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lowQualScore                  :                             5 0    1   0 0 6 0 0 0 0 11 1111 88888888 22  33333 00 1 1 0 222  1  0 00 1 3333333333  66666666  555555555555 11 555555 444444444 333333  22222 2222 0  66666666666666666666666   3333 0 1     0000       
lowQualScore                  :                             . .    .   . . . . . . . .. .... ........ ..  ..... .. . . . ...  .  . .. . ..........  ........  ............ .. ...... ......... ......  ..... .... .  .......................   .... . .     ....       
lowQualScore                  :                             6 8    4   7 7 6 7 7 7 7 77 5555 44444444 33  44444 99 4 4 7 222  4  7 99 4 0000000000  11111111  111111111111 00 111111 999999999 444444  66666 4444 8  00000000000000000000000   1111 9 0     9999       
consensus                     :                      ATGTCTCCC-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--TA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----C-TG--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TC-TCGTGAA
Reference ( gi|20 )           :                      ATGTCTCTC-CTCT-TCC-A-GCG-G-G-A-G--A----C--------A--TA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----C-TG--------T---A----------TGT----C-A-CAAAA-CT-TCGTGAA
gi|15                         :                      ATGTCTCCT-CTCT-TCC-A-GGG-G-A-A-G--A----C--------A--AT-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CA-----T----C-TG--------T---C----------TGT----A-A-CAAAA-TC-TCATGAA
gi|49                         :                     tATGTCTCCC-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----C----------------------------------------A-C----------TT--------TC------------T--G------G---------C------CG-----T----C-TG--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TT-TCGTGAc
gi|52                         :                      ATGTCTCCC-CTCT-TCC-A-GGG-G-C-A-G--A----C--------A--T---------T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--A------T---------C------CG-----T----C-CG--------T---C----------TGT----C-A-
gi|42                         :                      ATGTCTCCC-TTCA-TTC-A-AGG-G-G-A-C--A----C--------A--TA-----T--T-G-T-T---AT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------T------GG-----T----T-TG--------T---C----------GGT----C-A-CAA
gi|9                          :                      ATGT-TCCC-GTCTACCC-A-GGG-G-G-A-G--G----A--------A--TA-----T--T-GTT-T---TT-TG-T--AGC----------TT--------TC------------T--G------T---------TTCG---CG-----T----C--G--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TC-TCGCGA
gi|19                         :                     tATGTCTC-C-CTCT-T---A-GGG-G-G-A-G--A----C-----------TA-----T--TTG-T-T---TT-TG-T--A-C----------TC--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----G-TGGTCGTTGTT---C----------TTT----C-A-CAAAA-AT-g
gi|44                         :                      ATGTCTCCC-CTCT-TCT-A-GGG-G-G-A-GAAA----G--------A--CA-----T--T-G---A---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C---------------------------------------------TGT----C-A-CAAAT-CT-gc
gi|43                         :                      ATGTCTCCC-TTCT-TCC-A-GGGAG-G-A-G--A---------------------------------------TG-T--A-T----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CA-----T----C-CT--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TC-TTGTGgt
gi|57                         :                     tATGTCTGCC-CTCT-TCC-A-GGA-G-G-A-G--A----CCTGT----A--TA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------CT--------TC------------T--
gi|13                         :                      ATGT-TC-C-CTCT-TC--A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--TA-----T--T-GTT-T---TT-TG-T----C----------TT--------TC------------T--G------TG--------T------CG-----T----C-CG--------T---C----------TGT----C-
gi|59                         :                     tATGCCTCCC-CTCT-TTC-A-GGG-G-G-A-G--A----T--------A--TA-----T--T-G-T-T---TT-CA-T--A-C----------Tctgtccaatcttcgcggcc
gi|50                         :                     tATGTCTCTC-CT---TCC-A---G-G-G-G-G--A----C--------A--TA--------------------------------------------------TC------------T--G------T---------C------AG-----T----C-TC--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TC-TTGTGAA
gi|6                          :                     tATGTCTCCC-CTCT-TCC-A-AAG-G-G-A-G--A----T--------G--CA-----T--T-A-T-T---TT-GG-T----T----------TT--------TT------------T--T------T---------CCTGCGACG-----T----C-TGAC------T---A-----------GT------A-CAGAA-TC-TTGTGAAc
gi|60                         :                   tctATGTCTCCC-CTCT-T-C-A-GGG-G-G-A-G--A-------------A--TA-----T--T-G---T---TT-TG-T--A-C----------TT--------c
gi|25                         :                      ATGTCTCCC-CTCT-TCC-A-GCA-AAG-A-G--G----CCAGTATATA--TA-----TAAT-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------C---------C------
gi|61                         :                      ATGTCTCCC-CTCT-TCCTA-GGG-G-G-A-G--A----C--------AGTTAT----T--T-G-T-T---Taggtagcttctcttt
gi|22                         :                      tTGT-TCCC-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------G--TA-----T--T-G-T-T---TT-CG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----C-TG--------TCC-ATCTGAC----TAT----C-A-CAAAA-
gi|17                         :                       TATCTCCC-CTTT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--CA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-T----------TT--------TC------------T--G------C---------C------CG-----T----C-CG--------C---A----------TGT----C-tc
gi|38                         :                       TGTCTCCC-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G-------------------CA-----T--T-G---T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------TTGG------G---------C------CG-----T----C--G--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TC-TCtgcccccaaactcttgtg
gi|14                         :                       TGTCTCCC-CTCT-TCC-A-GGG-C-G-A-G--A----CA-------A--TA-----T--T-G-T-T---TTCCGTT--A-C----------TTCTGG----TC------------C--A------T---------C------TG-----T----C-CG--------T---C----------TGT----C-A-CAAAT-CT-
gi|37                         :                       TGTCTCTC-CTCT-TCC-A-TGG-G-G-A-G--A----CT-------AT-TA-----T--T-G-T-T---TT-TA-T--A-C----------TT--------TT------------T--G------T---------C------TG-----T----atgt
gi|30                         :                      gTGTCTCCC-CTCT-TCC-A-GAG-G-G-A-G--A----T--------G--TA-----T--T-A-T-T---TT-T-------T----------TT--------TC------------T--G------T---------A------CG-----T----C-TG--------A---C----------TGG----T-A-GAAGA-TC-TTGTGaaaatagtttgtg
gi|18                         :                       TGCTTCCC-GTCT-TCC-A-GGG-T-A-G-G--A----C--------T--TA-----C--T-G-T-T---TTTTG-T--A-C----------TT--------TA------------T--G------T---------C------CGT----T----C-TG--------T---C----------TGT----G-A-TAAAATCTCTCGTGtat
gi|56                         :                       TGTCTCCC-CCAT-TCC----TG-G-G-A-G--A----G--------A--CA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-T----------TT--------TC------------T--G------T---------C------TG-----T----C-
gi|48                         :                       TGTTTCCC-TTCT-TTC-A-GTG-G-G-A---------------------TA-----T--T---T-T---TT-TG-T--A-C----------TG--------TT------------T--G------T---------C------
gi|1                          :                ttgattgTGTCTATT-ATCTGTCC-A-TC------A-G--T----C--------A--TT-----C--T-G-T-CCG-TC-TG-T----C----------TA--------GC------------T--G------T---------C------TG-----T----C-TG--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TC-TTGTacaacatcttgtg
gi|27                         : ccctcttccagggagatacccatGTTTTCC-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----T--------A--AA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------TG-----T----CATGCCA-----T---C----------TGTCC--C-A-CAAAA-
gi|32                         :                        GTCTCCC-CT-T-TCC-A-GTG-G-G-A-G--A----T--------A--TA-----T--T-G-T-C---TT-TG-T--A-C----------TTATTGTTTGTC------------C--G------TCCC------C------CG-----T----C-TG--------T---C----------TGT----C-A-Ctct
gi|5                          :                        GTCTCCC-CTCT--CC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--T-----------G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--GT-----T---------C------CG-----T----C-TG--------C---C----------TGT----
gi|36                         :                        GTCTGCC-CCTT-TTC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--TA-----T--TAG-T-T---T---G-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------TG-----T----C--------------------------TCT----C-A-CAAAATCT-TTGtctggccgtgtcctgtcacaaaatctggcga
gi|7                          :                        GTCTCCC-TGCT-TCA-A-ACG-G-A-AAG--A----C--------A--T---------T-A-A-T---TT-TG----A-C----------TT--------TC------------T--GCCAA--T---------C------CA-----T----C--G--------T---C----------TGT--------CAAAA-TT-TC-TGAAc
