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lowQualScore                  :      . . .          .   .    .   .   ... .....   .  ... .  ...... ..    ..  ..........  .   .    .  ...  .  .. .  . ...   .     .. .   .  . .   .   .  .   . .    . ..  .  . ...     .  ..... .   . .....  .  .   ..... .   ..  .    ..    
lowQualScore                  :      3 3 1          7   7    7   3   777 11111   7  333 3  111111 77    77  5555555555  3   5    5  999  5  44 5  0 444   4     77 7   3  3 7   7   7  7   7 7    7 77  7  7 777     3  77777 3   0 77777  7  7   00000 7   77  7    33    
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Reference ( gi|110051 )       : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-A-T-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGTATT--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTC-T--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-TTA-T--A--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110054                     : AGATG-T-A-AACGAATCAC-AGA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AC-G-T-GG---C--G--TCAT--CT--A-------TT-TCA-AGAT-GT---GA-CA--T-AT-T---TTATGTATT--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTC-T--AA-AG-T---GAAAA-TTA-A--A-TTA-T--T--TT-GG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110052                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AT-G-TTGC---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---ACATGTATC--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-GCTC-T--AA-AG-T---GAAAA-TTA-A--A-TTA-T--T--TT-GG-GAT-----A-TCT--AA-ATAA--GAAA
gi|110055                     : AGATG-T-C-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCGCCGA--T--ATG-AC-AGTAGA---C--G--TCAT--CA--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTA-GTATC--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTC-TAAAA-AG-T---AAAAATTT--A--ATTTA-T--T--TT-GG-GAT-----A-TTCAAAA-ATAA--GAAA
gi|110053                     : AGATG-T-ATAACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T----G-AC---T-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--TCGC-T---TAATGAATC--G-ATA--G-T-GGA-TCT-AA-CAA-T-CCTA-T--AA-AG-T---GAAAA-TT--AT-A-TTA-T--T--TT-GG-G-T-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110056                     : AGATG-TTA-AACAAAATAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--TT-ATG-ACCG-T-CA---C--G--CCAT--CTCTA-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CGCGT-AC-T---TTAGGTATTC-G-ATA-G--T-GGA-TCC-AA-AAA-T-CCTCTT--AA-AG-T---GATAA-TTA-A--A-TTA-T--T--TT-CG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110057                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-GAC-ATGT-CAATTCG---AT-T--ATG-A--A-C-GA---C--G--TCAT---T--A-------TT-ACAGAGAC-GT---GA-CG--T-AC-----TTATGCATC--G-ATA-GGAT-GAT-TCC-AA-CAA-T-AC-C-T--TA-GC-T---GAAAA-TA--AC-A-TTATT--T--TT-GG-GATG----A-GTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110058                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAC--TGT-CGAGTCA---AA-T--ATGGAC-G-T-AA---C--G---CAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC--T---GA-C---T--C-T---TTATGTATC-----CA-GG-T-TGA-TCC-AA-CAT-C-CCTC-T--AA-AG-T---GAAAT-TT--A--A-ATA-T--GTTTT-GGCTAT-----A-TTC--AA-ATAAAGGAAA
gi|110059                     :  GATG-T-A-A-CATATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AA-G-T-GA------G--TCAT--CG--A-------AT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGTATC--G-ATA-GGGT-GGA-TCC-AAACAA-T-CCTC-T--AA-AG-T---GAAAT-TA--A--A-TTA-T--T--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--
