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consensus                     :        CAGTAAAGCACGCTTATA-GCGAAGTGCTGGGGA---CG----AACAA-TTTTGATT-C-GTT---A-T------NAA-C---A--T-------TTGTTA-T-TA---TATCCAATA----AGTTCA------T-A--A-----T-AT-----G-TTTTAAAACTAC-A-GGGAA----TGAA-A--A-TCA---C--T--TC--G-C---TGTA---AGC-A----T-TAG-A-TTCATTAT----AAGCGTGTTCGCTGTAACCGT---GTTTTACTG
Reference ( gi|2 )            :        CAGCAAAACACACTTATA-ATGAAGTGCCGAGAG---TG----AACAA-TTTTGATT-T-GTT---A-T------CAA-C---A--T-------TTGTTACTGTA---CACCCAATA----ACTTCA------C-A--A-----C-AT-----G-TTGTAAAACTAC-T-GAGAA----TGAA-A--A-TCA---C--T--TT--G-C---TATG---AGC-A----T-TAG-A-TTCATTAT----CAGTGTGTTAGCTGTAACCAT---GATTTACTG
gi|3                          :        CAGTAGAACACGCTTATA-GTGAAGTGCTGGGGA---TG----AAGAA-GTTTACTT-T-GCTGTAA-T------AAG-C---A--T-------AATTCAT--TA---TATCCAGTA----AGTTCAATATATT-A--A-----T-AT-----G-TTTGAAAACTAC-A-GGGAG----T---------TCA---C--T--GT--ATC---TGTGTCTAACTG----T-AAGAA-TTCATTAT----AAGTGTGTTA-CTGT
gi|10                         :      taCAGTAAGGCATGCTTATA-GTGAAGTGTGGGAAA---TG----AACAG-TGTTGATG-C-ATT---A-T------AAA-CTTAA--T-------TTGTTAT--------ATCCAGTATTAAAGTTTA------TTATTA-----T-AT-----A-TTTTAATACTAC-A-GGGGA----TCAA-A--A-TGA---C--T--TT--G-C---TGTA---AG
gi|16                         :      taCAGTGAAGCACCCTTATA-GTGAAGTGCTGGGGA---TT----AAAGA-TTTTGATT-T-GCT---A-T------GAA-C---A--TAATTTAATTGTTA-TATC---CAGTCAATAT---ACT--------------------C-AT-----G-TTGTtgtgaatt
gi|8                          :      caCAGTAAAGCACATTTATA-GGGATGTAC---------------AATAA-ATGTAATT-C-ATT---A-T----------------------------------------ATCCAGTA----AGTTCA------T-G--A-----T-AT-----G-TTTTAAAACTAA-TAGGAAA----TGAA-A--C-TCA---C--C--TC--G-C---TGTA---AGT-G------TAA-A-TCCATAAT----AAACATGCTCACTGTAATTGT---GTTTTACTGt
gi|5                          :     ttaCAATAGAACATGCTTAAA-GCAGAGTGCTGGGGA---TG----AACAG-TTT-GGTT-T-GTT-----T------AAAGC---A--C-------TTTTTGTTCTA---TA---AGTA----AGTT-A------T-T--A-----T-AT-----G-TATCAAAACTAC-A-GGGGA----TGAA-A--A-ACA---C--T--T------------------C-A----T-TGT-A-ATCTTTAT----AATTGTGTTTGCTGTAATTTTCTGGTTTTACTGtattaattaatt
gi|14                         :      taCAGTAAAATACACTTATA-GCCA--TGCGAAGGGGA-CA----AACAA-TTTTGATTAC-G-T---A-C------TAA-A---A--G-------TAATT-CTTTA---CACCCAATAAG--AGTTAAT-----C-A--T-----C-TT-----G-CTGTAAGAGTA
gi|7                          : gtacacgtaGTAAAGCACGCTCATA-GCGAAGTGCTGGGGA---CA----AAGAA-TTATGATC-C-ATT---C-T------TAA-TGAAA--T-------TTGTTA---TA-----------A----ATTTT------------------T-AT-----G-TTTTAAAACTTC-A-GGGAA----TGTA-A--A-TGA---C--T--TT--G------ATG---TAC-A----TATGA-A-TTCATTAT----TGGTGTGTTTGGTAGAACTGT---ATTTTACT
gi|4                          :       ataccAAAACATACTTATACATGTAG--CTAAGCGATATGGAAAAACAA-TTTTGATT-C-GTT---------------------------------------GTA---TATTCAGT--------TCA------T-A--A-----TTGT-----G-TTTTAAGACAAC----AGAA----TGAA-A--A-TCA---C--T--TC--A-CTTATATA---AGC-A------CAC-A-TTCATTAT----TAGCTAGTTCACTGTATCTGT---G-TTTA
gi|1                          :     tgtacgcaaAACATACTTACA--T--AGTGCAGGGGA---CC----AACCA-TTTTGATT-C-ATT---G-T------GAA-TGTAA--T-------TTG---CGGT-------CCAA-----------A------C-A--A--------------G-TTCTAGA-CTAT-A-GGGAA----TGAA-TTTA-TTA---CAGTAACT--G-C---TTTA---AGC-A----T-GA--A-CTCATTATGAATTAATGTGTTTGCTGTAACTGT---G-TTTACacag
gi|6                          : ctataacagtatatcatgcttatTA-GTGAAG-ACTGAGAAA--CA----AACAAATTCTGGTT-C-GTT---AAT------AAA-C---AAAT-------TGGTTAT--------ATCCAAT----------------------------C-A--------------AACTGC-A-GTGAC----TGAG-A--A-TCA---C--T--TC--A-C---TGTC---A---A----TGTGA-A-TTAATGAT----CAGCATGTTCACTGTAGCCAT---GTCTTAC
gi|9                          :                            TAAAGTGCTGGCAA---CA----AACAA-TTTTCATT-TCATT---A-T------AAA-C---A--TGAG----TTGTTAATTTA---T--CCAATA----ATTT-A------T-G--A-----TTAG-----A-TT-TAAAACTAA---GGGAA----TAANGA--A-TAAACTC--T--TCTCG-T---TGTA---AGC-A----T-GA--A-TTCATTGT----ATGTGTGTTCATTATAACCCT---GTTTTACTGagaactccaaatcacaaaatggtatatt
gi|11                         :                              AAATGCTGGGAA---GG----AACAA-TTTGGATT-C-ATT---A-TATAAAGCAC-A---A--T-------TTGT-----TA---TATCCAATA----AGTCCA------T-A--AATATTA-AT-----GATTG-AAAACTAC-A-GGGAA----TGAC-A--A-TCA---C--tt
gi|15                         :                 tgctgtatacagtAAATGCTGGGAA---GG----AACAA-TTTGGATT-C-ATT---A-TATAAAGCAC-A---A--T-------TTGTTA-TAT------CCAAATA----AGTCCT------A-A--A-----T-ATTAATGA-TTG-AAAACTAC-A-GGGAA----TGAgtgtggaatccttgttgt
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                               t-A-TTCGCTAC----AAGTGTGTCCACTGTAACTGT---GTTTTACTGtaaatactccacatctggatacaaaaatgataatt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTACAGTGAAATGCCAGGAACAACCTATTTTGCTTCGTAATAGACATAATTCATTATATTCATTCAA






Alignments
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consensus                     :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T---A-T---A---AA-C---A---T---TT--GTTATTATAT--CC-AAT----AAGTTC---A------TA--A----T-----A-TGTTTTAAAACT-ACAGGG-AATGAA--------AATCA---CT---TC--------GCT---GTAAGCGT-TAGA-TTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
Reference ( family-115 )      :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T---A-T---N---AA-C---A---T---TT--GTTATTATAT--CC-AAT----AAGTTC---A------TA--A----T-----A-TGTTTTAAAACT-ACAGGG-AATGAA--------AATCA---CT---TC--------GCT---GTAAGCAT-TAGA-TTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
