lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11111111111111 111111 22222222 222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 333333333333333333333333333 11111111 111111
lowQualScore : 3 3 2 3 77777777777777 111111 555 1 77777 11111111 777777 3 77 3 3 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 444444444444444444444444444 888 44444444 4 111111 1 4 777 7777
lowQualScore : . . . . .............. ...... ... . ..... ........ ...... . .. . . .. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ........................... ... ........ . ...... . . ... ....
lowQualScore : 1 1 3 1 88888888888888 999999 444 4 77777 11111111 444444 3 33 1 1 88 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 777777777777777777777777777 555 55555555 0 888888 1 0 000 2222
consensus : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGCATT--CA----ACTT---G--AC-AT--T-TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AA--C-AN---TGAA------T---TAAAAA-GCACAAAAAGACAGTG--------------TTCTGAAATACT--GAA------T--AA--A--------AA--TAAGAC--------T----TTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCA------T---AA-TTGTA-T--C----AT---------AA--------AA-----T----TTCCCAATTTGACCAAAAA--------GATC---------------GATG--ATT--------TTC-CCAATCTAAATGGAC---CCGGACCCTGTACC-AA---AAAG--TGCAGCGACAG
Reference ( gi|6 ) : AACAAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGCATT--CT----ACTT---T--AC-AT--T-TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--GG--C-AT---TGAA------T---TAAAAA-GCACAAAAAGACGGTG--------------T--------------AA------T--GA--A--------AA--TAAGAC--------T----TTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCA------T---AA-TTATA-T--C----AT---------AA--------AATTTGTT----TTCCCAATTTGACCCAAAA--------GATT---------------GATG--ATT--------TTC-CCAATCTAAATGGAC---CCAGACCCTGTACC-AA---AAAG--TGCAGTGACAG
gi|7 : AACAAAT-AAATCC-AAATTTTG-T-AC----------T---GT------GAATTAATGGAGA-----TGCATTAACTTGGCATTT---G--ACCAT--T-TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------TTAA--------A--AA--C-AA---T-AA------T---TAAAAA-GCACAAAA--ACAGTGTTCTGAAATACTTCT--------------AA------T--AA--A--------AA--T-AGAC--------T----GTTTAAAT----CTTTGT---------A------T---G---TATA-T--A----AC---------AA--------A---CGTTCCCACTCCCAGTTT--C---------------ATT---------------GTTG--ATT--------TTC-CCAATATAGATGAAC------GACCCAATA---AA---AAA
gi|17 : AACAAAT-AA-TCT-AAATTTTGAT-AC----------T---AT------G---TAGTGGAGA-----TGCATT---T----AAGA---T--GA-ATAAT-TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------GCC------T--A--------A--tcag
gi|18 : gaacAAGAAAT-AAATCCTCAATATTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGATTGAGTGCATT--taaataatgatt
gi|1 : CAAAT-GAATCC-CTATTTTGGT-GC----------A---GTC-----G---TAAGG-AGA-----TGCATT--TA----ACTT---G--AC-AT--T-CGA-T-CTGGA-------------T----------------TTTAGTTTCTTATTTTGG-C------T--ACATGTAGTA--AG--C-CT---TGAA------A---TAAAAG-GCACAGAAAGACAGTG--------------TTCTG----------AAATACTTT--GAATA--------AA--TATGAA--------C----TTTTAAAT----TTTTTATAATAAATGA------TTTAAA-TTGTA-T--CAAA-AT---------AA--------AA---G--------ACCAATTTGACCATAAC--------GACC---------------AATG--ATTTAGTCATGTTT-CCAATCTAAAAGGAC---TTGGACCCTGTACC-AA---AGTA--TACAGTGCCAtaacatg
gi|9 : ggCAAAT-AAATCC-CAATT--GAG-AC----------T---GT------A---TAAGTAAGA-----TGCAGT--TT----ACTT---G--AC-AC--T-TGA-T-TTGGA-------------T----------------TTT--------------A-G------T---------------------T---TCAA------T---T-------------------TTG--------------C--------------CA------T--AA--A--------AA--TATG---------------TTTT---T----CTTTTTT-----AACA------T---AA-TTGTA-T--CTGACAT---------AACCAAA---AATTT---------TCCAATTTGACCAAAAAAT------GAT-----------------ATGCAATT--------TAT-TCAATCTAAATGGAC---CCGGACCCTGTACC-AA---AAtg
gi|2 : agtCAAAT-AA-TCC-CAATTTTG-T-AC----------T---GT------G---TAAGGGAAA-----TGATTT--CA----ACTT---G--A--A---T-TGA-TGTTGGA-------------T----------------TTG--------------G-C------T--A--------A--TA--A-ATAAGT-AA------T---TAAAAAGGCACAAAAAGACTGTG--------------TCTG-----------AA------TACGA--T--------GA--TAAAACATATTACTT----TTTTGA-------TTTTTT-----GTCT------T---AA-TT-TA-T--C----AA---------AAC-------AAATTA-T----TTCCCAATTtatac
gi|11 : atagtcCAAAT-GAATCT-CAGTTTTGAT-AC----------A---GT------G---CAAGGGATA-----TGCATT--TA----ACTT---A--AC-AT--TATGA-A-CTGGA-------------TTTTAGTTTCAGTTTAATTT--------------G-CTACTATT--A--------A--AG--C-AA---TGAAT-----T---TAAAAA-GCACATAAAGAacaaaccaattagattcgcaatagatgtcctctatactcctcttaactgtgtatcggcactcggatccacatagggtaccacaaacagggcagcga
gi|5 : tAAATTAAATCC--AGTTTTGATTCC----------T---GT------G---TAAGG-AGA-----TGCAT---CA----ACTTAACG--AC-ATG-T-TGAAT-GTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------ACAAA--C-AA---TAAA------TAATTAAAAG-CCACAAAAAGACTGTG--------------TTCTGAAATACTACGAA------T--AA--A--------AAAATAAGAC--------T----TTTTG-AT----TT-----------TCA------T---AA-TTTTATT--C----ATAAAC-----AA--------AA---G-T----ATCCCAATTTGACCAAAAA--------GATC---------------GATA----T--------TTC-CCAATCT-AACGGAC---CC-GACCCTGTACC-AA---AAAG---GCATTGatttgaaatacagcctgtggacaaaagtatcaaaacgattttattc
gi|8 : tAAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGA-----TGTATT--CA----ACTT---G--AC-AT--C-TGA-T-CCAAA-------------T------------------------------------------------------A--AA--C-AA---TTAA------TC--TAAA----CACAAAAAGACAGTG--------------CTCTGAAATACTCTGAA------T--AA--A--------AA--T-AGAC--------T----TTTTGA-------TATTGT-----ATTA------T---AA---ACA--------------------AA--------AA-----T----TTCCCAATTCAACCAAAAT--------AATA---------------GGT---ATA--------TTCTCCAATCTAGA---------CAGACCC-GGACC-AA---AAAG--TGCAGCGACA
gi|13 : agAAAT-AAATTC-CAATTTTGAG-AC----------A---AC------T---AAAGGAAGA-----TACATT---T----ATTTAAGTTGAC-AT--T-TTA-T--TGGATTTCAGTTTCATTT----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--TGAAC-AA---TGGA------T---TAAAA----ACCAAAATACTGTG--------------