gi|34                         :                 actttaaGTCTCGC-ATCT-TTC-A-GGG-G-G-A-G--A----C-----------------------C-T-T---TC-TA-TCAA-C---------------------C------------T--G------T---------C------CG-----T----T-TG--------T---C----------TTT----C-A-GAAAA-TC-TTGAGAAcacg
gi|21                         :                        GTCTCCCTCTCC-TTC-A-G---G-G-A-G--G----A--------A--CA-----T--T-G-T-TGGGTT-TG-T--AAC----------TT--------TC------------T--GT-----T---------T------CA-----TC---C-CT--------T---C----------TGT----CAA-CAAAATCT-t
gi|3                          :                         TCTCCC-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--TG-----T--T-----T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----C-TG--------C---C----------TGT----g
gi|16                         :                         TCTCCC-CTCT-TCC-A-G---G-G-G-G--A----C--------A--TA-----T--T-G-T-T---TT--G-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CGTAACCT----C-CG--------T---T----------TGTCTTGC-A-CAAAA-TTCTCGCGtcttggccgtctgttctgtcacaaaaaatctggcga
gi|45                         :                         TCTCTC-ATCC-TCC-A-AGG-G-C-A-G--A----C--------A--TA-----T--T-G---T---TT-TG-T--A-C----------AT--------TT------------T--G------C---------C------TG-----T----C--------------------------TGT----C-A-CAAAA-TC-TTGT
gi|26                         :                          CTCCC-CTTT-TCC-T-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--TA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----T-TG--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TC-TCGTGAA
gi|24                         :                          CTCCC-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--TA-----T--T-G-T-T---TC-CG-T--G-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----C-TG--------T---cg
gi|12                         :                          CTCAC-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--TGCT---T--T-G-C-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------CT------------T--GCCGTCGT---------C------CG-----T----C-TG--------T---C----------TAC----C-A-CAAAA-TC-TTGTGAAccatctgttcatctggccgtctg
gi|28                         :                          CTCCC-CTCT-TCC-A-GAG-G-T-A---------C--------A--CA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TTTGTCCA--TC------------T--G------T---------C------AG-----T----C-TG--------TCC-A----------TG-------A-CAAAG-TT-TTGTG
gi|55                         :                          CCCTC-TTCC-TCC-A-G---G-G-A-A--A----C--------A--T------T--T-T-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----C-TG--------T---
gi|23                         :                    gtctccCCCCT-CTCT-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----TTGACATT-A--TA-----T--T-G-T-T---TC-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------G---------C------CG-----T----C-TG--------
gi|31                         :          tatgtctcccctggaagTCCC-ATCT-TCC-A-G-G-G-G-A-A--A----CC-------A--TA-----C--T-G-T-T---GC-TG-T--G-T----------TT--------TC------------T--A------T---------C------CG-----T----C-TG--------T---C----------AAT----T-A-CAAAA-TC-TTGTG
gi|39                         :                         taTCTC-TTCT-TCC-A-GAT-G-G-A-G--A----C-----------CA-----T--T-T-T-T---TT-CC-T---------------TT--------TC------------C--G------T---------C------TG-----T----C-TG--------CTAAA----------TGT----T-A-CAAAA-
gi|2                          :                      tatggTCCC-CTCT--CC-A-GGG-G-G-A----A----C--------AG-TA-----T----G-T-T---TT--G-T--A-CGTGTTGAAAGTT--------TC------------T--G------TAGATGCTGGC------CG-----T----C-TG--------T---C----------TGT----C-ACCAAAATCT-TCGTGGA
gi|53                         :                            CCC-CTCT-TCC-A-GGA-G-G-A-G--A----C--------A--CG-----T--T-G-C-T---TT--G-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----C-TG--------T---A----------TGT----C-G-Ccga
gi|47                         :                          caCCC-CTCT-TCC-A-G-G-G-G-A-G--A----C--------A---A-----T--A-G-T-A-------G-C--A-C----------TT--------TC------------T--T------G---------C------CA-----T----C-TG--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TC-TCta
gi|41                         :                            cTC-CTCT-TCT-----G-G-GTA-G--A----C--------A--TA-----T--T-G-T-T---TA-TG-T--A-C----------TT----------------------T--A------T---------C------AG-----T----C-TG--------T---C----------TAT----C-A-CAAAATCT-tgc
gi|35                         :                           ttaC-CCCT-TCC-AAGGG-G-G-A-G--A----C--------A--T---------T-G-T-T---TT--G-T--A-C----------TC--------TCC-----------T--G------T---------C------CA-----T----C-CG--------T---C----------TGT----C-A-CAAAA-TA-TTGTGttg
gi|4                          :                            tcC-CTCT-TCC-A-GGG-T-G-A-G--A----C--------A--TATTTTTT--T-T-T-T---TT-TG-T--A-A----------TT--------TCTGTCAGTCTATTT--G------T---------C------TG-----T----C-TG--------T---C----------CGT----C-A-CAAAC-TC-TTGTGAA
gi|8                          :                             cC-CTCT-TCC-A-GTG-----A-G--A----T--------A--CA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--C-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CA-----T----C-TA--------T---t
gi|40                         :                             cC-CTCT-TCC-A-G------------A----C--------A---A----------G-C-T---TG-TG-T--A-C----------TT--------TT------------C--G------T---------C------CG-----TCTGTC-TG--------T---C----------TGT----C-A-CACAT-CT-T-GTGAAcaggttgtcggtctgtccgtcaccaaatattgtga
gi|29                         :                             cC-CTCC-TCC-A-G---G-G-A-TT-A----C--------A--T-------------T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------CC------------T--G------T----------------CA-----T----T-T------------------------TGT----C-A-CACAATCT-TC-TGAcgc
gi|51                         :                                cTCT-TCC-A-G-G-G-G-A-G--ATTGAC--------A--TA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------G---------C------CG-----T-------------------------------TGT----C-A-CAAAA-TC-TCGtcgcttctccaact
gi|33                         :                                   T-TCC-A-GGG-A-G-A-A--A----T--------G--TA-----T--T-G-TTT---TT-TG-T--A-C----------TG--------TCT-----------T--G------T---------C------TG-----T----C-TG--------TC--AATC-------TGT----C-A-TGAAA-
gi|10                         :                                   t-TCC-A-GGG-G-G-A-G--A----C--------A--TA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TG--------TC------------T--G------T---------T------TG-----T----C-TG--------T---tgttttg
gi|46                         :                                             G-G-G-G-G--A----A--------A--CA-----T--T-G-C-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------A---------C------CA-----T----C-TG--------T---C----------TGctacccatcattcaatctgtctcacaaaatcttgtgaa
gi|54                         :                                                                       --TA-----T--T-G-T-T---TT-TG-T--A-C----------TT--------TC------------T--G------T---------C------CA-----T----C-TG--------T---CGGTGTGTCGTTGT----C-A-CAAAA-TC-CCGTGAcatgcgaatctgtaacaaatcttgt
gi|58                         :                                                                                              T-TG-T--A-C----------TA--------TC------------T--G------T---------C------CG-----T----C-TG--------T---GCTACT-----TGT----C-A-CAAAATCT-TCGTGAt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTATGTCTACCCTCTTTTGGAGGGAGATGCATTATTTTTGGTTAATTCTGTTCGTCTGACTGGTACAAGATCTTGTGAACG
Unaligned ( gi|62 ): TAATTTATGTCTGTCTGTCACAAAATCTTGTAG






Alignments
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lowQualScore                  :                                                         7 5555   7   7 7 1111  7 7 99 99 111  22222222222222222 99 7 222 222 7 7 7 66 99 3 9999999999 444444444444 88888888  888888888888 99 111111 777777777 999999 6666666666666666 44444  2222  6666666666666666 22222222 5555555555  333333333333333333 7777  6     9  9 2     
consensus                     :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGTGAA
Reference ( family-1257 )     :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGTGAA
gi|1                          :                                                       CC-C----TCT-TCC-A-G----GG-A-G--A--T---AC-------C--CA-----T--T-G-T-C---TAT-T-A--T----C----------TGTCCATCAGTCAT--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------T
gi|1                          :                                                                                                                                                                             C------------T--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGTagctgtctgtctgtctgtcacaaaatcttgt
gi|10                         : ccctcttccagggagatacccattgtctattatctgtccatcagtcattctgtccgtctgtctag-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------G--------TC------------T--G------T---------T------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TACCCATCATTCAATCTGTCT----CA-CAAAA-TC-TTGTGAA
