lowQualScore : 22222222 1111 44444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333 1111111 1111111111111 444444444444444 222222222222 1 11 11
lowQualScore : 6 8 22222222 1 888 99999 1 22 9999 77777777777777777777777777777777 444444 22 1 1111111111111111111111111 44 8888888 33 1 3333 3333333 22 1 888888888 8888888 555555 22 0000000000000 5555555 22 0 222222222222222 2 2 5 99 000000000000 4 555 3 33 888888 3 55 88 55 888
lowQualScore : . . ........ . ... ..... . .. .... ................................ ...... .. . ......................... .. ....... .. . .... ....... .. . ......... ....... ...... .. ............. ....... .. . ............... . . . .. ............ . ... . .. ...... . .. .. .. ...
lowQualScore : 0 2 99999999 6 000 66666 6 22 2222 55555555555555555555555555555555 444444 11 5 5555555555555555555555555 00 5555555 44 7 7777 0000000 55 8 000000000 8888888 555555 66 5555555555555 9999999 88 2 555555555555555 7 7 9 99 000000000000 3 444 8 88 888888 3 11 33 55 555
consensus : NNNCATTATGAACGGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAAGA-TGG----AGAAAATATTCAAAA-TCGATGT---G-ACCA-A--T--G-TCAT--TG---TG-T-------AT----A------TGATACA------AAAA-TAA-TGA---C---T-----AT-----G----CTG--AA------GTAC-CA-GT----A------GGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTG------TACAT------G--A-------------A-------AA--AAGCTATAAA--A---C---TC--TTC-TTTG-ATCCAC-TGTAAATTGT-AG---------GAAAA---TATTAGATCCC------TGG-TCAG-AACAATGT-GAACATCA--TTA-AATGAT
Reference ( gi|5 ) : ACGCATTATAAACCGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAAGA-CAA----AGAAAATATTCAAAA-TTGGTGT---A-ACCA-A--T--T-TCAT--T----TG-C-------AC----A------CGATACA------AAAA-TAA-TGA---C---T-----AT-----G----CTG--AA------GTAT-CA-GT----A------AGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTA------TACAT------G--A-------------A-------AA--AAGCTATAAG--A---T---TC--TTC-TTTG-ATCTAA-TGTAAATTGT-GG---------GACAA---TATTAGATATC------TGG-TCAA-AACAATGT-CAACATCA--TCA-AATGAT
gi|16 : CAATATGAAGGGTACTTTGTGTATTGAGGAAAAAGATC-------TAAAATATTCGAAA-CCAATAT---G-ATCA-G--T--G-CCATTGT----TA-A-------AC----T------TGGTGTA------AAAA-TAA-TTAATGT---T-----AT-----G----TCG--AG------GTAC-CA-TT----A------GGAA
gi|28 : ttgatgtagggaacatctattagaATCATGAGCGGTACTTTGTGCATTGAAGAAAACGA-TGG----AGAAAATATTCAAAA-TCGATGT---G-ATTA-A--T--G-TCAT--T----
gi|10 : tggatgtatggcatTTATGTACAGTACTTTGTGTAATGAGGAAAAAGA-TAG----AGAAAATATTCAAAATTTGATGT---G-ACCA-A--T--G-CAATTGT----TG-T-------TT----A------TAGTACA------AACA-TAA-CGG---C---TCTA--AT-----G----CTA--AG------GTgtt
gi|15 : gtatcgctaaacacgggcatgatgaatgtgatcaaatatgccattacgcacaaaaacgacttaacaattactgtgataatgaaagtatgagcagtaacagagactTATGAGCCGTATCTTTTGCATCGAGGACAGAGA-TGA----AGAAAAGGACCAAAA-TTGATGT---G-ACCG-A--A--G-TCGCTGT----TG-G-------AT----AAGATACTGATACA------AAAA-TAA-CTA---CTGTT-----AC-----G----CCA--AA------ATGT-CA-GTGTTCA------GGAAA--GTTAAAAAT-----A---CTCTTG------TATA
gi|2 : atagataaAACTGCAATTTTTGCATTCAGCAA---GA-TGG----AGAAATTATTCTATA-TTAATGT---G-ACCA-A--T--G-TCAT--TGT--TG-T-------TA----A------TGACACA------AAAG--AA-TGA---CGGTT-----AT-----G----CTG--AGATACATGTAC-CA-GT----A------GGACA--G-TGAGCAA-----T---CCCTTG------TACAT------G--A-------------A-------aa
gi|24 : tgtaattcgcaaattcgtatatgtaaaaatgtaaaatatgagtcgttccacttataaacaaacgtctcctaaattacataatatactacatgacatggaggatagtgagcaggaacagagaaattccttTGCATTGTGGGAAAAGT-AGA----AGAAAATATTAAAAA-TAGGTGT---G-ACCA-A--T--G-TCAT--T----TG-T-------AT----T------TGATACA------AAAA-TAA-TGA---CTGTT-----AT-----T----CTG--AA------GTAC-CA-GT----A------GGAAA--A-TGAACAt
gi|1 : ATTGAG-AAAACGA-CTG----AGAAAATATTCAAAA-----TGT---G-ATTA-A--T--G-TCATTGT----TG-T-------AT----A------TCACACA------A------------------------AT-----G----CTG--AA------GTTC-CA-GT----A------GG
gi|29 : ACTGAAGAAAAAGA-TGG----ACAAAATATTCAAAA-TCGATGT---G-ACCT-A--T--G-TCAT--T----ttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagacataacccttgtacatgaaaaaagctctaaaattactcctctttgatccactgtaaagtgtaaaaccatataagaaatccgcggatgtttaagaacaatgtggaacatcattatcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|19 : TTGAGGAAAATGA-TGG----AGAAAGGATCCAACA-TCAATGT---G-ACTA-A--T--G-TCAT--TGT--TG-T-------AC----A------TGATACA------AAAA-TAA-TGA---C---TGTTATAT-----G----CTG--AA------GTAT-TA-GT----A------GGAAA--G-TGAGCAC-----A---CCC-TG------TACAT------G--A-------------T-------AA--Agttgttaaggactgcaatgctgaaaacgatataa
gi|6 : AGGAAAAAGA-TTATGGCAGGAAATAAT----A-TC--TAT---A--TCA-A--T--G-TCATGAT----TGTC-------AGTATAA------TGATACA------AAAA-TAA-TTA---C---TGTT--AT-----GTTAACTT--AA------GTAC-CG-GT----A------GGAAA--G-TAAACAT-----A---TTTTCA------TACAT------G----------------A-------AA--GAGCTATCAA--A---C---TA--TTC-TTTG-ATCCAC-TGTTAATTGT-AGCA-------GATA-----ATCAGAT-CC------TGG-TTAA-AACAACGT-GAACATCA--TTA-CAT
gi|20 : AGGAAAAAGA-TGG----AGAAAATATTCAAAA-CTGATAA---G-ACCA-A--T--G-TCAT--T-----G-T-------GT----T------TCATACA------AAAA-TAA-AGA---C---TGTT--AT-----G----CTG--AA------GTCA-CA-GC----T------AGGAA--G-TGTACAT-----A---CCCTTG------TACAT------G--A-------------A-------AT--AAGCTATagtaataaattgtccaaaata
gi|26 : AGGAAGAAGA-TGG----AGAAAATATTAAAAA-TCGGTGT---G-ATCA-A--C--G-TCATTGT----TG-T-------AT----A------CAATACA------------------------------------------------AA------GTAT------------------GAAA--G-TGAGCGT-----A---CTCTTA------TACAT------G--A-------------A-------AA--AAACTATAA
gi|13 : GAAAAAGA-TGT----AGAAAATATTCAAAA-TTGACGT---G-ATCA-T--T--G-TCAT--T-----G-T-------AT----A------CGGTACA------AAA-----------------------T-----G----CTG--AA------GTCC-CA-AT----A------CAAAA--G-TTAACAT---------TCATTAAGTTTGTATGT------G--A-------------A-------AA--A---------------T---TC--T-C-TTTG-ATCCAC-TTTAAATTGT-AG---------GAAAA---TACTAGATCCC------TGG-TCAG-AACGATGT-
gi|22 : cAAAAAGA-TCG----AATAAATACTCAAAA-TTGATAT---G-ACAA-A--T--G-TCAT--TGC--TG-T-------AT----A------CAATACA------AATG-TAA-TGA---CTGTT-----AT-----A----CTG--AA-------TGC-CA-GC----A------GGAAA--G-TGAAC---------------------------C------G--A-------------A-------AG--AAGCTATAAga