gi|110060                     :   ATG-T-A-AACACTTTAG-ATA-ATGC-CGA-TAG---A--T--ATG-AC-G-T-GT---T--G--TCAT--CTCTA-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-GC-TAAATTATGTATC--G-ATG-GG-T-GGA-TAC-AA-CTA-T-CCTC-T--AA-AG-T---GAAAA-TT--AT-A-TTA-T--T--TT-GG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110061                     :   ATGCT-A-AACAAATCAC-AAA----T-CAA-T-G---A--A--A---AC-G-C-GAATCC--GAATAATGACT--T-------TG-ACA----C-GT---GAGCG--T-ACGC---TTATGTACTC-G-AT---G-T-GGA-TCC-AA-CAA-TCCCTC-T--AA-GC-T---GAAAA-TT--AATA-TTA-TTCA--TTGGG-GAT-----A-TTC--AATATAAAGGAAA
gi|110062                     :    TG-T-A-AACAAATCAC-AAACATGT-CGA-TCG---ACAT--ATG-AC-G-C-AA------G--TCAT--CT--A-------TTTACA-AGAC-GTT--GA-CG--T-ACAT---TTATGTCAT--G-ATAAGG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T--CTC-T--AA-AG-TATGGAAAA-TT--AACA-TTACT--T--TT-TG-GAT-----A-TTT--AA-A-AA--GA
gi|110063                     :     G-T-A-TACAAATCAC-AGA-ATGT-CGA-TCG---G--C--ATG-AC-G-T-GA---C--G--TAAT--CT--G-------GT-ATG-AGAC-GT---GA-CG--C-AT-T---TTA-ATATTC-G-ATT-GG-C-GGA-TCA-AA-TAA-T-CCCC-C--AA-AG-T---GAAAATTT--A--A-TTA-T--T--GT-GG-GGT-----AGTCC--AA-AAAA--AAAA
gi|110064                     :          -AACAAATCAC-AAA-ATGTCCGA-TCG------T--ATG-A--G-T-GA---C-----TCAT--CT--T-------TA-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T--C-T---CTA
gi|110065                     :             CAAATCATTAAA-CTGT-CG--CCG---A--TTTCTG-ACCG-T-TA---CTCG--TCAT--CT--A-------TTGACA-AGCC--TAAAGA-CA--T-AC-T---TTATGTATCAAG-ATAAGG-T-GGA-TCCTAA-CAA-T-CCT-----AACAG-T---GAAAA-TT--AATA-TTA-T-----TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAAgaatcaa
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lowQualScore                  :      1 1 9          5   5    5   0   444 44 99   5  5  0  111111 44    44  1111111111  0   4    4  555  4  22 4  7 111   7  5 0 5 44 5   0  0 5   5   5  5   5 5     99  5  5 444     0  44 44 5 44  44  99  5  5   22222 5   44  5    99    
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Reference ( family-839 )      : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-GT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110051                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-AT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-T--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TA--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110052                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AT-GTTGC---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---ACATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-GCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TTA-A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TCT--AA-ATAA--GAAA
gi|110053                     : AGATG-T-ATAACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T----G-AC--T-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--TCGC-T---TAATGA-A-T-C--G-ATA--G-T-GGA-TCT-AA-CAA-T-CCTAT--AA-AG-T---GAAAA-TT--AT-A-T--TA--TT--TT-GG-G-T-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110054                     : AGATG-T-A-AACGAATCAC-AGA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AC-GT-GG---C--G--TCAT--CT--A-------TT-TCA-AGAT-GT---GA-CA--T-AT-T---TTATGT-A-T-T--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TTA-A--A-T--TA--TT--TT-GG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110055                     : AGATG-T-C-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCGCCGA--T--ATG-ACAGTAGA---C--G--TCAT--CA--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTA-GT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCTAAAA-AG-T---AAAAATTT--A--ATT--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTCAAAA-ATAA--GAAA
