lowQualScore                  :                       99999999999                22         2222          111        3333333333333333     55555555555555555555555555555             1111111  1        11   111111       111111111111111          111    1111                  11        1111111   1111     111111                       11111     333333333333333                 111111                                                                                
lowQualScore                  :                       00000000000       6        22 0       1111  8 8  8  999        9999999999999999     44444444444444444444444444444   99        5555555  5     2  88   666666 0  5  777777777777777 1     3  333  1 2222 5      666       22  3 5 3 1111111   3333     222222 1  5   33   4   8     44444     111111111111111     8888 66   3 000000 0  3  44  3 666 3   999   77   888888   555  444    3 44     33 44 0  3   4    
lowQualScore                  :                       ...........       .        .. .       ....  . .  .  ...        ................     .............................   ..        .......  .     .  ..   ...... .  .  ............... .     .  ...  . .... .      ...       ..  . . . .......   ....     ...... .  .   ..   .   .     .....     ...............     .... ..   . ...... .  .  ..  . ... .   ...   ..   ......   ...  ...    . ..     .. .. .  .   .    
lowQualScore                  :                       00000000000       0        00 8       4444  0 0  0  888        6666666666666666     22222222222222222222222222222   22        2222222  0     5  55   444444 7  7  333333333333333 7     0  444  7 1111 7      999       99  0 3 0 0000000   9999     666666 7  7   55   4   9     00000     222222222222222     5555 33   6 555555 5  1  22  3 333 1   555   33   888888   333  999    3 66     44 66 5  6   4    
consensus                     :              NNNNCATTC--TCATG--TAACCCGTGGGGATCCGGG-TTAGAATAG-GC-CT-C-AG-CA-T-CCCCTTGCTTGTGTCGTAA-AGA-GGCGA----C--T----GAAT--------CATTCGGA--TGAGACCG-NA----AA-ACCGAGGTN-CCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCACGAN--AAAG----A-TCCCTCCC-TGCTCAA-AGGNCNTNA--GC---GCCG---AGCAT---A--GGCC-TAAATTTT-GCA-GCCCT-----TCACC---GGC-A--N----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACGT-A--AAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
Reference ( gi|3 )            :              ATTGCATTCAACCATGACCGACCCGTGAGGATCCGGGTTTAGAATAG-TT-CT-C-AG-CA-T-CCCCTTGC--GT-TCGTAA-AGACGGCGA----C--T----GAA---------CATTCGGA--TGAGACCG-AA----AACACCGAGGTA-CCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCACGAA--AAAG----A-TCCCTCCC-TGCTCAA-AGGCCCTGA--GT---GCCA---AGCAT---A--GGCC-TAAATTTT-GCA-GCCCT-----TCACC---GGC-A--T----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACGT-A--AAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|4                          :                  CATTC--TCATG--TAACCCGTGGCGGTCCGG--TTAGAATAG-TC-CC-C-AA-CA-T-CCCCTTGC--GTGTCG-AA-AGA-GGCGA----C--T----GAATT-------CATTCGGA--TGAGACTG-CA----AAAACCGA-GTACCCT------TGTC-AC---AG-CA-G----GTGTGGCACGAT--AAAG----A-TCCCTCAC-TGCTCAA-AGGGCCCGA--TT---GCCG---AGCAC---A--GGCC-TAAA-TTT-GCA-GCCCT-----TCACT---GGC-A--A----TGGTC----AC-GTC-T------CGAT-AT--GA-GT--G-CAA--TATT--CTC------GAGT---G--GACGT-A--AAACAA-T---AAT-AAT-CA
gi|2                          :                                  tCCCGTGGGGACCTGTGTT-AGAATAG-GT-CCGC-AG-CA---CCCCTGGCTTAT-CCTTAG-AG---GCGA----C--T----AAA---------TA-----A--TGACACTG-TA----AA-ACTGAGGTT-CTC------TGTC-AC---AT-TA-G----GCGTGGCATGAT--AATT----A-TCCCTCTT-TGCTCAATAGACCATAA--GC---GCCG---AACAT---A--GACT-TAAATTTT-GTA-GGTCT-----TCACC---GGC-A--A----TGGTG----AC-ATC-T------CCGT-AT--GA-GT--G-AAA--AATT--TAC------AAAC--GG--AAtt
gi|11                         : ataccattcatggcaatgaccacttttcttttacCCCATGGGTATCCGGG-TTAGAATAG-GTATT-C-AG-TA-C-CCCgatacaatcaaaaacctttcttctttttagtagctggattgataatc
