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lowQualScore : . .. .. .. .. . .. ......................... ... ... . ................. ... .. . . . . . ................................................. . . ..... . ............. .. .. ........................................................ ..... . . ........ ... .. ..... . .. .. ... .. ................................................................................................................... .. . .. ... . . ....... . ... ..... . . .. . . ..... ....................................................................................... ... . . . ........ .
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consensus : GTTGTAGAGTNAGACTTCCCTCC--A-TAGT--GA-----NCCTT-----CC--------G-G-A---AG-T----C------------TG-G-C--TC-TAGAG-TG-AGCCTT-CCN--CC----TGGGG----G----------GAAGG----C--NC----G-CTCTAG-AGCGAG----NCTT-CC-----------C-C--CA--AGA-GCCG-G---------------C--CT-TC---A-------CC-CCCGC-------GGAAG---T-C-TG-G--------C---TC--TA-----G-A--G--TGAG--NCTTC--CC-CC-------TG-C-GG----AA-G---TC------TGG-----------C--TC----T---AG-----A-GT-G-AG-CCTTC---C----CCC------------C-----G--GAA-G-TC---TGG-C-------T-CT---A-----G-A-GTG-AGNCTTC-CCC-----CC------G---N----C---AGA---C----------TC-G---------CT--C----TAGA-------N-T--A------------AG--CCTT-ACTTCCG-------GGGGGAAGNCTCAC
Reference ( gi|4 ) : GTTATAGAGCCAAACTTCCATCC--A-TAGT--GA-----CCCTT-----CC--------G-G-A---AG-T----C------------TG-G-C--TC-TAGAG-TG-AGTCTT-CCA--CC----TGAGG----G----------AAAGG----C--AC----G-CTCTAG-AGCAAG----GCTT-CC-----------C-C--CA--AGA-GCCG-A---------------C--CT-TC---A-------CC-CCTGC-------GGAAG---T-C-TG-G--------C---TC--TA-----G-A--G--TGAG--GCTTC--CC-TC-------TG-C-GG----AA-G---TC------TGG-----------C--TC----T---GG-----A-GT-G-AG-CGTTC---C----CCC------------C-----G--GAA-G-TC---TGG-C-------T-CT---A-----G-A-GTG-AGTCTTC-CCC-----CC------A---T----C---ACA---C----------TT-G---------CT--C----TAGA-------T-T--A------------AA--CCTT-ACTTCCA-------GGGGGAAGACTCAC
gi|2 : GTTATAGAGCCAGACTTCCCAAC--G-TAGT--GAGACT-TCCCC-----CC--------G-A-A---AG-T----CTGGCTCTTAGTCTG-G-C--TC-TAGAG-TG-AGTCTT-CCT--CC----AGGGG----G----------AAAGT----C--TC----A-CTTTAGAAGCCAG----ATCT-CT-----------C-T--CC--AGA-GCCA-G---------------C--CT-TT-----------CC-CCTGC-------AAAAG---T---TG-G--------C---TC--TAG----G-A--G--TGAG--GCTTC--CC-CC-------TG-C-AG----AA-G---CC------T-G-----------C--TC----T---GA-----A-G--G-AG-CCCCC---C----CCCCCCCCCGCCCCTC-----G--GAT-G-TC---TGG-C-------TCCT---A-----G-A-AT--AG-CTTC-TCC-----TC------G---G----T---AGT---C----------TC-G---------CT--C----TAGAGTGAGCCT-T--ACCCCCAGCAGACAA--CCTT-ACTCCCA-------TGGGGAAGACTC
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gi|3 : ttgtagagtgatccttccccaataatgagatttcccccatC--A-TAAT--GATC---CCCTTGTCGACC--------G-G-T---GG-T----T------------TG---------TAGAG-TG-AGCCTT-CCC--CCATAATGATG----GCTTTCCCCCCGAAGT----TCTGT----G-CTCTAG-AGCGAG----CCTT-CC-----------CTC--CA--TAATGACG-G---------------C--CT-TT---C-------CC-CCC-C-------GGAAG---C-C-TA-G--------C---TC--TA-----G-A--G---GA---GCTTC--CC-------------CAAG----AA-G---CC------TAC-----------C--TC----T---AG-----A-GTGG-AGATGTTC---A----CCC------------TTGG--G--GAA-G-GC---TTA-C-------TGCT---A-----G-A-GC--AGTC--C-CCT-----Cgtcaaatttctccgagggaatacctactgtcgagattgttttgataccaagaccctcttcagaa
