lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 11111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222222 111 111 11 22 222 1 1 111 111 555555555555555555 111 1 44444444444 111 1 55555555 55555555555555555555 111 111111 1 333333 66666666666 1 22222222 22222222 8888888888888888888888888888888888 1111111111111111111111111111 11111 333333333333
lowQualScore : 2 1 666 2 5 2 0000000000000000000000000000000000000000000 00000000000 2 00000 2 4 2 55 2 55 555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999 8 66666666 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 5 5 6 1 6666666 77 7 5 000 5 5 111 6 55 33 666 0 9 111 777 333333333333333333 3 777 0 77777777777 2 777 0 77777777 8 8 8 3 5 6 99 00000000000000000000 000 6 777777 1 6 2 4 000000 99 44444444444 6 1 66666666 6 99999999 44 55 2 3333333333333333333333333333333333 444 44444 1 1 777 1 2 1 222 1 88888 33333 33 1 3333333333333333333333333333 555555 1 33333 66666666666 1 33333 33 111111111111 777 2 666 2
lowQualScore : . . ... . . . ........................................... ........... . ..... . . . .. . .. ... .................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ..... . ........ . ..................................................... . . . . . ....... .. . . ... . . ... . .. .. ... . . ... ... .................. . ... . ........... . ... . ........ . . . . . . .. .................... ... . ...... . . . . ...... .. ........... . . ........ . ........ .. .. . .................................. ... ..... . . ... . . . ... . ..... ..... .. . ............................ ...... . ..... ........... . ..... .. ............ ... . ... .
lowQualScore : 7 4 999 1 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333 00000000000 1 55555 1 4 2 33 2 77 444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333 0 22222222 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 7 7 0 6 6666666 44 1 7 000 7 7 777 7 88 88 888 0 2 555 555 555555555555555555 2 555 0 55555555555 5 555 0 88888888 0 0 0 2 2 7 22 00000000000000000000 888 7 000000 0 7 2 2 000000 22 77777777777 0 0 33333333 7 33333333 22 33 2 7777777777777777777777777777777777 666 00000 6 3 333 2 5 2 111 2 22222 11111 00 2 0000000000000000000000000000 777777 3 33333 66666666666 4 66666 44 222222222222 888 2 555 7
consensus : CAGGTC-CAGCACAA---TCT-CTTTATCT-AG------C-A---C----TATA-------TAGC--TTTA--A--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CT-A-GA--T-CAA-GCTATTTGA---A----------------------GGGTGAATT-A-----TTTAG--AT--------T----GG-GTTTCA---TN-----GTAAAATNACATT----------GC-TA------AA-AAGTC------------TGA----------C------AATA-ATTTCG----NAACATGTTT-ATG---C--T--N-T---GAAC-TAA-CCA---------------GAA------------------ATCAAGAANAA---AT-TTTTTTG-AAA-----------A---A---GAA--T--TCCTTTTGTT-CTCAC--A-ACTGTCCACTAN-------CC---T--------GTG--CGTTTTGAA-GCGTG-T---T-----AAAG-TA-TGA-TGACTTC---A-C-AATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA--TCTTN--AC-TTTTGTTGTATCCCGTA---TTTT--AN-AA---T-AG---CTGTTGG---TTG-ACAA--C--TCAGTGATCCT---AG-ACGTCTGC----AAATTT-AAAA-TCCAATT-TCTTCTCAAAGGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTATGGAGCATAAGTAT--GAAATGTG--TTCACT----CA----AGTGAAATTCGACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTT--AAAAT--A-GCTAAA----------T----G--------A---------A---AT-----A-GCT-TG--AT-C-T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---GA---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AGAT----T-----AT---AAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( gi|2 ) : CAGGTC-CAGCACAA---TCT-CTTTATCT-AG----GCCTA---C----TATA-------TA----TTTA--A--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CT-A-GA--T-CAA-CCTATTTGA---A----------------------GGGTGAATT-A-----CTTAG--AT--------T----GG-GTTTCA---TTA----GTAAAATGACATT----------GC-TA------AA-AAGTC------------TGA----------C------AATA-ATTTCG----GAACATGTTT-ATG---C--T--A-T---GAAC-TAA-CCA---------------GAA------------------GTCGAGAAC-----AC-TTTTTTG-AAA-----------A---A---GAA--T--TCCTTTTGTT-C--A---A-ACTGTCCATTAG-------CC---T--------GTG--CATTTT--A-GCGTG-T---C-----AAAG-TA-TGA-TAAATTC---C-C-AATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA--TCTTT--AC-TTTTATTGTATCTTGTA---TTTT--AG-A----T-AG---CTGTTGG---TTG-ACAA--C--TGATTGATCCT---AG-ATGTAAAC----AAATTT-AAAA-TCCAATT-TCTTCTTAAAGGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTAT--AAATTGTG--TTCACT----GA----AGTGAAATTTGAATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAA-AGGTTT--AAAAT--A-GCTAAA----------T----G--------A---------A---AT-----A-GCT-TG--AT-C-T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---GA---------T-------A-AG--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AGAT----T----TAT---AAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTGG
gi|3 : CAGGTC-CAGCAC-A---TCTACTTTATTT-AG------------C----TATA-------TAG---CTTAATA--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CTAA-GA--TGCAA-GCTATTTGA---A----------------------
gi|1 : tttgaaaattttcatgcaaaaagtattccttttgttcccacaactgtccacttgtctatcaatgtgtgcgttgaaagcatggttaaagtaatgatgacttcaacaatggggattcatgattagacaatgcattattcacgttgaagtcaactcttttgacttttttgtatcctgtatttttaagaataactggggttttgacaacgtcaagtgatcctagatgttccttgaaatttaaaaatcaatttcttttcaaaggacctagtttaaaaaagttttttcttgtttacaacatgttctatggagccaagtatgaaaaatgtgttcactcagtgaaattcgacttttctgcttgtagaaattaatttgatcgaaggtttaaatagctaaatcaagctaCAGGTCGCAGCACAAATTTAT-CTTTATTT-------GCCTA--------TAAA-------TAGCA-TTTA--ATCAA-----------GCTA-T-----ATAG-CTGA-GATTT-CAAGCCTATTTGA---A---------------------------AATA-G-----CTTGA--AT--------T----TA-GCCT-A---TTT----TTAAAAC--CATTTTCTACAATGGC-AG------AA-AAGTCGAATTTCATGAGTGA----------A------AGCACATTTCA--------ATATTT-GTG---C--TCCA-TA--GAAC--AA-TGT---------------GTA------------------AACAAGAA------AT-TTTTTTA-AAA-----------T---C---TAA--TGGTCCTTTT
gi|5 : agttcagcacaaatctctttattttagctatatagcctgtaatcaactatatattctagatcaagctatttgaaatagcttgatttagctattttagatgattagaatggagtttcaaagttacaatgtacaagccattgcttaaaatctgcaataatttttaacatgtttagctttttgaaactaaccagaacattcttattagagtttcatcgacaacaaattacgtcctttgaaattcatcgcagcaaaacgaattccttttgttccacaactgtccactacctagtgtgcgttttgaggttttttttaaaagttaagattgacttcacaccaatggcagattcatattgactatccattattcacatgatcattcttgactttttgtggtatcccgtatttttttaaataagctgttgattgaacaatctcagtattctctaagaatgtctgcaaatttaaaaatccaattcttttcaCAGGTC-CAGCACAA---TCC-CTTTATTT-AG------------C----TATA-------TAGC--TTTA--A--AATCCAATTCAATCCTA-A-----ATAG-CT-A-GAT-T-CAA-GCTA-TTGA---A----------------------
gi|20 : tgcatgttaaagtatgatgactgcacgaatggattcatgattgacaaatccattatcacttgagtcatcttgattttttgtattattttactataatgttggttgacaaaactcagtatctagatgtctgcaaatttaaaagtccaatttctttcaaaggatcctagtattaaaagttttcttgtttacacattggttctatggagcaaaggatgatgtgttcactcagctgaaattcgaacttctgcgtgttagaatattaatttgagaaaggttaatactaaatcaagctaCAAGTC-CAGTACAA---TCT-CTTTATCT-A------CCTA--------TATA-------GC----TT----------------------TA-T-----ATAG-CT-A-GA--T-CAA-GCTATTTGc
gi|19 : CAGGTC-CAGAACAA---TCT-CTTTATTT-A-----GCCTA--------TATA-------GC----TTTA--AG-AA-----------GCTA-TTAGAAATGG-TT-T-GA--T-TAA-GCTAGTTt
gi|13 : cagtctgCAGGTT-CAGTACAA---TCT-CTATA--------------A---T----TATC-------TA----TT----A--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CT-T-TA--T-CAA-GCTATTTGA---AAT--------------------AGGTTAAT---------TTAG--GT----------------ATTTTG---T-------TCAAAGAAAATT----------GTATA------AA-AAATC------------T-A----------C------AA-A-AT
gi|11 : aCAGGTC-CAGTACAA---TCT-CTTTATCT-AGCTGGGGCTA---CATAATATAAAACAGGCA----TTTA--T--CA-----------GCTA-TATAATATAG-CT-ATGA--T-CAA-GCT-TTTGA---A----------------------
gi|12 : CAGGTT-TAGCACAA---TTT-TTGTAT-T-AG------CTGAATC----TATA-------TAGCTTTTTA--A--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CT-T-CA--T-AAA-GCTATTTGG---A----------------------Gtagcttgatttagctaattttaagtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|17 : aCAGGTC-CAG-AAAA---TTA-CTTTAT-T-AG------------C----TATA-------TAGC--TTTA--AG-AA-----------GCTA-T-----TTAG-tacagtactacactaccatttatagtttagatggaatcaatttgaatttctcaagtgcaatggcattgtta
gi|4 : AGGTC-CAGCACAA---TCT-CTTTATTT-AG------CTA--------TATA-------TAGC--TTTAT-C--AA-----------GCTG-T-----ATAG-CT-A-GA--T-CAA-GGTATTTGA---A------------------------ATAGATTGA-----TTTAGCTAT--------TTTA-AA-CCTTCA---TT--------AAATCA-ATT----------------------A-AAGTC-------------G---------------------A-ATTTCACAGTGAACACATTTCATA---CT-T--A-T---Gaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|6 : tatcctgtgtgcattgaagagtgttacaatggggattcgtgattgaaaatccgttattcttcactcgatcatctttgacttttattgtatcctgtattttataattttaggtactgttggttgacaactcaatggtcctagacatctgcaaaattaaaatccaatttcttctcaaaggaccaattttaaaatgtttttcatgtttacatagtgttctaaggaaAGGTC-CAGTACAA---TCT-TTTTATCT-AG------------T----TATA-------TAGC--TTTAT-C--CA-----------GCTG-T-----ATAG-CT-A-GA--T-CAT-GCTATTCAA---AATAGCTGGATTTAGCTATTTTAGAGTGAATT-A-----CATAG------------------G-GTTTCA---TAT----GTACAATGACATT----------GC-TA------TA-AAGTC------------GAA----------C------AATA-ATTTTG----GGAGATGTTT-ATA---C--T--T-T---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGAC------------------TTCATGAAA-----AT-TTTCATG-CAA-----------A---AT--GAA--T--TCCTTTTGTT-CTCAT--A-ACTGTCCTCTAC-------CC---T--------GTGTGCGTTGA--A-GCGTG-T---T-----AAAG-TA-AGA-TGAATTC---A-C-AATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCtgt
gi|8 : AGGTC-CAGTACAA---TCT-CTTTATCT-AG------------C----TATA-------TAGC--TTTAT-C--CA-----------GCTATT-----ATAG-CT-A-GA--T-CAA-GTTATTTGA---A------------------------ATAGCTT-G-----TTTAGCTAT--------TTTAAAC-CTTTCA---TC--------AAATTA-ATT----------TC-TAACCCAGAA-AAGTCGAATT-------TCA----------CAGAGTGAATACATTTCA----TAA-----TT-ATGCTCC--T--A-----GAAC---A-CTATG-------------GAA--------------------CAAGAACAA---AC-TTTTT
gi|18 : ggacctagtttAGGTT-CAGTACAA---TCT-CAATA--------------A---T----TATC-------TA----TT----A--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CT-T-TA--T-CAA-GCTATTTGA---AAT--------------------AGGTAATTT-A-----
gi|9 : GGTC-CAGCACAA---TCT-CTTTATTT-AG------------C----TATA-------TAGC--TTTAT-C--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CT-A-GA--T-CAA-GCTATTTGA---AATAGCTTGATTTAGCTATTTTAGAGTGAATT-A---------G--AT--------T----GG-GTTTCA---TAA----GTACAATCCCATT----------GC-TA------AA-AAGTC------------TGG----------C------AATA-ATTCTT----TAACATGTTT-ATG---C--T--T-T---GAAC-TAA-CCA---------------ggtatttt
gi|1 : GTT-CAGCACAAA--TCT-CTTTATTTTAG------------C----TATA-------TAGCC-TGTA--ATCAA------------CTA-T-----ATATTCT-A-GA--T-CAA-GCTATTTGAAATA----------------------GCTTGATTT-AGCTATTTTAG--ATGATTAGAAT----GGAGTTTCAAAGTTACAATGTACAA-GCCATT----------GC-TT------AA-AA-TC------------TG-----------C------AATA-ATTTT-----TAACATGTTT-A-G---C--T--T-TTTGAAAC-TAA-CCA---------------GAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTG-AAATTCATCGCAGCA---AAACGAA--T--TCCTTTTGTTCC--AC--A-ACTGTCCACTA--------CCTAGT--------GTG--CGTTTT--G-AGGTT-T---TTTTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCACAC-C-AATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCAT-TCTTG--ACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTTTTT--AA-A----TAAG---CTGTTGA---TTGAACAAT-C--TCAGT-ATTCTCTAAGAATGTCTGC----AAATTTAAAAA-TCCAATTCTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA---AT-TTCTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTGAAA-TGTGCTTTCACT----CA------TGAAATTCGACTTTTCTGCCATTG-TAGAA----AAT----------GGTTTTAAAAAT--AGGCTAAA----------TTCAAGCTATTTTCA---------A---AT-----AGGCT-TGAAAT-C-TCA---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---GA---------TTA-----A-AT--GC------TA-T-----TT-----------A--------T--AGGC----A----AAT---AAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|7 : a---TCT-CCCTATCT-AG------------C----TATA-------TAGC--TTTAT-C--AA-----------TTTA-T-----ATAG-CT-A-TA--T-CAA-GCTATTTGA---A----------------------
gi|7 : tcaaaatccaatttcttcttaatggacctacatgtagtaacgtcctagtttaaaaagctttttttgtttacattacatagtgttctaaggagcatatgtatgaaatgtattcactcagtgattacagtgaaattcgacttttctggttgtagaaattaatttgatgaaaggtttaaaatagctaaatcaagttat-CTTGATAT-AG------CTA--------TATA-------AA----TTGAT-A--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CT-A-GA--T-cctgtt
gi|9 : tcaaaatccaatttcttcttaatggacctacatgtagtaacgtcctagtttaaaaagctttttttgtttacattacatagtgttctaaggagcatatgtatgaaatgtattcactcagtgattacagtgaaattcgacttttctggttgtagaaattaatttgatgaaaggtttaaaatagctaaatcaagttatttcaaatag-CTTGATCT-AG------------C----TATA-------TAGC--TTGAT-A--AA-----------GCTA-T-----ATAG-CT-A-AA--T-AAA-agggagacctgtt
gi|20 : ggtccagcacaatctc-CTTGATCT-AG------------C----TATA-------TA-------------AA-----------GCTA-T-----ATAG-GT-A-GA--T-AAA-ctatttgaaatagcttgatttagctattttagagtgaattagattgggtttcataagtacaatcccattgctaaaaagtctggcaataattctttaacatgtttatgctttgaactaacca
gi|14 : caaatagATGACATTT---------GC-TA------AATAAGTG------------CGAACAAGTTCCCC------AGTA-ATTTTG----GGAGATGTTT-ATA---TAGT--ATT---GAACTTAA-CCA---------------GAA------------------gagattgtactggacttgt
gi|3 : tcacatatGAAA-----AT-TTTCATGCAAA-----------A---A---GTA--T--TCCTTTTGTT-CCCAC--A-ACTGTCCACTTG-------TC---TATCAATGTGTG--CGTTGA--AAGCATGGT---T-----AAAG-TAATGA-TGACTTC---AAC-AATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCTTTTGAC-TTTT-TTGTATCCTGTA---TTTTTAAG-AA---T-AA---CTG--GGGTTTTG-ACAA--CGTCAAGTGATCCT---AG-ATGTT--CCTTGAAATTT-AAAA-ATCAATT-TCTTTTCAAAGGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTATGAAAAATGTG--TTCACT-----C----AGTGAAATTCGACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGA-AGGTTT---AAAT--A-GCTAAA----------TCAA-GCTATTC--A---------A---AT-----A-GCT-TGC-AT-CTT-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---TA---------T-------T-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AA------------AT---AAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGcagctggtcttattagagttggcatg
gi|10 : ttt-TTATTTA-AAA-----------ATGAG---GAACGT--ACCGTCTGTC-C--A---TTACTGTCCACTAGTGACTACCC---T--------GTG--TATGTTGAA-GCTTA-TAGAC-----AAAA--A-TAA-TGACTTT---A-A-AATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|15 : aactttaaaaaAA-----------A---A---GAA--T--TCCTTTTGTT-CTGAGTCA-ACTGTCCACTAT-------CC---T--------GTG--TGGGTTGAA-GCGTA-T---T-----AAAG-TA-TGA-TGACTTC---A-C-AATcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|5 : cttgaaaattttcatgct-GCATG-T---T-----AAAG-TA-TGA-TGACTGC---A-CGAATGG-A--TTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA--TCTTG--AT-TTTT--TGTAT----TA---TTTT--ACTA----T-AA----TGTTGG---TTG-ACAAAAC--TCAGT-ATC-T---AG-ATGTCTGC----AAATTT-AAAAGTCCAATT-TCTT-TCAAAGGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG--TTT-T-CTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGAT--GA--TGTG--TTCACT----CA----GCTGAAATTCGAA-CTTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAA-AGGTT-----AAT--A--CTAAA----------T----C--------AAGCTATTC-A---AT-----A-GCT-TGA-AT-C-T-A---G-CTAT-----TT-----AG-GA-TT---GAATTGGATTTT-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AA------------AT---AAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|16 : tAAG-TA-TAA-TGACTTT---A-T-AATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATTc
gi|4 : ttgaggtgtagac-C-AATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA--TCTTTG-AC-TTTTATTGTATCCTGTA---TTTT--AT-AATTTT-AGGTACTGTTGG---TTG-ACAA--C--TCAATGGTCCT---AG-ACATCTGC----AAAATT-AAAA-TCCAATT-TCTTCTCAAAGGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTAT--GAAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCGACTTT---------------A-ATTGATTTAATG-A-AGGTTT--AAAAT--A-GCTAAATCAATCTATTT----C--------A---------A---AT-----A-CCT-TG--AT-C-T-A---G-CTAT-----AC-----A--GC-TT---GA---------T-------A-AA--GCTA----TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AA------------AT---AAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTatttcagagaagaaattaaagaag
gi|7 : tatcctgtgtgcattgaagagtgttaTC-AAAA-TCCAATT-TCTTCTTAATGGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTAT--GAAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCGACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTT--AAAAT--A-GCTAAA----------TCAA-GTTATTTC-A---------A---AT-----A-GCT-TG--AT-A-T-A---G-CTAT-----AT-----A--AA-TT---GA---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AGAT----tgt
gi|8 : GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTAT--GAAATGTA--TTCACT----CT-----GTGAAATTCGACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTT--AAAAT--A-GCTAAACAAGCTATT-T----C--------A---------A---AT-----A-ACT-TG--AT-C-T-A---G-CTATA----AT-----A--GC-TG---GA---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AG------------AT---AAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTagggagacctgtt
gi|5 : TTATTTAGCTATATAGCTTT--AAAATCCA-ATTCAA----------T----CCT------A---------A---AT-----A-GCT-AG--ATTC-A-A---G-CTATTGA--AT-----A--GC-TT---GA---------T-------
gi|1 : tgcatgttaaagtatgatgactgcacgaatggattcatgattgacaaatccattatcacttgagtcatcttgattttttgtattattttactataatgttggttgacaaaactcagtatctagatgtctgcaaatttaaaagtccaatttctttcaaaggatcctagtattaaaagttttcttgtttacacattggttctatggagcaaaggatgatgtgttcactcagctgaaattcgaacttctgcgtgttagaatattaatttgagaaaggttaatactaaTCT--AAAAT--A-GCTAAA----------TCAA-GCTATTTC-A---------A---AT-----A-GCT-TG--AT-C-T-A---GAATAT-----AT-----A--G--TT---GAT--------T-------ACAG--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AAA-----------AT---AAAG-AGAT--TTGTGCTG-AACagggattgtgctggacctgc
gi|6 : aTCT--AAAAT--A-GCTAAA----------TCCA-GCTATTTT-G---------A---AT-----A-GCA-TG--AT-C-T-A---G-CTAT-----AC-----A--GC-TG---GA---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AA-C-----T--AG------------AT---AAAA-AGA---TTGTACTG-GACCTtgattagaatggagtttcaaagttacaatgtacaagccattgcttaaaatctgcaataatttttaacatgtttagctttttgaaactaaccagaacattcttattagagtttcatcgacaacaaattacgtcctttgaaattcatcgcagcaaaacgaattccttttgttccacaactgtccactacctagtgtgcgttttgaggttttttttaaaagttaagattgacttcacaccaatggcagattcatattgactatccattattcacatgatcattcttgactttttgtggtatcccgtatttttttaaataagctgttgattgaacaatctcagtattctctaagaatgtctgcaaatttaaaaatccaattcttttcaaaaaggaccattagattttaaaaaaatttcttgtttacacattgttctatggagcacaaatattgaaatgtgctttcactcatgaaattcgacttttctgccattgtagaaaatggttttaaaaataggctaaattcaagctattttcaaataggcttgaaatctcagctatatagcttgattaaatgctatttataggcaaataaagataaatttgtgctgcgacctg
gi|9 : TCT--AAAAT--A-GCTAAA----------TCAA-GCTATTTC-A---------A---AT-----A-GCT-TG--AT-C-T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---GA---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AA------------AT---AAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCgtgaattacatagggtttcatatgtacaatgacattgctataaagtcgaacaataattttgggagatgtttatactttgaactaaaccaactgttcttatattagacttcatgaaaattttcatgcaaaatgaattccttttgttctcataactgtcctctaccctgtgtgcgttgaagcgtgttaaagtaagatgaattcacaatggggattcatgactgacagtccattattcacttgatc
gi|11 : TT--AAAATT-A-GCTAAA----------T----C--------A---------AGCTATTCAAAA-GCT-TG--AT-CAT-A---G-CTAT-----ATTATATA--GC-T----GA---------T-------A-AAT-GCCTGTTTTA-T-----ATTATGTAGCCCCAG-C-----T--AGAT---------------AAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTGgtgaattagattgggtttcataagtacaatcccattgctaaaaagtctggcaataattctttaacatgtttatgctttgaactaacca
gi|13 : --AAAAT--A-CCTAAA----------T----------------------------T-----A-ACC-T---AT-T-T--------CAA-----AT-----A--GC-TT---GA---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-CTTTAAT--AGATAA--T----TAT-----AG-AGA---TTGTACTG-AACCTGgtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|18 : a--AAAAT--A-CCTAAA----------T----T--------ACCTATTTCAA---AT-----A-GCT-TG--AT-A-A-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT--------------T-------A-A-----------TA-G-----AT-----------AA-T-----T----AT----T-------------G-AGA---TTGTACTG-AACCTgttcaaagaaaattgtataaaaaatctacaaaat
gi|4 : T--A-GCTATA----------T---------------------------AT-----A-GCT-TT--AT-C-A-A---G-CTGT-----AT-----A--GC-TA---GA---------TC------A-AG--G-------TA-TTTGAAAT-----------AG-A-----T--TGAT----T----TA
gi|12 : tatcctgtgtgcattgaagagtgttacaatggggattcgtgattgaaaatccgttattcttcactcgatcatctttgacttttattgtatcctgtattttataattttaggtactgttggttgacaactcaatggtcctagacatctgcaaaattaaaatccaatttcttctcaaaggaccaattttaaaatgtttttcatgtttacatagtgttctaaggaacataagtatgaaatgtgttcactgtgaaattcgactttaattgatttaatgaaggtttaaaatagcT--A-GCTGAA----------T----C--------T---------AT--AT-----A-GCT-T----T-T-T-AAAAG-CTAT-----AT-----A--GC-TT---CA---------T-------A-AA--GC------TA-T-----aataaagagattgtgctggaccttgt
gi|7 : acaggtttagcacaatttttgtat--A-GCTATT----------T----G--------A---------A---AT-----A-ACT-TG--AT-T-T-A---G-CTAT-----ttggagtacagtactacactaccatttatagtttagatggaatcaatttgaatttctcaagtgcaatggcattgtta
gi|9 : tcaaaatccaatttcttcttaatggacctacatgtagtaacgtcctagtttaaaaagctttttttgtttacattacatagtgttctaaggagcatatgtatgaaatgtattcactcagtgattacagtgaaattcgacttttctggttgtagaaattaatttgatgaaaggtttaaa--A-GCTATT----------T----G--------A---------A---AT-----A-GCT-TG--AT-T-T-A---G-CTAT-----tgatatagctatataaattgataaagctatatagctagatagggagacctgtt
gi|11 : ggtccagcacaatctctttatttagctatatagctttatcaagctatatagctagatca--A-GCTATA----------T----A--------A---------T---AT-----A-GCTATG--AT-C-A-A---G-CTTTTGA--AT-----A--GC-TT---GA---------T-------tttagagtgaattagattgggtttcataagtacaatcccattgctaaaaagtctggcaataattctttaacatgtttatgctttgaactaacca
gi|19 : caggtccagtacaatctctttatctagctggggctacataatataaaacaggcatttatc----------T----G--------A---------A---CT-----A-GCT-TA--AT-C-A-A---A-CCATTTCTAAT-----A--GC-TT---CT---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AGGC-----T--AAAT---------------AAAG-AGA---TTGTTCTG-GACCTGttagctaattttaagtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|20 : cagtc--------A---------A---AT-----A-GCT-TG--AT-C-T-A---G-CTAT------------------------A---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-G-----T--AG------------AT---AAAG-AGA---TTGTACTG-GACTTG
gi|12 : c--------A---------A---AT-----A-GCT-TT--AT-G-A-A---G-CTAT-----AT-----A--GCTTT---TA---------A-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-A-----TTCAG-C----T----AAT---ACAA-AAA---TTGTGCTA-AACCTGt
gi|17 : a--------A---------A---AT-----T-ACT-TT--AT---T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT--------------T-------A-AGAAGC------TA-T-----TT-----------AG-ggagtacagtactacactaccatttatagtttagatggaatcaatttgaatttctcaagtgcaatggcattgtta
gi|6 : caggtccaga---AT-----A-GCT-TT--AT-C-C-A---G-CTGT-----AT-----A--GC-TA---GA---------T-------C-AT--GC------TA-TTCAAAAT-----------AG-C-----T--GGAT----T----TAaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|7 : aggtccagtacaatctttttatctagttat---AT-----A-GCT-TT--AT-C-A-A---T-TTAT-----AT-----A--GC-TA---TA---------T-------C-AA--GC------TA-TTTGAAAT-----------AA-C-----T--TGAT----T----TAgctattttagagtgaattacatagggtttcatatgtacaatgacattgctataaagtcgaacaataattttgggagatgtttatactttgaactaaaccaactgttcttatattagacttcatgaaaattttcatgcaaaatgaattccttttgttctcataactgtcctctaccctgtgtgcgttgaagcgtgttaaagtaagatgaattcacaatggggattcatgactgacagtccattattcacttgatc
gi|12 : tcaaaatccaatttcttcttaatggacctacatgtagtaacgtcctagtttaaaaagctttttttgtttacattacatagtgttctaaggagcatatgtatgaaatgtattcactcagtgattacagtgaaattcgacttttctggttgtagaaattaatttgatgaaaggtttaaaatagcT-----A-GCT-GA--AT-C-T-A--------T-----AT-----A--GC-TT---TT---------T-------A-AAA-GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----------T----T----CAT---AAAG-atagctagatagggagacctgtt
gi|3 : acaggtttagcacaatttttgtatCT-TT--AT-T-T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---AA---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----TA-AGAT----ctatttggagtacagtactacactaccatttatagtttagatggaatcaatttgaatttctcaagtgcaatggcattgtta
gi|4 : tttgaaaattttcatgcaaaaagtattccttttgttcccacaactgtccacttgtctatcaatgtgtgcgttgaaagcatggttaaagtaatgatgacttcaacaatggggattcatgattagacaatgcattattcacgttgaagtcaactcttttgacttttttgtatcctgtatttttaagaataactggggttttgacaacgtcaagtgatcctagatgttccttgaaatttaaaaatcaatttcttttcaaaggacctagtttaaaaaagttttttcttgtttacaacatgttctatggagccaagtatgaaaaatgtgttcactcagtgaaattcgacttttctgcttgtagaaattaatttgatcgaaggtttaaatagctaaatcaagctattcaaatagcttgcCT-TT--AT-T-T-A---G-CTAT-----AT-----ATAGC-TT---TA---------T-------C-AA--GC------TG-T-----AT-----------AG-C-----T--AGAT----CAAGGTATTTGAAAT-AGA---TTGtagatgtgctggacctg
gi|5 : tatcctgtgtgcattgaagagtgttacaatggggattcgtgattgaaaatccgttattcttcactcgatcatctttgacttttattgtatcctgtattttataattttaggtactgttggttgacaactcaatggtcctagacatctgcaaaattaaaatccaatttcttctcaaaggaccaattttaaaatgtttttcatgtttacatagtgttctaaggaacataagtatgaaatgtgttcactgtgaaattcgactttaattgatttaatgaaggtttaaaatagctaaatCT-TT--AT-T-T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TTTAAAA---------TCCAATTCA-AT--CC------TA-A-----AT-----------AG-C-----T--AGAT----T----CAagattgtgctggaccttgt
gi|8 : tgcatgttaaagtatgatgactgcacgaatggattcatgattgacaaatccattatcacttgagtcatcttgattttttgtattattttactataatgttggttgacaaaactcagtatctagatgtctgcaaatttaaaagtccaatttctttcaaaggatcctagtattaaaagttttcttgtttacacattggttctatggagcaaaggatgatgtgttcactcagctgaaattcgaacttctgcgtgttagaatattaatttgagaaaggttaatactaaatcaagctattcaatagctCT-TT--AT-C-T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---TA---------T-------C-CA--GC------TATT-----AT-----------AG-C-----T--AGATCAAGT----TATTTGAAAT-AGC---TTGTggattgtgctggacctgc
gi|9 : ggacctagtttaaaaagtttgttcttgttccatagtgttctaggagcataattatgaaatgtattcactctgtgaaattcgacttttctgggttagaaattaatttgatgaaaggtttaaaatagctaaCT-TT--AT-T-T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---TA---------T-------C-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AGAT----agattgtactggacct
gi|20 : ggtccagcacaatctCT-TT--AT-C-T-A---C-CTAT-----AT-----A--GC-TT------------------------------------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--AGAT----caagctatttgaaatagcttgatttagctattttagagtgaattagattgggtttcataagtacaatcccattgctaaaaagtctggcaataattctttaacatgtttatgctttgaactaacca
gi|7 : caaatagcttg--AT-C-T-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---TA---------T-------C-AA--TT------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--ATAT----agattgtactggacttgt
gi|18 : tcaaaatccaatttcttcttaatggacctacatgtagtaacgtcctagtttaaaaagctttttttgtttacattacatagtgttctaaggagcatatgtatgaaatgtattcactcagtgattacagtgaaattcgacttttctggttgtagaaattaatttgatgaaaggtttaaaatagctaaatcaagttatttcaaatagcttg-A---G-CTAT-----AT-----A--GC-TT---TA---------T-------C-AA--GC------TA-TTTGAAAT-----------AG-G-----T--A-AT----T----TAagggagacctgtt
gi|17 : aggttcagtacaatctcaataattatctattaa-CTAA-----AT-----A--GC-TT---CT---------T-------A-AA--GC------TA-T-----AT-----------AG-C-----T--A-------------AT---AAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGggtatttt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 555555555555555555555555555555555555555555555 22222 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 11111111 333333333333 1111 111 0000000000000000000000000000000000000 1 1111 111 4444444444444 1 222222 11111111 111111 1111111 111 11 1111 22 333333333333333333 111 11 1 111 11 11 1 44444444444444444444 111 11111 33333333333 1111111 99999999999999999999999999999999999999999 11 222222222 444444444444
lowQualScore : 4 3 4 8888888888 222222222222222222222222222222222222222222222 22222 11111 4 55 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 111 999 99999999 6 6 6 1 111111111111 888 4444 1 444 8 8 6666666666666666666666666666666666666 1 0 4444 4 222 5555555555555 3 99 444444 99999999 77 666666 1 99 4 4 2222222 4 4 4 4 4 777 55 5 5 888 5 5 000 5 33 7777 8 99 44 4 000000000000000000 0 444 8 11 8 8 8 0 3 444 00 11 3 3 77 5 77 11111111111111111111 111 5 44444 5 9 2 5 77 77 77777777777 5 0000000 5 1 5 66 777 1 4 22222222222222222222222222222222222222222 4 55 4 66 4 4 000000000 4 55 55 555555555555 8 4 777 4
lowQualScore : . . . .......... ............................................. ..... ..... . .. .................................................................. . ... ... ........ . . . . ............ ... .... . ... . . ..................................... . . .... . ... ............. . .. ...... ........ .. ...... . .. . . ....... . . . . . ... .. . . ... . . ... . .. .... . .. .. . .................. . ... . .. . . . . . ... .. .. . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ........... . ....... . . . .. ... . . ......................................... . .. . .. . . ......... . .. .. ............ . . ... .
