lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 77777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111 2222 222222 111111 111 22222 11 11 1111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444444444444444444444444 111 44444 55555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 1 22222 222222222222222222 11 1 22222 111 111111111 11111111111 333333333 3333333333333333 2222222222222222222222222222222222 111 22222222 222222222 111 1111 33333333333333 11 666666666666666666 111111111 11111 11111 1111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111 333333333333333333333 222222222222222
lowQualScore : 6 77777 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666 333 6 5555 333 222222 999999 555 6 33333 00 11 4444 77 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 5 5 5 5 66 4444444444444444444444444444444444 000 666 5 5 4 5 5 99 77 55555 66 44444444444444444444444444444444444444444444444 2 4 666 33333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 5 888 5 0 99999 5 666666666666666666 00 6 5 44 22222 5 333 5 66 66 66 4 4 4 55 5 888888888 66 66666666666 66 4 222222222 44 9999 4 1111111111111111 1111111111111111111111111111111111 000 00000000 77 444444444 111 99 6666 88888888888888 6 22 444444444444444444 8 333333333 33333 5 5 99 1 3 3 00000 33 2 88888 2 333 0000000000000 2 2 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 22 8888888888888 444 44 3 1 1 555555555555555555555 2 9 5 0 222222222222222
lowQualScore : . ..... . ................................................................................................................................................................................................................................... ...... ... . .... ... ...... ...... ... . ..... .. .. .... .. ............................................................................................................................................. . . . . . .. .................................. ... ... . . . . . .. .. ..... .. ............................................... . . ... ........ ................................................................. . . ... . . ..... . .................. .. . . .. ..... . ... . .. .. .. . . . .. . ......... .. ........... .. . ......... .. .... . ................ .................................. ... ........ .. ......... ... .. .... .............. . .. .................. . ......... ..... . . .. . . . ..... .. . ..... . ... ............. . . . .......................................................................................................................................................................................... . .. ............. ... .. . . . ..................... . . . . ...............
lowQualScore : 0 00000 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000000 555 7 7777 000 111111 777777 777 7 33333 00 00 5555 77 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 7 0 0 0 99 3333333333333333333333333333333333 000 111 0 7 3 7 7 22 99 00000 11 77777777777777777777777777777777777777777777777 5 0 222 22222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 0 888 0 0 99999 0 222222222222222222 66 7 7 44 33333 7 000 9 99 99 99 4 4 4 55 3 999999999 11 99999999999 11 7 111111111 77 4444 4 9999999999999999 2222222222222222222222222222222222 000 33333333 99 666666666 777 22 5555 00000000000000 7 77 888888888888888888 0 888888888 77777 7 7 22 7 3 1 22222 44 4 66666 2 999 2222222222222 2 2 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 88 4444444444444 111 88 5 7 7 666666666666666666666 5 5 3 9 444444444444444
consensus : CAAATA-TA--AAACCTTGATCCCCTATTGTGGCCCCGCCATATAGTNCCCCGGG---GGGCACGGNTCANNAATTCTTGGNNACAAAACTNGAATTTCCACT-CTA-TATCAGGAA-GCT--TCCAAGTAAATNTCGNAC--C-TTT----GG--T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T-TATAT--A--------------ATCATAT-GTC-AA------A-N--TT--GAT-CCC-T-AT-TGT--GGCCCCATCGTACCCCT--GGGG--T--CAT-G-AT-TTGAAC--AAACTTGAATCTC--CACTATTAT-CAGGAAGCTT-CA--N-ATA-------AATTT--CAGCTTT--C--C---T--GGCCCAGTG-GTTC--T-T-GAGAAGA--NTTTT---AAA-GAT-----TTTTCCC--TATATA----------------A--TC---ATA-TGT--AAAC-T-TTG-AT-CCCCTA--TTGTGGCCCCA----C-GTACCCCCGG---GG-TCAATC--G-ATT---TG-A-ACAAACT-TGAA-TC-TC--CA--CTATA----TCAGGAAGC--TTTC--ATGT--AAAT--T--NCAG------CTTT--CT---G-----C-CCAGTGGTCT-T--TGAGAAGA--------TTTTA-----AAAG---AT-TT-TCCC------TAT---AT-AA------------TCATATGT-AA--AACTTTG-AT---CC-C-TATTTGTGGC-CCCAT--CGT-A-C-CCC--GGGGGTCAT-GATTTG-AACAAACCT--G--A-ATCTN--CNCTA--TA--T--CA-GG-AAG-C--TTTCANGT-AA---TTTC--AGCTT----T---T--CT--GGCCCAGT-GG---TTCTTGAG-AAG----ATT-TTT-------TA-AATAT-TTTCCCTATATAT--T-TAATC-------ATAT-GTAA--AA-CTTTGATCCCCT---ATCGTGGCCCC---ATCGTACCCCCG--GG--G------TCAT-GATTTG--AACAAACT--TGAATCT---CNCACTATAT-CA-GG-AAGCTT-C-CATATAAA-----TTTCAG-CTTT---T-CT--GGCC---CAGTGGTTC-TTGAGAAG-AT--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-T-CCCCT---C-TT---------G--A-AG---GGGGCC-CG--G---T-------C------TG----CNTCATTTGN-ACA---AAN-TT-CGGAT-CC---C-C-----T----A-----AC--C-AAGA---AC--GATT---GTGT-ACCAAGTT----TG-N---TGA-A-T----------T-GG-CCNAGTGGTTTCTN------GAGAAGA---AGTC--GAAAAT-G-TGAAA-AGTTAACGG-----AC-GAC---------GA-CGGACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
Reference ( gi|2 ) : CAAGTAGTAGCAAACTTTAATCCCCTATTG--GCCCGACC-CA----ACCCTGGGAGGGGGGGGGGGGCATTAA-TCT---AAAC-AA-CTTAAAATCCTACT-CCA-TATCAGGAA-GCT--TTCAGGTGAATATC-CAC--CGTCT----GG--T-CAATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGAAATTTCC-C--T-TATAT--A--------------ATCTTAT-GC--AA------A-G--TT--GGT-CCC-T-AT-TG---GGCCCCATCATACCCCC--GGGG--T--CAT-G-AT-TTGAAC--AA-CTTGAATCTC--CACTATTAT-AAGGAAGCTTTCA--T-ATA-------AATTT--CAGCTTT--C--C---T--GGCCTAGTG-GTTC--T-T-GAGAAGA--ATTTT---AAA-GAT-----TTTCCCC--TGTATA----------------A--TC---ATA-TGT--AAAC-T-TTG-AT-CCCCTA--TTGTGGCCCCA----C-GTACCCCCAG---GG-TCAATT--G-ATT---TG-A-ACAAACT-TGAA-TC-TC--CA--CTAT-----TCAGGAAGC--TTTC--ATAT--AAAT--T--ACAG------CTTT--CT---G-----C-CCAGTGGTCT-T--TGAGAAGA--------TTTTA-----AAAG---AT-TT-TCCC------TAT---AT-AA------------TCATATGT-GA--AACTTTG-AT---CC-C-TATTTGAGGC-CCCAT--CGT-A-C-CCT--GGGGGTCAT-GATTAG-AACAAACCT--A--A-ATCTC--CTCTA--TA--T--CA-GG-AAG-C--TTTCATAT-AA---TTTC--AGCTT----T---T--CT--GGCCCAGT-GG---TTATTGAG-AAG----ATT-TTT-------TA-AATGT-TTTCCCTATATACAATGTAATC-------ATAT-GTAA--AA-AATTGATCCCCT---ATTGTGGCCCC---ATCGTACCCCCA--GG--G------TCAT-GATTTG--AACAAACC--TGAATCT---CCCCCTATATACA-GA-AAGCTT-TGCATATAAA---ATTTTCAG-CTTT---T-CT--GGCC---CAGTGGTTC-TTGAGAAG-AT--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-T-CCGCT---C-TT---------G--A-AG---GGGGCC-CA--G---T-------C------TG----CATCATTTGC-ACA---AAC-TT-TGGAT-CC---C-C-----T----A-----AC--T-AAGA---AT--GATT---ATGT-ACCAATTT----TG-T---TGA-A-T----------T-GG-CCAAGTGGTTTCTC------GAGAAGA---AGTC--GAAAAT-G-TGAAA-AGTTAACGT-----AC-GAC---------GA-CGGACA-ACAGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|6 : CAAATA-TA--AAACTTTGATCCCCTATTGTGGCCCCACCATA----CCCCTGGG-----------GTCAATA--TTT---GTAC-AAACTGGAATTTCCAC---AA-TATCAGGAA-GCT--TCCAAATAAATTTC-
gi|1 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggcccttgcactctatatcaggaagctttaaggtaaatgttgtattttggtcttgaaaagatttttaatatatattAAACCTTGATCCCCTATTG--G---GGCCATATAGTACCCC------GGGCACGGTTCATGAATTCTTGGCAACAAA-CTTGAATTTCTCCTACTAGTATCAGGAATACTTCTCCATACTAATTTCAGAC--CATTTCCTCGGGCT-CCATGCGGTTTCTTTTGAGAAGACAGACTTTTTAACAGATGTTTCCTC--T-TATATAAA--------------ATCATATCGTCAAA------A-G--TTTGAGTCCCC-T-AT-TATGTGGCCCCATCGTACCCCA--GGGG--TTCCAT-G-AT-TTGAACCAAA-CTTG-ATCTCCTCCCTAGTATCCAGGAAGCTTCAA--TAATAAAACATCAATCG--CAGCTTTTGC--C---T--GGCCCACTGAGTTTCAT-TAGAGAAGAAGATTTTTACAAA-GAC-----TTCTCCC--TATATA----------------AGTTC---ATATTGTA-AAAC-T-TTG-ATCCCCCTACCTTGGGGCCCAAATATA-GTACCCCCAGGGCGG-TC-ATTAGG-ACTTACTG-ACACAAACT-TGAACTCTTC--CT--CTATAA---TCAGGAAAC--TTTCCAGTTTTGAAAT--T--TCAGCACATTCTCC--CT---G-----CGCCA-TGGTCTCT--TGAGAAGAACGAATTTTTTTA-----CAAGAGTAT-CTGTCCC------TACCTAATAAA------------TCATATGT-AAACAATTTTG-ATTCCCC-T-TATTGTTGGCACCCATTCCGT-ACC-CCC--GGGGGTCAT-GATTTG-AAAAAAACTTGA--A-ATCCA--CTCTACTTGATT--CACGG-AAGCC--TTCCATATAAA---TTTCCAGGCTT----T---CCACT--G--CCAGT-TGCTTCTATCGAGCAAGAAGAATTGTGT-------TACAAGAT-TTTTCTTCTAT-CAAT-TA--C-------A-AT-GTCA--AATCTTTGATCCCCTATGATCGGGATCCCACAACCGTACCCCCG--GG--GGTCAATTCA--GATTTGGAAACAAAACATTGAATCT---CACACTATATCCACGG-AAGCTTCCGAATATAAACTTATGTTCAGACTTT---C-CT--CGCCACACGCTGGTTCTTTGAGAAG-ACAGATTTAAACTGACC--A--CCA--CCCTACTTCTT-----GCATT-TTTAACGTGACTCTAAT-----TC-TC-C-CCCTT---C-TG---------C--A-AT---GAGGGC-CATCG---T-------G------TC----CTTCATTTGA-ACA---AAA-TT-CGAAG-CC---CGC-----TTC--C-----AC--C-CATA---GC--GACTGCAGTGT-ACCAAGTT----TG-C---TGATA-TCTTGGTCCGAC-GG-CCCAGCGGTTT-TT------GAGAAGA---AGTT--GAAAAT-T-TGGAA-AGTT----T-----AC-GAC---------GA-C-GCCA-AC-GG-------C---------TCAGagttttccttaggtcagtagttcttgaga
gi|6 : agcttatccctggcccagtcgacgttcatttgagaagcacaggatttttaaagaactttctccctaattattcattcatgtaaACT-CTA-TATCAGGAA-GCT--TTAAGGTAAATGTTGTAT----TTT----GG--T-CT-TG-----------AA-AAGA-----TTTTTAA-----------------TATAT--A--------------TTCAAAT-AT--AA------A-ACTTT--GAT-CCCCT-AT-TGT--GGCCCCACCATACCCCT--GGGG--T--CAA-T-AT-TTGTAC--AAACTGGAATTTC--CACAAT-AT-CAGGAAGCTTCCA--A-ATA-------AATTT--CAGTTTT--C--C---TTAGGTC-AGTA-GTTC--T-T-GAGAgtg
gi|3 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggcccttgcA-TATCAGGAA-GCT--T-CAAGTAAATATTTCACGTCCTCT----GG--TTCAATG-----------AAGAAAA-----TTTTAAA-AGAA-TTTCC-C--T--ATAT--A-----------------TT-T-GC--AATAAAACATA--TT--GAT-CCT-T-AT-TG---TGGTCCAT--TACCCCT--GGGGG-T--CATAG-AT-TTGAAC--AAACTTTTATCTT--CACTAT-AT-CAGGAAGCT------------------------------TT--T--C---T--GGCC-AGTA-GTTC--T-G-GAGAAGA----------------------TTTTCCC--TATATA------------------------------------C-T-TTG-AT-CCCCTA--TTGGGGCCCAA----TAGTACCCCAGG---GG-TCA--T--G-ATT---TGTA-ACAAACT-TGA--TA-CC--CA--CTATATATATCAGGAAGCATTTTC--ATAT--AAAT--T--TCAG------CTTTT-CT---GG----C-CCAG--GTGT-T--T---------------TCTTA-----A--G---AT-TT-TCCC------TAT---A--AA------------TCATATGT-AA--AACTTTG-ATC--CC-C-TA-TTGGGGC-CCCAT--TGT-A-C-CCC--GGGGGTCAT-GATTTG-AACAAA-CT--G--A-ATCTC--CACTA--TA--T--CA-GGTGAG-C--T
gi|22 : AGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-CAATGTATAT--GTAAGCGGCATAGATATCATAG-TC--GA------A-T--TT--GAC-CCC-CGAT-TGT--GGCTCCATCCTACATTCAGGGGG--T--CAT-G-Aaaaaacatc
gi|4 : A-----TTTTTAA-AAATATTTCC-A--A--ATAT--A--------------AACCTAT-ATCGAA------A-C--TT--TGCATCC-T-AT-TG-----TTGCA--ATAA------GGGA--C--CAT-CCAT-TTGAAC--AAGCTT-AATCTG--CACT-TTAT-AATGTCGCTT-CAAAT-ATC-------AATTTGACA-CTCT--G--CACAT--TCCCT------TTC--T---GAGATTT---TTTT---ACA-GATAATTATTTTCGC--TA-ATA----------------A--AG---CTA-TCT--AA-C-T-TAG--T-CCGCTG--CTGTGGCC------------CCTCCAG---A---TAATC----ATT---CG-A-AC-AACTATCAA-TC-TTAACATTCTA------TCAGGATGC--TTTT--ACGT-----T--T--A-AG------TTTT--
gi|17 : agaatgc--TT--GAT-CCCCT-ATCTG---CCCCCCGTCACACC-----AGGAAAT--CAT---AT-TTGAAC--AA-CTTGAATC
gi|6 : G---GGCCACATCGCTCACCT--GAG--------T-G-ACCTTGGCC-----CTTGCA-CTC--TA----TAT-CAGGAAGCTTTAA--G-GTA-------AATGT--TGTATTT---------T--GG----------TC--T-T-GAAAAGA--TTTTT---AA-------------------TATATA----------------T--TC---AAA-TATA-AAAC-T-TTG-AT-CCCCTA--TTGTGGCCCCAC---C-ATACCCCTGG---GG-TCAAT-----ATT---TG-T-ACAAACT-GGAA-TT-TC--CA--CAATA----TCAGGAAGC--TTCC--AAAT--AAAT--T--TCAG------TTTT--CCTTAG-----G-TCAGTAGTTC-T--TGAGActgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|3 : TAT-CAGGAAGCTT-CA--A-GTA-------AAT-----A--TTT--C--A---C--GTCCTC-TG-GTTC--AAT-GAAGAAA--ATTTT---AAAAGAA-----TTTCCC---TATATA----------------T--TTGCAATA------AAACATATTG-AT-CCT-TA--TTGTGGTCC-A----T--TACCCCTGG---GGGTCA-TA--G-ATT---TG-A-ACAAACT-TTTA-TC-TT--CA--CTATA----TCAGGAAGC--TTT-------------------------------T--CT---G-----G-CCAGTAGTTC-T--GGAGAAGA--------TTTT--------------------CCC------TAT---AT-A----------------------------CTTTG-AT---CC-CCTATT-GGGGC-CCAAT--AGT-A-C-CCC--AGGGGTCAT-GATTTGTAACAAACTT--G--ATACCCA--CTATA--TA--TATCA-GG-AAG-CATTTTCATAT-AAA--TTTC--AGCTT----T---T--CT--GGCCCAG---G---T----------G----TTT-TCT-------TA-AG-AT-TTTCCCTATA--------AATC-------ATAT-GTAA--AA-CTTTGATCCCCT---ATTGGGGCCCC---ATTGTACCCCGG--GG--G------TCAT-GATTTG--AACAAA-C--TGAATCT----CCACTATAT-CA-GGTGAGCT
gi|7 : aGGAAGCT--CA--T-ATA-------A-TTT--CAGCTTTGGCTGT---T--GGACCCGTG-GTGT--C-T-GAGAGAT--TTTTT---AAA-aaaaacatc
gi|16 : A-------AGTTTGGCTGCATT--C---------GGCCAAGCG-GTTC--T-T-GAGAAGA--Atgcaccatcctatttttgtattttcatgattacctctgcccattgatgacgtgtgcactgaatccctttaaccataaggatgattgtatataagtttgtgaatttgccatgtgttggaaaaagtcgaaaatgtgaagttaacagacagatcggacgacagacagacgaacggaca
gi|5 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatctgtaccaagtttggctgaattcggccaagcgncc--C---T--GACCCAGTG-GTTC--T-T-AAGAAGA--TTTTT---Agtcgaaaatatgaaacattaac
gi|22 : AGAAGA--TTTTT---AAA-GAT-----ATTTCCCAATGTATATGTAAGCGGCATAGATA--TC---ATA--GT--CGAA-T-TTG-AC-CCCCGA--TTGTGGCTCCAT---C-CTACATTCAG---GG-cataaccccaccctatttttgcattttgtgtttgtctactctttgaaggtacatggctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtggttctggaatacaagatgaaaatgtgaatagtttatgacgacgacagacaacggataaaatttgaccagaaaagatcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|4 : TTTT---AAA-AAT-----ATTTCCA--AATATA----------------A--AC---CTA-TATCGAAAC-T-TTGCAT---CCTA--TTGTTG---CA------ATA-----AG---GG-ACCATC--C-ATT---TG-A-ACAAGCT-T-AA-TC-TG--CA--CTTTA----TAATGTCGC---TTCAAATAT--CAAT--TTGACA---------CT--CT---G-----C-ACA-TTCCCT-TTCTGAGATTT--------TTTTACAGATAATT---AT-TT-TCGC------TA----AT-AA------------AGCTATCT-----AACTTAG--T---CCGC-TG-CTGTGGC-CCC----------T-CC-----AGATAAT-CATTCG-AACAA--CT--ATCA-ATCTTAACATTC--TA--T--CA-GG-ATG-C--TTTTAC----G---TTTA--AGTTT----T---ggtcatga
gi|17 : agaatgcat-TTG-AT-CCCCTA--TC-T-GCCCCC----C-GTCACACCAG---GA---AATC--ATATT---TG-A-AC-AACT-TGAA-TC-