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gi|6 : ttgtagagtgatccttccccaataatgagatttcccccataagcctggctctaaaTT-----CC--------GCA-A---AGCT----T------------TA-G-C--TC-TAGAGATG-AGCCAT-TCATTCC----------------------------G----C--A-----G-TTTT-----CA------GC---CC-----------CAC--TA--GGA-GTGA-G---------------C--CC-TC---A-------TT-CACGC-------CCAA----T-T-TA-G--------C---TC--TAA----G-A--A--GGAG--CCTTC--AA-TT-------CG-C-GC----AA-G---TC------TGG-----------CCATT----C---GGTAGAAA-GTCG-AG-C-TTCACAT----CTC------------C-----G--CAATG-TT---TAG-C-------T-CTTTAA-----G-A-GTG-AGCCTTaatacctactgtcgagattgttttgataccaagaccctcttcagaa
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gi|11 : -TAGAG-TG-AGTCTTCCCC--CC----TGGAG----G----------TAAGC----T--TC----A-TTCTAG-AGCAAgttctgctggggtgggaggctggtcctgggggaagggtcactctagagccagacttccagggtgaagtacatgcatacatactttagttattttatcatgacaccttcaaaat
gi|8 : ccggtagtctcgctctagaataagccttccccctgcagaa--CC----TGGGG----G----------AAGGG----T---C----A-CTCTAG-AGCCAG----ACTT-CC-----------ta
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gi|11 : ttgtagagtgatccttccccaataatgagatttcccccataagcctggctctaaagtgagccttccaccggaagcatggctctagagtgatccttcccccataatgcgacttcccctggaagcctggctcaagaC-------GGTAG---T-C-TC-G--------C---TC--TA-----G-A--A--TAAG--CCTTC--CC-CC-------TG-C-AG----AA-------------TTG-----------C--TC----T---AG-----A-AT-GAAG-C-TTA---C----CTC------------CAGGGGG--GAA-G-AC---TCA-C-------T-CT---A-----aatacctactgtcgagattgttttgataccaagaccctcttcagaa
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gi|16 : ----TAGA-------A-T--A------------AA--CCTT-ACTTCCA-------GGGGGAAGACTTACttata
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-766 ) : GTTGTAGAGTNAGACTTCCCTCC--ATAGTGAN--CC--TT------CC----G-GAAG-T---CTG-G------------CTC-TAGA-G-TGAGCC-----TTCCNCC----TGGG----------GG----------GAAG------GCNC---G-CTCTAG-A-GCGAGNCTTC-----------------CC-C--CA-AGA-GCC-GGCCTTCACCCCCGCGGAAGTC---TG-G-C---T-C-----T-AG-A--G--T--GAGNC--TTC--CC----CC---TGCG-G-AA-GTC--T-GGCTC----T---AGA-GT-GA--G-CCT-TC-C----CCC------------C-----------G-GAAG---T----C---TGG-C-------T-C-----T-AGA-G-T-G-AGNCTTC----C-CCC---C---GNCAGACTCGCTC----TAGA--NTA--AGCCTT-ACTTCC-GGGGGGAAGNCTCAC
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gi|5 : CCCTTC--AT--TG----CC--T--------C----A-AAGG-T---CTG-G------------CTC-TAGATG-TGA-TC-----TTCAACT----TCGC----------CG----------CAAG----------------TCTAG-----------CC-----------------CC-T--CATAGACGTG-AGCCTTCACTTCCGC--AAGTTCAATA-GCC---T-C-----TAAG-A--G--TAGAAGCC--CTT--CG----AA---TTCGCA-AA-GTT--TAAGCCCTCA-T---AGA-GT-GAAGG-CCT-TC-A----TTC------------C-----------GCAAAGC--T----T---TAG-C-------T-C-----T-AGA-GAT-G-AGCCcatagagtgaaggccttcattccgcaaagctttagctctagagatgagccatt
