lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888 111111111 1111111 111 44444444444444444444444444444444444444 11 22222222222222222222222222 111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 22222222222 1
lowQualScore : 888 444444444444444444444444444444444 333333333 3 0 7777777 77 111 2 4 2 55555555555555555555555555555555555555 66666 33333 33333 66 0 1 4 44444444444444444444444444 555555 111 2222 22 22 22222 1 2222 444444444444444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 8888888888888888888888888888 1 5555555 2 99999999 1 22 111 3333333 11 3333 33333333333 5 1 4 4
lowQualScore : ... ................................. ......... . . ....... .. ... . . . ...................................... ..... ..... ..... .. . . . .......................... ...... ... .... .. .. ..... . .... .................. ............................................................................................................................................. . ............................ . ....... . ........ . .. ... ....... .. .... ........... . . . .
lowQualScore : 888 999999999999999999999999999999999 333333333 1 2 5555555 33 999 7 6 4 11111111111111111111111111111111111111 33333 66666 77777 00 8 1 9 33333333333333333333333333 444444 888 1111 44 44 55555 3 2222 555555555555555555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3333333333333333333333333333 1 7777777 3 00000000 0 88 888 3333333 44 7777 00000000000 0 3 9 8
consensus : TGCGTATGAATC---TTG-TAAA---T--ATA---CGTNT--A-------TTTC---------AACGGCT-GGGAA---N---T--CCGA-C-AGAA-ATGAAA-GTA------GA-A--TGTA----N---AN--A-T-------A-----TAAA-----T-----TTC-ATTTTTGAAA-ATACA------T-----G-----AG-G-G-TAT------GA---A----C--T--GC-----AACG----C------------------TTCA--C-GC-C---GG-CAT-A-----CT-T-------------T----T---GAA-----G--T-GC-----T-------------A-A--CAC-----G------C--------T-T-CAT---GA---------A--A---TATG-CC-----------------G-G---C--G-T-GAA-------GCGT---C----G-CA--GTT---CA-------TACC--CTC----ATG-----T-----ATTTTCAAA-AATGAAATTTATTTCTT
Reference ( gi|4 ) : TGCGTATGAATC---TT----AA---T--CTA---CATGG--A-------TTTC---------AACAGCT-GGGAA---A---T--CCAA-A-AGAA-ATAAAA-GTA------GA-A--TGTA----T---AC--A-T-------A-----TAAA-----T-----TTC-TTTTTTGAAA-ATGCA------T-----A-----GG-G-T-TAT------GA---A----C--T--GC-----AATG----C------------------TTCA--A-AC-C---AG-CAT-A-----TT-T-------------T----T---GAA-----G--T-GC-----T-------------A-A--CAT-----G------C--------T-T-CAT---GA---------C--A---TATG-CT-----------------G-G---C--A-T-GAA-------GCAT---A----G-CA--GTT---CA-------TACC--CTC----ATG-----A-----ATTTACAAA-AATGAAATTTACTCCTT
gi|13 : TGCCTATAAATCATCTT----AAATATAGTTA---CGTCT--A-------TTCT---------GACAGCCCAGGGA---A---T--ACGGCA-AGAA-ATGAAA-G---------A-A--AGTA----TGAAAA--A-T-------A------AAA-----T-----TTCAGTGTTTGAAA-ATCTG------C-----G-----AG-G-T-CAT------GA---A----C--G--GC-----AACA----C------------------TTCA--C-GC-C---TG-CCT-A-----
gi|26 : ggatgTGCGCATGAATC---TC----GA---T--TAA---TAT----A-------TTTCGTCAAAATTAACGACT-GGGAA---T---T--ATGA-C-AAAA-ATGAAA-GCA------GA-cctctcataa
gi|3 : ttcctcatgaatgcgatgctgttgtgaacaataGCGTATGAATC---TTGCTGAA---T--ATAGTTCGTTT--A-------TTTC---------AACAGCT-AAAAA---AAAAT--TCAA-C-AGAA-ACGACA-GTA------GA-G--TGTA----A---AT--A-T-------A-----AGAAATTAGT-----TTC-TTTTTTAAAA-AAGAA------A-----A-----A------TAC------AA---A-------T--GC-----AACA----T------------------TTC------C-CGT-AGACAT-G-----TT-T-------------T----TCATGAA-----G--T-GT-----T-------------T-G--CGTACGC-G------C--------C-T-CAA---GC---------C--G---TATA-CC-----------------G-G---C--G-A-GAA-------GCAT---C----G--A--ATT---------------------------------------ATTTATAAA-AATGAAATTCATTT
gi|10 : tgcGCGTATGAATC---TT----AA---T--AGA---TATAG--AAAATCTATTTC---------AACGTCT-GTGAA---T---T--CCGC-C-AAAA-ATGAAA-GTACATGCAGA-A--TCTA----A---AT--G-TGAAAAA-A-----TAAA-----T-----TTC-GTATT--AAA-A-ACA------TT----A-----GC-G-A--AT------GA---A----C--T--GC------ATG--------------------------------C-C---AG-AAT-A-----TT-TCTC----------T----T---AAA-----A--T-GC-----A-------------A-A--CAC-----G------C--------gccaat
gi|27 : gcgcGCGTTTGAATC---TTGGTAAA---T--ATAGTACGTTT--A-------TTTT---------AACAGCT-GAGAA---T---T--CTGA-C-AAAA-AAGAAA-GC--------A-C--TGTT----T---TC--A-GAA-----A-----TGAA-----T-----TTC-ATCTTTAAAA-
gi|18 : acCATATGAATC---TTTATAAA---T--ATAA--TACGGCCA-------TGTT---------AATGGCT-AGGAATATA---TT-CCGA-T-ATAA-ATGAGA-GTA------AA-A--TGTA----A---AT--A-T-------AAAAAATAAA-----T-----TTC-ATTTATG-AA-ATGTT------T-----G-----AG-G-G-TAT------GA---A----C--A--GC-----AACA----C------------------Tta
gi|25 : atgttCGTATGGATC---TTGCTAAA---T--ATAG--TACGATTA-------TTTT---------AACGGCT-TGGAT-------T--CTAT-A-AGAA-ATCAAT-GTA------AA-A--TG-----------C--A-T-------A-----TAAA-----
gi|5 : TATGCATC---TT----AA---T----A---AATG-------------TT---------GACGCCT-GAGAA---T---T--CCGA-C-AGAA-ATAAAA-GTA------GA-ACATGAA----T---ACGGA-A-------A-----TTAA-----G-----CTC------------ATACA------T-----G-----AG-G-T-TAT------GATAAA----C--T--GC-----AAGG----C------------------TTCA--C-AC-A---AG-CAT-AG----TT-T-------------TCA--T---GAA-----G--C-GC-----T-------------A-A--TA------------------------T-TGT---AA---------A--G---TATA-AT-----------------G-G---C--G-T-CAA-------CTAT---C----A-CG--GTC---CA-------TATC--GTC----ATG-----T-----GTTTaagaacatgaatattccattttttaacata
gi|9 : aTA---CGTCT--A-------TTTC---------ACCAGCT-GG-AG---A---TTCCCAA-C-GGAA-ATAAAA-GTA------GA-A--TGTA----A---AT--A-TAAGAG--A-----TAGA-----T-----TTT-ATTTTTGAAA-A-ACA------T-----G-----AA-G-G-TAT------GA---A----G--T--GC--------------------------------------G-AC-C---AG-CAT-A---------------------------------------------C-----T-------------A-ACGCAT-----G------T--------T-T-CA----GA---------C--tctaatattga
gi|11 : gtacatgtacttgataaaaatagTA---CATCT--A-------TTTT---------AACAGCT-GG-AA---A---T--TTAA-ACAGAA-ATTAAA-GTA------GA-A--TGTG----A---AC--A-TTTAAGAAA-----TACA-----T-----TTC-ATTCTGGAAA-ATACA------C-----A-----AA-T-T-CAT------GA---A----G--T----------ATG----C------------------Ttttcagtatattttattaatcgataaaagcaccaattt
gi|1 : aatcctgataaatatag--A-------TTTC---------AAAGGGT-GGGGA---T---T--CCAA-A-AGAA-AT------TA-------A-A--T-------------------------------TAAA-----T-----TT-------TGAAA-ATACAGGTACAT-----A-----AG-G-G-TAT------AA---A----C--T--GC-----AATG----C------------------TTCA--C-AC-T---GG-CAT-A-----CT-TGAATTTTCATGAAT----T---AAA-----G--C-AC-----T-------------A-C--CAT-----G------C--------T-T-CAT---GA---------gatgtaaagcattgcagttcatactctcacgcatgtatttt
gi|20 : gataaatatattatatgtct-------TTTC---------A-CAGCT-GGGAA---T---T--TCAA-C-AGAA-A-AGAA-AT---------------------T---AT--T-T-------A-----TAAA-----T-----TT-----------A-ATACA------T-----G-----AG-A-T-AAT------GA---A----C--T--GC-----AATG----C------------------CTCA--T-GT-T---GG-CAT-A-----CC-T-------------TGTCAT---GAA-----G--T-GA-----T-------------A-A--------------------------T-T-CAT---Gatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacagtatgcaggtacgaatcattgcagtttgatcctattaccctcatgtattttcagaaatgaaatttatttcttagatatctttttattcttttcatat
gi|24 : gataaatacaatatgtttacGCT-GGAAA---A---C--CTGA-C-AGAG-ATGAAA-GTACAGTA-GA-T--TGTAAA--T---AC--A-AGAA----A-----TAAA-----T-----TTC-GGTTTTGAGA-ATACA------T-----G-----AG-G-G-TAT------GA---A----C--T--GC-----
gi|1 : AA-A-AGAA--TAAAA---A------GATA--TCTA--------AG--A-A-------A-----TAAA-----T-----TTC-ATTTCTGAAA-ATACA------TG----A-----GG-G-T-AATAGGATCAA---A----C--T--GC-----AATG----A------------------TTCG--T-AC-C---TG-CAT-A-----CT-G-------------TA---T---GAACTTGTG--T-GT-----T-------------AGG--GAT-----T------A--------T-T-GATCA-AA---------CTGA---AATG--------------------G-GATTC--A-T-GAA-------GCAT---G----G-TA--GTataacattaaagactgctaca
gi|6 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcAA-G-AGAAGATAAAATGTA------AATA--T-TA----T---AA--AAG-------A-----TGAA-----T-----TTT-GTTTTCAAAA-ATATG------T-----A-----AA-A-G-CAT------GA---T----CA-TCAGC-----AATG----C------------------TTCA--C-AT-C---AG-CAT-A------C-T-------------G----T---ACA-----C--TAGC-----T-------------A-G--CAT-----A------C--------T-T-T-T--------------C--A---TAAG-CT-----------------A-A---C--A-catat
gi|2 : cgtatgaatcttgataaataaagtacgactattgtaacggaagggagtatgtattttgacagAA-GTA------GC-A--TGTA----A---AT--A-T-------A-----AAAA-----TCAGACTTC-AGTTTTGAAA-ATACA------T-----G-----AT-G-G-TGT------AA---A----C--T--AA-----AATG----CTTCATTGGTGGAATAATTTTCATGA-AG-TGATAA-CGT-G-----CT-T-------------CG---T---GAA-----G--T-GA-----T-------------A-A--CGC-----G------C--------T-T-CAT---GA---------A--C---TATG-CT-----------------G-G---G--G-T-GAG-------GAGG---T----G-TA--GTT---CA-------TACT--CTC----ATG-----T-----ATTTCCAAA-ACTGccgatttt
gi|12 : aac-GTA-------A-A--TGTA--------AG--A-C-------A-----TGAA-----C-----TTC-ATTTTGGAAA-ATACA------C-----G-----AG-A-T-CAT------GA---A----C--T--GC-----AACA----C------------------TTCA--C-ACAC---GG-CCT-A-----CT-T-------------T----T---CA---------T-GT-----C-------------G-G--C-------G------C--------T-T-------GA---------A--A---TATT-CA-----------------G-G---C--G-T-GAC-------GTGT---T----G-CA--GTT---CA-------TACC--CAC----ATG-----T-----CTTTACAAA-TATGACGTTTATTTCTTgtgtacgtgtactttcattccatccgagttcttagcaattaaaatagacggactatatcttgtctgtattcatacgcccgta
gi|8 : atcTA------GA-A--TGTAAATCT---A---A-T-------AAAG--GAAA-----T-----TTA-TTTTT--GAA-ATACA------T-----G-----GG-A-G-TAT------GA---A----C--T--AC-----AACG----CCTCACTT-----------TTCAT-G-GT-C---CG-CTG-ACGCGCTG-T-------------G----T---GAA-----G--T------------------------A--CAG-----GT-----C--------T-A-TAT---GAATTAGTACCC--G---TATG-TT-----------------G-T---T--G-T-GAG-------GTGT---C----G-CT--GTT---CA-------TATC--CTC----ATG-----T-----ATTTACAAA-AATTAAATa
gi|12 : -------A-----TAAA-----C-----GTC-ATATTTGTAA-AGACA------T-----G-----TG-G-G-TAT------GA---A----C--T--GC-----AACA----C------------------GTCA--C-GC-C---TG-AAT-A-----TT-T-------------C---------AA-----G--C-GC-----C-------------G-A--CAT-----G--------------------A----AA---------A--G---TAGG-CC-----------------GTG---T--G-T-GAA-------GTGT---T----G-CA--GTT---CA-------TGAT--CTC----GTG-----T-----ATTTTCCAA-AATGAAGTTCATGTCTTacatttttaaattga
gi|19 : atcaagaa-------A-----TAAA-----T-----TTG-ATTTTGGA----TACA------T-----G-----AG-G-G-TAT------GA---C----C--T--AT-----AACGTAAGC------------------TCTA--T-GC-C---TG-TGT-A-----CT-T-------------CA---T---GCA-----GCAT-GT-----T-------------T-G--C-------G------C--------T-T-CCT---G-----------------TATG-CT-----------------G-A---C--G-T-GAA-------GCATT--A----C-TAATGTT---CA-------TACC--CTC----ATG-----acatttaca
gi|21 : tgagaa-------A-----TAAA-----T-----TTC-AATTCTAAAA-ATACA------C-----G-----AC-A-G-CAT------GA---A----C--T--GC-----AA---------------------------CA--C-AC-T---GG-CAT-A-----CT-T-------------T----T---GAC-----G-------------------------A-A----------G------C--------T-C-TA-----A------------A---TACG-CT-----------------G-G---C--G-T-GAA-------GCGC---C----G-CA--GTG---CA-------TGCG--CTC----ATG-----T-----ATTTTCAAA-AATta
gi|15 : tga-------A-----TAAA-----T-----TTC-ACTGTTGAAA-ATACA------T-----G-----AG-G-G-TAA------GA---A----C--T--GCAATTTAATG----A------------------TTCAT-G-AC-A---A---AA-A-----CT-T-------------TGA--T---GAA-----A--T-GC-----TATA----------A-A--CGC-----G------C--------A-T-CAT---G----------C--G---TGTGAC--------------------A---C--A-T------------CAC---A----GTTA--ATT---CA-------TACA--CTC----ATGT----A-----GTTT-CAAA-ACTG
gi|17 : -------A-----TAAT-----T-----TTC-AATTTTGTAA-ATACAG-----C-----A-----GTTG-A-TAT------GA---A----C--T--AC-----ACCA----C------------------TTCAC-G-A------AG-CGC-A-----TT-T------------------------A-----G--C-GT-----T-------------T----TAT-----G------T--------TATACAT---G----------T--A---TATG-AC-----------------G-G---C--A-C-GAA-------GCGT---C----A-CA--GTT---CA-------TACC--CAT----ATG-----T-----ATATGT----AATGAAATTTAttcttat