gi|6 : --CTATA----TCAGGAAGC--TTTA--AGGT--AAATGTT--GTA--------TTT-------------------TGGTCT-T---GAAAAGA--------TTTTT-----AA---------------------TAT---AT-AT------------TCAAATAT-AA--AACTTTG-AT---CC-CCTATT-GTGGC-CCCAC--CAT-A-C-CCC--TGGGGTCAA-TATTTG-TACAAACTG--G--A-ATTTC--CACAA--TA--T--CA-GG-AAG-C--TTCCAAATAAA---TTTC--AGTTT----T---C--CTTAGG-TCAGT-AG---TTCTTGAG-Actgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|7 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggcccttgcactGGAAGC--T--C--ATAT--AATT--T---CAG------CTTTGGCT---GTTGGAC-CC-GTGGTGT-C--TGAG-AGA--------TTTT
gi|19 : --TTAC--ATGT--AAATC-T--A-AA------CTTT--TTTG-G-----C-GCAGTGGTCC-T--TGAAAACA--------TTTTC-----AAAttaaatgcaccatcctatttttgtattttcatgattacctctgcccattgatgacgtgtgcactgaatccctttaaccataaggatgattgtatataagtttgtgaatttgccatgtgttggaaaaagtcgaaaatgtgaagttaacagacagatcggacgacagacagacgaacggaca
gi|5 : agcttataa--CT---GA----C-CCAGTGGTTC-T--TAAGAAGA--------TTTTtgacctagttcatcctattttgaccatttcatgatgatcttccgttggctttgaaaggg
gi|23 : -----C-CCAGTGGCCT-T--GGAGAAGA--------tacataaccccaccctatttttgcattttgtgtttgtctactctttgaaggtacatggctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtggttctggaatacaagatgaaaatgtgaatagtttatgacgacgacagacaacggataaaatttgaccagaaaagatcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|22 : acgatttgtaccaattttggttgaatttgaAGAAGA--------TTTTT-----AAAG---ATATT-TCCCAATGTATAT---GT-AAGCGGCATAGATATCATA-GTCGA--A--TTTG-AC---CC-C-CGATTGTGGC-TCCAT--CCT-A-C-ATTCAGGGGGTCAT-GAagtaaaaaatgtgtcagacagacgacgggtaaaaggtgatcagaaaa
gi|4 : --------TTTTA-----AAA----ATATT-TCCA------AAT---AT-AA------------ACCTATATCGA--AACTTTGCAT----C-C-TATT----GT-TGCA----AT-A--------AGGGACCATCCATTTG-AACAAGCTT-----A-ATCTG--CACTT--TA--T--AA-TG-TCG-C---TTCA----AA---TATC--AATTTGACAC---T--CT---GCACATTCCC---TTTCTG----AG----ATT-TTTTTACAGATA-ATTAT-TTTCGCTA-ATA------AAGC--------TAT-CT-----A-ACTTAGTCCGCT---GCTGTGGCC-----------CCTCCA---G--A------TAAT-CATTCG--AACAACTA--TCAATCTTAACATTCTAT---CA-GG-ATGCTT-T
gi|17 : agaatgcatTTG-ATC--CC-C-TATCT---GC-CCC-C--CGTCA-CACCA--GGAAATCAT--ATTTG-AAC-AACTT--G--A-ATCtacgtttaagtttt
gi|6 : --CTCTA--TA--T--CA-GG-AAG-C--TTTAAGGT-AA---ATGT--TGTAT----T---T---T--GGTC-------------TTGAA-AAG----ATT-TTT----------AATA--------TATAT---------TC-------AAAT-ATAA--AA-CTTTGATCCCCT---ATTGTGGCCCC---ACCATACCCCTG--GG--G------TCAA-TATTTG--TACAAACT--GGAATTT---CCACA-ATAT-CA-GG-AAGCTT-C-CAAATAAA-----TTTCAG-TTTT---C-CTTAGG-T---CAGTAGTTC-TTGAGActgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|3 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggcccttgcaA--TA--T--CA-GG-AAG-C--TT-CAAGT-AAATATTTC--ACGTC----C---T--CT--GGTTCAAT-GA---------AG-AAA----ATT-TT---------A-AAAGAATTTCCCTATATATT-TGCAATA-------A------AA--CA-TATTGATCCT-T---ATTGTGGTCC----AT--TACCCCTG--GG--GG-----TCATAGATTTG--AACAAACT--TTTATCT----TCACTATAT-CA-GG-AAGCT--------------------------TT---T-CT--GG-C---CAGTAGTTC-TGGAGAAG-AT--TTT--------------------CCCTA-TAT---------ACT-T------TG------A------------T-CCCCT---A-TT-------------------GGGGCC-CA--A---TAGTACCCC------AGGGGTCATGATTTGTAACA---AAC-TT---GATACC---CAC-----T----ATATATAT--C-AGGA---AG--CATTTTCATAT-A--AATTTCAGCTT-T---T-----C----------T-GGCCCAGGTGTTTTCTT------AAGA
gi|7 : -GG-AAG-C--T--CATAT-AA---TTTC--AGCTT----TGGCTG-TT--GGACCCGT-GG---TGTCTGAG--AG----ATT-TTT-------TA-AATGttttccctataaatcatatgtaaaactttgatcccctattggggccccattgtaccccgggggtcatgatttgaacaaactgaatctccactatatcaggtgagctaaaaacatc
gi|19 : --TTACATGT-AAA--TCTA--AACTT----T---T--TT--GGCGCAGT-GG---TCCTTGAA-AAC----A-T-TTT-------CA-AATGcaccatcctatttttgtattttcatgattacctctgcccattgatgacgtgtgcactgaatccctttaaccataaggatgattgtatataagtttgtgaatttgccatgtgttggaaaaagtcgaaaatgtgaagttaacagacagatcggacgacagacagacgaacggaca
gi|5 : agcttataa--CT--GACCCAGT-GG---TTCTTAAG-AAG----ATT-TTT-------acctagttcatcctattttgaccatttcatgatgatcttccgttggctttgaaaggg
gi|22 : AG-AAG----ATT-TTT--------A-AAGATATTTCCCAATGTATA-TGTAAGCGGCATAGATATCATAGTCGA-ATTTGACCCCCG---ATTGTGGCTCC---ATCCTACATTCAGGGG--G------TCAT-GAacataaccccaccctatttttgcattttgtgtttgtctactctttgaaggtacatggctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtggttctggaatacaagatgaaaatgtgaatagtttatgacgacgacagacaacggataaaatttgaccagaaaagatcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|17 : TTGATCCCCT---ATC-TGCCCCC-----CGTCACACCA--GGAAA------TCAT--ATTTG--AAC-AACT--TGAATC
gi|7 : -GG-AAGCT----CATATAA------TTTCAG-CTTTGGCTGTT--GGAC---CCGTGGTGT-CTGAGAGA-TT--TTTTAAA-TG--C--A--CCA--TCCTA-TTTTT-----GTATT-TT---CATG------AT-----TA-CC-T-CTGCC---CATT---------G--A------------------------------------TG-----A-CGTGTGC-AC-----------TGAAT-CC---CTT-----T----A-----ACCAT-AAGG---AT--GATT---GTAT-A-TAAGTT----TG-----TGA-A-T----------T-TG-CCATGTG-----TT------G-GAAAA---AGTC--GAAAAT-G-TG--A-AGTTAACA---------GACA--------GATCGGACG-ACAGA-------C-------ctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|19 : T-TACATGTAAA-----TCTAAA-CTTT---T-TT--GGCG---CAGTGGTCC-TTGAAAAC-AT--TTTCAAA-TGA-CCTAGTTCA--TCCTA-TTTTG-----ACCAT-TT---CATG------AT-----GA-TCTT-CCGTTGGCT-TT---------G--A-AA---GGGagacgaacggaca
gi|16 : agcttataaT---T-C---GGCC---AAGCGGTTC-TTGAGAAG-A
gi|5 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatctgtaccaagtttggctgaattcggccaagcgnccaagtttggctgca-CT--GACC---CAGTGGTTC-TTAAGAAG-AT--TTTTACA-TAA-C--C--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT----GTG------TT-----TG-TC-T-ACTCT-----TT---------G--A-A----GGTACA-TG--G---C-------T------NN----NNNNNNNNNN-NNN---NNN-NN-NNNNN-NN---N-N-----N----N-----NN--N-NNNN---NN--NNNN---NNNN-NNNNNNNN----NN-N---NNN-N-N----------N-NN-NCTAGTGG-TTCTG------GAATACA---AGAT--GAAAAT-G-TGAAT-AGTTTATG------AC-GAC---------GA-CAGACA-ACGGATAAAATTT-------GACCAGAAAAGagtcgaaaatatgaaacattaac
gi|17 : AGAAGCAT--TCTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA--TTTT-----GCATT-TT---TGT-------AG-----TA-TC-T-atcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|30 : ttgatcccctatctgccccccgtcacaccaggaaatcatatttgaacaacttgaatcctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaAAA-TAA-C--C--TCA--CCCAG-TTTTT-----GCATG-TC---GGTG------AT-----TA-TC-T---GCC---C-TT---------T--AGAG---GGGGC
gi|12 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TG---CGT-------AT-----TA-TC-T-CCCCT-----TT---------GAAA-AG---GGGACC-CA--G---T-------C-------N----NNNNNNNNNN-NNN---NNN-NN-NNNNN-NN---N-N-----N----N-----NN--N-NNNN---NN--NNNN---NNNN-NNNNNNNN----NN-N---NNN-N-N----------N-NN-NNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNN---NNNN--NNNNNN-N-NGAAA-AGTTTACG------AC-AAC---------GA-C-GACA-at
gi|28 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-CTTT------GCATT-TT---CATG------TT-----TA-TC-T-CTCCT-----TT---------G--A-TG---GGGGTC-TG--G---T-------C------
gi|11 : -TGA-CC-A--CCAGCTCCTA-TTTTTTA---GCATTAGT---CGTT------GTATGTACA-TC-T-CC-CT---T-T---------------AG---AGGGCC-TGC-G---T-------C------------CTTCAATTGA-ACA---AAA-TTGTAG-C-CC---T-C-----TTTACA-----AG--TAAAGAGATAT--GA-T---GTGTAACCAA-GT----TG-A---TGA-A-T----------T-TG-CCAGCTGGTTCCTCTTTACAGAG-AGA---AGTG--AAAAATAG-TGAAA-AATc
gi|25 : -TGA-C--A--CCG--CCCTA-TTT---------GTT--------TG------AT-----TA-TC-T-CCCCT-----TC---------G--A-TG---GGGGCC-CG--G---T-------C------------CTTCATTTGA-ACA---AA
gi|9 : -TGA-C--AT-CCA--CCCTA-TTTTTCCACCGCATT-TT---CA-G------ATA----TA-TC-C-TCCCC---T-TTGCGGGGGGGG--A-GGTGGGGGGCT-TG--G---T-------CGNNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNN---NNN-NN-NNNNN-NN---N-N-----N----N-----NN--N-NNNN---NN--NNNN---NNNN-NNNNNNNN----NN-N---NNN-N-N----------N-NN-CCACGT----TCTT------GAACAGA---AGTC--GAAAAT-G-TGAAA-A-TTAACAG-----AT-CA----------GA-CAGAC
gi|13 : -C--A--CCA--ACCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG-------T-----TACTC-T-CCCCT-----TT---------G-----T---GGGGCCTCG--G---TC------C------TN----NNNNNNNNNN-NNN---NNN-NN-NNNNN-NN---N-N-----N----N-----NN--N-NNNN---NN--NNNN---NNNN-NNNNNNNN----NN-N---NNN-N-N----------N-NN-NNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNN---AGTCAGAAAAAT-G-TG-AA-AGTTAAC
gi|14 : --CTA--CCTTT-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------GT-----TA-TC-T-CCCCT-----TT---------G--A-AG---GGGGCC-TG--G---T-------C------NN----NNNNNNNNNN-NNN---NNN-NN-NNNNN-NN---N-N-----N----N-----NN--N-NNNN---NN--NNNN---NNNN-NNNNNNNN----NN-N---NNN-N-N----------N-NN-NNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNN---NNTCG-GAAAAT-G-TGAAA-AGTT
gi|34 : cc--CCA--ACCTA-TTTTT-----G---T-TT---TGTG------AT-----TA-TC-T-TCCCT-----TT---------G--A-
gi|15 : --CCTTA-GTTTT-----GAATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-T-CC-CA---T-TT---------G--A-TG---GGAGCC-TG--G---T-------T------TN----NNNNNNNNNN-NNN---NNN-NN-NNNNN-NN---N-N-----N----N-----NN--N-NNNN---NN--NNNN---NNNN-NNNNNNNN----NN-N---NNN-N-N----------N-NN-NNNNNNNNNNNNNN------NNNNNG-----GTC--GAGAAT-G-TGAAA-AATTAcaagagtancc
gi|10 : TA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTA------AT-----TA-TC-TTCCTTT---C-GT---------G--A-------GGGTC-TG--G---T-------C------TN----NNNNNNNNNN-NNN---NNN-NN-NNNNN-NN---N-N-----N----N-----NN--N-NNNN---NN--NNNN---NNNN-NNNNNNNN----NN-N---NNN-N-N----------N-NN-NNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNAGTC--GAAAAT-G-TGAAA-AGTTAACGG-----ACAGACG--------GA-TGGACAGACGGA-------C-------
gi|16 : TTT-----ACATT-GT---C-TG-------T-----TA-TC-----------C-TT--------------AG---GGGACC-CA-----------------------------TTATTTGC-AGATAGAATATT-TGTAT-CTGTAC-CAAGTTT----G-----GC--T---GA---ATTCGGCC---AAGCGNCCAAGTT----TGGC---TGC-A-T----------TCGG-CCAAGCGGTT-CTT------GAGAAGA---AGTC--GAAAAT-A-TGAAA-CATTAACgaaggacggaca
gi|8 : -AG---GGGGCC-AA--GAGAT-------C------TG----AA--ATTTAC-A------AT-TT-AAGGT-CC---C-T-----T----GT----CC--C-AAAA---AT--GCTT----CAT-ACCAAATT----TG-AAAAGAA-A-T----------T-GG-ACTGGTGGTT-ATC------AAGAAGA---AGTT--AAAAA--G-TTCAA-TTGTAACG---------GAC---------GA-CGGACG-ACGCA-------C-------GA
gi|23 : ---AC--GATT----TGT-ACCAATTT----TGGT---TGA-A-T----------TTGA-CCCAGTGGCCT-TG------GAGAAGA---AGTA--AAAAAT-G-TG------TCAG--------ACAGAC---------GA-CGGGTA-AAAGG-------T-------GATCAGAAAAcgacggacgaaaccaattgcacatagtcacctgagtttactcaggtgacctaaaaagtcga
gi|20 : TGT-ATTAAGTT----TGGT---TGA-AAT----------T-GG-TTCAGAGGTT-CGG------GAGAAGA---AGAT--GAAAAT-G-TGAAG-AGTGTACGTCGACAAC-GACTAA------GA-CAGACA-ACGGA-------CAAATTTTGATCAGAA
gi|31 : gatcG-CCACGTG--TTCTT------GAGAAGA---AGTC--GAAAATCG-TGAAACAGTTAACGG-----ACAGAC---------G
gi|26 : AGCGGTT-CTG------GGGAAGA---AGTC--GAAAAT-G-TGAAA-AGTTAAGAT-----AC-G-----------GA-CAAACAGACAG
gi|24 : ccAAGA---AGTT--AATAAT-GTTCAAA-CATTAACGC-----AC-GACT--------GA-C-GACA-ACa
gi|29 : C--GAAAAT-G-TGAAA-AGTTAACAG-----ACAGACGGACAGACAGA-CAGACA-AAAGG-------C-------GATCAGttatagcaatgagtcacgtgagtgactcgggtgacttaaaaagc
gi|36 : C--GAAAAT-G-TGAAA-AGTTAACG---------GACA--------GA-CGGACA-g
gi|37 : C--GAAAAT-G-TGAAA-AGTTAACAG-----ACAGAC---------Gga
gi|35 : AAAT-G-TGAGA-AGTTTACGA-----AC-GAC---------AA-C-GACA-g
gi|33 : AT-G-TGAAA-AGTTA-CA---------GACT--------GA-CAGACA-ACAGG-------T-------GATTAGAAAAGcattgt
gi|32 : T-G-TGAAA-AGTTAACAG-----ACAGAT---------GA-CAGACA-ACAGG-------T-------GATCAGAAAAGctca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGAAAGTGTAGTTATTGAATAGAGGTTAAATATGTTCAATTAATTGTTAATGCATGACAGACAAGTGGACAGTTGACTTGGACCAATAGCATTAAATTTCCTTTGAGTGACTCAGGTGACCTAAAAATG
Unaligned ( gi|21 ): CCAGTAGTTATGGCGGTGAAGATGAAAATGTGAAACTTTACAACGCTGACAAACAATTAACGGACAAATTTTGATCAGAAAAGCTCATTCAAGCCATCGGCTAAAAAGGTAAAG
Unaligned ( gi|27 ): GAAATTGTGATAAGTTTACAACAACGACAAACAGACACATATTGATAAGCAAAAGTCACT
Alignments
lowQualScore : 44444 777777777777777777 555555555 1 22222 44 1 1 1 22222 11 6666666666666666666666666666666666666666 11111 2222222 44444444444444444 11 3333 111 111 111 11 4444444444444444444444444 1111111 11 1111 11 333333333333 3333333333333333 1 11 4444444 3333333333333 1111111 1 11 1111 2222222 11 2222 333333 1 111 11 1 44444444 222 1 222 1 11 1 222 1 11 1 1 1 222222 1 1 1 2 11 22222 5555555555555555555 444444444 1 22222 22222 1 111 111 22222 1 55555555555 111 22 11 11 1111 2 22222222 11111111 11111 11111 111111 111 11111 33333333333333333333333 11111 222222222222222 1111 111111111111111111111111 1111111111 222222222222222222 1 333333333333333
lowQualScore : 6 99999 555555555555555555 888888888 44 22 5 22222 33 1 4 0 3 0 0 44444 33 1 1111111111111111111111111111111111111111 66666 6 7 7777777 88888888888888888 1 44 1111 6 9999 7777 99 1 2 000 000 5 9999 111 8 3 5 0 11 3333 8 8888888888888888888888888 5 6666666 3 1 11 8 8 7777 44 222222222222 3 9999999999999999 3 0 33 3 3333333 2 0000000000000 8888888 3 0 33 7777 5555555 33 1 1111 1 888888 3 666 44 3 6 88888888 7 333 3 333 7 3 88 3 333 7 7 3 88 3 3 6 3 1 1 333333 3 3 3 77 0 88 66666 6 2222222222222222222 666666666 3 66666 99999 1 3 7 666 777 55 0 11111 0 2 44444444444 55 777 22 11 8 11 1 4444 0 8 8 22222222 99999999 77777 33333 77 333333 5 000 5 5 22222 66 3 3 88888 33 2 99999 2 444 666666 88888 2 2 2 66666 11111111111111111111111 66 5 555 2 88888 0 2 0 77777 1 0 444444444444444 555 0 1 0000 2 2 444444444444444444444444 1 4444 7777777777 0 333 44 5555555 3 1 55555 999 777777777777777777 2 0 5555 5 111111111111111
lowQualScore : . ..... .................. ......... .. .. . ..... .. . . . . . . ..... .. . ........................................ ..... . . ....... ................. . .. .... . .... .... .. . . ... ... . .... ... . . . . .. .... . ......................... . ....... . . .. . . .... .. ............ . ................ . . .. . ....... . ............. ....... . . .. .... ....... .. . .... . ...... . ... .. . . ........ . ... . ... . . .. . ... . . . .. . . . . . . ...... . . . .. . .. ..... . ................... ......... . ..... ..... . . . ... ... .. . ..... . . ........... .. ... .. .. . .. . .... . . . ........ ........ ..... ..... .. ...... . ... . . ..... .. . . ..... .. . ..... . ... ...... ..... . . . ..... ....................... .. . ... . ..... . . . ..... . . ............... ... . . .... . . ........................ . .... .......... . ... .. ....... . . ..... ... .................. . . .... . ...............
