lowQualScore                  :                        11                              1111                 1111                 1                              
lowQualScore                  :                        22 1  66   3  7777    555 555   0000       999    55 1111  2  2  2   5555 5    33 2  8888888  44       6 
lowQualScore                  :                        .. .  ..   .  ....    ... ...   ....       ...    .. ....  .  .  .   .... .    .. .  .......  ..       . 
lowQualScore                  :                        22 9  55   1  1111    444 444   8888       555    99 4444  5  5  5   3333 2    77 7  7777777  22       0 
consensus                     :                 CCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---ATC----AGAGAGT--GCAAT--G-CT-GT-GT-GA-CCT----GACCTT--G-AA-------CT--AAAACATCG
Reference ( gi|7 )            :                 CCATTAA--TTGA-CGGACGT----TATA---A---ATC----AGAGAGT--ACAAT--G-TT-GT-GT-GA-CCT----GTCCTT--G-AA-------CT--AAAACATTG
gi|4                          :                 CCATTAA--TTTA-CGAATGT----TAGA---A---ATC----AGAGAAT--GTAAT--G-T---T-GT-GA-CCT----GACCTT--G-AAGTATGGCTT--AAAACATC
gi|10                         :             accaCCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---ATC--------------------------T-GT-GA-CCT----GACCTT--G-GA-------CT--AAAACATCg
gi|2                          :              ccaCCATTAT--TTGA-CGCATGT----TATA---A---ATCAG--AGAGAGT--GTGAT--A-TT-GT-GT-GA----------CCTT--G-AA-------CT--Ag
gi|3                          :   ctctaccggtacaaCCATTAAAATTGA-GGGACACGCTCTATACGAA---ATC----AGAGAGT--GCAAT--A-C--GT-GT-GA-CCT----GACTCT--G-AA-------CT--AAAtggctcaaagcatcgg
gi|8                          : cccctacaccggaccaCCATTAAAATTGA-CTGATGT----TATA---G---ATCTATCAGAGAGT--GCAAT--G-CT-GT-GG-G----T----GTCC
gi|12                         :              accaCATTAA--TTGA-CAGACGT----TATA---A---AT---------------------G-CT-GT-GT-GA-TGT----GACCTT--G-AA-------CT--AAAACATC
gi|6                          :                   ATTAA--T-GA--AGATGT----TATA---A---ATC----AAAGAGT--GCAAT--GCTT-GT-GT-GA-CCT----GACCTT--G-AA-------CT--Ag
gi|5                          :         ccggcacacaATTAA--T-GA--AGATGT----TATA---A---ATC----AAAGAGT--GCAAT--GCTT-GT-GT-GA-CCT----GACCTT--G-AA-------CT--Acac
gi|1                          :           ccggcacacaTAT--TTGATCGGCTGT----TATA---AGACATC----AGAGGGT--GCAAT--G-TTGGT-GTGGA-CCT----GACCTTTCGTAA-------CTTAAGAACATcac
gi|13                         :                 accactcatcgGA-CGGATGT----TATA---A---AT---------------------G-CT-GT-GT-GA-CCTAGCTGACCTT--G-AA-------CT--AAAACATCccgt
gi|11                         :                                 GATGT----TATA---G---ATC----AGAGAGT--GCAATGAG-CT-GT-GT-GA-CCT----GATTTT--G-AA-------CC--TAAACATgt
gi|14                         :                                    GT----TATA---A---ATC----AGAGAGT--GCAAT--G-CT-GT-GT-GA-CCT----GACCTT--G-AA-------CT--AAAA
gi|15                         :                                             A---A---ATC----AGAGAGTTTGCAATT-G-CT-GTCGT-GA-TCT----GACCTT--G-AA-------Catcg
gi|9                          :                                                           tgtgataT--AAAAT--G-CC-GT-GT-GA-TCT----GACCTT--G-AA-------TT--AAAACATCatt
gi|16                         :                                             caccattgactgatatatttaT--ATAAT--G-CTAGT-GT-GATCCT----GACCTT--G-AA-------TT--AAAACATCg
gi|17                         :                                                                  tgttaAAT--G-CT-GT-GT-GA-TCT----GACCTT--G-AA-------
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTGTTTGACCTTGAATTATGGCCTTAAAACATCAGAA






Alignments
lowQualScore                  :                            11                                                                                                          
lowQualScore                  :                            00    55      5555    5555555 2  9999       33     55  888  2  2  2  2 5555     2 33 2  8888888  33         
lowQualScore                  :                            ..    ..      ....    ....... .  ....       ..     ..  ...  .  .  .  . ....     . .. .  .......  ..         
