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lowQualScore                  :              ..      .   . ...  .   .........  ..        . .     . . ..   .  ....   ...   .. .  ....     .  .. .  . .... .   ..  .   ..     .  .        .   ..... . ..    .. . ...... . . .    ... .  ...    .. ....       .  ..        
lowQualScore                  :              88      1   1 888  1   000000000  88        0 0     1 1 88   2  5555   777   22 4  9999     9  66 9  2 7777 8   66  9   66     8  9        4   88888 6 88    11 0 111111 1 2 1    999 2  222    44 9999       7  11        
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Reference ( gi|13 )           :         GTCCTA-TCGGGA-CTA-A---TA-CCC--------TCC--GCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AAT-GA----ACA---CAA--CGGA----TTTTC-TC--A-GACT-A--A-ACA--GA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTAAT--A-ATAT--AGTAC-A-T------T-A-T-TGTT---T-AG---GAGG--A-A-CTGTGGAC-AA-CGCACTGAT
gi|14                         :         GTCCTT-TCGGGA-CTA-A---TA-CCC--------CCC--GCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AAT-GA----ACA---CAA--CAGA----TTTTC-TC--A-GACT-A--A-ACA--GA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTAA--------------------------T-A-T-TGTT---T-AG---GAG--------TTTGGAC-A
gi|2                          :  tagaactGTCCTA-TTGGGA-CTA-A---TA-CCC--------CCC---CGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AAT-GA----A-A---CAA--CAGA----TTTTC-TC--A-GATT-A--A--CA--GA-AGT--TGTCT-AA-TCCATGGGTAAT--A---AT--AGTATAA-T------A-A-T-TCTT---T-AG---GAGG--AGG-TTGCGGACGGA-TGCACTGtacattggtgaaaa
gi|16                         :  agaacatGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---TA-CCC--------CCC--GCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AAT-GA----ACA---CAA--CAGA----TTTTC-TC--A-GATT-A--A-ACA--TA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTAAT--ATAT-T--AGTAT-A-taatgcatacattgccgtgaaaaaatgctaaa
gi|9                          :  tagaactGTCCTT-TAAGGA-CTA-A---TA-CCC-------------GCGGGGCA-C-ACTAC-A----AAT-AA----ACA---CAA--CAGA----TTTCC-TC--A-GATT-A--A-ACA--GA-AGT--TGTCT-AA-CCAATGGGTAAT-----TAT--AATAT-A-T------T-A-TGTGTA---T-AGGGCGAAG--A-G-TTGCGGAC-AA-TGCAac
gi|5                          :     aactGTCCTG-TCGGGA-CTT-A---TA-CCC--------CCC--ACAGAGCA-C-ACTAA-A-T--AAT-GA----ACA---CAA--CAGA----TTTCC-TC--A-GAT------------GA-TG---TGTCT-AA-TCAATGGGTAAT--ATACATGAAGTAT-A-T------T-A-T-TGTT---T-AG---GAAG--A-G-TTGCAGAC-AA-TGCATTGAtaaatgagagcatatttg
gi|17                         :  tagaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---TA-TCC--------CCA--GCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AAT-GA----ACA---CAA--CATA----TTTTC-TC--A-GAAT----A-ACA--GA-AG---TGTCT-AA-TCAATGGGTAAT-----T-T--AGTTT-A-T------T-A-T-Tggcatgtgttggaaaaaat
gi|3                          :   agaactGTCCGT-TCGGGA-CTA-A---TA-AC---------TCC--GCGGGGCA-T-ACTTT-A-T--ACA-GA----ATA---AAA--CAGA----TTTCC-TC--A-GATT-ATAA-ACA--GA-AGT--TGCCC-GA-TCAGTTGGTAATGTA-ATGT--AGAAT-A-T------C-A-T-TGTT---C-AA---TAGG--A-A-TTGCGGAC-AA-CGCATTGAc
gi|12                         :   agaactGTCCT--TTGGGA-CTA-A----A-CCC--------CCT--ATGGG-CA-C-ACTACGA-T--AAT--A----ACA---CAA--CAGA----TTTCC-TC--A-GATT-A--A-ACA--AA-AGT--TGTCT-AA-TCAAT-GGTAAT-------T--AGTAT-A-T------T-ATT-TGTT---T-AGAAAGAGGTTA-A-C---AGAC-AA-TGCATTGAggcatatgttggtgaaaaatgccaaa
gi|11                         :       ctGTCCTT-T--GGA-CTA-AA--CA-CCG--------TCCCTATGGGGCATC-ACTAC-A-T--AAT-AC----ACA---CAA--CAGA----TTTCC-TC--A-GATT----A-ACA--AA-AGT--TGTCT-AC-ACAATGGG------A-ATTT--AGTAT-A-T------T-A-T-TGTT---T-AG---GAAG--A-G-TTACAGAC-AATCGCATTGAggcatgtgttgg
gi|6                          :        cGTCCTAATCGGGA-CAA-A---TA-CCC--------CCC--GCGG--CA-C-ACTAC-A-T--AAT-GA----ACA---CAAAACAGA----TTTTC-TC--A-GAAT-T--A-AGATTGA-AGT--TGTCT-AA-TCAAT--GTGGT--A-ATAT--AGT-T-A-T------A-A-T---TC---T-AG---GAG---------GTGG-C-GA-TGAACTAATaggcatgtgttgta
