggagcatatagcttaattgctagaggatagatagtattccgaatcctatatttaatacaggttaaccctgatttgaataaggaaaggaggttaaaaccgggtatttaaagatagggacatataaaaacggtgtaatgaatgtttgtttgtaagagata
gi|4 : actgattgagactgactaggactaagtttatagtgcggactgtcctgaagggaccttgccacacgaggggaccgtgggggtcgaccctcggattccctggaaacggggacgggttgtcttgaagatccggaatggaatggtcctccagtgggtggtggatgggagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATTTA-TAGTACAGACTGCCCAGTGGGAACCCTGCTACACTTGGTATGTTGCGTCGAGTAGCC-G-CGATGGTGGGC-----GATCCTCCGGAAA-----------CATC--GAGGAT----AGTTG--------GGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGAAGGGTTCa
gi|4 : gaaaatGCTT--AGTTTGTCTAAATAATTTACATGGTTGCCTAAATAT-----CCCTATTTATTGGACGAAAGCAG--AAGGCTA-------------GTTATATGTG--CAGATATGT---TTAT-GGCCGATAGTATTTAACGTGGAGTTAACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATGAGAAAGTCAAAGAAAATGCGTT-AGACCACTGTCTATGAGATAGATGTAGTTGGTCTCTAGCACCAA-----------TACTATTA---CGTGGTAGC------------TT-GCGTGTA--TATTTAT------CTAA-TTC---AAA--CTATAAT---------AGAGTTT---TAC-------------ACCTATattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgagcttagtttgtctaaataatttacatggttgcctaaatatccctatttattggacgaaagcagaaggctagttatatgtgcagatatgtttatggccgatagtatttaacgtggagttaaccatactcgcacgtccatgactttatgagaaagtcaaagaaaatgcgttagaccactgtctatgagatagatgtagttggtctctagcaccaatactattacgtggtagcttgcgtgtatatttatctaattcaaactataatagagttttacacctatc
gi|5 : gaaaatatttatagtacagactgcccagtgggaaccctgctacacttggtatgttgcgtcgagtagccgcgatggtgggcgatcctccggaaacatcgaggatagttgggtcctccagtgggtggtggaagggttcattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgaTGCTT--AATTTGTCTAGATAATTTAGATGGTTGCCTAAATATAATATCCCTATTTGATGGCCGAAAGCAG--AAGGATA-------------GCTATGTGT-T-CAGATGTGT---TAAATAACCGAAAGTGTT------------GACCATGCTCGCACGTCC---ATGACATTATAAGAAAGCCACAGAAAACGCGTT-GGACCACTATCGTT-AA-AGG---TAGTTGATCTCTAGCACC-GATGTGTTGATTTAAGATTATTTATTGATAG--T---TTA----T----GTTTA--TATGTAT------CTAATTTTTTAAAG--C---AATCTA--A-A-A---TTT---GAACACATGTCCATGCCCCTTTAATG------ATAG-------A-T------------GG------GATAGGATTCTGAATCCTATATTTAAAACAGGATATACCTGTTTTAAAc
gi|6 : ccttcactggatacagagcagaaattcgccagctgtctaTAGGATAAGATTCA-TAGTGCAGACTGCCCGGTAGGGGGCCTGCTACACTTGGTCGGTTGCGTCGAGAAGCC-GATGGTGTTTGACCCTTGGATCCACTGGAAACGGGGACAAGTCTTCTTGAAGATCCGGGGATGG----TTGGGTCCTC----TAGTAGATGGAGGATGGGTCCaa
gi|7 : TAGGACATAATTTACTAGTGCGGATTGCCCTGAAGGGGCCTTGCTACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGACGG-TGGTGGTCGAACCTCGGATCCCCTGGAAAC-GGGACGGGTCTT-TTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----Cgtcccctcttc
gi|8 : AGTTTCATACACACCCACTGGAGCCTGACTGACTAGGACTTAATTTA-AAGTGCGGACTGCCCTGAAGGGGACTTGCCACACTTG
gi|9 : gcaaAGCATTA---ATTGATAGT------------TT-AAGTGTACATATGTACATGTAATTAGTTTT---GAG--CTATAATATA--G-A-AGAGTTT---AAAAG-----------CCCTATAGTGGAGCATATAG-------ccttgcctggagccgttgg
Alignments
lowQualScore : 1 11 111 11111 1111 22222 2 11 3333333333333333 222 111 111 1 111 4444444444444 111 55555555555555555 2222222 111 111111111 4444444444444444444 88888888888888888888888888888 1 333333 22222 22222
lowQualScore : 1 3 1 77 11 4 3 1 0 999 33 1 1 5 33333 2222 3 6 6 7 00000 55 11 0 00 6666666666666666 555 1 1 444 8 3 6 0 444 0 5 8 1 6 8 8 111 1 3 9999999999999 22 111 1 66666666666666666 99 3333333 111 99 666666666 2 0000000000000000000 99999999999999999999999999999 44 0 4 9 0 9 1 5 000000 1 77777 66666
lowQualScore : . . . .. .. . . . . ... .. . . . ..... .... . . . . ..... .. .. . .. ................ ... . . ... . . . . ... . . . . . . . ... . . ............. .. ... . ................. .. ....... ... .. ......... . ................... ............................. .. . . . . . . . ...... . ..... .....
