lowQualScore                  :                                                                             1111                   11    11          
lowQualScore                  :        3      99     6666    2   4                88           22       2   7777    6666    2  4 6 33    66          
lowQualScore                  :        .      ..     ....    .   .                ..           ..       .   ....    ....    .  . . ..    ..          
lowQualScore                  :        1      99     1111    0   5                55           99       1   3333    6666    1  2 0 22    11          
consensus                     :  ACTGTA-AACGTA-TTATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGGAAA-TTTGATTTTCT--AACATTT-GACG--CGGAC----TTAA-TT-TAGC-GGATG-TTCACTCCCC
Reference ( gi|8 )            :  ACTGTA-AATGTA-CTATAT----TTAATGCGCATGATATTTAGCGGAAG-TTTGATTTTCT--AACATTT-GACT--CGGAC----TTAA-TT-TGGG-GGATT-TTCACTCCCC
gi|10                         :  ACTGTA-AATGTA-TCATAT----TTAACGTGTTTGATAAT-AGCGGA---TCTGATTTTCT--AACATTT-GACA--TGGAC----TTAA-TT-TAGC-AGATG-TTCACTCCCC
gi|9                          : tACTGTA-AACGTA-TCATAT----TTAATGCGTATGATTTTTAGCGTAAA-TTTGATTGTGT--AACATTT-GACT--CAGGCTTAATTAA-TT-TAGC-GGATG-TTCAC
gi|4                          :  ACTGTA-AACGTA-TTATAT----TTAATGTGAATAATATTTTGCGGAAA-TTTGATTTTCT--TACTTTT-TACA--TGGAC----TTAATTT-TAGC-GGATG-TTCAACCCC
gi|6                          :  ATTGTA-AACGTA-TTGTAT----TTA-TCCGTATGATATTCTGCGTAAA-TGTGATTTTCA--AACATTT-GGTG--CAGAT----TTGA-TT-TAGC-GGATA-TTCACTCCTCtcca
gi|1                          : tACTGTATAATGTA-TTATATAGTTTTAGTGCGCATGATGTTTAGCAGAAA-TTGGATGTTCTTAAACATTTGGACG--TGGAC----TTAA-TTATAGT-GGATG-TTct
gi|13                         : cACTGCA-AATGTA-CTATAT----TTAATGTTTATAATGTTTGGTGGAAA-AT--ATTCACT----TGTTT-GACT--TAGGT----TTGC-TT-TAAG-Gacagtcgtactccct
gi|11                         : atCTGTA-AATGTA-TTATAT----TTAACGCATATGATATTTAGCGGATA-TTTGATTTTTT--AACATTT-GACG--CCGAC----TTAA----TAGC-AGATG-TTCACTTCCCagagatct
gi|5                          :   CTGTA-AACGTA-TCATAT----TCAACGCGTATGCTATTTAGTGGAAA-TTTGATGTTCT--AGTATTT-GACA--CGGAC----TTAA-TC-TAGC-GGATG-TTTACTCCCC
gi|12                         :  tCTGTA-AACGTA-TTATAT----CTAACGTATATGATATTTAGTGGAAT-TTT-ATTTTCT--AACATTT-GACG--CGGAC----TTAA-TT-CAGT-GGATG-TTat
gi|3                          :   CTGTA-AACGTATCCATAT----TCAACGCGTATGCTATTTAGTGGAAAATTTGCTGTTCT--AGTATT--GACCACCGGAC----TTAA-TC-TAAG-GGATG-TTTACTCCCCaa
gi|15                         :  ttTGTA-AATGT------------TTAACGCGTATTATATTTAGCAGCAA-TTTCATTTTCT--AACATTT-GAC------GC----TTAA-TT-TAGC-AGATG-TTCCCTTCCC
gi|2                          :     GTA-AATGTA-TTATAT----TTAGTGCGTATGATGTTTAGCAGAAA-TTGGATTTTCT--AACATTT-GACG--TGGAC----TTAA-TTATAGT-GGATG-TTTAC
gi|14                         :     GTA-AACGTA------T----TTAACACGTATGATATTTAGCGGAAA----GGTTTTCT--AACATTT---------GAC----TTAA-TT-TAGC-GAATG-TTCACTCCCagtttactccctctg
gi|16                         :            caataTATAT----TTAA--CATATAATACTTGGCGGAAA-TTTGATTTTCT--AACATTT---------GAC----TTCA-TT-TAGC-GGATG-TTCAC
gi|21                         :                                 tCATG-TATTTAGCGGAAA-TTTGATTTTCT--AACATggaccc
gi|7                          :                                   ATGATATTTAGCGGAAG-TTTGATGTTCT--GACATTT-GATG--TGGAC----TTGA-TT-TAGC-GGATG-TTCTTGCCCC
gi|17                         :                   ttacattttatggaaaatatataTTGGCGGAAA-TTTGATTTTCT--AACATTT-GACA--TGGAA----TTAA-TA-TATC-AGATA-TTCAGTCCCCcttttg
gi|19                         :                                                          TTTTCT--AACATTT-GACG--CAGAT----TTAA-TT-TAAC-AAATG-TTCACCCCCCccttt
gi|18                         :                                                           TCTCT--AACATTT-GACG--CAGAC----TTAA-TT-CAGC-GGATG-TTCACCCCCCa
gi|20                         :                                                      aaatgtcaacaagACATTT-GACG--TGGACT---TTAA-TT-TAGGCGAATTGTTCACTCCCcc





