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Reference ( gi|1 ) : TGACACAC-CAGA-G-G--G--GATCAGGTGCCTAG--AGAGGAG--TAAG--CA--T-CC----CCTGTT-GACCGGT--C--A---C--CT-G--CCGT-GAG-----C-----C-ATA--G-T--CTT----------GAT-CAG--GGAAACGGAA-CAATCCGT-AGTC--GAAT-CAGTGTGT---------GA---AAA-CCGGCTTAACAA--TGGCTAT-----------GA-AA---CAT-----------------T-------CA-A-TGA--A-CG-TCA-TG--TTG-GTAAACTA---AATTG-TT--AT--AG-CGAC--CAT--TA--------A--TT---ACGAA--AT----GC-TGC----CTTTAAAC-GTG-ACTGTT---------GAA-A--CGC----C-TG-------CA---ACAACAACTTGTCTGT-AAGTAGCTTGCC-TCG-----A-TTA-AAAAAAC--TGA-T-CATAC--ACAGAACAAGCTCTTGTG-TATCGAATAAGT-TAGAGACA-TAC-ACA-CATATGTGATTCAATATATCCCAACGAACTAGAAATAAGGACATCACAGAGTCTTCCATGTCTGCTTCGTACTTGATATTTTATTGAACATTGACATAA--CGGCAAAC----TAACTACT--CAACTTTATG-CAAACGGGACG-AATTCAGCTTCTCCATCGTCAACTTCCCATA------TTTGTGTAGCAATATTC-CATCATCACCTGC-AT-A-TG----TTGTT-ATGTCTCTCAACTTATTCGATACGCAAGAGCTTGTTC--TGCGTAT-A-ATCGG-TTT--TG---AATCGAGGCAAGCTACTT-ACAGACAA---GTTGTTG---T---TG-------CATG-GGT-TTC---------AACAGT-C-AC-GTTTAAAG----GCA-GC----AT--TTCGT-A--A-ATT-CT-----ATG-----GTCG-TT--AT--AA-CAATT---TAGTTTAC-CAAT---A-TGA-CCT----A-TCA-T--TGAGT-CAAATGCT-GTCTGAT-TTGTTTCATAACCA--TTGTTAAG-CCG--TTT--------------T--C---------ACAC-ACTG-AT-TT-G-A-CT-ACGGGCTG-TTCCG--TTTACCTG-ATC----------AA-------------GA-C--T---A-T-G--GGCT----C-AC----GG--CGGG-TGT-GAA---C---G-GTCAACAGG----GG-A--T-G--CTTA--C-TCCTC---CTAG-GCACCTGATC--CCACC-TC--TGCTGCATCCAG-G----GGTCC-GTGATTGCC-CAA-C------TCTT-GT--T--T-TTT-----GT-A-TT--AT------A-T-T--TA--GG--A---C----TTAC--GA-G---A-T-T-GATCACT-------GTT-CGTTAT--CTTTGCCT-TTACAT
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gi|9 : TCAACTTCCCATACATGTATTTATGAAGCAACATTC-CATTATCGCCTGC-AT-A-TG----GTGTTTATGTTTCTCCACTGATTCGATACGCAAGAGCTTGTTC--CTCGTAT-G-ATCAG-TTT--TTTTTAATTAAGACAGGCTACTG-ACAAACAA---GTTGATG---T---TA-------CAGG-GGT-TTC---------AACAGC-T-AC-GTTTAAAG----TCA-GC----AT--TTTGC-A--A-ATG-CT-----ATG-----GTCG-TT--AT--AA-CGATC---TA
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Reference ( family-1154 ) : NGACACACCAGAGGGGATCAGGCGCCTAGAGAGGAGTAAGCATCCCNTGTTGACCGGTCACCTGCCGTGAGCCACAGATNTTGATCANGNAAGCGGAACAATCCGTAGTCGAATCAGTGTGTGAAAACCGGCTTAACAATGGCTATGAAACATACTCAATGACANGTCANNATTGGTAAACTAAATCGTTAT--AACGAC--CATTA----ATTA---CGAA--AT----GCTGA----CTTTAAACGTGACTGTT---------GAA-ACCCC-TG-------CA---ACATCAACTTATCTGTNA-GTAGCTTGCC-TCGATTAAAAAAAC-CGATCATACGC--GGAACAAG-TNTCGCG-TATGGAATAAGTTAGAGACATACACANNTATGTNATTCAATATGTCCCAACGAGNTGGGAATAAGGACATCACAGAGTCTTCCATGTCTGCTTCGTACTTGATATTTTATTGAACATTNACATAATACGGCAAACACATTAACTACTATCAACTTTATGACAAACGGGACG-AATTCAGCTTCT-C-ATCGTCAACTTCCCATA------TTTATGTAGCAACATTCCATCATCACCTGCA-TA-TGTTGTT-ATGTCTCTCAACT-ATTCGATACGCAAGAGCTTGTTCTGCGTATG-ATCNGTTTTN---AATCGAGGCAGGCTACTGAC--AGACA------AGTTGATGTTA-CAGGGGTTTCAACAGT-CNC-GTTTAAAGTCA-GCATTTCGT-AA-ATT-CT-----ATGGTCG-TTAT--AA-CGATT---TAGTTTAC-CAATAC--GA-CCTA-TCA---