gi|11                         :                                                ATGTCTACC-C----TCT-TTT-G-G----AG-G-G--A--G---AT-------G--CA-----T--T-A-T-T---T-T-T-GGTT--A-A-----------------------T--------TC------------T--G------T---------T------C----------------G-----TC----TG----------------A--------C----------TG------------------G----TA-CAAGA-TC-TTGTGAA
gi|12                         :                                                  ttCTCAC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TGCT---T--T-G-C-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------CT------------T--GCCGTCGT---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TA------------------C----CA-CAAAA-TC-TTGTGAAcg
gi|13                         :                                                     TTCC-C----TCT-TC--A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-GTT-T---T-T-T-G--T----C----------T------------T--------TC------------T--G------TG--------T------C----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----C
gi|14                         :                                             tatgTGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-C-G--A--G---ACA------A--TA-----T--T-G-T-T---T-TCC-GT-T--A-C----------T------------TCTGG----TC------------C--A------T---------C------T----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-C-AAA-TC-ctgtccaatcttcgcggcc
gi|15                         :                                                ATGTCTCCT-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-A--A--G---AC-------A--AT-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----AA-CAAAA-TC-TCATGAAatgt
gi|16                         :                                                  tTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-------G---AC-------A--TA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------GTAACCTC----CG----------------T--------T----------TG------------------TCTTGCA-CAAAATTC-TCGCGc
gi|17                         :                                                 TATCTCCC-C----TTT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--CA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-T----------T------------T--------TC------------T--G------C---------C------C----------------G-----TCCGCATG----------------T--------C----------TGC-----------------C----CC-CAAAC-TC-TTGTG
gi|18                         :                                                 TGCTTCCC-G----TCT-TCC-A-G----GG-T-A--G--G---AC-------T--TA-----C--T-GTT-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TA------------T--G------T---------C------C----------------GT----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----GA-TAAAA-TC-TC
gi|19                         :                                                ATGTCTCCC------TCT-T---A-G----GG-G-G--A--G---ACT------A--T------T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------C--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TG----TGGTCGTTGT--------T--------C----------TT------------------T----CA-CAAAA-tcgtg
gi|2                          :                                                     TCCC-C----TCT--CC-A-G----GG-G-G--A------AC-------AG-TA--------T-G---T---T-T-T-G--T--A-CGTGTTGAAAGT------------T--------TC------------T--G------TAGATGCTGGC------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CACCAAAA-TCTTCGTGGAattgc
gi|20                         :                                                ATGTCTCTC-C----TCT-TCC-A-G----CG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------A----------TG------------------T----CA-CAAAA-CT-TCGTGAAcga
gi|21                         :                                                  GTCTCCCTC----TCC-TTC-A-G----GG-A-G--G--A---AC-------A--T---------T-G-T-TGGGT-T-T-G--T--AAC----------T------------T--------TC------------T--G------T---------TT-----C----------------A-----TC----CC----------------TT-------C----------TG------------------T----CAACAAAA-TC-TTG
gi|22                         :                                                 TGT-TCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------G--TA-----T--T-G-T-T---T-T-C-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------TCCATCTGAC----------TA------------------T----CA-CAAAA-TC-
gi|23                         :                                                    CCCCT-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---ATTGACATTA--TA-----T--T-G-T-T---T-C-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------G---------C------C----------------G-----TC----TG----------------
gi|24                         :                                   tatgtctcccctggaagCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-C-C-G--T--G-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CA------------------T----C
gi|25                         :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-GCAAAGA-G-GCCA--GTATAT-------A--TA-----TAAT-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------C---------C------tgttcatctggccgtctg
gi|26                         :                                                    CTCCC-C----TTT-TCC-T-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGTGAAaggtagcttctcttt
gi|27                         :                                                  GTTTTCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AT-------A--AA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------T----------------G-----TCA---TGCCA-------------T--------C----------TG------------------TCC--CA-CAAAA-TC-cg
gi|28                         :                                                    CTCCC-C----TCT-TCC-A-G----AG-G-------T---AC-------A--CA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------TTGTCCA--TC------------T--G------T---------C------A----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CA------------------T----GA-CAAAG-TT-TTGTG
gi|29                         :                                                       CC-C----TCC-TCC-A-G----GG-A-T-----T---AC-------A--T-------------T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------CC------------T--G------T----------------C----------------A-----T-----------------------T--------T----------TG------------------T----CA-CACAA-TC-TTCTGA
gi|3                          :                                                   TCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TG-----T--T-----T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------C--------C----------TG------------------T----tcgcttctccaact
gi|30                         :                                                 TGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----AG-G-G--A--G---AT-------G--TA-----T--T-A-T-T---T-T-T---------T----------T------------T--------TC------------T--G------T---------A------C----------------G-----TC----TG----------------A--------C----------TG------------------G----TA-GAAGA-TC-TTGTGtcttggccgtctgttctgtcacaaaaaatctggcga
gi|31                         :                                                     TCCC-A----TCT-TCC-A-G----GG-G-A--A--A---CC-------A--TA-----C--T-G-T-T---G-C-T-G--T--G-T----------T------------T--------TC------------T--A------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------AA------------------T----TA-CAAAA-TC-TTGTGtat
gi|32                         :                                                taGTCTCCC-C----T-T-TCC-A-G----TG-G-G--A--G---AT-------A--TA-----T--T-G-T-C---T-T-T-G--T--A-C----------T------------TATTGTTTGTC------------C--G------TCCC------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-C
gi|33                         :                                                                 T-TCC-A-G----GG-A-G--A--A---AT-------G--TA-----T--T-G-TTT---T-T-T-G--T--A-C----------T------------G--------TCT-----------T--G------T---------C------T----------------G-----TC----TGTCAA------------T--------C----------TG------------------T----CA-TGAAA-T
gi|34                         :                                                 tGTCTCGC-A----TCT-TTC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------C--T---------------T---T-C-T-A--TCAA-C---------------------------------C------------T--G------T---------C------C----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------TT------------------T----CA-GAAAA-TC-TTGAGAAgttttg
gi|35                         :                                                       CC-C----CCT-TCC-AAG----GG-G-G--A--G---AC-------A--T---------T-G-T-T---T-T---G--T--A-C----------T------------C--------TCC-----------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TA-TTGTGt
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gi|37                         :                                                 TGTCTCTC-C----TCT-TCC-A-T----GG-G-G--A--G---ACT------AT-TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-A--T--A-C----------T------------T--------TT------------T--G------T---------C------T----------------G-----Tttgc