gi|4 : agtgAT-CAATCC-CAATTTTGAT-ATATATAATAATT---GT------A---TAATGAAGA-----TGCATT--CA----ACTT---G--AC-AT--T-TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTA--------------G-C------T--AAC------A--AA--CAAT---TAAT------T---TAAAAA-GCAC--AAAGTCAATG--------------T--------------AC------T--GA--AATACTTTGAA--TAAAAA--------TAAACTTATAGAT----TTTTCTT-----ATTA------A---AA-TTGTA-TTAC----ATGTATAAACAAA--------AA-----T----TTCCCAATTTGACCAAAAA--------GATC---------------GATA--ATT--------TTC-CCAATATAGATTGAC---CCGGACCCTGTACC-AA---AAAG--GGCAGga
gi|14 : atAT-AAATCC-TAATTCAGAG-AC----------A---GTATACCGG---TAAGTGAAA-----TGCATT--TT----ACTT---G--AC-AC--T-TGG-T-TTAGA-------------T----------------TTc
gi|3 : atagtgatT-AAATCA-CAATTTTGAT-AC----------TAGTGT------G---TAAAGGAGA-----TGCATT--CA----ACTT---G--AC-AT--T-TGA-T-CTGGG-------------T----------------TTT--------------G-C------T--------------------AT---TGAATAAATTT---TAAAAA-ACACACTAAGACAGTA--------------TTCTGAAATACTTCGAA------T--AA--A--------AA--TGAGAC--------T----TTTT--ATTTTATTTTTTT-----ATCA------T---AA-TTGTA-T--C----ATAATCA----AA--------AA-----T----TTCCCAATTTGACCCAAAAAGATCGATGATTTGCCCATGCAATCTAGATG--ATT--------TGC-CCAATCTAGATGGAC---CTGGACCCAGTACC-AA---AAAG--TGCAgggttttttttttagttgaacatattttattcattttcaataatt
gi|10 : atT--T-TAG-T-TTAGA-------------C----------------TTT--------------G-T------T--G--------ATAAA--C-AA---TGAA------T---GAAAAA-GCACCAAAGGACA-TA--------------TTTTGAAATACTTTGAA------T--AA--A--------AA--TATG-C--------T----TTTCA---------TTTTT-----ATCA------C---AA-TTGTA-T--T----GT---------AATAAAAAAAAATTC-------TTC---ATTAGACCTAAAA--------AACC---------------AATA--ATT--------TTC-CCAATTTAAATAGTC---CCAGACCCTCTGCC-AA---AAA---TGCAGTGACAGccg
gi|16 : cAA-GCACAAAAAGACTGTG--------------TTTTGAAATACTACGAA------T--AA--A--------AA--T-AGAC--------T----TCTTG-AT----TTTTTTTGG---GTCA------T---CA-TTTTA-T--C----ATAAACA----AA--------AA-----T----TTCCCAATTTc
gi|12 : --------------T--------------AA------T--GA---------------TAAG-C--------T----TTTTCA-------TATTTT-----ATCAACATTGT---AACTTAT--T--A----AT---------CA--------AATGTATT-------CCAATCTGGCCAAAAA--------GATC---------------GATA--ATT--------TTC-CCACTCTAAATGGACTAGCTTGGAACTGTACT-AGTCTAAAGTATACAGCAACAG
gi|15 : tactttgaaTT-----ATCA------T---AA-TGA----------------------AA--------AA-----T----TTCCCACTTTAACCGTGAA--------GGTC---------------GATA--ATT--------TTC-CGACTCAAAATGGAC---CCGGACCCTCTACCAAA---AAAA--TGCAGTGACAGc
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 333333333 333333333 11111 5555555555555555555555555555555555 11111111 33333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 55555555555555 111111 555 0 77777 6666 1 555 66 2 33333333 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 7777777777 3 3 0 55 444444444 44 44 44 3 6666 3 000000000 11111 555 3 6666666666666666666666666666666666 44 9999999 3 44 3 44 7777 555 8888 22222222 3 7777 22222222222222222222222222 999999 3 3 7777 9999999 3 3 555 3 666
lowQualScore : . . . .............. ...... ... . ..... .... . ... .. . ........ . ....................................................................... . . .......... . . . .. ......... .. .. .. . .... . ......... ..... ... . .................................. .. ....... . .. . .. .... ... .... ........ . .... .......................... ...... . . .... ....... . . ... . ...
lowQualScore : 9 9 9 99999999999999 111111 000 6 11111 1111 6 000 88 9 22222222 9 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 8 5555555555 6 3 9 00 222222222 66 22 22 1 1111 3 666666666 99999 444 3 9999999999999999999999999999999999 22 4444444 1 22 3 66 1111 888 8888 11111111 3 1111 33333333333333333333333333 666666 3 3 1111 0000000 3 3 888 3 222
consensus : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA------T---T-AAAAAG-CACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--G--A--AT--AAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----AT---------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
Reference ( family-1427 ) : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACANTGAA------T---T-AAAAAG-CACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--G--A--AT--AAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----AT---------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
gi|1 : CAAAT-GAATCC-CTATTTTGGT-GC----------A---GTC-----G---TAAGG-AGA-----TGC----ATTTAACTT---GACAT--T-CGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTTAGTTTCTTATTTTGG-C------T--ACATGTAGTA--AGCCTTGAA------A---T-AAAAGG-CACAGAAAGACAGTGTTCTGAAATA--CTT----T--G--A--AT--AAAT-ATGA-AC--TTTTAAAT----TTTTTATAATAAATGATTTAAATTGTA------T--CAAA-AT---------AA-------A--A---------GACCAATT--TGA-CCATAAC--G----AC---CAAT-G--ATTTAGTCATGTTT-C----CAAT-------C------------------TAA------AA-GG-A----CTTGGACCC---T---GTACC-A-A---AG-TA--TACAGTGCCA
gi|10 : ggT--T-TAG--------T-TTAGA-------------C----------------TTT--------------G-T------T--G--------ATAAACAATGAA------T---G-AAAAAG-CACCAAAGGACA-TATTTTGAAATA--C------TTTG--A--AT--AAAA-ATATG-C-TTTTCA---------TTTTT-----ATCAC---AATTGTA------T--T----GT---------AATAAAAAAA--A-----A-T-TCTTCATT--AGA-CCTAAAA--A----AC---CAAT-A--ATT--------TTC-C----CAAT-------T------------------TAA------AT-AG-T----CCCAGACCC---T---CTGCC-A-A---AA-A---TGCAGTGACAGtg
gi|11 : cCAAAT-GAATCT-CAGTTTTGAT-AC----------A---GT------G---CAAGGGATA-----TGC----ATTTAACTT---AACAT--TATGA--------A-CTGGA-------------TTTTAGTTTCAGTTTAATTT--------------G-CTACTATT--A--------A--AGCAATGAAT-----T---T-AAAAAG-CACATAAAGA-A----TTTGAAATA--CAGCCTGT--G--G--AC--AAAA-GTAc
gi|12 : t------T--G--A--AT--AATG-ATAAG-C-TTTTTCA-------TATTTT-----ATCAA---CATTGTAACTTATT--A----AT---------CA-------A--A-----TGTATTCCAATC--TGG-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----CACT-------C------------------TAA------AT-GG-ACTAGCTTGGA-AC---T---GTACT-A-GTCTAA-AGTATACAGCAACAGtcaaaacgattttattc
gi|13 : tacttAAAT-AAATTC-CAATTTTGAG-AC----------A---AC------T---AAAGGAAGA-----TACATTTATTTAAGTT---GACAT--T-TTA--------T--TGGATTTCAGTTTCATTT----------------TTT--------------G-C------T--A--------ATGAACAATGGA------T---T-AAAA----ACCAAAATACTGTGc
gi|14 : agtgAT-AAATCC-TAATTCAGAG-AC----------A---GTATACCGG---TAAGTGAAA-----TGC----ATTTTACTT---GACAC--T-TGG--------T-TTAGA-------------T----------------TTga
