lowQualScore                  :               55555555                      1                                                        222222                                     111            
lowQualScore                  :           2   22222222   4444    3  1 2     8   1  11  1     1  1  1 1 555555 1  2222 44444  1  1    444444   22 2222 1 2   22   1 1    1 333   000     11     
lowQualScore                  :           .   ........   ....    .  . .     .   .  ..  .     .  .  . . ...... .  .... .....  .  .    ......   .. .... . .   ..   . .    . ...   ...     ..     
lowQualScore                  :           1   33333333   8888    8  5 9     1   2  77  2     2  2  2 2 777777 2  5555 00000  1  1    222222   11 2222 0 1   88   0 1    1 111   111     88     
consensus                     :    CATTTGA-AAA--T-----CTT----TCAA-TT-T-CACCC-TTA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
Reference ( gi|9 )            :    CATTTGA-AAA-TT-----CTT----TCAA-TT-T-CACCCCTTA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTA
gi|2                          :    CATTTGA-AAA-AC-----CTT----TCGA-TT-T-CACCC-TTA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TTAATAGA-GA----C-----TT-CA-CTGTA-----GGCA-G----G-G-GCA--TTT-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|4                          :    CATTTGA-AAA-AT------TT----TCAA-TT-T-CACAC-TTA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-AATAGTC-----TT-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAg
gi|7                          :    CATTTGA-AAA--------CTT----TCAAATT-T-CACCCC-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TA-----A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-GCGCG--TTC-G-TGTC-G---CAC---GACAC--ATCTAgt
gi|18                         :   gCATTTGA-AAA-A------CTT----TCAA-TT-T-CACCATT--------A-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----T--CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---C-C-C-GACAC--ATCTAgt
gi|16                         :    CATTTGA-AAA--------CTT----TCAA-TT-T-CACCC-TTA-CG--AA-TTT-C-TT-CA-TAT------A-GA----C-----TT-CA-CTGTA------GCG-G----G-G-AT---TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GG-AC--ATCTg
gi|13                         :  tgCATATGA-AA---------CTT----TCAA-TT-TTCACCCTT---CA--AA-TTTCC-TTTCA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----GTG-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACA
gi|11                         :   gCATTTGA-AAA-----------AAAATCAA-TT-T-C--CCCTTA-CG--AA-TT-CC-TT-CAAT-T------A-GA----------TT-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-----CAC-C-GACAC--ATCTAgcagt
gi|21                         :   gCATATGA-AAA-A------CTT----TCAA-TT-T-CACCC-TTA-CA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGTgt
gi|10                         :    gATTTGA-AAA-A------CTT----TCAA-TT-T-CACCC-TTA-CG--AA-AT--C-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA-----GCG-G----G-G-GCATTTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACACAGATCTAag
gi|1                          :     ATTTGA-AAAATTACTG-CTT----TCAA-TT-T-TAACC-TTA-CG--AA-TTTAC-TT-CA-T-T------GCGA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-GTACCG-GTGAA--TT--G-TGTC-G---TAC---AACAC--ATCTA
gi|17                         :    gATTTGA-AAA--------AGT----TCAA-TT-TTCACAG-TTA-TG--A---TTTC-TT--A-T-T------A-GA----CTTTTTTT-TA-CTGTA------GCG-G----G-G---A--TTCAG-TGTC-A---CGC-
gi|8                          :      TTTGA-AAAATTGCTG-CTT----TCAA-TT-T-TAGCCAT-A-TA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTC-G-T----G---CAC-T-GACAC--ATCTAattagtt
gi|20                         :      TTTGA-AAA--------CTTA---TCAA-TT-T-CACCACTTA--G--AA-TTTCT-CT-TA-G--------A-GA----C-----T--CA-C-GTAG----GG--------G-G-GCA--TTT-G-TGTC-A---CAC-T-GACAC--tt
gi|15                         :      gTTGA-AAA-A------CTT----TCAA-TT-T-CACCCTCTA-----AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TTCCA-CTGTAG----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-GCTGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|6                          :     caTTGA-AAA-TTTACTGCTT----TCAA-TT-T-TAACC-TTA-TG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------G-AA----C-----TT-T---TGGTA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-CGGACAC--ATCTA
gi|26                         :     gaTTGATAAA-TTACTA-CTT----TCAA-TT-T-AA--CCTTA-TG--AA-TTTTA-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-GA-CTGT-A----GGCG-A----G-G-GCA--g
gi|14                         :         GA-AAA-TTATCG-CTT----TGAA-TT-T-TAATC-TTA-CG--AA-TTTCC-AT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-AA-CTG-AA----GGTG-G----G-G-GCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|12                         :          A-AAA-TTACTG-CTT----TCAAATT-T-AACC--TTA-TG--AA-TTTCT-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-A-TATC-G---CAC-C-GACAC--ATCT
gi|5                          :        gaA-AAA-TT-----CCT----TTA-----T-AGCGCCTTA-CG--A--TTTCC-TT-CA-C-T------A-A------------T-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-GC--CAC-C-GACAC--ATCT
gi|19                         : cattgaaaaactttacc-----CTT----TAAA-TT-T-CACC--TTA-TG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-CA----C-----TT-TG-CTGCA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|3                          :                  -----CTT----TCAA-TTAT-CACCC-TTA-CGCTAA-TTTTC-TA-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGT-------G-G-GCA--TTC-G-TGGT-GGTACGC-T-GACAC--ATCTAgt
gi|31                         :                      gctatttagaataag-T-CACCC-TTA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-G
gi|25                         :                                   ca-T-CACCC-TTA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC---GACAC--AT
gi|29                         :                                atgca-T-CACCC-TTA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-C-GTA------GCGCG----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|30                         :                                     -T-CACCC-TTA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----------TT-CA-C----G----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCT
gi|28                         :                                    a-T-CACCC-TTA-CG--AAGTTTCCGTT-CA-T-TT-----A-GA----C-----TT--A-CTGTAG----GG--------G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAA-C-CACAC--ATC
gi|36                         :                                     -T-CACCCATTAACG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A--A----C-----TT-CACCTGT-A----GGC---------G-GCA--TTC-
