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Reference ( gi|13 )           :                           TCAATTATTCTGT--CTAAATCA--TCGTTCCC--A---------T-AA-CTCTTTGTT-A--AGTCT--T--------GTAT----TATA-T-TATTC---G-C--A-T-C-GA--A-T----G-TT--TA--T--TT-T--A-T--T-CAAA--T-G--T----G---TT-TTC-CTCTCCTAA-TTTTAAA
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Unaligned ( gi|28 ): CTATTCTGTTCCTTAAAAAAAAAAAACCTTTCATT






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Reference ( family-1200 )     :                           TCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-CTCTTTGTT-A--AGTCT----T----AT-A--T----TATAT-TAT---T-C---ACA-T-C-GA--A-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-C----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTTAAA
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gi|16                         :                          gTCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--CCATTC-----TC--AATTTCTCATT-AA-CTTT---TT-A--AGTCT----A----AT-A-------TATAT-TAT---TCC---AAA-T-G-AA--A-T----G---TT--TA--T--Tttactgggaaaa
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gi|19                         :        tattttctttacccttctaaatttTATTGCAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CCCTA---------T-AA-CTCTTTGTT-A--AGTCT----T----GT-G--T-----ATAT-TAA---T-C---ACA-T-C-AA--A-C----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAAATCTA-T-G-A----GTT--T-TTC-CTCTCC
gi|2                          :                         aaTCAATTATTCTATATCTAAATCAA--CCA-TC-----CC--A---------T-AC-CTCTTTGTT-A--AGTTTGAGCT----AT-A--G----TA----TAT---T-C---ACA-TGC-GA--A-T----G---TT--TA--TTATT-T--T--T--T-CAA----T-G-G-C----G-T--TCTTC-TTTTCCTAA-TTTTA
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gi|21                         :                                                C-A--TCATTTTAATACC--A---------T-AA-CTCATTGA--A--AGTCT----T----AT-G----------GT-TAT---T-C---ACA-T-T-CA--A-T--------TT--T---C--TT-T--T--T--T-C----------G-C----A-T--T-TTC-ATTTCCTAA-TTTTA
gi|22                         :                          ttctctttatgTAT--CTAAATC-A--CCATTC-----TC--G---------T-AA-CTTTCTA---A--AGTCT----T----AT-A--T-----ATAT-TAT---T-C---AAA-T-G-AA--A-T----G---TT--TA--T--TT-C--T--T--T-AAA----A-TGG-T----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TCTtaa
gi|23                         :                                   TCTAT--CTAAATC-G--T-ATTA-----CC--A---------T-AA-CT--------------------T----AT-G--C-----ATAT-TAT---T-C---ACA-T-C-AA--A-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--TTAT-CAA----A-C-G-T----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-
gi|24                         :                                                                                      TTTGTA-A--AGTCT----C----GT-G--T-----ATAT-TAT---T-C---ACA-T-T-GA--A-TATATG---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-CATTAA-T--T-TTC-CTCT
gi|25                         :                                                                                                                    t----TATAT-TAT---T-C---ACA-T-T-GG--AGT----G---TT--TA--T--CT-A--T--T--T-CAA----A-T-GGC----GCT--T-TTC-CTCTCCTAATTTTTAAAtaaaatgcgcaa
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Unaligned ( gi|28 ): CTATTCTGTTCCTTAAAAAAAAAAAACCTTTCATT






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lowQualScore                  :                                        66       7 44      33333  44 000000000 5  7     1   7 66    7  2222  99999999999   6 2 22  888 6 888   5 5 5  00 5 1111 666  00  66 55  5 22 11 11 6   4444 7 7 3 777777 33 7   7         8       
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Reference ( family-1200 )     :                           TCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-CTCTTTGTT-A--AGTC-TT----AT--G--T----TATA-T-T--AT---T-C---ACA-T-C-GA--A-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-C----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTTAAA
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gi|10                         :      attttctttaaccttctagaatttATTATTCTAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-ATTTTTGTA-A--AGTC-TC----AT--G-------TACA-T-T--AT---T-CACTACA-T-C-GAATA-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-C----A-C--T-TTC-TTCTCCTAA-TTTTAAAttactagggaaaa
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gi|15                         :                                             AATC-A--TCATTC-----CC--G---------TTAA-CTCTTTGTC-ATTAGTC-TC----AT--G--C-----ATA-T-C--AT---T-C---ACA-T-T-GA--A-T----G---TT--TA--T--TT-TT-T--T--T-CAA----A-A-G-T----G-T--T-TTC-ATTTCCTAA-TTTTAtaattggg