gi|15 : atagtgatTT-----ATCAT---AATGA---------------------------AA-------A--A-----T-T-TCCCACTT--TAA-CCGTGAA--G----GT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----GACT-------C------------------AAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---CTACCAA-A---AA-AA--TGCAGTGACAGgggttttttttttagttgaacatattttattcattttcaataatt
gi|16 : AAG-CACAAAAAGACTGTGTTTTGAAATA--C------TACG--A--AT--AAAA-AT-AGAC-TTCTTG-AT----TTTTTTTGG---GTCAT---CATTTTA------T--C----ATAAACA----AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--Tcc
gi|17 : AACAAAT-AA-TCT-AAATTTTGAT-AC----------T---AT------G---TAGTGGAGA-----TGC----ATTTAAGAT---GA-ATAAT-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------GCC------T--AAT------A--AATAATGA
gi|18 : gaacAAGAAAT-AAATCCTCAATATTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGATTGAGTGC----ATTTAACAT---Gtt
gi|2 : CAAAT-AA-TCC-CAATTTTG-T-AC----------T---GT------G---TAAGGGAAA-----TGA----TTTCAACTT---GA-AT--T--GA--------TGTTGGA-------------T----------------TTG--------------G-C------T--A--------ATAAATAAGTAA------T---T-AAAAAGGCACAAAAAGACTGTG-TCTG-AATA--C---------G--ATGAT--AAAACATATTACTTTTTTGA-------TTTTTT-----GTCTT---AATT-TA------T--CAAA-AC---------AA-------ATTA-----T-T-TCCCAATTACAAA-CCAATTA--G----ATTCGCAATAG--ATG--------TCC-T----CTATACTCCTCT------------------TAACTGTGTATCGGCA----CTCGGATCCACATAGGGTACC-ACA---AACAG--GGCAGCGA
gi|3 : atagtcT-AAATCA-CAATTTTGAT-AC----------TAGTGT------G---TAAAGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGG-------------T----------------TTT--------------G-C------T-----------------ATTGAATAAATTT---T-AAAAAA-CACACTAAGACAGTATTCTGAAATA--C------TTCG--A--AT--AAAA-ATGAGAC-TTTTT--ATTTTATTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----ATAATCA----AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGACCCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TGC-CCATGCAAT-------CTAGATGATTTGCCCAATCTAG------AT-GG-A----CCTGGACCC---A---GTACC-A-A---AA-AG--TGCACCG
gi|4 : atAT-CAATCC-CAATTTTGAT-ATATATAATAATT---GT------A---TAATGAAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTA--------------G-C------T--A--------ACAAACAATTAA------T---TTAAAAAG-CACAAA--GTCAATGTACTGAAATA--C------TTTG--A--AT--AAAA-ATAA-AC-TTATAGA-T----TTTTCTT-----ATTAA---AATTGTA------TTAC----ATGTATAAACAAA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----CAAT-------A------------------TAG------AT-TG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--GGCAGC
gi|5 : atAAATTAAATCC--AGTTTTGATTCC----------T---GT------G---TAAGG-AGA-----TGC----AT-CAACTTAACGACATG-T-TGAA-------T-GTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------ACAAACAATAAA------TAATT-AAAAGC-CACAAAAAGACTGTGTTCTGAAATA--C------TACG--A--ATAAAAAA-ATAAGAC-TTTTTG-AT----TT-----------TCAT---AATTTTAT-----T--C----ATAAACA----AA-------A--G-----T-A-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A----T--------TTC-C----CAAT-------C------------------T-A------AC-GG-A----CCC-GACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG---GCA
gi|6 : tAACAAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCTACTT---TACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--GGCATTGAA------T---T-AAAAAG-CACAAAAAGACGGTGT------------------------A--AT--GAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTATA------T--C----AT---------AA-------A--ATTTGTT-T-TCCCAATT--TGA-CCCAAAA--G----AT---TGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCAGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGTGACAGttg
gi|7 : AACAAAT-AAATCC-AAATTTTG-T-AC----------T---GT------GAATTAATGGAGA-----TGC----ATT-AACTT---GGCAT--T-TGACCATTTGAT-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------TTAA--------A--AACAAT-AA------T---T-AAAAAG-CACAAAAA--CAGTGTTCTGAAATA--C------T--TCTA--AT--AAAA-ATA-GAC-TGTTTAAAT----CTTTGT---------AT---G--TATA------T--A----AC---------AA-------A--C-----G-T-TCCCACTC------CCA------GTTTCAT---TGTT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------A------------------TAG------AT-GA-A----C---GACCC---A---ATA---A-A---AA-A
gi|8 : AAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGA-----TGT----ATTCAACTT---GACAT--C-TGA--------T-CCAAA-------------T------------------------------------------------------A--AACAATTAA------TC--T-AAA----CACAAAAAGACAGTGCTCTGAAATACTC------T--G--A--AT--AAAA-AT-AGAC-TTTTTGA-------TATTGT-----ATTAT---AA----A---------C----A----------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--CAA-CCAAAAT--A----AT---AGGT----ATA--------TTCTC----CAAT-------C------------------TAG------AC-AG-A----CCCGG-------------ACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAtcag
gi|9 : agCAAAT-AAATCC-CAATT--GAG-AC----------T---GT------A---TAAGTAAGA-----TGC----AGTTTACTT---GACAC--T-TGA--------T-TTGGA-------------T----------------TTT--------------
gi|9 : agt--AT--AAAA-ATATG----TTTT---T----CTTTTTT-----AACAT---AATTGTA------T--CTGACAT---------AACCAAA--A--A-----T-T-TTCCAATT--TGA-CCAAAAAATG----AT-----AT-GCAATT--------TAT-T----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-agtttcaattttgccataaaaatatgtttttcttttttaacataattgtatctgacataaccaaaaattttccaatttgaccaaaaaatgatatgcaatttattcaatctaaatggacccggaccctgtaccaaaatatac
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 333333333 333333333 11111 5555555555555555555555555555555555 11111111 33333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 55555555555555 111111 555 0 77777 6666 1 555 66 2 33333333 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 222222 3 3 0 55 444444444 44 44 44 3 6666 3 000000000 11111 555 3 6666666666666666666666666666666666 44 9999999 3 44 3 44 7777 555 8888 22222222 3 7777 22222222222222222222222222 999999 3 3 7777 9999999 3 3 555 3 666
lowQualScore : . . . .............. ...... ... . ..... .... . ... .. . ........ . ....................................................................... . ...... . . . .. ......... .. .. .. . .... . ......... ..... ... . .................................. .. ....... . .. . .. .... ... .... ........ . .... .......................... ...... . . .... ....... . . ... . ...
