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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|2 : ATTGGCG-AAG-TA-AAC-A--AT-GT-G----TCAAACAGTCGTAATC-AT-AG--TCCC--A-A-A-AA-ACA-T---ATTACA-AA-ATCGAG------------------T-GTG--GGGCA-A-CACGGAC----C-TCCG-ACAAA--A-AAAC--G---A--AGGCA---G-A--TAAC---AGGTG--C--C----A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--TCTC-T-GCTGAC-------CA-GT-C-ACACCCGC-----CGTGA-GCCCGTAG--TTCAAACA--AAGTAAA--GGGTT---ACACGTTG-TC--C-AAATC-T--A-G--TA--CG---A-T-AATG---A-G--------TC--T---AACA-AAAGGTATG-A-AAC--AAATCAG-TC-AAC---ATATGAGTGACTTAG-TGAAACA-A-TT--TGTAATCACAAA-C---AA-----GGTCA---T--TA-----TAGCGA-CCG--TAGAATTTTCGAAAATGATGACTTTAAAC
gi|20 : ---A--AGGTG---CAA--T--C---AGATT--C--C-------T----AG----GATT-------AA--A-C--AT--CCCC-T-GTCGAC-------CG-AT-G-TCACCCGT-----CGTGA-GCCCATTG--TATTGATA--AGGTAAACGGAGTA---ACTC-----T---C-AAAaaaatttcttataaccctataacattaacttttttatacgtagttgacctcgctttaaaatcctcatacgctcttgcgtatcaaatcaactggtagacatacacaccataagcaggtgatagtggtacattactacatagaaaaggaaagttgatg
gi|21 : aGGTG--CA-C----G--TAG-GAG----GAGT--------A--G-C--AT--CCCCTT-GTCGAT-------CGCGA-T-ACACCC-C-----CGTatgaaaat
gi|3 : agatatgtgatgaatGGCGCAAG-TCTAAC-A--TT-GTCG----TCAAAC----GTAATCCAT-AC--ACCC--A-A-A-AA-CTA-T---A---CA-AA-ATCGAG------------------T-GTAA-GGGCACA-CACGGACACTTC-TCCG-ACAAA--A-G--C--G---A--ACGGT---GGA--T--C---AGGTG----------A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCTC-T-GCTGAC-------CG-GTGC-ACACCCGC-----CGTGA-GCCCTT-G--TCGAAATA--AAGTAAA--------------GTAG-T---C-AAATC-TAAA-G--TA--GG---ATC-CACG-A------------TC--T---AACA-AGGG--ATGAA-AAT--AAATCAGCTCTAAC---ATAT---GAACTTAG-TG--ATA-C-TT--TTTGTTCGT-AA-C---AA-----GGTCAACTT--TA-----TAGCGACCCG--AACAATTTGCG-AAATGATGACTTAAAAtgaatttcagtga
gi|4 : acaaaaa-A--AC-AT-A----ACGAACA---GTGATC-A---A--TCTC--GTA-A-AT-CT--C---AA-ACA-AA-A-CAAG------------------A-GTT--GGACA-A--ACAGAC----C-CCTGGACATACTA-G------------AGGTG---GTA--T--A---AGATT--T--CT---A--T-G--AG----GAGT-------AA--G-C--GT--CCCC-T-GTCAAC-------CT-AT-C-ACACC--------------ACTCTTGA--TC--------AGGTAAATGGAGTA---ATCCGTAG-T---C-AAAAT-C--A-G--TGTTCA---A-AGAAC----A-G--------CT--T---AACA-ATTGCTAT-----AC--ACATCAG-GC-AG------------G------------------T--TGTATGGACAAA-C---TA-----GATTA---T--TA-----TAACGA-CCA--TTGAATTTGCG-AAATGATGCCTTTAAACactatcgttattaactcgcaactctcaacttttttgtagtagtttcgacctcctgcttacttaaaaatccgcac
gi|5 : ggcgAAATTGGCG-AAG-TA-AAA-A--AT-GT-G----TTAAAC----GTAATA-AT-AA--TCTC--A-A-A-AACATA-T---AT-ACA-AA-ATCGAG------------------T-GTA--GGGCA-A-CACGGAC----C-TCCG-ACAAA--A-G--C--G---A--AGGCA---GGA--T--C---AAGTG--C--C----A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCTC-T-GCTGAC-------TG-GT-C-ACACCCGC-----CGTGA-GCCCGTAG--TCGAAACA--AAGTAAACGGGGTT---ACCCGTCA-T---C-AAATC-T--A-G--TA--CG---G-A-AATG-ACA-G--------TC--T---AACA-AAGGGTATG-G-AAG--AAATCA--T-----------------ACTTAG-TGA-ATA-A-TT--TGTAATCGCAAA-C---AA-----GGTCA---T--TA-----TAGCGA-CCG--TAGAA-TTGCG-AAATGATGAGTTTAAACGttgactgttaaaatccctgccacaacaattgtttgtaagtagccttccttgattcagaaacagttcatgcgcagaacaagctcttgcttatccaatattagttgagagacatac