gi|8                          :   agaactGTCCTA-TCAGGAACTA-A----A-CCC---------CC--GCGGGGTA-A-CCTAC-AAT--AATTGA----ACA---CAA--CAGA----TTTTC-TCTCA-GATT-A--A--CA---A-GGTCATATCT-AA-TCAATGGGTAAT----ATAA--AGTAT-A-T------TAA-T-TCTT---T--G---GAGG--A-GTTTGTGG-C-GA-TGCACTAATgcatacattggtgaaaaa
gi|10                         :  agaaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---TA-CCC---------CT--GCGGGGCA-CGACTAC-A-T--AATTGA----ACA---CAA--CATA----TTTTT-TC------CT-------CA--GA---------TT-AA-CAAATGGGTAAT----ATAT---GTAT-ATT------T-A-T-TGTTTTAT-GG---GAAG--A-AGTTGTGGAacattgg
gi|25                         :  tagaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---TA-CCC--------CCC--GCGGGACA-C-ACTAC-A-T--------------A---CAA--CAGA----TTTGC-TC--A-GATT-A--tcttgcgctatatacataccattggtg
gi|15                         :    aaactGTTCT--TTGGGA-CTA-A---TA-CCC------------------------ACTA--A-T--AAT-GA----ACA---AAA--CAG------CGTC-TC--A-GATTTA--A-CCA--GA-AGT--TGT------TCA-----TAAT--A-GCTT--A-----A-T------T-A-T-TGTT---C-AG---GAGG--A-G-TTACAGAC-AA-AGCA
gi|21                         :  tagaactGTCCTT-TTGGGA-CTATA---TAATCC--------CCC--ACAGGGCA-C-A-TCC-A-TGAAAA-GA----ACAAACCAACCCAGACACTTCCCC-TC--A-GATT-A--A-ACtatggtggtgaaaaa
gi|1                          :    aaaactTCCTT-TCGGGA-CTA-A---TA-TCC--------CCC--GCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AAG-GA----ACA---CAA--CAGC----TTTTC-TC--A-GACT-A--ATACA--GA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTAAC----ATAT----TAT-A-T------T-A-T-TGTT---T-AG---
gi|4                          : ctagaactcTCCTT-TCGGGA-CTA-A---TA-CCCCCCTCCCTCCC--GCGGGGCA-C-ATTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagttagtggacaagcagcacttaatgcatacgatttggtgaaaaatgcc
gi|7                          :   tagcactaCCTAATCGGGA-CTA-A---TA-CCC---------CC--GCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AAT-GA----ACA----AA--CAGA----TTTTC-TC--A-GATT-A--T-ACA--GA-AGT--TGTCTAAA-TCAATGG----T--A-ATAT--AGTAT-A-T------A-ATT-TCTT---T-AG---GAGG--A-GTTTGTGGAC-GA-T-CACTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttcacgagttgttgcacacaacgcattgagacatacattggtgaaaaatgtt
gi|22                         :            agaactgtcA-CTA-AATTTA-CCC--------CTC--TTGGGGCA-C-ACTAC-A-TTAGAT-GAAAACACA---CAA--CAGAG---TTTCC-TC--ACGATT----A-ACA--GACAGT--TATCT-AA-gcatacattggt
gi|23                         :                                               C--GCAGGACA-C-ACTAC-A-T--AAT-GA----ACA---CA-----GA----TTTCC-TT--A-GATT-A--A-ACA--GA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGG---T--A-ATAT--AGTAT-A-T------T-A-T-TGTT---T-atc
gi|19                         :                                                                                         AA--CAGAA---TTTTC-TC--A-GGAT-T--A-ACA--GA-AGT--TGTCTCAA-TCAATGGG---T--A-ATAT--AATAT-A-T------A-A-T-TCTT---T-AG---GAGG--A-GTTTGTGGAC-GA-TGCACTAAT
gi|18                         :                                                                                         AA--CAGA----TTTCCATC----GACC-A--A-A--------AT--AGTCT-AA-TCAATGTG-AAT--A--TAT--AGTTT-A-T------T-A-T-TGTT---TCAG---GAGA--A-G-TTGCAGACAAA-TGCACTGgcat
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                    gTGTGGAC-AA-CGCACTGAggcacgtgttg
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTTCAGATAATGCGGACAACGCATTGAGGAATACATTCATTTGGTGAAAAACACCCAA






Alignments
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lowQualScore                  :               .. .    .   . ... .   .. ........  .        . .     . . ..  . .  ....   ... ..  ..    ....       .. . .  .. .. ..    .   ..     .  .        . . .. ...  . .. .    . .  . . .     ....  ...     . .  .      ..  .        
