lowQualScore                  :                         22                           11                 1        22222                  
lowQualScore                  :                      8  44   1        8 66 7   5555  66      33 5555 2  0    2 5 55555  2   555         
lowQualScore                  :                      .  ..   .        . .. .   ....  ..      .. .... .  .    . . .....  .   ...         
lowQualScore                  :                      0  88   7        9 11 2   0000  22      44 3333 5  0    5 0 55555  5   777         
consensus                     :                 AGATG-TGTATATTAAAACATT-T--GCCTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-TGAC-T-T---TGTC-AGT--GTTCTAGTAT
Reference ( gi|4 )            :                 AGATG-TG-ATATTAAAACATT-T--GTCTC----AGCCGGGCCC--T----T-GC-TGAC-T-T---AATC-AGT--ATTCTAGTAT
gi|3                          :                 AGATGGTGTACATTAAAACATT-T--G-CTC----AGTGGGGCCC--T----T-GCTTGACTT-T---GTTC-AGT--GTTCTAG
gi|2                          :         accatagcAGATG-TGTATATTAAAACATG-T--GCCTC----AG-CGGGCTC--T----T-CCTTGAA-A-T---TGTC-GGT--GTTCTAGT
gi|5                          :     ttgtttatcaccAGATG-TG--TAATTAAACATTAT--GGCTA----AG-CGGGGCC--T----T-GCTTGAC-T-T---TGTC-AGT--GTTCCAGttc
gi|9                          :               gcAGATG-TGTATATCAAAACATT-T--GCCTC----AG
gi|6                          : tcaccatatgcagaatgccTG-T--ATAT-AAAACATT-T--GCCTC----AGC--GGCCC--T----T-GC-TGAC-TAT---TGTC-AGTCAAT--TAGTATtggga
gi|1                          :                            gtTAAAACATTATAAGCCTC----AGCGGGGCCCAAT----T-GC-GGAC-T-T---TGTCAAGT--GTTCTAGata
gi|8                          :    atcacctattatgagaatgtgtacaaggAAACATT-T--GCCTC----AGCGGAGCCC--T----T-GC-TGAA-T-TGTCGATC-AGT--GTTCTAGT
gi|7                          :                                 AACATT-T--GCCTCTATCAGTGGGGCCC--T----TTGCATGAC-TGT---TGTC-AGT--GTTCTAGTtat
gi|13                         :                                       -T--GCCTC----AAC-GGGCCC--T----T-GC-TGAC-T-T---TGTC-AGT--GTTCTAGTt
gi|17                         :                                            TCTC----AGCTGGGCTG--T----T-GC-TGAC-T-T---TTTC-AGT--ATTCTAGt
gi|12                         :                                            TCTC----AGCGGGACCC--A----T-GC-TGGC-T-T---TGTC-AGT--ACTCTAGTAT
gi|14                         :                                             CTC----AGC-GGGTCC--T----T-GC-TGAC-T-T---TGTC-AGT--GTTCTAGTacc
gi|19                         :                                            cCTC----AGCAGGGCCC--T----T-GC-TAAC-T-T---TGTC-AGT--ATTCTtt
gi|18                         :                                             CTC----AGCGGGGCCC--TAAATT-GC-TGAC-T-T---TGTC-AGT--GTTga
gi|16                         :                                             cTC----AGTGGGACCC--T----T-GC-TGAC-T-T---TAGC-AGT--GTTCTAGTAT
gi|11                         :                                              TC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-TGAC-T-T---TGTC-TGT--GTTCTAGTc
gi|15                         :                                          tactTC----AGTGGGGCCC--T----T-GC-TGAC-T-T---TGTT-AGT--GTTCTAGTttt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CACCATATGTCAGATTGTGTGCAGTATTAAAGCATTTGCCTCAGTGGGA






Alignments
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lowQualScore                  :                   .    .. ..          . ..     ....          .. .... .  . .    ..   .  .             
