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Reference ( gi|95309 )        : TTGCCA-TCAAT-A-CG-AT-T---GG--CTTAA-GA---A-T-G-C-AT--A-T---G-A-A-TTAT--T--T-------ACGA-TT-G-G-A-TT-G-A---G--AA-T--TTC--AA---T--T-CC-TT-G---C-GA-A--T-T--TT-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AA-T---A-TTCGT-T-AAAACT-C-A-CGAA
gi|95310                      : TTGCCA-TCAAT-A-CG-AT-T---GA--CTTAA-GA---A-T-G-C-AT--A-T---G-A-A-TTAT--T--T-------ACGA-TT-G-G-A-TT-G-A---G--AA-T--TTC--AA---T--T-CC-TT-G---C-GA-A--T-A--TT-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AA-T---A-TTCAT-T-TAAACT-C-A-CGAA
gi|95312                      : TTGCCA-TCAAT-A-CG-AT-T---GG--CTTTA-GA---A-T-G-C-AT--A-T---G-A-A-TTAT--G--T-------ACGA-TT-G-G-A-TT-G-A---G--AA-T--TTC--AA---T--T-CC-TT-G---C-CA-A--T-T--TT-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AA-T---A-TTTGT-T-AAAACT-C-A-CGAA
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Reference ( family-833 )      : TTGCCA-TCAAT-A-CG-AT-T---GG--CTTAA-GA---A-T-G-C-AT--A-T---G-A-A-TTAT--T--T-------ACGA-TT-G-G-A-TT-G-A---G--AA-T--TTC--AA---T--T-CC-TT-G---C-GA-A--T-T--TT-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AA-T---A-TTCGT-T-AAAACT-C-A-CGAA
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Alignments
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blockSeqs                     :       A   A C T  T  TTCTGGTA    A A  CGT A G G C  TT A ATT C G A    TC TCCCTCTG      A  A GC  G  T G AGG CT  C CC   AA  CTT TG T  T  C CCT A  T ATAT     A   C T   G AAT T     GAA  T TTA T     A A      C A T
blockSeqs                     :       A   A . G  A  CTGG        T .  C   A . . .  G  A .   . . .    .  AGT           .  T TG  .  . G .   A   . CT   .   G   .  T  .  . .   C  . TGTT     .   . .   . A   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  TGA         T .  .   . . . .  .  T .   . . .    .  T             .  . G   .  . C .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TTGA     .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  TGG         A .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . G   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TA       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  TGG         A .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . G   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TT       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  TGG         T .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . G   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TT       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  TTG         A .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . G   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TA       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  TGG         A .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . C   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TT       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   C . .  .  TG          A .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  C             .  . G   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TT       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  TG          A .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . A   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TT       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  GG          A .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . G   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TA       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   A . .  .  GG          C .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . C   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . TG       .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   . . .  .  TG          . .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  T             .  . G   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . T        .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   . . .  .  G           . .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  .             .  . .   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . T        .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :       .   . . .  .  .           . .  .   . . . .  .  . .   . . .    .  .             .  . .   .  . . .   .   . .    .   .   .  .  .  . .   .  . T        .   . .   . .   .     .    . .   .     . .      . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                          .   . .   . .   .     .    . .   .     . .           


