lowQualScore                  :                                                           1111111111                                 11111111111111        55555555555555555555555555555            11          22222                                          
lowQualScore                  :  4   5 2     2 3 2  2 2  5  2    2 2  2 5555 33  999 2    1111111111  2   33       2 2  33   5 2  66 66666666666666  4   4 55555555555555555555555555555 33 5   6   11      555 99999  3    3 3       4  4    8888    4   4    
lowQualScore                  :  .   . .     . . .  . .  .  .    . .  . .... ..  ... .    ..........  .   ..       . .  ..   . .  .. ..............  .   . ............................. .. .   .   ..      ... .....  .    . .       .  .    ....    .   .    
lowQualScore                  :  1   3 7     7 0 7  7 7  3  7    7 7  7 7777 77  333 7    7777777777  7   77       7 9  99   7 9  11 88888888888888  0   1 66666666666666666666666666666 99 7   2   55      888 22222  3    3 3       0  0    5555    0   0    
consensus                     : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GG-T----C--AT---T-ATCG----------AT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GC-NG--------------AAAGACCC-------------------------C-G-G--T-AAT-TAC--TGTGTT---AA----GT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
Reference ( gi|11943 )        : ATCTG-T-GGTCA-CTG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GG-T----C--AT---T-ATCG----------AT-CTC--CGGTGTC-C-AC--CTG-T-GC-AG--------------AAAGACTCA------------------------C-G-G--T-AAT-TAC--TGTGTT---AT----GT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11942                      : ACCTG-T-GGTCA-TCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GG-T----C--AT---T-ATCG----------AT-CTC--CGGTGTC-C-AC--CTG-T-GC-TG--------------AAAGACCC-------------------------T-G-G--T-AAT-TAC--TGAGTT---AA----GT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAATTACTATG-AGA-TGTA
gi|11944                      : ACCCG-T-GGTCA-CCG-AA-G-AG-GT-AAAG-T-GG-T----C--AT---T-ATCG----------AT-CTC--CGGTGTT-C-AC--TTG-T-GC-AG--------------AAAGACCC-------------------------C-A-G--T-AAT-TAC--TGTTTT---GA----GT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAG----TATG-AGA-TGTA
gi|11945                      : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GA-TTGGGC--AT---T-ATCG----------AT-CTC--TGGTGTT-C-AC--CTG-T-GC-AG--------------ACGAACCC-------------------------C-G-G--T-AAT-TAC--TGTGTT---ATAAAAGT-AAACAA-AAAAAAG-AC-TTGC----TATG-AGA-TGTA
gi|11950                      : ATCTG-T-GGTCAACTG-AAAG-CG-GT-AAAT-T-GGGT----C--AT-----A-CG----------AT-CTC---GGTGTC---AC--CTG-T-GT-AG--------------AA-GACG-A------------------------C-C-G--T-AAT-TAGA-TGTGTT---ATC---GT-AA-C-A-AGAAA-G-AC-TTAA----TATG-AGATTGTA
gi|11946                      : ACCTGCT-GGTCA-CCG-AA-G-CACGT-AAAT-T-AG-T----C--AT---T-AT-G----------AT-CTT--CGGTGTC-C-AC--CTGCT-GC-TG--------------AAGAACCC-------------------------C-A-G--TCAATGTACAGTGTGTT---AA----GT-AAAC-ACAAGAAAG-ATGTTAA----TATG-TGG-TGTA
gi|11949                      : ACCCG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CA-GC-TAAT-T-GG-T----A--AT---T-ATCG----------AT-CTT--CAGTGTT-C-AC--CTG-T-GC-AG--------------AAAGACCC-------------------------C-A-G--T-A