lowQualScore : 0 3 0 55 55 0 2 4 4 333 55 0 7 7 99999 1111 5 5 7 5 00000 88 66 0 66 0000000000000000 666 4 4 000 0 2 4 6 000 8 0 0 0 0 0 0 888 4 2 2222222222222 00 777 7 00000000000000000 22 3333333 777 22 222222222 5 1111111111111111111 22222222222222222222222222222 00 8 2 2 8 2 0 5 000000 0 55555 55555
consensus : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTA-----AATATCCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA-------GT-------TGTGTGTGTGCAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGC-TTTA--------TT-AAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATA-----TA----------GGT----GGGGAAGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
Reference ( family-1472 ) : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTA-----AATATCCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA-------GT-------TGTGTGTGTGCAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGC-TTTA--------TT-AAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATA-----TA----------GGT----GGGGAAGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
gi|1 : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTGGAGTATCA-ACAGACTAACTGAAG--TGACTGACTAGGACGGAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGAGCCTTGCCACGCTTGGTGTGTTGCGTCGA--GGAT-A-TGGTGGTCGACCCTTGGATCACCTGGAAACGGGGACGGGTCCTTTTGAAGATCC-GGGGTAG----AATGGTCCTCTGGACAGTGGG-GGTGGATGGGCCC
gi|1 : CCCACCA-GCAAGTGCCTGCAATTTGTCTATA-AATTTAAATGATCGCTTA-----AACATCCCTATGTACTGGCCGAAA-CAGGAAAGGATATACAGGAGT-------TGTGTGTGTGCAAATGCATAAATTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGAAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTACAAGAAAGTCACAGAAAACGTGTTTAGACCCCT-TCCAT-AG-TGGA--CAGATGGCCTCCGACACC-G-----------TAGCATTA---ATTATTAGCATTTA--------TT-AAGTGTA--TAGGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAATTT---AAA-------------CCCTATTATGGAGCAAA-----TA----------GGT--------AAG--AGGA-----------------GATACAGGTTAAGCCTGATTTGAATAAAGAAAGGAGG-TAAAACCTATATGAGGTATTTAAAAATAGGGATTT-----AACAATGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAAAGATcattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccaccagcaagtgcctgcaatttgtctataaatttaaatgatcgcttaaacatccctatgtactggccgaaacaggaaaggatatacaggagttgtgtgtgtgcaaatgcataaattaaggccgaaagtgtttaacatgaagttgaccatactcgcacgtccatgactttacaagaaagtcacagaaaacgtgtttagaccccttccatagtggacagatggcctccgacaccgtagcattaattattagcatttattaagtgtataggtatttagttttgagctataatgtagaagaatttaaaccctattatggagcaaataggtaagaggagatacaggttaagcctgatttgaataaagaaaggaggtaaaacctatatgaggtatttaaaaatagggatttaacaatgtaatgaatgtttgttgtgaatgtaaaagat
gi|10 : caagagacctcagtcgagttggagtatcaacagactaactgaagtgactgactaggacggaatttatagtgcggactgcccggaaggagccttgccacgcttggtgtgttgcgtcgaggatatggtggtcgacccttggatcacctggaaacggggacgggtccttttgaagatccggggtagaatggtcctctggacagtgggggtggatgggccccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAGGACATAATATA-TAGTGCATACTGTCCTGAAGGGCCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGG
gi|11 : TCTTCTTAAAGATCC-GGGATGA----AATGGTCCTC----CAGTGAGAGGTGGATGGGTCC
gi|12 : AG-------------CCCTATAGTGGAGCATA-----TATGCTTTAATTGATAGAGGGGGAAAATAGGATatctactcttcg
gi|13 : CTGGGA-GTAGATTA-TAGTGCAAACTGCCAAGCAGGGGCTCTGCTATATTT
gi|14 : CAAGAGACCTCAATCAAGTTCGAGTATCA-ACAGA
gi|15 : AATTTA-TAGTGCCAATTGCCCGGAAGGGGCCTTGTCACACTTGGTaaagtcagact
gi|16 : CCCACCATGCAGGTGCTTGCAATTTGTCTAG-TAATTTAGAT
gi|2 : TAGGACTTAATTTA-TAGTGTGGACTGCCCGGAAGAGGCCTTGT---------TGCGCTGTGTCGAGGGGAC-GATGGTGGTCGACCCTCAGATCCCCTGGAAATGGGGACGGGTCGTTTTGAAGATCC-TGGATGAAATCAATGGTCCTC----CAGTGGGTTTAAGATGGGT
gi|2 : aCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATA-----ATATAATGTAGATGGTCACCTA-----AATA--CCTAATTACTGGCCGAAA-CAAGAAATGATA-------GTAAACTGTTGCGTGTGTGCAAATGTAT---TTAA-GGCCAAAAGTGTTTAACTTGGAGTTGACCAGACTCACGCGTCCTCCATGACTTTGTAAGAA-GTCA--GAGAATGCG-TTAGACCTCT-TCCAT-AT-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-T-----------TAGCGTTA---ATTGACAGC-ATTAATTAAAGTTT-AAGTATA--TATGTAA------TTAGTTTT---GAG--CTATGATATATGG-A-AGAGTTTAAAAAA-------------CCCTATAATGGAGCATAAAGCTTAATTGAT----GGA----GGGGAA-ATAGGATTCTGAA-CCCA-ATTTAGTAacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccaccacgcaagtgcttgcaataatataatgtagatggtcacctaaatacctaattactggccgaaacaagaaatgatagtaaactgttgcgtgtgtgcaaatgtatttaaggccaaaagtgtttaacttggagttgaccagactcacgcgtcctccatgactttgtaagaagtcagagaatgcgttagacctcttccatattggatagatggcctctggcaccttagcgttaattgacagcattaattaaagtttaagtatatatgtaattagttttgagctatgatatatggaagagtttaaaaaaccctataatggagcataaagcttaattgatggaggggaaataggattctgaacccaatttagtaggtactggtttattaa
gi|3 : ataggacttaatttatagtgtggactgcccggaagaggccttgttgcgctgtgtcgaggggacgatggtggtcgaccctcagatcccctggaaatggggacgggtcgttttgaagatcctggatgaaatcaatggtcctccagtgggtttaagatgggtacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGACTGACTAGGACTAAGTTTA-TAGTGCGGACTGTCCTGAAGGGACCTTGCCACAC---------------GAGGGGACCG-TGGGGGTCGACCCTCGGATTCCCTGGAAACGGGGACGGGTTGTCTTGAAGATCC-GGAATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGggtactggtttattaa
gi|3 : actgattgaCCCACTACGCAAGTGCTTGCAATATATCTA-ATAATTTAGATGATCGCTTA-----AACAT-------TACTG-CCGAAA-CAAGAAAGGACA-------GT-------TGTATGT---------------TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGGGGTTGACCAGACTCCCACATCC---ATGAGTTTGTAAGAAAGTCACAGAAAATGCA-TTATACCTCT-TTCAT-AG-CGTA--TAGATGGCCTTTG-----------------------TT-----TTGA--------A--------CTAAAATGTA--GAAG-AT----------TTTT---AAACCCTATAATGGA--GCATATAGCTT---AAT-------------TGCTA-----GAGGAT------------------------------AGATAGTATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAACCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACC------GGGTATTTAAAGATAGGGACATATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTT-----TGTAAGAGATagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccactacgcaagtgcttgcaatatatctaataatttagatgatcgcttaaacattactgccgaaacaagaaaggacagttgtatgtttaaggccgaaagtgtttaacatggggttgaccagactcccacatccatgagtttgtaagaaagtcacagaaaatgcattatacctctttcatagcgtatagatggcctttgttttgaactaaaatgtagaagatttttaaaccctataatggagcatatagcttaattgctagaggatagatagtattccgaatcctatatttaatacaggttaaccctgatttgaataaggaaaggaggttaaaaccgggtatttaaagatagggacatataaaaacggtgtaatgaatgtttgtttgtaagagata
gi|4 : actgattgagactgactaggactaagtttatagtgcggactgtcctgaagggaccttgccacacgaggggaccgtgggggtcgaccctcggattccctggaaacggggacgggttgtcttgaagatccggaatggaatggtcctccagtgggtggtggatgggagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATTTA-TAGTACAGACTGCCCAGTGGGAACCCTGCTACACTTGGTATGTTGCGTCGAGTAGCC-G-CGATGGTGGGC-----GATCCTCCGGAAA-----------CATC--GAGGAT----AGTTG--------GGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGAAGGGTTCa
gi|4 : gaaaatGCTT--AGTTTGTCTAAATAATTTACATGGTTGCCTA-----AATATCCCTATTTATTGGACGAAAGCAG--AAGGCTA-------GT-------TATATGTG--CAGATATGT---TTAT-GGCCGATAGTATTTAACGTGGAGTTAACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATGAGAAAGTCAAAGAAAATGCG-TTAGACCACTGTCTATGAGATAGATGTAGTTGGTCTCTAGCACCAA-----------TACTATTA---CGTGGTAGC-------------TT-GCGTGTA--TATTTAT------CTAA-TTC---AAA--CTATAAT---------AGAGTTT---TAC-------------ACCTATattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgagcttagtttgtctaaataatttacatggttgcctaaatatccctatttattggacgaaagcagaaggctagttatatgtgcagatatgtttatggccgatagtatttaacgtggagttaaccatactcgcacgtccatgactttatgagaaagtcaaagaaaatgcgttagaccactgtctatgagatagatgtagttggtctctagcaccaatactattacgtggtagcttgcgtgtatatttatctaattcaaactataatagagttttacacctatc
gi|5 : gaaaatatttatagtacagactgcccagtgggaaccctgctacacttggtatgttgcgtcgagtagccgcgatggtgggcgatcctccggaaacatcgaggatagttgggtcctccagtgggtggtggaagggttcattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgaTGCTT--AATTTGTCTAGATAATTTAGATGGTTGCCTAAATATAATATCCCTATTTGATGGCCGAAAGCAG--AAGGATA-------GC-------TATGTGT-T-CAGATGTGT---TAAATAACCGAAAGT------------GTTGACCATGCTCGCACGTCC---ATGACATTATAAGAAAGCCACAGAAAACGCG-TTGGACCACTATCGTT-AA-AGG---TAGTTGATCTCTAGCACC-GATGTGTTGATTTAAGATTATTTATTGATAG--TTTA--------T----GTTTA--TATGTAT------CTAATTTTTTAAAG--C---AATCTA--A-A-A---TTT---GAACACATGTCCATGCCCCTTTAATG------A-----TA----------GAT----GG----GATAGGATTCTGAATCCTATATTTAAAACAGGATATACCTGTTTTAAAc
gi|6 : ccttcactggatacagagcagaaattcgccagctgtctaTAGGATAAGATTCA-TAGTGCAGACTGCCCGGTAGGGGGCCTGCTACACTTGGTCGGTTGCGTCGAGAAGCC-GATGGTGTTTGACCCTTGGATCCACTGGAAACGGGGACAAGTCTTCTTGAAGATCCGGGGATGG----TTGGGTCCTC----TAGTAGATGGAGGATGGGTCCaa
gi|7 : TAGGACATAATTTACTAGTGCGGATTGCCCTGAAGGGGCCTTGCTACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGACGG-TGGTGGTCGAACCTCGGATCCCCTGGAAAC-GGGACGGGTCTT-TTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----Cgtcccctcttc
gi|8 : AGTTTCATACACACCCACTGGAGCCTGACTGACTAGGACTTAATTTA-AAGTGCGGACTGCCCTGAAGGGGACTTGCCACACTTG
gi|9 : gcaaAGCATTA---ATTGATAGT-TT-------------AAGTGTACATATGTACATGTAATTAGTTTT---GAG--CTATAATATA--G-A-AGAGTTT---AAAAG-----------CCCTATAGTGGAGCATA-----TA----------Gccttgcctggagccgttgg
Alignments
lowQualScore : 1 11 111 11111 1111 22222 2 11 3333333333333333 222 111 111 1 111 4444444444444 111 55555555555555555 2222222 111 111111111 4444444444444444444 88888888888888888888888888888 1 333333 22222 22222
lowQualScore : 1 3 1 77 11 4 3 1 0 999 33 1 1 5 33333 2222 3 6 6 7 00000 55 11 0 00 6666666666666666 555 1 1 444 8 3 6 0 444 0 5 8 1 6 8 8 111 1 3 9999999999999 22 111 1 66666666666666666 99 3333333 111 99 666666666 2 0000000000000000000 99999999999999999999999999999 44 0 4 9 0 9 1 5 000000 1 77777 66666
lowQualScore : . . . .. .. . . . . ... .. . . . ..... .... . . . . ..... .. .. . .. ................ ... . . ... . . . . ... . . . . . . . ... . . ............. .. ... . ................. .. ....... ... .. ......... . ................... ............................. .. . . . . . . . ...... . ..... .....