lowQualScore                  :               22 9    0   0 555 0   88 22222222  0        9 9     9 9 22  9 9  0000   333 44  44    2222       44 7 5  33 99 99    7   44     5  7        4 8 55 555  8 55 8    8 8  9 8 9     2222  777     4 7  2      44  2        
consensus                     :          GTCCTN-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-GAT-GCACTGAT
Reference ( family-710 )      :          GTCCTN-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-GAT-GCACTGAT
gi|1                          :           TCCTT-TCGGGA-CTA-A---T-ATC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-G-GA----ACA---C--AA--CAGC----TTTTCTC--A-G-AC--T-AATACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--C--ATA-T-----TAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---
gi|10                         : ctagaactcGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-A-C--C--------CCTGCGGGGCA-CGACTAC-A-T--AATT-GA----ACA---C--AA--CATATTT-TTTCCTC--A-G-AT--T--A-ACA-------------------AATGGGTA-A--T--ATA-T----GTAT-ATTT-A-T-TGTTTTATGGG---AAGAA-G-TT-GTGGAT-CTT-GCGCTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagttagtggacaagcagcacttaatgcatacgatttggtgaaaaatgcc
gi|11                         :   tagaactGTCCTT-T--GGA-CTA-AA--C-ACCGTC--------CCTATGGGGCATC-ACTAC-A-T--AA-T-AC----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T--A-ACAAA-AGT--TGTCT-AC-ACAATGGG-------A-ATT-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAAGA-G-TT-ACAGAC-AATCGCATTGAatatacataccattggtg
gi|12                         :         cGTCCTT-T-GGGA-CTA-A-----ACC--C--------CCTATGGG-CA-C-ACTACGA-T--AA-T--A----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAAA-AGT--TGTCT-AA-TCAAT-GGTA-A--T------T--A-GTAT-A-TT-ATT-TGTTT----AG---AAAGAGG-TTAACAGAC-AAT-GCATTGAaggcatgtgttgta
gi|13                         :        ctGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------TCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CGGA----TTTTCTC--A-G-AC--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAC-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-A-CT-GTGGAC-AAC-GCACTGATggcatgtgttgg
gi|14                         :          GTCCTT-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTTCTC--A-G-AC--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A----------------------T-A-T-TGTTT----------AGGA-G-TT--TGGAC--AT-ACATTGGT
gi|15                         :   tagaactGTTCTT-T-GGGA-CTA-A---T-ACC--C----------------------ACTA--A-T--AA-T-GA----ACA---A--AA--CAGC----GT--CTC--A-G-AT--TTAA-CCAGA-AGT--TGT------TCA-----TA-A--TA-GCT-T--A------A-TT-A-T-TGTTC----AG---GAGGA-G-TT-ACAGAC-AAA-GCAgaaaa
gi|16                         :   tagaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTTCTC--A-G-AT--T-AA-ACATA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--T--ATATT--A-GTAT-A-tatggtggtgaaaaa
gi|17                         :   tagaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ATC--C--------CCAGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CATA----TTTTCTC--A-G-AA--T--A-ACAGA-AG---TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--T---T--T--A-GTTT-A-TT-A-T-Tac
gi|18                         :                                                                                     agaact--AA--CAGA----TTTCC--------AT--C-GA-CCAAA-A-T--AGTCT-AA-TCAATGTG-A-A--TA--TA-T--A-GTTT-A-TT-A-T-TGTTTC---AG---GAGAA-G-TT-GCAGACAAAT-GCACTGc
gi|19                         :                                                                                           --AA--CAGAA---TTTTCTC--A-GGAT--T-AA--CAGA-AGT--TGTCTCAA-TCAATGGGTA-A--TA-----T--A-ATAT-A-TA-A-T-TCTTT----AG---GAGGA-GTTT-GTGGAC-GAT-GCACTAATgcgacaatgtgttgccg
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gi|20                         :                                                                                                                 agaacat--T-AG-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGAATA--TA-GTA-C--ATGCAT-A-TT-A-T-TGTTC----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-AAT-GCATCGAtaatgcatacattgccgtgaaaaaatgctaaa