lowQualScore                  :                            00    11      7777    6666666 7  3333       77     66  555  4  5  5  5 3333     5 44 5  1111111  99         
consensus                     :                     CCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
Reference ( family-1339 )     :                     CCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
gi|1                          :                         TAT--TTGATCGGCTGT----TATA---AGACA-TC----AGAGGGT--GCAAT--GT-TGGT-GTGGA-CC-T----GACCT-TTCGTAA-------CTTAAGAACATC
gi|10                         :          accactcatcgCCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC--------------------------T-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-GA-------CT--AAAACATCGcgt
gi|11                         :                                  ccaGATGT----TATA---G---A-TC----AGAGAGT--GCAATGAGC-T-GT-GT-GA-CC-T----GATTT-T--G-AA-------CC--TAAACATg
gi|12                         :                      CATTAA--TTGA-CAGACGT----TATA--------------------------AAT--GC-T-GT-GT-GA-TG-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
gi|13                         :                                GA-CGGATGT----TATA---A---A-T---------------------GC-T-GT-GT-GA-CC-TAGCTGACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCGg
gi|14                         :                                        GT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAA-ATCGgt
gi|15                         :                                       TGT----GATA---A---AATC----AGAGAGTTTGCAATT-GC-T-GTCGT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------C
gi|16                         :                                                                            AAT--GC-TAGT-GT-GATCC-T----GACCT-T--G-AA-------TT--AAAACATCGatt
gi|17                         :                                                                    tgttatatAAT--GC-T-GT-GT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------
gi|2                          : cattattgactgttgatataCCATTAT--TTGA-CGCATGT----TATA---A---A-TCAG--AGAGAGT--GTGAT--AT-T-GT-GT-GA-CCTT----GAACTAT--G-GC-------TC--AAAGCATCG
gi|3                          :       ctctaccggtacaaCCATTAAAATTGA-GGGACACGCTCTATACGAA---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--AC---GT-GT-GA-CC-T----GACTC-T--G-AA-------CT--AAAg
gi|4                          :     cccctacaccggaccaCCATTAA--TTTA-CGAATGT----TAGA---A---A-TC----AGAGAAT--GTAAT--GT----T-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AAGTATGGCTT--AAAACATCG
gi|5                          :                   accaATTAA--T-GA--AGATGT----TATA---A---A-TC----AAAGAGT--GCAAT--GCTT-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--g
gi|6                          :             ccggcacacaATTAA--T-GA--AGATGT----TATA---A---A-TC----AAAGAGT--GCAAT--GCTT-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--cac
gi|7                          :           ccggcacacaCCATTAA--TTGA-CGGACGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--ACAAT--GT-T-GT-GT-GA-CC-T----GTCCT-T--G-AA-------CT--AAAACATTGcac
gi|8                          :                     CCATTAAAATTGA-CTGATGT----TATA---G---A-TCTATCAGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-G
gi|9                          :                 accaCCATTGA--CTGA-TATAT-T----TATA---A---A-------------------AT--GC-C-GT-GT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------TT--AAAACATCGggtgtcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTGTTTGACCTTGAATTATGGCCTTAAAACATCAGAA






Alignments
lowQualScore                  :                            11                                                                                                          
lowQualScore                  :                            00    55      5555    5555555 2  9999       33     55  888  2  2  2  2 5555     2 33 2  8888888  33         
lowQualScore                  :                            ..    ..      ....    ....... .  ....       ..     ..  ...  .  .  .  . ....     . .. .  .......  ..         