lowQualScore : 0 3 0 55 55 0 2 4 4 333 55 0 7 7 99999 1111 5 5 7 5 00000 88 66 0 66 0000000000000000 666 4 4 000 0 2 4 6 000 8 0 0 0 0 0 0 888 4 2 2222222222222 00 777 7 00000000000000000 22 3333333 777 22 222222222 5 1111111111111111111 22222222222222222222222222222 00 8 2 2 8 2 0 5 000000 0 55555 55555
consensus : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTA-----AATATCCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA-------GT-------TGTGTGTGTGCAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGC-TTTA--------TT-AAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATA-----TA----------GGT----GGGGAAGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
Reference ( family-1472 ) : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTA-----AATATCCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA-------GT-------TGTGTGTGTGCAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGC-TTTA--------TT-AAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATA-----TA----------GGT----GGGGAAGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
gi|1 : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTGGAGTATCA-ACAGACTAACTGAAG--TGACTGACTAGGACGGAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGAGCCTTGCCACGCTTGGTGTGTTGCGTCGA--GGAT-A-TGGTGGTCGACCCTTGGATCACCTGGAAACGGGGACGGGTCCTTTTGAAGATCC-GGGGTAG----AATGGTCCTCTGGACAGTGGG-GGTGGATGGGCCC
gi|1 : CCCACCA-GCAAGTGCCTGCAATTTGTCTATA-AATTTAAATGATCGCTTA-----AACATCCCTATGTACTGGCCGAAA-CAGGAAAGGATATACAGGAGT-------TGTGTGTGTGCAAATGCATAAATTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGAAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTACAAGAAAGTCACAGAAAACGTGTTTAGACCCCT-TCCAT-AG-TGGA--CAGATGGCCTCCGACACC-G-----------TAGCATTA---ATTATTAGCATTTA--------TT-AAGTGTA--TAGGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAATTT---AAA-------------CCCTATTATGGAGCAAA-----TA----------GGT--------AAG--AGGA-----------------GATACAGGTTAAGCCTGATTTGAATAAAGAAAGGAGG-TAAAACCTATATGAGGTATTTAAAAATAGGGATTT-----AACAATGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAAAGATcattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccaccagcaagtgcctgcaatttgtctataaatttaaatgatcgcttaaacatccctatgtactggccgaaacaggaaaggatatacaggagttgtgtgtgtgcaaatgcataaattaaggccgaaagtgtttaacatgaagttgaccatactcgcacgtccatgactttacaagaaagtcacagaaaacgtgtttagaccccttccatagtggacagatggcctccgacaccgtagcattaattattagcatttattaagtgtataggtatttagttttgagctataatgtagaagaatttaaaccctattatggagcaaataggtaagaggagatacaggttaagcctgatttgaataaagaaaggaggtaaaacctatatgaggtatttaaaaatagggatttaacaatgtaatgaatgtttgttgtgaatgtaaaagat
gi|10 : caagagacctcagtcgagttggagtatcaacagactaactgaagtgactgactaggacggaatttatagtgcggactgcccggaaggagccttgccacgcttggtgtgttgcgtcgaggatatggtggtcgacccttggatcacctggaaacggggacgggtccttttgaagatccggggtagaatggtcctctggacagtgggggtggatgggccccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAGGACATAATATA-TAGTGCATACTGTCCTGAAGGGCCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGG
gi|11 : TCTTCTTAAAGATCC-GGGATGA----AATGGTCCTC----CAGTGAGAGGTGGATGGGTCC
gi|12 : AG-------------CCCTATAGTGGAGCATA-----TATGCTTTAATTGATAGAGGGGGAAAATAGGATatctactcttcg
gi|13 : CTGGGA-GTAGATTA-TAGTGCAAACTGCCAAGCAGGGGCTCTGCTATATTT
gi|14 : CAAGAGACCTCAATCAAGTTCGAGTATCA-ACAGA
gi|15 : AATTTA-TAGTGCCAATTGCCCGGAAGGGGCCTTGTCACACTTGGTaaagtcagact
gi|16 : CCCACCATGCAGGTGCTTGCAATTTGTCTAG-TAATTTAGAT
gi|2 : TAGGACTTAATTTA-TAGTGTGGACTGCCCGGAAGAGGCCTTGT---------TGCGCTGTGTCGAGGGGAC-GATGGTGGTCGACCCTCAGATCCCCTGGAAATGGGGACGGGTCGTTTTGAAGATCC-TGGATGAAATCAATGGTCCTC----CAGTGGGTTTAAGATGGGT
gi|2 : aCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATA-----ATATAATGTAGATGGTCACCTA-----AATA--CCTAATTACTGGCCGAAA-CAAGAAATGATA-------GTAAACTGTTGCGTGTGTGCAAATGTAT---TTAA-GGCCAAAAGTGTTTAACTTGGAGTTGACCAGACTCACGCGTCCTCCATGACTTTGTAAGAA-GTCA--GAGAATGCG-TTAGACCTCT-TCCAT-AT-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-T-----------TAGCGTTA---ATTGACAGC-ATTAATTAAAGTTT-AAGTATA--TATGTAA------TTAGTTTT---GAG--CTATGATATATGG-A-AGAGTTTAAAAAA-------------CCCTATAATGGAGCATAAAGCTTAATTGAT----GGA----GGGGAA-ATAGGATTCTGAA-CCCA-ATTTAGTAacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccaccacgcaagtgcttgcaataatataatgtagatggtcacctaaatacctaattactggccgaaacaagaaatgatagtaaactgttgcgtgtgtgcaaatgtatttaaggccaaaagtgtttaacttggagttgaccagactcacgcgtcctccatgactttgtaagaagtcagagaatgcgttagacctcttccatattggatagatggcctctggcaccttagcgttaattgacagcattaattaaagtttaagtatatatgtaattagttttgagctatgatatatggaagagtttaaaaaaccctataatggagcataaagcttaattgatggaggggaaataggattctgaacccaatttagtaggtactggtttattaa