gi|1                          :                  CAGTATATCATGCTTATA------ACATACTTACATAGTGCAGGGGA-CCAACCA-TTTTGATT-CAT--T---G-T---G---AA--------------T--GTAATT---T--GC-G--------GTCC---A-------A--A----C-----A-AGTTCTAGA-CT-ATAGGG-AATGAATTTATTACAGTAA---CT-------------GCT---TTAAGCAT-GA-A-CTCATTATGAATTAATGTGTTTGCTGTAA----CTGTGTTT
gi|10                         :            ctataaCAGTAAGGCATGCTTATA------GTG-------A-AGTGTGGGAAA-TGAACAG-TGTTGATG-CAT--T---A-T---A---AA-CTTAA---T---TT--GTTAT---AT--CC-AGTATTAAAGTTT---AT-----TATTA----T-----A-TATTTTAATACT-ACAGGG-GATCAA--------AATGA---CT---TT--------GCT---GTAAGac
gi|11                         :                                           ta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T---A-T---ATAAAG-C---ACAAT---TT--GTTAT---AT--CC-AAT----AAGTCC---A------TA--AATATT-----AATGATTGAAAACT-ACAGGG-AATGAC--------AATCA---Ctgtgaatt
gi|12                         :                                                       tgctgtatacagtAACAA-TTGTGATT-TAT--T---T-T---A---AA-T---G---T---AA--CTTAATTTAT--CC-AAT----AAGTAT---A------TG--A----T-----G-TAATTTAAAAC------------------------ATCA---CT---CC--------ATA---GTACGTGT-T-GA-TTCGTTATAGGC----GTATTCACTGTAA----CAGTGCTTTACTGgtgtggaatccttgttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                      taAA--------AATCA---CT---TC--------ACT---GTATGCA---AGAATTCATTATAAGC----ATGTTCTCCATAA----CCATGCTTAACTGt
gi|14                         : ttactggaaaaaattgaCAGTAAAATACACTTATA------GCC-------A-TGCGAAGGGGA-CAAACAA-TTTTGATTACGTACT---A-A---A---AG-T---A---A---TT--CT--TTACAC--CC-AAT----AAGtaaatactccacatctggatacaaaaatgataatt
gi|15                         :                                    gtacacgta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T---A-TATAA---AG-CACAA---T---TT--G---TTATAT--CCAAAT----AAGTCCTAAA------TA--T----TA----A-TGATTGAAAACT-ACAGGG-AATGAagttaatcatcttgctgtaagagta
gi|16                         :           atacagtCAGTGAAGCACCCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TTAAAGA-TTTTGATT-TGC--T---A-T---G---AA-C---A---TAA-TTTAATTGTTATAT--CC-AGT----CAAT-----A------TA--C----TC----A-TGTTca
gi|17                         :                             caTTACA------GTG-------A-AATGCCAGGAA-CAACCTA-TTTTGCTT-CGT--A---A-T---A---GA-C---A---T---AA--TTCATTATAT--TC-Agtt
gi|18                         :                                                                                                                                                  TTC---A------TT--A----TCTATGA-TGTTTTAATACT-ACAGGGGAATGAA--------CATTA---CT---TT--------GCT---CTAAGttcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                           a---GTAAGTGT-GA-A-TTCGCTACAAGT----GTGTCCACTGTAA----CTGTGTTTTACTGtgtgaatt
gi|2                          :                  CAGCAAAACACACTTATA------ATG-------A-AGTGCCGAGAG-TGAACAA-TTTTGATT-TGT--T---A-T---C---AA-C---A---T---TT--GTTACTGTACACCC-AAT----AACTTC---A------CA--A----C-----A-TGTTGTAAAACT-ACTGAG-AATGAA--------AATCA---CT---TT--------GCT---ATGAGCAT-TAGA-TTCATTATCAGT----GTGTTAGCTGTAA----CCATGATTTACTGtatataa
gi|3                          :                  CAGTAGAACACGCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TGAAGAA-GTTTACTT-TGC--TGTAA-T---A---AG-C---A---T---AA--TTCATTATAT--CC-AGT----AAGTTC---AATATATTA--A----T-----A-TGTTTGAAAACT-ACAGGG-AGT-------------TCA---CTGTATCTGTGTCTAACT---GTAAG------AA-TTCATTATAAGT----GTGTT-ACTGT
gi|4                          :                    taAAAACATACTTATACATGTAGCT-------A-AGCGATATGGA-AAAACAA-TTTTGATT-CGT--T---G-T--------------------------------ATAT--TC-A--------GTTC---A------TA--A----TT----G-TGTTTTAAGACA-ACAG---AATGAA--------AATCA---CT---TC--------ACTTATATAAGCAC--ACA-TTCATTATTAGC----TAGTTCACTGTAT----CTGTGTTTAAC
gi|5                          :         tgtacgcaaCAATAGAACATGCTTAAA------GCA-------G-AGTGCTGGGGA-TGAACAG-TTT-GGTT-TGT--T-----T---A---AAGC---A---C---TT--TTTGTTCTAT--A--AGT----AAGTT----A------TT--A----T-----A-TGTATCAAAACT-ACAGGG-GATGAA--------AAACA---CT---TC--------ATT---GTAA-----------TCTTTATAATT----GTGTTTGCTGTAATTTTCTG-GTTTTACTGag
gi|6                          :                                taTA------GTG-------A-AG-ACTGAGAAACAAACAAATTCTGGTT-CGT--T---AAT---A---AA-C---A---AA--TT--G--GTTATAT--CC-AAT---------C---A-------------------------------AACT-GCAGTG-ACTGAG--------AATCA---CT---TC--------ACT---GTCA--ATGTGAA-TTAATGATCAGC----ATGTTCACTGTAG----CCATGTCTTAC
gi|7                          :                    GTAAAGCACGCTCATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CAAAGAA-TTATGATC-CAT--T---C-T---T---AA-TGAAA---T---TT--GTTAT-----------------AAATTT----------T--------T-----A-TGTTTTAAAACT-TCAGGG-AATGTA--------AATGA---CT---TT--------GAT---GTA--CATATGAA-TTCATTATTGGT----GTGTTTGGTAGAA----CTGTATTTTACTagaactccaaatcacaaaatggtatatt
gi|8                          :             ataccCAGTAAAGCACATTTATA------GGG-------A-TGTAC---------AATAA-ATGTAATT-C----------------------------------------ATTATAT--CC-AGT----AAGTTC---A------TG--A----T-----A-TGTTTTAAAACTAATAGGA-AATGAA--------ACTCA---CC---TC--------GCT---GTAAGTG--TAAA-TCCATAATAAAC----ATGCTCACTGTAA----TTGTGTTTTACTG
gi|9                          :                                          tta-------A-AGTGCTGGCAA-CAAACAA-TTTTCATTTCAT--T---A-T---A---AA-C---A---TGAGTT--GTTAATTTAT--CC-AAT----AA-TTT---A------TG--A----T-----T-AGATTTAAAACT-A-AGGG-AATAANG-------AATAAACTCT---TCTC------GTT---GTAAGCAT-GA-A-TTCATTGTATGT----GTGTTCATTATAA----CCCTGTTTTACTGtattaattaatt





Alignments
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consensus                     :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTATTATAT--CC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACT-ACAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT-NAG-A-TTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
