lowQualScore : 22222222 1111 111 111 1111
lowQualScore : 444 5 2 55 4 4 33 2 22222222 6666 2 2 2 2 666 2 8888 2 55555 000 2 2 55 2 6 4444 33 1 2 2 66 2 33 111 33 33 33 33 888 2 4444 33 33 2 33 333 1111 4 55 2 33 55 2 2 888 55 55 4 8888 4 2 2 2
lowQualScore : ... . . .. . . .. . ........ .... . . . . ... . .... . ..... ... . . .. . . .... .. . . . .. . .. ... .. .. .. .. ... . .... .. .. . .. ... .... . .. . .. .. . . ... .. .. . .... . . . .
lowQualScore : 777 3 7 33 4 4 11 2 00000000 6666 2 2 2 2 111 2 9999 2 66666 000 2 2 33 2 7 7777 11 9 2 2 11 2 11 444 11 11 11 11 333 2 7777 11 11 2 11 999 7777 4 33 2 11 33 4 4 888 66 66 7 2222 7 4 4 4
consensus : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TA-CA--AA-A----AAA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TT-C-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA---A--A--G--A--ACA---T-T----TTT--G--T-AC-T---AAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-A-AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-T-TAAATT
Reference ( gi|89828 ) : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TA-CA--AA-A----ATA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TT-C-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA---A--A--G--A--ACA---T-T----TTT--G--T-AC-T---AAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-A-AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-T-TAAATT
gi|89829 : CGATTTT---TA-GA-GA---T-TA-CA--AA-A----AAATTGC--A-T-GC-G-TG-AA-CAAA---A-T----TT-C-----AAA---G-CG-ACA--ATT-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA---A--A--G--A--ACA---T-T----TTT--G--T-AT-T---AAA----TTTAA--TT-TT--G--TTTC---AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-T-TAAATT
gi|89830 : CGATTTT---TA-GA-TA--TT-TG-CA--AA-A----AAA-CGC--A-T-GC-G-TTAAA-AGAA---A-A----TT-C-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--T-G-TGAA-AA--TC-T--CA---A--A--G--A--ACA---T-T----TTT--G--T-AC-T---AAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-A-AGCA---G--AC--AG-T----T-TTT-C-T-TAAATT
gi|89831 : CGATTTT---TA-GA-GGATTT-TA-CA--AA-A----CAA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TT-C-----AAA---G-TG-ACA--A-T-TTT----TAAAAA-TGAA-AA--TC-T--C-------A--G--A--ACA---T-T----TTT--G--T-AC-T----AA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-A-AGCA---G--GC--AGTT----T-TTT-C-T-TAAATT
gi|89832 : CGATTTT---TA-GA--A--TT-TA-CA--AA-A----CT---GC--A-TTGC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TG-C------AA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TCG-TGAA-AA--TC-T--CAC--A--A--G--A--ACA-----T----TTT--G--T-AC-T---AAA----TTTAA--TT-TT--G--TTTC-A-AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-T-TAAATT
gi|89835 : CGATTTT---TA-GA-TA--TT-TG-CA--AA-A----AAA-TGC--A-T-GC-G-TTAAA-AAAA---A------TT-C-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAATAA--TC-TCCCA---A--A--G--A--ACA---T-T----TTT--G--T-AC-T---AAA----TCT-A--TT-TG--GGTCTTC-A-AGCA---G--GC--AG-T----T-TTC-T-T-TAAATT
