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lowQualScore                  :                  ...  ..    ...   ....  . . ... ..  .......  ..       .  .  .     .  .   
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Reference ( gi|5 )            :      ATACCCCCGCTC--TGA--AGGA---GAG----GGAG-G---T--AT-------AC--TGTTTTA-CCGCT-GTCCG-TCATTC
gi|2                          :      ATATCCCCGCTC--CGA--AGGA---GAG----TG-G-G---T--AT-------AC--TGCTTTA-CCCCT-GTCCG-TC
gi|15                         :      ATATCCCCGCTC--CGA--AGGA---GAG----GGGG-G---T--AT-------AT--TGTTTTA-CCcatccattcgt
gi|10                         :     tATACCCCCGCTC--CGA--AGGA---GGGGGGTGGGG-G---T--AT-------AC--TGTTTTA-ACCCT-GTCttaccccttt
gi|3                          :     tATACCCCTGCTC--TGA--GGAA---GAG----G--G-G---T--ATTAC----AC--TGTTTTA-CCCCT-GTCCA-TCTTT
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gi|1                          :      ATGTCCCCGCCC--CGA--ATAA---GAG----GGAG-G---T--ACCGTGTACAC--TGTTTTA-CCCCT-GTCTG-TCGTT
gi|20                         :      ATACCCCTACTC--TGA--AGGA---GAG----GG-G-G---T--AT-------GC--TGTTATA-T--TT-GTCCT-TCgc
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gi|19                         :      ATACCCCC--TC--CAA--AGAA---GGG----GG---G---T--AT-------TC--TGTTTTA-CCCCT-ATTCG-CC
gi|4                          :     tATACCCA-GCTC---GA--AGGG---CAG----GG-------T--AT-------AC--TGTTTTA-CCTCGAGTCCG-TC
gi|6                          :    ttATACCCC-ATTC--TGA--AGGG---GAG----AG-G-G---T--AT-------TA--TGTTTAG-CCA-T-GTCCG-CCCTTCccgtggcg
gi|11                         :      tTACCCCCGCTC--CGA--AGGA---GAA----GGGG-G---T--AT-------AC--TGTTTTA-CCCCT-ATCCG-TCAcg
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gi|8                          :        ACCCCTGCTC--CGA--AGGA---GAG----GG-G-G---TACAT-------AC--TGTTTTA-CCCCT-GTCCA-TCtgggggta
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gi|9                          :         gCCCCGCTC--CGA--AGGA---GAG----GG-G-G---T--A--------ACGGTGTTTTA-CCCCT-GTCCGTTCA
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gi|12                         : tatatccctgCCCGCTC--CGA--AGGA---GAG----GGGGAG---T--AT-------AA--TGTTTTG-CCCCT-TTCCA-TCtt
gi|22                         :       aattCCCTCTC--CGA--AGGA---G-G----GGA------T--AT-------AC--TGTTTTA-CCTCT-ATCCT-TCc
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATGCCCCCGCCATTAAAAATGGCCGGGGGCATATAGTGTTACCCTGTT
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lowQualScore                  :                    ..... ..      .. ... ......   .... .  .  .......  ..   .    .     .       .   
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Reference ( family-131 )      :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTCNTTC
gi|1                          :         ATGTCCCCGCC-----C--CGAATA--A---GAG----GGA----G-GT-ACCGTGTACAC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCTGTCGTT
gi|10                         :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GGG----GGGTGGGG-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-ACCCT-GTCgc
gi|11                         :         tTACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAA----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-ATCCGTCA
gi|12                         :              CCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----GAGT-AT-------AA--TGT-TTTG-CCCCT-TTCCATC
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gi|17                         :                                                      g-GT-AT-------AA--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCGT
gi|18                         :          TACCCCCACT-----C--TGAAGG--AGGGGGG----GGG----G-GT-AT-------AC--TG--TTTA-CCCCT-GTCCttgtccctctgtctgtccttccgtcc
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gi|2                          :        tATATCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----TGG----G--T-AT-------AC--TGC-TTTA-CCCCT-GTCCGTCCATC
gi|20                         :         ATACCCCTACT-----C--TGAAGG--A---GA-----GGG----G-GT-AT-------GC--TGT-TATA---TTT-GTCCTTCcattcgt
gi|22                         :              CCCTCT-----C--CGAAGG--A---G-------GG----G-AT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCTCT-ATCCTTC
gi|23                         :         ATACCTCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTcgt
gi|25                         :          TACCCCTGCT-----C--TGAAGG--A---GGGGGATGGG----G-GT-A
gi|3                          :         ATACCCCTGCT-----C--TGAGGA--A---GAG----GGG----T-ATTAC-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCATCTTT
gi|4                          :       ttATACCCA-GCT-----C---GAAGG--------G----CAG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCTCGAGTCCGTC
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gi|6                          :         ATACCCC-ATT-----C--TGAAGGGGA---GAG----GG-----------T-------AT--TATGTTTA-GCCAT-GTCCGCCCTTC
gi|7                          :            tCTCCGCT-----C--CGAAGA--A---GGGTG--AGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-cg
gi|8                          : tatatccctgACCCCTGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----GTAC-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCATCtt
gi|9                          :             CCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GA-----GGG----G-GT-A--------ACGGTGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTcgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATGCCCCCGCCATTAAAAATGGCCGGGGGCATATAGTGTTACCCTGTT
Unaligned ( gi|24 ): TGAAACAATCTACAAGGGAAAAAATATTGTTTA