gi|38                         :                                                gTGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---------------CA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------TTGG------G---------C------C----------------G-----TC-----G----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCaaaatagtttgtg
gi|39                         :                                                     TCTC-T----TCT-TCC-A-G----AT-G-G--A--G---AC----------CA-----T--T-T-T-T---T-T-C-C--T---------------T------------T--------TC------------C--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------C--------TAAA-------TG------------------T----TA-CAAAA-
gi|4                          :                                                  tatggCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-T-G--A--G---AC-------A--TATTTTTT--T-T-T-T---T-T-T-G--T--A-A----------T------------T--------TCTGTCAGTCTATTT--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CG------------------T----CA-CAAAC-TC-TTGTGAA
gi|40                         :                                                       CC-C----TCT-TCC-A-G-------------------AC-------A---A----------G-C-T---T-G-T-G--T--A-C----------T------------T--------TT------------C--G------T---------C------C----------------G-----TC----TGTCTG------------T--------C----------TG------------------T----CA-C-ACA-TC-TTGTGAAt
gi|41                         :                                                        C-C----TCT-TCT--------GG-G-T--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-A-T-G--T--A-C----------T------------T----------------------T--A------T---------C------A----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TA------------------T----CA-CAAAA-TC-cgc
gi|42                         :                                            ttatATGTCTCCC-T----TCA-TTC-A-A----GG-G-G--A--C---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---A-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------T------G----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------GG------------------T----CA-CAAtttg
gi|43                         :                                                ATGTCTCCC-T----TCT-TCC-A-G----GGAG-G--A--G---A-----------------------------------T-G--T--A-T----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----CT----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGTG
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gi|48                         :                                                cTGTTTCCC-T----TCT-TTC-A-G----TG-G-G--A------------------TA-----T--T---T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T--------------------------------------------------------------------------------------------G----------------T--------T----------TG------------------T----CA-CAACA-TC-TTGTGtgc
gi|49                         :                                         ttgattgATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC------------------------------------------A-C----------T------------T--------TC------------T--G------G---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TT-TCGTGA
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gi|52                         :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-C--A--G---AC-------A--T---------T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--A------T---------C------C----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-
gi|53                         :                                                      CCC-C----TCT-TCC-A-G----GA-G-G--A--G---AC-------A--CG-----T--T-G-C-T---T-T---G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------A----------TG------------------T----CG-C
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gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                     t----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGT
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Reference ( family-1257 )     :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGTGAA
gi|1                          :                                                       CC-C----TCT-TCC-A-G----GG-A-G--A--T---AC-------C--CA-----T--T-G-T-C---TAT-T-A--T----C----------TGTCCATCAGTCAT--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------T
gi|1                          :                                                                                                                                                                             C------------T--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGTagctgtctgtctgtctgtcacaaaatcttgt
gi|10                         : ccctcttccagggagatacccattgtctattatctgtccatcagtcattctgtccgtctgtctag-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------G--------TC------------T--G------T---------T------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TACCCATCATTCAATCTGTCT----CA-CAAAA-TC-TTGTGAA
gi|11                         :                                                ATGTCTACC-C----TCT-TTT-G-G----AG-G-G--A--G---AT-------G--CA-----T--T-A-T-T---T-T-T-GGTT--A-A-----------------------T--------TC------------T--G------T---------T------C----------------G-----TC----TG----------------A--------C----------TG------------------G----TA-CAAGA-TC-TTGTGAA
gi|12                         :                                                  ttCTCAC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TGCT---T--T-G-C-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------CT------------T--GCCGTCGT---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TA------------------C----CA-CAAAA-TC-TTGTGAAcg
gi|13                         :                                                     TTCC-C----TCT-TC--A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-GTT-T---T-T-T-G--T----C----------T------------T--------TC------------T--G------TG--------T------C----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----C
gi|14                         :                                             tatgTGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-C-G--A--G---ACA------A--TA-----T--T-G-T-T---T-TCC-GT-T--A-C----------T------------TCTGG----TC------------C--A------T---------C------T----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-C-AAA-TC-ctgtccaatcttcgcggcc
gi|15                         :                                                ATGTCTCCT-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-A--A--G---AC-------A--AT-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----AA-CAAAA-TC-TCATGAAatgt
gi|16                         :                                                  tTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-------G---AC-------A--TA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------GTAACCTC----CG----------------T--------T----------TG------------------TCTTGCA-CAAAATTC-TCGCGc
gi|17                         :                                                 TATCTCCC-C----TTT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--CA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-T----------T------------T--------TC------------T--G------C---------C------C----------------G-----TCCGCATG----------------T--------C----------TGC-----------------C----CC-CAAAC-TC-TTGTG
gi|18                         :                                                 TGCTTCCC-G----TCT-TCC-A-G----GG-T-A--G--G---AC-------T--TA-----C--T-GTT-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TA------------T--G------T---------C------C----------------GT----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----GA-TAAAA-TC-TC
gi|19                         :                                                ATGTCTCCC------TCT-T---A-G----GG-G-G--A--G---ACT------A--T------T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------C--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TG----TGGTCGTTGT--------T--------C----------TT------------------T----CA-CAAAA-tcgtg
gi|2                          :                                                     TCCC-C----TCT--CC-A-G----GG-G-G--A------AC-------AG-TA--------T-G---T---T-T-T-G--T--A-CGTGTTGAAAGT------------T--------TC------------T--G------TAGATGCTGGC------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CACCAAAA-TCTTCGTGGAattgc
gi|20                         :                                                ATGTCTCTC-C----TCT-TCC-A-G----CG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------A----------TG------------------T----CA-CAAAA-CT-TCGTGAAcga
gi|21                         :                                                  GTCTCCCTC----TCC-TTC-A-G----GG-A-G--G--A---AC-------A--T---------T-G-T-TGGGT-T-T-G--T--AAC----------T------------T--------TC------------T--G------T---------TT-----C----------------A-----TC----CC----------------TT-------C----------TG------------------T----CAACAAAA-TC-TTG
gi|22                         :                                                 TGT-TCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------G--TA-----T--T-G-T-T---T-T-C-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------TCCATCTGAC----------TA------------------T----CA-CAAAA-TC-