gi|6 : atatGGTG-AAGATA-ACC-A--AC-A--G----TCAATC--------TC-AT-AAA-TCC----------T-ATA-TGGAAT-ACG-AA--TTAAG------------------A-GGT--GGGTA-T-TA-AAAC----A-TTCC-AGAAA--T-G--C--G---A---------------T--C---AGGTG--C--C----T--A-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCCG-T-GTCGAC-------CG-GT-C-ACACCCAC-----TTTGA-G-TCTTGA--TC--------AGGTAAACGAAGTA---ATCCGTAG-T---CAAAATA-T--GTG--TA--CA---A-AGAACG-A------------TT--T---AACA-ATTGGTATG-A-AAC--ACGTCAG-AC-TGC---AT-T---TGATCCAA-TG--GCA-G-GT--TGTATTGGCAAA-C---TA-----GATAG---T--TATAAGTTAACAA-CCA--CAGAATTTACG-AAATACTGACTTTAAACGagattagttataaccaactttttttttagtagttggcctactgtc
gi|7 : AAATAGATA-AAG-TT-AAC-A--TC-GT-G----TTAAAC----GTAATC-AC-CA--TCCCCCA-A-A-GG-ACA-T---AT-ACA-AA-ATCGAG------------------T-GTA--GGGCA-A-CACGGAC----C-TCCG-ATAAA--A-G--C--G---A--AGGCA---GGA--T--C---AGGTG--T--C----A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCTC-T-GCTGAC-------CG-GT-C-ATATCCAC-----CATGA-GCCCTTAG--TCGAAATA--AAGTAAACGGGATT---ATCCGTAG-T---C-AAATC-T--A-T--TA--GG---A-A-AATGAA-A-G--------TC--T---AACT-AAGGGTATG-A-AAC--AAATCAG-TC-AACATAATAT---TGACTTAG-TG--ATA-A-TT--TGTAATCGCAAA-C---AA-----GGTCA---T--TA-----TAGCGA-CCG--TAGAATTTGCG-AAATGCTGACTTTAAACGagactattgaaaccccttacaacatgtcagtagccagtttcgatttcgc
gi|8 : c-AAG-TT-AAC-ATCAA-GT-G----TCAAAC----GTAATC-A--AA--TCCA--A-A-A-AA-ATG-----AT-ACA-AA--TCGAGTTG---------------A-ATA--GG-CA-A-CACGGAC----T---CG--CAAA--A-G--TTAG---A--AGGTA---GGAATT--C---AGGTG--C--C----AAAT-G-GAGAGGGGAGT-------TA--A-CTAGT--CCAC-T-GCTGAC-------CG--T-C-AAACCCGC-----CGTGACGCCCTTAG--TGAAAATACAAAGTAAACGGGATTTAGACC-GTAG-T---C-AAAGC-T--A-G--TA--AG---G-G-AAGG-A-A-AATACAGATTCTGT---AACAGAAGAAGATG-ATAACAGATATCAG-TC-AAC---ATA----TGACTTAGTTG--ATATA-TTCGTGTAATCGCAAA-CCAGAACC---GGTCA---T--
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blockSeqs : . TA . AT T . . . TAC . . . AAACAT . . A AGTT A C . ACCAG TG . . . . . GTA . . . . . . . . . . . . . . . G . GAA . C G A . . . C . . GGAA GACA . . . G . . . A . . ATT . . A . A . . . . . . . G T . C
blockSeqs : . TT . AC T . . . TAA . . . AACTAT . . A AGTG A C . AGCGA CA . . . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . A . GAA . C A T . . . T . . CGAT AG . . . A . . . C . . ATA . . G . T . . . . . . . A T . C
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blockSeqs : . AT . . . . AA . . . AAATAT . . A AGTT A A . TGCGA GT . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . A . AAA . C G T . . . T . . GGAA A . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . A . . . ATCTC . . G TGTA T C . AGCGA TG . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . A . GAA . . G . . . . T . . AGGG A . . . . . . . G