lowQualScore : 0 55555 555555555555555555 555555555 00 00 5 55555 00 0 0 7 3 0 0 22222 88 0 8888888888888888888888888888888888888888 77777 7 5 5555555 00000000000000000 8 00 0000 7 3333 8888 22 0 5 555 222 8 3333 777 0 8 0 8 00 4444 0 8888888888888888888888888 0 0000000 2 4 00 0 0 0000 00 888888888888 2 8888888888888888 2 0 88 0 5555555 0 0000000000000 5555555 2 0 22 8888 5555555 88 2 2222 0 333333 3 777 00 3 7 33333333 3 333 3 333 3 3 33 3 333 3 7 3 33 3 3 7 3 0 0 777777 3 3 3 00 0 33 77777 7 3333333333333333333 333333333 3 33333 77777 0 3 3 333 555 55 2 55555 0 5 22222222222 88 555 00 88 0 00 0 8888 0 0 0 00000000 33333333 77777 44444 99 666666 7 000 7 0 55555 99 3 1 33333 44 4 11111 4 111 888888 22222 4 4 5 22222 11111111111111111111111 88 7 000 9 00000 2 1 2 22222 2 8 555555555555555 444 8 3 2222 7 5 888888888888888888888888 0 5555 6666666666 1 999 55 4444444 3 7 99999 333 888888888888888888 1 2 0000 0 333333333333333
consensus : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTG-GGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAA-CTTGAANTTCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T-TATATA--------------A--TCGTAT-GTCGAAN-T-TT-G-A--TCCC-T-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAA--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCNAC----GTACCCCCAGGGTCAATC-----GATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATGT----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTG-AACAAACCTG-AATCTCCTCTA--TA--TCA-GG-AAG-CTTCCATATAAATTTC--GGCTTTT--C--TGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATATA---TTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGNGGCCCC---ATCGT-ACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TCC-C-----CT--TT---------G--AA-G---GGGGCC--CG-G---T-CTGCNTCATTTGNACAAANTTCGNANCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGCG----GTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--GAC------GAC---------G-ACGGAC----A-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
Reference ( family-73 ) : CAAATA-TA--AAACCTTGATCCCCTATTGTGGCCCCGCCATATAGTNCCCCGGG---GGGCACGGNTCANNAATTCTTGGNNACAAAACTNGAATTTCCACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAAGTA--AATNT----CGNACC-TTT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T-TATATA--------------A--TCATAT-GTCAAAN---TT-G-A--TCCC-T-ATT--GTGGCCCCATCGTAC--CCCTGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAN--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGANTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGTGGCCCCAC----GTACCCCCGGGGTCAATC-----GATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATGT----AAATTNCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGTGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTG-AACAAACCTG-AATCTNCNCTA--TA--TCA-GG-AAG-CTTTCANGT-AATTTC--AGCTTTT--C--TGGCCCAG-T-G--GTTC--T------TGAGAAG-AT----T-TTTTA-AATA---TTTTCCCTATATA---TTTAATCAT-ATGTAAAA-CTTTGATCCCCT---ATCGTGGCCCC---ATCGT-ACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTG--AAC-AAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TCC-C-----CT-CTT---------G--AA-G---GGGGCC--CG-G---T-CTGCNTCATTTGNACAAANTTCGGATCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGTG----GTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--GAC------GAC---------G-ACGGAC----A-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|1 : --AGCTTAT--CCCTGGCCCAG-TCGACGTTCATT------TGAGAAGCACAGGAT-TTTTA-AAGAACTTTCTCCCTAATTA---TTCATTCAT-GTA-AAAA-CCTTGATCCCCT---ATTGGGGCCAT---ATAGT-ACCCCGGGCACGGT-----TCATGAATTCTTGGCAAC-AAAC-TTGAATTTCTCCTACT--AGTAT-CA-GGAATACTTCTC-C--ATACTAA--T-----TTCAGACCATTT---C-CTCGGGCTC---CATGCGGTTTCTT-TTGAGAAG-ACAGACT--TTTTAA
gi|1 : A--AAACCTTGATCCCCTATTG-GG----GCCATATAGTACCCCGGG------CACGGTTCATGAATTCTTGGCAACAAA-CTTGAATTTCTCCTACTAGTATCAGGAATACTTCTCCA--TACTAATTT----CAGACCATTTCCTCGGGCT-CCATGCGGTTTCTTTTGAGAAGACAGACTTTTTAACAGATGTTTCCTC--T-TATATA--------------AAATCATATCGTCAAAAGT-TT-G-AGTCCCC-T-ATTATGTGGCCCCATCGTAC--CCCAGGGG-TTCCAT-G-ATTTGAACCAAACTTGA-TCTCCTCCCTAGTATCCAGGAAGCTT-CAATAATA--AAACATCAATCG--CAGCTTTTGCCT--GGCCCACTGAGTTTCAT-TAGAGAAGAAGATTTTTACAAAGAC-----TTCTCCCTATATAAGTTCATATTGTAAAACTTTGATCCCCCTACCTTGGGGCCCAAATATAGTACCCCCAGGG-CGGTCATTAGGACTTACTG-ACACAAACT-TGAACTCTTC--CTCTATAAT----CAGGAAAC--TTTCCAGTTTTGAAATTTCAGCACATTCTCC-CTG-CGCCA-TGGTCTCTTGAGAAGAACGAATTTTTTTACAAGAGTATCTGTCCCTACCTAATAAATCATATGTAAACAATTTTGAT-TCCCCTTATTGTTGGCACCCATTCCGTACCCCCGGGGGTCATGATTTGAAAAAAACTTGAAATCCACTCTACTTGATTCACGG-AAGCCTTCCATATAAATTTCCAGGCTTTCCAC--TG--CCAGTT-G--CTTC--TATCGAGCAAGAAGAAT----TGTGTTACAAGA---TTTTTCTTCTA------TCAATTACAATGTCAAATCTTTGATCCCCTATGATCGGGATCCCACAACCGT-ACCCCCGG---GGGTCAATTCA-GA---TTTGGAAACAAAACATTGAA--TCTCACACT--A-TATCCACGGAA-GCT--TC-CGAATATAAA--CTTATGTTCAGAC--TTT---C-CT--CGC-CACACG-CTGGT---TCTTTGAGAAG-A-----CAGATTTAAACTGACC--A--CCA--CCCTACTTCTT-----GCATT-TTTAACGTGACTCTAAT-----TC-TC-CCC-C-----TT-CTG---------C--AATG---AGGGCCATCGTG---T-C--CTTCATTTGAACAAAATTCGAAGCCCGCTTC---C-ACC--CATA---GCGACTGCAGTGT-ACCAAGTTT-GC---T--GATATCTTGGTCCGAC-GGCCCAGCG----GTTT-T------TGAGAAGA---AGTT--GAAAA-------T-TTGGAA-AGTTT----AC---GAC------GAC---------G--C---C----A-ACGGcagatgtttcctcttatataaaatcatatcgtcaaaagtttgagtcccctattatgtggccccatcgtaccccaggggttccatgatttgaaccaaacttgatctcctccctagtatccaggaagcttcaataataaaacatcaatcgcagcttttgcctggcccactgagtttcattagagaagaagatttttacaaagacttctccctatataagttcatattgtaaaactttgatccccctaccttggggcccaaatatagtacccccagggcggtcattaggacttactgacacaaacttgaactcttcctctataatcaggaaactttccagttttgaaatttcagcacattctccctgcgccatggtctcttgagaagaacgaatttttttacaagagtatctgtccctacctaataaatcatatgtaaacaattttgattccccttattgttggcacccattccgtacccccgggggtcatgatttgaaaaaaacttgaaatccactctacttgattcacggaagccttccatataaatttccaggctttccactgccagttgcttctatcgagcaagaagaattgtgttacaagatttttcttctatcaattacaatgtcaaatctttgatcccctatgatcgggatcccacaaccgtacccccgggggtcaattcagatttggaaacaaaacattgaatctcacactatatccacggaagcttccgaatataaacttatgttcagactttcctcgccacacgctggttctttgagaagacagatttaaactgaccaccaccctacttcttgcatttttaacgtgactctaattctcccccttctgcaatgagggccatcgtgtccttcatttgaacaaaattcgaagcccgcttccacccatagcgactgcagtgtaccaagtttgctgatatcttggtccgacggcccagcggtttttgagaagaagttgaaaatttggaaagtttacgacgacgccaacggctcaggtg
gi|10 : agcttatccctggcccagtcgacgttcatttgagaagcacaggatttttaaagaactttctccctaattattcattcatgtaTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTA------AT-----TA-TC-TTC-C-----TTTCGT---------G--A-------GGGTC--TG-G---T-CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNNN----NNNNNN------NNNNNNNNNNNAGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--GACA-----GACG--------G-ATGGAC----AGACGGA-------C-------ctcaggtg
gi|11 : -TGA-CC-A--CCAGCTCCTA-TTTTTTA---GCATTAGT---CGTT------GTATGTACA-TC-TCC-C-----TT-T---------------A-G---AGGGCC--TGCG---T-C--CTTCAATTGAACAAAATT-GTAGCCCTCTTTACAA-GTA--AAGAGATATGA-T---GTGTAACCAAG-TT-GA---T--GA-AT----------T-TGCCAGCTG----GTTCCTCTTTACAGAG-AGA---AGTG--AAAAA-------TAGTGAAA-AATgaaggacggaca
gi|12 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TG---CGT-------AT-----TA-TC-TCC-C-----CT--TT---------GAAAA-G---GGGACC--CA-G---T-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNNN----NNNNNN------NNNNNNNN---NNNN--NNNNN-------N-NNGAAA-AGTTT----AC---GAC------AAC---------G-AC-GAC----A-
gi|13 : -C--A--CCA--ACCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG-------T-----TACTC-TCC-C-----CT--TT---------G-----T---GGGGCCT-CG-G---TCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNNN----NNNNNN------NNNNNNNN---AGTCAGAAAAA-------T-GTG-AA-AGTTA----AC
gi|14 : --CTA--CCTTT-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------GT-----TA-TC-TCC-C-----CT--TT---------G--AA-G---GGGGCC--TG-G---T-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNNN----NNNNNN------NNNNNNNN---NNTCG-GAAAA-------T-GTGAAA-AGTT
gi|15 : cc--CCTTA-GTTTT-----GAATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TCC-C-----AT--TT---------G--AT-G---GGAGCC--TG-G---T-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNNN----NNNNNN------NNNNNNG-----GTC--GAGAA-------T-GTGAAA-AATTA----
gi|16 : TGT-ACCAAGTTTGGC---T--GA-AT----------TCGGCCAAGCG----
gi|16 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatcCCAAGTTT-GGC--T--GC-AT----------TCGGCCAAGCG----GTT-CT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-ATGAAA-CATTA----ACnccaagtttggctgcattcggccaagcggttcttgagaagaagtcgaaaatatgaaacattaac
gi|17 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatctgtaccaagtttggctgaattcggccaagcgnTTGATCCCCT---ATC-TGCCCCC-----CGTCACACCAGGA--AA------TCAT-A---TTTG--AAC--AAC-TTGAA--TC
gi|17 : AGAAGCA-----T--TCTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA--TTTT-----GCATT-TT---TGT-------AG-----TA-TC-Tctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|19 : ttgatcccctatctgccccccgtcacaccaggaaatcatatttgaacaacttgaatcctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaT--TA-C--ATGTAAA--T-----CTAAA-C--TTT---T-TT--GGC-G---CA-GTGGT---CC-TTGAAAAC-A-----T--TTTCAAA-TGA-CCTAGTTCA--TCCTA-TTTTG-----ACCAT-TT---CATG------AT-----GA-TC-TTC-CGTTGGCT--TT---------G--AA-A---GGG
gi|2 : agcttataaCAAGTAGTAGCAAACTTTAATCCCCTATTG--GCCCGACC---CA--ACCCTGGGAGGGGGGGGGGGGCATTAAT-CT---AAACAA--CTTAAAATCCTACT-CCA-TATCAGGAA-GCTTT--CAGGTG--AATAT----C-CACCGTCT-----GG-T-CAATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGAAATTTCC-C--T-TATATA--------------A--TCTTAT-G-CAAAG---TT-G-G--TCCC-T-ATT--G-GGCCCCATCATAC--CCCCGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AA-CTTGAATCTCC--ACTATTATA-AGGAAGCTTTCAT--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCTAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGAATTTTA--AAGAT-----TTTCCCCTGTATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGTGGCCCCAC----GTACCCCCAGGGTCAATT-----GATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTAT--T----CAGGAAGC--TTTCATAT----AAATTACAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTGAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGAGGC-CCCAT--CGTACCCT-GGGGGTCATGATTAG-AACAAACCTA-AATCTCCTCTA--TA--TCA-GG-AAG-CTTTCATAT-AATTTC--AGCTTTT--C--TGGCCCAG-T-G--GTTA--T------TGAGAAG-AT----T-TTTTA-AATG---TTTTCCCTATATACAATGTAATCAT-ATGTAAAA-AATTGATCCCCT---ATTGTGGCCCC---ATCGT-ACCCCCAG---GG------TCATGA---TTTG--AAC-AAAC-CTGAA--TCTCCCCCT--A-TATACA-GAAA-GCT--TTGC--ATATAAAATT-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TCC-G-----CT-CTT---------G--AA-G---GGGGCC--CA-G---T-CTGCATCATTTGCACAAACTTTGGATCCC-CT-----A-ACT--AAGA---ATGATT---ATGT-ACCAATTTT-GT---T--GA-AT----------T-GGCCAAGTG----GTTTCT------CGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--TAC------GAC---------G-ACGGAC----A-ACAGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|20 : TGT-ATTAAGTTT-GG---TTGAA-AT----------T-GGTTCAGAG----GTT-CG------GGAGAAGA---AGAT--GAAAA-------T-GTGAAG-AGTGT----ACGTCGAC------AACGACTAA---G-ACAGAC----A-ACGGA-------CAAATTTTGATCAGAA
gi|21 : gatcCCAGTA----GTT-AT------GGCGGTGA---AGAT--GAAAA-------T-GTGAAA-CTTT-----AC---AAC------GCT---------G-ACAAACAATTA-ACGGA-------CAAATTTTGATCAGAAAAG
gi|22 : AGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-CAATGTATATGTAAGCGGCATAGATA--TCATA--GTCGAAT---TT-G-A--CCCC-CGATT--GTGGCTCCATCCTACATTCAGGGGG-T--CAT-G-Actcattcaagccatcggctaaaaaggtaaag
gi|23 : ---ACGATT----TGT-ACCAATTTT-GG---TT-GA-AT----------TTGACCCAGTG----GCCT-T------GGAGAAGA---AGTA--AAAAA-------T-GTG-------T------CA--GACA-----GAC---------G-ACGGGT----A-AAAGG-------T-------GATCAGAAAA
gi|25 : -TGA-C--A--CCG--CCCTA-TTT---------GTT-T-------G------AT-----TA-TC-TCC-C-----CT--TC---------G--AT-G---GGGGCC--CG-G---T-C--CTTCATTTGAACAAA
gi|26 : CCAGCG----GTT-CT------GGGGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTAAGATACG--GAC------AA------------ACAGAC----A-
gi|28 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-CTTT------GCATT-TT---CATG------TT-----TA-TC-TCT-C-----CT--TT---------G--AT-G---GGGGTC--TG-G---T-Cga
gi|29 : C--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACA--GACA-----GACGGACAGACAG-ACAGAC----A-AAAGG-------C-------GATCAGc
gi|3 : A-TATCAGGAA-GCTTC---AAGTA--AATATTTCACGT-CC-TCT-----GG-TTCAATG-----------AAGAAAA-----TTTTAAA-AGA-ATTTCC-C--T--ATATA--------------T--TTGCA--ATAAAACATATT-G-A--TCCT-T-ATT--GTGGTCC-AT--TAC--CCCTGGGGGT--CATAG-ATTTGAAC-AAACTTTTATCTTC--ACTAT-ATC-AGGAAGCTT-------------------------------T--TCT--GGCC-AGTAG--TTC-T-GG----AGAAGA------------------TTTTCCCTATATA----------------CTTTGATCCCC-TA--TTGGGGCCCAATA---GTACCCCAGGGGTCA--T-----GATTT---GTA-ACAAACT-TGA--TAC-C--CACTATA-TATATCAGGAAGCATTTTCATAT----AAATTTCAGC------TTTTCTGGC-CCAG--GTGT-TT---------------TCTTAA--GA---TTT-TCCCTAT---A-AA-TCATATGTAAA--ACTTTGATCCCC---TA-TTGGGGC-CCCAT--TGTACCCC-GGGGGTCATGATTTG-AACAAA-CTG-AATCTCCACTA--TA--TCA-GGTGAG-CTg
gi|30 : AAA-TAA-C--C--TCA--CCCAG-TTTTT-----GCATG-TC---GGTG------AT-----TA-TC-TGC-C-----CT--TT---------A--GA-G---GGGGCaaaaacatc
gi|31 : GCCACGTG------TTCT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------TCGTGAAACAGTTA----ACG--GACA-----GAC---------G-at
gi|32 : -------T-GTGAAA-AGTTA----ACA--GACA-----GAT---------G-ACAGAC----A-ACAGG-------T-------GATCAGAAAAG
gi|33 : A-------T-GTGAAA-AGTTA-----CA--GAC--------T---------G-ACAGAC----A-ACAGG-------T-------GATTAGAAAAGct
gi|34 : --CCA--ACCTA-TTTTT-----G---T-TT---TGTG------AT-----TA-TC-TTC-C-----CT--TT---------G--Actca
gi|35 : AAA-------T-GTGAGA-AGTTT----ACG--AAC------GAC---------A-AC-GAC----A-caagagtancc
gi|36 : C--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--GAC------A-----------G-ACGGAC----A-cattgt
gi|37 : C--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACA--GACA-----GAC---------G-ga
gi|4 : A-----TTTTTAA-AAATATTTCC-A--A--ATATA--------------A--ACCTAT-ATCGAAACT-TT-GCA--TCC--T-ATT--GTTGC---A--ATAA------GGGA-C--CAT-CCATTTGAAC-AAGCTT-AATCTGC--ACT-TTATA-ATGTCGCTT-CAA--ATATCAA-------TTTGACA-CTCT--------GCACATTCC--CTT-TCTG----AGATT-TTTTTA--CAGATAATTATTTTCGCTA-ATAA--AGCTAT-CTAA--CTTAG-TCCGC-TG--CTGTGGCCCC-----------TCCAGA--TAATC------ATTC---G-A-ACAA-CTATCAA-TCT-TAACATTCTA-T----CAGGATGC--TTTTACGT----g
gi|5 : agaatgc-CT--GAC-C---CA-GTGGT---TC-TTAAGAAG-A-----T--TTTTACA-TAA-C--C--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT----GTG------TT-----TG-TC-TAC-T-----CT--TT---------G--AA-----GGTACA--TG-G---C-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCTAGTG----G-TTCT------GGAATACA---AGAT--GAAAA-------T-GTGAAT-AGTTT----AT---GAC------GAC---------G-ACAGAC----A-ACGGATAAAATTT-------GACCAGAAAAGttaagtttt
gi|6 : TG--AGT-GACC-TTGGC--CCTTGCACTCTA-TAT-CA-GGAA-GCT--TT-A--AGGTAAA--T-----GTTG-----TAT---T-TT--GG-----------------TC-TTGAAAAG-A-----T--TTTTAAatcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|6 : gggccacatcgctcaccTTGCACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTT--AAGGTA--AATGT----TGTAT--TTT-----GG-T-CT-TG-----------AA-AAGA-----TTTTTAA-----------------TATATA--------------T--TCAAAT-ATAAAAC---TTTG-A--TCCCCT-ATT--GTGGCCCCACCATAC--CCCTGGGG-T--CAA-T-ATTTGTAC-AAACTGGAATTTCC--AC-AATATC-AGGAAGCTTCCAA--ATA--AA-------TTT--CAGTTTT--CCTTAGG-TCAGTAG--TTC-T-TG----AGAtatatattcaaatataaaactttgatcccctattgtggccccaccatacccctggggtcaatatttgtacaaactggaatttccacaatatcaggaagcttccaaataaatttcagttttccttaggtcagtagttcttgaga
gi|7 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggccc-GGAA-GCT-----C--ATATAA---T-----TTCAG-C--TTTGGCTGTT--GGA-C---CC-GTGGT---GT-CTGAGAGA-T-----T--TTTTAAA-TG--C--A--CCA--TCCTA-TTTTT-----GTATT-TT---CATG------AT-----TA-CC-TCTGC-----CC-ATT---------G--AT-G---A-------CG--------TG-------TGCAC------TGAATCCCTTT-----A-ACCATAAGG---ATGATT---GTAT-A-TAAGTTT-G----T--GA-AT----------T-TGCCATGTG---------T------TG-GAAAA---AGTC--GAAAA-------T-GTG--A-AGTTA----ACA--GACAGATCGGAC---------G-ACAGAC----AGACGAA-------C-------
gi|8 : A-G---GGGGCC--AA-GAGAT-CTGAA--ATTT--ACAA-TTTAAGGTCCC-TT-----GTCCC--AAAA---ATGCTT----CAT-ACCAAATTT-GAAAAG--AA-AT----------T-GGACTGGTG----GTT-AT------CAAGAAGA---AGTT--AAAAAGTTCAATT-GT-AAC-GGACG----ACG--GAC------GAC---------GCAC-GAC----G-ACGGA-------C-------GAgaca
gi|9 : -TGA-C--AT-CCA--CCCTA-TTTTTCCACCGCATT-TT---CA-G------ATA----TA-TCCTCC-C-----CT--TTGCGGGGGGGG--AG-GTGGGGGGCT--TG-G---T-C-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNNNCCACGTT-CT------TGAACAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-A-TTA----ACA--GAT------CA----------G-ACAGAC----aaccaattgcacatagtcacctgagtttactcaggtgacctaaaaagtcga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGAAAGTGTAGTTATTGAATAGAGGTTAAATATGTTCAATTAATTGTTAATGCATGACAGACAAGTGGACAGTTGACTTGGACCAATAGCATTAAATTTCCTTTGAGTGACTCAGGTGACCTAAAAATG
Unaligned ( gi|24 ): AAGAAGTTAATAATGTTCAAACATTAACGCACGACTGACGACAACTTATAGCAATGAGTCACGTGAGTGACTCGGGTGACTTAAAAAGC
Unaligned ( gi|27 ): GAAATTGTGATAAGTTTACAACAACGACAAACAGACACATATTGATAAGCAAAAGTCACT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444 3333333 1 2222 1 1 1 1 222 11 5555555555555555555555555555555555555555 11111 333333333 444444444444444444444444444 111111 111 11 4444444444444444444444444 1111111 11 1111 33333333333333 3333333333333333 11 3333333 33333333333333 111 1111 2222222 11 2222222 333333 1 111 11 1 44444444 222 1 222 1 11 1 222 1 11 1 1 1 222222 1 1 1 1 22 11 55555555555555555555 444444444 1 222 3333 1 1 222 222 55555555555 222 2 11 1 11 1111 2 22222222 11111111 11111 11111 111111 111 11111 1111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111111111111111111 1111111111 222222222222222222 1 222222222222222
lowQualScore : 444444444444444 0000000 1 22 1 5 1111 5 1 3 0 0 222 6 33 1 3333333333333333333333333333333333333333 66666 6 7 222222222 111111111111111111111111111 6 222222 1 6 99 1 2 555 99 1 9999 111 8 3 5 0 11 3333 8 6666666666666666666666666 5 6666666 3 1 11 8 8 7777 3 33333333333333 11 3 9999999999999999 0 8 11 0 1 7777777 0 88888888888888 444 8 8 0 0 8 88 7777 5555555 33 1 6666666 888888 3 666 44 3 6 88888888 7 333 3 333 7 3 88 3 333 7 1 3 88 3 3 6 3 333333 3 3 3 5 77 88 6 33333333333333333333 666666666 3 333 0000 3 7 3 1 333 0 1 333 55555555555 7 333 6 0 22 0 33 1 4444 0 8 8 22222222 99999999 77777 33333 77 333333 5 000 5 5 22222 66 3 3 88888 33 2 99999 2 444 666666 88888 2 2 33 66666 2 9999999999999999 66 5 555 2 777777777777777777777777777777777777777777777777 555 0 1 0000 2 2 444444444444444444444444 3 2 1 2222222222 444 44 5555555 3 1 44444 777 888888888888888888 2 0 5 222222222222222
lowQualScore : ............... ....... . .. . . .... . . . . . ... . .. . ........................................ ..... . . ......... ........................... . ...... . . .. . . ... .. . .... ... . . . . .. .... . ......................... . ....... . . .. . . .... . .............. .. . ................ . . .. . . ....... . .............. ... . . . . . .. .... ....... .. . ....... ...... . ... .. . . ........ . ... . ... . . .. . ... . . . .. . . . . ...... . . . . .. .. . .................... ......... . ... .... . . . . ... . . ... ........... . ... . . .. . .. . .... . . . ........ ........ ..... ..... .. ...... . ... . . ..... .. . . ..... .. . ..... . ... ...... ..... . . .. ..... . ................ .. . ... . ................................................ ... . . .... . . ........................ . . . .......... ... .. ....... . . ..... ... .................. . . . ...............