gi|9 : AAAAGA-TGG----AGAAAATATTCAACA-TTGATGT---G-ATCA-A--T--G-TCAT--TGT--TG-T-------AT----A------TGATATA---------------------T---T-----GT-----A----CTA--AA------GTAT-CA-GT----A------GGAAT--G-AGAACAT-----A---CCCTTG------CACAT------G--A-------------A-------TG--AAGCTATAAC--A---CA--TA--CTG-TTTACATTCAT-TGTAAATTGT-AC---------GAAGA---TACTGGATTTC------TGG-TCAG-AAAAGTGT-GAGCATCA--TTA-ATTGATa
gi|18 : AAAAGA-TGA----AGAAATTATTCAAAA-GCGATGT---G-ACCG-A--T------------------C-------AT----A------CAATAAA------AAAA-TAT-TGA---T---T-----GT----------CTGT-AA--------------------A------GGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTG------CACAT------G----------------A-------AA--ACGCTCT---------T---TT--TTC-T-----TCTAA-TGTAGACTGT-AG---------GAgatgaagtactgtacaaaattt
gi|31 : AAGA-TGG----AGAAAAT--TCAACT-TTGATGT---G-ACCA-A--T--G-TCAT--TGTTGTA-T-------AT----A------TGATACA------AAAATTAA-TG
gi|23 : A----AGAAAATATTCAAAA-TCAATGT---G-GCCA-A--T--G-TTAT--TGT--TG-T-------GT----A------TGATACA------AAAA-TAA-TGA---C---TT----GT-----G----CCT--AA------GTAT-CA-GT----A------GGAAA--G-TGAACTT-----A---TCCTTG------TACTT------G--A-------------A-------AA--GAGcca
gi|4 : tg----AGAGAATA---AAAA-TTA---T---G-ACCA-A--G--T-CTAT--T----TA-TTCTCGTAAT----A------TGATAGACCTGTCAAAA-TAAATAA---C---T-----GTTATTCG----CTGTGAA------GAAC-CA-GT----A------GGGAA--G-TTAACATGT---A---GCCCTG------TACAT------G--A-------------A-------GC--AAGCTATAAA--A---A---ACAATTC-TTTT-ATCCAC-TGTAAATAGT-AA---------AAAAAAAATATTAGTTATC------TGG-TCAG-AACAATGC-GAACATCA--CTC-AATGATt
gi|21 : g----AGAAAACATTCACAA-TCAATGT---G-ACTA-A--T--C-TCAT--TGT--TG-T-------AT----AAT----TGATACA------AAAA-TCA-TCA--------------------A----CTG--AAA-----GTAC-CA-AT----A------GAAAA--A-CGAATAT-----A---TCTTTG------TATGT------G--A-------------A-------AA--AGGTTaatgaaatagtgtacaaaat
gi|14 : gagaaataatgg----AGAAAATATTCATTA-TCAATGTC--ACACTG-A--T--G-TCAT--T-----G-T-------AT-----------TGTTACA------AAAA-TAA-TGA---C---T-----GT-----T----TAT--AA------TTAT-TA-------A------CTAAA--G-T--AC-C-----A---CTTTTA------TACAT------G--A-------------AGACCTATAA--ACACTATAA---A---C---TA--TTCAATTG-ATACAAGTGTGAA
gi|7 : gAAAATACTGAAAA-TCAATGTCATA-ATAATA--T--T-T--T--G----TG-C-------AT----A------TGAGACA------AAAA-TAA-TGA---CTATT-----AT-----G----CTG------------AT-TACGT----A------GAACA--G-TAAACAC-----G---CCCTTG------TA-AG------G--G-------------A-------AC--ACGTTGTAAA--A---CTG-TC--CTC-TTTG-ATC-AA-T-TAAATTGTAAG---------AAAAA---TA-TAGATCCC------T-G-TCAA-AACAATGT-AAACA-CA--TAATAATGAcatcattataatggtaataa
gi|27 : atgaggtgtataAAAATATACATAA-TGGATGT---G-ACCA-AAGTAAG-TCAT--TGT--CG-T-------AT----A------TGATACA------AAAA-TGA-CAG---T---T-----AT-----G----CTA--AA------ATGC-CA-GT----C------GGAAA--G-TGAACAT-----A---ACCTTG------Tagtatgcacttgtgcagtatct
gi|12 : AATTATTCAACA-TCAATGT---G-ACCA-A--T----------------G-C-----------------------TACA------AAA--TAA-TGA---T---T-----AT----------TTA--TT------ATAC-CA-GT----A-------------------CAT-----A---CCCTTG------TACATATATATG--G-------------A-------AA--AAGCC--------------------TC-TTTC-ATCTAC-TGTGAATTGC-AA---------GAAAA---TATTAGATCCC------TGGCTCAG-AACAGAGT-GACCATTATTTC--AATGATt
gi|34 : agATGCAACA-CCAATGT---A-ACCA-A--TA-TGTCAT--TGT--TG-T-------AT----A------TGATACA------AAAA-TAA-Tagtgaagcactgtacaaaatcta
gi|8 : ATACA------AA-------TGA---C---T-----GTTGT--G----CTG--AAC-----GTAC-CA-GT----A------GGAAAATG-TGAACATATATAA---TCCTTG------TACGT------G--A-------------A-------A
gi|11 : TACG------AGAC-CAA-TGT---C---A-----GT-----G----CTG--TA-------TATACA-GC----ACCCAATGGAAA--A-TAAACAA-----A---TTTTTG------TACAT------GACA-------------A-------AA--AAGC-ATTA---A---TCGCCC--TTT-TTTG-ATATAT-CGTGAACCAT-AG---------AAAAA---CGGAAGATCAC------AGA-TCAG-ACCAATGT-GAGCATCA--TTA-AAtgaatatatatcccttgtacatgacaaaaaaaaaaaaaaaccaaactataaaacacttcttatgatgtcactgtaggaaaattgtagatccctggtcagaacagtgtgaacctcataaaatgctaatagagtttggttacaaaatttttaag
gi|25 : aaatggggaacagattcaatatcCA------AAGA-TAA-CGATTGC---T-----AT-----G----CTG--CT------GTAC-CA-GT----A------GGAAA--G-TGAGCAT-----A---CTCTTG------TACAT------G--A-------------A-------AA--AAGCTACAAAACA---C---TC--CTC-TTTG-GCCCAA-CGTAAATTGT-AA---------GAatgccgataaagtgttgtaaaaaa
gi|8 : gAA--A-TGAATAT-----ATATCCCTTG------TACAT------G--ACAAAAAAAAAAAAA-------AACCAAACTATAAA--A---C---AC--TTC-TT---AT--GA-TGTCA-CTGT-AG---------GAAAA---TTGTAGATCCC------TGG-TCAG-AACAGTGT-GAACCTCA--TAA-AATGaa
gi|1 : atacaaatgactgttgtgctgaacgtaccagtaggaaaatgtgaacatatataatccttgtacgtgACAT-----AA--CCCTTG------TACAT------G--A-------------A-------AA--AAGCTCTAAA--A---TTACTC--CTC-TTTG-ATCCAC-TGTAAAGTGT-AA---------AACCA---TATAAGAAATCCGCGGATGT-TTAAGAACAATGTGGAACATCA--TTA-ctaatagagtttggttacaaaatttttaag
gi|3 : attgagaaaacgactgagaaaatattcaaaatgtgattaatgtcattgttgtatatcacacaaatgctgaagttccagtaggttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagag---CCCTTG------CACAT------G--A-------------T-------AA--AAGCTACAGA--ACACT---TC--T-C-TTTG-GTCCAC-TGTAAATTGT-AG---------GAATA---TATT--ATATC------tcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|17 : agaaacattcaaatcgatgcgactcaagattacatatacatgtatataaaaaccgatgtgc-------AA--AAGCTATAAA--A---C---A---------TG-ATCCAC-AGTAAATTAT-AG---------GA-----------GATCCC------TGG---------AATGT-GAACATCA--TTA-AATGATcctagaaatgataataaagtattgaacaaaatttcaaagctatctaatacacaatttaactcaataaccaacagaagtgtttaaaatgacgatagagaagtgatcaaagcataaacattcactcccctctagatcaaat
gi|30 : cTC-TTTG-ATCCAC-TGTAAAGTGT-AAACCGTATAAGAAAA---CATTAAATCCC------TGA-TTAA-AACAATGT-GAACATCA--TTA-aatgaggtacatgtattgtacaaaatttcagggctatatccaataagccagatagatggtggtcactaggc
gi|33 : aaaagcTAAATTGT-AG---------GAAAA---TACTAGATCCC------TGG-TCAG-AACGATGT-
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): CTGAGGGAAAGGATGGAGAAAAATCATCAAAGTACGATGTGCCACGTCATTGTTGTA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 3333333333333333333333333 11111 1111111111111 111111111111
lowQualScore : 5 1 333 1 11 1 1 55 11 33 33333 222 222 5555 1 000000 1 444444 1 1 1111111111111111111111111 55 666666 1 1 3333 22 1 11111 444 2222222222222 22 0 33 888888888888 33 2 2 2 999999999 444 2 33 1 99999 2 2 3 6
lowQualScore : . . ... . .. . . .. .. .. ..... ... ... .... . ...... . ...... . . ......................... .. ...... . . .... .. . ..... ... ............. .. . .. ............ .. . . . ......... ... . .. . ..... . . . .
