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gi|7 : tcctaaccgtagctatattcttA--TTG-TTAAAACCTT-T-----TTT-TACTTTGCACTGT--ATTT--GATTAACGGA---T----ACTCAA---TGTGCAAA----AACG----TC--AA---C-C-CA--GG--TC---A---A---G--G-GGT-GTTAACAGG-CCTAC-GTTT---GACAGT-G-GTA---TG----T--TG-C-TCCTCT---TTA-GG-TCC--TGATCAACAT-ACCTTT-AT-GTGT-GCTAT-CC-A-AGGCTCCGTG-TT-c
gi|8 : -----TTT-CC-----TACTAG--ATTT--TACG-ACGGGT----------------------------------------AA---C-GAAG--GG-CTG---A---C---GGCG-GGT-GT-----GA-C---C-AGTC---AGCAA--A-GGA---TG-T--C--TA-C-TCCTCC---ATG-GC-ACC--TGATC--C-T-GCCTTC-TC-TTTT-------C--------TCCGTG-TT-G-CCCTA--CACTCG--ATT-T----TGTATATGTTTCT----TGG-----A--T-----TGTGATTATGT-TT-AA---CAC-C-A---TGTTAAGTTAA-----TTTCGCCTtgtgcgcctaaagctcttatttatttatcc
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blockSeqs : T T C CG T G CTACACA . CTTTG AGTG TG A TTAAA C AGT CCTAGACAAGTC GAGA T AA G GAG ATCC C T TAACA C CTA GG AAGG AA T TTT CTAA GTT G . TGT A G GT AA TG TGCG GCTA C A A C T G G GG GA C CCAC TGTTCTTAGTGT AGGGGGG A G ACC T A GTTAA ATTTAG T GA
blockSeqs : T A A . . T CAT . . AA . . AAT C . CTGAAAAATAT TA C . . . CGGG . G TA . . G G T . . TC T . . . . . C . AT GC TG . . . . . . . A . . . TGCTTTTTTGT GTACTAT . . T . T C A G G
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blockSeqs : A . . G TT . . AG . . T A . AAAAACGTC T C . . . T . . . . . G G . . . CT T . . . . . . . T GC A . . . . . . . . . . . TGATTTTTT ACT . . . . A . C T G
blockSeqs : . . C CT . . GT . . T C . GTGATGCA T T . . . C . . . . . G T . . . CT T . . . . . . . T GC G . . . . . . . . . . . TGTTTTTG AC . . . . A . C T G
blockSeqs : . T . . AG . . T C . TTTATTTC C A . . . C . . . . . G A . . . CG T . . . . . . . T GC G . . . . . . . . . . . TGTCTTTT GT . . . . A . C T G
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blockSeqs : . . G . . T T . TTTATTTC C T . . . C . . . . . G A . . . T T . . . . . . . T TC G . . . . . . . . . . . TGTTTCTT AT . . . . A . C A A
blockSeqs : . G . . T C . CTGATCAA C C . . . C . . . . . G A . . . C T . . . . . . . C C G . . . . . . . . . . . CTATTTG GT . . . . A . A T G
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blockSeqs : . . T C . TTTATCT C A . . . C . . . . . G A . . . C . . . . . . . . TTGG AT . . . . A . C T G
blockSeqs : . . . . . CAGATC C C . . . C . . . . . A A . . . . . . . A . . . . T . C T .
blockSeqs : . . CCGATC C A . . . A . . . . . A . . . . . . . A . T T
blockSeqs : . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . T . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . A .
blockSeqs : . . . . . . . A . .
blockSeqs : . A . .
blockSeqCons : CT** TGTTTTTG**** AT************ A**** C***** G*
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finalCons : ATCACTANGTCATATGTTGACTGACGCGTTTCATACCNA--TTG-TTAGACCGTC-T-----TTT-CA-----CACTAG--ATTT--GACT-ACGGAT--T----ACTCCG---TTTAC-CT----NATN----TC--GA---C-TACG--GG-CTC---A---C---GGCG-GGT-GT-----GA-C---C-GGTC---GGCAG--G-GGA---TGCT--T--TA-C-TCCTCC---ATG-GC-ACC--TGATC--C-C-GCCTTC-GC-TTTT-G---T-CG-G-AGG-TCCGTG-TT-G-CCCTA--CACTCG--ATT-T----TGTATATGTTTTTG----GGAT------------TATGATTACGT-TT-AA---CAC-GA----T-----GTTAC-----CTTCGCCTATTTG-TAT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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lowQualScore : . . . . . . .. . . ........ . ..... .... .. . ....... . ... ................... ..... . .. . ... ....... . . ..... . ... .. .... .. . ... .... ... . . ... . . . .. .. ... .... ..... . . . . . . . . .. .. . .... .... ... ..... . ............ .. . . ... ....... ..... ...... . ..