gi|89833 : CGATTTT---TA-G--GA--TT-TA-CA--AG-AG---AAA-TGCCAA-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TT-C-----AAAAGAG--G-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AAGATC-T--CA---A-----G--A--ACA---T-T----TTTTTG--T-AC-T---AA-----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-A-AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-T-TAAATT
gi|89834 : CGATTTT---AG-AA-GA--TT-TA-CA--AATA----AAA-TGC--A-T-GC-G-TGAA--CAAA---A-T----TT-C-----AAAAGTG-CG-CCA--A-T-CTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA---A--A--G--A--ACAT--T-T----TTT--G--T-AT-T---AAA-----TT-A--TT-TT--G--TTTC---AGCA---G--GC--AT-T----T-TTTCC-T-TAAATT
gi|89836 : CGATTTT---T--GA-GA--TT-TA-CA--AA-A----A-A-TGC--A-T-GC-G--GAAA-CAAA---A-T----TTTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAGTTGAC-AA--TCTT--CA---A--A--G--A--ACAT--T-T----TTT--G--T-AT-A---AAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-A-A--A---G--GC--AG-T----TCTTT-C-T-TAGA
gi|89837 : ATTTT---TA-GA-GA--TT-TA-AA--AA-A----A-A-TGCC-A-T-GC-GGTGAAA-CAAA---AAT----TT-C-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--AAG-TGAA-AA--TC-T--CA---A--A--G--A--ACA---T-T----TTT--G--T-AT-T---AAAC---TTT-A--TT-TT--G--TTTC-A-AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-T-TAAATT
gi|89838 : ATTTT---TAAGA-GA--TT-TA-CA--AA-A----ATAATGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-A----TT-C-----AAA---GAGG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T---A---A--A--G--A--ACA---T-T----TTT--G----AT-C---AAA----TTT-A--TT-TTGGG--TTTA-A-AGCA---GAAGC--AGTT----T-TTT-C-T-TAA
gi|89839 : ATTAT---TAAGA-GA--TTATAACA--AA-A----A-A-TGC----T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TT-C-----AAA-----CG--CA--A-T-TCA----T--TAG-TTAG-AA--AC-T--AA---A--A--A--ACTACAAATT-T----TTT--G--T-AC-T---ATAGGTTTCT-C--TT-TT--GT-TTTC-A-AGCAG--G--GC--AG-TCACAT-TTT-C-T-TAAATT
gi|89840 : ATTTT---TA-GA-GAA-TT-TAACA--AA-A----A-A-TGC--AAT-GC-G-TGAGA-TAAAGAAA-T----TT-CGGGAAAGA---G-CG-ACAGAA-G-TTTGGTGT--TAG-TGAA-AGAGTC-T--CA---A--AAGG--A--ACA---TGT----TTT--GGTT-GG-C---AAGAAGCTTT-AA-TTGTT--G--TTTCGA-AGCA---G--GCAAAG-TAC--T-TTT-C-A-TAA
gi|89841 : TTTT---CA-GA-GA--TT--A-CA--AA-ATGAAAAA-TGC--A-T-GC-G-TGAAG-CAAGC--A-T----TT-C-----AAAT--C-CG-ACA--A-T-GTT----T--TAG--GGA-AA--TC-T--CA---A--A--GAAA--ACA---T-T----TTT--G--A-ACTT---AAA----TTT-A--TT--------TTTC-A-AGCA---A--GC--AG-T----T-TTT-C-T---AATT
gi|89842 : TTTTATATA-GAAGA--TTCTA-CATAAA-A----AAA-TGC--A-T-GCAG-TGAAAACAAA---A-TAAATTT-C-----AAA---G-CGGACAT-G-TATTT----T--TAG-TGAA-AA--TA-T--CG---AATA--G--A--ACA---T-T----TTT--G--T----T---TAA----TTT-ATTTT-TT--G--TTTC-A-AGCAGGGG--GCA-AG-T----TATCT-CTT-TAAAT
gi|89843 : TT---TA-----A--TT-TA-CA--AA-A----ATT-TGC--C-C-TC-G-TGAA--CAAA---A-T----TT-C-----AAA---G-CG-ACA--G-T-TTT----T--TAG-CGGA-AA--AC-T--C----------G--A--ACA---T-G----CTC--A--T-GC-T---AAA----TCT-A--TT-TT--G--CTT
gi|89829 : A--TT-TA-AG--AA-A----AAC-TGC--C-T-GC---TGAAA-CAAA---A-TTAAATT-T-----AAT---A-CA-AAA--A-TGTTC----T--T---TGAG-AT--TT-T--CACT-A--A--A--A--AAA---T-T----GTC--G--C-TT-T---GAA--------A--TT-TT--G---TTC-A-CGCA---T--GC--AA-T----T-TTT-T-TGTAA
