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lowQualScore                  :   .        . ....           .     . . . ..........     ...   .  ...................     .      . ........   .   .  .  . . .  .. .  .....     .    .                 .    .       .  .  . ..  .    .     .        
lowQualScore                  :   3        9 1111           3     7 3 7 5555555555     444   5  4444444444444444444     5      5 99999999   7   7  7  7 7 7  77 9  11111     6    6                 7    3       0  3  3 55  6    6     2        
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Reference ( gi|15670 )        : ACTTGTACGTG-T----ATCAGGGGATT-CCCCT-AAA-AA-AT-A----TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGTGCAAAG-TACA-CGTAAGTGAC-AA-CG-TG-TAGC-TTATAGTTTCTTAT
gi|15671                      : ACTTGTACGTG-T----ACCAGGGGATT-CCCCT-AAA-A--AT-A----TGTGT---ATT-AC-------------------ATCAT-AAGTTTCG----T-A-GAC-GGC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAGAG-TACA-CGTACGTAAC-AA-CT-TG-TAGC-TTATCATTTCTTAT
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gi|15686                      :                                                      GT---ATT-AT-------------------GTCAT-AAGTTTAG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-A-CT--A-CA-----AGTATCTGCA----T---AAGTCGGAAG------CATAAATAAC-AA-CT-TG-TAGC-TTATATTTCCTTAT





Alignments
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lowQualScore                  :   .        .            .     .... ..  .. . ..     ...   .  ...................     .      . .... . .   .   .  .  . . .  .. .  .....          .                 .    ..          ..  . ..  . .   .     .        
lowQualScore                  :   2        7            0     9999 99  55 5 44     111   4  2222222222222222222     4      7 3333 5 0   5   5  5  5 5 5  44 7  77777          9                 7    88          88  9 55  1 1   1     0        
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Reference ( family-842 )      : ACGTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAAAG-TACA--CGTAAGTAAC--AA-CG-TG-T-AGC-TTATANTTTCTTAT
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gi|15685                      :                  GGGGATT-CCCCT--A-A--AA-AT-A--TGTGC---AAT-AC-------------------GTCAT-GAGTTTTA----T-T-GAT-GAC-AT-AC-T-T-CT--
gi|15686                      :                                                  GT---ATT-AT-------------------GTCAT-AAGTTTAG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-A-CT--A-CA-----AGTATCTGCA------TAAGTCG-GAAG-------CATAAATAAC--AA-CT-TG-T-AGC-TTATATTTCCTTAT





Alignments
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lowQualScore                  :   .        .            .     .... ..  .. . ..     ...   .  ...................     .      . .... . .   .   .  .  . . .  .. .  .....          .                 .    ..          ..   ..  . .  .. .     .        
lowQualScore                  :   2        7            0     9999 99  55 5 44     111   4  2222222222222222222     4      7 3333 5 0   5   5  5  5 5 5  44 7  77777          9                 7    88          88   99  1 1  22 1     0        
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Reference ( family-842 )      : ACGTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAAAG-TACA--CGTAAGTAAC--AAC-NTG-T-AG--C-TTATAGTTTCTTAT
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Alignments
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Reference ( family-842 )      : ACGTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAAAG-TACA--CGTAAGTAAC--AAC-TTG-T-AGC-TTATAGTTTCTTAT
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Alignments
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Reference ( family-842 )      : ACGTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAAAG-TACA--CGTAAGTAAC--AAC-TTG-T-AGC-TTATAGTTTCTTAT
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blockSeqs                     :   T        C            T     GTAG TC  TA A CT     AGT   T  ATATATAATATATATGTAT     T      C CAGA G T   G   A  T  A A T  AA C  ATATT                            T    GC          AA   GT  T A   T     A
blockSeqs                     :   G        .            C     TAA  C   A  . .      .     .  .                       .      C .    . T   .   .  .  . . .  .  .  .                                T    C           A    T   . .   .     G
blockSeqs                     :   G        .            .     AG   .   A  . .      .     .  .                       .      C .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    G   . .   .     G
blockSeqs                     :   T        .            .     AG   .   A  . .      .     .  .                       .      T .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    T   . .   .     G
blockSeqs                     :   G        .            .     AT   .   A  . .      .     .  .                       .      C .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    G   . .   .     G
blockSeqs                     :   A        .            .     AG   .   T  . .      .     .  .                       .      T .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    G   . .   .     T
blockSeqs                     :   A        .            .     AG   .   T  . .      .     .  .                       .      T .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    T   . .   .     T
blockSeqs                     :   G        .            .     CC   .   G  . .      .     .  .                       .      C .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    T   . .   .     A
blockSeqs                     :   T        .            .     AG   .   A  . .      .     .  .                       .      C .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    T   . .   .     T
blockSeqs                     :   T        .            .     AG   .   .  . .      .     .  .                       .      T .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    T   . .   .     T
blockSeqs                     :   G        .            .     A    .   .  . .      .     .  .                       .      T .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    T   . .   .      
