lowQualScore : 55555555555 444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11 1 11111 222222 333333333333333333 55555555555555 11 111111 555555555555555555 1111 1 1 333333333333333333333 4444444 1111 1111111
lowQualScore : 55555555555 111111111 5 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 77 4 9 00 666666 11 2 6 00000 88 4 3 3 3 444444 888888888888888888 22222222222222 99 555555 55 333333333333333333 5 0000 777 2 5 888888888888888888888 4 4 7 4 5555555 44 99 4 9999 4 9999 4 0000 4 4 1 8 4 7777 5555555 1
lowQualScore : ........... ......... . . ........................................................ .. .. . . .. ...... .. . . ..... .. . . . . ...... .................. .............. .. ...... .. .................. . .... ... . . ..................... . . . . ....... .. .. . .... . .... . .... . . . . . .... ....... .
lowQualScore : 33333333333 000000000 7 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 00 4 7 66 777777 00 9 6 00000 44 0 6 6 6 111111 555555555555555555 77777777777777 00 999999 11 111111111111111111 0 6666 888 9 0 444444444444444444444 4 4 3 0 4444444 99 55 4 4444 4 4444 4 4444 4 4 0 9 4 1111 7777777 7
consensus : TTAAGGTATT-AATATAGATGTATAACGA--------CCA-TATTTCGTATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTCGTGNNANTNNNNTT-----G--GG-TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTGA-TT-AC-TGC-TT-GATNT---ATTT------C--AC-C--C-AGAATTTTACAT-----T--ACATTGAAGTCTAT-GGGAA----T-AGC-ATGTT-------TT---N-NC--AATTATT-TTTC----AAAGA---AATTATATTTTCAT------A-A------------A-A-ATCTCTTGGTAAAAAGTT-GCAT---A-TACA-CTTTC--T-CT----TT-A----TGGA-AAC---GTG-AAA-TGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
Reference ( gi|2 ) : TTAAGGTATTTAATGTACATGTATAATGA--------TCA-TATTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G--GG-TTCG-TAAAAT--AAAAATATTCC-ACCA-TAGGAATTTTCCAAA-----TTTTGG-TT-AC-TGC-TT-GATAC---ATTT------A--AC-C--C-AGAATTTTACAT----GT--ACATTGAAGTCTAT-TGGAA----T-AGC-ATGTT-------TT---G-GC--AATTATT-TTTC----AAAGA---AATAATATGTTCAT------A-A------------A-A-ATCTCTTGGTAAAAAGTT-GCAT---ATTACA-CTTTC--T-CT----TT-A----TGGA-AAT---GTG-AAA-TAAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TATTTTTAGAAAGAAAT
gi|3 : TTAAGGTATT------AGATGTATAATGA--------CCA-TATTTCATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G--GG-TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCCTACCA-TAGG-ATTTTCAAAA-----TTTTGA-TT-AC-TGCTTT-GATATACGATTT------C--AC-C------AATTT----------T--GCATTGAAGTCTAT-GGGAATAGCT-AGC-ATGTT-------TT---T-ATCAAATTATT-TTTC----AAAGA---AATTATATTTTCAT------T-A------------A-A-ATCTC-TGGTAAAAATCT-GCA-------ACACCTTTC--T-TT----GT-A----TGGA-AAC---GTGAAAA-TGAAATTAAT-CAATTTACCTC--AT---A--CATTTTTAGA
gi|5 : TTAAGGTA------ATAGATGTATAATGA--------CCA-TATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G--GG-TTCG-T
gi|16 : TTAAGGTATT------AGATGTATAATGA--------CCA-TATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G--GG-TTCG-TCAAAT--AAAAATGTctttctaaattttgattactgcttgaaatatttctccagaactttacattgaagtctatgggaatagcttatatttcataacaaaatctcttggtaaaagttcatacactttctttgtatggaaacgtgaaatgaaattaatccatttaccgcatacatttttaggaaatt
gi|1 : ttagatAAGGT---TAAT--AGATGTATAATGGACCCATATTCA-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG-----G--AGCTTCGATCAAATTAAAAAATGTTCC-ACCA-AAGGAATTTTTCAAA-----TTTTTA-TC-AC-TGC-TC-GA-AT---ATTTTTTTTTATTCC-C--T-CGAACTTTA-----------ACATTGAAGTCTAT-GGAAA----T-AGC-ATGTT-------TT---T-GT--CATTATTGTTTC----AAAG----AATTATGTTTTCAT------A-A------------ACA-ATCTA-TGGTAAAAAGTT-GCAT---AGTG----TTTC--T-TT----GTAA----TGGAGAAT---GTG-AAA-TGAAATTAATAA-ATTTACCACCAATA--A--TTTTTTTAG-GAGAA
gi|13 : AAGGTATTCAATGTATAT------CGA--------CCA-TATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G--GG-GTCA-TCCAAT--GAAAGTA---------------ATTTTC--------------A-TT-AC-TGC-TT-GATGT---ATTT------C--AT-C--G-GGAATTTTACATCGAAGT--ACATtttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactataggacatttatgttgctataaatcattcaaaattcttcattatcctttcattatacatctaatact