gi|23                         :                                                    CCCCT-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---ATTGACATTA--TA-----T--T-G-T-T---T-C-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------G---------C------C----------------G-----TC----TG----------------
gi|24                         :                                   tatgtctcccctggaagCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-C-C-G--T--G-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CA------------------T----C
gi|25                         :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-GCAAAGA-G-GCCA--GTATAT-------A--TA-----TAAT-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------C---------C------tgttcatctggccgtctg
gi|26                         :                                                    CTCCC-C----TTT-TCC-T-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGTGAAaggtagcttctcttt
gi|27                         :                                                  GTTTTCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AT-------A--AA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------T----------------G-----TCA---TGCCA-------------T--------C----------TG------------------TCC--CA-CAAAA-TC-cg
gi|28                         :                                                    CTCCC-C----TCT-TCC-A-G----AG-G-------T---AC-------A--CA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------TTGTCCA--TC------------T--G------T---------C------A----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CA------------------T----GA-CAAAG-TT-TTGTG
gi|29                         :                                                       CC-C----TCC-TCC-A-G----GG-A-T-----T---AC-------A--T-------------T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------CC------------T--G------T----------------C----------------A-----T-----------------------T--------T----------TG------------------T----CA-CACAA-TC-TTCTGA
gi|3                          :                                                   TCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TG-----T--T-----T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------C--------C----------TG------------------T----tcgcttctccaact
gi|30                         :                                                 TGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----AG-G-G--A--G---AT-------G--TA-----T--T-A-T-T---T-T-T---------T----------T------------T--------TC------------T--G------T---------A------C----------------G-----TC----TG----------------A--------C----------TG------------------G----TA-GAAGA-TC-TTGTGtcttggccgtctgttctgtcacaaaaaatctggcga
gi|31                         :                                                     TCCC-A----TCT-TCC-A-G----GG-G-A--A--A---CC-------A--TA-----C--T-G-T-T---G-C-T-G--T--G-T----------T------------T--------TC------------T--A------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------AA------------------T----TA-CAAAA-TC-TTGTGtat
gi|32                         :                                                taGTCTCCC-C----T-T-TCC-A-G----TG-G-G--A--G---AT-------A--TA-----T--T-G-T-C---T-T-T-G--T--A-C----------T------------TATTGTTTGTC------------C--G------TCCC------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-C
gi|33                         :                                                                 T-TCC-A-G----GG-A-G--A--A---AT-------G--TA-----T--T-G-TTT---T-T-T-G--T--A-C----------T------------G--------TCT-----------T--G------T---------C------T----------------G-----TC----TGTCAA------------T--------C----------TG------------------T----CA-TGAAA-T
gi|34                         :                                                 tGTCTCGC-A----TCT-TTC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------C--T---------------T---T-C-T-A--TCAA-C---------------------------------C------------T--G------T---------C------C----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------TT------------------T----CA-GAAAA-TC-TTGAGAAgttttg
gi|35                         :                                                       CC-C----CCT-TCC-AAG----GG-G-G--A--G---AC-------A--T---------T-G-T-T---T-T---G--T--A-C----------T------------C--------TCC-----------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TA-TTGTGt
gi|36                         :                                                 tGTCTGCC-C----CTT-TTC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--TAG-------T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T-------------------------------------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TC------------------T----CA-CAAAA-TC-
gi|37                         :                                                 TGTCTCTC-C----TCT-TCC-A-T----GG-G-G--A--G---ACT------AT-TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-A--T--A-C----------T------------T--------TT------------T--G------T---------C------T----------------G-----Tttgc
gi|38                         :                                                gTGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---------------CA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------TTGG------G---------C------C----------------G-----TC-----G----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCaaaatagtttgtg
gi|39                         :                                                     TCTC-T----TCT-TCC-A-G----AT-G-G--A--G---AC----------CA-----T--T-T-T-T---T-T-C-C--T---------------T------------T--------TC------------C--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------C--------TAAA-------TG------------------T----TA-CAAAA-
gi|4                          :                                                  tatggCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-T-G--A--G---AC-------A--TATTTTTT--T-T-T-T---T-T-T-G--T--A-A----------T------------T--------TCTGTCAGTCTATTT--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CG------------------T----CA-CAAAC-TC-TTGTGAA
gi|40                         :                                                       CC-C----TCT-TCC-A-G-------------------AC-------A---A----------G-C-T---T-G-T-G--T--A-C----------T------------T--------TT------------C--G------T---------C------C----------------G-----TC----TGTCTG------------T--------C----------TG------------------T----CA-C-ACA-TC-TTGTGAAt
gi|41                         :                                                        C-C----TCT-TCT--------GG-G-T--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-A-T-G--T--A-C----------T------------T----------------------T--A------T---------C------A----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TA------------------T----CA-CAAAA-TC-cgc
gi|42                         :                                            ttatATGTCTCCC-T----TCA-TTC-A-A----GG-G-G--A--C---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---A-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------T------G----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------GG------------------T----CA-CAAtttg
gi|43                         :                                                ATGTCTCCC-T----TCT-TCC-A-G----GGAG-G--A--G---A-----------------------------------T-G--T--A-T----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----CT----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGTG
gi|44                         :                                               tATGTCTCCC-C----TCT-TCT-A-G----GG-G-G--A--GAA-AG-------A--CA-----T--T-G---A---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T------------------------------------------------------------------------TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-C-AAA-TC-TTGT
gi|45                         :                                                   TCTCTC-A----TCC-TCC-A-A----GG-G-C--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------A------------T--------TT------------T-------------------------------------------G-----CC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGT
gi|46                         :                                                                        -G----GG-G-G--A--A---AC-------A--T---------T-G-C-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------A---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------
gi|47                         :                                                      CCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G----A--G---AC-------A---A-----T--A-G-T-A---------G--C--A-C----------T------------T--------TC------------T--T------G---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCcatgcgaatctgtaacaaatcttgt
gi|48                         :                                                cTGTTTCCC-T----TCT-TTC-A-G----TG-G-G--A------------------TA-----T--T---T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T--------------------------------------------------------------------------------------------G----------------T--------T----------TG------------------T----CA-CAACA-TC-TTGTGtgc