gi|5                          :                       ataacattcaaagttaatcacatttttacTTAGAATAG-GC-CT-CCAG-CA-T-CCCCTTGC--GTGTCGTAA--GA-GGCGA----C--T----GAATGGGGCGGTCATTCGGA--TGAGACCG-AA----AA-ACCGAGGTC-CCG------TGTC-A--------A-G----GCATGGTAGGAATGAAAG----AATCACTCCT-TGCTCAA-AGGGCCTGA--GT---GGCG---AGCAT---A--GGCC-TAATTTTT-GCA-GCCCT-----TCACC---GTC-AAAT----TG-TG----AT-GTC-T------CCAT-AT--GA-TT--T-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACGT-A--AAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|1                          :                                                   gTTAGAATAGGTC-CT-C-AGACAGTACCCTTTGCTTGT-T-GTAAGAGACGACGAAATGCGGT----GGT---------CCTTTGGA--TGAGATCA-CA----AAAACTGAGATT-CTG------CGTC-GC---AG-AA-G----ATGTAGCACGAA--AA-G----A-TCCCTCCC-TGCTCAACAGGTCTTTA--GC---GCCG---AGCAT---ATAGGCC-TAAATTTT-ACA-GCCCT-----TCACC---GGC-A--T----TGGTA----AC-GTC-T------CAAC-AT--GA-GC--G-AAA--TATTCCCTC------GAGA--TA--TATTT-A--AAACAA-T--ATAC-AAT-CAATca
gi|6                          :                                                                                                 -AGA-GGCGA----C--TTTCGGAA---------TAT--GGACCTCAG-CCG-AAGTTAAAC-TCGAGGAA-CCGCGGCAGTGTCCAC---ATGCA-GTTTCGT-TGGCACCGA--TAAG----A-TCCCTCCCTTGCTCAA-AAGGCACGATGGTCTCGCTATGGTGCATACGA--GACCGTAA--TTT-GCAGGCCTT-----TCATCGG-GGCAA--A----TGGTG----ACTGTC-CTCCCCACCAT-AT--GA-GT--GAAAA--AATT--CTC------AAAC--GATTAGCGT-T--AAATAA-C--AAAT-A---CAATctcttgttagccttgataaacagacatttacccttcaatatgacgttagacataatacatcatgatgta
gi|8                          :                                                                                                                                           --TGAGACTGCAA----AACACCGACGT--CCG------T-TC-ACCAGAC-CA-G-----TGTGGCA-GAT--AAAGTAATA-TCC------TGCTTAA--GGCATTCA--GC---TCGG---AGCAT---A--G-CC-TACATTTTTGCAAGCCCT-----TCACC----AC-A--A----AGAGGTTCCAT-GTC-T------CCAT-AT--tcaatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                           G------TCTC-AT---AT-CTTG----ATATG-CACAAC--GAAG----A-ACCCTCAC-CACC--A-CGGCCATCA--GC---GCCG---TGCAT---T--GGTC---AAGTCT-GCT-ACACC-----TCACCTAAAGC---------TGGTA----AT-GTT-T------T-----T--GA-AA--G-AAA--AAT---CTT------GAAT--GG--GATGT-ATAAAACAA-C--ATAC-AAC-CAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     cggatATTTT-TCA-GCCCTA----TCACC---G-C-A--GAAGGTGGTG----AC-GTCAT------CCATCATTGGA-GT--G-AAAAATATTT-CTCTGGATTGAG---GA--GACGT-A--AAACAG-TTAAAATAAAT-CAAacaaaccttccttgttgcatttggttccaggtcctccattttcctgcctttaaatgacaaaaaaaatataatataatgta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             gT-ACA-GCCCTAAAATTCACC---GGC-A--G----TGCTG----A--GTC-T------CCAT-AG--GAAGTTCA-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--ACCGT-A--AAACAA-C--AAAT-AAT--AATatc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -----TCACC---TGA-AG-C----TGGTA----AG-GTC-T------TTGC-TT--TA-G-----AAA--AATC--CTG------GAAT--GG--GACGT-A--AAACAA-T--ATAT-Acatca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--ATTT--CTC------AAAA--AG--GACGC-A--AAACAT-T--ATAC-AATACAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AT-AT--GA-GC--G-AAA--TATC--CTC------GAGTTGGG--AACGTAA--AAACAGAT--AAAT-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -AT--GA-TG--G-AAAACTATT--CTC------GAGT--GG---ACGT-A--AA-CAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -AAA--TATT--CTC------GAAT--GG--GACGT-A--AAACAG-T--A





Alignments
lowQualScore                  :                             11     11                              111         111        33333     11          1111   6666666666666666666                   111    1111          111111                 11111           111    1111                  11                            111                        11111              22222                                                                                                       
lowQualScore                  :                             88     33  3                  6        555   6  6  555        00000   0 22  6       4444   3333333333333333333  44   77        1 000  5 5555      6   444444    5  999999  5 00000 0     66  222  0 0000 5      1  5      00  1 1 1 66 888    888       555    5    66     4  4    22222     7777777  00000     7777 44   3 999999    2  33  3 555 2   999   66   888888   444  33    44 3       3 44    3   4    
lowQualScore                  :                             ..     ..  .                  .        ...   .  .  ...        .....   . ..  .       ....   ...................  ..   ..        . ...  . ....      .   ......    .  ......  . ..... .     ..  ...  . .... .      .  .      ..  . . . .. ...    ...       ...    .    ..     .  .    .....     .......  .....     .... ..   . ......    .  ..  . ... .   ...   ..   ......   ...  ..    .. .       . ..    .   .    