gi|4 : TATAAATGTATAATGACATATGT-TCAATATTCGGTATGTAAATAAAATGGGTGGGCATTTTTTGGTTATCATGGTAATCAGTTT-----GAAGG-GTCA-TCAATTT-AAAAATATTCT-TTCAATAG-AATTTTCAAAAGCTGTTTTTGGATT-AC-TGC-TTTGATTT---ATTT----------C-C--CTGGAAATTT--------GTCGACATTGATGTCTATGTGGAG----GGAGCGATGTTGTTATCTTT---ATGA--AATTATT-TTTCCCACAAGAA---AATGATATTTTCGTCTCATCA-C------------A-A-AT-TCTTGGTACAAAGTT-GCA----A--ACA-CTTTC--
gi|12 : tgatttcacggcCATGTATAACGA--------CTA-TATTTCATTTTAGTACATGGATAATGATATTTTTGTTATCGTGGTATAATTATTATTTTGAAG--GG-GTCA-TCAAAT--ATAAATAATTC-ACTA-TAGGAATTTTCAGAA-----TTTTGA-TT-AT-TGC-TT-TATTT---ATTT------C--AC-C--T-Actc
gi|7 : attatagtattcTCA-TCAAAT--AAAAGTATTCC-ACCA-CAGGAAGTTTCAAAA-----TTTTGA-TT-AC-TGC-TT-GAAAT---ATTT------T--AC-C--C-AGAATTTTACA------------TTGAAGTCTTT-GGGAA----T-AGT-ATGTT-------TT---A-TC--AATTATT-TTTC----AAAGA---AATTATATTTTCAT------A-A------------A-A-ATCTCTTGGTATAAAGTT-GCA------TACA-CTTTC--T-CT----TT-A----TGGA-AAC---GTG-AAA-TGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TAT
gi|18 : G-TAAAA---AAAAAT----C-ACTG-AAATAATTTGCATAA-----TTTTGA-TT-AC-TGC-TG-GATTT---ATTT------C--AC-C--T-A
gi|6 : aagatttcatcaaAAAAT--AACAATGTTC--ACTA--AAGAATTTTC-AAA-----TTTTGA-TTTACCTGA-TT-GA-AT---ATTT------C--AC-C--C-AGAATTTTACAT------------TGAAGGCGAT--GGAA----T-AGC-CTGTT-------TTTTTA-TC--AATTATT-TTTT----CAAGA---AATTATATTTTCAT------A-A------------A-AGAGCTCTTGGTAAAAAGTTTGCAT---A---CA-CTTTCATTGTT----TT-A----TGGA-AAC---GTG-AAAATGAAATTAAT-C-ATTTACCCG--AT---A--CATTTTTAGA
gi|8 : tcA-TAGAAATTTTCAAAA-----TTTCGA-TT-AC-TGC-AT-GAT----------------------------AGTTTTAC-T----TT--ACATTGAAGTCTAT-GAGAA----G-AGC-ATATT-------TT---G-TCA-AATTATT-TTTA----AAAGA---AATTTTATTTTCAC------ACAAATCTCCACAACA-A-ATCTCTTGGTAAAAAGTT-GTG------TACA-CTTTC--T-C-----TT-A----TGGA-GAC---ATG-AAA-TGAAACTAAT-C-ATTTATCGT--GT---A--CAT
gi|5 : TTTCTAAA-----TTTTGA-TT-AC-TGC-TT-GAAAT---ATTT----------CTC--C-AGAACTTTACAT------------TGAAGTCTAT-GGGAA----T-AGC--------------------------TTATA-TTTC----A---------TAACA----------------------------A-A-ATCTCTTGGTAAAA-GTT--CAT---A---CA-CTTTC--T-TT----GT-A----TGGA-AAC---GTG-AAA-TGAAATTAATCC-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGGAAagtta
gi|14 : ttaaggtaatagatgtataatgaccatatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggttcgtcC-TGC-GT-GATTT---ATTC------A---C-CAGT-AGAATTTAACAC----G---------AACTCTGT-CGTAA----A-AGC-ATGTTAA-----TT---T-GA--AAT--TT-CTTT----AAAGAATGAATTATATTTTCAT------T-A------------A-A-ATTTC-TGATAAAATGTT-TCATAGAATTACT-CTatt
gi|15 : GA---AATTATATTTTAAT------A-C------------A-A--TCTCTTGGTAAAAAGTT-ACAT---A-CAC--CTTTCT-T-CTCAAATT-AGCCCTAAC-AATTAACTG-AAA-TAAAAATTTT-C-ATTTGCCAC--AC---AGCCATTTTT
gi|19 : AAAATT-GC-T---A--ACA-CCTTC--T-CT----TT-A----TGGA-AAC---ACA-AAA-TAAAATTAAT-A-ATTTAC--------------ATTTTTAGAtag
gi|17 : TTC--T-CT----TT-A----TG-A-AAC---ATG-AAA-TAAAATTGAT-C-ATTTACCAC--ATGTCA--CATTCTTAGAAA
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACCATTTGAATTTATATTGATATGAATCAGTTCCAAATTCTTCATCATTTCTTATTATACATCTAATACCTTAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATAAACATTTATGTTGATATACATGTAAATCATTCAAAATTCTTGACCACCCCTTCATTATGCATCTAATACCT
Unaligned ( gi|11 ): TTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTTATGCTGATTTTCAAAAATCATTGACAATTGTTCATTATCTCTTTCGTTATTCATTGAATACCTA
Unaligned ( gi|20 ): ACATTTATGTTGATACAAATTATTCAAAATTCTTCATCACCCCTTCATTATAATCTAATACCT
Unaligned ( gi|21 ): CATTTATGTTGATATAAATCACTCAAATTCTTCATCACCCCTTCCTAATACATTTGATACCT
Unaligned ( gi|22 ): TCATACATCAAAATTGAATGAGACTGGGAAAC
Alignments
lowQualScore : 4444444 1111111 33333333333333333333333333 1111111111 33333333333 111111 11 3333333333333 3333333333333333333 11111 111 111111
lowQualScore : 3 1111111 2 66 6666666 5 0 1 44444444444444 3333 1 11 00 33333333333333333333333333 777 4 88 666666 99 2 99999 3 3 3 3 3 0000000000 7777 999 0 22222222222 4 0 333333 4 00 2222222222222 4 4 9999 777 3333333333333333333 4 4 4 5 3 77777 3 3 55 4 777 111 111111 8 8 4 2 55 777 55
lowQualScore : . ....... . .. ....... . . . .............. .... . .. .. .......................... ... . .. ...... .. . ..... . . . . . .......... .... ... . ........... . . ...... . .. ............. . . .... ... ................... . . . . . ..... . . .. . ... ... ...... . . . . .. ... ..