lowQualScore : 2 9 222 7 99 4 4 22 99 88 44444 444 444 2222 5 222222 5 111111 4 5 6666666666666666666666666 44 222222 7 7 5555 44 7 11111 666 5555555555555 66 2 11 666666666666 44 5 5 4 444444444 777 7 77 1 33333 9 9 3 7
consensus : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC--TC--CTCT--T-TG-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
Reference ( family-1010 ) : NNNCATTATGAACGGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC--TC--TTCT--T-TG-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
gi|1 : ATTGAG-AAAAC-GAC---TG-AGAAAATAT--TCAAA------ATGTGAT--TAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTA-TA------TC-ACACA------A------------------------AT-----G----CTG--AA------GTTCC-AG-T----AGG
gi|1 : ACAT-----AA--CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTCT--AAAATTAC--TC--CTCT--T-TG-AT-CCACTGTAAAGTGTAA---------AACCA---TAT-AAGAAATCCGCGGATGTTTAAGAACAA-TGTGGAACATCA-TTA-ttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagacataacccttgtacatgaaaaaagctctaaaattactcctctttgatccactgtaaagtgtaaaaccatataagaaatccgcggatgtttaagaacaatgtggaacatcattatcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|10 : attgagaaaacgactgagaaaatattcaaaatgtgattaatgtcattgttgtatatcacacaaatgctgaagttccagtaggttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagTTATGTACAGTACTTTGTGTAATGAGGAAAAA-GAT---AG-AGAAAATAT--TCAAAATT-TGATGTGAC--CAA--T--GCA-----A---T---TGTT--GTT-TA------TA-GTACA------AACA-TAA-CGG---C-----TCTAAT-----G----CTA--AG------GTtcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|11 : gtatcgctaaacacgggcatgatgaatgtgatcaaatatgccattacgcacaaaaacgacttaacaattactgtgataatgaaagtatgagcagtaacagagactA-AAT---GG-GGAACAGAT--TCAATA-T-CTACGAGAC--CAA--T--GTC-----A---G---TGCT--GTA-TA------T------------------------A---C---------------------------A------GCACCCAA-T-----GGAAA--A-TAAACAA-----A---TTTTTGTACATGACA-----------AAA--AAGC-AT--TAATC-GC--CC--TTTT--T-TG-AT-ATATCGTGAACCATAG---------AAAAA---CGG-AAG--ATCACAGA-----TCAGACCAA-TGT-GAGCATCA-TTA-AA
gi|12 : AATTAT--TCAACA-T-CAATGTGAC--CAA--T--GC------------------------------------TACA------AAA--TAA-TGA---T-----T---AT----------TTA--TT------ATACC-AG-T----A-------------CAT-----A---CCCTTGTACATAT-------------A--------TATGGAAA---AA--GC--CTCT--T-TC-AT-CTACTGTGAATTGCAA---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGGC----TCAGAACAG-AGT-GACCATTATTTC-AATGATatgccgataaagtgttgtaaaaaa
gi|13 : agGAAAAA-GAT---GT-AGAAAATAT--TCAAAA-T-TGACGTGAT--CAT--T--GTC-----A---T---TG-T----A-TA------CG-GTACA------AAA-----------------------T-----G----CTG--AA------GTCCC-AA-T----ACAAAA--G-TTAACATTCATTA---AGTTTGTATGTGA-------------AAA--A------------------TT--CTCT--T-TG-AT-CCACTTTAAATTGTAG---------GAAAA---TAC-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACGA-TGT-GAagtgaagcactgtacaaaatcta
gi|14 : cG-AGAAAATAT--TCATTA-T-CAATGTCACACTGA--T--GTC-----A---T---TG-T--AT----------TG-TTACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---GT-----T----TAT--AA------TTATT-A-------ACTAAA--G-T--AC-C-----A---CTTTTATACATG---------------AA--GACCTAT--AAA--------------------------CACTATAAAC----------------------TAT-TCA--AT---TGA-----T----ACAAGTGT-GAACATCA-TTATAATGGT
gi|15 : TATGAGCCGTATCTTTTGCATCGAGGACAGA-GAT---GA-AGAAAAGGA--CCAAAA-T-TGATGTGAC--CGA--A--GTC-----G---C---TGTT--GGA-TAAGATACTG-ATACA------AAAA-TAA-CTA---CTGT--T---AC-----G----CCA--AA------ATGTC-AG-TGTTCAGGAAA--GTTAAAAAT-----A---CTCTTGTATAaataa
gi|16 : atagataaCAATATGAAGGGTACTTTGTGTATTGAGGAAAAA-GAT------CTAAAATAT--TCGAAA-C-CAATATGAT--CAG--T--GCC-----A---T---TG-T---TA-AACT----TG-GTGTA------AAAA-TAA-TTAATGT-----T---AT-----G----TCG--AG------GTACC-AT-T----AGGAAaa
gi|17 : ttgatgtagggaacatctattagaAA--AAGCTAT--AAA---AC--A-----------TG-AT-CCACAGTAAATTATAG---------GA------------G--ATCCCTGG------------AA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
gi|18 : cAAAA-GAT---GA-AGAAATTAT--TCAAAA-G-CGATGTGAC--CGA--T-------------------------CA-TA------CA-ATAAA------AAAA-TAT-TGA---T-----T---GT----------CTGT-AA--------------------AGGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTGCACATGA-------------AAA-----C-----------GC--TC--TTTT--T-TC-TT-CTAATGTAGACTGTAG---------GAaatgaggtacatgtattgtacaaaatttcagggctatatccaataagccagatagatggtggtcactaggc
gi|19 : TTGAGGAAAAT-GAT---GG-AGAAAGGAT--CCAACA-T-CAATGTGAC--TAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTA-CA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---CTGTTAT---AT-----G----CTG--AA------GTATT-AG-T----AGGAAA--G-TGAGCAC-----A---CCC-TGTACATGA-------------TAA--A
gi|2 : AACTGCAATTTTTGCATTCAGCAA----GAT---GG-AGAAATTAT--TCTATA-T-TAATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTT-AA------TG-ACACA------AAAG--AA-TGA---CGGT--T---AT-----G----CTG--AGATACATGTACC-AG-T----AGGACA--G-TGAGCAA-----T---CCCTTGTACATGA-------------A
gi|20 : tgtaattcgcaaattcgtatatgtaaaaatgtaaaatatgagtcgttccacttataaacaaacgtctcctaaattacataatatactacatgacatggaggatagtgagcaggaacagagaaattccttAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-C-TGATAAGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GT--T-------TC-ATACA------AAAA-TAA-AGA---CTGT--T---AT-----G----CTG--AA------GTCAC-AGCT----AGG-AA--G-TGTACAT-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAT--AAGCTAT--t
gi|21 : GAGAAATAAT---GG-AGAAAACAT--TCACAA-T-CAATGTGAC--TAA--T--CTC-----A---T---TGTT--GTA-TAAT----TG-ATACA------AAAA-TCA-TCA--------------------A----CTGA-AA------GTACC-AA-T----AGAAAA--A-CGAATAT-----A---TCTTTGTATGTGA-------------AAA--AGGTT
gi|22 : AAAAA-GAT---CG-AATAAATAC--TCAAAA-T-TGATATGAC--AAA--T--GTC-----A---T---TGCT--GTA-TA------CA-ATACA------AATG-TAA-TGA---CTGT--T---AT-----A----CTG--AA-------TGCC-AG-C----AGGAAA--G-TGAAC---------------------CGA-------------AAG--AAGCTAT--AAA---
gi|23 : T---GA-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CAATGTGGC--CAA--T--GTT-----A---T---TG-TT-GTG-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----TT--GT-----G----CCT--AA------GTATC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACTT-----A---TCCTTGTACTTGA-------------AAA--GAG