lowQualScore                  :                             33     88  0                  7        333   7  7  000        00000   8 11  7       2222   3333333333333333333  22   99        0 000  7 0000      6   444444    0  666666  0 99999 2     44  888  4 6666 0      4  0      11  0 0 0 99 888    888       666    0    22     0  0    77777     9999999  99999     7777 88   3 666666    9  99  1 222 9   888   88   222222   333  99    22 1       1 22    3   0    
consensus                     :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCTTGTGTCGTAAAGA-GGCGACT----GAA---------T--------CATTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GAT--AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCNTGA--G---CGCC---GAGCATA---GGCC-TAAA-TTTTGC-AG-CCCT-----TCACC---GG--CAA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
Reference ( family-1348 )     :                    NNNNCATTC--TCATG--TAACCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCTTGTGTCGTAAAGA-GGCGACT----GAA---------T--------CATTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GAN--AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGNCNTNA--G---CGCC---GAGCATA---GGCC-TAAA-TTTTGC-AG-CCCT-----TCACC---GG--CAN----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|1                          :                                                         TT-AGAATAGGTC-CTC-AGACAGTACCCTTTGCTTGT--TGTAA-GA-GACGAC-----GAAATGCGGTGGT--------CCTTTGGA--TGAGATCACA---AA-AAC--TGAGATTCTG------CGTC-GC---AG-AA-G----ATGTAGCAC-GA---AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAACAGGTCTTTA--G---CGCC---GAGCATATA-GGCC-TAAA-TTTTAC-AG-CCCT-----TCACC---GG--CAT----TGGTA----AC-GTC-T------CAAC-AT--GA-GC--G-AAA--TATTCCCTC------GAGA--TA--TATT--T-AAAACAA-T--ATAC-AAT-CAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAC-AG-CCCTAAAATTCACC---GG--CAG----TGCTG----A--GTC-T------CCAT-AG--GAAGTTCA-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--ACCG--T-AAAACAA-C--AAAT-AAT--AATctcttgttagccttgataaacagacatttacccttcaatatgacgttagacataatacatcatgatgta
gi|11                         :                                    --TACCCCATGGGTATCCGGGTT-AGAATAGG-TATTC-AG-TA-C-CCCcatca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataacattcaaagttaatcacatttt-----TCACC---TG--AAGC---TGGTA----AG-GTC-T------TTGC-TT--TA-G-----AAA--AATC--CTG------GAAT--GG--GACG--T-AAAACAA-T--ATAT-A
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--ATTT--CTC------AAAA--AG--GACG--C-AAAACAT-T--ATAC-AATACAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -AT--GA-TG--G-AAAACTATT--CTC------GAGT--GG---ACG--T-AAA-CAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AT-AT--GA-GC--G-AAA--TATC--CTC------GAGTTGGG--AACG--TAAAAACAGAT--AAAT-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -AAA--TATT--CTC------GAAT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--A
gi|2                          :                          TTT--TCTTT--TACCCCGTGGGGACCTGTGTT-AGAATAGGTC-CGC-AG-CA---CCCCTGGCTTAT-CCTTA--GA-GGCGACT----AAA---------T--------------AA--TGACACTGTA---AA-A-C--TGAGGTTCTC------TGTC-AC---AT-TA-G----GCGTGGCAT-GAT--AATT----A-TCCCTCTTT-GCTCAATAGACCATAA--G---CGCC---GAACATA---GACT-TAAA-TTTTGT-AG-GTCT-----TCACC---GG--CAA----TGGTG----AC-ATC-T------CCGT-AT--GA-GT--G-AAA--AATT--TAC------AAAC--GG--AA
gi|3                          : ataccattcatggcaatgaccacCATTCAACCATGACCGACCCGTGAGGATCCGGGTTTAGAATAGT-T-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGC--GT-TCGTAAAGACGGCGACT----GAA------------------CATTCGGA--TGAGACCGAA---AACA-C--CGAGGTACCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GAA--AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCCTGA--G---TGCC---AAGCATA---GGCC-TAAA-TTTTGC-AG-CCCT-----TCACC---GG--CAT----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAATgatacaatcaaaaacctttcttctttttagtagctggattgataatc
gi|4                          :                    attgCATTC--TCATG--TAACCCGTGGCGGTCCGG-TT-AGAATAGT-C-CCC-AA-CA-T-CCCCTTGC--GTGTCG-AAAGA-GGCGACT----GAA---------TT-------CATTCGGA--TGAGACTGCA---AA-AAC--CGAGTACCCT------TGTC-AC---AG-CA-G----GTGTGGCAC-GAT--AAAG----A-TCCCTCACT-GCTCAA-AGGGCCCGA--T---TGCC---GAGCACA---GGCC-TAAA--TTTGC-AG-CCCT-----TCACT---GG--CAA----TGGTC----AC-GTC-T------CGAT-AT--GA-GT--G-CAA--TATT--CTC------GAGT---G--GACG--T-AAAACAA-T---AAT-AAT-CA
gi|5                          :                                                       tGTT-AGAATAGG-C-CTCCAG-CA-T-CCCCTTGC--GTGTCGTAA-GA-GGCGACT----GAA---------TGGGGCGGTCATTCGGA--TGAGACCGAA---AA-A-C--CGAGGTCCCG------TGTC-A--------A-G----GCATGGTAG-GAATGAAAG----AATCACTCCTT-GCTCAA-AGGGCCTGA--G---TGGC---GAGCATA---GGCC-TAAT-TTTTGC-AG-CCCT-----TCACC---GT--CAAA---TTGTG----AT-GTC-T------CCAT-AT--GA-TT--T-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAATtt
gi|6                          :                                                                                                      AGA-GGCGACTTTCGGAA---------T---------AT--GGACCTCAG-CCGAAGTTAA-A-CT-CGAGGAACCGCGGCAGTGTCCAC---ATGCA-GTTTCGT-TGGCACCGAT--AA-G----A-TCCCTCCCTTGCTCAA-AAGGCACGATGGTCTCGCTATGGTGCATACGAGACCGTAA---TTTGC-AGGCCTT-----TCATC---GGGGCAAA---TGGTG----ACTGTC-CTCCCCACCAT-AT--GA-GT--GAAAA--AATT--CTC------AAAC--GATTAGCG--T-TAAATAA-C--AAAT-A---CAATca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                  G------TCTC-AT---AT-CTTG----ATATG-CAC-AAC--GAAG----A-ACCCTCACC-ACC--A-CGGCCATCA--G---CGCC---GTGCATT---GGTC---AA-GTCTGC-TA-CACC-----TCACCTAAAG--C------TGGTA----AT-GTT-T------T-----T--GA-AA--G-AAA---AAT--CTT------GAAT--GG--GATGTAT-AAAACAA-C--ATAC-AAC-CAAtcaatt
gi|8                          :                                                                                                                                             cggat--TGAGACTGCA---AA-A-CACCGACGT-CCG------T-TC-ACCAGAC-CA-G-----TGTGGCA--GAT--AAAGTAATA-TCC-----T-GCTTAA--GGCATTCA--G---CTCG---GAGCATA----GCC-TACATTTTTGCAAG-CCCT-----TCACC----A--CAA----AGAGGTTCCAT-GTC-T------CCAT-AT--acaaaccttccttgttgcatttggttccaggtcctccattttcctgcctttaaatgacaaaaaaaatataatataatgta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                A-TTTTTC-AG-CCCTA----TCACC---G---CAGAAGGTGGTG----AC-GTCAT------CCATCATTGGA-GT--G-AAAAATATTT-CTCTGGATTGAG---GA--GACG--T-AAAACAG-TTAAAATAAAT-CAA





Alignments
lowQualScore                  :                             11     11                              111         111        33333     11          1111   6666666666666666666                   111    1111          111111                 11111           111    1111                  11          1111                                           11111     111     11111                                                                                                       
lowQualScore                  :                             88     33  1                  6        555   6  6  555        00000   0 22  6       4444   3333333333333333333  44   77        1 000  5 5555      6   444444    5  999999  5 00000 0     66  222  0 0000 5      1  5      00  1 1 1 5 0000    888      999999    5    66     4 4     22222     111   3 77777     7777 44   3 999999    2  33  3 555 2   999   66   888888   444  33    44 3       3 44    3   4    
lowQualScore                  :                             ..     ..  .                  .        ...   .  .  ...        .....   . ..  .       ....   ...................  ..   ..        . ...  . ....      .   ......    .  ......  . ..... .     ..  ...  . .... .      .  .      ..  . . . . ....    ...      ......    .    ..     . .     .....     ...   . .....     .... ..   . ......    .  ..  . ... .   ...   ..   ......   ...  ..    .. .       . ..    .   .    
