lowQualScore                  :                               1                                                                    
lowQualScore                  :                        333  1 6 333 33333  4444 11  11 11    2 222 22  2   1      2  1    1   1    
lowQualScore                  :                        ...  . . ... .....  .... ..  .. ..    . ... ..  .   .      .  .    .   .    
lowQualScore                  :                        000  7 8 777 22222  5555 77  77 77    9 000 88  4   2      4  2    2   4    
consensus                     :                 CTGACAG---CA-CGG---G-----GG----G--GA--G--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
Reference ( gi|14 )           :                 CTGACAG---CA-CAG---G-----GG----G--GA--G--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|8                          :                 CTGACAG---CA-TGG---G-----GG----A--GACTG--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|22                         :               aaCTCACAG---CA-C-G---G-----GG----G--GA--G--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTa
gi|7                          :                aCTGACAG---CA-TGGTGGG-----GG----G--GG--G--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|21                         :               aaCTGACAG---CA-C-----G-----GG----G--GA--G--ACATTT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTT
gi|17                         :                aCTGACAG---CA-C-----G-----GG----G--GA--G--ACACAT---G--TT-TTT-GCCCCC-CA-AAAC-AAA-CTTT
gi|18                         :                aCTGACAG---CA-CGG---G-----GG----G--GG--G--G-GTAT---G--TT-TTT-GCCGCC-AA-AAAC-AAA-CTT
gi|32                         :                aCTGACAG---CA-C-G---G-----GG----G--GA--G--ACAT-----G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-
gi|3                          :                aCTGACAG---CAGCGG---G-----GG----GAAGA--G--ACATATTCCGACTT-TTT-GTCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|25                         :               aaCTGACAG---CA-C-G---G-----GG----G--AA--T--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AG-GAAC-aa
gi|11                         :              cgaCTGAGAG---CA-C-G---G-----GG----G--AA--G--ACAT-----G--TT-TTT-GCCTCC-CA-AACC-AAA-CTTTg
gi|19                         :               aaCTGACAG---TA-CAG---C-----GG----G--GA--G--AC--AT---G--TTATTT-GCCTCCAAA-AAAC-AAaat
gi|33                         :              caaCTGACAG---CA-CAG---G-----G---------A--G--ACAT-----G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AA
gi|6                          :               aaCTGACAGGGGCA-CAG---GAGGGGGG----G--GG--G--AAA-AT---G--TT-TT--GCCTAC-AA-AAAC--AA-CTTTct
gi|30                         :              caaCTGACTG---CA-CGG---G-----GG----A--GA-----AC---T---G--TT-TT--GCCTCC-AA-AAA
gi|35                         :            ctcaaCTGACAG---CA-C-G---G-----GG----G--GA--G--ACATGT---
gi|12                         :       gtactactcaaTGACAG---CA-CGG---G-----GG----G--GG--GGGACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTt
gi|16                         :                  TGACAG---CA-C-G---G-----GG----G--GA--G--ACACAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|20                         :              caatTGACAG---CA-C-G---G-----GG----G--GA--G--ACATAT------TT-TTT-GCATCC-AG-AAAC-AAA-CTTT
gi|29                         :                  TGACAG---CA-CAG---G-----GG--------A--G--ACATAT---G--AT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-a
gi|10                         :                  TGGCAG---CA-TGG---G-----GGTGGGG--GG--G--GGATTT---G--CT-TTT-TCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|15                         :                   GACAG---TA-CAGC--G-----GG----G--GA--G--ACAT-----G--TTATTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|23                         :              caactcACAG---CA-C-G---G-----GG----G--GA--G--ACATAT---G--TT-TTT-GCATCC-AG-AAAC-AAA-CTTT
gi|26                         :                      AG---CA-C-G---G-----GGTT--G--GA--G--ATAT-T---G--TT-TT--GCCTCCAAA-AAACAAAA-CTTTa
gi|9                          :                               AG---G-----GG----G--GG--G--GGATAT---G--TT-TTT-GTCTCC-AA-AAAC-AAG-CTTT
gi|2                          :                ctgacagggggggggAG---G-----GG----G--GA--G--ACGTGT------TT-TTT-GCCTCA-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|28                         :       tcaacggacagtccaggtagtggggG---G-----GG----G--GA--A--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|1                          :                          gtggggG---G-----GG----G--GA--G---CATAT---G--CT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|13                         : aactgacagcaggggtgtgtgtgtgtgggggG---G-----GG----G--GG--G--GCATAT---GT-TT-TTT-GCCTCC-AACAAAC-AAA-CTaa
gi|24                         :                     agcacggggggG---G-----GG----G--GA--G--ACATGT------TT-TTT-GCCCTC-AA-ACAC-AGA-CTTTa
gi|31                         :                        ggggggtag---G-----GG----G--GA--G--ACAT-----G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|34                         :                                gggga-----GG----A--GA--G--GCATAT---G--TT-TTTAGCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|5                          :                                                 --GA--G--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAAGCTTTa
gi|36                         :                            ggggggggggggggggggtctattA--G--ACATAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AT-AAAC-AAA-CTTT
gi|38                         :                                                            ACAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|37                         :                                                            ACAT---G--TT-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AACTGACAGCGCACGGGGGGGGGGGGTTGGGGAGTTTTTTTGCCCCAATAATCAAACGTTAA
Unaligned ( gi|27 ): TACTCCACTGAGATCCGGGGGATGGGGGGGGTGGAGGTGGGGGGGG






Alignments
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lowQualScore                  :                                  ..   .   ...   ...........  .. .. .....   . ... ....... . .   .      .  .    .   .    