gi|110056                     : AGATG-TTA-AACAAAATAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--TT-ATG-ACCGT-CA---C--G--CCAT--CTCTA-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CGCGT-AC-T---TTAGGT-A-TTC--G-ATA-G--T-GGA-TCC-AA-AAA-T-CCTCTT-AA-AG-T---GATAA-TT--A--AAT--TA--TT--TT-CG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110057                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-GAC-ATGT-CAATTCG---AT-T--ATG-A--AC-GA---C--G--TCAT---T--A-------TT-ACAGAGAC-GT---GA-CG--T-AC-----TTATGC-A-T-C--G-ATA-GGAT-GAT-TCC-AA-CAA-T-AC-CT--TA-GC-T---GAAAA-TA--AC-A-T--TAT-TT--TT-GG-GATG----A-GTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110058                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAC--TGT-CGAGTCA---AA-T--ATGGAC-GT-AA---C--G---CAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC--T---GA-C---T--C-T---TTATGT-A-T-C-----CA-GG-T-TGA-TCC-AA-CAT-C-CCTCT--AA-AG-T---GAAAT-TT--A--A-A--TATGTT--TT-GGCTAT-----A-TTC--AA-ATAAAGGAAA
gi|110059                     :  GATG-T-A-A-CATATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AA-GT-GA------G--TCAT--CG--A-------AT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GGGT-GGA-TCC-AAACAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAT-TA--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--
gi|110060                     :   ATG-T-A-AACACTTTAG-ATA-ATGC-CGA-TAG---A--T--ATG-AC-GT-GT---T--G--TCAT--CTCTA-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-GC-TAAATTATGT-A-T-C--G-ATG-GG-T-GGA-TAC-AA-CTA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--AT-A-T--TA--TT--TT-GG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110061                     :   ATGCT-A-AACAAATCAC-AAA----T-CAA-T-G---A--A--A---AC-GC-GAATCC--GAATAATGACT--T-------TG-ACA----C-GT---GAGCG--T-ACGC---TTATGT-ACT-C--G-AT---G-T-GGA-TCC-AA-CAA-TCCCTCT--AA-GC-T---GAAAA-TT--AATA-T--TA--TTCATTGGG-GAT-----A-TTC--AATATAAAGGAAA
gi|110062                     :    TG-T-A-AACAAATCAC-AAACATGT-CGA-TCG---ACAT--ATG-AC-GC-AA------G--TCAT--CT--A-------TTTACA-AGAC-GTT--GA-CG--T-ACAT---TTATGTCA-T----G-ATAAGG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T--CTCT--AA-AG-TATGGAAAA-TT--AACA-T--TAC-TT--TT-TG-GAT-----A-TTT--AA-A-AA--GA
gi|110063                     :     G-T-A-TACAAATCAC-AGA-ATGT-CGA-TCG---G--C--ATG-AC-GT-GA---C--G--TAAT--CT--G-------GT-ATG-AGAC-GT---GA-CG--C-AT-T---TTA-AT-ATT-C--G-ATT-GG-C-GGA-TCA-AA-TAA-T-CCCCC--AA-AG-T---GAAAATTT--A--A-T--TA--TT--GT-GG-GGT-----AGTCC--AA-AAAA--AAAA
gi|110064                     :          -AACAAATCAC-AAA-ATGTCCGA-TCG------T--ATG-A--GT-GA---C-----TCAT--CT--T-------TA-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T--C-T---CTA
gi|110065                     :             CAAATCATTAAA-CTGT-CG--CCG---A--TTTCTG-ACCGT-TA---CTCG--TCAT--CT--A-------TTGACA-AGCC--TAAAGA-CA--T-AC-T---TTATGT-A-T-CAAG-ATAAGG-T-GGA-TCCTAA-CAA-T-CCT----AACAG-T---GAAAA-TT--A--A-TATTA--TT--T--GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAAgaatcaa
gi|110066                     :                 TCAA-AGA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AC-GT-GG---C--G--ACAT--TT--GGTACATTTT-GCA-AGCC-GT---AA-CA--C-AT-T---TTATGC-T-C-T--G-ATA-GG-C-GGA-TCA-AG-CAACT-CCACC--CG-AG-T----AAAA-TTTAA--A-T--TA--TT--TT-GG-GATTTTAGA-TTT--AA-ATAA--AA
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Alignments
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lowQualScore                  :      3 3 2          2   2    2   5   444 88 55   2  7  5  555555 33    33  1111111111  5   2    2  666  2  33 2  4 444   1  2 5 2 33 2   5  5 2   2   2  2   2 2     55  2  2 444     5  88 44 7 33  88  55  2  2   11111 2   33  2    66    
lowQualScore                  :      . . .          .   .    .   .   ... .. ..   .  .  .  ...... ..    ..  ..........  .   .    .  ...  .  .. .  . ...   .  . . . .. .   .  . .   .   .  .   . .     ..  .  . ...     .  .. .. . ..  ..  ..  .  .   ..... .   ..  .    ..    