gi|32                         :                                   tgca-CATCACTTA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACA
gi|24                         :                                       aatgCCCTTA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAt
gi|23                         :                                         caCCCTTA--G--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----CC----TT-CA-CTGTAG----GGCG-G----G-G-GCAACTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|34                         :                                         caCCCTTA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-a
gi|33                         :                                           caCTTA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CAC---GCGAC--ATCT
gi|38                         :                                                    atca-TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-TA-ATGC-A----GGCG-G----G-G-GCT--TTC-G-TAT
gi|27                         :                                                          cTCC-TA-CA-T-T------G-AA----C-----AT-AA-TTGTAA----A-TG-G----G-G-GCA--TTA-C-TGTC-G---CAA-C-GAGAT--ATCTA
gi|37                         :                                                                          aatcttttgaaaa-----TT-AA-CTGTA-----GGCG-G----G-A-CCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTA
gi|22                         :                                                                                                A-CTGTAATGTCAGCA-G----G-G-ACA--TTC-G-TGTC-G---TAC-T-GACAC--ATCTAgt
gi|39                         :                                                                    tcacatccttggactttcaaatattgcaa-CTGTA-----GGCG-G----G-G-ACA--TTC-G-TTTC-G---CAC-C-AACAC--ATCTAgtt
gi|40                         :                                                                                                       A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-AACAC--AACTAgt
gi|35                         :                                                                                                             GCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTCGG---TAA-C-GAAAC--ATCTAgt
gi|41                         :                                                                                                        cattccaaattttggctgcct--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt





Alignments
lowQualScore                  :                          444444444444                                                                                       222222                                                    
lowQualScore                  :                  2  2 2  333333333333    22   88888  1 1   2222 1 2 1  1  11  1     1  1  1 1 555555 1  2222 33333  1  1    333333   11 2222 1 2   22   1 1    1 333   2 1     11     
lowQualScore                  :                  .  . .  ............    ..   .....  . .   .... . . .  .  ..  .     .  .  . . ...... .  .... .....  .  .    ......   .. .... . .   ..   . .    . ...   . .     ..     
lowQualScore                  :                  0  0 0  111111111111    55   22222  4 3   7777 2 4 2  2  77  2     1  1  1 1 666666 1  4444 99999  1  1    222222   88 1111 0 0   77   0 0    1 000   2 1     88     
consensus                     :             CATTT-GA-A-AA-----N------CTTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
Reference ( family-561 )      :             CATTT-GA-A-AA-----T------CTTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|1                          :              ATTT-GA-A-AAATTACTG-----CTTT--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-CG--AA-TTTAC-TT-CA-T-T------GCGA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-GTACCG-GTGAA--TT--G-TGTC-G---TA--C-AACAC--ATCTA
gi|10                         :             gATTT-GA-A-AA-----A------CTTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-AT--C-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA-----GCG-G----G-G-GCATTTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACACAGATCTA
gi|11                         :             CATTT-GA-A-AA-----A------AAAT--CAA-----TT-T-C-C----C-C-T-TA-CG--AA-TT-CC-TT-CAAT-T------A-GA----------TT-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-----CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|12                         :                               g------CTTT--CAA-----AT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTCT-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-A-TATC-G---CAC-C-GACAC--ATCTgt
gi|13                         : gaaaaattactgCATAT-GA-A-A-------------CTTT--CAA-----TT-TTCAC----C-C-T-T--CA--AA-TTTCC-TTTCA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----GTG-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACA
gi|14                         :                 g-GA-A-AA-----TTATCG-CTTT--GAA-----TT-T-TAA----T-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-AT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-AA-CTG-AA----GGTG-G----G-G-GCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgcagt
gi|15                         :                TT-GA-A-AA-----A------CTTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-TCTA-----AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TTCCA-CTGTAG----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-GCTGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|16                         :           caCATTT-GA-A-AA------------CTTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTT-C-TT-CA-TAT------A-GA----C-----TT-CA-CTGTA------GCG-G----G-G-AT---TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GG-AC--ATCT
gi|17                         :            tgATTT-GA-A-AA------------AGTT--CAAT----TT-T-CAC----A-G-T-TA-TG---A-TTTC---T-TA-T-T------A-GA----CTTTTTTT-TA-CTGTA------GCG-G----G-G---A--TTCAG-TGTC-A---CGC-
gi|18                         :             CATTT-GA-A-AA-----A------CTTT--CAA-----TT-T-CAC----C-A-T-T-------A-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---C-C-C-GACAC--ATCTAattagtt
gi|19                         :                                ------CTTT--AAA-----TT-T-CAC----C---T-TA-TG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-CA----C-----TT-TG-CTGCA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAg
gi|2                          :             CATTT-GA-A-AAA----C------CTTT--CGA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TTAATAGA-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTT-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|20                         :               TTT-GA-A-AA-----C------TTAT--CAA-----TT-T-CAC----CAC-T-TA--G--AA-TTTCT-CT-TA-G--------A-GA----C-----T--CA-C-GTAG----GG--------G-G-GCA--TTT-G-TGTC-A---CAC-T-GACAC--g