blockSeqs : . . . AAATG . . . AGGT A T . GCAG CA . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CAGA . . . TGTA A C . CCAG CA . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TATA . . . ATT A . . CTAG TA . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AC*** **** TAA*** ANATAT****** A** C***** AGCGA************ AT******* N*** T*** NGAA******* ACAG********** ATAT****** ***** ** G**
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): AAAGGTGAAGCTCAATCTCATACATCCTATACGGAATACAAATTA
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Alignments
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Reference ( family-65 ) : NAAATTGGCG-AAG-TN-AAC-A--AC-GT-G----TCAAAC----GTAATC-AT-AA--TCCC--A-A-A-AN-ATA-T---AT-ACA-AA-ATCGAG------------------A-GTN--GGGCA-A-CACGGAC----C-TCCG-ACAAA--A-G--C--G---A--AGGCG---GGA--T--C---AGGTG--C--C----A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCCC-T-GTCGAC-------CG-GT-C-ACACCCGC-----CGTGA-GCCCTTNG--TCGAAATA--AGGTAAACGGGGTN---ACCCGTAG-T---C-AAATC-T--A-G--TANG---AA-AAC-G-----ACAG---TC--TAACA-AAGGGTATG-A-AAC--ANATCAG-TC-AAC---ATAT---TGACTTAG-TG--AT-A-ATT--TGTANTCGCAAA-C---A-----A----GGTCA---T--TA-----TAGCGA-CCG--TAGAATTTGCG-AAATGATGACTTTAAACG
gi|1 : GGCA-AAG-AT-AACGA--ACAGT-GA---TCAAAC----TTG--C-A--AG--TCCT--A-A-A-------------T-ACA-AA-ATCAAG------------------A-GAT--GGGCA-AACACGGAC----CCTTGG-ACACA--C----C--A---G--ATGTG---GGA--T--C---ACATT--C--C---------------------T-------AA--GAC--A---CCCC-T-GTTGAC-------CA-GT-C-ACACCAGC-----CGTGA-ACCCATTG--TCTTGATC--AGGTAAACGG-------------AG-T---C-AAATC----A-G--TGTGT--AA-AA--------ACGG---CT--TAACA-ATTGCTAAG-A-AAC--ACGTCAG-AC-AGC---AT-T---TGATCCAA-TG--GT-A-GGC--CATATTGGCAAATT---A-----AACTTAATCG---TTATA-----TAACGA-CC---------------AAATGCTGTCTTTAAA
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gi|18 : tgattaacagtgatcgatcttataaatgctttaattgaacgtaggcaaacacaaaccaaccagtgtttgt-AG--TCCC--A-A-A--T-ATA-----AT-GCA-AA--TCAAG------------------A--TT--GGGCA-AACACAGAC----T-CCTG-GATAC--A-C--C--A---G--AGGTG---GGA--T--C---AGGTG--C--C-------T-GAGAC----GAGT-------AA--G-C--GT--CCCC-T-GTCGAC-------CA-Gatc
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gi|2 : ATTGGCG-AAG-TA-AAC-A--AT-GT-G----TCAAACAGTCGTAATC-AT-AG--TCCC--A-A-A-AA-ACA-T---ATTACA-AA-ATCGAG------------------T-GTG--GGGCA-A-CACGGAC----C-TCCG-ACAAA--A-AAAC--G---A--AGGCA---G-A--TAAC---AGGTG--C--C----A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--TCTC-T-GCTGAC-------CA-GT-C-ACACCCGC-----CGTGA-GCCCGTAG--TTCAAACA--AAGTAAA--GGGTT---ACACGTTG-TC--C-AAATC-T--A-G--TACG---AT-AAT-G-------AG---TC--TAACA-AAAGGTATG-A-AAC--AAATCAG-TC-AAC---ATATGAGTGACTTAG-TGAAAC-A-ATT--TGTAATCACAAA-C---A-----A----GGTCA---T--TA-----TAGCGA-CCG--TAGAATTTTCGAAAATGATGACTTTAAAC
