lowQualScore : 1111111 11111111 22222222 111111111 111 333333 2
lowQualScore : 5555 7777777 66 66 5 66 5 33 2 777777 5 44444444 5 33 11111111 2 555555555 2 33 2 000 2 2 222222 5 777777 2 444 8888 33 2 2 777 2 33 2 2 2 33 33 3
lowQualScore : .... ....... .. .. . .. . .. . ...... . ........ . .. ........ . ......... . .. . ... . . ...... . ...... . ... .... .. . . ... . .. . . . .. .. .
lowQualScore : 7777 5555555 33 99 3 33 3 77 7 777777 3 33333333 3 77 00000000 7 222222222 7 77 7 000 7 7 333333 3 777777 7 777 3333 77 7 7 333 8 77 7 7 7 77 77 7
consensus : AAAAAA----A---T-T-A--GAT-GCT-TA--AATCAA-G--AAT-T------G-TTAC-----C-T--CA--------TTTC-A----C-G--AG-T--T-AAA---TTTT-GA-C------GCA-ATATATTGC------TT-C---G----TTGA--A-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
Reference ( gi|105060 ) : AAAAAA----A---T-C-A--GAT-ACT-TA--AATCAA-G--AAT-T------G-TAAC-----C-T--CA--------TTTC-A----C-A--AG-T--T-AAA---TTTT-GA-C----T-GCA-ATATATTGC------TT-C---G----TTGA--A-CG-GAAATCGC---TCATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CGTTAAAAAA
gi|105062 : AACAAA----A---T-C-A--GAT-ACT-TA--AATCAA-G--AAT-T------G-TTAC-----C-T--CA--------ATTC-A----C-A--AG-T--T-AAA---TTTT-GA-C------GCA-ATATATTGC------TT-C---G----TTGA--A-CG-GAAATCAC---TTATAGAG--G-T-GCG-GT--AGTCCT--CGTTAA
gi|105059 : AAAAAA----A---T-T-A--GAT-ACT-TA--AATCAA-G--AAT-T------G-TTAC-----C-T--CA--------TTTC-A----C-G--AC-T--T-AAA---TTTT-GA-C------GCA-ATATATTGC------TT-T---G----TTGA--A-CG-AAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AACCCT--CG-TAAAAAA
gi|105061 : AAAGAA----A---T---A--GAT-GCT-TA--AATCAA-G--ATA-T------G-TTAC-----C-T--CA--------TTTC-A----C-G--AG-T--T-AAA---TTTT-GA-C------GCA-ATATATTGC------TT-C---G----TTGA--A-CG-GAAATCGC---TCATAGAG--G-C-GAA-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105064 : aAAAAAA----A---T---A--GAT-GCT-TC--AATCAA-G--AAT-T------G-TTAT-----C-T--CA--------TTTT-A----C-G--AG-T--T-AAA---TTTT-GA-C------GCA-ATATATTGC------TT-C---G----TTGA--A-CG-GAAATCGC---TTATAGAA--G-T-GAA-AT--AGTTCT--CGTTAAAA
gi|105063 : aAAAAAA----A---T-T-A--GAT-GCT-TA--AATCAA-G--AAT-T------G-TTAC-----C-T--CA--------TTTC-A----C-G--AG-T--T-AAA---TTGT-GA------T-GCA-ATACATAGC------TT-C---A----TTGA--A-CA-GACATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CA-TAAAAAA
gi|105066 : AAAAAA----A---T------AAT-GCT-TA--AATCAG-G--CAT-T------G-TTAC-----C-T--CA--------TTGC-A----C-G--AG-T--T-GAT---TTTT-GA-C------GCA-ATACATTGC------TT-C---G----TTGA--A-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAA-GT--AGTCCT--CG--AAAAAA