lowQualScore                  :                            00    11      7777    6666666 7  3333       77     66  555  4  5  5  5 3333     5 44 5  1111111  99         
consensus                     :                     CCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
Reference ( family-1339 )     :                     CCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
gi|1                          :                         TAT--TTGATCGGCTGT----TATA---AGACA-TC----AGAGGGT--GCAAT--GT-TGGT-GTGGA-CC-T----GACCT-TTCGTAA-------CTTAAGAACATC
gi|10                         :          accactcatcgCCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC--------------------------T-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-GA-------CT--AAAACATCGcgt
gi|11                         :                                  ccaGATGT----TATA---G---A-TC----AGAGAGT--GCAATGAGC-T-GT-GT-GA-CC-T----GATTT-T--G-AA-------CC--TAAACATg
gi|12                         :                      CATTAA--TTGA-CAGACGT----TATA--------------------------AAT--GC-T-GT-GT-GA-TG-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
gi|13                         :                                GA-CGGATGT----TATA---A---A-T---------------------GC-T-GT-GT-GA-CC-TAGCTGACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCGg
gi|14                         :                                        GT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAA-ATCGgt
gi|15                         :                                       TGT----GATA---A---AATC----AGAGAGTTTGCAATT-GC-T-GTCGT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------C
gi|16                         :                                                                            AAT--GC-TAGT-GT-GATCC-T----GACCT-T--G-AA-------TT--AAAACATCGatt
gi|17                         :                                                                    tgttatatAAT--GC-T-GT-GT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------
gi|2                          : cattattgactgttgatataCCATTAT--TTGA-CGCATGT----TATA---A---A-TCAG--AGAGAGT--GTGAT--AT-T-GT-GT-GA-CCTT----GAACTAT--G-GC-------TC--AAAGCATCG
gi|3                          :       ctctaccggtacaaCCATTAAAATTGA-GGGACACGCTCTATACGAA---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--AC---GT-GT-GA-CC-T----GACTC-T--G-AA-------CT--AAAg
gi|4                          :     cccctacaccggaccaCCATTAA--TTTA-CGAATGT----TAGA---A---A-TC----AGAGAAT--GTAAT--GT----T-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AAGTATGGCTT--AAAACATCG
gi|5                          :                   accaATTAA--T-GA--AGATGT----TATA---A---A-TC----AAAGAGT--GCAAT--GCTT-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--g
gi|6                          :             ccggcacacaATTAA--T-GA--AGATGT----TATA---A---A-TC----AAAGAGT--GCAAT--GCTT-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--cac
gi|7                          :           ccggcacacaCCATTAA--TTGA-CGGACGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--ACAAT--GT-T-GT-GT-GA-CC-T----GTCCT-T--G-AA-------CT--AAAACATTGcac
gi|8                          :                     CCATTAAAATTGA-CTGATGT----TATA---G---A-TCTATCAGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-G
gi|9                          :                 accaCCATTGA--CTGA-TATAT-T----TATA---A---A-------------------AT--GC-C-GT-GT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------TT--AAAACATCGggtgtcc


blockSeqs                     :                            AA    C       GCTC    CGAA    A  TATC       TT     GA  TA   C  .  T  T AGCT     A .  .  GTATGGC  . 
blockSeqs                     :                            AA    C       .       A       .  AG         .      T   TT   .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                            .     C       .       G       .  .          .      .   TT   .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                            .     C       .       A       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                            .     G       .       A       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                            .     C       .       A       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                            .     C       .       A       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                            .     C       .       A       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                            .     T       .       A       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                            .     .       .       A       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                                  .       .       A       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                                          .       G       .  .          .      .   T    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                                          .       A       .  .          .      .   C    .  .  .  . .        . .  .  .        . 
blockSeqs                     :                                          .       .       .  .          .      .   .    .  .  .  . .        . .  .  .          
blockSeqs                     :                                                                               .   .    .  .  .  . .        . .  .  .          
blockSeqs                     :                                                                               .   .    .                                      