lowQualScore                  :                                  11   5   333   44444444444  66 66 00000   5 999 1111111 1 2   1      2  2    2   3    
consensus                     :                            CTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
Reference ( family-1342 )     :                            CTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|1                          :                                         GG---GGG----G------GG--G--AG----CATAT---G-------C-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|10                         : aactgacagcaggggtgtgtgtgtgtggTGGCA--GCA-TGG---GGGTGGGG------GG--G--G-----GATTT---G-------C-T-TTT-TCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaa
gi|11                         :                            CTGAGA--GCA-CGG---GGG----A-------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-CA-AACC-AAA-CTTT
gi|12                         :                           aaTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GG--GGGA-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaat
gi|13                         :                                 A--GCA-CGG---GGG----G------GG--G--GGGGGGCATAT---G-------TTT-TTT-GCCTCC-AACAAAC-AAA-CT
gi|14                         :                            CTGACA--GCA-CAG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|15                         :                              GACA--GTA-CAGC--GGG----G------GA--G--A-----CAT-----G-------T-TATTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|16                         :                       caactcTGACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|17                         :                        caatCTGACA--GCA-CGG---GGG------------A--G--A-----CACAT---G-------T-T-TTT-GCCCCC-CA-AAAC-AAA-CTTT
gi|18                         :                           aCTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GG--G--G------GTAT---G-------T-T-TTT-GCCGCC-AA-AAAC-AAA-CTT
gi|19                         :                           aCTGACA--GTA-CAG---CGG----G------GA--G--A-----C--AT---G-------T-TATTT-GCCTCCAAA-AAAC-AA
gi|2                          :                                       caaG---GGG----G------GA--G--A-----CGTGT-----------T-T-TTT-GCCTCA-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|20                         :   tcaacggacagtccaggtagtggggaTGACA--GCA-CGG---GGG----G-------A--G--A-----CATAT-----------T-T-TTT-GCATCC-AG-AAAC-AAA-CTTTa
gi|21                         :                            CTGACA--GCA-CGG---GG------------GA--G--A-----CATTT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTa
gi|22                         :                           aCTCACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CT
gi|23                         :                              aACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCATCC-AG-AAAC-AAA-CTTT
gi|24                         :                                         GG---GGG----G------GA--G--A-----CATGT-----------T-T-TTT-GCCCTC-AA-ACAC-AGA-CTTTa
gi|25                         :                    ggggggtaCTGACA--GCA-CGG---GGG----A-------A--T--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AG-GAAC-
gi|26                         :                              cgaA--GCA-CGG---GGTT---G------GA--G--A-----TAT-T---G-------T-T-TT--GCCTCCAAA-AAACAAAA-CTTTg
gi|28                         :                                         GG---GGG----G------GA--A--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|29                         :                        gtgggTGACA--GCA-CAG---GGG------------A--G--A-----CATAT---G-------A-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|3                          :                            CTGACA--GCAGCGG---GGG----GAA----GA--G--A-----CATATTCCGAC-----T-T-TTT-GTCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|30                         :                          aaCTGACT--GCA-CGG---GGG----A------GA-----A-----C---T---G-------T-T-TT--GCCTCC-AA-AAAaa
gi|31                         :                                    ctcaaGA---GGG----G------GA--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|32                         :                         gggCTGACA--GCA-CGG---GGG----G-------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-a
gi|33                         :                           aCTGACA--GCA-CAG---GG-------------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AA
gi|34                         :                                             aaGG----A------GA--G--G-----CATAT---G-------T-T-TTTAGCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTct
gi|35                         :                            CTGACA--GCA-C-G---GGG----G------GA--G--A-----CATGT---a
gi|36                         :                                                  gtactactcaaA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AT-AAAC-AAA-CTTTt
gi|37                         :                                                                          ACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|38                         :                                                                          ACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaat
gi|4                          :                            CTGACAGCGCA-CGG---GGG----G------GG--G--G-----GGT-T---GGGGAGTTT-T-TTT-GCC-CC-AATAATC-AAA-CGTTaa
gi|5                          :                                       aaGG---GGG----GTCTATTGA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAAGCTTTaa
gi|6                          :                   ggggggggggggACA--GGA-GGG---GGG----G------GG--G--A-----AA-AT---G-------T-T-TT--GCCTAC-AA-AAAC--AA-CTTT
gi|7                          :              caactgacaggggcCTGACA--GCA-TGGTGGGGG----G------GG--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|8                          :                          aaCTGACA--GCA-TGG---GGG----A------GACTG--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|9                          :                                       aaGG---GGG----G------GG--G--A-------TAT---G-------T-T-TTT-GTCTCC-AA-AAAC-AAG-CTTTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TACTCCACTGAGATCCGGGGGATGGGGGGGGTGGAGGTGGGGGGGG






Alignments
lowQualScore                  :                                  22   1   333   55555555555  11 11 44444   3 111 5555555 1 2   1      2  2    1   1    
lowQualScore                  :                                  ..   .   ...   ...........  .. .. .....   . ... ....... . .   .      .  .    .   .    
lowQualScore                  :                                  11   5   333   44444444444  66 66 00000   5 999 1111111 1 2   1      2  2    2   3    
consensus                     :                            CTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
Reference ( family-1342 )     :                            CTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|1                          :                                         GG---GGG----G------GG--G--AG----CATAT---G-------C-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|10                         : aactgacagcaggggtgtgtgtgtgtggTGGCA--GCA-TGG---GGGTGGGG------GG--G--G-----GATTT---G-------C-T-TTT-TCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaa
gi|11                         :                            CTGAGA--GCA-CGG---GGG----A-------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-CA-AACC-AAA-CTTT
gi|12                         :                           aaTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GG--GGGA-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaat
gi|13                         :                                 A--GCA-CGG---GGG----G------GG--G--GGGGGGCATAT---G-------TTT-TTT-GCCTCC-AACAAAC-AAA-CT
gi|14                         :                            CTGACA--GCA-CAG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|15                         :                              GACA--GTA-CAGC--GGG----G------GA--G--A-----CAT-----G-------T-TATTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|16                         :                       caactcTGACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|17                         :                        caatCTGACA--GCA-CGG---GGG------------A--G--A-----CACAT---G-------T-T-TTT-GCCCCC-CA-AAAC-AAA-CTTT
gi|18                         :                           aCTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GG--G--G------GTAT---G-------T-T-TTT-GCCGCC-AA-AAAC-AAA-CTT
gi|19                         :                           aCTGACA--GTA-CAG---CGG----G------GA--G--A-----C--AT---G-------T-TATTT-GCCTCCAAA-AAAC-AA
gi|2                          :                                       caaG---GGG----G------GA--G--A-----CGTGT-----------T-T-TTT-GCCTCA-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|20                         :   tcaacggacagtccaggtagtggggaTGACA--GCA-CGG---GGG----G-------A--G--A-----CATAT-----------T-T-TTT-GCATCC-AG-AAAC-AAA-CTTTa
gi|21                         :                            CTGACA--GCA-CGG---GG------------GA--G--A-----CATTT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTa
gi|22                         :                           aCTCACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CT
gi|23                         :                              aACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCATCC-AG-AAAC-AAA-CTTT
gi|24                         :                                         GG---GGG----G------GA--G--A-----CATGT-----------T-T-TTT-GCCCTC-AA-ACAC-AGA-CTTTa
gi|25                         :                    ggggggtaCTGACA--GCA-CGG---GGG----A-------A--T--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AG-GAAC-
gi|26                         :                              cgaA--GCA-CGG---GGTT---G------GA--G--A-----TAT-T---G-------T-T-TT--GCCTCCAAA-AAACAAAA-CTTTg
gi|28                         :                                         GG---GGG----G------GA--A--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|29                         :                        gtgggTGACA--GCA-CAG---GGG------------A--G--A-----CATAT---G-------A-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|3                          :                            CTGACA--GCAGCGG---GGG----GAA----GA--G--A-----CATATTCCGAC-----T-T-TTT-GTCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|30                         :                          aaCTGACT--GCA-CGG---GGG----A------GA-----A-----C---T---G-------T-T-TT--GCCTCC-AA-AAAaa