gi|49                         :                                         ttgattgATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC------------------------------------------A-C----------T------------T--------TC------------T--G------G---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TT-TCGTGA
gi|5                          :                                                  GTCTCCC-C----TCT--CC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A------------T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--GT-----T---------C------C----------------G-----TC----TGCCTGTTCTGGCCGTGTC--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TGGCGA
gi|50                         :                                                ATGTCTCTC-C----T---TCC-A-G----GG-G-------G---AC-------A--TA-----------------------------------------------------------------TC------------T--G------T---------C------A----------------G-----TC----TC----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGTGAA
gi|51                         :                                                          t----TCT-TCC-A-G----GG-GAG--ATTG---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------G---------C------C----------------G-----T-------------------------------------------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGc
gi|52                         :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-C--A--G---AC-------A--T---------T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--A------T---------C------C----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-
gi|53                         :                                                      CCC-C----TCT-TCC-A-G----GA-G-G--A--G---AC-------A--CG-----T--T-G-C-T---T-T---G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------A----------TG------------------T----CG-C
gi|54                         :                                                                                                     ca--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------CGGTGTGTCGTTG------------------T----CA-CAAAA-TC-CCGTGAta
gi|55                         :                                                  GTCTCCC-CCTCTTCC-TCC-A-G----GG------A--A---AC-------A--T------T--T-T-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------t
gi|56                         :                                                 TGTCTCCC-C----CAT-TCC-T-G----GG-A-G--A--G---AC-------A--T---------T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-T----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------T----------------G-----TC----
gi|57                         :                                                ATGTCTGCC-C----TCT-TCC-A-G----GA-G-G--A--G---ACCTGT---A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------C------------T--------TC------------T--
gi|58                         :                                                                                                                              -T-T-G--T--A-C----------T------------A--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------TGCTAC---T----------TG------------------T----CA-CAAAA-TCTTCGTGA
gi|59                         :                                              tgATGCCTCCC-C----TCT-TTC-A-G----GG-G-G--A--G---AT-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-C-A--T--A-C----------T------------
gi|6                          :                                               tATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-A----AG-G-G--A--G---AT-------G--CA-----T--T-A-T-T---T-T-G-G--T----T----------T------------T--------TT------------T--T------T---------CCTGCGAC----------------G-----TC----TG----------------A--------C----------TA------------------G----TA-CAGAA-TC-TTGTGAA
gi|60                         :                                             tctATGTCTCCC-C----TCT-T-C-A-G----GG-G-G--A--G---A--------A--TA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------c
gi|61                         :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCCTA-G----GG-G-G--A--G---AC-------AGTTAT----T--T-G-T-T---T-
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                     t----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGT
gi|7                          :                                          taatttatGTCTCCC-T----GCT-TCA-A-AC---GG-A-A--A--G---AC-----------A-----T--T-A-A-T---T-T-T-G-----A-C----------T------------T--------TC------------T--GCCAA--T---------C------C----------------A-----TC-----G----------------T--------C----------TG------------------T-------CAAAA-TT-TC-TGAAag
gi|8                          :                                                actttaaCC-C----TCT-TCC-A-G----TG------A--G---AT-------A--CA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--C-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------CATCTATCAGGTTGTCGG-----TC----TG----------------T--------C----------CG------------------T----CA-CCAAA-TA-TTGTGAcacg
gi|9                          :                                                ATGT-TCCC-G----TCTACCC-A-G----GG-G-G--A--G---GA-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-TTG--T--AGC----------T------------T--------TC------------T--G------T---------TTCG---C----------------G-----TC-----G----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGCGA


blockSeqs                     :                                                           CTCT           CAAA            TAT  TGACATTATA             TT  GGG       GT    A GTGTTGAAAG .            ATTGTTTG  TGTCAGTCTATT    CCGTCG AGATGCTGG CTGCGA ATCTATCAGGTTGTCG TAACC  CGCA  CCTGTTCTGGCCGTGT CCATCTGA GGTGTGTCGT  CCCATCATTCAATCTGTC CTTG  C        T
blockSeqs                     :                                                           .              C               AA   ATATTTTT               TT  .         T     G .          .            TGTCCA    T               CCAA   CCC       TCG    .                T      A     GTCGTTGT         GCTAC    AAA         C                  CC    A        T
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    CTGTATA                TT  .         .     . .          .            CTGG      C               T      G         T      .                .      .     TCAA             T        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    AGTTAT                 T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     TCTG             .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATGCT                  T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     CCA              .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    TATTA                  C   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    AATA                   T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    AGTA                   T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    GCA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    AAT                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ACA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    TTA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    TAT                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    GTA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    AAA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ACA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATG                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    GTA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    GTA                    C   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    C   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ACA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ACG                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    C   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    GCA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ACA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    ATA                    T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .        .
blockSeqs                     :                                                           .              .               .    AT                     T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .         
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blockSeqs                     :                                                           .              .               .    CT                     T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .         
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blockSeqs                     :                                                           .              .               .    CA                     T   .         .     . .          .            .         .               .      .         .      .                .      .     .                .        .           .                  .     .         