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lowQualScore                  :                    ..... ..      .. ... ......   .... .  .  .......  ..   .    .     .       .   
lowQualScore                  :                    55555 55      55 222 888888   0000 5  7  9999999  55   8    9     0       0   
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Reference ( family-131 )      :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTCNTTC
gi|1                          :         ATGTCCCCGCC-----C--CGAATA--A---GAG----GGA----G-GT-ACCGTGTACAC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCTGTCGTT
gi|10                         :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GGG----GGGTGGGG-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-ACCCT-GTCgc
gi|11                         :         tTACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAA----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-ATCCGTCA
gi|12                         :              CCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----GAGT-AT-------AA--TGT-TTTG-CCCCT-TTCCATC
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gi|14                         :          TGCCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GGG----GGGGGG-G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCTCT-GGCCG
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gi|17                         :                                                      g-GT-AT-------AA--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCGT
gi|18                         :          TACCCCCACT-----C--TGAAGG--AGGGGGG----GGG----G-GT-AT-------AC--TG--TTTA-CCCCT-GTCCttgtccctctgtctgtccttccgtcc
gi|19                         :         ATACCCCC--T-----C--CAAAGA--A---G------GGG----G-GT-AT-------TC--TGT-TTTA-CCCCT-ATTCGCC
gi|2                          :        tATATCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----TGG----G--T-AT-------AC--TGC-TTTA-CCCCT-GTCCGTCCATC
gi|20                         :         ATACCCCTACT-----C--TGAAGG--A---GA-----GGG----G-GT-AT-------GC--TGT-TATA---TTT-GTCCTTCcattcgt
gi|22                         :              CCCTCT-----C--CGAAGG--A---G-------GG----G-AT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCTCT-ATCCTTC
gi|23                         :         ATACCTCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTcgt
gi|25                         :          TACCCCTGCT-----C--TGAAGG--A---GGGGGATGGG----G-GT-A
gi|3                          :         ATACCCCTGCT-----C--TGAGGA--A---GAG----GGG----T-ATTAC-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCATCTTT
gi|4                          :       ttATACCCA-GCT-----C---GAAGG--------G----CAG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCTCGAGTCCGTC
gi|5                          :       ttATACCCCCGCT-----C--TGAAGG--A---GAG----GGA----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCGCT-GTCCGTCATTCccgtggcg
gi|6                          :         ATACCCC-ATT-----C--TGAAGGGGA---GAG----GG-----------T-------AT--TATGTTTA-GCCAT-GTCCGCCCTTC
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gi|8                          : tatatccctgACCCCTGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----GTAC-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCATCtt
gi|9                          :             CCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GA-----GGG----G-GT-A--------ACGGTGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTcgt


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blockSeqs                     :                    .     .       .  .   GG       .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   AG       .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   GG       .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   AG       .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   AG       .    .  .  .        .    .    .     .        
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blockSeqs                     :                    .     .       .  .   AG       .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   AG       .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   AG       .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   A        .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   G        .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   A        .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   .        .    .  .  .        .    .    .     .        
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   .        .    .  .  .        .    .    .              
blockSeqs                     :                    .     .       .  .   .        .    .  .  .        .    .                   
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blockSeqCons                  :                                                             *******
originalCons                  :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTCNTTC
finalCons                     :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTCNTTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATGCCCCCGCCATTAAAAATGGCCGGGGGCATATAGTGTTACCCTGTT
Unaligned ( gi|24 ): TGAAACAATCTACAAGGGAAAAAATATTGTTTA






Alignments
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lowQualScore                  :                    ..... ..      .. ... ......   .... .  .  .......  ..   .    .     .       .   
lowQualScore                  :                    55555 55      55 222 888888   0000 5  7  9999999  55   8    9     0       0   
consensus                     :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTCNTTC
Reference ( family-131 )      :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTCNTTC
gi|1                          :         ATGTCCCCGCC-----C--CGAATA--A---GAG----GGA----G-GT-ACCGTGTACAC--TGT-TTTA-CCCCT-GTCTGTCGTT
gi|10                         :         ATACCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GGG----GGGTGGGG-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-ACCCT-GTCgc
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gi|12                         :              CCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----GGG----GAGT-AT-------AA--TGT-TTTG-CCCCT-TTCCATC
gi|13                         :     aattATACTGCTGCT-----CAACGAAGG--G---GGG----GAG----G-GG-AT-------AC--TGT-TTTACCCCCT-GTCCGc
gi|14                         :          TGCCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GGG----GGGGGG-G-GT-AT-------AC--TGT-TTTA-CCTCT-GGCCG
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gi|18                         :          TACCCCCACT-----C--TGAAGG--AGGGGGG----GGG----G-GT-AT-------AC--TG--TTTA-CCCCT-GTCCttgtccctctgtctgtccttccgtcc
gi|19                         :         ATACCCCC--T-----C--CAAAGA--A---G------GGG----G-GT-AT-------TC--TGT-TTTA-CCCCT-ATTCGCC
gi|2                          :        tATATCCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GAG----TGG----G--T-AT-------AC--TGC-TTTA-CCCCT-GTCCGTCCATC
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gi|9                          :             CCCCGCT-----C--CGAAGG--A---GA-----GGG----G-GT-A--------ACGGTGT-TTTA-CCCCT-GTCCGTcgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATGCCCCCGCCATTAAAAATGGCCGGGGGCATATAGTGTTACCCTGTT
Unaligned ( gi|24 ): TGAAACAATCTACAAGGGAAAAAATATTGTTTA