gi|105065 : aAAAAAA----A---T---A--GAT-GCT-GA--AATCAA-G--AAT-T------G-TTAC-----C-T--CA--------TTTC-A----A-G--AA-T--T-AAA---TTGT-GA-C------GCA-A-ACATTGT------TT-T---G----TTGG--A-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAAa
gi|105067 : aAAAAAA----ACACT-T-A--GAT-CTT-TA--AATCAA----AAT-T------G-TTAC-----C-T--CA--------TTTC-A----G-G--AA-T--T-AAA---TTTT-GA-C------GCA-ATATATTCC------TT-C---G----TTGA--A-CG-GAAATCGC---TTATAGAT--G-TAAAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105068 : AAAAAC----A---C-T-A--GAT-GCT-TA--AATTGA-G--AAT-T------G-TG-C-----C-C--CA--------TTTC-C----C-G--TG-T--C-AAA---TTTT-GA-C------GCA-ATATATTGC------TT-C---G----TTGA--A-CA-GAAATCGC---TTATAGAT--G-T-AAA-GT--AGTCCT--CATTAAAA
gi|105069 : AAAAAA----A---TGC-A--GAT-ACT-TA--AATCAATA--AAT-T------GTTAAT-----CGT--TA--------TTTC-A----A-C--AG-T--T-AAAT--TTTT-GA-CGCAGC-GCA-ATATATTGC-------T-C---G----TAGA--A-CG-GAAATCGC---TCA-AGAGGTG-T-GAG-GCTAAGTTCC--CGTTAAAA
gi|105070 : AAAAAA----A---T-TTA--GAT-GCT-TATAAATCAA-G--AATCT------G-T--T-----C-T--CAGGGTTTT-TTTCGA----CGA--AC-T--T-AAAC--TTTT-GAGC----TCGCA-A-ACATTGC------TT-TCGTG----TTGA--AACG-GAAATCGC---TTACAGAA--G-T-GAG-GT--AATCCTTCCG-TAAAAA
gi|105071 : AAAAAA----A---T-C-A--GAT-GAT-TA--ATTCAG-G--AAT-T------G-TTACG----C-T--CA---------TTC-A----C-A--AACC--T-AAA---TATT-G-------C-GCAGGTACA-TGC------CT-T---AAATTTTGT--A-CG-GAAATCG-----CGTAGAA--G-T-GAT-GT--AGTCCT--CG-TAACAAA
gi|105073 : AAAAAACTATA---T-T-A--GATGACT-TA--AATTAA-G--AAT-TTGTCGCG-TCACTATATC-TGACAATTGATTGTTTC-ATATAC-G--AG-T--T-AAA---TTTTTGA-C----T-GCATATATATTGCCTAAACTT-C---G----TTGAGAA-CG-GAAATCGCAGGTTTGAGAG--GTT-GTG-GA--TGTCCT--CG-TAAAAA
gi|105072 : AAAAAA----ACT-T-T-AC-GAT-GATGTC--AATCAG-GCCAAT-C------G-TTAC-----CAT--CA--------TGCC-G---------AG-TCCT-ACACATTTTT-GT-C------GCA-ATATATTGC------TTGT---G----TTGA--A-CGTGAATTCGTA--TTATAAAG--G-T-GAGAAT--AGTCAT--CG-TAAAAA
gi|105074 : AAAAA----A---T-T-GACGATTACTATAG-AATCAAAG--AAT-T------GTTATC-----T-T--CAT-------TTTC-A----A-AGGAG-T--TCAAA---T---------------CA-----ATTGC------TT-C---GC---TTGA--A-CG-GAAATCGT---TTATAGAG--G-T-GAA-AT--AGTCCT--CGTTACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 11111
lowQualScore : 5555 88888 2 2 2 2 000000 5 33 2 777777 55 88888 2 33 77777777 77777777 5 33 2 999 2 444 5 11111 777777 2 444 7777 33 2 2 666 33 2 2 2 33 33 2
lowQualScore : .... ..... . . . . ...... . .. . ...... .. ..... . .. ........ ........ . .. . ... . ... . ..... ...... . ... .... .. . . ... .. . . . .. .. .