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gi|95313                      : TTGCCA-TCAAT-A-C--AC-T---G---CTTAA-GA---A---G-C-AT--A-T---G-A-A-TTAT--T--T-------ACGA-TT-G-G-A-TT---A---G--AA-T--TTT--AA---T--T-CC-TT-G---C-GATA--T-A--TT-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AA-T---A--TCGT-T-AAAACT-C-A-
gi|95314                      : TTGCCA-TCAAT-A-C--AC-T---G---CTTAA-GA---AAT-G-CCAT--A-T---GCA-A-TTAT--T----------ACGA-TTAG-G-A-TT-A-A---G--AA-T--TTT--AA---T--TTCC-TTCG---C-GA-AA-TAT--TT-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AA-T---A-TTCGT-T---AACT-C-A-
gi|95315                      : TTGCCAATCAAT-A-CG-AT-----GG--CTTTA-GA---AAT-G-C-AT--AAT---G-A-A-TTAT--T--T-------ACGA-TT-G---A-TT-G-A---G--AA-T--T-C--AA---T--T-CC-TT-G---C-GA-A--T-T--TT-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AA-T---CTTTCGT-T--AAACT---A-CGAA
gi|95316                      : TTGCCA-TCAAT-A-CG-A---------------------A-T-G-C-AT--A-T---T-A-A-TCAT--T--T-------ACGA-TT-G-C-A-TT-G-A---G--AA-T--TTC--AA---A--T-CC-TT-G---C-GA-A--T-T--TT-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AA-T---A-TTC-T-T-AAAACT-C-A-
gi|95317                      : TTGCCAATTAAT-ATCG-AT-----GG--CTTAA-GA---A-T-G-C-AT--A-T---G-C-A-TTATTCT--C-------ACGA-TT-G-G-A-TT-G-AAGGA--AA-T--TTC--AA---T--T-TC-TT-G---CAAA-A--T-T--TT-ATG-A-GCA-TA--G-TTTCT---AATT---A-TTCG--T-AAAACT-C-A-CGAA
gi|95318                      : TTGCCA-TCACT-A-CG-AT-T---G---CTTAA-GA---A-T-G-C-ATTTA-T-----A-A-TTAT--T----------ACGA-AT-G-A-A-TG-GGA---G--AA-T--TTC--AA---T--T-CC-TT-G---C--A-A--T-A--TT-AG--A-GCA-TAATG-TTTCT---AA-T---A-TTCGT-T-AAAACT-C-A-CGAA
gi|95319                      : TTGCCA-TCA-T-A-CG-AT-T---GG--CTTAAAGA---A-T-G-C-AT--AAT---G-A---TTAT--T--T-------ACGA-TT---G-A-TT-G-A---GA-AA-T--TTCAAAA---T--T-CCTTT-G---C-GA-A----T--AT-AGGCA-GCA-T---G-TTT-T---AA-T---A-TTC-T-T-AAAACT-C-A-TGAA
gi|95320                      : TTGCCA-TCAATCA-CA-AT-TTCTGGTACTTAA-GA---A-T-G-C-AT--ATT---G-A-A--TAC--T--TCCCTCTGACGA-TT-G-C-A-TT-G-A---G--AA-TCCTTC--AA---T--T--C-TT-GCCTC-GA-ATGT-T--TT-AGG-ATGCA-T---G-TTTCTGAAAA-TTTAA-TTCGT-T-AAAACT-C-ATCGAA
gi|95321                      : TTGCCA-GCA-T-A-CG-AT------G--CTTAA-GAC--A-T-G-C-AT--A-TATTG-AGA-TTAT--T--T-------ACGA-TTTG-GCG-TT-GGA---G--AA-TCTTTC--AACTTT--T-CC-TT-G---CCGA-A--T-TGATT-AGG-A-GCAGT---G-TTT-T---AA-T---A-TTCGTAT-AAAACT-CAA-CGAA
gi|95322                      : TTGCCC-GCA-T-A-CG-ATCT---GG--CT--A-TA---A-T-GGC-AT--A-T---G-A-A-TTAT--TAGT-------ACGAATT-GTG-A-TTTG-A---G--AACT--TTC--AA---T--TTCC-TT-G---C-GA-A--T-G--TTAAAA-A-GCA-T---G--TTCT---AA-T---A-TTCAT-TAAAAACTCC-A-CGA
gi|95323                      : TTGCCA-TCAAT-AGCGTAT-T---TG--CTTCA-AA---A-T---C--T--A-T---G-A-AATTAT--T--T-------ACGC-TT-G-G-AGTT-G-C---G--AA-T--TTC--AAG--T--T-CG-TT-G---C-GA------T--TT---G-A-GC--T---G-TTTTC---TA-T---A-T--GT-T-AAAACT-C-A-CGAA
gi|95324                      : TTGCCA-TCAAT-A-CGAAT-T---GG--CTT-A-GACGTA-TGG-T-ATG-A-T---G-A-A-TCA---T--T-------ACGA-T--------TT-GCA---GCTGA-T--TTC--CA---TTGT-CC-TT-T---C-AA-A----T--TT-AGG-A--CA-T---GTTTTCT---AA-A---A-TAC---T-AGAAC
gi|95325                      :                                                                                                                                                         T-AGG-A-GCA-T---G-TTTCT---AT-T---A-TTCGT-A-AAAACT-C-A-CGAA