lowQualScore : 4 7 4 4444444444 444444444444444444444444444444444444444444444 22222 11111 4 88 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 555 222 33333333 7 7 7 0 888888888888 888 8888 0 000 0 0 4444444444444444444444444444444444444 0 8 2222 0 333 8888888888888 3 22 333333 66666666 99 444444 4 33 4 4 8888888 4 4 4 4 4 888 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 00 44 6 666666666666666666 8 000 0 00 0 0 0 0 2 000 88 00 3 7 99 7 99 44444444444444444444 777 7 33333 7 1 3 7 99 99 11111111111 7 7777777 7 7 7 88 888 1 4 00000000000000000000000000000000000000000 4 00 4 33 0 0 000000000 0 55 55 000000000000 9 4 888 4
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTCTTTATCT-AG---C------CTATATA-----------GC-TT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATA-----G-CTA-GATCAAGCTATTTGA----------------------A---GAG--TGAATTA------TTTAG------AT--------TGG-GTTTCAT-A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAA------------------NTCGAGAACAAATT----TTCNTG-A-AA-------------AA-GAA--TTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTTG-ACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AA---------T---C-------A--------A----------ATA-GCTTG--ATC-T-AGCTAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC--TA--TATAGC-----TAGA-T-A-TAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTCTTTATCT-AG---C----A-CTATATA-----------GC-TT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATA-----G-CTA-GATCAAGCTATTTGA----------------------A---GGG--TGAATTA------TTTAG------AT--------TGG-GTTTCAT-N-GT-AAAATN----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGNAACATGTTTAT---GCTNT---GAAC-TAA-CCA---------------GAA------------------ATCAAGAANAAATT----TTTTTG-A-AA-------------AA-GAA--TTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGTTTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTTN-ACTTTT-GTTGTATCCCGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-CGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTATGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AA---------T---G-------A--------A----------ATA-GCTTG--ATC-T-AGCTAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC--TA--TATAGC-----TAGA-TTA-TAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTCTTTATTTTAG---C-------TATATA-----------GC-CTGT--A---------------ATCAA-----CTAT-----ATA-----TTCTA-GATCAAGCTATTTGA----------------------AATAGCT--TGATTTAGCTAT-TTTAG------ATGATTAGAATGGAGTTTCAA-A-GTTACAATGTACAAGCCATT-GC-TTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTT-TAACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-TAA-CCA---------------GAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTG-A-AATTCATCGCAGCAAAACGAA--TTCCTTTTGTTC-CA--CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCA-C-ACCAATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCA----TTCTTG-ACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTT--TTTAAAT---AAG---CTGTTGA---TTGAAC--AATC-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAATCCAATT-CTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA--ATT-T-CTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTG--AAATGTGCTTTCACTCA----------TGAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA-AATGGTTTTAAAAATAGGCT--AAATTCAAGCTATTT---------T---C-------A--------A----------ATAGGCTTGAAATC-TCAGCTAT-ATA-GCTTGAT--------TAAATGC--TATTTATAGG-----CAA----A-TAAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aAAAAATT----ATTTAA-A-AATG-----------AG-GAACGTACCGTCTGTCC--A--TTACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAAT-GACTTTA-A-A---ATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttCAGGTCCAGTACAA-TCTCTTTATCT-AG---CTGGGG-CTACATAATATAAAACAGGCATT-T--A---------------T--CA----GCTAT-----ATAATATAG-CTATGATCAAGCT-TTTGA----------------------A---TAGCTTGATTTAGCTAATTTTAAGTGAATAT--------AGG-GTTTCAT-caggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTTTGTAT-T-AG---CTGA-ATCTATATA-----------GC-TT-TTTA---------------A--AA----GCTAT-----ATA-----G-CTT-CATAAAGCTATTTGG----------------------A---Gatttcaaatattcgtta
gi|13 : aAAAAT---ACCTA-AA---------T--------------------------------TA-ACCT---ATT-T----CAA-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC--TA--TATAGCTTTAATAGA-TAATTATAG-AGA---TTGTACTG-AACCTGtacagtactacactaccatttatagtttagatggaatcaatttgaatttctcaagtgcaatggcattgtta
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTCTATA--------------A-TTATCTA---------------T-T--A---------------A--A-----GCTAT-----ATA-----G-CTT-TATCAAGCTATTTGA----------------------AAT-AGG--TTA---A------TTTAG------GT------------ATTTTGT----T-CAAAGA----A--AATT-GTATAAA-AAATCT-A----------CAA-AATgttcaaagaaaattgtataaaaaatctacaaaat
gi|14 : aATG----A--CATTTGC-TAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTTAA-CCA---------------GAA------------------
gi|15 : tcacatatAAATT----TTCATG-CTAA-------------AA-GAA--TTCCTTTTGTTCTGAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAGT-A-TAAT-GACTTTA-T-A---ATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : CTAA-ATA-GCTTCT---------TAAA-GC--TA--TATAGC-----TA-----A-TAAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|18 : AAAAT---ACCTA-AA---------T--------------------------------TA-CCT----ATT-T----CAA-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC--TA--TATAGCTTTAATAGA-TAATTATTG-AGA---TTGTACTG-AACCTaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTCTTTATTT-AG---C------CTATATA-----------GC-TT-T--A---------------AG-AA----GCTATTAGAAATG-----G-TTT-GATTAAGCTAGTT
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTCTTTATCT-AGGCCT----A-CTATATA--------------TT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATA-----G-CTA-GATCAACCTATTTGA----------------------A---GGG--TGAATTA------CTTAG------AT--------TGG-GTTTCAT-TAGT-AAAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-TAA-CCA---------------GAA------------------GTCGAGAACA--CT----TTTTTG-A-AA-------------AA-GAA--TTCCTTTTGTTC--A---AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAGT-A-TGAT-AAATTCC-C-A---ATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTTT-ACTTTT-ATTGTATCTTGTATTTT--AG--A-T---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TGA-TTGATCCT---AGA-TGT--AAACAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TA--AATTGTG--TTCACTGA--------AGTGAAATTTG-AATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AA---------T---G-------A--------A----------ATA-GCTTG--ATC-T-AGCTAT-ATA-GCTTGA---------TAAG-GC--TA--TATAGC-----TAGATTTA-TAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTCTTTATCT-A----C------CTATATA-----------GC-TT-T--A----------------------------T-----ATA-----G-CTA-GATCAAGCTATTTGg
gi|3 : AAATT----TTCATGCA-AA-------------AA-GTA--TTCCTTTTGTTCCCA--CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAGT-AATGAT-GACTTCAAC-A---ATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCT-TTTG-ACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTTAAG--AAT---A-A---CTG--GGGTTTTGA-C--AA-CGTCAAGTGATCCT---AGA-TGTTCCTTGAAATTTAAAA-ATCAATTTCTTTTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACTC---------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGA-AGGTTT-AAAT---AGCTA-AA---------TCAAGCTATTC-A--------A----------ATA-GCTTGC-ATCTT-AGCTAT-ATA-GCTTTA---------TTAA-GC--TA--TATAGC-----TAA----A-TAAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A--------------------C-A---ATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----T-CTTTGACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AT--AATTTTA-GGTACTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-ATGGTCCT---AGA-CAT--CTGCAAAATTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATGAA--GGTTTAAAAT---AGCTA-AA---------T---C-------A--------ATCTATTTCAAATA-CCTTG--ATC-T-AGCTAT-ACA-GCTTGA---------TAAA-GCTATA--TATAGC-----TAA----A-TAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTGCA-CGA---ATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----T-CTTG-ATTTTT---TGTAT----TATTTT--AC--TAT---A-A----TGTTGG---TTGA-CAAAA-C-TCA-GT-AT-CT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAAGTCCAATTTCTT-TCAAA--GGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG----ATGTG--TTCACTCA--------GCTGAAATTCGAAC--TTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAA-AGGTT---AAT---A-CTA-AA---------T---C-------AAGCTATTCA----------ATA-GCTTGA-ATC-T-AGCTAT-TTAGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC--TA--TATAGC-----TAA----A-TAAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTTTTTATCT-AG---T-------TATATA-----------GC-TT-T--ATCCAGCTGTATAGCTA--GATCATGCTATTCAAAATA-----G-CTG-GATTTAGCTATTTTA--------------------------GAG--TGAATTA------CATAG------------------G-GTTTCAT-ATGT-ACAATG----A--CATT-GC-TATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGAC------------------TTCATGAA--AATT----TTCATG-C-AA-------------AATGAA--TTCCTTTTGTTCTCA--TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-AGAT-GAATTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TCAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAT--GGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TG--AAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AA---------TCAAGTTATTTCA--------A----------ATA-GCTTG--ATA-T-AGCTAT-ATA-AATTGA---------TAAA-GC--TA--TATAGC-----TAGA-T
gi|8 : --GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TG--AAATGTA--TTCACTCT---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AACAAGCTATTT---C-------A--------A----------ATA-ACTTG--ATC-T-AGCTATAATA-GCTGGA---------TAAA-GC--TA--TATAGC-----TAG----A-TAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTagggagacctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTCTTTATTT-AG----------CTATATA-----------GC-TT-T--AT--------------C--AA----GCTAT-----ATA-----G-CTA-GATCAAGCTATTTGAAATAGCTTGATTTAGCTATTTTA---GAG--TGAA----------TTAG------AT--------TGG-GTTTCATAA-GT-ACAATC----C--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333 555555555555555555555555 22222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333 2222222 333333333333 1111 111 2222222222222222222222222222222222222 4444444444444 22222222 1 111111 11111111 111111 1111111 111 11 1111 22 333333333333333333 111 11 1 111 11 1 44444444444444444444 111 11111 33333333333 1111111 111 7777777777 1111111111111111111 11 11111 222222222 111111 11111111111 11111 333333
lowQualScore : 4 66 5555 0 4 111111111 4 4 66 111111111111111111111111 22222 4 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000000 6 2222222 5 5 6 1 111111111111 5 4444 444 8 8 7777777777777777777777777777777777777 6 0 4444444444444 1 88888888 6 888888 99999999 77 666666 1 0 4 4 2222222 4 4 4 4 4 777 55 5 5 888 5 5 000 5 33 7777 8 8 11 000000000000000000 0 444 8 11 8 8 8 0 3 444 8 11 3 3 77 5 77 11111111111111111111 111 5 44444 5 6 2 5 77 77 77777777777 5 0000000 5 1 0 5 55 222 4 4444444444 6666666666666666666 4 55 8 4 00000 4 4 000000000 8 777777 99999999999 00000 666666 55 4 777 4
lowQualScore : . .. .... . . ......... . . .. ........................ ..... . . ................................................................................... ...... . ....... . . . . ............ . .... ... . . ..................................... . . ............. . ........ . ...... ........ .. ...... . . . . ....... . . . . . ... .. . . ... . . ... . .. .... . . .. .................. . ... . .. . . . . . ... . .. . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ........... . ....... . . . . .. ... . .......... ................... . .. . . ..... . . ......... . ...... ........... ..... ...... .. . ... .
