lowQualScore : 1111 11 11111111111
lowQualScore : 55 55 3 3 2 2 8888 555 33 00 33 11111111111 2 55 2 2 2 33 666 2 2 2 888888 2 2 2 2 88 8
lowQualScore : .. .. . . . . .... ... .. .. .. ........... . .. . . . .. ... . . . ...... . . . . .. .
lowQualScore : 55 00 3 3 9 9 6666 000 99 77 22 22222222222 4 66 2 2 2 11 999 2 2 2 666666 2 2 4 7 22 6
consensus : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---TA---A--T--A--TCT-----------AAT-T--A-AA-ACC-G--G---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
Reference ( gi|2 ) : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---GA---A--T--A--TCT-----------AAT-T--A-AA-ACC-G--G---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-CAAGA-TTTATCAGCTTC
gi|6 : ATCAACGCCA--TCGAAA-CTG-GGTA-T-GCCA---TA---A--TT-A--TCT-----------AAT-T--A-AA-ACA-A--G---AT-TAA-CT-AT-----TGTT-T-A-CCTG-TG-TAAGA-TTT
gi|1 : tATCAACGCCA--TC--AA-CTGCGGTC-T-GCCATATAA---A--T--A--T-------------AAT-T--A-TTTACC-G--GTGTAT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCA-CTT
gi|4 : tATCAACGCCAAACC--AA-TTG-GGTC-T-GTCA---TA---ATTT--A--TTTTATGTTAACTGAAT-T----AA-ACC-G--G---AT-TAAGAT-A------TGTT-T-A-CT
gi|10 : ttctcTCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---TA---A--T--A--TCT-----------AAT-T--A-AA-ACC-G--G---A---------------------T-A-CGTG-TG-TAAGA-TTTTTCAG
gi|5 : AACGCCA--TC--AAACTG-GGTC-T-G-CA---TA---A--TTAA--TCT-----------AAT-T--A-AA-ACC----G---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-ATCTTA-TG-TAAGA-TTTATCAGagct
gi|16 : CTA--TC--AA-CTG-GGTCAT-GTCA---CA---A--T--A--TC------------AAT-T--G-AA-ACC-G--G---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-a
gi|7 : CTA--TC--AA-C----GCC-C-ATCA---GA---C--T--AATTCT-----------AAT-TA-A-AA-ACT-GGCG---ATCTAA-CT-A------TG-T-T-A-CTTGCTG-TAAGACTTCATCA
gi|12 : ttCA--TC--AA-CTG-AGTG-T-GTCA---TA---A--T--A--TCT-----------AAT-T--A-AA-ACC-G--G---CT-TA---C-A------TGT---------------AAGA-TTTATCAGCTTC
gi|3 : CA--TC--TA-CTG-GGTA-T-GCCA---TA---T--T--A--TCT-----------GATATTGA-AA-ACCAG--A---AT-TAA-CT-A------TGTT-TAA-CCTG-TG-TAAGATTTTATC
gi|15 : tctatcagA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---CA---A--T--A--TCA-----------AAT-T--G-AA-ACC-G--G---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-
gi|8 : t--AA-CTG-GGTC-T-GCCA---TATATA--T--A--TCT-----------AAT-T--A-AA-ACC-G--G---AT-TAA-C---------TGTA-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGtat
gi|9 : gtgA-CTG-GGTC-TTGTCAT--GA---A--T--A--TCT-----------AAT-T--ATAA-AAC-G--G---AT-TAA-TG-A------TGTTCT-G-ATTG-TG-agtt
gi|11 : ttctatcaactggatacGTT-T-GTCA---TA---A--T-----TCT-----------TAT-T--A-AA-ACC-G--G---GT-TAA-CTAA------GGTT-T-A-CTGC-TGCCAAGA-TTTATC--CTTC
gi|13 : C-T-GCCA---TA---A--TTAA--TCG-----------AAT-T--A-AA-ACA-G--G---AA-CAA-CT-A------TGTT-T-A-TTTG-TG-TAAGA-TTTATCat
gi|18 : --TCT-----------AAT-T--A-AA-AC--G--A---AT-TGA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGgtag
gi|14 : --TCT-----------AAT-T--A-AA-ACC-G--G---AC-TAA-CT-ACAGGTATGTT-T-A-TTTG-TG-TAAGA-TTTATCAG
gi|17 : --TCT-----------AAT-T--A-AA-ACC-G--GGA-AT-TA--CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGACTTTATCAGtg
gi|19 : -AA-ACC-G--G---AT-TAA-CT-A-------GTT-T-A-CTTG-TG-TAATA-CTTATCAACTTCt
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111
lowQualScore : 55 44 3 3 2 2 444 2 777 33 00 00000000000 2 33 2 2 2 2 999 2 2 2 888888 2 2 2 2 2 8
lowQualScore : .. .. . . . . ... . ... .. .. ........... . .. . . . . ... . . . ...... . . . . . .