Reference ( family-115 )      :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTATTATAT--CC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACT-ACAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT-TAG-A-TTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
gi|1                          :                  CAGTATATCATGCTTATA------ACATACTTACATAGTGCAGGGGA-CCAACCA-TTTTGATT-CAT--T----G-T---GAA-----------T--GTAATT---T--GC-G--------GTCC---A--------A--AC-----AAGTTCTAGA-CT-ATAGGG-AATGAATTTATTACAGTAA---CT-----GCT---T----TAAGCAT-GA--A-CTCATTATGAATTAATGTGTTTGCTGTAA----CTGTGTTT
gi|10                         :            ctataaCAGTAAGGCATGCTTATA------GTG-------A-AGTGTGGGAAA-TGAACAG-TGTTGATG-CAT--T----A-T---AAA-CTTAAT---TT--GTTAT---AT--CC-AGTATTAAAGTTT---AT-----T-ATTAT-----ATATTTTAATACT-ACAGGG-GATCAA--------AATGA---CT-TT--GCT---G----TAAGTGT-ac
gi|11                         :                                           ta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T----A-TATAAAG-CACAAT---TT--G---TTATAT--CC-AAT----AAGTCC---A------TAA--ATATTA-ATGATTGAAAACT-ACAGGG-AATGAC--------AATCA---Cgaatt
gi|12                         :                                                       tgctgtatacagtAACAA-TTGTGATT-TAT--T----T-T---AAA-T---GT---AA--CTTAATTTAT--CC-AAT----AAGTAT---A------T-G--AT-----GTAATTTAAAAC------------------------ATCA---CT-CC--ATA---G----TACGTGT-T-G-A-TTCGTTATAGGC----GTATTCACTGTAA----CAGTGCTTTACTGgtgtggaatccttgttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                             taAA--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TATGCA---AG-AATTCATTATAAGC----ATGTTCTCCATAA----CCATGCTTAACTGt
gi|14                         : ttactggaaaaaattgaCAGTAAAATACACTTATA------GCC-------A-TGCGAAGGGGA-CAAACAA-TTTTGATTACGTACT----A-A---AAG-T---AA---TT--CT--TTACAC--CC-AAT----AAGtaaatactccacatctggatacaaaaatgataatt
gi|15                         :                                    gtacacgta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T----A-TATAAAG-CACAAT---TT--G---TTATAT--CCAAAT----AAGTCCTAAA------T-A--TTA----ATGATTGAAAACT-ACAGGG-AATGAagttaatcatcttgctgtaagagta
gi|16                         :           atacagtCAGTGAAGCACCCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TTAAAGA-TTTTGATT-TGC--T----A-T---GAA-C---ATAA-TTTAATTGTTATAT--CC-AGT----CAAT-----A------T-A--CTC----ATGTTca
gi|17                         :                             caTTACA------GTG-------A-AATGCCAGGAA-CAACCTA-TTTTGCTT-CGT--A----A-T---AGA-C---AT---AA--TTCATTATAT--TC-Agtt
gi|18                         :                                                                                                                                             TTC---A------T-T--ATCTATGATGTTTTAATACT-ACAGGGGAATGAA--------CATTA---CT-TT--GCT---C----TAAGTGT-ttcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                          a---G----TAAGTGT-GA--A-TTCGCTACAAGT----GTGTCCACTGTAA----CTGTGTTTTACTGgaatt
gi|2                          :                  CAGCAAAACACACTTATA------ATG-------A-AGTGCCGAGAG-TGAACAA-TTTTGATT-TGT--T----A-T---CAA-C---AT---TT--GTTACTGTACACCC-AAT----AACTTC---A------C-A--AC-----ATGTTGTAAAACT-ACTGAG-AATGAA--------AATCA---CT-TT--GCT---A----TGAGCAT-TAG-A-TTCATTATCAGT----GTGTTAGCTGTAA----CCATGATTTACTGtatataa
gi|3                          :                  CAGTAGAACACGCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TGAAGAA-GTTTACTT-TGC--TGTA-A-T---AAG-C---AT---AA--TTCATTATAT--CC-AGT----AAGTTC---AATATATT-A--AT-----ATGTTTGAAAACT-ACAGGG-AGT-------------TCA---CTGTA--TCT---GTGTCTAACTGT-AAGAA-TTCATTATAAGT----GTGTT-ACTGT
gi|4                          :                    taAAAACATACTTATACATGTAGCT-------A-AGCGATATGGA-AAAACAA-TTTTGATT-CGT--T----G-T---A-----------------------TAT--TC-A--------GTTC---A------T-A--ATT----GTGTTTTAAGACA-ACAG---AATGAA--------AATCA---CT-TC--ACTTATA----TAAGCAC--AC-A-TTCATTATTAGC----TAGTTCACTGTAT----CTGTGTTTAAC
gi|5                          :         tgtacgcaaCAATAGAACATGCTTAAA------GCA-------G-AGTGCTGGGGA-TGAACAG-TTT-GGTT-TGT--T------T---AAAGC---AC---TT--TTTGTTCTAT--A--AGT----AAGTT----A------T-T--AT-----ATGTATCAAAACT-ACAGGG-GATGAA--------AAACA---CT-TC--ATT---G----TAA------------TCTTTATAATT----GTGTTTGCTGTAATTTTCTG-GTTTTACTGag
gi|6                          :                                taTA------GTG-------A-AG-ACTGAGAAACAAACAAATTCTGGTT-CGT--T----AAT---AAA-C---AAA--TT--G--GTTATAT--CC-AAT---------C---A---------------------------AACT-GCAGTG-ACTGAG--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TCAATGT-GA--A-TTAATGATCAGC----ATGTTCACTGTAG----CCATGTCTTAC
gi|7                          :                    GTAAAGCACGCTCATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CAAAGAA-TTATGATC-CAT--TCTTAA-T---GAA-----AT---TT--GTTAT-----------------AAATTT----------T-----T-----ATGTTTTAAAACT-TCAGGG-AATGTA--------AATGA---CT-TT--GAT---G----TA--CATATGA-A-TTCATTATTGGT----GTGTTTGGTAGAA----CTGTATTTTACTagaactccaaatcacaaaatggtatatt
gi|8                          :             ataccCAGTAAAGCACATTTATA------GGG-------A-TGTAC---------AATAA-ATGTAATT-C-----------------------------------ATTATAT--CC-AGT----AAGTTC---A------T-G--AT-----ATGTTTTAAAACTAATAGGA-AATGAA--------ACTCA---CC-TC--GCT---G----TAAGTG--TAA-A-TCCATAATAAAC----ATGCTCACTGTAA----TTGTGTTTTACTG
gi|9                          :                                          tta-------A-AGTGCTGGCAA-CAAACAA-TTTTCATTTCAT--T----A-T---AAA-C---ATGAGTT--GTTAATTTAT--CC-AAT----AA-TTT---A------T-G--AT-----TAGATTTAAAACT-A-AGGG-AATAANG-------AATAAACTCT-TCTCGTT---G----TAAGCAT-GA--A-TTCATTGTATGT----GTGTTCATTATAA----CCCTGTTTTACTGtattaattaatt