gi|21                         :            gCATAT-GA-A-AA-----A------CTTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGT
gi|22                         :                                                                                                                      gA-CTGTAATGTCAGCA-G----G-G-ACA--TTC-G-TGTC-G---TAC-T-GACAC--ATCTAag
gi|23                         :                           tcacatccttggactttcaaatattgcaa-CAC----C-C-T-TA--G--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----CC----TT-CA-CTGTAG----GGCG-G----G-G-GCAACTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgtt
gi|24                         :                                                        -CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAa
gi|25                         :                                                      -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATgt
gi|26                         :           atgcaTT-GATA-AA-----TTACTA-CTTT--CAA-----TT-T--AA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTTA-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-GA-CTGT-A----GGCG-A----G-G-GCA--
gi|27                         :                                                                                  TCC-TA-CA-T-T------G-AA----C-----AT-AA-TTGTAA----A-TG-G----G-G-GCA--TTA-C-TGTC-G---CAA-C-GAGAT--ATCTA
gi|28                         :                                         aatcttttgaaaa-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AAGTTTCCGTT-CA-T-TT-----A-GA----C-----TT--A-CTGTAG----GG--------G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAA-C-CACAC--ATC
gi|29                         :                                                      -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-C-GTA------GCGCG----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|3                          :              ATTTAGA-ATAA-----G------CTTT--CAA-----TTAT-CAC----C-C-T-TA-CGCTAA-TTTTC-TA-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGT-------G-G-GCA--TTC-G-TGGT-GGTACGC-T-GACAC--ATCTA
gi|30                         :                                                   gct-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----------TT-CA-C----G----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCT
gi|31                         :                                                     a-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-G
gi|32                         :                                                               ca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACA
gi|33                         :                                                        aatgcatca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACAt
gi|34                         :                                                    atca-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-tct
gi|35                         :                                                                                                                                    GCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTCGG---TAA-C-GAAAC--ATCTA
gi|36                         :                                 cattccaaattttggctgcct-T-CAC----C-CAT-TAACG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A--A----C-----TT-CACCTGT-A----GGC---------G-GCA--TTC-gt
gi|37                         :                                                                                                          tgca-----TT-AA-CTGTA-----GGCG-G----G-A-CCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTA
gi|38                         :                                                                               -TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-TA-ATGC-A----GGCG-G----G-G-GCT--TTC-G-TATgt
gi|39                         :                                                                                                                       c-CTGTA-----GGCG-G----G-G-ACA--TTC-G-TTTC-G---CAC-C-AACAC--ATCTA
gi|4                          :             CATTT-GA-A-AA-----A------TTTT--CAA-----TT-T-CAC----A-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-AATAGTC-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|40                         :                                                                                                                              A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-AACAC--AACTAgt
gi|41                         :                                                                                                                                                    --TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|5                          :              tcTT-GA-A-AA-----A------CTTTACCAAAATTCCT-T-TATAGCGC-C-T-TA-CG--A--TTTCC-TT-CA-C-T------A-A------------T-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-GC--CAC-C-GACAC--ATCTgttcattcta
gi|6                          :              caTT-GA-A-AA-----TTTACTGCTTT--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------G-AA----C-----TT-T---TGGTA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-CGGACAC--ATCTA
gi|7                          :           gaCATTT-GA-A-AA------------CTTT--CAAA----TT-T-CAC----C-C-C-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TA-----A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-GCGCG--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATCTAg
gi|8                          :              gTTT-GA-A-AAATTGCTG-----CTTT--CAA-----TT-T-TAG----C-C-A-TA-TA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTC-G-T----G---CAC-T-GACAC--ATCTAgt
gi|9                          :             CATTT-GA-A-AA-----TT-----CTTT--CAA-----TT-T-CAC----C-CCT-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTAtt





Alignments
lowQualScore                  :                         2222222                                                                                        222222                                                    
lowQualScore                  :                  2   2  3333333 1   22   88888  1 1   2222 1 2 1  1  11  1     1  1  1 1 555555 1  2222 33333  1  1    333333   11 2222 1 2   22   1 1    1 333   2 1     11     
lowQualScore                  :                  .   .  ....... .   ..   .....  . .   .... . . .  .  ..  .     .  .  . . ...... .  .... .....  .  .    ......   .. .... . .   ..   . .    . ...   . .     ..     
