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lowQualScore                  :               88           88   1         88       88     77777 5     5     5 3   777 8      22        4     99     9   1  1 3             5555     3 2222               3       888888888888888888888     99999    9999999 4 4    4       
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lowQualScore                  :               22           33   0         22       88     55555 0     9     6 2   111 9      55        0     99     0   5  2 1             7777     1 7777               3       444444444444444444444     77777    4444444 4 4    4       
consensus                     :       NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGAT----A-AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCN-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAAATATT--CTCG--AGC---------GGGAC--GTAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCA
Reference ( gi|4 )            :       ATGAGACCGGAAAAATCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGA-----A-AAAGATCCCTCCCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAT-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAAATATG--CTCG--AGT---------GGGAC--ATAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCA
gi|13                         :        TGAGACCACAGAAATCGAGGT-CCCTTGTCACAGC-ATGTGTGG--CATGA-----T-AAAAACCCCTCCCTGCT--TA-ATGGCCC-CGAGTGCC-GAGCAA-AG
gi|2                          :           GACCTTAAAAACAGAGGT-CCCGTGCCGCAGT-AGGTGTGG--CATAC-----A-AAAAAACCCTCACTGCT---A-AAATCCA-TAAGTGCT-AAGCAT-AGGTC-AAAATTTGCAGCCCTTCACCGGC-AATGGTG-ACGATCGTCTCGATATTAGT-GAGATATT--CT-G--AAC---------GAGAC--GAAAAAC-------A-A-ATAA-TCAATCA
gi|1                          : tttcggatatGACCTTAAAAACGGAGGTGCTCATGTCGTAGC-AGATGTGGG-CACGCT----A-AAAGAACGCTCACTGCT--AA-AAAGCCA-TA-GTGCT-AAGCATCAGGTCTAAATT--GCAGCCCTTCACCGGCAA-TGGTG-A----ACTCTCAATATGAGT-GAAATAT---TTCG--A-C---------GGGACGAAAAAAAC---AACCA-A-ATAA-TCAATCAa
gi|17                         :  ttcggattatACCGGAAAAATCTAGGC-CCCTTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGA-----A-AAAGATCCCTTCCTGCT--CA-Aa
gi|3                          :              CGGAAAAATCGAGG--CCCGTGTCACAGCAAGGTGCGG--CACGA-----A-AAAGATCCCTCCCTGCT--CA-AAGGCCC-TGAGTGCCTGAGCAT-AGGCCTAAA-TTTGGAGCCCTTCACCGT---ATGGTG-A----CGTCTCCATATGA-T-GAAATATT--CTC----GC---------GGGAC--GTAAAAC------TA-A-ATAATTCAATCAt
gi|9                          :   atttcggatggagcaAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAAC-ACGTGTGG--CACGATAATTATAAATATCCCTCGCTGCT--TA-AATACCC-TAAGTGCC-GAGCAC-ATGCC-AAAATTTGTAGCCCTTCACCGGCAat
gi|5                          :                                gtTGTCACAGC--GGTGTGGATTATGAT----A-CAGGAATCCTAAC-GCAGACATAAGGCCAGTAAGTGCT-GAAGAA-AGGCCTTAA-TTTG-AACCTTACACCGG--AATCGCG-AG---CG-CTTCATTTGAGT-GAAAT
gi|6                          :                                   GTCACAGC--GGTGTGGATTATGAT----A-CAGGAATCCTAAC-GCAGACATAAGGCCAGTAAGTGCT-GAAGAA-AGGCCTTAA-TTTG-AACCTTACACCGG--AATCGCG-AG---CG-CTTCATTTGAGT-GAAATcatctctttgagaaagacggttatccaaacaagatacat
gi|7                          :                                                                                      A-AAGGCCC-TGAGTGCA-GAGCAC-ATGCCTAAATTT-GCAGCCCTTCATCGACAG-TAGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAAATATT--TTCG--AGT---------GGGAC--GTAAAAC---AA-TA-A-ATAA-TCAATCAcatctctttgagaaagacggttatccaaacaagatacatt
gi|11                         :                                                                                                 AAATACC-GAGCAA-AGGGTCAAATTTTGCAGCCCGTC-------------G-A----CGTCTCC--ATGATT-GAAATATATTCCCG--GGA---------GGGGC--GTTAAAC---AA-CA-T-AAAA-TCAATCAat
gi|18                         :                                                                                                agaGTGCC-GAGCAC-AGGCC-AAAATTTGCAGCCC
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gi|16                         :                                                                                                                                        CCGGCAA-TGGTG-A----CGTCCCCATATGAGT-CACAAATT--ATCA--AAC---------GGGAC--GT--AAC---AG-TATACACAA-TCAATCA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTTTCAGATATGTCATAATGACATTGAAATGGAGGTTCAATGTCCCAGCAAGGATGGGCATGTTAAGAACCTCATTGCTGCGACTTCAGTATCAAGCACAGATTTTCAATGCTTTAC






Alignments
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lowQualScore                  :                       ..           ..             ..       ..     . .....   . .     . .   ... .      ..        .     ..     .   .  . .             ....     . ....               .   ..        ...........................      ...     ....... . .    .       