gi|21                         :          GTCCTT-TTGGGA-CTATA---TAATC--C--------CCCACAGGGCA-C-A-TCC-A-TGAAA-A-GA----ACAAACC--AACCCAGACACTTCCCCTC--A-G-AT--T-AA-ACggcacgtgttgg
gi|22                         :                aaaactA-CTA-AATTT-ACC--C--------CTCTTGGGGCA-C-ACTAC-A-TTAGA-T-GAAAACACA---C--AA--CAGAG---TTTCCTC--ACG-AT--T--A-ACAGACAGT--TATCT-AA-
gi|23                         :                                                  CGCAGGACA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--A-----GA----TTTCCTT--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGG------TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----atc
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gi|9                          :   agaaactGTCCTT-TAAGGA-CTA-A---T-ACC--C-----------GCGGGGCA-C-ACTAC-A----AA-T-AA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-CCAATGGGTA-A--T---TA-T--A-ATAT-A-TT-A-TGTGTAT----AGGGCGAAGA-G-TT-GCGGAC-AAT-GCAacattgg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTTCAGATAATGCGGACAACGCATTGAGGAATACATTCATTTGGTGAAAAACACCCAA
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consensus                     :          GTCCTN-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-GAT-GCACTGAT
Reference ( family-710 )      :          GTCCTN-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-GAT-GCACTGAT
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gi|11                         :   tagaactGTCCTT-T--GGA-CTA-AA--C-ACCGTC--------CCTATGGGGCATC-ACTAC-A-T--AA-T-AC----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T--A-ACAAA-AGT--TGTCT-AC-ACAATGGG-------A-ATT-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAAGA-G-TT-ACAGAC-AATCGCATTGAatatacataccattggtg
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gi|16                         :   tagaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTTCTC--A-G-AT--T-AA-ACATA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--T--ATATT--A-GTAT-A-tatggtggtgaaaaa
gi|17                         :   tagaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ATC--C--------CCAGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CATA----TTTTCTC--A-G-AA--T--A-ACAGA-AG---TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--T---T--T--A-GTTT-A-TT-A-T-Tac
gi|18                         :                                                                                     agaact--AA--CAGA----TTTCC--------AT--C-GA-CCAAA-A-T--AGTCT-AA-TCAATGTG-A-A--TA--TA-T--A-GTTT-A-TT-A-T-TGTTTC---AG---GAGAA-G-TT-GCAGACAAAT-GCACTGc
gi|19                         :                                                                                           --AA--CAGAA---TTTTCTC--A-GGAT--T-AA--CAGA-AGT--TGTCTCAA-TCAATGGGTA-A--TA-----T--A-ATAT-A-TA-A-T-TCTTT----AG---GAGGA-GTTT-GTGGAC-GAT-GCACTAATgcgacaatgtgttgccg
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gi|9                          :   agaaactGTCCTT-TAAGGA-CTA-A---T-ACC--C-----------GCGGGGCA-C-ACTAC-A----AA-T-AA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-CCAATGGGTA-A--T---TA-T--A-ATAT-A-TT-A-TGTGTAT----AGGGCGAAGA-G-TT-GCGGAC-AAT-GCAacattgg


blockSeqs                     :               AA      A   T ATT A   GT CCCTCCCT  T        T G     G A GA  T T  AAAC   AAC AA  CC    CACT       TC C G  TA TA GA    C   CA     C  A          T TG ATA  T GA T    A T  A T G     TATG  GGC     G T  A      AA  C
blockSeqs                     :               AA      .   . A   .   .  .         T        . .     . . TA  . .  .      .   .   .     TTT        .  . A  .  A  A     .   .      A  .          . .  AA   . .  .    . .  . T .     C     .       G T  .      GG  .