lowQualScore : 000000000000000 5555555 0 00 0 5 5555 5 0 3 0 0 555 5 88 2 8888888888888888888888888888888888888888 77777 7 5 555555555 000000000000000000000000000 7 000000 0 7 22 0 5 777 22 0 3333 777 0 8 0 8 00 4444 0 0000000000000000000000000 0 0000000 2 4 00 0 0 0000 2 00000000000000 55 2 8888888888888888 8 0 00 8 0 6666666 6 00000000000000 000 0 0 8 8 0 88 8888 5555555 88 2 0000000 333333 3 777 00 3 7 33333333 3 333 3 333 3 3 33 3 333 3 0 3 33 3 3 7 3 777777 3 3 3 5 55 33 7 00000000000000000000 333333333 3 333 7777 3 3 3 0 333 7 0 333 00000000000 3 333 7 0 00 0 88 0 8888 0 0 0 00000000 33333333 77777 44444 99 666666 7 000 7 0 55555 99 3 1 33333 44 4 11111 4 111 888888 22222 4 4 44 22222 5 6666666666666666 88 7 000 9 111111111111111111111111111111111111111111111111 444 8 3 2222 7 5 888888888888888888888888 3 4 1 9999999999 111 88 7777777 5 7 33333 666 777777777777777777 2 5 3 444444444444444
consensus : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T---TATATAA--TCG-------TAT----GTCGAAN-T-TTG-A--T-CCCT-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAA--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCNAC----GTACCCCCAGGGTCAATC-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTG-AACAAACCTG-AATCTCCTCTA--TA--TCA-GG-AAG-CTTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCNTCATTTGNACAAANTTCGNANCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--GACA-----GAC---------G-ACGGACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
Reference ( family-73 ) : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTTCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T---TATATAA--TCG-------TAT----GTCGAAN-T-TTG-A--T-CCCT-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAA--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCNAC----GTACCCCCAGGGTCAATC-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTG-AACAAACCTG-AATCTCCTCTA--TA--TCA-GG-AAG-CTTCCATATAAATTTC--GGCTTTT--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGNGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCNTCATTTGNACAAANTTCGNANCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--GAC------GAC---------G-ACGGACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|1 : --CTGGCCCAG-TCGACGTTCATT------TGAGAAGCACAGGAT-TTTTA-AAGAACTTTCTCCCTAATT---ATTCATTCAT-GTA-AAAA-CCTTGATCCCCT---ATTGGGGCCAT---ATAGTACCCCGGGCACGGT-----TCATGAATTCTTGGCAAC-AAAC-TTGAATTTCTCCTACT--AGTAT-CA-GGAATACTTCTC-C--ATACTAA--T-----TTCAGACCATTT---C-CTCGGGCTC---CATGCGGTTTCTT-TTGAGAAG-ACAGACT--TTTTAA
gi|1 : agcttatccAAACCTTGATCCCCTATTGGG----GCCATATAGTACCCCGGG------CACGGTTCATGAATTCTTGGCAACAAACTTGAATTTCTCCTACTAGTATCAGGAATACTTCTCCA--TACTAATTT----CAGACCATTTCCTCGGGCT-CCATGCGGTTTCTTTTGAGAAGACAGACTTTTTAACAGATGTTTCCTC--T---TATATAAAATCA-------TATC---GTCAAAAGT-TTG-AGTC-CCCT-ATTATGTGGCCCCATCGTAC--CCCAGGGG-TTCCAT-G-ATTTGAACCAAACTTGA-TCTCCTCCCTAGTATCCAGGAAGCTT-CAATAATA--AAACATCAATCG--CAGCTTTTGCCT--GGCCCACTGAGTTTCAT-TAGAGAAGAAGATTTTTACAAAGAC-----TTCTCCCTATATAAGTTCATATTGTAAAACTTTGATCCCCCTACCTTGGGGCCCAAATATAGTACCCCCAGGG-CGGTCATTAGG-ACTTACTG-ACACAAACT-TGAACTCTTC--CTCTATAAT----CAGGAAAC--TTTCCAG--TTTTGAAATTTCAGCACATTCTCC-CTG-CGCCA-TGGTCTCTTGAGAAGAACGAATTTTTTTACAAGAGTATCTGTCCCTACCTAATAAATCATATGTAAACAATTTTGAT-TCCCCTTATTGTTGGCACCCATTCCGTACCCCCGGGGGTCATGATTTGAAAAAAACTTGAAATCCACTCTACTTGATTCACGG-AAGCCTTCCATATAAATTTCCAGGCTTTCCACTG--CCAGTT-G--CTTC--TATCGAGCAAGAAGAAT----TGTGTTACAAGA---TTTTTCTTCTA------TCAATTACAATGTCAAATCTTTGATCCCCTATGATCGGGATCCCACAACCGTACCCCCGG---GGGTCAATTCA-GA---TTTGGAAACAAAACATTGAA--TCTCACACT--A-TATCCACGGAA-GCT--TC-CGAATATAAA--CTTATGTTCAGAC--TTT---C-CT--CGC-CACACG-CTGGT---TCTTTGAGAAG-A-----CAGATTTAAACTGACC--A--CCA--CCCTACTTCTT-----GCATT-TTTAACGTGACTCTAAT-----TC-TC-CC--CC-----TT-CTGC--------AATG---AGGGCCATCGTG---T-C-------CTTCATTTGAACAAAATTCGAAGCCCGCTTC---C-ACC--CATA---GCGACTGCAGTGT-ACCAAGTTT-GC---T--GATATCTTGGTCCGAC-GGCCCAGC-GGTTT-T------TGAGAAGA---AGTT--GAAAA-------T-TTGGAA-AGTTT----AC---GAC------GAC---------G--C---CA-ACGGcagatgtttcctcttatataaaatcatatcgtcaaaagtttgagtcccctattatgtggccccatcgtaccccaggggttccatgatttgaaccaaacttgatctcctccctagtatccaggaagcttcaataataaaacatcaatcgcagcttttgcctggcccactgagtttcattagagaagaagatttttacaaagacttctccctatataagttcatattgtaaaactttgatccccctaccttggggcccaaatatagtacccccagggcggtcattaggacttactgacacaaacttgaactcttcctctataatcaggaaactttccagttttgaaatttcagcacattctccctgcgccatggtctcttgagaagaacgaatttttttacaagagtatctgtccctacctaataaatcatatgtaaacaattttgattccccttattgttggcacccattccgtacccccgggggtcatgatttgaaaaaaacttgaaatccactctacttgattcacggaagccttccatataaatttccaggctttccactgccagttgcttctatcgagcaagaagaattgtgttacaagatttttcttctatcaattacaatgtcaaatctttgatcccctatgatcgggatcccacaaccgtacccccgggggtcaattcagatttggaaacaaaacattgaatctcacactatatccacggaagcttccgaatataaacttatgttcagactttcctcgccacacgctggttctttgagaagacagatttaaactgaccaccaccctacttcttgcatttttaacgtgactctaattctcccccttctgcaatgagggccatcgtgtccttcatttgaacaaaattcgaagcccgcttccacccatagcgactgcagtgtaccaagtttgctgatatcttggtccgacggcccagcggtttttgagaagaagttgaaaatttggaaagtttacgacgacgccaacggctcaggtg
gi|10 : agcttatccctggcccagtcgacgttcatttgagaagcacaggatttttaaagaactttctccctaattattcattcatgtaaTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTA------AT-----TA-TC-TT--CC-----TT-TCG---------T--G---AGGGTC--TG-G---T-C-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNNNNNAGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--GACA-----GACG--------G-ATGGACAGACGGA-------C-------ctcaggtg
gi|11 : -TGA-CC-A--CCAGCTCCTA-TTTTTTA---GCATTAGT---CGTT------GTATGTACA-TC-TC--CC-----TT-T------------A-G---AGGGCC--TGCG---T-C-------CTTCAATTGAACAAAATT-GTAGCCCTCTTTACAA-GTA--AAGAGATATGA-T---GTGTAACCAAG-TT-GA---T--GA-AT----------T-TGCC-AGCTGGTTCCTCTTTACAGAG-AGA---AGTG--AAAAA-------TAGTGAAA-AATgaaggacggaca
gi|12 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TG---CGT-------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTGAA-------AA-G---GGGACC--CA-G---T-C------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---NNNN--NNNNN-------N-NNGAAA-AGTTT----AC---GAC------AAC---------G-AC-GACA-
gi|13 : -C--A--CCA--ACCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG-------T-----TACTC-TC--CC-----CT-TTG------------T---GGGGCCT-CG-G---TCC-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---AGTCAGAAAAA-------T-GTG-AA-AGTTA----AC
gi|14 : --CTA--CCTTT-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------GT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--TG-G---T-C-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---NNTCG-GAAAA-------T-GTGAAA-AGTT
gi|15 : cc--CCTTA-GTTTT-----GAATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----AT-TTG---------AT-G---GGAGCC--TG-G---T-T-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNG-----GTC--GAGAA-------T-GTGAAA-AATTA----
gi|16 : TGT-ACCAAGTTTGGC---T--GA-AT----------TCGGCCAAGC-G
gi|16 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatcCCAAGTTT-GGC--T--GC-AT----------TCGGCCAAGC-GGTT-CT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-ATGAAA-CATTA----ACnccaagtttggctgcattcggccaagcggttcttgagaagaagtcgaaaatatgaaacattaac
gi|17 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatctgtaccaagtttggctgaattcggccaagcgnTTGATCCCC-TA--T--CTGCCCCCC----GTCACACCAGGA--AATC-----ATATTT---G-A-AC-AACT-TGAA-TC
gi|17 : AGAAGCA-----T--TCTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA--TTTT-----GCATT-TT---TGT-------AG-----TA-TC-Tctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|19 : ttgatcccctatctgccccccgtcacaccaggaaatcatatttgaacaacttgaatcctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaT--TA-C--ATGTAAA--T-----CTAAA-C--TTT---T-TT--GGC-G---CA-GTGGT---CC-TTGAAAAC-A-----T--TTTCAAA-TGA-CCTAGTTCA--TCCTA-TTTTG-----ACCAT-TT---CATG------AT-----GA-TC-TT--CCGTTGGCT-TTG---------AA-A---GGG
gi|2 : agcttataaCAAGTAGTAGCAAACTTTAATCCCCTATTGG-CCCGACC---CA--ACCCTGGGAGGGGGGGGGGGGCATTAAT-CT---AAACAA-CTTAAAATCCTACT-CCA-TATCAGGAA-GCTTT--CAGGTG--AATAT----C-CACCGTCT-----GG-T-CAATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGAAATTTCC-C--T---TATATAA--TCT-------TAT----G-CAAAG-T-T-G-G--T-CCCT-ATT--G-GGCCCCATCATAC--CCCCGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AA-CTTGAATCTCC--ACTATTATA-AGGAAGCTTTCAT--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCTAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGAATTTTA--AAGAT-----TTTCCCCTGTATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGTGGCCCCAC----GTACCCCCAGGGTCAATT-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTAT--T----CAGGAAGC--TTTCATA--T----AAATTACAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTGAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGAGGC-CCCAT--CGTACCCT-GGGGGTCATGATTAG-AACAAACCTA-AATCTCCTCTA--TA--TCA-GG-AAG-CTTTCATAT-AATTTC--AGCTTTT--CTGGCCCAG-T-G--GTTA--T------TGAGAAG-AT----T-TTTTA-AATG---TTTTCCCTATATACAATGTAATCAT-ATGTAAAA-AATTGATCCCCT---ATTGTGGCCCC---ATCGTACCCCCAG---GG------TCATGA---TTT-G-AAC-AAAC-CTGAA--TCTCCCCCT--A-TATACA-GAAA-GCT--TTGC--ATATAAAATT-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CG-----CTCTTG---------AA-G---GGGGCC--CA-G---T-C-----TGCATCATTTGCACAAACTTTGGATCCC-CT-----A-ACT--AAGA---ATGATT---ATGT-ACCAATTTT-GT---T--GA-AT----------T-GGCCAAGT-GGTTTCT------CGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--TAC------GAC---------G-ACGGACA-ACAGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|20 : TGT-ATTAAGTTT-GG---TTGAA-AT----------T-GGTTCAGA-GGTT-CG------GGAGAAGA---AGAT--GAAAA-------T-GTGAAG-AGTGT----ACGTCGAC------AACGACTAA---G-ACAGACA-ACGGA-------CAAATTTTGATCAGAA
gi|22 : gatcAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-CAATGTATATGTAA--GCGGCATAGATATCATAGTCGAA--T-TTG-A--C-CCCCGATT--GTGGCTCCATCCTACATTCAGGGGG-T--CAT-G-A
gi|23 : ---ACGATT----TGT-ACCAATTTT-GG---TT-GA-AT----------TTGACCCAGT-GGCCT-T------GGAGAAGA---AGTA--AAAAA-------T-GTG-------T------CA--GACA-----GAC---------G-ACGGGTA-AAAGG-------T-------GATCAGAAAA
gi|25 : -TGA-C--A--CCG--CCCTA-TTT---------GTT-T-------G------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TCG---------AT-G---GGGGCC--CG-G---T-C-------CTTCATTTGAACAAA
gi|26 : CCAGC-GGTT-CT------GGGGAAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTAAGATACG--GAC------AA------------ACAGACA-
gi|28 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-CTTT------GCATT-TT---CATG------TT-----TA-TC-TC--TC-----CT-TTG---------AT-G---GGGGTC--TG-G---T-C-----ga
gi|29 : C--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACA--GACA-----GACGGACAGACAG-ACAGACA-AAAGG-------C-------GATCAGc
gi|3 : A-TATCAGGAA-GCTTC---AAGTA--AATATTTCACGT-CC-TCT-----GG-TTCAATG-----------AAGAAAA-----TTTTAAA-AGA-ATTTCC-C--T----ATATAT--TTG-------CA-----ATAAAACATATTG-A--T-CCTT-ATT--GTGGTCC-AT--TAC--CCCTGGGGGT--CATAG-ATTTGAAC-AAACTTTTATCTTC--ACTAT-ATC-AGGAAGCTT-------------------------------T--TCT--GGCC-AGTAG--TTC-T-GG----AGAAGATTTT------------------CCCTATATA----------------CTTTGATCCCC-TA--TTGGGGCCCAATA---GTACCCCAGGGGTCA--T-----G-ATTT---GTA-ACAAACT-TGA--TAC-C--CACTATA-TATATCAGGAAGCATTTTCATA--T----AAATTTCAGC------TTTTCTGGC-CCAG--GTGT-TT---------------TCTTAA--GA---TTT-TCCCTAT---A-AA-TCATATGTAAA--ACTTTGATCCCC---TA-TTGGGGC-CCCAT--TGTACCCC-GGGGGTCATGATTTG-AACAAA-CTG-AATCTCCACTA--TA--TCA-GGTGAG-CTg
gi|30 : AAA-TAA-C--C--TCA--CCCAG-TTTTT-----GCATG-TC---GGTG------AT-----TA-TC-TG--CC-----CT-TTA---------GA-G---GGGGCaaaaacatc
gi|31 : TTCT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAA-------TCGTGAAACAGTTA----ACG--GACA-----GAC---------G-at
gi|32 : gccacgtg-------T-GTGAAA-AGTTA----ACA--GACA-----GAT---------G-ACAGACA-ACAGG-------T-------GATCAGAAAAG
gi|33 : A-------T-GTGAAA-AGTTA-----CA--GAC--------T---------G-ACAGACA-ACAGG-------T-------GATTAGAAAAGct
gi|34 : --CCA--ACCTA-TTTTT-----G---T-TT---TGTG------AT-----TA-TC-TT--CC-----CT-TTG---------Actca
gi|35 : AAA-------T-GTGAGA-AGTTT----ACG--AAC------GAC---------A-AC-GACA-caagagtancc
gi|36 : C--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACG--GAC------A-----------G-ACGGACA-cattgt
gi|37 : C--GAAAA-------T-GTGAAA-AGTTA----ACA--GACA-----GAC---------G-ga
gi|4 : A-----TTTTTAA-AAATATTTCC-A--A----ATATAA--ACC-------TAT----ATCGAAACT-TTGCA--T-CC-T-ATT--GTTGC---A--ATA------AGGGA-C--CAT-CCATTTGAAC-AAGCTT-AATCTGC--ACT-TTATA-ATGTCGCTT-CAA--ATATCAA-------TTTGACA-CTCT--------GCACATTCC--CTT-TCTG----AGATT-TTTTTA--CAGATAATTATTTTCGCTA-ATAA--AGCTAT-CTAA--CTTAG-TCCGC-TG--CTGTGGCCC-----------CTCCAGA--TAATC-------ATTC---G-A-ACAA-CTATCAA-TCT-TAACATTCTA-T----CAGGATGC--TTTTACGTTT----AAGTTTg
gi|5 : agaatgc-CT--GAC-C---CA-GTGGT---TC-TTAAGAAG-A-----T--TTTTACA-TAA-C--C--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT----GTG------TT-----TG-TC-TA--CT-----CT-TTG---------AA-----GGTACA--TG-G---C-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCTAGT-GG-TTCT------GGAATACA---AGAT--GAAAA-------T-GTGAAT-AGTTT----AT---GAC------GAC---------G-ACAGACA-ACGGATAAAATTT-------GACCAGAAAAGt
gi|6 : G-AGT-GACC-TTGGC--CCTTGCACTCTA-TAT-CA-GGAA-GCT--TT-A--AGGTAAA--T-----GTTG-----TAT---T-TT--GG-----------------TC-TTGAAAAG-A-----T--TTTTAAatcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|6 : gggccacatcgctcacctACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTT--AAGGTA--AATGT----TGTAT--TTT-----GG-T-CT-TG-----------AA-AAGA-----TTTTTAA-------------------TATATAT--TCA-------AAT----ATAAAAC-T-TTG-A--TCCCCT-ATT--GTGGCCCCACCATAC--CCCTGGGG-T--CAA-T-ATTTGTAC-AAACTGGAATTTCC--AC-AATATC-AGGAAGCTTCCAA--ATA--AA-------TTT--CAGTTTT--CCTTAGG-TCAGTAG--TTC-T-TG----AGAtatatattcaaatataaaactttgatcccctattgtggccccaccatacccctggggtcaatatttgtacaaactggaatttccacaatatcaggaagcttccaaataaatttcagttttccttaggtcagtagttcttgaga
gi|7 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggcccttgc-GGAA-GCT-----C--ATATAA---T-----TTCAG-C--TTTGGCTGTT--GGA-C---CC-GTGGT---GT-CTGAGAGA-T-----T--TTTTAAA-TG--C--A--CCA--TCCTA-TTTTT-----GTATT-TT---CATG------AT-----TA-CC-TCTGCC-----CA-TTG---------AT-G---A-------CG-------------TG-------TGCAC------TGAATCCCTTT-----A-ACCATAAGG---ATGATT---GTAT-A-TAAGTTT-G----T--GA-AT----------T-TGCCATGT-G-----T------TG-GAAAA---AGTC--GAAAA-------T-GTG--A-AGTTA----ACA--GACAGATCGGAC---------G-ACAGACAGACGAA-------C-------
gi|8 : A-G---GGGGCC--AA-GAGAT-C-----TGAA--ATTT--ACAA-TTTAAGGTCCC-TT-----GTCCC--AAAA---ATGCTT----CAT-ACCAAATTT-GAAAAG--AA-AT----------T-GGACTGGT-GGTT-AT------CAAGAAGA---AGTT--AAAAAGTTCAATT-GT-AAC-GGACG----ACG--GAC------GAC---------GCAC-GACG-ACGGA-------C-------GAgaca
gi|9 : -TGA-C--AT-CCA--CCCTA-TTTTTCCACCGCATT-TT---CA-G------ATA----TA-TCCTC--CC-----CT-TTGCGGGGGGGGAG-GTGGGGGGCT--TG-G---T-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCCA-C-G--TTCT------TGAACAGA---AGTC--GAAAA-------T-GTGAAA-A-TTA----ACA--GAT------CA----------G-ACAGACaaccaattgcacatagtcacctgagtttactcaggtgacctaaaaagtcga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGAAAGTGTAGTTATTGAATAGAGGTTAAATATGTTCAATTAATTGTTAATGCATGACAGACAAGTGGACAGTTGACTTGGACCAATAGCATTAAATTTCCTTTGAGTGACTCAGGTGACCTAAAAATG
Unaligned ( gi|21 ): CCAGTAGTTATGGCGGTGAAGATGAAAATGTGAAACTTTACAACGCTGACAAACAATTAACGGACAAATTTTGATCAGAAAAGCTCATTCAAGCCATCGGCTAAAAAGGTAAAG
Unaligned ( gi|24 ): AAGAAGTTAATAATGTTCAAACATTAACGCACGACTGACGACAACTTATAGCAATGAGTCACGTGAGTGACTCGGGTGACTTAAAAAGC
Unaligned ( gi|27 ): GAAATTGTGATAAGTTTACAACAACGACAAACAGACACATATTGATAAGCAAAAGTCACT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444 3333333 1 2222 1 1 1 1 222 11 5555555555555555555555555555555555555555 11111 333333333 444444444444444444444444444 111111 111 11 4444444444444444444444444 1111111 11 1111 33333333333333 3333333333333333 11 3333333 33333333333333 111 1111 2222222 11 2222222 333333 1 111 11 1 44444444 222 1 222 1 11 1 222 1 11 1 22 1 222 1 1 1 1 1 11 11 55555555555555555555 444444444 1 222 3333 1 1 222 222 55555555555 222 2 11 1 11 1111 2 22222222 11111111 11111 11111 111111 111 11111 1111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111111111111111111 1111111111 111 11111 222222222 222222222222222
lowQualScore : 444444444444444 0000000 1 22 1 5 1111 5 1 3 0 0 222 6 33 1 3333333333333333333333333333333333333333 66666 6 7 222222222 111111111111111111111111111 6 222222 1 6 99 1 2 555 99 1 9999 111 8 3 5 0 11 3333 8 6666666666666666666666666 5 6666666 3 1 11 8 8 7777 3 33333333333333 11 3 9999999999999999 0 8 11 0 1 7777777 0 88888888888888 444 8 8 0 0 8 88 7777 5555555 33 1 6666666 888888 3 666 44 3 6 88888888 7 333 3 333 7 3 88 3 333 7 1 3 88 3 00 3 333 3 3 3 3 5 88 88 6 33333333333333333333 666666666 3 333 0000 3 7 3 1 333 0 333 55555555555 7 333 6 0 22 0 33 1 4444 0 8 8 22222222 99999999 77777 33333 77 333333 5 000 5 5 22222 66 3 3 88888 33 2 99999 2 444 666666 88888 2 2 33 66666 2 9999999999999999 66 5 555 2 777777777777777777777777777777777777777777777777 555 0 1 0000 2 2 444444444444444444444444 3 2 1 2222222222 333 44 3 1 6666 111 2 22222 333333333 5555 9999 6 000000000000000
lowQualScore : ............... ....... . .. . . .... . . . . . ... . .. . ........................................ ..... . . ......... ........................... . ...... . . .. . . ... .. . .... ... . . . . .. .... . ......................... . ....... . . .. . . .... . .............. .. . ................ . . .. . . ....... . .............. ... . . . . . .. .... ....... .. . ....... ...... . ... .. . . ........ . ... . ... . . .. . ... . . . .. . .. . ... . . . . . .. .. . .................... ......... . ... .... . . . . ... . ... ........... . ... . . .. . .. . .... . . . ........ ........ ..... ..... .. ...... . ... . . ..... .. . . ..... .. . ..... . ... ...... ..... . . .. ..... . ................ .. . ... . ................................................ ... . . .... . . ........................ . . . .......... ... .. . . .... ... . ..... ......... .... .... . ...............