gi|3 : ataggacttaatttatagtgtggactgcccggaagaggccttgttgcgctgtgtcgaggggacgatggtggtcgaccctcagatcccctggaaatggggacgggtcgttttgaagatcctggatgaaatcaatggtcctccagtgggtttaagatgggtacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGACTGACTAGGACTAAGTTTA-TAGTGCGGACTGTCCTGAAGGGACCTTGCCACAC---------------GAGGGGACCG-TGGGGGTCGACCCTCGGATTCCCTGGAAACGGGGACGGGTTGTCTTGAAGATCC-GGAATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGggtactggtttattaa
gi|3 : actgattgaCCCACTACGCAAGTGCTTGCAATATATCTA-ATAATTTAGATGATCGCTTA-----AACAT-------TACTG-CCGAAA-CAAGAAAGGACA-------GT-------TGTATGT---------------TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGGGGTTGACCAGACTCCCACATCC---ATGAGTTTGTAAGAAAGTCACAGAAAATGCA-TTATACCTCT-TTCAT-AG-CGTA--TAGATGGCCTTTG-----------------------TT-----TTGA--------A--------CTAAAATGTA--GAAG-AT----------TTTT---AAACCCTATAATGGA--GCATATAGCTT---AAT-------------TGCTA-----GAGGAT------------------------------AGATAGTATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAACCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACC------GGGTATTTAAAGATAGGGACATATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTT-----TGTAAGAGATagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccactacgcaagtgcttgcaatatatctaataatttagatgatcgcttaaacattactgccgaaacaagaaaggacagttgtatgtttaaggccgaaagtgtttaacatggggttgaccagactcccacatccatgagtttgtaagaaagtcacagaaaatgcattatacctctttcatagcgtatagatggcctttgttttgaactaaaatgtagaagatttttaaaccctataatggagcatatagcttaattgctagaggatagatagtattccgaatcctatatttaatacaggttaaccctgatttgaataaggaaaggaggttaaaaccgggtatttaaagatagggacatataaaaacggtgtaatgaatgtttgtttgtaagagata
gi|4 : actgattgagactgactaggactaagtttatagtgcggactgtcctgaagggaccttgccacacgaggggaccgtgggggtcgaccctcggattccctggaaacggggacgggttgtcttgaagatccggaatggaatggtcctccagtgggtggtggatgggagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATTTA-TAGTACAGACTGCCCAGTGGGAACCCTGCTACACTTGGTATGTTGCGTCGAGTAGCC-G-CGATGGTGGGC-----GATCCTCCGGAAA-----------CATC--GAGGAT----AGTTG--------GGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGAAGGGTTCa
gi|4 : gaaaatGCTT--AGTTTGTCTAAATAATTTACATGGTTGCCTA-----AATATCCCTATTTATTGGACGAAAGCAG--AAGGCTA-------GT-------TATATGTG--CAGATATGT---TTAT-GGCCGATAGTATTTAACGTGGAGTTAACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATGAGAAAGTCAAAGAAAATGCG-TTAGACCACTGTCTATGAGATAGATGTAGTTGGTCTCTAGCACCAA-----------TACTATTA---CGTGGTAGC-------------TT-GCGTGTA--TATTTAT------CTAA-TTC---AAA--CTATAAT---------AGAGTTT---TAC-------------ACCTATattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgagcttagtttgtctaaataatttacatggttgcctaaatatccctatttattggacgaaagcagaaggctagttatatgtgcagatatgtttatggccgatagtatttaacgtggagttaaccatactcgcacgtccatgactttatgagaaagtcaaagaaaatgcgttagaccactgtctatgagatagatgtagttggtctctagcaccaatactattacgtggtagcttgcgtgtatatttatctaattcaaactataatagagttttacacctatc
gi|5 : gaaaatatttatagtacagactgcccagtgggaaccctgctacacttggtatgttgcgtcgagtagccgcgatggtgggcgatcctccggaaacatcgaggatagttgggtcctccagtgggtggtggaagggttcattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgaTGCTT--AATTTGTCTAGATAATTTAGATGGTTGCCTAAATATAATATCCCTATTTGATGGCCGAAAGCAG--AAGGATA-------GC-------TATGTGT-T-CAGATGTGT---TAAATAACCGAAAGT------------GTTGACCATGCTCGCACGTCC---ATGACATTATAAGAAAGCCACAGAAAACGCG-TTGGACCACTATCGTT-AA-AGG---TAGTTGATCTCTAGCACC-GATGTGTTGATTTAAGATTATTTATTGATAG--TTTA--------T----GTTTA--TATGTAT------CTAATTTTTTAAAG--C---AATCTA--A-A-A---TTT---GAACACATGTCCATGCCCCTTTAATG------A-----TA----------GAT----GG----GATAGGATTCTGAATCCTATATTTAAAACAGGATATACCTGTTTTAAAc
gi|6 : ccttcactggatacagagcagaaattcgccagctgtctaTAGGATAAGATTCA-TAGTGCAGACTGCCCGGTAGGGGGCCTGCTACACTTGGTCGGTTGCGTCGAGAAGCC-GATGGTGTTTGACCCTTGGATCCACTGGAAACGGGGACAAGTCTTCTTGAAGATCCGGGGATGG----TTGGGTCCTC----TAGTAGATGGAGGATGGGTCCaa
gi|7 : TAGGACATAATTTACTAGTGCGGATTGCCCTGAAGGGGCCTTGCTACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGACGG-TGGTGGTCGAACCTCGGATCCCCTGGAAAC-GGGACGGGTCTT-TTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----Cgtcccctcttc
gi|8 : AGTTTCATACACACCCACTGGAGCCTGACTGACTAGGACTTAATTTA-AAGTGCGGACTGCCCTGAAGGGGACTTGCCACACTTG
gi|9 : gcaaAGCATTA---ATTGATAGT-TT-------------AAGTGTACATATGTACATGTAATTAGTTTT---GAG--CTATAATATA--G-A-AGAGTTT---AAAAG-----------CCCTATAGTGGAGCATA-----TA----------Gccttgcctggagccgttgg
blockSeqs : C T C CC AT C T C GA TG T C G AAATC . A T G G AATAT TC AT G GA GTAAACTGT GTG A A . T G T TCC C . T G G A ATG A G GATGTGTTGATT GC TTT C CATTAATTAAAGTTT CA ATGTAAT TTA CC ATATGGA G GAACACATGTCCATGC TATGCTTTAATTGATAGAGGGGGA AA T T T C T . A ATAAA .