lowQualScore                  :      1 1 9          5   5    5   0   444 44 99   5  5  0  111111 44    44  1111111111  0   4    4  555  4  22 4  7 111   7  5 0 5 44 5   0  0 5   5   5  5   5 5     99  5  5 444     0  44 44 5 44  44  99  5  5   22222 5   44  5    99    
consensus                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-GT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
Reference ( family-839 )      : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-GT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110051                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-AT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-T--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TA--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110052                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AT-GTTGC---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---ACATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-GCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TTA-A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TCT--AA-ATAA--GAAA
gi|110053                     : AGATG-T-ATAACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T----G-AC--T-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--TCGC-T---TAATGA-A-T-C--G-ATA--G-T-GGA-TCT-AA-CAA-T-CCTAT--AA-AG-T---GAAAA-TT--AT-A-T--TA--TT--TT-GG-G-T-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110054                     : AGATG-T-A-AACGAATCAC-AGA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AC-GT-GG---C--G--TCAT--CT--A-------TT-TCA-AGAT-GT---GA-CA--T-AT-T---TTATGT-A-T-T--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TTA-A--A-T--TA--TT--TT-GG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110055                     : AGATG-T-C-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCGCCGA--T--ATG-ACAGTAGA---C--G--TCAT--CA--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTA-GT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCTAAAA-AG-T---AAAAATTT--A--ATT--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTCAAAA-ATAA--GAAA
gi|110056                     : AGATG-TTA-AACAAAATAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--TT-ATG-ACCGT-CA---C--G--CCAT--CTCTA-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CGCGT-AC-T---TTAGGT-A-TTC--G-ATA-G--T-GGA-TCC-AA-AAA-T-CCTCTT-AA-AG-T---GATAA-TT--A--AAT--TA--TT--TT-CG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110057                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-GAC-ATGT-CAATTCG---AT-T--ATG-A--AC-GA---C--G--TCAT---T--A-------TT-ACAGAGAC-GT---GA-CG--T-AC-----TTATGC-A-T-C--G-ATA-GGAT-GAT-TCC-AA-CAA-T-AC-CT--TA-GC-T---GAAAA-TA--AC-A-T--TAT-TT--TT-GG-GATG----A-GTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110058                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAC--TGT-CGAGTCA---AA-T--ATGGAC-GT-AA---C--G---CAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC--T---GA-C---T--C-T---TTATGT-A-T-C-----CA-GG-T-TGA-TCC-AA-CAT-C-CCTCT--AA-AG-T---GAAAT-TT--A--A-A--TATGTT--TT-GGCTAT-----A-TTC--AA-ATAAAGGAAA
gi|110059                     :  GATG-T-A-A-CATATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AA-GT-GA------G--TCAT--CG--A-------AT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GGGT-GGA-TCC-AAACAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAT-TA--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--