lowQualScore : 000000000000000 5555555 0 00 0 5 5555 5 0 3 0 0 555 5 88 2 8888888888888888888888888888888888888888 77777 7 5 555555555 000000000000000000000000000 7 000000 0 7 22 0 5 777 22 0 3333 777 0 8 0 8 00 4444 0 0000000000000000000000000 0 0000000 2 4 00 0 0 0000 2 00000000000000 55 2 8888888888888888 8 0 00 8 0 6666666 6 00000000000000 000 0 0 8 8 0 88 8888 5555555 88 2 0000000 333333 3 777 00 3 7 33333333 3 333 3 333 3 3 33 3 333 3 0 3 33 3 00 3 333 3 3 3 3 5 00 33 7 00000000000000000000 333333333 3 333 7777 3 3 3 0 333 7 333 00000000000 3 333 7 0 00 0 88 0 8888 0 0 0 00000000 33333333 77777 44444 99 666666 7 000 7 0 55555 99 3 1 33333 44 4 11111 4 111 888888 22222 4 4 44 22222 5 6666666666666666 88 7 000 9 111111111111111111111111111111111111111111111111 444 8 3 2222 7 5 888888888888888888888888 3 4 1 9999999999 999 55 5 7 7777 222 2 55555 999999999 3333 9999 2 999999999999999
consensus : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T---TATATAA--TCG-------TAT----GTCGAAN-T-TTG-A--T-CCCT-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAA--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCNAC----GTACCCCCAGGGTCAATC-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA-CCTGAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCNTCATTTGNACAAANTTCGNANCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GAC---------GA----CG---GACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
Reference ( family-73 ) : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T---TATATAA--TCG-------TAT----GTCGAAN-T-TTG-A--T-CCCT-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAA--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCNAC----GTACCCCCAGGGTCAATC-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA-CCTGAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCNTCATTTGNACAAANTTCGNANCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GAC---------GA----CG---GACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|1 : TCC--CTGGCCCAG-TCGACGTTCATT------TGAGAAGCACAGGAT-TTTTA-AAGAACTTTCTCCCTAATT---ATTCATTCAT-GTA-AAAA-CCTTGATCCCCT---ATTGGGGCCAT---ATAGTACCCCGGGCACGGT-----TCATGAATTCTTGGCAAC-AAAC-TTGAATTTCTCCTACT--AGTAT-CA-GGAATACTTCTC-C--ATACTAA--T-----TTCAGACCATTT---C-CTCGGGCTC---CATGCGGTTTCTT-TTGAGAAG-ACAGACT--TTTTAA
gi|1 : agcttaAAACCTTGATCCCCTATTGGG----GCCATATAGTACCCCGGG------CACGGTTCATGAATTCTTGGCAACAAACTTGAATTTCTCCTACTAGTATCAGGAATACTTCTCCA--TACTAATTT----CAGACCATTTCCTCGGGCT-CCATGCGGTTTCTTTTGAGAAGACAGACTTTTTAACAGATGTTTCCTC--T---TATATAAAATCA-------TATC---GTCAAAAGT-TTG-AGTC-CCCT-ATTATGTGGCCCCATCGTAC--CCCAGGGG-TTCCAT-G-ATTTGAACCAAACTTGA-TCTCCTCCCTAGTATCCAGGAAGCTT-CAATAATA--AAACATCAATCG--CAGCTTTTGCCT--GGCCCACTGAGTTTCAT-TAGAGAAGAAGATTTTTACAAAGAC-----TTCTCCCTATATAAGTTCATATTGTAAAACTTTGATCCCCCTACCTTGGGGCCCAAATATAGTACCCCCAGGG-CGGTCATTAGG-ACTTACTG-ACACAAACT-TGAACTCTTC--CTCTATAAT----CAGGAAAC--TTTCCAG--TTTTGAAATTTCAGCACATTCTCC-CTG-CGCCA-TGGTCTCTTGAGAAGAACGAATTTTTTTACAAGAGTATCTGTCCCTACCTAATAAATCATATGTAAACAATTTTGAT-TCCCCTTATTGTTGGCACCCATTCCGTACCCCCGGGGGTCATGATTTGAAAAAAACTTGAAATCCACTCTACTTGATTCACGG-AAGCCTTCCATATAAATTTCCAGGCTTTCCACTG--CCAGTT-G--CTTC--TATCGAGCAAGAAGAAT----TGTGTTACAAGA---TTTTTCTTCTA------TCAATTACAATGTCAAATCTTTGATCCCCTATGATCGGGATCCCACAACCGTACCCCCGG---GGGTCAATTCA-GA---TTTGGAAACAAAACATTGAA--TCTCACACT--A-TATCCACGGAA-GCT--TC-CGAATATAAA--CTTATGTTCAGAC--TTT---C-CT--CGC-CACACG-CTGGT---TCTTTGAGAAG-A-----CAGATTTAAACTGACC--A--CCA--CCCTACTTCTT-----GCATT-TTTAACGTGACTCTAAT-----TC-TC-CC--CC-----TT-CTGC--------AATG---AGGGCCATCGTG---T-C-------CTTCATTTGAACAAAATTCGAAGCCCGCTTC---C-ACC--CATA---GCGACTGCAGTGT-ACCAAGTTT-GC---T--GATATCTTGGTCCGAC-GGCCCAGC-GGTTT-T------TGAGAAGA---AGTT--GAAAAT-TTGGAA-AGTTT----AC-------------GAC---------GA----C----GCCA-ACGGcagatgtttcctcttatataaaatcatatcgtcaaaagtttgagtcccctattatgtggccccatcgtaccccaggggttccatgatttgaaccaaacttgatctcctccctagtatccaggaagcttcaataataaaacatcaatcgcagcttttgcctggcccactgagtttcattagagaagaagatttttacaaagacttctccctatataagttcatattgtaaaactttgatccccctaccttggggcccaaatatagtacccccagggcggtcattaggacttactgacacaaacttgaactcttcctctataatcaggaaactttccagttttgaaatttcagcacattctccctgcgccatggtctcttgagaagaacgaatttttttacaagagtatctgtccctacctaataaatcatatgtaaacaattttgattccccttattgttggcacccattccgtacccccgggggtcatgatttgaaaaaaacttgaaatccactctacttgattcacggaagccttccatataaatttccaggctttccactgccagttgcttctatcgagcaagaagaattgtgttacaagatttttcttctatcaattacaatgtcaaatctttgatcccctatgatcgggatcccacaaccgtacccccgggggtcaattcagatttggaaacaaaacattgaatctcacactatatccacggaagcttccgaatataaacttatgttcagactttcctcgccacacgctggttctttgagaagacagatttaaactgaccaccaccctacttcttgcatttttaacgtgactctaattctcccccttctgcaatgagggccatcgtgtccttcatttgaacaaaattcgaagcccgcttccacccatagcgactgcagtgtaccaagtttgctgatatcttggtccgacggcccagcggtttttgagaagaagttgaaaatttggaaagtttacgacgacgccaacggctcaggtg
gi|10 : agcttatccctggcccagtcgacgttcatttgagaagcacaggatttttaaagaactttctccctaattattcattcatgtaaTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTA------AT-----TA-TC-TT--CC-----TT-TCG---------T--G---AGGGTC--TG-G---T-C-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNNNNNAGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GACG--------GA----TG---GACAGACGGA-------C-------ctcaggtg
gi|11 : -TGA-CC-A--CCAGCTCCTA-TTTTTTA---GCATTAGT---CGTT------GTATGTACA-TC-TC--CC-----TT-T------------A-G---AGGGCC--TGCG---T-C-------CTTCAATTGAACAAAATT-GTAGCCCTCTTTACAA-GTA--AAGAGATATGA-T---GTGTAACCAAG-TT-GA---T--GA-AT----------T-TGCC-AGCTGGTTCCTCTTTACAGAG-AGA---AGTG--AAAAATAGTGAAA-AATgaaggacggaca
gi|12 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TG---CGT-------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTGAA-------AA-G---GGGACC--CA-G---T-C------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNGAAA-AGTTT----AC---GA-CA------AC---------GA----C----GACA-
gi|13 : -C--A--CCA--ACCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG-------T-----TACTC-TC--CC-----CT-TTG------------T---GGGGCCT-CG-G---TCC-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---AGTCAGAAAAAT-GTG-AA-AGTTA----AC
gi|14 : --CTA--CCTTT-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------GT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--TG-G---T-C-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---NNTCG-GAAAAT-GTGAAA-AGTT
gi|15 : cc--CCTTA-GTTTT-----GAATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----AT-TTG---------AT-G---GGAGCC--TG-G---T-T-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNG-----GTC--GAGAAT-GTGAAA-AATTA----
gi|16 : TGT-ACCAAGTTTGGC---T--GA-AT----------TCGGCCAAGC-G
gi|16 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatcCCAAGTTT-GGC--T--GC-AT----------TCGGCCAAGC-GGTT-CT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-ATGAAA-CATTA----ACnccaagtttggctgcattcggccaagcggttcttgagaagaagtcgaaaatatgaaacattaac
gi|17 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatctgtaccaagtttggctgaattcggccaagcgnTTGATCCCC-TA--T--CTGCCCCCC----GTCACACCAGGA--AATC-----ATATTT---G-A-AC-AACT-TGAA-TC
gi|17 : AGAAGCA-----T--TCTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA--TTTT-----GCATT-TT---TGT-------AG-----TA-TC-Tctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|19 : ttgatcccctatctgccccccgtcacaccaggaaatcatatttgaacaacttgaatcctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaT--TA-C--ATGTAAA--T-----CTAAA-C--TTT---T-TT--GGC-G---CA-GTGGT---CC-TTGAAAAC-A-----T--TTTCAAA-TGA-CCTAGTTCA--TCCTA-TTTTG-----ACCAT-TT---CATG------AT-----GA-TC-TT--CCGTTGGCT-TTG---------AA-A---GGG
gi|2 : agcttataaCAAGTAGTAGCAAACTTTAATCCCCTATTGG-CCCGACC---CA--ACCCTGGGAGGGGGGGGGGGGCATTAAT-CT---AAACAA-CTTAAAATCCTACT-CCA-TATCAGGAA-GCTTT--CAGGTG--AATAT----C-CACCGTCT-----GG-T-CAATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGAAATTTCC-C--T---TATATAA--TCT-------TAT----G-CAAAG-T-T-G-G--T-CCCT-ATT--G-GGCCCCATCATAC--CCCCGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AA-CTTGAATCTCC--ACTATTATA-AGGAAGCTTTCAT--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCTAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGAATTTTA--AAGAT-----TTTCCCCTGTATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGTGGCCCCAC----GTACCCCCAGGGTCAATT-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTAT--T----CAGGAAGC--TTTCATA--T----AAATTACAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTGAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGAGGC-CCCAT--CGTACCCT-GGGGGTCATGATTAGAACAAA-CCTAAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTTCATAT-AATTTC--AGCTTTT--CTGGCCCAG-T-G--GTTA--T------TGAGAAG-AT----T-TTTTA-AATG---TTTTCCCTATATACAATGTAATCAT-ATGTAAAA-AATTGATCCCCT---ATTGTGGCCCC---ATCGTACCCCCAG---GG------TCATGA---TTT-G-AAC-AAAC-CTGAA--TCTCCCCCT--A-TATACA-GAAA-GCT--TTGC--ATATAAAATT-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CG-----CTCTTG---------AA-G---GGGGCC--CA-G---T-C-----TGCATCATTTGCACAAACTTTGGATCCC-CT-----A-ACT--AAGA---ATGATT---ATGT-ACCAATTTT-GT---T--GA-AT----------T-GGCCAAGT-GGTTTCT------CGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--TA-C------GAC---------GA----CG---GACA-ACAGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|20 : TGT-ATTAAGTTT-GG---TTGAA-AT----------T-GGTTCAGA-GGTT-CG------GGAGAAGA---AGAT--GAAAAT-GTGAAG-AGTGT----ACGTCGA-CAAC---GACTAA------GA----CA---GACA-ACGGA-------CAAATTTTGATCAGAA
gi|21 : gatcGA---AGAT--GAAAAT-GTGAAA-CTTTACA--ACGCTGA-CA-----AAC---------AATTAACG---GACA-AATTT-------T-------GATCAGAAAAG
gi|22 : ccagtagttatggcggtAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-CAATGTATATGTAA--GCGGCATAGATATCATAGTCGAA--T-TTG-A--C-CCCCGATT--GTGGCTCCATCCTACATTCAGGGGG-T--CAT-G-Actcattcaagccatcggctaaaaaggtaaag
gi|23 : ---ACGATT----TGT-ACCAATTTT-GG---TT-GA-AT----------TTGACCCAGT-GGCCT-T------GGAGAAGA---AGTA--AAAAAT-GTG-------T------CA--GA-CA-----GAC---------GA----CG---GGTA-AAAGG-------T-------GATCAGAAAA
gi|25 : -TGA-C--A--CCG--CCCTA-TTT---------GTT-T-------G------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TCG---------AT-G---GGGGCC--CG-G---T-C-------CTTCATTTGAACAAA
gi|26 : CCAGC-GGTT-CT------GGGGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTAAGATACG--GA-CA-----AACA--------GA----CA---GA
gi|28 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-CTTT------GCATT-TT---CATG------TT-----TA-TC-TC--TC-----CT-TTG---------AT-G---GGGGTC--TG-G---T-C-----
gi|29 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACA--GA-CA-----GACGGACAGACAGA----CA---GACA-AAAGG-------C-------GATCAGc
gi|3 : A-TATCAGGAA-GCTTC---AAGTA--AATATTTCACGT-CC-TCT-----GG-TTCAATG-----------AAGAAAA-----TTTTAAA-AGA-ATTTCC-C--T----ATATAT--TTG-------CA-----ATAAAACATATTG-A--T-CCTT-ATT--GTGGTCC-AT--TAC--CCCTGGGGGT--CATAG-ATTTGAAC-AAACTTTTATCTTC--ACTAT-ATC-AGGAAGCTT-------------------------------T--TCT--GGCC-AGTAG--TTC-T-GG----AGAAGATTTT------------------CCCTATATA----------------CTTTGATCCCC-TA--TTGGGGCCCAATA---GTACCCCAGGGGTCA--T-----G-ATTT---GTA-ACAAACT-TGA--TAC-C--CACTATA-TATATCAGGAAGCATTTTCATA--T----AAATTTCAGC------TTTTCTGGC-CCAG--GTGT-TT---------------TCTTAA--GA---TTT-TCCCTAT---A-AA-TCATATGTAAA--ACTTTGATCCCC---TA-TTGGGGC-CCCAT--TGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA--CTGAA-TCTCCACTAT---AT-CA-GGTGAGC-Tg
gi|30 : AAA-TAA-C--C--TCA--CCCAG-TTTTT-----GCATG-TC---GGTG------AT-----TA-TC-TG--CC-----CT-TTA---------GA-G---GGGGCaaaaacatc
gi|31 : TTCT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAATCGTGAAACAGTTA----ACG--GA-CA-----GAC---------Gat
gi|32 : gccacgtgT-GTGAAA-AGTTA----ACA--GA-CA-----GAT---------GA----CA---GACA-ACAGG-------T-------GATCAGAAAAG
gi|33 : AT-GTGAAA-AGTTA------------CA-----GACT--------GA----CA---GACA-ACAGG-------T-------GATTAGAAAAGct
gi|34 : --CCA--ACCTA-TTTTT-----G---T-TT---TGTG------AT-----TA-TC-TT--CC-----CT-TTG---------Actca
gi|36 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GACG--------GA----CA---GAcaagagtancc
gi|37 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACA--GA-CA-----GAC---------G
gi|4 : A-----TTTTTAA-AAATATTTCC-A--A----ATATAA--ACC-------TAT----ATCGAAACT-TTGCA--T-CC-T-ATT--GTTGC---A--ATA------AGGGA-C--CAT-CCATTTGAAC-AAGCTT-AATCTGC--ACT-TTATA-ATGTCGCTT-CAA--ATATCAA-------TTTGACA-CTCT--------GCACATTCC--CTT-TCTG----AGATT-TTTTTA--CAGATAATTATTTTCGCTA-ATAA--AGCTAT-CTAA--CTTAG-TCCGC-TG--CTGTGGCCC-----------CTCCAGA--TAATC-------ATTC---G-A-ACAA-CTATCAA-TCT-TAACATTCTA-T----CAGGATGC--TTTTACGTTT----AAGTTTg
gi|5 : agaatgc-CT--GAC-C---CA-GTGGT---TC-TTAAGAAG-A-----T--TTTTACA-TAA-C--C--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT----GTG------TT-----TG-TC-TA--CT-----CT-TTG---------AA-----GGTACA--TG-G---C-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCTAGT-GG-TTCT------GGAATACA---AGAT--GAAAAT-GTGAAT-AGTTT----AT---GA-C------GAC---------GA----CA---GACA-ACGGATAAAATTT-------GACCAGAAAAGt
gi|6 : G-AGT-GACC-TTGGC--CCTTGCACTCTA-TAT-CA-GGAA-GCT--TT-A--AGGTAAA--T-----GTTG-----TAT---T-TT--GG-----------------TC-TTGAAAAG-A-----T--TTTTAAatcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|6 : gggccacatcgctcacctACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTT--AAGGTA--AATGT----TGTAT--TTT-----GG-T-CT-TG-----------AA-AAGA-----TTTTTAA-------------------TATATAT--TCA-------AAT----ATAAAAC-T-TTG-A--TCCCCT-ATT--GTGGCCCCACCATAC--CCCTGGGG-T--CAA-T-ATTTGTAC-AAACTGGAATTTCC--AC-AATATC-AGGAAGCTTCCAA--ATA--AA-------TTT--CAGTTTT--CCTTAGG-TCAGTAG--TTC-T-TG----AGAtatatattcaaatataaaactttgatcccctattgtggccccaccatacccctggggtcaatatttgtacaaactggaatttccacaatatcaggaagcttccaaataaatttcagttttccttaggtcagtagttcttgaga
