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lowQualScore                  :                                                                                           555555  11 7             0    55555555555555555555      1 0 0 22  0  88          1  1  0   00000   444 7    1111111111111111111111111111111111111111111       4         11111  33333   3333333               
consensus                     :                                                                                   ACCACAAG---G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-C-A-GC-GA-CA--GGCAGGGATGTCCGCA-CAC-----CTG---T-CACT----CA-A-GATGCCAAACC-------CCA----GA-------GCAGGGATGTCCGCACA-----CT-----CTG-------GCAGTAATAAGCAGG
Reference ( gi|13040 )        :                                                                                   ACCACAAG---A--CA--G-GCAGGGATGTCCGAACAC-------------C--TGATCTTGCG-C-A-GC-AA-CA--AGCAGGGATGACCACA-CAC-----TTG---T-TACT----CA-A-GATGCCAAACC-------CCA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACA-----CT-----CTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13041                      :                                                                                   ACCACAAG---A--CA--G-GCAGGGATGTCCGCGCAC-------------A--TGAACTTGCG-C-A-GC-AA-CA--AGCAGGGATGACCACA-CAC-----TTG---T-TACT----AA-A-GATGCCAAACC-------CCA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACA-----CT-----ACG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13042                      :                                                                                   ACCACAAG------CA--G-GCAGGTATGTCCGCACAC-------------C--TGATCTTGCG-C-A-GC-AA-CA--AGCAGGGATGACCGCA-CAC-----TTG---T-CACT----AA-A-GATTCCAAACC-------CCA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACA-----CT-----CTG-------GCAGGAATAAGCAGG
gi|13043                      :                                                                                   ATCACAAG---A--CA--G-GCAGGGGTGTCCGCACAC-------------C--TGATTTTGTG-C-A-GC-AA-CA--AGCAGGGATGAACGCA-CAC-----TTA---T-TACT----AA-A-GATGCCAAACG-------CCA----GA-------GCAGCGAAGTCCACAAA-----CT-----CTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13044                      :                                                                                   ACCACAA-------CA--G-G--AGGATGTC-GCACAC-------------C--TGATCTTGCG-C-A-GC-AA-CA--AGCAGGGATGACCGCACCAC-----TTG---
gi|13053                      :                                                                                   ACCACAAG------CA--G-GCAGGTATGTCCGCACAC-------------C--TGATCTTGCG-C-A-GC-AA-CA--AGCAGGgtcaactgaa
gi|13050                      : caggcagggatgtccgcacactatcactatttcactggttctatcagagacactggcagggatgtccgcacaccagagcttctCCACAAG---GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-C-A-GT-GA-CA--GGCAGGGATGTCCGCA-CAC-----CTA---T-CACT----
gi|13048                      :                                             caagtgcactggcagggaagtccacacaccagcgcacttCCACAAG---GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-C-A-GT-GA-CA--GGCAGGGATGTCCGCA-CAC-----CTA---T-CACT----aat
gi|13046                      :                                                                                    CCACAAG---GTGCA--A-GCAGGGATGTCCACACAC-------------T--TGCCCTTGCG-C-A-GT-GA-CA--GGCAGGGATGTCCG-A-CAC-----TTG---C-C-CT----T-----GTGC---AGT-------GCA----G--------GCAGGGATGTCCGCACA-----CT-----aa
gi|13047                      :                                                                                    CCACAAG---GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-C-A-GT-GA-CA--GGCAGGGATGTCCGCA-CAC-----CTA---T-CACT----------ATTTC--ACCGGTTCTATCA----GAGACACTGGCAGGGATGTCCGCACA-----C
gi|13045                      :                                                                                    CCACAAG---GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-C-A-GT-GA-CA--GACAAGGATGTCCGCA-CAC-----CTA---T-CACC---------GGTTCTA-----------TCA----GAGACACTGGCAGGGATGTCTGCACA-----C
gi|13049                      :                                                                                    CCACAAG---GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-C-A-GT-GA-CA--GGCAGGGATGTCCGCA-CAC-----
gi|13049                      :                                              acaagcgaactggcagggaagtccacacaccagtgcacttACAAGCGAA--CT--G-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGTGCACTTCCA-C-AAGG-TG-CA--TGCAGGGATGTCCGCA-CAC-----TTGCCTT-TGCG----CA-GTGA-----------------CA----G--------GCAGGGATGTCCGCACA-----C
gi|13050                      :                                                                                       CAAGTGCA--CT--G-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGCGCACTTCCA-CAA-GG-TG-CA--AGCAGGGATGTCCGCA-CAC-----TTGCCCT-TGCG----CA-GTGA-----------------CA----G--------GCAGGGATGTCCGCACA-----C------CTA-------TCACTAAT
gi|13053                      :                                                                                         AG---A--CACTG-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--AGAGCTTCTA-C-C-AC-AAGCA--GGCAGGTATGTCCGCA-CAC-----CTG---
