lowQualScore : 1 222 11111111111111111 22222 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 11111111
lowQualScore : 0 4 5 444 66666666666666666 4 44 3 0 66 7 77777 6666666 1111 4 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 3333333 2 6 2 88 5 1 2 2 88888888
lowQualScore : . . . ... ................. . .. . . .. . ..... ....... .... . . ................................................... ... ....... . . . .. . . . . ........
lowQualScore : 2 4 2 000 66666666666666666 5 66 3 4 11 8 22222 1111111 7777 0 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 1111111 4 3 4 66 4 0 4 4 33333333
consensus : ACAGTAA-AACACGCTTATAACG--------AA---CACGCTTATAA--CGAA-TTCACGCTTATTGC-GAAGTGATANTTA---TTCCCC---T---AT---GAGAGG-AA--A-A----T----A--A---AAA---T--T--TATTGGAT-A-TAA-C-GAA-G-TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG-GCCC-TGGAGGTTCGC-TAT-A---ACCG-TGTTTTACT
Reference ( gi|7 ) : ACATTAA-AGCATGCATTTAATA--------AA---CACACTTGTAA--TGAA-TTCACGCTTATTGC-AAAGTGATAATAA---TTCCCC---T---AT---AAAAGG-AA--A-A----T----A--G---AAG---T--T--TGTTAGAT-T-TAG-A-GAA-G-TTTGGTTATGAGGAAGTG-TTTTTCACTG-GCCT-TGAAGGTTTGC-TAT-A---GCCA-TGTTTTACT
gi|6 : ATATCAAGAACATGCGTCTAGTA-----------------CTCATAA--TGAA-TTAACGTTTATTGC-AAAGTGATGTTTC---TTTCC----T---AT---GAGAAG-AA--A-A----T----A--C---------T--C--TATTGGAT-A-TAA-C-AAA-G-TCTGGTTATATCGATCTG-TTTCTCTCTG-GACC-CAGAGGTTCGC-TAT-A---ATTG-TGTTTAACT
gi|1 : tagaaaaatacaaACAGTAA-AAGACGC---TAACA--------AAGAACACGCTTATAT--CGAA-TGAACGCTTATTGC-GATGTTATATTCA---TTCCCC---T---GT---GGGAGG-AA--A-A----TAACGA--A---AAA---A--T--TATTGGA----TAGCA-TAATG-TCTGGTGAAAAGAAATTGTTTTTTCACTG-TCCC-TGTAGACTTGC-TAT-g
gi|17 : atACAGTAG-AACATGC--TTACTACAAAATTCAA---TGTGCTCATAG--TGAA-TTCATGCTTACTGC-AATGTGATACTTA---TTCCtttactgaatataatttagatttca
gi|2 : CAGTAA-AGCATGCATATAGCA--------AA---CCTGTTTATAA--CGAA-GTAATGCTTATTGC-AAATTTATATTTA---TT-CCA---T---AC---AAGACG-AA--A-G----T----AACG---AAATTTT--T--TGTTTGATAT-AAA-A-GAT-A-TCTGTTTACAACAAACTG-TTTGTCGCTG-ATTC-TACAGGTTTatgtgaga
gi|5 : CAGTAA-AACATGCTTATTACA--------AA---TATGCTTAAAAGATGAA-TTC-CACTTATTGTTGAAGTGGGAATTTCTTTTCTCT---T---TT---GAGAGG-AA--A-A----T----A--GTGAAAA---T--T-------GAT-TATAA-T-GAA-GTTTTGATTTTTATGAA----CTTTTTGCTG-GATC-TGGAGGGTCAA-TATAA---ATTG-TGTTCTACTtattgtgtgtctaactgattctacaggtttta
gi|4 : TAA-AACACACTTATAATG--------AA---CATGTATATAA--TGAAATTAACGTTTATCAT-CAAGTGATAAT-A---TTCCCC---T----T---AGGTGA-AA--ATAATTTT----A--A---AAC---T--G--TATTAGGC-TATGGCACAAA-G-TTTGTTTAT---AAACTG-TTGTTTGCTG-GCCC-TGGGGTTTCAG-TAT-AC--ACAA-TGTTTTgtac
gi|20 : agTAA-AACATGCTTATAACA--------AAAT-CATGCTTATAA--TGAA-TCCACACTTATTAT-GAAGTGATctgtagac
gi|3 : agAA-ACCACACTTGTAACA--------AA---CACGCTCATAA--CGAA-TTCATGCTTATTGC-GAAATTTCAGT-----TTATTC---T---ATTT-GAAAGG-TA--A-A----T----AACG---AATAC-C--T--CATTAGAT-A-TAA-C-GAA-C-TTTGGTTATAATAAACTG-TTTTTCACTG-GCCC-TGGAGCTTTTC-TAT-A---AC---TGTTTTACT
gi|8 : acagaAA-AACACACTTATAATG--------AA---CATGTATATAA--TGAA-TTAACGTTTATCAT-CAAGTGATAATA----TTCCCC---TTAGGT---GAAAAT-AA--T-T----T----A--A---AAC---T--G--TATTAGCT-A-TGGCACAAA-G-TTTGTTTAT----AACTG-TTGTTTGCTG-GCCC-TGGGGGTTCAG-TAT-A---ACCA-TGTTTTACTatacga
gi|12 : ATGCATATAATG--------AA---AACACTTATAA--CAAA-TTCATGCTTATTGC-AGAGTGATATTTC---TTCCAC---C---AT---GA---G-AA--C-A----T----A--A---CA-------------TAAAT-T-TA----------TTT--------GAAACTT-TTTCCCCCTG-GCCC-TGGAGGTTTGC-TAT-A---AGCA-AGGTTTACTgta
gi|11 : A---CACTCTTGTAA--TGGA-TTCAAGCTTGCTGT----GTGAT--TTA---TTCCCC---A---AC---AAGAGG-AA--A-A----T----A--ACA-AAA---TG-T--TATTGGAT-A-TAA-T-GAA-G-TTTAATTTTGATGAATT--TTTTTC-TTGAGTCT-TGGAAGTTTAC-TAT-A---AGTG-TGTTTTACTgt