lowQualScore : 9 9 9 99999999999999 111111 000 6 11111 1111 6 000 88 9 22222222 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 000000 6 3 9 00 222222222 66 22 22 1 1111 3 666666666 99999 444 3 9999999999999999999999999999999999 22 4444444 1 22 3 66 1111 888 8888 11111111 3 1111 33333333333333333333333333 666666 3 3 1111 0000000 3 3 888 3 222
consensus : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA--T---T-AAAAA-GCACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--G--A--AT--AAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----AT---------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
Reference ( family-1427 ) : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA--T---T-AAAAA-GCACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--G--A--AT--AAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----AT---------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
gi|1 : CAAAT-GAATCC-CTATTTTGGT-GC----------A---GTC-----G---TAAGG-AGA-----TGC----ATTTAACTT---GACAT--T-CGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTTAGTTTCTTATTTTGG-C------T--ACATGTAGTA--AGCCTTGAA--A---T-AAAAG-GCACAGAAAGACAGTGTTCTGAAATA--CTT----T--G--A--AT--AAAT-ATGA-AC--TTTTAAAT----TTTTTATAATAAATGATTTAAATTGTA------T--CAAA-AT---------AA-------A--A---------GACCAATT--TGA-CCATAAC--G----AC---CAAT-G--ATTTAGTCATGTTT-C----CAAT-------C------------------TAA------AA-GG-A----CTTGGACCC---T---GTACC-A-A---AG-TA--TACAGTGCCA
gi|10 : ggT--T-TAG--------T-TTAGA-------------C----------------TTT--------------G-T------T--G--------ATAAACAATGAA--T---G-AAAAA-GCACCAAAGGACA-TATTTTGAAATA--C------TTTG--A--AT--AAAA-ATATG-C-TTTTCA---------TTTTT-----ATCAC---AATTGTA------T--T----GT---------AATAAAAAAA--A-----A-T-TCTTCATT--AGA-CCTAAAA--A----AC---CAAT-A--ATT--------TTC-C----CAAT-------T------------------TAA------AT-AG-T----CCCAGACCC---T---CTGCC-A-A---AA-A---TGCAGTGACAGtg
gi|11 : cCAAAT-GAATCT-CAGTTTTGAT-AC----------A---GT------G---CAAGGGATA-----TGC----ATTTAACTT---AACAT--TATGA--------A-CTGGA-------------TTTTAGTTTCAGTTTAATTT--------------G-CTACTATT--A--------A--AGCAATGAAT-T---T-AAAAA-GCACATAAAGA-A----TTTGAAATA--CAGCCTGT--G--G--AC--AAAA-GTAc
gi|12 : t------T--G--A--AT--AATG-ATAAG-C-TTTTTCA-------TATTTT-----ATCAA---CATTGTAACTTATT--A----AT---------CA-------A--A-----TGTATTCCAATC--TGG-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----CACT-------C------------------TAA------AT-GG-ACTAGCTTGGA-AC---T---GTACT-A-GTCTAA-AGTATACAGCAACAGtcaaaacgattttattc
gi|13 : tacttAAAT-AAATTC-CAATTTTGAG-AC----------A---AC------T---AAAGGAAGA-----TACATTTATTTAAGTT---GACAT--T-TTA--------T--TGGATTTCAGTTTCATTT----------------TTT--------------G-C------T--A--------ATGAACAATGGA--T---T-AAAA----ACCAAAATACTGTGc
gi|14 : agtgAT-AAATCC-TAATTCAGAG-AC----------A---GTATACCGG---TAAGTGAAA-----TGC----ATTTTACTT---GACAC--T-TGG--------T-TTAGA-------------T----------------TTga
gi|15 : atagtgatTT-----ATCAT---AATGA---------------------------AA-------A--A-----T-T-TCCCACTT--TAA-CCGTGAA--G----GT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----GACT-------C------------------AAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---CTACCAA-A---AA-AA--TGCAGTGACAGgggttttttttttagttgaacatattttattcattttcaataatt
gi|16 : AA-GCACAAAAAGACTGTGTTTTGAAATA--C------TACG--A--AT--AAAA-AT-AGAC-TTCTTG-AT----TTTTTTTGG---GTCAT---CATTTTA------T--C----ATAAACA----AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--Tcc
gi|17 : AACAAAT-AA-TCT-AAATTTTGAT-AC----------T---AT------G---TAGTGGAGA-----TGC----ATTTAAGAT---GA-ATAAT-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------GCC------T--AAT------A--AATAATGA
gi|18 : gaacAAGAAAT-AAATCCTCAATATTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGATTGAGTGC----ATTTAACAT---Gtt
gi|2 : CAAAT-AA-TCC-CAATTTTG-T-AC----------T---GT------G---TAAGGGAAA-----TGA----TTTCAACTT---GA-A---T-TGA--------TGTTGGA-------------T----------------TTG--------------G-C------T--AAT------A--AATAAGTAA--T---T-AAAAAGGCACAAAAAGACTGTG-TCTG-AATA--C---------G--ATGAT--AAAACATATTACTTTTTTGA-------TTTTTT-----GTCTT---AATT-TA------T--CAAA-AC---------AA-------ATTA-----T-T-TCCCAATTACAAA-CCAATTA--G----ATTCGCAATAG--ATG--------TCC-T----CTATACTCCTCT------------------TAACTGTGTATCGGCA----CTCGGATCCACATAGGGTACC-ACA---AACAG--GGCAGCGA
gi|3 : atagtcT-AAATCA-CAATTTTGAT-AC----------TAGTGT------G---TAAAGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGG-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------T--TG-AATAAATTT---T-AAAAA-ACACACTAAGACAGTATTCTGAAATA--C------TTCG--A--AT--AAAA-ATGAGAC-TTTTT--ATTTTATTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----ATAATCA----AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGACCCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TGC-CCATGCAAT-------CTAGATGATTTGCCCAATCTAG------AT-GG-A----CCTGGACCC---A---GTACC-A-A---AA-AG--TGCACCG
gi|4 : atAT-CAATCC-CAATTTTGAT-ATATATAATAATT---GT------A---TAATGAAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTA--------------G-C------T--A--------ACAAACAATTAA--T---TTAAAAA-GCACAAA--GTCAATGTACTGAAATA--C------TTTG--A--AT--AAAA-ATAA-AC-TTATAGA-T----TTTTCTT-----ATTAA---AATTGTA------TTAC----ATGTATAAACAAA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----CAAT-------A------------------TAG------AT-TG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--GGCAGC
gi|5 : atAAATTAAATCC--AGTTTTGATTCC----------T---GT------G---TAAGG-AGA-----TGC----AT-CAACTTAACGACATG-T-TGAA-------T-GTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------ACAAACAATAAA--TAATT-AAAAG-CCACAAAAAGACTGTGTTCTGAAATA--C------TACG--A--ATAAAAAA-ATAAGAC-TTTTTG-AT----TT-----------TCAT---AATTTTAT-----T--C----ATAAACA----AA-------A--G-----T-A-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A----T--------TTC-C----CAAT-------C------------------T-A------AC-GG-A----CCC-GACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG---GCA