gi|31                         :                                    ctcaaGA---GGG----G------GA--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|32                         :                         gggCTGACA--GCA-CGG---GGG----G-------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-a
gi|33                         :                           aCTGACA--GCA-CAG---GG-------------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AA
gi|34                         :                                             aaGG----A------GA--G--G-----CATAT---G-------T-T-TTTAGCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTct
gi|35                         :                            CTGACA--GCA-C-G---GGG----G------GA--G--A-----CATGT---a
gi|36                         :                                                  gtactactcaaA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AT-AAAC-AAA-CTTTt
gi|37                         :                                                                          ACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|38                         :                                                                          ACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaat
gi|4                          :                            CTGACAGCGCA-CGG---GGG----G------GG--G--G-----GGT-T---GGGGAGTTT-T-TTT-GCC-CC-AATAATC-AAA-CGTTaa
gi|5                          :                                       aaGG---GGG----GTCTATTGA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAAGCTTTaa
gi|6                          :                   ggggggggggggACA--GGA-GGG---GGG----G------GG--G--A-----AA-AT---G-------T-T-TT--GCCTAC-AA-AAAC--AA-CTTT
gi|7                          :              caactgacaggggcCTGACA--GCA-TGGTGGGGG----G------GG--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|8                          :                          aaCTGACA--GCA-TGG---GGG----A------GACTG--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|9                          :                                       aaGG---GGG----G------GG--G--A-------TAT---G-------T-T-TTT-GTCTCC-AA-AAAC-AAG-CTTTa


blockSeqs                     :                                  GC   G   TGG   GTCTATT      CT GG GGGGG   T TCC GGGAGTT T A   A      A  C    A   G
blockSeqs                     :                                  .    .   C     TGGGG        .  .  .       A .   AC      . A   .      A  T    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     GAA          .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     TG           .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     A            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       G .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       T .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       G .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     A            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     A            .  .  .       G .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     A            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                  .    .   .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                           .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                           .     G            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                           .     A            .  .  .       A .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                           .     G            .  .  .       . .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                           .     .            .  .  .       . .   .       . .   .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                           .     .            .  .  .       . .   .       . .   .      .  .    .    
blockSeqs                     :                                           .     .            .  .  .       . .   .       . .   .      .  .    .    
blockSeqs                     :                                                 .            .  .  .       . .   .       . .   .      .  .    .    
blockSeqs                     :                                                              .  .  .       . .   .       . .   .      .  .         
blockSeqs                     :                                                                            . .   .       . .   .      .  .         
blockSeqs                     :                                                                            . .                                     


blockSeqCons                  :                                                                    *****
originalCons                  :                            CTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
finalCons                     :                            CTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TACTCCACTGAGATCCGGGGGATGGGGGGGGTGGAGGTGGGGGGGG






Alignments
lowQualScore                  :                                  22   1   333   55555555555  11 11 44444   3 111 5555555 1 2   1      2  2    1   1    
lowQualScore                  :                                  ..   .   ...   ...........  .. .. .....   . ... ....... . .   .      .  .    .   .    