lowQualScore : 4 11 6666 9 4 888888888 4 4 11 222222222222222222222222 22222 4 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888888 7 3333333 7 7 7 0 888888888888 0 8888 000 0 0 3333333333333333333333333333333333333 7 8 0000000000000 0 44444444 0 888888 66666666 99 444444 4 4 4 4 8888888 4 4 4 4 4 888 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 0 66 666666666666666666 8 000 0 00 0 0 0 0 2 000 0 00 3 7 99 7 99 44444444444444444444 777 7 33333 7 6 3 7 99 99 11111111111 7 7777777 7 7 1 7 00 222 4 4444444444 1111111111111111111 4 00 9 4 00000 0 0 000000000 0 000000 00000000000 00000 999999 55 0 888 4
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGA----------------------AG---AG--TG----------ANTT-A-----TTTAGA----------T--------TGG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----G-C-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AA---TA-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AA--A-----T-TCA--------A---AT-----A-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TATAT-----------AGC-----TAG--A---A--TAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGA----------------------AG---AG--TG----------AATT-A-----TTTAGA----------T--------TGG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCNT----G-A-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AA---TA-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AA----------TCA--------A---AT-----A-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TATAT-----------AGC-----TAG--A--TA--TAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTC--T----TTATTTTAG-C------TA-TATAGCCTGT--A---------------ATCAA-----CTAT-----ATATTCTAGATCAAGCTATTTGA----------------------AAT--AGCTTG----------ATTT-AGCTATTTTAGA----------TGATTAGAATGGAGTTTCAA--A-GTTACAATGTACAAGCCATT-GC-TTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTTT-AACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-TAA-CCA---------------GAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTGAAATTCATCGCAG-C-AAAACGAATTCCTTTTGTTC-CA--CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCA-C-ACCAATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCA----TTCTT-GACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTT--TTTAAA---TAAG---CTGTTGA---TTGAAC--AATC-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAATCCAATT-CTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA--ATT-T-CTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTG--AAATGTGCTTTCACTCA----------TGAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA-AATGGTTTTAAAAATAGGCT--AAATTCAAGCTATTT----------TCA--------A---AT-----AGGCTTGAAATC-TCAGC-----TAT-ATA-GCTTGAT--------TAAATGC------TATTT-----------A-------TAGGCA--AA--TAAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAAT-GACTTTA-A-A---ATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttaaaaattatttaaaaatgaggaacgtaccgtctgtccattTTAAAATT--AGCTA-AA----------TCA--------AGCTATTCAAAA-GCTTG--ATCAT-AGCTATATTAT-ATA-GC-TGA---------TAAATGCCTGTTTTATATTATGTAGCCCCAGC-----TAG------A--TAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTGcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTT--T----GTAT-T-AG-CTGAATCTA-TATAGCTT-TTTA---------------A--AA----GCTAT-----ATAG-CTTCATAAAGCTATTTGG----------------------AGTACAG--TACTACACTACCATTT-ATAG--TTTAGATGGAATCAATT--------TGA-ATTTC-TCAA-GT-GCAATG----G--CATT-GT-TAgtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|13 : aAAAAT---ACCTA-AA----------TTA--------A-------------CCT---ATT-T---------CAA-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TATAT-----------AGCTTTAATAG--A--TAATTATAG-AGA---TTGTACTG-AACCTG
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTC--TATAATTATCT-A-------------------T-T--A---------------A--A-----GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGA---------------------------AA--TA----------GGTTAA-----TTTAGG----------T------------ATTTT------GT-TCAAAGA---A--AATT-GTATAAA-AAATCT-A----------CAA-AATgttcaaagaaaattgtataaaaaatctacaaaat
gi|14 : aATG----A--CATTTGC-TAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTTAA-CCA---------------GAA
gi|15 : tcacatatAAATT-------------TTCAT----G-CTAAAA-GAATTCCTTTTGTTCTGAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAGT-A-TAAT-GACTTTA-T-A---ATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : C-----TAA-ATA-GCTTCT---------TAAA-GC------TATAT-----------AGC-----TA-------A--TAAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|18 : AGGTTCAGTACAA-TCTCAATAA--TTATCT-A-------------------T-T--A---------------A--A-----GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGA---------------------------AA--TA----------GGTA-A-----TTTAGG----------T--------aaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A---------------AG-AA----GCTATTAGAAATGG-TTTGATTAAGCTAGTTatttt
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AGGC-----CTACTATATATT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATAG-CTAGATCAACCTATTTGA----------------------AG---GG--TG----------AATT-A-----CTTAGA----------T--------TGG-GTTTCATT-A-GT-AAAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAG------------------TCGAGAACA--CT-------------TTTTT----G-A-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC--A---AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAGT-A-TGAT-AAATTCC-C-A---ATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-TACTTTT-ATTGTATCTTGTATTTT--AG--A----TA-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TGA-TTGATCCT---AGA-TGT--AAACAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TA--AATTGTG--TTCACTGA--------AGTGAAATTTG-AATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AA----------TGA--------A---AT-----A-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAG-GC------TATAT-----------AGC-----TAG--ATTTA--TAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTC--T----TTATCT-A--C-----CTA-TATAGCTT-T--A----------------------------T-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGg
gi|3 : AAATT-------------TTCAT----GCA-AAAA-GTATTCCTTTTGTTCCCA--CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAGT-AATGAT-GACTTCAAC-A---ATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCT-TTT-GACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTTAAG--AA---TA-A---CTG--GGGTTTTGA-C--AA-CGTCAAGTGATCCT---AGA-TGTTCCTTGAAATTTAAAA-ATCAATTTCTTTTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACTC---------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGA-AGGTTT-AAAT---AGCTA-AATCAAGCTAT-TCA--------A---AT-----A-GCTTGC-ATCTT-AGC-----TAT-ATA-GCTTTA---------TTAA-GC------TATAT-----------AGC-----TAA------A--TAAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A--------------------C-A---ATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----T-CTTTGACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AT--AATTTTA-GGTACTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-ATGGTCCT---AGA-CAT--CTGCAAAATTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATG-A-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AATCAATCTATTTCA--------A---AT-----A-CCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-ACA-GCTTGA---------TAAA-GCTA----TATAT-----------AGC-----TAA------A--TAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTGCA-CGA---ATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----T-CTT-GATTTTT---TGTAT----TATTTT--AC--TA---TA-A----TGTTGG---TTGA-CAAAA-C-TCA-GT-AT-CT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAAGTCCAATTTCTT-TCAAA--GGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG----ATGTG--TTCACTCA--------GCTGAAATTCGAAC--TTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAA-AGGTT---AAT---A-CTA-AA----------TCAAGCTATTCA---AT-----A-GCTTGA-ATC-T-AGC-----TAT-TTAGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC------TATAT-----------AGC-----TAA------A--TAAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTT--T----TTATCT-AG-T------TA-TATAGCTT-T--ATCCAGCTGTATAGCTA--GATCATGCTATTCAAAATAG-CTGGATTTAGCTATTTTA-----------------------G---AG--TG----------AATT-A-----CATAG----------------------G-GTTTCAT--ATGT-ACAATG----A--CATT-GC-TATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGACT------------------TCATGAA--AATT-------------TTCAT----G-C-AAAATGAATTCCTTTTGTTCTCA--TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-AGAT-GAATTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TCAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAT--GGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TG--AAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AATCAAGTTATTTCA--------A---AT-----A-GCTTG--ATA-T-AGC-----TAT-ATA-AATTGA---------TAAA-GC------TATAT-----------AGC-----TAG--A--TA--GGGAG-A
gi|8 : --GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TG--AAATGTA--TTCACTCT---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTA-AACAAGCTATT-TCA--------A---AT-----A-ACTTG--ATC-T-AGC-----TATAATA-GCTGGA---------TAAA-GC------TATAT-----------AGC-----TAG------A--TAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTcctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-------CTA-TATAGCTT-T--AT--------------C--AA----GCTAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGAAATAGCTTGATTTAGCTATTTTAG---AG--TG----------AA----------TTAGA----------T--------TGG-GTTTCATA-A-GT-ACAATC----C--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111 11111111111111
lowQualScore : 1111 222222222 55555555555555555555555555555 22222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333 2222222 333333333333 1111 111 2222222222222222222222222222222222222 4444444444444 1111 2 111111 11111111 111111 1111111 111 11 1111 22 333333333333333333 111 11 1 111 11 1 44444444444444444444 111 11111 33333333333 1111111 111 00000000000000 11 11111 11111 222222222 111111 11111111111 22222 11111111
lowQualScore : 5 0000 2 5 777777777 5 44444444444444444444444444444 55555 5 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000000 6 2222222 5 5 6 1 111111111111 5 4444 444 8 8 7777777777777777777777777777777777777 6 4444444444444 7777 8 4 888888 99999999 77 666666 1 0 4 4 2222222 4 4 4 4 4 777 55 5 5 888 5 5 000 5 33 7777 8 8 11 000000000000000000 0 444 8 11 8 8 8 0 3 444 8 11 3 3 77 5 77 11111111111111111111 111 5 44444 5 6 2 5 77 77 77777777777 5 0000000 5 1 5 66 333 66666666666666 5 4 55 8 4 00000 44444 4 000000000 8 777777 55 99999999999 77777 44444444 4 777 4
lowQualScore : . .... . . ......... . ............................. ..... . . .......................................................................... ...... . ....... . . . . ............ . .... ... . . ..................................... . ............. .... . . ...... ........ .. ...... . . . . ....... . . . . . ... .. . . ... . . ... . .. .... . . .. .................. . ... . .. . . . . . ... . .. . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ........... . ....... . . . .. ... .............. . . .. . . ..... ..... . ......... . ...... .. ........... ..... ........ . ... .
lowQualScore : 0 6666 2 0 000000000 0 88888888888888888888888888888 00000 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888888 7 3333333 7 7 7 0 888888888888 0 8888 000 0 0 3333333333333333333333333333333333333 7 0000000000000 0000 0 0 888888 66666666 99 444444 4 4 4 4 8888888 4 4 4 4 4 888 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 0 66 666666666666666666 8 000 0 00 0 0 0 0 2 000 0 00 3 7 99 7 99 44444444444444444444 777 7 33333 7 6 3 7 99 99 11111111111 7 7777777 7 7 7 44 888 00000000000000 0 4 00 9 4 00000 00000 0 000000000 0 000000 55 00000000000 77777 55555555 0 000 4
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTCT----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAAGT--AG--TG----------ANTT-A-----T-------------TTAGA----------T--------TGG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTAAATCAAGCTA------TT-CAAATA-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-----ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAA--------G-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTCT----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAAG---AG--TG----------ANTT-A-----T-------------TTAGA----------T--------TGG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTAAA-------A------TT-CAAATA-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-----ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAA--------G-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTCT----TTATTTTAG-C------TA-TATAGCCTGT--A---------------ATCAA-----CTAT-----ATATTCTAGATCAAGCTATTTGAAAT--AGCTTG----------ATTT-AGCTATT-------------TTAGA----------TGATTAGAATGGAGTTTCAA--A-GTTACAATGTACAAGCCATT-GC-TTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTTT-AACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-TAA-CCA---------------GAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTGAAATTCATCGCAGC-AAAACGAATTCCTTTTGTTC-CA--CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCA-C-ACCAATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCA----TTCTT-GACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTT--TTTAAAT---AAG---CTGTTGA---TTGAAC--AATC-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAATCCAATT-CTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA--ATT-T-CTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTG--AAATGTGCTTTCACTCA----------TGAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA-AATGGTTTTAAAAATAGGCT--AAATTCAAGCT-AT-------T------TT-CAAATAGGCTTGAAATC-TCAGC-----TAT-----ATA-GCTTGAT--------TAAATGC------TATTTAT-----------AGGCA-A---ATAAA--------G-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAAT-GACTTTA-A-A---ATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttaaaaattatttaaaaatgaggaacgtaccgtctgtccattTTAAAATT--AGCTAAATCAAGCTA------TT-CAAA-A-GCTTG--ATCAT-AGCTATATTAT-----ATA-GC-TGA---------TAAATGCCTGTTTTA--TATTATGTAGCCCCAGCTAG----ATAAA--------G-AGA---TTGTACTG-GACCTGcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTTT----GTAT-T-AG-CTGAATCTA-TATAGCTT-TTTA---------------A--AA----GCTAT-----ATAG-CTTCATAAAGCTATTTGGAGTACAG--TACTACACTACCATTT-ATAG--T-------------TTAGATGGAATCAATT--------TGA-ATTTC-TCAA-GT-GCAATG----G--CATT-GT-TAgtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTCTATAATTATCT-A-------------------T-T--A---------------A--A-----GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGA-----AA--TA----------GGTTAA-----T-------------TTAGG----------T------------ATTTT------GT-TCAAAGA---A--AATT-GTATAAA-AAATCT-A----------CAA-AAT
gi|14 : aATG----A--CATTTGC-TAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTTAA-CCA---------------GAA
gi|15 : tcacatatAAATT-------------TTCAT----GCTAAAA-GAATTCCTTTTGTTCTGAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAGT-A-TAAT-GACTTTA-T-A---ATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : C-----TAA-----ATA-GCTTCT---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCT--A---ATAAA--------G-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|18 : AAATA-CCTAA--AT--T-ACC-----TATTTCAAATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTTTA---ATAGATAATTATTG-AGA---TTGTACTG-AACCTaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTCT----TTATTT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A---------------AG-AA----GCTATTAGAAATGG-TTTGATTAAGCTAGTTt
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTCT----TTATCT-AGGC-----CTACTATATATT-T--A---------------A--AA----GCTAT-----ATAG-CTAGATCAACCTATTTGAAG---GG--TG----------AATT-A-----C-------------TTAGA----------T--------TGG-GTTTCATT-A-GT-AAAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAG------------------TCGAGAACACTTT-------------TT--T----GA-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC--A---AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAGT-A-TGAT-AAATTCC-C-A---ATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-TACTTTT-ATTGTATCTTGTATTTT--AG--A-T---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TGA-TTGATCCT---AGA-TGT--AAACAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TA--AATTGTG--TTCACTGA--------AGTGAAATTTG-AATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTAAA---------------T-GAAATA-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-----ATA-GCTTGA---------TAAG-GC------TA--TAT-----------AGCTAGATTTATAAA--------G-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTCT----TTATCT-A--C-----CTA-TATAGCTT-------------------------------TAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGg
gi|3 : AAATT-------------TTCAT----GC-AAAAAGTATTCCTTTTGTTCCCA--CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAGT-AATGAT-GACTTCAAC-A---ATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCT-TTT-GACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTTAAG--AAT---A-A---CTG--GGGTTTTGA-C--AA-CGTCAAGTGATCCT---AGA-TGTTCCTTGAAATTTAAAA-ATCAATTTCTTTTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACTC---------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGA-AGGTTT-AAAT---AGCTAAATCAAGCTA------TT-CAAATA-GCTTGC-ATCTT-AGC-----TAT-----ATA-GCTTTA---------TTAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAA--------GTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A--------------------C-A---ATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----T-CTTTGACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AT--AATTTTA-GGTACTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-ATGGTCCT---AGA-CAT--CTGCAAAATTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATGAA--GGTTTAAAAT---AGCTAAATCAATCTA------TTTCAAATA-CCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-----ACA-GCTTGA---------TAAA-GCTA----TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAA--------G-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTGCA-CGA---ATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----T-CTT-GATTTTT---TGTAT----TATTTT--AC--TAT---A-A----TGTTGG---TTGA-CAAAA-C-TCA-GT-AT-CT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAAGTCCAATTTCTT-TCAAA--GGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG----ATGTG--TTCACTCA--------GCTGAAATTCGAAC--TTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAA-AGGTT---AAT---A-CTAAATCAAGCTA------TT-C-AATA-GCTTGA-ATC-T-AGC-----TAT-----TTAGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAA--------G-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTTT----TTATCT-AG-T------TA-TATAGCTT-T--ATCCAGCTGTATAGCTA--GATCATGCTATTCAAAATAG-CTGGATTTAGCTATTTTA-G---AG--TG----------AATT-A-----C-------------ATAG----------------------G-GTTTCAT--ATGT-ACAATG----A--CATT-GC-TATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGACT------------------TCATGAA--AATT-------------TTCAT----GC-AAAATGAATTCCTTTTGTTCTCA--TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-AGAT-GAATTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TCAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAT--GGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TG--AAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTAAATC-----AAGTTATTT-CAAATA-GCTTG--ATA-T-AGC-----TAT-----ATA-AATTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAGG--------G-AGA---
gi|8 : --GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TG--AAATGTA--TTCACTCT---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAA-AGGTTTAAAAT---AGCTAAAC------AAGCTATTT-CAAATA-ACTTG--ATC-T-AGC-----TATA----ATA-GCTGGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAAA--------G-AGA---TTGTACTG-GACCTcctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTCT----TTATTT-AG-------CTA-TATAGCTT-T--AT--------------C--AA----GCTAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGAAAT--AGCTTG----------ATTT-AGC---TATTTTAGAGTGAATTAGA----------T--------TGG-GTTTCATA-A-GT-ACAATC----C--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333 22222222222 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333 2222222 333333333333 1111 111 2222222222222222222222222222222222222 4444444444444 1111 2 111111 11111111 111111 1111111 111 11 1111 22 333333333333333333 111 11 1 111 11 1 44444444444444444444 111 11111 33333333333 1111111 11 11 11111 111111111 111111 11111111111 333333
lowQualScore : 4 66 5555 0 4 111111111 4 00000000000 11111 4 1 1 77 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 000000 6 2222222 5 5 6 1 111111111111 5 4444 444 8 8 7777777777777777777777777777777777777 6 4444444444444 7777 8 4 888888 99999999 77 666666 1 0 4 4 2222222 4 4 4 4 4 777 55 5 5 888 5 5 000 5 33 7777 8 8 11 000000000000000000 0 444 8 11 8 8 8 0 3 444 8 11 3 3 77 5 77 11111111111111111111 111 5 44444 5 6 2 5 77 77 77777777777 5 0000000 5 1 1 55 4 8 4 4 4 33 8 55 4 33 22222 99999 3 3 0 888888888 7 777777 55 99999999999 000000 4 777 4
lowQualScore : . .. .... . . ......... . ........... ..... . . . .. ....................................................................... . ...... . ....... . . . . ............ . .... ... . . ..................................... . ............. .... . . ...... ........ .. ...... . . . . ....... . . . . . ... .. . . ... . . ... . .. .... . . .. .................. . ... . .. . . . . . ... . .. . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ........... . ....... . . . .. . . . . . .. . .. . .. ..... ..... . . . ......... . ...... .. ........... ...... . ... .