lowQualScore                  :                       00           99             33       77     0 11111   1 0     0 9   111 0      99        6     66     2   8  4 1             3333     9 8888               1   22        888888888888888888888888888      888     8888888 0 0    0       
consensus                     :               NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGATA-----AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTC---G-----------AG---------CGGGACG--TAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCA
Reference ( family-7 )        :               NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGATA-----AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCN-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTC---G-----------AG---------CGGGACG--TAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCA
gi|1                          :                   GACCTTAAAAACGGAGGTGCTCATGTCGTAGC-AGATGTGGG-CACGCTA-----AAAGAACGCTCACTGCT--AA-AAAGCCA-TA-GTGCT-AAGCATCAGGTCTAAATT--GCAGCCCTTCACCGGCAA-TGGTG-A----ACTCTCAATATGAGT-GAA--ATATT-TC---G-----------A----------CGGGACGAAAAAAAC---AACCA-A-ATAA-TCAATCA
gi|10                         :                                                                                                                         ttcggattatTTGCAGCCCTTCACCGGC-AATGGTGAA----CGTCTCCATATGAGTAAAA--ATCTTCTC---GAAAGTTATCTCAA---------CGGGAC-----AAACCAAAG--A-A-ATAA-T-AATTAa
gi|11                         :                                                                                                      aaaAAATACC-GAGCAA-AGGGTCAAATTTTGCAGCCCGTC-------------G-A----CGTCTCC--ATGATT-GAAATATATTCCC---G-----------GG---------AGGGGCG--TTAAAC---AA-CA-T-AAAA-TCAATCAag
gi|12                         :                                                                                                                           agaAAATTT-GCAGCCCTTCACCGGCAA-TGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-AAA--ATCTTCTC---A-----------AGTTATCTCAACGGGACA---AAAACAA-AG--A-A-ATAA-
gi|13                         :                TGAGACCACAGAAATCGAGGT-CCCTTGTCACAGC-ATGTGTGG--CATGATA-----AAA-ACCCCTCCCTGCT--TA-ATGGCCC-CGAGTGCC-GAGCAA-AG
gi|14                         :                                                                                                                                 TTTTGTAGTACTTCATCTACAGCTGGTG-A----CGTCTCAATATGGGT-GAA--ATATTCTT---A-----------AT---------AGGAA-----AAAAC---
gi|15                         :                                                                                                                                 aggttcagagtTTCACCGGCAT-TGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTT---G------------G---------TGGGACG--TAAAAC---AA-TA-A-TTAA-TCAATC
gi|16                         :                                                                                                                                           aggttCCGGCAA-TGGTG-A----CGTCCCCATATGAGT-CAC--AAATTATC---A-----------AA---------CGGGACG--T--AAC---AG-TATACACAA-TCAATCA
gi|17                         :                    ACCGGAAAAATCTAGGC-CCCTTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTTCCTGCT--CA-A
gi|18                         :                                                                                                           GTGCC-GAGCAC-AGGCC-AAAATTTGCAGCCCt
