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Reference ( gi|16406 )        : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--AC------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GT--A-C----TGTTTTCTATTTC-TG-A-T--AT-TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC
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Reference ( family-838 )      : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CGT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC
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Reference ( family-838 )      : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CGT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC
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gi|16417                      : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-T
gi|16418                      :   AAG-ATCG-GGCC-TACTCG--A-AT-CT--AAC------G-TC-AC-T-CACT--C--A-C--TA-C-CGT--T--------------A-C--ATACATT-CG-TT--GCG-ATTAT-TA--C-A-ACAACGCAG-----T---AAGCAGAT-CAGAA
gi|16419                      :    AG-GTCG-GACTCTACTCG--A-A--CTACA-C------G-TCAA--T-TACTGCT-GA-C-GTA-C-CG----TTTTGTTTCC-TG-ACT--AT---TT-CG-TTGGGCG-ATTAG-CAACC-A-T-----CAG-----T---AAT----TGAAGAAC
gi|16420                      :                                              C-A--T-CACT--TTGA-CAGT--C-CAT--TTTT-GTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CA-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---TAT----T-CAGAAC
gi|16421                      :                                                      ACT--T-GAAC-ATAAC-CAT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---T--CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGA
gi|16422                      :                                                                 -GTA-C-CATATTTTTTGTTT-CGTG-A-T--AT---TTTCA-TT--GC--ATTAG-CA--C-A-TC----CAGAACATT---TAT----T-CAGAAC


blockSeqs                     :      A    C           TT C AC  AC A CGGTAC T  A AT T    GC T  A A   A A  TAT         C G  C C TC  ACA  A  T  GG   T     C  AC A T  AACG   AACAT ATG   CAGA G
blockSeqs                     :      .    .           .  . A   .  . .      .  . C  .    A  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    T  .  .    .     .  .  . .  .      AGT   .     C    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . T   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      T     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  A           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  T           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :      .    .           .  . .   .  . .      .  . .  .    .  .  . .   . .  .           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :                                                         .  .  . .   . .  .           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .    .
blockSeqs                     :                                                                 .   . .  .           . .  . . .   .    .  .  .    .     .  .  . .  .      .     .     .     


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CGT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC
finalCons                     : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CGT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC





Alignments
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lowQualScore                  :      2    2           33 2 99  33 2 888888 2  2 66 2    66 2  2 2   2 2  555     0   2 2  2 2 33  444  5  2  33   2     2  33 2 2  5555   33333 444   7777 2      
lowQualScore                  :      .    .           .. . ..  .. . ...... .  . .. .    .. .  . .   . .  ...     .   . .  . . ..  ...  .  .  ..   .     .  .. . .  ....   ..... ...   .... .      
lowQualScore                  :      9    9           99 9 66  99 9 222222 9  9 88 9    33 7  7 5   5 5  222     4   5 5  5 5 44  444  0  5  44   5     5  44 5 5  3333   11111 444   8888 7      
consensus                     : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CGT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC
Reference ( family-838 )      : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CGT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC
gi|16406                      : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-TGT--TTTCTATTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC
gi|16407                      : TTAAG-GTCG-GGCCTTACTTG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CG---TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GTG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAA-----T---AAT----T-CAGAAC
gi|16408                      : TTAAG-GTCG-GGCCATA-TCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-TGT--TTTGT-TTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-T-TC----TAG-----T---AAT----T-CAGAAC
gi|16409                      : TTAAA-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-CC-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CG---TTTTTGTTT-C-CG-A-T--AT---TT-CA-TT--GCG-ACTAG-CA--C-A-TC----CTG-----T---AAT----T-TAGAAC
gi|16410                      : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-T--T-CGCT--T-GA-C-ATA-C-CAT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCC-ATAAG-CA--C-A-TT----CAG-----T---AAT----T-CAGAAC
gi|16411                      : TTAAG--TCG-GGCCCTACTCG--A-AA-CT--A-C------G-TC----T-CGCT--T--A-C-ATA-C-CAT--TTTTT--TT-C-TG-A-T--AT---TT-CG-TT--GCC-ATAAG-CA--C-A-T-----CAG-----T---AAT----T-CAGAA
gi|16412                      : TTAAG-GTCGCGGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-TC-A--TTCACT--T-GA-C-ATA-C-GTT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CGTTT--GCA-ATTAG-CA--C-ATTT----CAGT----T---AAT----T-CAGAAC
gi|16413                      : TTAAG-GTTG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-CCGGTACG-TC-A--T-TACT--T-GA-C-ATA-C-TGT--TTT-TGTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CA-TT--GTT-ATTAG-CA--C-A-TT----CAG-----T---AAT----
gi|16414                      : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--ACA--CT--A-C------GTTC-AATC-CACT--T-GA-C-GTT-CACGT--TTTTTGTTT-C-TGCA-T--AT---TT-TG-TT--GCG-ATTAGCCA--C-A-TC----C-G-----T---AATC---T-CAGAAC
gi|16415                      : TTAAGAGTCG-GTCCCTACTCG--A-AACTT--A-C------G-TT-A--T-CACT--T-GA-C-GTA-C-CAT--TTTTTG-TT-C-TG-A-TTCAT---TTACA-AT--TCG-GTTAG-CA--C-A-TC----CAGAGT--T---CAT----T-CAGAAC
gi|16416                      : TTAGA-GT---GGCCCTACTCTTTA-A--CT--A-C--------CC-A--T-C-CTA-T-GA-C-GTG-C-AAA--TTATTTTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CT-TT--GCGTATTAT-CA--CAA-CC----CGA-----TATGAAA----T-CAGAAC
gi|16417                      : TTAAG-GTCG-GGCCCTACTCG--A-A--CT--A-C------G-T
gi|16418                      :   AAG-ATCG-GGCC-TACTCG--A-AT-CT--AAC------G-TC-AC-T-CACT--C--A-C--TA-C-CGT--T--------------A-C--ATACATT-CG-TT--GCG-ATTAT-TA--C-A-ACAACGCAG-----T---AAGCAGAT-CAGAA
gi|16419                      :    AG-GTCG-GACTCTACTCG--A-A--CTACA-C------G-TCAA--T-TACTGCT-GA-C-GTA-C-CG----TTTTGTTTCC-TG-ACT--AT---TT-CG-TTGGGCG-ATTAG-CAACC-A-T-----CAG-----T---AAT----TGAAGAAC
gi|16420                      :                                              C-A--T-CACT--TTGA-CAGT--C-CAT--TTTT-GTTT-C-TG-A-T--AT---TT-CA-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---TAT----T-CAGAAC
gi|16421                      :                                                      ACT--T-GAAC-ATAAC-CAT--TTTTTGTTT-C-TG-A-T--AT---T--CG-TT--GCG-ATTAG-CA--C-A-TC----CAG-----T---AAT----T-CAGA
gi|16422                      :                                                                 -GTA-C-CATATTTTTTGTTT-CGTG-A-T--AT---TTTCA-TT--GC--ATTAG-CA--C-A-TC----CAGAACATT---TAT----T-CAGAAC