lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 2 33 2 2 33 5555 2 2 5555 2 2 5 33 2 2 444 33 2 99999999999999 2 2 55 66666 2 2 1 3 3
lowQualScore : . .. . . .. .... . . .... . . . .. . . ... .. . .............. . . .. ..... . . . . .
lowQualScore : 9 99 9 9 99 7777 7 5 3333 5 4 0 44 5 5 444 44 5 33333333333333 5 5 99 22222 7 7 4 6 6
consensus : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCA----CA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-A-A---GTT--A-AT-------------ATC-AA-A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
Reference ( gi|86195 ) : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCA----CA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-A-A---GTT--A-AT-------------GTC-AA-A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86194 : TTCA-TGTTT--A-TAAATTG-AAG--TCA----CA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-A-C---GTT--A-AT-------------ATC-AA-A--TT-----C-TC-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86196 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCA----CA-CTGAA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-A-A---GTT--A-AT-------------ATC-AA-A--TT-----C-TT-CCCAATAACAT-TT-TCTTtt
gi|86199 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCA----CA-CAGGA-TA----T-TACC-GGCATGCTT-ATGAAA--TG-A-A---GTT--A-AT-------------ATT-AA-G--TT-----C-TT-CCGAATAAGAC-TT-TTTTtt
gi|86197 : TTCA-TGTTT--A-TGAAGTG-AAG--TCG----CAACAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--AG-A-A---GTT--A-AT-------------ATC-AA-A--TT-----C-TT-CCCAAAAACAC-TT-TCTT
gi|86198 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCA----CA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATACTT-ATGGAA--TG-A-A---GTT--A-AT-------------ACC-AA-A--TT-----C-TT-Ctt
gi|86200 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCA----CA-CAGGA-TA----T-TACC--GCATGCTTAATGAAA--TG-A-A---GTT--A-AT-------------ATT-AA-G--TT-----C-TT-CCGAATAAGAC-TT-
gi|86202 : TTCA-TGTTTGTA-TGAATTG-AAG--TCA----CG-CAGGA-TA----T-AAGC-TCTATGCTT-ATGAAA--TG-A-A---GTT--A-AT-------------ATC-AA-AATTT-----C-TT-CATAACAA
gi|86201 : TTCAATGTTT--AATGAATTG-AAG--TCA----CG-CAGGA-TA----TTAAGC-TTCATGCTTTATGAAAAATG-A-A---GTT--A-AT-------------ATC-AA-A--TT-----C-TTCCCCAATAACATATT-CTTTct
gi|86203 : TTCA-TGTTT--A-TGATTTG-AAG--TCA----CA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-ACA---TTT--ATATACAAAAAGGCGAAGTT-AACA--TT-----C-TT-CCCAATAAt
gi|86204 : TTCA-TGTTT--A--GAATTG-AAG--TCA----CA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATACTT-ATGGAA--TG-A-A---GTTACA-AC-------------ATC-AA-A--CT-----catatgttt
gi|86205 : TTCA-TGTTT--A-CTAAT-G-AAG--TCA----CG-CAGGAATA----T-GACC-T-CATGCTT-A-GAAA--TG-A-A---GTT--A-AT-------------ATC--A-A--TT-----T-TC-TCCAATA--AC-TT-CTTT
gi|86206 : TTCA--GTTT--A-TGAATTGTAAGATCCA----CG-CAGCG-CACTATT-AACCATTCATGCTT-ATGAAA--TGCA-ATGGGTT--A-AT-------------ATC-AA-AT-TT-----C-TT-CCCAATAAGAA-AT-TTTtt
gi|86209 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TTAATATCA-AAGTG-TA----T-A--C-TTCcttt
gi|86207 : aggatatatgcA-TGTTT--A-TGAATTG-AAA--TCA----CA--------------------TTCATGCTT-ATGAAA--TG-A-A---GTT--A-A---------------TC-AA-A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAA-TTATTTTtaaataagactttttatt
gi|86208 : ----CA-CAGGA-TA----T-AACC-TCCATGCTT-ATGAAA--TA-A-A---GTC--A-AT-------------ATC-AA-A--TT-----CTTT-CCCAATAAt
gi|86209 : AGGA-TA----T-ATGC-TTCATGTTT-ATGAAT--TG-A-A---GTT--A-AT-------------ATC-AA-A--GTGTATAC-TT-CTAAATAAGAC-TT-TTT
gi|86210 : -TTCATGCTT-ATGAAA--TA-A-A---GTT--A-AT-------------ATCAAA-A--TT-----C-TT-CCCAATAGCAC-TT-TCTTatt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 2 33 2 2 33 2 2 5555 2 2 4 33 2 444 33 2 2 444444444444444 55 55555 2 2 0 3 3
lowQualScore : . .. . . .. . . .... . . . .. . ... .. . . ............... .. ..... . . . . .