lowQualScore : 2 7777777 0 99 2222222 0 9 5 55555555555555 2222 0 22 55 44444444444444444444444444 888 0 66 444444 55 8 11111 6 6 3 3 3 8888888888 0000 666 8 77777777777 4 1 111111 4 66 6666666666666 4 4 4444 000 7777777777777777777 0 0 0 7 6 88888 2 6 55 0 000 000 555555 0 0 0 3 55 000 55
consensus : TTAAGGTATT-AATATAGATGTATAATGA--C-------CA-TATTTCATATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATA-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
Reference ( family-1382 ) : TTAAGGTATT-AATATAGATGTATAACGA--C-------CA-TATTTCGTATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTCGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATA-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
gi|1 : AAGGT--T-AATA--GATGTATAATGGACC-------CA-TATT-CATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNAGGAGCTTCGATCAAATTAAAAAATGTTCC-ACCA-AAGGAATTTTTCAAA-----TTTTT-ATC-AC-TGC-TC-GAATATTTT---TTTTTATTCCC--TCGAACTTTA----------ACATTGAAGTCTATG-GAAA----T-AGC-ATGTT--TTTG---T-------CA-TTATTGTTTC----AAAG-A---ATTATGTTTTCAT------A------------A-ACA-ATCTA-TGGTAAAAAG-TTGCATAGTG---TTTC-T--TTGTAA---TGGAG--AATG------TG-AAATGAAATTAATAA-ATTTACCACCAAT---A---ATTTTT
gi|12 : ATGTATAACGA--C-------TA-TATTTCATTTTAGTACATGGATAATGATATTTTTGTTATCGTGGTATAATTATTATTTTGAAG-----GG---GTCA-TCAAAT--ATAAATAATTC-ACTA-TAGGAATTTTCAGAA-----TTTTG-ATT-AT-TGC-TT-TA----TTT---ATTTCA---CC--TAttaggagaatttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactataggacatttatgttgctataaatcattcaaaattcttcattatcctttcattatacatctaatact
gi|13 : attatagtattccAAGGTATT-CA-----ATGTATATCGA--C-------CA-TATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---GTCA-TCCAAT--GAAAGT---------------AATTTTCA---------------TT-AC-TGC-TT-GA----TGT---ATTTCA---TC--GGGAATTTTA-CATCGAAGTACAT
gi|14 : C-TGC-GT-GA----TTT---ATT-CA---CCAGTAGAATTTAA-CAC-----------GAACTCTGTC-GTAA----A-AGC-ATGTTAATTTG---A-------AA-TT--T-CTTT----AAAGAATGAATTATATTTTCAT------T------------A-A-A-ATTTC-TGATAAAATG-TTTCATA-
gi|15 : GAA---ATTATATTTTAAT------A------------C-A-A--TCTCTTGGTAAAAAG-TTACATA-CAC-CTTTC-T--TCTC-AAATTAGCCCTAACAATTAACTG-AAATAAAAATTTT-C-ATTTGCCAC--AC---AGCCATTTTTgaattactct
gi|16 : TTAAGGTATT-A-----GATGTATAATGA--C-------CA-TATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTtag
gi|17 : ttagatTTC-T--CTTT-A---TG-A---AACA------TG-AAATAAAATTGAT-C-ATTTACCAC--ATGTCA--CATTCTTAGAAA
gi|18 : tttgattactgctttca---TTCA-TCAAGT--AAAAAAAAATC-ACTG-AAATAATTTGCATAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TG-GA----TTT---ATTTCA---CC--TAatttga
gi|19 : aagatAAAA-TTGC-TA--ACACCTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACA------CA-AAATAAAATTAAT-A-ATT---------T---A--CATTTTTAGAA
gi|2 : TTAAGGTATTTAATGTACATGTATAATGA--T-------CA-TATTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TAAAAT--AAAAATATTCC-ACCA-TAGGAATTTTCCAAA-----TTTTG-GTT-AC-TGC-TT-GA----TAC---ATTTAA---CC--CAGAATTTTA-CATG----TACATTGAAGTCTATT-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTGG---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATAATATGTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATATTACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AATG------TG-AAATAAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TATTTTTAGAAAGAA
gi|3 : TTAAGGTATT-A-----GATGTATAATGA--C-------CA-TATTTCATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCCTACCA-TAGG-ATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGCTTT-GA----TATACGATTTCA---CC-----AATT------T-----TGCATTGAAGTCTATG-GGAATAGCT-AGC-ATGTT--TTTA---TCA-----AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------T------------A-A-A-ATCTC-TGGTAAAAAT-CTGCA-A-CAC-CTTTC-T--TTGT-A---TGGA---AACG------TGAAAATGAAATTAAT-CAATTTACCTC--AT---A--CATTTTTAGAAat
gi|4 : TATAAATGTATAATGA--CATATGTTCAATATTCGGTATGTAAATAAAATGGGTGGGCATTTTTTGGTTATCATGGTAATCAGTTT-----GAA---GG---GTCA-TCAATTT-AAAAATATTCT-TTCAATAG-AATTTTCAAAAGCTGTTTTTGGATT-AC-TGC-TTTGA----TTT---ATTTC----CC--TGGAAATTTGTCG-------ACATTGATGTCTATGTGGAG----GGAGCGATGTTG-TTAT---CTTTATGAAA-TTATT-TTTCCCACAAGAAA---ATGATATTTTCGTCTCATCA------------C-A-A-AT-TCTTGGTACAAAG-TTGCA-A--ACACTTTC-
gi|5 : tgatttcacggcTTAAGGTA------ATAGATGTATAATGA--C-------CA-TATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TC------------------------------TTTCTAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----AAT---ATTTC----TC--CAGAACT------T-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC--------------------------TTAT-------------------ATT------TCAT------AAC----------A-A-A-ATCTCTTGGT-AAAAG-TT---CA-TACACTTTC-T--TTGT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAATCC-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGGAActc
gi|6 : AAAT--AACAATGTTC--ACTA--AAGAATTTTCAAA------TTTTG-ATTTACCTGA-TT-GA-----AT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----T-----GAAGGCGATG-G-AA----T-AGC-CTGTT--TTTTTATC-------AA-TTATT-TTTT----CAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-AGAGCTCTTGGTAAAAAGTTTGC--A-TACACTTTCATTGTTTT-A---TGGA---AACG------TGAAAATGAAATTAAT-C-ATTTACCCG--AT---A--CATTTTTAGAAatt
gi|7 : tcaTCA-TCAAAT--AAAAGTATTCC-ACCA-CAGGAAGTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----AAT---ATTTTA---CC--CAGAATTTTA-C----------ATTGAAGTCTTTG-GGAA----T-AGT-ATGTT--TTAT---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTATAAAG-TTGC--A-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TAT
gi|8 : A-TAGAAATTTTCAAAA-----TTTCG-ATT-AC-TGC-AT-GA----T---------------------AGTTTTA-CTT-----TACATTGAAGTCTATG-AGAA----G-AGC-ATATT--TTGT---C-------AAATTATT-TTTA----AAAGAA---ATTTTATTTTCAC------ACAAATCTCCACAACA-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTG--TG-TACACTTTC-T--CTT--A---TGGA---GACA------TG-AAATGAAACTAAT-C-ATTTATCGT--GT---A--CAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACCATTTGAATTTATATTGATATGAATCAGTTCCAAATTCTTCATCATTTCTTATTATACATCTAATACCTTAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATAAACATTTATGTTGATATACATGTAAATCATTCAAAATTCTTGACCACCCCTTCATTATGCATCTAATACCT
Unaligned ( gi|11 ): TTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTTATGCTGATTTTCAAAAATCATTGACAATTGTTCATTATCTCTTTCGTTATTCATTGAATACCTA
Unaligned ( gi|20 ): ACATTTATGTTGATACAAATTATTCAAAATTCTTCATCACCCCTTCATTATAATCTAATACCT
Unaligned ( gi|21 ): CATTTATGTTGATATAAATCACTCAAATTCTTCATCACCCCTTCCTAATACATTTGATACCT
Unaligned ( gi|22 ): TCATACATCAAAATTGAATGAGACTGGGAAAC
Alignments
lowQualScore : 4444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 33333333333 111111 11 3333333333333 3333333333333333333 11111 111 111111
lowQualScore : 3 1111111 66 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 4 88 666666 99 2 99999 3 3 3 3 3 0000000000 7777 999 0 22222222222 4 0 333333 4 00 2222222222222 4 4 9999 777 3333333333333333333 4 4 4 5 3 77777 3 3 55 4 777 111 111111 8 8 4 2 55 777 55
lowQualScore : . ....... .. . ..................................................................... ... . .. ...... .. . ..... . . . . . .......... .... ... . ........... . . ...... . .. ............. . . .... ... ................... . . . . . ..... . . .. . ... ... ...... . . . . .. ... ..
lowQualScore : 2 7777777 99 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 0 66 444444 55 8 11111 6 6 3 3 3 8888888888 0000 666 8 77777777777 4 1 111111 4 66 6666666666666 4 4 4444 000 7777777777777777777 0 0 0 7 6 88888 2 6 55 0 000 000 555555 0 0 0 3 55 000 55
consensus : TTAAGGTATT-AATATAGATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATA-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
Reference ( family-1382 ) : TTAAGGTATT-AATATAGATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATA-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
gi|1 : AAGGT--T-AATA--GATGTATAATGGACCCATAT-T-CA--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNAGGAGCTTCGATCAAATTAAAAAATGTTCC-ACCA-AAGGAATTTTTCAAA-----TTTTT-ATC-AC-TGC-TC-GAATATTTT---TTTTTATTCCC--TCGAACTTTA----------ACATTGAAGTCTATG-GAAA----T-AGC-ATGTT--TTTG---T-------CA-TTATTGTTTC----AAAG-A---ATTATGTTTTCAT------A------------A-ACA-ATCTA-TGGTAAAAAG-TTGCATAGTG---TTTC-T--TTGTAA---TGGAG--AATG------TG-AAATGAAATTAATAA-ATTTACCACCAAT---A---ATTTTT
gi|12 : ATGTATAACGA--CTATAT-TTCA--------TTTTAGTACATGGATAATGATATTTTTGTTATCGTGGTATAATTATTATTTTGAAG-----GG---GTCA-TCAAAT--ATAAATAATTC-ACTA-TAGGAATTTTCAGAA-----TTTTG-ATT-AT-TGC-TT-TA----TTT---ATTTCA---CC--TAttaggagaatttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactataggacatttatgttgctataaatcattcaaaattcttcattatcctttcattatacatctaatact
gi|13 : attatagtattccAAGGTATT-CA-----ATGTATATCGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---GTCA-TCCAAT--GAAAGT---------------AATTTTCA---------------TT-AC-TGC-TT-GA----TGT---ATTTCA---TC--GGGAATTTTA-CATCGAAGTACAT
gi|14 : C-TGC-GT-GA----TTT---ATT-CA---CCAGTAGAATTTAA-CAC-----------GAACTCTGTC-GTAA----A-AGC-ATGTTAATTTG---A-------AA-TT--T-CTTT----AAAGAATGAATTATATTTTCAT------T------------A-A-A-ATTTC-TGATAAAATG-TTTCATA-
gi|15 : GAA---ATTATATTTTAAT------A------------C-A-A--TCTCTTGGTAAAAAG-TTACATA-CAC-CTTTC-T--TCTC-AAATTAGCCCTAACAATTAACTG-AAATAAAAATTTT-C-ATTTGCCAC--AC---AGCCATTTTTgaattactct
gi|16 : TTAAGGTATT-A-----GATGTATAATGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTtag
gi|17 : ttagatTTC-T--CTTT-A---TG-A---AACA------TG-AAATAAAATTGAT-C-ATTTACCAC--ATGTCA--CATTCTTAGAAA