gi|16                         :                          gTCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--CCATTC-----TC--AATTTCTCATT-AA-CTTT---TT-A--AGTC-TA----AT--A-------TATA-T-T--AT---TCC---AAA-T-G-AA--A-T----G---TT--TA--T--Tttactgggaaaa
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gi|18                         :     attttctttaccttctaaatttTCAATTATTCTAT--TTTAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-CTCT---TT-A--ATTC-TT----AG--A--T----TAT--T-C--AT---T-C---ACA-A-CTGA--A-T----A---TC--TT--T--TT-T--A--T--T-CAA----aaaaactt
gi|19                         :        tattttctttacccttctaaatttTATTGCAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CCCTA---------T-AA-CTCTTTGTT-A--AGTC-TT----GT--G--T-----ATA-T-T--AA---T-C---ACA-T-C-AA--A-C----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAAATCTA-T-G-A----GTT--T-TTC-CTCTCC
gi|2                          :                         aaTCAATTATTCTATATCTAAATCAA--CCA-TC-----CC--A---------T-AC-CTCTTTGTT-A--AGTT-TG----A---G--C----TATAGTAT--AT---T-C---ACA-TGC-GA--A-T----G---TT--TA--TTATT-T--T--T--T-CAA----T-G-G-C----G-T--TCTTC-TTTTCCTAA-TTTTA
gi|20                         :    tattttcctttaaccttctaatttCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-CCCTTTGTT-A--AGTC-TT----GT--G---------TA-T-TACAT---T-C---AGA-T-C-AA--A-T----G---CT--TA--T--TT-T--T--T-----AA----A-T-G-C----G-T--T-TTC-CTCTCCT-A-TTTTttattgggaaagatgc
gi|21                         :                                                C-A--TCATTTTAATACC--A---------T-AA-CTCATTGA--A--AGTC-TT----AT--G----------G-T-T--AT---T-C---ACA-T-T-CA--A-T--------TT--T---C--TT-T--T--T--T-C----------G-C----A-T--T-TTC-ATTTCCTAA-TTTTA
gi|22                         :                          ttctctttatgTAT--CTAAATC-A--CCATTC-----TC--G---------T-AA-CTTTCTA---A--AGTC-TT----AT--A--T-----ATA-T-T--AT---T-C---AAA-T-G-AA--A-T----G---TT--TA--T--TT-C--T--T--T-AAA----A-TGG-T----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TCTtaa
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Reference ( family-1200 )     :                           TCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-CTCTTTGTT-A--AGTC-TT----AT--G----NTATA-T---T--AT---T-C---ACA-T-C-GA--A-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-C----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTTAAA
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lowQualScore                  :                                        66       7 44      33333  44 000000000 5  7     1   7 66    7 5555 2222  55555555     888 88  888 6 888   5 5 5  00 5 1111 666  00  00 55  5 77 11 11 6   4444 7 7 3 777777 33 7   7         8       
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Reference ( family-1200 )     :                           TCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-CTCTTTGTT-A--AGTC-T----T----AT--G----GTATAT---T--AT---T-C---ACA-T-C-GA--A-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-C----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTTAAA
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gi|20                         :    tattttcctttaaccttctaatttCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-CCCTTTGTT-A--AGTC-T----T-------------GTGTAT---TACAT---T-C---AGA-T-C-AA--A-T----G---CT--TA--T--TT-T--T--T-----AA----A-T-G-C----G-T--T-TTC-CTCTCCT-A-TTTTttattgggaaagatgc
gi|21                         :                                                C-A--TCATTTTAATACC--A---------T-AA-CTCATTGA--A--AGTC-T----T----AT--G----GT-------T--AT---T-C---ACA-T-T-CA--A-T--------TT--T---C--TT-T--T--T--T-C----------G-C----A-T--T-TTC-ATTTCCTAA-TTTTA
gi|22                         :                          ttctctttatgTAT--CTAAATC-A--CCATTC-----TC--G---------T-AA-CTTTCTA---A--AGTC-T----T----AT--A-----TATAT---T--AT---T-C---AAA-T-G-AA--A-T----G---TT--TA--T--TT-C--T--T--T-AAA----A-TGG-T----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TCTtaa
gi|23                         :                                   TCTAT--CTAAATC-G--T-ATTA-----CC--A---------T-AA-CT---------------------T----AT--G-----CATAT---T--AT---T-C---ACA-T-C-AA--A-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--TTAT-CAA----A-C-G-T----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-
gi|24                         :                                                                                      TTTGTA-A--AGTC-T----C----GT--G-----TATAT---T--AT---T-C---ACA-T-T-GA--A-TATATG---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-CATTAA-T--T-TTC-CTCT
gi|25                         :                                                                                                                   t----GTATAT---T--AT---T-C---ACA-T-T-GG--AGT----G---TT--TA--T--CT-A--T--T--T-CAA----A-T-GGC----GCT--T-TTC-CTCTCCTAATTTTTAAAtaaaatgcgcaa