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gi|7 : TTGTAGAGTGAA---TCCTTCCCAATAATGAG--AT--TT------CCCCACA-TAAG-CGCCCTG-G------------CTC-TAAA-G-TGAGC------TTCCACC-------------------G----------GAAG------CCAT---GGCTCTAG-A-G----TCTTC-----------------CC-CAATA-ATA-GCC-GGATCTTACCACCGCG-AAGCC---TG-G-----T-C-----A-AG-A--GGCT--G-GTC--ATT--AC----CC---AGCG---AA-G-CAAT-GGTTC----T---AGT-GT-GA--AACCC-TT-C----CAA------------T-----------G-AGAG---C----T---TGG-CGTGGCGCT-C-----T-AGA-G-T-G-AACCTTC----aattc
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Reference ( family-766 ) : GTTGTAGAGCGAGACTTCC-CTCC--ATAG--TGANA--CTT----CCCC-GG-A--AGT---CTG-GCTC-TAGAG-TGAGCC-----T-TCCNCC----TGG-GG----------G-AA-GN-C-T-CGCTC-TAG-AGCGAGNC-TT-C----CC-C--CA-AGAGNC-GGC------------CTTCACCCCC--GCGG-AAGTCTGGCT-C-----TA-GA-G--TGAGNCTT-C-CC----CC---TGCGGAAGTC---TGGC---TC--TA-GA--GT-G--AG-CCT-TCC--C--CC------------C---G-GAA-G---T----CT-------N-GCT-CT---AGAGTGA--GCCTTCC-CCC---C---GNCAGACTC--GC--TCTAGA-G-T-A--AGCCTTACTTCC-GGGGGGAAGACTCAC
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gi|1 : ttgtagagtgatccttccccaataatgagatttcccccataagcctggctctaaagtgagccttccaccggaagcatggctctagagtgatccttcccccataatgcgacCT-C-----GA-CA-G--TAGGTATT-C-CC----TC---GG-AGAAATT---TGAC---TC--TA-GA--GT-G--AG-GCT-T----C--CC------------C---G-GGG-GTTCT----CC-------T-GCC-CT---AGAGTGA--ATCTTAC-CCCAGGA---GGAAGGTTC--AC--TCTAGACC-C-A--AGCTTTCATT-------GGAAGGTTCACattgttttgataccaagaccctcttcagaa
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Reference ( family-766 ) : GTTGTAGAGCGAGACTTCC-C--TCC--ATAGTGA--GACTT----CCCC--GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGAGCC-----T-TCCNCC----TGG-GG----------G-AA-GT-C-TG-GCTC-TAG-AGCGAGNC-TT-C----CC-C--CA-AGAGNC-GGC------------CTTCACCCCC--GCGG-AAGTCTGGCT-C-----TA-GA-G--TGAGTCTT-C-CC----CCC---GCGGAAGC-C---TGGC---TC--TA-GA--GT-G--AG-CCT-TCC--C--CC------------C---G-GAA-GT----CT-------N-GCT-CT---AGAGTGA--GCCTTCC-CCCC---GNCAGACTC--GC--TCTAGAG-T-A--AGCCTTACCCCCAGGGGG-AAGACTCAC
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Reference ( family-766 ) : GTTATAGAGCGAGACTTCC-C--TCC--ATAGTGA--GACTT----CCCC--GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGA--GCC-----T-TC-CNCC--------GG----------GAAG-T-C-TG-GCTCTAG-AG-CGAGCCTT-CCC-C--CA-AGAGNCGGCCT-TCACCCCC--GCGGAAGTCTGGCT-C-----TA-GA-G--TGAGTCTTC----CC----CCC---GCGGAAGC-CTGGC---TC----TAGA--GT-G-AG-CCT-TC-C--CCC------------C---GGAA-G---T----C---T-------NG-CT-CT---AGAGT--GAGCCTTCCCCC---C---GNCAGACTCGC--TCTAGA-G--T-A--AGCCTTACCCCCA-GGGGGAAGACTCAC
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Reference ( family-766 ) : GTTATAGAGCGAGACTTCCC--TCC--ATAGTGA--GACTT----CCC--C--GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGA--GCC-----T-TC-CNCC--------GG----------GAAG-T-C-T--G-GCTCTA----GAG-TGAGCC----TT-C-----------------CC-C--CAAGA-GNCGGCCT-TCACCCCC--GCGGAAGTCTGGC---T-C-----TA-GA--G--T-GAGTCTTC----CC----CCC---GCGGAA-GC-CTGGCTC----T---AGA-GT-G-AG-CCT-TC-CCCC------------C---GGAAG---T----C---T-------NG-C--T-CT-AGAGT--G-AGCCTTCCCCC---C---GNCAGACTCGCTCTAGA-G--TA--AGCCTTACCCCCA-GGGGGAAGACTCAC