gi|18 : tttgattactgctttca---TTCA-TCAAGT--AAAAAAAAATC-ACTG-AAATAATTTGCATAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TG-GA----TTT---ATTTCA---CC--TAatttga
gi|19 : aagatAAAA-TTGC-TA--ACACCTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACA------CA-AAATAAAATTAAT-A-ATT---------T---A--CATTTTTAGAA
gi|2 : TTAAGGTATTTAATGTACATGTATAATGA--TCATAT-TCCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TAAAAT--AAAAATATTCC-ACCA-TAGGAATTTTCCAAA-----TTTTG-GTT-AC-TGC-TT-GA----TAC---ATTTAA---CC--CAGAATTTTA-CATG----TACATTGAAGTCTATT-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTGG---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATAATATGTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATATTACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AATG------TG-AAATAAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TATTTTTAGAAAGAA
gi|3 : TTAAGGTATT-A-----GATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCCTACCA-TAGG-ATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGCTTT-GA----TATACGATTTCA---CC-----AATT------T-----TGCATTGAAGTCTATG-GGAATAGCT-AGC-ATGTT--TTTA---TCA-----AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------T------------A-A-A-ATCTC-TGGTAAAAAT-CTGCA-A-CAC-CTTTC-T--TTGT-A---TGGA---AACG------TGAAAATGAAATTAAT-CAATTTACCTC--AT---A--CATTTTTAGAAat
gi|4 : TATAAATGTATAATGA--C-ATATGTTCAATATTCGGTATGTAAATAAAATGGGTGGGCATTTTTTGGTTATCATGGTAATCAGTTT-----GAA---GG---GTCA-TCAATTT-AAAAATATTCT-TTCAATAG-AATTTTCAAAAGCTGTTTTTGGATT-AC-TGC-TTTGA----TTT---ATTTC----CC--TGGAAATTTGTCG-------ACATTGATGTCTATGTGGAG----GGAGCGATGTTG-TTAT---CTTTATGAAA-TTATT-TTTCCCACAAGAAA---ATGATATTTTCGTCTCATCA------------C-A-A-AT-TCTTGGTACAAAG-TTGCA-A--ACACTTTC-
gi|5 : tgatttcacggcTTAAGGTA------ATAGATGTATAATGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TC------------------------------TTTCTAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----AAT---ATTTC----TC--CAGAACT------T-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC--------------------------TTAT-------------------ATT------TCAT------AAC----------A-A-A-ATCTCTTGGT-AAAAG-TT---CA-TACACTTTC-T--TTGT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAATCC-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGGAActc
gi|6 : AAAT--AACAATGTTC--ACTA--AAGAATTTTCAAA------TTTTG-ATTTACCTGA-TT-GA-----AT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----T-----GAAGGCGATG-G-AA----T-AGC-CTGTT--TTTTTATC-------AA-TTATT-TTTT----CAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-AGAGCTCTTGGTAAAAAGTTTGC--A-TACACTTTCATTGTTTT-A---TGGA---AACG------TGAAAATGAAATTAAT-C-ATTTACCCG--AT---A--CATTTTTAGAAatt
gi|7 : tcaTCA-TCAAAT--AAAAGTATTCC-ACCA-CAGGAAGTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----AAT---ATTTTA---CC--CAGAATTTTA-C----------ATTGAAGTCTTTG-GGAA----T-AGT-ATGTT--TTAT---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTATAAAG-TTGC--A-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TAT
gi|8 : A-TAGAAATTTTCAAAA-----TTTCG-ATT-AC-TGC-AT-GA----T---------------------AGTTTTA-CTT-----TACATTGAAGTCTATG-AGAA----G-AGC-ATATT--TTGT---C-------AAATTATT-TTTA----AAAGAA---ATTTTATTTTCAC------ACAAATCTCCACAACA-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTG--TG-TACACTTTC-T--CTT--A---TGGA---GACA------TG-AAATGAAACTAAT-C-ATTTATCGT--GT---A--CAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACCATTTGAATTTATATTGATATGAATCAGTTCCAAATTCTTCATCATTTCTTATTATACATCTAATACCTTAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATAAACATTTATGTTGATATACATGTAAATCATTCAAAATTCTTGACCACCCCTTCATTATGCATCTAATACCT
Unaligned ( gi|11 ): TTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTTATGCTGATTTTCAAAAATCATTGACAATTGTTCATTATCTCTTTCGTTATTCATTGAATACCTA
Unaligned ( gi|20 ): ACATTTATGTTGATACAAATTATTCAAAATTCTTCATCACCCCTTCATTATAATCTAATACCT
Unaligned ( gi|21 ): CATTTATGTTGATATAAATCACTCAAATTCTTCATCACCCCTTCCTAATACATTTGATACCT
Unaligned ( gi|22 ): TCATACATCAAAATTGAATGAGACTGGGAAAC
Alignments
lowQualScore : 4444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 33333333333 111111 11 3333333333333 3333333333333333333 11111 111 111111
lowQualScore : 3 1111111 66 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 4 88 666666 99 2 99999 3 3 3 3 3 0000000000 7777 999 0 22222222222 4 0 333333 4 00 2222222222222 4 4 9999 777 3333333333333333333 4 4 4 5 3 77777 3 3 55 4 777 111 111111 8 8 4 2 55 777 55
lowQualScore : . ....... .. . ..................................................................... ... . .. ...... .. . ..... . . . . . .......... .... ... . ........... . . ...... . .. ............. . . .... ... ................... . . . . . ..... . . .. . ... ... ...... . . . . .. ... ..