C-TGAGT-CAAATGCT-GTCTGAT--T-GTTTCATAACNA--TTGTTAGG-CCG--TTT--------------T--C---------ACAC-ACTG-AT-TT-G-A-CT-ACGGATTG-TTCCG--TTTACCTG-ATC----------AAG-------------AC--T---A-T-G--GGCT----C-AC----GG--CGGG-TGT-GA---CC---G-GTC-AACAGG----GG-A--T-G--CTTA--C-TCCTC---CTAG-GCACCTGATCCCAC-C-TC--TG-GTGTGTCCAG-GGGTCCGTGTT---TGCC-CA-A-CTCTT-GT-T--T--T-TT-----GT-ATTC--TA-TT--TAGG--A---C----TTACGA-G---A-TT-GATCACT-------GTT-CGTTAT---CTTCGCCT-TTTCAT
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gi|60 : --CGGG-TGT-GA---C----G-GTA-AACAAA----GA-A--T-G--CTTA--C-TCCTC---tttcgtttatggatttctcagatgggatcgctggttttttactttgtttgc
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gi|4 : --TG-GAATATCCAG-GGGTCCGTGTT---------A-A-TT--T-GCAT--T--T-TT-----GT-AC------------AGG--A-------------------A-TT-GTTCACT-------GTT-CGTTAT---CTTCACGT-TTTCtc
gi|40 : --T-TT-----GT-TTTC--AG-TA--TAGG--A---T----TTATAA-C---A-TT-GATCACT-------GGT-CATTAT---CTGCACCT-TTTCtaatataaaatgaccggagagttcctcttacaatttatacagaaatcaaatcatttttggaggatgtcacgtggtgtcctgtaaatgtaagtccaaatatgggcaaaataaaaagacgttttctcgacaccccctaatttccagaactcctcttatatatgtttacaacagctatataatcttttggaacgttattggcgatgtcttgcagatgtgcaataggtttcagcttttttcattttcaccctgggaaacaaatgaagtggacggttcgag
gi|41 : tctcctaaTTTCAAAATT-TCC-GTTTAAGGTTT-GCACTTC-T-CC-ATTACT-----ATAGTTG-TTAT--AA-CGATC---TAGTTT
gi|42 : --T--T-TT-----GT-GTTC--CC-TA--TAGG--A---CGGGGT---GA-A---ACTT-GATTACT-------GTT-CGTTAT---CCTCACCT-TTTC
gi|43 : --T-TT-----GT-GTTC--CC-TA--TAGG--A---CGGGGT---GA-A---ACTT-GATTACT-------GTT-CGTTAT---CCTCACCT-TTTCA
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gi|45 : -TT-----GT-ATTCCGTA-CT----GG--A---C----TTATGA-G---A-CT-GATTGTT-------GTT-CGTTAT---TTTAACCT-TTTTAT
gi|46 : T--TAGT--A---C----TTGCGC-G---A-TT-GATCACTC------GTC-CGTTATAAATTTC-CCT-TT
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gi|48 : TCA---TGAAGNAT----GCTGA----ATTTAAACGTGACTTTT---------GAA-ACCCA-TT-------CA---A-ACCAACT
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gi|50 : --TAGT--A---G----TTATGA-G---A-TT-GATCACT-------GTT-TGTTGT---CTTTACCT-aaaaatgtc
gi|51 : tttaaattta--TAGGGTA---T----TTATGA-G---A-TT-GATCACA-------GTT-CGTTGT---CTTGACTT-TTTTAT
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blockSeqs : . TTTC . . AA T . . C . TG ATTCGTCA T CTA . . . G . . . A . . . A T G . . . . . C T . C TT A G . T . A . . C . . GT . . . . . . A TC G . . . . TG C G . T TACT T T T . TTAGA G ATGTCACATCGTAT T . A GG . . . . . . ACCT . TA . A . . . G . . TCTTA . . . . . . . . . . A C C . T . T . G A . . AA C AGT . A . . . CCGTACT . CGGGG A C . . C . C . . G .
blockSeqs : . . A T . . C . CA TCTGTAAA . AT . . . . . . . . C . T A G G . T . A . . C . . GC . . . . . . G TT G . . . . C C T . A CAT A T A . GTAGA A TAGT C . T C . . . . . . GTG . T . . . . . G . . CC . . . . . . . . . . G C C . . . G . G T . . T C GCA . C . . . CTATTT . TACC T C . . C . . . . G .
