lowQualScore : 2 33 22 444 33 2 5555 33 7777 99999999 2 2 2 2 444 5555 2 33 99999
lowQualScore : . .. .. ... .. . .... .. .... ........ . . . . ... .... . .. .....
lowQualScore : 5 99 99 777 44 5 3333 44 8888 11111111 5 5 5 5 777 7777 7 77 33333
consensus : TTTAATTGTAGT-CAACATGCAATG-TTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
Reference ( gi|95243 ) : TTTAATTGTAGT-CAACATGCAATG-TTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95244 : TTTAACTGTAGT-CAACATGCAAGG-CTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TT----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95245 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCAATG-TTTACAGT---ATGTA--T-TTTT----T--TC----TCTACTCT--------C-GC-T-TCAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95246 : TTTAATTGTAGT-CGACATGCAATG-TTTACCAA---A-GTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------T-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95247 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCAATG-TTTACAAT---ATGTA--T-TTTATAATT--TC----TTTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AATCATAAT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95248 : TTTAATTGTAGT--AACGTGCAATG-TTTACCAT---GTGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ATAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAA
gi|95249 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCAATG-TTTACAAT---ATATG--TATTTA-------TA----TCTGCTGT--------C-ACTT-TCAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95250 : TTTAATTGTA-T---ATATGCAATG-TTTACGAT---ATGTATTT-TTTA----T--TCTCGATCTATTCCTACATTTGT-AC-T-ACAA-AATC---AT----AG-A--G-----TATGTATA
gi|95251 : TTCAAT-GTAGT-CCATATGCAGTT-TTCACAAT---ATGTA--A-TTTA----T--TC----TTTA--CA--------C-AC---ACAAGAGAC---AT----AC-GCAG-----TATTTGTGA
gi|95252 : TTAATTGTA-----ACAT-CAAT--TTTACAAT---ATTTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-TCAC---AT----AGAG--G-----TATGTGTAAAG
gi|95253 : TCAAATGTAGTTCAACACCCA-TACTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TCT---TCTACTCT--------CAAC-TAACAA-AATC---ATCGACAG-G--AAGGATTATGTGTCAAG
gi|95254 : ATTTTATT-TAACATGCAAT--TTTACAAT---ATGCA--T-TTTA----G--TC----TCTATTCT--------C-AC-T-ATAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTG
gi|95255 : ATAGTATT-CAACA-GCATTG-TTTATCATTTTATGTA--T-CTTA----TACTC----TCGAATCT--------C-A--T-ACAA-AAGC---AT----AG-G--GC----TATGTGTGAAG
gi|95256 : T-CAACATGCAATG-TTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTATTCT--------C-AC-T-ACAA-AACC---AT----AG-A--G-----TATGTCTAAAG
gi|95257 : G-TTTACAAT---GTGTG--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AA
gi|95258 : T---ATATA--T-TTTA----C--TC----TTTACTCT--------C-AT-T-ACAA-AAAT---AT----AG-A--G-----TATGTAT
gi|95259 : TGTA--T-TTTA----T--AC----TCTACTCT--------C-AC-T-GTAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TTTGTGTAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 2 1 444 33 2 5555 33 7777 88888888 2 2 2 2 444 5555 2 33 88888
lowQualScore : . .. . . ... .. . .... .. .... ........ . . . . ... .... . .. .....