lowQualScore                  :                  2   2  6666666 8   55   22222  4 3   7777 2 4 2  2  77  2     1  1  1 1 666666 1  4444 99999  1  1    222222   88 1111 0 0   77   0 0    1 000   2 1     88     
consensus                     :             CATTT-GAA-AAA------C-TTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
Reference ( family-561 )      :             CATTT-GAA-AAN------C-TTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|1                          :              ATTT-GAA-AAATTACTGC-TTT--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-CG--AA-TTTAC-TT-CA-T-T------GCGA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-GTACCG-GTGAA--TT--G-TGTC-G---TA--C-AACAC--ATCTA
gi|10                         :             gATTT-GAA-AAA------C-TTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-AT--C-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA-----GCG-G----G-G-GCATTTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACACAGATCTA
gi|11                         :             CATTT-GAA-AAA------A-AAT--CAA-----TT-T-C-C----C-C-T-TA-CG--AA-TT-CC-TT-CAAT-T------A-GA----------TT-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-----CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|12                         :                         g------C-TTT--CAA-----AT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTCT-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-A-TATC-G---CAC-C-GACAC--ATCTgt
gi|13                         : gaaaaattactgCATAT-GAA-A--------C-TTT--CAA-----TT-TTCAC----C-C-T-T--CA--AA-TTTCC-TTTCA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----GTG-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACA
gi|14                         :                         g------C-TTT--GAA-----TT-T-TAA----T-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-AT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-AA-CTG-AA----GGTG-G----G-G-GCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgcagt
gi|15                         :     gaaaattatcgTT-GAA-AAA------C-TTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-TCTA-----AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TTCCA-CTGTAG----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-GCTGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|16                         :           caCATTT-GAA-AA-------C-TTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTT-C-TT-CA-TAT------A-GA----C-----TT-CA-CTGTA------GCG-G----G-G-AT---TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GG-AC--ATCT
gi|17                         :            tgATTT-GAA-AAA--------GTT--CAAT----TT-T-CAC----A-G-T-TA-TG---A-TTTC---T-TA-T-T------A-GA----CTTTTTTT-TA-CTGTA------GCG-G----G-G---A--TTCAG-TGTC-A---CGC-
gi|18                         :             CATTT-GAA-AAA------C-TTT--CAA-----TT-T-CAC----C-A-T-T-------A-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---C-C-C-GACAC--ATCTAattagtt
gi|19                         :                          ------C-TTT--AAA-----TT-T-CAC----C---T-TA-TG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-CA----C-----TT-TG-CTGCA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAg
gi|2                          :             CATTT-GAA-AAA------CCTTT--CGA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TTAATAGA-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTT-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|20                         :               TTT-GAA-AAC------T-TAT--CAA-----TT-T-CAC----CAC-T-TA--G--AA-TTTCT-CT-TA-G--------A-GA----C-----T--CA-C-GTAG----GG--------G-G-GCA--TTT-G-TGTC-A---CAC-T-GACAC--g
gi|21                         :            gCATAT-GAA-AAA------C-TTT--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGT
gi|22                         :                                                                                                                 gA-CTGTAATGTCAGCA-G----G-G-ACA--TTC-G-TGTC-G---TAC-T-GACAC--ATCTAag
gi|23                         :                      tcacatccttggactttcaaatattgcaa-CAC----C-C-T-TA--G--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----CC----TT-CA-CTGTAG----GGCG-G----G-G-GCAACTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgtt
gi|24                         :                                                   -CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAa
gi|25                         :                                                 -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATgt
gi|26                         :                     atgca------C-TTT--CAA-----TT-T--AA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTTA-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-GA-CTGT-A----GGCG-A----G-G-GCA--
gi|27                         :                                                               ttgataaattactaTCC-TA-CA-T-T------G-AA----C-----AT-AA-TTGTAA----A-TG-G----G-G-GCA--TTA-C-TGTC-G---CAA-C-GAGAT--ATCTA
gi|28                         :                                    aatcttttgaaaa-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AAGTTTCCGTT-CA-T-TT-----A-GA----C-----TT--A-CTGTAG----GG--------G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAA-C-CACAC--ATC
gi|29                         :                                                 -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-C-GTA------GCGCG----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|3                          :              ATTTAGAATAAG------C-TTT--CAA-----TTAT-CAC----C-C-T-TA-CGCTAA-TTTTC-TA-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGT-------G-G-GCA--TTC-G-TGGT-GGTACGC-T-GACAC--ATCTA
gi|30                         :                                              gct-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----------TT-CA-C----G----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCT
gi|31                         :                                                a-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-G
gi|32                         :                                                          ca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACA
gi|33                         :                                                   aatgcatca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACAt
gi|34                         :                                               atca-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-tct
gi|35                         :                                                                                                                               GCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTCGG---TAA-C-GAAAC--ATCTA
gi|36                         :                            cattccaaattttggctgcct-T-CAC----C-CAT-TAACG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A--A----C-----TT-CACCTGT-A----GGC---------G-GCA--TTC-gt
gi|37                         :                                                                                                     tgca-----TT-AA-CTGTA-----GGCG-G----G-A-CCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTA
gi|38                         :                                                                          -TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-TA-ATGC-A----GGCG-G----G-G-GCT--TTC-G-TATgt
gi|39                         :                                                                                                                  c-CTGTA-----GGCG-G----G-G-ACA--TTC-G-TTTC-G---CAC-C-AACAC--ATCTA
gi|4                          :             CATTT-GAA-AAA------T-TTT--CAA-----TT-T-CAC----A-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-AATAGTC-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|40                         :                                                                                                                         A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-AACAC--AACTAgt
gi|41                         :                                                                                                                                               --TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|5                          :              tcTT-GAA-AAA------C-TTTACCAAAATTCCT-T-TATAGCGC-C-T-TA-CG--A--TTTCC-TT-CA-C-T------A-A------------T-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-GC--CAC-C-GACAC--ATCTgttcattcta
gi|6                          :              caTT-GAA-AATTTACTGC-TTT--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------G-AA----C-----TT-T---TGGTA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-CGGACAC--ATCTA
gi|7                          :           gaCATTT-GAA-AA-------C-TTT--CAAA----TT-T-CAC----C-C-C-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TA-----A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-GCGCG--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATCTAg
gi|8                          :              gTTT-GAA-AAATTGCTGC-TTT--CAA-----TT-T-TAG----C-C-A-TA-TA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTC-G-T----G---CAC-T-GACAC--ATCTAgt
gi|9                          :             CATTT-GAA-AATT-----C-TTT--CAA-----TT-T-CAC----C-CCT-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTAtt





Alignments
lowQualScore                  :                     2222222222222                                                                                         222222                                                    
lowQualScore                  :              2   2  4444444444444 1  1 22   88888  1 1   2222 1 2 1  1  11  1     1  1  1 1 555555 1  2222 33333  1  1    333333   11 2222 1 2   22   1 1    1 333   2 1     11     
lowQualScore                  :              .   .  ............. .  . ..   .....  . .   .... . . .  .  ..  .     .  .  . . ...... .  .... .....  .  .    ......   .. .... . .   ..   . .    . ...   . .     ..     