gi|9 : AA--TGAA-TTCAC----AATGC-AAAATGAT-ATAT---TTTCCCCGTT---AT---GAGATG-AA--A-A----TATC-A--A---AAA---T--CG-TATTAGTT-A-TAACA-GAA---TTTGGTTATAA--------CCCTTGGCTG-GCCC-TGGGGGTCCACTTAT-A---ACgta
gi|10 : cgcttattatgaattcctgttttatacGCTTATTCC-AATGCGATATTTG---TTCCCC---T---ATTTGCAAAGA-AAATA-A----C----A--A---AAC---T--TAATGT--GAT-T-T-------A-G-CTTGGTTATAATGAACTA-TTTTTCGCTG-GCCC-TGGAAGTTTGT-AAT-A---ATCA-GGCTTTTCTggcctctactcgta
gi|13 : catctaaacctgaatacagttaaacttTGT-GAAGCAATATTTA---TTCCCC---T---AT---GAAAGACAAGTA-A----C----A--A---AAA---TC-T--TACTGGAT-A-AAA-C-AAA-G-TTTGGTT---------------TTCACTG-GCCTCTGAAGGTTCAC-TAT-AACTGTCAGTGTTTg
gi|14 : T---AAGAAG-AA--A-A----T----AACG---AAA---ACAT--TATTGGGT-A-TAA-C-AAA-G-TCTGGTTATATCGATCCG-TTTCTCGTTG-GCCC-CGGAGGTTCGC-TAT-A---ATTG-TGTTTTACTga
gi|16 : g-GAA-G-TTTACATATAACGAATTG-TATTTTGTTG-GCCC-TTGAGGTTTGC-TAT-A---ACTT-TGTTTTATTgta
gi|19 : attgaatacgatTTGGTTATCATGAACTG-TTTTTCTCTG-GCC--TGGAGGTTCAC-TGT-A---ACTA-TGTTTCACTgtgtaaaaattgtatt
gi|21 : TGGT-ATAACAAACTG-TTTTTCGCTG-GCCC-TCA-GGTTCTC-TAT-A---TCCG-TGTTTTACTgtat
gi|22 : AACTG-TTTTTCACTG-GCCC-CGGAGGTTCTC-TGT-A---gta
gi|2 : ataacaAGGTTTGC-TAT-A---TGCA-TGCTTTACTa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATTGCAAAGTGATATTTTACCTTACCATGTGAGGAAAATAACAAAACTTTCATTGGATATAACAAACTATTTTTTTGTTGTTGACCAGGAGGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TATGCTTATATAATGAAAACACCACTTAAAACAAATTCATGCGAATGAATCGATATTTTATTCCCCTGTGA
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 3333333333 11111
lowQualScore : 44 1 666 77777 111111111 555 33 0 2 2 0 1 777777 55555 4 33 0 2 33 5555 9999999999 33333 33 2 666 66 44 666 0 7777 22 0 55 2 1 2 2 2 33
lowQualScore : .. . ... ..... ......... ... .. . . . . . ...... ..... . .. . . .. .... .......... ..... .. . ... .. .. ... . .... .. . .. . . . . . ..
lowQualScore : 22 2 888 00000 444444444 000 99 3 9 4 5 9 222222 11111 6 22 9 7 77 7777 0000000000 77777 44 5 999 99 55 999 1 3333 22 8 00 1 0 4 4 5 88
consensus : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTGATATT---T-ATTCCC--C--TAT--GAGAGG-AA--AAT----A-----AC---AAAT---T-T--ATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
Reference ( family-685 ) : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTGATANT---T-ATTCCC--C--TAT--GAGAGG-AA--AAT----A-----A----AAAT---T-T--ATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
gi|1 : ACAGTAAAAGACGCTAACA--AAGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--TCG-AATGAACGCTTATTG-CGATGTTATATT---C-ATTCCC--C--TGT--GGGAGG-AA--AATAACGA-----A----AAAA---T-T--ATT-G---GATAGC--ATAATG---TCTGGTGAAAAGAAATTGTTTTTTCACTG--TCC-CTGTAGACTTGC-TAT-
gi|10 : atGCTTATTC-CAATGCGATATT---T-GTTCCC--C--TATTTGCAAAG-AA--AAT----A-----ACA--AAAC---T-T--AAT-GT--GATTTA--GC--------TTGGTTATAATGAACTA-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAAGTTTGT-AAT-A-ATCAGGCTTTTCTtttactgaatataatttagatttca
gi|11 : catctaaacctgaatacagttaaacttA---CA---C-TC---------TT---GTA--ATG-GATTCAAGCTTGCTG-TG---TGAT--T---T-ATTCCC--C--AAC--AAGAGG-AA--AAT----A-----ACA--AAATG--T-T--ATT-G---GATATA--ATGAAG---TTTAATTTTGATGAATT--TTTTTC-TTGA-GTC-TTGGAAGTTTAC-TAT-A-AGTGTGTTTTACTg
gi|12 : ATGCATATA--ATGAA---AA---C-AC---------TT---ATA--ACA-AATTCATGCTTATTG-CAGAGTGATATT---T-CTTCCA--C--CAT--GAGAAC-AT--AAC----A-----T----AAAT---T-T--ATT-T---GA----------------------------AACTT-TTTCCCCCTG--GCC-CTGGAGGTTTGC-TAT-A-AGCAAGGTTTACTgta
