lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 3 22 333333333333 22222222222 1111111 11 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111
lowQualScore : 2 33 333 55 2 000 666666 666 2 6 0 2 33 7777777777 333 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 66666 2 2 22 2 2 2 1 2 66 0 66 66666 9 2 33 2 2 5 444 444 2 2 5 2 111111111111 8 2 777 2 2 2 0 77 66666666666 8 2 2 77 3 3 1111111 55 55 2 55 00 000 55 7 7777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55 3 99 777777 888888 6 88888 44 44 3 77 3 4444 77 66666 777 2 22 1 1 1 88888 2 44 555 22 2 2 2 2
lowQualScore : . .. ... .. . ... ...... ... . . . . .. .......... ... . ............................................................................................... . ..... . . .. . . . . . .. . .. ..... . . .. . . . ... ... . . . . ............ . . ... . . . . .. ........... . . . .. . . ....... .. .. . .. .. ... .. . .... ............................................................................................................................................... . .. . .. ...... ...... . ..... .. .. . .. . .... .. ..... ... . .. . . . ..... . .. ... .. . . . .
lowQualScore : 2 11 999 33 2 888 444444 777 2 7 6 2 11 4444444444 999 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 88888 7 7 77 7 7 7 5 7 66 3 33 22222 6 7 77 7 7 3 777 111 7 7 3 7 000000000000 0 7 333 7 7 7 1 33 55555555555 0 7 7 33 3 6 8888888 00 00 7 00 00 000 00 3 7777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55 3 22 999999 000000 7 33333 66 66 3 99 3 9999 33 00000 444 0 55 9 9 9 00000 0 88 555 88 0 1 2 5
consensus : ACTTGCGT-G--CCA---AA--T-T---A------AAG-G-TCACAAAA-CACT-TTT--T------T---A---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACTCATACGANNA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-CTTC-CATT-GATTTT--AAATTT--TT---CATCCAA-C--CAGT-G-ATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T---------T-A-T---CA-G-TG-AACTAAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TA--GAGAAA--AGGAG--TT--TT---A--A-AA----ACCTNGGTGTTTCGATCAGCATATTTCTCTGTTTAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGACT-CATTT--G-AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTT-GT-G-AC---C-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-GTAAG-TGTAC
Reference ( gi|4 ) : ACTTGCGT-G--CCA---AA--T-T---A------A---G-TCACAAAA-CACT-TTT--T------T---A---C-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-CTTCACATT-GATTTTT-AAATTT--TT---CATCTAA-C--CAGT-G-ATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T---------T-A-T---CA-G-TG-AACTAAA--TTAT-TGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TA--GAGAAA--AGAAG--TT--TT---A--A-AA----ACTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTCCCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACT-CATTT--G-AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTT-GT-G-AC---C-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-GTAAG-TGTAC
gi|1 : ACTGACGT-G--C-A---AA--T-T---A------AAG-G-TCACAAAA-CAAT-TTT--T------C---A---C-
gi|3 : cttgctttgccaaaaattaaaagtcacaaaacactttttttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatggtttgtagttttgttgcattggttttcaatttttatccaacagtgattatcaaaacttttgtaaagtatatgcagtgaacctaattttaggttcaattcttgtaaaagccaatatagagaaagtagagttttaaaaaactgtactttggtgtttcgatcagcatatttctctgtttaggttgaagtgaaagaacatattttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactcattttgaaaaaaacatggttttcaatgaaaagtatagACTTGCGT-G--CCA---AA--T-T---A------AAA-G-TCACAAAA-CACT-TTT--T------T---ATNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---G-TAA-GGGTTT-T-T-GT-CA-G-TTT-TTTT-TATT-GAATATC-AAATTT--TT---CATCCAA-C--CAGT-G-ATTA-TT---AA--CTTTT-GTA-TTGAA--T---------TTA-T---CA-G-GG-AACTAAA--TTAT-TGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGGA-AT-A-TA-------TA--GAGAAA--AGGAG--TT--TTTTAA--A-AA----ACgta
gi|3 : ACTTACGT-G--CCA---AA--T-T---A------AAG-G-TCACAAAA-CAAT-TTT--T------C---A---C-TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaaaaataatagttttcaatgaaaaatatagtgaaaaattgttttgtgacctttaatttggcacgtaagtgtat
gi|2 : acttgcgtgccaaattaaaagtcacaaaacacttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaagggtttttgtcagttttttttattgaatatcaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgtattgaatttatcagggaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggaatatatagagaaaaggagttttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaaaaataatagttttcaatgaaaaataACTTACGT-G--CCA---AA--T-T---A------AAA-G-TTACAAAA-CACT-TTT--T------T---A---C-TACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-CTTC-CATT-GATTTTA-AAGTTT--TT---C-TCCAA-C--CAGT-G-ATTA-TT---AA--TCTTT-G-A-T-GAA--TA--------T-A-T---CG-G-TG-AACTTGA--TCAT-TAC-----GTTCGA-TTCTT-GTA-AAGGTCAT-A-TATCATATCTA--GAGAAA--GAGAG--CT--TT---A--A-AA----Agtat
gi|6 : ACTTGGGT-G--CCA---AA--T-T---A------A---A-TCACAAAAACACT-TTT--T------T---A---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-CTTC-TAT--GATTTGT-AC-TTT--TT---C-TCCAA-C--CAGT-G-ATTA-TC---AC--ATTTT---A-T-GAA--TA--------T-A-T---CA-G-TG-AACTAA---TTAT--AC-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TA--GAGAAA--TGGAG--TT--TT---A--A-AA----Aaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacttgtttgaaaaaaaacatggtgttcaatgaaaaacatcgtgaaaaattgtcgtgtggctagctttaatttgg
gi|6 : cACTTACAT-G--CCA---AA--T-T---A------AAG-G-TCACACAA-CAAT-TTT--T------C---A---C-TAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcatttaaaaaaaaaaaaacataggttttcaatgaaaacatagtgaaaaattgttgtgtgacctttaatttggcatgtaagt
gi|9 : cacttgggtgccaaattaaatcacaaaaacacttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaaggtttgcagtttcttctatgatttgtactttttctccaaccagtgattatcacattttatgaatatatcagtgaactaattatacgttcaattcttgtaaaggatatatagagaaatggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcatttaaaaaaaaaaaaacataggttttcaatgaaaacaACTTGGTT-G--CCA---AA--T-T---AAAGTTCA---G-TCA-AAAA-CGTTGTTT--T------T---A---C-TA
gi|5 : ACTTGCGT-G--CCA---AA--T-T---A------AAA-G-TCGCAAAA-CTCT-TTT--T------T---A---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA---T-CAG-TG---T-T-T-GG-CA-GGTCT-CTTCCGATT-GATTTT--AAATTT--T----CATCCAG-C--CAGT-G-ATTA-T-----A--C-TTT-G-A-T-GAAT-T---------T-A-T---CA-G-TG-AAA-AAA--TTAT-TGG-----G--CAA-TCTCT-G-A-AAGG--AT-A-TA--------A--GAGAAA--AGGAG--TT--TT---A--A-AA----Attatgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaac
gi|11 : cACTTGTGT-G--CCA---AA--T-TAA-A------A---A-TCAAAAAA-GACC-TTT--T------T---A---acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaacatggttttcaatgaagaaatatagtgaataaattgcgattggtagacctttattttggcacgtaag
gi|12 : cACTTGCGT-G--CCA---AA--T-TTAAA------A---G-TCACAAAAACACG-TTT--TACNNNNN---N---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---G-TAA-GG---C-T---G--CG-G-TTTTCTTC-CATT-GATTTT--AAATTT--TT---CATCCAT-CTTCAATTG-ATTACTT---AA--CTTTT-G-A-T-GAAT-T---------T-A-T---CACG-TG-AACTAAAATTTAT---------GTTCAATTTCTTCGTA-AAGtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcagtaaggtttgcaactttgcagtttcttccattgattttaaatttttctccaaccagtgattatttaaaacttttgatgaatatataattataatcagtgaactaaattattaatttatgtttaattcttgtaaaggatcca
gi|7 : cACTTGTGT-G--CCA---AA--TAT---A------A---AATCACAAAA-CGCT-GTT--T------A---A---AATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---G-TAG-GG---T-T-T-T--CA-G-TTT-CTCC-CTTT-GATT----AAA----------------------AAT-G-AT-A-TT---AA--CTTTTTG-A-T-GAT--A---------T-A-T---CA-G-TGGAACTAA---TTATATGT-------TCAAGTTCTT-GTA-AATG--ATAA-TA-------TAACGA-AAA--AGCAG--TT--TTC--A--A-AA----ATCTAA
gi|17 : cACTCACGT-G--CCA---AA--T-C---A------AAA-G-TCACAGAG-CAAT-TTT--T------TCCAA---C-TActtttgcgtctcagtatatttctgcaaaggttgaatgaaaaattgttttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagactcgcatgaagaaaaagacatggttttccaaaaaatgaaaaaccaataaggtgaaaaattgtggtgtgacctttaatttggcacgt
gi|22 : actcatttgaaaaaacacagattttcactgtgatgacagtaACTTGCGT-G--CCAATGAA--T-T---A------AAAGG-TCACACAA-CAAT-TAT--T------T---A---tgta