lowQualScore                  :                             33     88  0                  7        333   7  7  000        00000   8 11  7       2222   3333333333333333333  22   99        0 000  7 0000      6   444444    0  666666  0 99999 2     44  222  4 6666 0      4  0      11  4 0 4 0 6666    888      999999    0    22     0 0     77777     444   6 00000     7777 88   3 666666    9  99  1 222 9   888   88   222222   333  99    22 1       1 22    3   0    
consensus                     :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCTTGTGTCGTAAAGA-GGCGACT----GAA---------T--------CATTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCNTGA-G----CGCC---GAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
Reference ( family-1348 )     :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCTTGTGTCGTAAAGA-GGCGACT----GAA---------T--------CATTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCNTGA-G----CGCC---GAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|1                          :                                                         TT-AGAATAGGTC-CTC-AGACAGTACCCTTTGCTTGT--TGTAA-GA-GACGAC-----GAAATGCGGTGGT--------CCTTTGGA--TGAGATCACA---AA-AAC--TGAGATTCTG------CGTC-GC---AG-AA-G----ATGTAGCAC-GA---AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAACAGGTCTTTA-G----CGCC---GAGCAT---ATAGGCC-TAAA-TTTTAC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AT----TGGTA----AC-GTC-T------CAAC-AT--GA-GC--G-AAA--TATTCCCTC------GAGA--TA--TATT--T-AAAACAA-T--ATAC-AAT-CAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAC-A-GCCCTAAAATTCACC---GGC-AG----TGCTG----A--GTC-T------CCAT-AG--GAAGTTCA-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--ACCG--T-AAAACAA-C--AAAT-AAT--AATctcttgttagccttgataaacagacatttacccttcaatatgacgttagacataatacatcatgatgta
gi|11                         :                                    --TACCCCATGGGTATCCGGGTT-AGAATAGG-TATTC-AG-TA-C-CCCcatca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ataacattcaaagttaatcacatttt-----TCACC---TGA-AGC---TGGTA----AG-GTC-T------TTGC-TT--TA-G-----AAA--AATC--CTG------GAAT--GG--GACG--T-AAAACAA-T--ATAT-A
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--ATTT--CTC------AAAA--AG--GACG--C-AAAACAT-T--ATAC-AATACAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AT--GA-TG--G-AAAACTATT--CTC------GAGT--GG---ACG--T-AAA-CAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AT-AT--GA-GC--G-AAA--TATC--CTC------GAGTTGGG--AACG--TAAAAACAGAT--AAAT-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -AAA--TATT--CTC------GAAT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--A
gi|2                          :                          TTT--TCTTT--TACCCCGTGGGGACCTGTGTT-AGAATAGGTC-CGC-AG-CA---CCCCTGGCTTAT-CCTTA--GA-GGCGACT----AAA---------T--------------AA--TGACACTGTA---AA-A-C--TGAGGTTCTC------TGTC-AC---AT-TA-G----GCGTGGCAT-GA-T-AATT----A-TCCCTCTTT-GCTCAATAGACCATAA-G----CGCC---GAACAT---A--GACT-TAAA-TTTTGT-A-GGTCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-ATC-T------CCGT-AT--GA-GT--G-AAA--AATT--TAC------AAAC--GG--AA
gi|3                          : ataccattcatggcaatgaccacCATTCAACCATGACCGACCCGTGAGGATCCGGGTTTAGAATAGT-T-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGC--GT-TCGTAAAGACGGCGACT----GAA------------------CATTCGGA--TGAGACCGAA---AACA-C--CGAGGTACCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-A-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCCTGA-G----TGCC---AAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AT----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAATgatacaatcaaaaacctttcttctttttagtagctggattgataatc
gi|4                          :                    attgCATTC--TCATG--TAACCCGTGGCGGTCCGG-TT-AGAATAGT-C-CCC-AA-CA-T-CCCCTTGC--GTGTCG-AAAGA-GGCGACT----GAA---------TT-------CATTCGGA--TGAGACTGCA---AA-AAC--CGAGTACCCT------TGTC-AC---AG-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCACT-GCTCAA-AGGGCCCGA-T----TGCC---GAGCAC---A--GGCC-TAAA--TTTGC-A-GCCCT-----TCACT---GGC-AA----TGGTC----AC-GTC-T------CGAT-AT--GA-GT--G-CAA--TATT--CTC------GAGT---G--GACG--T-AAAACAA-T---AAT-AAT-CA
gi|5                          :                                                       tGTT-AGAATAGG-C-CTCCAG-CA-T-CCCCTTGC--GTGTCGTAA-GA-GGCGACT----GAA---------TGGGGCGGTCATTCGGA--TGAGACCGAA---AA-A-C--CGAGGTCCCG------TGTC-A--------A-G----GCATGGTAG-GAATGAAAG----AATCACTCCTT-GCTCAA-AGGGCCTGA-G----TGGC---GAGCAT---A--GGCC-TAAT-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GTC-AAA---TTGTG----AT-GTC-T------CCAT-AT--GA-TT--T-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAATtt
gi|6                          :                                                                                                      AGA-GGCGACTTTCGGAA---------T---------AT--GGACCTCAG-CCGAAGTTAA-A-CT-CGAGGAACCGCGGCAGTGTCCAC---ATGCA-GTTTCGT-TGGCACCGA-T-AA-G----A-TCCCTCCCTTGCTCAA-AAGGCACGATGGTCTCGCTATGGTGCATACGA--GACCGTAA---TTTGC-AGGCCTT-----TCATCGG-GGCAAA----TGGTG----ACTGTC-CTCCCCACCAT-AT--GA-GT--GAAAA--AATT--CTC------AAAC--GATTAGCG--T-TAAATAA-C--AAAT-A---CAATca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                  G------TCTC-AT---AT-CTTG----ATATG-CAC-AA-C-GAAG----A-ACCCTCACC-ACC--A-CGGCCATCA-G----CGCC---GTGCAT---T--GGTC---AA-GTCTGC-T-ACACC-----TCACCTAAAGC-------TGGTA----AT-GTT-T------T-----T--GA-AA--G-AAA---AAT--CTT------GAAT--GG--GATGTAT-AAAACAA-C--ATAC-AAC-CAAtcaatt
gi|8                          :                                                                                                                                             cggat--TGAGACTGCA---AA-A-CACCGACGT-CCG------T-TC-ACCAGAC-CA-G-----TGTGGCA--GA-T-AAAGTAATA-TCC-----T-GCTTAA--GGCATTCA-G----CTCG---GAGCAT---A---GCC-TACATTTTTGCAA-GCCCT-----TCACC----AC-AA----AGAGGTTCCAT-GTC-T------CCAT-AT--acaaaccttccttgttgcatttggttccaggtcctccattttcctgcctttaaatgacaaaaaaaatataatataatgta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A-TTTTTC-A-GCCCTA----TCACC---G-C-AGAAGGTGGTG----AC-GTCAT------CCATCATTGGA-GT--G-AAAAATATTT-CTCTGGATTGAG---GA--GACG--T-AAAACAG-TTAAAATAAAT-CAA





Alignments
lowQualScore                  :                             11     11                              111         111        33333     11          1111   6666666666666666666                   111    1111          111111                 11111           111    1111                  11          1111                                           11111     111     11111                                                                                                       
lowQualScore                  :                             88     33  1                  6        555   6  6  555        00000   0 22  6       4444   3333333333333333333  44   77        1 000  5 5555      6   444444    5  999999  5 00000 0     66  222  0 0000 5      1  5      00  1 1 1 5 0000    888      999999    5    66     4 4     22222     111   3 77777     7777 44   3 999999    2  33  3 555 2   999   66   888888   444  33    44 3       3 44    3   4    
lowQualScore                  :                             ..     ..  .                  .        ...   .  .  ...        .....   . ..  .       ....   ...................  ..   ..        . ...  . ....      .   ......    .  ......  . ..... .     ..  ...  . .... .      .  .      ..  . . . . ....    ...      ......    .    ..     . .     .....     ...   . .....     .... ..   . ......    .  ..  . ... .   ...   ..   ......   ...  ..    .. .       . ..    .   .    
lowQualScore                  :                             33     88  0                  7        333   7  7  000        00000   8 11  7       2222   3333333333333333333  22   99        0 000  7 0000      6   444444    0  666666  0 99999 2     44  222  4 6666 0      4  0      11  4 0 4 0 6666    888      999999    0    22     0 0     77777     444   6 00000     7777 88   3 666666    9  99  1 222 9   888   88   222222   333  99    22 1       1 22    3   0    
consensus                     :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCTTGTGTCGTAAAGA-GGCGACT----GAA---------T--------CATTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCNTGA-G----CGCC---GAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
Reference ( family-1348 )     :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCTTGTGTCGTAAAGA-GGCGACT----GAA---------T--------CATTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCNTGA-G----CGCC---GAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|1                          :                                                         TT-AGAATAGGTC-CTC-AGACAGTACCCTTTGCTTGT--TGTAA-GA-GACGAC-----GAAATGCGGTGGT--------CCTTTGGA--TGAGATCACA---AA-AAC--TGAGATTCTG------CGTC-GC---AG-AA-G----ATGTAGCAC-GA---AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAACAGGTCTTTA-G----CGCC---GAGCAT---ATAGGCC-TAAA-TTTTAC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AT----TGGTA----AC-GTC-T------CAAC-AT--GA-GC--G-AAA--TATTCCCTC------GAGA--TA--TATT--T-AAAACAA-T--ATAC-AAT-CAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAC-A-GCCCTAAAATTCACC---GGC-AG----TGCTG----A--GTC-T------CCAT-AG--GAAGTTCA-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--ACCG--T-AAAACAA-C--AAAT-AAT--AATctcttgttagccttgataaacagacatttacccttcaatatgacgttagacataatacatcatgatgta
gi|11                         :                                    --TACCCCATGGGTATCCGGGTT-AGAATAGG-TATTC-AG-TA-C-CCCcatca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        ataacattcaaagttaatcacatttt-----TCACC---TGA-AGC---TGGTA----AG-GTC-T------TTGC-TT--TA-G-----AAA--AATC--CTG------GAAT--GG--GACG--T-AAAACAA-T--ATAT-A