blockSeqs                     :               A       .   . .   .   .  .         T        . .     . . .   . .  .      .   .   .     A          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  AA   . .  .    . .  . . .     .     .       . T  .      A   .
blockSeqs                     :               T       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     G          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  AG   . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
blockSeqs                     :               T       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  AG   . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
blockSeqs                     :               A       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  G  A     .   .      .  .          . .  AA   . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
blockSeqs                     :               T       .   . .   .   .  .         A        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  C     .   .      .  .          . .  AG   . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      G   .
blockSeqs                     :               T       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  AA   . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
blockSeqs                     :               A       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  NN   . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
blockSeqs                     :               A       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  C     .   .      .  .          . .  AA   . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
blockSeqs                     :               A       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  AA   . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
blockSeqs                     :               T       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  A    . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
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blockSeqs                     :               T       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  N  A     .   .      .  .          . .  A    . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      G   .
blockSeqs                     :               T       .   . .   .   .  .         C        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  A    . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      G   .
blockSeqs                     :               G       .   . .   .   .  .         .        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  A    . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      A   .
blockSeqs                     :               A       .   . .   .   .  .         .        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  N     .   .      .  .          . .  A    . .  .    . .  . . .     .     .       . .  .      .   .
blockSeqs                     :               T       .   . .   .   .  .         .        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  A  A     .   .      .  .          . .  .    . .  .    . .  . . .     .     .                        
blockSeqs                     :                       .   . .   .   .  .         .        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  .  A     .   .      .  .          . .  .    . .  .    . .  . . .     .                              
blockSeqs                     :                                                  .        . .     . . .   . .  .      .   .   .     .          .  . .  .  .  .     .   .      .  .          . .  .    . .  .    . .  . . .                                    
blockSeqs                     :                                                                                           .   .     .          .  . .  .  .  .     .   .      .  .          . .  .    . .  .    . .                                           
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blockSeqCons                  :                                                                                                                              A*                                  AA*