gi|19                         :                                                                                                                                             TCACCGGCAT-TGGTG-A----CGTCTCCATA
gi|2                          :                   GACCTTAAAAACAGAGGT-CCCGTGCCGCAGT-AGGTGTGG--CAT-ACA-----AAAAAACCCTCACTGCT---A-AAATCCA-TAAGTGCT-AAGCAT-AGGTC-AAAATTTGCAGCCCTTCACCGGC-AATGGTG-ACGATCGTCTCGATATTAGT-GAG--ATATTCT----G-----------AA---------CGAGACG--AAAAAC-------A-A-ATAA-TCAATCA
gi|3                          :            tttcggatatCGGAAAAATCGAGG--CCCGTGTCACAGCAAGGTGCGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTCCCTGCT--CA-AAGGCCC-TGAGTGCCTGAGCAT-AGGCCTAAA-TTTGGAGCCCTTCACCGT---ATGGTG-A----CGTCTCCATATGA-T-GAA--ATATTCTC----------------G---------CGGGACG--TAAAAC------TA-A-ATAATTCAATCAa
gi|4                          : atttcggatggagcaTGAGACCGGAAAAATCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTCCCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAT-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATGCTC---G-----------AG---------TGGGACA--TAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCAat
gi|5                          :                                         aTGTCACAGC--GGTGTGGATTATGATA-----CAGGAATCCTAAC-GCAGACATAAGGCCAGTAAGTGCT-GAAGAA-AGGCCTTAA-TTTG-AACCTTACACCGG--AATCGCG-AG---CG-CTTCATTTGAGT-GAA--ATCATCTCTTTG-----------AG---------AAAGACG--
gi|6                          :                                           GTCACAGC--GGTGTGGATTATGATA-----CAGGAATCCTAAC-GCAGACATAAGGCCAGTAAGTGCT-GAAGAA-AGGCCTTAA-TTTG-AACCTTACACCGG--AATCGCG-AG---CG-CTTCATTTGAGT-GAA--ATCATCTCTTTG-----------AG---------AAAGACG--gttatccaaacaagatacat
gi|7                          :                                                                                              A-AAGGCCC-TGAGTGCA-GAGCAC-ATGCCTAAATTT-GCAGCCCTTCATCGACAG-TAGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTTTC---G-----------AG---------TGGGACG--TAAAAC---AA-TA-A-ATAA-TCAATCAgttatccaaacaagatacatt
gi|9                          :                          AAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAAC-ACGTGTGG--CACGATAATTATAAATATCCCTCGCTGCT--TA-AATACCC-TAAGTGCC-GAGCAC-ATGCC-AAAATTTGTAGCCCTTCACCGGCAat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTTTCAGATATGTCATAATGACATTGAAATGGAGGTTCAATGTCCCAGCAAGGATGGGCATGTTAAGAACCTCATTGCTGCGACTTCAGTATCAAGCACAGATTTTCAATGCTTTAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                            11       11111                 111        11                                            2222       1111                             333333333333333333333333333              2222222                
lowQualScore                  :                       22           55             66       66     9 11111   0 1     1 1   444 8      00        3     44     7   9  0 2             1111     2 1111               3   44        333333333333333333333333333      888     3333333 4 4    4       
lowQualScore                  :                       ..           ..             ..       ..     . .....   . .     . .   ... .      ..        .     ..     .   .  . .             ....     . ....               .   ..        ...........................      ...     ....... . .    .       
