lowQualScore : 11111111 111 11 1
lowQualScore : 33 1 4 1 1 333333 222 44444444 1 2222 666 1 55 1 1 3 1
lowQualScore : .. . . . . ...... ... ........ . .... ... . .. . . . .
lowQualScore : 99 4 8 4 4 888888 333 88888888 4 9999 555 4 44 7 7 7 7
consensus : NAAGTCTTC--TGGATCCAGGA-TC-C------G---GATC---GC---CA-CCA----AA--AT-TTAATGGGGA-CT-T-CCTTAG-ACCAAG
Reference ( gi|4 ) : GAAGTCTTC--TGGATCCAAGA-TC-C------G---GATC---AT---CA-CCA----AA--CT-TTAATGGGGA-GT-T-CATTAG-ACCAAG
gi|7 : AAGTCTAT--TGCATCCAGGA-TC-C------G---CATC---GC---CA-TCA----AA--CT-TTAATGGGAA-CC-T-CCTTAG-
gi|21 : tattaAAGTCTTC--TGGATGGAGGA-TC-C------G---GATT---GC---CA-CCA----AA--AT-TTAATGG
gi|1 : caAAGTCTTC--TTGATCCAGGA-TC-C------G---TATC---GC---CA-CCA----AAAGTT-CTAATGGTG--GT-T-GATT
gi|5 : acttaAAGTCTTC--TAGATCCAGGA-CC-C------G---AATC---GT---CA-TGA----CA--AT-ATGATTGCGA-CT-T-CCTAAG-ACCAAGccatagaca
gi|6 : AAATCTTC--TGGATCCAAGA-TC-CGGAACTG---GATCCAGATGTCCA-CCA----AA--AT-TTAATAGGa
gi|2 : cattaAAATCTTC--TAGATCCAGGA-TC-C------GATAGGTT---GC---CAACCA----AA--AT-GCAATGGGGACTT-T-CGTTAG-
gi|3 : aaaaAAGTCTTCAACAGATCCAGGA-TC-C------A---GATC---GC---CA-TCG----AA--AT-TTTATTTTGA-CT-T-CCCTAG-ACacc
gi|32 : ttattaAAGTCCTC--TGGATCTAGGA-TC-C------G---GATC---
gi|18 : acattaAGTCTTC--TGGAT--A-------C------G---GATC---GT---CA-TCAAGATAA--AT-TCAATGGcgg
gi|11 : AGTCTTC--TGGACCCAA-A-TCGC------T---GA-----------A-CAA----AA--TT-TGAATTAGTT-CT-T-CCTCAG-ACCAattcttc
gi|8 : TTTTC--TG-ATTCAGAA-TC-T------A---GATC---GC---CA-CCA----AA--ATATCAATGGGG-------CCTTAGAACCAAG
gi|13 : cCTTC--TG-------GA-TC-T------G---GATC---GC---CA-CAA----GA--AT-TTGATGGGGT-CT-T-CCTCGG-ATCAa
gi|10 : TC--CGGAT-----A-TA-T------G---GATC---AC---CA-TCT----AA--AT-TTAATGGGGA-GT-T-CCTTAG-ACTAAGtga
gi|29 : aaTC--TGG-TTCGGGA-TC-C------G---GATC---AC---CA-CCA----AA--AT-TTAATGGGat
gi|15 : ttgGGGTCTGA-A-TT-C------G---GATC---GC---CA-CCT----AA--AT-TTAATGAGGA-CT-T-TCTTAG-AC
gi|12 : cGATCCAGGAATC-T------G---GATC---GT---CA-CCG----AA--AT-TTAATGGAGA-ATGT-C-TTAG-ACCAAa
gi|20 : CAGGA-TC-C------G---GATC---GC---CT-CCA----AA--TT-TTAATGGAGA-CT-T-CCTTGT-ACC
gi|31 : tCAGGA-TC-C------G---GATC---GC---CA-CCA----AA--TT-TTACTGGGGA-
gi|17 : tAAGA-TC-T------G---GATC---GT---CA-T------AA---T-TTAATGGGGA-CT-T-CCTTAA-ACCAAGctac
gi|16 : ggatgAGA-TC-T------G---TATC---AC---CA-TCA----AC--AT-TTAATGGGGA-CT-T-TCTGAG-ACCAAG
gi|19 : atcGA-CC-C------G---GATC---GC---CA-CTA----AA--AT-TCAATGGGGA-CT-T-CCTTAG-ACCAA
gi|27 : tgGA-TC-C------G---GATC---AC---CA-TCA----AA---T-TTAATGGGTT-CT-T-CCTTAG-ACCA
gi|26 : GA-TC-C------G---GATC---GC---CA-CCA----AA--AT-TTAATGGAGA-CT-C-TCTTAG-AC
gi|28 : gGA-TC-C------G---GATT---GC---CA-CCA----AA--AT-TTAATGGTGA-CT-T-CCTTAA-AC
gi|23 : gGA-TC-T------G---GGTCGC-AC---CA-CCA----AA--AT-TTAATTATGA-TT-T-CCTTAG-AC