gi|1 : aCTTGCTTTG--CCA---AAAAT-T---A------AAA-G-TCACAAAA-CACT-TTT--T------T---------TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N-TAATGG---T-T-T-G--TA-G-TTT-TGTTGCATT-GGTTTTC-AA--TT--TT---TATCCAA-C---AGT-G-ATTA-TC---AAAACTTTT-G---T-AAA--G---------T-A-TATGCA-G-TG-AACCTAA--TT-T-TAG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAAG--CC-AATA-------TA--GAGAAAGTAGA-G--TT--TT---AAAA-AACTGTACTTTGGTGTTTCGATCAGCATATTTCTCTGTTTAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGACT-CATTTTGA-AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAG-T--A--T--AG-GT---GAA-AAATTGT--TTT-GT-G-AC---C-TTTA-A--T---T--T--GCA-C-GTCAG-TGTAgtacgtaac
gi|20 : TACGT-G--CCA---AA--T-T---A------AAG-G-TCACACAA-CAAT-TTT--T------C---A---C-TA
gi|13 : ctcatttgaaaaaaaacatggttttcaatgaaaaataTGCGT-GATCCA---AA--T-TTAAA------A---G-TCACAAAAGCACG-TTTCAT------T---A---C-TACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TAA-GG---C-TGT-G--CG-G-TTT-CTTC-CATTCGATTTTA-AAATTTCATC---CATC----C--CAAT-G-ATTACTT---AA--CTTT--G-A-T-GAA--T---------TGA-T---CA-G-TG-AACTAAAATTTAT---------GTTCAATTTCTT-CTA-catgt
gi|10 : cacCGT-G--CCA---AAA-T-T---A------AA--G-TCACAAA--CACT-TTT--T------T---A---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACTCATACGATCA---TCTAA-GG---C-T-T-G--CAAG-TTT-CTTC-CATT-GATTTT--AATTTT--TT---TATCCAAAC--TAGT-CCATTA-TT---AA---TTTT-G-A-T-GAA--T---------TTA-TA--CA-GCTG-AAC-AAA--TTAT-TGA--------CA--TTCTT-ATGTAAGA--AT-A-TA-------TA--GAGAAA--AGGAG--TT--TT---A--A-AA----A
gi|7 : CGT-G--CCA---AA--T-T---A------AAG-G-TCACACCA-CAAT-TTT--T------C---A---C-a
gi|9 : cacttgtgtgccaaatataaaatcacaaaacgctgtttaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagggttttcagtttctccctttgattaaaaatgatattaactttttgatgatatatcagtggaactaattatatgttcaagttcttgtaaatgataatataacgaaaaagcagttttcaaaaatctaacttttgcgtctcagtatatttctgcaaaggttgaatgaaaaattgttttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagactcgcatgaagaaaaagacatggttttccaaaaaatgaaaaaccaataag-TAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-CTTCGCACT-GATTTTCGAAATTT--TT---CATCCAA-C--CAGT-G-ATTA-TT---AA--CTTTT-G-ATT-GAAGTT---------T-A-T---CA-G-TG-AACTAAA--TTAT-TGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TA--GAGAAA--AGGAG--TTTGTT---A--ATAA----ACt
gi|16 : acttggttgccaaattaaagttcagtcaaaaacgttgtttttactattatgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagt-TAA-GG---T-T-TTG--CA-G-TTT-GTTC-CGTT-GATTTT--AAATTT--TT---TCTCAAA-C--CA-T-G-ATAA-TA---AT--CTTTT-G-A-T-GAA--TA--------T-A-T---CT-G-TG-AACTGAA----AT-TAG-------TTAA-TTCTT-GTA-AAGG--A
gi|8 : AA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-CTTCGCACT-GATTTTCGAAATTT--TT---CATCCAA-C--CAGT-G-ATTA-TT---AA--CTTTT-G-ATT-GAAGTT---------T-A-T---CA-G-TG-AACTAAA--TTAT-TGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TA--GAGAAA--AGGAG--TTTGTT---A--ATAA----AC
gi|19 : AA-GG---A-T-T-A--CA-G-TTT-CTTC-TATT-GATTT---AAATTT--TTTTTCCCCCAA-C--CAGT-G-ATTA-TC---AA---TTTT-G-A-T-GAA--TA--------T-A-T---CA-A-TG-AACTAAA--cgaacatcgcggttgtctttcaggattgggcatcatttcttggcaaaaggttgaatgaaatttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtactgcatttgaaaaacaggtttcagtgaaaaaatattaggtgaaaattgttttgtgacctttaattacgggcagcgtcagtgta
gi|11 : ---T-T-T-G--CA-G-TTT-CTTC-CATT-GATTTT--AAATTT--TT---C-TCCAA-C--CAGT-G-ATTA-TTTAAAA--CTTTT-G-A-T-GAA--TATATAATTAT-AAT---CA-G-TG-AACTAAA--TTAT-TAATTTATGTTTAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-
gi|14 : cacttgtgtgccaaattaaaaatcaaaaaagacctttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcagtaaggtttgcaac-T-G--CA-G-TTT-CTTC-CACT-GATTAT--AAATTTG-TT---TATCCAA-C--CAGT--------TT-------TTTTT-T-A-T-GAA--TG--------T-A-T-----------------A--TCAT-TAG-----GTTCAA-TTTTT-GTA-AAAG-----A-CA-------TA--GAG-AA--AGAGGGTTT--TT---A--A-AA----ACcca
gi|15 : TCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TA--GAGAAA--AAAAG--TT--TT---T--A-AA----A
gi|3 : actgtataatgtGACT-CATTT--G-AAAA--AA------AAATAAT-AG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTT-GT-G-AC---C-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-GTAAG-TGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttcca
gi|2 : acttgcgtgccaaattaaaagtcacaaaacacttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaagggtttttgtcagttttttttattgaatatcaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgtattgaatttatcagggaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggaatatatagagaaaaggagttttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACT-TGTTT--G-AAAAAAAA------CA----T-GG-TGTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AAATTGT--CGT-GT-G-GCTAGC-TTTA-A--T---T--T-GGt
gi|5 : acttacgtgccaaattaaaagttacaaaacacttttttactactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaaggtttgcagtttcttccattgattttaaagtttttctccaaccagtgattattaatctttgatgaatatatcggtgaacttgatcattacgttcgattcttgtaaaggtcatatatcatatctagagaaagagagctttaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGACT-CATTT--G-AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--AGAAA-T--A--T--A--GT---GAATAAATTGCGATTG-GTAG-AC---C-TTTA-T--T---T--T-GGCA-C-GTAAG-
gi|21 : cacttgcgtgccaaattaaaagtcgcaaaactcttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatcagtgtttggcaggtctcttccgattgattttaaattttcatccagccagtgattatactttgatgaatttatcagtgaaaaaattattgggcaatctctgaaaggatataagagaaaaggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAT-CATTT--A-AAAA--AATGAAA-CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-A--ACCT--A--GT---AAA-AATTTGT--T
gi|6 : ACT-CATTT--A-AAAA--AAAAAAAACA----TAGG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AA--C--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGT-GT-G-AC---C-TTTA-A--T---T--T-GGCA-T-GTAAG-
gi|8 : cacttgggtgccaaattaaatcacaaaaacacttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaaggtttgcagtttcttctatgatttgtactttttctccaaccagtgattatcacattttatgaatatatcagtgaactaattatacgttcaattcttgtaaaggatatatagagaaatggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncACTGCATTT--G-AAAA--A-------CA------GG-TTT-C-----A--G--TG-A--A-AAAAT--A--TTAG--GT---GAA-AA-TTGT--TTT-GT-G-AC---C-TTTA-A--T---TACG-GGCAGC-GTCAG-TGTA
gi|17 : aaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaaccgaacatcgcggttgtctttcaggattgggcatcatttcttggcaaaaggttgaatgaaatttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtACT-CATTT--G-AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----ACTG--TG-ATGA-CAG-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCT-GT-G-AC---T-TTTG-A--T---T--T-GGCA-C-GTGAGTTGTA
gi|20 : CT-CATTT--G-AAAAAAAA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGT-GT-G-AC---C-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-GTACA-TGT
gi|18 : ATTT--GTAAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----A--ACCTGTAT-A-GAA-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCT-GT-GAAC---T-TTTG-A--TA--T--T-GGCA-CGGTGAG-TGTA
gi|7 : -AAAA--GA------CA----T-GG-TTTTCCAAAAA--A--TG-A--A-AAA-CCAA--T--AAGGT---GAA-AAATTGT--GGT-GT-G-AC---C-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-GT
gi|23 : cacttgtgtgccaaatataaaatcacaaaacgctgtttaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagggttttcagtttctccctttgattaaaaatgatattaactttttgatgatatatcagtggaactaattatatgttcaagttcttgtaaatgataatataacgaaaaagcagttttcaaaaatctaacttttgcgtctcagtatatttctgcaaaggttgaatgaaaaattgttttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagactcgcatgaaga-AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----G--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AACTTGA--CGT-GT-G-AC---
gi|2 : A-T--AG-T--A--GT---AAA-AAAGTGT--TTT-GT-A-AC---T-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-GTAAG-
gi|6 : --GT---AAA-AAAGTGT--TTTTGT-G-A------TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-CCAAG-TGgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaaggtttgcagtttcttccattgattttaaagtttttctccaaccagtgattattaatctttgatgaatatatcggtgaacttgatcattacgttcgattcttgtaaaggtcatatatcatatctagagaaagagagctttaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacttgtttgaaaaaaaacatggtgttcaatgaaaaacatcgtgaaaaattgtcgtgtggctagctttaatttgg