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consensus                     :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTATTATAT--CC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACT-ACAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGTGA--A-TTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
Reference ( family-115 )      :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTATTATAT--CC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACT-ACAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGTNAG-A-TTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
gi|1                          :                  CAGTATATCATGCTTATA------ACATACTTACATAGTGCAGGGGA-CCAACCA-TTTTGATT-CAT--T----G-T---GAA-----------T--GTAATT---T--GC-G--------GTCC---A--------A--AC-----AAGTTCTAGA-CT-ATAGGG-AATGAATTTATTACAGTAA---CT-----GCT---T----TAAGCATGA--A-CTCATTATGAATTAATGTGTTTGCTGTAA----CTGTGTTT
gi|10                         :            ctataaCAGTAAGGCATGCTTATA------GTG-------A-AGTGTGGGAAA-TGAACAG-TGTTGATG-CAT--T----A-T---AAA-CTTAAT---TT--GTTAT---AT--CC-AGTATTAAAGTTT---AT-----T-ATTAT-----ATATTTTAATACT-ACAGGG-GATCAA--------AATGA---CT-TT--GCT---G----TAAGTGTGA--A-TTac
gi|11                         :                                           ta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T----A-TATAAAG-CACAAT---TT--G---TTATAT--CC-AAT----AAGTCC---A------TAA--ATATTA-ATGATTGAAAACT-ACAGGG-AATGAC--------AATCA---C
gi|12                         :                                                       tgctgtatacagtAACAA-TTGTGATT-TAT--T----T-T---AAA-T---GT---AA--CTTAATTTAT--CC-AAT----AAGTAT---A------T-G--AT-----GTAATTTAAAAC------------------------ATCA---CT-CC--ATA---G----TACGTGTT-G-A-TTCGTTATAGGC----GTATTCACTGTAA----CAGTGCTTTACTGgtgtggaatccttgttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                             taAA--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TATGC--AAG-AATTCATTATAAGC----ATGTTCTCCATAA----CCATGCTTAACTGt
gi|14                         : ttactggaaaaaattgaCAGTAAAATACACTTATA------GCC-------A-TGCGAAGGGGA-CAAACAA-TTTTGATTACGTACT----A-A---AAG-T---AA---TT--CT--TTACAC--CC-AAT----AAGtaaatactccacatctggatacaaaaatgataatt
gi|15                         :                                    gtacacgta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T----A-TATAAAG-CACAAT---TT--G---TTATAT--CCAAAT----AAGTCCTAAA------T-A--TTA----ATGATTGAAAACT-ACAGGG-AATGAagttaatcatcttgctgtaagagta
gi|16                         :           atacagtCAGTGAAGCACCCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TTAAAGA-TTTTGATT-TGC--T----A-T---GAA-C---ATAA-TTTAATTGTTATAT--CC-AGT----CAAT-----A------T-A--CTC----ATGTTca
gi|17                         :                             caTTACA------GTG-------A-AATGCCAGGAA-CAACCTA-TTTTGCTT-CGT--A----A-T---AGA-C---AT---AA--TTCATTATAT--TC-Agtt
gi|18                         :                                                                                                                                             TTC---A------T-T--ATCTATGATGTTTTAATACT-ACAGGGGAATGAA--------CATTA---CT-TT--GCT---C----TAAGTGTGA--A-TTttcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                          a---G----TAAGTGTGA--A-TTCGCTACAAGT----GTGTCCACTGTAA----CTGTGTTTTACTG
gi|2                          :                  CAGCAAAACACACTTATA------ATG-------A-AGTGCCGAGAG-TGAACAA-TTTTGATT-TGT--T----A-T---CAA-C---AT---TT--GTTACTGTACACCC-AAT----AACTTC---A------C-A--AC-----ATGTTGTAAAACT-ACTGAG-AATGAA--------AATCA---CT-TT--GCT---A----TGAGCATTAG-A-TTCATTATCAGT----GTGTTAGCTGTAA----CCATGATTTACTGtatataa
gi|3                          :                  CAGTAGAACACGCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TGAAGAA-GTTTACTT-TGC--TGTA-A-T---AAG-C---AT---AA--TTCATTATAT--CC-AGT----AAGTTC---AATATATT-A--AT-----ATGTTTGAAAACT-ACAGGG-AGT-------------TCA---CTGTA--TCT---GTGTCTAACTGTAAGAA-TTCATTATAAGT----GTGTT-ACTGT
gi|4                          :                    taAAAACATACTTATACATGTAGCT-------A-AGCGATATGGA-AAAACAA-TTTTGATT-CGT--T----G-T---A-----------------------TAT--TC-A--------GTTC---A------T-A--ATT----GTGTTTTAAGACA-ACAG---AATGAA--------AATCA---CT-TC--ACTTATA----TAAGCA-CAC-A-TTCATTATTAGC----TAGTTCACTGTAT----CTGTGTTTAAC
gi|5                          :         tgtacgcaaCAATAGAACATGCTTAAA------GCA-------G-AGTGCTGGGGA-TGAACAG-TTT-GGTT-TGT--T------T---AAAGC---AC---TT--TTTGTTCTAT--A--AGT----AAGTT----A------T-T--AT-----ATGTATCAAAACT-ACAGGG-GATGAA--------AAACA---CT-TC--ATT---G----TAA-----------TCTTTATAATT----GTGTTTGCTGTAATTTTCTG-GTTTTACTGag
gi|6                          :                                taTA------GTG-------A-AG-ACTGAGAAACAAACAAATTCTGGTT-CGT--T----AAT---AAA-C---AAA--TT--G--GTTATAT--CC-AAT---------C---A---------------------------AACT-GCAGTG-ACTGAG--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TCAATGTGA--A-TTAATGATCAGC----ATGTTCACTGTAG----CCATGTCTTAC
gi|7                          :                    GTAAAGCACGCTCATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CAAAGAA-TTATGATC-CAT--TCTTAA-T---GAA-----AT---TT--GTTAT-----------------AAATTT----------T-----T-----ATGTTTTAAAACT-TCAGGG-AATGTA--------AATGA---CT-TT--GAT---G----TACATATGA--A-TTCATTATTGGT----GTGTTTGGTAGAA----CTGTATTTTACTagaactccaaatcacaaaatggtatatt