gi|20 : ---A--AGGTG---CAA--T--C---AGATT--C--C-------T----AG----GATT-------AA--A-C--AT--CCCC-T-GTCGAC-------CG-AT-G-TCACCCGT-----CGTGA-GCCCATTG--TATTGATA--AGGTAAACGGAGTA---ACTC-----T---C-AAA------------ATG---AA-AAaaaatttcttataaccctataacattaacttttttatacgtagttgacctcgctttaaaatcctcatacgctcttgcgtatcaaatcaactggtagacatacacaccataagcaggtgatagtggtacattactacatagaaaaggaaagttgatg
gi|21 : aGGTG--CA-C----G--TAG-GAG----GAGT--------A--G-C--AT--CCCCTT-GTCGAT-------CGCGA-T-ACACCC-C-----CGTt
gi|3 : agatatgtgatgaatGGCGCAAG-TCTAAC-A--TT-GTCG----TCAAAC----GTAATCCAT-AC--ACCC--A-A-A-AA-CTA-T---A---CA-AA-ATCGAG------------------T-GTAA-GGGCACA-CACGGACACTTC-TCCG-ACAAA--A-G--C--G---A--ACGGT---GGA--T--C---AGGTG----------A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCTC-T-GCTGAC-------CG-GTGC-ACACCCGC-----CGTGA-GCCCTT-G--TCGAAATA--AAGTAAA--------------GTAG-T---C-AAATC-TAAA-G--TAGG------ATC-C-----ACGA---TC--TAACA-AGGG--ATGAA-AAT--AAATCAGCTCTAAC---ATAT---GAACTTAG-TG--AT-A-CTT--TTTGTTCGT-AA-C---A-----A----GGTCAACTT--TA-----TAGCGACCCG--AACAATTTGCG-AAATGATGACTTAAAAtgaatttcagtga
gi|4 : acaaaaa-A--AC-AT-A----ACGAACA---GTGATC-A---A--TCTC--GTA-A-AT-CT--C---AA-ACA-AA-A-CAAG------------------A-GTT--GGACA-A--ACAGAC----C-CCTGGACATACTA-G------------AGGTG---GTA--T--A---AGATT--T--CT---A--T-G--AG----GAGT-------AA--G-C--GT--CCCC-T-GTCAAC-------CT-AT-C-ACACC--------------ACTCTTGA--TC--------AGGTAAATGGAGTA---ATCCGTAG-T---C-AAAAT-C--A-G--TGTT---CA-AAG-A-----ACAG---CT--TAACA-ATTGCTAT-----AC--ACATCAG-GC-AG------------G------------------T--TGTATGGACAAA-C---T-----A----GATTA---T--TA-----TAACGA-CCA--TTGAATTTGCG-AAATGATGCCTTTAAACactatcgttattaactcgcaactctcaacttttttgtagtagtttcgacctcctgcttacttaaaaatccgcac
gi|5 : ggcgAAATTGGCG-AAG-TA-AAA-A--AT-GT-G----TTAAAC----GTAATA-AT-AA--TCTC--A-A-A-AACATA-T---AT-ACA-AA-ATCGAG------------------T-GTA--GGGCA-A-CACGGAC----C-TCCG-ACAAA--A-G--C--G---A--AGGCA---GGA--T--C---AAGTG--C--C----A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCTC-T-GCTGAC-------TG-GT-C-ACACCCGC-----CGTGA-GCCCGTAG--TCGAAACA--AAGTAAACGGGGTT---ACCCGTCA-T---C-AAATC-T--A-G--TACG---GA-AAT-G-----ACAG---TC--TAACA-AAGGGTATG-G-AAG--AAATCA--T-----------------ACTTAG-TGA-AT-A-ATT--TGTAATCGCAAA-C---A-----A----GGTCA---T--TA-----TAGCGA-CCG--TAGAA-TTGCG-AAATGATGAGTTTAAACGttgactgttaaaatccctgccacaacaattgtttgtaagtagccttccttgattcagaaacagttcatgcgcagaacaagctcttgcttatccaatattagttgagagacatac