gi|13 : TG-TGAAGCAATATT---T-ATTCCC--C--TAT--GAAAGACAAGTAAC----A-----A----AAATC--T-T--ACT-G---GATAAA--ACAAAG---TTTGG---------------TTTTCACTG--GCCTCTGAAGGTTCAC-TAT-A-ACTGgt
gi|14 : T--AAGAAG-AA--AAT----A-----ACGA-AAACA--T-T--ATT-G---GGTATA--ACAAAG---TCTGGTTATATCGATCCG-TTTCTCGTTG--GCC-CCGGAGGTTCGC-TAT-A-ATTGTGTTTTACTcagtgtttga
gi|15 : gTATTG-CAAAGTGATATT---T--TACCTTAC--CAT--GTGAGG-AA--AAT----A-----ACA--AAAC---T-TTCATT-G---GATATA--ACAAA---------CTAT----------TTTTTTGTTGTTGAC-CAGGAGGTTgta
gi|16 : --ATT-G---AATACG--ATGAAG---TTTACATATAACGAATTG-TATTTTGTTG--GCC-CTTGAGGTTTGC-TAT-A-ACTTTGTTTTATTt
gi|17 : ACAGTAGAACATGCTTACT--ACAAAATTCAATGT-GC---------TC---ATA--GTG-AATTCATGCTTACTG-CAATGTGATACT---T-ATT-CC--A--TGT--GAGAgtgtaaaaattgtatt
gi|18 : ATGCTTATATAATGAAAA-CA---CCAC---------TT---AAA--ACA-AATTCATGCGAAT----GAATCGATATT---TTATTCCC--C--TGT--GA
gi|19 : tTTGGTTATCATGAACTG-TTTTTCTCTG--G-C-CTGGAGGTTCAC-TGT-A-ACTATGTTTCACT
gi|2 : CAGTAAAGCATGCATATA--GCAAA---CC---T-GT---------TT---ATA--ACG-AAGTAATGCTTATTG-CAAATTTATATT---T-ATT-CC--A--TAC--AAGACG-AA--AGT----A-----ACG--AAAT---T-T--TTT-GTTTGATATA--A--AAGATATCTGTTTACAACAAACTG-TTTGTCGCTG--ATT-CTACAGGTTgtat
gi|20 : AGTAAAACATGCTTATA--ACAAAAT-CA---T-GC---------TT---ATA--ATG-AATCCACACTTATTA-TGAAGTGATttattgtgtgtctaactgattctacaggtttta
gi|21 : TGGT-ATAACAAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CT-CAGGTTCTC-TAT-A-TCCGTGTTTTACT
gi|22 : ATAACAAACTG-TTTTTCACTG--GCC-CCGGAGGTTCTC-TGT-A-Agta
gi|3 : ACAGAAAACCACACTTGTA--ACAAA---CA---C-GC---------TC---ATA--ACG-AATTCATGCTTATTG-CGAAATTTCAGT---TTATTCTA--T--T-T--GAAAGG-TA--AAT----A-----AC---GAATACCT-C--ATT-A---GATATA--ACGAAC---TTTGGTTATAATAAACTG-TTTTTCACTG--GCC-CTGGAGCTTTTC-TAT-A-AC--TGTTTTACT
gi|4 : AGTAAAACACACTTATA--ATGAA---CA---T-GT---------AT---ATA--ATGAAATTAACGTTTATCA-TCAAGTGATAA----T-ATTCCC--C--T-T---AGGTG-AA--AAT----AATTTTA----AAAC---TGT--ATTAG---GCTATGGCACAAAG---TTTGTTTATA---AACTG-TTGTTTGCTG--GCC-CTGGGGTTTCAG-TAT-ACACAATGTTTTatacga
gi|5 : CAGTAAAACATGCTTATT--ACAAA---TA---T-GC---------TT---AAAAGATG-AATTC-CACTTATTGTTGAAGTGGGAATTTCT-TTTCTC--T--TTT--GAGAGG-AA--AAT----AGTG--A----AAAT---T-G--AT--------TATA--ATGAAGT--TTTGATTTTTATGAAC----TTTTTGCTG--GAT-CTGGAGGGTCAA-TATAA-ATTGTGTTCTACTctgtagac
gi|6 : AGAAAAATACAAATATC--AAGAA---CA---T-GCGTCTAGTACTC---ATA--ATG-AATTAACGTTTATTG-CAAAGTGATGTT---T-CTTTCC-----TAT--GAGAAG-AA--AAT----A-----C-------T---C-T--ATT-G---GATATA--ACAAAG---TCTGGTTATATCGATCTG-TTTCTCTCTG--GAC-CCAGAGGTTCGC-TAT-A-ATTGTGTTTAACTgtac
gi|7 : tACATTAAAGCATGCATTTA--ATAAA---CA---C-AC---------TT---GTA--ATG-AATTCACGCTTATTG-CAAAGTGATAAT---A-ATTCCC--C--TAT--AAAAGG-AA--AAT----A-----G----AAGT---T-T--GTT-A---GATTTA--GAGAAG---TTTGGTTATGAGGAAGTG-TTTTTCACTG--GCC-TTGAAGGTTTGC-TAT-A-GCCATGTTTTACTg
gi|8 : AAAACACACTTATA--ATGAA---CA---T-GT---------AT---ATA--ATG-AATTAACGTTTATCA-TCAAGTGATAAT-----ATTCCC--C--T-T---AGGTG-AA--AAT----A-----ATTTAAAAC---TGT--ATT-A---GCTATGGCACAAAG---TTTGTTTATAAC----TG-TTGTTTGCTG--GCC-CTGGGGGTTCAG-TAT-A-ACCATGTTTTACT
gi|9 : CGCTTATT--ATGAATT-CC---T-GT---------TTTATACA--ATG-AATTCAC----AATG-CAAAATGATATA---T-TTTCCC--CGTTAT--GAGATG-AA--AAT----ATCA--A----AAAT---CGT--ATT-A---GTTATA--ACAGAA---TTTGGTTATAAC--------CCTTGGCTG--GCC-CTGGGGGTCCACTTAT-A-ACgta
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 3333333333333333 1111
lowQualScore : 44 1 666 77777 111111111 555 33 0 2 2 0 444 33 33 55555 4 33 1 33 7777777777777777 2 666 66 44 666 0 1111 22 0 55 2 1 2 2 2 33
lowQualScore : .. . ... ..... ......... ... .. . . . . ... .. .. ..... . .. . .. ................ . ... .. .. ... . .... .. . .. . . . . . ..