blockSeqs : . GT . A T CG CG G T . A . T C G T . TC TT G GA GT G G G . . G A . A . T A . . A A G AA CT . T TTTAT . T . . GGAGCAT T AAAAAA AAGCTTAATTGATGGAGGGGA GA C T T A
blockSeqs : TT . G C GA CG G C . G . T C G A . T TT . . GT T G G . . A G . C . A . . . A T G T AG . T ACTA . C . . CTAAA G AAAAG TAGATGG GA T . .
blockSeqs : TA . G C GG C A C . G . T . G . . . . . GC . . . . . . . . . . A . . . . T . . GC . T CTT . C . . ATAGA G AAT . A
blockSeqs : AA . T T G . T C . G . T . . . . . TTT . . . . . . TAC
blockSeqs : AT . A T T . . . .
blockSeqs : TT . G T
blockSeqs : . T C
blockSeqs : . T .
blockSeqCons : GG* **** ** GT************** *** *** CTT************** TAGATGG********************** GA
originalCons : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGAC-G-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTA-----AATATCCCTATTTACTGGCCGAAAGCAGGAAAGGATA-------GT-------TGTGTGTGTGCAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGC-TTTA--------TT-AAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATA-----TA----------GGT----GGGGAAGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
finalCons : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGGACGG-TGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTA-----AATATCCCTATTTACTGGCCGAAAGCAG--AAGGATAGT--------------TGTGTGT---CAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGCTT--------------AAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATATAGATGG----------------------AGATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111 1111 2222222 1 11 444444444444444444 333 111 111 1 111 4444444444444 111 555555555555 2222222 111 111111111 4444444444444444444 1111111111 3333333333 1 333333 22222 22222
lowQualScore : 1 3 1 77 11 4 3 1 0 99 2 33 1 1 5 33333 2222 3 6 6 7 5555555 11 0 11 999 222222222222222222 888 1 1 444 8 0 6 0 444 0 5 8 1 6 8 8 111 1 3 9999999999999 22 111 6 000000000000 99 3333333 111 99 666666666 2 0000000000000000000 444 8888888888 6666666666 3 4 9 0 9 1 5 000000 1 77777 66666
lowQualScore : . . . .. .. . . . . .. . .. . . . ..... .... . . . . ....... .. . .. ... .................. ... . . ... . . . . ... . . . . . . . ... . . ............. .. ... . ............ .. ....... ... .. ......... . ................... ... .......... .......... . . . . . . . ...... . ..... .....
lowQualScore : 0 3 0 55 55 0 2 4 4 22 2 55 0 7 7 99999 1111 5 5 7 5 8888888 66 0 00 222 000000000000000000 000 4 4 000 0 8 4 6 000 8 0 0 0 0 0 0 888 4 2 2222222222222 00 777 0 888888888888 22 3333333 777 22 222222222 5 1111111111111111111 888 3333333333 8888888888 2 2 2 8 2 0 5 000000 0 55555 55555
consensus : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGG--ACGATGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTAAATAT-----CCCTATTTACTGGCCGAAANCAG--AA-G-GATA-------GT---------TGTGTGTG--CAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGC------------TTAAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATA-----TA---GATGGAG-----ATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
Reference ( family-1472 ) : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTNGAGTATCA-ACAGACCNACTGGAGCCTGACTGACTAGGACNTAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGGGCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGG--ACGGTGGTGGTCGACCCTCGGATCCCCTGGAAACGGGGACGGGTCNTCTTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATTTGTCTANATAATTTAGATGGTCGCCTAAATAT-----CCCTATTTACTGGCCGAAAGCAG--AA-G-GATA-------GT---------TGTGTGT---CAGATGTGT---TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACGTGGAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATAAGAAAGTCACAGAAAACGCG-TTAGACCNCT-TCCAT-AG-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-G-----------TAGCATTA---ATTGATAGC------------TTAAGTGTA--TATGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAGTTT---AAA-------------CCCTATAATGGAGCATA-----TA---GATGGAG-----ATAGGATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAANCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACCTATATGGGGTATTTAAAGATAGGGACNTATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAGAGAT
gi|1 : CAAGAGACCTCAGTCGAGTTGGAGTATCA-ACAGACTAACTGAAG--TGACTGACTAGGACGGAATTTA-TAGTGCGGACTGCCCGGAAGGAGCCTTGCCACGCTTGGTGTGTTGCGTCGAGGAT--A---TGGTGGTCGACCCTTGGATCACCTGGAAACGGGGACGGGTCCTTTTGAAGATCC-GGGGTAG----AATGGTCCTCTGGACAGTGGG-GGTGGATGGGCCC
gi|1 : CCCACCA-GCAAGTGCCTGCAATTTGTCTATA-AATTTAAATGATCGCTTAAACAT-----CCCTATGTACTGGCCGAAA-CAGGAAA-G-GATATACAGGAGT---------TGTGTGTGTGCAAATGCATAAATTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGAAGTTGACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTACAAGAAAGTCACAGAAAACGTGTTTAGACCCCT-TCCAT-AG-TGGA--CAGATGGCCTCCGACACC-G-----------TAGCATTA---ATTATTAGCATTTA-------TTAAGTGTA--TAGGTAT------TTAGTTTT---GAG--CTATAATGTA--G-A-AGAATTT---AAA-------------CCCTATTATGGAGCAAA-----TA---GGT-AAG-------AGGA-----------------GATACAGGTTAAGCCTGATTTGAATAAAGAAAGGAGG-TAAAACCTATATGAGGTATTTAAAAATAGGGATTT-----AACAATGTAATGAATGTTTGTTGTGAATGTAAAAGATcattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccaccagcaagtgcctgcaatttgtctataaatttaaatgatcgcttaaacatccctatgtactggccgaaacaggaaaggatatacaggagttgtgtgtgtgcaaatgcataaattaaggccgaaagtgtttaacatgaagttgaccatactcgcacgtccatgactttacaagaaagtcacagaaaacgtgtttagaccccttccatagtggacagatggcctccgacaccgtagcattaattattagcatttattaagtgtataggtatttagttttgagctataatgtagaagaatttaaaccctattatggagcaaataggtaagaggagatacaggttaagcctgatttgaataaagaaaggaggtaaaacctatatgaggtatttaaaaatagggatttaacaatgtaatgaatgtttgttgtgaatgtaaaagat
gi|10 : caagagacctcagtcgagttggagtatcaacagactaactgaagtgactgactaggacggaatttatagtgcggactgcccggaaggagccttgccacgcttggtgtgttgcgtcgaggatatggtggtcgacccttggatcacctggaaacggggacgggtccttttgaagatccggggtagaatggtcctctggacagtgggggtggatgggccccattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAGGACATAATATA-TAGTGCATACTGTCCTGAAGGGCCCTTGCCACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGG
gi|11 : TCTTCTTAAAGATCC-GGGATGA----AATGGTCCTC----CAGTGAGAGGTGGATGGGTCC
gi|12 : AG-------------CCCTATAGTGGAGCATA-----TA---atctactcttcg
gi|13 : CTGGGA-GTAGATTA-TAGTGCAAACTGCCAAGCAGGGGCTCTGCTATATTTtgctttaattgatagagggggaaaataggat
gi|14 : CAAGAGACCTCAATCAAGTTCGAGTATCA-ACAGA
gi|15 : AATTTA-TAGTGCCAATTGCCCGGAAGGGGCCTTGTCACACTTGGTaaagtcagact
gi|16 : CCCACCATGCAGGTGCTTGCAATTTGTCTAG-TAATTTAGAT
gi|2 : TAGGACTTAATTTA-TAGTGTGGACTGCCCGGAAGAGGCCTTGT---------TGCGCTGTGTCGAGGGG--ACGATGGTGGTCGACCCTCAGATCCCCTGGAAATGGGGACGGGTCGTTTTGAAGATCC-TGGATGAAATCAATGGTCCTC----CAGTGGGTTTAAGATGGGT
gi|2 : aCCCACCACGCAAGTGCTTGCAATA-----ATATAATGTAGATGGTCACCTAAATA-------CCTAATTACTGGCCGAAACAAG--AA-ATGATA-------GTAAACTGTTGCGTGTGTG--CAAATGTAT---TTAA-GGCCAAAAGTGTTTAACTTGGAGTTGACCAGACTCACGCGTCCTCCATGACTTTGTAAGAA-GTCA--GAGAATGCG-TTAGACCTCT-TCCAT-AT-TGGA--TAGATGGCCTCTGGCACC-T-----------TAGCGTTA---ATTGACAGCATTAATTAAAGTTTAAGTATA--TATGTAA------TTAGTTTT---GAG--CTATGATATATGG-A-AGAGTTTAAAAAA-------------CCCTATAATGGAGCATAAAGCTTAATTGATGGAGGGGAAATAGGATTCTGAA-CCCA-ATTTAGTAacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccaccacgcaagtgcttgcaataatataatgtagatggtcacctaaatacctaattactggccgaaacaagaaatgatagtaaactgttgcgtgtgtgcaaatgtatttaaggccaaaagtgtttaacttggagttgaccagactcacgcgtcctccatgactttgtaagaagtcagagaatgcgttagacctcttccatattggatagatggcctctggcaccttagcgttaattgacagcattaattaaagtttaagtatatatgtaattagttttgagctatgatatatggaagagtttaaaaaaccctataatggagcataaagcttaattgatggaggggaaataggattctgaacccaatttagtaggtactggtttattaa
gi|3 : ataggacttaatttatagtgtggactgcccggaagaggccttgttgcgctgtgtcgaggggacgatggtggtcgaccctcagatcccctggaaatggggacgggtcgttttgaagatcctggatgaaatcaatggtcctccagtgggtttaagatgggtacatctcctctttctcgggtcgatcgcccacggatctcgacagtataattggtggatggacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGACTGACTAGGACTAAGTTTA-TAGTGCGGACTGTCCTGAAGGGACCTTGCCACAC---------------GAGGGG--ACCGTGGGGGTCGACCCTCGGATTCCCTGGAAACGGGGACGGGTTGTCTTGAAGATCC-GGAATGG----AATGGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGATGGGggtactggtttattaa
gi|3 : actgattgaCCCACTACGCAAGTGCTTGCAATATATCTA-ATAATTTAGATGATCGCTTAAACAT------------TACTG-CCGAAACAAG--AAAG-GACA-------GT---------TGTATGT---------------TTAA-GGCCGAAAGTGTTTAACATGGGGTTGACCAGACTCCCACATCC---ATGAGTTTGTAAGAAAGTCACAGAAAATGCA-TTATACCTCT-TTCAT-AG-CGTA--TAGATGGCCTTTG-----------------------TT-----TTG--AAC------------TAAAATGTA--GAAG-AT----------TTTT---AAACCCTATAATGGA--GCATATAGCTT---AAT-------------TGCTA-----GAG--------------GAT--AG-----ATAGTATTCCGAATCCTATATTTAATACAGGTTAACCCTGATTTGAATAAGGAAAGGAGGTTAAAACC------GGGTATTTAAAGATAGGGACATATAAAAACGGTGTAATGAATGTTTGTT-----TGTAAGAGATagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcccactacgcaagtgcttgcaatatatctaataatttagatgatcgcttaaacattactgccgaaacaagaaaggacagttgtatgtttaaggccgaaagtgtttaacatggggttgaccagactcccacatccatgagtttgtaagaaagtcacagaaaatgcattatacctctttcatagcgtatagatggcctttgttttgaactaaaatgtagaagatttttaaaccctataatggagcatatagcttaattgctagaggatagatagtattccgaatcctatatttaatacaggttaaccctgatttgaataaggaaaggaggttaaaaccgggtatttaaagatagggacatataaaaacggtgtaatgaatgtttgtttgtaagagata
gi|4 : actgattgagactgactaggactaagtttatagtgcggactgtcctgaagggaccttgccacacgaggggaccgtgggggtcgaccctcggattccctggaaacggggacgggttgtcttgaagatccggaatggaatggtcctccagtgggtggtggatgggagtcgatcgcccacggatccccgcagtacatgtatattcggtggatggacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATTTA-TAGTACAGACTGCCCAGTGGGAACCCTGCTACACTTGGTATGTTGCGTCGAGTAGCCGCGATGGTGGGC--------GATCCTCCGGAAA-----------CATC--GAGGAT----AGTTG--------GGTCCTC----CAGTGGGTGGTGGAAGGGTTCa
gi|4 : gaaaatGCTT--AGTTTGTCTAAATAATTTACATGGTTGCCTAAATAT-----CCCTATTTATTGGACGAAAGCAG--AA-G-GCTA-------GT---------TATATGTG--CAGATATGT---TTAT-GGCCGATAGTATTTAACGTGGAGTTAACCATACTCGCACGTCC---ATGACTTTATGAGAAAGTCAAAGAAAATGCG-TTAGACCACTGTCTATGAGATAGATGTAGTTGGTCTCTAGCACCAA-----------TACTATTA---CGTGGTAGC------------TTGCGTGTA--TATTTAT------CTAA-TTC---AAA--CTATAAT---------AGAGTTT---TAC-------------ACCTATattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgagcttagtttgtctaaataatttacatggttgcctaaatatccctatttattggacgaaagcagaaggctagttatatgtgcagatatgtttatggccgatagtatttaacgtggagttaaccatactcgcacgtccatgactttatgagaaagtcaaagaaaatgcgttagaccactgtctatgagatagatgtagttggtctctagcaccaatactattacgtggtagcttgcgtgtatatttatctaattcaaactataatagagttttacacctatc
gi|5 : gaaaatatttatagtacagactgcccagtgggaaccctgctacacttggtatgttgcgtcgagtagccgcgatggtgggcgatcctccggaaacatcgaggatagttgggtcctccagtgggtggtggaagggttcattttctcttcctctagttgatcgtccacggatccccacagtataattgggggggggggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagtagaacccttgactggattcaggtctgaaatccaccagatgtctgaTGCTT--AATTTGTCTAGATAATTTAGATGGTTGCCTAAATATAATATCCCTATTTGATGGCCGAAAGCAG--AA-G-GATA-------GC---------TATGTGTT--CAGATGTGT---TAAATAACCGAAAGTGTT------------GACCATGCTCGCACGTCC---ATGACATTATAAGAAAGCCACAGAAAACGCG-TTGGACCACTATCGTT-AA-AGG---TAGTTGATCTCTAGCACC-GATGTGTTGATTTAAGATTATTTATTGATAGT------------TTATGTTTA--TATGTAT------CTAATTTTTTAAAG--C---AATCTA--A-A-A---TTT---GAACACATGTCCATGCCCCTTTAATG------A-----TA---GATGG-G-----ATAGGATTCTGAATCCTATATTTAAAACAGGATATACCTGTTTTAAAc
gi|6 : ccttcactggatacagagcagaaattcgccagctgtctaTAGGATAAGATTCA-TAGTGCAGACTGCCCGGTAGGGGGCCTGCTACACTTGGTCGGTTGCGTCGAGAAG--CCGATGGTGTTTGACCCTTGGATCCACTGGAAACGGGGACAAGTCTTCTTGAAGATCCGGGGATGG----TTGGGTCCTC----TAGTAGATGGAGGATGGGTCCaa
gi|7 : TAGGACATAATTTACTAGTGCGGATTGCCCTGAAGGGGCCTTGCTACACTTGGTGTGCTGCGTCGAGGGG--ACGGTGGTGGTCGAACCTCGGATCCCCTGGAAAC-GGGACGGGTCTT-TTGAAGATCC-GGGATGG----AATGGTCCTC----Cgtcccctcttc
gi|8 : AGTTTCATACACACCCACTGGAGCCTGACTGACTAGGACTTAATTTA-AAGTGCGGACTGCCCTGAAGGGGACTTGCCACACTTG
gi|9 : gcaaAGCATTA---ATTGATAGT------------TTAAGTGTACATATGTACATGTAATTAGTTTT---GAG--CTATAATATA--G-A-AGAGTTT---AAAAG-----------CCCTATAGTGGAGCATA-----TA---Gccttgcctggagccgttgg