originalCons                  :          GTCCTN-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-GAT-GCACTGAT
finalCons                     :          GTCCTN-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AAA-CAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TAA-TA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-GAT-GCACTGAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTTCAGATAATGCGGACAACGCATTGAGGAATACATTCATTTGGTGAAAAACACCCAA
Unaligned ( gi|27 ): GTTGTGGACAACGCACTGAGGCACATGTTGGTGAAAATGCCCAA
Unaligned ( gi|28 ): AGTTGTGGACAACGCACTGAGGCACATGTTGGTGAAAATGCCC






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consensus                     :          GTCCTN-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-GAT-GCACTGAT
Reference ( family-710 )      :          GTCCTN-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-GAT-GCACTGAT
gi|1                          :           TCCTT-TCGGGA-CTA-A---T-ATC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-G-GA----ACA---C--AA--CAGC----TTTTCTC--A-G-AC--T-AATACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--C--ATA-T-----TAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---
gi|10                         : ctagaactcGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-A-C--C--------CCTGCGGGGCA-CGACTAC-A-T--AATT-GA----ACA---C--AA--CATATTT-TTTCCTC--A-G-AT--T--A-ACA-------------------AATGGGTA-A--T--ATA-T----GTAT-ATTT-A-T-TGTTTTATGGG---AAGAA-G-TT-GTGGAT-CTT-GCGCTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagagttagtggacaagcagcacttaatgcatacgatttggtgaaaaatgcc
gi|11                         :   tagaactGTCCTT-T--GGA-CTA-AA--C-ACCGTC--------CCTATGGGGCATC-ACTAC-A-T--AA-T-AC----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T--A-ACAAA-AGT--TGTCT-AC-ACAATGGG-------A-ATT-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAAGA-G-TT-ACAGAC-AATCGCATTGAatatacataccattggtg
gi|12                         :         cGTCCTT-T-GGGA-CTA-A-----ACC--C--------CCTATGGG-CA-C-ACTACGA-T--AA-T--A----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAAA-AGT--TGTCT-AA-TCAAT-GGTA-A--T------T--A-GTAT-A-TT-ATT-TGTTT----AG---AAAGAGG-TTAACAGAC-AAT-GCATTGAaggcatgtgttgta
gi|13                         :        ctGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------TCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CGGA----TTTTCTC--A-G-AC--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA-ATA-T--A-GTAC-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAGGA-A-CT-GTGGAC-AAC-GCACTGATggcatgtgttgg
gi|14                         :          GTCCTT-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTTCTC--A-G-AC--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A----------------------T-A-T-TGTTT----------AGGA-G-TT--TGGAC--AT-ACATTGGT
gi|15                         :   tagaactGTTCTT-T-GGGA-CTA-A---T-ACC--C----------------------ACTA--A-T--AA-T-GA----ACA---A--AA--CAGC----GT--CTC--A-G-AT--TTAA-CCAGA-AGT--TGT------TCA-----TA-A--TA-GCT-T--A------A-TT-A-T-TGTTC----AG---GAGGA-G-TT-ACAGAC-AAA-GCAgaaaa
gi|16                         :   tagaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTTCTC--A-G-AT--T-AA-ACATA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--T--ATATT--A-GTAT-A-tatggtggtgaaaaa
gi|17                         :   tagaactGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ATC--C--------CCAGCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CATA----TTTTCTC--A-G-AA--T--A-ACAGA-AG---TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--T---T--T--A-GTTT-A-TT-A-T-Tac
gi|18                         :                                                                                     agaact--AA--CAGA----TTTCC--------AT--C-GA-CCAAA-A-T--AGTCT-AA-TCAATGTG-A-A--TA--TA-T--A-GTTT-A-TT-A-T-TGTTTC---AG---GAGAA-G-TT-GCAGACAAAT-GCACTGc
gi|19                         :                                                                                           --AA--CAGAA---TTTTCTC--A-GGAT--T-AA--CAGA-AGT--TGTCTCAA-TCAATGGGTA-A--TA-----T--A-ATAT-A-TA-A-T-TCTTT----AG---GAGGA-GTTT-GTGGAC-GAT-GCACTAATgcgacaatgtgttgccg