lowQualScore : 3333 88888 5 5 5 5 666666 0 44 5 222222 99 88888 5 44 22222222 88888888 0 44 5 444 5 444 0 22222 222222 5 444 8888 44 5 5 999 44 5 5 5 44 44 5
consensus : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
Reference ( family-864 ) : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105059 : AAAAAA----A---T-T-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAC-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-T---G----TT--GAA-CG-AAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AACCCT--CG-TAAAAAA
gi|105060 : AAAAAA----A---T-C-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTAA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CAAG-T--T-AAA---TTTT-GA---CTGCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TCATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CGTTAAAAAA
gi|105061 : AAAAGA----A---A-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--ATA-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TCATAGAG--G-C-GAA-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105062 : AACAAA----A---T-C-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------ATTC---A----CAAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCAC---TTATAGAG--G-T-GCG-GT--AGTCCT--CG-TTAA
gi|105063 : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTGT-GA---T-GCA-----ATACATAG------CTT-C---A----TT--GAA-CA-GACATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CA-TAAAAAA
gi|105064 : AAAAAA----A---A-T-A-GATG-CT-TC------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--T-----C-T--CA--------TTTT---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAA--G-T-GAA-AT--AGTTCT--CG-TTAAAA
gi|105065 : AAAAAA----A---A-T-A-GATG-CT-GA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----AGAA-T--T-AAA---TTGT-GA---C-GCA-----A-ACATTG------TTT-T---G----TT--GGA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105066 : AAAAAA----A---A-T-A--ATG-CT-TA------AATCAG-G--CAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTGC---A----CGAG-T--T-GAT---TTTT-GA---C-GCA-----ATACATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAA-GT--AGTCCT--CG-AAAAAAA
gi|105067 : AAAAAA----ACACT-T-A-GATC-TT-TA------AATCAA----AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----GGAA-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTC------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAT--G-TAAAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105068 : AAAAAC----A---C-T-A-GATG-CT-TA------AATTGA-G--AAT-T------GT-G--C-----C-C--CA--------TTTC---C----CGTG-T--C-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CA-GAAATCGC---TTATAGAT--G-T-AAA-GT--AGTCCT--CA-TTAAAA
gi|105069 : AAAAAA----A---TGC-A-GATA-CT-TA------AATCAATA--AAT-T------GTTAATC-----G-T--TA--------TTTC---A----ACAG-T--T-AAA---TTTTTGA---C-GCAGCGCAATATATTG------CT--C---G----TA--GAA-CG-GAAATCGC---TCA-AGAGGTG-T-GAG-GCTAAGTTCC--CG-TTAAAA
gi|105070 : AAAAAA----A---T-TTA-GATG-CT-TATA----AATCAA-G--AATCT------GTT---------C-T--CAGGGTTTT-TTTCG--A----CGAACT--T-AAAC--TTTT-GAGCTC-GCA-----A-ACATTG------CTT-TCGTG----TT--GAAACG-GAAATCGC---TTACAGAA--G-T-GAG-GT--AATCCTTCCG-TAAAAA
gi|105071 : AAAAAA----A---T-C-A-GATG-AT-TA------ATTCAG-G--AAT-T------GTTA--CG----C-T--CA---------TTC---A----CAAACC--T-AAA---TATT-G----C-GCAG----GTACA-TG------CCT-T---AAATTTT--GTA-CG-GAAATCGC-----GTAGAA--G-T-GAT-GT--AGTCCT--CG-TAACAAA
gi|105072 : AAAAAA----ACT-T-T-ACGATG-ATGTC------AATCAG-GCCAAT-C------GTTA--C-----CAT--CA--------TGCC---------GAG-TCCT-ACACATTTTT-GT---C-GCA-----ATATATTG------CTTGT---G----TT--GAA-CGTGAATTCGTA--TTATAAAG--G-T-GAGAAT--AGTCAT--CG-TAAAAA
gi|105073 : AAAAAACTATA---T-T-A-GATGACT-TA------AATTAA-G--AAT-TTGTCGCGTCA--CTATATC-TGACAATTGATTGTTTC---ATATACGAG-T--T-AAAT--TTTT-GA---CTGCAT----ATATATTGCCTAAACTT-C---G----TTGAGAA-CG-GAAATCGCAGGTTTGAGAG--GTT-GTG-GA--TGTCCT--CG-TAAAAA
gi|105074 : AAAAA----A---T-T---GACG-AT-TACTATAGAATCAAAG--AAT-T------GTTAT-C-----T-T--CA--------TTTTCAAA----GGAG-T--TCAAA---T------------CA---------ATTG------CTT-C---GC---TT--GAA-CG-GAAATCGT---TTATAGAG--G-T-GAA-AT--AGTCCT--CG-TTACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 11111
lowQualScore : 5555 88888 2 2 2 2 000000 5 33 2 777777 55 88888 2 33 77777777 77777777 5 33 2 999 2 444 5 11111 777777 2 444 7777 33 2 2 666 33 2 2 2 33 33 2
lowQualScore : .... ..... . . . . ...... . .. . ...... .. ..... . .. ........ ........ . .. . ... . ... . ..... ...... . ... .... .. . . ... .. . . . .. .. .