gi|24 : TGCATTGTGGGAAAA-GTA---GA-AGAAAATAT--TAAAAA-T-AGGTGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---T--T--GTA-TT------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---CTGT--T---AT-----T----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--A-TGAACAt
gi|25 : CA------AAGA-TAA-CGATTGC-----T---AT-----G----CTG--CT------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAGCAT-----A---CTCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAC--AAAAC-AC--TC--CTCT--T-TG-GC-CCAACGTAAATTGTAA---------GAAA
gi|26 : gAGGAAGAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TAAAAA-T-CGGTGTGAT--CAA--C--GTC-----A---T---TGTT--GTA-TA------CA-ATACA------A-------------------------------------------------------AG-T----ATGAAA--G-TGAGCGT-----A---CTCTTATACATGA-------------AAA--AAACTAT--AA
gi|27 : AAAATAT--ACATAA-T-GGATGTGAC--CAAAGTAAGTC-----A---T---TG-TC-GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TGA-CAG---T-----T---AT-----G----CTA--AA------ATGCC-AG-T----CGGAAA--G-TGAACAT-----A---ACCTTGT
gi|28 : ATCATGAGCGGTACTTTGTGCATTGAAGAAAAC-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAT--TAA--T--GTC-----A---T---TG-T--t
gi|29 : tggatgtatggcatACTGAAGAAAAA-GAT---GG-ACAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CTA--T--GTC-----A---T---TG-T--t
gi|3 : AAACAT--TCAAA--T-CGATGCGACT-CAA--G--ATT-----A-------CA-T--ATA-CA------TGTATATA------AAAA-tgttaaggactgcaatgctgaaaacgatataa
gi|3 : ag---CCCTTGCACATGA-------------TAA--AAGCTAC--AGA---AC--AC--TTCTCTT-TG-GT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAATA---TAT-TAT--ATCCCTAG-----ccgatgtgccccttgcacatgataaaagctacagaacacttctctttggtccactgtaaattgtaggaatatattatatccctagaaatgataataaagtattgaacaaaatttcaaagctatctaatacacaatttaactcaataaccaacagaagtgtttaaaatgacgatagagaagtgatcaaagcataaacattcactcccctctagatcaaat
gi|30 : agaaacattcaaatcgatgcgactcaagattacatatacatgtatataaaaaccgatgtgcTCT--T-TG-AT-CCACTGTAAAGTGTAAACCGTATAAGAAAA---CAT-TAA--ATCCCTGA-----TTAAAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-aaatgataataaagtattgaacaaaatttcaaagctatctaatacacaatttaactcaataaccaacagaagtgtttaaaatgacgatagagaagtgatcaaagcataaacattcactcccctctagatcaaat
gi|31 : aaaagcAA-GAT---GG-AGAAAAT----TCAACT-T-TGATGTGAC--CAA--T--GTC-----ATTGT---TG-T--ATA-TA------TG-ATACA------AAAATTAA-TG
gi|32 : TGAGGGAAAG-GAT---GG-AGAAAA-ATCATCAAAG-TACGATGTG-C--C-A--C--GTC-----A---T---TGTT--GTA-cca
gi|33 : c-CCACTTTAAATTGTAG---------GAAAA---TAC-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACGA-TGT-GA
gi|34 : AT--GCAACA-C-CAATGTAAC--CAA--TATGTC-----A---T---TG-TT-GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-Ttattt
gi|4 : G-AGAGAATA-----AAAA-T----TATGAC--CAA-----GTCTATTTA---T---TC-TC-GTAATA------TG-ATAGACCTGTCAAAA-TAAATAA---C-----T---GTTATTCG----CTGTGAA------GAACC-AG-T----AGGGAA--G-TTAACATGT---A---GCCCTGTACATGA-------------AGC--AAGCTAT--AAA---AA--ACAATTCT--T-TT-AT-CCACTGTAAATAGTAA---------AAAAAAAATAT-TAG--TTATCTGG-----TCAGAACAA-TGC-GAACATCA-CTC-AATGAT
gi|5 : CATTATAAACCGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAC---AA-AGAAAATAT--TCAAAA-T-TGGTGTAAC--CAA--T--TTC-----A---T---T--T--GCA-CA------CG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTATC-AG-T----AAGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTATACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAG---AT--TC--TTCT--T-TG-AT-CTAATGTAAATTGTGG---------GACAA---TAT-TAG--ATATCTGG-----TCAAAACAA-TGT-CAACATCA-TCA-AATGATaatgaaatagtgtacaaaat
gi|6 : acgAGGAAAAA-GATTATGGCAGGAAATAA--T----A-T-CTATAT-----CAA--T--GTC-----A---TGATTG-TCAGTA-TAA-----TG-ATACA------AAAA-TAA-TTA---C-----TGTTAT-----GTTAACTT--AA------GTACC-GG-T----AGGAAA--G-TAAACAT-----A---TTTTCATACATGA-------------AAG--A-GCTAT--CAA---AC--TA--TTCT--T-TG-AT-CCACTGTTAATTGTAG---------CAGAT---AAT-CAG--AT-CCTGG-----TTAAAACAA-CGT-GAACATCA-TTA-CAT
gi|7 : AAAATAC--TGAAAA-T-CAATGTCATAATAA--T--ATT---------T---TG-T--GCA-TA------TG-AGACA------AAAA-TAA-TGA---CTAT--T---AT-----G----CTG---A------TTAC---G-T----AGAACA--G-TAAACAC-----G---CCCTTGTA-AGGG-------------AAC--ACGTTGT--AAA---ACTGTC--CTCT--T-TG-AT-CAAT--TAAATTGTAA---------GAAAA----ATATAG--ATCCCT-G-----TCAAAACAA-TGT-AAACA-CA-TAATAATGAagtaataaattgtccaaaata
gi|8 : atgaggtgtata-ATACA------AA-------TGA---C-----T---GTTGT--G----CTG--AAC-----GTACC-AG-T----AGGAAAATG-TGAACATATATAA---TCCTTGTACGTGA-------------AAagtatgcacttgtgcagtatct
gi|8 : AA--A-TGAATAT-----ATATCCCTTGTACATGACAAAAAAAAAAAAAAACCAAACTAT--AAA---AC--AC--TTCT--TATG-ATGTCACTGTA-------G---------GAAAA---TTG-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAG-TGT-GAACCTCA-TAA-AATGtgaatatatatcccttgtacatgacaaaaaaaaaaaaaaaccaaactataaaacacttcttatgatgtcactgtaggaaaattgtagatccctggtcagaacagtgtgaacctcataaaatgctaatagagtttggttacaaaatttttaag
gi|9 : atacaaatgactgttgtgctgaacgtaccagtaggaaaatgtgaacatatataatccttgtacgtgAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAACA-T-TGATGTGAT--CAA--T--GTC-----A---T---TG-TT-GTA-TA------TG-ATATA---------------------T-----T---GT-----A----CTA--AA------GTATC-AG-T----AGGAAT--G-AGAACAT-----A---CCCTTGCACATGA-------------ATG--AAGCTAT--AAC---ACA-TA--CTGT--T-TACAT-TCATTGTAAATTGTAC---------GAAGA---TAC-TGG--ATTTCTGG-----TCAGAAAAG-TGT-GAGCATCA-TTA-ATTGATctaatagagtttggttacaaaatttttaag
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 3333333333333333333333333 1111111111111 22222222222
lowQualScore : 1 1 333 1 11 1 1 55 11 33 33333 222 222 5555 1 000000 1 444444 0 1 1 0000000000000000000000000 55 666666 1 1 3333 22 1 77777777777 444 2222222222222 22 0 33 11111111111 2 2 2 999999999 444 2 33 1 99999 2 2 3 6
lowQualScore : . . ... . .. . . .. .. .. ..... ... ... .... . ...... . ...... . . . ......................... .. ...... . . .... .. . ........... ... ............. .. . .. ........... . . . ......... ... . .. . ..... . . . .