gi|89837 : cgatttttagagaA--TT-TA-AG--AA-A----AAC-TGC--C-T-GC-T-TGAAA-CAAA---A-TAAAGTT-T-----AAT---A-CA-AAA--A-TGTTC----T--T---TGAG-AT--TT-T--CACTTA--A--A--A--A-------------TT--G--TCGC-TTTGAAA----T------TT-TT--G--TTTC-ACCGCAT--G--GC--A--T----T-TTT-T-T-TAAATt
gi|89832 : atttttagagA--TT-TA-AG--AA-A----AAC-TGC--C-T-GC-T-TGAAA-CAAA---A-TTAAATT-T-----AGT---A-CA-A-A--A-T-GTT----C--TTG-TGAG-AT--TT-T--CAC--G--A--A--A--AAA---T-TGTCGCTT--G--C-A-----------------A--TT-TT--G--TTTC-A-CGCA---AT-GC--AG-T----T-TT----G-TAAATTt
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 444 5 2 55 5 33 2 7777 2 2 55 2 2 2 2 2 666 777777 66666 111 2 2 55 2 2 5555 33 2 2 66 2 33 2 33 33 33 33 999 2 33 33 2 3333 5 55 2 33 55 2 777 33 66 5 9999 5 2 2
lowQualScore : ... . . .. . .. . .... . . .. . . . . . ... ...... ..... ... . . .. . . .... .. . . .. . .. . .. .. .. .. ... . .. .. . .... . .. . .. .. . ... .. .. . .... . . .
lowQualScore : 444 0 5 99 0 44 5 8888 5 5 99 5 5 5 5 5 999 666666 22222 222 5 5 99 5 5 3333 44 5 5 99 5 44 5 44 44 44 44 444 5 44 44 5 1111 0 99 5 44 99 7 333 77 33 3 3333 3 7 7
consensus : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
Reference ( family-856 ) : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89828 : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-TA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89829 : CGATTTT---TA-GA-GA---T-TACA--AA-A----A-AATTGC--A-T-GC-G-TG-AA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--ATT-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAT-TAAA----TTTAA--TT-TT--G--TTTC--AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89830 : CGATTTT---TA-GA-TA--TT-TGCA--AA-A----A-AA-CGC--A-T-GC-G-TTAAA-AGAA---A-A----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--T-G-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--AC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89831 : CGATTTT---TA-GA-GGATTT-TACA--AA-A----C-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-TG-ACA--A-T-TTT----TAAAAA-TGAA-AA--TC-T--C-----A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-T-AA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AGTT----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89832 : CGATTTT---TA-GA--A--TT-TACA--AA-A----C----TGC--A-TTGC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TGC------AA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TCG-TGAA-AA--TC-T--CACA--A--G--A--ACA-----TTTT--G--TAC-TAAA----TTTAA--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89833 : CGATTTT---TA-G--GA--TT-TACA--AG-AG---A-AA-TGCCAA-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAAAGAG--G-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AAGATC-T--CA-A-----G--A--ACA---T-TTTTTTG--TAC-TAA-----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89834 : CGATTTT---AG-AA-GA--TT-TACA--AATA----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAA--CAAA---A-T----TTC-----AAAAGTG-CG-CCA--A-T-CTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACAT--T-TTTT--G--TAT-TAAA-----TT-A--TT-TT--G--TTTC--AGCA---G--GC--AT-T----T-TTTCC-TTAAATT