gi|17 : -------A-----TAAA-----T-----TTC-ATT----ACATATACA------T-----A-----TG-G-G-TAT------GA---A----C--T--GT-----GACG----C------------------TTCG--T-GC-C---GT-CAT-A-----TA-C-------------A----T---GTA-----------------T-------------A-A--CATAAAACG------C--------T----------A---------A--A---TGCG-CT-------------------T---C--G-T-GAA-------GTGG---T----G-TA--GTT---CA-------TATCAACTG----CTG-----T-----ATTTACAAA-ATTGAAAATTAt
gi|32 : a-------A-----TAAA-----T-----TTC-ATTTTTGAAA-ATGCA--------------------------------------------C--T--GC-----AATG----CCGGG--------------TTTA--C-GC-C---AG-CAC-A-----CT-T-------------CA---T---GAA-----G--
gi|22 : agtatcaacttc-----TAAA-----T-----TTC-ATTTCTGAAA-ATACA------T-----G-----AG-A-A-AAT------GA---A----C--A--AC-----AATG----C------------------TTCA--C-AC-C---AG-CGT-AACT--TT-C-------------C----T---GGA-----G-------------------------A-A--------------------------------------------------A---TATA-CT-----------------G-G---T--G-T-AGA-------GTGT---T----G-CA--GTT---AA-------TTCC--CTT----ATttctt
gi|23 : ttacacat-----TAAA-----T-----TTC-ATTTTTGAAA-ATA-------------------------------------A---A----C--T--GC-----GACG----T------------------TTCA--------------C----------------------------------------------T-GC-------------------A-A--CAT-----A------T--------T-T-CAT---TA---------A--AAAGTATA-CC-----------------G-G---C--G-C-GAA-------GAAT---A----G-AA--GTT---CA-------TACC--CTCATATATG-----T-----ATTTTCAAA-
gi|28 : -----TAAA-----T-----TTA-TTTTT-AAAA-ATACA------C-----ACGA--GG-G-T--AT------GA---A----C--T----------------------------------------------------G-CAT----------------------------------------------GC-----T-------------G-A--CAC-----A------C--------T-T-CAT---GG------------A---TTTG-CT-----------------A-G---T--G-TTGAA-------GCGT--------G-CA--GTT---CA-------TACT--GTC----ATG-----gtt
gi|8 : aacA-----T-----TTA-ATTTTTGTAA-ATACA------T-----G-----AG-G-A-TAT------GA---A----C--A--GC-----GACA----C------------------CTCA--C-AA-C---AA-CAT-A-----C--------------------------GG-----G--T-AC-----T-------------A-A--------------------------T-T-CATATAGA---------C--C---TGTA-CTTCACACAGCGCGTCAGCG-GAC-C--A-T-GAAAAGTGAGGCGT---T----G-TA--GTT---CA-------TACT--CCC----ATG-----T-----ATTT-CAAA-AAT-AAATTTCCTt
gi|29 : tagaatgtaaatctaataaTC-ATTTCTGAAA-ATACA------T-----G-----CG-G---TAT------GA---A----------GC-----G--G----C------------------TTCA--G-GC-C---AG-CATCA---------------------------T---GAA-----G--C-GCG----T-------------A-A----------G------T--------A-T-CA-----G---------C--G---T----------------------------------T-TAA-------GCGT---T----G-CA--GTT---CA-------TACC--CCA----ATG-----acatttttaaattga
gi|21 : gtaTTTTTGAAA-ATACA------T-----G-----AG-C-G-CAT------GC---A----C--T--GC-----GGCG----C------------------TTCA--C-GC-C---AG-CGT-A-----TT-T------------------------A-----G-------------------------------A------G------C--------T-T-CGT---CA---------A--AAG-TATG-CC-----------------A-G---T--G-T-G------------T---T----G-CA--GTT---CA-------TGCT--GTC----GTG-----T-----ATTTTTAGA-ATTGAAATTTATTC
gi|2 : tTTTTGGAA-ATACA------T-----G-----AG-A-G-TAT------GA---A----C--T--AC-----ACCT----C------------------CTCA--C-CC-C---AG-CAT-A-----GT-T-------------CA---T---GAA-----G--C-GCG----TTATCACTTCACGAA-G--CAC-----GTTATCAC--------T-T-CAT---GA---------A--AAT-TATT-CC-----------------A-C---CA-A-T-GAA-------GCAT---T----T-TA--GTT---TA-------CACC--ATC----ATG-----T-----ATTTTCAAA-ACTGAAGTCTt
gi|15 : aaccagTTTTGAAA-CTACA------T-----------GA-G-TGTAT------GA---ATTAAC--T--GT-----GATG----T------------------GTCA--C-AC------G-CAT---------------------------------GAT-----G--C-GCGTTTAT-------------A-G--CAT---------------------T-T-CAT---CA---------A--A---GTTT-TT-----------------G-T---C--A-T-GAA-------TCATTAAATT--G-CA--GTT---CT-------TACC--CTC----ATG-----T-----ATTTTCAAC-AGTGAAATTTATTTCTTgatttttatatttacatgctacttgtgtacgtgtactttcattccatccgagttcttagcaattaaaatagacggactatatcttgtctgtattcatacgcccgta
gi|31 : cagTTTTGAAA-ATACA------T-----------GA-G-TGTAT------GA---A----C--C--AC-----AGCG----C------------------TTCA--T-AC-C---GC-CAT-A-----CTGT-------------TCA--T---GAA-----T--T-GC-----T------------------CAT-----G------C--------A-T--AT---GA---------at
gi|5 : agtgtTTAGAAA-ACACA------T-----G-----AC-G-A-TAT------GG---A----C--C--GT-----GATA----G------------------TTGA--C-GC-C---AT-TAT-A-----CT-T-------------T----A---CAA--------T-AT-----T-------------A-G--C-------G------C--------T-T-CAT---GA---------A--AAC-TATG-CT-----------------T-G---T--G-T-GAA-------GCCT---T----G-CA--GTTTATCA-------TAAC--CTC----ATG-----T-----ATctga
gi|23 : atatgcatcttaataaatgttgacgcctgagaattccgacagaaataaaagtagaacatgaatacggaaattaagctcTTTGAAA-ATACA------T-----ATATGAGG-G-T--AT------GA---A----C--T--TC-----TATT----C------------------TTCG--C-GC-C---GG-TAT-A-----CT-T-------------T----T-----------------------T-------------A---------------------------------AT---GA---------A--A---TATG-TT-------------------G---C--AGT-GAA-------ACGT---C----G-CA--GTT---TA-------T---------------------------TTT-CAAA-AATGAAATTTAtattga
gi|11 : AAA-ATACA------TGCGTGA-----GA-G-T--AT------GA---A----C--T--GC-----AATG----C------------------TTTA--C-AT-C---AG-CAT-A-----CT-T-------------CA---T---GAA-----gtt
gi|19 : aatcctgataaatatagtacatctattttaacagctggaaatttaaacagaaattaaagtagaatgtgaacatttaagaaatacatttcattctggaaaatacacaaaTACA------T-----G-----AG-G-G-TAT------GA---A----CATTA-GT-----AATG----C------------------TTCA--C-GT-C---AG-CAT-A-----CA-G----------------------GAA-----G--C-GC-----A-------------A-A--CAT-----G------C--------T-G-CAT---GA---------A--G---TACA-CA-----------------G-G---C--A-T-AGA-------GCTT---ACGTTA-TA--GGT---CA-------TACC--CTC----ATG-----T-----AT---CCAA-AATCAAATTTATTTCT
gi|29 : tgTACA------T-----T-----GG-G-G-TAT------GA---A----C--T--GC-----AACG----C------------------TT-A--A-AC------G-C-------------------------------T---GA---------T-AC-----T-------------T-A--CGC-----G------C--------T-T-CAT---G------------------ATG-CT-----------------G-G---C--C-T-GAA-------GC------------CG--CTT---CA-------TA-C--CGC----ATG-----T-----ATTTTCAGA-AATGA
gi|22 : gA------T-----A-----AG-G-G-AAT------TA---A----C--T--GC-----AACA----C------------------TCTA--C-AC-C---AG-TAT-A-----TT-T----------------------------------------------------------------------------C--------T-C-CAG---GA---------A--AGT-TACG-CT-----------------G-G---T--G-T-GAA-------GCAT---T----G-TT--GTT---CA-------TTTT--CTC----ATG-----T-----ATTTTCAGA-AATGAAATTTA
gi|1 : ttacacat------T-----A-----GG-GAT-TATTGATC-AA---A----C--T--GA-----AATG----GGA----------------TTCAT-G-A------AG-CAT-G-----GT--------------------------A-----G--T-GC-----TTT-----------A-A--------------------------T-T-CAT---GAAAATT----C--AAG-TATG-CC-----------------A-G---T--G-T-GAA-------GCAT---T----G-CA--GTT---TA-------TACC--CTT----ATGT----ACCTGTATTTTCAAA-ATTTAATTTAATTTCTT
gi|28 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaa-TAT------GA---A----C--T--GC-----A-CG----C------------------TTCA--ACAC-T---AG-CA--------------------------------------------------------------------A-A--------------------------T-C-CAT---GA---------A--G---TGTG-TC-----------------A-G---C--A-T-G-----------------------CA--GTT---CA-------TACC--CTCGT--GTG-----T-----ATTTTTAAA-AAT-AAATTTAacacacaagttcatacagtatgcaggtacgaatcattgcagtttgatcctattaccctcatgtattttcagaaatgaaatttatttcttagatatctttttattcttttcatat
gi|35 : aac-TAT------GA---A----C--T--GC-----AATG----T------------------TTCA--C-ACAT---GG-CATGA-----TT-T-------------T----ctgtcatgt
gi|9 : acttggAT-A-----TA-C-------------T----G---AAA-----G--T--C-----TGA-----------A-A--CAT-----G------C--------G-T-TA------------------G---TATG-CT-----------------G-G-----------------------T---C----G-CA--CTT---CA-------TACC--TTC----ATG-----------TTTTTCAAA-AATAAAATCTATCTCTTcatgattc
gi|31 : gtacatgtacttgataaaaatagtacgtctatttcaccagctggagattcccaacggaaataaaagtagaatgtaaatatA-----G--T-GT-----T-------------C-A--TAT-----G------CATGAGCAAT-T-CAT---GAA--------C--AG--TATG-GC-----------------G-G---T--A-T-GAA-------GCGC---T----G-TG--GTT---CA-------TACA--CTC----ATG-----T-----ATTTTCAAA-ACTGAtttattaatcgataaaagcaccaattt
gi|32 : A-----G--T-AT-----C-------------A-A--CTT-----C------C--------T-T-CAT---GA---------A--G---TGTG-CT-----------------G-G---C--G-T-AAACCCG---GCAT---T----G-CA--GTG---CA-------T---------------------------TTT-CAAA-AATGAAATTTATTTCTT
gi|30 : -A--CAT-----G------T--------T-T-CAT---GA---------A--C---TGTG-CT-----------------G-T---C--G-T-AAA-------GCGT---T----G-TT--TTT---CA-------TGCC--TTC----ATG-----T-----ATTTACAGA-AATCAGATTT
gi|33 : gAC-----G------C--------T-T-CAT---GG---------T--G---TATG-TT-----------------G-G---CGCA-G-AAA-------GCAT---C----G-TA--ATC---CA-------TGCT--ATC----ATA-----C-----ATTTCCAAA-AATGAATTTTATTcgacttgaagcgatg
gi|20 : ------C--------T-T-CAT---GA---------C--AAGGTATG-CC-----------------A-A---C--A-T-GAG-------GCAT---T----G-CA--GTT---CA-------TTAT--CTC----ATGTATTAA-----ATTTATAAATAAT
gi|11 : gataaatacaatatgtttactttcacagctgggaatttcaacagaaaagaa--------T-T-CAT---GA---------A--G---TATG-CT-----------------G-A---T--G-T-AAA-------GCAT---T----G-CA--GTT---CA-------TACT--CTC----ACG-----C-----ATGTAtgataattcatg
gi|35 : aatcctgataaatatagtacatctattttaacagctggaaatttaaacagaaattaaagtagaatgtgaacatttaagaaatacatttcattctggaaaatacacaaa-T-CAT---GC---------C--A---TGTG-------------------------------T-GAA-------ACAT---T----G-CA--GTT---CA-------TACC--tttt
gi|10 : actt---GA---------A--A---TATT-CT-----------------G-G---C--A-T-----------------------G-CA--GTT---CA-------TTCG--CTA----ATG-----T-----TTTT---AA-TACGAAATTTATTTTTTttttcatgattc
gi|1 : gcgcgcgtatgaatcttaatagatatagaaaatctatttcaacgtctgtgaattccgccaaaaatgaaagtacatgcagaatctaaatgtg---TATG-CA-----------------G-G---T--A-C-GAA-------TCAT---T----G-CA--GTT---TGATCCTATTACC--CTC----ATG-----T-----ATTTTCAGA-AATGAAATTTATTTCTTtcttaaaatgcaaacacgc
gi|36 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacag---TATG-CT-----------------G-G---T--A---GAA-------G--T---A----A-CAAAGTT---CA-------TACC--CTC----ATagatatctttttattcttttcatat
gi|18 : tttaaaaaacatat----G-CT--GTT---CA-------TACC--CTC----AAA-----C-----ATTT-CATA-AATGAAATTTATTTTTT
gi|24 : atgttcatatgaatctttataaatataatacggccatgttaatggctaggaatatattccgatataaatgagagtaaaatgtaaatat----G-CA--GTT---CA-------TACC--CTC----ATG-----T-----ATTCTCAAA-ACCGAAATTTATTTCTTaacact
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AAATCTTGATAAATACAACACGCCCATTTTTTAGGACTCAGAATTTCGGCAGAAAGTGAAGTGAGATGTAAATTAAAAAGAAAAGGTTCACATTCACAGGTTTGAACAGCAACTCTACACATTTGCATACACTGTGCTAATGCTCTTCAGAAAGTAAAGCGGCGCATTGATATTCTCATGCGTTTTCAGAAACTGAAA
Unaligned ( gi|14 ): GCCTTTGATAAACAATGTGCAGATGAATCTTGATAAATATAGCACATCTATTAATTATGATATCTGGACATTTTGACAGAAATGAAATTAGAAATTGTAAATTTCATAAATTTCTTAAAATTTATATTAAGGGAATGAATGACAGCATACTAACGCA
Unaligned ( gi|16 ): ATGCTGGATAAATATGAAATGTCTGTTCTAATGACTTGAAATTCCGTCAGAGATGAAAGTAGAATGTAAAACTAAGAAATGATGCGCTTCATAAGGTATGGTGACGTCTCGGGGGTGACGTGACGCGGTGCAGTTCACACACTTAC
Unaligned ( gi|34 ): TTCATAAAGAGTATGCTGATGTAAAGCCTCCCAGCTCATACTGTGTACATGT
Unaligned ( gi|37 ): ATAAAACTTGATAACTATAGTTCTATTGTAACAGCTGGGA
Alignments
lowQualScore : 222 111 3333 11111 222222222222222 222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111
lowQualScore : 2 999 2 000 333 9999 4444 1 33 2 55 22 666666 11111 2 2 2 555555555555555 1 22 1 3 666666666666666666666666 22 77777 333 555 2222 7777 22 4444444 222 33 33 33333 3 1 444444444444444444444444444444444 222 222 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 333333333333 999 1 1 22 3333 3333 3333 5555555 3333 333 1 2
lowQualScore : . ... . ... ... .... .... . .. . .. .. ...... ..... . . . ............... . .. . . ........................ .. ..... ... ... .... .... .. ....... ... .. .. ..... . . ................................. ... ... . ............................................................. . ............ ... . . .. .... .... .... ....... .... ... . .