gi|8                          :             ataccCAGTAAAGCACATTTATA------GGG-------A-TGTAC---------AATAA-ATGTAATT-C-----------------------------------ATTATAT--CC-AGT----AAGTTC---A------T-G--AT-----ATGTTTTAAAACTAATAGGA-AATGAA--------ACTCA---CC-TC--GCT---G----TAAGTGTAA--A-TCCATAATAAAC----ATGCTCACTGTAA----TTGTGTTTTACTG
gi|9                          :                                          tta-------A-AGTGCTGGCAA-CAAACAA-TTTTCATTTCAT--T----A-T---AAA-C---ATGAGTT--GTTAATTTAT--CC-AAT----AA-TTT---A------T-G--AT-----TAGATTTAAAACT-A-AGGG-AATAANG-------AATAAACTCT-TCTCGTT---G----TAAGCATGA--A-TTCATTGTATGT----GTGTTCATTATAA----CCCTGTTTTACTGtattaattaatt





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consensus                     :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTAT--TATATCC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACTA-CAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT--GA-ATTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
Reference ( family-115 )      :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTAT--TATATCC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACTA-CAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT--GA-ATTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
gi|1                          :                  CAGTATATCATGCTTATA------ACATACTTACATAGTGCAGGGGA-CCAACCA-TTTTGATT-CAT--T----G-T---GAA-----------T--GTAAT--T---TGC-G--------GTCC---A--------A--AC-----AAGTTCTAGA-CTA-TAGGG-AATGAATTTATTACAGTAA---CT-----GCT---T----TAAGCAT--GA-ACTCATTATGAATTAATGTGTTTGCTGTAA----CTGTGTTT
gi|10                         :            ctataaCAGTAAGGCATGCTTATA------GTG-------A-AGTGTGGGAAA-TGAACAG-TGTTGATG-CAT--T----A-T---AAA-CTTAAT---TT--GTTAT-----ATCC-AGTATTAAAGTTT---AT-----T-ATTAT-----ATATTTTAATACTA-CAGGG-GATCAA--------AATGA---CT-TT--GCT---G----TAAGTGT--GA-ATTac
gi|11                         :                                           ta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T----A-TATAAAG-CACAAT---TT--G---T--TATATCC-AAT----AAGTCC---A------TAA--ATATTA-ATGATTGAAAACTA-CAGGG-AATGAC--------AATCA---C
gi|12                         :                                                       tgctgtatacagtAACAA-TTGTGATT-TAT--T----T-T---AAA-T---GT---AA--CTTAA--TTTATCC-AAT----AAGTAT---A------T-G--AT-----GTAATTTAAAAC------------------------ATCA---CT-CC--ATA---G----TACGTGT--TG-ATTCGTTATAGGC----GTATTCACTGTAA----CAGTGCTTTACTGgtgtggaatccttgttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                             taAA--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TATGCAA--GA-ATTCATTATAAGC----ATGTTCTCCATAA----CCATGCTTAACTGt
gi|14                         : ttactggaaaaaattgaCAGTAAAATACACTTATA------GCC-------A-TGCGAAGGGGA-CAAACAA-TTTTGATTACGTACT----A-A---AAG-T---AA---TT--CT--T--TACACCC-AAT----AAGtaaatactccacatctggatacaaaaatgataatt
gi|15                         :                                    gtacacgta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T----A-TATAAAG-CACAAT---TT--G---T--TATATCCAAAT----AAGTCCTAAA------T-A--TTA----ATGATTGAAAACTA-CAGGG-AATGAagttaatcatcttgctgtaagagta
gi|16                         :           atacagtCAGTGAAGCACCCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TTAAAGA-TTTTGATT-TGC--T----A-T---GAA-C---ATAA-TTTAATTGT--TATATCC-AGT----CAAT-----A------T-A--CTC----ATGTTca
gi|17                         :                             caTTACA------GTG-------A-AATGCCAGGAA-CAACCTA-TTTTGCTT-CGT--A----A-T---AGA-C---AT---AA--TTCAT--TATATTC-Agtt
gi|18                         :                                                                                                                                             TTC---A------T-T--ATCTATGATGTTTTAATACTA-CAGGGGAATGAA--------CATTA---CT-TT--GCT---C----TAAGTGT--GA-ATTttcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                          a---G----TAAGTGT--GA-ATTCGCTACAAGT----GTGTCCACTGTAA----CTGTGTTTTACTG
gi|2                          :                  CAGCAAAACACACTTATA------ATG-------A-AGTGCCGAGAG-TGAACAA-TTTTGATT-TGT--T----A-T---CAA-C---AT---TT--GTTACTGTACACCC-AAT----AACTTC---A------C-A--AC-----ATGTTGTAAAACTA-CTGAG-AATGAA--------AATCA---CT-TT--GCT---A----TGAGCAT--TAGATTCATTATCAGT----GTGTTAGCTGTAA----CCATGATTTACTGtatataa
gi|3                          :                  CAGTAGAACACGCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TGAAGAA-GTTTACTT-TGC--TGTA-A-T---AAG-C---AT---AA--TTCAT--TATATCC-AGT----AAGTTC---AATATATT-A--AT-----ATGTTTGAAAACTA-CAGGG-AGT-------------TCA---CTGTA--TCT---GTGTCTAACTGTAAGA-ATTCATTATAAGT----GTGTT-ACTGT
gi|4                          :                    taAAAACATACTTATACATGTAGCT-------A-AGCGATATGGA-AAAACAA-TTTTGATT-CGT--T----G-T---A-------------------------TATTC-A--------GTTC---A------T-A--ATT----GTGTTTTAAGACAA-CAG---AATGAA--------AATCA---CT-TC--ACTTATA----TAAGCAC--AC-ATTCATTATTAGC----TAGTTCACTGTAT----CTGTGTTTAAC
gi|5                          :         tgtacgcaaCAATAGAACATGCTTAAA------GCA-------G-AGTGCTGGGGA-TGAACAG-TTT-GGTT-TGT--T------T---AAAGC---AC---TT--TTTGT--TCTATA--AGT----AAGTT----A------T-T--AT-----ATGTATCAAAACTA-CAGGG-GATGAA--------AAACA---CT-TC--ATT---G----TAA-----------TCTTTATAATT----GTGTTTGCTGTAATTTTCTG-GTTTTACTGag
gi|6                          :                                taTA------GTG-------A-AG-ACTGAGAAACAAACAAATTCTGGTT-CGT--T----AAT---AAA-C---AAA--TT--G--GT--TATATCC-AAT---------C---A---------------------------AACTG-CAGTG-ACTGAG--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TCAATGT--GA-ATTAATGATCAGC----ATGTTCACTGTAG----CCATGTCTTAC