lowQualScore : 5 99 9 7 444 22 4 0000 22 4444 55555555 4 4 4 4 444 3333 5 44 88888
consensus : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
Reference ( family-834 ) : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95243 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95244 : TTTAACTGTAGT-CAACATGCA-AGGCTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TT----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95245 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAGT---ATGTA--T-TTTT----T--TC----TCTACTCT--------C-GC-T-TCAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95246 : TTTAATTGTAGT-CGACATGCA-ATGTTTACCAA---A-GTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------T-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95247 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTATAATT--TC----TTTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AATCATAAT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95248 : TTTAATTGTAGT--AACGTGCA-ATGTTTACCAT---GTGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ATAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAA
gi|95249 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATATG--TATTTA-------TA----TCTGCTGT--------C-ACTT-TCAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95250 : TTTAATTGTA-T---ATATGCA-ATGTTTACGAT---ATGTATTT-TTTA----T--TCTCGATCTATTCCTACATTTGT-AC-T-ACAA-AATC---AT----AG-A--G-----TATGTATA
gi|95251 : TTCAAT-GTAGT-CCATATGCA-GTTTTCACAAT---ATGTA--A-TTTA----T--TC----TTTA--CA--------C-AC---ACAAGAGAC---AT----AC-GCAG-----TATTTGTGA
gi|95252 : TTAATTGTA-----ACAT-CA-AT-TTTACAAT---ATTTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-TCAC---AT----AGAG--G-----TATGTGTAAAG
gi|95253 : TCAAATGTAGTTCAACACCCATAC-TTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TCT---TCTACTCT--------CAAC-TAACAA-AATC---ATCGACAG-G--AAGGATTATGTGTCAAG
gi|95254 : ATTTTATT-TAACATGCA-AT-TTTACAAT---ATGCA--T-TTTA----G--TC----TCTATTCT--------C-AC-T-ATAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTG
gi|95255 : ATAGTATT-CAACA-GCA-TTGTTTATCATTTTATGTA--T-CTTA----TACTC----TCGAATCT--------C-A--T-ACAA-AAGC---AT----AG-G--GC----TATGTGTGAAG
gi|95256 : T-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTATTCT--------C-AC-T-ACAA-AACC---AT----AG-A--G-----TATGTCTAAAG
gi|95257 : GTTTACAAT---GTGTG--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AA
gi|95258 : T---ATATA--T-TTTA----C--TC----TTTACTCT--------C-AT-T-ACAA-AAAT---AT----AG-A--G-----TATGTAT
gi|95259 : TGTA--T-TTTA----T--AC----TCTACTCT--------C-AC-T-GTAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TTTGTGTAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 2 1 444 33 2 5555 33 7777 88888888 2 2 2 2 444 5555 2 33 88888
lowQualScore : . .. . . ... .. . .... .. .... ........ . . . . ... .... . .. .....
lowQualScore : 5 99 9 7 444 22 4 0000 22 4444 55555555 4 4 4 4 444 3333 5 44 88888
consensus : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
Reference ( family-834 ) : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95243 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95244 : TTTAACTGTAGT-CAACATGCA-AGGCTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TT----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95245 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAGT---ATGTA--T-TTTT----T--TC----TCTACTCT--------C-GC-T-TCAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95246 : TTTAATTGTAGT-CGACATGCA-ATGTTTACCAA---A-GTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------T-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95247 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTATAATT--TC----TTTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AATCATAAT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95248 : TTTAATTGTAGT--AACGTGCA-ATGTTTACCAT---GTGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ATAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAA
gi|95249 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATATG--TATTTA-------TA----TCTGCTGT--------C-ACTT-TCAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95250 : TTTAATTGTA-T---ATATGCA-ATGTTTACGAT---ATGTATTT-TTTA----T--TCTCGATCTATTCCTACATTTGT-AC-T-ACAA-AATC---AT----AG-A--G-----TATGTATA
gi|95251 : TTCAAT-GTAGT-CCATATGCA-GTTTTCACAAT---ATGTA--A-TTTA----T--TC----TTTA--CA--------C-AC---ACAAGAGAC---AT----AC-GCAG-----TATTTGTGA
gi|95252 : TTAATTGTA-----ACAT-CA-AT-TTTACAAT---ATTTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-TCAC---AT----AGAG--G-----TATGTGTAAAG
gi|95253 : TCAAATGTAGTTCAACACCCATAC-TTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TCT---TCTACTCT--------CAAC-TAACAA-AATC---ATCGACAG-G--AAGGATTATGTGTCAAG
gi|95254 : ATTTTATT-TAACATGCA-AT-TTTACAAT---ATGCA--T-TTTA----G--TC----TCTATTCT--------C-AC-T-ATAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTG
gi|95255 : ATAGTATT-CAACA-GCA-TTGTTTATCATTTTATGTA--T-CTTA----TACTC----TCGAATCT--------C-A--T-ACAA-AAGC---AT----AG-G--GC----TATGTGTGAAG
gi|95256 : T-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTATTCT--------C-AC-T-ACAA-AACC---AT----AG-A--G-----TATGTCTAAAG
gi|95257 : GTTTACAAT---GTGTG--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AA
gi|95258 : T---ATATA--T-TTTA----C--TC----TTTACTCT--------C-AT-T-ACAA-AAAT---AT----AG-A--G-----TATGTAT
gi|95259 : TGTA--T-TTTA----T--AC----TCTACTCT--------C-AC-T-GTAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TTTGTGTAAAG
blockSeqs : G TC T G TTT TT A TAAT AC TCGA TACATTTG A T A G ATA CGAC A CA AGGAT
blockSeqs : G C . G . . . . . T . . . . . . . . . C
blockSeqs : G C . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G T . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T C . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T C . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
finalCons : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 22 2 1 444 33 2 5555 33 7777 88888888 2 2 2 2 444 5555 2 33 88888
lowQualScore : . .. . . ... .. . .... .. .... ........ . . . . ... .... . .. .....