lowQualScore                  :                   0    99 99          7 66     5555          22 0000 4  1 4    99   7  4             
consensus                     :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATT-T--GCCTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTAT
Reference ( family-1087 )     :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATT-T--GCCTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTAT
gi|1                          :                ATG-TGTA-CAAGGTAAAACATTATAAGCCTC----AGCGGGGCCCAAT----T-GC-G-GACT--TTG-TCAAGTGTTCTAG
gi|10                         : atcacctattatgagaTG-TGCAGTA--TTAAAGCATT-T--GCCTC----AGTGGG
gi|11                         :                      caccatatgtcagattg-T--ACTTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-TGTGTTCTAGTa
gi|12                         :                                             CTC----AGCGGGACCC--A----T-GC-T-GGCT--TTG-TC-AGTACTCTAGTATttt
gi|13                         :                                      t-T--GCCTC----AACGGG-CCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTacc
gi|14                         :                                            CCTC----AGCGGG-TCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTt
gi|15                         :                                              TC----AGTGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TT-AGTGTTCTAGTtt
gi|16                         :                                             tTC----AGTGGGACCC--T----T-GC-T-GACT--TTA-GC-AGTGTTCTAGTATtt
gi|17                         :                                             CTC----AGCTGGGCTG--T----T-GC-T-GACT--TTT-TC-AGTATTCTAGc
gi|18                         :                                           tCCTC----AGCGGGGCCC--TAAATT-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTT
gi|19                         :                                             CTC----AGCAGGGCCC--T----T-GC-T-AACT--TTG-TC-AGTATTCT
gi|2                          :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATG-T--GCCTC----AGC-GGGCTC--T----T-CCTT-GAAA--TTG-TC-GGTGTTCTAGTga
gi|3                          :  ttgtttatcaccAGATGGTGTA-CA--TTAAAACATT-T--G-CTC----AGTGGGGCCC--T----T-GCTT-GACT--TTGTTC-AGTGTTCTAGttc
gi|4                          :      accatagcAGATG-TG-A-TA--TTAAAACATT-T--GTCTC----AGCCGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TAA-TC-AGTATTCTAGTAT
gi|5                          :              AGATG-TGTA--A--TTAAA-CATTAT--GGCTA----AGCGGGGCC---T----T-GC-TTGACT--TTG-TC-AGTGTTCCAG
gi|6                          :                 gc-TGTA-TA--T-AAAACATT-T--GCCTC----AGC--GGCCC--T----T-GC-T-GACTA-TTG-TC-AGT
gi|7                          :                               gtAACATT-T--GCCTCTATCAGTGGGGCCC--T----TTGCAT-GACTG-TTG-TC-AGTGTTCTAGTcaattagtatata
gi|8                          :                                AAACATT-T--GCCTC----AGCGGAGCCC--T----T-GC-T-GAATTGTCGATC-AGTGTTCTAGTt
gi|9                          :              AGATG-TGTA-TA--TCAAAACATT-T--GCCTC----AGTGGGtat





Alignments
lowQualScore                  :                   5    55 66          6 44     4444          33 5555 2  7 2    77   4  2             
lowQualScore                  :                   .    .. ..          . ..     ....          .. .... .  . .    ..   .  .             