lowQualScore : 2 7777777 99 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 0 66 444444 55 8 11111 6 6 3 3 3 8888888888 0000 666 8 77777777777 4 1 111111 4 66 6666666666666 4 4 4444 000 7777777777777777777 0 0 0 7 6 88888 2 6 55 0 000 000 555555 0 0 0 3 55 000 55
consensus : TTAAGGTATT-AATATAGATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATA-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
Reference ( family-1382 ) : TTAAGGTATT-AATATAGATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATA-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
gi|1 : AAGGT--T-AATA--GATGTATAATGGACCCATAT-T-CA--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNAGGAGCTTCGATCAAATTAAAAAATGTTCC-ACCA-AAGGAATTTTTCAAA-----TTTTT-ATC-AC-TGC-TC-GAATATTTT---TTTTTATTCCC--TCGAACTTTA----------ACATTGAAGTCTATG-GAAA----T-AGC-ATGTT--TTTG---T-------CA-TTATTGTTTC----AAAG-A---ATTATGTTTTCAT------A------------A-ACA-ATCTA-TGGTAAAAAG-TTGCATAGTG---TTTC-T--TTGTAA---TGGAG--AATG------TG-AAATGAAATTAATAA-ATTTACCACCAAT---A---ATTTTT
gi|12 : ATGTATAACGA--CTATAT-TTCA--------TTTTAGTACATGGATAATGATATTTTTGTTATCGTGGTATAATTATTATTTTGAAG-----GG---GTCA-TCAAAT--ATAAATAATTC-ACTA-TAGGAATTTTCAGAA-----TTTTG-ATT-AT-TGC-TT-TA----TTT---ATTTCA---CC--TAttaggagaatttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactataggacatttatgttgctataaatcattcaaaattcttcattatcctttcattatacatctaatact
gi|13 : attatagtattccAAGGTATT-CA-----ATGTATATCGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---GTCA-TCCAAT--GAAAGT---------------AATTTTCA---------------TT-AC-TGC-TT-GA----TGT---ATTTCA---TC--GGGAATTTTA-CATCGAAGTACAT
gi|14 : C-TGC-GT-GA----TTT---ATT-CA---CCAGTAGAATTTAA-CAC-----------GAACTCTGTC-GTAA----A-AGC-ATGTTAATTTG---A-------AA-TT--T-CTTT----AAAGAATGAATTATATTTTCAT------T------------A-A-A-ATTTC-TGATAAAATG-TTTCATA-
gi|15 : GAA---ATTATATTTTAAT------A------------C-A-A--TCTCTTGGTAAAAAG-TTACATA-CAC-CTTTC-T--TCTC-AAATTAGCCCTAACAATTAACTG-AAATAAAAATTTT-C-ATTTGCCAC--AC---AGCCATTTTTgaattactct
gi|16 : TTAAGGTATT-A-----GATGTATAATGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTtag
gi|17 : ttagatTTC-T--CTTT-A---TG-A---AACA------TG-AAATAAAATTGAT-C-ATTTACCAC--ATGTCA--CATTCTTAGAAA
gi|18 : tttgattactgctttca---TTCA-TCAAGT--AAAAAAAAATC-ACTG-AAATAATTTGCATAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TG-GA----TTT---ATTTCA---CC--TAatttga
gi|19 : aagatAAAA-TTGC-TA--ACACCTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACA------CA-AAATAAAATTAAT-A-ATT---------T---A--CATTTTTAGAA
gi|2 : TTAAGGTATTTAATGTACATGTATAATGA--TCATAT-TCCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TAAAAT--AAAAATATTCC-ACCA-TAGGAATTTTCCAAA-----TTTTG-GTT-AC-TGC-TT-GA----TAC---ATTTAA---CC--CAGAATTTTA-CATG----TACATTGAAGTCTATT-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTGG---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATAATATGTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATATTACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AATG------TG-AAATAAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TATTTTTAGAAAGAA
gi|3 : TTAAGGTATT-A-----GATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCCTACCA-TAGG-ATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGCTTT-GA----TATACGATTTCA---CC-----AATT------T-----TGCATTGAAGTCTATG-GGAATAGCT-AGC-ATGTT--TTTA---TCA-----AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------T------------A-A-A-ATCTC-TGGTAAAAAT-CTGCA-A-CAC-CTTTC-T--TTGT-A---TGGA---AACG------TGAAAATGAAATTAAT-CAATTTACCTC--AT---A--CATTTTTAGAAat
gi|4 : TATAAATGTATAATGA--C-ATATGTTCAATATTCGGTATGTAAATAAAATGGGTGGGCATTTTTTGGTTATCATGGTAATCAGTTT-----GAA---GG---GTCA-TCAATTT-AAAAATATTCT-TTCAATAG-AATTTTCAAAAGCTGTTTTTGGATT-AC-TGC-TTTGA----TTT---ATTTC----CC--TGGAAATTTGTCG-------ACATTGATGTCTATGTGGAG----GGAGCGATGTTG-TTAT---CTTTATGAAA-TTATT-TTTCCCACAAGAAA---ATGATATTTTCGTCTCATCA------------C-A-A-AT-TCTTGGTACAAAG-TTGCA-A--ACACTTTC-
gi|5 : tgatttcacggcTTAAGGTA------ATAGATGTATAATGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TC------------------------------TTTCTAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----AAT---ATTTC----TC--CAGAACT------T-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC--------------------------TTAT-------------------ATT------TCAT------AAC----------A-A-A-ATCTCTTGGT-AAAAG-TT---CA-TACACTTTC-T--TTGT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAATCC-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGGAActc
gi|6 : AAAT--AACAATGTTC--ACTA--AAGAATTTTCAAA------TTTTG-ATTTACCTGA-TT-GA-----AT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----T-----GAAGGCGATG-G-AA----T-AGC-CTGTT--TTTTTATC-------AA-TTATT-TTTT----CAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-AGAGCTCTTGGTAAAAAGTTTGC--A-TACACTTTCATTGTTTT-A---TGGA---AACG------TGAAAATGAAATTAAT-C-ATTTACCCG--AT---A--CATTTTTAGAAatt
gi|7 : tcaTCA-TCAAAT--AAAAGTATTCC-ACCA-CAGGAAGTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----AAT---ATTTTA---CC--CAGAATTTTA-C----------ATTGAAGTCTTTG-GGAA----T-AGT-ATGTT--TTAT---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTATAAAG-TTGC--A-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TAT
gi|8 : A-TAGAAATTTTCAAAA-----TTTCG-ATT-AC-TGC-AT-GA----T---------------------AGTTTTA-CTT-----TACATTGAAGTCTATG-AGAA----G-AGC-ATATT--TTGT---C-------AAATTATT-TTTA----AAAGAA---ATTTTATTTTCAC------ACAAATCTCCACAACA-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTG--TG-TACACTTTC-T--CTT--A---TGGA---GACA------TG-AAATGAAACTAAT-C-ATTTATCGT--GT---A--CAT
blockSeqs : T TAATGTA . G ATATTCGGTATGTAAATAAAATGGGTGGGCATTTTTTGGTTATCATGGTAATCAGTTTGAA . . T GTTCCT AT G GCTGT G T C T T TATACG A AGT CATCGAAGTA T TAGCT G AA ATCTTTATGA A . CCAC TGA ACAAATCTCCACA C . G T T ATATT A A TG . AAT CCT ATTAAC A C A A . GTC GC
blockSeqs : T ATA . . TTTTAGTACATGGATAATGATATTTTTGTTATCGTGGTATAATTATTATTTTGAAG . . . AATTC T T . . . . . . TTT A T CATGTA . GG . G TTTATC . . . . CTCATCA . . . T . ATAC A . . . . . . A . . A . . .