lowQualScore : 3333 88888 5 5 5 5 666666 0 44 5 222222 99 88888 5 44 22222222 88888888 0 44 5 444 5 444 0 22222 222222 5 444 8888 44 5 5 999 44 5 5 5 44 44 5
consensus : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
Reference ( family-864 ) : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105059 : AAAAAA----A---T-T-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAC-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-T---G----TT--GAA-CG-AAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AACCCT--CG-TAAAAAA
gi|105060 : AAAAAA----A---T-C-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTAA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CAAG-T--T-AAA---TTTT-GA---CTGCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TCATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CGTTAAAAAA
gi|105061 : AAAAGA----A---A-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--ATA-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TCATAGAG--G-C-GAA-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105062 : AACAAA----A---T-C-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------ATTC---A----CAAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCAC---TTATAGAG--G-T-GCG-GT--AGTCCT--CG-TTAA
gi|105063 : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTGT-GA---T-GCA-----ATACATAG------CTT-C---A----TT--GAA-CA-GACATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CA-TAAAAAA
gi|105064 : AAAAAA----A---A-T-A-GATG-CT-TC------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--T-----C-T--CA--------TTTT---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAA--G-T-GAA-AT--AGTTCT--CG-TTAAAA
gi|105065 : AAAAAA----A---A-T-A-GATG-CT-GA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----AGAA-T--T-AAA---TTGT-GA---C-GCA-----A-ACATTG------TTT-T---G----TT--GGA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105066 : AAAAAA----A---A-T-A--ATG-CT-TA------AATCAG-G--CAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTGC---A----CGAG-T--T-GAT---TTTT-GA---C-GCA-----ATACATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAA-GT--AGTCCT--CG-AAAAAAA
gi|105067 : AAAAAA----ACACT-T-A-GATC-TT-TA------AATCAA----AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----GGAA-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTC------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAT--G-TAAAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105068 : AAAAAC----A---C-T-A-GATG-CT-TA------AATTGA-G--AAT-T------GT-G--C-----C-C--CA--------TTTC---C----CGTG-T--C-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CA-GAAATCGC---TTATAGAT--G-T-AAA-GT--AGTCCT--CA-TTAAAA
gi|105069 : AAAAAA----A---TGC-A-GATA-CT-TA------AATCAATA--AAT-T------GTTAATC-----G-T--TA--------TTTC---A----ACAG-T--T-AAA---TTTTTGA---C-GCAGCGCAATATATTG------CT--C---G----TA--GAA-CG-GAAATCGC---TCA-AGAGGTG-T-GAG-GCTAAGTTCC--CG-TTAAAA