gi|11947                      : ACCTGCT-GGTCA-CCG-AA-G-CACGT-AA-T-T-AG-T----C--AT---T---TG----------AT-CTT--CGGTGTC-C-AC--CTGCT-GC-TG--------------AAAGACCC-------------------------C-A-G--TCAATGTAC--AGTGTC---GTTA--GT-ACAC-A-AGAAA
gi|11948                      : ACCTG-T---TCA-ACG-CA-G-CG-GTTAAAT-TTGG-T----C--AT---TTATCG----------AT-CTC--CAGTGTT-C-ACGTCTG-T-GC-AGTAATTTTTTGAAAAAAGGACCC-------------------------C-A-G--T-AAT-TACTTTGTGTTTAGA-----GTCACAC-A-AG--AAGTAC-TTAA----TATG-ATA-TGTA
gi|11954                      :   CTG-G-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GG-T----C--AT---T-ATCGGTCATTATCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GC-TG--------------AA-GACCC-------------------------C-A-G--T-AAT-TCC--TGTGTT---AA----GT-AAAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11955                      :  cCTG-T-GGTCA-CCG-AA-GGCG-GT-AAAT-T-GG-T----C--ATCATT-ATCG----------AT-CTC--AGGTGTC-CCAC--CTG-T-GC-TG--------------AAAC-CCCA------------------------CCG-GCAT-AAT-TAC---GAGTT---AA----GT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAC----TATG-AGA-TGTA
gi|11956                      :  cCTG-TTGGTCA-CCG-AC-G-CG-GT-AAATAT-GG-T----C--AT---T-ATCG----------AC-ATC--CAGCGTC-C-AC--C-G-T-GC-TG--------------AAAGACCCA----------------------------G--T-AAT-TAC--TGTCTT---A-----GT--AAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA-----ATGAAAA-TGTA
gi|11957                      :   CTG-T-GGTCA-CTGGAA-G-CG--T-AAAT-T-GG-T----CTTATAAAC-ATCG----------ATTCTCTGCGGCGTCGC-AC--CTA-TAGCTGG--------------AGAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCC-A-G--T-AAT-TAT--TGCGTT---AA----GT-AAAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA----TTTG-AGA-AGTA
gi|11951                      :    TG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CA-GT-CAAA-T-CG-C----C--AT---T-ACTT----------AT-CTC--CGACATA-C-AC--CTG-G-GC-AA--------------AACG-TTC-------------------------C-GAG--T-AAT-TGC--TGTATT---AG----AT-AAAC-A-AGAAAA
gi|11952                      : acaTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-TG-GT-TAAT-T-GG-T----C--AT---T-ATCG----------AT-CTC--CGGTGTC-
gi|11953                      : actTG-T-TGTCA-TTG-AA-G-TG-GT-AAAT-T-GG-T----C--CT---T-ATCA----------AG-TTT--TGGCGTA-C-AC--CTG-G-GC-AG--------------CAGGA-TCC------------------------C-A-G--T-AAT-AAC--





Alignments
lowQualScore                  :                                                       1111111111                                   11111111111111        2222222222222222222222222                           111111                                           
lowQualScore                  :      5 2     2   2  2 2  5  2    2 5   5555 33  888 2 0000000000     2   33   1  22 2  33   5 2  1 55555555555555  2     9999999999999999999999999 2 2 33 5   5  2 77     44 222222   3    3 3       3  3    7777    3   3    
lowQualScore                  :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .... ..  ... . ..........     .   ..   .  .. .  ..   . .  . ..............  .     ......................... . . .. .   .  . ..     .. ......   .    . .       .  .    ....    .   .    