gi|7 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggcccttgc-GGAA-GCT-----C--ATATAA---T-----TTCAG-C--TTTGGCTGTT--GGA-C---CC-GTGGT---GT-CTGAGAGA-T-----T--TTTTAAA-TG--C--A--CCA--TCCTA-TTTTT-----GTATT-TT---CATG------AT-----TA-CC-TCTGCC-----CA-TTG---------AT-G---A-------CG-------------TG-------TGCAC------TGAATCCCTTT-----A-ACCATAAGG---ATGATT---GTAT-A-TAAGTTT-G----T--GA-AT----------T-TGCCATGT-G-----T------TG-GAAAA---AGTC--GAAAAT-GTG--A-AGTTA----ACA--GA-CAGATCGGAC---------GA----CA---GACAGACGAA-------C-------
gi|8 : A-G---GGGGCC--AA-GAGAT-C-----TGAA--ATTT--ACAA-TTTAAGGTCCC-TT-----GTCCC--AAAA---ATGCTT----CAT-ACCAAATTT-GAAAAG--AA-AT----------T-GGACTGGT-GGTT-AT------CAAGAAGA---AGTT--AAAAA--GTTCAA-TTGTA----ACG--GA-CGACG--GAC---------GA----CGCACGACG-ACGGA-------C-------GAgaca
gi|9 : -TGA-C--AT-CCA--CCCTA-TTTTTCCACCGCATT-TT---CA-G------ATA----TA-TCCTC--CC-----CT-TTGCGGGGGGGGAG-GTGGGGGGCT--TG-G---T-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCCA-C-G--TTCT------TGAACAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-A-TTA----ACA--GATCA-----GACA--------GA----Caaccaattgcacatagtcacctgagtttactcaggtgacctaaaaagtcga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGAAAGTGTAGTTATTGAATAGAGGTTAAATATGTTCAATTAATTGTTAATGCATGACAGACAAGTGGACAGTTGACTTGGACCAATAGCATTAAATTTCCTTTGAGTGACTCAGGTGACCTAAAAATG
Unaligned ( gi|24 ): AAGAAGTTAATAATGTTCAAACATTAACGCACGACTGACGACAACTTATAGCAATGAGTCACGTGAGTGACTCGGGTGACTTAAAAAGC
Unaligned ( gi|27 ): GAAATTGTGATAAGTTTACAACAACGACAAACAGACACATATTGATAAGCAAAAGTCACT
Unaligned ( gi|35 ): AAATGTGAGAAGTTTACGAACGACAACGACACATTGT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444 3333333 1 2222 1 1 1 1 222 11 5555555555555555555555555555555555555555 11111 333333333 444444444444444444444444444 111111 111 11 4444444444444444444444444 1111111 11 1111 33333333333333 3333333333333333 11 3333333 33333333333333 111 1111 2222222 11 2222222 333333 1 111 11 1 44444444 222 1 222 1 11 1 222 1 11 1 22 1 222 1 1 1 1 1 11 11 55555555555555555555 444444444 1 222 3333 1 1 222 222 55555555555 222 2 11 1 11 1111 2 22222222 11111111 11111 11111 111111 111 11111 1111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111111111111111111 1111111111 111 11111 222222222 222222222222222
lowQualScore : 444444444444444 0000000 1 22 1 5 1111 5 1 3 0 0 222 6 33 1 3333333333333333333333333333333333333333 66666 6 7 222222222 111111111111111111111111111 6 222222 1 6 99 1 2 555 99 1 9999 111 8 3 5 0 11 3333 8 6666666666666666666666666 5 6666666 3 1 11 8 8 7777 3 33333333333333 11 3 9999999999999999 0 8 11 0 1 7777777 0 88888888888888 444 8 8 0 0 8 88 7777 5555555 33 1 6666666 888888 3 666 44 3 6 88888888 7 333 3 333 7 3 88 3 333 7 1 3 88 3 00 3 333 3 3 3 3 5 88 88 6 33333333333333333333 666666666 3 333 0000 3 7 3 1 333 0 333 55555555555 7 333 6 0 22 0 33 1 4444 0 8 8 22222222 99999999 77777 33333 77 333333 5 000 5 5 22222 66 3 3 88888 33 2 99999 2 444 666666 88888 2 2 33 66666 2 9999999999999999 66 5 555 2 777777777777777777777777777777777777777777777777 555 0 1 0000 2 2 444444444444444444444444 3 2 1 2222222222 333 44 3 1 6666 111 2 22222 333333333 5555 9999 6 000000000000000
lowQualScore : ............... ....... . .. . . .... . . . . . ... . .. . ........................................ ..... . . ......... ........................... . ...... . . .. . . ... .. . .... ... . . . . .. .... . ......................... . ....... . . .. . . .... . .............. .. . ................ . . .. . . ....... . .............. ... . . . . . .. .... ....... .. . ....... ...... . ... .. . . ........ . ... . ... . . .. . ... . . . .. . .. . ... . . . . . .. .. . .................... ......... . ... .... . . . . ... . ... ........... . ... . . .. . .. . .... . . . ........ ........ ..... ..... .. ...... . ... . . ..... .. . . ..... .. . ..... . ... ...... ..... . . .. ..... . ................ .. . ... . ................................................ ... . . .... . . ........................ . . . .......... ... .. . . .... ... . ..... ......... .... .... . ...............
lowQualScore : 000000000000000 5555555 0 00 0 5 5555 5 0 3 0 0 555 5 88 2 8888888888888888888888888888888888888888 77777 7 5 555555555 000000000000000000000000000 7 000000 0 7 22 0 5 777 22 0 3333 777 0 8 0 8 00 4444 0 0000000000000000000000000 0 0000000 2 4 00 0 0 0000 2 00000000000000 55 2 8888888888888888 8 0 00 8 0 6666666 6 00000000000000 000 0 0 8 8 0 88 8888 5555555 88 2 0000000 333333 3 777 00 3 7 33333333 3 333 3 333 3 3 33 3 333 3 0 3 33 3 00 3 333 3 3 3 3 5 00 33 7 00000000000000000000 333333333 3 333 7777 3 3 3 0 333 7 333 00000000000 3 333 7 0 00 0 88 0 8888 0 0 0 00000000 33333333 77777 44444 99 666666 7 000 7 0 55555 99 3 1 33333 44 4 11111 4 111 888888 22222 4 4 44 22222 5 6666666666666666 88 7 000 9 111111111111111111111111111111111111111111111111 444 8 3 2222 7 5 888888888888888888888888 3 4 1 9999999999 999 55 5 7 7777 222 2 55555 999999999 3333 9999 2 999999999999999
consensus : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T---TATATAA--TCG-------TAT----GTCGAAN-T-TTG-A--T-CCCT-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAA--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCNAC----GTACCCCCAGGGTCAATC-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA-CCTGAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCNTCATTTGNACAAANTTCGNANCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GAC---------GA----CG---GACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
Reference ( family-73 ) : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T---TATATAA--TCG-------TAT----GTCGAAN-T-TTG-A--T-CCCT-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAA--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCNAC----GTACCCCCAGGGTCAATC-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA-CCTGAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCNTCATTTGNACAAANTTCGNANCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GAC---------GA----CG---GACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|1 : TCC--CTGGCCCAG-TCGACGTTCATT------TGAGAAGCACAGGAT-TTTTA-AAGAACTTTCTCCCTAATT---ATTCATTCAT-GTA-AAAA-CCTTGATCCCCT---ATTGGGGCCAT---ATAGTACCCCGGGCACGGT-----TCATGAATTCTTGGCAAC-AAAC-TTGAATTTCTCCTACT--AGTAT-CA-GGAATACTTCTC-C--ATACTAA--T-----TTCAGACCATTT---C-CTCGGGCTC---CATGCGGTTTCTT-TTGAGAAG-ACAGACT--TTTTAA
gi|1 : agcttaAAACCTTGATCCCCTATTGGG----GCCATATAGTACCCCGGG------CACGGTTCATGAATTCTTGGCAACAAACTTGAATTTCTCCTACTAGTATCAGGAATACTTCTCCA--TACTAATTT----CAGACCATTTCCTCGGGCT-CCATGCGGTTTCTTTTGAGAAGACAGACTTTTTAACAGATGTTTCCTC--T---TATATAAAATCA-------TATC---GTCAAAAGT-TTG-AGTC-CCCT-ATTATGTGGCCCCATCGTAC--CCCAGGGG-TTCCAT-G-ATTTGAACCAAACTTGA-TCTCCTCCCTAGTATCCAGGAAGCTT-CAATAATA--AAACATCAATCG--CAGCTTTTGCCT--GGCCCACTGAGTTTCAT-TAGAGAAGAAGATTTTTACAAAGAC-----TTCTCCCTATATAAGTTCATATTGTAAAACTTTGATCCCCCTACCTTGGGGCCCAAATATAGTACCCCCAGGG-CGGTCATTAGG-ACTTACTG-ACACAAACT-TGAACTCTTC--CTCTATAAT----CAGGAAAC--TTTCCAG--TTTTGAAATTTCAGCACATTCTCC-CTG-CGCCA-TGGTCTCTTGAGAAGAACGAATTTTTTTACAAGAGTATCTGTCCCTACCTAATAAATCATATGTAAACAATTTTGAT-TCCCCTTATTGTTGGCACCCATTCCGTACCCCCGGGGGTCATGATTTGAAAAAAACTTGAAATCCACTCTACTTGATTCACGG-AAGCCTTCCATATAAATTTCCAGGCTTTCCACTG--CCAGTT-G--CTTC--TATCGAGCAAGAAGAAT----TGTGTTACAAGA---TTTTTCTTCTA------TCAATTACAATGTCAAATCTTTGATCCCCTATGATCGGGATCCCACAACCGTACCCCCGG---GGGTCAATTCA-GA---TTTGGAAACAAAACATTGAA--TCTCACACT--A-TATCCACGGAA-GCT--TC-CGAATATAAA--CTTATGTTCAGAC--TTT---C-CT--CGC-CACACG-CTGGT---TCTTTGAGAAG-A-----CAGATTTAAACTGACC--A--CCA--CCCTACTTCTT-----GCATT-TTTAACGTGACTCTAAT-----TC-TC-CC--CC-----TT-CTGC--------AATG---AGGGCCATCGTG---T-C-------CTTCATTTGAACAAAATTCGAAGCCCGCTTC---C-ACC--CATA---GCGACTGCAGTGT-ACCAAGTTT-GC---T--GATATCTTGGTCCGAC-GGCCCAGC-GGTTT-T------TGAGAAGA---AGTT--GAAAAT-TTGGAA-AGTTT----AC-------------GAC---------GA----C----GCCA-ACGGcagatgtttcctcttatataaaatcatatcgtcaaaagtttgagtcccctattatgtggccccatcgtaccccaggggttccatgatttgaaccaaacttgatctcctccctagtatccaggaagcttcaataataaaacatcaatcgcagcttttgcctggcccactgagtttcattagagaagaagatttttacaaagacttctccctatataagttcatattgtaaaactttgatccccctaccttggggcccaaatatagtacccccagggcggtcattaggacttactgacacaaacttgaactcttcctctataatcaggaaactttccagttttgaaatttcagcacattctccctgcgccatggtctcttgagaagaacgaatttttttacaagagtatctgtccctacctaataaatcatatgtaaacaattttgattccccttattgttggcacccattccgtacccccgggggtcatgatttgaaaaaaacttgaaatccactctacttgattcacggaagccttccatataaatttccaggctttccactgccagttgcttctatcgagcaagaagaattgtgttacaagatttttcttctatcaattacaatgtcaaatctttgatcccctatgatcgggatcccacaaccgtacccccgggggtcaattcagatttggaaacaaaacattgaatctcacactatatccacggaagcttccgaatataaacttatgttcagactttcctcgccacacgctggttctttgagaagacagatttaaactgaccaccaccctacttcttgcatttttaacgtgactctaattctcccccttctgcaatgagggccatcgtgtccttcatttgaacaaaattcgaagcccgcttccacccatagcgactgcagtgtaccaagtttgctgatatcttggtccgacggcccagcggtttttgagaagaagttgaaaatttggaaagtttacgacgacgccaacggctcaggtg
gi|10 : agcttatccctggcccagtcgacgttcatttgagaagcacaggatttttaaagaactttctccctaattattcattcatgtaaTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTA------AT-----TA-TC-TT--CC-----TT-TCG---------T--G---AGGGTC--TG-G---T-C-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNNNNNAGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GACG--------GA----TG---GACAGACGGA-------C-------ctcaggtg
gi|11 : -TGA-CC-A--CCAGCTCCTA-TTTTTTA---GCATTAGT---CGTT------GTATGTACA-TC-TC--CC-----TT-T------------A-G---AGGGCC--TGCG---T-C-------CTTCAATTGAACAAAATT-GTAGCCCTCTTTACAA-GTA--AAGAGATATGA-T---GTGTAACCAAG-TT-GA---T--GA-AT----------T-TGCC-AGCTGGTTCCTCTTTACAGAG-AGA---AGTG--AAAAATAGTGAAA-AATgaaggacggaca
gi|12 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TG---CGT-------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTGAA-------AA-G---GGGACC--CA-G---T-C------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNGAAA-AGTTT----AC---GA-CA------AC---------GA----C----GACA-
gi|13 : -C--A--CCA--ACCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG-------T-----TACTC-TC--CC-----CT-TTG------------T---GGGGCCT-CG-G---TCC-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---AGTCAGAAAAAT-GTG-AA-AGTTA----AC
gi|14 : --CTA--CCTTT-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------GT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--TG-G---T-C-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---NNTCG-GAAAAT-GTGAAA-AGTT
gi|15 : cc--CCTTA-GTTTT-----GAATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----AT-TTG---------AT-G---GGAGCC--TG-G---T-T-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNG-----GTC--GAGAAT-GTGAAA-AATTA----
gi|16 : TGT-ACCAAGTTTGGC---T--GA-AT----------TCGGCCAAGC-G
gi|16 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatcCCAAGTTT-GGC--T--GC-AT----------TCGGCCAAGC-GGTT-CT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-ATGAAA-CATTA----ACnccaagtttggctgcattcggccaagcggttcttgagaagaagtcgaaaatatgaaacattaac
gi|17 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatctgtaccaagtttggctgaattcggccaagcgnTTGATCCCC-TA--T--CTGCCCCCC----GTCACACCAGGA--AATC-----ATATTT---G-A-AC-AACT-TGAA-TC
gi|17 : AGAAGCA-----T--TCTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA--TTTT-----GCATT-TT---TGT-------AG-----TA-TC-Tctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|19 : ttgatcccctatctgccccccgtcacaccaggaaatcatatttgaacaacttgaatcctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaT--TA-C--ATGTAAA--T-----CTAAA-C--TTT---T-TT--GGC-G---CA-GTGGT---CC-TTGAAAAC-A-----T--TTTCAAA-TGA-CCTAGTTCA--TCCTA-TTTTG-----ACCAT-TT---CATG------AT-----GA-TC-TT--CCGTTGGCT-TTG---------AA-A---GGG
gi|2 : agcttataaCAAGTAGTAGCAAACTTTAATCCCCTATTGG-CCCGACC---CA--ACCCTGGGAGGGGGGGGGGGGCATTAAT-CT---AAACAA-CTTAAAATCCTACT-CCA-TATCAGGAA-GCTTT--CAGGTG--AATAT----C-CACCGTCT-----GG-T-CAATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGAAATTTCC-C--T---TATATAA--TCT-------TAT----G-CAAAG-T-T-G-G--T-CCCT-ATT--G-GGCCCCATCATAC--CCCCGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AA-CTTGAATCTCC--ACTATTATA-AGGAAGCTTTCAT--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCTAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGAATTTTA--AAGAT-----TTTCCCCTGTATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGTGGCCCCAC----GTACCCCCAGGGTCAATT-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTAT--T----CAGGAAGC--TTTCATA--T----AAATTACAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTGAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGAGGC-CCCAT--CGTACCCT-GGGGGTCATGATTAGAACAAA-CCTAAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTTCATAT-AATTTC--AGCTTTT--CTGGCCCAG-T-G--GTTA--T------TGAGAAG-AT----T-TTTTA-AATG---TTTTCCCTATATACAATGTAATCAT-ATGTAAAA-AATTGATCCCCT---ATTGTGGCCCC---ATCGTACCCCCAG---GG------TCATGA---TTT-G-AAC-AAAC-CTGAA--TCTCCCCCT--A-TATACA-GAAA-GCT--TTGC--ATATAAAATT-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CG-----CTCTTG---------AA-G---GGGGCC--CA-G---T-C-----TGCATCATTTGCACAAACTTTGGATCCC-CT-----A-ACT--AAGA---ATGATT---ATGT-ACCAATTTT-GT---T--GA-AT----------T-GGCCAAGT-GGTTTCT------CGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--TA-C------GAC---------GA----CG---GACA-ACAGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|20 : TGT-ATTAAGTTT-GG---TTGAA-AT----------T-GGTTCAGA-GGTT-CG------GGAGAAGA---AGAT--GAAAAT-GTGAAG-AGTGT----ACGTCGA-CAAC---GACTAA------GA----CA---GACA-ACGGA-------CAAATTTTGATCAGAA
gi|21 : gatcGA---AGAT--GAAAAT-GTGAAA-CTTTACA--ACGCTGA-CA-----AAC---------AATTAACG---GACA-AATTT-------T-------GATCAGAAAAG
gi|22 : ccagtagttatggcggtAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-CAATGTATATGTAA--GCGGCATAGATATCATAGTCGAA--T-TTG-A--C-CCCCGATT--GTGGCTCCATCCTACATTCAGGGGG-T--CAT-G-Actcattcaagccatcggctaaaaaggtaaag