gi|105070 : AAAAAA----A---T-TTA-GATG-CT-TATA----AATCAA-G--AATCT------GTT---------C-T--CAGGGTTTT-TTTCG--A----CGAACT--T-AAAC--TTTT-GAGCTC-GCA-----A-ACATTG------CTT-TCGTG----TT--GAAACG-GAAATCGC---TTACAGAA--G-T-GAG-GT--AATCCTTCCG-TAAAAA
gi|105071 : AAAAAA----A---T-C-A-GATG-AT-TA------ATTCAG-G--AAT-T------GTTA--CG----C-T--CA---------TTC---A----CAAACC--T-AAA---TATT-G----C-GCAG----GTACA-TG------CCT-T---AAATTTT--GTA-CG-GAAATCGC-----GTAGAA--G-T-GAT-GT--AGTCCT--CG-TAACAAA
gi|105072 : AAAAAA----ACT-T-T-ACGATG-ATGTC------AATCAG-GCCAAT-C------GTTA--C-----CAT--CA--------TGCC---------GAG-TCCT-ACACATTTTT-GT---C-GCA-----ATATATTG------CTTGT---G----TT--GAA-CGTGAATTCGTA--TTATAAAG--G-T-GAGAAT--AGTCAT--CG-TAAAAA
gi|105073 : AAAAAACTATA---T-T-A-GATGACT-TA------AATTAA-G--AAT-TTGTCGCGTCA--CTATATC-TGACAATTGATTGTTTC---ATATACGAG-T--T-AAAT--TTTT-GA---CTGCAT----ATATATTGCCTAAACTT-C---G----TTGAGAA-CG-GAAATCGCAGGTTTGAGAG--GTT-GTG-GA--TGTCCT--CG-TAAAAA
gi|105074 : AAAAA----A---T-T---GACG-AT-TACTATAGAATCAAAG--AAT-T------GTTAT-C-----T-T--CA--------TTTTCAAA----GGAG-T--TCAAA---T------------CA---------ATTG------CTT-C---GC---TT--GAA-CG-GAAATCGT---TTATAGAG--G-T-GAA-AT--AGTCCT--CG-TTACAAA
blockSeqs : CTAT CACT T C A G CTATAG T CC C TGTCGC AT TATAT A GA ATTGATTG ATATA C CC C CAT T GCT T GCGCA CCTAAA G CGT AATT GA A T AGG GT T A A TA TC T
blockSeqs : . CTT . . . . TA A . . . T G . . GGGTTTT CAAA C . . C . . T G . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . TG . . . . . . . . . . . . . . GA . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
finalCons : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 11111
lowQualScore : 5555 88888 2 2 2 2 000000 5 33 2 777777 55 88888 2 33 77777777 77777777 5 33 2 999 2 444 5 11111 777777 2 444 7777 33 2 2 666 33 2 2 2 33 33 2
lowQualScore : .... ..... . . . . ...... . .. . ...... .. ..... . .. ........ ........ . .. . ... . ... . ..... ...... . ... .... .. . . ... .. . . . .. .. .
lowQualScore : 3333 88888 5 5 5 5 666666 0 44 5 222222 99 88888 5 44 22222222 88888888 0 44 5 444 5 444 0 22222 222222 5 444 8888 44 5 5 999 44 5 5 5 44 44 5
consensus : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
Reference ( family-864 ) : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105059 : AAAAAA----A---T-T-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAC-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-T---G----TT--GAA-CG-AAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AACCCT--CG-TAAAAAA
gi|105060 : AAAAAA----A---T-C-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTAA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CAAG-T--T-AAA---TTTT-GA---CTGCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TCATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CGTTAAAAAA
gi|105061 : AAAAGA----A---A-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--ATA-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TCATAGAG--G-C-GAA-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105062 : AACAAA----A---T-C-A-GATA-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------ATTC---A----CAAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCAC---TTATAGAG--G-T-GCG-GT--AGTCCT--CG-TTAA