lowQualScore : 9 99 9 9 99 7 5 3333 5 4 7 22 4 111 22 4 4 777777777777777 66 99999 5 5 4 3 3
consensus : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
Reference ( family-827 ) : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86194 : TTCA-TGTTT--A-TAAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AC---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TC-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86195 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATGT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTTtt
gi|86196 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CTGAA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAACAT-TT-TCTT
gi|86197 : TTCA-TGTTT--A-TGAAGTG-AAG--TCGCAACAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--AG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAAAAACAC-TT-TCTTtt
gi|86198 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATACTT-ATGGAA--TG-AA---GTT--AATAC-C-AA---------------A--TT-----C-TT-Ctt
gi|86199 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-TACC-GGCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-T-AA---------------G--TT-----C-TT-CCGAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86200 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-TACC--GCATGCTTAATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-T-AA---------------G--TT-----C-TT-CCGAATAAGAC-TT-
gi|86201 : TTCAATGTTT--AATGAATTG-AAG--TCACG-CAGGA-TA----TTAAGC-TTCATGCTTTATGAAAAATG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TTCCCCAATAACATATT-CTTT
gi|86202 : TTCA-TGTTTGTA-TGAATTG-AAG--TCACG-CAGGA-TA----T-AAGC-TCTATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------AATTT-----C-TT-CATAACAAt
gi|86203 : TTCA-TGTTT--A-TGATTTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AC---ATT--TATATAC-AAAAAGGCGAAGTTAACA--TT-----C-TT-CCCAATAAct
gi|86204 : TTCA-TGTTT--A--GAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATACTT-ATGGAA--TG-AA---GTTACAACAT-C-AA---------------A--CT-----catatgttt
gi|86205 : TTCA-TGTTT--A-CTAAT-G-AAG--TCACG-CAGGAATA----T-GACC-T-CATGCTT-A-GAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C--A---------------A--TT-----T-TC-TCCAATA--AC-TT-CTTT
gi|86206 : TTCA--GTTT--A-TGAATTGTAAGATCCACG-CAGCG-CACTATT-AACCATTCATGCTT-ATGAAA--TGCAATGGGTT--AATAT-C-AA---------------AT-TT-----C-TT-CCCAATAAGAA-AT-TTTtt
gi|86207 : A-TGTTT--A-TGAATTG-AAA--TCACA--------------------TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--A--AT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAA-TTATTTTcttt
gi|86208 : CA-CAGGA-TA----T-AACC-TCCATGCTT-ATGAAA--TA-AA---GTC--AATAT-C-AA---------------A--TT-----CTTT-CCCAATAAt
gi|86209 : AGGA-TA----T-ATGC-TTCATGTTT-ATGAAT--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--GTGTATAC-TT-CTAAATAAGAC-TT-TTT
gi|86210 : -TTCATGCTT-ATGAAA--TA-AA---GTT--AATAT-CAAA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAGCAC-TT-TCTTatt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 2 33 2 2 33 2 2 5555 2 2 4 33 2 444 33 2 2 444444444444444 55 55555 2 2 0 3 3
lowQualScore : . .. . . .. . . .... . . . .. . ... .. . . ............... .. ..... . . . . .
lowQualScore : 9 99 9 9 99 7 5 3333 5 4 7 22 4 111 22 4 4 777777777777777 66 99999 5 5 4 3 3
consensus : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
Reference ( family-827 ) : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86194 : TTCA-TGTTT--A-TAAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AC---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TC-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86195 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATGT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTTtt
gi|86196 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CTGAA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAACAT-TT-TCTT
gi|86197 : TTCA-TGTTT--A-TGAAGTG-AAG--TCGCAACAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--AG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAAAAACAC-TT-TCTTtt
gi|86198 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATACTT-ATGGAA--TG-AA---GTT--AATAC-C-AA---------------A--TT-----C-TT-Ctt
gi|86199 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-TACC-GGCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-T-AA---------------G--TT-----C-TT-CCGAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86200 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-TACC--GCATGCTTAATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-T-AA---------------G--TT-----C-TT-CCGAATAAGAC-TT-
gi|86201 : TTCAATGTTT--AATGAATTG-AAG--TCACG-CAGGA-TA----TTAAGC-TTCATGCTTTATGAAAAATG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TTCCCCAATAACATATT-CTTT
