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lowQualScore                  :        . . ..   . ..........    ....... .  .     .... .       .......... .... ...      .....   .        .      ......     ......  ... .   ..      
lowQualScore                  :        3 1 22   9 1111111111    3333333 9  9     7777 7       7777777777 7777 777      88888   7        7      333333     666666  777 7   99      
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Reference ( gi|85896 )        : CTGGTAT-T-T--ATA-T-TG-------GTAT-------T-GG-TAAAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGC-T-CAACC---C-CCC--CCCCCC
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gi|85898                      : CTGGTAT-T-T---TA-TATG-------GTAT-------T-GG-TAAAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGC-T-CA-CT---C-CCC--CCCC
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Alignments
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lowQualScore                  :       . . . ..   . ......  . ...  .....   .  ..   .... .       .......... .... ...      .. ..   .        .      ......      . ...  ... .   ..      
lowQualScore                  :       1 1 7 99   9 999999  7 999  33333   3  77   3333 5       9999999999 3333 444      99 44   5        5      777777      0 777  444 5   77      
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Reference ( family-874 )      : CTGGTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCT-CA-ACC---C-CCC--CCCCCC
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Alignments
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lowQualScore                  :       1 1 7 99   9 999999  7 999  33333   3  77   3333 5       9999999999 3333 444      99 44   5        5      777777      0 777  444 5   77      
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Reference ( family-874 )      : CTGGTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCT-CA-ACC---C-CCC--CCCCCC
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blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . AC   .   .   . 
blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . AA   .   .   . 
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blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . AA   .   .   . 
blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . AC   .   .   . 
blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . AA   .   .   . 
blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . AA   .   .   . 
blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . AA   .   .   . 
blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . CA   .   .   . 
blockSeqs                     :       . . . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . A    .   .   . 
blockSeqs                     :           . .    . .       . .    .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . .    .   .   . 
blockSeqs                     :                                   .       .  .    .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . .    .   .   . 
blockSeqs                     :                                                   .    .       .          .    .        .  .    .        .      .           . .    .   .     


blockSeqCons                  :                    ******
originalCons                  : CTGGTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCT-CA-ACC---C-CCC--CCCCCC
finalCons                     : CTGGTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCT-CA-ACC---C-CCC--CCCCCC





Alignments
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lowQualScore                  :       . . . ..   . ......  . ...  .....   .  ..   .... .       .......... .... ...      .. ..   .        .      ......      . ...  ... .   ..      
lowQualScore                  :       1 1 7 99   9 999999  7 999  33333   3  77   3333 5       9999999999 3333 444      99 44   5        5      777777      0 777  444 5   77      
consensus                     : CTGGTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCT-CA-ACC---C-CCC--CCCCCC
Reference ( family-874 )      : CTGGTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCT-CA-ACC---C-CCC--CCCCCC
gi|85896                      : CTGGTA-T-T-T--ATA-TT-----GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCT-CA-ACC---C-CCC--CCCCCC
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gi|85899                      : CTGGTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----T-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-CTGCATTC-TTTCCA------CTTGCC-C---CC---C-CCC--CCCCCC
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gi|85905                      :   GGTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----CGG-CA--AAT----C-AAATTCA----------G----A---AAC--------TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCTCCA-ACC---C-CCCAACCCCC
gi|85906                      :   GATA-T-TCT--ATA-T------GG-TTATATGACTATGG-TA--AAT----CAGAATTCA----------G----A---GAATGC--GATTGT-TTACATTC-TT-CCA------CTTG---CATACC---C-CC
gi|85907                      :    GTA-T-TAT--ATG-T------GG-T---AT-----TGG-TA--AAT----C-AAATTTA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCT-CA-ACC---A-CCT--ACCTCC
gi|85908                      :    GTA-T-T-T--ATA-T------GG-T---AT-----CGG-TA--AAT----C-AAATTCA----------G----A---AAC--------TGG-TTGCATTC-TTTCCA------CTTGCTCCA-ACCATGC-CCC--CACCCC
gi|85909                      :           -T--ATA-T------GG-TT--AT-----TGGGTA--AAT----C-AAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TTGCATTC-TTTCCA------GTTGCT-CA--CC---C-CCC--CCCCCCc
gi|85910                      :                                  T-----TGA-TATTAAT----C-GAATTCA----------G----A---AACTGC--A--TGG-TT-CATTC-TTTCCA------CTTGCT-CC-ATC---C-CCC--TACCCC
gi|85911                      :                                                 AT----C-AAATTCA----------G----A---AACTG--------G-TTGCCTTC-TTTCCT------TTTGCT-C---CC---C-CTC--CCCC