gi|6 : tAACAAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCTACTT---TACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--GGCATTGAA--T---T-AAAAA-GCACAAAAAGACGGTGT------------------------A--AT--GAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTATA------T--C----AT---------AA-------A--ATTTGTT-T-TCCCAATT--TGA-CCCAAAA--G----AT---TGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCAGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGTGACAGttg
gi|7 : AACAAAT-AAATCC-AAATTTTG-T-AC----------T---GT------GAATTAATGGAGA-----TGC----ATT-AACTT---GGCAT--T-TGACCATTTGAT-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------TTAA--------A--AACAAT-AA--T---T-AAAAA-GCACAAAAA--CAGTGTTCTGAAATA--C------T--TCTA--AT--AAAA-ATA-GAC-TGTTTAAAT----CTTTGT---------AT---G--TATA------T--A----AC---------AA-------A--C-----G-T-TCCCACTC------CCA------GTTTCAT---TGTT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------A------------------TAG------AT-GA-A----C---GACCC---A---ATA---A-A---AA-A
gi|8 : AAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGA-----TGT----ATTCAACTT---GACAT--C-TGA--------T-CCAAA-------------T------------------------------------------------------A--AACAATTAA--TC--T-AAA----CACAAAAAGACAGTGCTCTGAAATACTC------T--G--A--AT--AAAA-AT-AGAC-TTTTTGA-------TATTGT-----ATTAT---AA----A---------C----A----------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--CAA-CCAAAAT--A----AT---AGGT----ATA--------TTCTC----CAAT-------C------------------TAG------AC-AG-A----CCCGG-------------ACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAtcag
gi|9 : agCAAAT-AAATCC-CAATT--GAG-AC----------T---GT------A---TAAGTAAGA-----TGC----AGTTTACTT---GACAC--T-TGA--------T-TTGGA-------------T----------------TTT--------------
gi|9 : agt--AT--AAAA-ATATG----TTTT---T----CTTTTTT-----AACAT---AATTGTA------T--CTGACAT---------AACCAAA--A--A-----T-T-TTCCAATT--TGA-CCAAAAAATG----AT-----AT-GCAATT--------TAT-T----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-agtttcaattttgccataaaaatatgtttttcttttttaacataattgtatctgacataaccaaaaattttccaatttgaccaaaaaatgatatgcaatttattcaatctaaatggacccggaccctgtaccaaaatatac
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 333333333 333333333 11111 5555555555555555555555555555555555 11111111 33333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 55555555555555 111111 555 0 77777 6666 1 555 66 2 33333333 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 222222 3 3 0 55 444444444 44 44 44 3 6666 3 000000000 11111 555 3 6666666666666666666666666666666666 44 9999999 3 44 3 44 7777 555 8888 22222222 3 7777 22222222222222222222222222 999999 3 3 7777 9999999 3 3 555 3 666
lowQualScore : . . . .............. ...... ... . ..... .... . ... .. . ........ . ....................................................................... . ...... . . . .. ......... .. .. .. . .... . ......... ..... ... . .................................. .. ....... . .. . .. .... ... .... ........ . .... .......................... ...... . . .... ....... . . ... . ...
lowQualScore : 9 9 9 99999999999999 111111 000 6 11111 1111 6 000 88 9 22222222 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 000000 6 3 9 00 222222222 66 22 22 1 1111 3 666666666 99999 444 3 9999999999999999999999999999999999 22 4444444 1 22 3 66 1111 888 8888 11111111 3 1111 33333333333333333333333333 666666 3 3 1111 0000000 3 3 888 3 222
consensus : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA--T---T-AAAAA-GCACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--G--A--AT--AAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----AT---------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
Reference ( family-1427 ) : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA--T---T-AAAAA-GCACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--G--A--AT--AAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----AT---------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
gi|1 : CAAAT-GAATCC-CTATTTTGGT-GC----------A---GTC-----G---TAAGG-AGA-----TGC----ATTTAACTT---GACAT--T-CGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTTAGTTTCTTATTTTGG-C------T--ACATGTAGTA--AGCCTTGAA--A---T-AAAAG-GCACAGAAAGACAGTGTTCTGAAATA--CTT----T--G--A--AT--AAAT-ATGA-AC--TTTTAAAT----TTTTTATAATAAATGATTTAAATTGTA------T--CAAA-AT---------AA-------A--A---------GACCAATT--TGA-CCATAAC--G----AC---CAAT-G--ATTTAGTCATGTTT-C----CAAT-------C------------------TAA------AA-GG-A----CTTGGACCC---T---GTACC-A-A---AG-TA--TACAGTGCCA
gi|10 : ggT--T-TAG--------T-TTAGA-------------C----------------TTT--------------G-T------T--G--------ATAAACAATGAA--T---G-AAAAA-GCACCAAAGGACA-TATTTTGAAATA--C------TTTG--A--AT--AAAA-ATATG-C-TTTTCA---------TTTTT-----ATCAC---AATTGTA------T--T----GT---------AATAAAAAAA--A-----A-T-TCTTCATT--AGA-CCTAAAA--A----AC---CAAT-A--ATT--------TTC-C----CAAT-------T------------------TAA------AT-AG-T----CCCAGACCC---T---CTGCC-A-A---AA-A---TGCAGTGACAGtg
gi|11 : cCAAAT-GAATCT-CAGTTTTGAT-AC----------A---GT------G---CAAGGGATA-----TGC----ATTTAACTT---AACAT--TATGA--------A-CTGGA-------------TTTTAGTTTCAGTTTAATTT--------------G-CTACTATT--A--------A--AGCAATGAAT-T---T-AAAAA-GCACATAAAGA-A----TTTGAAATA--CAGCCTGT--G--G--AC--AAAA-GTAc
gi|12 : t------T--G--A--AT--AATG-ATAAG-C-TTTTTCA-------TATTTT-----ATCAA---CATTGTAACTTATT--A----AT---------CA-------A--A-----TGTATTCCAATC--TGG-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----CACT-------C------------------TAA------AT-GG-ACTAGCTTGGA-AC---T---GTACT-A-GTCTAA-AGTATACAGCAACAGtcaaaacgattttattc