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Reference ( family-766 ) : GTTATAGAGCGAGACTTCCC--TCC--ATAGTGA--GACTT----CCC--C--GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGA--GCC-----T-TC-CNCC--------GG----------GAAG-T-C-T--G-GCTCTA----GAG-TGAGCC----TT-C-----------------CC-C--CAAGA-GNCGGCCT-TCACCCCC--GCGGAAGTCTGGC---T-C-----TA-GA--G--T-GAGTCTTC----CC----CCC---GCGGAA-GC-CTGGCTC----T---AGA-GT-G-AG-CCT-TC-CCCC------------C---GGAAG---T----C---T-------NG-C--T-CT-AGAGT--G-AGCCTTCCCCC---C---GNCAGACTCGCTCTAGA-G--TA--AGCCTTACCCCCA-GGGGGAAGACTCAC
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gi|12 : GGAA-GC-CTGCCTA----T---AAA-GT-G-AG-TCT-TC-TCCC------------T---GG--G---T----C---T-------T--C--T-TT-GGGGtctata
gi|12 : tagtgagatttcTTATAG-GC-AGGCTTCCCCTTTT--ATAGTGA--GGCTG----CCC--C--ccttttatagtgaggctgccccc
gi|14 : tagtgagatttcccccaaagaagacccagggagaagactcactGCCTTCCCCC---A---GA-ACACTTGCCTAAGA-A--TA--A-TCTTACTCCTT-GGGGAAAGACTCAc
gi|15 : ag--C--GC-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGA--ACC-----C-TC-ATTC--------TG----------CAAG-T-T-T--A-GCTCTA----Gttata
gi|16 : TAGA-A--TA--AACCTTACTTCCA-GGGGGAAGACTTAC
gi|2 : GTTATAGAGCCAGACTTCCC--AAC--GTAGTGA--GACTT----CCC--CCCGA-A--AGT---CTGGCTCTTAGTCTG-GCTC-TAGAG-TGA--GTC-----T-TC-CTCCAGGG----GG----------AAAG-T-C-T--C-ACTTTA----GA----AGCCAGATCT-C-----------------TC-T--CCAGA-GCCAGCCT-TT-CCCCT--GCAAAAGT-TGGC---T-C-----TAGGA--G--T-GAGGCTTC----CC----CCT---GCAGAA-GC-CT-GCTC----T---GAA-G--G-AG-CCC-CC-CCCCCCCCCCGCCCCTC---GGATG---T----C---T-------GG-C--TCCT-AGAAT----AG-CTTCTCCT---C---GGTAGTCTCGCTCTAGA-G--TG--AGCCTTACCCCCA-
gi|2 : ----CCT--C--GG-A--TGT---C------------TG-GCTCCTAGAA-T-A--GCT-----TCTC-CTC----------G----------GTAG-T-C-T--C-GCTCTA----GAG-TGAGCC----TTAC-----------------CC-C--CAGCA-GACAACCT-T-ACTCCCATGGGGAAGACTcagacaaccttactcccatggggaagactc
gi|3 : gttatagagccagacttcccaacgtagtgagacttccccccgaaagtctggctcttagtctggctctagagtgagtcttcctccagggggaaagtctcactttagaagccagatctctctccagagccagcctttcccctgcaaaagttggctctaggagtgaggcttccccctgcagaagcctgctctgaaggagcccccccccccccccgccC--C--GG-T--GGT---T------------TG------TAGAG-TGA--GCC-----T-TC-CCCCATAATGATGGCTTTCCCCCCGAAG-TTC-T--GTGCTCTA----GAG-CGAGCC----TT-C-----------------CCTC--CATAATGACGGCCT-TTCCCCCC---CGGAAGCCTAGC---T-C-----TA-GA--G----GAG-CTTC----CC----C------AAGAA-GC-CTACCTC----T---AGA-GTGG-AGATGT-TC-ACCC------------TTGGGGAAG---G----C---T-------TA-C--TGCT-AGAGC----AG---TCCCCT---C---G--AGACCCc
gi|3 : cataatgatccccttgtcgaTAGAGCGAGCCTTCCC--TCC--ATAATGACGGCCTTTCCCCCC--C--GG-A--AGC---C------------TA-GCTC-TAGAG--GA--G-C-----T-TC-C-CC--------AA----------GAAG-C-C-T--A-CCTCTA----GAG-TG--------------------------------------GA-GATG---T-TCACCCTT--GGGGAAGGCTTAC---TGC-----TA-GA--G--C--AGTCCCC----TCGAGACCCAATGGGGAA-AC-CTCAATT----T---AGA-GTCC-AG-ACTGTG-CCCA------------A---GGGGA---TGGGGC---T-------AG-C--T-CT-GGAaatggggaaacctcaatttagagtccagactgtgcccaaggggatggggctagctctggatggaagttcctc