lowQualScore                  :      0 5     5   5  5 5  0  5    5 0   3333 44  888 5 9999999999     5   44   0  88 7  77   3 7  0 77777777777777  7     3333333333333333333333333 7 3 77 3   7  9 99     22 999999   1    1 1       6  6    7777    6   6    
consensus                     : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCNG--------------AA-AGACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
Reference ( family-866 )      : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCNG--------------AA-AGACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11942                      : ACCTG-T-GGTCA-TCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-C-AC--CTG-T-GCTG--------------AA-AGACC-------------------------C-TGG--T-AAT-TA-C--TGAGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAATTACTATG-AGA-TGTA
gi|11943                      : ATCTG-T-GGTCA-CTG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AA-AGACT-------------------------CACGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-TGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11944                      : ACCCG-T-GGTCA-CCG-AA-G-AG-GT-AAAG-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTT-C-AC--TTG-T-GCAG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-C--TGTTT--T----G-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAG----TATG-AGA-TGTA
gi|11945                      : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GATTGGGC--AT---T-A----------TCGAT-CTC--TGGTGTT-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AC-GAACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--TATAAA-AGT-AAACAA-AAAAAAG-AC-TTGC----TATG-AGA-TGTA
gi|11946                      : ACCTGCT-GGTCA-CCG-AA-G-CACGT-AAAT-T-AGT----C--AT---T-A----------T-GAT-CTT--CGGTGTC-C-AC--CTGCT-GCTG--------------AA-GAACC-------------------------C-CAG--TCAATGTA-CAGTGTGT--T----A-AGT-AAAC-ACAAGAAAG-ATGTTAA----TATG-TGG-TGTA
gi|11947                      : ACCTGCT-GGTCA-CCG-AA-G-CACGT--AAT-T-AGT----C--AT----------------TTGAT-CTT--CGGTGTC-C-AC--CTGCT-GCTG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--TCAATGTA-C--AGTGTCGT----T-AGT-ACAC-A-AGAAA
gi|11948                      : ACCTG-T---TCA-ACG-CA-G-CG-GTTAAAT-TTGGT----C--AT---TTA----------TCGAT-CTC--CAGTGTT-C-ACGTCTG-T-GCAGTAATTTTTTGAAAAAA-GGACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-CTTTGTGT--TTA--G-AGTCACAC-A-AG--AAGTAC-TTAA----TATG-ATA-TGTA
gi|11949                      : ACCCG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CA-GC-TAAT-T-GGT----A--AT---T-A----------TCGAT-CTT--CAGTGTT-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--T-A
gi|11950                      : ATCTG-T-GGTCAACTG-AAAG-CG-GT-AAAT-TGGGT----C--A----T-A-----------CGAT-CT---CGGTGT--C-AC--CTG-T-GTAG---------------A-AGACG-------------------------A-CCG--T-AAT-TAGA--TGTGT--T----ATCGT--AAC-A-AG-AAAG-AC-TTAA----TATG-AGATTGTA
gi|11951                      : ACATG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CA-GT-CAAA-T-CGC----C--AT---T-A----------CTTAT-CTC--CGACATA-C-AC--CTG-G-GCAA--------------AA-CGTTC-------------------------C-GAG--T-AAT-TG-C--TGTAT--T----A-GAT-AAAC-A-AGAAAA
gi|11952                      : ACTTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-TG-GT-TAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-
gi|11953                      : ACATG-T-TGTCA-TTG-AA-G-TG-GT-AAAT-T-GGT----C--CT---T-A----------TCAAG-TTT--TGGCGTA-C-AC--CTG-G-GCAG--------------CA-GGATC-------------------------C-CAG--T-AAT-AA-C--
gi|11954                      :  CCTG-G-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-ATCGGTCATTATCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCTG--------------AA--GACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TC-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11955                      :  CCTG-T-GGTCA-CCG-AA-GGCG-GT-AAAT-T-GGT----C--ATCATT-A----------TCGAT-CTC--AGGTGTC-CCAC--CTG-T-GCTG--------------AA-ACCCCA------------------------C-CGGCAT-AAT-TA-C---GAGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAC----TATG-AGA-TGTA
gi|11956                      :   CTG-TTGGTCA-CCG-AC-G-CG-GT-AAATAT-GGT----C--AT---T-A----------TCGAC-ATC--CAGCGTC-C-AC--C-G-T-GCTG--------------AA-AGA-C-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-C--TGTCT--T------AGT--AAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA-----ATGAAAA-TGTA
gi|11957                      :   CTG-T-GGTCA-CTGGAA-G-CG--T-AAAT-T-GGT----CTTATAAAC-A----------TCGATTCTCTGCGGCGTCGC-AC--CTA-TAGCTG--------------GAGAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC-CAG--T-AAT-TA-T--TGCGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA----TTTG-AGA-AGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                       1111111111                                   11111111111111        2222222222222222222222222                           111111                                           
lowQualScore                  :      5 2     2   2  2 2  5  2    2 5   5555 33  888 2 0000000000     2   33   1  22 2  33   5 2  1 55555555555555  2     9999999999999999999999999 2 2 33 5   5  2 77     44 222222   3    3 3       3  3    7777    3   3    
lowQualScore                  :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .... ..  ... . ..........     .   ..   .  .. .  ..   . .  . ..............  .     ......................... . . .. .   .  . ..     .. ......   .    . .       .  .    ....    .   .    