lowQualScore : 22 2 888 00000 444444444 000 99 3 9 4 5 111 77 88 11111 6 22 5 77 4444444444444444 5 999 99 55 999 1 1111 22 8 00 1 0 4 4 5 88
consensus : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTG---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAGAGGAAAATA--AC----AAA---T---T-TATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
Reference ( family-685 ) : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTG---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAGAGGAAAATA--AC----AAA---T---T-TATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
gi|1 : ACAGTAAAAGACGCTAACA--AAGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--TCG-AATGAACGCTTATTG-CGATGTT---ATA-TTC-ATTCCC--C--TGT--GGGAGGAAAATA--ACGAA-AAA---A---T-TATT-G---GATAGC--ATAATG---TCTGGTGAAAAGAAATTGTTTTTTCACTG--TCC-CTGTAGACTTGC-TAT-
gi|10 : atGCTTATTC-CAATGCG---ATA-TTT-GTTCCC--C--TATTTGCAAAGAAAATA--AC----AAAA--C---T-TAAT-GT--GATTTA--GC--------TTGGTTATAATGAACTA-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAAGTTTGT-AAT-A-ATCAGGCTTTTCTtttactgaatataatttagatttca
gi|11 : catctaaacctgaatacagttaaacttA---CA---C-TC---------TT---GTA--ATG-GATTCAAGCTTGCTG-TG---TG---AT---TT-ATTCCC--C--AAC--AAGAGGAAAATA--ACA---AAA---TG--T-TATT-G---GATATA--ATGAAG---TTTAATTTTGATGAATT--TTTTTC-TTGA-GTC-TTGGAAGTTTAC-TAT-A-AGTGTGTTTTACTg
gi|12 : ATGCATATA--ATGAA---AA---C-AC---------TT---ATA--ACA-AATTCATGCTTATTG-CAGAGTG---ATA-TTT-CTTCCA--C--CAT--GA---GAACATA--ACAT--AAA---T---T-TATT-T---GA----------------------------AACTT-TTTCCCCCTG--GCC-CTGGAGGTTTGC-TAT-A-AGCAAGGTTTACTgta
gi|13 : TG-TGAAGCA---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAAAGACAAGTA--AC----AAAAATC---T-TACT-G---GATAAA--ACAAAG---TTTGG---------------TTTTCACTG--GCCTCTGAAGGTTCAC-TAT-A-ACTGgt
gi|14 : T--AAGAAGAAAATA--ACGA--AAA---CA--T-TATT-G---GGTATA--ACAAAG---TCTGGTTATATCGATCCG-TTTCTCGTTG--GCC-CCGGAGGTTCGC-TAT-A-ATTGTGTTTTACTcagtgtttga
gi|15 : gTATTG-CAAAGTG---ATA-TTT--TACCTTAC--CAT--GTGAGGAAAATA--AC----AAAACTT---T-CATT-G---GATATA--ACAAA---------CTAT----------TTTTTTGTTGTTGAC-CAGGAGGTTgta
gi|16 : ATT-G---AATACG--ATGAAG---TTTACATATAACGAATTG-TATTTTGTTG--GCC-CTTGAGGTTTGC-TAT-A-ACTTTGTTTTATTt
gi|17 : ACAGTAGAACATGCTTACT--ACAAAATTCAATGT-GC---------TC---ATA--GTG-AATTCATGCTTACTG-CAATGTG---ATA-CTT-ATT-CC--A--TGT--GAGAgtgtaaaaattgtatt
gi|18 : ATGCTTATATAATGAAAA-CA---CCAC---------TT---AAA--ACA-AATTCATGCGAAT----GAATCG---ATA-TTTTATTCCC--C--TGT--GA
gi|19 : tTTGGTTATCATGAACTG-TTTTTCTCTG--G-C-CTGGAGGTTCAC-TGT-A-ACTATGTTTCACT
gi|2 : CAGTAAAGCATGCATATA--GCAAA---CC---T-GT---------TT---ATA--ACG-AAGTAATGCTTATTG-CAAATTT---ATA-TTT-ATT-CC--A--TAC--AAGACGAAAGTA--ACG---AAA---T---T-TTTT-GTTTGATATA--A--AAGATATCTGTTTACAACAAACTG-TTTGTCGCTG--ATT-CTACAGGTTgtat
gi|20 : AGTAAAACATGCTTATA--ACAAAAT-CA---T-GC---------TT---ATA--ATG-AATCCACACTTATTA-TGAAGTG---ATttattgtgtgtctaactgattctacaggtttta
gi|21 : TGGT-ATAACAAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CT-CAGGTTCTC-TAT-A-TCCGTGTTTTACT
gi|22 : ATAACAAACTG-TTTTTCACTG--GCC-CCGGAGGTTCTC-TGT-A-Agta
gi|3 : ACAGAAAACCACACTTGTA--ACAAA---CA---C-GC---------TC---ATA--ACG-AATTCATGCTTATTG-CGAAATT---TCAGTTT-ATTCTA--T--T-T--GAAAGGTAAATA--AC----GAA---TACCT-CATT-A---GATATA--ACGAAC---TTTGGTTATAATAAACTG-TTTTTCACTG--GCC-CTGGAGCTTTTC-TAT-A-AC--TGTTTTACT