gi|23 : ---ACGATT----TGT-ACCAATTTT-GG---TT-GA-AT----------TTGACCCAGT-GGCCT-T------GGAGAAGA---AGTA--AAAAAT-GTG-------T------CA--GA-CA-----GAC---------GA----CG---GGTA-AAAGG-------T-------GATCAGAAAA
gi|25 : -TGA-C--A--CCG--CCCTA-TTT---------GTT-T-------G------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TCG---------AT-G---GGGGCC--CG-G---T-C-------CTTCATTTGAACAAA
gi|26 : CCAGC-GGTT-CT------GGGGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTAAGATACG--GA-CA-----AACA--------GA----CA---GA
gi|28 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-CTTT------GCATT-TT---CATG------TT-----TA-TC-TC--TC-----CT-TTG---------AT-G---GGGGTC--TG-G---T-C-----
gi|29 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACA--GA-CA-----GACGGACAGACAGA----CA---GACA-AAAGG-------C-------GATCAGc
gi|3 : A-TATCAGGAA-GCTTC---AAGTA--AATATTTCACGT-CC-TCT-----GG-TTCAATG-----------AAGAAAA-----TTTTAAA-AGA-ATTTCC-C--T----ATATAT--TTG-------CA-----ATAAAACATATTG-A--T-CCTT-ATT--GTGGTCC-AT--TAC--CCCTGGGGGT--CATAG-ATTTGAAC-AAACTTTTATCTTC--ACTAT-ATC-AGGAAGCTT-------------------------------T--TCT--GGCC-AGTAG--TTC-T-GG----AGAAGATTTT------------------CCCTATATA----------------CTTTGATCCCC-TA--TTGGGGCCCAATA---GTACCCCAGGGGTCA--T-----G-ATTT---GTA-ACAAACT-TGA--TAC-C--CACTATA-TATATCAGGAAGCATTTTCATA--T----AAATTTCAGC------TTTTCTGGC-CCAG--GTGT-TT---------------TCTTAA--GA---TTT-TCCCTAT---A-AA-TCATATGTAAA--ACTTTGATCCCC---TA-TTGGGGC-CCCAT--TGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA--CTGAA-TCTCCACTAT---AT-CA-GGTGAGC-Tg
gi|30 : AAA-TAA-C--C--TCA--CCCAG-TTTTT-----GCATG-TC---GGTG------AT-----TA-TC-TG--CC-----CT-TTA---------GA-G---GGGGCaaaaacatc
gi|31 : TTCT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAATCGTGAAACAGTTA----ACG--GA-CA-----GAC---------Gat
gi|32 : gccacgtgT-GTGAAA-AGTTA----ACA--GA-CA-----GAT---------GA----CA---GACA-ACAGG-------T-------GATCAGAAAAG
gi|33 : AT-GTGAAA-AGTTA------------CA-----GACT--------GA----CA---GACA-ACAGG-------T-------GATTAGAAAAGct
gi|34 : --CCA--ACCTA-TTTTT-----G---T-TT---TGTG------AT-----TA-TC-TT--CC-----CT-TTG---------Actca
gi|36 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GACG--------GA----CA---GAcaagagtancc
gi|37 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACA--GA-CA-----GAC---------G
gi|4 : A-----TTTTTAA-AAATATTTCC-A--A----ATATAA--ACC-------TAT----ATCGAAACT-TTGCA--T-CC-T-ATT--GTTGC---A--ATA------AGGGA-C--CAT-CCATTTGAAC-AAGCTT-AATCTGC--ACT-TTATA-ATGTCGCTT-CAA--ATATCAA-------TTTGACA-CTCT--------GCACATTCC--CTT-TCTG----AGATT-TTTTTA--CAGATAATTATTTTCGCTA-ATAA--AGCTAT-CTAA--CTTAG-TCCGC-TG--CTGTGGCCC-----------CTCCAGA--TAATC-------ATTC---G-A-ACAA-CTATCAA-TCT-TAACATTCTA-T----CAGGATGC--TTTTACGTTT----AAGTTTg
gi|5 : agaatgc-CT--GAC-C---CA-GTGGT---TC-TTAAGAAG-A-----T--TTTTACA-TAA-C--C--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT----GTG------TT-----TG-TC-TA--CT-----CT-TTG---------AA-----GGTACA--TG-G---C-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCTAGT-GG-TTCT------GGAATACA---AGAT--GAAAAT-GTGAAT-AGTTT----AT---GA-C------GAC---------GA----CA---GACA-ACGGATAAAATTT-------GACCAGAAAAGt
gi|6 : G-AGT-GACC-TTGGC--CCTTGCACTCTA-TAT-CA-GGAA-GCT--TT-A--AGGTAAA--T-----GTTG-----TAT---T-TT--GG-----------------TC-TTGAAAAG-A-----T--TTTTAAatcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|6 : gggccacatcgctcacctACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTT--AAGGTA--AATGT----TGTAT--TTT-----GG-T-CT-TG-----------AA-AAGA-----TTTTTAA-------------------TATATAT--TCA-------AAT----ATAAAAC-T-TTG-A--TCCCCT-ATT--GTGGCCCCACCATAC--CCCTGGGG-T--CAA-T-ATTTGTAC-AAACTGGAATTTCC--AC-AATATC-AGGAAGCTTCCAA--ATA--AA-------TTT--CAGTTTT--CCTTAGG-TCAGTAG--TTC-T-TG----AGAtatatattcaaatataaaactttgatcccctattgtggccccaccatacccctggggtcaatatttgtacaaactggaatttccacaatatcaggaagcttccaaataaatttcagttttccttaggtcagtagttcttgaga
gi|7 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggcccttgc-GGAA-GCT-----C--ATATAA---T-----TTCAG-C--TTTGGCTGTT--GGA-C---CC-GTGGT---GT-CTGAGAGA-T-----T--TTTTAAA-TG--C--A--CCA--TCCTA-TTTTT-----GTATT-TT---CATG------AT-----TA-CC-TCTGCC-----CA-TTG---------AT-G---A-------CG-------------TG-------TGCAC------TGAATCCCTTT-----A-ACCATAAGG---ATGATT---GTAT-A-TAAGTTT-G----T--GA-AT----------T-TGCCATGT-G-----T------TG-GAAAA---AGTC--GAAAAT-GTG--A-AGTTA----ACA--GA-CAGATCGGAC---------GA----CA---GACAGACGAA-------C-------
gi|8 : A-G---GGGGCC--AA-GAGAT-C-----TGAA--ATTT--ACAA-TTTAAGGTCCC-TT-----GTCCC--AAAA---ATGCTT----CAT-ACCAAATTT-GAAAAG--AA-AT----------T-GGACTGGT-GGTT-AT------CAAGAAGA---AGTT--AAAAA--GTTCAA-TTGTA----ACG--GA-CGACG--GAC---------GA----CGCACGACG-ACGGA-------C-------GAgaca
gi|9 : -TGA-C--AT-CCA--CCCTA-TTTTTCCACCGCATT-TT---CA-G------ATA----TA-TCCTC--CC-----CT-TTGCGGGGGGGGAG-GTGGGGGGCT--TG-G---T-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-----N-NNN--NNNN---NNNNNN---NNNN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCCA-C-G--TTCT------TGAACAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-A-TTA----ACA--GATCA-----GACA--------GA----Caaccaattgcacatagtcacctgagtttactcaggtgacctaaaaagtcga
blockSeqs : CCCGACCCA AGGGGGG G GG T . A . A . . . C G . A TTCACGTCCTCTGGTTCAATG . . A CAATGTAT GCGGCATAGATATCATAGTCGAA A CAT C G . C C TCA AT C GT AG . A G . TATT . CAAATATCAATTTGA G CCTTA T G . . C . A TACAGATAATTA TC T ATCATATGTAAA . . C AATA GTCAATTG . T . A A TAA ATATAT AT T TTT . T GC GT . G . A . . . T . . C . T A . . . C . . . . T . . . CA G TTGCTTCTATCGAGC AATTG C . TACA A T T T ATG ACA GGGTCAAT T . G A AA A . A CTA C C . TCCGA CTTATG GAC GGCTG . CCACA . . T C . AG . . CTAGT GC . CCACC A . . ATGTA C C TG GTTGG C CGGGGGGGGAGGTGG T C AGA C GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GAT N N A G AAAAGAAATT N T N CCTCTTTACA NNN AG A C AGAT GTC T GATCG GGACAGACA TTAA GCAC G CAAATTTT
blockSeqs : . . . A A . A CCACCGTCTGGTCAATG . . T CTT ACCTATATCGAAAC . ATC C . . T C TCC . G T CC . G T . TAT . TCATATAAATTT G CCT C A . . . . A TAAAGAT TT T AAGCTATCTAA . . T CCC AAATCAT . . . . A C AT . T T . . C G . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . TGGTTATT ATT . . . . T . A . . GG . . . . A . . C A A . . TTGC ATT AC C . CG . . . . . . . . CA . . TA . . . A . . . . . AAAAG . . . . CTTCAATTGAACAAAATTGTAGCCCTCTTTACAAGTA . N G . . GCTGCATTC N . T NNNN . G C . CA GCT . ACG TAA . G G TAAAATTT
blockSeqs : . . . G . G TGTATTTTGGTCTTG . . T CT TTGCAATAAAACA . GT T . . C C CCA . T T G . A G . TTT . CCAAATAAATTT . TCT C C . . . . . . . . . . . G CAC GTCATG . . . . A C T . C T . G . . G A . . . TAC T GC T . CC . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . AAG . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . N N . . GTTGAAATT N . N NNNN . . . . . G . AC G . G . C
blockSeqs : . . . AA TCAAATATAAAAC . AC C . . C . T . A C G . . . . AAT . . . . . A . . . . . . T . TAATC . . . . . . . TTA T GC T . CC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . ATG . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . N N . . GTTGAATTT N . N NNNN . . . . . G . . A . A . T
blockSeqs : . . . T TCTTATGCAAAG . AT . . . . . A . T T T C T . T . AC . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AAA . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . N N . . CTGAATTC N . N NNNN . . . . . A . . T . G . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AAG . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T N . . NNNNNNN A . N NNNN . . . . . G . . G . G . C
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . ATG . . . . TGCATCATTTGCACAAACTTTGGATCCCCTAACT . T A . . ATGAATT A . T TCTC . . . . . A . . A . A . T
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . ATG . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . N N . . NNNNNNN A . T TCTT . . . . . G . . . . A . T
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . GAG . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T G . . NNNNNNN C . T TCTG . . . . . A . . . . A . C
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . ATG . . . . TGAAATTTACAATTTAAGGTCCCTTGTCCC . T N . . NNNNNNN C . C TCTT . . . . . G . . . . A . C
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . TG . . . . TGTGCACTGAATCCCTTTAACCAT . N . . . NNNNNNN C . T CTT . . . . . A . . . . A .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . TTGAATT T . T CGG . . . . . A . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . NNNNNNN A . . TTG . . . . . G . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . NNNNNNN T . . CTG . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TGAATT C . . ATC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ***** CT******* NCNTATATAAAAC************** AT**** ** T*** ** TAT* CAATAAATTT*************** CCT**** ** **** ** C****** GTCAT********* *** A* TCAC**** GC*** ** CC**** *** ***** *** ****** ANG************* ** TGCATCATTTGCACAAACTTTGGATCCCCTAACT************** G*** NTGAATT***************** TCTN****** G** A***
originalCons : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCC-C--T---TATATAA--TCG-------TAT----GTCGAAN-T-TTG-A--T-CCCT-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTATTATC-AGGAAGCTT-CAA--ATA--AA-------TTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCNAC----GTACCCCCAGGGTCAATC-----G-ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA-CCTGAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCT--TC-C--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTG---------AA-G---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCNTCATTTGNACAAANTTCGNANCCC-CT-----A-ACC--AAGA---ACGATT---GTGT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GAC---------GA----CG---GACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
finalCons : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCCCT-------ATATAANCNTATATAAAAC--------------T-TTGAT----CCCT-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGGT---CAT-G-ATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTAT-ATC-AGGAAGCTTCAATAAATTT---------------CAGCTTTCCT----GGCCCAGTGG--TTC-T-TG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--TTGNGGCCCC------GTACCCCCAGGGTCAT---------ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA-CCTGAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCTTCAC----ATATAAA--T-----TTCAGC---TTT---T-CT--GGCC----CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG------AT-----TA-TC-TC--CC-----CT-TTGANG-------------GGGGCC--CG-G---T-CTGCATCATTTGCACAAACTTTGGATCCCCTAACT--------------AAGA---ACGATTG---TGT-ACCAAGTTT-GNTGAATT-----------------GGCCNAGC-GGTTTCTN------GAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG--GA-CA-----GAC---------GA----CA---GACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGAAAGTGTAGTTATTGAATAGAGGTTAAATATGTTCAATTAATTGTTAATGCATGACAGACAAGTGGACAGTTGACTTGGACCAATAGCATTAAATTTCCTTTGAGTGACTCAGGTGACCTAAAAATG
Unaligned ( gi|24 ): AAGAAGTTAATAATGTTCAAACATTAACGCACGACTGACGACAACTTATAGCAATGAGTCACGTGAGTGACTCGGGTGACTTAAAAAGC
Unaligned ( gi|27 ): GAAATTGTGATAAGTTTACAACAACGACAAACAGACACATATTGATAAGCAAAAGTCACT
Unaligned ( gi|35 ): AAATGTGAGAAGTTTACGAACGACAACGACACATTGT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444 3333333 1 2222 1 1 1 1 222 11 5555555555555555555555555555555555555555 11111 333333333 222222222222222222 1111 1 11 6666666666666666666666666666 1111111 11111 1111 33333333333333 3333333333333333 1111 5555555 4444444444444 111 1 1111 2222222 11 2222222 333333 1 111 11 1 44444444 222 1 222 1 11 1 222 1 11 1 22 1 222 1 1 1 1 1 11 11 55555555555555555555 444444444 1 222 3333 1 1 222 222 55555555555 222 2 11 1 11 1111 2 222222 11111111 11111 11111 111111 111 11111 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111111111 1111111111 1111 11111 222222222 222222222222222
lowQualScore : 444444444444444 0000000 1 22 1 5 1111 5 1 3 0 0 222 6 33 1 3333333333333333333333333333333333333333 66666 6 7 111111111 1 777777777777777777 99 5555 9999 666 99 1 555 99 1 9999 3 8 3 5 0 11 8 8 8 2222222222222222222222222222 5 6666666 3 88888 8 7777 0 33333333333333 11 3 9999999999999999 0 8 3333 1 3333333 0 5555555555555 444 8 8 0 8 88 7777 5555555 33 1 6666666 888888 3 666 44 3 6 88888888 7 333 3 333 7 3 88 3 333 7 1 3 88 3 00 3 333 3 3 3 3 5 88 88 6 33333333333333333333 666666666 3 333 0000 3 7 3 1 333 0 333 55555555555 7 333 6 0 22 0 33 1 4444 0 8 8 666666 99999999 77777 33333 77 333333 5 000 5 5 22222 66 3 3 88888 33 2 88888 2 333 444 77777 55 2 33 55555 2 5555 44444444444 333 33 5 444 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 444444444444444444444444 3 2 1 2222222222 444 44 3 1 4444 3333 2 22222 555555555 555 7 222222222222222
lowQualScore : ............... ....... . .. . . .... . . . . . ... . .. . ........................................ ..... . . ......... . .................. .. .... .... ... .. . ... .. . .... . . . . . .. . . . ............................ . ....... . ..... . .... . .............. .. . ................ . . .... . ....... . ............. ... . . . . .. .... ....... .. . ....... ...... . ... .. . . ........ . ... . ... . . .. . ... . . . .. . .. . ... . . . . . .. .. . .................... ......... . ... .... . . . . ... . ... ........... . ... . . .. . .. . .... . . . ...... ........ ..... ..... .. ...... . ... . . ..... .. . . ..... .. . ..... . ... ... ..... .. . .. ..... . .... ........... ... .. . ... . ....................................................................... . . ........................ . . . .......... ... .. . . .... .... . ..... ......... ... . ...............