gi|26                         :                                                                                                                                                  -T-C-AA--A-T----G---TT--TA--T--TT-TT-T--T--T-CAA----A-T-G-T----G-T--T-TTT-ATTTCTTAA-TTTTAatgggaaaa
gi|27                         :                                                                                                                                                  -T-C-AA--A-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--T---A----A-T-G-C----G-T--T-TTC-ATTTCCTAA-ttgttgggaaagatgc
gi|3                          :                           TCAATTGTTCTAT--CTAAATC-A--CCATTC-----CG--A---------T-AA-CTCTTTGTT-A--AGTC-T----T----AT--GTACCGTATAT---T---T---T-C---ACA-T-C-AA--A-T----G---TTGATATTT--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-C----A-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTTAAA
gi|4                          :  tattttctttaaccttctaaaatttTTAATTATTCTAT--CTTAATT-C--TCATT------CC--A---------C-AA-CTCTTTGTC-ACTAGTC-C----TG---AT-------GTATAT---T--AT---------ACC-T-C-GA--A-T----G---CT--TT--T--TT-TTAT--T--T-CAA----C-T-GCC----G-T--T-TTCAATTTTCTCA-TTCTAtgggaa
gi|5                          :   ttattttctttaagcttctaatatTCAATTATTCTAT--CTACATC-A--TCATTC-----CC--A---------TAAA-ATCTTTGTT-A--AACT-T----T----AT-------GTATAT---T--AC---T-T---ACA-T-C--A--A-T----G---TT--TA--T--TTAT--T--T--T-CAA----A-T-G-T----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTTAttattgggaaaa
gi|6                          :     attttctttaacctaaaggtttTCAATTATTTTAT--CTATTTC-A--ACATTC-----CC--A---------T-A--CTCTTGGTT-A--AGTC-T----T----AT--G----G-ATAT---T--AT---T-C---ACA-T-C-GA--A-T----G---TT--TA--T--TT-A--T--T----CAA----A-T-G-C----T-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTTAttattgggaaaaatgc
gi|7                          : ttattttctttaaccttctaaaatttTCAATT-TTCTAT--CTAAATA-A---CATTC-----CC--A---------T-AA-CTCTTTGTTCA--AG---T----T----AT--GAC--GTATAA---T--AT---T-C---ACACT-C-G---A-T----G---TT--TA--TA-TT-T--T--A--T-CAG----ACT-G-C----G-T--T-TT--CTTTCCTAA-TTTttggaaag
gi|8                          :      attctttaacctctaatatttTCAAT-ATT-TAT--CTTAATC-A--TC-TTC-----CC--A---------T-AAACTCTT-----A--ATTC-T----T----A---G----ATATAT---C--AT---T-C---ACA-C-C-GA--A-T----A---TT--TT--T--TT-T--TTAT--T-CAA----A-T-A-C----T-TTCT-TCC-CTTTCCTAA-TTTatcatttggga
gi|9                          :  tatttttctttacccttctaaatttTCAATTATTCTAT--CTTAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-CACT---TT-A--ATTCTT----T----ATA-G----GTATAT---T--AT---T-C---ACA-C-T-AA--A-T----G---TT--TA--T--TT-T--T--T--TACAA----A-T-A-C----T-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTatatattgg


blockSeqs                     :                                        AT       A AT      TAATA  CT ATTTCTCAT T  A         C TT    T GAGC G     GTACCG       .   AC  .   C ACT   C G T  AT G ATAT ATC  GA  AT TA  A TA TA TA A   ATCT C G G ATTAA  TC C   A         T
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         A  .         . CT    . .    .     TAGA         .   C   .   . .     . . .  .  . .    .    .   TT A   . T  .  .  .   .    . . C GT     .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     GACG         .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   T  .   . .  .  .  .   .    . . . GC     .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     AGG          .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   T  .   . .  .  .  .   .    . . . A      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     AT           .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . T      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     AG           .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     GA           .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     GA           .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     AG           .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     GG           .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     GG           .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     GA           .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . A      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     A            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . A      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     A            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                        .        . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . T      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                                 . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . G      .  .   .         .