blockSeqCons                  :                                  C*              A******                          T**                        **             **
originalCons                  :                     CCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
finalCons                     :                     CCATTAA--TTGAC-GGATGT----TATAA------A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GCT--GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTGTTTGACCTTGAATTATGGCCTTAAAACATCAGAA






Alignments
lowQualScore                  :                            11                                                                                                          
lowQualScore                  :                            00    55      5555    5555555 2  9999       33     55  888  2  2  2  2 5555     2 33 2  8888888  33         
lowQualScore                  :                            ..    ..      ....    ....... .  ....       ..     ..  ...  .  .  .  . ....     . .. .  .......  ..         
lowQualScore                  :                            00    11      7777    6666666 7  3333       77     66  555  4  5  5  5 3333     5 44 5  1111111  99         
consensus                     :                     CCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
Reference ( family-1339 )     :                     CCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
gi|1                          :                         TAT--TTGATCGGCTGT----TATA---AGACA-TC----AGAGGGT--GCAAT--GT-TGGT-GTGGA-CC-T----GACCT-TTCGTAA-------CTTAAGAACATC
gi|10                         :          accactcatcgCCATTAA--TTGA-CGGATGT----TATA---A---A-TC--------------------------T-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-GA-------CT--AAAACATCGcgt
gi|11                         :                                  ccaGATGT----TATA---G---A-TC----AGAGAGT--GCAATGAGC-T-GT-GT-GA-CC-T----GATTT-T--G-AA-------CC--TAAACATg
gi|12                         :                      CATTAA--TTGA-CAGACGT----TATA--------------------------AAT--GC-T-GT-GT-GA-TG-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCG
gi|13                         :                                GA-CGGATGT----TATA---A---A-T---------------------GC-T-GT-GT-GA-CC-TAGCTGACCT-T--G-AA-------CT--AAAACATCGg
gi|14                         :                                        GT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--AAAA-ATCGgt
gi|15                         :                                       TGT----GATA---A---AATC----AGAGAGTTTGCAATT-GC-T-GTCGT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------C
gi|16                         :                                                                            AAT--GC-TAGT-GT-GATCC-T----GACCT-T--G-AA-------TT--AAAACATCGatt
gi|17                         :                                                                    tgttatatAAT--GC-T-GT-GT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------
gi|2                          : cattattgactgttgatataCCATTAT--TTGA-CGCATGT----TATA---A---A-TCAG--AGAGAGT--GTGAT--AT-T-GT-GT-GA-CCTT----GAACTAT--G-GC-------TC--AAAGCATCG
gi|3                          :       ctctaccggtacaaCCATTAAAATTGA-GGGACACGCTCTATACGAA---A-TC----AGAGAGT--GCAAT--AC---GT-GT-GA-CC-T----GACTC-T--G-AA-------CT--AAAg
gi|4                          :     cccctacaccggaccaCCATTAA--TTTA-CGAATGT----TAGA---A---A-TC----AGAGAAT--GTAAT--GT----T-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AAGTATGGCTT--AAAACATCG
gi|5                          :                   accaATTAA--T-GA--AGATGT----TATA---A---A-TC----AAAGAGT--GCAAT--GCTT-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--g
gi|6                          :             ccggcacacaATTAA--T-GA--AGATGT----TATA---A---A-TC----AAAGAGT--GCAAT--GCTT-GT-GT-GA-CC-T----GACCT-T--G-AA-------CT--cac
gi|7                          :           ccggcacacaCCATTAA--TTGA-CGGACGT----TATA---A---A-TC----AGAGAGT--ACAAT--GT-T-GT-GT-GA-CC-T----GTCCT-T--G-AA-------CT--AAAACATTGcac
gi|8                          :                     CCATTAAAATTGA-CTGATGT----TATA---G---A-TCTATCAGAGAGT--GCAAT--GC-T-GT-G
gi|9                          :                 accaCCATTGA--CTGA-TATAT-T----TATA---A---A-------------------AT--GC-C-GT-GT-GA-TC-T----GACCT-T--G-AA-------TT--AAAACATCGggtgtcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTGTTTGACCTTGAATTATGGCCTTAAAACATCAGAA