gi|89835 : CGATTTT---TA-GA-TA--TT-TGCA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TTAAA-AAAA---A------TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAATAA--TC-TCCCA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TCT-A--TT-TG--GGTCTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTC-T-TTAAATT
gi|89836 : CGATTTT---T--GA-GA--TT-TACA--AA-A------AA-TGC--A-T-GC-G--GAAA-CAAA---ATT----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAGTTGAC-AA--TCTT--CA-A--A--G--A--ACAT--T-TTTT--G--TAT-AAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AA--A---G--GC--AG-T----TCTTT-C-TTAGA
gi|89837 : ATTTT---TA-GA-GA--TT-TA-A--AA-A----A-AA-TGCC-A-T-GC-GGTGAAA-CAAA---AAT----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--AAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAT-TAAAC---TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89838 : ATTTT---TAAGA-GA--TT-TACA--AA-A----ATAA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-A----TTC-----AAA---GAGG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T---A-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G---AT-CAAA----TTT-A--TT-TTGGG--TTTA-AAGCA---GAAGC--AGTT----T-TTT-C-TTAA
gi|89839 : ATTAT---TAAGA-GA--TTATAAC--AA-A----A-AA-TGC----T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA-----CG--CA--A-T-TCA----T--TAG-TTAG-AA--AC-T--AA-A--A--A--ACTACAAATT-TTTT--G--TAC-TATAGGTTTCT-C--TT-TT--GT-TTTC-AAGCAG--G--GC--AG-TCACAT-TTT-C-TTAAATT
gi|89840 : ATTTT---TA-GA-GAA-TT-TAAC--AA-A----A-AA-TGC--AAT-GC-G-TGAGA-TAAAGAAA-T----TTCGGGAAAGA---G-CG-ACAGAA-G-TTTGGTGT--TAG-TGAA-AGAGTC-T--CA-A--AAGG--A--ACA---TGTTTT--GGTTGG-CAAGAAGCTTT-AA-TTGTT--G--TTTCGAAGCA---G--GCAAAG-TAC--T-TTT-C-ATAA
gi|89841 : TTTT---CA-GA-GA--TT--ACA--AA-ATGAAA-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAG-CAAGC--A-T----TTC-----AAAT--C-CG-ACA--A-T-GTT----T--TAG--GGA-AA--TC-T--CA-A--A--GAAA--ACA---T-TTTT--G--AACTTAAA----TTT-A--TT--------TTTC-AAGCA---A--GC--AG-T----T-TTT-C-T--AATT
gi|89842 : TTTTATATA-GAAGA--TTCTACATAAA-A----A-AA-TGC--A-T-GCAG-TGAAAACAAA---A-TAAATTTC-----AAA---G-CGGACAT-G-TATTT----T--TAG-TGAA-AA--TA-T--CG-AATA--G--A--ACA---T-TTTT--G--T---TTAA----TTT-ATTTT-TT--G--TTTC-AAGCAGGGG--GCA-AG-T----TATCT-CTTTAAAT
gi|89843 : TT---TA-----A--TT-TACA--AA-A----A-TT-TGC--C-C-TC-G-TGAA--CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--G-T-TTT----T--TAG-CGGA-AA--AC-T--C--------G--A--ACA---T-GCTC--A--TGC-TAAA----TCT-A--TT-TT--G--CTT
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 444 5 2 55 5 33 2 7777 2 2 55 2 2 2 2 2 666 777777 66666 111 2 2 55 2 2 5555 33 2 2 66 2 33 2 33 33 33 33 999 2 33 33 2 3333 5 55 2 33 55 2 777 33 66 5 9999 5 2 2
lowQualScore : ... . . .. . .. . .... . . .. . . . . . ... ...... ..... ... . . .. . . .... .. . . .. . .. . .. .. .. .. ... . .. .. . .... . .. . .. .. . ... .. .. . .... . . .