lowQualScore : 000000000000000 5555555 0 00 0 5 5555 5 0 3 0 0 555 5 88 2 8888888888888888888888888888888888888888 77777 7 5 333333333 0 777777777777777777 22 0000 3333 888 22 0 777 22 0 3333 3 0 8 0 8 00 0 0 0 0000000000000000000000000000 0 0000000 2 66666 0 0000 8 00000000000000 55 2 8888888888888888 8 0 0000 0 0000000 6 0000000000000 000 0 0 6 0 88 8888 5555555 88 2 0000000 333333 3 777 00 3 7 33333333 3 333 3 333 3 3 33 3 333 3 0 3 33 3 00 3 333 3 3 3 3 5 00 33 7 00000000000000000000 333333333 3 333 7777 3 3 3 0 333 7 333 00000000000 3 333 7 0 00 0 88 0 8888 0 0 0 000000 33333333 77777 44444 99 666666 7 000 7 0 55555 99 3 1 33333 44 4 66666 2 999 111 88888 33 2 22 99999 4 0000 11111111111 999 77 3 777 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 5 888888888888888888888888 3 4 1 9999999999 111 88 6 8 2222 3333 4 44444 333333333 000 3 444444444444444
consensus : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCCC------T-ATATAANC-------NTAT-AT----AA--AAC-T-TTG-A--TCCC-T-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-GATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTA-T-ATC-AGGAAGCTT-C--A-ATA--A----------ATTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGT-GG--TTC-TTG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--T-TGNGGCCCNA-----GTACCCCCAGGG---TCA--TN---ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA-CCTGAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCTTC-GC--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTGA--T-----TA--TC-TC--CC-----CT-TT----G---------ANG---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCNTCATTTGCACAAANTT-CGGATCCC-CT----A-AC--TAAGAACGAT----T---GT----GT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG---GA-CA-----GAC---------GACG---GACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
Reference ( family-73 ) : CAAGTAGTAGCAAACCTTGATCCCCTATTGGGCCCGGCCATACAGTACCCCGGGAGGGGGCGNGGNNCATNAATTCTTGGNAACAAACTTGAANTCCTACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTC--CAGGTA--AATAT----CGTACCGTCT-----GG-T-CNATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCCC------T-ATATAANC-------NTAT-AT----AA--AAC-T-TTG-A--TCCC-T-ATT--GTGGCCCCATCATAC--CCCNGGGG-T--CAT-GATTTGAAC-AAACTTGAATCTCC--ACTA-T-ATC-AGGAAGCTT-C--A-ATA--A----------ATTT--CAGCTTT--CCT--GGCCCAGT-GG--TTC-TTG----AGAAGATTTTTA--AAGAT-----TTTTCCCTATATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--T-TGNGGCCCC------GTACCCCCAGGG---TCA--T----ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTATA-T----CAGGAAGC--TTTCATG--T----AAATTTCAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTAAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGNGGC-CCCAT--CGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA-CCTGAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTCCATATAAATTTCCAGGCTTTC--CTGGCCCAG-T-G--GTTC--T------CGAGAAG-AT----T-TTTTA-AAGA---TTTTCCCTATAT---ATTCAATCAT-ATGTAAAA-CNTTGATCCCCT---ATCGGGGCCCC---ATCGTACCCCCGG---GG------TCATGA---TTTGG-AAC-GAAC-TTGAA--TCTCNCACT--A-TAT-CA-GGAA-GCTTC-AC--ATATAAA--T-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTGA--T-----TA--TC-TC--CC-----CT-TT----G---------ANG---GGGGCC--CG-G---T-C-----TGCATCATTTGCACAAACTT-TGGATCCC-CT----A-AC--TAAGAACGAT----T---GT----GT-ACCAAGTTT-GN---T--GA-AT----------T-GGCCNAGC-GGTTTCT------NGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG---GA-CA-----GAC---------GACA---GACA-ACGGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|1 : TCC--CTGGCCCAG-TCGACGTTCATT------TGAGAAGCACAGGAT-TTTTA-AAGAACTTTCTCCCTAATT---ATTCATTCAT-GTA-AAAA-CCTTGATCCCCT---ATTGGGGCCAT---ATAGTACCCCGGGCACGGT-----TCATGAATTCTTGGCAAC-AAAC-TTGAATTTCTCCTACT--AGTAT-CA-GGAATACTTCTCC--ATACTAA--T-----TTCAGACCATTT---C-CTCGGGCTC---CATGCGGTTTCTT-TTGAGAAG-ACAGACT--TTTTAA
gi|1 : agcttaAAACCTTGATCCCCTATTGGG----GCCATATAGTACCCCGGG------CACGGTTCATGAATTCTTGGCAACAAACTTGAATTTCTCCTACTAGTATCAGGAATACTTCTCCA--TACTAATTT----CAGACCATTTCCTCGGGCT-CCATGCGGTTTCTTTTGAGAAGACAGACTTTTTAACAGATGTTTCCTCT----T-ATATAAAA-------TCAT-ATCGTCAA--AAG-T-TTG-AGTCCCC-T-ATTATGTGGCCCCATCGTAC--CCCAGGGG-TTCCAT-GATTTGAACCAAACTTGA-TCTCCTCCCTAGT-ATCCAGGAAGCTT-C--A-ATA--ATAAAACATCAATCG--CAGCTTTTGCCT--GGCCCACT-GAGTTTCATTAGAGAAGAAGATTTTTACAAAGAC-----TTCTCCCTATATAAGTTCATATTGTAAAACTTTGATCCCCCTACCT-TGGGGCCCAAATATAGTACCCCCAGGGCGGTCA--TTAGGACTTACTG-ACACAAACT-TGAACTCTTC--CTCTATAAT----CAGGAAAC--TTTCCAG--TTTTGAAATTTCAGCACATTCTCC-CTG-CGCCA-TGGTCTCTTGAGAAGAACGAATTTTTTTACAAGAGTATCTGTCCCTACCTAATAAATCATATGTAAACAATTTTGAT-TCCCCTTATTGTTGGCACCCATTCCGTACCCCCGGGGGTCATGATTTGAAAAAAACTTGAAATCCACTCTACTTGATTCACGG-AAGCCTTCCATATAAATTTCCAGGCTTTCCACTG--CCAGTT-G--CTTC--TATCGAGCAAGAAGAAT----TGTGTTACAAGA---TTTTTCTTCTA------TCAATTACAATGTCAAATCTTTGATCCCCTATGATCGGGATCCCACAACCGTACCCCCGG---GGGTCAATTCA-GA---TTTGGAAACAAAACATTGAA--TCTCACACT--A-TATCCACGGAA-GCTTC--CGAATATAAA--CTTATGTTCAGAC--TTT---C-CT--CGC-CACACG-CTGGT---TCTTTGAGAAG-A-----CAGATTTAAACTGACC--A--CCA--CCCTACTTCTT-----GCATT-TTTAACGTGACTC-----TAATTC-TC--CC-----CC-TTCTGCA---------ATG---AGGGCCATCGTG---T-C-------CTTCATTTGAACAAAATT-CGAAGCCCGCTTC--C-AC--CCATAGCGAC----TGCAGT----GT-ACCAAGTTT-GC---T--GATATCTTGGTCCGAC-GGCCCAGC-GGTTT-T------TGAGAAGA---AGTT--GAAAAT-TTGGAA-AGTTT----AC--------------GAC---------GAC----GCCA-ACGGcagatgtttcctcttatataaaatcatatcgtcaaaagtttgagtcccctattatgtggccccatcgtaccccaggggttccatgatttgaaccaaacttgatctcctccctagtatccaggaagcttcaataataaaacatcaatcgcagcttttgcctggcccactgagtttcattagagaagaagatttttacaaagacttctccctatataagttcatattgtaaaactttgatccccctaccttggggcccaaatatagtacccccagggcggtcattaggacttactgacacaaacttgaactcttcctctataatcaggaaactttccagttttgaaatttcagcacattctccctgcgccatggtctcttgagaagaacgaatttttttacaagagtatctgtccctacctaataaatcatatgtaaacaattttgattccccttattgttggcacccattccgtacccccgggggtcatgatttgaaaaaaacttgaaatccactctacttgattcacggaagccttccatataaatttccaggctttccactgccagttgcttctatcgagcaagaagaattgtgttacaagatttttcttctatcaattacaatgtcaaatctttgatcccctatgatcgggatcccacaaccgtacccccgggggtcaattcagatttggaaacaaaacattgaatctcacactatatccacggaagcttccgaatataaacttatgttcagactttcctcgccacacgctggttctttgagaagacagatttaaactgaccaccaccctacttcttgcatttttaacgtgactctaattctcccccttctgcaatgagggccatcgtgtccttcatttgaacaaaattcgaagcccgcttccacccatagcgactgcagtgtaccaagtttgctgatatcttggtccgacggcccagcggtttttgagaagaagttgaaaatttggaaagtttacgacgacgccaacggctcaggtg
gi|10 : agcttatccctggcccagtcgacgttcatttgagaagcacaggatttttaaagaactttctccctaattattcattcatgtaaTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTAA--T-----TA--TC-TT--CC-----TT-TC----G----------TG---AGGGTC--TG-G---T-C-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN----N-NN--NNNNNNNNNN----N---NN----NN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNNNNNAGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG---GA-CA-----GACG--------GATG---GACAGACGGA-------C-------ctcaggtg
gi|11 : -TGA-CC-A--CCAGCTCCTA-TTTTTTA---GCATTAGT---CGTTG--TATGTACA--TC-TC--CC-----TT-T----------------AG---AGGGCC--TGCG---T-C-------CTTCAATTGAACAAAATTGTAG-CCCT-CTTTACA-AG--TAAAGA-GATATGAT---GT----GTAACCAAG-TT-GA---T--GA-AT----------T-TGCC-AGCTGGTTCCTCTTTACAGAG-AGA---AGTG--AAAAATAGTGAAA-AATgaaggacggaca
gi|12 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TG---CGT-A--T-----TA--TC-TC--CC-----CT-TT----GAA-------AAG---GGGACC--CA-G---T-C------NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN----N-NN--NNNNNNNNNN----N---NN----NN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNGAAA-AGTTT----AC----GA-CAAC---GAC---------GACA---
gi|13 : -C--A--CCA--ACCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTG---T-----TAC-TC-TC--CC-----CT-TT----G----------TG---GGGCCT--CG-G---TCC-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN----N-NN--NNNNNNNNNN----N---NN----NN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---AGTCAGAAAAAT-GTG-AA-AGTTA----AC
gi|14 : --CTA--CCTTT-TTTTT-----GCATT-TT---CGTGG--T-----TA--TC-TC--CC-----CT-TT----G---------AAG---GGGGCC--TG-G---T-C-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN----N-NN--NNNNNNNNNN----N---NN----NN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNNN---NNTCG-GAAAAT-GTGAAA-AGTT
gi|15 : cc--CCTTA-GTTTT-----GAATT-TT---CGTGA--T-----TA--TC-TC--CC-----AT-TT----G---------ATG---GGAGCC--TG-G---T-T-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN----N-NN--NNNNNNNNNN----N---NN----NN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNNNNNN-NNNNNNN------NNNNNNG-----GTC--GAGAAT-GTGAAA-AATTA----
gi|16 : TTT-----ACATT-GT---C-TG---T-----TA--TC------------CT-T----------------AG---GGGACC--C-----------------ATTATTTGCA----------GAT------------------AGAATATT----T---GTATCTGT-ACCAAGTTTGGC---T--GA-AT----------TCGGCCAAGC-G
gi|16 : CCAAGTTT-GGC--T--GC-AT----------TCGGCCAAGC-GGTT-CT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-ATGAAA-CATTA----ACnccaagtttggctgcattcggccaagcggttcttgagaagaagtcgaaaatatgaaacattaac
gi|17 : tttacattgtctgttatccttaggggacccattatttgcagatagaatatttgtatctgtaccaagtttggctgaattcggccaagcgnTTGATCCCC-TA--TCTGCC-CCCC------GTCACACCAGGAAA-TCA--T----ATTT---G-A-AC-AACT-TGAA-TC
gi|17 : AGAAGCA-----T--TCTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA--TTTT-----GCATT-TT---TGT-A--G-----TA--TC-Tctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaagaagcattcttaaatgacaccaccctattttgcatttttgtagtatct
gi|19 : ttgatcccctatctgccccccgtcacaccaggaaatcatatttgaacaacttgaatcctgattttctgcgaggtcgttctgtttagaaTT-AC--ATGTAAA--T-----CTAAA-C--TTT---T-TT--GGC-G---CA-GTGGT---CC-TTGAAAAC-A-----T--TTTCAAA-TGA-CCTAGTTCA--TCCTA-TTTTG-----ACCAT-TT---CATGA--T-----GA--TC-TT--CCGTTGGCT-TT----G---------AAA---GGG
gi|2 : agcttataaCAAGTAGTAGCAAACTTTAATCCCCTATTGG-CCCGACC---CA--ACCCTGGGAGGGGGGGGGGGGCATTAAT-CT---AAACAA-CTTAAAATCCTACT-CCA-TATCAGGAA-GCTTT--CAGGTG--AATAT----C-CACCGTCT-----GG-T-CAATG-----------AAGAAGA-----TTTTTAA-AGAAATTTCCC------TTATATAATC-------TTAT-GC----AA--AG----TTG-G--TCCC-T-ATT--G-GGCCCCATCATAC--CCCCGGGG-T--CAT-GATTTGAAC-AA-CTTGAATCTCC--ACTA-TTATA-AGGAAGCTTTC--ATATA--A----------ATTT--CAGCTTT--CCT--GGCCTAGT-GG--TTC-TTG----AGAAGAATTTTA--AAGAT-----TTTCCCCTGTATAA--TCATAT-GTAAA-CTTTGATCCCC-TA--T-TGTGGCCCCAC----GTACCCCCAGGG---TCAATTG---ATTT---G-A-ACAAACT-TGAA-TCT-C--CACTAT--T----CAGGAAGC--TTTCATA--T----AAATTACAGC------TTT-CTG-C-CCAGTGGTCT-TTGAGAAGA--------TTTTAAAAGA---TTT-TCCCTAT---ATAA-TCATATGTGAA--ACTTTGAT-CCC---TATTTGAGGC-CCCAT--CGTACCCT-GGGGGTCATGATTAGAACAAA-CCTAAA-TCTCCTCTAT---AT-CA-GG-AAGC-TTTCATAT-AATTTC--AGCTTTT--CTGGCCCAG-T-G--GTTA--T------TGAGAAG-AT----T-TTTTA-AATG---TTTTCCCTATATACAATGTAATCAT-ATGTAAAA-AATTGATCCCCT---ATTGTGGCCCC---ATCGTACCCCCAG---GG------TCATGA---TTT-G-AAC-AAAC-CTGAA--TCTCCCCCT--A-TATACA-GAAA-GCTTT-GC--ATATAAAATT-----TTCAG-C--TTT---T-CT--GGC-C---CA-GTGGT---TC-TTGAGAAG-A-----T--TTTTAAA-TGA-C--A--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT---CGTGA--T-----TA--TC-TC--CG-----CTCTT----G---------AAG---GGGGCC--CA-G---T-C-----TGCATCATTTGCACAAACTT-TGGATCCC-CT----A-AC--TAAGAATGAT----T---AT----GT-ACCAATTTT-GT---T--GA-AT----------T-GGCCAAGT-GGTTTCT------CGAGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG---TA-C------GAC---------GACG---GACA-ACAGG-------C-------GATCAGAAAAG
gi|20 : T----GT-ATTAAGTTT-GG---TTGAA-AT----------T-GGTTCAGA-GGTT-CG------GGAGAAGA---AGAT--GAAAAT-GTGAAG-AGTGT----ACGTC-GA-CAAC---GACTAA------GACA---GACA-ACGGA-------CAAATTTTGATCAGAA
gi|22 : gatcAGAAGA-----TTTTTAA-AGATATTTCCCAATGTAT-ATGTAAGCGGCATAGATATCAT----AGTCGAA-T-TTG-A--CCCC-CGATT--GTGGCTCCATCCTACATTCAGGGGG-T--CAT-GA
gi|23 : ACGAT----T----T----GT-ACCAATTTT-GG---TT-GA-AT----------TTGACCCAGT-GGCCT-T------GGAGAAGA---AGTA--AAAAAT-GTG-------T------CA---GA-CA-----GAC---------GACG---GGTA-AAAGG-------T-------GATCAGAAAA
gi|25 : -TGA-C--A--CCG--CCCTA-TTT---------GTT-T-------GA--T-----TA--TC-TC--CC-----CT-TC----G---------ATG---GGGGCC--CG-G---T-C-------CTTCATTTGAACAAA
gi|26 : CCAGC-GGTT-CT------GGGGAAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-AGTTAAGATACG---GA-CA-----AACA--------GACA---GA
gi|28 : A-TGA-C--A--CCA--CCCTA-CTTT------GCATT-TT---CATGT--T-----TA--TC-TC--TC-----CT-TT----G---------ATG---GGGGTC--TG-G---T-C-----
gi|29 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACA---GA-CA-----GACGGACAGACAGACA---GACA-AAAGG-------C-------GATCAGc
gi|3 : A-TATCAGGAA-GCTTC---AAGTA--AATATTTCACGT-CC-TCT-----GG-TTCAATG-----------AAGAAAA-----TTTTAAA-AGA-ATTTCCC------T-ATATATTT-------GCA--AT----AA--AACATATTG-A--TCCT-T-ATT--GTGGTCC-AT--TAC--CCCTGGGGGT--CATAGATTTGAAC-AAACTTTTATCTTC--ACTA-T-ATC-AGGAAGCTT----------------------------------T--TCT--GGCC-AGT-AG--TTC-TGG----AGAAGATTTT------------------CCCTATATA----------------CTTTGATCCCC-TA--T-TGGGGCCCAATA---GTACCCCAGGGG---TCA--TG---ATTT---GTA-ACAAACT-TGA--TAC-C--CACTATA-TATATCAGGAAGCATTTTCATA--T----AAATTTCAGC------TTTTCTGGC-CCAG--GTGT-TT---------------TCTTAA--GA---TTT-TCCCTAT---A-AA-TCATATGTAAA--ACTTTGATCCCC---TA-TTGGGGC-CCCAT--TGTACCCC-GGGGGTCATGATTTGAACAAA--CTGAA-TCTCCACTAT---AT-CA-GGTGAGC-Tg
gi|30 : AAA-TAA-C--C--TCA--CCCAG-TTTTT-----GCATG-TC---GGTGA--T-----TA--TC-TG--CC-----CT-TT----A---------GAG---GGGGCaaaaacatc
gi|31 : TTCT------TGAGAAGA---AGTC--GAAAATCGTGAAACAGTTA----ACG---GA-CA-----GAC---------Gat
gi|32 : gccacgtgT-GTGAAA-AGTTA----ACA---GA-CA-----GAT---------GACA---GACA-ACAGG-------T-------GATCAGAAAAG
gi|33 : AT-GTGAAA-AGTTA-------------CA-----GACT--------GACA---GACA-ACAGG-------T-------GATTAGAAAAGct
gi|34 : --CCA--ACCTA-TTTTT-----G---T-TT---TGTGA--T-----TA--TC-TT--CC-----CT-TT----G---------ACA---AGAGctca
gi|36 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACG---GA-CA-----GACG--------GACA---GAtancc
gi|37 : C--GAAAAT-GTGAAA-AGTTA----ACA---GA-CA-----GAC---------G
gi|4 : A-----TTTTTAA-AAATATTTCCA------A-ATATAAAC-------CTAT-ATC---GA--AAC-T-TTGCA--T-CC-T-ATT--GTTG---CA--ATA------AGGGA-C--CATCCATTTGAAC-AAGCTT-AATCTGC--ACTT-T-ATA-ATGTCGCTT-CA-A-ATATCA----------ATTTGACA-CTCT--------GCACATTCCC--TTT-CTG----AG-ATTTTTTTA--CAGATAATTATTTTCGCTA-ATAA--AGCTAT-CT-AA-CTTAG-TCCGC-TG--C-TGTGGCC-----------CCTCCA-GA---TAA--TC---ATTC---G-A-AC-AACTATCAA-TCT-TAACATTCTA-T----CAGGATGC--TTTTACGTTT----AAGTTTg
gi|5 : agaatgc-CT--GAC-C---CA-GTGGT---TC-TTAAGAAG-A-----T--TTTTACA-TAA-C--C--CCA--CCCTA-TTTTT-----GCATT-TT----GTGT--T-----TG--TC-TA--CT-----CT-TT----G---------AA----GGTACA--TG-G---C-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN----N-NN--NNNNNNNNNN----N---NN----NN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCTAGT-GG-TTCT------GGAATACA---AGAT--GAAAAT-GTGAAT-AGTTT----AT----GA-C------GAC---------GACA---GACA-ACGGATAAAATTT-------GACCAGAAAAGt
gi|6 : G-AGT-GACC-TTGGC--CCTTGCACTCTA-TAT-CA-GGAA-GCTTT-A---AGGTAAA--T-----GTTG-----TAT---T-TT--GG-----------------TC-TTGAAAAG-A-----T--TTTTAAatcacttgagctaaaagggcaaagg
gi|6 : gggccacatcgctcacctACT-CTA-TATCAGGAA-GCTTT--AAGGTA--AATGT----TGTAT--TTT-----GG-T-CT-TG-----------AA-AAGA-----TTTTTAA------------------T-ATATATTC-------AAAT-AT----AA--AAC-T-TTG-A--TCCCCT-ATT--GTGGCCCCACCATAC--CCCTGGGG-T--CAA-TATTTGTAC-AAACTGGAATTTCC--ACAA-T-ATC-AGGAAGCTT-CCAA-ATA--A----------ATTT--CAGTTTT--CCTTAGG-TCAGT-AG--TTC-TTG----AGAtatatattcaaatataaaactttgatcccctattgtggccccaccatacccctggggtcaatatttgtacaaactggaatttccacaatatcaggaagcttccaaataaatttcagttttccttaggtcagtagttcttgaga
gi|7 : gggccacatcgctcacctgagtgaccttggcccttgc-GGAA-GCT----C--ATATAA---T-----TTCAG-C--TTTGGCTGTT--GGA-C---CC-GTGGT---GT-CTGAGAGA-T-----T--TTTTAAA-TG--C--A--CCA--TCCTA-TTTTT-----GTATT-TT---CATGA--T-----TA--CC-TCTGCC-----CA-TT----G---------ATG---A-------CG-------------TG-------TGCAC-------TGAATCCCTTT----A-ACCATAAGGATGAT----T---GT----AT-A-TAAGTTT-G----T--GA-AT----------T-TGCCATGT-G-----T------TG-GAAAA---AGTC--GAAAAT-GTG--A-AGTTA----ACA---GA-CAGATCGGAC---------GACA---GACAGACGAA-------C-------
gi|8 : G---GGGGCC--AA-GAGAT-C-----TGAA--ATTTACA---ATTT-AAGGTCCC-TT----GTCC--CAAAAATGCT----T----C----AT-ACCAAATTT-GAAAAG--AA-AT----------T-GGACTGGT-GGTT-AT------CAAGAAGA---AGTT--AAAAA--GTTCAA-TTGTA----ACGGACGA-CG-----GAC---------GACGCACGACG-ACGGA-------C-------GAgaca
gi|9 : a-TGA-C--AT-CCA--CCCTA-TTTTTCCACCGCATT-TT---CA-GA--TA----TA--TCCTC--CC-----CT-TT----GCGGGGGGGGAGGTGGGGGGCT--TG-G---T-CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN----N-NN--NNNNNNNNNN----N---NN----NN-NNNNNNNNN-NN---N--NN-NN----------N-NNNCCA-C-G--TTCT------TGAACAGA---AGTC--GAAAAT-GTGAAA-A-TTA----ACA---GATCA-----GACA--------GACaaccaattgcacatagtcacctgagtttactcaggtgacctaaaaagtcga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTGAAAGTGTAGTTATTGAATAGAGGTTAAATATGTTCAATTAATTGTTAATGCATGACAGACAAGTGGACAGTTGACTTGGACCAATAGCATTAAATTTCCTTTGAGTGACTCAGGTGACCTAAAAATG
Unaligned ( gi|21 ): CCAGTAGTTATGGCGGTGAAGATGAAAATGTGAAACTTTACAACGCTGACAAACAATTAACGGACAAATTTTGATCAGAAAAGCTCATTCAAGCCATCGGCTAAAAAGGTAAAG
Unaligned ( gi|24 ): AAGAAGTTAATAATGTTCAAACATTAACGCACGACTGACGACAACTTATAGCAATGAGTCACGTGAGTGACTCGGGTGACTTAAAAAGC
Unaligned ( gi|27 ): GAAATTGTGATAAGTTTACAACAACGACAAACAGACACATATTGATAAGCAAAAGTCACT
Unaligned ( gi|35 ): AAATGTGAGAAGTTTACGAACGACAACGACACATTGT