lowQualScore : 0 9 222 7 99 4 4 22 99 88 44444 444 444 2222 5 222222 5 111111 2 4 5 7777777777777777777777777 44 222222 7 7 5555 44 7 22222222222 666 5555555555555 66 2 11 22222222222 5 5 4 444444444 777 7 77 1 33333 9 9 3 7
consensus : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC--TC--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
Reference ( family-1010 ) : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC--TC--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
gi|1 : ATTGAG-AAAAC-GAC---TG-AGAAAATAT--TCAAA------ATGTGAT--TAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTA-TA------TC-ACACA------A------------------------AT-----G----CTG--AA------GTTCC-AG-T----AGG
gi|1 : ACA-----T-----AA--CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTCT--AAAATTAC--TC--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAAGTGTAA---------AACCA---TAT-AAGAAATCCGCGGATGTTTAAGAACAA-TGTGGAACATCA-TTA-ttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagacataacccttgtacatgaaaaaagctctaaaattactcctctttgatccactgtaaagtgtaaaaccatataagaaatccgcggatgtttaagaacaatgtggaacatcattatcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|10 : attgagaaaacgactgagaaaatattcaaaatgtgattaatgtcattgttgtatatcacacaaatgctgaagttccagtaggttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagTTATGTACAGTACTTTGTGTAATGAGGAAAAA-GAT---AG-AGAAAATAT--TCAAAATT-TGATGTGAC--CAA--T--GCA-----A---T---TGTT--GTT-TA------TA-GTACA------AACA-TAA-CGG---C-----TCTAAT-----G----CTA--AG------GTtcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|11 : gtatcgctaaacacgggcatgatgaatgtgatcaaatatgccattacgcacaaaaacgacttaacaattactgtgataatgaaagtatgagcagtaacagagactA-AAT---GG-GGAACAGAT--TCAATA-T-CTACGAGAC--CAA--T--GTC-----A---G---TGCT--GTA-TA------T------------------------A---C---------------------------A------GCACCCAA-T-----GGAAA--A-TAAACA-----A-----A---TTTTTGTACATGACA-----------AAA--AAGC-AT--TAATC-GC--CC--TTTTT-TG-AT-ATATCGTGAACCATAG---------AAAAA---CGG-AAG--ATCACAGA-----TCAGACCAA-TGT-GAGCATCA-TTA-AA
gi|12 : AATTAT--TCAACA-T-CAATGTGAC--CAA--T--GC------------------------------------TACA------AAA--TAA-TGA---T-----T---AT----------TTA--TT------ATACC-AG-T----A-------------CA-----T-----A---CCCTTGTACATAT-------------A--------TATGGAAA---AA--GC--CTCTT-TC-AT-CTACTGTGAATTGCAA---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGGC----TCAGAACAG-AGT-GACCATTATTTC-AATGATatgccgataaagtgttgtaaaaaa
gi|13 : agGAAAAA-GAT---GT-AGAAAATAT--TCAAAA-T-TGACGTGAT--CAT--T--GTC-----A---T------T--GTA-TA------CG-GTACA------AA-----------------------AT-----G----CTG--AA------GTCCC-AA-T----ACAAAA--G-TTAACATTCATT-----A---AGTTTGTATGTGA-------------AAA--A------------------TT--CTCTT-TG-AT-CCACTTTAAATTGTAG---------GAAAA---TAC-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACGA-TGT-GAagtgaagcactgtacaaaatcta
gi|14 : cG-AGAAAATAT--TCATTA-T-CAATGTCACACTGA--T--GTC-----A---T---TG-T--AT----------TG-TTACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---GT-----T----TAT--AA------TTATT-A-------ACTAAA--G-T--AC------C-----A---CTTTTATACATG---------------AA--GACCTAT--AAA------------------------CACTATAAAC----------------------TAT-TCA--AT---TGA-----T----ACAAGTGT-GAACATCA-TTATAATGGT
gi|15 : TATGAGCCGTATCTTTTGCATCGAGGACAGA-GAT---GA-AGAAAAGGA--CCAAAA-T-TGATGTGAC--CGA--A--GTC-----G---C---TGTT--GGA-TAAGATACTG-ATACA------AAAA-TAA-CTA---CTGT--T---AC-----G----CCA--AA------ATGTC-AG-TGTTCAGGAAA--GTTAAAAA-----T-----A---CTCTTGTATAaataa
gi|16 : atagataaCAATATGAAGGGTACTTTGTGTATTGAGGAAAAA-GAT------CTAAAATAT--TCGAAA-C-CAATATGAT--CAG--T--GCC-----A---T---TG-T---TA-AACT----TG-GTGTA------AAAA-TAA-TTAATGT-----T---AT-----G----TCG--AG------GTACC-AT-T----AGGAAaa
gi|17 : ttgatgtagggaacatctattagaAA--AAGCTAT--AAA---AC--A---------TG-AT-CCACAGTAAATTATAG---------GA------------G--ATCCCTGG------------AA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
gi|18 : cAAAA-GAT---GA-AGAAATTAT--TCAAAA-G-CGATGTGAC--CGA--T-------------------------CA-TA------CA-ATAAA------AAAA-TAT-TGA---T-----T---GT----------CTGT-AA--------------------AGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTGCACATGA-------------AAA-----C-----------GC--TC--TTTTT-TC-TT-CTAATGTAGACTGTAG---------GAaatgaggtacatgtattgtacaaaatttcagggctatatccaataagccagatagatggtggtcactaggc
gi|19 : TTGAGGAAAAT-GAT---GG-AGAAAGGAT--CCAACA-T-CAATGTGAC--TAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTA-CA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---CTGTTAT---AT-----G----CTG--AA------GTATT-AG-T----AGGAAA--G-TGAGCA-----C-----A---CCC-TGTACATGA-------------TAA--A
gi|2 : AACTGCAATTTTTGCATTCAGCAA----GAT---GG-AGAAATTAT--TCTATA-T-TAATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTT-AA------TG-ACACA------AAAG--AA-TGA---CGGT--T---AT-----G----CTG--AGATACATGTACC-AG-T----AGGACA--G-TGAGCA-----A-----T---CCCTTGTACATGA-------------A
gi|20 : tgtaattcgcaaattcgtatatgtaaaaatgtaaaatatgagtcgttccacttataaacaaacgtctcctaaattacataatatactacatgacatggaggatagtgagcaggaacagagaaattccttAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-C-TGATAAGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GT--T-------TC-ATACA------AAAA-TAA-AGA---CTGT--T---AT-----G----CTG--AA------GTCAC-AGCT----AGG-AA--G-TGTACA-----T-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAT--AAGCTAT--t
gi|21 : GAGAAATAAT---GG-AGAAAACAT--TCACAA-T-CAATGTGAC--TAA--T--CTC-----A---T---TGTT--GTA-TAAT----TG-ATACA------AAAA-TCA-TCA--------------------A----CTGA-AA------GTACC-AA-T----AGAAAA--A-CGAATA-----T-----A---TCTTTGTATGTGA-------------AAA--AGGTT
gi|22 : AAAAA-GAT---CG-AATAAATAC--TCAAAA-T-TGATATGAC--AAA--T--GTC-----A---T---TGCT--GTA-TA------CA-ATACA------AATG-TAA-TGA---CTGT--T---AT-----A----CTG--AA-------TGCC-AG-C----AGGAAA--G-TGAAC--------------------------CGA-------------AAG--AAGCTAT--AAA---
gi|23 : T---GA-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CAATGTGGC--CAA--T--GTT-----A---T---TG-TT-GTG-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----TT--GT-----G----CCT--AA------GTATC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACT-----T-----A---TCCTTGTACTTGA-------------AAA--GAG
gi|24 : TGCATTGTGGGAAAA-GTA---GA-AGAAAATAT--TAAAAA-T-AGGTGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---T--T--GTA-TT------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---CTGT--T---AT-----T----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--A-TGAACA-----t
gi|25 : CA------AAGA-TAA-CGATTGC-----T---AT-----G----CTG--CT------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAGCA-----T-----A---CTCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAC--AAAAC-AC--TC--CTCTT-TG-GC-CCAACGTAAATTGTAA---------GAAA
gi|26 : gAGGAAGAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TAAAAA-T-CGGTGTGAT--CAA--C--GTC-----A---T---TGTT--GTA-TA------CA-ATACA------A-------------------------------------------------------AG-T----ATGAAA--G-TGAGCG-----T-----A---CTCTTATACATGA-------------AAA--AAACTAT--AA
gi|27 : AAAATAT--ACATAA-T-GGATGTGAC--CAAAGTAAGTC-----A---T---TG-TC-GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TGA-CAG---T-----T---AT-----G----CTA--AA------ATGCC-AG-T----CGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---ACCTTGT
gi|28 : ATCATGAGCGGTACTTTGTGCATTGAAGAAAAC-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAT--TAA--T--GTC-----A---T---TG-T--t
gi|29 : tggatgtatggcatACTGAAGAAAAA-GAT---GG-ACAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CTA--T--GTC-----A---T---TG-T--t
gi|3 : AAACAT--TCAAA--T-CGATGCGACT-CAA--G--ATT-----A-------CA-T--ATA-CA------TGTATATA------AAAA-tgttaaggactgcaatgctgaaaacgatataa
gi|3 : ag---CCCTTGCACATGA-------------TAA--AAGCTAC--AGA---ACACTT--CTCTT-TG-GT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAATA---TAT-TAT--ATCCCTAG-----ccgatgtgccccttgcacatgataaaagctacagaacacttctctttggtccactgtaaattgtaggaatatattatatccctagaaatgataataaagtattgaacaaaatttcaaagctatctaatacacaatttaactcaataaccaacagaagtgtttaaaatgacgatagagaagtgatcaaagcataaacattcactcccctctagatcaaat
gi|30 : agaaacattcaaatcgatgcgactcaagattacatatacatgtatataaaaaccgatgtgc--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAAGTGTAAACCGTATAAGAAAA---CAT-TAA--ATCCCTGA-----TTAAAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-aaatgataataaagtattgaacaaaatttcaaagctatctaatacacaatttaactcaataaccaacagaagtgtttaaaatgacgatagagaagtgatcaaagcataaacattcactcccctctagatcaaat
gi|31 : aaaagAA-GAT---GG-AGAAAAT----TCAACT-T-TGATGTGAC--CAA--T--GTC-----ATTGT---TG-T--ATA-TA------TG-ATACA------AAAATTAA-TG
gi|32 : TGAGGGAAAG-GAT---GG-AGAAAA-ATCATCAAAG-TACGATGTG-C--C-A--C--GTC-----A---T---TGTT--GTA-cca
gi|33 : c-CCACTTTAAATTGTAG---------GAAAA---TAC-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACGA-TGT-GA
gi|34 : AT--GCAACA-C-CAATGTAAC--CAA--TATGTC-----A---T---TG-TT-GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-Ttattt
gi|4 : G-AGAGAATA-----AAAA-T----TATGAC--CAA-----GTCTATTTA---T---TC-TC-GTAATA------TG-ATAGACCTGTCAAAA-TAAATAA---C-----T---GTTATTCG----CTGTGAA------GAACC-AG-T----AGGGAA--G-TTAACA-----TGT---A---GCCCTGTACATGA-------------AGC--AAGCTAT--AAA---AA--ACAATTCTT-TT-AT-CCACTGTAAATAGTAA---------AAAAAAAATAT-TAG--TTATCTGG-----TCAGAACAA-TGC-GAACATCA-CTC-AATGAT
gi|5 : CATTATAAACCGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAC---AA-AGAAAATAT--TCAAAA-T-TGGTGTAAC--CAA--T--TTC-----A---T---T--T--GCA-CA------CG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTATC-AG-T----AAGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTATACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAG---AT--TC--TTCTT-TG-AT-CTAATGTAAATTGTGG---------GACAA---TAT-TAG--ATATCTGG-----TCAAAACAA-TGT-CAACATCA-TCA-AATGATaatgaaatagtgtacaaaat
gi|6 : acgAGGAAAAA-GATTATGGCAGGAAATAA--T----A-T-CTATAT-----CAA--T--GTC-----A---TGATTG-TCAGTA-TAA-----TG-ATACA------AAAA-TAA-TTA---C-----TGTTAT-----GTTAACTT--AA------GTACC-GG-T----AGGAAA--G-TAAACA-----T-----A---TTTTCATACATGA-------------AAG--A-GCTAT--CAA---AC--TA--TTCTT-TG-AT-CCACTGTTAATTGTAG---------CAGAT---AAT-CAG--AT-CCTGG-----TTAAAACAA-CGT-GAACATCA-TTA-CAT
gi|7 : AAAATAC--TGAAAA-T-CAATGTCATAATAA--T--ATT---------T---TG-T--GCA-TA------TG-AGACA------AAAA-TAA-TGA---CTAT--T---AT-----G----CTG---A------TTAC---G-T----AGAACA--G-TAAACA-----C-----G---CCCTTGTA-AGGG-------------AAC--ACGTTGT--AAA---ACTGTC--CTCTT-TG-AT-CAAT--TAAATTGTAA---------GAAAA----ATATAG--ATCCCT-G-----TCAAAACAA-TGT-AAACA-CA-TAATAATGAagtaataaattgtccaaaata
gi|8 : atgaggtgtata-ATACA------AA-------TGA---C-----T---GTTGT--G----CTG--AAC-----GTACC-AG-T----AGGAAAATG-TGAACA-----TATATAA---TCCTTGTACGTGA-------------AAagtatgcacttgtgcagtatct
gi|8 : AA--A-TGAATA-----T-----ATATCCCTTGTACATGACAAAAAAAAAAAAAAACCAAACTAT--AAA---AC--AC--TTCTTATG-ATGTCACTGTA-------G---------GAAAA---TTG-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAG-TGT-GAACCTCA-TAA-AATGtgaatatatatcccttgtacatgacaaaaaaaaaaaaaaaccaaactataaaacacttcttatgatgtcactgtaggaaaattgtagatccctggtcagaacagtgtgaacctcataaaatgctaatagagtttggttacaaaatttttaag
gi|9 : atacaaatgactgttgtgctgaacgtaccagtaggaaaatgtgaacatatataatccttgtacgtgAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAACA-T-TGATGTGAT--CAA--T--GTC-----A---T---TG-TT-GTA-TA------TG-ATATA---------------------T-----T---GT-----A----CTA--AA------GTATC-AG-T----AGGAAT--G-AGAACA-----T-----A---CCCTTGCACATGA-------------ATG--AAGCTAT--AAC---ACA-TA--CTGTT-TACAT-TCATTGTAAATTGTAC---------GAAGA---TAC-TGG--ATTTCTGG-----TCAGAAAAG-TGT-GAGCATCA-TTA-ATTGATctaatagagtttggttacaaaatttttaag
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 3333333333333333333333333 1111111111111 22222222222
lowQualScore : 1 1 333 1 11 1 1 55 11 33 33333 222 222 5555 1 000000 1 444444 0 1 1 0000000000000000000000000 55 666666 1 1 3333 22 1 77777777777 444 2222222222222 22 0 33 11111111111 2 2 2 999999999 444 2 33 1 99999 2 2 3 6
lowQualScore : . . ... . .. . . .. .. .. ..... ... ... .... . ...... . ...... . . . ......................... .. ...... . . .... .. . ........... ... ............. .. . .. ........... . . . ......... ... . .. . ..... . . . .
