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Reference ( family-1068 ) : AAAGTTC-GT-G---CGGACTTTT-CA--ATTTT---T-CTAC-C---T---T----GTT-ACTCT-GC-TTAAATT--ACA-A-TAGN-----A----AAA-C-CA-T--GA-CGTTAT----GAC--G---GTCTTT--C-G------A-CG-T-----GATT-T--T---TA-CT-G--A--------T-AA--TTCG---T--------C-CTC-T-C------CT-A--G-G-TC---GCCA-A-TCA-TTC--T----A--TAC-AGA-GTTT---------T------TA-C-TC-TCA--A-AA-A-CC-CC--TA-TG-TCA-T-TT-----A-----T-----AA----A-----TG--CA-GG--C-CTGTC--TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTT-C----TTTGTCTAGCAT
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gi|8 : gttgcgtcttAAAGTTC-GT-G---CGGACTTTT-CA--ATTTT---T-CTAC-C---T---T----GTT-ACTC--GC-TTAAATT--ACA-A-TAGC-----A----AAA-C-CA-T--GA-CGTTAT----GAC--G---GTCTTT--C-G------A-CA-T-----GATT-T--G---TA-AT-G--A--------T-AA--TTCG---T--------C-CTC-T-C------CT-A--G-G-TC---ACCA-A-TTA-TTC--T----A--TAC-AGA-GTTT---------T------TA-C-TC-TCA--A-AA-A-AC-CC--TA-TG-CCA-T-TT-----A-----T-----AA----A-----TG--CA-GA--C-CTGTA--TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTT-C----TTTGTCTAGCATatc
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Reference ( family-1068 ) : AAAGTTC-GT-G---CGGACTTTT-CA--ATTTT---T-CTAC-C---T---T----GTT-ACTCT-GC-TTAAATT--ACA-A-TAG-----G--A----AAA-C-CA-T--GA-CGTTAT----GAC--G---GTCTTT--C-G------A-CG-T-----GATT-T--T---TA-CT-G--A--------T-AA--TTCG---T--------C-CTC-T-C------CT-A--G-G-TC---GCCA-A-TCA-TTC--T----A--TAC-AGA-GTTT---------T------TA-C-TC-TCA--A-AA-A-CC-CC--TA-TG-TCA-T-TT-----A-----T-----AA----A-----TG--CA-GG--C-CTGTC--TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTT-C----TTTGTCTAGCAT
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gi|2 : gctAGTTT-GT-----CGAACCTTT-CA--TTATG---T-CTAC-----T---T----GT--ACTGT-GC-TTAAATTTCACA-A-TAG-----G--A----AAAAC-CA-T--GA-CGTTAT-----ACAAA---GTCTTT--C-GA-----A-AG-T------ATT-T--T---T---T-G--AAT------T-AA--TTTG---TAC------T-CTC-T-C------CTCA--G-G-TC---GCCA-A-TCATTTC--TA---A--AAC-AGATTTTT---------T------TA-CGTC-TCA--ACAA-ACCC-CC--TATTG-TCA-T-TTTAAAAA-----G-----AA----A-----TG--CA-GG--CGCTATC--TT-TTAA-ACAT-G--TATTTCTT-TCATATTTTCCTAGAAT
gi|20 : TC-GT-----CGGACTTTT-CA--ATCTT---T-CTAC-C---TAGTT----GTT-ACTCT-GC-TTTAATT--ACA-A-TAG-----A--A----AAatt
gi|3 : AGTTC-GT-----CGGACTTTTGCA--ATCTT---T-CTAC-C---T---TA---GTT-ACTCT-GC-GTAATTT--AAG-GCTAG-----G--AGCAAAAA-CGCA-T--GGGCGTTAT----GA-------GTCTTTTGC-G------A-CGGT-----GATT-T--T---TA-CT-G--A--------T-AAA-TTCG---C--------G-CTC-T-CGC----CT-A--G-G-TCCGCGCAA-A-TCG-TTC--T----G--TAC-AGACATTT---------T------TA-C-CCCTCA--A-AA-A-CCGTC--TA-TG-TCA-T-TT-----A-----T-----AA----AGAAA-TG--TA-GG--C-CTCTT--TT-TT-A-AGGT-A--T-TTTCTT-C----TTAATCTAGTA