lowQualScore : 00 66 1 1 7 7 777 7 333 77 00 66666666666 2 11 1 1 1 1 555 1 1 1 222222 1 1 2 5 5 0
consensus : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
Reference ( family-1419 ) : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
gi|1 : ATCAACGCCA--TC--AA-CTGCGGTC-T-GCCA---T-AT--A--A--ATAT-----------AAT-T--A-TTTA-CC-GGTGTAT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCA-CTT
gi|10 : tTCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---A---------------------T-A-CGTG-TG-TAAGA-TTTTTCAG
gi|11 : GTT-T-GTCA---T-A---A--T---TCT-----------TAT-T--A-AA-A-CC-GG---GT-TAA-CTAA------GGTT-T-A-CTGC-TGCCAAGA-TTTATC--CTTCagct
gi|12 : CA--TC--AA-CTG-AGTG-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-G----------------------GCT-T-A-C--A-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTCat
gi|13 : C-T-GCCA---T-A---A--TTAATCG-----------AAT-T--A-AA-A-CA-GG---AA-CAA-CT-A------TGTT-T-A-TTTG-TG-TAAGA-TTTATC
gi|14 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AC-TAA-CT-ACAGGTATGTT-T-A-TTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGgtag
gi|15 : A--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---C-A---A--T--ATCA-----------AAT-T--G-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-tg
gi|16 : tCTA--TC--AA-CTG-GGTCAT-GTCA---C-A---A--T--ATC------------AAT-T--G-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-tat
gi|17 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GGGA-AT-TA--CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGACTTTATCAG
gi|18 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-C--GA---AT-TGA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGt
gi|19 : -AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A-------GTT-T-A-CTTG-TG-TAATA-CTTATCAACTTC
gi|2 : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---G-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-CAAGA-TTTATCAGCTTCat
gi|3 : CA--TC--TA-CTG-GGTA-T-GCCA---T-A---T--T--ATCT-----------GATATTGA-AA-A-CCAGA---AT-TAA-CT-A------TGTT-TAA-CCTG-TG-TAAGATTTTATC
gi|4 : tctatcagATCAACGCCAAACC--AA-TTG-GGTC-T-GTCA---T-A---ATTT--ATTTTATGTTAACTGAAT-T----AA-A-CC-GG---AT-TAAGAT-A------TGTT-T-A-CT
gi|5 : ttctcAACGCCA--TC--AAACTG-GGTC-T-G-CA---T-A---A--TTAATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC--G---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-ATCTTA-TG-TAAGA-TTTATCAG
gi|6 : ATCAACGCCA--TCGAAA-CTG-GGTA-T-GCCA---T-A---A--TT-ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CA-AG---AT-TAA-CT-AT-----TGTT-T-A-CCTG-TG-TAAGA-TTTa
gi|7 : tCTA--TC--AA-C----GCC-C-ATCAGACT-A---A--T---TCT-----------AAT-T--A-AA-AACT-GGCG-ATCTAA-CT-A------TG-T-T-A-CTTGCTG-TAAGACTTCATCA
gi|8 : tt--AA-CTG-GGTC-T-GCCA---T-ATATA--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-C---------TGTA-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAG
gi|9 : gtgA-CTG-GGTC-TTGTCA---TGA---A--T--ATCT-----------AAT-T--ATAA-A-AC-GG---AT-TAA-TG-A------TGTTCT-G-ATTG-TG-agtt
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111
lowQualScore : 55 44 3 3 2 2 444 2 777 33 00 00000000000 2 33 2 2 2 2 999 2 2 2 888888 2 2 2 2 2 8
lowQualScore : .. .. . . . . ... . ... .. .. ........... . .. . . . . ... . . . ...... . . . . . .