gi|14 : gGA-TC-T------G---GGTCGC-AC---CA-CCA----AA--AT-TTAATTATGA-TT-T-CCTTAG-ACaa
gi|25 : aaactctgA-TC-C------G---GATC---GC---CA-CCA----AA--AT-TTAAAGGGGG-AC-TGCCTTAG-ACCAa
gi|22 : A-TT-C------G---GATC---GC---CA-CCA----AA--A--TTAATGGGAATTT-T-CCTTAG-AACA
gi|24 : tggtC-C------G---GATC---GC---CA-CCA----AA--AT-TTAATGGGGA-TT-T-TCTTCG-ACCAA
gi|30 : ga------G---AATC---GC---TA-CCA----AC--AT-TTAATGGGGA-CT-T-CATTAG-ACCAAG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GGTCCGGATTGCACAAAAATCCAACGCGGTCTTCCGGAGACCAAGATACATCTGTGT
Alignments
lowQualScore : 44 1 1 222 333333 33333 1 33 2 2222 11 1 2 1 222 1 1
lowQualScore : .. . . ... ...... ..... . .. . .... .. . . . ... . .
lowQualScore : 22 3 3 222 666666 11111 3 55 6 7777 88 3 6 5 666 5 5
consensus : NAAGTCTTC--TGGATCCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAG
Reference ( family-1309 ) : NAAGTCTTC--TGGATCCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAG
gi|1 : AAGTCTTC--TTGATCCAGG-A-TCCG---TA------TC-----G-C--C-ACCA----AAAGTT-CT-AATGGTGG-TTGATTCC-ATAG-AC
gi|10 : acttaATCCGGATA-TATG---GA------TC-----A-C--C-ATCT----AAA--T-TT-AATGGGGA-G---TTCC-TTAG-ACTAAGa
gi|11 : aAGTCTTC--TGGACCCA------------AA------TC-----G-C--TGAACA----AAA--T-TTGAATTAGTT-C---TTCC-TCAG-ACCAat
gi|12 : GATCCAGG-AATCTG---GA------TC-----G-T--C-ACCG----AAA--T-TT-AATGGAGA-A---TGTC-TTAG-ACCAA
gi|13 : GG-A-TCTG---GA------TC-----G-C--C-ACAA----GAA--T-TT-GATGGGGT-C---TTCC-TCGG-ATCA
gi|14 : cttctGG-A-TCTG---GG------TC-----G-CACC-ACCA----AAA--T-TT-AATTATGA-T---TTCC-TTAG-ACtga
gi|15 : aaactctGGGTCT-GA-A-TTCG---GA------TC-----G-C--C-ACCT----AAA--T-TT-AATGAGGA-C---TTTC-TTAG-ACa
gi|16 : cG-A-TCTG---TA------TC-----A-C--C-ATCA----ACA--T-TT-AATGGGGA-C---TTTC-TGAG-ACCAAGa
gi|17 : atcaAAG-A-TCTG---GA------TC-----G-T--C-AT-------AA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAA-ACCAAG
gi|18 : ggatgAGTCTTC--TGGAT------A---CG---GA------TC-----G-T--C-ATCAAGATAAA--T-TC-AATGG
gi|19 : GG-A-CCCG---GA------TC-----G-C--C-ACTA----AAA--T-TC-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAattcttc
gi|2 : tAAATCTTC--TAGATCCAGG-A-TCCGATAGG------TT-----G-C--CAACCA----AAA--T-GC-AATGGGGA-C---TTTCGTTAG-
gi|20 : aaaaCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-TCCA----AAT--T-TT-AATGGAGA-C---TTCC-TTGT-ACCacc
gi|21 : tAAGTCTTC--TGGATGGAGG-A-TCCG---GA------TT-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGG
gi|22 : ca-A-TTCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA----TT-AATGGGAATT---TTCC-TTAG-AACA
gi|23 : tggtGG-A-TCTG---GG------TC-----G-CACC-ACCA----AAA--T-TT-AATTATGA-T---TTCC-TTAG-AC
gi|24 : CCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-T---TTTC-TTCG-ACCAAaa
gi|25 : ga-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TTAAAGGGGGA-C---TGCC-TTAG-ACCA