blockSeqs                     :   G        .            .     G    .   .  . .      .     .  .                       .      T .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .    .   . .   .      
blockSeqs                     :   G        .            .     G    .   .  . .      .     .  .                       .      T .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                .    .           .                     
blockSeqs                     :            .            .     G    .   .  . .      .     .  .                       .      A .    . .   .   .  .  . . .  .  .  .                                                                       
blockSeqs                     :                         .     A    .   .  . .      .     .  .                       .      . .    . .   .   .  .  . . .  .                                                                             
blockSeqs                     :                                                    .     .  .                       .                                                                                                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACGTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAAAG-TACA--CGTAAGTAAC--AAC-TTG-T-AGC-TTATAGTTTCTTAT
finalCons                     : ACGTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAAAG-TACA--CGTAAGTAAC--AAC-TTG-T-AGC-TTATAGTTTCTTAT





Alignments
lowQualScore                  :                                        11                   1111111111111111111                                                                                                                                
lowQualScore                  :   1        2            5     6666 55  44 2 33     444   2  8888888888888888888     2      1 5555 2 5   2   2  2  2 2 2  33 2  66666          0                 5    66          66   55  3 3   3     2        
lowQualScore                  :   .        .            .     .... ..  .. . ..     ...   .  ...................     .      . .... . .   .   .  .  . . .  .. .  .....          .                 .    ..          ..   ..  . .   .     .        
lowQualScore                  :   2        7            0     9999 99  55 5 44     111   4  2222222222222222222     4      7 3333 5 0   5   5  5  5 5 5  44 7  77777          9                 7    88          88   00  1 1   1     0        
consensus                     : ACGTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAAAG-TACA--CGTAAGTAAC--AAC-TTG-T-AGC-TTATAGTTTCTTAT
Reference ( family-842 )      : ACGTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAAAG-TACA--CGTAAGTAAC--AAC-TTG-T-AGC-TTATAGTTTCTTAT
gi|15670                      : ACTTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCCCT--AAA--AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGTGCAAAG-TACA--CGTAAGTGAC--AAC-GTG-T-AGC-TTATAGTTTCTTAT
gi|15671                      : ACTTGTACGTG-TACCAGGGGATT-CCCCT--A-A--AA-AT-A--TGTGT---ATT-AC-------------------ATCAT-AAGTTTCG----T-A-GAC-GGC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACAAACGTGTAAAGCGCAGAG-TACA--CGTACGTAAC--AAC-TTG-T-AGC-TTATCATTTCTTAT