gi|13053                      :                                                caggcagggatgtccgcacactatcactatttcactggttctatcag--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACACTATCACTATTTCAC--TGGTTCTAT--C-A-GA-GA-CACTGGCAGGGATGTCCGCA-CACCAGAGCTT---C-TACCA---CA-A-G------------------CA----G--------GCAGGTATGTCCGCACA-----C------CTGATCTTGCGCAGCAACAAGCAGGatcttgcgcagcaacaagcagg
gi|13051                      :                                                                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-C-A-GT-AA-TA--AGCAGGGATGACCACA-CAC-----TTA---T-TACT----CACA-AGTTTAAAAAT-------ACA-----A-------GCAGGGATGACCACAC
gi|13054                      :                                                                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-C-A-GG-AA-TA--AGCAGG-ATGACCACA-CAC-----TTA---C-TACT----
gi|13052                      :                                                                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACAC----------------------TACGGC-A-GT-AA-TA--AGCAGGATTGATCACA-CAC-----TTA---C-TACT----C--A-CACGTTAAATA-------C------AA-------TCAGGGATGACCGCACA-----CT-----
gi|13055                      :                                                                                                                                            TCTTG-G---A-GT-AA-TAT-AGCAGGGATGACCGCA-CAC-----CTG---TCCACT----AATA-GATGCC
gi|13049                      :                                                                                                                                tatccacacaatttcgagtct-A-GCGAA-CT--GGCAGGGAAGTCCACA-CAC-----CAG---TGCACTTCCACA-A-GGTGC---AT------------------------GCAGGGATGTCCGCACACTTGCCT-----TTGC------GCAGTGACAGGCAGG
gi|13056                      :                                                                                                                                                                             acaCA-CAC-----TTG---T-CACT----AA-A-GATTCCAAACC-------CCATGCAGA-------GCAGGTAA-TCCACACA-----CT-----CTG-------GCAGTAATAAGCAGGgatgtccgcacac
gi|13051                      :                                                                                                                                                                                                                                  gCA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACA-----CT-----CTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13054                      :                                                                                                                                                                                                                                   CA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACA-----CT-----CTG-------GCAGGAATAAGCAGGgatgaccacacacttattactcacaagtttaaaaatacaagcagggatgaccacac
gi|13052                      :                                                                                                                                                                                                                                   CA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACA-----CT-----ACG-------GCAGTAATAAGCAGGatgaccacacacttactact
gi|13048                      :                                                                                                                                                                                                                                          A-------GCAGGGATGTCCGCACA-----CTTGCCCTTGC------GCAGTGACAGGCAGGattgatcacacacttactactcacacgttaaatacaatcagggatgaccgcacact
gi|13046                      :                                                                                                                                                                                                                              ccacaaggtgcaA-------GCAGGGATGTCCACACA-----CTTGCCCTTGC------GCAGTGACAGGCAGGgatgtccgcacacctatcactaa
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Alignments
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lowQualScore                  :                                             8888  11 7                  3333333333333333  33      2  11 7    333         0     1   7 2  2 5  333333333333333333333333333333333333333       4              0000000               
consensus                     :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-CACTNA-AGATGCCA-AACC-------CCA----GA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
Reference ( family-844 )      :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-GT-CACTCA-AGATGCCA-AACC-------CCA----GA-------GCAGGGATGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13040                      :                                     ACCACAAG-A--CA--G-GCAGGGATGTCCGAACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-GT-TACTCA-AGATGCCA-AACC-------CCA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13041                      :                                     ACCACAAG-A--CA--G-GCAGGGATGTCCGCGCAC-------------A--TGAACTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-GT-TACTAA-AGATGCCA-AACC-------CCA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACACTACG-------GCAGTAATAAGCAGG