lowQualScore                  :                       00           99             33       77     0 11111   1 0     0 9   111 0      00        6     66     2   8  4 1             3333     9 8888               1   22        888888888888888888888888888      888     8888888 0 0    0       
consensus                     :               NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGATA-----AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTC---G-----------AG---------CGGGACG--TAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCA
Reference ( family-7 )        :               NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGATA-----AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTC---G-----------AG---------CGGGACG--TAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCA
gi|1                          :                   GACCTTAAAAACGGAGGTGCTCATGTCGTAGC-AGATGTGGG-CACGCTA-----AAAGAACGCTCACTGCT--AA-AAAGCCA-TA-GTGCT-AAGCATCAGGTCTAAATT--GCAGCCCTTCACCGGCAA-TGGTG-A----ACTCTCAATATGAGT-GAA--ATATT-TC---G-----------A----------CGGGACGAAAAAAAC---AACCA-A-ATAA-TCAATCA
gi|10                         :                                                                                                                         ttcggattatTTGCAGCCCTTCACCGGC-AATGGTGAA----CGTCTCCATATGAGTAAAA--ATCTTCTC---GAAAGTTATCTCAA---------CGGGAC-----AAACCAAAG--A-A-ATAA-T-AATTAa
gi|11                         :                                                                                                      aaaAAATACC-GAGCAA-AGGGTCAAATTTTGCAGCCCGTC-------------G-A----CGTCTCC--ATGATT-GAAATATATTCCC---G-----------GG---------AGGGGCG--TTAAAC---AA-CA-T-AAAA-TCAATCAag
gi|12                         :                                                                                                                           agaAAATTT-GCAGCCCTTCACCGGCAA-TGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-AAA--ATCTTCTC---A-----------AGTTATCTCAACGGGACA---AAAACAA-AG--A-A-ATAA-
gi|13                         :                TGAGACCACAGAAATCGAGGT-CCCTTGTCACAGC-ATGTGTGG--CATGATA-----AAA-ACCCCTCCCTGCT--TA-ATGGCCC-CGAGTGCC-GAGCAA-AG
gi|14                         :                                                                                                                                 TTTTGTAGTACTTCATCTACAGCTGGTG-A----CGTCTCAATATGGGT-GAA--ATATTCTT---A-----------AT---------AGGAA-----AAAAC---
gi|15                         :                                                                                                                                 aggttcagagtTTCACCGGCAT-TGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTT---G------------G---------TGGGACG--TAAAAC---AA-TA-A-TTAA-TCAATC
gi|16                         :                                                                                                                                           aggttCCGGCAA-TGGTG-A----CGTCCCCATATGAGT-CAC--AAATTATC---A-----------AA---------CGGGACG--T--AAC---AG-TATACACAA-TCAATCA
gi|17                         :                    ACCGGAAAAATCTAGGC-CCCTTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTTCCTGCT--CA-A
gi|18                         :                                                                                                           GTGCC-GAGCAC-AGGCC-AAAATTTGCAGCCCt
gi|19                         :                                                                                                                                             TCACCGGCAT-TGGTG-A----CGTCTCCATA
gi|2                          :                   GACCTTAAAAACAGAGGT-CCCGTGCCGCAGT-AGGTGTGG--CAT-ACA-----AAAAAACCCTCACTGCT---A-AAATCCA-TAAGTGCT-AAGCAT-AGGTC-AAAATTTGCAGCCCTTCACCGGC-AATGGTG-ACGATCGTCTCGATATTAGT-GAG--ATATTCT----G-----------AA---------CGAGACG--AAAAAC-------A-A-ATAA-TCAATCA
gi|3                          :            tttcggatatCGGAAAAATCGAGG--CCCGTGTCACAGCAAGGTGCGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTCCCTGCT--CA-AAGGCCC-TGAGTGCCTGAGCAT-AGGCCTAAA-TTTGGAGCCCTTCACCGT---ATGGTG-A----CGTCTCCATATGA-T-GAA--ATATTCTC----------------G---------CGGGACG--TAAAAC------TA-A-ATAATTCAATCAa
gi|4                          : atttcggatggagcaTGAGACCGGAAAAATCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTCCCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAT-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATGCTC---G-----------AG---------TGGGACA--TAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCAat
gi|5                          :                                         aTGTCACAGC--GGTGTGGATTATGATA-----CAGGAATCCTAAC-GCAGACATAAGGCCAGTAAGTGCT-GAAGAA-AGGCCTTAA-TTTG-AACCTTACACCGG--AATCGCG-AG---CG-CTTCATTTGAGT-GAA--ATCATCTCTTTG-----------AG---------AAAGACG--
gi|6                          :                                           GTCACAGC--GGTGTGGATTATGATA-----CAGGAATCCTAAC-GCAGACATAAGGCCAGTAAGTGCT-GAAGAA-AGGCCTTAA-TTTG-AACCTTACACCGG--AATCGCG-AG---CG-CTTCATTTGAGT-GAA--ATCATCTCTTTG-----------AG---------AAAGACG--gttatccaaacaagatacat
gi|7                          :                                                                                              A-AAGGCCC-TGAGTGCA-GAGCAC-ATGCCTAAATTT-GCAGCCCTTCATCGACAG-TAGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTTTC---G-----------AG---------TGGGACG--TAAAAC---AA-TA-A-ATAA-TCAATCAgttatccaaacaagatacatt
gi|9                          :                          AAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAAC-ACGTGTGG--CACGATAATTATAAATATCCCTCGCTGCT--TA-AATACCC-TAAGTGCC-GAGCAC-ATGCC-AAAATTTGTAGCCCTTCACCGGCAat


blockSeqs                     :                       AC           T              AA       AT     T ATTAT     C     C T   GAC T      AG        T     A      C   T    C             CAGC     A CGAT               A   AT        GAAAGTTATCTCAAC                  T       CAAAG   T C    T
blockSeqs                     :                       GG           C              A        AT     C .         T     C T   GAC T      AG        .     A      T   T    C             CAAA     . G                  .   .         AAGTTATCTCAAC                    T       AAAG    . .    .