lowQualScore : 4 11 6666 9 4 888888888 4 00000000000 11111 4 0 4 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 888888 7 3333333 7 7 7 0 888888888888 0 8888 000 0 0 3333333333333333333333333333333333333 7 0000000000000 0000 0 0 888888 66666666 99 444444 4 4 4 4 8888888 4 4 4 4 4 888 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 0 66 666666666666666666 8 000 0 00 0 0 0 0 2 000 0 00 3 7 99 7 99 44444444444444444444 777 7 33333 7 6 3 7 99 99 11111111111 7 7777777 7 4 4 55 0 0 0 0 0 55 0 55 0 55 66666 11111 6 6 5 222222222 3 000000 55 00000000000 999999 0 000 4
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAAAT--AG--T--G----------ATTT-AGC---T-------------TTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C--AAATA-GCTTG--ATC-T---AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAAGT--AG--T--G----------ANTT-A-----T-------------TTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C--AAATA-GCTTG--ATC-T---AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTC--T----TTATTTTAG-C------TA-TATAGCCTGT--A-ATCAA-CTAT-----ATATTCTAGATCAAGCTATTTGAAAT--AGCTT--G----------ATTT-AGCTATT-------------TTAGA----------TGATTAGAAT-----GGAGTTTCAA--A-GTTACAATGTACAAGCCATT-GC-TTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTTT-AACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-TAA-CCA---------------GAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTGAAATTCATCGCAGC-AAAACGAATTCCTTTTGTTC-CA--CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCA-C-ACCAATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCA----TTCTT-GACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTT--TTTAAAT---AAG---CTGTTGA---TTGAAC--AATC-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAATCCAATT-CTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA--ATT-T-CTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTG--AAATGTGCTTTCACTCA----------TGAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA----AAT---------GGTTTTAAAAAT-AGGCT-AAATT-CAAGCTATTTT-C--AAATAGGCTTGAAATC-TC--AGC-----TAT-ATA-GCTTGAT--------TAAATGC------TATTTAT-----------AGGCA-A---ATAAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAAT-GACTTTA-A-A---ATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttaaaaattatttaaaaatgaggaacgtaccgtctgtccattTT--AAAATTA-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C--AAA-A-GCTTG--ATCAT---AGCTATATTAT-ATA-GC-TGA---------TAAATGCCTGTTTTA--TATTATGTAGCCCCAGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTGcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTT--T----GTAT-T-AG-CTGAATCTA-TATAGCTT-TTTA-A--AAGCTAT-----ATAG-CTTCATAAAGCTATTTGGAGTACAG--T--ACTACACTACCATTT-ATAG--T-------------TTAGATGGAATCAATT--------T-----GA-ATTTC-TCAA-GT-GCAATG----G--CATT-GT-TAgtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|13 : a--AAAAT-A-CCT-AAA-T-TAACCTA--TTTC--AAATA-GCTTG--ATA-A---AGC-----TAT-ATA-GCTT-----------TAA----------TA--GAT-----------AATT------AT--AG-AGA---TTGTACTG-AACCTG
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTC--TATAATTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGAAAT--AG-----------------GTTAA-----T-------------TTAGG----------T-----------------ATTTT------GT-TCAAAGA---A--AATT-GTATAAA-AAATCT-A----------CAA-AATgttcaaagaaaattgtataaaaaatctacaaaat
gi|14 : aATG----A--CATTTGC-TAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTTAA-CCA---------------GAA
gi|15 : tcacatatAAATT-------------TTCAT----GCTAAAA-GAATTCCTTTTGTTCTGAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAGT-A-TAAT-GACTTTA-T-A---ATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : C-----TAA-ATA-GCTTCT---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCT--A---ATAAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|17 : GTCT--GAACT-AAGCTTAGA-TACAAACCA--TT-TCTAAATA-GCTT-----C-TTAAAGC-----TAT-ATA-GC-TAA---------TAAA-Gaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|18 : caggtccagaaaattaAGGTTCAGTACAA-TCTCAATAA--TTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGAAAT--AG-----------------GTA-A-----T-------------TTAGG----------T--------tg
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-AG-AAGCTATTAGAAATGG-TTTGATTAAGCTAGTTatttt
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AGGC-----CTACTATATATT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAACCTATTTGAAG---GG--T--G----------AATT-A-----C-------------TTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCATT-A-GT-AAAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAG------------------TCGAGAACACTTT-------------TT--T----GA-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC--A---AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAGT-A-TGAT-AAATTCC-C-A---ATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-TACTTTT-ATTGTATCTTGTATTTT--AG--A-T---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TGA-TTGATCCT---AGA-TGT--AAACAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TA--AATTGTG--TTCACTGA--------AGTGAAATTTG-AATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T----G-----------AAATA-GCTTG--ATC-T---AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAG-GC------TA--TAT-----------AGCTAGATTTATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTC--T----TTATCT-A--C-----CTA-TATAGCTT-------------TAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGg
gi|3 : AAATT-------------TTCAT----GC-AAAAAGTATTCCTTTTGTTCCCA--CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAGT-AATGAT-GACTTCAAC-A---ATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCT-TTT-GACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTTAAG--AAT---A-A---CTG--GGGTTTTGA-C--AA-CGTCAAGTGATCCT---AGA-TGTTCCTTGAAATTTAAAA-ATCAATTTCTTTTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACTC---------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGAAGGTTT---AAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C--AAATA-GCTTGC-ATCTT---AGC-----TAT-ATA-GCTTTA---------TTAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A--------------------C-A---ATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----T-CTTTGACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AT--AATTTTA-GGTACTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-ATGGTCCT---AGA-CAT--CTGCAAAATTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATGAA-GGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAATCTA--TTTC--AAATA-CCTTG--ATC-T---AGC-----TAT-ACA-GCTTGA---------TAAA-GCTA----TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTGCA-CGA---ATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----T-CTT-GATTTTT---TGTAT----TATTTT--AC--TAT---A-A----TGTTGG---TTGA-CAAAA-C-TCA-GT-AT-CT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAAGTCCAATTTCTT-TCAAA--GGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG----ATGTG--TTCACTCA--------GCTGAAATTCGAAC--TTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAAAGGTT-----AAT-A--CT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C---AATA-GCTTGA-ATC-T---AGC-----TAT-TTAGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTT--T----TTATCT-AG-T------TA-TATAGCTT-T--ATC--CAGCTGT-----ATAG-CTAGATCATGCTATTCAAAAT--AG--CTGG----------ATTT-AGCTATT-------------TTAGAGTGAA-----T--------TACATAGG-GTTTCAT--ATGT-ACAATG----A--CATT-GC-TATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGACT------------------TCATGAA--AATT-------------TTCAT----GC-AAAATGAATTCCTTTTGTTCTCA--TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-AGAT-GAATTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TCAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAT--GGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TG--AAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGTTAT-TT-C--AAATA-GCTTG--ATA-T---AGC-----TAT-ATA-AATTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAGGG-AGA---
gi|8 : --GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TG--AAATGTA--TTCACTCT---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA---CAAGCTAT-TT-C--AAATA-ACTTG--ATC-T---AGC-----TATAATA-GCTGGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTcctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-------CTA-TATAGCTT-T--ATC--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGAAAT--AGCTT--G----------ATTT-AGC---TATTTTAGAGTGAATTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCATA-A-GT-ACAATC----C--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333 222222 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 1111111 333333333333 1111 111 2222222222222222222222222222222222222 4444444444444 1111 2 111111 11111111 111111 1111111 111 11 1111 22 333333333333333333 111 11 1 111 11 1 44444444444444444444 111 11111 33333333333 1111111 11 11 11111 111111111 111111 11111111111 333333
lowQualScore : 4 66 5555 0 4 111111111 4 4 66 222222 11111 4 1 77 0 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 77777 6 6666666 5 5 6 1 111111111111 5 4444 444 8 8 7777777777777777777777777777777777777 6 4444444444444 7777 8 4 888888 99999999 77 666666 1 0 4 4 2222222 4 4 4 4 4 777 55 5 5 888 5 5 000 5 33 7777 8 8 11 000000000000000000 0 444 8 11 8 8 8 0 3 444 8 11 3 3 77 5 77 11111111111111111111 111 5 44444 5 6 2 5 77 77 77777777777 5 0000000 5 1 1 55 4 8 4 4 4 33 8 55 4 33 22222 99999 3 3 0 888888888 7 777777 55 99999999999 000000 4 777 4
lowQualScore : . .. .... . . ......... . . .. ...... ..... . . .. . . ..................................................................... .. ..... . ....... . . . . ............ . .... ... . . ..................................... . ............. .... . . ...... ........ .. ...... . . . . ....... . . . . . ... .. . . ... . . ... . .. .... . . .. .................. . ... . .. . . . . . ... . .. . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ........... . ....... . . . .. . . . . . .. . .. . .. ..... ..... . . . ......... . ...... .. ........... ...... . ... .
lowQualScore : 4 11 6666 9 4 888888888 4 4 11 111111 11111 4 0 99 1 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 77777 7 6666666 7 7 7 0 888888888888 0 8888 000 0 0 3333333333333333333333333333333333333 7 0000000000000 0000 0 0 888888 66666666 99 444444 4 4 4 4 8888888 4 4 4 4 4 888 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 0 66 666666666666666666 8 000 0 00 0 0 0 0 2 000 0 00 3 7 99 7 99 44444444444444444444 777 7 33333 7 6 3 7 99 99 11111111111 7 7777777 7 4 4 55 0 0 0 0 0 55 0 55 0 55 66666 11111 6 6 5 222222222 3 000000 55 00000000000 999999 0 000 4
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAA--ATA-G-TT--G----------ATT--TAGCTATT----------TTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C--AAATA-GCTTG--ATC-T---AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAA--ATA-G--T--G----------ATT--TAGCT-------------TTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C--AAATA-GCTTG--ATC-T---AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTC--T----TTATTTTAG-C------TA-TATAGCCTGT--A-ATCAA-CTAT-----ATATTCTAGATCAAGCTATTTGAA--ATA-GCTT--G----------ATT--TAGCTATT----------TTAGA----------TGATTAGAAT-----GGAGTTTCAA--A-GTTACAATGTACAAGCCATT-GC-TTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTTT-AACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-TAA-CCA---------------GAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTGAAATTCATCGCAGC-AAAACGAATTCCTTTTGTTC-CA--CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCA-C-ACCAATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCA----TTCTT-GACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTT--TTTAAAT---AAG---CTGTTGA---TTGAAC--AATC-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAATCCAATT-CTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA--ATT-T-CTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTG--AAATGTGCTTTCACTCA----------TGAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA----AAT---------GGTTTTAAAAAT-AGGCT-AAATT-CAAGCTATTTT-C--AAATAGGCTTGAAATC-TC--AGC-----TAT-ATA-GCTTGAT--------TAAATGC------TATTTAT-----------AGGCA-A---ATAAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAAT-GACTTTA-A-A---ATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttaaaaattatttaaaaatgaggaacgtaccgtctgtccattTT--AAAATTA-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C--AAA-A-GCTTG--ATCAT---AGCTATATTAT-ATA-GC-TGA---------TAAATGCCTGTTTTA--TATTATGTAGCCCCAGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTGcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTT--T----GTAT-T-AG-CTGAATCTA-TATAGCTT-TTTA-A--AAGCTAT-----ATAG-CTTCATAAAGCTATTTGGAGTACA-G--T--ACTACACTACCATTTATAG-T-------------TTAGATGGAATCAATT--------T-----GA-ATTTC-TCAA-GT-GCAATG----G--CATT-GT-TAgtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|13 : a--AAAAT-A-CCT-AAA-T-TAACCTA--TTTC--AAATA-GCTTG--ATA-A---AGC-----TAT-ATA-GCTT-----------TAA----------TA--GAT-----------AATT------AT--AG-AGA---TTGTACTG-AACCTG
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTC--TATAATTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGAA--ATA-GGTT--A----------ATT--TAGGTA------------TT-------------T--------T-----G----TTCA----------AAGA----A--AATT-GTATAAA-AAATCT-A----------CAA-AATgttcaaagaaaattgtataaaaaatctacaaaat
gi|14 : aATG----A--CATTTGC-TAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTTAA-CCA---------------GAA
gi|15 : tcacatatAAATT-------------TTCAT----GCTAAAA-GAATTCCTTTTGTTCTGAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAGT-A-TAAT-GACTTTA-T-A---ATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : C-----TAA-ATA-GCTTCT---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCT--A---ATAAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|17 : GTCT--GAACT-AAGCTTAGA-TACAAACCA--TT-TCTAAATA-GCTT-----C-TTAAAGC-----TAT-ATA-GC-TAA---------TAAA-Gaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|18 : caggtccagaaaattaAGGTTCAGTACAA-TCTCAATAA--TTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGAA--ATAGG--T--A----------ATT--TAGtg
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-AG-AAGCTATTAGAAATGG-TTTGATTAAGCTAGTTgtatttt
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AGGC-----CTACTATATATT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAACCTATTTGAA--G-G-G--T--G----------AAT--TA--C-------------TTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCATT-A-GT-AAAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-TAA-CCA---------------GAAG------------------TCGAGAACACTTT-------------TT--T----GA-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC--A---AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAGT-A-TGAT-AAATTCC-C-A---ATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-TACTTTT-ATTGTATCTTGTATTTT--AG--A-T---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TGA-TTGATCCT---AGA-TGT--AAACAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TA--AATTGTG--TTCACTGA--------AGTGAAATTTG-AATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T----G-----------AAATA-GCTTG--ATC-T---AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAG-GC------TA--TAT-----------AGCTAGATTTATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTC--T----TTATCT-A--C-----CTA-TATAGCTT-T--A----------T-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGg
gi|3 : AAATT-------------TTCAT----GC-AAAAAGTATTCCTTTTGTTCCCA--CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAGT-AATGAT-GACTTCAAC-A---ATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCT-TTT-GACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTTAAG--AAT---A-A---CTG--GGGTTTTGA-C--AA-CGTCAAGTGATCCT---AGA-TGTTCCTTGAAATTTAAAA-ATCAATTTCTTTTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACTC---------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGAAGGTTT---AAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C--AAATA-GCTTGC-ATCTT---AGC-----TAT-ATA-GCTTTA---------TTAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A--------------------C-A---ATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----T-CTTTGACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AT--AATTTTA-GGTACTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-ATGGTCCT---AGA-CAT--CTGCAAAATTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATGAA-GGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAATCTA--TTTC--AAATA-CCTTG--ATC-T---AGC-----TAT-ACA-GCTTGA---------TAAA-GCTA----TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTGCA-CGA---ATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----T-CTT-GATTTTT---TGTAT----TATTTT--AC--TAT---A-A----TGTTGG---TTGA-CAAAA-C-TCA-GT-AT-CT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAAGTCCAATTTCTT-TCAAA--GGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG----ATGTG--TTCACTCA--------GCTGAAATTCGAAC--TTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAAAGGTT-----AAT-A--CT-AAA-T-CAAGCTA--TT-C---AATA-GCTTGA-ATC-T---AGC-----TAT-TTAGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTT--T----TTATCT-AG-T------TA-TATAGCTT-T--ATC--CAGCTGT-----ATAG-CTAGATCATGCTATTCAAA--ATA-G--CTGG----------ATT--TAGCTATT----------TTAGAGTGAA-----T--------TACATAGG-GTTTCAT--ATGT-ACAATG----A--CATT-GC-TATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGACT------------------TCATGAA--AATT-------------TTCAT----GC-AAAATGAATTCCTTTTGTTCTCA--TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-AGAT-GAATTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TCAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAT--GGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TG--AAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGTTAT-TT-C--AAATA-GCTTG--ATA-T---AGC-----TAT-ATA-AATTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAGGG-AGA---
gi|8 : --GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TG--AAATGTA--TTCACTCT---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA---CAAGCTAT-TT-C--AAATA-ACTTG--ATC-T---AGC-----TATAATA-GCTGGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTcctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-------CTA-TATAGCTT-T--ATC--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGAA--ATA-GCTT--G----------ATT--TAGCTATTTTAGAGTGAATTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCATA-A-GT-ACAATC----C--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-TAA-CCA---------------
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333 111111 11111 3333333333333 111 9999999999999999999999999 22222 1111111 333333333333 1111 111 11111111111111111111111111111111111111 4444444444444 1111 2 111111 11111111 111111 1111111 111 11 1111 22 333333333333333333 111 11 1 111 11 1 44444444444444444444 111 11111 33333333333 1111111 11 11 1 11111 222222222 111111 22222222222 33333
lowQualScore : 4 66 5555 0 4 111111111 4 4 55 999999 00000 4 1 4 66 5 4444444444444 5 000 0000000000000000000000000 6 77777 6 6666666 5 5 6 1 111111111111 5 4444 444 8 8 88888888888888888888888888888888888888 7 4444444444444 7777 8 4 888888 99999999 77 666666 1 0 4 4 2222222 4 4 4 4 4 777 55 5 5 888 5 5 000 5 33 7777 8 8 11 000000000000000000 0 444 8 11 8 8 8 0 3 444 8 11 3 3 77 5 77 11111111111111111111 111 5 44444 5 6 2 5 77 77 77777777777 5 0000000 5 1 1 777 5 5 5 66 5 5 66 0 5 11111 4 4 222222222 8 888888 66 11111111111 00000 4 777 5
lowQualScore : . .. .... . . ......... . . .. ...... ..... . . . .. . ............. . ... ......................... . ..... . ....... . . . . ............ . .... ... . . ...................................... . ............. .... . . ...... ........ .. ...... . . . . ....... . . . . . ... .. . . ... . . ... . .. .... . . .. .................. . ... . .. . . . . . ... . .. . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ........... . ....... . . . ... . . . .. . . .. . . ..... . . ......... . ...... .. ........... ..... . ... .