lowQualScore : 0 9 222 7 99 4 4 22 99 88 44444 444 444 2222 5 222222 5 111111 2 4 5 7777777777777777777777777 44 222222 7 7 5555 44 7 22222222222 666 5555555555555 66 2 11 22222222222 5 5 4 444444444 777 7 77 1 33333 9 9 3 7
consensus : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC--TC--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
Reference ( family-1010 ) : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC--TC--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
gi|1 : ATTGAG-AAAAC-GAC---TG-AGAAAATAT--TCAAA------ATGTGAT--TAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTA-TA------TC-ACACA------A------------------------AT-----G----CTG--AA------GTTCC-AG-T----AGG
gi|1 : ACA-----T-----AA--CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTCT--AAAATTAC--TC--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAAGTGTAA---------AACCA---TAT-AAGAAATCCGCGGATGTTTAAGAACAA-TGTGGAACATCA-TTA-ttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagacataacccttgtacatgaaaaaagctctaaaattactcctctttgatccactgtaaagtgtaaaaccatataagaaatccgcggatgtttaagaacaatgtggaacatcattatcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|10 : attgagaaaacgactgagaaaatattcaaaatgtgattaatgtcattgttgtatatcacacaaatgctgaagttccagtaggttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagTTATGTACAGTACTTTGTGTAATGAGGAAAAA-GAT---AG-AGAAAATAT--TCAAAATT-TGATGTGAC--CAA--T--GCA-----A---T---TGTT--GTT-TA------TA-GTACA------AACA-TAA-CGG---C-----TCTAAT-----G----CTA--AG------GTtcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|11 : gtatcgctaaacacgggcatgatgaatgtgatcaaatatgccattacgcacaaaaacgacttaacaattactgtgataatgaaagtatgagcagtaacagagactA-AAT---GG-GGAACAGAT--TCAATA-T-CTACGAGAC--CAA--T--GTC-----A---G---TGCT--GTA-TA------T------------------------A---C---------------------------A------GCACCCAA-T-----GGAAA--A-TAAACA-----A-----A---TTTTTGTACATGACA-----------AAA--AAGC-AT--TAATC-GC--CC--TTTTT-TG-AT-ATATCGTGAACCATAG---------AAAAA---CGG-AAG--ATCACAGA-----TCAGACCAA-TGT-GAGCATCA-TTA-AA
gi|12 : AATTAT--TCAACA-T-CAATGTGAC--CAA--T--GC------------------------------------TACA------AAA--TAA-TGA---T-----T---AT----------TTA--TT------ATACC-AG-T----A-------------CA-----T-----A---CCCTTGTACATAT-------------A--------TATGGAAA---AA--GC--CTCTT-TC-AT-CTACTGTGAATTGCAA---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGGC----TCAGAACAG-AGT-GACCATTATTTC-AATGATatgccgataaagtgttgtaaaaaa
gi|13 : agGAAAAA-GAT---GT-AGAAAATAT--TCAAAA-T-TGACGTGAT--CAT--T--GTC-----A---T------T--GTA-TA------CG-GTACA------AA-----------------------AT-----G----CTG--AA------GTCCC-AA-T----ACAAAA--G-TTAACATTCATT-----A---AGTTTGTATGTGA-------------AAA--A------------------TT--CTCTT-TG-AT-CCACTTTAAATTGTAG---------GAAAA---TAC-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACGA-TGT-GAagtgaagcactgtacaaaatcta
gi|14 : cG-AGAAAATAT--TCATTA-T-CAATGTCACACTGA--T--GTC-----A---T---TG-T--AT----------TG-TTACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---GT-----T----TAT--AA------TTATT-A-------ACTAAA--G-T--AC------C-----A---CTTTTATACATG---------------AA--GACCTAT--AAA------------------------CACTATAAAC----------------------TAT-TCA--AT---TGA-----T----ACAAGTGT-GAACATCA-TTATAATGGT
gi|15 : TATGAGCCGTATCTTTTGCATCGAGGACAGA-GAT---GA-AGAAAAGGA--CCAAAA-T-TGATGTGAC--CGA--A--GTC-----G---C---TGTT--GGA-TAAGATACTG-ATACA------AAAA-TAA-CTA---CTGT--T---AC-----G----CCA--AA------ATGTC-AG-TGTTCAGGAAA--GTTAAAAA-----T-----A---CTCTTGTATAaataa
gi|16 : atagataaCAATATGAAGGGTACTTTGTGTATTGAGGAAAAA-GAT------CTAAAATAT--TCGAAA-C-CAATATGAT--CAG--T--GCC-----A---T---TG-T---TA-AACT----TG-GTGTA------AAAA-TAA-TTAATGT-----T---AT-----G----TCG--AG------GTACC-AT-T----AGGAAaa
gi|17 : ttgatgtagggaacatctattagaAA--AAGCTAT--AAA---AC--A---------TG-AT-CCACAGTAAATTATAG---------GA------------G--ATCCCTGG------------AA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
gi|18 : cAAAA-GAT---GA-AGAAATTAT--TCAAAA-G-CGATGTGAC--CGA--T-------------------------CA-TA------CA-ATAAA------AAAA-TAT-TGA---T-----T---GT----------CTGT-AA--------------------AGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTGCACATGA-------------AAA-----C-----------GC--TC--TTTTT-TC-TT-CTAATGTAGACTGTAG---------GAaatgaggtacatgtattgtacaaaatttcagggctatatccaataagccagatagatggtggtcactaggc
gi|19 : TTGAGGAAAAT-GAT---GG-AGAAAGGAT--CCAACA-T-CAATGTGAC--TAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTA-CA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---CTGTTAT---AT-----G----CTG--AA------GTATT-AG-T----AGGAAA--G-TGAGCA-----C-----A---CCC-TGTACATGA-------------TAA--A
gi|2 : AACTGCAATTTTTGCATTCAGCAA----GAT---GG-AGAAATTAT--TCTATA-T-TAATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TGTT--GTT-AA------TG-ACACA------AAAG--AA-TGA---CGGT--T---AT-----G----CTG--AGATACATGTACC-AG-T----AGGACA--G-TGAGCA-----A-----T---CCCTTGTACATGA-------------A
gi|20 : tgtaattcgcaaattcgtatatgtaaaaatgtaaaatatgagtcgttccacttataaacaaacgtctcctaaattacataatatactacatgacatggaggatagtgagcaggaacagagaaattccttAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-C-TGATAAGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GT--T-------TC-ATACA------AAAA-TAA-AGA---CTGT--T---AT-----G----CTG--AA------GTCAC-AGCT----AGG-AA--G-TGTACA-----T-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAT--AAGCTAT--t
gi|21 : GAGAAATAAT---GG-AGAAAACAT--TCACAA-T-CAATGTGAC--TAA--T--CTC-----A---T---TGTT--GTA-TAAT----TG-ATACA------AAAA-TCA-TCA--------------------A----CTGA-AA------GTACC-AA-T----AGAAAA--A-CGAATA-----T-----A---TCTTTGTATGTGA-------------AAA--AGGTT
gi|22 : AAAAA-GAT---CG-AATAAATAC--TCAAAA-T-TGATATGAC--AAA--T--GTC-----A---T---TGCT--GTA-TA------CA-ATACA------AATG-TAA-TGA---CTGT--T---AT-----A----CTG--AA-------TGCC-AG-C----AGGAAA--G-TGAAC--------------------------CGA-------------AAG--AAGCTAT--AAA---
gi|23 : T---GA-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CAATGTGGC--CAA--T--GTT-----A---T---TG-TT-GTG-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----TT--GT-----G----CCT--AA------GTATC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACT-----T-----A---TCCTTGTACTTGA-------------AAA--GAG
gi|24 : TGCATTGTGGGAAAA-GTA---GA-AGAAAATAT--TAAAAA-T-AGGTGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---T--T--GTA-TT------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---CTGT--T---AT-----T----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--A-TGAACA-----t
gi|25 : CA------AAGA-TAA-CGATTGC-----T---AT-----G----CTG--CT------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAGCA-----T-----A---CTCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAC--AAAAC-AC--TC--CTCTT-TG-GC-CCAACGTAAATTGTAA---------GAAA
gi|26 : gAGGAAGAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TAAAAA-T-CGGTGTGAT--CAA--C--GTC-----A---T---TGTT--GTA-TA------CA-ATACA------A-------------------------------------------------------AG-T----ATGAAA--G-TGAGCG-----T-----A---CTCTTATACATGA-------------AAA--AAACTAT--AA
gi|27 : AAAATAT--ACATAA-T-GGATGTGAC--CAAAGTAAGTC-----A---T---TG-TC-GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TGA-CAG---T-----T---AT-----G----CTA--AA------ATGCC-AG-T----CGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---ACCTTGT
gi|28 : ATCATGAGCGGTACTTTGTGCATTGAAGAAAAC-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAT--TAA--T--GTC-----A---T---TG-T--t
gi|29 : tggatgtatggcatACTGAAGAAAAA-GAT---GG-ACAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CTA--T--GTC-----A---T---TG-T--t
gi|3 : AAACAT--TCAAA--T-CGATGCGACT-CAA--G--ATT-----A-------CA-T--ATA-CA------TGTATATA------AAAA-tgttaaggactgcaatgctgaaaacgatataa
gi|3 : ag---CCCTTGCACATGA-------------TAA--AAGCTAC--AGA---ACACTT--CTCTT-TG-GT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAATA---TAT-TAT--ATCCCTAG-----ccgatgtgccccttgcacatgataaaagctacagaacacttctctttggtccactgtaaattgtaggaatatattatatccctagaaatgataataaagtattgaacaaaatttcaaagctatctaatacacaatttaactcaataaccaacagaagtgtttaaaatgacgatagagaagtgatcaaagcataaacattcactcccctctagatcaaat
gi|30 : agaaacattcaaatcgatgcgactcaagattacatatacatgtatataaaaaccgatgtgc--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAAGTGTAAACCGTATAAGAAAA---CAT-TAA--ATCCCTGA-----TTAAAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-aaatgataataaagtattgaacaaaatttcaaagctatctaatacacaatttaactcaataaccaacagaagtgtttaaaatgacgatagagaagtgatcaaagcataaacattcactcccctctagatcaaat