lowQualScore                  :      0 5     5   5  5 5  0  5    5 0   3333 44  888 5 9999999999     5   44   0  88 7  77   3 7  0 77777777777777  7     3333333333333333333333333 7 3 77 3   7  9 99     22 999999   1    1 1       6  6    7777    6   6    
consensus                     : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCNG--------------AA-AGACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
Reference ( family-866 )      : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCNG--------------AA-AGACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11942                      : ACCTG-T-GGTCA-TCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-C-AC--CTG-T-GCTG--------------AA-AGACC-------------------------C-TGG--T-AAT-TA-C--TGAGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAATTACTATG-AGA-TGTA
gi|11943                      : ATCTG-T-GGTCA-CTG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AA-AGACT-------------------------CACGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-TGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11944                      : ACCCG-T-GGTCA-CCG-AA-G-AG-GT-AAAG-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTT-C-AC--TTG-T-GCAG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-C--TGTTT--T----G-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAG----TATG-AGA-TGTA
gi|11945                      : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GATTGGGC--AT---T-A----------TCGAT-CTC--TGGTGTT-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AC-GAACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--TATAAA-AGT-AAACAA-AAAAAAG-AC-TTGC----TATG-AGA-TGTA
gi|11946                      : ACCTGCT-GGTCA-CCG-AA-G-CACGT-AAAT-T-AGT----C--AT---T-A----------T-GAT-CTT--CGGTGTC-C-AC--CTGCT-GCTG--------------AA-GAACC-------------------------C-CAG--TCAATGTA-CAGTGTGT--T----A-AGT-AAAC-ACAAGAAAG-ATGTTAA----TATG-TGG-TGTA
gi|11947                      : ACCTGCT-GGTCA-CCG-AA-G-CACGT--AAT-T-AGT----C--AT----------------TTGAT-CTT--CGGTGTC-C-AC--CTGCT-GCTG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--TCAATGTA-C--AGTGTCGT----T-AGT-ACAC-A-AGAAA
gi|11948                      : ACCTG-T---TCA-ACG-CA-G-CG-GTTAAAT-TTGGT----C--AT---TTA----------TCGAT-CTC--CAGTGTT-C-ACGTCTG-T-GCAGTAATTTTTTGAAAAAA-GGACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-CTTTGTGT--TTA--G-AGTCACAC-A-AG--AAGTAC-TTAA----TATG-ATA-TGTA
gi|11949                      : ACCCG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CA-GC-TAAT-T-GGT----A--AT---T-A----------TCGAT-CTT--CAGTGTT-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--T-A
gi|11950                      : ATCTG-T-GGTCAACTG-AAAG-CG-GT-AAAT-TGGGT----C--A----T-A-----------CGAT-CT---CGGTGT--C-AC--CTG-T-GTAG---------------A-AGACG-------------------------A-CCG--T-AAT-TAGA--TGTGT--T----ATCGT--AAC-A-AG-AAAG-AC-TTAA----TATG-AGATTGTA
gi|11951                      : ACATG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CA-GT-CAAA-T-CGC----C--AT---T-A----------CTTAT-CTC--CGACATA-C-AC--CTG-G-GCAA--------------AA-CGTTC-------------------------C-GAG--T-AAT-TG-C--TGTAT--T----A-GAT-AAAC-A-AGAAAA
gi|11952                      : ACTTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-TG-GT-TAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-
gi|11953                      : ACATG-T-TGTCA-TTG-AA-G-TG-GT-AAAT-T-GGT----C--CT---T-A----------TCAAG-TTT--TGGCGTA-C-AC--CTG-G-GCAG--------------CA-GGATC-------------------------C-CAG--T-AAT-AA-C--
gi|11954                      :  CCTG-G-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-ATCGGTCATTATCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCTG--------------AA--GACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TC-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11955                      :  CCTG-T-GGTCA-CCG-AA-GGCG-GT-AAAT-T-GGT----C--ATCATT-A----------TCGAT-CTC--AGGTGTC-CCAC--CTG-T-GCTG--------------AA-ACCCCA------------------------C-CGGCAT-AAT-TA-C---GAGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAC----TATG-AGA-TGTA
gi|11956                      :   CTG-TTGGTCA-CCG-AC-G-CG-GT-AAATAT-GGT----C--AT---T-A----------TCGAC-ATC--CAGCGTC-C-AC--C-G-T-GCTG--------------AA-AGA-C-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-C--TGTCT--T------AGT--AAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA-----ATGAAAA-TGTA