blockSeqs : T CA . . TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . AAATC A G . . . . . . TGT A G CTTTA . A . . TATCA . . . . AAC . . . T . AAC A . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : T A . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . ATTCC T G . . . . . . TTT A T TCGA . T . . TGA . . . . T . . . T . CAT A . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . A . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . ATTCT T G . . . . . . TTT A C CATT . T . . GGC . . . . A . . . T . TGT A . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . ATTCC C G . . . . . . TAC A T CAC . T . . ATC . . . . A . . . T . TA A . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . GTTC T A . . . . . . TTT A C TTG . T . . GTC . . . . T . . . T . AA A . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AAT A C TTA . G . . . . . . . A . . . . . AT . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AAT . C C . A . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqCons : NA***** ** *** ** TNT******* A*** CTTA******* AT*** *** **
originalCons : TTAAGGTATT-AATATAGATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTA-CAT-----TACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCATA-TACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
finalCons : TTAAGGTATTNA-----GATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GATNT-------ATTTCA---CC--CAGAATTTTACTTA-------CATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAG-TTGCAT---ACACTTTC-T--CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAATGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACCATTTGAATTTATATTGATATGAATCAGTTCCAAATTCTTCATCATTTCTTATTATACATCTAATACCTTAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATAAACATTTATGTTGATATACATGTAAATCATTCAAAATTCTTGACCACCCCTTCATTATGCATCTAATACCT
Unaligned ( gi|11 ): TTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTTATGCTGATTTTCAAAAATCATTGACAATTGTTCATTATCTCTTTCGTTATTCATTGAATACCTA
Unaligned ( gi|20 ): ACATTTATGTTGATACAAATTATTCAAAATTCTTCATCACCCCTTCATTATAATCTAATACCT
Unaligned ( gi|21 ): CATTTATGTTGATATAAATCACTCAAATTCTTCATCACCCCTTCCTAATACATTTGATACCT
Unaligned ( gi|22 ): TCATACATCAAAATTGAATGAGACTGGGAAAC
Alignments
lowQualScore : 33333333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 333333333 111111 11 3333333333333 3333333333333333333 111 111111
lowQualScore : 77 22222222 66 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 4 88 666666 99 2 99999 3 3 3 3 3 0000000000 7777 999 444444444 4 0 333333 4 00 2222222222222 4 4 9999 777 3333333333333333333 4 4 4 5 3 6666 7 44 3 4 777 111 111111 4 4 8 4 2 55 777 55
lowQualScore : .. ........ .. . ..................................................................... ... . .. ...... .. . ..... . . . . . .......... .... ... ......... . . ...... . .. ............. . . .... ... ................... . . . . . .... . .. . . ... ... ...... . . . . . .. ... ..
lowQualScore : 99 77777777 99 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 0 66 444444 55 8 11111 6 6 3 3 3 8888888888 0000 666 999999999 4 1 111111 4 66 6666666666666 4 4 4444 000 7777777777777777777 0 0 0 7 6 5555 3 66 6 0 000 000 555555 0 0 0 0 3 55 000 55
consensus : TTAAGGT--ATT-AG-----ATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTAC-T-T-ACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAGTT-GCA---TACA-CTTTC--T-CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAA-TGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
Reference ( family-1382 ) : TTAAGGT--ATTNAG-----ATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNGNACANGGNNGGTGGNNNTTTTNTNGTCGTNGTGNNANTNNNNTT-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCC-ACCA-TAGGAATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----TNT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTAC-T-T-ACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTNN---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAGTT-GCA---TACA-CTTTC--T-CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAA-TGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGAAAGAA
gi|1 : AAGGTTAAT--AG-----ATGTATAATGGACCCATAT-T-CA--------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNAGGAGCTTCGATCAAATTAAAAAATGTTCC-ACCA-AAGGAATTTTTCAAA-----TTTTT-ATC-AC-TGC-TC-GAATATTTT---TTTTTATTCCC--TCGAACTTTA------ACATTGAAGTCTATG-GAAA----T-AGC-ATGTT--TTTG---T-------CA-TTATTGTTTC----AAAG-A---ATTATGTTTTCAT------A------------A-ACA-ATCTA-TGGTAAAAAGTT-GCA---TAGT-GTTTC--T-TTGTAA---TGGAG--AATG------TG-AAA-TGAAATTAATAA-ATTTACCACCAAT---A---ATTTTT
gi|12 : TTATAGT--ATTCC------ATGTATAACGA--CTATAT-TTCA--------TTTTAGTACATGGATAATGATATTTTTGTTATCGTGGTATAATTATTATTTTGAAG-----GG---GTCA-TCAAAT--ATAAATAATTC-ACTA-TAGGAATTTTCAGAA-----TTTTG-ATT-AT-TGC-TT-TA----TTT---ATTTCA---CC--TAttaggagaatttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactataggacatttatgttgctataaatcattcaaaattcttcattatcctttcattatacatctaatact