lowQualScore : 4 11 6666 9 4 888888888 4 0 55 999999 00000 0 0 0 99 0 0000000000000 0 000 3333333333333333333333333 7 77777 7 6666666 7 7 7 0 888888888888 0 8888 000 0 0 33333333333333333333333333333333333333 3 0000000000000 0000 0 0 888888 66666666 99 444444 4 4 4 4 8888888 4 4 4 4 4 888 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 0 66 666666666666666666 8 000 0 00 0 0 0 0 2 000 0 00 3 7 99 7 99 44444444444444444444 777 7 33333 7 6 3 7 99 99 11111111111 7 7777777 7 4 4 000 0 0 0 99 0 0 99 0 0 11111 4 4 222222222 9 999999 11 11111111111 11111 4 888 0
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTT-GAA--ATA-G-T--TG-------ATTT-AGC-TATTTTAGA--GAA-----T--------T-----GG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCTAAA-TCAAGCTAT-TT-CAAATA-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTT-GAA--ATA-G-T--TG-------ATTT-AGC-TATTTTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCTAAA-TCAAGCTA--TT-CAAATA-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTC--T----TTATTTTAG-C------TA-TATAGCCTGT--A-ATCAA-CTAT-----ATATTCTAGATCAAGCTATTT-GAA--ATA-GCT--TG-------ATTT-AGC-TATTTTAGA----------TGATTAGAAT-----GGAGTTTCAA--A-GTTACAATGTACAAGCCATT-GC-TTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTTT-AACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-T-AACC---------------AGAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTGAAATTCATCGCAGC-AAAACGAATTCCTTTTGTTC-CA--CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCA-C-ACCAATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCA----TTCTT-GACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTT--TTTAAAT---AAG---CTGTTGA---TTGAAC--AATC-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAATCCAATT-CTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA--ATT-T-CTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTG--AAATGTGCTTTCACTCA----------TGAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA----AAT---------GGTTTTAAAAAT-AGGCTAAATTCAAGCTATTTT-CAAATAGGCTTGAAATC-TCAGC-----TAT-ATA-GCTTGAT--------TAAATGC------TATTTAT-----------AGGCA-A---ATAAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAAT-GACTTTA-A-A---ATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttaaaaattatttaaaaatgaggaacgtaccgtctgtccattTT--AAAATTA-GCTAAA-TCAAGCTA--TT-CAAA-A-GCTTG--ATCAT-AGCTATATTAT-ATA-GC-TGA---------TAAATGCCTGTTTTA--TATTATGTAGCCCCAGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTGcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTT--T----GTAT-T-AG-CTGAATCTA-TATAGCTT-TTTA-A--AAGCTAT-----ATAG-CTTCATAAAGCTATTT-GGAGTACA-G-TACTACACTACCATTT-A---TAGTTTAGATGGAATCAATT--------T-----GA-ATTTC-TCAA-GT-GCAATG----G--CATT-GT-TAgtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTC--TATAATTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTT-GAA--ATAGG-T--TA-------ATTT-AGG-TATTTTG--------------------------------TTCA----------AAGA----A--AATT-GTATAAA-AAATCT-A----------CAA-AAT
gi|14 : aATG----A--CATTTGC-TAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTT-AACC---------------AGAA
gi|15 : tcacatatAAATT-------------TTCAT----GCTAAAA-GAATTCCTTTTGTTCTGAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAGT-A-TAAT-GACTTTA-T-A---ATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : C-----TAA-ATA-GCTTCT---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCT--A---ATAAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|17 : CTT-T--A-T--TAGCTAT-----ATAG-CTTTAAGAAGCTATTTAGAA--ATG-GTT--TGT------ATCTAAGCTTAGTTCAGA----------C--------T-----Gaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|18 : caggtccagaaaattaAGGTTCAGTACAA-TCTCAATAA--TTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTT-GAA--ATA-G-G--TA-------ATTT-AGG-TATTTT
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-AG-AAGCTATTAGAAATGG-TTTGATTAAGCTAGTT-
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AGGC-----CTACTATATATT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAACCTATTT-GAA--G---G-G--TG-------AATT-A------CTTAGA----------T--------T-----GG-GTTTCATT-A-GT-AAAATG----A--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-T-AACC---------------AGAAG------------------TCGAGAACACTTT-------------TT--T----GA-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC--A---AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAGT-A-TGAT-AAATTCC-C-A---ATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-TACTTTT-ATTGTATCTTGTATTTT--AG--A-T---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TGA-TTGATCCT---AGA-TGT--AAACAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TA--AATTGTG--TTCACTGA--------AGTGAAATTTG-AATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCTAAA-T---G---------AAATA-GCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-ATA-GCTTGA---------TAAG-GC------TA--TAT-----------AGCTAGATTTATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTC--T----TTATCT-A--C-----CTA-TATAGCTT-------------TAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTT-Gg
gi|3 : AAATT-------------TTCAT----GC-AAAAAGTATTCCTTTTGTTCCCA--CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAGT-AATGAT-GACTTCAAC-A---ATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCT-TTT-GACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTTAAG--AAT---A-A---CTG--GGGTTTTGA-C--AA-CGTCAAGTGATCCT---AGA-TGTTCCTTGAAATTTAAAA-ATCAATTTCTTTTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACTC---------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGAAGGTTT---AAAT-A-GCTAAA-TCAAGCTA--TT-CAAATA-GCTTGC-ATCTT-AGC-----TAT-ATA-GCTTTA---------TTAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A--------------------C-A---ATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----T-CTTTGACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AT--AATTTTA-GGTACTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-ATGGTCCT---AGA-CAT--CTGCAAAATTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATGAA-GGTTT--AAAAT-A-GCTAAA-TCAATCTA--TTTCAAATA-CCTTG--ATC-T-AGC-----TAT-ACA-GCTTGA---------TAAA-GCTA----TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTGCA-CGA---ATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----T-CTT-GATTTTT---TGTAT----TATTTT--AC--TAT---A-A----TGTTGG---TTGA-CAAAA-C-TCA-GT-AT-CT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAAGTCCAATTTCTT-TCAAA--GGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG----ATGTG--TTCACTCA--------GCTGAAATTCGAAC--TTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAAAGGTT-----AAT-A--CTAAA-TCAAGCTA--TT-C-AATA-GCTTGA-ATC-T-AGC-----TAT-TTAGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTT--T----TTATCT-AG-T------TA-TATAGCTT-T--ATC--CAGCTGT-----ATAG-CTAGATCATGCTATTC-AAA--ATA-G-C--TGG------ATTT-AGC-TATTTTAGAGTGAA-----T--------TACATAGG-GTTTCAT--ATGT-ACAATG----A--CATT-GC-TATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGACT------------------TCATGA--AAATT-------------TTCAT----GC-AAAATGAATTCCTTTTGTTCTCA--TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-AGAT-GAATTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TCAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAT--GGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TG--AAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCTAAA-TCAAGTTAT-TT-CAAATA-GCTTG--ATA-T-AGC-----TAT-ATA-AATTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAGGG-AGA---
gi|8 : --GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TG--AAATGTA--TTCACTCT---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCTAAA--CAAGCTAT-TT-CAAATA-ACTTG--ATC-T-AGC-----TATAATA-GCTGGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTcctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C------TA-TATAGCTT-T--ATC--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTT-GAA--ATA-GCT--TG-------ATTT-AGC-TATTTTAGAGTGAATTAGAT--------T-----GG-GTTTCAT--AAGT-ACAATC----C--CATT-GC-TAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------A
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333 222222 11111 3333333333333 111111 7777777777777777777777777777 2222 2222222 33333333333 1111 111 11111111111111111111111111111111111111 4444444444444 1111 2 111111 11111111 111111 1111111 111 11 1111 22 333333333333333333 111 11 1 111 11 1 44444444444444444444 111 11111 33333333333 1111111 11 111 11111 222222222 111111 22222222222 22222
lowQualScore : 4 66 5555 0 4 111111111 4 4 66 222222 11111 4 1 77 0 5 1111111111111 88 666666 2222222222222222222222222222 0 6666 8 0000000 6 8 88888888888 5 4444 444 8 8 88888888888888888888888888888888888888 7 4444444444444 7777 8 4 888888 99999999 77 666666 1 0 4 4 2222222 4 4 4 4 4 777 55 5 5 888 5 5 000 5 33 7777 8 8 11 000000000000000000 0 444 8 11 8 8 8 0 3 444 8 11 3 3 77 5 77 11111111111111111111 111 5 44444 5 6 2 5 77 77 77777777777 5 0000000 5 1 1 666 4 8 4 555 4 0 4 4 55 8 222 4 00000 4 000000000 8 888888 66 11111111111 44444 4 777 5
lowQualScore : . .. .... . . ......... . . .. ...... ..... . . .. . . ............. .. ...... ............................ . .... . ....... . . ........... . .... ... . . ...................................... . ............. .... . . ...... ........ .. ...... . . . . ....... . . . . . ... .. . . ... . . ... . .. .... . . .. .................. . ... . .. . . . . . ... . .. . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ........... . ....... . . . ... . . . ... . . . . .. . ... . ..... . ......... . ...... .. ........... ..... . ... .
lowQualScore : 4 11 6666 9 4 888888888 4 4 11 111111 11111 4 0 99 1 7 4444444444444 66 444444 0000000000000000000000000000 8 0000 0 8888888 7 0 88888888888 0 8888 000 0 0 33333333333333333333333333333333333333 3 0000000000000 0000 0 0 888888 66666666 99 444444 4 4 4 4 8888888 4 4 4 4 4 888 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 0 66 666666666666666666 8 000 0 00 0 0 0 0 2 000 0 00 3 7 99 7 99 44444444444444444444 777 7 33333 7 6 3 7 99 99 11111111111 7 7777777 7 4 4 999 4 9 4 333 4 8 4 4 00 9 222 0 00000 0 000000000 0 999999 11 11111111111 77777 4 888 0
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAA--ATA-G-T--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGA------G-------AA-----TT-----GGGTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCCGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-AT-----A-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAA--ATA-G-T--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGA------G-------AA-----TT-----GGGTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-AT-----A-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTC--T----TTATTTTAG-C------TA-TATAGCCTGT--A-ATCAA-CTAT-----ATATTCTAGATCAAGCTATTTGAA--ATA-GCT--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGATGATTAG-------AA-----TG-----GAGTTTCAA--A-GTTACAATGTACAAGCCATT-GCTTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTTT-AACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-T-AACC---------------AGAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTGAAATTCATCGCAGC-AAAACGAATTCCTTTTGTTC-CA--CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCA-C-ACCAATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCA----TTCTT-GACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTT--TTTAAAT---AAG---CTGTTGA---TTGAAC--AATC-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAATCCAATT-CTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA--ATT-T-CTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTG--AAATGTGCTTTCACTCA----------TGAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA----AAT---------GGTTTTAAAAAT-AGGCT-AAATT-CAAGCTATTTTC-AAATAGGCTTGAAATC-TC--AGCTAT-AT-----A-GCTTGAT--------TAAATGC------TATTTAT-----------AGGCA-A---ATAAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAAT-GACTTTA-A-A---ATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttaaaaattatttaaaaatgaggaacgtaccgtctgtccattTT--AAAATTA-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TT-C-AAA-A-GCTTG--ATCAT---AGCTAT-ATTATATA-GCT-GA---------TAAATGCCTGTTTTA--TATTATGTAGCCCCAGCTAGA----TAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTGcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTT--T----GTAT-T-AG-CTGAATCTA-TATAGCTT-TTTA-A--AAGCTAT-----ATAG-CTTCATAAAGCTATTTGGAGTACA-G-TACTACACTACCATTTA--TAGTTT------AGATG----G-------AATCAATTT-----GAATTTC-TCAA-GT-GCAATG----G--CATT-GTTAgtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTC--TATAATTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGAA--ATAGG-T--TA-------ATTTAGGTATTTTGTTCAAAGA------A-------AA-----TT-----G
gi|14 : aATG----A--CATTTGCTAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTT-AACC---------------AGAAtataaaaaatctacaaaat
gi|15 : tcacatatAAATT-------------TTCAT----GCTAAAA-GAATTCCTTTTGTTCTGAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAGT-A-TAAT-GACTTTA-T-A---ATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : CTAA-AT-----A-GCTTCT---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCT--A---ATAAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|17 : GTCT--GAACT-AAGCTTAGA-TACAAACCA-TTTCTAAATA-GCTT-----C-TTAAAGCTAT-AT-----A-GC-TAA---------TAAA-Gaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|18 : caggtccagaaaattaAGGTTCAGTACAA-TCTCAATAA--TTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGAA--ATA-G-G--TA-------ATTTAGGTATTTT------tg
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-AG-AAGCTATTAGAAATGG-TTTGATTAAGCTAGTT
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AGGC-----CTACTATATATT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAACCTATTTGAA--G---G-G--TG-------AATTA-----CTT------AGA---------------------TT-----GGGTTTCATT-A-GT-AAAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-T-AACC---------------AGAAG------------------TCGAGAACACTTT-------------TT--T----GA-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC--A---AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAGT-A-TGAT-AAATTCC-C-A---ATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-TACTTTT-ATTGTATCTTGTATTTT--AG--A-T---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TGA-TTGATCCT---AGA-TGT--AAACAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TA--AATTGTG--TTCACTGA--------AGTGAAATTTG-AATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T----G---------AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-AT-----A-GCTTGA---------TAAG-GC------TA--TAT-----------AGCTAGATTTATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTC--T----TTATCT-A--C-----CTA-TATAGCTT-T--A----------T-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGg
gi|3 : AAATT-------------TTCAT----GC-AAAAAGTATTCCTTTTGTTCCCA--CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAGT-AATGAT-GACTTCAAC-A---ATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCT-TTT-GACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTTAAG--AAT---A-A---CTG--GGGTTTTGA-C--AA-CGTCAAGTGATCCT---AGA-TGTTCCTTGAAATTTAAAA-ATCAATTTCTTTTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACTC---------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGAAGGTTT---AAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TTC-AAATA-GCTTGC-ATCTT---AGCTAT-AT-----A-GCTTTA---------TTAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A--------------------C-A---ATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----T-CTTTGACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AT--AATTTTA-GGTACTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-ATGGTCCT---AGA-CAT--CTGCAAAATTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATGAA-GGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAATCTA-TTTC-AAATA-CCTTG--ATC-T---AGCTAT-AC-----A-GCTTGA---------TAAA-GCTA----TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTGCA-CGA---ATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----T-CTT-GATTTTT---TGTAT----TATTTT--AC--TAT---A-A----TGTTGG---TTGA-CAAAA-C-TCA-GT-AT-CT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAAGTCCAATTTCTT-TCAAA--GGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG----ATGTG--TTCACTCA--------GCTGAAATTCGAAC--TTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAAAGGTT-----AAT-A--CT-AAA-T-CAAGCTA-TTC---AATA-GCTTGA-ATC-T---AGCTAT-TT-----AGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTT--T----TTATCT-AG-T------TA-TATAGCTT-T--ATC--CAGCTGT-----ATAG-CTAGATCATGCTATTCAAA--ATA-G-C--TGG------ATTTAGCTATTTT------AGA------GTG-----AA-----TTACATAGGGTTTCAT--ATGT-ACAATG----A--CATT-GCTATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGACT------------------TCATGA--AAATT-------------TTCAT----GC-AAAATGAATTCCTTTTGTTCTCA--TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-AGAT-GAATTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TCAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAT--GGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TG--AAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGTTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATA-T---AGCTAT-AT-----A-AATTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAGGG-AGA---
gi|8 : --GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TG--AAATGTA--TTCACTCT---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA---CAAGCTA-TTTC-AAATA-ACTTG--ATC-T---AGCTATAAT-----A-GCTGGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTcctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C------TA-TATAGCTT-T--ATC--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGAA--ATA-GCT--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGA------GTGAATTAGA-----TT-----GGGTTTCAT--AAGT-ACAATC----C--CATT-GCTAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------A
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333 222222 11111 3333333333333 111111 7777777777777777777777777777 2222 2222222 33333333333 1111 111 11111111111111111111111111111111111111 4444444444444 1111 2 111111 11111111 111111 1111111 111 11 1111 22 333333333333333333 111 11 1 111 11 1 44444444444444444444 111 11111 33333333333 1111111 11 111 11111 222222222 111111 22222222222 22222
lowQualScore : 4 66 5555 0 4 111111111 4 4 66 222222 11111 4 1 77 0 5 1111111111111 88 666666 2222222222222222222222222222 0 6666 8 0000000 6 8 4 88888888888 5 4444 444 8 8 88888888888888888888888888888888888888 7 4444444444444 7777 8 4 888888 99999999 77 666666 1 0 4 4 2222222 4 4 4 4 4 777 55 5 5 888 5 5 000 5 33 7777 8 8 11 000000000000000000 0 444 8 11 8 8 8 0 3 444 8 11 3 3 77 5 77 11111111111111111111 111 5 44444 5 6 2 5 77 77 77777777777 5 0000000 5 1 1 666 4 8 4 555 4 0 4 4 55 8 222 4 00000 4 000000000 8 888888 66 11111111111 44444 4 777 5
lowQualScore : . .. .... . . ......... . . .. ...... ..... . . .. . . ............. .. ...... ............................ . .... . ....... . . . ........... . .... ... . . ...................................... . ............. .... . . ...... ........ .. ...... . . . . ....... . . . . . ... .. . . ... . . ... . .. .... . . .. .................. . ... . .. . . . . . ... . .. . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ........... . ....... . . . ... . . . ... . . . . .. . ... . ..... . ......... . ...... .. ........... ..... . ... .