gi|11957                      :   CTG-T-GGTCA-CTGGAA-G-CG--T-AAAT-T-GGT----CTTATAAAC-A----------TCGATTCTCTGCGGCGTCGC-AC--CTA-TAGCTG--------------GAGAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC-CAG--T-AAT-TA-T--TGCGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA----TTTG-AGA-AGTA


blockSeqs                     :      C T     A   G  A G  C  T    A T   TGGG TT  CAT T TCGGTCATTA     T   TG   T  CG C  GT   C A  A TAATTTTTTGAAAA  G     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT A G CA C   G  G AG     CG ATAAA    C    A C       T  G    .       A   T
blockSeqs                     :      C .     .   .  . .  C  .    . G   .    .   AAA . .              .   .    T  C  .  .    C .  A .               .     A                         . A .  C   G  . TT     .  TAG      .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    T  T  .  .    . .  A .               .     .                         . G .  .   .  . .      .  AT       .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    T  T  .  .    . .  T .               .     .                         . A .  .   .  . .      .  A        .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    T  C  .  .    . .  T .               .     .                         . A .  .   .  . .      .  G        .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    T  C  .  .    . .  A .               .     .                         . A .  .   .  . .      .  A        .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    T  T  .  .    . .  A .               .     .                         . A .  .   .  . .      .  T        .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    T  T  .  .    . .  A .               .     .                         . C .  .   .  . .      .  A        .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    C  A  .  .    . .  A .               .     .                         . A .  .   .  . .      .  A        .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    T  C  .  .    . .  A .               .     .                         . A .  .   .  . .      .  A        .    . .       .  .    .       .   .
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    C  A  .  .    . .  T .               .     .                         . A .  .   .  . .      .  A        .    . .                            
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    C  C  .  .    . .  T .               .     .                         . G .  .   .  . .      .  .        .    . .                            
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    T  C  .  .    . .  T .               .     .                         . A .  .   .  . .                                                      
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    C  C  .  .    . .  T .               .     .                         . A .  .                                                               
blockSeqs                     :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .    .   .   . .              .   .    C  .                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                              ****
originalCons                  : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCNG--------------AA-AGACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
finalCons                     : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCNG--------------AA-AGACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                       1111111111                                   11111111111111        2222222222222222222222222                           111111                                           
lowQualScore                  :      5 2     2   2  2 2  5  2    2 5   5555 33  888 2 0000000000     2   33   1  22 2  33   5 2  1 55555555555555  2     9999999999999999999999999 2 2 33 5   5  2 77     44 222222   3    3 3       3  3    7777    3   3    
lowQualScore                  :      . .     .   .  . .  .  .    . .   .... ..  ... . ..........     .   ..   .  .. .  ..   . .  . ..............  .     ......................... . . .. .   .  . ..     .. ......   .    . .       .  .    ....    .   .    
lowQualScore                  :      0 5     5   5  5 5  0  5    5 0   3333 44  888 5 9999999999     5   44   0  88 7  77   3 7  0 77777777777777  7     3333333333333333333333333 7 3 77 3   7  9 99     22 999999   1    1 1       6  6    7777    6   6    