gi|4 : cAAAGTTT-GT-GTAGCGACCCTTT-CC--AATCT---T-CTACAC---T---T----GTT-ACT-T-GC-TTTAATT--ACA-A-TAG-----A--A----AAA-C-CA-T--GA-CGTT-T----GCA--A---GTCATT--C-A------AACG-T-----GAAT-T--T---TAACT-G--A--------TCAAC-TTCG---T--------C--TC-T-C------CT-A--GTG-T----GCCA-A-TAA-TTC--T----A--TAC-AG--GTTTATTCTCTACC------TA-C-TC-ACA--A-TT-A-TC-A---TA-TG-TCAAT-TT-----AGGTAAT-----AA----A-----AGGTCA-G---C-CTATC--TT-T--GTATACGA--T-TTTCTT-C----TTTGT
gi|5 : CTTTT-CA--ATTTT---TTCT---C---T---T----ATTTACTCT-GC-TTAAATT--ACA-A-TAG-----GGAA----AAA-C-CA-T--GA-CGTTATTA--GAC--GCCGATATTT--T-ACTGATTA-CA-T-----AGTT-T--T---TC-CT-GGGA--------T-AA--TTCG---C--------T-CTC-T-C------CT-A--G-G-TC---GCAA-T-TAA-TTC--T----A--TAC-AGA-GTTT---------A------TACC-TC-TCA--A-AA-A-CC-CCGATA-TG--GA-T-TT-----A-----TAAAGAAA----A-----TG--C--GG--C-C--TT--TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTTAC----TATGTCTAtct
gi|6 : gtcgtttACTATT-CA--TTTTT---T-C-AC-T---T---A----GTT-ACTCT-GC-TTAAATA--ACA-A-TAG-----A--A----AAA-C-CA-T--GA-CGTTGC----GA---A---ACCTTT--C-G------A-CG-C-----GATT-T--T---TA-TT-G--ATACACACGT-AA--TTCG---TTCTCTCTCT-CTC-T-C------CC-A--G-G-TC---ACCA-A-TTG-TTA--G----A--TAC-AGA-GTTT---------TGACC--TAGC-TC-TCA--A-AA-T-CT-CC--TA-TA-TTG-T-TTTTAA-A-----G-----AA----A-----TG--CA-GG--C-CTGTCT-TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTT-C----TTTGTCTA
gi|7 : aGACTTT--CA--TCTGT---T-CTAC-C---T---T----GTT-ACTCT-GC-TT-AATT--AC--A-TAG-----A--A----AAA-G-CACT--GACCGTTAT----AAA--G---CTCTTC--CTG------A-AGAT-----GA---T--T---TA-CT-A--A--------T-AACTTCCGCCTT--------C-CTC-T--------CT-A--G-GTTT---GCCA-A-TAA-TTCATT----ATTTAC--GA-GTTT---------T------AC-C-TC-TCAACA-AA-A-CC-TC--TA-TG-T-A-T-TTTCAA-A-----G-----AA----A-----TG--CA--G--C-CTGTC--TT-TC-A-AC-T-AT-T-TTTCTT-C----TTTGt
gi|8 : gttgcgtcttAAAGTTC-GT-G---CGGACTTTT-CA--ATTTT---T-CTAC-C---T---T----GTT-ACTC--GC-TTAAATT--ACA-A-TAG-----C--A----AAA-C-CA-T--GA-CGTTAT----GAC--G---GTCTTT--C-G------A-CA-T-----GATT-T--G---TA-AT-G--A--------T-AA--TTCG---T--------C-CTC-T-C------CT-A--G-G-TC---ACCA-A-TTA-TTC--T----A--TAC-AGA-GTTT---------T------TA-C-TC-TCA--A-AA-A-AC-CC--TA-TG-CCA-T-TT-----A-----T-----AA----A-----TG--CA-GA--C-CTGTA--TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTT-C----TTTGTCTAGCATatc
gi|9 : ---T-TTAC-T---T---T----GCT-GTGCT-G--TTATAT---ACACA-TAGTCGGCG--A----AAA-C-CA-CCCGA-CATAATCGAAGAA--A---GTTTCT--C-G------ATCC-T-----GATA-TGCTGGGTAGCT-GTGA----------AA--TTGC---T--------C-TTG-TGT------CT-A--G-G-TC---GTCA-AATCA-TTC--T----T--TACGATA-GTTT---------T------CT-C-AC-TTC--A-AA-A-CC-TC--T--T--TCA-T-TT-----A-----C-----AA----AGAAAATG--CA-GGGGC-CTGTC--TT-T--A-ACAT-A--T-TT--TT-T----TTTGT