gi|110060                     :   ATG-T-A-AACACTTTAG-ATA-ATGC-CGA-TAG---A--T--ATG-AC-GT-GT---T--G--TCAT--CTCTA-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-GC-TAAATTATGT-A-T-C--G-ATG-GG-T-GGA-TAC-AA-CTA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--AT-A-T--TA--TT--TT-GG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110061                     :   ATGCT-A-AACAAATCAC-AAA----T-CAA-T-G---A--A--A---AC-GC-GAATCC--GAATAATGACT--T-------TG-ACA----C-GT---GAGCG--T-ACGC---TTATGT-ACT-C--G-AT---G-T-GGA-TCC-AA-CAA-TCCCTCT--AA-GC-T---GAAAA-TT--AATA-T--TA--TTCATTGGG-GAT-----A-TTC--AATATAAAGGAAA
gi|110062                     :    TG-T-A-AACAAATCAC-AAACATGT-CGA-TCG---ACAT--ATG-AC-GC-AA------G--TCAT--CT--A-------TTTACA-AGAC-GTT--GA-CG--T-ACAT---TTATGTCA-T----G-ATAAGG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T--CTCT--AA-AG-TATGGAAAA-TT--AACA-T--TAC-TT--TT-TG-GAT-----A-TTT--AA-A-AA--GA
gi|110063                     :     G-T-A-TACAAATCAC-AGA-ATGT-CGA-TCG---G--C--ATG-AC-GT-GA---C--G--TAAT--CT--G-------GT-ATG-AGAC-GT---GA-CG--C-AT-T---TTA-AT-ATT-C--G-ATT-GG-C-GGA-TCA-AA-TAA-T-CCCCC--AA-AG-T---GAAAATTT--A--A-T--TA--TT--GT-GG-GGT-----AGTCC--AA-AAAA--AAAA
gi|110064                     :          -AACAAATCAC-AAA-ATGTCCGA-TCG------T--ATG-A--GT-GA---C-----TCAT--CT--T-------TA-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T--C-T---CTA
gi|110065                     :             CAAATCATTAAA-CTGT-CG--CCG---A--TTTCTG-ACCGT-TA---CTCG--TCAT--CT--A-------TTGACA-AGCC--TAAAGA-CA--T-AC-T---TTATGT-A-T-CAAG-ATAAGG-T-GGA-TCCTAA-CAA-T-CCT----AACAG-T---GAAAA-TT--A--A-TATTA--TT--T--GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAAgaatcaa
gi|110066                     :                 TCAA-AGA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AC-GT-GG---C--G--ACAT--TT--GGTACATTTT-GCA-AGCC-GT---AA-CA--C-AT-T---TTATGC-T-C-T--G-ATA-GG-C-GGA-TCA-AG-CAACT-CCACC--CG-AG-T----AAAA-TTTAA--A-T--TA--TT--TT-GG-GATTTTAGA-TTT--AA-ATAA--AA
gi|110067                     :                                                                                          CA-ACACTGT---GA-------AC-T---T-A-GT-A-T-C--GGATA-GG-TCGGAGTCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AGAC---GAACA-TA--A--ACT--TA--TTG-TT-GG-GATC----A-TTC--AA-ATAA--TAAA


blockSeqs                     :      C T T          T   C    C   T   CCG CA TT   G  A  T  ATCC   AA    GA  GGTACATT    T   G    T  AAA  G  CG C  G AAA   T  C C T AA G   A  A C   G   T  A   C C     AA  C  A ATG     T  TA AT T AT  TG  CA  G  C   TTTAG G   AA  T    AG
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   G   .   T  T    .  C  A  CTC    .     .   CTA         G   .    .  T    .  .  .  A .     T  . T . .  .   A  G .   .   .  .   . .     T   .  . .       T  A  AC A .   T   G   .  .   G     .   .   .    AG
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   A  .    .  C  .  C      .     .   CTA         .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  A  T  C .   C   .   .  .   C     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     G  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  C  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  T  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  T      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   T           .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :      . . .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     T  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :          .          .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  C      .     .   G           .   .    .  .    .  .  .  . .     .  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  .      .     .   T           .   .    .  .    .  .  .  . .     .  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .   .  .    .  .  .  .      .     .   A           .   .    .  .    .  .  .  . .     .  . . . .  .   .  . .   .   .  .   . .     .   .  . .       .  .  .  . .   .   .   .  .   .     .   .   .    . 