gi|4 : cataatgatccccttgtcgaccggtggtttgtagagtgagccttcccccataatgatggctttccccccgaagttctgtgctcGTTATAGAGCCAAACTTCCA--TCC--ATAGTGA--CCCTT----CC------GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGA--GTC-----T-TC-CACCTGAG----GG----------AAAG-G-C-A--C-GCTCTA----GAG-CAAGGC----TT-C-----------------CC-C--CAAGA-GCCGACCT-TCACCCCT--GCGGAAGTCTGGC---T-C-----TA-GA--G--T-GAGGCTTC----CC----TCT---GCGGAA-GT-CTGGCTC----T---GGA-GT-G-AG-CGT-TC-CCCC------------C---GGAAG---T----C---T-------GG-C--T-CT-AGAGT--G-AGTCTTCCCCC---C---ATCACACTTGCTCTAGA-T--TA--AACCTTACTTCCA-GGGGGAAGACTCACtggaagttcctc
gi|5 : -A--AGT---C------------TGCGCTCATAGAG-TGA--GCC-----A--C-CTCT--------G----------------T-C-T--G-CCACAA----GTG-T-AGC------T-C-----------------CT------AGA-GA-GCCCT-TCATTGCC--TCAAAGGTCTGGC---T-C-----TA-GAT-G--T-GA-TCTTCAACTTC----GCC---GC--AA-GT-CTAGCCCCTCAT---AGACGT-G-AG-CCT-TCACTTC------------C---GCAAG---T----TCAAT-------AGCC--T-CTAAGAGTAGA-AGCCCT-------------TCGAATTCGC---AAA-GTTTA--AGCC---CTCATA-GAGTGAAGGC
gi|5 : CTCATAGAG-TGAAGGCC-----T-TCATTCC--------GC----------AAAGCT-T-T--A-GCTCTA----GAGATGAGCC----cttcattccgcaaagctttagctctagagatgagccatt
gi|6 : aagtctgcgctcatagagtgagccacctctgtctgccacaagtgtagctcctagagagcccttcattgcctcaaaggtctggctctagatgtgatcttcaacttcgccgcaagtctagcccctcatagacgtgagccttcacttccgcaagttcaatagcctctaagagtagaagcccttcgaattcgcaaagtttaagccTT----CCG--C--AA-A--GCT---T------------TA-GCTC-TAGAGATGA--GCCATTCAT-TC-CGC-----------------------AG-T-T-TTCA-GCCCCACTAGGAG-TGAGCC----CT-CATTCACGCCCAATTTAGCT-C--TAAGA-AGGAGCCT-TCAATTC---GCGCAAGTCTGGCCATT-CGG---TA-GAAAG--TCGAG-CTTCACA-TC----TCC---GC--AATGT-TTAGCTC----TTTAAGA-GT-G-AG-CCT-TG-CATC------------C----GAAG---T----T---T-------AG-CCAT-CT-AGAGT--GAAGCCTTCatt
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blockSeqs : C C A . . . . . . . . . . . . . . . . T CGG . . . G . . . . . C TA GAT A . CA T G G . . . . . T G CCCCTGCA . . C . . . . . . . C C A TTCAATA . . . . A T TGC A . G A
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blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . C AAG . . . C . . . . . C AG AGG G . TA C T G . . . . . T T CCTCGGA . . A . . . . . . . C A A TCTT . . . . G C CG G . G A
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . A GCA . . . C . . . . . C AG GCC G . CA C T G . . . . . T C ACCCAGC . . A . . . . . . . G C A TCTG . . . . . C TC T . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T CGG . . . C . . . . . C GG CC G . T . T . . . . . . C . CCCAA . . . . . . . . . . C C G TCTG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G AA . . . G . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . T . TTTA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A GG . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C GG . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . C G . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . G .