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gi|13043                      :                                     ATCACAAG-A--CA--G-GCAGGGGTGTCCGCACAC-------------C--TGATTTTGTG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGAACGCA-CACTT-AT-TACTAA-AGATGCCA-AACG-------CCA----GA-------GCAGCGAAGTCCACAAACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
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gi|13045                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GACAAGGATGTCCGCA-CACCT-AT-CACC----GGTTCTA------------TCA----GAGACACTGGCAGGGATGTCTGCACACactgaa
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gi|13047                      :                                      CCACAAG-GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-CACT-----ATTTC---ACCGGTTCTATCA----GAGACACTGGCAGGGATGTCCGCACAC
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gi|13050                      : acaagcgaactggcagggaagtccacacaccagtgcacttCAAGTG--CACTG-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGCGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--AGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC-C-CT------TGCGC-AGTG-------ACA----G--------GCAGGGATGTCCGCACAC-CTA-------TCACTAAT
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gi|13052                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACAC----------------------TACGGCA--GTAATA--AGCAGGATTGATCACA-CACTT-AC-TACTCA-C-ACGTTA-AATA-------C------AA-------TCAGGGATGACCGCACACTattgatcacacacttactactcacacgttaaatacaatcagggatgaccgcacact
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gi|13053                      :                                     ACCACAAG----CA--G-GCAGGTATGTCCGCACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGG
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gi|13054                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GGAATA--AGCA-GGATGACCACA-CACTT-AC-TACTatgaccacacacttactact
gi|13055                      :                                                                                                                 GCAGGGATGACCGCA-CACCT-GTCCACTAATAGATGCC
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Alignments
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lowQualScore                  :                                             ....  .. .                  ................  ..      .  .. .    ..          .     .     .  ...   ......................................       .              .......               
lowQualScore                  :                                             8888  11 7                  3333333333333333  33      2  11 7    99          0     1     2  666   11111111111111111111111111111111111111       0              0000000               
consensus                     :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACTAA-AGATGCCAAACC-------CCA----GA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
Reference ( family-844 )      :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACTNA-AGATGCCAAACC-------CCA----GA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
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gi|13043                      :                                     ATCACAAG-A--CA--G-GCAGGGGTGTCCGCACAC-------------C--TGATTTTGTG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGAACGCA-CACTT-AT-T-ACTAA-AGATGCCAAACG-------CCA----GA-------GCAGCGAAGTCCACAAACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
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gi|13045                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GACAAGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACC----GGTTCTA-----------TCA----GAGACACTGGCAGGGATGTCTGCACAC
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gi|13049                      :                                                   --G-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGTGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--TGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC----CTT-----TGCGCAGTG-------ACA----G--------GCAGGGATGTCCGCACAC
gi|13049                      :                           acaagcgaactCCACAAG-GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CAC
gi|13050                      : acaagcgaactggcagggaagtccacacaccagtgcacttCAAGTG--CACTG-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGCGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--AGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC-C--CT------TGCGCAGTG-------ACA----G--------GCAGGGATGTCCGCACAC-CTA-------TCACTAAT
gi|13050                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACTAA-
gi|13051                      :                                                                                                                               caagtgcactggcagggaagtccacacaccagcgcacttCA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGGt
gi|13051                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GTAATA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-AT-T-ACTCACAAGTTTAAAAAT-------ACA-----A-------GCAGGGATGACCACACgatgaccacacacttattactcacaagtttaaaaatacaagcagggatgaccacac