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--ATTT--CTC------AAAA--AG--GACG--C-AAAACAT-T--ATAC-AATACAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AT--GA-TG--G-AAAACTATT--CTC------GAGT--GG---ACG--T-AAA-CAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AT-AT--GA-GC--G-AAA--TATC--CTC------GAGTTGGG--AACG--TAAAAACAGAT--AAAT-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -AAA--TATT--CTC------GAAT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--A
gi|2                          :                          TTT--TCTTT--TACCCCGTGGGGACCTGTGTT-AGAATAGGTC-CGC-AG-CA---CCCCTGGCTTAT-CCTTA--GA-GGCGACT----AAA---------T--------------AA--TGACACTGTA---AA-A-C--TGAGGTTCTC------TGTC-AC---AT-TA-G----GCGTGGCAT-GA-T-AATT----A-TCCCTCTTT-GCTCAATAGACCATAA-G----CGCC---GAACAT---A--GACT-TAAA-TTTTGT-A-GGTCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-ATC-T------CCGT-AT--GA-GT--G-AAA--AATT--TAC------AAAC--GG--AA
gi|3                          : ataccattcatggcaatgaccacCATTCAACCATGACCGACCCGTGAGGATCCGGGTTTAGAATAGT-T-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGC--GT-TCGTAAAGACGGCGACT----GAA------------------CATTCGGA--TGAGACCGAA---AACA-C--CGAGGTACCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-A-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCCTGA-G----TGCC---AAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AT----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAATgatacaatcaaaaacctttcttctttttagtagctggattgataatc
gi|4                          :                    attgCATTC--TCATG--TAACCCGTGGCGGTCCGG-TT-AGAATAGT-C-CCC-AA-CA-T-CCCCTTGC--GTGTCG-AAAGA-GGCGACT----GAA---------TT-------CATTCGGA--TGAGACTGCA---AA-AAC--CGAGTACCCT------TGTC-AC---AG-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCACT-GCTCAA-AGGGCCCGA-T----TGCC---GAGCAC---A--GGCC-TAAA--TTTGC-A-GCCCT-----TCACT---GGC-AA----TGGTC----AC-GTC-T------CGAT-AT--GA-GT--G-CAA--TATT--CTC------GAGT---G--GACG--T-AAAACAA-T---AAT-AAT-CA
gi|5                          :                                                       tGTT-AGAATAGG-C-CTCCAG-CA-T-CCCCTTGC--GTGTCGTAA-GA-GGCGACT----GAA---------TGGGGCGGTCATTCGGA--TGAGACCGAA---AA-A-C--CGAGGTCCCG------TGTC-A--------A-G----GCATGGTAG-GAATGAAAG----AATCACTCCTT-GCTCAA-AGGGCCTGA-G----TGGC---GAGCAT---A--GGCC-TAAT-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GTC-AAA---TTGTG----AT-GTC-T------CCAT-AT--GA-TT--T-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAATtt
gi|6                          :                                                                                                      AGA-GGCGACTTTCGGAA---------T---------AT--GGACCTCAG-CCGAAGTTAA-A-CT-CGAGGAACCGCGGCAGTGTCCAC---ATGCA-GTTTCGT-TGGCACCGA-T-AA-G----A-TCCCTCCCTTGCTCAA-AAGGCACGATGGTCTCGCTATGGTGCATACGA--GACCGTAA---TTTGC-AGGCCTT-----TCATCGG-GGCAAA----TGGTG----ACTGTC-CTCCCCACCAT-AT--GA-GT--GAAAA--AATT--CTC------AAAC--GATTAGCG--T-TAAATAA-C--AAAT-A---CAATca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                  G------TCTC-AT---AT-CTTG----ATATG-CAC-AA-C-GAAG----A-ACCCTCACC-ACC--A-CGGCCATCA-G----CGCC---GTGCAT---T--GGTC---AA-GTCTGC-T-ACACC-----TCACCTAAAGC-------TGGTA----AT-GTT-T------T-----T--GA-AA--G-AAA---AAT--CTT------GAAT--GG--GATGTAT-AAAACAA-C--ATAC-AAC-CAAtcaatt
gi|8                          :                                                                                                                                             cggat--TGAGACTGCA---AA-A-CACCGACGT-CCG------T-TC-ACCAGAC-CA-G-----TGTGGCA--GA-T-AAAGTAATA-TCC-----T-GCTTAA--GGCATTCA-G----CTCG---GAGCAT---A---GCC-TACATTTTTGCAA-GCCCT-----TCACC----AC-AA----AGAGGTTCCAT-GTC-T------CCAT-AT--acaaaccttccttgttgcatttggttccaggtcctccattttcctgcctttaaatgacaaaaaaaatataatataatgta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A-TTTTTC-A-GCCCTA----TCACC---G-C-AGAAGGTGGTG----AC-GTCAT------CCATCATTGGA-GT--G-AAAAATATTT-CTCTGGATTGAG---GA--GACG--T-AAAACAG-TTAAAATAAAT-CAA


blockSeqs                     :                             AA     AC  C                  T        TA    C  .  C          TTAT      AA  C       TTCG   TGGGGCGGTC           TC   CC        T GTT  C CAC       T   CGGCAG    C  CAGAC   T TTTCG       CC  ATG    TAAT A      T  T      TA  C A A T GTCT    ATG      ACGA      G    TT     A G     AAAAT     TAA   A GAAGG     TTCC CT   A TCCCCA    C  TG  A TTC A   ACT   T    TGGATT   TTG  TT    TA A       A TA    A   A
blockSeqs                     :                             .      .   A                  .        TC    .  .  T          GTG       AA  .       .      TTC                  TC   .         A .    . AC        A   .         .  ATG     . G           T   T      .    .      C  .      A   C C G . .       .        A         .    T      . .     A         GG    . GC        .    G    . .         .  .   . T   .   AAT   .    .        T    .     .  .       . .     .   .
