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gi|98679                      :      AAA-----A-A---------TTGTTTAGT----AAAACAAT---G--AAATTGATTAA-T-TG--T-----GT-C-TGTAAT-GAAG-A--AAC--A-A-TGC--T-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAA-ACA--CAG--GTCTACA--ATGAAATGATACAAA-ACCA-ATT
gi|98680                      :        A-----A-A---------TT----AGTTTAAAAA-CA-T---G--AA--TTAT-AA-TTGGATT-----GT-C-TGTAAT-TGAG-A--AAC--A-A-TGC-AT-ATTCT-G-C------A-ACTAG-AAACACA----G--GTCTA-A--ATGAAATGATACAAA-ACCA-AATG
gi|98681                      :                           T----AGT----AAA-CA-T---G--AA--CGA--AACT-AG--T-----GT-C-TATAAT-GAAGAA--AAC--GAA-TGCAAT-ATT-C-GCC------A-AC-AGAAAACATATCTAA--GTCTA-A--ATGAAATG-T
gi|98682                      :                           T----AGT----AAA-CA-T---G--AA--CGA--AA-T-AA--T-----GT-C-TATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-C-G-CAACGTTA-AC-AG-AAACACA--T------------------------C-AA-ACCA-ATTGAT
gi|98683                      :                                            A-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-T-TATAAT-GAAG-A--AAC--T-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-
gi|98684                      :                                                                                                  AC--G-A-TGC-TT-ATT-T-A-C------A-AC-AG-AAACACA--TAT--GTCAA-A--ATGAAATG-TAC-


blockSeqs                     :         AAAAATTAAAT        GTTT   TTAA   A  A CGA CC  AT   TT  C T  AT CATGG  T G      C    A TG   CG A T   A  C   C T C AACGTT C  G  A      ATTGTA       C AG        A   A  T    C
blockSeqs                     :         TAATTAA            .      .      .  . T   .   .    T   . .  .  .      . .      .    . .    .  A .   .  .   C . . .      .  T  .      ATCTAA       . .         A   A  .    .
blockSeqs                     :         TAAA               .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      ATAG         . .         .   A  .    .
blockSeqs                     :         ATA                .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      ATAG         . .         .   A  .    .
blockSeqs                     :         ATC                .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      ACAG         . .         .   .  .    .
blockSeqs                     :         TA                 .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      ATCG         . .         .   .  .    .
blockSeqs                     :         TA                 .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      ACAG         . .         .   .  .    .
blockSeqs                     :         TA                 .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      ATAT         . .         .   .  .    .
blockSeqs                     :         AA                 .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      ATA          . .         .   .  .    .
blockSeqs                     :         AA                 .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      AG           . .         .   .  .    .
blockSeqs                     :         AA                 .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      AG           . .         .   .  .    .
blockSeqs                     :                            .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      AT           . .         .   .  .    .
blockSeqs                     :                            .      .      .  . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      G            . .         .   .        
blockSeqs                     :                                             . .   .   .    .   . .  .  .      . .      .    . .    .  . .   .  .   . . . .      .  .  .      .            . .         .            
blockSeqs                     :                                                                                                    .  . .   .  .   . . . .      .                                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACAAAAAA-----A-A---------TT----AGT----AAA-CA-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-C-TATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAACACA--TAG--GTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-ACCA-ATTGAT
finalCons                     : ACAAAAAA-----A-A---------TT----AGT----AAA-CA-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-C-TATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAACACA--TAG--GTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-ACCA-ATTGAT





Alignments
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lowQualScore                  :         33333333333333333  6666   6666   2  2 777 33  33   66  2 2  33 66666  2 2      2    2 33   33 5 2   2  2   5 2 2 777777 2  5  2      11111111     2 33        5   1  3    3      
lowQualScore                  :         .................  ....   ....   .  . ... ..  ..   ..  . .  .. .....  . .      .    . ..   .. . .   .  .   . . . ...... .  .  .      ........     . ..        .   .  .    .      