gi|13 : tacttAAAT-AAATTC-CAATTTTGAG-AC----------A---AC------T---AAAGGAAGA-----TACATTTATTTAAGTT---GACAT--T-TTA--------T--TGGATTTCAGTTTCATTT----------------TTT--------------G-C------T--A--------ATGAACAATGGA--T---T-AAAA----ACCAAAATACTGTGc
gi|14 : agtgAT-AAATCC-TAATTCAGAG-AC----------A---GTATACCGG---TAAGTGAAA-----TGC----ATTTTACTT---GACAC--T-TGG--------T-TTAGA-------------T----------------TTga
gi|15 : atagtgatTT-----ATCAT---AATGA---------------------------AA-------A--A-----T-T-TCCCACTT--TAA-CCGTGAA--G----GT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----GACT-------C------------------AAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---CTACCAA-A---AA-AA--TGCAGTGACAGgggttttttttttagttgaacatattttattcattttcaataatt
gi|16 : AA-GCACAAAAAGACTGTGTTTTGAAATA--C------TACG--A--AT--AAAA-AT-AGAC-TTCTTG-AT----TTTTTTTGG---GTCAT---CATTTTA------T--C----ATAAACA----AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--Tcc
gi|17 : AACAAAT-AA-TCT-AAATTTTGAT-AC----------T---AT------G---TAGTGGAGA-----TGC----ATTTAAGAT---GA-ATAAT-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------GCC------T--AAT------A--AATAATGA
gi|18 : gaacAAGAAAT-AAATCCTCAATATTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGATTGAGTGC----ATTTAACAT---Gtt
gi|2 : CAAAT-AA-TCC-CAATTTTG-T-AC----------T---GT------G---TAAGGGAAA-----TGA----TTTCAACTT---GA-A---T-TGA--------TGTTGGA-------------T----------------TTG--------------G-C------T--AAT------A--AATAAGTAA--T---T-AAAAAGGCACAAAAAGACTGTG-TCTG-AATA--C---------G--ATGAT--AAAACATATTACTTTTTTGA-------TTTTTT-----GTCTT---AATT-TA------T--CAAA-AC---------AA-------ATTA-----T-T-TCCCAATTACAAA-CCAATTA--G----ATTCGCAATAG--ATG--------TCC-T----CTATACTCCTCT------------------TAACTGTGTATCGGCA----CTCGGATCCACATAGGGTACC-ACA---AACAG--GGCAGCGA
gi|3 : atagtcT-AAATCA-CAATTTTGAT-AC----------TAGTGT------G---TAAAGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGG-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------T--TG-AATAAATTT---T-AAAAA-ACACACTAAGACAGTATTCTGAAATA--C------TTCG--A--AT--AAAA-ATGAGAC-TTTTT--ATTTTATTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----ATAATCA----AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGACCCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TGC-CCATGCAAT-------CTAGATGATTTGCCCAATCTAG------AT-GG-A----CCTGGACCC---A---GTACC-A-A---AA-AG--TGCACCG
gi|4 : atAT-CAATCC-CAATTTTGAT-ATATATAATAATT---GT------A---TAATGAAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTA--------------G-C------T--A--------ACAAACAATTAA--T---TTAAAAA-GCACAAA--GTCAATGTACTGAAATA--C------TTTG--A--AT--AAAA-ATAA-AC-TTATAGA-T----TTTTCTT-----ATTAA---AATTGTA------TTAC----ATGTATAAACAAA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----CAAT-------A------------------TAG------AT-TG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--GGCAGC
gi|5 : atAAATTAAATCC--AGTTTTGATTCC----------T---GT------G---TAAGG-AGA-----TGC----AT-CAACTTAACGACATG-T-TGAA-------T-GTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------ACAAACAATAAA--TAATT-AAAAG-CCACAAAAAGACTGTGTTCTGAAATA--C------TACG--A--ATAAAAAA-ATAAGAC-TTTTTG-AT----TT-----------TCAT---AATTTTAT-----T--C----ATAAACA----AA-------A--G-----T-A-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-A----T--------TTC-C----CAAT-------C------------------T-A------AC-GG-A----CCC-GACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG---GCA
gi|6 : tAACAAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCTACTT---TACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--GGCATTGAA--T---T-AAAAA-GCACAAAAAGACGGTGT------------------------A--AT--GAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTATA------T--C----AT---------AA-------A--ATTTGTT-T-TCCCAATT--TGA-CCCAAAA--G----AT---TGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCAGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGTGACAGttg
gi|7 : AACAAAT-AAATCC-AAATTTTG-T-AC----------T---GT------GAATTAATGGAGA-----TGC----ATT-AACTT---GGCAT--T-TGACCATTTGAT-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------TTAA--------A--AACAAT-AA--T---T-AAAAA-GCACAAAAA--CAGTGTTCTGAAATA--C------T--TCTA--AT--AAAA-ATA-GAC-TGTTTAAAT----CTTTGT---------AT---G--TATA------T--A----AC---------AA-------A--C-----G-T-TCCCACTC------CCA------GTTTCAT---TGTT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------A------------------TAG------AT-GA-A----C---GACCC---A---ATA---A-A---AA-A
gi|8 : AAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGA-----TGT----ATTCAACTT---GACAT--C-TGA--------T-CCAAA-------------T------------------------------------------------------A--AACAATTAA--TC--T-AAA----CACAAAAAGACAGTGCTCTGAAATACTC------T--G--A--AT--AAAA-AT-AGAC-TTTTTGA-------TATTGT-----ATTAT---AA----A---------C----A----------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--CAA-CCAAAAT--A----AT---AGGT----ATA--------TTCTC----CAAT-------C------------------TAG------AC-AG-A----CCCGG-------------ACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAtcag
gi|9 : agCAAAT-AAATCC-CAATT--GAG-AC----------T---GT------A---TAAGTAAGA-----TGC----AGTTTACTT---GACAC--T-TGA--------T-TTGGA-------------T----------------TTT--------------
gi|9 : agt--AT--AAAA-ATATG----TTTT---T----CTTTTTT-----AACAT---AATTGTA------T--CTGACAT---------AACCAAA--A--A-----T-T-TTCCAATT--TGA-CCAAAAAATG----AT-----AT-GCAATT--------TAT-T----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-agtttcaattttgccataaaaatatgtttttcttttttaacataattgtatctgacataaccaaaaattttccaatttgaccaaaaaatgatatgcaatttattcaatctaaatggacccggaccctgtaccaaaatatac
blockSeqs : T T T ATATAATAATT ATACCG AAT TTGAG ATTT T AAC AA A CCATTTGA G TTTTAGTTTCAGTTTAATTTGCTACTATTAA G TAAT T G CT AGCCTGT CT TG AA C ATTA T ATTTTAT GG . G TTACATGTATAAACAAA TT TTTGTT A AC C AT TTTC TCG GCA . T CATG CTAGATGATTTGCCCAATC CTGTGT C C CTAG ACATAGG A C TCT C TAT