blockSeqs : . . . T . TA A . . A T G C . C . A . . T . . CA . . . . . . G TC C . . . . C G A . T TG A T A . TAAG G TCG A . T G . . . . . . TTG . T . . . . . G . . AC . . . . . . . . . . G C C . . . G . C T . . A C AA . A . . . CCATA . T T C . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . CA A A G . C . . . . C . . GC . . . . . . G T . . C A C . . T C . . . TGG G TC C . C G . . . . . . AC . T . . . . . G . . CC . . . . . . . . . . T A C . . . G . G T . . A T GT . . . . . GTATT . C T T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC C . T G . . . . . . AC . T . . . . . A . . AC . . . . . . . . . . A C C . . . G . A A . . C T AA . . . . . TTATT . C T T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . T A . . . . . . AC . T . . . . . A . . CC . . . . . . . . . . A C C . . . G . G T . . A T AA . . . . . TTGTT . T T C . . . . . . . G .
blockSeqs : . . C . . . . . . TC . T . . . . . G . . CC . . . . . . . . . . G C C . . . G . G T . . A C TT . . . . . CCATA . G A T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . AA . G . . . . . G . . CC . . . . . . . . . . A C C . . . T . G T . . A G CT . . . . . ATTTA . T T G . . . . . . . A .
blockSeqs : . . AC . T . . . . . A . . AC . . . . . . . . . . A T . . . . G . A T . . T C GT . . . . . TGTTA . T A T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . A . T . . . . . G . . CC . . . . . . . . . . A . . . . . G . G G . . A C AT . . . . . CTTTA . C C G . . . . . . . A .
blockSeqs : . . A . G . . . . . C . . TA . . . . . . . . . . G . . . . . G . A T . . T C GA . . . . . CACTA . T C T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . C . A T . . G C AA . . . . . CTGTT . T T T . . . . . . . G .
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blockSeqs : . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . A T . . T C GG . . . . . CCCTA . T T C . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A T . . A C GT . . . . . CCCTA . C T T . . . . . . . A .
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blockSeqs : . G T . . . . A . . . . . TTATT . A T T . . . . . . . A .
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1154 ) : NGACACACCAGAGGGGATCAGGCGCCTAGAGAGGAGTAAGCATCCCNTGTTGACCGGTCANCTGCCGTGAGCCACAGATNTTGATCANGNAAGCGGAACAATCCGTAGTCGAATCAGTGTGTGAAAACCGGCTTAACAATGGCTATGAAACATACTCAATGACANGTCANNATTGGTAGACTAAATTGTTATCCGGCGAC--CATTA----ATT---ACGAA--AT----GCTG----NCTTTAAACGTGACTGTT---------GAA-ACCCC-TG-------CA---ACATCAACTTATCTGT-NAGTAGCTTGCC-TCGATTAAAAAAAC-CGATCATACG--CGGAACAA-G-TNTCGCG-TATGGAATAAGTTAGAGACATACACANNTATGTGATTCANTATGTCCCAACGAGNTGGGAATAAGGACATCACAGAGTCTTCCATGTCTGCTTCGTACTTGATATTTTATTGAACATTNACATAATACGGCAAACACATTAACTACTATCAACTTTATGACAAACGGGACG-AATTCAGCTTCT-C-ATCGTCAACTTCCCATA------TTTATGTAGCAACATTCCATCATCACCTGCA-TA-TGTTGTT-ATGTCTCTCAACT-ATTCGATACGCAAGAGCTTGTTCTGCGTATG-ATCNGTTTTN---AATCGAGGCAGGCTACTGAC--AGACA------AGTTGATGTTAC-AGGGGTTTCAACAGTCN-CG-TTTAAAGTCA-GCATTTCGT-AA-ATT-CT-----ATGGTCG-TTAT--AA-CGATT---TAGTTTAC-CAATAC--GA-CCTA-TCAC-T---GAGT-CAAATGCT-GTCTGACG-T-GTTTCATAACNA--TTGTTAGG-CCG--TTT--------------T--C---------ACAC-ACTG-AT-TT-G-A-CT-ACGGATTGTT-CCG--TTTACCTG-ATC----------AAG-------------AC--T---A-T-G--GGCT----CA-C----GG--CGGG-TGT-GA---CC---G-GTC-AACAGG----GG-A--T-G--CTTA--C-TCCTC---CTAG-GCACCTGATCCCAC-C-T-C--TG-GTGTGTCCAG-GGGTCCGTGTT---TGCC-CA-A-CTCTT-GT-T--T--T-TT-----GT-ATTC--TA-TT--TAGG--A---C----TTACGA-G---A-TT-GATCACT-------GTT-CGTTAT---CTTCGCCT-TTTCAT
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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