lowQualScore : 4 11 6666 9 4 888888888 4 4 11 111111 11111 4 0 99 1 7 4444444444444 66 444444 0000000000000000000000000000 8 0000 0 8888888 7 0 6 88888888888 0 8888 000 0 0 33333333333333333333333333333333333333 3 0000000000000 0000 0 0 888888 66666666 99 444444 4 4 4 4 8888888 4 4 4 4 4 888 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 0 66 666666666666666666 8 000 0 00 0 0 0 0 2 000 0 00 3 7 99 7 99 44444444444444444444 777 7 33333 7 6 3 7 99 99 11111111111 7 7777777 7 4 4 999 4 9 4 333 4 8 4 4 00 9 222 0 00000 0 000000000 0 999999 11 11111111111 77777 4 888 0
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAA--ATA-G-T--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGA------G-------AA-----TT-----GGGTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCCGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-AT-----A-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAA--ATA-G-T--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGA------G-------AA-----TT-----GGGTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCCGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-AT-----A-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTC--T----TTATTTTAG-C------TA-TATAGCCTGT--A-ATCAA-CTAT-----ATATTCTAGATCAAGCTATTTGAA--ATA-GCT--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGATGATTAG-------AA-----TG-----GAGTTTCAA--A-GTTACAATGTACAAGCCATT-GCTTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTTT-AACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-T-AACC---------------AGAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTGAAATTCATCGCAGC-AAAACGAATTCCTTTTGTTC-CA--CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCA-C-ACCAATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCA----TTCTT-GACTTTTTGTGGTATCCCGTATTTT--TTTAAAT---AAG---CTGTTGA---TTGAAC--AATC-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAATCCAATT-CTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA--ATT-T-CTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTG--AAATGTGCTTTCACTCA----------TGAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA----AAT---------GGTTTTAAAAAT-AGGCT-AAATT-CAAGCTATTTTC-AAATAGGCTTGAAATC-TC--AGCTAT-AT-----A-GCTTGAT--------TAAATGC------TATTTAT-----------AGGCA-A---ATAAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAAT-GACTTTA-A-A---ATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttaaaaattatttaaaaatgaggaacgtaccgtctgtccattTT--AAAATTA-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TT-C-AAA-A-GCTTG--ATCAT---AGCTAT-ATTATATA-GCT-GA---------TAAATGCCTGTTTTA--TATTATGTAGCCCCAGCTAGA----TAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTGcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTT--T----GTAT-T-AG-CTGAATCTA-TATAGCTT-TTTA-A--AAGCTAT-----ATAG-CTTCATAAAGCTATTTGGAGTACA-G-TACTACACTACCATTTA--TAGTTT------AGATG----G-------AATCAATTT-----GAATTTC-TCAA-GT-GCAATG----G--CATT-GTTAgtgaatatagggtttcatatttcaaatattcgtta
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTC--TATAATTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGAA--ATAGG-T--TA-------ATTTAGGTATTTTGTTCAAAGA------A-------AA-----TT-----G
gi|14 : aATG----A--CATTTGCTAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTT-AACC---------------AGAAtataaaaaatctacaaaat
gi|15 : tcacatatAAATT-------------TTCAT----GCTAAAA-GAATTCCTTTTGTTCTGAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAGT-A-TAAT-GACTTTA-T-A---ATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : CTAA-AT-----A-GCTTCT---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCT--A---ATAAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|17 : GTCT--GAACT-AAGCTTAGA-TACAAACCA-TTTCTAAATA-GCTT-----C-TTAAAGCTAT-AT-----A-GC-TAA---------TAAA-Gaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|18 : caggtccagaaaattaAGGTTCAGTACAA-TCTCAATAA--TTATCT-A-------------------T-T--A-A--A-GCTAT-----ATAG-CTTTATCAAGCTATTTGAA--ATA-G-G--TA-------ATTTAGGTATTTT------tg
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-AG-AAGCTATTAGAAATGG-TTTGATTAAGCTAGTT
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AGGC-----CTACTATATATT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAACCTATTTGAA--G---G-G--TG-------AATTA-----CTT------AGA---------------------TT-----GGGTTTCATT-A-GT-AAAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-T-AACC---------------AGAAG------------------TCGAGAACACTTT-------------TT--T----GA-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC--A---AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAGT-A-TGAT-AAATTCC-C-A---ATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-TACTTTT-ATTGTATCTTGTATTTT--AG--A-T---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TGA-TTGATCCT---AGA-TGT--AAACAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TA--AATTGTG--TTCACTGA--------AGTGAAATTTG-AATTTTCTAC--TTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T----G---------AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-AT-----A-GCTTGA---------TAAG-GC------TA--TAT-----------AGCTAGATTTATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTC--T----TTATCT-A--C-----CTA-TATAGCTT-T--A----------T-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGg
gi|3 : AAATT-------------TTCAT----GC-AAAAAGTATTCCTTTTGTTCCCA--CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAGT-AATGAT-GACTTCAAC-A---ATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCT-TTT-GACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTTAAG--AAT---A-A---CTG--GGGTTTTGA-C--AA-CGTCAAGTGATCCT---AGA-TGTTCCTTGAAATTTAAAA-ATCAATTTCTTTTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACTC---------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGAAGGTTT---AAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TTC-AAATA-GCTTGC-ATCTT---AGCTAT-AT-----A-GCTTTA---------TTAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A--------------------C-A---ATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----T-CTTTGACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AT--AATTTTA-GGTACTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-ATGGTCCT---AGA-CAT--CTGCAAAATTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACT-----------GTGAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATGAA-GGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAATCTA-TTTC-AAATA-CCTTG--ATC-T---AGCTAT-AC-----A-GCTTGA---------TAAA-GCTA----TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTGCA-CGA---ATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----T-CTT-GATTTTT---TGTAT----TATTTT--AC--TAT---A-A----TGTTGG---TTGA-CAAAA-C-TCA-GT-AT-CT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAAGTCCAATTTCTT-TCAAA--GGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG----ATGTG--TTCACTCA--------GCTGAAATTCGAAC--TTCTGC--GTGTTAGAATATTAATTTGA-GAAAGGTT-----AAT-A--CT-AAA-T-CAAGCTA-TTC---AATA-GCTTGA-ATC-T---AGCTAT-TT-----AGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTA-A---ATAAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTT--T----TTATCT-AG-T------TA-TATAGCTT-T--ATC--CAGCTGT-----ATAG-CTAGATCATGCTATTCAAA--ATA-G-C--TGG------ATTTAGCTATTTT------AGA------GTG-----AA-----TTACATAGGGTTTCAT--ATGT-ACAATG----A--CATT-GCTATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGACT------------------TCATGA--AAATT-------------TTCAT----GC-AAAATGAATTCCTTTTGTTCTCA--TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-AGAT-GAATTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TCAAAA-TCCAATTTCTTCTTAAT--GGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TG--AAATGTA--TTCACTCAGTGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGTTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATA-T---AGCTAT-AT-----A-AATTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAGGG-AGA---
gi|8 : --GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TG--AAATGTA--TTCACTCT---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGG--GT--TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA---CAAGCTA-TTTC-AAATA-ACTTG--ATC-T---AGCTATAAT-----A-GCTGGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTcctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C------TA-TATAGCTT-T--ATC--AAGCTAT-----ATAG-CTAGATCAAGCTATTTGAA--ATA-GCT--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGA------GTGAATTAGA-----TT-----GGGTTTCAT--AAGT-ACAATC----C--CATT-GCTAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------A
blockSeqs : . AA ATAA . GCTGAATC C . TT AGAA TAGAA . T GT G TACTACACTACC GG GTTCAA TGGAATCAATTT CAA . G T T C AACAAGTTCCC G TATA . T A AACTGTTCTTATATTAGACT A . . T A TGAGTC GTGACTAC . ATCAAT T A G AGAC . A . A G . G A A CTC C A TTC G AG ACTC . T A ATAATTTTAGGTA GTT . AA . G A G C . . TC G C . T . CATGTAGTAACGTCCTAG GTT G TACAT G A T . AA . CAGTGATTACA A CGTGT T T A A T A T TA . T . C A TAA A TATAT G ATTGGATTT T CTGTTT . TATGTAGCCCC GATTT T . .
blockSeqs : . . AA . GGCC . . . TCCA . . T . . CTGG GG . GTGAATTACATA TA . A . . T A G T . . . AGAAG . . . . T CCAC T . . T . . T . . . . . . G A . . . . . . G . . . A TAAGAATAA . . . . . . G C . . . . T . . . G T . . . T C . . . GAA . CTTG . T A G . . . T . . . A T . . . . . . TA . . GA . . .
blockSeqs : . . . . GCC . . . TCAA . . T . . CTTG GC . GTGAATTAGATT AT . A . . G A G T . . . . . . . TCAT G . . C . . A . . . . . . A G . . . . . . . . . . . ACTATAA . . . . . . G C . . . . C . . . G T . . . A T . . . CAG . CTTG . T A A . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . CC . . . AAA . . T . . TTA GC . AAATT AA . A . . T G T T . . . . . . . A G . . T . . C . . . . . . G A . . . . . . . . . . . AGATAG . . . . . . . . . . . . C . . . T C . . . T T . . . CA . GTTG . T A A . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . GT . . . AAA . . A . . GTA . . TT C . T . . T . . T . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . G T . . . A T . . . CT . GGT . T A A . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . GC . . . AA . . A . . GTG . . C . . T . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AA . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : AA**** NTG********** GTGAATTANATT**************** AA** A****** A********** T*** *** ************* **** CAC*** ** T****** *** G* ** AGATAA************ *** ** ** G******************* ** CA********* NNTG*** A** T** ** *** ********* ** ***
originalCons : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--A-A--AAGCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAA--ATA-G-T--TG-------ATTTAGCTATTTT------AGA------G-------AA-----TT-----GGGTTTCAT--A-GT-ACAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCCGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCTCA--CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT-ATTGTATCCTGTATTTT--AN--AAT---A-G---CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA--------AGTGAAATTCG-ACTTTTCTGC--TTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAAT-A-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-AT-----A-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
finalCons : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATAGCTT-T--AAA----GCTAT-----ATAG-CTNGATCAAGCTATTTGAA--ATA-GNTG----------ATTTAGCTATTTT------AGAGTGAATTANATT----------------GGGTTTCATAA--GT-ACAATGA------CATT-GCTAAA-AAGTCCGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTCCAC---AACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-TT------AAAGT-A-TGAT-GACTTCA-C-A---ATGGG-GATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----T-CTT-GACTTTT--TTGTATCCTGTATTTTAGATAA------------CTGTTGG---TTGA-C--AA-C-TCA-GTGATCCT---AGA-TGT--CTGCAAATTTAAAA-TCCAATTTCTTCTCAAA--GGA-CC--TAG-------------------TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TG--AAATGTG--TTCACTCA---------GTGAAATTCG-ACTTTTCTGNNTG---TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTTA--AAAT-A-GCT-AAAT--CAAGCTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-AT-----A-GCTTGA---------TAAA-GC------TA--TAT-----------AGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 4444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 1 333333333333 1111 2222222 33333333333 1111 111 11111111111111111111111111111111111111 4444444444444 1111 2 22222222 11111111 111111 1111111 111 111 11 2222 1 111 2222222222 11111 111 11 1 111 11 44444444444444444444 111 11111 222222222 1111111 1 11 111 222222222 33333
lowQualScore : 0 4 55 4444 4 6666666666666666666666666666666666666666666 4 00000 00000 4 55 0 66 222222222222 2 5 0000 3 55 1 0 3 6 1 8 0000000 6 8 4 88888888888 5 4444 444 8 8 88888888888888888888888888888888888888 7 4444444444444 7777 8 4 33333333 99999999 77 666666 1 0 4 4 2222222 4 4 4 222 4 55 5 5 888 5 5 000 5 33 5555 8 6 8 8 444 9999999999 66666 0 444 8 99 8 8 0 444 8 11 6 6 3 99 5 77 11111111111111111111 555 5 44444 5 6 2 5 77 77 77777 222222222 5 4444444 5 1 3 888 0 5 777 55 5 5 66 5 333 4 4 222222222 4 66 66 00000 5 888 5
lowQualScore : . . .. .... . ........................................... . ..... ..... . .. . .. ............ . . .... . .. . . . . . . ....... . . . ........... . .... ... . . ...................................... . ............. .... . . ........ ........ .. ...... . . . . ....... . . . ... . .. . . ... . . ... . .. .... . . . . ... .......... ..... . ... . .. . . . ... . .. . . . .. . .. .................... ... . ..... . . . . .. .. ..... ......... . ....... . . . ... . . ... .. . . .. . ... . . ......... . .. .. ..... . ... .