gi|26 : GG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGAGA-C---TCTC-TTAG-AC
gi|27 : G-A-TCCG---GA------TC-----A-C--C-ATCA----AA---T-TT-AATGGGTT-C---TTCC-TTAG-ACCA
gi|28 : GG-A-TCCG---GA------TT-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGTGA-C---TTCC-TTAA-AC
gi|29 : TC--TGG-TTCGGG-A-TCCG---GA------TC-----A-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGG
gi|3 : ttgAAGTCTTCAACAGATCCAGG-A-TCCA---GA------TC-----G-C--C-ATCG----AAA--T-TT-TATTTTGA-C---TTCC-CTAG-AC
gi|30 : ttattaG---AA------TC-----G-C--T-ACCA----ACA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCA-TTAG-ACCAAG
gi|31 : CAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAT--T-TT-ACTGGGGA-C---T
gi|32 : tAAGTCCTC--TGGATCTAGG-A-TCCG---GA------TC-----ac
gi|4 : acattaAAGTCTTC--TGGATCCAAG-A-TCCG---GA------TC-----A-T--C-ACCA----AAC--T-TT-AATGGGGA-G---TTCA-TTAG-ACCAAGcgg
gi|5 : gAAGTCTTC--TAGATCCAGG-A-CCCG---AA------TC-----G-T--C-ATGA----CAA--T-AT-GATTGCGA-C---TTCC-TAAG-ACCAAG
gi|6 : AAATCTTC--TGGATCCAAG-A-TCCG---GAACTGGATCCAGATGTC--C-ACCA----AAA--T-TT-AATAGGa
gi|7 : cattaAAGTCTAT--TGCATCCAGG-A-TCCG---CA------TC-----G-C--C-ATCA----AAC--T-TT-AATGGGAA-C---CTCC-TTAG-
gi|8 : tattaTTTTC--TG-ATTCAGA-A-TCTA---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--TATC-AATGGGG--------CC-TTAGAACCAAG
gi|9 : cG-G-TCCG---GA------TT-----G-C----ACAA----AAA--T-CC-AACGCGGT-C---TTCC-GGAG-ACCAAGa
Alignments
lowQualScore : 44 1 1 222 333333 33333 1 33 2 2222 11 1 2 1 222 1 1
lowQualScore : .. . . ... ...... ..... . .. . .... .. . . . ... . .
lowQualScore : 22 3 3 222 666666 11111 3 55 6 7777 88 3 6 5 666 5 5
consensus : NAAGTCTTC--TGGATCCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAG
Reference ( family-1309 ) : NAAGTCTTC--TGGATCCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAG
gi|1 : AAGTCTTC--TTGATCCAGG-A-TCCG---TA------TC-----G-C--C-ACCA----AAAGTT-CT-AATGGTGG-TTGATTCC-ATAG-AC
gi|10 : acttaATCCGGATA-TATG---GA------TC-----A-C--C-ATCT----AAA--T-TT-AATGGGGA-G---TTCC-TTAG-ACTAAGa
gi|11 : aAGTCTTC--TGGACCCA------------AA------TC-----G-C--TGAACA----AAA--T-TTGAATTAGTT-C---TTCC-TCAG-ACCAat
gi|12 : GATCCAGG-AATCTG---GA------TC-----G-T--C-ACCG----AAA--T-TT-AATGGAGA-A---TGTC-TTAG-ACCAA
gi|13 : GG-A-TCTG---GA------TC-----G-C--C-ACAA----GAA--T-TT-GATGGGGT-C---TTCC-TCGG-ATCA
gi|14 : cttctGG-A-TCTG---GG------TC-----G-CACC-ACCA----AAA--T-TT-AATTATGA-T---TTCC-TTAG-ACtga
gi|15 : aaactctGGGTCT-GA-A-TTCG---GA------TC-----G-C--C-ACCT----AAA--T-TT-AATGAGGA-C---TTTC-TTAG-ACa
gi|16 : cG-A-TCTG---TA------TC-----A-C--C-ATCA----ACA--T-TT-AATGGGGA-C---TTTC-TGAG-ACCAAGa
gi|17 : atcaAAG-A-TCTG---GA------TC-----G-T--C-AT-------AA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAA-ACCAAG