gi|5 : --GT---AAA-AAAGAGT--TTT-GC-G-AC---T-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-GCAAG-TGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaaggtttgcagtttcttctatgatttgtactttttctccaaccagtgattatcacattttatgaatatatcagtgaactaattatacgttcaattcttgtaaaggatatatagagaaatggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcatttaaaaaaaaaaaaacataggttttcaatgaaaacatagtgaaaaattgttgtgtgacctttaatttggcatgtaagt
gi|10 : --GT---AAA-AAAGTGT--TT--GT-G-AC-----TTTA-A--T---T--TTGGCA-C-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatcagtgtttggcaggtctcttccgattgattttaaattttcatccagccagtgattatactttgatgaatttatcagtgaaaaaattattgggcaatctctgaaaggatataagagaaaaggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaacatggttttcaatgaagaaatatagtgaataaattgcgattggtagacctttattttggcacgtaag
gi|3 : T---AAA-AAAGTGT--TTT-GT-G-AC---T-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-GCAAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaactcatacgatcatctaaggcttgcaagtttcttccattgattttaatttttttatccaaactagtccattattaattttgatgaatttatacagctgaacaaattattgacattcttatgtaagaatatatagagaaaaggagttttaaaaaa
gi|11 : T---AAA-AAGGTCT--TTT-TT-G-AT---T-TTTA-A--T---T--T-GGCA-C-ACAAG-TGtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaagggtttttgtcagttttttttattgaatatcaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgtattgaatttatcagggaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggaatatatagagaaaaggagttttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaaaaataatagttttcaatgaaaaatatagtgaaaaattgttttgtgacctttaatttggcacgtaagtgtat
gi|22 : T---AAA-TAATTGT--TGT-GT-G-AC---CTTTTA-A--TTCAT--T-GGCA-C-GCAAG-TGTACtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcagtaaggtttgcaactttgcagtttcttccattgattttaaatttttctccaaccagtgattatttaaaacttttgatgaatatataattataatcagtgaactaaattattaatttatgtttaattcttgtaaaggatcca
gi|1 : aAA-AAAGTGT--TTT-GT-G-AC---T-TTTA-ATTT---T--T-GGCA-gtaac
gi|7 : cttgcttGT--TTT-GT-G-AT-----TTTATA--T---T--T-GGCA-C-ACAAG-TGttaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatggtttgtagttttgttgcattggttttcaatttttatccaacagtgattatcaaaacttttgtaaagtatatgcagtgaacctaattttaggttcaattcttgtaaaagccaatatagagaaagtagagttttaaaaaactgtactttggtgtttcgatcagcatatttctctgtttaggttgaagtgaaagaacatattttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactcattttgaaaaaaacatggttttcaatgaaaagtataggtgaaaaattgttttgtgacctttaatttgcacgtcagtgta
gi|12 : T--TTT-GT-G-AC---T-TTTA-AA-T---T--T-GGCA-C-GCAAG-TGgctgtttaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagggttttcagtttctccctttgattaaaaatgatattaactttttgatgatatatcagtggaactaattatatgttcaagttcttgtaaatgataatataacgaaaaagcagttttcaaaaatctaacttttgcgtctcagtatatttctgcaaaggttgaatgaaaaattgttttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagactcgcatgaagaaaaagacatggttttccaaaaaatgaaaaaccaataaggtgaaaaattgtggtgtgacctttaatttggcacgt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 22222222222222 111111111 1111111 44444444444444 1111 1 1 22222 1 1 1 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 111
lowQualScore : 3 44 77 3 6 555555 0 3 44 999999 66666 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 2 55555 2 2 11 2 2 2 2 7 2 2 2 99 2 2 66666 2 2 33 2 2 5 444 33 2 2 5 2 99999999999999 666 2 2 2 2 66 555555555 2 1 7 2 2 66 3 3 0000000 3 3 3 99 999 6 999999 00000000000000 5 6666 0 0 5 5 77777 7 0 0 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 44 9999 88 666666 666666 6 77777 44 44 3 77 3 4444 44 77777 000 2 33 4 3 3 555 3 999 44 3 3 4
lowQualScore : . .. .. . . ...... . . .. ...... ..... . ........................................................................................... . . ..... . . .. . . . . . . . . .. . . ..... . . .. . . . ... .. . . . . .............. ... . . . . .. ......... . . . . . .. . . ....... . . . .. ... . ...... .............. . .... . . . . ..... . . . . ................................................................................... . .. .... .. ...... ...... . ..... .. .. . .. . .... .. ..... ... . .. . . . ... . ... .. . . .
lowQualScore : 3 66 99 3 7 777777 0 3 66 666666 55555 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 7 77777 5 5 99 5 5 5 5 5 5 5 5 44 5 5 88888 5 5 44 5 5 0 444 44 5 5 0 5 55555555555555 999 5 5 5 5 99 444444444 1 1 5 5 5 88 1 3 8888888 3 3 3 22 222 7 666666 22222222222222 2 5555 0 0 8 2 22222 8 3 7 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 66 6666 55 555555 777777 2 77777 22 22 1 33 1 9999 22 44444 000 9 99 4 1 1 444 3 222 66 6 6 0
consensus : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAAA----GTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTGNN--AAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
Reference ( family-1370 ) : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAAG----GTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACTCATAC---GANNA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TNG-----GTGTTTC--G-ATC-AGCAT-ATTTCTCTGTT--TAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
gi|1 : CTTGCTTTG--CCAAAAAT-T-AAAA----GTCACAAAA-CACT-TTT--T------T------TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---N-TAATGG---T-T-T-G--TA-G-TTT-TGTTG-C-ATT-GGTT-TT--CAA-TTT-TT----ATCC-A-AC---AG-T-GATTA-TC---AAAACTTTT-G---T-AAA--G-T---------ATATGCA-G-TG-AACC-TAA--TT-T-TAG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAAG--CC-AATA-------TAGAGAAA-GTAG-AGTT--TT---AA-AAAACTGTACT-----TTG-----GTGTTTC--G-ATC-AGCAT-ATTTCTCTGTT--TAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGACT-CATTTTGA----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAG-T--A--T--AG-GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--T-GCA-C-GTCAG-TGTA
gi|10 : CGT-G--CCAAAA-T-T-AAAG-----TCACAAA--CACT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACTCATAC---GATCA---TCTAA-GG---C-T-T-G--CAAG-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAT-TTT-TT---TATCCAA-AC--TAG-TCCATTA-TT---AA---TTTT-G-A-T-GAAT-T-T---------ATA--CA-GCTG-AAC--AAA--TTAT-TGA--------C-A-TTCTT-ATGTAAGA--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|11 : ACTTGTGT-G--CCAAA--T-T-AAAA----ATCAAAAAA-GACC-TTT--T------TA---T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAA----------GGTTT---G-CAA--C---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TTTAAAA--CTTTT-G-A-T-GAA--TATATAATTATAAT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TAATTTATGTTTAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-a
gi|12 : cACTTGCGT-G--CCAAA--T-TTAAAA----GTCACAAAAACACG-TTT--TACNNNNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAA-GG---C-T---G--CG-G-TTTTC-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-TCTTCAATT-GATTACTT---AA--CTTTT-G-A-T-GAAT-T-T---------AT---CACG-TG-AACT-AAAATTTAT---------GTTCAATTTCTTCGTA-AAGcca
gi|13 : cTGCGT-GATCCAAA--T-TTAAAA----GTCACAAAAGCACG-TTTCAT------TA---C-TACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNG-TAA-GG---C-TGT-G--CG-G-TTT-C-TTC-C-ATTCGATT-TT--AAA--AT-TT---CATCC-ATCC--CAA-T-GATTACTT---AA--C-TTT-G-A-T-GAA--T-TG--------AT---CA-G-TG-AACT-AAAATTTAT---------GTTCAATTTCTT-CTA-
gi|14 : cac-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ACT-GATT-AT--AAA-TTTGTT---TATCC-A-AC--CAG-T---TT-----------TTTTT-T-A-T-GAA--TGT---------AT------------------A--TCAT-TAG-----GTTCAA-TTTTT-GTA-AAAG-----A-CA-------TAGAGAAAGA-GG-GTTT--TT---AA-AAA------C
gi|15 : -----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-AA-AGTT--TT---TA-AAA------
gi|16 : actgtataat-TAA-GG---T-T-TTG--CA-G-TTT-G-TTC-C-GTT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---TCTCA-A-AC--CA--T-GATAA-TA---AT--CTTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CT-G-TG-AACTGAAA--TTA----------GTT-AA-TTCTT-GTA-AAGG--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttcca
gi|17 : ACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----ACTG--TG-ATGA-CAG-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCTGT-G-AC---T-TTTGAT---T--TGGCA-C-GTGAGTTGTA
