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lowQualScore                  :        22222 2                         2    2     5555  33      2    1    
lowQualScore                  :        ..... .                         .    .     ....  ..      .    .    
lowQualScore                  :        44444 5                         5    5     3333  44      5    1    
consensus                     : CTACCAC-A--CG-ATCCATATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
Reference ( gi|5646 )         : CTACCACAATCCG-ATCCATATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5654                       : CTACCACAATCCG-ATCCCTATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TACCTT-
gi|5644                       : CTACCAC-----G-ATCCATATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5649                       : CTACCAC-----G-ATGCATATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5650                       : CTACCAC-----G-ATCCATATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTTAAAAACGCAC
gi|5648                       : CTACCAC-----G-ATCCATATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AATATGC
gi|5655                       : CTGCCACGATCCATATCCATATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-ATATG----GG--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5652                       : CTACCAT-----G-ATCCATTTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAACGCAC
gi|5651                       : CTACCAC-----G-ATCCATATCATCGCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCTTT-AAAGGGCA
gi|5645                       : CTACCACGA-------CCATATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5653                       : CTACCAC-----G-ATCCATATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGTA----TG--TGCCTT-AAAACACAC
gi|5657                       : CTACCGCGAT-----TCAATATCCTCT--ACTGTCCGTG-GAAA-AGGTT----GA--TGCCTT-AAAACGC
gi|5656                       : CTACCAT-----G-ATCCATATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAA
gi|5647                       :    CTACAA--CG-ATCCATATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-CAAATGCAC
gi|5660                       :            CG-ATCCATAACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5659                       :            CG-ATCTATATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGTG----GG--CGCTTT-AAAACGCAC
gi|5658                       :         ccaCG-ATCCATATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGTGTACCGGTATGCCTT-AAAA-GCAC





Alignments
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lowQualScore                  :                      99999      2                    2    2     5555  33      2    0    
lowQualScore                  :                      .....      .                    .    .     ....  ..      .    .    
lowQualScore                  :                      00000      4                    4    4     0000  22      4    3    
consensus                     :               CTACCAC----CGATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
Reference ( family-843 )      :               CTACCACA---CGATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5644                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5645                       :               CTACCAC-----GA-CCA-TATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5646                       :               CTACCACAATCCGATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5647                       :                      A---CGATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-CAAATGCAC
gi|5648                       :          ctacaCTACCAC-----GATCCA-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AATATGC
gi|5649                       :               CTACCAC-----GATGCA-TATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5650                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTTAAAAACGCAC
gi|5651                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATCATCGCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCTTT-AAAGGGCA
gi|5652                       :               CTACCAT-----GATCCA-TTTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAACGCAC
gi|5653                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGTA----TG--TGCCTT-AAAACACAC
gi|5654                       :               CTACCACAATCCGATCCC-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TACCTT-
gi|5655                       :                            ATCCA-TATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-ATATG----GG--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5656                       : ctgccacgatccatCTACCAT-----GATCCA-TATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAA
gi|5657                       :               CTACCGC-----GATTCAATATCCTCT--ACTGTCCGTG-GAAA-AGGTT----GA--TGCCTT-AAAACGC
gi|5658                       :                     CG---CGATCCA-TATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGTGTACCGGTATGCCTT-AAAA-GCAC
gi|5659                       :                  tacCA---CGATCTA-TATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGTG----GG--CGCTTT-AAAACGCAC
gi|5660                       :                      c---CGATCCA-TAACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC





Alignments
lowQualScore                  :                      44444                                                              
lowQualScore                  :                      11111      2                    2    2     5555  33      2    0    
lowQualScore                  :                      .....      .                    .    .     ....  ..      .    .    
lowQualScore                  :                      22222      4                    4    4     0000  22      4    3    
consensus                     :               CTACCAC-----GATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
Reference ( family-843 )      :               CTACCAC----CGATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5644                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5645                       :               CTACCAC-----GA-CCA-TATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5646                       :               CTACCACAATCCGATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5647                       :               CTACAAC-----GATCCA-TATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-CAAATGCAC
gi|5648                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AATATGC
gi|5649                       :               CTACCAC-----GATGCA-TATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5650                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTTAAAAACGCAC
gi|5651                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATCATCGCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCTTT-AAAGGGCA
gi|5652                       :               CTACCAT-----GATCCA-TTTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAACGCAC
gi|5653                       :               CTACCAC-----GATCCA-TATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGTA----TG--TGCCTT-AAAACACAC
gi|5654                       :               CTACCACAATCCGATCCC-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TACCTT-
gi|5655                       :                            ATCCA-TATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-ATATG----GG--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5656                       : ctgccacgatccatCTACCAT-----GATCCA-TATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAA
gi|5657                       :               CTACCGC-----GATTCAATATCCTCT--ACTGTCCGTG-GAAA-AGGTT----GA--TGCCTT-AAAACGC
gi|5658                       :                TACCGC-----GATCCA-TATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGTGTACCGGTATGCCTT-AAAA-GCAC
gi|5659                       :                  CCAC-----GATCTA-TATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGTG----GG--CGCTTT-AAAACGCAC
gi|5660                       :                      ----CGATCCA-TAACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC





Alignments
lowQualScore                  :        11111                                                                    
lowQualScore                  :        11111     666666 2                    2    2     5555  33      2    0    
lowQualScore                  :        .....     ...... .                    .    .     ....  ..      .    .    
lowQualScore                  :        88888     888888 4                    4    4     0000  22      4    3    
consensus                     : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
Reference ( family-843 )      : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5644                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5645                       : CTACCAC-----GA-CC------A-TATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5646                       : CTACCACAATCCGATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5647                       : CTACAAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-CAAATGCAC
gi|5648                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AATATGC
gi|5649                       : CTACCAC-----GATGC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5650                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTTAAAAACGCAC
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gi|5653                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGTA----TG--TGCCTT-AAAACACAC
gi|5654                       : CTACCACAATCCGATCC------C-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TACCTT-
gi|5655                       : CTGCCAC-----GATCCATATCCA-TATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-ATATG----GG--TGCCTT-AAAATGCAC
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gi|5657                       : CTACCGC-----GATTC------AATATCCTCT--ACTGTCCGTG-GAAA-AGGTT----GA--TGCCTT-AAAACGC
gi|5658                       :  TACCGC-----GATCC------A-TATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGTGTACCGGTATGCCTT-AAAA-GCAC
gi|5659                       :    CCAC-----GATCT------A-TATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGTG----GG--CGCTTT-AAAACGCAC
gi|5660                       :       C-----GATCC------A-TAACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC





Alignments
lowQualScore                  :        11111                                                                    
lowQualScore                  :        11111     666666 2                    2    2     5555  33      2    0    
lowQualScore                  :        .....     ...... .                    .    .     ....  ..      .    .    
lowQualScore                  :        88888     888888 4                    4    4     0000  22      4    3    
consensus                     : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
Reference ( family-843 )      : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5644                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5645                       : CTACCAC-----GA-CC------A-TATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
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gi|5652                       : CTACCAT-----GATCC------A-TTTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAACGCAC
gi|5653                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGTA----TG--TGCCTT-AAAACACAC
gi|5654                       : CTACCACAATCCGATCC------C-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TACCTT-
gi|5655                       : CTGCCAC-----GATCCATATCCA-TATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-ATATG----GG--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5656                       : CTACCAT-----GATCC------A-TATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAA
gi|5657                       : CTACCGC-----GATTC------AATATCCTCT--ACTGTCCGTG-GAAA-AGGTT----GA--TGCCTT-AAAACGC
gi|5658                       :  TACCGC-----GATCC------A-TATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGTGTACCGGTATGCCTT-AAAA-GCAC
gi|5659                       :    CCAC-----GATCT------A-TATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGTG----GG--CGCTTT-AAAACGCAC
gi|5660                       :       C-----GATCC------A-TAACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC


blockSeqs                     :        AATCC     ATATCC A                    .    T     TACC  TA      A
blockSeqs                     :        AATCC     .      .                    .    .     .     .       .
blockSeqs                     :        .         .      .                    .    .     .     .       .
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blockSeqs                     :        .         .      .                    .    .     .     .       .
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blockSeqs                     :        .         .      .                    .    .     .     .       .
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
finalCons                     : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC





Alignments
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lowQualScore                  :        11111     666666 2                    2    2     5555  33      2    0    
lowQualScore                  :        .....     ...... .                    .    .     ....  ..      .    .    
lowQualScore                  :        88888     888888 4                    4    4     0000  22      4    3    
consensus                     : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
Reference ( family-843 )      : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5644                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCGCGAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5645                       : CTACCAC-----GA-CC------A-TATCCT-TCTAC-GTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5646                       : CTACCACAATCCGATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5647                       : CTACAAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTTG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-CAAATGCAC
gi|5648                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCCTT-AATATGC
gi|5649                       : CTACCAC-----GATGC------A-TATCCTCTCTACTGTCCTTG-TAAA-AGGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC
gi|5650                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATCGTCTATACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TGCCTTAAAAACGCAC
gi|5651                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATCATCGCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTG----GA--TGCTTT-AAAGGGCA
gi|5652                       : CTACCAT-----GATCC------A-TTTCCTCCCTACTGTCCTCG-GAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAACGCAC
gi|5653                       : CTACCAC-----GATCC------A-TATTCTCTCTAGTGTACTCC-GAAA-AGGTA----TG--TGCCTT-AAAACACAC
gi|5654                       : CTACCACAATCCGATCC------C-TATCCTCTCTACTATCCTCG-GAAA-AGGTG----GG--TACCTT-
gi|5655                       : CTGCCAC-----GATCCATATCCA-TATCCTCTATAGTGTCTTCG-AAAA-ATATG----GG--TGCCTT-AAAATGCAC
gi|5656                       : CTACCAT-----GATCC------A-TATCCTCACTGCTATTCTCG-AAAA-AGGTT----GG--CTCCTT-AAAA
gi|5657                       : CTACCGC-----GATTC------AATATCCTCT--ACTGTCCGTG-GAAA-AGGTT----GA--TGCCTT-AAAACGC
gi|5658                       :  TACCGC-----GATCC------A-TATATTCTCCACTGTCCTGG-GAAA-AGGTGTACCGGTATGCCTT-AAAA-GCAC
gi|5659                       :    CCAC-----GATCT------A-TATCATTTTTACTGTCC-CA-GAAATAGGTG----GG--CGCTTT-AAAACGCAC
gi|5660                       :       C-----GATCC------A-TAACCTCTCTACTGTCTTCG-GAAA-AAGTG----GG--TGCCTT-AAAACGCAC