lowQualScore : 9 111 4 000 999 7777 7777 0 11 1 33 99 111111 22222 0 0 0 333333333333333 8 66 9 5 666666666666666666666666 33 77777 666 222 9999 0000 00 5555555 444 55 55 77777 2 6 111111111111111111111111111111111 888 888 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 555555555555 333 7 7 44 7777 7777 7777 7777777 9999 333 9 1
consensus : TGCGTATGAATC-TT-GATAA-ATA---T---AGT--CG----TCTATT--TTA--ACGGCT--GGGA------AT----TCC-GACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TGT-AAA-------NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---AAC--T--GC-----AACGCTT-CAC------------G------C-CG-G--------CAT---A---CT-T-------------T----T-----------------------GAAGT-GCT----A-ACGCG-CTTCATGAA---------G--TATGC--TG-GCGT-G--AA----GC----GTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
Reference ( family-180 ) : TGCGTATGAATC-TT-G-TAA-ATA---T---A----CG----TNTATT--TCA--ACGGCT--GGGA------AN----TCC-GACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TGT-ANA-------NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---AAC--T--GC-----AACGCTT-CAC------------G------C-CG-G--------CAT---A---CT-T-------------T----T-----------------------GAAGT-GCT----A-ACACG-CTTCATGAA---------A--TATGC--CG-GCGT-G--AA----GC----GTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|1 : TA---T---A----TG----TCTATT--TCA--AAGGGT--GGGG------AT----TCC-AAAA-GAAA-TTAAATTA--------------AA-T--TTT-GAA-------AAT--------A-----CAG--GT----------------------------ACAT----AAG--GGTA-------TA---AAC--T--GC-----AATGCTT-CAC------------A------C-TG-G--------CAT---A---CT-TGAATTTTCATGAAT----T-----------------------AAAGC-ACT----A-CCATG-CTTCATGAA---------
gi|1 : gataaatatat-GAAA-AGAA-TAAAA--A--------------GATA--TCT-AAG-------AA---------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTCTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTAATAGGATCA---AAC--T--GC-----AATGATT-CGT------------A------C-CT-G--------CAT---A---CT-G-------------TA---T-----------------------GAAtcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacagtatgcaggtacgaatcattgcagtttgatcctattaccctcatgtattttcagaaatgaaatttatttcttagatatctttttattcttttcatat
gi|1 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaag--TATGC--AG-GTAC-G--AA----TC----ATTGCAG----TTTGATCCTATTACCCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTATTTCTTatat
gi|10 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacagGCGTATGAATC-TT-AATAG-ATA---T---A-----GAAAATCTATT--TCA--ACGTCT--GTGA------AT----TCC-GCCA-AAAA-TGAAAGTACATGCAGAATCT--AA-A--TGT-GAA-------AAA--------A-----TAA--AT-----TTCG-TATT--AAA---A-----ACAT----TAG--CGAA-------TG---AAC--T--G--------------CAT------------G------C-CA-G--------AAT---ATTTCT-C-------------T----T-----------------------AAAAT-GCA----A-ACACG-Cagatatctttttattcttttcatat
gi|11 : gcgcAATC-CT-GATAA-ATA---T---AGTA-CA----TCTATT--TTA--ACAGCT--GGAA------AT----TTA-AACA-GAAA-TTAAAGTA--------------GA-A--TGT-GAA-------CATTTAAGAA-A-----TAC--AT-----TTCA-TTCTGGAAA---A----TACAC----AAA--TTCA-------TG---AA
gi|11 : TTCATGAA---------G--TATGC--TG-ATGT-A--AA----GC----ATTGCAG----TTCA-------TACTCTCACGCATGTA---T-TTTgtatgctgatgtaaagcattgcagttcatactctcacgcatgtatttt
gi|12 : aatcctgataaatatagtacatctattttaacagctggaaatttaaacagaaattaaagtagaatgtgaacatttaagaaatacatttcattctggaaaatacacaaaGTA---------------A-A--TGT-A-A-------GAC--------A-----TGA--AC-----TTCA-TTTTGGAAA---A----TACAC----GAG--ATCA-------TG---AAC--T--GC-----AACACTT-CAC------------A------CACG-G--------CCT---A---CT-T-------------T----T-----------------------CATGTCG----------GCG-CTT---GAA---------A--TATTC--AG-GCGT-G--AC----GT----GTTGCAG----TTCA-------TACCCA----CATGTC---T-TTACAAATA-TGACGTTTATTTCTT
gi|13 : atcTGCCTATAAATCATC-T-TAA-ATA---T---AGTTACG----TCTATT--CTG--ACAGCCCAGGGA------A-----TAC-GGCAAGAAA-TGAAAG-A--------------AA-G--TATGAAA-------AAT--------A------AA--AT-----TTCAGTGTTTGAAA---A----TCTGC----GAG--GTCA-------TG---AAC--G--GC-----AACACTT-CAC------------G------C-CT-G--------CCT---A---CC-T-------------C----T-----------------------a
gi|14 : ggatgTGCAGATGAATC-TT-GATAA-ATA---T---AGCA-CA----TCTATTAATTATGATATCT--GGAC------AT----TTT-GACA-GAAA-TGAAATTA--------------GA-AATTGT-AAA-------TTTC-------A-----TAA--AT-----TTC-----TTAAAATTTA----TAT-T----AAG--GGAA-------TG---AAcataa
gi|15 : gcctttgataaacaatg--------A-----TAA--AT-----TTCA-CTGTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------AG---AAC--T--GCAATTTAATGATT-CAT------------G------A-CA-A--------AA----A---CT-T-------------TGA--T-----------------------GAAAT-GCTATA-A-ACGCG-CATC------------------ATGC-----GTGT-G--AC----AC----ATCACAGTTAATTCA-------TACACT----CATGTA---G-TTTCAAAAC-TGtgacagcatactaacgca
gi|16 : -TAA-ATA---TGAAA----TG----TCTGTT--CTA--ATGACT--TGAA------AT----TCC-GTCA-GAGA-TGAAAGTA--------------GA-A--TGT-AAA-------ACT--------A-----ttcttat
gi|16 : atgctggaT----AAG--TGTG-------TG---AAC--T--GC-----ACCGCGT-CAC------------GTCACCCC-CG-AGACGTCACCAT---A---CC-T-------------TA---T-----------------------GAAGC-GCagaaatgatgcgcttcataaggtatggtgacgtctcgggggtgacgtgacgcggtgcagttcacacacttac
gi|17 : atgctggataaatatgaaatgtctgttctaatgacttgaaattccgtcagagatgaaagtagaatgtaaaactaagaaatgat--------A-----TAA--TT-----TTCA-ATTTTGTAA---A----TACAG----CAGTTGATA-------TG---AAC--T--AC-----ACCACTT-CAC------------G------A-AGCG--------CATTTAG---CG-T-------------T----T-----------------------TA--T-GTT----ATACATG-T-----------------A--TATGA--CG-GCAC-G--AA----GC----GTCACAG----TTCA-------TACCCA----TATGTA---TATGT----AA-TGAAATTTATc
gi|18 : CATATGAATC-TTTA-TAA-ATA---T---AATA-CG----GCCATG--TTA--ATGGCT--AGGA------ATATATTCC-GATA-TAAA-TGAGAGTA--------------AA-A--TGT-AAA-------TAT--------AAAAAATAA--AT-----TTCA-TTTATGAAA--------TGTTT----GAG--GGTA-------TG---AAC--A--GC-----AACACT
gi|19 : atgtt----TACAT----GAG--GGTA-------TG---AACATTA-GT-----AATGCTT-CAC------------G------T-CA-G--------CAT---A---CA-G------------------------------------------GAAGC-GCA----A-ACATG-CTGCATGAA---------G--TACAC--AG-GCAT-A--GA----GCTTACGTTATAG----GTCA-------TACCCT----CATGTA-------TCCAAAA-TCAAATTTATTTCT
gi|2 : tgGCGTATGAATA-CA-GACAAGATA---T---AGTC-CG----TCTATT--TTA--ATTGCT--AAGA------AC----TCG-GATG-GAA--TGAAAGTACACGTACACAAGTAGC-A--TGT-AAA-------TAT--------A-----AAA--ATCAGACTTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAT--GGTG-------TA---AAC--T--AA-----AATGCTT-CATT-----------G------G-TG-G--------AAT---A---AT-T-------------T----TCATGAAGTGATAACGTGCTTCGTGAAGT-GAT----A-ACGCG-CTTCATGAA---------C--TATGC--TG-GGGT-G--AG----GA----GGTGTAG----TTCA-------TACTCT----CATGTA---T-TTCCAAAAC-TG
gi|20 : aac-TAA-ATACAAT---A----TG----TTTACT--TTC--ACAGCT--GGGA------AT----TTC-AACA-GAAA-AGAAATTA----------------------------------TTT--------A-----TAA--AT-----TT-----------A---A----TACAT----GAG--ATAA-------TG---AAC--T--GC-----AATGCCT-CAT------------G------T-TG-G--------CAT---A---CC-T-------------TGTCAT-----------------------GAAGT-GAT----A-A------TTCATGccgta
gi|21 : ga--------A-----TAA--AT-----TTCA-ATTCTAAAA---A----TACAC----GAC--AGCA-------TG---AAC--T--GC-----AA------CAC------------A------C-TG-G--------CAT---A---CT-T-------------T----T-----------------------GA-----CG----A-A---G-CTCT---AA---------A--TACGC--TG-GCGT-G--AA----GC----GCCGCAG----TGCA-------TGCGCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-
gi|22 : tga---A----CATAT----AAG--GGAA-------TT---AAC--T--GC-----AACACTC-TAC------------A------C-CA-G--------TAT---A---TT-T---------------------------------------------------------------CTCCAGGAA---------AGTTACGC--TG-GTGT-G--AA----GC----ATTGTTG----TTCA-------TTTTCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTA
gi|23 : ttacTTTGAAA---A----TACATATATGAG--GGTA-------TG---AAC--T--TC-----TATTCTT-CGC------------G------C-CG-G--------TAT---A---CT-T-------------T----T-------------------------------T----A-----------ATGAA---------A--TATGT--TG-CAGT-G--AA----AC----GTCGCAG----TT-----------------------TA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTAGTT
gi|24 : GCT--GGAA------AA----CCT-GACA-GAGA-TGAAAGTACAGTA---------GA-T--TGT-AAA-------TAC--------AAGAAATAA--AT-----TTCG-GTTTTGAGA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---AAC--T--GC-----
gi|25 : CGTATGGATC-TT-GCTAA-ATA---T---AGTA-CG----ATTATT--TTA--ACGGCT--TGG-------AT----TCT-ATAA-GAAA-TCAATGTA--------------AA-A--TGC-ATATAAAAAGAAC--------A-----TGAATAT-----TCCA-TTTTTTAAC---A----TAataacattaaagactgctaca
gi|26 : TGCGCATGAATC-TC-GATTA-ATA---T---ATTT-CG----TCAAAA--TTA--ACGACT--GGGA------AT----TAT-GACA-AAAA-TGAAAGCA--------------GA-
gi|27 : ttcctcatgaatgcgatgctgttgtgaacaataGCGTTTGAATC-TT-GGTAA-ATA---T---AGTA-CG----TTTATT--TTA--ACAGCT--GAGA------AT----TCT-GACA-AAAA-AGAAAGCA--------------CT-G--TTT-TCA-------GAA--------A-----TGA--AT-----TTCA-TCTTT-AAA---A----TA
gi|28 : ac-----TAA--AT-----TT-A-TTTTTAAAA---A----TACACAC--GAG--GGTA-------TG---AAC--T--------------------------------------------G--------CAT-----------------------------------------------------------GCT----G-ACACA-CTTCATGGA---------T--T-TGC--TA-GTGTTG--AA----GC----GT-GCAG----TTCA-------TACTGT----CATGT
gi|29 : aac----TACAT----TGG--GGTA-------TG---AAC--T--GC-----AACGCTTAAAC------------G------C-TG-----------AT---A---CT-T---------------------------------------------------------ACGCG-CTTCATG---------------ATGC--TG-GCCT-G--AA----GC------CGC------TTCA-------TA-CCG----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGA
gi|3 : gGCGTATGAATC-TT-GCTGA-ATA---T---AGTT-CG----TTTATT--TCA--ACAGCT--AAAA------AAAAA-TTC-AACA-GAAA-CGACAGTA--------------GA-G--TGT-AAA-------TATAAGAA---A-----TTA--GT-----TTCT-TTTTTAAAA---A-------AG----AAA--AATA-------CA---AA---T--GC-----AACATTT-CCC------------G------T-AG-A--------CAT---G---TT-T-------------TTCA-T-----------------------GAAGT-GTTTGCGT-ACGCG-CCTCAAGCC---------G--TATAC--CG-GCGA-G--AA----GC----ATCG-AA----T------------------------TA---T-TTATAAAAA-TGAAATTCATTTC
gi|30 : tgc-ACATG-TTTCATGAA---------C--TGTGC--TG-TCGT-A--AA----GC----GTTGTTT----TTCA-------TGCCTT----CATGTA---T-TTACAGAAA-TCAGATTTgccaat
gi|31 : gTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--TGTA-------TG---AAC--C--AC-----AGCGCTT-CAT------------A------C-CG-C--------CAT---A---CTGT-------------TCA--T-----------------------GAATT-GCT-------CATG-CAT-ATGAA---------cgacttgaagcgatg
gi|32 : agtg-CTTCATGAA---------G--TGTGC--TG-GCGT-A--AACCCGGC----ATTGCAG----T-----------------------GCA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|33 : agtatcaacttcACG-CTTCATGGT---------G--TATGT--TG-GCGC-AGAAA----GC----ATCGTAA----TCCA-------TGCTAT----CATACA---T-TTCCAAAAA-TGAATTTTATT
gi|34 : GTA-------TG---AGC--T--GG-----GAGGCTT-TAC------------A------T-CA-G--------CAT---A---CT-C-------------T----T-----------------------
gi|35 : ttcataTCATGAA---------AATCATGC--CATGTGT-G--AA----AC----ATTGCAG----TTCA-------TACCtgtgtacatgt
gi|36 : actt--TATGC--TG-GTA--G--AA----GT----AACAAAG----TTCA-------TACCCT----CATATATGTT-TTTTAAAttc
gi|4 : TGCGTATGAATC-TT-----A-ATC---T---A----CA----TGGATT--TCA--ACAGCT--GGGA------AA----TCC-AAAA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TGT-ATA-------CAT--------A-----TAA--AT-----TTCT-TTTTTGAAA---A----TGCAT----AGG--GTTA-------TG---AAC--T--GC-----AATGCTT-CAA------------A------C-CA-G--------CAT---A---TT-T-------------T----T-----------------------GAAGT-GCT----A-ACATG-CTTCATGAC---------A--TATGC--TG-GCAT-G--AA----GC----ATAGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGAA---T-TTACAAAAA-TGAAATTTACTCCTT
gi|5 : TATGCATC-TT-----A-ATA---A---A----TG----TT--------G--ACGCCT--GAGA------AT----TCC-GACA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--CAT-GAA-------TAC--------G-----GAA--AT-----T----------AAGCTCA----TACAT----GAG--GTTA-------TGATAAAC--T--GC-----AAGGCTT-CAC------------A------C-AA-G--------CAT---A---GT-T-------------TTCA-T-----------------------GAAGC-GCT----A-ATA-----TTGTAAA---------G--TATAA--TG-GCGT-C--AA----CT----ATCACGG----TCCA-------TATCGT----CATGTG---T-TTTCTAATA-