gi|6 : atatGGTG-AAGATA-ACC-A--AC-A--G----TCAATC--------TC-AT-AAA-TCC----------T-ATA-TGGAAT-ACG-AA--TTAAG------------------A-GGT--GGGTA-T-TA-AAAC----A-TTCC-AGAAA--T-G--C--G---A---------------T--C---AGGTG--C--C----T--A-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCCG-T-GTCGAC-------CG-GT-C-ACACCCAC-----TTTGA-G-TCTTGA--TC--------AGGTAAACGAAGTA---ATCCGTAG-T---CAAAATA-T--GTG--TACA---AAGAAC-G-----A------TT--TAACA-ATTGGTATG-A-AAC--ACGTCAG-AC-TGC---AT-T---TGATCCAA-TG--GC-A-GGT--TGTATTGGCAAA-C---T-----A----GATAG---T--TATAAGTTAACAA-CCA--CAGAATTTACG-AAATACTGACTTTAAACGagattagttataaccaactttttttttagtagttggcctactgtc
gi|7 : AAATAGATA-AAG-TT-AAC-A--TC-GT-G----TTAAAC----GTAATC-AC-CA--TCCCCCA-A-A-GG-ACA-T---AT-ACA-AA-ATCGAG------------------T-GTA--GGGCA-A-CACGGAC----C-TCCG-ATAAA--A-G--C--G---A--AGGCA---GGA--T--C---AGGTG--T--C----A--T-G-GAG----GAGT-------AA--G-C--AT--CCTC-T-GCTGAC-------CG-GT-C-ATATCCAC-----CATGA-GCCCTTAG--TCGAAATA--AAGTAAACGGGATT---ATCCGTAG-T---C-AAATC-T--A-T--TAGG---AA-AAT-G-----AAAG---TC--TAACT-AAGGGTATG-A-AAC--AAATCAG-TC-AACATAATAT---TGACTTAG-TG--AT-A-ATT--TGTAATCGCAAA-C---A-----A----GGTCA---T--TA-----TAGCGA-CCG--TAGAATTTGCG-AAATGCTGACTTTAAACGagactattgaaaccccttacaacatgtcagtagccagtttcgatttcgc
gi|8 : c-AAG-TT-AAC-ATCAA-GT-G----TCAAAC----GTAATC-A--AA--TCCA--A-A-A-AA-ATG-----AT-ACA-AA--TCGAGTTG---------------A-ATA--GG-CA-A-CACGGAC----T---CG--CAAA--A-G--TTAG---A--AGGTA---GGAATT--C---AGGTG--C--C----AAAT-G-GAGAGGGGAGT-------TA--A-CTAGT--CCAC-T-GCTGAC-------CG--T-C-AAACCCGC-----CGTGACGCCCTTAG--TGAAAATACAAAGTAAACGGGATTTAGACC-GTAG-T---C-AAAGC-T--A-G--TAAG---GG-AAG-GAAAATACAGAT-TCTGTAACAGAAGAAGATG-ATAACAGATATCAG-TC-AAC---ATA----TGACTTAGTTG--AT-ATATTCGTGTAATCGCAAA-CCAGA-----ACC--GGTCA---T--
gi|9 : aaaggcaaagatAAATTGCTG-AAGGTT-AAC-A--AT-G--GAGGTTCAAAC----GTAAT--AT-AACCTCCT--A-AGA-AA-ATA-T---TA-ACTTAA-GTAGAGCACGAAAGAACTGTGCACA-GTAT-GGGCA-A-CACGGAC----C-CACGGACAAA--AAG--C--G---ATAAGCCA---GGA--T--CCCCAGGTA--CACT----A--T-G-GAG-----AGTCTATGGGAC--G----ATAACCTC-T-GCTGACTGTGTCCCG-GT-C-ACACCCGCTCACTCGTGA-GCCCTTTAGTTCGAAACA--AGAGATCCCGGGT----ACCCGTCGATCAAC-AAATCTT--A-GCTTACGTCAAA-GATGG-----ACA----TC--TACAA-AAGGGTATG-A-AAA--AGA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAACGACACTGTTGAAGGCCTGTAACATTAAATTCCTGGTCATTAGCCTGTCTCCGTTCAGATGATGATCAATGCGTAGAACATGTCGCATAAGGATTCATATGGGAGGCATAAACACCATATGCAGATAGTGGAATATTGGGCACAACAAAGACATGGGGAGTGGAAGAGTGGAGAAGTCAATCTGTTTGTCATCCGGTGGACTTGTTAGTTTGCCATTAATGTACATGTT
Unaligned ( gi|11 ): TTTGAGAGGACATAAAACCATATGGAGGTGATGATTCGACATGTTGCTATTAAAGGTTATGGGAGTTGACAGATGGAAAATGCAGAAATTCGCCCTGGTATTGGTCACTACAGTTCGGTGTTTATCTATTGCCGCCAGCAGGTACGAGGGTTGTACCAAATGTCGTCCCAAAGTTACAT
Unaligned ( gi|12 ): TTAAACGAGAATATTGAAATTCTTGCGACATCAACTCATTCGTCAGTAGCCTGCCTCGATTTAACAATTGATCATACGCAGGACATGCCTTAGCGTATCAAATCAAACACCATATGCAGGTGATAAAATGTCAATAATTGTCTTATTTAATTGAACACTTTAAAACGTTGAAACTGA
Unaligned ( gi|22 ): AAAGGTGAAGCTCAATCTCATACATCCTATACGGAATACAAATTA
Unaligned ( gi|23 ): GTTTCAAGCATCGCTGATTCGAAATGTGCCAC