lowQualScore                  :                                  11   5   333   44444444444  66 66 00000   5 999 1111111 1 2   1      2  2    2   3    
consensus                     :                            CTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
Reference ( family-1342 )     :                            CTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|1                          :                                         GG---GGG----G------GG--G--AG----CATAT---G-------C-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|10                         : aactgacagcaggggtgtgtgtgtgtggTGGCA--GCA-TGG---GGGTGGGG------GG--G--G-----GATTT---G-------C-T-TTT-TCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaa
gi|11                         :                            CTGAGA--GCA-CGG---GGG----A-------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-CA-AACC-AAA-CTTT
gi|12                         :                           aaTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GG--GGGA-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaat
gi|13                         :                                 A--GCA-CGG---GGG----G------GG--G--GGGGGGCATAT---G-------TTT-TTT-GCCTCC-AACAAAC-AAA-CT
gi|14                         :                            CTGACA--GCA-CAG---GGG----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|15                         :                              GACA--GTA-CAGC--GGG----G------GA--G--A-----CAT-----G-------T-TATTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|16                         :                       caactcTGACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|17                         :                        caatCTGACA--GCA-CGG---GGG------------A--G--A-----CACAT---G-------T-T-TTT-GCCCCC-CA-AAAC-AAA-CTTT
gi|18                         :                           aCTGACA--GCA-CGG---GGG----G------GG--G--G------GTAT---G-------T-T-TTT-GCCGCC-AA-AAAC-AAA-CTT
gi|19                         :                           aCTGACA--GTA-CAG---CGG----G------GA--G--A-----C--AT---G-------T-TATTT-GCCTCCAAA-AAAC-AA
gi|2                          :                                       caaG---GGG----G------GA--G--A-----CGTGT-----------T-T-TTT-GCCTCA-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|20                         :   tcaacggacagtccaggtagtggggaTGACA--GCA-CGG---GGG----G-------A--G--A-----CATAT-----------T-T-TTT-GCATCC-AG-AAAC-AAA-CTTTa
gi|21                         :                            CTGACA--GCA-CGG---GG------------GA--G--A-----CATTT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTa
gi|22                         :                           aCTCACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CT
gi|23                         :                              aACA--GCA-CGG---GG-----G------GA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCATCC-AG-AAAC-AAA-CTTT
gi|24                         :                                         GG---GGG----G------GA--G--A-----CATGT-----------T-T-TTT-GCCCTC-AA-ACAC-AGA-CTTTa
gi|25                         :                    ggggggtaCTGACA--GCA-CGG---GGG----A-------A--T--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AG-GAAC-
gi|26                         :                              cgaA--GCA-CGG---GGTT---G------GA--G--A-----TAT-T---G-------T-T-TT--GCCTCCAAA-AAACAAAA-CTTTg
gi|28                         :                                         GG---GGG----G------GA--A--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|29                         :                        gtgggTGACA--GCA-CAG---GGG------------A--G--A-----CATAT---G-------A-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-
gi|3                          :                            CTGACA--GCAGCGG---GGG----GAA----GA--G--A-----CATATTCCGAC-----T-T-TTT-GTCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|30                         :                          aaCTGACT--GCA-CGG---GGG----A------GA-----A-----C---T---G-------T-T-TT--GCCTCC-AA-AAAaa
gi|31                         :                                    ctcaaGA---GGG----G------GA--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|32                         :                         gggCTGACA--GCA-CGG---GGG----G-------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-a
gi|33                         :                           aCTGACA--GCA-CAG---GG-------------A--G--A-----CAT-----G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AA
gi|34                         :                                             aaGG----A------GA--G--G-----CATAT---G-------T-T-TTTAGCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTct
gi|35                         :                            CTGACA--GCA-C-G---GGG----G------GA--G--A-----CATGT---a
gi|36                         :                                                  gtactactcaaA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AT-AAAC-AAA-CTTTt
gi|37                         :                                                                          ACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTa
gi|38                         :                                                                          ACAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTTaat
gi|4                          :                            CTGACAGCGCA-CGG---GGG----G------GG--G--G-----GGT-T---GGGGAGTTT-T-TTT-GCC-CC-AATAATC-AAA-CGTTaa
gi|5                          :                                       aaGG---GGG----GTCTATTGA--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAAGCTTTaa
gi|6                          :                   ggggggggggggACA--GGA-GGG---GGG----G------GG--G--A-----AA-AT---G-------T-T-TT--GCCTAC-AA-AAAC--AA-CTTT
gi|7                          :              caactgacaggggcCTGACA--GCA-TGGTGGGGG----G------GG--G--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|8                          :                          aaCTGACA--GCA-TGG---GGG----A------GACTG--A-----CATAT---G-------T-T-TTT-GCCTCC-AA-AAAC-AAA-CTTT
gi|9                          :                                       aaGG---GGG----G------GG--G--A-------TAT---G-------T-T-TTT-GTCTCC-AA-AAAC-AAG-CTTTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TACTCCACTGAGATCCGGGGGATGGGGGGGGTGGAGGTGGGGGGGG