blockSeqs : . . . TAGT . . . . T . G . A . TTTCAGTTTCATTTTTTGCTAATG G TTT . . . TTT . . . . GAGA . GAATT . . G TCTGACATAACCAAA . TG . . . . . . AG . . . ACTCCTCT . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . A . . . . T . . . . . TTTTGCCTAATA G TT . . . TAC . . . . AAGA . AAATC . . A TTGTAATAAAAAA . A . . . . . . A . . . T . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . A . . . . T . . . . . CTTTGTTGATA G TC . . . TTC . . . . AAGA . GATT . . T ACTTATTAATCA . T . . . . . . A . . . C . . . . T . . . . G
blockSeqs : . . . A . . . . T . . . . . TTTGGCTAATA T T . . . TTT . . . . ATG . GATT . . G TTCATAAACAAA . T . . . . . . A . . . C . . . . A . . . . T
blockSeqs : . . . T . . . . C . . . . . TTTAGCTAACA A T . . . TAC . . . . AAG . GATT . . G TCATAAACAAA . T . . . . . . G . . . A . . . . T . . . . G
blockSeqs : . . . T . . . . C . . . . . TTTTGCTAACA T T . . . T . . . . AGA . CA . . T TCATAATCAAA . T . . . . . . A . . . C . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . T . . . . C . . . . . TTTTGCTTAAA A T . . . T . . . . AAA . GA . . A TCAAAACAA . T . . . . . . A . . . C . . . . T . . . . T
blockSeqs : . . . T . . . . C . . . . . TTTTGCTAT G T . . . T . . . . AGA . GA . . A TCATAA . T . . . . . . G . . . A . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . C . . . . . TTTTGCTAA T T . . . . . . . . AGA . TC . . G TAACAA . G . . . . . . G . . . C . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . C . . . . . TA . . . . . . . ATG . A . . . CAAA . T . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . AA . T . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ****** GATT***** ***** *** TCATAAACAAA*********************** T****** ********
originalCons : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA--T---T-AAAAA-GCACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--G--A--AT--AAAA-ATAAGAC-TTTTTGAAT----TTTTTTT-----ATCAT---AATTGTA------T--C----AT---------AA-------A--A-----T-T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
finalCons : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T-TGA--------T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA--T---T-AAAAA-GCACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--G--A--AT--AAAA-ATAAGAC-TTTTTGATT-----TTTTTT-----ATCAT---AATTGTATCATAAACAAA-----------------------A--AT------T-TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--G----AT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 333333333 11111111111111111111111 111111 11111111 33333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 55555555555555 111111 555 0 77777 6666 1 555 66 33333333 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 111111 3 0 55 888888888 44 3 44 6666 3 77 2 33333333333333333333333 44 333333 888888 0 3 3 77777 77777 44 3 44 555 8888 22222222 3 7777 22222222222222222222222222 999999 3 3 7777 9999999 3 3 555 3 666
lowQualScore : . . . .............. ...... ... . ..... .... . ... .. ........ . . ....................................................................... . . ...... . . .. ......... .. . .. .... . .. . ....................... .. ...... ...... . . . ..... ..... .. . .. ... .... ........ . .... .......................... ...... . . .... ....... . . ... . ...
lowQualScore : 9 9 9 99999999999999 111111 000 6 11111 1111 6 000 88 22222222 9 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 6 888888 3 9 00 888888888 22 1 22 1111 3 88 5 55555555555555555555555 22 888888 888888 5 1 1 77777 77777 22 3 66 888 8888 11111111 3 1111 33333333333333333333333333 666666 3 3 1111 0000000 3 3 888 3 222
consensus : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T--------TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA-T---T--AAAAA-GCACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T-CGA--ATAAAA-A--TAAGAC-TTTTTG-ATTTT----TTTT-----A--TCAT---AATTGTA--T-C----A------TAAA-CAAA-AA-----TT-----TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--GAT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
Reference ( family-1427 ) : AACAAAT-AAATCC-CAATTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T--------TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--AACAATGAA-T---T--AAAAA-GCACAAAAAGACAGTGTTCTGAAATA--C------T--GA--ATAAAA-A--TAAGAC-TTTTTG-ATTTT----TTTT-----A--TCAT---AATTGTA--T-C----A------TAAA-CAAA-AA-----TT-----TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--GAT---CGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAG
gi|1 : CAAAT-GAATCC-CTATTTTGGT-GC----------A---GTC-----G---TAAGG-AGA-----TGC----ATTTAACTT---GACAT--T--------CGA-T-CTGGA-------------T----------------TTTAGTTTCTTATTTTGG-C------T--ACATGTAGTA--AGCCTTGAA-A---T--AAAAG-GCACAGAAAGACAGTGTTCTGAAATA--CTT----T--GA--ATAAAT-A--TGA-AC-TTTTAA-ATTTT----TTATAATAAA--TGATTTAAATTGTA--T-C----A-------AAA-TAAA-AG-------------ACCAATT--TGA-CCATAAC--GAC---CAAT-G--ATTTAGTCATGTTT-C----CAAT-------C------------------TAA------AA-GG-A----CTTGGACCC---T---GTACC-A-A---AG-TA--TACAGTGCCA
gi|10 : ggT--T--------TAG-T-TTAGA-------------C----------------TTT--------------G-T------T--G--------ATAAACAATGAA-T---G--AAAAA-GCACCAAAGGACA-TATTTTGAAATA--C------TTTGA--ATAAAA-A--TATG-C-TTTTCA-----T----TTTT-----A--TCAC---AATTGTA--T-TGTA-A------TAAA-AAAA-AA-----TT-----CTTCA-TT--AGA-CCTAAAA--AAC---CAAT-A--ATT--------TTC-C----CAAT-------T------------------TAA------AT-AG-T----CCCAGACCC---T---CTGCC-A-A---AA-A---TGCAGTGACAGtg
gi|11 : cCAAAT-GAATCT-CAGTTTTGAT-AC----------A---GT------G---CAAGGGATA-----TGC----ATTTAACTT---AACAT--TA-------TGA-A-CTGGA-------------TTTTAGTTTCAGTTTAATTT--------------G-CTACTATT--A--------A--AGCAATGAATT---T--AAAAA-GCACATAAAGA-A----TTTGAAATA--CAGCCTGT--GG--ACAAAA-G--TAc