gi|7                          :                    GTAAAGCACGCTCATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CAAAGAA-TTATGATC-CAT--TCTTAA-T---GAA-----AT---TT--GTTAT-----------------AAATTT----------T-----T-----ATGTTTTAAAACTT-CAGGG-AATGTA--------AATGA---CT-TT--GAT---G----TACATAT--GA-ATTCATTATTGGT----GTGTTTGGTAGAA----CTGTATTTTACTagaactccaaatcacaaaatggtatatt
gi|8                          :             ataccCAGTAAAGCACATTTATA------GGG-------A-TGTAC---------AATAA-ATGTAATT-C-----------------------------------AT--TATATCC-AGT----AAGTTC---A------T-G--AT-----ATGTTTTAAAACTAATAGGA-AATGAA--------ACTCA---CC-TC--GCT---G----TAAGTGT--AA-ATCCATAATAAAC----ATGCTCACTGTAA----TTGTGTTTTACTG
gi|9                          :                                          tta-------A-AGTGCTGGCAA-CAAACAA-TTTTCATTTCAT--T----A-T---AAA-C---ATGAGTT--GTTAA--TTTATCC-AAT----AA-TTT---A------T-G--AT-----TAGATTTAAAACTA--AGGG-AATAANG-------AATAAACTCT-TCTCGTT---G----TAAGCAT--GA-ATTCATTGTATGT----GTGTTCATTATAA----CCCTGTTTTACTGtattaattaatt





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lowQualScore                  :                         .          ...... . ....... .     .     ...     .        . . .. ....................................     . . ....    . ... ..................              .     .      ........     ...  .  ..   ........    .  ..  .         .   ....     ..      .... .           
lowQualScore                  :                         5          666666 1 7777777 7     3     111     5        0 1 44 444444444444444444444444444444444444     5 1 7777    6 777 000000000000000000              9     9      22222222     000  1  22   99999999    9  99  9         6   1111     77      7777 0           
consensus                     :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTAT--TATATCC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACTA-CAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT--GA-ATTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
Reference ( family-115 )      :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTAT--TATATCC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACTA-CAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT--GA-ATTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
gi|1                          :                  CAGTATATCATGCTTATA------ACATACTTACATAGTGCAGGGGA-CCAACCA-TTTTGATT-CAT--T----G-T---GAA-----------T--GTAAT--T---TGC-G--------GTCC---A--------A--AC-----AAGTTCTAGA-CTA-TAGGG-AATGAATTTATTACAGTAA---CT-----GCT---T----TAAGCAT--GA-ACTCATTATGAATTAATGTGTTTGCTGTAA----CTGTGTTT
gi|10                         :            ctataaCAGTAAGGCATGCTTATA------GTG-------A-AGTGTGGGAAA-TGAACAG-TGTTGATG-CAT--T----A-T---AAA-CTTAAT---TT--GTTAT-----ATCC-AGTATTAAAGTTT---AT-----T-ATTAT-----ATATTTTAATACTA-CAGGG-GATCAA--------AATGA---CT-TT--GCT---G----TAAGTGT--GA-ATTac
gi|11                         :                                           ta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T----A-TATAAAG-CACAAT---TT--G---T--TATATCC-AAT----AAGTCC---A------TAA--ATATTA-ATGATTGAAAACTA-CAGGG-AATGAC--------AATCA---C
gi|12                         :                                                       tgctgtatacagtAACAA-TTGTGATT-TAT--T----T-T---AAA-T---GT---AA--CTTAA--TTTATCC-AAT----AAGTAT---A------T-G--AT-----GTAATTTAAAAC------------------------ATCA---CT-CC--ATA---G----TACGTGT--TG-ATTCGTTATAGGC----GTATTCACTGTAA----CAGTGCTTTACTGgtgtggaatccttgttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                             taAA--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TATGCAA--GA-ATTCATTATAAGC----ATGTTCTCCATAA----CCATGCTTAACTGt
gi|14                         : ttactggaaaaaattgaCAGTAAAATACACTTATA------GCC-------A-TGCGAAGGGGA-CAAACAA-TTTTGATTACGTACT----A-A---AAG-T---AA---TT--CT--T--TACACCC-AAT----AAGtaaatactccacatctggatacaaaaatgataatt
gi|15                         :                                    gtacacgta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CAT--T----A-TATAAAG-CACAAT---TT--G---T--TATATCCAAAT----AAGTCCTAAA------T-A--TTA----ATGATTGAAAACTA-CAGGG-AATGAagttaatcatcttgctgtaagagta
gi|16                         :           atacagtCAGTGAAGCACCCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TTAAAGA-TTTTGATT-TGC--T----A-T---GAA-C---ATAA-TTTAATTGT--TATATCC-AGT----CAAT-----A------T-A--CTC----ATGTTca
gi|17                         :                             caTTACA------GTG-------A-AATGCCAGGAA-CAACCTA-TTTTGCTT-CGT--A----A-T---AGA-C---AT---AA--TTCAT--TATATTC-Agtt
gi|18                         :                                                                                                                                             TTC---A------T-T--ATCTATGATGTTTTAATACTA-CAGGGGAATGAA--------CATTA---CT-TT--GCT---C----TAAGTGT--GA-ATTttcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                          a---G----TAAGTGT--GA-ATTCGCTACAAGT----GTGTCCACTGTAA----CTGTGTTTTACTG
gi|2                          :                  CAGCAAAACACACTTATA------ATG-------A-AGTGCCGAGAG-TGAACAA-TTTTGATT-TGT--T----A-T---CAA-C---AT---TT--GTTACTGTACACCC-AAT----AACTTC---A------C-A--AC-----ATGTTGTAAAACTA-CTGAG-AATGAA--------AATCA---CT-TT--GCT---A----TGAGCAT--TAGATTCATTATCAGT----GTGTTAGCTGTAA----CCATGATTTACTGtatataa
gi|3                          :                  CAGTAGAACACGCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TGAAGAA-GTTTACTT-TGC--TGTA-A-T---AAG-C---AT---AA--TTCAT--TATATCC-AGT----AAGTTC---AATATATT-A--AT-----ATGTTTGAAAACTA-CAGGG-AGT-------------TCA---CTGTA--TCT---GTGTCTAACTGTAAGA-ATTCATTATAAGT----GTGTT-ACTGT