lowQualScore : 5 99 9 7 444 22 4 0000 22 4444 55555555 4 4 4 4 444 3333 5 44 88888
consensus : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
Reference ( family-834 ) : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95243 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95244 : TTTAACTGTAGT-CAACATGCA-AGGCTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TT----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95245 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAGT---ATGTA--T-TTTT----T--TC----TCTACTCT--------C-GC-T-TCAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95246 : TTTAATTGTAGT-CGACATGCA-ATGTTTACCAA---A-GTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------T-AC-T-ACAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95247 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTATAATT--TC----TTTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AATCATAAT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95248 : TTTAATTGTAGT--AACGTGCA-ATGTTTACCAT---GTGTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ATAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAA
gi|95249 : TTTAATTGTAGT-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATATG--TATTTA-------TA----TCTGCTGT--------C-ACTT-TCAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTGTAAAG
gi|95250 : TTTAATTGTA-T---ATATGCA-ATGTTTACGAT---ATGTATTT-TTTA----T--TCTCGATCTATTCCTACATTTGT-AC-T-ACAA-AATC---AT----AG-A--G-----TATGTATA
gi|95251 : TTCAAT-GTAGT-CCATATGCA-GTTTTCACAAT---ATGTA--A-TTTA----T--TC----TTTA--CA--------C-AC---ACAAGAGAC---AT----AC-GCAG-----TATTTGTGA
gi|95252 : TTAATTGTA-----ACAT-CA-AT-TTTACAAT---ATTTA--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-TCAC---AT----AGAG--G-----TATGTGTAAAG
gi|95253 : TCAAATGTAGTTCAACACCCATAC-TTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TCT---TCTACTCT--------CAAC-TAACAA-AATC---ATCGACAG-G--AAGGATTATGTGTCAAG
gi|95254 : ATTTTATT-TAACATGCA-AT-TTTACAAT---ATGCA--T-TTTA----G--TC----TCTATTCT--------C-AC-T-ATAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TATGTG
gi|95255 : ATAGTATT-CAACA-GCA-TTGTTTATCATTTTATGTA--T-CTTA----TACTC----TCGAATCT--------C-A--T-ACAA-AAGC---AT----AG-G--GC----TATGTGTGAAG
gi|95256 : T-CAACATGCA-ATGTTTACAAT---ATGTA--T-TTTA----T--TC----TCTATTCT--------C-AC-T-ACAA-AACC---AT----AG-A--G-----TATGTCTAAAG
gi|95257 : GTTTACAAT---GTGTG--T-TTTA----T--TC----TCTACTCT--------C-AC-T-ACAA-AA
gi|95258 : T---ATATA--T-TTTA----C--TC----TTTACTCT--------C-AT-T-ACAA-AAAT---AT----AG-A--G-----TATGTAT
gi|95259 : TGTA--T-TTTA----T--AC----TCTACTCT--------C-AC-T-GTAA-AAAC---AT----AG-G--G-----TTTGTGTAAAG