gi|4 : AGTAAAACACACTTATA--ATGAA---CA---T-GT---------AT---ATA--ATGAAATTAACGTTTATCA-TCAAGTG---ATA--AT-ATTCCC--C--T-T---AGGTGAAAATA--ATTTTAAAA---C---TGTATTAG---GCTATGGCACAAAG---TTTGTTTATA---AACTG-TTGTTTGCTG--GCC-CTGGGGTTTCAG-TAT-ACACAATGTTTTatacga
gi|5 : CAGTAAAACATGCTTATT--ACAAA---TA---T-GC---------TT---AAAAGATG-AATTC-CACTTATTGTTGAAGTGGGAATT-TCT-TTTCTC--T--TTT--GAGAGGAAAATA--GTG---AAA----------ATT-G---ATTATA--ATGAAGT--TTTGATTTTTATGAAC----TTTTTGCTG--GAT-CTGGAGGGTCAA-TATAA-ATTGTGTTCTACTctgtagac
gi|6 : AGAAAAATACAAATATC--AAGAA---CA---T-GCGTCTAGTACTC---ATA--ATG-AATTAACGTTTATTG-CAAAGTG---ATG-TTT-CTTTCC-----TAT--GAGAAGAAAATA---C----------T---C-TATT-G---GATATA--ACAAAG---TCTGGTTATATCGATCTG-TTTCTCTCTG--GAC-CCAGAGGTTCGC-TAT-A-ATTGTGTTTAACTgtac
gi|7 : tACATTAAAGCATGCATTTA--ATAAA---CA---C-AC---------TT---GTA--ATG-AATTCACGCTTATTG-CAAAGTG---ATA-ATA-ATTCCC--C--TAT--AAAAGGAAAATA--G-----AAG---T---T-TGTT-A---GATTTA--GAGAAG---TTTGGTTATGAGGAAGTG-TTTTTCACTG--GCC-TTGAAGGTTTGC-TAT-A-GCCATGTTTTACTg
gi|8 : AAAACACACTTATA--ATGAA---CA---T-GT---------AT---ATA--ATG-AATTAACGTTTATCA-TCAAGTG---ATA--AT-ATTCCC--C--T-T---AGGTGAAAATA--ATTTA-AAA---C---TGTATT-A---GCTATGGCACAAAG---TTTGTTTAT----AACTG-TTGTTTGCTG--GCC-CTGGGGGTTCAG-TAT-A-ACCATGTTTTACT
gi|9 : CGCTTATT--ATGAATT-CC---T-GT---------TTTATACA--ATG-AATTCAC----AATG-CAAAATG---ATA-TAT-TTTCCC--CGTTAT--GAGATGAAAATATCAA----AAA---T---CGTATT-A---GTTATA--ACAGAA---TTTGGTTATAAC--------CCTTGGCTG--GCC-CTGGGGGTCCACTTAT-A-ACgta
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 3333333333333333 1111
lowQualScore : 44 1 666 77777 111111111 555 33 0 2 2 0 444 33 33 55555 4 33 1 33 7777777777777777 2 666 66 44 666 0 1111 22 0 55 2 1 2 2 2 33
lowQualScore : .. . ... ..... ......... ... .. . . . . ... .. .. ..... . .. . .. ................ . ... .. .. ... . .... .. . .. . . . . . ..
lowQualScore : 22 2 888 00000 444444444 000 99 3 9 4 5 111 77 88 11111 6 22 5 77 4444444444444444 5 999 99 55 999 1 1111 22 8 00 1 0 4 4 5 88
consensus : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTG---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAGAGGAAAATA--AC----AAA---T---T-TATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
Reference ( family-685 ) : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTG---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAGAGGAAAATA--AC----AAA---T---T-TATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
gi|1 : ACAGTAAAAGACGCTAACA--AAGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--TCG-AATGAACGCTTATTG-CGATGTT---ATA-TTC-ATTCCC--C--TGT--GGGAGGAAAATA--ACGAA-AAA---A---T-TATT-G---GATAGC--ATAATG---TCTGGTGAAAAGAAATTGTTTTTTCACTG--TCC-CTGTAGACTTGC-TAT-
gi|10 : atGCTTATTC-CAATGCG---ATA-TTT-GTTCCC--C--TATTTGCAAAGAAAATA--AC----AAAA--C---T-TAAT-GT--GATTTA--GC--------TTGGTTATAATGAACTA-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAAGTTTGT-AAT-A-ATCAGGCTTTTCTtttactgaatataatttagatttca
gi|11 : catctaaacctgaatacagttaaacttA---CA---C-TC---------TT---GTA--ATG-GATTCAAGCTTGCTG-TG---TG---AT---TT-ATTCCC--C--AAC--AAGAGGAAAATA--ACA---AAA---TG--T-TATT-G---GATATA--ATGAAG---TTTAATTTTGATGAATT--TTTTTC-TTGA-GTC-TTGGAAGTTTAC-TAT-A-AGTGTGTTTTACTg
gi|12 : ATGCATATA--ATGAA---AA---C-AC---------TT---ATA--ACA-AATTCATGCTTATTG-CAGAGTG---ATA-TTT-CTTCCA--C--CAT--GA---GAACATA--ACAT--AAA---T---T-TATT-T---GA----------------------------AACTT-TTTCCCCCTG--GCC-CTGGAGGTTTGC-TAT-A-AGCAAGGTTTACTgta