gi|18 : ATTT--GT---AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----A--ACCTGTAT-A-GAA-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCTGT-GAAC---T-TTTGATA--T--TGGCA-CGGTGAG-TGTA
gi|19 : AA-GG---A-T-T-A--CA-G-TTT-C-TTC-T-ATT-GATT-T---AAA-TTT-TTTTTCCCCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TC---AA---TTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CA-A-TG-AACT-AAA--
gi|2 : ACTTACGT-G--CCAAA--T-T-AAAA----GTTACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAAGTTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--TCTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CG-G-TG-AACT-TGA--TCAT-TAC-----GTTCGA-TTCTT-GTA-AAGGTCAT-A-TATCATATCTAGAGAAA-G-AG-AGCT--TT---AA-AAA------
gi|2 : GACT-TGTTT--G----AAAAAAAA------CA----T-GG-TGTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AAATTGT--CGTGT-G-GCTAGC-TTTAAT---T--TGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacttgtttgaaaaaaaacatggtgttcaatgaaaaacatcgtgaaaaattgtcgtgtggctagctttaatttgg
gi|20 : acttacgtgccaaattaaaagttacaaaacacttttttactactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaaggtttgcagtttcttccattgattttaaagtttttctccaaccagtgattattaatctttgatgaatatatcggtgaacttgatcattacgttcgattcttgtaaaggtcatatatcatatctagagaaagagagctttaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCT-CATTT--G----AAAAAAAA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTACA-TGT
gi|21 : GAAT-CATTT--A----AAAA--AATGAAA-CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-A--ACCT--A--GT---AAA-AATTTGT--T
gi|22 : T---AAA-TAATTGT--TGTGT-G-AC---CTTTTAATTCAT--TGGCA-C-GCAAG-TGTAC
gi|23 : a----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----G--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AACTTGA--CGTGT-G-AC---gtaac
gi|3 : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAAA----GTCACAAAA-CACT-TTT--T------TATNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNA---G-TAA-GGGTTT-T-T-GT-CA-G-TTT-T-TTT-T-ATT-GAATATC--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-GTA-TTGAA--T-TT--------AT---CA-G-GG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGGA-AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TTTTAAA-AAA------C
gi|3 : GACT-CATTT--G----AAAA--AA------AAATAAT-AG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaaaaataatagttttcaatgaaaaatatagtgaaaaattgttttgtgacctttaatttggcacgtaagtgtat
gi|4 : acttgcgtgccaaattaaaagtcacaaaacacttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaagggtttttgtcagttttttttattgaatatcaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgtattgaatttatcagggaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggaatatatagagaaaaggagttttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AA------GTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTCAC-ATT-GATT-TTT-AAA-TTT-TT---CATCT-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GA-AGTT--TT---AA-AAA------CT-----TAA-----ANNNNNN--N-NNN-NNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTCCCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTACt
gi|5 : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAAA----GTCGCAAAA-CTCT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCA---G-T----G---T-T-T-GG-CA-GGTCT-C-TTC-CGATT-GATT-TT--AAA-TTT-T----CATCC-A-GC--CAG-T-GATTA-T-----A--C-TTT-G-A-T-GAAT-T-T---------AT---CA-G-TG-AAA--AAA--TTAT-TGG-----G--CAA-TCTCT-G-A-AAGG--AT-A-TA--------AGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|5 : cGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--AGAAA-T--A--T--A--GT---GAATAAATTGCGATTGGTAG-AC---C-TTTATT---T--TGGCA-C-GTAAG-acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaacatggttttcaatgaagaaatatagtgaataaattgcgattggtagacctttattttggcacgtaag
gi|6 : cacttgcgtgccaaattaaaagtcgcaaaactcttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatcagtgtttggcaggtctcttccgattgattttaaattttcatccagccagtgattatactttgatgaatttatcagtgaaaaaattattgggcaatctctgaaaggatataagagaaaaggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGGGT-G--CCAAA--T-T-AAA------TCACAAAAACACT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNG-----G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-T-AT--GATT-TG--TAC-TTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TC---AC--ATTTT---A-T-GAA--TAT---------AT---CA-G-TG-AACT-AA---TTAT--AC-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-T-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|6 : cACT-CATTT--A----AAAA--AAAAAAAACA----TAGG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AA--C--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-T-GTAAG-acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcatttaaaaaaaaaaaaacataggttttcaatgaaaacatagtgaaaaattgttgtgtgacctttaatttggcatgtaagt
gi|7 : cacttgggtgccaaattaaatcacaaaaacacttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaaggtttgcagtttcttctatgatttgtactttttctccaaccagtgattatcacattttatgaatatatcagtgaactaattatacgttcaattcttgtaaaggatatatagagaaatggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncACTTGTGT-G--CCAAA--TAT-AAAA-----TCACAAAA-CGCT-GTT--T------AA---AATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAG-GG---T-T-T-T--CA-G-TTT-C-TCC-C-TTT-GATT-----AAA-----------------------AA-T-GAT-A-TT---AA--CTTTTTG-A-T-GAT--A-T---------AT---CA-G-TGGAACT-AA---TTATATG-------TTCAAGTTCTT-GTA-AATG--ATAA-TA-------TAACGAAA-A-AGCAGTT--TTC--AA-AAA------TC-----TAA-----CTTTTGC--GTCTC-AGTAT-ATT--TCTGCA--AAGGTTGAA-TGAAA-AAT-TGT-TTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----AGACT-CGCAT--GAAGAAAAA--GA------CA----T-GG-TTTTCCAAAAA--A--TG-A--A-AAA-CCAA--T--AAGGT---GAA-AAATTGT--GGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GT
gi|8 : cAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-C-TTCGC-ACT-GATT-TTCGAAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-ATT-GAAGTT-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TAGAGAAA-A-GG-AGTTTGTT---AATAAA------CCGAACATCGCGGTTGTCTTTCAGG-ATTGGGCATCATTTCT-TGGCAAAAGGTTGAA-TGAAA
gi|8 : ACTGCATTT--G----AAAA--A-------CA------GG-TTT-C-----A--G--TG-A--A-AAAAT--A--TTAG--GT---GAA-AA-TTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---TACGGGCAGC-GTCAG-TGTAtttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtactgcatttgaaaaacaggtttcagtgaaaaaatattaggtgaaaattgttttgtgacctttaattacgggcagcgtcagtgta
gi|9 : aaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaaccgaacatcgcggttgtctttcaggattgggcatcatttcttggcaaaaggttgaatgaaatttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtACTTGGTT-G--CCAAA--T-T-AAAGTTCAGTCA-AAAA-CGTTGTTT--T------TA---C-TATTATG
gi|9 : -TAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-C-TTCGC-ACT-GATT-TTCGAAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-ATT-GAAGTT-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TAGAGAAA-A-GG-AGTTTGTT---AATAAA------Cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaac
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 22222222222222 111111111 1111111 44444444444444 111111111 1 1111 1 1 1 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 111
lowQualScore : 3 44 44 3 6 7777 0 3 44 999999 66666 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 2 55555 2 2 11 2 2 2 2 7 2 2 2 99 2 2 66666 2 2 33 2 2 5 444 33 2 2 5 2 99999999999999 666 2 2 2 2 66 555555555 2 1 7 2 2 66 3 3 0000000 3 3 3 99 999 6 999999 55555555555555 1 777777777 0 5 5 5555 7 0 0 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 44 9999 88 666666 666666 6 77777 44 44 3 77 3 4444 44 77777 000 2 33 1 3 3 555 3 999 44 3 3 4
lowQualScore : . .. .. . . .... . . .. ...... ..... . ........................................................................................... . . ..... . . .. . . . . . . . . .. . . ..... . . .. . . . ... .. . . . . .............. ... . . . . .. ......... . . . . . .. . . ....... . . . .. ... . ...... .............. . ......... . . . .... . . . . ........................................................................... . .. .... .. ...... ...... . ..... .. .. . .. . .... .. ..... ... . .. . . . ... . ... .. . . .