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . ACAAA . . AACGT . . . . . TGA . . TCT . C . . . . . . . C . T . . . TCAC . . . . . . . . . . . . ACAAAGAAAA . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . GACG . . AAGAT . . . . . A . . TC . C . . . . . . . C . T . . . TTAC . . . . . . . . . . . . AGAACGAAA . . . . . . C . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . AAAG . . ATAT . . . . . A . . CG . C . . . . . . . A . T . . . ATAC . . . . . . . . . . . . AAAAAGAAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . GACG . . ACGT . . . . . A . . TC . C . . . . . . . T . T . . . TTA . . . . . . . . . . . . ATCAAGAAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . GAC . . ACTT . . . . . A . . CT . C . . . . . . . A . G . . . TTA . . . . . . . . . . . . ATAAAGAAG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . GAA . . ACGC . . . . . A . . TC . C . . . . . . . T . T . . . TTA . . . . . . . . . . . . ATAAAGAAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . GA . . ACAT . . . . . A . . TC . C . . . . . . . C . T . . . TTA . . . . . . . . . . . . TTAAAGAAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAC . . . . . . . . . . . . TCAAAGAAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTA . . . . . . . . . . . . AAAAGAAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TCT . . . . . . . . . . . . GTAAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATAAA
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ***** *** ** ACGT************* C******* ** TTAC*************** ATAAAGAAA******************** ** ** ****
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finalCons : AAAGTTC-GT-----CGGACTTTT-CA--ATTTT---T-CTAC-C---T---T----GTT-ACTCT-GC-TTAAATT--ACA-A-TAG-----G--A----AAA-C-CA-T--GA-CGTTAT----GAC--G---GTCTTT--C-GACGT-------------GATT-T--T---TA-CT-G--A--------T-AA--TTCG---T--------C-CTC-TC-------CT-A--G-G-TC---GCCA-A-TCA-TTC--T----A--TAC-AGA-GTTTTTAC---------------C-TC-TCA--A-AA-A-CC-CC--TA-TG-TCA-T-TTATAAAGAAA--------------------TG--CA-GG--C-CTGTC--TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTT-C----TTTGTCTAGCAT
Alignments
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Reference ( family-1068 ) : AAAGTT-C-GT----CG--GACTTTT-CA--ATTTT---T-CTAC-C---TT----GTT-ACTCT-GC-TTAAATT--ACA-A-TAG-----G--A----AAA-C-CA-T--GA-CGTTAT----GAC--G---GTCTTT--C-G------A-CG-T-----G-ATT-T--T---TA-CT-G--A--------T-AA--TTCG---T--------C-CTC-T-C------CT-A--G-G-TC---GCCA-A-TCA-TTC--T----A--TAC-AGA-GTT-----TT------T--AC----CT-C-TCA--A-AA--A-CC-CC--TA-TGT-C-A-T-TTA--TAAAG-AAA-T-GCA-GG--C-CT-GTC--TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTT-C----TTTGTCTAGCAT