blockSeqs                     :                       TT           T              A        .      T .         A     A T   T   .      C         .     C      T   T    C             CAA      . G                  .   .         TTTGAGA                          T       AAC     . .    .
blockSeqs                     :                       GG           T              A        .      T .         T     C T   C   .      A         .     T      T   A    T             CAA      . .                  .   .         TTTGAGA                          A       AAT     . .    .
blockSeqs                     :                       GG           T              A        .      T .         T     C T   C   .      C         .     T      T   A    C             CAT      . .                  .   .         GGGA                             T       AGT     . .    .
blockSeqs                     :                                    .              A        .      . .         A     A T   C   .      C         .     T      T   T    C             CAA      . .                  .   .         AATA                             T       AGT     . .    .
blockSeqs                     :                                                   .        .      . .         A     A .   T   .      C         .     A      .   T    G             CAT      . .                  .   .         AAAC                             T       AAT     . .    .
blockSeqs                     :                                                   .        .      . .         T     G .   .   .      C         .     A      .   A    C             CAA      . .                  .   .         GAAC                             .       T       . .    .
blockSeqs                     :                                                                                               .                .     C      .   .    C             CAG      . .                  .   .         GAGT                             .       .       . .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                .     C          .    T             AA       . .                  .   .         GAGT                             .                       
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blockSeqCons                  :                                    T*                      **                                                        N*                                                                        GAGN***********************      T**     AAT****
originalCons                  :               NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGATA-----AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTC---G-----------AG---------CGGGACG--TAAAAC---AG-TA-A-ATAA-TCAATCA
finalCons                     :               NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGATA-----AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTCGAGN-----------------------GGGACGT--AAAACAAT----A-A-ATAA-TCAATCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTTTCAGATATGTCATAATGACATTGAAATGGAGGTTCAATGTCCCAGCAAGGATGGGCATGTTAAGAACCTCATTGCTGCGACTTCAGTATCAAGCACAGATTTTCAATGCTTTAC






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consensus                     :               NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGATA-----AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTC---G-----------AG---------CGGGACG--TA---AAAC--AA-TAAATAA-TCAATCA
Reference ( family-7 )        :               NTGAGACCGNAAAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGATA-----AAAGANCCCTCNCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAN-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTC---G-----------AG---------NGGGACG--TA---AAAC--AA-TAAATAA-TCAATCA
gi|1                          :                   GACCTTAAAAACGGAGGTGCTCATGTCGTAGC-AGATGTGGG-CACGCTA-----AAAGAACGCTCACTGCT--AA-AAAGCCA-TA-GTGCT-AAGCATCAGGTCTAAATT--GCAGCCCTTCACCGGCAA-TGGTG-A----ACTCTCAATATGAGT-GAA--ATATT-TC---G-----------A----------CGGGACGAAAA---AAAC--AACCAAATAA-TCAATCA