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lowQualScore                  :                                                         7 5555   7   7 7 1111  7 7 99 99 111  22222222222222222 99 7 222 222 7 7 7 66 99 3 9999999999 444444444444 88888888  888888888888 99 111111 777777777 999999 6666666666666666 44444  2222  6666666666666666 22222222 5555555555  333333333333333333 7777  6     9  9 2     
consensus                     :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGTGAA
Reference ( family-1257 )     :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGTGAA
gi|1                          :                                                       CC-C----TCT-TCC-A-G----GG-A-G--A--T---AC-------C--CA-----T--T-G-T-C---TAT-T-A--T----C----------TGTCCATCAGTCAT--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------T
gi|1                          :                                                                                                                                                                             C------------T--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGTagctgtctgtctgtctgtcacaaaatcttgt
gi|10                         : ccctcttccagggagatacccattgtctattatctgtccatcagtcattctgtccgtctgtctag-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------G--------TC------------T--G------T---------T------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TACCCATCATTCAATCTGTCT----CA-CAAAA-TC-TTGTGAA
gi|11                         :                                                ATGTCTACC-C----TCT-TTT-G-G----AG-G-G--A--G---AT-------G--CA-----T--T-A-T-T---T-T-T-GGTT--A-A-----------------------T--------TC------------T--G------T---------T------C----------------G-----TC----TG----------------A--------C----------TG------------------G----TA-CAAGA-TC-TTGTGAA
gi|12                         :                                                  ttCTCAC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TGCT---T--T-G-C-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------CT------------T--GCCGTCGT---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TA------------------C----CA-CAAAA-TC-TTGTGAAcg
gi|13                         :                                                     TTCC-C----TCT-TC--A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-GTT-T---T-T-T-G--T----C----------T------------T--------TC------------T--G------TG--------T------C----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----C
gi|14                         :                                             tatgTGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-C-G--A--G---ACA------A--TA-----T--T-G-T-T---T-TCC-GT-T--A-C----------T------------TCTGG----TC------------C--A------T---------C------T----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-C-AAA-TC-ctgtccaatcttcgcggcc
gi|15                         :                                                ATGTCTCCT-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-A--A--G---AC-------A--AT-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----AA-CAAAA-TC-TCATGAAatgt
gi|16                         :                                                  tTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-------G---AC-------A--TA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------GTAACCTC----CG----------------T--------T----------TG------------------TCTTGCA-CAAAATTC-TCGCGc
gi|17                         :                                                 TATCTCCC-C----TTT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--CA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-T----------T------------T--------TC------------T--G------C---------C------C----------------G-----TCCGCATG----------------T--------C----------TGC-----------------C----CC-CAAAC-TC-TTGTG
gi|18                         :                                                 TGCTTCCC-G----TCT-TCC-A-G----GG-T-A--G--G---AC-------T--TA-----C--T-GTT-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TA------------T--G------T---------C------C----------------GT----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----GA-TAAAA-TC-TC
gi|19                         :                                                ATGTCTCCC------TCT-T---A-G----GG-G-G--A--G---ACT------A--T------T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------C--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TG----TGGTCGTTGT--------T--------C----------TT------------------T----CA-CAAAA-tcgtg
gi|2                          :                                                     TCCC-C----TCT--CC-A-G----GG-G-G--A------AC-------AG-TA--------T-G---T---T-T-T-G--T--A-CGTGTTGAAAGT------------T--------TC------------T--G------TAGATGCTGGC------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CACCAAAA-TCTTCGTGGAattgc
gi|20                         :                                                ATGTCTCTC-C----TCT-TCC-A-G----CG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------A----------TG------------------T----CA-CAAAA-CT-TCGTGAAcga
gi|21                         :                                                  GTCTCCCTC----TCC-TTC-A-G----GG-A-G--G--A---AC-------A--T---------T-G-T-TGGGT-T-T-G--T--AAC----------T------------T--------TC------------T--G------T---------TT-----C----------------A-----TC----CC----------------TT-------C----------TG------------------T----CAACAAAA-TC-TTG
gi|22                         :                                                 TGT-TCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------G--TA-----T--T-G-T-T---T-T-C-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------TCCATCTGAC----------TA------------------T----CA-CAAAA-TC-
gi|23                         :                                                    CCCCT-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---ATTGACATTA--TA-----T--T-G-T-T---T-C-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------G---------C------C----------------G-----TC----TG----------------
gi|24                         :                                   tatgtctcccctggaagCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-C-C-G--T--G-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CA------------------T----C
gi|25                         :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-GCAAAGA-G-GCCA--GTATAT-------A--TA-----TAAT-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------C---------C------tgttcatctggccgtctg
gi|26                         :                                                    CTCCC-C----TTT-TCC-T-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGTGAAaggtagcttctcttt
gi|27                         :                                                  GTTTTCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AT-------A--AA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------T----------------G-----TCA---TGCCA-------------T--------C----------TG------------------TCC--CA-CAAAA-TC-cg
gi|28                         :                                                    CTCCC-C----TCT-TCC-A-G----AG-G-------T---AC-------A--CA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------TTGTCCA--TC------------T--G------T---------C------A----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CA------------------T----GA-CAAAG-TT-TTGTG
gi|29                         :                                                       CC-C----TCC-TCC-A-G----GG-A-T-----T---AC-------A--T-------------T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------CC------------T--G------T----------------C----------------A-----T-----------------------T--------T----------TG------------------T----CA-CACAA-TC-TTCTGA
gi|3                          :                                                   TCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TG-----T--T-----T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------C--------C----------TG------------------T----tcgcttctccaact
gi|30                         :                                                 TGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----AG-G-G--A--G---AT-------G--TA-----T--T-A-T-T---T-T-T---------T----------T------------T--------TC------------T--G------T---------A------C----------------G-----TC----TG----------------A--------C----------TG------------------G----TA-GAAGA-TC-TTGTGtcttggccgtctgttctgtcacaaaaaatctggcga
gi|31                         :                                                     TCCC-A----TCT-TCC-A-G----GG-G-A--A--A---CC-------A--TA-----C--T-G-T-T---G-C-T-G--T--G-T----------T------------T--------TC------------T--A------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------AA------------------T----TA-CAAAA-TC-TTGTGtat
gi|32                         :                                                taGTCTCCC-C----T-T-TCC-A-G----TG-G-G--A--G---AT-------A--TA-----T--T-G-T-C---T-T-T-G--T--A-C----------T------------TATTGTTTGTC------------C--G------TCCC------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-C
gi|33                         :                                                                 T-TCC-A-G----GG-A-G--A--A---AT-------G--TA-----T--T-G-TTT---T-T-T-G--T--A-C----------T------------G--------TCT-----------T--G------T---------C------T----------------G-----TC----TGTCAA------------T--------C----------TG------------------T----CA-TGAAA-T
gi|34                         :                                                 tGTCTCGC-A----TCT-TTC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------C--T---------------T---T-C-T-A--TCAA-C---------------------------------C------------T--G------T---------C------C----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------TT------------------T----CA-GAAAA-TC-TTGAGAAgttttg
gi|35                         :                                                       CC-C----CCT-TCC-AAG----GG-G-G--A--G---AC-------A--T---------T-G-T-T---T-T---G--T--A-C----------T------------C--------TCC-----------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TA-TTGTGt
gi|36                         :                                                 tGTCTGCC-C----CTT-TTC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A--TA-----T--TAG-------T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T-------------------------------------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TC------------------T----CA-CAAAA-TC-