lowQualScore : 444 0 5 99 0 44 5 8888 5 5 99 5 5 5 5 5 999 666666 22222 222 5 5 99 5 5 3333 44 5 5 99 5 44 5 44 44 44 44 444 5 44 44 5 1111 0 99 5 44 99 7 333 77 33 3 3333 3 7 7
consensus : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
Reference ( family-856 ) : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89828 : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-TA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89829 : CGATTTT---TA-GA-GA---T-TACA--AA-A----A-AATTGC--A-T-GC-G-TG-AA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--ATT-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAT-TAAA----TTTAA--TT-TT--G--TTTC--AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89830 : CGATTTT---TA-GA-TA--TT-TGCA--AA-A----A-AA-CGC--A-T-GC-G-TTAAA-AGAA---A-A----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--T-G-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--AC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89831 : CGATTTT---TA-GA-GGATTT-TACA--AA-A----C-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-TG-ACA--A-T-TTT----TAAAAA-TGAA-AA--TC-T--C-----A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-T-AA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AGTT----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89832 : CGATTTT---TA-GA--A--TT-TACA--AA-A----C----TGC--A-TTGC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TGC------AA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TCG-TGAA-AA--TC-T--CACA--A--G--A--ACA-----TTTT--G--TAC-TAAA----TTTAA--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89833 : CGATTTT---TA-G--GA--TT-TACA--AG-AG---A-AA-TGCCAA-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAAAGAG--G-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AAGATC-T--CA-A-----G--A--ACA---T-TTTTTTG--TAC-TAA-----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89834 : CGATTTT---AG-AA-GA--TT-TACA--AATA----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAA--CAAA---A-T----TTC-----AAAAGTG-CG-CCA--A-T-CTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACAT--T-TTTT--G--TAT-TAAA-----TT-A--TT-TT--G--TTTC--AGCA---G--GC--AT-T----T-TTTCC-TTAAATT
gi|89835 : CGATTTT---TA-GA-TA--TT-TGCA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TTAAA-AAAA---A------TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAATAA--TC-TCCCA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TCT-A--TT-TG--GGTCTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTC-T-TTAAATT
gi|89836 : CGATTTT---T--GA-GA--TT-TACA--AA-A------AA-TGC--A-T-GC-G--GAAA-CAAA---ATT----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAGTTGAC-AA--TCTT--CA-A--A--G--A--ACAT--T-TTTT--G--TAT-AAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AA--A---G--GC--AG-T----TCTTT-C-TTAGA
gi|89837 : ATTTT---TA-GA-GA--TT-TA-A--AA-A----A-AA-TGCC-A-T-GC-GGTGAAA-CAAA---AAT----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--AAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAT-TAAAC---TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89838 : ATTTT---TAAGA-GA--TT-TACA--AA-A----ATAA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-A----TTC-----AAA---GAGG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T---A-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G---AT-CAAA----TTT-A--TT-TTGGG--TTTA-AAGCA---GAAGC--AGTT----T-TTT-C-TTAA