lowQualScore : 00 66 1 1 7 7 777 7 333 77 00 66666666666 2 11 1 1 1 1 555 1 1 1 222222 1 1 2 5 5 0
consensus : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
Reference ( family-1419 ) : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
gi|1 : ATCAACGCCA--TC--AA-CTGCGGTC-T-GCCA---T-AT--A--A--ATAT-----------AAT-T--A-TTTA-CC-GGTGTAT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCA-CTT
gi|10 : tTCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---A---------------------T-A-CGTG-TG-TAAGA-TTTTTCAG
gi|11 : GTT-T-GTCA---T-A---A--T---TCT-----------TAT-T--A-AA-A-CC-GG---GT-TAA-CTAA------GGTT-T-A-CTGC-TGCCAAGA-TTTATC--CTTCagct
gi|12 : CA--TC--AA-CTG-AGTG-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-G----------------------GCT-T-A-C--A-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTCat
gi|13 : C-T-GCCA---T-A---A--TTAATCG-----------AAT-T--A-AA-A-CA-GG---AA-CAA-CT-A------TGTT-T-A-TTTG-TG-TAAGA-TTTATC
gi|14 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AC-TAA-CT-ACAGGTATGTT-T-A-TTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGgtag
gi|15 : A--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---C-A---A--T--ATCA-----------AAT-T--G-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-tg
gi|16 : tCTA--TC--AA-CTG-GGTCAT-GTCA---C-A---A--T--ATC------------AAT-T--G-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-tat
gi|17 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GGGA-AT-TA--CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGACTTTATCAG
gi|18 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-C--GA---AT-TGA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGt
gi|19 : -AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A-------GTT-T-A-CTTG-TG-TAATA-CTTATCAACTTC
gi|2 : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---G-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-CAAGA-TTTATCAGCTTCat
gi|3 : CA--TC--TA-CTG-GGTA-T-GCCA---T-A---T--T--ATCT-----------GATATTGA-AA-A-CCAGA---AT-TAA-CT-A------TGTT-TAA-CCTG-TG-TAAGATTTTATC
gi|4 : tctatcagATCAACGCCAAACC--AA-TTG-GGTC-T-GTCA---T-A---ATTT--ATTTTATGTTAACTGAAT-T----AA-A-CC-GG---AT-TAAGAT-A------TGTT-T-A-CT
gi|5 : ttctcAACGCCA--TC--AAACTG-GGTC-T-G-CA---T-A---A--TTAATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC--G---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-ATCTTA-TG-TAAGA-TTTATCAG
gi|6 : ATCAACGCCA--TCGAAA-CTG-GGTA-T-GCCA---T-A---A--TT-ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CA-AG---AT-TAA-CT-AT-----TGTT-T-A-CCTG-TG-TAAGA-TTTa
gi|7 : tCTA--TC--AA-C----GCC-C-ATCAGACT-A---A--T---TCT-----------AAT-T--A-AA-AACT-GGCG-ATCTAA-CT-A------TG-T-T-A-CTTGCTG-TAAGACTTCATCA
gi|8 : tt--AA-CTG-GGTC-T-GCCA---T-ATATA--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-C---------TGTA-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAG
gi|9 : gtgA-CTG-GGTC-TTGTCA---TGA---A--T--ATCT-----------AAT-T--ATAA-A-AC-GG---AT-TAA-TG-A------TGTTCT-G-ATTG-TG-agtt
blockSeqs : AA GA A . A T GAC G TAT TT TA TATGTTAACTG A TG T . A A GA C G A CAGGTA C A T C C C
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . . . . . . . CG . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** ***
originalCons : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
finalCons : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
Alignments
lowQualScore : 11 11111111111
lowQualScore : 55 44 3 3 2 2 444 2 777 33 00 00000000000 2 33 2 2 2 2 999 2 2 2 888888 2 2 2 2 2 8
lowQualScore : .. .. . . . . ... . ... .. .. ........... . .. . . . . ... . . . ...... . . . . . .