blockSeqs                     :                                                 . .       .      .  .         .  .         . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . T      .  .   .          
blockSeqs                     :                                                                                            . .     . .    .     G            .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .    . . . T      .  .   .          
blockSeqs                     :                                                                                                                              .   .   .   . .     . . .  .  . .    .    .   .  .   . .  .  .  .   .                                   
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Unaligned ( gi|28 ): CTATTCTGTTCCTTAAAAAAAAAAAACCTTTCATT






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Reference ( family-1200 )     :                           TCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-C-TCTTTGTT-A--AGTC-TT--------------AT-----GT-ATA-T-T-ATT-C---ACA-T-C-GA----A-TG---TT--TA--T--TT-T--T--T--T-CAA----A-T-G-C----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TTTTAAA
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gi|15                         :                                             AATC-A--TCATTC-----CC--G---------TTAA-C-TCTTTGTC-ATTAGTC-TC--------------AT-----GC-ATA-T-C-ATT-C---ACA-T-T-GA----A-TG---TT--TAT-T--TT-T--T--T--T-CAA----A-A-G-T----G-T--T-TTC-ATTTCCTAA-TTTTAtaattggg
gi|16                         :                          gTCAATTATTCTAT--CTAAATC-A--CCATTC-----TC--AATTTCTCATT-AA-C-TTT---TT-A--AGTC-TA--------------AT-----AT-ATA-T-T-ATTCC---AAA-T-G-AA----A-TG---TT--TA--T--Tttactgggaaaa
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gi|18                         :     attttctttaccttctaaatttTCAATTATTCTAT--TTTAATC-A--TCATTC-----CC--A---------T-AA-C-TCT---TT-A--ATTC-TT--------------AG-----AT--TA-T-TCATT-C---ACA-A-CTGA----A-TA---TC--TT--T--TT-T--A--T--T-CAA----aaaaactt
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gi|2                          :                         aaTCAATTATTCTATATCTAAATCAA--CCA-TC-----CC--A---------T-AC-C-TCTTTGTT-A--AGTT-TG--------------AG-----CT-ATAGTAT-ATT-C---ACA-TGC-GA----A-TG---TT--TA--TTATT-T--T--T--T-CAA----T-G-G-C----G-T--TCTTC-TTTTCCTAA-TTTTA
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gi|21                         :                                                C-A--TCATTTTAATACC--A---------T-AA-C-TCATTGA--A--AGTC-TT--------------AT-----G----G-T-T-ATT-C---ACA-T-T-CA----A-T----TT--T---C--TT-T--T--T--T-C----------G-C----A-T--T-TTC-ATTTCCTAA-TTTTA
gi|22                         :                          ttctctttatgTAT--CTAAATC-A--CCATTC-----TC--G---------T-AA-C-TTTCTA---A--AGTC-TT--------------AT-----AT-ATA-T-T-ATT-C---AAA-T-G-AA----A-TG---TT--TA--T--TT-C--T--T--T-AAA----A-TGG-T----G-T--T-TTC-CTTTCCTAA-TCTtaa
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): CTATTCTGTTCCTTAAAAAAAAAAAACCTTTCATT