lowQualScore : 3 66 66 3 7 1111 0 3 66 666666 55555 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 7 77777 5 5 99 5 5 5 5 5 5 5 5 44 5 5 88888 5 5 44 5 5 0 444 44 5 5 0 5 55555555555555 999 5 5 5 5 99 444444444 1 1 5 5 5 88 1 3 8888888 3 3 3 22 222 7 666666 88888888888888 0 000000000 0 8 2 8888 8 3 7 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 66 6666 55 555555 777777 2 77777 22 22 1 33 1 9999 22 44444 000 9 99 0 1 1 444 3 222 66 6 6 0
consensus : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTG--NAAAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
Reference ( family-1370 ) : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTG--NNAAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
gi|1 : CTTGCTTTG--CCAAAAAT-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------T------TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---N-TAATGG---T-T-T-G--TA-G-TTT-TGTTG-C-ATT-GGTT-TT--CAA-TTT-TT----ATCC-A-AC---AG-T-GATTA-TC---AAAACTTTT-G---T-AAA--G-T---------ATATGCA-G-TG-AACC-TAA--TT-T-TAG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAAG--CC-AATA-------TAGAGAAA-GTAG-AGTT--TT---AA-AAAACTGTACT-----TTG-----GTGTTTC--G-ATC-AGCAT-ATTTCTCTG--TTTAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGACT-CATTTTGA----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAG-T--A--T--AG-GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--T-GCA-C-GTCAG-TGTA
gi|10 : CGT-G--CCAAA--A-T-TAA----AGTCACAAA--CACT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACTCATAC---GATCA---TCTAA-GG---C-T-T-G--CAAG-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAT-TTT-TT---TATCCAA-AC--TAG-TCCATTA-TT---AA---TTTT-G-A-T-GAAT-T-T---------ATA--CA-GCTG-AAC--AAA--TTAT-TGA--------C-A-TTCTT-ATGTAAGA--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|11 : ACTTGTGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AATCAAAAAA-GACC-TTT--T------TA---T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAA----------GGTTT---G-CAA-C----T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TTTAAAA--CTTTT-G-A-T-GAA--TATATAATTATAAT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TAATTTATGTTTAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-a
gi|12 : cACTTGCGT-G--CCAAA--T-TTAAA----AGTCACAAAAACACG-TTT--TACNNNNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAA-GG---C-T---G--CG-G-TTTTC-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-TCTTCAATT-GATTACTT---AA--CTTTT-G-A-T-GAAT-T-T---------AT---CACG-TG-AACT-AAAATTTAT---------GTTCAATTTCTTCGTA-AAGcca
gi|13 : cTGCGT-GATCCAAA--T-TTAAA----AGTCACAAAAGCACG-TTTCAT------TA---C-TACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNG-TAA-GG---C-TGT-G--CG-G-TTT-C-TTC-C-ATTCGATT-TT--AAA--AT-TT---CATCC-ATCC--CAA-T-GATTACTT---AA--C-TTT-G-A-T-GAA--T-TG--------AT---CA-G-TG-AACT-AAAATTTAT---------GTTCAATTTCTT-CTA-
gi|14 : cac-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ACT-GATT-AT--AAA-TTTGTT---TATCC-A-AC--CAG-T---TT-----------TTTTT-T-A-T-GAA--TGT---------AT------------------A--TCAT-TAG-----GTTCAA-TTTTT-GTA-AAAG-----A-CA-------TAGAGAAAGA-GG-GTTT--TT---AA-AAA------C
gi|15 : -----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-AA-AGTT--TT---TA-AAA------
gi|16 : actgtataat-TAA-GG---T-T-TTG--CA-G-TTT-G-TTC-C-GTT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---TCTCA-A-AC--CA--T-GATAA-TA---AT--CTTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CT-G-TG-AACTGAAA--TTA----------GTT-AA-TTCTT-GTA-AAGG--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttcca
gi|17 : ACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----ACTG--TG-ATGA-CAG-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCTGT-G-AC---T-TTTGAT---T--TGGCA-C-GTGAGTTGTA
gi|18 : ATTT--GT---AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----A--ACCTGTAT-A-GAA-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCTGT-GAAC---T-TTTGATA--T--TGGCA-CGGTGAG-TGTA
gi|19 : AA-GG---A-T-T-A--CA-G-TTT-C-TTC-T-ATT-GATT-T---AAA-TTT-TTTTTCCCCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TC---AA---TTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CA-A-TG-AACT-AAA--
gi|2 : ACTTACGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTTACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAAGTTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--TCTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CG-G-TG-AACT-TGA--TCAT-TAC-----GTTCGA-TTCTT-GTA-AAGGTCAT-A-TATCATATCTAGAGAAA-G-AG-AGCT--TT---AA-AAA------
gi|2 : GACT-TGTTT--G----AAAAAAAA------CA----T-GG-TGTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AAATTGT--CGTGT-G-GCTAGC-TTTAAT---T--TGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacttgtttgaaaaaaaacatggtgttcaatgaaaaacatcgtgaaaaattgtcgtgtggctagctttaatttgg
gi|20 : acttacgtgccaaattaaaagttacaaaacacttttttactactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaaggtttgcagtttcttccattgattttaaagtttttctccaaccagtgattattaatctttgatgaatatatcggtgaacttgatcattacgttcgattcttgtaaaggtcatatatcatatctagagaaagagagctttaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCT-CATTT--G----AAAAAAAA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTACA-TGT
gi|21 : GAAT-CATTT--A----AAAA--AATGAAA-CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-A--ACCT--A--GT---AAA-AATTTGT--T
gi|22 : T---AAA-TAATTGT--TGTGT-G-AC---CTTTTAATTCAT--TGGCA-C-GCAAG-TGTAC
gi|23 : a----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----G--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AACTTGA--CGTGT-G-AC---gtaac
gi|3 : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TATNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNA---G-TAA-GGGTTT-T-T-GT-CA-G-TTT-T-TTT-T-ATT-GAATATC--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-GTA-TTGAA--T-TT--------AT---CA-G-GG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGGA-AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TTTTAAA-AAA------C
gi|3 : GACT-CATTT--G----AAAA--AA------AAATAAT-AG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaaaaataatagttttcaatgaaaaatatagtgaaaaattgttttgtgacctttaatttggcacgtaagtgtat
gi|4 : acttgcgtgccaaattaaaagtcacaaaacacttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaagggtttttgtcagttttttttattgaatatcaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgtattgaatttatcagggaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggaatatatagagaaaaggagttttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AA------GTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTCAC-ATT-GATT-TTT-AAA-TTT-TT---CATCT-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GA-AGTT--TT---AA-AAA------CT-----TAA-----ANNNNNN--N-NNN-NNNNN-NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTCCCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTACt
gi|5 : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCGCAAAA-CTCT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCA---G-T----G---T-T-T-GG-CA-GGTCT-C-TTC-CGATT-GATT-TT--AAA-TTT-T----CATCC-A-GC--CAG-T-GATTA-T-----A--C-TTT-G-A-T-GAAT-T-T---------AT---CA-G-TG-AAA--AAA--TTAT-TGG-----G--CAA-TCTCT-G-A-AAGG--AT-A-TA--------AGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|5 : cGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--AGAAA-T--A--T--A--GT---GAATAAATTGCGATTGGTAG-AC---C-TTTATT---T--TGGCA-C-GTAAG-acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaacatggttttcaatgaagaaatatagtgaataaattgcgattggtagacctttattttggcacgtaag
gi|6 : cacttgcgtgccaaattaaaagtcgcaaaactcttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatcagtgtttggcaggtctcttccgattgattttaaattttcatccagccagtgattatactttgatgaatttatcagtgaaaaaattattgggcaatctctgaaaggatataagagaaaaggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGGGT-G--CCAAA--T-T-AAA------TCACAAAAACACT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN--G---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-T-AT--GATT-TG--TAC-TTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TC---AC--ATTTT---A-T-GAA--TAT---------AT---CA-G-TG-AACT-AA---TTAT--AC-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-T-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|6 : cACT-CATTT--A----AAAA--AAAAAAAACA----TAGG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AA--C--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-T-GTAAG-acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcatttaaaaaaaaaaaaacataggttttcaatgaaaacatagtgaaaaattgttgtgtgacctttaatttggcatgtaagt
gi|7 : cacttgggtgccaaattaaatcacaaaaacacttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaaggtttgcagtttcttctatgatttgtactttttctccaaccagtgattatcacattttatgaatatatcagtgaactaattatacgttcaattcttgtaaaggatatatagagaaatggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncACTTGTGT-G--CCAAA--TAT-AAA----A-TCACAAAA-CGCT-GTT--T------AA---AATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAG-GG---T-T-T-T--CA-G-TTT-C-TCC-C-TTT-GATT-----AAA-----------------------AA-T-GAT-A-TT---AA--CTTTTTG-A-T-GAT--A-T---------AT---CA-G-TGGAACT-AA---TTATATG-------TTCAAGTTCTT-GTA-AATG--ATAA-TA-------TAACGAAA-A-AGCAGTT--TTC--AA-AAA------TC-----TAA-----CTTTTGC--GTCTC-AGTAT-ATT--TCTG--CAAAGGTTGAA-TGAAA-AAT-TGT-TTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----AGACT-CGCAT--GAAGAAAAA--GA------CA----T-GG-TTTTCCAAAAA--A--TG-A--A-AAA-CCAA--T--AAGGT---GAA-AAATTGT--GGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GT
gi|8 : cAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-C-TTCGC-ACT-GATT-TTCGAAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-ATT-GAAGTT-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TAGAGAAA-A-GG-AGTTTGTT---AATAAA------CCGAACATCGCGGTTGTCTTTCAGG-ATTGGGCATCATTTCT-TGGCAAAAGGTTGAA-TGAAA
gi|8 : ACTGCATTT--G----AAAA--A-------CA------GG-TTT-C-----A--G--TG-A--A-AAAAT--A--TTAG--GT---GAA-AA-TTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---TACGGGCAGC-GTCAG-TGTAtttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtactgcatttgaaaaacaggtttcagtgaaaaaatattaggtgaaaattgttttgtgacctttaattacgggcagcgtcagtgta
gi|9 : aaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaaccgaacatcgcggttgtctttcaggattgggcatcatttcttggcaaaaggttgaatgaaatttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtACTTGGTT-G--CCAAA--T-T-AAAGTTCAGTCA-AAAA-CGTTGTTT--T------TA---C-TATTATG
gi|9 : -TAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-C-TTCGC-ACT-GATT-TTCGAAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-ATT-GAAGTT-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TAGAGAAA-A-GG-AGTTTGTT---AATAAA------Cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaac
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 22222222222222 111111111 1111111 44444444444444 111111111 1 111 1 1 1 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 111
lowQualScore : 3 44 44 3 6 7777 0 3 44 999999 66666 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 2 55555 2 2 11 2 2 2 2 7 2 2 2 99 2 2 66666 2 2 33 2 2 5 444 33 2 2 5 2 99999999999999 666 2 2 2 2 66 555555555 2 1 7 2 2 66 3 3 0000000 3 3 3 99 999 6 999999 55555555555555 1 777777777 0 5 5 444 7 0 0 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 44 9999 88 666666 666666 6 77777 44 44 3 77 3 4444 44 77777 000 2 33 1 3 3 555 3 999 44 3 3 4
lowQualScore : . .. .. . . .... . . .. ...... ..... . ........................................................................................... . . ..... . . .. . . . . . . . . .. . . ..... . . .. . . . ... .. . . . . .............. ... . . . . .. ......... . . . . . .. . . ....... . . . .. ... . ...... .............. . ......... . . . ... . . . . ........................................................................... . .. .... .. ...... ...... . ..... .. .. . .. . .... .. ..... ... . .. . . . ... . ... .. . . .