gi|6 : aCGTATGAATC-TT-GATAA-ATAAAGT---A----CG----ACTATT--GTA--ACGGAA--GGGAGTATGTAT----TTT-GACA-GAAG-AGAAGATA--------------AA-A--TGT-AAA-------TATTATAAAAGA-----TGA--AT-----TTTG-TTTTCAAAA---A----TATGT----AAA--AGCA-------TG---ATCA-TCAGC-----AATGCTT-CAC------------A------T-CA-G--------CAT---A---CT-tga
gi|7 : AATC-TT-GATAA-ATA---C---AACA-CG----CCCATT--TTTT-AGGACT--CAGA------AT----TTC-GGCA-GAAAGTGAA-GTG--------------AG-A--TGT-AAA-------T-T--------A-----AAA--A----------------GAAA---AGGTTCACATTC--ACA--GGTT-------TG---AAC--A--GC-----AACTCTA-CAC------------A------T-TT-G--------CAT---A---CA-C-------------T-------------------------------GT-GCT----A-ATGCT-CTTCA-GAA---------A--------------GT-A--AA----GC----GGCGCA-----TTGA-------TATTCT----CATGCG---T-TTTCAGAAACTGAAAgtacactagctagcatacttttcataagctaacaccgatttt
gi|8 : aTA--------------GA-A--TGT-AAA-------TCT--------AA----TAA--AGGAAA-TTTA-TTTTTGAAA--------TACAT----GGG--AGTA-------TG---AAC--T--AC-----AACGCCT-CACTTTTCATGGTCCG------C-TG-A--------CGC---G---CT-G-------------TG---T-----------------------GAAGT----------ACAGGTCTATATGAATTAGTACCCG--TATGT--TG-TTGT-G--AG----GT----GTCGCTG----TTCA-------TATCCT----CATGTA---T-TTACAAAAA-TTAAATACATTTTT
gi|9 : AA-ATAG--T---A----CG----TCTATT--TCA--CCAGCT--GGAG------AT----TCCCAACG-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TGT-AAA-------TATAAGAG---A-----TAG--AT-----TTTA-TTTTTGAAA---A-----ACAT----GAA--GGTA-------TG---AAG--T--GC-----GA----------------------------C-CA-G--------CAT---A---CT-aaattga
gi|9 : gtacatgtacttgataaTGAA---------A--CATGCGTTA-GTAT-G--CT----G-----GTCGCAC----TTCA-------TACCTT----CATGT----T-TTTCAAAAA-TAAAATCTATCTCTTaacgcatgtttcagactttcagtatattttattaatcgataaaagcaccaattt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): ATAAAACTTGATAACTATAGTTCTATTGTAACAGCTGGGA
Alignments
lowQualScore : 33333 222222222222222 22222222222222 444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 22 11111 2 22 44 4444 22 555555 4444 4444 22 2 2 555555555555555 1 22 4444 1 77777777777777 55555 22 77777 333 555 2222 7777 22 4444444 222 22 1 22 1 33333 22 1 1 555555 222 222 1 333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 7777777777 1 22 3333 3333 0 3333 5555555 1 3333 333 2 2
lowQualScore : . .. ..... . .. .. .... .. ...... .... .... .. . . ............... . .. .... . .............. ..... .. ..... ... ... .... .... .. ....... ... .. . .. . ..... .. . . ...... ... ... . ....................................... ................................................. .... .......... . .. .... .... . .... ....... . .... ... . .
lowQualScore : 1 88 88888 0 88 88 2222 88 888888 5555 5555 33 0 0 333333333333333 8 66 0000 9 11111111111111 66666 33 77777 666 222 9999 2222 00 6666666 555 00 4 11 5 88888 22 7 7 555555 999 999 7 000000000000000000000000000000000000000 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7777 6666666666 7 44 7777 7777 2 7777 7777777 2 9999 555 0 2
consensus : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATAT--AGTA--C-G-TCTATT--TTA--ACG----GCT--GGGA------A----T----TCC-GACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
Reference ( family-180 ) : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATAT--AGT---C-G-TCTATT--TTA--ACG----GCT--GGGA------A----T----TCC-GACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|1 : GATAA-ATAT--ATTATAT-G-TCTATT--TCA--AAG----GGT--GGGG------A----T----TCC-AAAA-GAAA-TTAAATTA--------------AA-T--TT----T-GAA---AAT--------A-----CAG--GT----------------------------ACAT----AAG--GGTA-------TA---A--A-C--T-GC-----AATGCTT-CA-CAC-TG-GCAT---A---CT-TGAATTTTCATGAAT----TAA-AGC--ACT----ACCATGCTTCATGAA
gi|1 : -GAAA-AGAA-TAAAA--A--------------GATA--TC----T-AAG---AA---------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTCTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTAATAGGATCA---A--A-C--T-GC-----AATGATT-CG-TAC-CT-GCAT---A---CT-G-------------TA---TGA-Atcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacagtatgcaggtacgaatcattgcagtttgatcctattaccctcatgtattttcagaaatgaaatttatttcttagatatctttttattcttttcatat
gi|1 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagAG--------------------TA--------------------------TG----C----------AGGTAC-G--AA----T----CATTGCAG----TTTGATCCTATTACCCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTATTTCTTatat
gi|10 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacGCGTATGAATCTTAATAG-ATAT--AGA---A-AATCTATT--TCA--ACG----TCT--GTGA------A----T----TCC-GCCA-AAAA-TGAAAGTACATGCAGAATCT--AA-A--TG----T-GAA---AAA--------A-----TAA--AT-----TTCG-TATT--AAA---A-----ACAT----TAG--CGAA-------TG---A--A-C--T-G--------------CA-TGC-CA-GAAT---ATTTCT-C-------------T----TAA-AAT--GCA----AACACGCagatatctttttattcttttcatat
gi|11 : gcgcAATCCTGATAA-ATAT--AGTA--C-A-TCTATT--TTA--ACA----GCT--GGAA------A----T----TTA-AACA-GAAA-TTAAAGTA--------------GA-A--TG----T-GAA---CATTTAAGAA-A-----TAC--AT-----TTCA-TTCTGGAAA---A----TACAC----AAA--TTCA-------TG---A--A-
gi|11 : TTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGATGT-A--AA----G----CATTGCAG----TTCA-------TACTCTCACGCATGTA---T-TTTgtatgctgatgtaaagcattgcagttcatactctcacgcatgtatttt
gi|12 : aatcctgataaatatagtacatctattttaacagctggaaatttaaacagaaattaaagtagaatgtgaacatttaagaaatacatttcattctggaaaatacacaaaGTA---------------A-A--TG----T-AA----GAC--------A-----TGA--AC-----TTCA-TTTTGGAAA---A----TACAC----GAG--ATCA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACACTT-CA-CACACG-GCCT---A---CT-T-------------T----TCA-TGTC-G---------GCGCTT---GAAA--------------------TA--------------------------TT----C----------AGGCGT-G--AC----G----TGTTGCAG----TTCA-------TACCCA----CATGTC---T-TTACAAATA-TGACGTTTATTTCTT
gi|13 : atcTGCCTATAAATCATCTTAA-ATAT--AGTTA-C-G-TCTATT--CTG--ACA----GCCCAGGGA------A----T-----AC-GGCAAGAAA-TGAAAG-A--------------AA-G--TA----TGAAA---AAT--------A------AA--AT-----TTCAGTGTTTGAAA---A----TCTGC----GAG--GTCA-------TG---A--A-C--G-GC-----AACACTT-CA-CGC-CT-GCCT---A---CC-T-------------C----Ta
gi|14 : ggatgTGCAGATGAATCTTGATAA-ATAT--AGCA--C-A-TCTATTAATTATGATA----TCT--GGAC------A----T----TTT-GACA-GAAA-TGAAATTA--------------GA-AATTG----T-AAA---TTTC-------A-----TAA--AT-----TTC-----TTAAAATTTA----TAT-T----AAG--GGAA-------TG---A--A-cataa
gi|15 : gcctttgataaacaatgAA---GAA--------A-----TAA--AT-----TTCA-CTGTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------AG---A--A-C--T-GCAATTTAATGATT-CA-TGA-CA-AAA----A---CT-T-------------TGA--TGA-AAT--GCTATA-AACGCGCATC---------------------------A--------------------------TG----C------------GTGT-G--AC----A----CATCACAGTTAATTCA-------TACACT----CATGTA---G-TTTCAAAAC-TGtgacagcatactaacgca
gi|16 : CTGGATAA-ATATGAAAT-----G-TCTGTT--CTA--ATG----ACT--TGAA------A----T----TCC-GTCA-GAGA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---ACT--------A-----at
gi|16 : atgGA-AAT--G-------ATGCGCTTCATAAGG--------------------TA--------------------------TGGTGACGTCTCGGGGGTGACGT-G--AC----G----CGGTGCAG----TTCA-------CACACT----TAagaaatgatgcgcttcataaggtatggtgacgtctcgggggtgacgtgacgcggtgcagttcacacacttac
gi|17 : atgctggataaatatgaaatgtctgttctaatgacttgaaattccgtcagagatgaaagtagaatgtaaaactaa--------A-----TAA--TT-----TTCA-ATTTTGTAA---A----TACAG----CAGTTGATA-------TG---A--A-C--T-AC-----ACCACTT-CA-CGA-AGCGCATTTAG---CG-T-------------T----TTA---T--GTT----A------TACATGTA---------------------TA--------------------------TG----A----------CGGCAC-G--AA----G----CGTCACAG----TTCA-------TACCCA----TATGTA---TATGT----AA-TGAAATTTATc
gi|18 : CATATGAATCTTTATAA-ATAT--AATA--C-G-GCCATG--TTA--ATG----GCT--AGGA------A----TATATTCC-GATA-TAAA-TGAGAGTA--------------AA-A--TG----T-AAA---TATAAAAA---A-----TAA--AT-----TTCA-TTTATG-AA---A----TGTTT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--A-GC-----AACACT
gi|19 : atgtt----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-CATTAGT-----AATGCTT-CA-CGT-CA-GCAT---A---CA-G-------------------GA-AGC--GCA----AACATGCTGCATGAAG--------------------TA--------------------------CA----C----------AGGCAT-A--GA----GCTTACGTTATAG----GTCA-------TACCCT----CATGTA-------TCCAAAA-TCAAATTTATTTCT
gi|2 : tgGCGTATGAATACAGACAAGATAT--AGT---CCG-TCTATT--TTA--ATT----GCT--AAGA------A----C----TCG-GATG-GAA--TGAAAGTACACGTACACAAGTAGC-A--TG----T-AAA---TAT--------A-----AAA--ATCAGACTTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAT--GGTG-------TA---A--A-C--T-AA-----AATGCTT-CATTGG-TG-GAAT---A---AT-T-------------TTCA-TGA-AGT--GAT----AACGTGCTTCGTGAAGTGATAACGCGCTTCATGAACTA--------------------------TG----C----------TGGGGT-G--AG----G----AGGTGTAG----TTCA-------TACTCT----CATGTA---T-TTCCAAAAC-TG
gi|20 : aacGATAA-ATAC--AATA--T-G-TTTACT--TTC--ACA----GCT--GGGA------A----T----TTC-AACA-GAAA-AGAAATTA----------------------------------TTT--------A-----TAA--AT-----TT-----------A---A----TACAT----GAG--ATAA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGCCT-CA-TGT-TG-GCAT---A---CC-T-------------TGTCATGA-AGT--GAT----AA-----TTCATGccgta
gi|21 : --------A-----TAA--AT-----TTCA-ATTCTAAAA---A----TACAC----GAC--AGCA-------TG---A--A-C--T-GC-----AAC------A-CAC-TG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-CG----------AA-GCTCT-----AAA--------------------TA--------------------------CG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGCCGCAG----TGCA-------TGCGCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-
gi|22 : tga---A----CATAT----AAG--GGAA-------TT---A--A-C--T-GC-----AACACTC-TA-CAC-CA-GTAT---A---TT-T----------------------------------------CTCCAGGAAAGT------------------TA--------------------------CG----C----------TGGTGT-G--AA----G----CATTGTTG----TTCA-------TTTTCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTA
gi|23 : ttacTTTGAAA---A----TACATATATGAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-TC-----TATTCTT-CG-CGC-CG-GTAT---A---CT-T-------------T----T----------T----A---------ATGAAA--------------------TA--------------------------TG----T----------TGCAGT-G--AA----A----CGTCGCAG----TT-----------------------TA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTAGTT
gi|24 : TGT--AGC---A-G-TCT-----TTA--ATGTTATGCT--GGAA------A----A----CCT-GACA-GAGA-TGAAAGTACAGTA---------GA-T--TG----T-AAA---TAC--------AAGAAATAA--AT-----TTCG-GTTTTGAGA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----
gi|25 : CGTATGGATCTTGCTAA-ATAT--AGTA--C-G-ATTATT--TTA--ACG----GCT--TGG-------A----T----TCT-ATAA-GAAA-TCAATGTA--------------AA-A--TGCATAT-AAAAAGAAC--------A-----TGAATAT-----TCCA-TTTTTTAAC---A----TA
gi|26 : TGCGCATGAATCTCGATTA-ATAT--ATTT--C-G-TCAAAA--TTA--ACG----ACT--GGGA------A----T----TAT-GACA-AAAA-TGAAAGCA--------------GA-
gi|27 : ttcctcatgaatgcgatgctgttgtgaacaataGCGTTTGAATCTTGGTAA-ATAT--AGTA--C-G-TTTATT--TTA--ACA----GCT--GAGA------A----T----TCT-GACA-AAAA-AGAAAGCA--------------CT-G--TT----T-TCA---GAA--------A-----TGA--AT-----TTCA-TCTTT-AAA---A----TA
gi|28 : ac-----TAA--AT-----TT-A-TTTTTAAAA---A----TACACAC--GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T--------------------------GCAT--------------------------------------GCT----GACACACTTCATGGAT--------------------T---------------------------TG----C----------TAGTGTTG--AA----G----CGT-GCAG----TTCA-------TACTGT----CATGT
gi|29 : aac----TACAT----TGG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTTAAA-CGC-TG---AT---A---CT-T-----------------------------------ACGCGCTTCATG------------------------A--------------------------TG----C----------TGGCCT-G--AA----G----C--CGC------TTCA-------TA-CCG----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGA
gi|3 : gGCGTATGAATCTTGCTGA-ATAT--AGTT--C-G-TTTATT--TCA--ACA----GCT--AAAA------AAAAAT----TC--AACA-GAAA-CGACAGTA--------------GA-G--TG----T-AAA---TATAAGAA---A-----TTA--GT-----TTCT-TTTTTAAAA---A-------AG----AAA--AATA-------CA---A--A----T-GC-----AACATTT-CC-CGT-AG-ACAT---G---TT-T-------------TTCA-TGA-AGT--GTTTGCGTACGCGCCTCAAGCCG--------------------TA--------------------------TA----C----------CGGCGA-G--AA----G----CATCG-AA----T------------------------TA---T-TTATAAAAA-TGAAATTCATTTC