gi|13052                      :                                                                                                                                                                      CA----GA-------GCAGGGAAGTCCACACACTACG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13052                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACAC----------------------TACGGCA--GTAATA--AGCAGGATTGATCACA-CACTT-AC-T-ACTC--ACACGTTAAATA-------C------AA-------TCAGGGATGACCGCACACTattgatcacacacttactactcacacgttaaatacaatcagggatgaccgcacact
gi|13053                      :                                               --CA--G-GCAGGGATGTCCGCACACTATCACTATTTCAC--TGGTTCTAT--CA--GAGACACTGGCAGGGATGTCCGCA-CAC------C-A---G-AGCTTCT--ACC-------ACAAGC-AG-------GCAGGTATGTCCGCACAC-CTGATCTTGCGCAGCAACAAGCAGG
gi|13053                      :                                     ACCACAAG----CA--G-GCAGGTATGTCCGCACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGG
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gi|13054                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GGAATA--AGCA-GGATGACCACA-CACTT-AC-T-ACTatgaccacacacttactact
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lowQualScore                  :                                             8888  11 7                  3333333333333333  33      2  11 7    99          0     1     2  2 2   999999999999999999999999999999999999999       0              0000000               
consensus                     :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
Reference ( family-844 )      :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13040                      :                                     ACCACAAG-A--CA--G-GCAGGGATGTCCGAACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-GT-T-ACT-CA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
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gi|13046                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCACACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCG-A-CACTT-GC-C-CTT------GTGC---AGT-------G----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACACT
gi|13047                      :                                      CCACAAG-GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACT------ATTTC--ACCGGTTCTAT----CAGAGACACTGGCAGGGATGTCCGCACAC
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gi|13049                      :                                                   --G-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGTGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--TGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC-C--TT-------TGCGCAGTG-------A----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACAC
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gi|13050                      : acaagcgaactggcagggaagtccacacaccagtgcacttCAAGTG--CACTG-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGCGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--AGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC-C--CT-------TGCGCAGTG-------A----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACAC-CTA-------TCACTAAT
gi|13050                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACT-AA-
gi|13051                      :                                                                                                                                caagtgcactggcagggaagtccacacaccagcgcactt----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGGt
gi|13051                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GTAATA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-AT-T-ACTCAC-AAGTTTAAAAAT-------A----CA-A-------GCAGGGATGACCACACgatgaccacacacttattactcacaagtttaaaaatacaagcagggatgaccacac
gi|13052                      :                                                                                                                                                                       ----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTACG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13052                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACAC----------------------TACGGCA--GTAATA--AGCAGGATTGATCACA-CACTT-AC-T-ACT--C-ACACGTTAAATA-------C------AA-------TCAGGGATGACCGCACACTattgatcacacacttactactcacacgttaaatacaatcagggatgaccgcacact
gi|13053                      :                                               --CA--G-GCAGGGATGTCCGCACACTATCACTATTTCAC--TGGTTCTAT--CA--GAGACACTGGCAGGGATGTCCGCA-CACC-----------AG-AGCTTCTA--CC-------A----CAAGCAG----GCAGGTATGTCCGCACAC-CTGATCTTGCGCAGCAACAAGCAGG
gi|13053                      :                                     ACCACAAG----CA--G-GCAGGTATGTCCGCACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGG
gi|13054                      :                                                                                    caggcagggatgtccgcacactatcactatttcactggttctatcagagacactggcagggatgtccgcacaccagagcttct----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGGAATAAGCAGG
gi|13054                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GGAATA--AGCA-GGATGACCACA-CACTT-AC-T-ACT-atgaccacacacttactact
gi|13055                      :                                                                                                              --AGCAGGGATGACCGCA-CACCT-GTCC-ACT-AATAGATGCC
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lowQualScore                  :                                             8888  11 7                  3333333333333333  33      2  11 7    99          0     1     2  2 2   999999999999999999999999999999999999999       0              0000000               