Alignments
lowQualScore                  :                              3        2    5555                       2              22        2  4444    6666    2  4  2     2            
lowQualScore                  :                              .        .    ....                       .              ..        .  ....    ....    .  .  .     .            
lowQualScore                  :                              1        7    7777                       2              88        0  8888    2222    0  0  0     1            
consensus                     :                        ACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCACTCCCC
Reference ( family-1048 )     :                        ACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCACTCCCC
gi|1                          :                        ACTGTATAATGTATT-ATATAGTTTTAGTGCGCATGATGTTTAGCAG-AAATTGGATGTTCTTAAACATTTGGAC--GTGGAC----TTAA-TTATA-GTGGA-TGTT
gi|10                         :                       cACTGTA-AATGTATC-ATAT----TTAACGTGTTTGATAAT-AGCGG-A--TCTGATTTTCT--AACATTTG-AC--ATGGAC----TTAA-TT-TA-GCAGA-TGTTCACTCCCCacagtcgtactccct
gi|11                         :                        tCTGTA-AATGTATT-ATAT----TTAACGCATATGATATTTAGCGG-ATATTTGATTTTTT--AACATTTG-AC--GCCGAC----TTAA----TA-GCAGA-TGTTCACTTCCC
gi|12                         :                         CTGTA-AACGTATT-ATAT----CTAACGTATATGATATTTAGTGG-AA-TTTTATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-CA-GTGGA-TGTT
gi|13                         :                        ACTGCA-AATGTACT-ATAT----TTAATGTTTATAATGTTTGGTGG-AAAAT--ATTCACT----TGTTTG-AC--TTAGGT----TTGC-TT-TA-aa
gi|14                         :                         atGTA-AACGTATT----------TAACACGTATGATATTTAGCGG-AAA---GGTTTTCT--AACATTT---------GAC----TTAA-TT-TA-GCGAA-TGTTCACTCCCaggagagatct
gi|15                         :                                  caata-ATGT----TTAACGCGTATTATATTTAGCAG-CAATTTCATTTTCT--AACATTTG-AC--G----C----TTAA-TT-TA-GCAGA-TGTTCCCTTCCC
gi|16                         :                                tgtaaTT-ATAT----TTAACA--TATAATACTTGGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTT---------GAC----TTCA-TT-TA-GCGGA-TGTTCAC
gi|17                         :                                                                TTGGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--ATGGAA----TTAA-TA-TA-TCAGA-TATTCAGTCCCCggaccc
gi|18                         :                                                                                 TCTCT--AACATTTG-AC--GCAGAC----TTAA-TT-CA-GCGGA-TGTTCACCCCCCccttt
gi|19                         :                                                                   aaatgtcaacaagTTTTCT--AACATTTG-AC--GCAGAT----TTAA-TT-TA-ACAAA-TGTTCACCCCCCcc
gi|2                          :                           GTA-AATGTATT-ATAT----TTAGTGCGTATGATGTTTAGCAG-AAATTGGATTTTCT--AACATTTG-AC--GTGGAC----TTAA-TTATA-GTGGA-TGTTTACa
gi|20                         :                                                                                         ACATTTG-AC--GTGGACT---TTAA-TT-TAGGCGAATTGTTCACTCCCagtttactccctctg
gi|21                         :                                                         ATG-TATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACAT
gi|3                          :                        cCTGTA-AACGTATCCATAT----TCAACGCGTATGCTATTTAGTGGAAAATTTGCTGTTCT--AGTA-TTG-ACCACCGGAC----TTAA-TC-TA-AGGGA-TGTTTACTCCCC
gi|4                          :                      ttACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAATGTGAATAATATTTTGCGG-AAATTTGATTTTCT--TACTTTTT-AC--ATGGAC----TTAATTT-TA-GCGGA-TGTTCAACCCC
gi|5                          :                         CTGTA-AACGTATC-ATAT----TCAACGCGTATGCTATTTAGTGG-AAATTTGATGTTCT--AGTATTTG-AC--ACGGAC----TTAA-TC-TA-GCGGA-TGTTTACTCCCCtcca
gi|6                          :                       tATTGTA-AACGTATT-GTAT----TTATC-CGTATGATATTCTGCGT-AAATGTGATTTTCA--AACATTTG-GT--GCAGAT----TTGA-TT-TA-GCGGA-TATTCACTCCTCat