lowQualScore                  :                   0    99 99          7 66     5555          22 0000 4  1 4    99   7  4             
consensus                     :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATT-T--GCCTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTAT
Reference ( family-1087 )     :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATT-T--GCCTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTAT
gi|1                          :                ATG-TGTA-CAAGGTAAAACATTATAAGCCTC----AGCGGGGCCCAAT----T-GC-G-GACT--TTG-TCAAGTGTTCTAG
gi|10                         : atcacctattatgagaTG-TGCAGTA--TTAAAGCATT-T--GCCTC----AGTGGG
gi|11                         :                      caccatatgtcagattg-T--ACTTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-TGTGTTCTAGTa
gi|12                         :                                             CTC----AGCGGGACCC--A----T-GC-T-GGCT--TTG-TC-AGTACTCTAGTATttt
gi|13                         :                                      t-T--GCCTC----AACGGG-CCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTacc
gi|14                         :                                            CCTC----AGCGGG-TCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTt
gi|15                         :                                              TC----AGTGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TT-AGTGTTCTAGTtt
gi|16                         :                                             tTC----AGTGGGACCC--T----T-GC-T-GACT--TTA-GC-AGTGTTCTAGTATtt
gi|17                         :                                             CTC----AGCTGGGCTG--T----T-GC-T-GACT--TTT-TC-AGTATTCTAGc
gi|18                         :                                           tCCTC----AGCGGGGCCC--TAAATT-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTT
gi|19                         :                                             CTC----AGCAGGGCCC--T----T-GC-T-AACT--TTG-TC-AGTATTCT
gi|2                          :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATG-T--GCCTC----AGC-GGGCTC--T----T-CCTT-GAAA--TTG-TC-GGTGTTCTAGTga
gi|3                          :  ttgtttatcaccAGATGGTGTA-CA--TTAAAACATT-T--G-CTC----AGTGGGGCCC--T----T-GCTT-GACT--TTGTTC-AGTGTTCTAGttc
gi|4                          :      accatagcAGATG-TG-A-TA--TTAAAACATT-T--GTCTC----AGCCGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TAA-TC-AGTATTCTAGTAT
gi|5                          :              AGATG-TGTA--A--TTAAA-CATTAT--GGCTA----AGCGGGGCC---T----T-GC-TTGACT--TTG-TC-AGTGTTCCAG
gi|6                          :                 gc-TGTA-TA--T-AAAACATT-T--GCCTC----AGC--GGCCC--T----T-GC-T-GACTA-TTG-TC-AGT
gi|7                          :                               gtAACATT-T--GCCTCTATCAGTGGGGCCC--T----TTGCAT-GACTG-TTG-TC-AGTGTTCTAGTcaattagtatata
gi|8                          :                                AAACATT-T--GCCTC----AGCGGAGCCC--T----T-GC-T-GAATTGTCGATC-AGTGTTCTAGTt
gi|9                          :              AGATG-TGTA-TA--TCAAAACATT-T--GCCTC----AGTGGGtat


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blockSeqs                     :                   .    C  .           . .      .             .  .    .  A .    G    .  .
blockSeqs                     :                   .    T  .           . .      .             .  .    .  . .    .    .  .
blockSeqs                     :                   .    T  .           . .      .             .  .    .  . .    .    .  .
blockSeqs                     :                   .    T  .           . .      .             .  .    .  . .    .    .  .
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blockSeqs                     :                                       . .      .             .  .    .  . .    .    .  .
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blockSeqs                     :                                                .             .  .    .  . .    .    .  .
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blockSeqs                     :                                                .             .  .    .  . .    .    .  .
blockSeqs                     :                                                .                                        
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originalCons                  :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATT-T--GCCTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTAT
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Alignments
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consensus                     :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATT-T--GCCTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTAT
Reference ( family-1087 )     :              AGATG-TGTA-TA--TTAAAACATT-T--GCCTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTAT
gi|1                          :                ATG-TGTA-CAAGGTAAAACATTATAAGCCTC----AGCGGGGCCCAAT----T-GC-G-GACT--TTG-TCAAGTGTTCTAG
gi|10                         : atcacctattatgagaTG-TGCAGTA--TTAAAGCATT-T--GCCTC----AGTGGG
gi|11                         :                      caccatatgtcagattg-T--ACTTC----AGCGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-TGTGTTCTAGTa
gi|12                         :                                             CTC----AGCGGGACCC--A----T-GC-T-GGCT--TTG-TC-AGTACTCTAGTATttt
gi|13                         :                                      t-T--GCCTC----AACGGG-CCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TC-AGTGTTCTAGTacc
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gi|15                         :                                              TC----AGTGGGGCCC--T----T-GC-T-GACT--TTG-TT-AGTGTTCTAGTtt
gi|16                         :                                             tTC----AGTGGGACCC--T----T-GC-T-GACT--TTA-GC-AGTGTTCTAGTATtt
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gi|19                         :                                             CTC----AGCAGGGCCC--T----T-GC-T-AACT--TTG-TC-AGTATTCT
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