lowQualScore                  :              2   1  4444444444444 8  8 55   22222  4 3   7777 2 4 2  2  77  2     1  1  1 1 666666 1  4444 99999  1  1    222222   88 1111 0 0   77   0 0    1 000   2 1     88     
consensus                     :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
Reference ( family-561 )      :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|1                          :          ATTT-GAA-AA------ATTACTGC-TT-T--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-CG--AA-TTTAC-TT-CA-T-T------GCGA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-GTACCG-GTGAA--TT--G-TGTC-G---TA--C-AACAC--ATCTA
gi|10                         :         gATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-AT--C-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA-----GCG-G----G-G-GCATTTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACACAGATCTA
gi|11                         :         CATTT-GAA-AA------A------A-AA-T--CAA-----TT-T-C-C----C-C-T-TA-CG--AA-TT-CC-TT-CAAT-T------A-GA----------TT-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-----CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|12                         :             g-GAA-AA------ATTACTGC-TT-T--CAA-----AT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTCT-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-A-TATC-G---CAC-C-GACAC--ATCTgt
gi|13                         :                  -AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-TTCAC----C-C-T-T--CA--AA-TTTCC-TTTCA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----GTG-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACA
gi|14                         :                     gcatatg------C-TT-T--GAA-----TT-T-TAA----T-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-AT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-AA-CTG-AA----GGTG-G----G-G-GCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgcagt
gi|15                         : gaaaattatcgTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-TCTA-----AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TTCCA-CTGTAG----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-GCTGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|16                         :       caCATTT-GAA-AA-------------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTT-C-TT-CA-TAT------A-GA----C-----TT-CA-CTGTA------GCG-G----G-G-AT---TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GG-AC--ATCT
gi|17                         :        tgATTT-GAA-AA------A--------GT-T--CAAT----TT-T-CAC----A-G-T-TA-TG---A-TTTC---T-TA-T-T------A-GA----CTTTTTTT-TA-CTGTA------GCG-G----G-G---A--TTCAG-TGTC-A---CGC-
gi|18                         :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-A-T-T-------A-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---C-C-C-GACAC--ATCTAattagtt
gi|19                         :                            ------C-TT-T--AAA-----TT-T-CAC----C---T-TA-TG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-CA----C-----TT-TG-CTGCA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAg
gi|2                          :         CATTT-GAA-AA------A------CCTT-T--CGA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TTAATAGA-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTT-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|20                         :           TTT-GAA-AA-------------C-TTAT--CAA-----TT-T-CAC----CAC-T-TA--G--AA-TTTCT-CT-TA-G--------A-GA----C-----T--CA-C-GTAG----GG--------G-G-GCA--TTT-G-TGTC-A---CAC-T-GACAC--g
gi|21                         :        gCATAT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGT
gi|22                         :                                                                                                                    gA-CTGTAATGTCAGCA-G----G-G-ACA--TTC-G-TGTC-G---TAC-T-GACAC--ATCTAag
gi|23                         :                         tcacatccttggactttcaaatattgcaa-CAC----C-C-T-TA--G--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----CC----TT-CA-CTGTAG----GGCG-G----G-G-GCAACTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgtt
gi|24                         :                                                      -CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAa
gi|25                         :                                                    -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATgt
gi|26                         :                atgca------A------C-TT-T--CAA-----TT-T--AA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTTA-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-GA-CTGT-A----GGCG-A----G-G-GCA--
gi|27                         :                                                                   ttgataaattactTCC-TA-CA-T-T------G-AA----C-----AT-AA-TTGTAA----A-TG-G----G-G-GCA--TTA-C-TGTC-G---CAA-C-GAGAT--ATCTA
gi|28                         :                                       aatcttttgaaaa-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AAGTTTCCGTT-CA-T-TT-----A-GA----C-----TT--A-CTGTAG----GG--------G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAA-C-CACAC--ATC
gi|29                         :                                                    -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-C-GTA------GCGCG----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|3                          :          ATTTAGAATAA------G------C-TT-T--CAA-----TTAT-CAC----C-C-T-TA-CGCTAA-TTTTC-TA-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGT-------G-G-GCA--TTC-G-TGGT-GGTACGC-T-GACAC--ATCTA
gi|30                         :                                                 gct-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----------TT-CA-C----G----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCT
gi|31                         :                                                   a-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-G
gi|32                         :                                                             ca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACA
gi|33                         :                                                      aatgcatca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACAt
gi|34                         :                                                  atca-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-tct
gi|35                         :                                                                                                                                  GCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTCGG---TAA-C-GAAAC--ATCTA
gi|36                         :                               cattccaaattttggctgcct-T-CAC----C-CAT-TAACG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A--A----C-----TT-CACCTGT-A----GGC---------G-GCA--TTC-gt
gi|37                         :                                                                                                        tgca-----TT-AA-CTGTA-----GGCG-G----G-A-CCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTA
gi|38                         :                                                                             -TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-TA-ATGC-A----GGCG-G----G-G-GCT--TTC-G-TATgt
gi|39                         :                                                                                                                     c-CTGTA-----GGCG-G----G-G-ACA--TTC-G-TTTC-G---CAC-C-AACAC--ATCTA
gi|4                          :         CATTT-GAA-AA------A------T-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----A-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-AATAGTC-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|40                         :                                                                                                                            A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-AACAC--AACTAgt
gi|41                         :                                                                                                                                                  --TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|5                          :          tcTT-GAA-AA------A------C-TT-TACCAAAATTCCT-T-TATAGCGC-C-T-TA-CG---A-TTTCC-TT-CA-C-T------A-A------------T-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-GC--CAC-C-GACAC--ATCTgttcattcta
gi|6                          :          caTT-GAA-AATTTACTG------C-TT-T--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------G-AA----C-----TT-T---TGGTA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-CGGACAC--ATCTA
gi|7                          :       gaCATTT-GAA-AA-------------C-TT-T--CAAA----TT-T-CAC----C-C-C-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TA-----A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-GCGCG--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATCTAg
gi|8                          :          gTTT-GAA-AA------ATTGCTGC-TT-T--CAA-----TT-T-TAG----C-C-A-TA-TA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTC-G-T----G---CAC-T-GACAC--ATCTAgt
gi|9                          :         CATTT-GAA-AA------TT-----C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-CCT-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTAtt





Alignments
lowQualScore                  :                     2222222222222                                                                                         222222                                                    
lowQualScore                  :              2   2  4444444444444 1  1 22   88888  1 1   2222 1 2 1  1  11  1     1  1  1 1 555555 1  2222 33333  1  1    333333   11 2222 1 2   22   1 1    1 333   2 1     11     
lowQualScore                  :              .   .  ............. .  . ..   .....  . .   .... . . .  .  ..  .     .  .  . . ...... .  .... .....  .  .    ......   .. .... . .   ..   . .    . ...   . .     ..     