gi|10                         :                                                                                                                         ttcggattatTTGCAGCCCTTCACCGGC-AATGGTGAA----CGTCTCCATATGAGTAAAA--ATCTTCTC---GAAAGTTATCTCAA---------CGGGAC--------AAACCAAA-GAAATAA-T-AATTAa
gi|11                         :                                                                                                      aaaAAATACC-GAGCAA-AGGGTCAAATTTTGCAGCCCGTC-------------G-A----CGTCTCC--ATGATT-GAAATATATTCCC---G-----------GG---------AGGGGCG--TT---AAAC--AA-CATAAAA-TCAATCAag
gi|12                         :                                                                                                                           agaAAATTT-GCAGCCCTTCACCGGCAA-TGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-AAA--ATCTTCTC---A-----------AGTTATCTCAACGGGACA---A---AAACA-AA-GAAATAA-
gi|13                         :                TGAGACCACAGAAATCGAGGT-CCCTTGTCACAGC-ATGTGTGG--CATGATA-----AAA-ACCCCTCCCTGCT--TA-ATGGCCC-CGAGTGCC-GAGCAA-AG
gi|14                         :                                                                                                                                 TTTTGTAGTACTTCATCTACAGCTGGTG-A----CGTCTCAATATGGGT-GAA--ATATTCTT---A-----------AT---------AGGAA-----A---AAAC--
gi|15                         :                                                                                                                                 aggttcagagtTTCACCGGCAT-TGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATTCTT---G------------G---------TGGGACG--TA---AAAC--AA-TAATTAA-TCAATC
gi|16                         :                                                                                                                                           aggttCCGGCAA-TGGTG-A----CGTCCCCATATGAGT-CAC--AAATTATC---A-----------AA---------CGGGACG--TA---ACAG--TA-TACACAA-TCAATCA
gi|17                         :                    ACCGGAAAAATCTAGGC-CCCTTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTTCCTGCT--CA-A
gi|18                         :                                                                                                           GTGCC-GAGCAC-AGGCC-AAAATTTGCAGCCCt
gi|19                         :                                                                                                                                             TCACCGGCAT-TGGTG-A----CGTCTCCATA
gi|2                          :                   GACCTTAAAAACAGAGGT-CCCGTGCCGCAGT-AGGTGTGG--CAT-ACA-----AAAAAACCCTCACTGCT---A-AAATCCA-TAAGTGCT-AAGCAT-AGGTC-AAAATTTGCAGCCCTTCACCGGC-AATGGTG-ACGATCGTCTCGATATTAGT-GAG--ATATTCT----G-----------AA---------CGAGACG--AA---AAAC------AAATAA-TCAATCA
gi|3                          :            tttcggatatCGGAAAAATCGAGG--CCCGTGTCACAGCAAGGTGCGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTCCCTGCT--CA-AAGGCCC-TGAGTGCCTGAGCAT-AGGCCTAAA-TTTGGAGCCCTTCACCGT---ATGGTG-A----CGTCTCCATATGA-T-GAA--ATATTCTC----------------G---------CGGGACG--TA---AAAC-----TAAATAATTCAATCAa
gi|4                          : atttcggatggagcaTGAGACCGGAAAAATCGAGGT-CCCGTGTCACAGC-AGGTGTGG--CACGA-A-----AAAGATCCCTCCCTGCT--CA-AAGGCCC-TAAGTGCC-GAGCAT-AGGCCTAAATTTTGCAGCCCTTCACCGGCAAATGGTG-A----CGTCTCCATATGAGT-GAA--ATATGCTC---G-----------AG---------TGGGACA--TA---AAAC--AG-TAAATAA-TCAATCAat
gi|5                          :                                         aTGTCACAGC--GGTGTGGATTATGATA-----CAGGAATCCTAAC-GCAGACATAAGGCCAGTAAGTGCT-GAAGAA-AGGCCTTAA-TTTG-AACCTTACACCGG--AATCGCG-AG---CG-CTTCATTTGAGT-GAA--ATCATCTCTTTG-----------AG---------AAAGACGGTTATCCAAAC--AA-
gi|6                          :                                           GTCACAGC--GGTGTGGATTATGATA-----CAGGAATCCTAAC-GCAGACATAAGGCCAGTAAGTGCT-GAAGAA-AGGCCTTAA-TTTG-AACCTTACACCGG--AATCGCG-AG---CG-CTTCATTTGAGT-GAA--ATCATCTCTTTG-----------AG---------AAAGACGGTTATCCAAAC--AA-gatacat
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gi|9                          :                          AAAACCGAGGT-CCCGTGTCACAAC-ACGTGTGG--CACGATAATTATAAATATCCCTCGCTGCT--TA-AATACCC-TAAGTGCC-GAGCAC-ATGCC-AAAATTTGTAGCCCTTCACCGGCAat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTTTCAGATATGTCATAATGACATTGAAATGGAGGTTCAATGTCCCAGCAAGGATGGGCATGTTAAGAACCTCATTGCTGCGACTTCAGTATCAAGCACAGATTTTCAATGCTTTAC