gi|15672                      : ACGTGTACTTG-TACCAGGGGATT-CCCCT--AGA--AA--T-A--TGTGC---ATT-AC-------------------ATCAT-AAGTTTCG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-A-T-CT--A-CA-----AGAATCCACAAACGTGTAAAGTGCAAAA-TACA--CGTAAGTAAC--GAT-GTG-T-ATC-TTATAGTTTCTCA
gi|15673                      : ACGTGTACTTGCTACCAGGGGTTC-CCCTT--AGA--A---T-A--TGTGC---AT--AC-------------------GTCAT-AAGTTTCG----T-TTGAT-GAC-AT-ATATAT-CT--A-CA-----AGAATCCACAAACGTGTAAAGTGCAAAATTACA--CGTAAGTAAC--AG--TCG-T--TC-TTATAGTTTCATAT
gi|15674                      : ACTTGTACGTG-TATCAGGGGATT-CCC-T--ATA--AA--T-G--TG-GC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTTG----TGT-G-T-GGC-AT-AT-T-TTCT--A-CA-----AGTACTCACAAACGTGTAAAATGCAAGG-TACA--TGTAAGTAAC--AACGTTG-T-AGC-TTATAGTTTTTTAT
gi|15675                      : ACGTGTACGTG-TATCAGGG-ATT-CCCCT--AGA--AA--T-G--TGTGC---ATTTAC-------------------GTCATTAGGTTTCG----T-TTGAT-GGC-AT-AT-T-T-CT--ACCA-----AGTAT-CACAGACGTGTAAAGTGCCAAGTTACAC-CGT-AGTAAC--AAC-GTG-T-AGCTTTATAGTTTCTTA
gi|15676                      : ACATGTAAGCA-TATCCAGGGATT-CCCCC--AGA--AA--T-A--TAGGC---ATT-AC-------------------GTCAC-AAGTTT---------------------AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCACACACGTGTAAAGTGCAAAG-TACA--TGTAAGTAAC--AAC-GTG-T-AGC-TTATATTTTCTTAT
gi|15677                      : ACATGTATGTG-TATCGGGGGCTT-CCCCC--CCAC-AA-AT-A--TGTAC---ATT-AC-------------------GTCCT-AAGTTTTG----T-T-GAT-TAC-AT-AT-T-C-CT--A-CA-----AGTACCCACAAACATGTAAAGCAAAGAG-TACA--CAAAAGTAAC--TAC-TGG-T-ATC-TTATATTTTCTT
gi|15678                      : ACGTGTACGTG-TAACAGAGGATTTCCCCT--G----AA-AT-A--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAT-AAGTTTTG----T-T-TAC-GAC-AT-AT-T-T-CT--A-CAATATTATTATTTGCATACGTGTAAAGGGCATAG-TACA--CGTAAGTAAC--AAC-
gi|15679                      : ACTTGTACGTG-TATCAGGG-ATT-CCCCTT-AAA--AA-A----------------------------------------CAC-AAGTTTCG----T-T-GAC-GGC-AT--T-T-T-CT--A-CA-------------------TGTAAGCCACAAAG-TACA--CGCAAGTAAC--AAC-TTG-T--GC-TTTTAATTTCTTAT
gi|15680                      : ACTTGTGCATA-TATCAGGGGATT-GTCCT--AGA--AA--T-A--TATCT---ATT-ACATATATAATATATATGTATGTCAT-AAGTTTCGCAGAT-T-TAT-TAC-AT-AT-T-T-CT--A-CA-----AGTATCCAC
gi|15681                      : ACGTGTACGTG-TATTAGGGGAAT-CACC----GA--AA-TT-ACTCGCGT---ATT-AC-------------------GTCAT-TACTTTTA----A-C-GAT-GACAAG-GT-T-T-CT--A-CA-----CGTTGACATAACTTTGTAGAACGGCGTC-TACA--CGTAA-TAACA-AAC-TTGTT-AGC-TTTTA
gi|15682                      : ACGTGTACGTG-TATTAGGGGATC-ACC-----GA--AA-TT-A--CTCGCAGTATT-AC-------------------GTCAT-AACTTTTG----G-C-GATGGAA-AA-GG-T-T-CTAAA-CA-----CGTTGTCATAAACTTGTAGAGCGGCGTC-TACAGCTGTTAATAACAAAAC-TTG-TAAGC-TT
gi|15683                      :     GTACGTG-TATCAGGGGATTCCCCCT--AGA--AATATAA--TGTGC---ATT-AC-------------------GTCAA-AAGTT
gi|15684                      : ACGTGTGCAT---ATCAGGGGATT-CCGCTGTAGATCAC-GT-T--TGTGC---ATT-GA-------------------GTCAT-ACATTTTC----T-T-GAT-AAC-TTTAT-C-T-CC--A-TA-----AATATCCCCAATAGTATAAAGTGCAGAG-TACA--CATAGATAAC--AAC-----T-AGC-TAGCATTTTCTTAT
gi|15685                      :                  GGGGATT-CCCCT--A-A--AA-AT-A--TGTGC---AAT-AC-------------------GTCAT-GAGTTTTA----T-T-GAT-GAC-AT-AC-T-T-CT--
gi|15686                      :                                                  GT---ATT-AT-------------------GTCAT-AAGTTTAG----T-T-GAT-GAC-AT-AT-T-A-CT--A-CA-----AGTATCTGCA------TAAGTCG-GAAG-------CATAAATAAC--AAC-TTG-T-AGC-TTATATTTCCTTAT