blockSeqs                     :                                    .   A                  .        T     .  .  T          GTG       A   .       .      T                    TC   .         C .    . CT        C   .         .  AT      . G           C   A      .    .      A  .      A   G C G . .       .        A         .    T      . .     .         .     . AA        .    C    . .         .  .   . G   .   T     .    .        T    .     .  .       . .     .   .
blockSeqs                     :                                                           .        C     .  .  T          GT        .   .       .      C                    .    .         A .    . C         C   .         .  AT      . G           C   T      .    .      C  .      A   G C G . .       .        A         .    T      . .     .         .     . G         .    C    . .         .  .   . C   .   A     .    .        A    .     .  .       . .     .   .
blockSeqs                     :                                                           .        C     .  .  .                        .       .      T                    .    .         A .    . C         A   .         .  AG      . G           G   T      .    .      C  .      A   G A G . .       .        A         .    G      . .     .         .     . A         .    C    . .         .  .   . T   .   A     .    .        T    .     .  .       . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .         C .    . C         .   .         .  AT      . A           C   C      .    .      A  .      C   C A C . .       .        T         .    T      . .     .         .     . T         .    T    . .         .  .   . T   .   T     .    .        T    .     .  .       . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                   .         .  .       . .           .   T      .    .      .  .      .   C T C . .       .        A         .    .      . .     .         .     . A         .    T    . .         .  .   . T   .   T     .    .        C    .     .  .       . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .      . .     .         .     . A         .    T    . .         .  .   . T   .   A     .    .        T    .     .  .       . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          . .     .         .     . A         .    C    . .         .  .   . T   .   T     .    .        T    .     .  .       . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .         .     . .         .    .    . .         .  .   . A   .   T     .    .        T    .     .  .       . .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        . .         .  .   . T   .   T     .    .        C    .     .  .       . .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .   . .   .   A     .    .        T    .     .  .       . .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .         .   .     .    .        .    .                             


blockSeqCons                  :                                                                    C**         T**        GTG**     A*                 T******************                          C***                                                 T**                          A*                           A*****                                                                                                 **
originalCons                  :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCTTGTGTCGTAAAGA-GGCGACT----GAA---------T--------CATTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCNTGA-G----CGCC---GAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
finalCons                     :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGGC--CTC-AG-CAT--CCCCTTGCGTG--TCGTAA-GA-GGCGACT----GAAT------------------ATTCGGA--TGAGACCGNA---AA-AC---CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GAT--AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAAA-GGCCNTGA-G----CGCC---GAGCATA-----GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT





Alignments
lowQualScore                  :                             11     11                              111         111                            1111    5555555555555555555555               111    1111          111111                 11111           111    1111                  11          1111                                           11111     111     11111                                                                                                       
lowQualScore                  :                             88     33  1                  6        555   6  6  555          3      6  6       4444    9999999999999999999999   77        1 000  5 5555      6   444444    5  999999  5 00000 0     66  222  0 0000 5      1  5      00  1 1 1 5 0000    888      999999    5    66     4 4     22222     111   3 77777     7777 44   3 999999    2  33  3 555 2   999   66   888888   444  33    44 3       3 44    3   4    
lowQualScore                  :                             ..     ..  .                  .        ...   .  .  ...          .      .  .       ....    ......................   ..        . ...  . ....      .   ......    .  ......  . ..... .     ..  ...  . .... .      .  .      ..  . . . . ....    ...      ......    .    ..     . .     .....     ...   . .....     .... ..   . ......    .  ..  . ... .   ...   ..   ......   ...  ..    .. .       . ..    .   .    
lowQualScore                  :                             33     88  0                  7        333   7  7  000          2      7  7       2222    3333333333333333333333   99        0 000  7 0000      6   444444    0  666666  0 99999 2     44  222  4 6666 0      4  0      11  4 0 4 0 6666    888      999999    0    22     0 0     77777     444   6 00000     7777 88   3 666666    9  99  1 222 9   888   88   222222   333  99    22 1       1 22    3   0    