lowQualScore                  :         44444444444444444  1111   1111   9  7 333 77  77   33  7 7  77 77777  7 7      7    7 77   44 0 5   5  5   0 5 5 222222 5  3  7      00000000     7 77        3   4  1    1      
consensus                     : ACAAAAAA-----A-A---------TT----AGT----AAA-CA-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-C-TATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAACACA--TAG--GTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-ACCA-ATTGAT
Reference ( family-853 )      : ACAAAAAA-----A-A---------TT----AGT----AAA-CA-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-C-TATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAACACA--TAG--GTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-ACCA-ATTGAT
gi|98669                      : ACAAAAAA-----A-A---------TT----AGT----AAA-CA-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-C-TATAAT-GACG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAACACA--TAG--GTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-ACCA-ATTGAT
gi|98670                      : ACAAAAAA-----ATA---------TT-----GT----AAA-CA-T---G--AA--TGA--AT-T-GG--T-----GT-C-TATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-A--AAACACA--TA---GTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-ACCA-ATTGA
gi|98671                      : ACGAAAAC-----T-A---------TT----AGT----AAG-CA-T---G--AA--TGA--AA-T-AG--T-----GT-C-TATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAACACA--TAG--TTCTA-A--ATAAAATG-TAC-AA-ATCA-ATTGAT
gi|98672                      : ACAAAAAA-----T-A---------TT----AAT----AA--CA-TT--G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GTTC-TATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAACTCA--TAG--GTCTA-A--ATGAAATG-TGCAAA-ACCA-ATTTAT
gi|98673                      : ACAAAAAA-----A-AAAATTAAATTT----AGT----AAA-AA-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-C-TATAGT-GAAT-A--AAC--G-ATTGC-AT-ATTCT-G-C------A-AC-AG-AAACAC-----G--GTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-ACCA-ATTGAT
gi|98674                      : ACAAAAAA-----ATC---------TT----AGT----AAA-CA-TCGAA--AA--TGA--AA-T-GG--T-----CT-C-TATAAT-GACG-A--AAC--GAA-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAACAC----AG--GTCTA-A--ATG--ATG-TACAAA-ACCA-ATTGAT
gi|98675                      : ACAAAAAATAATTA-A---------TT----AGT----AAA--A-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-C-TATAAT-GAAG-A--AA---G-A-TGC-AT-ACT-T-G-C------A-ACGAG-AAACCC--------GTCTA-AAGATTAAATG-AAC-AA-ACCA-ATTGAT
gi|98676                      : ACAAAAAATA---A-A---------GT----ATT----AAA-C--T---C--AA--AGA--AA-T-GG--T-----GT-C-TACAA--GAAG-A--AAC--G-A-TGC-ATCATT-T-G-C------A-AC-AG-AAG---A--CAG--TTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-A--A-ATTGAT
gi|98677                      :  CAAAAAA-----T-A---------TT----AGT----AAA-CT-T---G--AA--TGC--AA-T-GG--T-----GT-C-TATAATCGAAG-A--AATCGG-A-TGC-AT-A-T-T-G-C------ACAC-AG-A-----A--TCG--GTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AATACCA-ATTGAT
gi|98678                      :  CACAAAA-----A-A---------TT----A-T----AAA-C--T---GCCAA--TGA--AA-T-AA--TCATGGGT-CGTTTAAT-GTAG-ATGAAA--T-A-TGC-AT-ATT-TTG-C------A-AC-AT-AGAAACA--TTGTAGTCTA-A--ATGAAATG-TAC-AA-ACCACATTGAT
gi|98679                      :      AAA-----A-A---------TTGTTTAGT----AAAACAAT---G--AAATTGATTAA-T-TG--T-----GT-C-TGTAAT-GAAG-A--AAC--A-A-TGC--T-ATT-T-G-C------A-AC-AG-AAA-ACA--CAG--GTCTACA--ATGAAATGATACAAA-ACCA-ATT
gi|98680                      :        A-----A-A---------TT----AGTTTAAAAA-CA-T---G--AA--TTAT-AA-TTGGATT-----GT-C-TGTAAT-TGAG-A--AAC--A-A-TGC-AT-ATTCT-G-C------A-ACTAG-AAACACA----G--GTCTA-A--ATGAAATGATACAAA-ACCA-AATG
gi|98681                      :                           T----AGT----AAA-CA-T---G--AA--CGA--AACT-AG--T-----GT-C-TATAAT-GAAGAA--AAC--GAA-TGCAAT-ATT-C-GCC------A-AC-AGAAAACATATCTAA--GTCTA-A--ATGAAATG-T
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gi|98683                      :                                            A-T---G--AA--TGA--AA-T-GG--T-----GT-T-TATAAT-GAAG-A--AAC--T-A-TGC-AT-ATT-T-G-C------A-
gi|98684                      :                                                                                                  AC--G-A-TGC-TT-ATT-T-A-C------A-AC-AG-AAACACA--TAT--GTCAA-A--ATGAAATG-TAC-