gi|4                          :                    taAAAACATACTTATACATGTAGCT-------A-AGCGATATGGA-AAAACAA-TTTTGATT-CGT--T----G-T---A-------------------------TATTC-A--------GTTC---A------T-A--ATT----GTGTTTTAAGACAA-CAG---AATGAA--------AATCA---CT-TC--ACTTATA----TAAGCAC--AC-ATTCATTATTAGC----TAGTTCACTGTAT----CTGTGTTTAAC
gi|5                          :         tgtacgcaaCAATAGAACATGCTTAAA------GCA-------G-AGTGCTGGGGA-TGAACAG-TTT-GGTT-TGT--T------T---AAAGC---AC---TT--TTTGT--TCTATA--AGT----AAGTT----A------T-T--AT-----ATGTATCAAAACTA-CAGGG-GATGAA--------AAACA---CT-TC--ATT---G----TAA-----------TCTTTATAATT----GTGTTTGCTGTAATTTTCTG-GTTTTACTGag
gi|6                          :                                taTA------GTG-------A-AG-ACTGAGAAACAAACAAATTCTGGTT-CGT--T----AAT---AAA-C---AAA--TT--G--GT--TATATCC-AAT---------C---A---------------------------AACTG-CAGTG-ACTGAG--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TCAATGT--GA-ATTAATGATCAGC----ATGTTCACTGTAG----CCATGTCTTAC
gi|7                          :                    GTAAAGCACGCTCATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CAAAGAA-TTATGATC-CAT--TCTTAA-T---GAA-----AT---TT--GTTAT-----------------AAATTT----------T-----T-----ATGTTTTAAAACTT-CAGGG-AATGTA--------AATGA---CT-TT--GAT---G----TACATAT--GA-ATTCATTATTGGT----GTGTTTGGTAGAA----CTGTATTTTACTagaactccaaatcacaaaatggtatatt
gi|8                          :             ataccCAGTAAAGCACATTTATA------GGG-------A-TGTAC---------AATAA-ATGTAATT-C-----------------------------------AT--TATATCC-AGT----AAGTTC---A------T-G--AT-----ATGTTTTAAAACTAATAGGA-AATGAA--------ACTCA---CC-TC--GCT---G----TAAGTGT--AA-ATCCATAATAAAC----ATGCTCACTGTAA----TTGTGTTTTACTG
gi|9                          :                                          tta-------A-AGTGCTGGCAA-CAAACAA-TTTTCATTTCAT--T----A-T---AAA-C---ATGAGTT--GTTAA--TTTATCC-AAT----AA-TTT---A------T-G--AT-----TAGATTTAAAACTA--AGGG-AATAANG-------AATAAACTCT-TCTCGTT---G----TAAGCAT--GA-ATTCATTGTATGT----GTGTTCATTATAA----CCCTGTTTTACTGtattaattaatt


blockSeqs                     :                                    CATGTA   .       .     G     ACA     A        A   AC ATGAACATAATTTAATTGTTA                    A G ATTA      TAA ATATATTAAT                      A     G      G            ACT  G  TC   GTGTC          AA  G             .        CA      TTTT A
blockSeqs                     :                                    .        .       .     T     TG      .        T   .  ATATAAAGCACAATTTGTTA                     . A .         .   TAAATATTA                       .     .      .            .    .  .    TATA           .   .             .        CT      .    C
blockSeqs                     :                                    .        .       .     A     GG      .        .   .  ATATAAAGCACAATTTGTTA                     . A .         .   TTATCTATG                       .     .      .            .    .  .    G              .   .             .        CA      .    T
blockSeqs                     :                                    .        .       .     T     CA      .        .   .  GTAATAAGCATAATTCATTA                     . A .         .   TTATTAT                         .     .      .            .    .  .    G              .   .             .        AG      .    C
blockSeqs                     :                                    .        .       .     T     GG      .        .   .  ATAAACATGAGTTGTTAATT                     . A .         .   TATTA                           .     .      .            .    .  .    G              .   .             .        CA      .    T
blockSeqs                     :                                    .        .       .     C     TT      .        .   .  ATCAACATTTGTTACTGTA                      . G .         .   TACTC                           .     .      .            .    .  .    C              .   .             .        TG      .    T
blockSeqs                     :                                    .        .       .     C     CA      .        .   .  ATAAACTTAATTTGTTAT                       . A .         .   TAATT                           .     .      .            .    .  .    G              .   .             .        CA      .    C
blockSeqs                     :                                    .        .       .     T     TG      .        .   .  CTTAATGAAATTTGTTAT                       . G .         .   TGAT                            .     .      .            .    .  .    A              .   .             .        TG      .    T
blockSeqs                     :                                    .        .       .     T     TG      .        .   .  TTAAATGTAACTTAATT                        . G .         .   CAAC                            .     .      .            .    .  .    G              .   .             .        CA      .    T
blockSeqs                     :                                    .        .       .     T     AA      .        .   .  ATAGACATAATTCATTA                        . A .         .   TTAT                            .     .      .            .    .  .    G              .   .             .        CA      .    C
blockSeqs                     :                                    .        .       .     T     TG      .        .   .  TAAAGCACTTTTTGTTC                        . G .         .   TGAT                            .     .      .            .    .  .    G              .   .             .        A             
blockSeqs                     :                                             .       .     T     CA      .        .   .  AATAAACAAATTGGTTA                        . A .         .   TGAT                            .     .      .            .    .  .    G              .   .                                    