gi|12 : t------T--GA--ATAATG-A--TAAG-C-TTTTTC-ATATT----TT-------A--TCAA---CATTGTAACT-T----A------TTAATCAAA-TG-----TA-----TTCCAATC--TGG-CCAAAAA--GAT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----CACT-------C------------------TAA------AT-GG-ACTAGCTTGGA-AC---T---GTACT-A-GTCTAA-AGTATACAGCAACAGtcaaaacgattttattc
gi|13 : tacttAAAT-AAATTC-CAATTTTGAG-AC----------A---AC------T---AAAGGAAGA-----TACATTTATTTAAGTT---GACAT--T--------TTA-T--TGGATTTCAGTTTCATTT----------------TTT--------------G-C------T--A--------ATGAACAATGGA-T---T--AAAA----ACCAAAATACTGTGc
gi|14 : agtgAT-AAATCC-TAATTCAGAG-AC----------A---GTATACCGG---TAAGTGAAA-----TGC----ATTTTACTT---GACAC--T--------TGG-T-TTAGA-------------T----------------TTga
gi|15 : atagtgatTA--T-C----A------TAAT-GAAA-AA-----TT-----TCCCACTT--TAA-CCGTGAA--GGT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----GACT-------C------------------AAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---CTACCAA-A---AA-AA--TGCAGTGACAGgggttttttttttagttgaacatattttattcattttcaataatt
gi|16 : tAA-GCACAAAAAGACTGTGTTTTGAAATA--C------TACGA--ATAAAA-A--TA-GAC-TTCTTG-ATTTT----TTTT-----GGGTCAT---CATTTTA--T-C----A------TAAA-CAAA-AA-----TT-----TCCCAATT--Tcc
gi|17 : AACAAAT-AA-TCT-AAATTTTGAT-AC----------T---AT------G---TAGTGGAGA-----TGC----ATTTAAGAT---GA-ATAAT--------TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------GCC------T--AAT------A--AATAATGA
gi|18 : gaacAAGAAAT-AAATCCTCAATATTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGATTGAGTGC----ATTTAACAT---Gtt
gi|2 : CAAAT-AA-TCC-CAATTTTG-T-AC----------T---GT------G---TAAGGGAAA-----TGA----TTTCAACTT---GA-A---T--------TGA-TGTTGGA-------------T----------------TTG--------------G-C------T--AAT------A--AATAAGTAA-T---T--AAAAAGGCACAAAAAGACTGTG-TCTG-AATA--C---------GATGATAAAACA--TATTACTTTTTTG-A--TT----TTTT-----G--TCTT---AATT-TA--T-C----A-------AAA-CAAATTA-----TT-----TCCCAATTACAAA-CCAATTA--GATTCGCAATAG--ATG--------TCC-T----CTATACTCCTCT------------------TAACTGTGTATCGGCA----CTCGGATCCACATAGGGTACC-ACA---AACAG--GGCAGCGA
gi|3 : atagtcT-AAATCA-CAATTTTGAT-AC----------TAGTGT------G---TAAAGGAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T--------TGA-T-CTGGG-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------T--TG-AATAAA-T---TTTAAAAA-ACACACTAAGACAGTATTCTGAAATA--C------TTCGA--ATAAAA-A--TGAGAC-TTTTT--ATTTTATTTTTTT-----A--TCAT---AATTGTA--T-C----A------TAAT-CAAA-AA-----TT-----TCCCAATT--TGACCCAAAAA--GAT---CGAT-G--ATT--------TGC-CCATGCAAT-------CTAGATGATTTGCCCAATCTAG------AT-GG-A----CCTGGACCC---A---GTACC-A-A---AA-AG--TGCACCG
gi|4 : atAT-CAATCC-CAATTTTGAT-ATATATAATAATT---GT------A---TAATGAAGA-----TGC----ATTCAACTT---GACAT--T--------TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTA--------------G-C------T--A--------ACAAACAATTAA-T---TT-AAAAA-GCACAAA--GTCAATGTACTGAAATA--C------TTTGA--ATAAAA-A--TAA-AC-TTATAG-ATTTT----TCTT-----A--TTAA---AATTGTA--T-T----ACATGTATAAA-CAAA-AA-----TT-----TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--GAT---CGAT-A--ATT--------TTC-C----CAAT-------A------------------TAG------AT-TG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--GGCAGC
gi|5 : atAAATTAAATCC--AGTTTTGATTCC----------T---GT------G---TAAGG-AGA-----TGC----AT-CAACTTAACGACATG-T--------TGAAT-GTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------ACAAACAATAAA-TAATT--AAAAG-CCACAAAAAGACTGTGTTCTGAAATA--C------TACGA--ATAAAA-AAATAAGAC-TTTTTG-ATTTT-----------------CAT---AATTTTA--TTC----A------TAAA-CAAA-AG-----TA-----TCCCAATT--TGA-CCAAAAA--GAT---CGAT-A----T--------TTC-C----CAAT-------C------------------T-A------AC-GG-A----CCC-GACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG---GCA
gi|6 : tAACAAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAGGGAGA-----TGC----ATTCTACTT---TACAT--T--------TGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------T--A--------A--GGCATTGAA-T---T--AAAAA-GCACAAAAAGACGGTGT----------------------A--ATGAAA-A--TAAGAC-TTTTTGAATTTT----TTTT-----A--TCAT---AATTATA--T-C----A------T------AA-AATTTGTTT-----TCCCAATT--TGA-CCCAAAA--GAT---TGAT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCAGACCC---T---GTACC-A-A---AA-AG--TGCAGTGACAGttg
gi|7 : AACAAAT-AAATCC-AAATTTTG-T-AC----------T---GT------GAATTAATGGAGA-----TGC----ATT-AACTT---GGCAT--TTGACCATTTGA-T-CTGGA-------------T----------------TTT--------------G-C------TTAA--------A--AACAAT-AA-T---T--AAAAA-GCACAAAA--ACAGTGTTCTGAAATA--C------TTCTA--ATAAAA-A--T-AGAC-TGTTTA-AATCT----TTGT-----A------------TGTA--T------A------T-AA-CAAA-CG-----TTCCCACTCCCAGTT--T---C---------AT---TGTT-G--ATT--------TTC-C----CAAT-------A------------------TAG------AT-GA-A----C---GACCC---A---ATA---A-A---AA-A
gi|8 : AAAT-AAATCC-CAGTTTTGAT-AC----------T---GT------G---TAAAGGAGA-----TGT----ATTCAACTT---GACAT--C--------TGA-T-CCAAA-------------T------------------------------------------------------A--AACAATTAA-TC--T--AAA----CACAAAAAGACAGTGCTCTGAAATACTC------T--GA--ATAAAA-A--T-AGAC-TTTTTG-AT---------------------------ATTGTA--T-T----A------TAAA-CAAA-AA-----TT-----TCCCAATT--CAA-CCAAAAT--AAT---AGGT----ATA--------TTCTC----CAAT-------C------------------TAG------AC-AG-A----CCCGG-------------ACC-A-A---AA-AG--TGCAGCGACAtcag
gi|9 : agCAAAT-AAATCC-CAATT--GAG-AC----------T---GT------A---TAAGTAAGA-----TGC----AGTTTACTT---GACAC--T--------TGA-T-TTGGA-------------T----------------TTT--------------
gi|9 : agt--ATAAAA-A--TATG----TTTT---TCTT----TTTT-----A--ACAT---AATTGTA--T-CTGACA------TAAC-CAAA-AA-----TT-----TTCCAATT--TGA-CCAAAAAATGAT-----AT-GCAATT--------TAT-T----CAAT-------C------------------TAA------AT-GG-A----CCCGGACCC---T---GTACC-A-A---AA-agtttcaattttgccataaaaatatgtttttcttttttaacataattgtatctgacataaccaaaaattttccaatttgaccaaaaaatgatatgcaatttattcaatctaaatggacccggaccctgtaccaaaatatac