gi|13 : TG-TGAAGCA---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAAAGACAAGTA--AC----AAAAATC---T-TACT-G---GATAAA--ACAAAG---TTTGG---------------TTTTCACTG--GCCTCTGAAGGTTCAC-TAT-A-ACTGgt
gi|14 : T--AAGAAGAAAATA--ACGA--AAA---CA--T-TATT-G---GGTATA--ACAAAG---TCTGGTTATATCGATCCG-TTTCTCGTTG--GCC-CCGGAGGTTCGC-TAT-A-ATTGTGTTTTACTcagtgtttga
gi|15 : gTATTG-CAAAGTG---ATA-TTT--TACCTTAC--CAT--GTGAGGAAAATA--AC----AAAACTT---T-CATT-G---GATATA--ACAAA---------CTAT----------TTTTTTGTTGTTGAC-CAGGAGGTTgta
gi|16 : ATT-G---AATACG--ATGAAG---TTTACATATAACGAATTG-TATTTTGTTG--GCC-CTTGAGGTTTGC-TAT-A-ACTTTGTTTTATTt
gi|17 : ACAGTAGAACATGCTTACT--ACAAAATTCAATGT-GC---------TC---ATA--GTG-AATTCATGCTTACTG-CAATGTG---ATA-CTT-ATT-CC--A--TGT--GAGAgtgtaaaaattgtatt
gi|18 : ATGCTTATATAATGAAAA-CA---CCAC---------TT---AAA--ACA-AATTCATGCGAAT----GAATCG---ATA-TTTTATTCCC--C--TGT--GA
gi|19 : tTTGGTTATCATGAACTG-TTTTTCTCTG--G-C-CTGGAGGTTCAC-TGT-A-ACTATGTTTCACT
gi|2 : CAGTAAAGCATGCATATA--GCAAA---CC---T-GT---------TT---ATA--ACG-AAGTAATGCTTATTG-CAAATTT---ATA-TTT-ATT-CC--A--TAC--AAGACGAAAGTA--ACG---AAA---T---T-TTTT-GTTTGATATA--A--AAGATATCTGTTTACAACAAACTG-TTTGTCGCTG--ATT-CTACAGGTTgtat
gi|20 : AGTAAAACATGCTTATA--ACAAAAT-CA---T-GC---------TT---ATA--ATG-AATCCACACTTATTA-TGAAGTG---ATttattgtgtgtctaactgattctacaggtttta
gi|21 : TGGT-ATAACAAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CT-CAGGTTCTC-TAT-A-TCCGTGTTTTACT
gi|22 : ATAACAAACTG-TTTTTCACTG--GCC-CCGGAGGTTCTC-TGT-A-Agta
gi|3 : ACAGAAAACCACACTTGTA--ACAAA---CA---C-GC---------TC---ATA--ACG-AATTCATGCTTATTG-CGAAATT---TCAGTTT-ATTCTA--T--T-T--GAAAGGTAAATA--AC----GAA---TACCT-CATT-A---GATATA--ACGAAC---TTTGGTTATAATAAACTG-TTTTTCACTG--GCC-CTGGAGCTTTTC-TAT-A-AC--TGTTTTACT
gi|4 : AGTAAAACACACTTATA--ATGAA---CA---T-GT---------AT---ATA--ATGAAATTAACGTTTATCA-TCAAGTG---ATA--AT-ATTCCC--C--T-T---AGGTGAAAATA--ATTTTAAAA---C---TGTATTAG---GCTATGGCACAAAG---TTTGTTTATA---AACTG-TTGTTTGCTG--GCC-CTGGGGTTTCAG-TAT-ACACAATGTTTTatacga
gi|5 : CAGTAAAACATGCTTATT--ACAAA---TA---T-GC---------TT---AAAAGATG-AATTC-CACTTATTGTTGAAGTGGGAATT-TCT-TTTCTC--T--TTT--GAGAGGAAAATA--GTG---AAA----------ATT-G---ATTATA--ATGAAGT--TTTGATTTTTATGAAC----TTTTTGCTG--GAT-CTGGAGGGTCAA-TATAA-ATTGTGTTCTACTctgtagac
gi|6 : AGAAAAATACAAATATC--AAGAA---CA---T-GCGTCTAGTACTC---ATA--ATG-AATTAACGTTTATTG-CAAAGTG---ATG-TTT-CTTTCC-----TAT--GAGAAGAAAATA---C----------T---C-TATT-G---GATATA--ACAAAG---TCTGGTTATATCGATCTG-TTTCTCTCTG--GAC-CCAGAGGTTCGC-TAT-A-ATTGTGTTTAACTgtac
gi|7 : tACATTAAAGCATGCATTTA--ATAAA---CA---C-AC---------TT---GTA--ATG-AATTCACGCTTATTG-CAAAGTG---ATA-ATA-ATTCCC--C--TAT--AAAAGGAAAATA--G-----AAG---T---T-TGTT-A---GATTTA--GAGAAG---TTTGGTTATGAGGAAGTG-TTTTTCACTG--GCC-TTGAAGGTTTGC-TAT-A-GCCATGTTTTACTg
gi|8 : AAAACACACTTATA--ATGAA---CA---T-GT---------AT---ATA--ATG-AATTAACGTTTATCA-TCAAGTG---ATA--AT-ATTCCC--C--T-T---AGGTGAAAATA--ATTTA-AAA---C---TGTATT-A---GCTATGGCACAAAG---TTTGTTTAT----AACTG-TTGTTTGCTG--GCC-CTGGGGGTTCAG-TAT-A-ACCATGTTTTACT
gi|9 : CGCTTATT--ATGAATT-CC---T-GT---------TTTATACA--ATG-AATTCAC----AATG-CAAAATG---ATA-TAT-TTTCCC--CGTTAT--GAGATGAAAATATCAA----AAA---T---CGTATT-A---GTTATA--ACAGAA---TTTGGTTATAAC--------CCTTGGCTG--GCC-CTGGGGGTCCACTTAT-A-ACgta
blockSeqs : TA T ATT ATGT GTCTAGTAC TAT AG A T GGA GT TA TAC A TT A TC TTTAAAACTG A TTT GC TG ATA AATG A TT T G T A C TG