lowQualScore : 5 0 55 0000 0 7777777777777777777777777777777777777777777 0 00000 00000 0 00 0 00 999999999999 5 0 6666 0 99 4 1 0 7 7 0 8888888 7 0 6 88888888888 0 8888 000 0 0 33333333333333333333333333333333333333 3 0000000000000 0000 0 0 22222222 66666666 99 444444 4 4 4 4 8888888 4 4 4 222 4 22 1 0 888 0 0 000 7 66 0000 0 0 0 0 000 2222222222 00000 8 000 0 00 0 0 0 000 0 00 7 7 7 22 7 99 44444444444444444444 000 7 33333 7 6 3 7 99 99 44444 999999999 7 7777777 7 4 6 999 0 0 111 11 0 0 99 0 888 4 4 222222222 4 99 99 11111 0 888 7
consensus : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATA-----------GC-TT-T---A--A--A-GCT-----AT-----ATAG-CT-NGATCAAGCTATTTGAAATA-G-NT-G----------ATTTAGCT-ATTTT----AGAGTGAATTAGATTGG-GTTTCATAAGT-ACAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCCGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC-C-A---CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAG-TA-TGA-TGACTTCA---C-AATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----TCTT-GACTTTTAT-T-GTATCCTGTA---TTTT--AN-AA---TA---A-CTGTTGG---TTG-ACAA--C-TCA-GTGATCCT---AG-ATGT--CTGCAAATTT-AAAA-TCCAATTTCTTCTC--AAAGGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TGAAA--TGTG--TTCACT-CAG-T---------GAAATTCG-ACTTTTCTG--NTTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAATA-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC--TA--TATAGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
Reference ( family-1344 ) : CAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-C-----CTA-TATA-----------GC-TT-T---A--A--A-GCT-----AT-----ATAG-CT-NGATCAAGCTATTTGAAATA-G-NT-G----------ATTTAGCT-ATTTT----AGAGTGAATTANATTGG-GTTTCATAAGT-ACAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCCGA----------CAATAATTTTGGAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------AGAAN------------------TCGAGAACAAATT-------------TTCAT----GC-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC-C-A---CAACTGTCCACTAN-------CC--T------GTGCGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAG-TA-TGA-TGACTTCA---C-AATGG-GGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----TCTT-GACTTTT-T-T-GTATCCTGTA---TTTT--AG-A----TA---A-CTGTTGG---TTG-ACAA--C-TCA-GTGATCCT---AG-ATGT--CTGCAAATTT-AAAA-TCCAATTTCTTCTC--AAAGGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTANGGAGCATAAGTA-TGAAA--TGTG--TTCACT-CAG-T---------GAAATTCG-ACTTTTCTG--NNTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAATA-GCT-AAA-T-CAAGCTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-ATA-GCTTGA---------TAAA-GC--TA--TATAGCTAGA---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|1 : GTTCAGCACAAATCTC--T----TTATTTTAG-C------TA-TATA-----------GC-CTGT---A--ATCA-ACT-----AT-----ATATTCT-AGATCAAGCTATTTGAAATA-G-CTTG----------ATTTAGCT-ATTTT----AGA-TGA-TTAGAATGGAGTTTCA-AAGTTACAATGTACAAGCCATT-GCTTAA-AA-TCTG-----------CAATAATTTTT-AACATGTTTA----GCTTTTTGAAAC-T-AACC---------------AGAACATTCTTATTAGAGTTTCATCGACAACAAATTACGTCCTTTGAAATTCATCGCAGC-AAAACGAATTCCTTTTGTTC-C-A---CAACTGTCCACTAC-------CTAGT------GTGCGTTTTGAG-GTTTT-T---TTTAAAAGTTA-AGATTGACTTCACACC-AATGGCAGATTCAT-ATT-G---ACT-A-TCCATTATTC---AC-ATGA--TCAT---TCTT-GACTTTT-TGTGGTATCCCGTATTTTTTT--AA-A----TA---AGCTGTTGA---TTGAACAAT-C-TCA-GT-ATTCTCTAAGAATGT--CTGCAAATTTAAAAA-TCCAA-TTCTTTTCAAAAAGGA-CCATTA-----------------GATTTTAAAAAA---AT-TTCTTGTTTACAC-----ATT-GTTCTATGGAGCACAAATATTGAAA--TGTGCTTTCACT-CA--T---------GAAATTCG-ACTTTTCTGCCATTG-TAGAA----AAT---------GGTTTTAAAAATAGGCT-AAATT-CAAGCTATTTTC-AAATAGGCTTGAAATC-TC--AGCTAT-ATA-GCTTGAT--------TAAATGC--TATTTATAGGCA-A---ATAAAG-ATAAATTTGTGCTGCGACCTG
gi|10 : aCCGTCTGT-C-C-A---TTACTGTCCACTAGTGACTACCC--T------GTGTATGTTGAA-GCTTA-TAGAC---AAAA--A-TAA-TGACTTTA---A-AATGT-GGAATC-CGATT-GCTCATACA-TCCATGATTC---TT-TTGA--TC
gi|11 : aactttaaaaattatttaaaaatgaggaacgtaCAGGTCCAGTACAA-TCTC--T----TTATCT-AG-CTGGGGCTA-CATAATATAAAACAGGCATT-T---AT-C--A-GCTATATAAT-----ATAG-CTATGATCAAGCT-TTTG-AATA-GCTT-G----------ATTTAGCTAATTTT----A-AGTGAAT---ATAGG-GTTTCATAcaggccaaggcaatgaaatgaagg
gi|12 : CAGGTTTAGCACAA-TTTT--T----GTAT-T-AG-CTGAATCTA-TATA-----------GC-TT-TTTAA--A--A-GCT-----AT-----ATAG-CT-TCATAAAGCTATTTGGAGTACA-GT-ACTACACTACCATTTA--T-AGTTT----AGATGGAATCAATTTGA-ATTTCTCAAGT-GCAATG----G--CATT-GTTAtttcaaatattcgtta
gi|13 : aCAGGTTCAGTACAA-TCTC--TATAATTATCT-A-------------------------------T-T---A--A--A-GCT-----AT-----ATAG-CT-TTATCAAGCTATTTGAAATAGG-TT-A----------ATTTAGGT-ATTTTGTTCAAAGAAAATTGTAT
gi|14 : aATG----A--CATTTGCTAAATAAGTGCGAACAAGTTCCCCAGTAATTTTGGGAGATGTTTATATAGTATT---GAACTT-AACC---------------AGAAaaaaaatctacaaaat
gi|15 : tcacatatAAATT-------------TTCAT----GCTAAAA-GAATTCCTTTTGTTC-T-GAGTCAACTGTCCACTAT-------CC--T------GTGTGGGTTGAA-GCGTA-T---T---AAAG-TA-TGA-TGACTTCA---C-AATcagctggtcttattagagttggcatg
gi|16 : cttgaTTGAG-GTGTA-G---A---CAAG-TA-TAA-TGACTTTA---T-AATGT-GGAATC-TGATT-G---TCA-A-TCCATTATT
gi|17 : CTAA-ATA-GCTTCT---------TAAA-GC--TA--TATAGCT--A---ATAAAG-TAA---TT-TTCTG-GACCTGatttcagagaagaaattaaagaag
gi|17 : GTCT--GAACTAAGCTTAGA-TACAAACCA-TTTCTAAATA-GCTT-----C-TTAAAGCTAT-ATA-GC-TAA---------TAAA-Gaaatggtttgtatctaagcttagttcagactg
gi|18 : caggtccagaaaattaAGGTTCAGTACAA-TCTCAATAA--TTATCT-A-------------------------------T-T---A--A--A-GCT-----AT-----ATAG-CT-TTATCAAGCTATTTGAAATA-G-GT-A----------ATTTAGGT-ATTTT----tg
gi|19 : CAGGTCCAGAACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C-----CTA-TATA-----------GC-TT-T---AAGA--A-GCT-----ATTAGAAATGG-TT-TGATTAAGCTAGTT
gi|2 : cagtctgCAGGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATCT-AGGC-----CTACTATA-----------TA-TT-T---A--A--AAGCT-----AT-----ATAG-CT-AGATCAACCTATTTGAAG---G-GT-G----------A--------ATT------------ACTTAGATTGG-GTTTCATTAGT-AAAATG----A--CATT-GCTAAA-AAGTCTGA----------CAATAATTTCGGAACATGTTTAT---GCTAT---GAAC-T-AACC---------------AGAAG------------------TCGAGAACACTTT-------------TT--T----GA-AAAA-GAATTCCTTTTGTTC---A----AACTGTCCATTAG-------CC--T------GTGCATTTT--A-GCGTG-T---C---AAAG-TA-TGA-TAAATTCC---C-AATGG-AGATTCATGATT-G---ACA-A-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCA----TCTT-TACTTTTAT-T-GTATCTTGTA---TTTT--AG-A----TA---G-CTGTTGG---TTG-ACAA--C-TGA-TTGATCCT---AG-ATGT--AAACAAATTT-AAAA-TCCAATTTCTTCTT--AAAGGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTT-TTCTTGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAGCATAAGTA-TAAAT--TGTG--TTCACTGAAG-T---------GAAATTTG-AATTTTCTA--CTTG-TAGAA-ATTAATTGGCTGAAAGGTTT--AAAATA-GCT-AAA-T----G---------AAATA-GCTTG--ATC-T---AGCTAT-ATA-GCTTGA---------TAAG-GC--TA--TATAGCTAGATTTATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCTG
gi|20 : CAAGTCCAGTACAA-TCTC--T----TTATCT-A--C-----CTA-TATA-----------GC-TT---------------T-----AT-----ATAG-CT-AGATCAAGCTATTTGg
gi|3 : AAATT-------------TTCAT----GC-AAAAAGTATTCCTTTTGTTC-CCA---CAACTGTCCACTTG-------TC--TATCAATGTGTGCGTTGAAAGCATGGT---T---AAAG-TAATGA-TGACTTCAA--C-AATGG-GGATTCATGATTAG---ACA-A-TGCATTATTC---ACGTTGAAGTCAACTCTTTT-GACTTTT-T-T-GTATCCTGTA---TTTTTAAG-AA---TA---A-CTG--GGGTTTTG-ACAA--CGTCAAGTGATCCT---AG-ATGTTCCTTGAAATTT-AAAA-ATCAATTTCTTTTC--AAAGGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAAGTTTT-TTCTTGTTTACAA-----CAT-GTTCTATGGAGC-CAAGTA-TGAAAAATGTG--TTCACT-CAG-T---------GAAATTCG-ACTTTTCTG--CTTG-TAGAA-ATTAATTTGATCGAAGGTTT---AAATA-GCT-AAA-T-CAAGCTA--TTC-AAATA-GCTTGC-ATCTT---AGCTAT-ATA-GCTTTA---------TTAA-GC--TA--TATAGCTA-A---ATAAAGTAGA----TGTGCTG-GACCTGt
gi|4 : tttgaTAT-------CC--T------GTGTGCATTGAA-GAGTG-T---T---A----------------------C-AATGG-GGATTCGTGATT-G---AAA-A-TCCGTTATTCTTCAC-TCGA--TCA----TCTTTGACTTTTAT-T-GTATCCTGTA---TTTT--AT-AATTTTAGGTA-CTGTTGG---TTG-ACAA--C-TCA-ATGGTCCT---AG-ACAT--CTGCAAAATT-AAAA-TCCAATTTCTTCTC--AAAGGA-CC--AA-----------------T--TTTAAAATG--TTT-TTCATGTTTACAT-----AGT-GTTCTAAGGAACATAAGTA-TGAAA--TGTG--TTCACT---G-T---------GAAATTCG-ACTTT---------------A-ATTGATTTAATG-AAGGTTT--AAAATA-GCT-AAA-T-CAATCTA-TTTC-AAATA-CCTTG--ATC-T---AGCTAT-ACA-GCTTGA---------TAAA-GCTATA--TATAGCTA-A---ATAAAG-AGA---TTGTGCTG-GACCT
gi|5 : -GCATG-T---T---AAAG-TA-TGA-TGACTGCA---CGAATGG---ATTCATGATT-G---ACA-AATCCATTAT-C---AC-TTGAG-TCA----TCTT-GA-TTTT-T-T-GTAT----TA---TTTT--ACTA----TA---A--TGTTGG---TTG-ACAAAAC-TCA-GT-ATC-T---AG-ATGT--CTGCAAATTT-AAAAGTCCAATTTCTT-TC--AAAGGATCC--TA-----------------G--TATTAAAAG---TT-TTCTTGTTTACAC-----ATTGGTTCTATGGAGCA-AAGGA-TG--A--TGTG--TTCACT-CAGCT---------GAAATTCGAAC--TTCTG--CGTGTTAGAATATTAATTTGA-GAAAGGTT-----AATA--CT-AAA-T-CAAGCTA-TTC---AATA-GCTTGA-ATC-T---AGCTAT-TTAGGATTGAATTGGATTTTAAA-GC--TA--TATAGCTA-A---ATAAAG-GGA---TTGTGCTG-GACCTGtgt
gi|6 : tAGGTCCAGTACAA-TCTT--T----TTATCT-AG-T------TA-TATA-----------GC-TT-T---ATCC--A-GCT-----GT-----ATAG-CT-AGATCATGCTATTCAAAATA-G-CT-GG---------ATTTAGCT-ATTTT----AGAGTGAATTACATAGG-GTTTCATATGT-ACAATG----A--CATT-GCTATA-AAGTCGAA----------CAATAATTTTGGGAGATGTTTAT---ACTTT---GAAC-TAAACCAACTGTTCTTATATTAGACT------------------TCATGA--AAATT-------------TTCAT----GC-AAAATGAATTCCTTTTGTTCTC-A---TAACTGTCCTCTAC-------CC--T------GTGTGCGTTGAA-GCGTG-T---T---AAAG-TA-AGA-TGAATTCA---C-AATGG-GGATTCATGACT-G---ACA-G-TCCATTATTC---AC-TTGA--TCc
gi|7 : TC-AAAA-TCCAATTTCTTCTT--AATGGA-CC--TACATGTAGTAACGTCCTAG--TTTAAAAAG--CTT-TTTTTGTTTACATTACATAGT-GTTCTAAGGAGCATATGTA-TGAAA--TGTA--TTCACT-CAG-TGATTACAGTGAAATTCG-ACTTTTCTG--GTTG-TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAATA-GCT-AAA-T-CAAGTTA-TTTC-AAATA-GCTTG--ATA-T---AGCTAT-ATA-AATTGA---------TAAA-GC--TA--TATAGCTAG----ATAGGG-AGA---
gi|8 : GGA-CC--TA-----------------G--TTTAAAAAG--TTTGTTCTTGTTC-CAT-----AGT-GTTCTA-GGAGCATAATTA-TGAAA--TGTA--TTCACT-CTG-T---------GAAATTCG-ACTTTTCTG--GGT--TAGAA-ATTAATTTGATGAAAGGTTT--AAAATA-GCT-AAA---CAAGCTA-TTTC-AAATA-ACTTG--ATC-T---AGCTATAATA-GCTGGA---------TAAA-GC--TA--TATAGCTAG----ATAAAG-AGA---TTGTACTG-GACCTcctgtt
gi|9 : GGTCCAGCACAA-TCTC--T----TTATTT-AG-C------TA-TATA-----------GC-TT-T---ATCA--A-GCT-----AT-----ATAG-CT-AGATCAAGCTATTTGAAATA-G-CTTG----------ATTTAGCT-ATTTT----AGAGTGAATTAGATTGG-GTTTCATAAGT-ACAATC----C--CATT-GCTAAA-AAGTCTGG----------CAATAATTCTTTAACATGTTTAT---GCTTT---GAAC-T-AACC---------------A