lowQualScore                  :              2   1  4444444444444 8  8 55   22222  4 3   7777 2 4 2  2  77  2     1  1  1 1 666666 1  4444 99999  1  1    222222   88 1111 0 0   77   0 0    1 000   2 1     88     
consensus                     :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
Reference ( family-561 )      :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|1                          :          ATTT-GAA-AA------ATTACTGC-TT-T--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-CG--AA-TTTAC-TT-CA-T-T------GCGA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-GTACCG-GTGAA--TT--G-TGTC-G---TA--C-AACAC--ATCTA
gi|10                         :         gATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-AT--C-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA-----GCG-G----G-G-GCATTTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACACAGATCTA
gi|11                         :         CATTT-GAA-AA------A------A-AA-T--CAA-----TT-T-C-C----C-C-T-TA-CG--AA-TT-CC-TT-CAAT-T------A-GA----------TT-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-----CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|12                         :             g-GAA-AA------ATTACTGC-TT-T--CAA-----AT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTCT-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-A-TATC-G---CAC-C-GACAC--ATCTgt
gi|13                         :                  -AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-TTCAC----C-C-T-T--CA--AA-TTTCC-TTTCA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----GTG-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACA
gi|14                         :                     gcatatg------C-TT-T--GAA-----TT-T-TAA----T-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-AT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-AA-CTG-AA----GGTG-G----G-G-GCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgcagt
gi|15                         : gaaaattatcgTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-TCTA-----AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TTCCA-CTGTAG----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-GCTGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|16                         :       caCATTT-GAA-AA-------------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTT-C-TT-CA-TAT------A-GA----C-----TT-CA-CTGTA------GCG-G----G-G-AT---TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GG-AC--ATCT
gi|17                         :        tgATTT-GAA-AA------A--------GT-T--CAAT----TT-T-CAC----A-G-T-TA-TG---A-TTTC---T-TA-T-T------A-GA----CTTTTTTT-TA-CTGTA------GCG-G----G-G---A--TTCAG-TGTC-A---CGC-
gi|18                         :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-A-T-T-------A-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---C-C-C-GACAC--ATCTAattagtt
gi|19                         :                            ------C-TT-T--AAA-----TT-T-CAC----C---T-TA-TG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-CA----C-----TT-TG-CTGCA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAg
gi|2                          :         CATTT-GAA-AA------A------CCTT-T--CGA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TTAATAGA-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTT-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|20                         :           TTT-GAA-AA-------------C-TTAT--CAA-----TT-T-CAC----CAC-T-TA--G--AA-TTTCT-CT-TA-G--------A-GA----C-----T--CA-C-GTAG----GG--------G-G-GCA--TTT-G-TGTC-A---CAC-T-GACAC--g
gi|21                         :        gCATAT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGT
gi|22                         :                                                                                                                    gA-CTGTAATGTCAGCA-G----G-G-ACA--TTC-G-TGTC-G---TAC-T-GACAC--ATCTAag
gi|23                         :                         tcacatccttggactttcaaatattgcaa-CAC----C-C-T-TA--G--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----CC----TT-CA-CTGTAG----GGCG-G----G-G-GCAACTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgtt
gi|24                         :                                                      -CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAa
gi|25                         :                                                    -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATgt
gi|26                         :                atgca------A------C-TT-T--CAA-----TT-T--AA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTTA-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-GA-CTGT-A----GGCG-A----G-G-GCA--
gi|27                         :                                                                   ttgataaattactTCC-TA-CA-T-T------G-AA----C-----AT-AA-TTGTAA----A-TG-G----G-G-GCA--TTA-C-TGTC-G---CAA-C-GAGAT--ATCTA
gi|28                         :                                       aatcttttgaaaa-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AAGTTTCCGTT-CA-T-TT-----A-GA----C-----TT--A-CTGTAG----GG--------G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAA-C-CACAC--ATC
gi|29                         :                                                    -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-C-GTA------GCGCG----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|3                          :          ATTTAGAATAA------G------C-TT-T--CAA-----TTAT-CAC----C-C-T-TA-CGCTAA-TTTTC-TA-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGT-------G-G-GCA--TTC-G-TGGT-GGTACGC-T-GACAC--ATCTA
gi|30                         :                                                 gct-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----------TT-CA-C----G----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCT
gi|31                         :                                                   a-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-G
gi|32                         :                                                             ca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACA
gi|33                         :                                                      aatgcatca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACAt
gi|34                         :                                                  atca-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-tct
gi|35                         :                                                                                                                                  GCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTCGG---TAA-C-GAAAC--ATCTA
gi|36                         :                               cattccaaattttggctgcct-T-CAC----C-CAT-TAACG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A--A----C-----TT-CACCTGT-A----GGC---------G-GCA--TTC-gt
gi|37                         :                                                                                                        tgca-----TT-AA-CTGTA-----GGCG-G----G-A-CCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTA
gi|38                         :                                                                             -TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-TA-ATGC-A----GGCG-G----G-G-GCT--TTC-G-TATgt
gi|39                         :                                                                                                                     c-CTGTA-----GGCG-G----G-G-ACA--TTC-G-TTTC-G---CAC-C-AACAC--ATCTA
gi|4                          :         CATTT-GAA-AA------A------T-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----A-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-AATAGTC-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|40                         :                                                                                                                            A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-AACAC--AACTAgt