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blockSeqCons                  :                                             *******                                     ATAAAAGCATAATTCGTTA*****************                       TNAT**************                           ********                                                   ****
originalCons                  :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--T----A-T---AAA-C---AT---TT--GTTAT--TATATCC-AAT----AAGTTC---A------T-A--AT-----ATGTTTTAAAACTA-CAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT--GA-ATTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
finalCons                     :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGT--TATAAAAGCATAATTCGTTA-----------------TATCC-AAT----AAGTTC---ATNAT--------------ATGTTTTAAAACTA-CAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT--GA-ATTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG





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consensus                     :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGTTA-TA-A-A-GCA---TAAT----TCGTTA---T-----ATCC-AA-TA----AGTTC-----A------T-NAT-----ATGTTTTAAAACTA-CAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT--GA-ATTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
Reference ( family-115 )      :                  CAGTAAAGCACGCTTATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CGAACAA-TTTTGATT-CGTTA-TA-A-AAGCA---TAAT----TCGTTA---T-----ATCC-AA-TA----AGTTC-----A------T-NAT-----ATGTTTTAAAACTA-CAGGG-AATGAA--------AATCA---CT-TC--GCT---G----TAAGCGT--GA-ATTCATTATAAGC----GTGTTCGCTGTAA----CCGTGTTTTACTG
gi|1                          :                  CAGTATATCATGCTTATA------ACATACTTACATAGTGCAGGGGA-CCAACCA-TTTTGATT-CATTG-TG-A-ATG-----TAAT----TTGCGG---T-------CC-AAACA----AGTTC----------------------------TAGA-CTA-TAGGG-AATGAATTTATTACAGTAA---CT-----GCT---T----TAAGCAT--GA-ACTCATTATGAATTAATGTGTTTGCTGTAA----CTGTGTTT
gi|10                         :            ctataaCAGTAAGGCATGCTTATA------GTG-------A-AGTGTGGGAAA-TGAACAG-TGTTGATG-CATTA-TA-A-A--CT---TAAT----TTGTTA---T-----ATCC-AG-TATTAAAGTTT-----A------T-TATTAT--ATATTTTAATACTA-CAGGG-GATCAA--------AATGA---CT-TT--GCT---G----TAAGTGT--GA-ATTac
gi|11                         :                                           ta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CATTA-TATA-AAGCA---CAAT----TTGTTA---T-----ATCC-AA-TA----AGTCC-----A------TAAATATTA-ATGATTGAAAACTA-CAGGG-AATGAC--------AATCA---C
gi|12                         :                                                       tgctgtatacagtAACAA-TTGTGATT-TATTT-TA-A-ATGTAACTTAAT----T--------T-----ATCC-AA-TA----AGTAT-----A------T-GAT-----GTAATTTAAAAC------------------------ATCA---CT-CC--ATA---G----TACGTGT--TG-ATTCGTTATAGGC----GTATTCACTGTAA----CAGTGCTTTACTGgtgtggaatccttgttgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                             taAA--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TATGCAA--GA-ATTCATTATAAGC----ATGTTCTCCATAA----CCATGCTTAACTGt
gi|14                         : ttactggaaaaaattgaCAGTAAAATACACTTATA------GCC-------A-TGCGAAGGGGA-CAAACAA-TTTTGATTACGTAC-TA-A-AAG-----TAAT----TCTTTA---C-----ACCC-AA-TAAG--AGTTA-----A------T-CAT-----taaatactccacatctggatacaaaaatgataatt
gi|15                         :                                    gtacacgta-------A-AATGCTGGGAA-GGAACAA-TTTGGATT-CATTA-TATA-AAGCA---CAAT----TTGTTA---T-----ATCCAAA-TA----AGTCCTAAATA------T-TA------ATGATTGAAAACTA-CAGGG-AATGActtgctgtaagagta
gi|16                         :           atacagtCAGTGAAGCACCCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TTAAAGA-TTTTGATT-TGCTA-TG-A-A--CA---TAATTTAATTGTTA---T-----ATCC-AG-Tca
gi|17                         :                             caTTACA------GTG-------A-AATGCCAGGAA-CAACCTA-TTTTGCTT-CGTAA-TA-G-A--CA---TAAT----TCATTA---T-----ATTC-Acaatatactcatgttgtt
gi|18                         :                                                                                                                                             TTC-----A------T-TATCTATGATGTTTTAATACTA-CAGGGGAATGAA--------CATTA---CT-TT--GCT---C----TAAGTGT--GA-ATTttcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                          a---G----TAAGTGT--GA-ATTCGCTACAAGT----GTGTCCACTGTAA----CTGTGTTTTACTG
gi|2                          :                  CAGCAAAACACACTTATA------ATG-------A-AGTGCCGAGAG-TGAACAA-TTTTGATT-TGTTA-TC-A-A--CA---T-------TTGTTA---CTGTACACCC-AA-TA----ACTTC-----A------C-AAC-----ATGTTGTAAAACTA-CTGAG-AATGAA--------AATCA---CT-TT--GCT---A----TGAGCAT--TAGATTCATTATCAGT----GTGTTAGCTGTAA----CCATGATTTACTGtatataa
gi|3                          :                  CAGTAGAACACGCTTATA------GTG-------A-AGTGCTGGGGA-TGAAGAA-GTTTACTT-TGCTG-TA-ATAAGCA---TAAT----TCATTA---T-----ATCC-AG-TA----AGTTC-----AATATATT-AAT-----ATGTTTGAAAACTA-CAGGG-AGT-------------TCA---CTGTA--TCT---GTGTCTAACTGTAAGA-ATTCATTATAAGT----GTGTT-ACTGT
gi|4                          :                    taAAAACATACTTATACATGTAGCT-------A-AGCGATATGGA-AAAACAA-TTTTGATT-CGTTG-TA----------------------------T-----ATTC-A---------GTTC-----A------T-AATT----GTGTTTTAAGACAA-CAG---AATGAA--------AATCA---CT-TC--ACTTATA----TAAGCAC--AC-ATTCATTATTAGC----TAGTTCACTGTAT----CTGTGTTTAAC
gi|5                          :         tgtacgcaaCAATAGAACATGCTTAAA------GCA-------G-AGTGCTGGGGA-TGAACAG-TTT-GGTT-TGTT--TA-A-A-GCA---CTTT----TTGTTC---T-----ATA--AG-TA----AGTT------A------T-TAT-----ATGTATCAAAACTA-CAGGG-GATGAA--------AAACA---CT-TC--ATT---G----TAA-----------TCTTTATAATT----GTGTTTGCTGTAATTTTCTG-GTTTTACTGag
gi|6                          :                                taTA------GTG-------A-AG-ACTGAGAAACAAACAAATTCTGGTT-CGTTAATA-A-A--CA----AAT----TGGTTA---T-----ATCC-AA-T---------C-----A-------------------------AACTG-CAGTG-ACTGAG--------AATCA---CT-TC--ACT---G----TCAATGT--GA-ATTAATGATCAGC----ATGTTCACTGTAG----CCATGTCTTAC
gi|7                          :                    GTAAAGCACGCTCATA------GCG-------A-AGTGCTGGGGA-CAAAGAA-TTATGATC-CATTC-TT-A-ATG-A----AAT----TTGTTA---T-----A----AA-T-------TTT----------------T-----ATGTTTTAAAACTT-CAGGG-AATGTA--------AATGA---CT-TT--GAT---G----TACATAT--GA-ATTCATTATTGGT----GTGTTTGGTAGAA----CTGTATTTTACTagaactccaaatcacaaaatggtatatt
gi|8                          :             ataccCAGTAAAGCACATTTATA------G-------------------GGA-TGTACAA-T-------------------AAATG---TAAT----TCATTA---T-----ATCC-AG-TA----AGTTC-----A------T-GAT-----ATGTTTTAAAACTAATAGGA-AATGAA--------ACTCA---CC-TC--GCT---G----TAAGTGT--AA-ATCCATAATAAAC----ATGCTCACTGTAA----TTGTGTTTTACTG
gi|9                          :                                          tta-------A-AGTGCTGGCAA-CAAACAA-TTTTCATTTCATTA-TA-A-A--CA---TGAG----TTGTTAATTT-----ATCC-AA-TA----A-TTT-----A------T-GAT-----TAGATTTAAAACTA--AGGG-AATAANG-------AATAAACTCT-TCTCGTT---G----TAAGCAT--GA-ATTCATTGTATGT----GTGTTCATTATAA----CCCTGTTTTACTGtattaattaatt