gi|18 : ggatgAGTCTTC--TGGAT------A---CG---GA------TC-----G-T--C-ATCAAGATAAA--T-TC-AATGG
gi|19 : GG-A-CCCG---GA------TC-----G-C--C-ACTA----AAA--T-TC-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAattcttc
gi|2 : tAAATCTTC--TAGATCCAGG-A-TCCGATAGG------TT-----G-C--CAACCA----AAA--T-GC-AATGGGGA-C---TTTCGTTAG-
gi|20 : aaaaCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-TCCA----AAT--T-TT-AATGGAGA-C---TTCC-TTGT-ACCacc
gi|21 : tAAGTCTTC--TGGATGGAGG-A-TCCG---GA------TT-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGG
gi|22 : ca-A-TTCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA----TT-AATGGGAATT---TTCC-TTAG-AACA
gi|23 : tggtGG-A-TCTG---GG------TC-----G-CACC-ACCA----AAA--T-TT-AATTATGA-T---TTCC-TTAG-AC
gi|24 : CCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-T---TTTC-TTCG-ACCAAaa
gi|25 : ga-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TTAAAGGGGGA-C---TGCC-TTAG-ACCA
gi|26 : GG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGAGA-C---TCTC-TTAG-AC
gi|27 : G-A-TCCG---GA------TC-----A-C--C-ATCA----AA---T-TT-AATGGGTT-C---TTCC-TTAG-ACCA
gi|28 : GG-A-TCCG---GA------TT-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGTGA-C---TTCC-TTAA-AC
gi|29 : TC--TGG-TTCGGG-A-TCCG---GA------TC-----A-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGG
gi|3 : ttgAAGTCTTCAACAGATCCAGG-A-TCCA---GA------TC-----G-C--C-ATCG----AAA--T-TT-TATTTTGA-C---TTCC-CTAG-AC
gi|30 : ttattaG---AA------TC-----G-C--T-ACCA----ACA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCA-TTAG-ACCAAG
gi|31 : CAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAT--T-TT-ACTGGGGA-C---T
gi|32 : tAAGTCCTC--TGGATCTAGG-A-TCCG---GA------TC-----ac
gi|4 : acattaAAGTCTTC--TGGATCCAAG-A-TCCG---GA------TC-----A-T--C-ACCA----AAC--T-TT-AATGGGGA-G---TTCA-TTAG-ACCAAGcgg
gi|5 : gAAGTCTTC--TAGATCCAGG-A-CCCG---AA------TC-----G-T--C-ATGA----CAA--T-AT-GATTGCGA-C---TTCC-TAAG-ACCAAG
gi|6 : AAATCTTC--TGGATCCAAG-A-TCCG---GAACTGGATCCAGATGTC--C-ACCA----AAA--T-TT-AATAGGa
gi|7 : cattaAAGTCTAT--TGCATCCAGG-A-TCCG---CA------TC-----G-C--C-ATCA----AAC--T-TT-AATGGGAA-C---CTCC-TTAG-
gi|8 : tattaTTTTC--TG-ATTCAGA-A-TCTA---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--TATC-AATGGGG--------CC-TTAGAACCAAG
gi|9 : cG-G-TCCG---GA------TT-----G-C----ACAA----AAA--T-CC-AACGCGGT-C---TTCC-GGAG-ACCAAGa
blockSeqs : AA T A ATA ACTGGA CAGAT T AC G AGAT . A G T . G A
blockSeqs : . . . . . . . AC A . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** ***
originalCons : NAAGTCTTC--TGGATCCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAG
finalCons : NAAGTCTTC--TGGATCCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAG
Alignments
lowQualScore : 44 1 1 222 333333 33333 1 33 2 2222 11 1 2 1 222 1 1
lowQualScore : .. . . ... ...... ..... . .. . .... .. . . . ... . .