gi|30 : tgcACATGTTTCATGAAC--------------------TG--------------------------TG----C----------TGTCGT-A--AA----G----CGTTGTTT----TTCA-------TGCCTT----CATGTA---T-TTACAGAAA-TCAGATTTgccaat
gi|31 : gTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--TGTA-------TG---A--A-C--C-AC-----AGCGCTT-CA-TAC-CG-CCAT---A---CTGT-------------TCA--TGA-ATT--GCT----CATGCcgacttgaagcgatg
gi|32 : agtgttcatat-AGT--ATC----AACTTCCTTCATGAAG--------------------TG--------------------------TG----C----------TGGCGT-A--AACCCGG----CATTGCAG----T-----------------------GCA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|33 : CGCTTCATGGTG--------------------TA--------------------------TG----T----------TGGCGC-AGAAA----G----CATCGTAA----TCCA-------TGCTAT----CATACA---T-TTCCAAAAA-TGAATTTTATT
gi|34 : TTCATAAAGAG------------------TA--------------------------TG----C----------TGATGT-A--AA----G----CCTCCCAG----CTCA-------TACt
gi|35 : --GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGTTT-CA-CACATG-GCAT---G---AT-T-------------T----Ttgtgtacatgt
gi|36 : actt--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGTA--G--AA----G----TAACAAAG----TTCA-------TACCCT----CATATATGTT-TTTTAAAcatgattc
gi|37 : ATAAAACTTGATAA-CTAT--AGT-------TCTATT--GTA--ACA----GCT--GGGA------
gi|4 : TGCGTATGAATCTTAATCT-ACAT--GG-----------ATT--TCA--ACA----GCT--GGGA------A----A----TCC-AAAA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TG----T-ATA---CAT--------A-----TAA--AT-----TTCT-TTTTTGAAA---A----TGCAT----AGG--GTTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGCTT-CA-AAC-CA-GCAT---A---TT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACATGCTTCATGACA--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCAT-G--AA----G----CATAGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGAA---T-TTACAAAAA-TGAAATTTACTCCTT
gi|5 : TATGCATCTTAATAA-ATGT---------------------TG--ACG----CCT--GAGA------A----T----TCC-GACA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--CA----T-GAA---TAC--------G-----GAA--AT-----T----------AAGCTCA----TACAT----GAG--GTTA-------TGATAA--A-C--T-GC-----AAGGCTT-CA-CAC-AA-GCAT---A---GT-T-------------TTCA-TGA-AGC--GCT----AATA----TTGTAAAG--------------------TA--------------------------TA----A----------TGGCGT-C--AA----C----TATCACGG----TCCA-------TATCGT----CATGTG---T-TTTCTAATA-
gi|6 : aCGTATGAATCTTGATAA-ATAA--AGTA--C-G-ACTATT--GTA--ACG----GAA--GGGAGTATGTA----T----TTT-GACA-GAAG-AGAAGATA--------------AA-A--TG----T-AAA---TATTATAAAAGA-----TGA--AT-----TTTG-TTTTCAAAA---A----TATGT----AAA--AGCA-------TG---ATCATC--A-GC-----AATGCTT-CA-CAT-CA-GCAT---A---CT-tga
gi|7 : AATCTTGATAA-ATAC--AACA--C-G-CCCATT--TTTT-AGG----ACT--CAGA------A----T----TTC-GGCA-GAAAGTGAA-GTG--------------AG-A--TG----T-AAA---T-T--------A-----AAA--A----------------GAAA---AGGTTCACATTC--ACA--GGTT-------TG---A--A-C--A-GC-----AACTCTA-CA-CAT-TT-GCAT---A---CA-C-------------T---------GT--GCT----AATGCTCTTCAGAAAG--------------------TA-----------------------------------------------------AA----G----CGGCGCA-----TTGA-------TATTCT----CATGCG---T-TTTCAGAAACTGAAAgtacactagctagcatacttttcataagctaacaccgatttt
gi|8 : aTA--------------GA-A--TG----T-AAA---TCT--------AA----TAA--AGGAAA-TTTA-TTTTTGAAA--------TACAT----GGG--AGTA-------TG---A--A-C--T-AC-----AACGCCT-CA-C------------------T-T-------------T----TCATGGTCCGCT----GACGCGCTGTGTGAAG--------------------TACAGGTCTATATGAATTAGTACCCGTATG----T----------TGTTGT-G--AG----G----TGTCGCTG----TTCA-------TATCCT----CATGTA---T-TTACAAAAA-TTAAATACATTTTT
gi|9 : CTTGATAA-AAAT--AGTA--C-G-TCTATT--TCA--CCA----GCT--GGAG------A----T----TCCCAACG-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---TATAAGAG---A-----TAG--AT-----TTTA-TTTTTGAAA---A-----ACAT----GAA--GGTA-------TG---A--A-G--T-GC-----GA-----------C-CA-GCAT---A---CT-aaattga
Alignments
lowQualScore : 111111 22222222222222 22222222222222 444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 22 2 22 44 4444 7777 000000 2 2 2 44444444444444 1 22 4444 1 77777777777777 55555 22 77777 333 555 2222 7777 22 4444444 222 22 1 22 1 33333 22 1 1 555555 222 222 1 333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 7777777777 1 22 3333 3333 0 3333 5555555 1 3333 333 2 2
lowQualScore : . .. . .. .. .... .... ...... . . . .............. . .. .... . .............. ..... .. ..... ... ... .... .... .. ....... ... .. . .. . ..... .. . . ...... ... ... . ....................................... ................................................. .... .......... . .. .... .... . .... ....... . .... ... . .
lowQualScore : 1 88 0 88 88 2222 0000 000000 1 0 0 55555555555555 8 66 0000 9 11111111111111 66666 33 77777 666 222 9999 2222 00 6666666 555 00 4 11 5 88888 22 7 7 555555 999 999 7 000000000000000000000000000000000000000 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7777 6666666666 7 44 7777 7777 2 7777 7777777 2 9999 555 0 2
consensus : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATATA--GT-ACGTCTATT--TTA--ACG----GCT----GGGA------ATT-CCGACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
Reference ( family-180 ) : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATATA--GT-ACGTCTATT--TTA--ACG----GCT----GGGA------ATT-CCGACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|1 : GATAA-ATATATTAT-ATGTCTATT--TCA--AAG----GGT----GGGG------ATT-CCAAAA-GAAA-TTAAATTA--------------AA-T--TT----T-GAA---AAT--------A-----CAG--GT----------------------------ACAT----AAG--GGTA-------TA---A--A-C--T-GC-----AATGCTT-CA-CAC-TG-GCAT---A---CT-TGAATTTTCATGAAT----TAA-AGC--ACT----ACCATGCTTCATGAA
gi|1 : GAAA-AGAA-TAAAA--A--------------GATA--TC----T-AAG---AA---------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTCTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTAATAGGATCA---A--A-C--T-GC-----AATGATT-CG-TAC-CT-GCAT---A---CT-G-------------TA---TGA-Atcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacagtatgcaggtacgaatcattgcagtttgatcctattaccctcatgtattttcagaaatgaaatttatttcttagatatctttttattcttttcatat
gi|1 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagAG--------------------TA--------------------------TG----C----------AGGTAC-G--AA----T----CATTGCAG----TTTGATCCTATTACCCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTATTTCTTatat
gi|10 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacGCGTATGAATCTTAATAG-ATATA--GA-AAATCTATT--TCA--ACG----TCT----GTGA------ATT-CCGCCA-AAAA-TGAAAGTACATGCAGAATCT--AA-A--TG----T-GAA---AAA--------A-----TAA--AT-----TTCG-TATT--AAA---A-----ACAT----TAG--CGAA-------TG---A--A-C--T-G--------------CA-TGC-CA-GAAT---ATTTCT-C-------------T----TAA-AAT--GCA----AACACGCagatatctttttattcttttcatat
gi|11 : gcgcAATCCTGATAA-ATATA--GT-ACATCTATT--TTA--ACA----GCT----GGAA------ATT-TAAACA-GAAA-TTAAAGTA--------------GA-A--TG----T-GAA---CATTTAAGAA-A-----TAC--AT-----TTCA-TTCTGGAAA---A----TACAC----AAA--TTCA-------TG---A--A-
gi|11 : TTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGATGT-A--AA----G----CATTGCAG----TTCA-------TACTCTCACGCATGTA---T-TTTgtatgctgatgtaaagcattgcagttcatactctcacgcatgtatttt
gi|12 : aatcctgataaatatagtacatctattttaacagctggaaatttaaacagaaattaaagtagaatgtgaacatttaagaaatacatttcattctggaaaatacacaaaGTA---------------A-A--TG----T-AA----GAC--------A-----TGA--AC-----TTCA-TTTTGGAAA---A----TACAC----GAG--ATCA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACACTT-CA-CACACG-GCCT---A---CT-T-------------T----TCA-TGTC-G---------GCGCTT---GAAA--------------------TA--------------------------TT----C----------AGGCGT-G--AC----G----TGTTGCAG----TTCA-------TACCCA----CATGTC---T-TTACAAATA-TGACGTTTATTTCTT
gi|13 : atcTGCCTATAAATCATCTTAA-ATATA--GTTACGTCTATT--CTG--ACA----GCCCA--GGGA------AT--ACGGCAAGAAA-TGAAAG-A--------------AA-G--TA----TGAAA---AAT--------A------AA--AT-----TTCAGTGTTTGAAA---A----TCTGC----GAG--GTCA-------TG---A--A-C--G-GC-----AACACTT-CA-CGC-CT-GCCT---A---CC-T-------------C----Ta
gi|14 : ggatgTGCAGATGAATCTTGATAA-ATATA--GC-ACATCTATTAATTATGATA----TCT----GGAC------ATT-TTGACA-GAAA-TGAAATTA--------------GA-AATTG----T-AAA---TTTC-------A-----TAA--AT-----TTC-----TTAAAATTTA----TAT-T----AAG--GGAA-------TG---A--A-cataa
gi|15 : gcctttgataaacaatgAA---GAA--------A-----TAA--AT-----TTCA-CTGTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------AG---A--A-C--T-GCAATTTAATGATT-CA-TGA-CA-AAA----A---CT-T-------------TGA--TGA-AAT--GCTATA-AACGCGCATC---------------------------A--------------------------TG----C------------GTGT-G--AC----A----CATCACAGTTAATTCA-------TACACT----CATGTA---G-TTTCAAAAC-TGtgacagcatactaacgca
gi|16 : CTGGATAA-ATATG--AA-ATGTCTGTT--CTA--ATG----ACT----TGAA------ATT-CCGTCA-GAGA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---ACT--------A-----at
gi|16 : atgGA-AAT--G-------ATGCGCTTCATAAGG--------------------TA--------------------------TGGTGACGTCTCGGGGGTGACGT-G--AC----G----CGGTGCAG----TTCA-------CACACT----TAagaaatgatgcgcttcataaggtatggtgacgtctcgggggtgacgtgacgcggtgcagttcacacacttac
gi|17 : atgctggataaatatgaaatgtctgttctaatgacttgaaattccgtcagagatgaaagtagaatgtaaaactaa--------A-----TAA--TT-----TTCA-ATTTTGTAA---A----TACAG----CAGTTGATA-------TG---A--A-C--T-AC-----ACCACTT-CA-CGA-AGCGCATTTAG---CG-T-------------T----TTA---T--GTT----A------TACATGTA---------------------TA--------------------------TG----A----------CGGCAC-G--AA----G----CGTCACAG----TTCA-------TACCCA----TATGTA---TATGT----AA-TGAAATTTATc
gi|18 : CATATGAATCTTTATAA-ATATA--AT-ACGGCCATG--TTA--ATG----GCT----AGGAATAT--ATT-CCGATA-TAAA-TGAGAGTA--------------AA-A--TG----T-AAA---TATAAAAA---A-----TAA--AT-----TTCA-TTTATG-AA---A----TGTTT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--A-GC-----AACACT
gi|19 : atgtt----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-CATTAGT-----AATGCTT-CA-CGT-CA-GCAT---A---CA-G-------------------GA-AGC--GCA----AACATGCTGCATGAAG--------------------TA--------------------------CA----C----------AGGCAT-A--GA----GCTTACGTTATAG----GTCA-------TACCCT----CATGTA-------TCCAAAA-TCAAATTTATTTCT
gi|2 : tgGCGTATGAATACAGACAAGATATA--GT-CCGTCTATT--TTA--ATT----GCT----AAGA------ACT-CGGATG-GAA--TGAAAGTACACGTACACAAGTAGC-A--TG----T-AAA---TAT--------A-----AAA--ATCAGACTTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAT--GGTG-------TA---A--A-C--T-AA-----AATGCTT-CATTGG-TG-GAAT---A---AT-T-------------TTCA-TGA-AGT--GAT----AACGTGCTTCGTGAAGTGATAACGCGCTTCATGAACTA--------------------------TG----C----------TGGGGT-G--AG----G----AGGTGTAG----TTCA-------TACTCT----CATGTA---T-TTCCAAAAC-TG
gi|20 : aacGATAA-ATACA--AT-ATGTTTACT--TTC--ACA----GCT----GGGA------ATT-TCAACA-GAAA-AGAAATT-------------------------------A---TTT--------A-----TAA--AT-----TT-----------A---A----TACAT----GAG--ATAA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGCCT-CA-TGT-TG-GCAT---A---CC-T-------------TGTCATGA-AGT--GAT----AA-----TTCATGccgta
gi|21 : --------A-----TAA--AT-----TTCA-ATTCTAAAA---A----TACAC----GAC--AGCA-------TG---A--A-C--T-GC-----AAC------A-CAC-TG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-CG----------AA-GCTCT-----AAA--------------------TA--------------------------CG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGCCGCAG----TGCA-------TGCGCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-
gi|22 : tga---A----CATAT----AAG--GGAA-------TT---A--A-C--T-GC-----AACACTC-TA-CAC-CA-GTAT---A---TT-T----------------------------------------CTCCAGGAAAGT------------------TA--------------------------CG----C----------TGGTGT-G--AA----G----CATTGTTG----TTCA-------TTTTCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTA
gi|23 : ttacTTTGAAA---A----TACATATATGAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-TC-----TATTCTT-CG-CGC-CG-GTAT---A---CT-T-------------T----T----------T----A---------ATGAAA--------------------TA--------------------------TG----T----------TGCAGT-G--AA----A----CGTCGCAG----TT-----------------------TA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTAGTT
gi|24 : TGTA--GC-A-GTCT-----TTA--ATGTTATGCT----GGAA------AAC-CTGACA-GAGA-TGAAAGTACAGTA---------GA-T--TG----T-AAA---TAC--------AAGAAATAA--AT-----TTCG-GTTTTGAGA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----
gi|25 : CGTATGGATCTTGCTAA-ATATA--GT-ACGATTATT--TTA--ACG----GCT----TGG-------ATT-CTATAA-GAAA-TCAATGTA--------------AA-A--TGCATAT-AAAAAGAAC--------A-----TGAATAT-----TCCA-TTTTTTAAC---A----TA
gi|26 : TGCGCATGAATCTCGATTA-ATATA--TT-TCGTCAAAA--TTA--ACG----ACT----GGGA------ATT-ATGACA-AAAA-TGAAAGCA--------------GA-
gi|27 : ttcctcatgaatgcgatgctgttgtgaacaataGCGTTTGAATCTTGGTAA-ATATA--GT-ACGTTTATT--TTA--ACA----GCT----GAGA------ATT-CTGACA-AAAA-AGAAAGCA--------------CT-G--TT----T-TCA---GAA--------A-----TGA--AT-----TTCA-TCTTT-AAA---A----TA
gi|28 : ac-----TAA--AT-----TT-A-TTTTTAAAA---A----TACACAC--GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T--------------------------GCAT--------------------------------------GCT----GACACACTTCATGGAT--------------------T---------------------------TG----C----------TAGTGTTG--AA----G----CGT-GCAG----TTCA-------TACTGT----CATGT
gi|29 : aac----TACAT----TGG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTTAAA-CGC-TG---AT---A---CT-T-----------------------------------ACGCGCTTCATG------------------------A--------------------------TG----C----------TGGCCT-G--AA----G----C--CGC------TTCA-------TA-CCG----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGA
gi|3 : gGCGTATGAATCTTGCTGA-ATATA--GT-TCGTTTATT--TCA--ACA----GCTAAAAAAAA------ATT--CAACA-GAAA-CGACAGTA--------------GA-G--TG----T-AAA---TATAAGAA---A-----TTA--GT-----TTCT-TTTTTAAAA---A-------AG----AAA--AATA-------CA---A--A----T-GC-----AACATTT-CC-CGT-AG-ACAT---G---TT-T-------------TTCA-TGA-AGT--GTTTGCGTACGCGCCTCAAGCCG--------------------TA--------------------------TA----C----------CGGCGA-G--AA----G----CATCG-AA----T------------------------TA---T-TTATAAAAA-TGAAATTCATTTC
gi|30 : tgcACATGTTTCATGAAC--------------------TG--------------------------TG----C----------TGTCGT-A--AA----G----CGTTGTTT----TTCA-------TGCCTT----CATGTA---T-TTACAGAAA-TCAGATTTgccaat
gi|31 : gTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--TGTA-------TG---A--A-C--C-AC-----AGCGCTT-CA-TAC-CG-CCAT---A---CTGT-------------TCA--TGA-ATT--GCT----CATGCcgacttgaagcgatg
gi|32 : agtgttcatat-AGT--ATC----AACTTCCTTCATGAAG--------------------TG--------------------------TG----C----------TGGCGT-A--AACCCGG----CATTGCAG----T-----------------------GCA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|33 : CGCTTCATGGTG--------------------TA--------------------------TG----T----------TGGCGC-AGAAA----G----CATCGTAA----TCCA-------TGCTAT----CATACA---T-TTCCAAAAA-TGAATTTTATT
gi|34 : TTCATAAAGAG------------------TA--------------------------TG----C----------TGATGT-A--AA----G----CCTCCCAG----CTCA-------TACt
gi|35 : --GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGTTT-CA-CACATG-GCAT---G---AT-T-------------T----Ttgtgtacatgt
gi|36 : actt--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGTA--G--AA----G----TAACAAAG----TTCA-------TACCCT----CATATATGTT-TTTTAAAcatgattc
gi|37 : ATAAAACTTGATAA-CTATA--GT----TCTATT--GTA--ACA----GCT----GGGA------
gi|4 : TGCGTATGAATCTTAATCT-ACATG--G--------ATT--TCA--ACA----GCT----GGGA------AAT-CCAAAA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TG----T-ATA---CAT--------A-----TAA--AT-----TTCT-TTTTTGAAA---A----TGCAT----AGG--GTTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGCTT-CA-AAC-CA-GCAT---A---TT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACATGCTTCATGACA--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCAT-G--AA----G----CATAGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGAA---T-TTACAAAAA-TGAAATTTACTCCTT
gi|5 : TATGCATCTTAATAA-ATGT------------------TG--ACG----CCT----GAGA------ATT-CCGACA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--CA----T-GAA---TAC--------G-----GAA--AT-----T----------AAGCTCA----TACAT----GAG--GTTA-------TGATAA--A-C--T-GC-----AAGGCTT-CA-CAC-AA-GCAT---A---GT-T-------------TTCA-TGA-AGC--GCT----AATA----TTGTAAAG--------------------TA--------------------------TA----A----------TGGCGT-C--AA----C----TATCACGG----TCCA-------TATCGT----CATGTG---T-TTTCTAATA-
gi|6 : aCGTATGAATCTTGATAA-ATAAA--GT-ACGACTATT--GTA--ACG----GAA----GGGAGTATGTATT-TTGACA-GAAG-AGAAGATA--------------AA-A--TG----T-AAA---TATTATAAAAGA-----TGA--AT-----TTTG-TTTTCAAAA---A----TATGT----AAA--AGCA-------TG---ATCATC--A-GC-----AATGCTT-CA-CAT-CA-GCAT---A---CT-tga
gi|7 : AATCTTGATAA-ATACA--AC-ACGCCCATT--TTTT-AGG----ACT----CAGA------ATT-TCGGCA-GAAAGTGAA-GTG--------------AG-A--TG----T-AAA---T-T--------A-----AAA--A----------------GAAA---AGGTTCACATTC--ACA--GGTT-------TG---A--A-C--A-GC-----AACTCTA-CA-CAT-TT-GCAT---A---CA-C-------------T---------GT--GCT----AATGCTCTTCAGAAAG--------------------TA-----------------------------------------------------AA----G----CGGCGCA-----TTGA-------TATTCT----CATGCG---T-TTTCAGAAACTGAAAgtacactagctagcatacttttcataagctaacaccgatttt
gi|8 : aTA--------------GA-A--TG----T-AAA---TCT--------AA----TAA--AGGAAA-TTTA-TTTTTGAAA--------TACAT----GGG--AGTA-------TG---A--A-C--T-AC-----AACGCCT-CA-C------------------T-T-------------T----TCATGGTCCGCT----GACGCGCTGTGTGAAG--------------------TACAGGTCTATATGAATTAGTACCCGTATG----T----------TGTTGT-G--AG----G----TGTCGCTG----TTCA-------TATCCT----CATGTA---T-TTACAAAAA-TTAAATACATTTTT
gi|9 : CTTGATAA-AAATA--GT-ACGTCTATT--TCA--CCA----GCT----GGAG------ATTCCCAACG-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---TATAAGAG---A-----TAG--AT-----TTTA-TTTTTGAAA---A-----ACAT----GAA--GGTA-------TG---A--A-G--T-GC-----GA-----------C-CA-GCAT---A---CT-aaattga
Alignments
lowQualScore : 111111 22222222222222 22222222222222 444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 22 2 22 44 4444 7777 000000 2 2 2 44444444444444 1 22 4444 1 77777777777777 55555 22 77777 333 555 2222 7777 22 4444444 222 22 1 22 1 33333 22 1 1 555555 222 222 1 333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 7777777777 1 22 3333 3333 0 3333 5555555 1 3333 333 2 2
lowQualScore : . .. . .. .. .... .... ...... . . . .............. . .. .... . .............. ..... .. ..... ... ... .... .... .. ....... ... .. . .. . ..... .. . . ...... ... ... . ....................................... ................................................. .... .......... . .. .... .... . .... ....... . .... ... . .
lowQualScore : 1 88 0 88 88 2222 0000 000000 1 0 0 55555555555555 8 66 0000 9 11111111111111 66666 33 77777 666 222 9999 2222 00 6666666 555 00 4 11 5 88888 22 7 7 555555 999 999 7 000000000000000000000000000000000000000 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7777 6666666666 7 44 7777 7777 2 7777 7777777 2 9999 555 0 2
consensus : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATATA--GT-ACGTCTATT--TTA--ACG----GCT----GGGA------ATT-CCGACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
Reference ( family-180 ) : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATATA--GT-ACGTCTATT--TTA--ACG----GCT----GGGA------ATT-CCGACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|1 : GATAA-ATATATTAT-ATGTCTATT--TCA--AAG----GGT----GGGG------ATT-CCAAAA-GAAA-TTAAATTA--------------AA-T--TT----T-GAA---AAT--------A-----CAG--GT----------------------------ACAT----AAG--GGTA-------TA---A--A-C--T-GC-----AATGCTT-CA-CAC-TG-GCAT---A---CT-TGAATTTTCATGAAT----TAA-AGC--ACT----ACCATGCTTCATGAA
gi|1 : GAAA-AGAA-TAAAA--A--------------GATA--TC----T-AAG---AA---------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTCTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTAATAGGATCA---A--A-C--T-GC-----AATGATT-CG-TAC-CT-GCAT---A---CT-G-------------TA---TGA-Atcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacagtatgcaggtacgaatcattgcagtttgatcctattaccctcatgtattttcagaaatgaaatttatttcttagatatctttttattcttttcatat
gi|1 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagAG--------------------TA--------------------------TG----C----------AGGTAC-G--AA----T----CATTGCAG----TTTGATCCTATTACCCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTATTTCTTatat
gi|10 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacGCGTATGAATCTTAATAG-ATATA--GA-AAATCTATT--TCA--ACG----TCT----GTGA------ATT-CCGCCA-AAAA-TGAAAGTACATGCAGAATCT--AA-A--TG----T-GAA---AAA--------A-----TAA--AT-----TTCG-TATT--AAA---A-----ACAT----TAG--CGAA-------TG---A--A-C--T-G--------------CA-TGC-CA-GAAT---ATTTCT-C-------------T----TAA-AAT--GCA----AACACGCagatatctttttattcttttcatat
gi|11 : gcgcAATCCTGATAA-ATATA--GT-ACATCTATT--TTA--ACA----GCT----GGAA------ATT-TAAACA-GAAA-TTAAAGTA--------------GA-A--TG----T-GAA---CATTTAAGAA-A-----TAC--AT-----TTCA-TTCTGGAAA---A----TACAC----AAA--TTCA-------TG---A--A-
gi|11 : TTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGATGT-A--AA----G----CATTGCAG----TTCA-------TACTCTCACGCATGTA---T-TTTgtatgctgatgtaaagcattgcagttcatactctcacgcatgtatttt
gi|12 : aatcctgataaatatagtacatctattttaacagctggaaatttaaacagaaattaaagtagaatgtgaacatttaagaaatacatttcattctggaaaatacacaaaGTA---------------A-A--TG----T-AA----GAC--------A-----TGA--AC-----TTCA-TTTTGGAAA---A----TACAC----GAG--ATCA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACACTT-CA-CACACG-GCCT---A---CT-T-------------T----TCA-TGTC-G---------GCGCTT---GAAA--------------------TA--------------------------TT----C----------AGGCGT-G--AC----G----TGTTGCAG----TTCA-------TACCCA----CATGTC---T-TTACAAATA-TGACGTTTATTTCTT
gi|13 : atcTGCCTATAAATCATCTTAA-ATATA--GTTACGTCTATT--CTG--ACA----GCCCA--GGGA------AT--ACGGCAAGAAA-TGAAAG-A--------------AA-G--TA----TGAAA---AAT--------A------AA--AT-----TTCAGTGTTTGAAA---A----TCTGC----GAG--GTCA-------TG---A--A-C--G-GC-----AACACTT-CA-CGC-CT-GCCT---A---CC-T-------------C----Ta
gi|14 : ggatgTGCAGATGAATCTTGATAA-ATATA--GC-ACATCTATTAATTATGATA----TCT----GGAC------ATT-TTGACA-GAAA-TGAAATTA--------------GA-AATTG----T-AAA---TTTC-------A-----TAA--AT-----TTC-----TTAAAATTTA----TAT-T----AAG--GGAA-------TG---A--A-cataa
gi|15 : gcctttgataaacaatgAA---GAA--------A-----TAA--AT-----TTCA-CTGTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------AG---A--A-C--T-GCAATTTAATGATT-CA-TGA-CA-AAA----A---CT-T-------------TGA--TGA-AAT--GCTATA-AACGCGCATC---------------------------A--------------------------TG----C------------GTGT-G--AC----A----CATCACAGTTAATTCA-------TACACT----CATGTA---G-TTTCAAAAC-TGtgacagcatactaacgca
gi|16 : CTGGATAA-ATATG--AA-ATGTCTGTT--CTA--ATG----ACT----TGAA------ATT-CCGTCA-GAGA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---ACT--------A-----at
gi|16 : atgGA-AAT--G-------ATGCGCTTCATAAGG--------------------TA--------------------------TGGTGACGTCTCGGGGGTGACGT-G--AC----G----CGGTGCAG----TTCA-------CACACT----TAagaaatgatgcgcttcataaggtatggtgacgtctcgggggtgacgtgacgcggtgcagttcacacacttac
gi|17 : atgctggataaatatgaaatgtctgttctaatgacttgaaattccgtcagagatgaaagtagaatgtaaaactaa--------A-----TAA--TT-----TTCA-ATTTTGTAA---A----TACAG----CAGTTGATA-------TG---A--A-C--T-AC-----ACCACTT-CA-CGA-AGCGCATTTAG---CG-T-------------T----TTA---T--GTT----A------TACATGTA---------------------TA--------------------------TG----A----------CGGCAC-G--AA----G----CGTCACAG----TTCA-------TACCCA----TATGTA---TATGT----AA-TGAAATTTATc
gi|18 : CATATGAATCTTTATAA-ATATA--AT-ACGGCCATG--TTA--ATG----GCT----AGGAATAT--ATT-CCGATA-TAAA-TGAGAGTA--------------AA-A--TG----T-AAA---TATAAAAA---A-----TAA--AT-----TTCA-TTTATG-AA---A----TGTTT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--A-GC-----AACACT
gi|19 : atgtt----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-CATTAGT-----AATGCTT-CA-CGT-CA-GCAT---A---CA-G-------------------GA-AGC--GCA----AACATGCTGCATGAAG--------------------TA--------------------------CA----C----------AGGCAT-A--GA----GCTTACGTTATAG----GTCA-------TACCCT----CATGTA-------TCCAAAA-TCAAATTTATTTCT