consensus                     :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
Reference ( family-844 )      :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
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gi|13045                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GACAAGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACC-----GGTTCTA-----------T----CAGAGACACTGGCAGGGATGTCTGCACAC
gi|13046                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCACACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCG-A-CACTT-GC-C-CTT------GTGC---AGT-------G----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACACT
gi|13047                      :                                      CCACAAG-GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACT------ATTTC--ACCGGTTCTAT----CAGAGACACTGGCAGGGATGTCCGCACAC
gi|13048                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACT-AA-
gi|13049                      :                                                   --G-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGTGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--TGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC-C--TT-------TGCGCAGTG-------A----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACAC
gi|13049                      :                           acaagcgaactCCACAAG-GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CAC
gi|13050                      : acaagcgaactggcagggaagtccacacaccagtgcacttCAAGTG--CACTG-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGCGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--AGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC-C--CT-------TGCGCAGTG-------A----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACAC-CTA-------TCACTAAT
gi|13050                      :                                      CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACT-AA-
gi|13051                      :                                                                                                                                caagtgcactggcagggaagtccacacaccagcgcactt----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGGt
gi|13051                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GTAATA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-AT-T-ACTCAC-AAGTTTAAAAAT-------A----CA-A-------GCAGGGATGACCACACgatgaccacacacttattactcacaagtttaaaaatacaagcagggatgaccacac
gi|13052                      :                                                                                                                                                                       ----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTACG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13052                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACAC----------------------TACGGCA--GTAATA--AGCAGGATTGATCACA-CACTT-AC-T-ACT--C-ACACGTTAAATA-------C------AA-------TCAGGGATGACCGCACACTattgatcacacacttactactcacacgttaaatacaatcagggatgaccgcacact
gi|13053                      :                                               --CA--G-GCAGGGATGTCCGCACACTATCACTATTTCAC--TGGTTCTAT--CA--GAGACACTGGCAGGGATGTCCGCA-CACC-----------AG-AGCTTCTA--CC-------A----CAAGCAG----GCAGGTATGTCCGCACAC-CTGATCTTGCGCAGCAACAAGCAGG
gi|13053                      :                                     ACCACAAG----CA--G-GCAGGTATGTCCGCACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGG
gi|13054                      :                                                                                    caggcagggatgtccgcacactatcactatttcactggttctatcagagacactggcagggatgtccgcacaccagagcttct----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGGAATAAGCAGG
gi|13054                      :                                               --CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GGAATA--AGCA-GGATGACCACA-CACTT-AC-T-ACT-atgaccacacacttactact
gi|13055                      :                                                                                                              --AGCAGGGATGACCGCA-CACCT-GTCC-ACT-AATAGATGCC
gi|13056                      :                                                                                          tatccacacaatttcgagtcttcttggagtaatatGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATTCCAAACC-------CCATGCAGA-------GCAGGTAA-TCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG


blockSeqs                     :                                             GTG   CT A                  TATCACTATTTCAC    AA      G  AG C    CT          A     C     G  C A   ATTTCACCGGTTCTATCAGAGACACTG                   A              ATCTTGC
blockSeqs                     :                                             GTG   .  A                  CAG               AT      .  AG C    .           A     .     .  . .   AAAGATTCCAAACCCCATGCAGA                       A              .      
blockSeqs                     :                                             GTG   .  A                  CAG               AT      .  .  C    .           A     .     .  . .   AGAGCTTCTACCACAAGCAG                          A              .      