gi|37                         :                                                 TGTCTCTC-C----TCT-TCC-A-T----GG-G-G--A--G---ACT------AT-TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-A--T--A-C----------T------------T--------TT------------T--G------T---------C------T----------------G-----Tttgc
gi|38                         :                                                gTGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---------------CA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------TTGG------G---------C------C----------------G-----TC-----G----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCaaaatagtttgtg
gi|39                         :                                                     TCTC-T----TCT-TCC-A-G----AT-G-G--A--G---AC----------CA-----T--T-T-T-T---T-T-C-C--T---------------T------------T--------TC------------C--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------C--------TAAA-------TG------------------T----TA-CAAAA-
gi|4                          :                                                  tatggCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-T-G--A--G---AC-------A--TATTTTTT--T-T-T-T---T-T-T-G--T--A-A----------T------------T--------TCTGTCAGTCTATTT--G------T---------C------T----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------CG------------------T----CA-CAAAC-TC-TTGTGAA
gi|40                         :                                                       CC-C----TCT-TCC-A-G-------------------AC-------A---A----------G-C-T---T-G-T-G--T--A-C----------T------------T--------TT------------C--G------T---------C------C----------------G-----TC----TGTCTG------------T--------C----------TG------------------T----CA-C-ACA-TC-TTGTGAAt
gi|41                         :                                                        C-C----TCT-TCT--------GG-G-T--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-A-T-G--T--A-C----------T------------T----------------------T--A------T---------C------A----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TA------------------T----CA-CAAAA-TC-cgc
gi|42                         :                                            ttatATGTCTCCC-T----TCA-TTC-A-A----GG-G-G--A--C---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---A-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------T------G----------------G-----TT----TG----------------T--------C----------GG------------------T----CA-CAAtttg
gi|43                         :                                                ATGTCTCCC-T----TCT-TCC-A-G----GGAG-G--A--G---A-----------------------------------T-G--T--A-T----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----CT----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGTG
gi|44                         :                                               tATGTCTCCC-C----TCT-TCT-A-G----GG-G-G--A--GAA-AG-------A--CA-----T--T-G---A---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T------------------------------------------------------------------------TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-C-AAA-TC-TTGT
gi|45                         :                                                   TCTCTC-A----TCC-TCC-A-A----GG-G-C--A--G---AC-------A--TA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------A------------T--------TT------------T-------------------------------------------G-----CC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGT
gi|46                         :                                                                        -G----GG-G-G--A--A---AC-------A--T---------T-G-C-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------A---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------
gi|47                         :                                                      CCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G----A--G---AC-------A---A-----T--A-G-T-A---------G--C--A-C----------T------------T--------TC------------T--T------G---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCcatgcgaatctgtaacaaatcttgt
gi|48                         :                                                cTGTTTCCC-T----TCT-TTC-A-G----TG-G-G--A------------------TA-----T--T---T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T--------------------------------------------------------------------------------------------G----------------T--------T----------TG------------------T----CA-CAACA-TC-TTGTGtgc
gi|49                         :                                         ttgattgATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-G--A--G---AC------------------------------------------A-C----------T------------T--------TC------------T--G------G---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TT-TCGTGA
gi|5                          :                                                  GTCTCCC-C----TCT--CC-A-G----GG-G-G--A--G---AC-------A------------T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--GT-----T---------C------C----------------G-----TC----TGCCTGTTCTGGCCGTGTC--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TGGCGA
gi|50                         :                                                ATGTCTCTC-C----T---TCC-A-G----GG-G-------G---AC-------A--TA-----------------------------------------------------------------TC------------T--G------T---------C------A----------------G-----TC----TC----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGTGAA
gi|51                         :                                                          t----TCT-TCC-A-G----GG-GAG--ATTG---AC-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------G---------C------C----------------G-----T-------------------------------------------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGc
gi|52                         :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-G----GG-G-C--A--G---AC-------A--T---------T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--A------T---------C------C----------------G-----TC----CG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-
gi|53                         :                                                      CCC-C----TCT-TCC-A-G----GA-G-G--A--G---AC-------A--CG-----T--T-G-C-T---T-T---G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------A----------TG------------------T----CG-C
gi|54                         :                                                                                                     ca--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------A-----TC----TG----------------T--------CGGTGTGTCGTTG------------------T----CA-CAAAA-TC-CCGTGAta
gi|55                         :                                                  GTCTCCC-CCTCTTCC-TCC-A-G----GG------A--A---AC-------A--T------T--T-T-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------T--------t
gi|56                         :                                                 TGTCTCCC-C----CAT-TCC-T-G----GG-A-G--A--G---AC-------A--T---------T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-T----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------T----------------G-----TC----
gi|57                         :                                                ATGTCTGCC-C----TCT-TCC-A-G----GA-G-G--A--G---ACCTGT---A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--A-C----------C------------T--------TC------------T--
gi|58                         :                                                                                                                              -T-T-G--T--A-C----------T------------A--------TC------------T--G------T---------C------C----------------G-----TC----TG----------------TGCTAC---T----------TG------------------T----CA-CAAAA-TCTTCGTGA
gi|59                         :                                              tgATGCCTCCC-C----TCT-TTC-A-G----GG-G-G--A--G---AT-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-C-A--T--A-C----------T------------
gi|6                          :                                               tATGTCTCCC-C----TCT-TCC-A-A----AG-G-G--A--G---AT-------G--CA-----T--T-A-T-T---T-T-G-G--T----T----------T------------T--------TT------------T--T------T---------CCTGCGAC----------------G-----TC----TG----------------A--------C----------TA------------------G----TA-CAGAA-TC-TTGTGAA
gi|60                         :                                             tctATGTCTCCC-C----TCT-T-C-A-G----GG-G-G--A--G---A--------A--TA-----T--T-G---T---T-T-T-G--T--A-C----------T------------T--------c
gi|61                         :                                                ATGTCTCCC-C----TCT-TCCTA-G----GG-G-G--A--G---AC-------AGTTAT----T--T-G-T-T---T-
gi|62                         :                                                                                                                                                                                                                     t----------------G-----TC----TG----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TTGT
gi|7                          :                                          taatttatGTCTCCC-T----GCT-TCA-A-AC---GG-A-A--A--G---AC-----------A-----T--T-A-A-T---T-T-T-G-----A-C----------T------------T--------TC------------T--GCCAA--T---------C------C----------------A-----TC-----G----------------T--------C----------TG------------------T-------CAAAA-TT-TC-TGAAag
gi|8                          :                                                actttaaCC-C----TCT-TCC-A-G----TG------A--G---AT-------A--CA-----T--T-G-T-T---T-T-T-G--T--C-C----------T------------T--------TC------------T--G------T---------C------CATCTATCAGGTTGTCGG-----TC----TG----------------T--------C----------CG------------------T----CA-CCAAA-TA-TTGTGAcacg
gi|9                          :                                                ATGT-TCCC-G----TCTACCC-A-G----GG-G-G--A--G---GA-------A--TA-----T--T-G-T-T---T-T-TTG--T--AGC----------T------------T--------TC------------T--G------T---------TTCG---C----------------G-----TC-----G----------------T--------C----------TG------------------T----CA-CAAAA-TC-TCGCGA