gi|86202 : TTCA-TGTTTGTA-TGAATTG-AAG--TCACG-CAGGA-TA----T-AAGC-TCTATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------AATTT-----C-TT-CATAACAAt
gi|86203 : TTCA-TGTTT--A-TGATTTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AC---ATT--TATATAC-AAAAAGGCGAAGTTAACA--TT-----C-TT-CCCAATAAct
gi|86204 : TTCA-TGTTT--A--GAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATACTT-ATGGAA--TG-AA---GTTACAACAT-C-AA---------------A--CT-----catatgttt
gi|86205 : TTCA-TGTTT--A-CTAAT-G-AAG--TCACG-CAGGAATA----T-GACC-T-CATGCTT-A-GAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C--A---------------A--TT-----T-TC-TCCAATA--AC-TT-CTTT
gi|86206 : TTCA--GTTT--A-TGAATTGTAAGATCCACG-CAGCG-CACTATT-AACCATTCATGCTT-ATGAAA--TGCAATGGGTT--AATAT-C-AA---------------AT-TT-----C-TT-CCCAATAAGAA-AT-TTTtt
gi|86207 : A-TGTTT--A-TGAATTG-AAA--TCACA--------------------TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--A--AT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAA-TTATTTTcttt
gi|86208 : CA-CAGGA-TA----T-AACC-TCCATGCTT-ATGAAA--TA-AA---GTC--AATAT-C-AA---------------A--TT-----CTTT-CCCAATAAt
gi|86209 : AGGA-TA----T-ATGC-TTCATGTTT-ATGAAT--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--GTGTATAC-TT-CTAAATAAGAC-TT-TTT
gi|86210 : -TTCATGCTT-ATGAAA--TA-AA---GTT--AATAT-CAAA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAGCAC-TT-TCTTatt
blockSeqs : A GT A T AT A A CTAT T A A AA C TGG AC A A AAAGGCGAAGTTAAC AT GTATA T C A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
finalCons : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 2 33 2 2 33 2 2 5555 2 2 4 33 2 444 33 2 2 444444444444444 55 55555 2 2 0 3 3
lowQualScore : . .. . . .. . . .... . . . .. . ... .. . . ............... .. ..... . . . . .
lowQualScore : 9 99 9 9 99 7 5 3333 5 4 7 22 4 111 22 4 4 777777777777777 66 99999 5 5 4 3 3
consensus : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
Reference ( family-827 ) : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86194 : TTCA-TGTTT--A-TAAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AC---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TC-CCCAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86195 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATGT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAC-TT-TTTTtt
gi|86196 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CTGAA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAACAT-TT-TCTT
gi|86197 : TTCA-TGTTT--A-TGAAGTG-AAG--TCGCAACAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--AG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAAAAACAC-TT-TCTTtt
gi|86198 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATACTT-ATGGAA--TG-AA---GTT--AATAC-C-AA---------------A--TT-----C-TT-Ctt
gi|86199 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-TACC-GGCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-T-AA---------------G--TT-----C-TT-CCGAATAAGAC-TT-TTTT
gi|86200 : TTCA-TGTTT--A-TGAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-TACC--GCATGCTTAATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-T-AA---------------G--TT-----C-TT-CCGAATAAGAC-TT-
gi|86201 : TTCAATGTTT--AATGAATTG-AAG--TCACG-CAGGA-TA----TTAAGC-TTCATGCTTTATGAAAAATG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--TT-----C-TTCCCCAATAACATATT-CTTT
gi|86202 : TTCA-TGTTTGTA-TGAATTG-AAG--TCACG-CAGGA-TA----T-AAGC-TCTATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------AATTT-----C-TT-CATAACAAt
gi|86203 : TTCA-TGTTT--A-TGATTTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AC---ATT--TATATAC-AAAAAGGCGAAGTTAACA--TT-----C-TT-CCCAATAAct
gi|86204 : TTCA-TGTTT--A--GAATTG-AAG--TCACA-CAGGA-TA----T-AACC-TTCATACTT-ATGGAA--TG-AA---GTTACAACAT-C-AA---------------A--CT-----catatgttt
gi|86205 : TTCA-TGTTT--A-CTAAT-G-AAG--TCACG-CAGGAATA----T-GACC-T-CATGCTT-A-GAAA--TG-AA---GTT--AATAT-C--A---------------A--TT-----T-TC-TCCAATA--AC-TT-CTTT
gi|86206 : TTCA--GTTT--A-TGAATTGTAAGATCCACG-CAGCG-CACTATT-AACCATTCATGCTT-ATGAAA--TGCAATGGGTT--AATAT-C-AA---------------AT-TT-----C-TT-CCCAATAAGAA-AT-TTTtt
gi|86207 : A-TGTTT--A-TGAATTG-AAA--TCACA--------------------TTCATGCTT-ATGAAA--TG-AA---GTT--A--AT-C-AA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAAGAA-TTATTTTcttt
gi|86208 : CA-CAGGA-TA----T-AACC-TCCATGCTT-ATGAAA--TA-AA---GTC--AATAT-C-AA---------------A--TT-----CTTT-CCCAATAAt
gi|86209 : AGGA-TA----T-ATGC-TTCATGTTT-ATGAAT--TG-AA---GTT--AATAT-C-AA---------------A--GTGTATAC-TT-CTAAATAAGAC-TT-TTT
gi|86210 : -TTCATGCTT-ATGAAA--TA-AA---GTT--AATAT-CAAA---------------A--TT-----C-TT-CCCAATAGCAC-TT-TCTTatt