gi|7                          :                                                        tATGATATTTAGCGG-AAGTTTGATGTTCT--GACATTTG-AT--GTGGAC----TTGA-TT-TA-GCGGA-TGTTCTTGCCCCct
gi|8                          : ttacattttatggaaaatatataACTGTA-AATGTACT-ATAT----TTAATGCGCATGATATTTAGCGG-AAGTTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--TCGGAC----TTAA-TT-TG-GGGGA-TTTTCACTCCCCcttttg
gi|9                          :                        ACTGTA-AACGTATC-ATAT----TTAATGCGTATGATTTTTAGCGT-AAATTTGATTGTGT--AACATTTG-AC--TCAGGCTTAATTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCAC





Alignments
lowQualScore                  :                              3        2    5555                       2              22        2  4444    6666    2  4  2     2            
lowQualScore                  :                              .        .    ....                       .              ..        .  ....    ....    .  .  .     .            
lowQualScore                  :                              1        7    7777                       2              88        0  8888    2222    0  0  0     1            
consensus                     :                        ACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCACTCCCC
Reference ( family-1048 )     :                        ACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCACTCCCC
gi|1                          :                        ACTGTATAATGTATT-ATATAGTTTTAGTGCGCATGATGTTTAGCAG-AAATTGGATGTTCTTAAACATTTGGAC--GTGGAC----TTAA-TTATA-GTGGA-TGTT
gi|10                         :                       cACTGTA-AATGTATC-ATAT----TTAACGTGTTTGATAAT-AGCGG-A--TCTGATTTTCT--AACATTTG-AC--ATGGAC----TTAA-TT-TA-GCAGA-TGTTCACTCCCCacagtcgtactccct
gi|11                         :                        tCTGTA-AATGTATT-ATAT----TTAACGCATATGATATTTAGCGG-ATATTTGATTTTTT--AACATTTG-AC--GCCGAC----TTAA----TA-GCAGA-TGTTCACTTCCC
gi|12                         :                         CTGTA-AACGTATT-ATAT----CTAACGTATATGATATTTAGTGG-AA-TTTTATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-CA-GTGGA-TGTT
gi|13                         :                        ACTGCA-AATGTACT-ATAT----TTAATGTTTATAATGTTTGGTGG-AAAAT--ATTCACT----TGTTTG-AC--TTAGGT----TTGC-TT-TA-aa
gi|14                         :                         atGTA-AACGTATT----------TAACACGTATGATATTTAGCGG-AAA---GGTTTTCT--AACATTT---------GAC----TTAA-TT-TA-GCGAA-TGTTCACTCCCaggagagatct
gi|15                         :                                  caata-ATGT----TTAACGCGTATTATATTTAGCAG-CAATTTCATTTTCT--AACATTTG-AC--G----C----TTAA-TT-TA-GCAGA-TGTTCCCTTCCC
gi|16                         :                                tgtaaTT-ATAT----TTAACA--TATAATACTTGGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTT---------GAC----TTCA-TT-TA-GCGGA-TGTTCAC
gi|17                         :                                                                TTGGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--ATGGAA----TTAA-TA-TA-TCAGA-TATTCAGTCCCCggaccc
gi|18                         :                                                                                 TCTCT--AACATTTG-AC--GCAGAC----TTAA-TT-CA-GCGGA-TGTTCACCCCCCccttt
gi|19                         :                                                                   aaatgtcaacaagTTTTCT--AACATTTG-AC--GCAGAT----TTAA-TT-TA-ACAAA-TGTTCACCCCCCcc
gi|2                          :                           GTA-AATGTATT-ATAT----TTAGTGCGTATGATGTTTAGCAG-AAATTGGATTTTCT--AACATTTG-AC--GTGGAC----TTAA-TTATA-GTGGA-TGTTTACa
gi|20                         :                                                                                         ACATTTG-AC--GTGGACT---TTAA-TT-TAGGCGAATTGTTCACTCCCagtttactccctctg
gi|21                         :                                                         ATG-TATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACAT
gi|3                          :                        cCTGTA-AACGTATCCATAT----TCAACGCGTATGCTATTTAGTGGAAAATTTGCTGTTCT--AGTA-TTG-ACCACCGGAC----TTAA-TC-TA-AGGGA-TGTTTACTCCCC
gi|4                          :                      ttACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAATGTGAATAATATTTTGCGG-AAATTTGATTTTCT--TACTTTTT-AC--ATGGAC----TTAATTT-TA-GCGGA-TGTTCAACCCC
gi|5                          :                         CTGTA-AACGTATC-ATAT----TCAACGCGTATGCTATTTAGTGG-AAATTTGATGTTCT--AGTATTTG-AC--ACGGAC----TTAA-TC-TA-GCGGA-TGTTTACTCCCCtcca
gi|6                          :                       tATTGTA-AACGTATT-GTAT----TTATC-CGTATGATATTCTGCGT-AAATGTGATTTTCA--AACATTTG-GT--GCAGAT----TTGA-TT-TA-GCGGA-TATTCACTCCTCat
gi|7                          :                                                        tATGATATTTAGCGG-AAGTTTGATGTTCT--GACATTTG-AT--GTGGAC----TTGA-TT-TA-GCGGA-TGTTCTTGCCCCct
gi|8                          : ttacattttatggaaaatatataACTGTA-AATGTACT-ATAT----TTAATGCGCATGATATTTAGCGG-AAGTTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--TCGGAC----TTAA-TT-TG-GGGGA-TTTTCACTCCCCcttttg
gi|9                          :                        ACTGTA-AACGTATC-ATAT----TTAATGCGTATGATTTTTAGCGT-AAATTTGATTGTGT--AACATTTG-AC--TCAGGCTTAATTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCAC


blockSeqs                     :                              .        C    .                          A              .         .  CACC    TTAA    T  A  G     T
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  AT      T       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  GC      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  GC      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  TT      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  AT      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  GC      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  GC      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  GT      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  GT      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  AT      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                              .        .    .                          .              .         .  AC      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                                       .    .                          .              .         .  GC      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                                       .    .                          .              .         .  GT      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                       .              .         .  TC      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                       .              .         .  TC      .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                       .              .         .  G       .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                      .         .  .       .       .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                      .         .  .       .       .  .  .      


blockSeqCons                  :                                            ****                                      **
originalCons                  :                        ACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCACTCCCC
finalCons                     :                        ACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCACTCCCC





Alignments
lowQualScore                  :                              3        2    5555                       2              22        2  4444    6666    2  4  2     2            
lowQualScore                  :                              .        .    ....                       .              ..        .  ....    ....    .  .  .     .            