lowQualScore : 00 66 1 1 7 7 777 7 333 77 00 66666666666 2 11 1 1 1 1 555 1 1 1 222222 1 1 2 5 5 0
consensus : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
Reference ( family-1419 ) : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTC
gi|1 : ATCAACGCCA--TC--AA-CTGCGGTC-T-GCCA---T-AT--A--A--ATAT-----------AAT-T--A-TTTA-CC-GGTGTAT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCA-CTT
gi|10 : tTCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---A---------------------T-A-CGTG-TG-TAAGA-TTTTTCAG
gi|11 : GTT-T-GTCA---T-A---A--T---TCT-----------TAT-T--A-AA-A-CC-GG---GT-TAA-CTAA------GGTT-T-A-CTGC-TGCCAAGA-TTTATC--CTTCagct
gi|12 : CA--TC--AA-CTG-AGTG-T-GTCA---T-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-G----------------------GCT-T-A-C--A-TG-TAAGA-TTTATCAGCTTCat
gi|13 : C-T-GCCA---T-A---A--TTAATCG-----------AAT-T--A-AA-A-CA-GG---AA-CAA-CT-A------TGTT-T-A-TTTG-TG-TAAGA-TTTATC
gi|14 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AC-TAA-CT-ACAGGTATGTT-T-A-TTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGgtag
gi|15 : A--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---C-A---A--T--ATCA-----------AAT-T--G-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-tg
gi|16 : tCTA--TC--AA-CTG-GGTCAT-GTCA---C-A---A--T--ATC------------AAT-T--G-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-tat
gi|17 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GGGA-AT-TA--CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGACTTTATCAG
gi|18 : TCT-----------AAT-T--A-AA-A-C--GA---AT-TGA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAGt
gi|19 : -AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A-------GTT-T-A-CTTG-TG-TAATA-CTTATCAACTTC
gi|2 : ATCAACGCCA--TC--AA-CTG-GGTC-T-GTCA---G-A---A--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-A-CTTG-TG-CAAGA-TTTATCAGCTTCat
gi|3 : CA--TC--TA-CTG-GGTA-T-GCCA---T-A---T--T--ATCT-----------GATATTGA-AA-A-CCAGA---AT-TAA-CT-A------TGTT-TAA-CCTG-TG-TAAGATTTTATC
gi|4 : tctatcagATCAACGCCAAACC--AA-TTG-GGTC-T-GTCA---T-A---ATTT--ATTTTATGTTAACTGAAT-T----AA-A-CC-GG---AT-TAAGAT-A------TGTT-T-A-CT
gi|5 : ttctcAACGCCA--TC--AAACTG-GGTC-T-G-CA---T-A---A--TTAATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC--G---AT-TAA-CT-A------TGTT-T-ATCTTA-TG-TAAGA-TTTATCAG
gi|6 : ATCAACGCCA--TCGAAA-CTG-GGTA-T-GCCA---T-A---A--TT-ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CA-AG---AT-TAA-CT-AT-----TGTT-T-A-CCTG-TG-TAAGA-TTTa
gi|7 : tCTA--TC--AA-C----GCC-C-ATCAGACT-A---A--T---TCT-----------AAT-T--A-AA-AACT-GGCG-ATCTAA-CT-A------TG-T-T-A-CTTGCTG-TAAGACTTCATCA
gi|8 : tt--AA-CTG-GGTC-T-GCCA---T-ATATA--T--ATCT-----------AAT-T--A-AA-A-CC-GG---AT-TAA-C---------TGTA-T-A-CTTG-TG-TAAGA-TTTATCAG
gi|9 : gtgA-CTG-GGTC-TTGTCA---TGA---A--T--ATCT-----------AAT-T--ATAA-A-AC-GG---AT-TAA-TG-A------TGTTCT-G-ATTG-TG-agtt