gi|105063 : AAAAAA----A---T-T-A-GATG-CT-TA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----CGAG-T--T-AAA---TTGT-GA---T-GCA-----ATACATAG------CTT-C---A----TT--GAA-CA-GACATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CA-TAAAAAA
gi|105064 : AAAAAA----A---A-T-A-GATG-CT-TC------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--T-----C-T--CA--------TTTT---A----CGAG-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAA--G-T-GAA-AT--AGTTCT--CG-TTAAAA
gi|105065 : AAAAAA----A---A-T-A-GATG-CT-GA------AATCAA-G--AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----AGAA-T--T-AAA---TTGT-GA---C-GCA-----A-ACATTG------TTT-T---G----TT--GGA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105066 : AAAAAA----A---A-T-A--ATG-CT-TA------AATCAG-G--CAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTGC---A----CGAG-T--T-GAT---TTTT-GA---C-GCA-----ATACATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAG--G-T-GAA-GT--AGTCCT--CG-AAAAAAA
gi|105067 : AAAAAA----ACACT-T-A-GATC-TT-TA------AATCAA----AAT-T------GTTA--C-----C-T--CA--------TTTC---A----GGAA-T--T-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTC------CTT-C---G----TT--GAA-CG-GAAATCGC---TTATAGAT--G-TAAAG-GT--AGTCCT--CG-TAAAAAA
gi|105068 : AAAAAC----A---C-T-A-GATG-CT-TA------AATTGA-G--AAT-T------GT-G--C-----C-C--CA--------TTTC---C----CGTG-T--C-AAA---TTTT-GA---C-GCA-----ATATATTG------CTT-C---G----TT--GAA-CA-GAAATCGC---TTATAGAT--G-T-AAA-GT--AGTCCT--CA-TTAAAA
gi|105069 : AAAAAA----A---TGC-A-GATA-CT-TA------AATCAATA--AAT-T------GTTAATC-----G-T--TA--------TTTC---A----ACAG-T--T-AAA---TTTTTGA---C-GCAGCGCAATATATTG------CT--C---G----TA--GAA-CG-GAAATCGC---TCA-AGAGGTG-T-GAG-GCTAAGTTCC--CG-TTAAAA
gi|105070 : AAAAAA----A---T-TTA-GATG-CT-TATA----AATCAA-G--AATCT------GTT---------C-T--CAGGGTTTT-TTTCG--A----CGAACT--T-AAAC--TTTT-GAGCTC-GCA-----A-ACATTG------CTT-TCGTG----TT--GAAACG-GAAATCGC---TTACAGAA--G-T-GAG-GT--AATCCTTCCG-TAAAAA
gi|105071 : AAAAAA----A---T-C-A-GATG-AT-TA------ATTCAG-G--AAT-T------GTTA--CG----C-T--CA---------TTC---A----CAAACC--T-AAA---TATT-G----C-GCAG----GTACA-TG------CCT-T---AAATTTT--GTA-CG-GAAATCGC-----GTAGAA--G-T-GAT-GT--AGTCCT--CG-TAACAAA
gi|105072 : AAAAAA----ACT-T-T-ACGATG-ATGTC------AATCAG-GCCAAT-C------GTTA--C-----CAT--CA--------TGCC---------GAG-TCCT-ACACATTTTT-GT---C-GCA-----ATATATTG------CTTGT---G----TT--GAA-CGTGAATTCGTA--TTATAAAG--G-T-GAGAAT--AGTCAT--CG-TAAAAA
gi|105073 : AAAAAACTATA---T-T-A-GATGACT-TA------AATTAA-G--AAT-TTGTCGCGTCA--CTATATC-TGACAATTGATTGTTTC---ATATACGAG-T--T-AAAT--TTTT-GA---CTGCAT----ATATATTGCCTAAACTT-C---G----TTGAGAA-CG-GAAATCGCAGGTTTGAGAG--GTT-GTG-GA--TGTCCT--CG-TAAAAA
gi|105074 : AAAAA----A---T-T---GACG-AT-TACTATAGAATCAAAG--AAT-T------GTTAT-C-----T-T--CA--------TTTTCAAA----GGAG-T--TCAAA---T------------CA---------ATTG------CTT-C---GC---TT--GAA-CG-GAAATCGT---TTATAGAG--G-T-GAA-AT--AGTCCT--CG-TTACAAA