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originalCons : GTTATAGAGCGAGACTTCCC--TCC--ATAGTGA--GACTT----CCC--C--GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGA--GCC-----T-TC-CNCC--------GG----------GAAG-T-C-T--G-GCTCTA----GAG-TGAGCC----TT-C-----------------CC-C--CAAGA-GNCGGCCT-TCACCCCC--GCGGAAGTCTGGC---T-C-----TA-GA--G--T-GAGTCTTC----CC----CCC---GCGGAA-GC-CTGGCTC----T---AGA-GT-G-AG-CCT-TC-CCCC------------C---GGAAG---T----C---T-------NG-C--T-CT-AGAGT--G-AGCCTTCCCCC---C---GNCAGACTCGCTCTAGA-G--TA--AGCCTTACCCCCA-GGGGGAAGACTCAC
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Unaligned ( gi|13 ): TATGTAAGTGACGACCCCCTCCCGAAGACTGGCTATATAGTAAGTCTCCACCCAGGACTATCAGGTAGTTTGAGCACTTTCC
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consensus : GTTGTAGAGCGAGNCTTCCC--TCC--ATAGTGA--GACTT----CCC--C--GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGAGCC-----T-TC-CCC-C-----GGAAGT-C-TG-GCTC-TAGAGTGAGCC----TT-C----CC-C--CAAGA-GNC-GGC------------CT-TCACCCCC--GCGG-AAGNCTGGCT-C-----TA-GA-G--TGAGNCTTC-CC----CCC---GCGGAAGC-C---TGGC---TC--TA-GA--GT-G--AG-CCT-TCC--C--CC------------C---G-GAA-GT----CT-------N-GCT-CT---AGAGTGA--GCCTTCCCCCCG----NAGA-CTC----GC--TCTAGAG-T-G--AGCCTTACCCCCA-GGGGGAAGACTCAC
Reference ( family-766 ) : GTTATAGAGCGAGACTTCCC--TCC--ATAGTGA--GACTT----CCC--C--GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGAGCC-----T-TC-CNC-C-----GGAAGT-C-TG-GCTC-TAGAGTGAGCC----TT-C----CC-C--CAAGA-GNC-GGC------------CT-TCACCCCC--GCGG-AAGTCTGGCT-C-----TA-GA-G--TGAGTCTTC-CC----CCC---GCGGAAGC-C---TGGC---TC--TA-GA--GT-G--AG-CCT-TCC--C--CC------------C---G-GAA-GT----CT-------N-GCT-CT---AGAGTGA--GCCTTCCCCCCG----NAGA-CTC----GC--TCTAGAG-T-A--AGCCTTACCCCCA-GGGGGAAGACTCAC
gi|1 : TTGTAGAGTGATCCTTCCC---CA--ATAATGA--GATTT----CCC--C--CATA--AGC---C------------TG-GCTC-TAAAG-TGAGCC-----T-TC-CAC-C-----GGAAGC-A-TG-GCTC-TAGAGTGATCC----TT-C----CC-C--CATAA-TGC-GAC------------TT----CCCC----TGG-AAGCCTGGCT-C-----AA-GA-G--TGAGTCTAC-CC----C------TGGAAGC-A---TGGC---TC--TA-GT--GT-G--AA-CCT-T-C--C--AA------------T---G-AAA-GC----TT-------G-GGT-CT---AGAGTGA--ACCTTCCTCCTGGGGTAAGA-TTC----AC--TCTAGGG-C-AGGAGA---ACCCCC---GGGGAAGCCTCAC
gi|1 : C---TC--GA-CA--GT-A--GG-TAT-TCC--C--TC------------G---GAGAA-AT----TT-------G-ACT-CT---AGAGTGA--GGCTTCCCC--G----GGGG-TTCTCCTGC--CCTAGAG-T-G--AATCTTAC-CCCA-GGAGGAAGGTTCACtctagagtcaaatttctccgagggaatacctactgtcgagattgttttgataccaagaccctcttcagaa