gi|31 : aaaagAA-GAT---GG-AGAAAAT----TCAACT-T-TGATGTGAC--CAA--T--GTC-----ATTGT---TG-T--ATA-TA------TG-ATACA------AAAATTAA-TG
gi|32 : TGAGGGAAAG-GAT---GG-AGAAAA-ATCATCAAAG-TACGATGTG-C--C-A--C--GTC-----A---T---TGTT--GTA-cca
gi|33 : c-CCACTTTAAATTGTAG---------GAAAA---TAC-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACGA-TGT-GA
gi|34 : AT--GCAACA-C-CAATGTAAC--CAA--TATGTC-----A---T---TG-TT-GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-Ttattt
gi|4 : G-AGAGAATA-----AAAA-T----TATGAC--CAA-----GTCTATTTA---T---TC-TC-GTAATA------TG-ATAGACCTGTCAAAA-TAAATAA---C-----T---GTTATTCG----CTGTGAA------GAACC-AG-T----AGGGAA--G-TTAACA-----TGT---A---GCCCTGTACATGA-------------AGC--AAGCTAT--AAA---AA--ACAATTCTT-TT-AT-CCACTGTAAATAGTAA---------AAAAAAAATAT-TAG--TTATCTGG-----TCAGAACAA-TGC-GAACATCA-CTC-AATGAT
gi|5 : CATTATAAACCGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAC---AA-AGAAAATAT--TCAAAA-T-TGGTGTAAC--CAA--T--TTC-----A---T---T--T--GCA-CA------CG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTATC-AG-T----AAGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTATACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAG---AT--TC--TTCTT-TG-AT-CTAATGTAAATTGTGG---------GACAA---TAT-TAG--ATATCTGG-----TCAAAACAA-TGT-CAACATCA-TCA-AATGATaatgaaatagtgtacaaaat
gi|6 : acgAGGAAAAA-GATTATGGCAGGAAATAA--T----A-T-CTATAT-----CAA--T--GTC-----A---TGATTG-TCAGTA-TAA-----TG-ATACA------AAAA-TAA-TTA---C-----TGTTAT-----GTTAACTT--AA------GTACC-GG-T----AGGAAA--G-TAAACA-----T-----A---TTTTCATACATGA-------------AAG--A-GCTAT--CAA---AC--TA--TTCTT-TG-AT-CCACTGTTAATTGTAG---------CAGAT---AAT-CAG--AT-CCTGG-----TTAAAACAA-CGT-GAACATCA-TTA-CAT
gi|7 : AAAATAC--TGAAAA-T-CAATGTCATAATAA--T--ATT---------T---TG-T--GCA-TA------TG-AGACA------AAAA-TAA-TGA---CTAT--T---AT-----G----CTG---A------TTAC---G-T----AGAACA--G-TAAACA-----C-----G---CCCTTGTA-AGGG-------------AAC--ACGTTGT--AAA---ACTGTC--CTCTT-TG-AT-CAAT--TAAATTGTAA---------GAAAA----ATATAG--ATCCCT-G-----TCAAAACAA-TGT-AAACA-CA-TAATAATGAagtaataaattgtccaaaata
gi|8 : atgaggtgtata-ATACA------AA-------TGA---C-----T---GTTGT--G----CTG--AAC-----GTACC-AG-T----AGGAAAATG-TGAACA-----TATATAA---TCCTTGTACGTGA-------------AAagtatgcacttgtgcagtatct
gi|8 : AA--A-TGAATA-----T-----ATATCCCTTGTACATGACAAAAAAAAAAAAAAACCAAACTAT--AAA---AC--AC--TTCTTATG-ATGTCACTGTA-------G---------GAAAA---TTG-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAG-TGT-GAACCTCA-TAA-AATGtgaatatatatcccttgtacatgacaaaaaaaaaaaaaaaccaaactataaaacacttcttatgatgtcactgtaggaaaattgtagatccctggtcagaacagtgtgaacctcataaaatgctaatagagtttggttacaaaatttttaag
gi|9 : atacaaatgactgttgtgctgaacgtaccagtaggaaaatgtgaacatatataatccttgtacgtgAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAACA-T-TGATGTGAT--CAA--T--GTC-----A---T---TG-TT-GTA-TA------TG-ATATA---------------------T-----T---GT-----A----CTA--AA------GTATC-AG-T----AGGAAT--G-AGAACA-----T-----A---CCCTTGCACATGA-------------ATG--AAGCTAT--AAC---ACA-TA--CTGTT-TACAT-TCATTGTAAATTGTAC---------GAAGA---TAC-TGG--ATTTCTGG-----TCAGAAAAG-TGT-GAGCATCA-TTA-ATTGATctaatagagtttggttacaaaatttttaag
blockSeqs : C T TAT C CA T A AC AG AA TATTT TTG GAT TCA A AGATAC T CCTGTC T A CTGTTATGTTAA TG ATACAT C C GTTC AT T TTCATT TAT CAAAAAAAAAAAA CC GG TCGCCC A C G ACCGTATAA AAA A . C C G . T T
blockSeqs : G . . . . . . AA . AT . . . TT . CT . . . . CTGTTATATG T C . . . . . TATATA . CA . . ACACTC . . . . . . . C . . . . T
blockSeqs : T . . . . . . T . . . . . CT . AT . . . . CTGTTATTCG A . . . . . . TGT . . . . ACACTT . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . TT . A . . . . CTCTAATG . . . . . . . A . . . . AAACAA . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . CTGTTACG . . . . . . . T . . . . ACTGTC . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . ATGTTATG . . . . . . . C . . . . ACATA . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . CGGTTATG . . . . . . . T . . . . AAGC . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . CTGTTATG . . . . . . . T . . . . GCTC . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . CTGTTATA . . . . . . . C . . . . ATTC . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . CTGTTATT . . . . . . . A . . . . ACTA . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . TTGCTATG . . . . . . . T . . . . ACAC . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . CTATTATG . . . . . . . T . . . . ACA . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . CTGTTGTG . . . . . . . T . . . . TT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . CTTGTG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . CTGTT . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . TTATG . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CTATG . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . TTGTA . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . TTAT . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . TTGT . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . ATG . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CTGTTATG***************** *** ACGTC****** ** *****
originalCons : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGA---C-----T---AT-----G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC--TC--CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
finalCons : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GTC-----A---T---TG-T--GTA-TA------TG-ATACA------AAAA-TAA-TGACTGTTATG-----------------CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACA-----T-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAAACGTC------CTCTT-TG-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222 111111 11111 1111111111111 2222222
lowQualScore : 1 1 333 1 22 1 11 22 22 33 22 33333 222 222 0000000000 1 000000 444444 33 222 3333 22 3333 33 666666 1 1 3333 22 1 11111 444 2222222222222 22 33 444 7777777 2 2 2 2 999999999 444 2 33 1 99999 2 2 3 6
lowQualScore : . . ... . .. . .. .. .. .. .. ..... ... ... .......... . ...... ...... .. ... .... .. .... .. ...... . . .... .. . ..... ... ............. .. .. ... ....... . . . . ......... ... . .. . ..... . . . .
lowQualScore : 0 9 222 7 00 4 99 00 00 99 00 66666 555 555 7777777777 5 222222 111111 00 444 2222 11 3333 77 000000 7 7 5555 44 7 11111 666 5555555555555 66 11 444 7777777 5 5 5 4 444444444 777 7 77 1 33333 9 9 3 7
consensus : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GT--C-----A---T---TG-------T--GTA-TA------TGATACA------AAAA-TAA-T-GACTG-T--TAT--G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC-G-TC--CTCTT-T-G-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
Reference ( family-1010 ) : NNNCATTATGAACNGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CAA--T--GT--C-----A---T---TG-------T--GTA-TA------TGATACA------AAAA-TAA-T-GACTG-T--TAT--G----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAA---AC-G-TC--CTCTT-T-G-AT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
gi|1 : ATTGAG-AAAAC-GAC---TG-AGAAAATAT--TCAAA------ATGTGAT--TAA--T--GT--C-----A---T---TGT------T--GTA-TA------TCACACA------A--------------------AT--G----CTG--AA------GTTCC-AG-T----AGG
gi|1 : ACAT-----AA--CCCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTCT--AAAATTAC---TC--CTCTT-T-G-AT-CCACTGTAAAGTGTAA---------AACCA---TAT-AAGAAATCCGCGGATGTTTAAGAACAA-TGTGGAACATCA-TTA-ttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagacataacccttgtacatgaaaaaagctctaaaattactcctctttgatccactgtaaagtgtaaaaccatataagaaatccgcggatgtttaagaacaatgtggaacatcattatcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|10 : attgagaaaacgactgagaaaatattcaaaatgtgattaatgtcattgttgtatatcacacaaatgctgaagttccagtaggttgatcgattgattttgtgtttgttttttcgtcccgtcgagagTTATGTACAGTACTTTGTGTAATGAGGAAAAA-GAT---AG-AGAAAATAT--TCAAAATT-TGATGTGAC--CAA--T--GC--A-----A---T---TGT------T--GTT-TA------TAGTACA------AACA-TAA-C-GGCTC-T--AAT--G----CTA--AG------GTtcattgtacaaatatttccaagggttgtatgataagccatataggagga
gi|11 : gtatcgctaaacacgggcatgatgaatgtgatcaaatatgccattacgcacaaaaacgacttaacaattactgtgataatgaaagtatgagcagtaacagagactA-AAT---GG-GGAACAGAT--TCAATA-T-CTACGAGAC--CAA--T--GT--C-----A---G---TGC------T--GTA-TA---------TACA-------------------------------------------------GCACCCAA-T-----GGAAA--A-TAAACAA-----A---TTTTTGTACATGACA-----------AAA--AAGC-AT--TAA---TC-G-CC--CTTTT-TTG-AT-ATATCGTGAACCATAG---------AAAAA---CGG-AAG--ATCACAGA-----TCAGACCAA-TGT-GAGCATCA-TTA-AA