lowQualScore : 0 8 0 2 7 0 22 7 3 44444444 4 00000 4444 22 1 5555555 5 777 3333333333333333333 00000 9 22 4 444 4444444 5 0 77777 5 444 88 5555 33 7 000 2222 555 1 1 444 5 6 6 99 66 555 8888 33333 6 6 6 6 5 3 3 6 66 66 3 1111 5555 999 77777 9 444444444444 44 2 2 111 5555555 44444 444444 6 22
consensus : ATCACTANGTCATATGTTGACTGACGCGTTTCATACCNA--TTG-TTAGACCGTC-T-----TTT-CA-----CACTAG--ATTT--GACT-ACGGAT--T----ACTCCG---TTTAC-CT----NATN----TC--GA---C-TACG--GG-CTC---A---C---GGCG-GGT-GT-----GA-C---C-GGTC---GGCAG--G-GGA---TGCT--T--TA-C-TCCTCC---ATG-GC-ACC--TGATC--C-C-GCCTTC-GC-TTTT-G---T-CG-G-AGG-TCCGTG-TT-G-CCCTA--CACTCG--ATT-T----TGTATA---TG--TTTT-----TG-GG----A-T-----TAT--GATTACGT-TT-AA---CAC-G-A---T-----GTTAC-----CTTCGCCTATTTG-TAT
Reference ( family-79 ) : ATCACTANGTCATATGTTGACTGACGCGTTTCATACCNA--TTG-TTAGACCGTC-T-----TTT-CA-----CACTAG--ATTT--GACT-ACGGAT--T----ACTCCG---TTTAC-CT----NATN----TC--GA---C-TACG--GG-CTC---A---C---GGCG-GGT-GT-----GA-C---C-GGTC---GGCAG--G-GGA---TGCT--T--TA-C-TCCTCC---ATG-GC-ACC--TGATC--C-C-GCCTTC-GC-TTTT-G---T-CG-G-AGG-TCCGTG-TT-G-CCCTA--CACTCG--ATT-T----TGTATA---TG--TTTT-----TG-GG----A-T-----TAT--GATTACGT-TT-AA---CAC-G-A---T-----GTTAC-----CTTCGCCTATTTG-TAT
gi|1 : TCATTGGGTCAAATGT---CTGAAGCGTTTCATACCGA--TTG-TTAAACTGTT-T-----TTTATA-----CACCGA--TTTT--GACT-ACGGAT--T----ACTCCG---TTTAC-CT----GATT----AA--GA---C-AATT--GG-CTC---A---C---GGCG-GGT-GT-----GA-C---C-AGTC---GACAG--G-GGA---TGC---T--TA-CTTCTTCT---AAG-G--ACC--TGATC--C-C-ACCTCA-GG-TTTA-C---C-CG-G-AAC-TC-----TT-G-----------------TT-T----TGTAT----TC--TGCT-----TG-GG----ACT-----TACAGGATTG-------AA---CAC-------------CTTAT-----CTCCGCCT-TTT
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gi|11 : ttatcatttaaaggactgaatagcctgtcaaatagtggtctaAG--A-GGA---TGCT--T---A-C-TCCTCC---GTG-GC-ACC--TGATC--C-T-GCCTTC-GC-TTTT-G---T-CG-A-AGG-TCCGTG-TT-G-CCCTA--CACTCG--ATT-T----TGTATG---T---------------------A-G-----TAT--GATCACGT-TT-AA---TAC-ATACATT-----GTTA------CTTCGCC-ATTT--TATt
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gi|16 : ggacccggat--TGATC--C-T-ACCTTC-GC-TTTA-G---T-CG-G-AAG-TCCATG-TT-G-CTCAA--CATTCG--ATT-T----TGCATG---TG--TTTT-----TG-GG----A-C-----TAC--AATTACGT-TT-AA---TAC-A-T---T-----GTTA------CTTCGCC-ATTT--TAT
gi|17 : TTT--AACT-ACGATT--T----GTTCTA---TTTAC-CC----TAGACAAGTC---A---T-TA-G--CG-CTC---GATCC---AGCG-GGT-GT-----GA-C---T--GTC---TACAA--A-GAA---TG-T--T--TA-T-TCC