gi|10 : ttgtagagtgatccttccccaataatgagatttcccccataagcctggctctaaagtgagccttccaccggaagcatggctctagagtgatccttcccccataatgcgacttcccctggaagcctggctcaagagtgagtctacccctggaagcatggctctagtgtgaaccttccaatgaaagcttgggtctagaAGAGTCAGACTTCCC--CCC--ATAGTGA--TACTT----CCC--C--AG-A--AAT---C------------TG-ACTC-TAGAA-TGAGCC-----T-TC-CATGC-----GGAACT-T-TG-GCTC-TATAGTGAGGC----TT-C----CC-C--CAAAA-Gattgttttgataccaagaccctcttcagaa
gi|10 : C--TCT--AGAATGA--GCCTT----CCATGC--GG-A--ACT---T------------TG-GCTC-TATAG-TGAGGC-----T-TC-CCC-C-----AAAAGT-T-TG-GATC-AAGAGTGAGCtttggatcaagagtgagctc
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gi|12 : AGTGAGAT----TT-C----CC-C--CAA-A-GAA-G-------------------ACCCAG--GGAG-AAGACTCACT-T-----TA-TA-G--GCAGGCTTC-CC----C---------------------T---TT--TA-TA--GT-G--AG-GCT-GCC--C--CC------------tctata
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gi|15 : ag--C--GC-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGAACC-----C-TCATTC-T-----GCAAGT-T-TA-GCTC-TAGttata
gi|16 : TAGAA-T-A--AACCTTACTTCCA-GGGGGAAGACTTAC
gi|2 : GTTATAGAGCCAGACTTCCC--AAC--GTAGTGA--GACTT----CCC--CCCGA-A--AGT---CTGGCTCTTAGTCTG-GCTC-TAGAG-TGAGTC-----T-TC-CTC-CAGGGGGAAAGT-C-TC-ACTT-TAGA---AGCCAGATCT-C----TC-T--CCAGA-GCC-AGC------------CT-TT-CCCCT--GCAA-AAGT-TGGCT-C-----TAGGA-G--TGAGGCTTC-CC----CCT---GCAGAAGC-C---T-GC---TC--TG-AA--G--G--AG-CCC-CCC--C--CCCCCCCCGCCCCTC---G-GAT-GT----CT-------G-GCTCCT---AGAAT-A--GCTTCTCCTCGG----TAGT-CTC----GC--TCTAGAG-T-G--AGCCTTACCCCCA-
gi|2 : ----CCT--C--GG-A--TGT---C------------TG-GCTCCTAGAA-T-AGCT-----T-CT-CCT-C-----GGTAGT-C-TC-GCTC-TAGAGTGAGCC----TTAC----CC-C--CAGCA-GAC-AAC------------CT-T-ACTCCCATGGGG-AAGACTcagacaaccttactcccatggggaagactc
gi|3 : gttatagagccagacttcccaacgtagtgagacttccccccgaaagtctggctcttagtctggctctagagtgagtcttcctccagggggaaagtctcactttagaagccagatctctctccagagccagcctttcccctgcaaaagttggctctaggagtgaggcttccccctgcagaagcctgctctgaaggagcccccccccccccccgccTC-CC----CTT---GTCGA--C-CGG-TGGT---TTG-TA-GA--GT-G--AG-CCT-TCC--C--CC------------------------------------------------ATAATGATGGCTTTCCCCCCG----AAG--TTCTGT-GC--TCTAGAG-C-G--AGCCTTCCCTCCA-c