gi|2 : tgGCGTATGAATACAGACAAGATATA--GT-CCGTCTATT--TTA--ATT----GCT----AAGA------ACT-CGGATG-GAA--TGAAAGTACACGTACACAAGTAGC-A--TG----T-AAA---TAT--------A-----AAA--ATCAGACTTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAT--GGTG-------TA---A--A-C--T-AA-----AATGCTT-CATTGG-TG-GAAT---A---AT-T-------------TTCA-TGA-AGT--GAT----AACGTGCTTCGTGAAGTGATAACGCGCTTCATGAACTA--------------------------TG----C----------TGGGGT-G--AG----G----AGGTGTAG----TTCA-------TACTCT----CATGTA---T-TTCCAAAAC-TG
gi|20 : aacGATAA-ATACA--AT-ATGTTTACT--TTC--ACA----GCT----GGGA------ATT-TCAACA-GAAA-AGAAATT-------------------------------A---TTT--------A-----TAA--AT-----TT-----------A---A----TACAT----GAG--ATAA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGCCT-CA-TGT-TG-GCAT---A---CC-T-------------TGTCATGA-AGT--GAT----AA-----TTCATGccgta
gi|21 : --------A-----TAA--AT-----TTCA-ATTCTAAAA---A----TACAC----GAC--AGCA-------TG---A--A-C--T-GC-----AAC------A-CAC-TG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-CG----------AA-GCTCT-----AAA--------------------TA--------------------------CG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGCCGCAG----TGCA-------TGCGCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-
gi|22 : tga---A----CATAT----AAG--GGAA-------TT---A--A-C--T-GC-----AACACTC-TA-CAC-CA-GTAT---A---TT-T----------------------------------------CTCCAGGAAAGT------------------TA--------------------------CG----C----------TGGTGT-G--AA----G----CATTGTTG----TTCA-------TTTTCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTA
gi|23 : ttacTTTGAAA---A----TACATATATGAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-TC-----TATTCTT-CG-CGC-CG-GTAT---A---CT-T-------------T----T----------T----A---------ATGAAA--------------------TA--------------------------TG----T----------TGCAGT-G--AA----A----CGTCGCAG----TT-----------------------TA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTAGTT
gi|24 : TGTA--GC-A-GTCT-----TTA--ATGTTATGCT----GGAA------AAC-CTGACA-GAGA-TGAAAGTACAGTA---------GA-T--TG----T-AAA---TAC--------AAGAAATAA--AT-----TTCG-GTTTTGAGA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----
gi|25 : CGTATGGATCTTGCTAA-ATATA--GT-ACGATTATT--TTA--ACG----GCT----TGG-------ATT-CTATAA-GAAA-TCAATGTA--------------AA-A--TGCATAT-AAAAAGAAC--------A-----TGAATAT-----TCCA-TTTTTTAAC---A----TA
gi|26 : TGCGCATGAATCTCGATTA-ATATA--TT-TCGTCAAAA--TTA--ACG----ACT----GGGA------ATT-ATGACA-AAAA-TGAAAGCA--------------GA-
gi|27 : ttcctcatgaatgcgatgctgttgtgaacaataGCGTTTGAATCTTGGTAA-ATATA--GT-ACGTTTATT--TTA--ACA----GCT----GAGA------ATT-CTGACA-AAAA-AGAAAGCA--------------CT-G--TT----T-TCA---GAA--------A-----TGA--AT-----TTCA-TCTTT-AAA---A----TA
gi|28 : ac-----TAA--AT-----TT-A-TTTTTAAAA---A----TACACAC--GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T--------------------------GCAT--------------------------------------GCT----GACACACTTCATGGAT--------------------T---------------------------TG----C----------TAGTGTTG--AA----G----CGT-GCAG----TTCA-------TACTGT----CATGT
gi|29 : aac----TACAT----TGG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTTAAA-CGC-TG---AT---A---CT-T-----------------------------------ACGCGCTTCATG------------------------A--------------------------TG----C----------TGGCCT-G--AA----G----C--CGC------TTCA-------TA-CCG----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGA
gi|3 : gGCGTATGAATCTTGCTGA-ATATA--GT-TCGTTTATT--TCA--ACA----GCTAAAAAAAA------ATT--CAACA-GAAA-CGACAGTA--------------GA-G--TG----T-AAA---TATAAGAA---A-----TTA--GT-----TTCT-TTTTTAAAA---A-------AG----AAA--AATA-------CA---A--A----T-GC-----AACATTT-CC-CGT-AG-ACAT---G---TT-T-------------TTCA-TGA-AGT--GTTTGCGTACGCGCCTCAAGCCG--------------------TA--------------------------TA----C----------CGGCGA-G--AA----G----CATCG-AA----T------------------------TA---T-TTATAAAAA-TGAAATTCATTTC
gi|30 : tgcACATGTTTCATGAAC--------------------TG--------------------------TG----C----------TGTCGT-A--AA----G----CGTTGTTT----TTCA-------TGCCTT----CATGTA---T-TTACAGAAA-TCAGATTTgccaat
gi|31 : gTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--TGTA-------TG---A--A-C--C-AC-----AGCGCTT-CA-TAC-CG-CCAT---A---CTGT-------------TCA--TGA-ATT--GCT----CATGCcgacttgaagcgatg
gi|32 : agtgttcatat-AGT--ATC----AACTTCCTTCATGAAG--------------------TG--------------------------TG----C----------TGGCGT-A--AACCCGG----CATTGCAG----T-----------------------GCA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|33 : CGCTTCATGGTG--------------------TA--------------------------TG----T----------TGGCGC-AGAAA----G----CATCGTAA----TCCA-------TGCTAT----CATACA---T-TTCCAAAAA-TGAATTTTATT
gi|34 : TTCATAAAGAG------------------TA--------------------------TG----C----------TGATGT-A--AA----G----CCTCCCAG----CTCA-------TACt
gi|35 : --GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGTTT-CA-CACATG-GCAT---G---AT-T-------------T----Ttgtgtacatgt
gi|36 : actt--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGTA--G--AA----G----TAACAAAG----TTCA-------TACCCT----CATATATGTT-TTTTAAAcatgattc
gi|37 : ATAAAACTTGATAA-CTATA--GT----TCTATT--GTA--ACA----GCT----GGGA------
gi|4 : TGCGTATGAATCTTAATCT-ACATG--G--------ATT--TCA--ACA----GCT----GGGA------AAT-CCAAAA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TG----T-ATA---CAT--------A-----TAA--AT-----TTCT-TTTTTGAAA---A----TGCAT----AGG--GTTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGCTT-CA-AAC-CA-GCAT---A---TT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACATGCTTCATGACA--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCAT-G--AA----G----CATAGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGAA---T-TTACAAAAA-TGAAATTTACTCCTT
gi|5 : TATGCATCTTAATAA-ATGT------------------TG--ACG----CCT----GAGA------ATT-CCGACA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--CA----T-GAA---TAC--------G-----GAA--AT-----T----------AAGCTCA----TACAT----GAG--GTTA-------TGATAA--A-C--T-GC-----AAGGCTT-CA-CAC-AA-GCAT---A---GT-T-------------TTCA-TGA-AGC--GCT----AATA----TTGTAAAG--------------------TA--------------------------TA----A----------TGGCGT-C--AA----C----TATCACGG----TCCA-------TATCGT----CATGTG---T-TTTCTAATA-
gi|6 : aCGTATGAATCTTGATAA-ATAAA--GT-ACGACTATT--GTA--ACG----GAA----GGGAGTATGTATT-TTGACA-GAAG-AGAAGATA--------------AA-A--TG----T-AAA---TATTATAAAAGA-----TGA--AT-----TTTG-TTTTCAAAA---A----TATGT----AAA--AGCA-------TG---ATCATC--A-GC-----AATGCTT-CA-CAT-CA-GCAT---A---CT-tga
gi|7 : AATCTTGATAA-ATACA--AC-ACGCCCATT--TTTT-AGG----ACT----CAGA------ATT-TCGGCA-GAAAGTGAA-GTG--------------AG-A--TG----T-AAA---T-T--------A-----AAA--A----------------GAAA---AGGTTCACATTC--ACA--GGTT-------TG---A--A-C--A-GC-----AACTCTA-CA-CAT-TT-GCAT---A---CA-C-------------T---------GT--GCT----AATGCTCTTCAGAAAG--------------------TA-----------------------------------------------------AA----G----CGGCGCA-----TTGA-------TATTCT----CATGCG---T-TTTCAGAAACTGAAAgtacactagctagcatacttttcataagctaacaccgatttt
gi|8 : aTA--------------GA-A--TG----T-AAA---TCT--------AA----TAA--AGGAAA-TTTA-TTTTTGAAA--------TACAT----GGG--AGTA-------TG---A--A-C--T-AC-----AACGCCT-CA-C------------------T-T-------------T----TCATGGTCCGCT----GACGCGCTGTGTGAAG--------------------TACAGGTCTATATGAATTAGTACCCGTATG----T----------TGTTGT-G--AG----G----TGTCGCTG----TTCA-------TATCCT----CATGTA---T-TTACAAAAA-TTAAATACATTTTT
gi|9 : CTTGATAA-AAATA--GT-ACGTCTATT--TCA--CCA----GCT----GGAG------ATTCCCAACG-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---TATAAGAG---A-----TAG--AT-----TTTA-TTTTTGAAA---A-----ACAT----GAA--GGTA-------TG---A--A-G--T-GC-----GA-----------C-CA-GCAT---A---CT-aaattga
blockSeqs : G . T AA TG TTAT AAAA GTATGT C A G CACGTACACAAGTA T AT CATA G TATTATAAAAG AGAAA AT CAGAC AGT TTT GGTT ATAT TT ATAGGAT ATA TC T AT A AATTT TG A T ACACG TTA TTT G TTCATGAAGTGTTTGCGTACGC GTACAGGTCTATATGAATTAGTACCCGTA GTGA GTCTCGGGGG T GA CCCG CTTA TTAA . T CACG TGT A C
blockSeqs : . . . . T . CA ATAT . . . CATGCAGAATCT . . . . CATTTAAGAA A . GAAA AT CTC . AC . . . . . . . . CA . . GAAGC . . . TGATGAAATGCTATAAACGC GTGATAACGCGCTTCATGAACTA . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CAGTA . . . . TATAAAAA . . . GT . . TC . . . . . . . . CA . . ACATG . . . TTCATGAAGTGATAACGT AGTTA . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TATAAGAA . . . AT . . . . . . . . . . . TG . . ACCT . . . TTCATGGTCCGCTGACGC GAGTA . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TATAAGAG . . . AT . . . . . . . . . . . CA . . GCCA . . . TCATGAATTGCTCATGC GTA . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAGAAC . . . AC . . . . . . . . . . . CA . . GCCT . . . TTCATGAAGCGCTAATA ATA . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TTTC . . . AA . . . . . . . . . . . TG . . GACA . . . TGTCATGAAGTGATAA GTA . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . . AT . . . . . . . . . . . TG . . GTCA . . . TTAAAATGCAAACAC GTA . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . GAC . . . AG . . . . . . . . . . . TG . . GGTG . . . TTGAAGTGCTAACAT ATA . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . AA . . . . . . . . . . . CA . . GTTG . . . GAAGCGCAAACAT ATA . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . GAA . . . GG . . . . . . . . . . . TT . . ACTG . . . TTCATGTCGGC GTA . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ACT . . . AT . . . . . . . . . . . CG . . ACCA . . . TGTGCTAATGC CTG . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . AT . . . . . . . . . . . CA . . GCCG . . . TTGACGAAGC GTG . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . AT . . . . . . . . . . . CG . . GCTG . . . TTTATGTTA GTA . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAC . . . TT . . . . . . . . . . . TG . . GTAG . . . GCTGACAC ATA . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . GAA . . . AG . . . . . . . . . . . TG . . ACCG . . . TTTA GTA . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . TT . . . . . . . . . . . GG . . ACCA . . . ACGC GTA . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAC . . . GT . . . . . . . . . . . TG . . ACAA . . . . TA . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TCT . . . AT . . . . . . . . . . . CT . . ATCA . . . TT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . AT . . . . . . . . . . . CG . . ATTT . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TT . . . . . . . . . . . . . . . C . . CCA . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** AT* TTGAAGTGCTAACGC************************ *******
originalCons : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATATA--GT-ACGTCTATT--TTA--ACG----GCT----GGGA------ATT-CCGACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
finalCons : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATATA--GT-ACGTCTATT--TTA--ACG----GCT----GGGA------ATT-CCGACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCAT-TTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-TTTGAAGTGCTAACGC------------------------GCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
Alignments
lowQualScore : 111111 22222222222222 22222222222222 444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 22 2 22 44 4444 7777 000000 2 2 2 44444444444444 1 22 4444 1 77777777777777 55555 22 77777 333 555 2222 7777 22 4444444 222 22 1 22 1 33333 22 1 1 555555 222 222 1 333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 7777777777 1 22 3333 3333 0 3333 5555555 1 3333 333 2 2
lowQualScore : . .. . .. .. .... .... ...... . . . .............. . .. .... . .............. ..... .. ..... ... ... .... .... .. ....... ... .. . .. . ..... .. . . ...... ... ... . ....................................... ................................................. .... .......... . .. .... .... . .... ....... . .... ... . .