lowQualScore : 3 66 66 3 7 1111 0 3 66 666666 55555 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 7 77777 5 5 99 5 5 5 5 5 5 5 5 44 5 5 88888 5 5 44 5 5 0 444 44 5 5 0 5 55555555555555 999 5 5 5 5 99 444444444 1 1 5 5 5 88 1 3 8888888 3 3 3 22 222 7 666666 88888888888888 0 000000000 0 8 2 888 8 3 7 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 66 6666 55 555555 777777 2 77777 22 22 1 33 1 9999 22 44444 000 9 99 0 1 1 444 3 222 66 6 6 0
consensus : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTG--NAAAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
Reference ( family-1370 ) : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTG--NAAAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
gi|1 : CTTGCTTTG--CCAAAAAT-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------T------TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---N-TAATGG---T-T-T-G--TA-G-TTT-TGTTG-C-ATT-GGTT-TT--CAA-TTT-TT----ATCC-A-AC---AG-T-GATTA-TC---AAAACTTTT-G---T-AAA--G-T---------ATATGCA-G-TG-AACC-TAA--TT-T-TAG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAAG--CC-AATA-------TAGAGAAA-GTAG-AGTT--TT---AA-AAAACTGTACT-----TTG-----GTGTTTC--G-ATC-AGCAT-ATTTCTCTG--TTTAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGACT-CATTTTGA----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAG-T--A--T--AG-GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--T-GCA-C-GTCAG-TGTA
gi|10 : CGT-G--CCAAA--A-T-TAA----AGTCACAAA--CACT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACTCATAC---GATCA---TCTAA-GG---C-T-T-G--CAAG-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAT-TTT-TT---TATCCAA-AC--TAG-TCCATTA-TT---AA---TTTT-G-A-T-GAAT-T-T---------ATA--CA-GCTG-AAC--AAA--TTAT-TGA--------C-A-TTCTT-ATGTAAGA--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|11 : ACTTGTGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AATCAAAAAA-GACC-TTT--T------TA---T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAA----------GGTTT---G-CAA-C----T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TTTAAAA--CTTTT-G-A-T-GAA--TATATAATTATAAT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TAATTTATGTTTAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-a
gi|12 : cACTTGCGT-G--CCAAA--T-TTAAA----AGTCACAAAAACACG-TTT--TACNNNNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAA-GG---C-T---G--CG-G-TTTTC-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-TCTTCAATT-GATTACTT---AA--CTTTT-G-A-T-GAAT-T-T---------AT---CACG-TG-AACT-AAAATTTAT---------GTTCAATTTCTTCGTA-AAGcca
gi|13 : cTGCGT-GATCCAAA--T-TTAAA----AGTCACAAAAGCACG-TTTCAT------TA---C-TACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNG-TAA-GG---C-TGT-G--CG-G-TTT-C-TTC-C-ATTCGATT-TT--AAA--AT-TT---CATCC-ATCC--CAA-T-GATTACTT---AA--C-TTT-G-A-T-GAA--T-TG--------AT---CA-G-TG-AACT-AAAATTTAT---------GTTCAATTTCTT-CTA-
gi|14 : cac-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ACT-GATT-AT--AAA-TTTGTT---TATCC-A-AC--CAG-T---TT-----------TTTTT-T-A-T-GAA--TGT---------AT------------------A--TCAT-TAG-----GTTCAA-TTTTT-GTA-AAAG-----A-CA-------TAGAGAAAGA-GG-GTTT--TT---AA-AAA------C
gi|15 : -----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-AA-AGTT--TT---TA-AAA------
gi|16 : actgtataat-TAA-GG---T-T-TTG--CA-G-TTT-G-TTC-C-GTT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---TCTCA-A-AC--CA--T-GATAA-TA---AT--CTTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CT-G-TG-AACTGAAA--TTA----------GTT-AA-TTCTT-GTA-AAGG--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttcca
gi|17 : ACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----ACTG--TG-ATGA-CAG-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCTGT-G-AC---T-TTTGAT---T--TGGCA-C-GTGAGTTGTA
gi|18 : ATTT--GT---AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----A--ACCTGTAT-A-GAA-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCTGT-GAAC---T-TTTGATA--T--TGGCA-CGGTGAG-TGTA
gi|19 : AA-GG---A-T-T-A--CA-G-TTT-C-TTC-T-ATT-GATT-T---AAA-TTT-TTTTTCCCCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TC---AA---TTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CA-A-TG-AACT-AAA--
gi|2 : ACTTACGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTTACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAAGTTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--TCTTT-G-A-T-GAA--TAT---------AT---CG-G-TG-AACT-TGA--TCAT-TAC-----GTTCGA-TTCTT-GTA-AAGGTCAT-A-TATCATATCTAGAGAAA-G-AG-AGCT--TT---AA-AAA------
gi|2 : GACT-TGTTT--G----AAAAAAAA------CA----T-GG-TGTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AAATTGT--CGTGT-G-GCTAGC-TTTAAT---T--TGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacttgtttgaaaaaaaacatggtgttcaatgaaaaacatcgtgaaaaattgtcgtgtggctagctttaatttgg
gi|20 : acttacgtgccaaattaaaagttacaaaacacttttttactactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaaggtttgcagtttcttccattgattttaaagtttttctccaaccagtgattattaatctttgatgaatatatcggtgaacttgatcattacgttcgattcttgtaaaggtcatatatcatatctagagaaagagagctttaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCT-CATTT--G----AAAAAAAA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTACA-TGT
gi|21 : GAAT-CATTT--A----AAAA--AATGAAA-CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-A--ACCT--A--GT---AAA-AATTTGT--T
gi|22 : T---AAA-TAATTGT--TGTGT-G-AC---CTTTTAATTCAT--TGGCA-C-GCAAG-TGTAC
gi|23 : a----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----G--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AACTTGA--CGTGT-G-AC---gtaac
gi|3 : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TATNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNA---G-TAA-GGGTTT-T-T-GT-CA-G-TTT-T-TTT-T-ATT-GAATATC--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-GTA-TTGAA--T-TT--------AT---CA-G-GG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGGA-AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TTTTAAA-AAA------C
gi|3 : GACT-CATTT--G----AAAA--AA------AAATAAT-AG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaaaaataatagttttcaatgaaaaatatagtgaaaaattgttttgtgacctttaatttggcacgtaagtgtat
gi|4 : acttgcgtgccaaattaaaagtcacaaaacacttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaagggtttttgtcagttttttttattgaatatcaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgtattgaatttatcagggaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggaatatatagagaaaaggagttttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AA------GTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTCAC-ATT-GATT-TTT-AAA-TTT-TT---CATCT-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GA-AGTT--TT---AA-AAA------CT-----TAA-----ANNNNNN--N-NNN-NNNNN-NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTCCCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTACt
gi|5 : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCGCAAAA-CTCT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCA---G-T----G---T-T-T-GG-CA-GGTCT-C-TTC-CGATT-GATT-TT--AAA-TTT-T----CATCC-A-GC--CAG-T-GATTA-T-----A--C-TTT-G-A-T-GAAT-T-T---------AT---CA-G-TG-AAA--AAA--TTAT-TGG-----G--CAA-TCTCT-G-A-AAGG--AT-A-TA--------AGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|5 : cGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--AGAAA-T--A--T--A--GT---GAATAAATTGCGATTGGTAG-AC---C-TTTATT---T--TGGCA-C-GTAAG-acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaacatggttttcaatgaagaaatatagtgaataaattgcgattggtagacctttattttggcacgtaag
gi|6 : cacttgcgtgccaaattaaaagtcgcaaaactcttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatcagtgtttggcaggtctcttccgattgattttaaattttcatccagccagtgattatactttgatgaatttatcagtgaaaaaattattgggcaatctctgaaaggatataagagaaaaggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGGGT-G--CCAAA--T-T-AAA------TCACAAAAACACT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN--G---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-T-AT--GATT-TG--TAC-TTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TC---AC--ATTTT---A-T-GAA--TAT---------AT---CA-G-TG-AACT-AA---TTAT--AC-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-T-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|6 : cACT-CATTT--A----AAAA--AAAAAAAACA----TAGG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AA--C--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-T-GTAAG-acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcatttaaaaaaaaaaaaacataggttttcaatgaaaacatagtgaaaaattgttgtgtgacctttaatttggcatgtaagt