lowQualScore                  :                              1        7    7777                       2              88        0  8888    2222    0  0  0     1            
consensus                     :                        ACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCACTCCCC
Reference ( family-1048 )     :                        ACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAACGCGTATGATATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCACTCCCC
gi|1                          :                        ACTGTATAATGTATT-ATATAGTTTTAGTGCGCATGATGTTTAGCAG-AAATTGGATGTTCTTAAACATTTGGAC--GTGGAC----TTAA-TTATA-GTGGA-TGTT
gi|10                         :                       cACTGTA-AATGTATC-ATAT----TTAACGTGTTTGATAAT-AGCGG-A--TCTGATTTTCT--AACATTTG-AC--ATGGAC----TTAA-TT-TA-GCAGA-TGTTCACTCCCCacagtcgtactccct
gi|11                         :                        tCTGTA-AATGTATT-ATAT----TTAACGCATATGATATTTAGCGG-ATATTTGATTTTTT--AACATTTG-AC--GCCGAC----TTAA----TA-GCAGA-TGTTCACTTCCC
gi|12                         :                         CTGTA-AACGTATT-ATAT----CTAACGTATATGATATTTAGTGG-AA-TTTTATTTTCT--AACATTTG-AC--GCGGAC----TTAA-TT-CA-GTGGA-TGTT
gi|13                         :                        ACTGCA-AATGTACT-ATAT----TTAATGTTTATAATGTTTGGTGG-AAAAT--ATTCACT----TGTTTG-AC--TTAGGT----TTGC-TT-TA-aa
gi|14                         :                         atGTA-AACGTATT----------TAACACGTATGATATTTAGCGG-AAA---GGTTTTCT--AACATTT---------GAC----TTAA-TT-TA-GCGAA-TGTTCACTCCCaggagagatct
gi|15                         :                                  caata-ATGT----TTAACGCGTATTATATTTAGCAG-CAATTTCATTTTCT--AACATTTG-AC--G----C----TTAA-TT-TA-GCAGA-TGTTCCCTTCCC
gi|16                         :                                tgtaaTT-ATAT----TTAACA--TATAATACTTGGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTT---------GAC----TTCA-TT-TA-GCGGA-TGTTCAC
gi|17                         :                                                                TTGGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--ATGGAA----TTAA-TA-TA-TCAGA-TATTCAGTCCCCggaccc
gi|18                         :                                                                                 TCTCT--AACATTTG-AC--GCAGAC----TTAA-TT-CA-GCGGA-TGTTCACCCCCCccttt
gi|19                         :                                                                   aaatgtcaacaagTTTTCT--AACATTTG-AC--GCAGAT----TTAA-TT-TA-ACAAA-TGTTCACCCCCCcc
gi|2                          :                           GTA-AATGTATT-ATAT----TTAGTGCGTATGATGTTTAGCAG-AAATTGGATTTTCT--AACATTTG-AC--GTGGAC----TTAA-TTATA-GTGGA-TGTTTACa
gi|20                         :                                                                                         ACATTTG-AC--GTGGACT---TTAA-TT-TAGGCGAATTGTTCACTCCCagtttactccctctg
gi|21                         :                                                         ATG-TATTTAGCGG-AAATTTGATTTTCT--AACAT
gi|3                          :                        cCTGTA-AACGTATCCATAT----TCAACGCGTATGCTATTTAGTGGAAAATTTGCTGTTCT--AGTA-TTG-ACCACCGGAC----TTAA-TC-TA-AGGGA-TGTTTACTCCCC
gi|4                          :                      ttACTGTA-AACGTATT-ATAT----TTAATGTGAATAATATTTTGCGG-AAATTTGATTTTCT--TACTTTTT-AC--ATGGAC----TTAATTT-TA-GCGGA-TGTTCAACCCC
gi|5                          :                         CTGTA-AACGTATC-ATAT----TCAACGCGTATGCTATTTAGTGG-AAATTTGATGTTCT--AGTATTTG-AC--ACGGAC----TTAA-TC-TA-GCGGA-TGTTTACTCCCCtcca
gi|6                          :                       tATTGTA-AACGTATT-GTAT----TTATC-CGTATGATATTCTGCGT-AAATGTGATTTTCA--AACATTTG-GT--GCAGAT----TTGA-TT-TA-GCGGA-TATTCACTCCTCat
gi|7                          :                                                        tATGATATTTAGCGG-AAGTTTGATGTTCT--GACATTTG-AT--GTGGAC----TTGA-TT-TA-GCGGA-TGTTCTTGCCCCct
gi|8                          : ttacattttatggaaaatatataACTGTA-AATGTACT-ATAT----TTAATGCGCATGATATTTAGCGG-AAGTTTGATTTTCT--AACATTTG-AC--TCGGAC----TTAA-TT-TG-GGGGA-TTTTCACTCCCCcttttg
gi|9                          :                        ACTGTA-AACGTATC-ATAT----TTAATGCGTATGATTTTTAGCGT-AAATTTGATTGTGT--AACATTTG-AC--TCAGGCTTAATTAA-TT-TA-GCGGA-TGTTCAC