blockSeqs : . C AA CC . . . . . . T G CGT A . G . TTAAAACTG . T GC CA T GATG T A . A . . . CA
blockSeqs : . T AT C . . . . . . T A C A . G . AAAAATCT . . . CA . ATCG G . . G . . . TG
blockSeqs : . C TT C . . . . . . T C C A . A . GAAAACAT . . . CA . AACG G . . A . . . TG
blockSeqs : . C . T . . . . . . T A C A . G . AAAACTTT . . . TG . CATG G . . G . . . TT
blockSeqs : . C . T . . . . . . C A C G . C . GAATACCT . . . CG . AACA G . . G . . . TA
blockSeqs : . T . C . . . . . . T A A G . G . AAAATGT . . . CA . AACA G . . A . . . CG
blockSeqs : . C . T . . . . . . T A C A . T . ATAAATT . . . TG . AACA G . . T . . . AA
blockSeqs : . A . T . . . . . . T A A T . G . AAAACT . . . CA . AATA G . . T . . . TG
blockSeqs : . T . T . . . . . . T T T A . A . GAAATT . . . AG . TATG G . . T . . . TG
blockSeqs : . T . C . . . . . . A C C A . G . AAATCG . . . CA . ATCG G . . A . . . CA
blockSeqs : . T . T . . . . . . T A T A . T . AAGTT . . . CA . GAGG G . . A . . . CA
blockSeqs : . T . . . . . . . A C . . T . GAAA . . . C . AAC G . . G . . . .
blockSeqs : . . . T C . . . . TC . . . . . A . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : G*
originalCons : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTG---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAGAGGAAAATA--AC----AAA---T---T-TATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
finalCons : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTG---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAGAGGAAAATA--AC----AAA---T---T-TATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 3333333333333333 1111
lowQualScore : 44 1 666 77777 111111111 555 33 0 2 2 0 444 33 33 55555 4 33 1 33 7777777777777777 2 666 66 44 666 0 1111 22 0 55 2 1 2 2 2 33
lowQualScore : .. . ... ..... ......... ... .. . . . . ... .. .. ..... . .. . .. ................ . ... .. .. ... . .... .. . .. . . . . . ..
lowQualScore : 22 2 888 00000 444444444 000 99 3 9 4 5 111 77 88 11111 6 22 5 77 4444444444444444 5 999 99 55 999 1 1111 22 8 00 1 0 4 4 5 88
consensus : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTG---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAGAGGAAAATA--AC----AAA---T---T-TATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
Reference ( family-685 ) : ACAGTAAAACACGCTTATA--ACGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--ACG-AATTCACGCTTATTG-CGAAGTG---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAGAGGAAAATA--AC----AAA---T---T-TATT-G---GATATA--ACGAAG---TTTGGTTATAACGAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAGGTTCGC-TAT-A-ACCGTGTTTTACT
gi|1 : ACAGTAAAAGACGCTAACA--AAGAA---CA---C-GC---------TT---ATA--TCG-AATGAACGCTTATTG-CGATGTT---ATA-TTC-ATTCCC--C--TGT--GGGAGGAAAATA--ACGAA-AAA---A---T-TATT-G---GATAGC--ATAATG---TCTGGTGAAAAGAAATTGTTTTTTCACTG--TCC-CTGTAGACTTGC-TAT-
gi|10 : atGCTTATTC-CAATGCG---ATA-TTT-GTTCCC--C--TATTTGCAAAGAAAATA--AC----AAAA--C---T-TAAT-GT--GATTTA--GC--------TTGGTTATAATGAACTA-TTTTTCGCTG--GCC-CTGGAAGTTTGT-AAT-A-ATCAGGCTTTTCTtttactgaatataatttagatttca
gi|11 : catctaaacctgaatacagttaaacttA---CA---C-TC---------TT---GTA--ATG-GATTCAAGCTTGCTG-TG---TG---AT---TT-ATTCCC--C--AAC--AAGAGGAAAATA--ACA---AAA---TG--T-TATT-G---GATATA--ATGAAG---TTTAATTTTGATGAATT--TTTTTC-TTGA-GTC-TTGGAAGTTTAC-TAT-A-AGTGTGTTTTACTg