gi|7 : cacttgggtgccaaattaaatcacaaaaacacttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaaggtttgcagtttcttctatgatttgtactttttctccaaccagtgattatcacattttatgaatatatcagtgaactaattatacgttcaattcttgtaaaggatatatagagaaatggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncACTTGTGT-G--CCAAA--TAT-AAA----A-TCACAAAA-CGCT-GTT--T------AA---AATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAG-GG---T-T-T-T--CA-G-TTT-C-TCC-C-TTT-GATT-----AAA-----------------------AA-T-GAT-A-TT---AA--CTTTTTG-A-T-GAT--A-T---------AT---CA-G-TGGAACT-AA---TTATATG-------TTCAAGTTCTT-GTA-AATG--ATAA-TA-------TAACGAAA-A-AGCAGTT--TTC--AA-AAA------TC-----TAA-----CTTTTGC--GTCTC-AGTAT-ATT--TCTG--CAAAGGTTGAA-TGAAA-AAT-TGT-TTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----AGACT-CGCAT--GAAGAAAAA--GA------CA----T-GG-TTTTCCAAAAA--A--TG-A--A-AAA-CCAA--T--AAGGT---GAA-AAATTGT--GGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GT
gi|8 : cAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-C-TTCGC-ACT-GATT-TTCGAAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-ATT-GAAGTT-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TAGAGAAA-A-GG-AGTTTGTT---AATAAA------CCGAACATCGCGGTTGTCTTTCAGG-ATTGGGCATCATTTCT-TGGCAAAAGGTTGAA-TGAAA
gi|8 : ACTGCATTT--G----AAAA--A-------CA------GG-TTT-C-----A--G--TG-A--A-AAAAT--A--TTAG--GT---GAA-AA-TTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---TACGGGCAGC-GTCAG-TGTAtttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtactgcatttgaaaaacaggtttcagtgaaaaaatattaggtgaaaattgttttgtgacctttaattacgggcagcgtcagtgta
gi|9 : aaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaaccgaacatcgcggttgtctttcaggattgggcatcatttcttggcaaaaggttgaatgaaatttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtACTTGGTT-G--CCAAA--T-T-AAAGTTCAGTCA-AAAA-CGTTGTTT--T------TA---C-TATTATG
gi|9 : -TAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-C-TTCGC-ACT-GATT-TTCGAAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-ATT-GAAGTT-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TAGAGAAA-A-GG-AGTTTGTT---AATAAA------Cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaac
blockSeqs : . AT . A T GTTC A G CA ACNNNN TNNN N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C . GTTT G T GG A G T . A G C A CG G G TTTCC A T TT T C C TAA . T T T T TATATAATTATA A C C G G AT TAATTTAT T A T C T TC A . TCATATC G . C TG TTA T . GAACATCGCGGTTG N AGGATTGG C N N GCA N N N G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . AAGA AA AAAAAA ATAAT A CAAAA CT CC T TG G CCA CC AAG TGG T GA C A A TAG T TCA AC G G T
blockSeqs : . . . . T . G . . . AA N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCA . . TG . . GG . . . . G . . . CG . . TA . . . . . C . . . . T . GTTT . . . . . AT TGA T A T . . A . . . . . . TG C T . TAAA T GTCTCA . T C N . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . T AA TGAAA TA A . . . . T . AT . TAG TGG . . C . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . C N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACTCATACGATCA . . TG . . T . . . . G . . . T . . CA . . . . . . . . . . . . GTTT . . . . . . TAG T A G . . . . . . . . . . . . . TAAC C NNNNN . . . C . . . . . . C . . . . . . . T . A . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . C . . G . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . TAC T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . T . A . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . N C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . T . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . TGG T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . C . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . C . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . TTG . . . . . . TGG T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . A . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . C . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . TGT . . . . . . TGG T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . A . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . ATG A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . C . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAAGGTTT . . A . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . TGG A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . A . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . TGG T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . A . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C T . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . AC T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . A . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . T . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** C**** CA*** ** TNT*********** *** ****** ** A****
originalCons : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAA--T-T---------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTG--NAAAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
finalCons : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TAC----TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TTCA---TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--CTTTT-G-A-T-GAATNT-----------AT---CA-G-TG-AACT-AAA--TTAT-TGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTG--NAAAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--TA----GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 111111111 11111111 1111111 44444444444444 111111111 1 111 1 1 1 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 111
lowQualScore : 3 44 44 3 6 7777 0 3 44 999999 66666 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 2 55555 2 2 11 2 2 2 2 7 2 2 2 99 2 2 66666 2 2 33 2 2 5 444 5555 2 5 2 7 3 000000000 5 2 2 2 2 66 22222222 2 1 7 2 2 66 3 3 0000000 3 3 3 99 999 6 999999 55555555555555 1 777777777 0 5 5 444 7 0 0 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 44 9999 88 666666 666666 6 77777 44 44 3 77 3 4444 44 77777 000 2 33 1 3 3 555 3 999 44 3 3 4
lowQualScore : . .. .. . . .... . . .. ...... ..... . ........................................................................................... . . ..... . . .. . . . . . . . . .. . . ..... . . .. . . . ... .... . . . . . ......... . . . . . .. ........ . . . . . .. . . ....... . . . .. ... . ...... .............. . ......... . . . ... . . . . ........................................................................... . .. .... .. ...... ...... . ..... .. .. . .. . .... .. ..... ... . .. . . . ... . ... .. . . .
lowQualScore : 3 66 66 3 7 1111 0 3 66 666666 55555 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 7 77777 5 5 99 5 5 5 5 5 5 5 5 44 5 5 88888 5 5 44 5 5 0 444 8888 5 0 5 5 4 000000000 0 5 5 5 5 99 22222222 1 1 5 5 5 88 1 3 8888888 3 3 3 22 222 7 666666 88888888888888 0 000000000 0 8 2 888 8 3 7 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 66 6666 55 555555 777777 2 77777 22 22 1 33 1 9999 22 44444 000 9 99 0 1 1 444 3 222 66 6 6 0
consensus : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--C-TTTTG-A-T-GAA-TNT---------AT-CA-G-T-GAACT-AAA--TTATTGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTG--NAAAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
Reference ( family-1370 ) : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAACTCATAC---GATCA---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--C-TTTTG-A-T-GAA-TNT---------AT-CA-G-T-GAACT-AAA--TTATTGG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------CC-----TCG-----GTNTTTC--G-ATC-GGCAT-ATTTCTCTG--NAAAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNTAGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TNTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAC
gi|1 : CTTGCTTTG--CCAAAAAT-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------T------TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---N-TAATGG---T-T-T-G--TA-G-TTT-TGTTG-C-ATT-GGTT-TT--CAA-TTT-TT----ATCC-A-AC---AG-T-GATTA-TC---AAAAC-TTTTG---T-AAAGTAT---------ATGCA-G-T-GAACC-TAA--TT-TTAG-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAAG--CC-AATA-------TAGAGAAA-GTAG-AGTT--TT---AA-AAAACTGTACT-----TTG-----GTGTTTC--G-ATC-AGCAT-ATTTCTCTG--TTTAGGTTGAAGTGAAAGAACATAT-TTTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGACT-CATTTTGA----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAG-T--A--T--AG-GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--T-GCA-C-GTCAG-TGTA
gi|10 : CGT-G--CCAAA--A-T-TAA----AGTCACAAA--CACT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACTCATAC---GATCA---TCTAA-GG---C-T-T-G--CAAG-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAT-TTT-TT---TATCCAA-AC--TAG-TCCATTA-TT---AA----TTTTG-A-T-GAA-TTT---------ATACA-GCT-GAAC--AAA--TTATTGA--------C-A-TTCTT-ATGTAAGA--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|11 : ACTTGTGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AATCAAAAAA-GACC-TTT--T------TA---T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTAA----------GGTTT---G-CAA-C----T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TTTAAAA--C-TTTTG-A-T-GAA-TATATAATTATAAT-CA-G-T-GAACT-AAA--TTATTAATTTATGTTTAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-a