blockSeqs                     :                                             GTG   .  .                  TC                AT      .  .  C    .           A     .     .  . .   AAAGATGCCAAACCCCAGA                           T              .      
blockSeqs                     :                                             GTG   .  .                  TC                CC      .  .  T    .           T     .     .  . .   AAAGATTCCAAACCCCAGA                           T              .      
blockSeqs                     :                                             GTG   .  .                  A                 CC      .  .  T    .           T     .     .  . .   AAAGATGCCAAACGCCAGA                           T              .      
blockSeqs                     :                                             TG    .  .                  C                 CC      .  .  T    .           T     .     .  . .   GGTTCTATCAGAGACACTG                           T              .      
blockSeqs                     :                                             A     .  .                  C                 CC      .  .  T    .           T     .     .  . .   CACAAGTTTAAAAATACAA                           T              .      
blockSeqs                     :                                             A     .  .                  C                 CA      .  .  T    .           T     .     .  . .   CACACGTTAAATACAA                              A              .      
blockSeqs                     :                                             .     .  .                  T                 CC      .  .  T    .           T     .     .  . .   TGCGCAGTGACAG                                 T                     
blockSeqs                     :                                             .     .  .                  T                 CA      .  .  T    .           T     .     .  . .   TGCGCAGTGACAG                                 A                     
blockSeqs                     :                                             .     .  .                  T                 CC      .  .  T    .           T     .     .  . .   GTGCAGTGCAG                                   T                     
blockSeqs                     :                                                   .  .                  T                 GT      .  .  T    .           A     .     .  . .                                                 T                     
blockSeqs                     :                                                   .  .                  T                 AT      .  .  T    .           A     .     .  . .                                                 A                     
blockSeqs                     :                                                   .  .                  T                 .       .  .  A    .           T     .     .  . .                                                 A                     
blockSeqs                     :                                                   .  .                  C                 .       .  .  C    .           A     .     .  . .                                                                       
blockSeqs                     :                                                   .  .                  .                 .       .  .  G    .           A     .     .  . .                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                              .                 .                                                                                  


blockSeqCons                  :                                             GTG*
originalCons                  :                                     ACCACAAG-G--CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
finalCons                     :                                     ACCACAAGGTG-CA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG





Alignments
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lowQualScore                  :                                           5555  33 6                  2222222222222222  00      2  66 1    22          1     2     2  2 2   444444444444444444444444444444444444444       1              3333333               
lowQualScore                  :                                           ....  .. .                  ................  ..      .  .. .    ..          .     .     .  . .   .......................................       .              .......               
lowQualScore                  :                                           6666  11 7                  3333333333333333  33      2  11 7    99          0     1     2  2 2   999999999999999999999999999999999999999       0              0000000               
consensus                     :                                   ACCACAAG-GTGCA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