gi|12 : AATTAT--TCAACA-T-CAATGTGAC--CAA--T--GC-------------------------------------------TACA------AAA--TAA-T-GATTA-T--T-T--A----TTA-----------TACC-AG-T----A-------------CAT-----A---CCCTTGTACATAT-------------A--------TATGGAAA---AA-G--C--CTCTT-T-C-AT-CTACTGTGAATTGCAA---------GAAAA---TAT-TAG--ATCCCTGGC----TCAGAACAG-AGT-GACCATTATTTC-AATGATatgccgataaagtgttgtaaaaaa
gi|13 : agGAAAAA-GAT---GT-AGAAAATAT--TCAAAA-T-TGACGTGAT--CAT--T--GT--C-----A---T---TG-------T----A-TA------CGGTACA------AAA-------------------T--G----CTG--AA------GTCCC-AA-T----ACAAAA--G-TTAACATTCATTA---AGTTTGTATGTGA-------------AAA--A-------------------TT--CTCTT-T-G-AT-CCACTTTAAATTGTAG---------GAAAA---TAC-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACGA-TGT-GAagtgaagcactgtacaaaatcta
gi|14 : cG-AGAAAATAT--TCA-----------TTAT--CAA--T--GTCAC-----A---C---TGATGTCATT--GTA-T-------TGTTACA------AAAA-TAA-T-GACTGTT--TAT------------AA------TTATT-A-------ACTAAA--G-T--AC-C-----A---CTTTTATACATG---------------AA--GACCTAT--AAA--------------------------CACTATAAAC----------------------TAT-TCA--AT---TGA-----T----ACAAGTGT-GAACATCA-TTATAATGGT
gi|15 : TATGAGCCGTATCTTTTGCATCGAGGACAGA-GAT---GA-AGAAAAGGA--CCAAAA-T-TGATGTGAC--CGA--A--GT--C-----G---C---TGT------T--GGA-TAAGATACTGATACA------AAAA-TAA-C-TACTG-T--TAC--G----CCA--AA------ATGTC-AG-TGTTCAGGAAA--GTTAAAAAT-----A---CTCTTGTATAaataa
gi|16 : atagataaCAATATGAAGGGTACTTTGTGTATTGAGGAAAAA-GAT------CTAAAATAT--TCGAAA-C-CAATATGAT--CAG--T--GC--C-----A---T---TG-------T---TA-AACT----TGGTGTA------AAAA-TAA-T-TAATG-T--TAT--G----TCG--AG------GTACC-AT-T----AGGAAaa
gi|17 : ttgatgtagggaacatctattagaAA--AAGCTAT--AAA---AC-A-T-----------G-AT-CCACAGTAAATTATAG---------GA------------G--ATCCCTGG------------AA-TGT-GAACATCA-TTA-AATGAT
gi|18 : cAAAA-GAT---GA-AGAAATTAT--TCAAAA-G-CGATGTGAC--CGA--T---------------------------------CA-TA------CAATAAA------AAAA-TAT-T-GATTG-T------------CTGT-AA--------------------AGGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTGCACATG----------------------------AAA---AC-GCTC--TTTTT-T-C-TT-CTAATGTAGACTGTAG---------GAaatgaggtacatgtattgtacaaaatttcagggctatatccaataagccagatagatggtggtcactaggc
gi|19 : TTGAGGAAAAT-GAT---GG-AGAAAGGAT--CCAACA-T-CAATGTGAC--TAA--T--GT--C-----A---T---TGT------T--GTA-CA------TGATACA------AAAA-TAA-T-GACTG-TTATAT--G----CTG--AA------GTATT-AG-T----AGGAAA--G-TGAGCAC-----A---CCC-TGTACATGA-------------TAA--A
gi|2 : AACTGCAATTTTTGCATTCAGCAA----GAT---GG-AGAAATTAT--TCTATA-T-TAATGTGAC--CAA--T--GT--C-----A---T---TGT------T--GTT-AA------TGACACA------AAAG--AA-T-GACGG-T--TAT--G----CTG--AGATACATGTACC-AG-T----AGGACA--G-TGAGCAA-----T---CCCTTGTACATGA-------------A
gi|20 : tgtaattcgcaaattcgtatatgtaaaaatgtaaaatatgagtcgttccacttataaacaaacgtctcctaaattacataatatactacatgacatggaggatagtgagcaggaacagagaaattccttAGGAAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-C-TGATAAGAC--CAA--T--GT--C-----A---T---TG-------T--GT--T-------TCATACA------AAAA-TAA-A-GACTG-T--TAT--G----CTG--AA------GTCAC-AGCT----AGG-AA--G-TGTACAT-----A---CCCTTGTACATGA-------------AAT--AAGCTAT--t
gi|21 : GAGAAATAAT---GG-AGAAAACAT--TCACAA-T-CAATGTGAC--TAA--T--CT--C-----A---T---TGT------T--GTA-TAAT----TGATACA------AAAA-TCA-TCAACTG----------------A--AA------GTACC-AA-T----AGAAAA--A-CGAATAT-----A---TCTTTGTATGTGA-------------AAA--AGGTT
gi|22 : AAAAA-GAT---CG-AATAAATAC--TCAAAA-T-TGATATGAC--AAA--T--GT--C-----A---T---TGC------T--GTA-TA------CAATACA------AATG-TAA-T-GACTG-T--TAT--A----CTG--AA-------TGCC-AG-C----AGGAAA--G-TGAAC---------------------CGA-------------AAG--AAGCTAT--AAA---
gi|23 : T---GA-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CAATGTGGC--CAA--T--GT--T-----A---T---TG-------TT-GTG-TA------TGATACA------AAAA-TAA-T-GACT-----TGT--G----CCT--AA------GTATC-AG-T----AGGAAA--G-TGAACTT-----A---TCCTTGTACTTGA-------------AAA--GAG
gi|24 : TGCATTGTGGGAAAA-GTA---GA-AGAAAATAT--TAAAAA-T-AGGTGTGAC--CAA--T--GT--C-----A---T---T--------T--GTA-TT------TGATACA------AAAA-TAA-T-GACTG-T--TAT--T----CTG--AA------GTACC-AG-T----AGGAAA--A-TGAACAt
gi|25 : CA------AAGA-TAA-C-GATTG-C--TAT--G----CTG--CT------GTACC-AG-T----AGGAAA--G-TGAGCAT-----A---CTCTTGTACATGA-------------AAA--AAGCTAC--AAA---AC-ACTC--CTCTT-T-G-GC-CCAACGTAAATTGTAA---------GAAA
gi|26 : gAGGAAGAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TAAAAA-T-CGGTGTGAT--CAA--C--GT--C-----A---T---TGT------T--GTA-TA------CAATACA------AAG-----------------TAT--G----------------------------------AAA--G-TGAGCGT-----A---CTCTTATACATGA-------------AAA--AAACTAT--AA
gi|27 : AAAATAT--ACATAA-T-GGATGTGAC--CAAAGTAAGT--C-----A---T---TG-------TC-GTA-TA------TGATACA------AAAA-T-----GACAG-T--TAT--G----CTA--AA------ATGCC-AG-T----CGGAAA--G-TGAACAT-----A---ACCTTGT
gi|28 : ATCATGAGCGGTACTTTGTGCATTGAAGAAAAC-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAT--TAA--T--GT--C-----A---T---TG-------T--t
gi|29 : tggatgtatggcatACTGAAGAAAAA-GAT---GG-ACAAAATAT--TCAAAA-T-CGATGTGAC--CTA--T--GT--C-----A---T---TG-------T---TG-T-------------------------TAA-G-GACTG-C--AAT--G----CTG--AA------t
gi|3 : ---CCCTTGCACATGA-------------TAA--AAGCTAC--AGA---AC-ACTT--CTCTT-T-G-GT-CCACTGTAAATTGTAG---------GAATA---TAT-TAT--ATCCCTAG-----aacgatataa
gi|30 : agaaacattcaaatcgatgcgactcaagattacatatacatgtatataaaaaccgatgtgc--CTCTT-T-G-AT-CCACTGTAAAGTGTAAACCGTATAAGAAAA---CAT-TAA--ATCCCTGA-----TTAAAACAA-TGT-GAACATCA-TTA-aaatgataataaagtattgaacaaaatttcaaagctatctaatacacaatttaactcaataaccaacagaagtgtttaaaatgacgatagagaagtgatcaaagcataaacattcactcccctctagatcaaat
gi|31 : aaaagAA-GAT---GG-AGAAAAT----TCAACT-T-TGATGTGAC--CAA--T--GT--C-----ATTGT---TG-------T--ATA-TA------TGATACA------AAAATTAA-T-G
gi|32 : TGAGGGAAAG-GAT---GG-AGAAAA-ATCATCAAAG-TACGATGTG-C--C-A--C--GT--C-----A---T---TGT------T--GTA-cca
gi|33 : c-CCACTTTAAATTGTAG---------GAAAA---TAC-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACGA-TGT-GA
gi|34 : AT--GCAACA-C-CAATGTAAC--CAA--TATGT--C-----A---T---TG-------TT-GTA-TA------TGATACA------AAAA-TAA-T-tattt
gi|4 : G-AGAGAATA-----AAAA-T----TATGAC--CAA-----GT--CTATTTA---T---TC-------TC-GTAATA------TGATAGACCTGTCAAAA-TAAAT-AACTG-T--TATTCG----CTGTGAA------GAACC-AG-T----AGGGAA--G-TTAACATGT---A---GCCCTGTACATGA-------------AGC--AAGCTAT--AAA---AA-A--CAATTCTT-T-T-AT-CCACTGTAAATAGTAA---------AAAAAAAATAT-TAG--TTATCTGG-----TCAGAACAA-TGC-GAACATCA-CTC-AATGAT
gi|5 : CATTATAAACCGTACTTTGTGCATTGAGGAAAAA-GAC---AA-AGAAAATAT--TCAAAA-T-TGGTGTAAC--CAA--T--TT--C-----A---T---T--------T--GCA-CA------CGATACA------AAAA-TAA-T-GAC------TAT--G----CTG--AA------GTATC-AG-T----AAGAAA--G-TGAACAT-----A---CCCTTATACATGA-------------AAA--AAGCTAT--AAG---AT---TC--TTCTT-T-G-AT-CTAATGTAAATTGTGG---------GACAA---TAT-TAG--ATATCTGG-----TCAAAACAA-TGT-CAACATCA-TCA-AATGATaatgaaatagtgtacaaaat
gi|6 : acgAGGAAAAA-GATTATGGCAGGAAATAA--T----A-T-CTATAT-----CAA--T--GT--C-----A---TGATTG-------TCAGTA-TAA-----TGATACA------AAAA-TAA-T-TACTG-T--TAT--GTTAACTT--AA------GTACC-GG-T----AGGAAA--G-TAAACAT-----A---TTTTCATACATG--------------AAA--GAGCTAT--CAA---AC---TA--TTCTT-T-G-AT-CCACTGTTAATTGTAG---------CAGAT---AAT-CAG--AT-CCTGG-----TTAAAACAA-CGT-GAACATCA-TTA-CAT
gi|7 : AAAATAC--TGAAAA-T-CAATGTCATAATAA--T--AT--T---------T---TG-------T--GCA-TA------TGAGACA------AAAA-TAA-T-GACTA-T--TAT--G----CTG---A------TTAC---G-T----AGAACA--G-TAAACAC-----G---CCCTTGTA-AGGG-------------AAC--ACGTTGT--AAA---ACTG-TC--CTCTT-T-G-AT-CAAT--TAAATTGTAA---------GAAAA----ATATAG--ATCCCT-G-----TCAAAACAA-TGT-AAACA-CA-TAATAATGAagtaataaattgtccaaaata
gi|8 : atgaggtgtataATACA------AA-------T-GACTG-T--TGT--G----CTG--AAC-----GTACC-AG-T----AGGAAAATG-TGAACATATATAA---TCCTTGTACGTGA-------------AAagtatgcacttgtgcagtatct
gi|8 : AA--A-TGAATAT-----ATATCCCTTGTACATGACAAAAAAAAAAAAAAACCAAACTAT--AAA---AC-A--C--TTCTTAT-G-ATGTCACTGTA-------G---------GAAAA---TTG-TAG--ATCCCTGG-----TCAGAACAG-TGT-GAACCTCA-TAA-AATGtgaatatatatcccttgtacatgacaaaaaaaaaaaaaaaccaaactataaaacacttcttatgatgtcactgtaggaaaattgtagatccctggtcagaacagtgtgaacctcataaaatgctaatagagtttggttacaaaatttttaag
gi|9 : atacaaatgactgttgtgctgaacgtaccagtaggaaaatgtgaacatatataatccttgtacgtgAAAA-GAT---GG-AGAAAATAT--TCAACA-T-TGATGTGAT--CAA--T--GT--C-----A---T---TG-------TT-GTA-TA------TGATATA-----------------------T--TGT--A----CTA--AA------GTATC-AG-T----AGGAAT--G-AGAACAT-----A---CCCTTGCACATGA-------------ATG--AAGCTAT--AAC---AC-A-TA--CTGTT-T-ACAT-TCATTGTAAATTGTAC---------GAAGA---TAC-TGG--ATTTCTGG-----TCAGAAAAG-TGT-GAGCATCA-TTA-ATTGATctaatagagtttggttacaaaatttttaag