consensus                     : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCNG--------------AA-AGACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
Reference ( family-866 )      : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCNG--------------AA-AGACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11942                      : ACCTG-T-GGTCA-TCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-C-AC--CTG-T-GCTG--------------AA-AGACC-------------------------C-TGG--T-AAT-TA-C--TGAGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAATTACTATG-AGA-TGTA
gi|11943                      : ATCTG-T-GGTCA-CTG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AA-AGACT-------------------------CACGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--T----A-TGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11944                      : ACCCG-T-GGTCA-CCG-AA-G-AG-GT-AAAG-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTT-C-AC--TTG-T-GCAG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-C--TGTTT--T----G-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAG----TATG-AGA-TGTA
gi|11945                      : ACCTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GATTGGGC--AT---T-A----------TCGAT-CTC--TGGTGTT-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AC-GAACC-------------------------C-CGG--T-AAT-TA-C--TGTGT--TATAAA-AGT-AAACAA-AAAAAAG-AC-TTGC----TATG-AGA-TGTA
gi|11946                      : ACCTGCT-GGTCA-CCG-AA-G-CACGT-AAAT-T-AGT----C--AT---T-A----------T-GAT-CTT--CGGTGTC-C-AC--CTGCT-GCTG--------------AA-GAACC-------------------------C-CAG--TCAATGTA-CAGTGTGT--T----A-AGT-AAAC-ACAAGAAAG-ATGTTAA----TATG-TGG-TGTA
gi|11947                      : ACCTGCT-GGTCA-CCG-AA-G-CACGT--AAT-T-AGT----C--AT----------------TTGAT-CTT--CGGTGTC-C-AC--CTGCT-GCTG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--TCAATGTA-C--AGTGTCGT----T-AGT-ACAC-A-AGAAA
gi|11948                      : ACCTG-T---TCA-ACG-CA-G-CG-GTTAAAT-TTGGT----C--AT---TTA----------TCGAT-CTC--CAGTGTT-C-ACGTCTG-T-GCAGTAATTTTTTGAAAAAA-GGACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-CTTTGTGT--TTA--G-AGTCACAC-A-AG--AAGTAC-TTAA----TATG-ATA-TGTA
gi|11949                      : ACCCG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CA-GC-TAAT-T-GGT----A--AT---T-A----------TCGAT-CTT--CAGTGTT-C-AC--CTG-T-GCAG--------------AA-AGACC-------------------------C-CAG--T-A
gi|11950                      : ATCTG-T-GGTCAACTG-AAAG-CG-GT-AAAT-TGGGT----C--A----T-A-----------CGAT-CT---CGGTGT--C-AC--CTG-T-GTAG---------------A-AGACG-------------------------A-CCG--T-AAT-TAGA--TGTGT--T----ATCGT--AAC-A-AG-AAAG-AC-TTAA----TATG-AGATTGTA
gi|11951                      : ACATG-T-GGTCA-CCG-AA-G-CA-GT-CAAA-T-CGC----C--AT---T-A----------CTTAT-CTC--CGACATA-C-AC--CTG-G-GCAA--------------AA-CGTTC-------------------------C-GAG--T-AAT-TG-C--TGTAT--T----A-GAT-AAAC-A-AGAAAA
gi|11952                      : ACTTG-T-GGTCA-CCG-AA-G-TG-GT-TAAT-T-GGT----C--AT---T-A----------TCGAT-CTC--CGGTGTC-
gi|11953                      : ACATG-T-TGTCA-TTG-AA-G-TG-GT-AAAT-T-GGT----C--CT---T-A----------TCAAG-TTT--TGGCGTA-C-AC--CTG-G-GCAG--------------CA-GGATC-------------------------C-CAG--T-AAT-AA-C--
gi|11954                      :  CCTG-G-GGTCA-CCG-AA-G-CG-GT-AAAT-T-GGT----C--AT---T-ATCGGTCATTATCGAT-CTC--CGGCGTC-C-AC--CTG-T-GCTG--------------AA--GACC-------------------------C-CAG--T-AAT-TC-C--TGTGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA----TATG-AGA-TGTA
gi|11955                      :  CCTG-T-GGTCA-CCG-AA-GGCG-GT-AAAT-T-GGT----C--ATCATT-A----------TCGAT-CTC--AGGTGTC-CCAC--CTG-T-GCTG--------------AA-ACCCCA------------------------C-CGGCAT-AAT-TA-C---GAGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AC-TTAC----TATG-AGA-TGTA
gi|11956                      :   CTG-TTGGTCA-CCG-AC-G-CG-GT-AAATAT-GGT----C--AT---T-A----------TCGAC-ATC--CAGCGTC-C-AC--C-G-T-GCTG--------------AA-AGA-C-------------------------C-CAG--T-AAT-TA-C--TGTCT--T------AGT--AAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA-----ATGAAAA-TGTA
gi|11957                      :   CTG-T-GGTCA-CTGGAA-G-CG--T-AAAT-T-GGT----CTTATAAAC-A----------TCGATTCTCTGCGGCGTCGC-AC--CTA-TAGCTG--------------GAGAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC-CAG--T-AAT-TA-T--TGCGT--T----A-AGT-AAAC-A-AGAAAAG-AT-GTAA----TTTG-AGA-AGTA