lowQualScore : 22 3 3 222 666666 11111 3 55 6 7777 88 3 6 5 666 5 5
consensus : NAAGTCTTC--TGGATCCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAG
Reference ( family-1309 ) : NAAGTCTTC--TGGATCCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAG
gi|1 : AAGTCTTC--TTGATCCAGG-A-TCCG---TA------TC-----G-C--C-ACCA----AAAGTT-CT-AATGGTGG-TTGATTCC-ATAG-AC
gi|10 : acttaATCCGGATA-TATG---GA------TC-----A-C--C-ATCT----AAA--T-TT-AATGGGGA-G---TTCC-TTAG-ACTAAGa
gi|11 : aAGTCTTC--TGGACCCA------------AA------TC-----G-C--TGAACA----AAA--T-TTGAATTAGTT-C---TTCC-TCAG-ACCAat
gi|12 : GATCCAGG-AATCTG---GA------TC-----G-T--C-ACCG----AAA--T-TT-AATGGAGA-A---TGTC-TTAG-ACCAA
gi|13 : GG-A-TCTG---GA------TC-----G-C--C-ACAA----GAA--T-TT-GATGGGGT-C---TTCC-TCGG-ATCA
gi|14 : cttctGG-A-TCTG---GG------TC-----G-CACC-ACCA----AAA--T-TT-AATTATGA-T---TTCC-TTAG-ACtga
gi|15 : aaactctGGGTCT-GA-A-TTCG---GA------TC-----G-C--C-ACCT----AAA--T-TT-AATGAGGA-C---TTTC-TTAG-ACa
gi|16 : cG-A-TCTG---TA------TC-----A-C--C-ATCA----ACA--T-TT-AATGGGGA-C---TTTC-TGAG-ACCAAGa
gi|17 : atcaAAG-A-TCTG---GA------TC-----G-T--C-AT-------AA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCC-TTAA-ACCAAG
gi|18 : ggatgAGTCTTC--TGGAT------A---CG---GA------TC-----G-T--C-ATCAAGATAAA--T-TC-AATGG
gi|19 : GG-A-CCCG---GA------TC-----G-C--C-ACTA----AAA--T-TC-AATGGGGA-C---TTCC-TTAG-ACCAAattcttc
gi|2 : tAAATCTTC--TAGATCCAGG-A-TCCGATAGG------TT-----G-C--CAACCA----AAA--T-GC-AATGGGGA-C---TTTCGTTAG-
gi|20 : aaaaCAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-TCCA----AAT--T-TT-AATGGAGA-C---TTCC-TTGT-ACCacc
gi|21 : tAAGTCTTC--TGGATGGAGG-A-TCCG---GA------TT-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGG
gi|22 : ca-A-TTCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA----TT-AATGGGAATT---TTCC-TTAG-AACA
gi|23 : tggtGG-A-TCTG---GG------TC-----G-CACC-ACCA----AAA--T-TT-AATTATGA-T---TTCC-TTAG-AC
gi|24 : CCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGGGA-T---TTTC-TTCG-ACCAAaa
gi|25 : ga-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TTAAAGGGGGA-C---TGCC-TTAG-ACCA
gi|26 : GG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGAGA-C---TCTC-TTAG-AC
gi|27 : G-A-TCCG---GA------TC-----A-C--C-ATCA----AA---T-TT-AATGGGTT-C---TTCC-TTAG-ACCA
gi|28 : GG-A-TCCG---GA------TT-----G-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGTGA-C---TTCC-TTAA-AC
gi|29 : TC--TGG-TTCGGG-A-TCCG---GA------TC-----A-C--C-ACCA----AAA--T-TT-AATGGG
gi|3 : ttgAAGTCTTCAACAGATCCAGG-A-TCCA---GA------TC-----G-C--C-ATCG----AAA--T-TT-TATTTTGA-C---TTCC-CTAG-AC
gi|30 : ttattaG---AA------TC-----G-C--T-ACCA----ACA--T-TT-AATGGGGA-C---TTCA-TTAG-ACCAAG
gi|31 : CAGG-A-TCCG---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAT--T-TT-ACTGGGGA-C---T
gi|32 : tAAGTCCTC--TGGATCTAGG-A-TCCG---GA------TC-----ac
gi|4 : acattaAAGTCTTC--TGGATCCAAG-A-TCCG---GA------TC-----A-T--C-ACCA----AAC--T-TT-AATGGGGA-G---TTCA-TTAG-ACCAAGcgg
gi|5 : gAAGTCTTC--TAGATCCAGG-A-CCCG---AA------TC-----G-T--C-ATGA----CAA--T-AT-GATTGCGA-C---TTCC-TAAG-ACCAAG
gi|6 : AAATCTTC--TGGATCCAAG-A-TCCG---GAACTGGATCCAGATGTC--C-ACCA----AAA--T-TT-AATAGGa
gi|7 : cattaAAGTCTAT--TGCATCCAGG-A-TCCG---CA------TC-----G-C--C-ATCA----AAC--T-TT-AATGGGAA-C---CTCC-TTAG-
gi|8 : tattaTTTTC--TG-ATTCAGA-A-TCTA---GA------TC-----G-C--C-ACCA----AAA--TATC-AATGGGG--------CC-TTAGAACCAAG
gi|9 : cG-G-TCCG---GA------TT-----G-C----ACAA----AAA--T-CC-AACGCGGT-C---TTCC-GGAG-ACCAAGa