consensus                     :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCGTGTCGTAA-GA-GGCGACT----GAAT---------A---------TTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCNTGA-G----CGCC---GAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
Reference ( family-1348 )     :                    NNNNCATTC--TCATG--TANCCCGTGGGGATCCGGGTT-AGAATAGG-C-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCGTGTCGTAA-GA-GGCGACT----GAAT---------A---------TTCGGA--TGAGACCGNA---AA-A-C--CGAGGTNCCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCNTGA-G----CGCC---GAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|1                          :                                                         TT-AGAATAGGTC-CTC-AGACAGTACCCTTTGCTTGTTGTAA-GA-GACGACG----AAAT---------GCGGTGGTCCTTTGGA--TGAGATCACA---AA-AAC--TGAGATTCTG------CGTC-GC---AG-AA-G----ATGTAGCAC-GA---AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAACAGGTCTTTA-G----CGCC---GAGCAT---ATAGGCC-TAAA-TTTTAC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AT----TGGTA----AC-GTC-T------CAAC-AT--GA-GC--G-AAA--TATTCCCTC------GAGA--TA--TATT--T-AAAACAA-T--ATAC-AAT-CAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAC-A-GCCCTAAAATTCACC---GGC-AG----TGCTG----A--GTC-T------CCAT-AG--GAAGTTCA-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--ACCG--T-AAAACAA-C--AAAT-AAT--AATctcttgttagccttgataaacagacatttacccttcaatatgacgttagacataatacatcatgatgta
gi|11                         :                                    --TACCCCATGGGTATCCGGGTT-AGAATAGG-TATTC-AG-TA-C-CCCcatca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      ataacattcaaagttaatcacatttt-----TCACC---TGA-AGC---TGGTA----AG-GTC-T------TTGC-TT--TA-G-----AAA--AATC--CTG------GAAT--GG--GACG--T-AAAACAA-T--ATAT-A
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--ATTT--CTC------AAAA--AG--GACG--C-AAAACAT-T--ATAC-AATACAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -AT--GA-TG--G-AAAACTATT--CTC------GAGT--GG---ACG--T-AAA-CAG-T--AAAT-AAT-CAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AT-AT--GA-GC--G-AAA--TATC--CTC------GAGTTGGG--AACG--TAAAAACAGAT--AAAT-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -AAA--TATT--CTC------GAAT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--A
gi|2                          :                          TTT--TCTTT--TACCCCGTGGGGACCTGTGTT-AGAATAGGTC-CGC-AG-CA---CCCCTGGCTTATCCTTA-GA-GGCGACT----AAAT---------A--------------A--TGACACTGTA---AA-A-C--TGAGGTTCTC------TGTC-AC---AT-TA-G----GCGTGGCAT-GA-T-AATT----A-TCCCTCTTT-GCTCAATAGACCATAA-G----CGCC---GAACAT---A--GACT-TAAA-TTTTGT-A-GGTCT-----TCACC---GGC-AA----TGGTG----AC-ATC-T------CCGT-AT--GA-GT--G-AAA--AATT--TAC------AAAC--GG--AA
gi|3                          : ataccattcatggcaatgaccacCATTCAACCATGACCGACCCGTGAGGATCCGGGTTTAGAATAGT-T-CTC-AG-CA-T-CCCCTTGCGT-TCGTAAAGACGGCGACT----GAAC---------A---------TTCGGA--TGAGACCGAA---AACA-C--CGAGGTACCG------TGTC-AC---AT-CA-G----GTGTGGCAC-GA-A-AAAG----A-TCCCTCCCT-GCTCAA-AGGCCCTGA-G----TGCC---AAGCAT---A--GGCC-TAAA-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GGC-AT----TGGTG----AC-GTC-T------CCAT-AT--GA-GT--G-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAATgatacaatcaaaaacctttcttctttttagtagctggattgataatc
gi|4                          :                    attgCATTC--TCATG--TAACCCGTGGCGGTCCGG-TT-AGAATAGT-C-CCC-AA-CA-T-CCCCTTGCGTGTCGAAA-GA-GGCGACT----GAATTC-------A---------TTCGGA--TGAGACTGCA---AA-AAC--CGAGTACCCT------TGTC-AC---AG-CA-G----GTGTGGCAC-GA-T-AAAG----A-TCCCTCACT-GCTCAA-AGGGCCCGA-T----TGCC---GAGCAC---A--GGCC-TAAA--TTTGC-A-GCCCT-----TCACT---GGC-AA----TGGTC----AC-GTC-T------CGAT-AT--GA-GT--G-CAA--TATT--CTC------GAGT---G--GACG--T-AAAACAA-T---AAT-AAT-CA
gi|5                          :                                                       tGTT-AGAATAGG-C-CTCCAG-CA-T-CCCCTTGCGTGTCGTAA-GA-GGCGACT----GAATGGGGCGGTCA---------TTCGGA--TGAGACCGAA---AA-A-C--CGAGGTCCCG------TGTC-A--------A-G----GCATGGTAG-GAATGAAAG----AATCACTCCTT-GCTCAA-AGGGCCTGA-G----TGGC---GAGCAT---A--GGCC-TAAT-TTTTGC-A-GCCCT-----TCACC---GTC-AAA---TTGTG----AT-GTC-T------CCAT-AT--GA-TT--T-AAA--TATT--CTC------GAGT--GG--GACG--T-AAAACAG-T--AAAT-AAT-CAATtt
gi|6                          :                                                                                                   A-GA-GGCGACTTTCGGAAT---------A---------T--GGACCTCAG-CCGAAGTTAA-A-CT-CGAGGAACCGCGGCAGTGTCCAC---ATGCA-GTTTCGT-TGGCACCGA-T-AA-G----A-TCCCTCCCTTGCTCAA-AAGGCACGATGGTCTCGCTATGGTGCATACGA--GACCGTAA---TTTGC-AGGCCTT-----TCATCGG-GGCAAA----TGGTG----ACTGTC-CTCCCCACCAT-AT--GA-GT--GAAAA--AATT--CTC------AAAC--GATTAGCG--T-TAAATAA-C--AAAT-A---CAATca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                G------TCTC-AT---AT-CTTG----ATATG-CAC-AA-C-GAAG----A-ACCCTCACC-ACC--A-CGGCCATCA-G----CGCC---GTGCAT---T--GGTC---AA-GTCTGC-T-ACACC-----TCACCTAAAGC-------TGGTA----AT-GTT-T------T-----T--GA-AA--G-AAA---AAT--CTT------GAAT--GG--GATGTAT-AAAACAA-C--ATAC-AAC-CAAtcaatt
gi|8                          :                                                                                                                                           cggat--TGAGACTGCA---AA-A-CACCGACGT-CCG------T-TC-ACCAGAC-CA-G-----TGTGGCA--GA-T-AAAGTAATA-TCC-----T-GCTTAA--GGCATTCA-G----CTCG---GAGCAT---A---GCC-TACATTTTTGCAA-GCCCT-----TCACC----AC-AA----AGAGGTTCCAT-GTC-T------CCAT-AT--acaaaccttccttgttgcatttggttccaggtcctccattttcctgcctttaaatgacaaaaaaaatataatataatgta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                A-TTTTTC-A-GCCCTA----TCACC---G-C-AGAAGGTGGTG----AC-GTCAT------CCATCATTGGA-GT--G-AAAAATATTT-CTCTGGATTGAG---GA--GACG--T-AAAACAG-TTAAAATAAAT-CAA