gi|3 : cataatgaTTGTAGAGTGAGCCTTCCC---CC--ATAATGA--------------------------------------------TG-GCT-------------------T-TC-CCC-C-----CGAAGTTC-TGTGCTC-TAGAGCGAGCC----TT-C----CCTC--CATAATGAC-GGC------------CT-TTCCCCCC---CGG-AAGCCTAGCT-C-----TA-GA-G---GAG-CTTC-CC----C------AAGAAGC-C---TACC---TC--TA-GA--GTGG--AGATGT-TCA--C--CC------------TTGGG-GAA-GG----CT-------T-ACTGCT---AGAGC-A--G---TCCCCTCG-----AGA-CCC----taatgacggcctttcccccccggaagcctagctctagaggagcttccccaagaagcctacctctagagtggagatgttcacccttggggaaggcttactgctagagcagtcccctcgagacccaatggggaaacctcaatttagagtccagactgtgcccaaggggatggggctagctctggatggaagttcctc
gi|3 : cataatgatccccttgtcgaccggtggtTAGAGCGAGCCTTCCC--TCC--ATAATGACGGCCTTTCCCCCC--C--GG-A--AGC---C------------TA-GCTC-TAGAG--GAG-C-----T-TC-CCC-A-----AGAAGC-C-TA-CCTC-TAGAGTG-------------------------GA-GAT-G---------------T-TCACCCTT--GGGG-AAGGCTTACTGC-----TA-GA-G--C-AGTCCCC-TCGAGACCCAATGGGGAAAC-C---TCAA---TT--TA-GA--GTCC--AG-ACTGTGC--C--CA------------A---G-GGG-ATGGGGCT-------A-GCT-CT---GGAaatggggaaacctcaatttagagtccagactgtgcccaaggggatggggctagctctggatggaagttcctc
gi|4 : cataatgatccccttgtcgaccggtggtttgtagagtgagccttcccccataatgatggctttccccccgaagttctgtgctcGTTATAGAGCCAAACTTCCA--TCC--ATAGTGA--CCCTT----CC------GG-A--AGT---C------------TG-GCTC-TAGAG-TGAGTC-----T-TC-CAC-CTGAGGGAAAGG-C-AC-GCTC-TAGAGCAAGGC----TT-C----CC-C--CAAGA-GCC-GAC------------CT-TCACCCCT--GCGG-AAGTCTGGCT-C-----TA-GA-G--TGAGGCTTC-CC----TCT---GCGGAAGT-C---TGGC---TC--TG-GA--GT-G--AG-CGT-TCC--C--CC------------C---G-GAA-GT----CT-------G-GCT-CT---AGAGTGA--GTCTTCCCCCCAT---CACA-CTT----GC--TCTAGAT-T-A--AACCTTACTTCCA-GGGGGAAGACTCACtggaagttcctc
gi|5 : -A--AGT---C------------TGCGCTCATAGAG-TGAGCCACCTCTGTC-TGC-C-----ACAAGT-G-TA-GCTCCTAGAG--AGCCC---TT-CATTGCC-T--CAAAG-GTCTGGCTCTAGATGTGATCT-TCAACTTC--GCCGCAAGTCTAGCC-CCTCA-TA-GACG--TGAGCCTTCACT----TCC---GC--AAGT-TCAATAGCC--TC--TAAGA--GT-AGAAG-CCC-TTC--GAATT------------C---GCAAA-GT----TT-------AAGCC-CTCATAGAGTGAAGGCCTTCATTCCG----CAAAGCTTTA--GC--TCTAGAGAT-G--AGCC
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gi|7 : TTGTAGAGTGAA---TCCT--TCCCAATAATGA--GATTT----CCC--C--AC-ATAAGCGCCC------------TG-GCTC-TAAAG-TGAGC------T-TC-CAC-C-----GGAAGC-CATG-GCTC-TAGAGT----C----TT-C----CC-CAATAATA-GCC-GGA------------TC-TTACCACC--GC-G-AAGCCTGG-T-C-----AA-GA-GGCTG-GTCATT-AC----CCA---GC-GAAGCAA---TGGT---TC--TA-GT--GT-GA-AA-CCC-TTC--C--AA------------T---G-AGA-GC----TTGGCGTGGC-GCT-CT---AGAGTGA--ACCTTCcaattc
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TATGTAAGTGACGACCCCCTCCCGAAGACTGGCTATATAGTAAGTCTCCACCCAGGACTATCAGGTAGTTTGAGCACTTTCC