lowQualScore : 1 88 0 88 88 2222 0000 000000 1 0 0 55555555555555 8 66 0000 9 11111111111111 66666 33 77777 666 222 9999 2222 00 6666666 555 00 4 11 5 88888 22 7 7 555555 999 999 7 000000000000000000000000000000000000000 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7777 6666666666 7 44 7777 7777 2 7777 7777777 2 9999 555 0 2
consensus : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATATA--GT-ACGTCTATT--TTA--ACG----GCT----GGGA------ATT-CCGACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
Reference ( family-180 ) : TGCGTATGAATCTTGATAA-ATATA--GT-ACGTCTATT--TTA--ACG----GCT----GGGA------ATT-CCGACA-GAAA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---NAT--------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTT-CA-CGC-CG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACGCGCTTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGTCGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|1 : GATAA-ATATATTAT-ATGTCTATT--TCA--AAG----GGT----GGGG------ATT-CCAAAA-GAAA-TTAAATTA--------------AA-T--TT----T-GAA---AAT--------A-----CAG--GT----------------------------ACAT----AAG--GGTA-------TA---A--A-C--T-GC-----AATGCTT-CA-CAC-TG-GCAT---A---CT-TGAATTTTCATGAAT----TAA-AGC--ACT----ACCATGCTTCATGAA
gi|1 : GAAA-AGAA-TAAAA--A--------------GATA--TC----T-AAG---AA---------A-----TAA--AT-----TTCA-TTTCTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTAATAGGATCA---A--A-C--T-GC-----AATGATT-CG-TAC-CT-GCAT---A---CT-G-------------TA---TGA-Atcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacagtatgcaggtacgaatcattgcagtttgatcctattaccctcatgtattttcagaaatgaaatttatttcttagatatctttttattcttttcatat
gi|1 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagAG--------------------TA--------------------------TG----C----------AGGTAC-G--AA----T----CATTGCAG----TTTGATCCTATTACCCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTATTTCTTatat
gi|10 : gataaatatattatatgtctatttcaaagggtggggattccaaaagaaattaaattaaattttgaaaatacaggtacataagggtataaactgcaatgcttcacactggcatacttgaattttcatgaattaaagcactaccatgcttcatgaatcccatttcagtttgatcaataatccctaacacacaagttcatacGCGTATGAATCTTAATAG-ATATA--GA-AAATCTATT--TCA--ACG----TCT----GTGA------ATT-CCGCCA-AAAA-TGAAAGTACATGCAGAATCT--AA-A--TG----T-GAA---AAA--------A-----TAA--AT-----TTCG-TATT--AAA---A-----ACAT----TAG--CGAA-------TG---A--A-C--T-G--------------CA-TGC-CA-GAAT---ATTTCT-C-------------T----TAA-AAT--GCA----AACACGCagatatctttttattcttttcatat
gi|11 : gcgcAATCCTGATAA-ATATA--GT-ACATCTATT--TTA--ACA----GCT----GGAA------ATT-TAAACA-GAAA-TTAAAGTA--------------GA-A--TG----T-GAA---CATTTAAGAA-A-----TAC--AT-----TTCA-TTCTGGAAA---A----TACAC----AAA--TTCA-------TG---A--A-
gi|11 : TTCATGAAG--------------------TA--------------------------TG----C----------TGATGT-A--AA----G----CATTGCAG----TTCA-------TACTCTCACGCATGTA---T-TTTgtatgctgatgtaaagcattgcagttcatactctcacgcatgtatttt
gi|12 : aatcctgataaatatagtacatctattttaacagctggaaatttaaacagaaattaaagtagaatgtgaacatttaagaaatacatttcattctggaaaatacacaaaGTA---------------A-A--TG----T-AA----GAC--------A-----TGA--AC-----TTCA-TTTTGGAAA---A----TACAC----GAG--ATCA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACACTT-CA-CACACG-GCCT---A---CT-T-------------T----TCA-TGTC-G---------GCGCTT---GAAA--------------------TA--------------------------TT----C----------AGGCGT-G--AC----G----TGTTGCAG----TTCA-------TACCCA----CATGTC---T-TTACAAATA-TGACGTTTATTTCTT
gi|13 : atcTGCCTATAAATCATCTTAA-ATATA--GTTACGTCTATT--CTG--ACA----GCCCA--GGGA------AT--ACGGCAAGAAA-TGAAAG-A--------------AA-G--TA----TGAAA---AAT--------A------AA--AT-----TTCAGTGTTTGAAA---A----TCTGC----GAG--GTCA-------TG---A--A-C--G-GC-----AACACTT-CA-CGC-CT-GCCT---A---CC-T-------------C----Ta
gi|14 : ggatgTGCAGATGAATCTTGATAA-ATATA--GC-ACATCTATTAATTATGATA----TCT----GGAC------ATT-TTGACA-GAAA-TGAAATTA--------------GA-AATTG----T-AAA---TTTC-------A-----TAA--AT-----TTC-----TTAAAATTTA----TAT-T----AAG--GGAA-------TG---A--A-cataa
gi|15 : gcctttgataaacaatgAA---GAA--------A-----TAA--AT-----TTCA-CTGTTGAAA---A----TACAT----GAG--GGTA-------AG---A--A-C--T-GCAATTTAATGATT-CA-TGA-CA-AAA----A---CT-T-------------TGA--TGA-AAT--GCTATA-AACGCGCATC---------------------------A--------------------------TG----C------------GTGT-G--AC----A----CATCACAGTTAATTCA-------TACACT----CATGTA---G-TTTCAAAAC-TGtgacagcatactaacgca
gi|16 : CTGGATAA-ATATG--AA-ATGTCTGTT--CTA--ATG----ACT----TGAA------ATT-CCGTCA-GAGA-TGAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---ACT--------A-----at
gi|16 : atgGA-AAT--G-------ATGCGCTTCATAAGG--------------------TA--------------------------TGGTGACGTCTCGGGGGTGACGT-G--AC----G----CGGTGCAG----TTCA-------CACACT----TAagaaatgatgcgcttcataaggtatggtgacgtctcgggggtgacgtgacgcggtgcagttcacacacttac
gi|17 : atgctggataaatatgaaatgtctgttctaatgacttgaaattccgtcagagatgaaagtagaatgtaaaactaa--------A-----TAA--TT-----TTCA-ATTTTGTAA---A----TACAG----CAGTTGATA-------TG---A--A-C--T-AC-----ACCACTT-CA-CGA-AGCGCATTTAG---CG-T-------------T----TTA---T--GTT----A------TACATGTA---------------------TA--------------------------TG----A----------CGGCAC-G--AA----G----CGTCACAG----TTCA-------TACCCA----TATGTA---TATGT----AA-TGAAATTTATc
gi|18 : CATATGAATCTTTATAA-ATATA--AT-ACGGCCATG--TTA--ATG----GCT----AGGAATAT--ATT-CCGATA-TAAA-TGAGAGTA--------------AA-A--TG----T-AAA---TATAAAAA---A-----TAA--AT-----TTCA-TTTATG-AA---A----TGTTT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--A-GC-----AACACT
gi|19 : atgtt----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-CATTAGT-----AATGCTT-CA-CGT-CA-GCAT---A---CA-G-------------------GA-AGC--GCA----AACATGCTGCATGAAG--------------------TA--------------------------CA----C----------AGGCAT-A--GA----GCTTACGTTATAG----GTCA-------TACCCT----CATGTA-------TCCAAAA-TCAAATTTATTTCT
gi|2 : tgGCGTATGAATACAGACAAGATATA--GT-CCGTCTATT--TTA--ATT----GCT----AAGA------ACT-CGGATG-GAA--TGAAAGTACACGTACACAAGTAGC-A--TG----T-AAA---TAT--------A-----AAA--ATCAGACTTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAT--GGTG-------TA---A--A-C--T-AA-----AATGCTT-CATTGG-TG-GAAT---A---AT-T-------------TTCA-TGA-AGT--GAT----AACGTGCTTCGTGAAGTGATAACGCGCTTCATGAACTA--------------------------TG----C----------TGGGGT-G--AG----G----AGGTGTAG----TTCA-------TACTCT----CATGTA---T-TTCCAAAAC-TG
gi|20 : aacGATAA-ATACA--AT-ATGTTTACT--TTC--ACA----GCT----GGGA------ATT-TCAACA-GAAA-AGAAATT-------------------------------A---TTT--------A-----TAA--AT-----TT-----------A---A----TACAT----GAG--ATAA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGCCT-CA-TGT-TG-GCAT---A---CC-T-------------TGTCATGA-AGT--GAT----AA-----TTCATGccgta
gi|21 : --------A-----TAA--AT-----TTCA-ATTCTAAAA---A----TACAC----GAC--AGCA-------TG---A--A-C--T-GC-----AAC------A-CAC-TG-GCAT---A---CT-T-------------T----TGA-CG----------AA-GCTCT-----AAA--------------------TA--------------------------CG----C----------TGGCGT-G--AA----G----CGCCGCAG----TGCA-------TGCGCT----CATGTA---T-TTTCAAAAA-
gi|22 : tga---A----CATAT----AAG--GGAA-------TT---A--A-C--T-GC-----AACACTC-TA-CAC-CA-GTAT---A---TT-T----------------------------------------CTCCAGGAAAGT------------------TA--------------------------CG----C----------TGGTGT-G--AA----G----CATTGTTG----TTCA-------TTTTCT----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGAAATTTA
gi|23 : ttacTTTGAAA---A----TACATATATGAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-TC-----TATTCTT-CG-CGC-CG-GTAT---A---CT-T-------------T----T----------T----A---------ATGAAA--------------------TA--------------------------TG----T----------TGCAGT-G--AA----A----CGTCGCAG----TT-----------------------TA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTAGTT
gi|24 : TGTA--GC-A-GTCT-----TTA--ATGTTATGCT----GGAA------AAC-CTGACA-GAGA-TGAAAGTACAGTA---------GA-T--TG----T-AAA---TAC--------AAGAAATAA--AT-----TTCG-GTTTTGAGA---A----TACAT----GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----
gi|25 : CGTATGGATCTTGCTAA-ATATA--GT-ACGATTATT--TTA--ACG----GCT----TGG-------ATT-CTATAA-GAAA-TCAATGTA--------------AA-A--TGCATAT-AAAAAGAAC--------A-----TGAATAT-----TCCA-TTTTTTAAC---A----TA
gi|26 : TGCGCATGAATCTCGATTA-ATATA--TT-TCGTCAAAA--TTA--ACG----ACT----GGGA------ATT-ATGACA-AAAA-TGAAAGCA--------------GA-
gi|27 : ttcctcatgaatgcgatgctgttgtgaacaataGCGTTTGAATCTTGGTAA-ATATA--GT-ACGTTTATT--TTA--ACA----GCT----GAGA------ATT-CTGACA-AAAA-AGAAAGCA--------------CT-G--TT----T-TCA---GAA--------A-----TGA--AT-----TTCA-TCTTT-AAA---A----TA
gi|28 : ac-----TAA--AT-----TT-A-TTTTTAAAA---A----TACACAC--GAG--GGTA-------TG---A--A-C--T--------------------------GCAT--------------------------------------GCT----GACACACTTCATGGAT--------------------T---------------------------TG----C----------TAGTGTTG--AA----G----CGT-GCAG----TTCA-------TACTGT----CATGT
gi|29 : aac----TACAT----TGG--GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AACGCTTAAA-CGC-TG---AT---A---CT-T-----------------------------------ACGCGCTTCATG------------------------A--------------------------TG----C----------TGGCCT-G--AA----G----C--CGC------TTCA-------TA-CCG----CATGTA---T-TTTCAGAAA-TGA
gi|3 : gGCGTATGAATCTTGCTGA-ATATA--GT-TCGTTTATT--TCA--ACA----GCTAAAAAAAA------ATT--CAACA-GAAA-CGACAGTA--------------GA-G--TG----T-AAA---TATAAGAA---A-----TTA--GT-----TTCT-TTTTTAAAA---A-------AG----AAA--AATA-------CA---A--A----T-GC-----AACATTT-CC-CGT-AG-ACAT---G---TT-T-------------TTCA-TGA-AGT--GTTTGCGTACGCGCCTCAAGCCG--------------------TA--------------------------TA----C----------CGGCGA-G--AA----G----CATCG-AA----T------------------------TA---T-TTATAAAAA-TGAAATTCATTTC
gi|30 : tgcACATGTTTCATGAAC--------------------TG--------------------------TG----C----------TGTCGT-A--AA----G----CGTTGTTT----TTCA-------TGCCTT----CATGTA---T-TTACAGAAA-TCAGATTTgccaat
gi|31 : gTCA-GTTTTGAAA---A----TACAT----GAG--TGTA-------TG---A--A-C--C-AC-----AGCGCTT-CA-TAC-CG-CCAT---A---CTGT-------------TCA--TGA-ATT--GCT----CATGCcgacttgaagcgatg
gi|32 : agtgttcatat-AGT--ATC----AACTTCCTTCATGAAG--------------------TG--------------------------TG----C----------TGGCGT-A--AACCCGG----CATTGCAG----T-----------------------GCA---T-TTTCAAAAA-TGAAATTTATTTCTT
gi|33 : CGCTTCATGGTG--------------------TA--------------------------TG----T----------TGGCGC-AGAAA----G----CATCGTAA----TCCA-------TGCTAT----CATACA---T-TTCCAAAAA-TGAATTTTATT
gi|34 : TTCATAAAGAG------------------TA--------------------------TG----C----------TGATGT-A--AA----G----CCTCCCAG----CTCA-------TACt
gi|35 : --GGTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGTTT-CA-CACATG-GCAT---G---AT-T-------------T----Ttgtgtacatgt
gi|36 : actt--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGTA--G--AA----G----TAACAAAG----TTCA-------TACCCT----CATATATGTT-TTTTAAAcatgattc
gi|37 : ATAAAACTTGATAA-CTATA--GT----TCTATT--GTA--ACA----GCT----GGGA------
gi|4 : TGCGTATGAATCTTAATCT-ACATG--G--------ATT--TCA--ACA----GCT----GGGA------AAT-CCAAAA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TG----T-ATA---CAT--------A-----TAA--AT-----TTCT-TTTTTGAAA---A----TGCAT----AGG--GTTA-------TG---A--A-C--T-GC-----AATGCTT-CA-AAC-CA-GCAT---A---TT-T-------------T----TGA-AGT--GCT----AACATGCTTCATGACA--------------------TA--------------------------TG----C----------TGGCAT-G--AA----G----CATAGCAG----TTCA-------TACCCT----CATGAA---T-TTACAAAAA-TGAAATTTACTCCTT
gi|5 : TATGCATCTTAATAA-ATGT------------------TG--ACG----CCT----GAGA------ATT-CCGACA-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--CA----T-GAA---TAC--------G-----GAA--AT-----T----------AAGCTCA----TACAT----GAG--GTTA-------TGATAA--A-C--T-GC-----AAGGCTT-CA-CAC-AA-GCAT---A---GT-T-------------TTCA-TGA-AGC--GCT----AATA----TTGTAAAG--------------------TA--------------------------TA----A----------TGGCGT-C--AA----C----TATCACGG----TCCA-------TATCGT----CATGTG---T-TTTCTAATA-
gi|6 : aCGTATGAATCTTGATAA-ATAAA--GT-ACGACTATT--GTA--ACG----GAA----GGGAGTATGTATT-TTGACA-GAAG-AGAAGATA--------------AA-A--TG----T-AAA---TATTATAAAAGA-----TGA--AT-----TTTG-TTTTCAAAA---A----TATGT----AAA--AGCA-------TG---ATCATC--A-GC-----AATGCTT-CA-CAT-CA-GCAT---A---CT-tga
gi|7 : AATCTTGATAA-ATACA--AC-ACGCCCATT--TTTT-AGG----ACT----CAGA------ATT-TCGGCA-GAAAGTGAA-GTG--------------AG-A--TG----T-AAA---T-T--------A-----AAA--A----------------GAAA---AGGTTCACATTC--ACA--GGTT-------TG---A--A-C--A-GC-----AACTCTA-CA-CAT-TT-GCAT---A---CA-C-------------T---------GT--GCT----AATGCTCTTCAGAAAG--------------------TA-----------------------------------------------------AA----G----CGGCGCA-----TTGA-------TATTCT----CATGCG---T-TTTCAGAAACTGAAAgtacactagctagcatacttttcataagctaacaccgatttt
gi|8 : aTA--------------GA-A--TG----T-AAA---TCT--------AA----TAA--AGGAAA-TTTA-TTTTTGAAA--------TACAT----GGG--AGTA-------TG---A--A-C--T-AC-----AACGCCT-CA-C------------------T-T-------------T----TCATGGTCCGCT----GACGCGCTGTGTGAAG--------------------TACAGGTCTATATGAATTAGTACCCGTATG----T----------TGTTGT-G--AG----G----TGTCGCTG----TTCA-------TATCCT----CATGTA---T-TTACAAAAA-TTAAATACATTTTT
gi|9 : CTTGATAA-AAATA--GT-ACGTCTATT--TCA--CCA----GCT----GGAG------ATTCCCAACG-GAAA-TAAAAGTA--------------GA-A--TG----T-AAA---TATAAGAG---A-----TAG--AT-----TTTA-TTTTTGAAA---A-----ACAT----GAA--GGTA-------TG---A--A-G--T-GC-----GA-----------C-CA-GCAT---A---CT-aaattga