gi|41                         :                                                                                                                                                  --TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|5                          :          tcTT-GAA-AA------A------C-TT-TACCAAAATTCCT-T-TATAGCGC-C-T-TA-CG---A-TTTCC-TT-CA-C-T------A-A------------T-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-GC--CAC-C-GACAC--ATCTgttcattcta
gi|6                          :          caTT-GAA-AATTTACTG------C-TT-T--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------G-AA----C-----TT-T---TGGTA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-CGGACAC--ATCTA
gi|7                          :       gaCATTT-GAA-AA-------------C-TT-T--CAAA----TT-T-CAC----C-C-C-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TA-----A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-GCGCG--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATCTAg
gi|8                          :          gTTT-GAA-AA------ATTGCTGC-TT-T--CAA-----TT-T-TAG----C-C-A-TA-TA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTC-G-T----G---CAC-T-GACAC--ATCTAgt
gi|9                          :         CATTT-GAA-AA------TT-----C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-CCT-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTAtt


blockSeqs                     :              A   T  ATTACTG       C  A AC   AATTC  A T   AGCG A A C  A  CT  G     G  T  A A TAATAG .  TAGT TTTTT  C  C    AATGTC   GC .    T C   TT   A C    G GTA   G G     AG
blockSeqs                     :              .   .  TTTACTG       .  . .    T      . .   .    . C .  .  .   .     .  .  . . T      .  .    C      .  .    AA       G  .    . .   AC   . .    . C     G .     . 
blockSeqs                     :              .   .  ATTGCTG       .  . .    A      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . A      .  .    .      .  .    AA       G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  TT            .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    AG       G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    AG       G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    AG       G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    AA       G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    AG       G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    TA       G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    AA       G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        A  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        A  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  G             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  A             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :              .   .  .             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                  .  .             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                     .             .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                   .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                   .  . .    .      . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                    . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                    . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                    . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                    . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    G        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                    . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                    . .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                      .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                      .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        A  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                      .   .    . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        A  .    . .   .    . .    . .     . .     . 
blockSeqs                     :                                                               . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        G  .    . .   .    . .    . .     . .       
blockSeqs                     :                                                               . . .  .  .   .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        .  .    . .   .    . .    . .     . .       
blockSeqs                     :                                                                             .     .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        .  .    . .   .    . .    . .     . .       
blockSeqs                     :                                                                                   .  .  . . .      .  .    .      .  .    A        .  .    . .   .    . .    . .     . .       
blockSeqs                     :                                                                                                            .      .  .    A        .  .    . .   .    . .    . .     .         
blockSeqs                     :                                                                                                                      .    .        .  .    . .   .    . .    . .     .         
blockSeqs                     :                                                                                                                      .    .        .  .    . .   .    . .                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .  .    . .   .    . .                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .  .    . .   .    .                        
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blockSeqCons                  :                     A************                                                                                                     ****
originalCons                  :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
finalCons                     :         CATTT-GAA-AAA------------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA





Alignments
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lowQualScore                  :              2   2  4444444444444 1  1 22   88888  1 1   2222 1 2 1  1  11  1     1  1  1 1 555555 1  2222 33333  1  1    333333   11 2222 1 2   22   1 1    1 333   2 1     11     
lowQualScore                  :              .   .  ............. .  . ..   .....  . .   .... . . .  .  ..  .     .  .  . . ...... .  .... .....  .  .    ......   .. .... . .   ..   . .    . ...   . .     ..     
lowQualScore                  :              2   1  4444444444444 8  8 55   22222  4 3   7777 2 4 2  2  77  2     1  1  1 1 666666 1  4444 99999  1  1    222222   88 1111 0 0   77   0 0    1 000   2 1     88     
consensus                     :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
Reference ( family-561 )      :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|1                          :          ATTT-GAA-AA------ATTACTGC-TT-T--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-CG--AA-TTTAC-TT-CA-T-T------GCGA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-GTACCG-GTGAA--TT--G-TGTC-G---TA--C-AACAC--ATCTA
gi|10                         :         gATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-AT--C-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA-----GCG-G----G-G-GCATTTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACACAGATCTA
gi|11                         :         CATTT-GAA-AA------A------A-AA-T--CAA-----TT-T-C-C----C-C-T-TA-CG--AA-TT-CC-TT-CAAT-T------A-GA----------TT-CA-CTGTA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-----CAC-C-GACAC--ATCTA
gi|12                         :             g-GAA-AA------ATTACTGC-TT-T--CAA-----AT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTCT-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-A-TATC-G---CAC-C-GACAC--ATCTgt
gi|13                         :                  -AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-TTCAC----C-C-T-T--CA--AA-TTTCC-TTTCA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----GTG-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACA
gi|14                         :                     gcatatg------C-TT-T--GAA-----TT-T-TAA----T-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-AT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-AA-CTG-AA----GGTG-G----G-G-GCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgcagt
gi|15                         : gaaaattatcgTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-TCTA-----AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TTCCA-CTGTAG----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-GCTGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|16                         :       caCATTT-GAA-AA-------------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTT-C-TT-CA-TAT------A-GA----C-----TT-CA-CTGTA------GCG-G----G-G-AT---TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GG-AC--ATCT
gi|17                         :        tgATTT-GAA-AA------A--------GT-T--CAAT----TT-T-CAC----A-G-T-TA-TG---A-TTTC---T-TA-T-T------A-GA----CTTTTTTT-TA-CTGTA------GCG-G----G-G---A--TTCAG-TGTC-A---CGC-
gi|18                         :         CATTT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-A-T-T-------A-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---C-C-C-GACAC--ATCTAattagtt
gi|19                         :                            ------C-TT-T--AAA-----TT-T-CAC----C---T-TA-TG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-CA----C-----TT-TG-CTGCA-----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAg
gi|2                          :         CATTT-GAA-AA------A------CCTT-T--CGA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TTAATAGA-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTT-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|20                         :           TTT-GAA-AA-------------C-TTAT--CAA-----TT-T-CAC----CAC-T-TA--G--AA-TTTCT-CT-TA-G--------A-GA----C-----T--CA-C-GTAG----GG--------G-G-GCA--TTT-G-TGTC-A---CAC-T-GACAC--g
gi|21                         :        gCATAT-GAA-AA------A------C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-C-T-TA-CA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGT
gi|22                         :                                                                                                                    gA-CTGTAATGTCAGCA-G----G-G-ACA--TTC-G-TGTC-G---TAC-T-GACAC--ATCTAag
gi|23                         :                         tcacatccttggactttcaaatattgcaa-CAC----C-C-T-TA--G--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----CC----TT-CA-CTGTAG----GGCG-G----G-G-GCAACTTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgtt
gi|24                         :                                                      -CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAa
gi|25                         :                                                    -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT-A----GGC--G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATgt
gi|26                         :                atgca------A------C-TT-T--CAA-----TT-T--AA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTTA-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-GA-CTGT-A----GGCG-A----G-G-GCA--
gi|27                         :                                                                   ttgataaattactTCC-TA-CA-T-T------G-AA----C-----AT-AA-TTGTAA----A-TG-G----G-G-GCA--TTA-C-TGTC-G---CAA-C-GAGAT--ATCTA
gi|28                         :                                       aatcttttgaaaa-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AAGTTTCCGTT-CA-T-TT-----A-GA----C-----TT--A-CTGTAG----GG--------G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAA-C-CACAC--ATC
gi|29                         :                                                    -T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-C-GTA------GCGCG----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATC
gi|3                          :          ATTTAGAATAA------G------C-TT-T--CAA-----TTAT-CAC----C-C-T-TA-CGCTAA-TTTTC-TA-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGT-------G-G-GCA--TTC-G-TGGT-GGTACGC-T-GACAC--ATCTA
gi|30                         :                                                 gct-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------A-GA----------TT-CA-C----G----AGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCT
gi|31                         :                                                   a-T-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTTC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-G
gi|32                         :                                                             ca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACA
gi|33                         :                                                      aatgcatca-C-T-TA-CG--AA-TTTTT-TT-CA-T-T------A-GA----C------T-CA-CTGT------GGC-------G-G-GCA--TT--G----C-G---CACGC-GACAt
gi|34                         :                                                  atca-CAC----C-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-tct
gi|35                         :                                                                                                                                  GCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTCGG---TAA-C-GAAAC--ATCTA
gi|36                         :                               cattccaaattttggctgcct-T-CAC----C-CAT-TAACG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A--A----C-----TT-CACCTGT-A----GGC---------G-GCA--TTC-gt
gi|37                         :                                                                                                        tgca-----TT-AA-CTGTA-----GGCG-G----G-A-CCA--TTC-A-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTA
gi|38                         :                                                                             -TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-TA-ATGC-A----GGCG-G----G-G-GCT--TTC-G-TATgt
gi|39                         :                                                                                                                     c-CTGTA-----GGCG-G----G-G-ACA--TTC-G-TTTC-G---CAC-C-AACAC--ATCTA
gi|4                          :         CATTT-GAA-AA------A------T-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----A-C-T-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-AATAGTC-----TT-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|40                         :                                                                                                                            A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-C-AACAC--AACTAgt
gi|41                         :                                                                                                                                                  --TTC-G-TGTC-G---CAC-C-GACAC--ATCTAgt
gi|5                          :          tcTT-GAA-AA------A------C-TT-TACCAAAATTCCT-T-TATAGCGC-C-T-TA-CG---A-TTTCC-TT-CA-C-T------A-A------------T-CA-CTGT-A----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-GC--CAC-C-GACAC--ATCTgttcattcta
gi|6                          :          caTT-GAA-AATTTACTG------C-TT-T--CAA-----TT-T-TAA----C-C-T-TA-TG--AA-TTTC--TT-CA-T-T------G-AA----C-----TT-T---TGGTA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-CGGACAC--ATCTA
gi|7                          :       gaCATTT-GAA-AA-------------C-TT-T--CAAA----TT-T-CAC----C-C-C-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-TA-----A-GA----C-----TT-CA-CTGT-A----GGCA-G----G-GCGCG--TTC-G-TGTC-G---CA--C-GACAC--ATCTAg
gi|8                          :          gTTT-GAA-AA------ATTGCTGC-TT-T--CAA-----TT-T-TAG----C-C-A-TA-TA--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------G-GA----C-----TT-AA-CTGT-A----GGCA-G----G-G-GCA--TTC-G-T----G---CAC-T-GACAC--ATCTAgt
gi|9                          :         CATTT-GAA-AA------TT-----C-TT-T--CAA-----TT-T-CAC----C-CCT-TA-CG--AA-TTTCC-TT-CA-T-T------A-GA----C-----TT-CA-CTGTAA----GGCG-G----G-G-GCA--TTC-G-TGTC-G---CAC-T-GACAC--ATCTAtt