gi|2                          :          GTCCTA-TTGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCC-CGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----A-A---C--AA--CAGA----TTTTCTC--A-G-AT--T-AA--CAGA-AGT--TGTCT-AA-TCCATGGGTA-A--TA---A-T--A-GTATAA-TA-A-T-TCTTT----AG---GAGGAGG-TT-GCGGACGGAT-GCACTGgcat
gi|20                         :                                                                                                                 agaacat--T-AG-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGGAATA--TA-GTA-C--ATGCAT-A-TT-A-T-TGTTC----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-AAT-GCATCGAtaatgcatacattgccgtgaaaaaatgctaaa
gi|21                         :          GTCCTT-TTGGGA-CTATA---TAATC--C--------CCCACAGGGCA-C-A-TCC-A-TGAAA-A-GA----ACAAACC--AACCCAGACACTTCCCCTC--A-G-AT--T-AA-ACggcacgtgttgg
gi|22                         :                aaaactA-CTA-AATTT-ACC--C--------CTCTTGGGGCA-C-ACTAC-A-TTAGA-T-GAAAACACA---C--AA--CAGAG---TTTCCTC--ACG-AT--T--A-ACAGACAGT--TATCT-AA-
gi|23                         :                                                  CGCAGGACA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---C--A-----GA----TTTCCTT--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-TCAATGGG------TA-ATA-T--A-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----atc
gi|24                         :                                                                                                                              -ACAGA-AGT--TGTCT-AAATCAATGGGTA-A--TA-GTA-C--A-TCAT-A-TT-A-T-TGTTC----AG---GAGGA-G-TT-GCGGAC-AAT-GCATCGA
gi|25                         :         gGTCCTA-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CCCGCGGGACA-C-ACTAC-A-T---------------A---C--AA--CAGA----TTTGCTC--A-G-AT--T-Aggcacgtgttg
gi|3                          :     aaactGTCCGT-TCGGGA-CTA-A---T-AAC--T--------CC-GCGGGGCA-T-ACTTT-A-T--AC-A-GA----ATA---A--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-ATTAT-AA-ACAGA-AGT--TGCCC-GA-TCAGTTGGTA-ATGTA-ATG-T--A-GAAT-A-TC-A-T-TGTTC----AA---TAGGA-A-TT-GCGGAC-AAC-GCATTGA
gi|4                          :     agaactTCCTT-TCGGGA-CTA-A---T-ACC--CCCCTCCCTCCCGCGGGGCA-C-AT------T--NN-N-NN----NNN---N--NN--NNNN----NNNNNNN--N-N-NN--N-NN-NNNNN-NNN--NNNNN-NN-NNNNNNNNNN-N--NN-NNN-N--N-NNNN-N-NN-N-N-TGTTC----AC---GAGTT-G-TT-GCACAC-AAC-GCATTGAggcatatgttggtgaaaaatgccaaa
gi|5                          :  tagcactaGTCCTG-TCGGGA-CTT-A---T-ACC--C--------CCCACAGAGCA-C-ACTAA-A-T--AA-T-GA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT----------GA-TG---TGTCT-AA-TCAATGGGTA-A--TATACA-TGAA-GTAT-A-TT-A-T-TGTTT----AG---GAAGA-G-TT-GCAGAC-AAT-GCATTGAgacatacattggtgaaaaatgtt
gi|6                          :   tagaactGTCCTAATCGGGA-CAA-A---T-ACC--C--------CCCGCGG--CA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA---CAAAA--CAGA----TTTTCTC--A-GAAT--T-AAGATTGA-AGT--TGTCT-AA-TCAAT--GTG-G--TA-ATA-T--A-GT-T-A-TA-A-T---TCT----AG---GAG--------GTGG-C-GAT-GAACTAATggcatgtgttggaaaaaat
gi|7                          :      agaactCCTAATCGGGA-CTA-A---T-ACC--C--------CC-GCGGGGCA-C-ACTAC-A-T--AA-T-GA----ACA------AA--CAGA----TTTTCTC--A-G-AT--T-AT-ACAGA-AGT--TGTCTAAA-TCAATGG-------TA-ATA-T--A-GTAT-A-TA-ATT-TCTTT----AG---GAGGA-GTTT-GTGGAC-GAT--CACTAATgcatacattggtgaaaaa
gi|8                          : agaactgtcGTCCTA-TCAGGAACTA-A-----ACC--C--------CC-GCGGGGTA-A-CCTAC-AAT--AA-TTGA----ACA---C--AA--CAGA----TTTTCTCTCA-G-AT--T-AA--CA-A-GGTCATATCT-AA-TCAATGGGTA-A--TA--TA-A--A-GTAT-A-TTAA-T-TCTTT-----G---GAGGA-GTTT-GTGG-C-GAT-GCACTAATgcatacattggt
gi|9                          :   agaaactGTCCTT-TAAGGA-CTA-A---T-ACC--C-----------GCGGGGCA-C-ACTAC-A----AA-T-AA----ACA---C--AA--CAGA----TTTCCTC--A-G-AT--T-AA-ACAGA-AGT--TGTCT-AA-CCAATGGGTA-A--T---TA-T--A-ATAT-A-TT-A-TGTGTAT----AGGGCGAAGA-G-TT-GCGGAC-AAT-GCAacattgg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTTCAGATAATGCGGACAACGCATTGAGGAATACATTCATTTGGTGAAAAACACCCAA
Unaligned ( gi|27 ): GTTGTGGACAACGCACTGAGGCACATGTTGGTGAAAATGCCCAA
Unaligned ( gi|28 ): AGTTGTGGACAACGCACTGAGGCACATGTTGGTGAAAATGCCC