gi|13 : aAAGGT--ATTCA------ATGTATATCGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---GTCA-TCCAAT--GAAAGT---------------AATTTTCA---------------TT-AC-TGC-TT-GA----TGT---ATTTCA---TC--GGGAATT-----T-T-ACATCGAAGT
gi|14 : C-TGC-GT-GA----TTT---ATT-CA---CCAGTAGAATTTAAC-----AC---GAACTCTGTC-GTAA----A-AGC-ATGTTAATTTG---A-------AA-TT--T-CTTT----AAAGAATGAATTATATTTTCAT------T------------A-A-A-ATTTC-TGATAAAATGTT-TCA---TAGA-ATTAC--T-CTacat
gi|15 : GAA---ATTATATTTTAAT------A------------C-A-A--TCTCTTGGTAAAAAGTT-ACA---TACACCTTTC--T-TCTC-AAATTAGCCCTAACAATTAACTG-AAA-TAAAAATTTT-C-ATTTGCCAC--AC---AGCCATTTTT
gi|16 : TTAAGGT--ATT-AG-----ATGTATAATGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTtag
gi|17 : ttagatTTC--T-CTTT-A---TG-A---AACA------TG-AAA-TAAAATTGAT-C-ATTTACCAC--ATGTCA--CATTCTTAGAAA
gi|18 : tttgattactgctttca---TTCA-TCAAGT--AAAAAAAAATC-ACTG-AAATAATTTGCATAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TG-GA----TTT---ATTTCA---CC--TAatttga
gi|19 : aagatAAAATT-GCT---AACA-CCTTC--T-CTTT-A---TGGA---AACA------CA-AAA-TAAAATTAAT-A-ATT---------T---A--CATTTTTAGAA
gi|2 : TTAAGGT--ATTTAATGTACATGTATAATGA--TCATAT-TCCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TAAAAT--AAAAATATTCC-ACCA-TAGGAATTTTCCAAA-----TTTTG-GTT-AC-TGC-TT-GA----TAC---ATTTAA---CC--CAGAATTTTACATGT-ACATTGAAGTCTATT-GGAA----T-AGC-ATGTT--TTGG---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATAATATGTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTAAAAAGTT-GCATATTACA-CTTTC--T-CTTT-A---TGGA---AATG------TG-AAA-TAAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TATTTTTAGAAAGAA
gi|3 : TTAAGGT--ATT-AG-----ATGTATAATGA--CCATAT-TTCA--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G-----GG---TTCG-TCAAAT--AAAAATGTTCCTACCA-TAGG-ATTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGCTTT-GA----TATACGATTTCA---CC-----AATT-----T-T-GCATTGAAGTCTATG-GGAATAGCT-AGC-ATGTT--TTTA---TCA-----AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------T------------A-A-A-ATCTC-TGGTAAAAATCT-GCA----ACACCTTTC--T-TTGT-A---TGGA---AACG------TGAAAA-TGAAATTAAT-CAATTTACCTC--AT---A--CATTTTTAGAAat
gi|4 : AA-----ATGTATAATGA--C-ATATGTTCAATATTCGGTATGTAAATAAAATGGGTGGGCATTTTTTGGTTATCATGGTAATCAGTTT-----GAA---GG---GTCA-TCAATTT-AAAAATATTCT-TTCAATAG-AATTTTCAAAAGCTGTTTTTGGATT-AC-TGC-TTTGA----TTT---ATTTC----CC--TGGAAATTTGT-C-G-ACATTGATGTCTATGTGGAG----GGAGCGATGTTG-TTAT---CTTTATGAAA-TTATT-TTTCCCACAAGAAA---ATGATATTTTCGTCTCATCA------------C-A-A-AT-TCTTGGTACAAAGTT-GCA---AACA-CTTTC--
gi|5 : tgatttcacggctatTTAAGGT--AAT-AG-----ATGTATAATGA--CCATAT-TTCN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-----GG---TTCG-TC------------------------------TTTCTAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----AAT---ATTTC----TC--CAGAACT-----T-T-ACATTGAAGTCTATG-GGAA----T-AGC--------------------------TTAT-------------------ATT------TCAT------AAC----------A-A-A-ATCTCTTGGT-AAAAGTT--CA---TACA-CTTTC--T-TTGT-A---TGGA---AACG------TG-AAA-TGAAATTAATCC-ATTTACCGC--AT---A--CATTTTTAGGAActc
gi|6 : AAAT--AACAATGTTC--ACTA--AAGAATTTTCAAA------TTTTG-ATTTACCTGA-TT-GA-----AT---ATTTCA---CC--CAGAATTTTAC-------ATTGAAGGCGATG-G-AA----T-AGC-CTGTT--TTTTTATC-------AA-TTATT-TTTT----CAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-AGAGCTCTTGGTAAAAAGTTTGCA---TACA-CTTTCATTGTTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAAATGAAATTAAT-C-ATTTACCCG--AT---A--CATTTTTAGAAatt
gi|7 : tcaTCA-TCAAAT--AAAAGTATTCC-ACCA-CAGGAAGTTTCAAAA-----TTTTG-ATT-AC-TGC-TT-GA----AAT---ATTTTA---CC--CAGAATTTTAC-------ATTGAAGTCTTTG-GGAA----T-AGT-ATGTT--TTAT---C-------AA-TTATT-TTTC----AAAGAA---ATTATATTTTCAT------A------------A-A-A-ATCTCTTGGTATAAAGTT-GCA---TACA-CTTTC--T-CTTT-A---TGGA---AACG------TG-AAA-TGAAATTAAT-C-ATTTACCGC--AT---A--TAT
gi|8 : A-TAGAAATTTTCAAAA-----TTTCG-ATT-AC-TGC-AT-GA----T---------------------AGTTTTAC-T-TTACATTGAAGTCTATG-AGAA----G-AGC-ATATT--TTGT---C-------AAATTATT-TTTA----AAAGAA---ATTTTATTTTCAC------ACAAATCTCCACAACA-A-ATCTCTTGGTAAAAAGTT-GTG---TACA-CTTTC--T-C-TT-A---TGGA---GACA------TG-AAA-TGAAACTAAT-C-ATTTATCGT--GT---A--CAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACCATTTGAATTTATATTGATATGAATCAGTTCCAAATTCTTCATCATTTCTTATTATACATCTAATACCTTAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATAAACATTTATGTTGATATACATGTAAATCATTCAAAATTCTTGACCACCCCTTCATTATGCATCTAATACCT
Unaligned ( gi|11 ): TTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTTATGCTGATTTTCAAAAATCATTGACAATTGTTCATTATCTCTTTCGTTATTCATTGAATACCTA
Unaligned ( gi|20 ): ACATTTATGTTGATACAAATTATTCAAAATTCTTCATCACCCCTTCATTATAATCTAATACCT
Unaligned ( gi|21 ): CATTTATGTTGATATAAATCACTCAAATTCTTCATCACCCCTTCCTAATACATTTGATACCT
Unaligned ( gi|22 ): TCATACATCAAAATTGAATGAGACTGGGAAAC