blockSeqs                     :                                                                                            .    .  .    .  .  .  . .                                                                                                                     


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-GT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
finalCons                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-GT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA





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lowQualScore                  :      3 3 2          2   2    2   5   444 88 55   2  7  5  555555 33    33  1111111111  5   2    2  666  2  33 2  4 444   1  2 5 2 33 2   5  5 2   2   2  2   2 2     55  2  2 444     5  88 44 7 33  88  55  2  2   11111 2   33  2    66    
lowQualScore                  :      . . .          .   .    .   .   ... .. ..   .  .  .  ...... ..    ..  ..........  .   .    .  ...  .  .. .  . ...   .  . . . .. .   .  . .   .   .  .   . .     ..  .  . ...     .  .. .. . ..  ..  ..  .  .   ..... .   ..  .    ..    
lowQualScore                  :      1 1 9          5   5    5   0   444 44 99   5  5  0  111111 44    44  1111111111  0   4    4  555  4  22 4  7 111   7  5 0 5 44 5   0  0 5   5   5  5   5 5     99  5  5 444     0  44 44 5 44  44  99  5  5   22222 5   44  5    99    
consensus                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-GT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
Reference ( family-839 )      : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-GT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110051                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AC-AT-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-T--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--A--A-T--TA--TA--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110052                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AT-GTTGC---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---ACATGT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-GCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TTA-A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TCT--AA-ATAA--GAAA
gi|110053                     : AGATG-T-ATAACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T----G-AC--T-GA---C--G--TCAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--TCGC-T---TAATGA-A-T-C--G-ATA--G-T-GGA-TCT-AA-CAA-T-CCTAT--AA-AG-T---GAAAA-TT--AT-A-T--TA--TT--TT-GG-G-T-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110054                     : AGATG-T-A-AACGAATCAC-AGA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AC-GT-GG---C--G--TCAT--CT--A-------TT-TCA-AGAT-GT---GA-CA--T-AT-T---TTATGT-A-T-T--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TTA-A--A-T--TA--TT--TT-GG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110055                     : AGATG-T-C-AACAAATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCGCCGA--T--ATG-ACAGTAGA---C--G--TCAT--CA--A-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTA-GT-A-T-C--G-ATA-GG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T-CCTCTAAAA-AG-T---AAAAATTT--A--ATT--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTCAAAA-ATAA--GAAA