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gi|2 : tATCACTATGTCATATGTTGACTGATTTGTTTCATATCCT--TTG-TTAGACTGTCAT-----TTT-CC-----TACTAG--ATTT--GACT-ACGGGT--A----ATCCCG---TTTAC-TT----TATT----TC--GA---C-TACG--GG-CTC---A---C---GGCG-GGT-GT-----GA-C---C-GGTC---AGCAG--A-GGA---TGCTAAT--TA-C-TCCCCC---ATG-AC-ACC--TGATC--C-T-GCCTTC-GC-TTTT-G---T-CG-G-AGG-TCCGTG-TT-G-CCCTA--CACTCG--ATT-T----TGTATA---TGCTTTTT-----TGTGG----A-T-----TAT--GATTACGT-TT-TA---CAC-G-A---T-----GTTAC-----CTTCGCCTATTTG-TATaataacgga
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gi|3 : tatcatttcgcaaattctacggtcgctataatgaccttgtttgcgattacaaatt--GG---C-TAAA--GG-CTC---A---C---GGCG-TGTTGT-----GA-C---C-ATTC---AGCAG--G-------TGCT--TGTTA-C-TCCGCC---ATG-GC-ACCC-TGTTC--C-T-GCCTTC-GC-TTTTTG---T-CAAG-AGG-TCCGTG-TT-GGCCCTAA-CACTCG---TA-T----TGTATC---TT--GTTT-----TG-GA----ACT-----TA---GATTACGT-TT-AA---GAC-A-T---T-----GTTTA-----CGTCGCCAATTTA-TATtaaaggctcacggcgtgttgtgaccattcagcaggtgcttgttactccgccatggcaccctgttcctgccttcgctttttgtcaagaggtccgtgttggccctaacactcgtattgtatcttgttttggaacttagattacgtttaagacattgtttacgtcgccaatttatat
gi|30 : tatcatttcgcaaattctacggtcgctataatgaccttgtttgcgattacaaattatcactaagttatatgttgactCTG---TT--C-TT----TATT----TC--GA---C-TACG--GG-CGC---A---C---TGCA-GGT-GT-----GA-C---C-GG
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gi|6 : TAG--ATT---GACT-ACGGGTAAT----ACT--G---TTTAC-TT----TATC----T---GA---C-TAAG--GG-CTC---A---C---GGCG-GGT-GT-----GA-C---C-GGTC---AGCAG--A-TGA---TGCT--T---A-C-TCCTCC---ATG-GC-ACC--TGATA--T---GCCTTC-GC-TTTT-G---T-CG-G-AGG-TCCGTG-CT-G-CTTCA--CATTCC--ATT-T----T-T-TA---TG--TTTT-----TA-G-----A-T-----TAT--GATTACGT-TT-AA---AAC-G-A---T-----GTTAC-----CTTCGCCTGTTTG-TAaatttacatagtcgaattattcaa
gi|7 : tcctaaccgtagctatattcttA--TTG-TTAAAACCTT-T-----TTT-TACTTTGCACTGT--ATTT--GATTAACGGA---T----ACTCAA---TGTGCAAA----AACG----TC--AA---C-C-CA--GG--TC---A---A---G--G-GGT-GTTAACAGG-CCTAC-GTTT---GACAGT-G-GTA---TG----T--TG-C-TCCTCT---TTA-GG-TCC--TGATCAACAT-ACCTTT-AT-GTGT-GCTAT-CC-A-AGGCTCCGTG-TT-c
gi|8 : -----TTT-CC-----TACTAG--ATTT--TACG-ACGGGT----------------------------------------AA---C-GAAG--GG-CTG---A---C---GGCG-GGT-GT-----GA-C---C-AGTC---AGCAA--A-GGA---TG-T--C--TA-C-TCCTCC---ATG-GC-ACC--TGATC--C-T-GCCTTC-TC-TTTT-------C--------TCCGTG-TT-G-CCCTA--CACTCG--ATT-T----TGTATA---TG--TTTC-----TT-GG----A-T-----TGT--GATTATGT-TT-AA---CAC-C-A---TGTTAAGTTAA-----TTTCGCCTtgtgcgcctaaagctcttatttatttatcc
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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