gi|12 : cACTTGCGT-G--CCAAA--T-TTAAA----AGTCACAAAAACACG-TTT--TACNNNNNN---N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAA-GG---C-T---G--CG-G-TTTTC-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---CATCC-A-TCTTCAATT-GATTACTT---AA--C-TTTTG-A-T-GAA-TTT---------AT-CACG-T-GAACT-AAAATTTAT--------GTTCAATTTCTTCGTA-AAGcca
gi|13 : cTGCGT-GATCCAAA--T-TTAAA----AGTCACAAAAGCACG-TTTCAT------TA---C-TACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNG-TAA-GG---C-TGT-G--CG-G-TTT-C-TTC-C-ATTCGATT-TT--AAA-ATT-T----CATCC-ATCC--CAA-T-GATTACTT---AA--C-TTT-G-A-T-GAA-TTG---------AT-CA-G-T-GAACT-AAAATTTAT--------GTTCAATTTCTT-CTA-
gi|14 : cac-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ACT-GATT-AT--AAA-TTTGTT---TATCC-A-AC--CAG-T---TT-----------T-TTTTT-A-T-GAA-TGT---------AT----------------A--TCATTAG-----GTTCAA-TTTTT-GTA-AAAG-----A-CA-------TAGAGAAAGA-GG-GTTT--TT---AA-AAA------C
gi|15 : -----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-AA-AGTT--TT---TA-AAA------
gi|16 : actgtataat-TAA-GG---T-T-TTG--CA-G-TTT-G-TTC-C-GTT-GATT-TT--AAA-TTT-TT---TCTCA-A-AC--CA--T-GATAA-TA---AT--C-TTTTG-A-T-GAA-TAT---------AT-CT-G-T-GAACTGAAA--TTA---------GTT-AA-TTCTT-GTA-AAGG--Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttcca
gi|17 : ACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----ACTG--TG-ATGA-CAG-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCTGT-G-AC---T-TTTGAT---T--TGGCA-C-GTGAGTTGTA
gi|18 : ATTT--GT---AAAA--AA------CA----C-AGATTTTC-----A--ACCTGTAT-A-GAA-T--A--T--A--GTTGGAAA-AAATTGC--TCTGT-GAAC---T-TTTGATA--T--TGGCA-CGGTGAG-TGTA
gi|19 : AA-GG---A-T-T-A--CA-G-TTT-C-TTC-T-ATT-GATT-T---AAA-TTT-TTTTTCCCCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TC---AA----TTTTG-A-T-GAA-TAT---------AT-CA-A-T-GAACT-AAA--
gi|2 : ACTTACGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTTACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TACTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-C-ATT-GATT-TT--AAAGTTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--T-CTTTG-A-T-GAA-TAT---------AT-CG-G-T-GAACT-TGA--TCATTAC-----GTTCGA-TTCTT-GTA-AAGGTCAT-A-TATCATATCTAGAGAAA-G-AG-AGCT--TT---AA-AAA------
gi|2 : GACT-TGTTT--G----AAAAAAAA------CA----T-GG-TGTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AAATTGT--CGTGT-G-GCTAGC-TTTAAT---T--TGGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacttgtttgaaaaaaaacatggtgttcaatgaaaaacatcgtgaaaaattgtcgtgtggctagctttaatttgg
gi|20 : acttacgtgccaaattaaaagttacaaaacacttttttactactatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaaggtttgcagtttcttccattgattttaaagtttttctccaaccagtgattattaatctttgatgaatatatcggtgaacttgatcattacgttcgattcttgtaaaggtcatatatcatatctagagaaagagagctttaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaccgtcaccgttggatgaaaaattgttttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCT-CATTT--G----AAAAAAAA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTACA-TGT
gi|21 : GAAT-CATTT--A----AAAA--AATGAAA-CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-A--ACCT--A--GT---AAA-AATTTGT--T
gi|22 : T---AAA-TAATTGT--TGTGT-G-AC---CTTTTAATTCAT--TGGCA-C-GCAAG-TGTAC
gi|23 : a----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----G--A--TG-A--A-AAA-C--A--T--C--GT---GAA-AACTTGA--CGTGT-G-AC---gtaac
gi|3 : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCACAAAA-CACT-TTT--T------TATNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNA---G-TAA-GGGTTT-T-T-GT-CA-G-TTT-T-TTT-T-ATT-GAATATC--AAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--C-TTTTGTA-TTGAA-TTT---------AT-CA-G-G-GAACT-AAA--TTATTGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGGA-AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GG-AGTT--TTTTAAA-AAA------C
gi|3 : GACT-CATTT--G----AAAA--AA------AAATAAT-AG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaaaaataatagttttcaatgaaaaatatagtgaaaaattgttttgtgacctttaatttggcacgtaagtgtat
gi|4 : acttgcgtgccaaattaaaagtcacaaaacacttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaagggtttttgtcagttttttttattgaatatcaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgtattgaatttatcagggaactaaattattgggatcaattcttgtaaaggaatatatagagaaaaggagttttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AA------GTCACAAAA-CACT-TTT--T------TA---C-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTCAC-ATT-GATT-TTT-AAA-TTT-TT---CATCT-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--C-TTTTG-A-T-GAA-T-T---------AT-CA-G-T-GAACT-AAA--TTATTGG-----GATCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-A-GA-AGTT--TT---AA-AAA------CT-----TAA-----ANNNNNN--N-NNN-NNNNN-NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTCCCCAAATTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AAA-T--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GTAAG-TGTACt
gi|5 : ACTTGCGT-G--CCAAA--T-T-AAA----AGTCGCAAAA-CTCT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCA---G-T----G---T-T-T-GG-CA-GGTCT-C-TTC-CGATT-GATT-TT--AAA-TTT-T----CATCC-A-GC--CAG-T-GATTA-T-----A--C--TTTG-A-T-GAA-TTT---------AT-CA-G-T-GAAA--AAA--TTATTGG-----G--CAA-TCTCT-G-A-AAGG--AT-A-TA--------AGAGAAA-A-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|5 : cGACT-CATTT--G----AAAA--AA------CA----T-GG-TTTTC-----A--A--TG-A--AGAAA-T--A--T--A--GT---GAATAAATTGCGATTGGTAG-AC---C-TTTATT---T--TGGCA-C-GTAAG-acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactcatttgaaaaaacatggttttcaatgaagaaatatagtgaataaattgcgattggtagacctttattttggcacgtaag
gi|6 : cacttgcgtgccaaattaaaagtcgcaaaactcttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatcagtgtttggcaggtctcttccgattgattttaaattttcatccagccagtgattatactttgatgaatttatcagtgaaaaaattattgggcaatctctgaaaggatataagagaaaaggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttcccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGGGT-G--CCAAA--T-T-AAA------TCACAAAAACACT-TTT--T------TA---C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN--G---G-TAA-GG---T-T-T-G--CA-G-TTT-C-TTC-T-AT--GATT-TG--TAC-TTT-TT---C-TCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TC---AC--A-TTTT--A-T-GAA-TAT---------AT-CA-G-T-GAACT-AA---TTAT-AC-----GTTCAA-TTCTT-GTA-AAGG--AT-A-TA-------TAGAGAAA-T-GG-AGTT--TT---AA-AAA------
gi|6 : cACT-CATTT--A----AAAA--AAAAAAAACA----TAGG-TTTTC-----A--A--TG-A--A-AA--C--A--T--A--GT---GAA-AAATTGT--TGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-T-GTAAG-acnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcatttaaaaaaaaaaaaacataggttttcaatgaaaacatagtgaaaaattgttgtgtgacctttaatttggcatgtaagt
gi|7 : cacttgggtgccaaattaaatcacaaaaacacttttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaaggtttgcagtttcttctatgatttgtactttttctccaaccagtgattatcacattttatgaatatatcagtgaactaattatacgttcaattcttgtaaaggatatatagagaaatggagttttaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgtttccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncACTTGTGT-G--CCAAA--TAT-AAA----A-TCACAAAA-CGCT-GTT--T------AA---AATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN---G-TAG-GG---T-T-T-T--CA-G-TTT-C-TCC-C-TTT-GATT-----AAA-----------------------AA-T-GAT-A-TT---AA--CTTTTTG-A-T-G-A-TAT---------AT-CA-G-TGGAACT--AA--TTA-TAT-----GTTCAAGTTCTT-GTA-AATG--ATAA-TA-------TAACGAAA-A-AGCAGTT--TTC--AA-AAA------TC-----TAA-----CTTTTGC--GTCTC-AGTAT-ATT--TCTG--CAAAGGTTGAA-TGAAA-AAT-TGT-TTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-----AGACT-CGCAT--GAAGAAAAA--GA------CA----T-GG-TTTTCCAAAAA--A--TG-A--A-AAA-CCAA--T--AAGGT---GAA-AAATTGT--GGTGT-G-AC---C-TTTAAT---T--TGGCA-C-GT
gi|8 : cAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-C-TTCGC-ACT-GATT-TTCGAAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--C-TTTTG-ATT-GAAGTTT---------AT-CA-G-T-GAACT-AAA--TTATTGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TAGAGAAA-A-GG-AGTTTGTT---AATAAA------CCGAACATCGCGGTTGTCTTTCAGG-ATTGGGCATCATTTCT-TGGCAAAAGGTTGAA-TGAAA
gi|8 : ACTGCATTT--G----AAAA--A-------CA------GG-TTT-C-----A--G--TG-A--A-AAAAT--A--TTAG--GT---GAA-AA-TTGT--TTTGT-G-AC---C-TTTAAT---TACGGGCAGC-GTCAG-TGTAtttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtactgcatttgaaaaacaggtttcagtgaaaaaatattaggtgaaaattgttttgtgacctttaattacgggcagcgtcagtgta
gi|9 : aaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaaccgaacatcgcggttgtctttcaggattgggcatcatttcttggcaaaaggttgaatgaaatttcccccggccaaatttatgcgtaatgtattccccatattattcttctattttatgtgtgtattttcatattcattatcagaatcaattatatgtatcttggaatttgtACTTGGTT-G--CCAAA--T-T-AAAGTTCAGTCA-AAAA-CGTTGTTT--T------TA---C-TATTATG
gi|9 : -TAA-GG---TGT-T-GGGCA-C-TTT-C-TTCGC-ACT-GATT-TTCGAAA-TTT-TT---CATCC-A-AC--CAG-T-GATTA-TT---AA--C-TTTTG-ATT-GAAGTTT---------AT-CA-G-T-GAACT-AAA--TTATTGG-----GATC-A-TTCTT-GT--AAGG--AT-A-T--------TAGAGAAA-A-GG-AGTTTGTT---AATAAA------Cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttaaggtgttgggcactttcttcgcactgattttcgaaatttttcatccaaccagtgattattaacttttgattgaagtttatcagtgaactaaattattgggatcattcttgtaaggatattagagaaaaggagtttgttaataaac