gi|89839 : ATTAT---TAAGA-GA--TTATAAC--AA-A----A-AA-TGC----T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA-----CG--CA--A-T-TCA----T--TAG-TTAG-AA--AC-T--AA-A--A--A--ACTACAAATT-TTTT--G--TAC-TATAGGTTTCT-C--TT-TT--GT-TTTC-AAGCAG--G--GC--AG-TCACAT-TTT-C-TTAAATT
gi|89840 : ATTTT---TA-GA-GAA-TT-TAAC--AA-A----A-AA-TGC--AAT-GC-G-TGAGA-TAAAGAAA-T----TTCGGGAAAGA---G-CG-ACAGAA-G-TTTGGTGT--TAG-TGAA-AGAGTC-T--CA-A--AAGG--A--ACA---TGTTTT--GGTTGG-CAAGAAGCTTT-AA-TTGTT--G--TTTCGAAGCA---G--GCAAAG-TAC--T-TTT-C-ATAA
gi|89841 : TTTT---CA-GA-GA--TT--ACA--AA-ATGAAA-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAG-CAAGC--A-T----TTC-----AAAT--C-CG-ACA--A-T-GTT----T--TAG--GGA-AA--TC-T--CA-A--A--GAAA--ACA---T-TTTT--G--AACTTAAA----TTT-A--TT--------TTTC-AAGCA---A--GC--AG-T----T-TTT-C-T--AATT
gi|89842 : TTTTATATA-GAAGA--TTCTACATAAA-A----A-AA-TGC--A-T-GCAG-TGAAAACAAA---A-TAAATTTC-----AAA---G-CGGACAT-G-TATTT----T--TAG-TGAA-AA--TA-T--CG-AATA--G--A--ACA---T-TTTT--G--T---TTAA----TTT-ATTTT-TT--G--TTTC-AAGCAGGGG--GCA-AG-T----TATCT-CTTTAAAT
gi|89843 : TT---TA-----A--TT-TACA--AA-A----A-TT-TGC--C-C-TC-G-TGAA--CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--G-T-TTT----T--TAG-CGGA-AA--AC-T--C--------G--A--ACA---T-GCTC--A--TGC-TAAA----TCT-A--TT-TT--G--CTT
blockSeqs : ATA A A AT A TA T TGAA T T CA A T A G A GAA TAAAT GGGAA AGA A G GA T A GGTG AA T T GA T CC C AT AG AA CT AAT G TT GT T GGTT A TT G GG GT G GGG AA AA T CACA C C T
blockSeqs : . A . A C . . G . . C . . . . . C TT . AGT . . T . . . . . . AG . . . . . . . T . . . . AAGC A A . . T . G . A T AC A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
finalCons : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 444 5 2 55 5 33 2 7777 2 2 55 2 2 2 2 2 666 777777 66666 111 2 2 55 2 2 5555 33 2 2 66 2 33 2 33 33 33 33 999 2 33 33 2 3333 5 55 2 33 55 2 777 33 66 5 9999 5 2 2
lowQualScore : ... . . .. . .. . .... . . .. . . . . . ... ...... ..... ... . . .. . . .... .. . . .. . .. . .. .. .. .. ... . .. .. . .... . .. . .. .. . ... .. .. . .... . . .
lowQualScore : 444 0 5 99 0 44 5 8888 5 5 99 5 5 5 5 5 999 666666 22222 222 5 5 99 5 5 3333 44 5 5 99 5 44 5 44 44 44 44 444 5 44 44 5 1111 0 99 5 44 99 7 333 77 33 3 3333 3 7 7
consensus : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
Reference ( family-856 ) : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89828 : CGATTTT---TA-GA-GA--TT-TACA--AA-A----A-TA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89829 : CGATTTT---TA-GA-GA---T-TACA--AA-A----A-AATTGC--A-T-GC-G-TG-AA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--ATT-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAT-TAAA----TTTAA--TT-TT--G--TTTC--AGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89830 : CGATTTT---TA-GA-TA--TT-TGCA--AA-A----A-AA-CGC--A-T-GC-G-TTAAA-AGAA---A-A----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--T-G-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--AC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89831 : CGATTTT---TA-GA-GGATTT-TACA--AA-A----C-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-TG-ACA--A-T-TTT----TAAAAA-TGAA-AA--TC-T--C-----A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-T-AA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AGTT----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89832 : CGATTTT---TA-GA--A--TT-TACA--AA-A----C----TGC--A-TTGC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TGC------AA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TCG-TGAA-AA--TC-T--CACA--A--G--A--ACA-----TTTT--G--TAC-TAAA----TTTAA--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89833 : CGATTTT---TA-G--GA--TT-TACA--AG-AG---A-AA-TGCCAA-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAAAGAG--G-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AAGATC-T--CA-A-----G--A--ACA---T-TTTTTTG--TAC-TAA-----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89834 : CGATTTT---AG-AA-GA--TT-TACA--AATA----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAA--CAAA---A-T----TTC-----AAAAGTG-CG-CCA--A-T-CTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACAT--T-TTTT--G--TAT-TAAA-----TT-A--TT-TT--G--TTTC--AGCA---G--GC--AT-T----T-TTTCC-TTAAATT
gi|89835 : CGATTTT---TA-GA-TA--TT-TGCA--AA-A----A-AA-TGC--A-T-GC-G-TTAAA-AAAA---A------TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAATAA--TC-TCCCA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAC-TAAA----TCT-A--TT-TG--GGTCTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTC-T-TTAAATT
gi|89836 : CGATTTT---T--GA-GA--TT-TACA--AA-A------AA-TGC--A-T-GC-G--GAAA-CAAA---ATT----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--TAGTTGAC-AA--TCTT--CA-A--A--G--A--ACAT--T-TTTT--G--TAT-AAAA----TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AA--A---G--GC--AG-T----TCTTT-C-TTAGA
gi|89837 : ATTTT---TA-GA-GA--TT-TA-A--AA-A----A-AA-TGCC-A-T-GC-GGTGAAA-CAAA---AAT----TTC-----AAA---G-CG-ACA--A-T-TTT----T--AAG-TGAA-AA--TC-T--CA-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G--TAT-TAAAC---TTT-A--TT-TT--G--TTTC-AAGCA---G--GC--AG-T----T-TTT-C-TTAAATT
gi|89838 : ATTTT---TAAGA-GA--TT-TACA--AA-A----ATAA-TGC--A-T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-A----TTC-----AAA---GAGG-ACA--A-T-TTT----T--TAG-TGAA-AA--TC-T---A-A--A--G--A--ACA---T-TTTT--G---AT-CAAA----TTT-A--TT-TTGGG--TTTA-AAGCA---GAAGC--AGTT----T-TTT-C-TTAA
gi|89839 : ATTAT---TAAGA-GA--TTATAAC--AA-A----A-AA-TGC----T-GC-G-TGAAA-CAAA---A-T----TTC-----AAA-----CG--CA--A-T-TCA----T--TAG-TTAG-AA--AC-T--AA-A--A--A--ACTACAAATT-TTTT--G--TAC-TATAGGTTTCT-C--TT-TT--GT-TTTC-AAGCAG--G--GC--AG-TCACAT-TTT-C-TTAAATT
gi|89840 : ATTTT---TA-GA-GAA-TT-TAAC--AA-A----A-AA-TGC--AAT-GC-G-TGAGA-TAAAGAAA-T----TTCGGGAAAGA---G-CG-ACAGAA-G-TTTGGTGT--TAG-TGAA-AGAGTC-T--CA-A--AAGG--A--ACA---TGTTTT--GGTTGG-CAAGAAGCTTT-AA-TTGTT--G--TTTCGAAGCA---G--GCAAAG-TAC--T-TTT-C-ATAA
gi|89841 : TTTT---CA-GA-GA--TT--ACA--AA-ATGAAA-AA-TGC--A-T-GC-G-TGAAG-CAAGC--A-T----TTC-----AAAT--C-CG-ACA--A-T-GTT----T--TAG--GGA-AA--TC-T--CA-A--A--GAAA--ACA---T-TTTT--G--AACTTAAA----TTT-A--TT--------TTTC-AAGCA---A--GC--AG-T----T-TTT-C-T--AATT
gi|89842 : TTTTATATA-GAAGA--TTCTACATAAA-A----A-AA-TGC--A-T-GCAG-TGAAAACAAA---A-TAAATTTC-----AAA---G-CGGACAT-G-TATTT----T--TAG-TGAA-AA--TA-T--CG-AATA--G--A--ACA---T-TTTT--G--T---TTAA----TTT-ATTTT-TT--G--TTTC-AAGCAGGGG--GCA-AG-T----TATCT-CTTTAAAT
gi|89843 : TT---TA-----A--TT-TACA--AA-A----A-TT-TGC--C-C-TC-G-TGAA--CAAA---A-T----TTC-----AAA---G-CG-ACA--G-T-TTT----T--TAG-CGGA-AA--AC-T--C--------G--A--ACA---T-GCTC--A--TGC-TAAA----TCT-A--TT-TT--G--CTT