Reference ( family-844 )      :                                   ACCACAAG-GTGCA--G-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------C--TGCCCTTGCG-CA--GCGACA--AGCAGGGATGNCCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGANGTCCGCACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13040                      :                                   ACCACAAG-A--CA--G-GCAGGGATGTCCGAACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-GT-T-ACT-CA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13041                      :                                   ACCACAAG-A--CA--G-GCAGGGATGTCCGCGCAC-------------A--TGAACTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-GT-T-ACT-AA-AGATGCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTACG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13042                      :                                   ACCACAAG----CA--G-GCAGGTATGTCCGCACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGACCGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATTCCAAACC-------C----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGGAATAAGCAGG
gi|13043                      :                                   ATCACAAG-A--CA--G-GCAGGGGTGTCCGCACAC-------------C--TGATTTTGTG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGAACGCA-CACTT-AT-T-ACT-AA-AGATGCCAAACG-------C----CAGA-------GCAGCGAAGTCCACAAACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13044                      :                                   ACCACAA-----CA--G-G--AGGATGTC-GCACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGGGATGACCGCACCACTTGGT-CAACT-GA-A
gi|13045                      :                                    CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GACAAGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACC-----GGTTCTA-----------T----CAGAGACACTGGCAGGGATGTCTGCACAC
gi|13046                      :                                    CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCACACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCG-A-CACTT-GC-C-CTT------GTGC---AGT-------G----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACACT
gi|13047                      :                                    CCACAAG-GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACT------ATTTC--ACCGGTTCTAT----CAGAGACACTGGCAGGGATGTCCGCACAC
gi|13048                      :                                    CCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACT-AA-
gi|13049                      :                                      ACAAGCGAACT--G-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGTGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--TGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC-C--TT-------TGCGCAGTG-------A----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACAC
gi|13049                      :                                    CCACAAG-GTGCA--T-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCTTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CAC
gi|13050                      : acaagcgaactggcagggaagtccacacaccagtgcacttAA-GTGCACTG-GCAGGGAAGTCCACACAC-------------CAGCGCACTTCCA-CAAGGTG-CA--AGCAGGGATGTCCGCA-CACTT-GC-C--CT-------TGCGCAGTG-------A----CAG--------GCAGGGATGTCCGCACAC-CTA-------TCACTAAT
gi|13050                      :                                   cCCACAAG-GTGCA--A-GCAGGGATGTCCGCACAC-------------T--TGCCCTTGCG-CA--GTGACA--GGCAGGGATGTCCGCA-CACCT-AT-C-ACT-AA-
gi|13051                      :                                                                                                                              caagtgcactggcagggaagtccacacaccagcgcactt----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGGt
gi|13051                      :                                               CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GTAATA--AGCAGGGATGACCACA-CACTT-AT-T-ACTCAC-AAGTTTAAAAAT-------A----CA-A-------GCAGGGATGACCACACgatgaccacacacttattactcacaagtttaaaaatacaagcagggatgaccacac
gi|13052                      :                                                                                                                                                                     ----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTACG-------GCAGTAATAAGCAGG
gi|13052                      :                                               CA--GAGCAGGGAAGTCCACACAC----------------------TACGGCA--GTAATA--AGCAGGATTGATCACA-CACTT-AC-T-ACT--C-ACACGTTAAATA-------C------AA-------TCAGGGATGACCGCACACTattgatcacacacttactactcacacgttaaatacaatcagggatgaccgcacact
gi|13053                      :                                               CA--G-GCAGGGATGTCCGCACACTATCACTATTTCAC--TGGTTCTAT--CA--GAGACACTGGCAGGGATGTCCGCA-CACC-----------AG-AGCTTCTA--CC-------A----CAAGCAG----GCAGGTATGTCCGCACAC-CTGATCTTGCGCAGCAACAAGCAGG
gi|13053                      :                                   ACCACAAG----CA--G-GCAGGTATGTCCGCACAC-------------C--TGATCTTGCG-CA--GCAACA--AGCAGG
gi|13054                      :                                                                                  caggcagggatgtccgcacactatcactatttcactggttctatcagagacactggcagggatgtccgcacaccagagcttct----CAGA-------GCAGGGAAGTCCACACACTCTG-------GCAGGAATAAGCAGG
gi|13054                      :                                               CA--GAGCAGGGAAGTCCACACACT------------C--TG-------G-CA--GGAATA--AGCAGG-ATGACCACA-CACTT-AC-T-ACT-atgaccacacacttactact
gi|13055                      :                                                                                                            --AGCAGGGATGACCGCA-CACCT-GTCC-ACT-AATAGATGCC
gi|13056                      :                                                                                        tatccacacaatttcgagtcttcttggagtaatatGCA-CACTT-GT-C-ACT-AA-AGATTCCAAACC-------CCATGCAGA-------GCAGGTAA-TCCACACACTCTG-------GCAGTAATAAGCAGG