gi|12 : ATGCATATA--ATGAA---AA---C-AC---------TT---ATA--ACA-AATTCATGCTTATTG-CAGAGTG---ATA-TTT-CTTCCA--C--CAT--GA---GAACATA--ACAT--AAA---T---T-TATT-T---GA----------------------------AACTT-TTTCCCCCTG--GCC-CTGGAGGTTTGC-TAT-A-AGCAAGGTTTACTgta
gi|13 : TG-TGAAGCA---ATA-TTT-ATTCCC--C--TAT--GAAAGACAAGTA--AC----AAAAATC---T-TACT-G---GATAAA--ACAAAG---TTTGG---------------TTTTCACTG--GCCTCTGAAGGTTCAC-TAT-A-ACTGgt
gi|14 : T--AAGAAGAAAATA--ACGA--AAA---CA--T-TATT-G---GGTATA--ACAAAG---TCTGGTTATATCGATCCG-TTTCTCGTTG--GCC-CCGGAGGTTCGC-TAT-A-ATTGTGTTTTACTcagtgtttga
gi|15 : gTATTG-CAAAGTG---ATA-TTT--TACCTTAC--CAT--GTGAGGAAAATA--AC----AAAACTT---T-CATT-G---GATATA--ACAAA---------CTAT----------TTTTTTGTTGTTGAC-CAGGAGGTTgta
gi|16 : ATT-G---AATACG--ATGAAG---TTTACATATAACGAATTG-TATTTTGTTG--GCC-CTTGAGGTTTGC-TAT-A-ACTTTGTTTTATTt
gi|17 : ACAGTAGAACATGCTTACT--ACAAAATTCAATGT-GC---------TC---ATA--GTG-AATTCATGCTTACTG-CAATGTG---ATA-CTT-ATT-CC--A--TGT--GAGAgtgtaaaaattgtatt
gi|18 : ATGCTTATATAATGAAAA-CA---CCAC---------TT---AAA--ACA-AATTCATGCGAAT----GAATCG---ATA-TTTTATTCCC--C--TGT--GA
gi|19 : tTTGGTTATCATGAACTG-TTTTTCTCTG--G-C-CTGGAGGTTCAC-TGT-A-ACTATGTTTCACT
gi|2 : CAGTAAAGCATGCATATA--GCAAA---CC---T-GT---------TT---ATA--ACG-AAGTAATGCTTATTG-CAAATTT---ATA-TTT-ATT-CC--A--TAC--AAGACGAAAGTA--ACG---AAA---T---T-TTTT-GTTTGATATA--A--AAGATATCTGTTTACAACAAACTG-TTTGTCGCTG--ATT-CTACAGGTTgtat
gi|20 : AGTAAAACATGCTTATA--ACAAAAT-CA---T-GC---------TT---ATA--ATG-AATCCACACTTATTA-TGAAGTG---ATttattgtgtgtctaactgattctacaggtttta
gi|21 : TGGT-ATAACAAACTG-TTTTTCGCTG--GCC-CT-CAGGTTCTC-TAT-A-TCCGTGTTTTACT
gi|22 : ATAACAAACTG-TTTTTCACTG--GCC-CCGGAGGTTCTC-TGT-A-Agta
gi|3 : ACAGAAAACCACACTTGTA--ACAAA---CA---C-GC---------TC---ATA--ACG-AATTCATGCTTATTG-CGAAATT---TCAGTTT-ATTCTA--T--T-T--GAAAGGTAAATA--AC----GAA---TACCT-CATT-A---GATATA--ACGAAC---TTTGGTTATAATAAACTG-TTTTTCACTG--GCC-CTGGAGCTTTTC-TAT-A-AC--TGTTTTACT
gi|4 : AGTAAAACACACTTATA--ATGAA---CA---T-GT---------AT---ATA--ATGAAATTAACGTTTATCA-TCAAGTG---ATA--AT-ATTCCC--C--T-T---AGGTGAAAATA--ATTTTAAAA---C---TGTATTAG---GCTATGGCACAAAG---TTTGTTTATA---AACTG-TTGTTTGCTG--GCC-CTGGGGTTTCAG-TAT-ACACAATGTTTTatacga
gi|5 : CAGTAAAACATGCTTATT--ACAAA---TA---T-GC---------TT---AAAAGATG-AATTC-CACTTATTGTTGAAGTGGGAATT-TCT-TTTCTC--T--TTT--GAGAGGAAAATA--GTG---AAA----------ATT-G---ATTATA--ATGAAGT--TTTGATTTTTATGAAC----TTTTTGCTG--GAT-CTGGAGGGTCAA-TATAA-ATTGTGTTCTACTctgtagac
gi|6 : AGAAAAATACAAATATC--AAGAA---CA---T-GCGTCTAGTACTC---ATA--ATG-AATTAACGTTTATTG-CAAAGTG---ATG-TTT-CTTTCC-----TAT--GAGAAGAAAATA---C----------T---C-TATT-G---GATATA--ACAAAG---TCTGGTTATATCGATCTG-TTTCTCTCTG--GAC-CCAGAGGTTCGC-TAT-A-ATTGTGTTTAACTgtac
gi|7 : tACATTAAAGCATGCATTTA--ATAAA---CA---C-AC---------TT---GTA--ATG-AATTCACGCTTATTG-CAAAGTG---ATA-ATA-ATTCCC--C--TAT--AAAAGGAAAATA--G-----AAG---T---T-TGTT-A---GATTTA--GAGAAG---TTTGGTTATGAGGAAGTG-TTTTTCACTG--GCC-TTGAAGGTTTGC-TAT-A-GCCATGTTTTACTg
gi|8 : AAAACACACTTATA--ATGAA---CA---T-GT---------AT---ATA--ATG-AATTAACGTTTATCA-TCAAGTG---ATA--AT-ATTCCC--C--T-T---AGGTGAAAATA--ATTTA-AAA---C---TGTATT-A---GCTATGGCACAAAG---TTTGTTTAT----AACTG-TTGTTTGCTG--GCC-CTGGGGGTTCAG-TAT-A-ACCATGTTTTACT
gi|9 : CGCTTATT--ATGAATT-CC---T-GT---------TTTATACA--ATG-AATTCAC----AATG-CAAAATG---ATA-TAT-TTTCCC--CGTTAT--GAGATGAAAATATCAA----AAA---T---CGTATT-A---GTTATA--ACAGAA---TTTGGTTATAAC--------CCTTGGCTG--GCC-CTGGGGGTCCACTTAT-A-ACgta