gi|110056                     : AGATG-TTA-AACAAAATAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--TT-ATG-ACCGT-CA---C--G--CCAT--CTCTA-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CGCGT-AC-T---TTAGGT-A-TTC--G-ATA-G--T-GGA-TCC-AA-AAA-T-CCTCTT-AA-AG-T---GATAA-TT--A--AAT--TA--TT--TT-CG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110057                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-GAC-ATGT-CAATTCG---AT-T--ATG-A--AC-GA---C--G--TCAT---T--A-------TT-ACAGAGAC-GT---GA-CG--T-AC-----TTATGC-A-T-C--G-ATA-GGAT-GAT-TCC-AA-CAA-T-AC-CT--TA-GC-T---GAAAA-TA--AC-A-T--TAT-TT--TT-GG-GATG----A-GTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110058                     : AGATG-T-A-AACAAATCAC-AAC--TGT-CGAGTCA---AA-T--ATGGAC-GT-AA---C--G---CAT--CT--A-------TT-ACA-AGAC--T---GA-C---T--C-T---TTATGT-A-T-C-----CA-GG-T-TGA-TCC-AA-CAT-C-CCTCT--AA-AG-T---GAAAT-TT--A--A-A--TATGTT--TT-GGCTAT-----A-TTC--AA-ATAAAGGAAA
gi|110059                     :  GATG-T-A-A-CATATCAC-AAA-ATGT-CGA-TCG---A--T--ATG-AA-GT-GA------G--TCAT--CG--A-------AT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-AC-T---TTATGT-A-T-C--G-ATA-GGGT-GGA-TCC-AAACAA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAT-TA--A--A-T--TA--TT--TT-GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--
gi|110060                     :   ATG-T-A-AACACTTTAG-ATA-ATGC-CGA-TAG---A--T--ATG-AC-GT-GT---T--G--TCAT--CTCTA-------TT-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T-GC-TAAATTATGT-A-T-C--G-ATG-GG-T-GGA-TAC-AA-CTA-T-CCTCT--AA-AG-T---GAAAA-TT--AT-A-T--TA--TT--TT-GG-GGT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAA
gi|110061                     :   ATGCT-A-AACAAATCAC-AAA----T-CAA-T-G---A--A--A---AC-GC-GAATCC--GAATAATGACT--T-------TG-ACA----C-GT---GAGCG--T-ACGC---TTATGT-ACT-C--G-AT---G-T-GGA-TCC-AA-CAA-TCCCTCT--AA-GC-T---GAAAA-TT--AATA-T--TA--TTCATTGGG-GAT-----A-TTC--AATATAAAGGAAA
gi|110062                     :    TG-T-A-AACAAATCAC-AAACATGT-CGA-TCG---ACAT--ATG-AC-GC-AA------G--TCAT--CT--A-------TTTACA-AGAC-GTT--GA-CG--T-ACAT---TTATGTCA-T----G-ATAAGG-T-GGA-TCC-AA-CAA-T--CTCT--AA-AG-TATGGAAAA-TT--AACA-T--TAC-TT--TT-TG-GAT-----A-TTT--AA-A-AA--GA
gi|110063                     :     G-T-A-TACAAATCAC-AGA-ATGT-CGA-TCG---G--C--ATG-AC-GT-GA---C--G--TAAT--CT--G-------GT-ATG-AGAC-GT---GA-CG--C-AT-T---TTA-AT-ATT-C--G-ATT-GG-C-GGA-TCA-AA-TAA-T-CCCCC--AA-AG-T---GAAAATTT--A--A-T--TA--TT--GT-GG-GGT-----AGTCC--AA-AAAA--AAAA
gi|110064                     :          -AACAAATCAC-AAA-ATGTCCGA-TCG------T--ATG-A--GT-GA---C-----TCAT--CT--T-------TA-ACA-AGAC-GT---GA-CG--T--C-T---CTA
gi|110065                     :             CAAATCATTAAA-CTGT-CG--CCG---A--TTTCTG-ACCGT-TA---CTCG--TCAT--CT--A-------TTGACA-AGCC--TAAAGA-CA--T-AC-T---TTATGT-A-T-CAAG-ATAAGG-T-GGA-TCCTAA-CAA-T-CCT----AACAG-T---GAAAA-TT--A--A-TATTA--TT--T--GG-GAT-----A-TTC--AA-ATAA--GAAAgaatcaa
gi|110066                     :                 TCAA-AGA-ATGT-CGA-TCA---A--T--ATG-AC-GT-GG---C--G--ACAT--TT--GGTACATTTT-GCA-AGCC-GT---AA-CA--C-AT-T---TTATGC-T-C-T--G-ATA-GG-C-GGA-TCA-AG-CAACT-CCACC--CG-AG-T----AAAA-TTTAA--A-T--TA--TT--TT-GG-GATTTTAGA-TTT--AA-ATAA--AA
gi|110067                     :                                                                                          CA-ACACTGT---GA-------AC-T---T-A-GT-A-T-C--GGATA-GG-TCGGAGTCC-AA-CAA-T-CCTCT--AA-AGAC---GAACA-TA--A--ACT--TA--TTG-TT-GG-GATC----A-TTC--AA-ATAA--TAAA