gi|1 : AAGTT-CCGT----CGCCGCTTCTT-CA--ATCCT---T-TTAC-CAATTC----GTT-ACTCT-----TAG--T--ACA-C-T-G-----C--T----TAA-T-CA-C--GA-CTGTAT----GGA--A---GTCTTTT-C-G------A--G-TCCTAGG-ATT-T--T---TA-CT-G--A--------T-AA--TTCG---T--------T-CTC-T-GGATAAATT-ACTG-G-TC---GTCACA-TCA-TTC--G----A--TTC-AGA-GTT-----TTAATTCCT--AC----AT-C-TCA--A-AAG-A-CCTCC--AA-TGTTC-A-T-TTA--TAAAG-AAA-TCGCAGGG--G-CT-GTCT-TT-T--A-AGAT-ATTT-TTTCTT-CAT--TTTGTC
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gi|20 : T-C-GT----CG--GACTTTT-CA--ATCTT---T-CTAC-CTAGTT----GTT-ACTCT-GC-TTTAATT--ACA-A-TAG-----A--A----AAatt
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gi|4 : cAAAGTT-T-GTGTAGCG--ACCCTTT-CC--AATCT---T-CTACAC---TT----GTT-ACT-T-GC-TTTAATT--ACA-A-TAG-----A--A----AAA-C-CA-T--GA-CGTT-T----GCA--A---GTCATT--CAA------A-CG-T-----GAATT-T--T---AA-CT-G--A--------TCAAC-TTCG---T----------CTC-T-C------CT-A--GTG-T----GCCA-A-TAA-TTC--T----A--TAC-AG--GTTTATTCTC------T--AC----CTAC-TCA--C-AATTA--T-CA--TA-TGT-CAA-T-TTAGGTAATA-AAA-G-GTC-AG--C-CT-ATC--TT-T--GTATACGA--T-TTTCTT-C----TTTGT
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gi|6 : gtcgtttACTATT-CA--TTTTT---T-C-AC-T---TA----GTT-ACTCT-GC-TTAAATA--ACA-A-TAG-----A--A----AAA-C-CA-T--GA-CGTTGC----GA---A---ACCTTT--C-G------A-CG-C-----G-ATT-T--T---TA-TT-G--ATACACACGT-AA--TTCG---TTCTCTCTCT-CTC-T-C------CC-A--G-G-TC---ACCA-A-TTG-TTA--G----A--TAC-AGA-GTT-----TT------G--ACCTAGCT-C-TCA--A-AA--T-CT-CC--TA-TAT-T-G-T-TTT--TAAAG-AAA-T-GCA-GG--C-CT-GTCT-TT-T--A-ACAT-A--T-TTTCTT-C----TTTGTCTA
gi|7 : aGTTGC-GT----CTT-GACTTT--CA--TCTGT---T-CTAC-C---TT----GTT-ACTCT-GC-TT-AATT--AC--A-TAG-----A--A----AAA-G-CACT--GACCGTTAT----AAA--G---CTCTTC--CTG------A-AGAT-----G-A---T--T---TA-CT-A--A--------T-AACTTCCGCCTT--------C-CTC-T--------CT-A--G-GTTT---GCCA-A-TAA-TTCATT----ATTTAC--GA-G-T-----TT------T--AC----CT-C-TCAACA-AA--A-CC-TC--TA-TGT---A-T-TTT--CAAAG-AAA-T-GCA--G--C-CT-GTC--TT-TC-A-AC-T-AT-T-TTTCTT-C----TTTGt
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gi|9 : ---T-TTAC-T---TT----GCT-GTGCT-G--TTATAT---ACACA-TAGTCGGCG--A----AAA-C-CA-CCCGA-CATAATCGAAGAA--A---GTTTCT--C-G------ATCC-T-----G-ATA-TGCTGGGTAGCT-GTGA----------AA--TTGC---T--------C-TTG-TGT------CT-A--G-G-TC---GTCA-AATCA-TTC--T----T--TACGATA-GTT-----TT------CTCAC----TT-C------A-AA--A-CC-TC--T--T-T-C-A-T-TTA--CAAAG-AAAAT-GCA-GGGGC-CT-GTC--TT-T--A-ACAT-A--T-TT--TT-T----TTTGT