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lowQualScore                  :      . .. . . . .  .. . . . .   . .  ...  . ....  . . ..   .      .  .   .....  ..   .. ..   . ...   .     ....    . .  .  .     .  ..    . .   .   .  ..         ..... ...  .  .   ...   .  .   .    .....  .      .. ..  . ..  . ..    .    .......   . . . .   ...   . ..  . .     ..      .   .        . .  ..      . .      .     .    .....  .    .    ..     .         .. .  .        .   .. .     .   
lowQualScore                  :      1 22 1 1 1 2  22 1 2 2 1   1 1  444  1 6666  2 1 99   1      1  1   33333  66   22 33   1 999   1     6666    1 1  1  7     7  99    9 9   8   9  99         11111 555  1  1   888   1  1   1    99999  9      88 99  9 99  9 99    4    6666666   9 9 7 9   000   9 99  7 9     99      9   9        9 9  99      7 7      9     7    11111  6    9    88     7         77 7  7        9   99 9     2   
consensus                     : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CG-C-CC-GTT-AAATGA-CG-TCT-C--ATGG-CTT--G--AAA-T-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTCCCAC-AC--AACTTCAAA-----T-G-AC-AA-ATTT-TTCT-TG-ACT-ACCCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC-----AC-AATC-AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCC
Reference ( gi|86246 )        : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CG-C-C--GTT-AAATGA-CG-TCT-T--ATGG-CTT--G--AAA-T-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTCTCAC-AC--AACTTCAAA-----T-G-AC-AA-ATTTATTCT-TG-ACT-ACCC-----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC-----AC-AATC-AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATGTCC
gi|86245                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CAG-C-TT---CC-A----CG-C-CT-GTT-AAATGA-CG-TCT-C--ATGG-CTT--G--AAA-T-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-TTCCCAC-AC--AACGTCAAG-----T-G-AC-AA-ATT--TTCT-TG-ATT-ACCCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTGTTTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAACAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC-----AC-AATC-AATA--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTACCAA-TGT--A-TTTATTTCC
gi|86248                      : CATTC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-C-CTG-C-TT---CC-A----CG-C-CC-GTT-AAATGA-CG-TTT-C--ATGG-CTT--G--AAA-T-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTCCCAC-AC--AACTTCAAA-----T-G-AC-AA-ATT--TTCT-TG-GCT-ACCCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---CCC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACACA--AGCATT-CAATTTAAGCAC-G-CG--TTTCGC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC-----AC-AATA-AATC--AATAG-CATACTGAA--G-GA-CGTATCaa
gi|86247                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-A-AAG-TTATC-TT---CC-A----CG-C-CC-GTT-AAATGC-CA-TCT-C--ATGG-CTT--G--AAA-T-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTCCCAC-AC--AGCTTCAAA-----T-G-AC-AA-ATTT--TCT-TG-ACT-TCACG----TA-TACCCTTAA--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---TT--ATC-C-T-G-TTT----------TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAAGT-AAAC-----AC-AACC-AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCC
gi|86249                      : CATAC-T--A-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CCCA----CG-C-CC-GTT-AAATGA-CGGTCT-C---TG--CTT--G--AAA-TTG-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATATTCG--AAAA-T-GCCCCAC-AC--AACTTCAAA-----TTG-AT-AA--TTT-TTCT-TG-ACTTACCG-----TA-TACCCTC-G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---TTTTACC-C-TTG-TGTTC-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCACAA-ATCTTA-CAGGTAAAAC-----AC-AATC-AATCGAAATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGTAAA-ATTATTTCCaa
gi|86250                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-GGA-G-CTG-C-TT---CC-G----CGAC-C--GTT-AAATGA-CG-TAT-C--ATGC-CTT--G--AAAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CGAAAAAA-T-GTCCCAC-AC--AACTTCAAA-----TGG-AC-AA-ATT--TTCT-TG-A-T-ACTCCG---TATTACCCT--G--AATG--CACC--TTTGTTTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TTCC-ACCCA--AGC-TT-CAA--TAAGTAC-G-CA--TTTCACAA-ATCTTA-CAGGTAAAAC-----ACAAATCAAATCA-AATAA-CATA-TGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTAT-TCCaa
gi|86251                      : CATAC-C--T-A-C-G-CC--T-GGA-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCC-C--GTT-AACTGA--G-TCT-C--ATGG-CTT--G--AAA-T-GTTTC-CGAAG----TCACGCAAA-CA-GATAT-CG--AAAA-T-GTCCCAC-AC--AA-TTCAAA-----T---AC-AA-ATTT-TCTT-TG-ACT-ACCCG----TA-TA-CCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTTTTGA---ACC-C-TGG-TGT-T-CGA-AACTT-C-A-CCA--AGCATT-CAT-TTAAGCAC-G-T---TTTCAC-A-ATCTTAGCAGGT--AAC-----AC-AATA-AATC--AATAA-CATACTGAAAGG-GACAGTATCAA-TGT--A-TTTTTTTCCaa
gi|86252                      : CATAC-C--G-A-C-G--C--C-G-A-GGCTG-C-TT---CC-AA---CG-C-CC-GTT-AAATG-----TCTCT--ATGG-CTT--T--ATA-T---TTC-TAAAG-----CAC-A-AA-CA-AATAT-AG--AAAA-T-ATC-CAC-AC--AACTTCAAA-----T-G-GC-AA-ATTT---CT-T--ACT-ACCG-----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTAG-TTTTT--G---ACC-C-T-G-TGT-C-CCA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G--A--TTTCAC-A-ATCTTA-CATAA-AAAC-----AC-AATC-AATC--AA-AA-CATACTGAA--G-GA-AATATCAA-TGT--A-TTTAT-TCCaa
gi|86253                      : CATACGC--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CA-C-CC-GTTTCAATGA-CG-TCT-C--ATGG-CTT--G--AAA-T-G-TTC-CAAAG----TC-C-A-GA-CA-AATAT-CG--AAAAGT-GTCCCAC-AC--AACTTCAAA-----T-G-AC-AAGATTT-TTCTGTGCATA-ACCCG----TA-TA-CCT--G--AA-A--CA-T--TTTGTTTTT---G---ACCGC-T-GTTGT-C-CGACA--TTCC-ACCGA--AGCATTCCAA-TTAAGCACAG-CATGTTTCAC-A-A-CTTA-C-GAT-AAAC-----ACTGATC-AATC--AATAACCATA--GAA--GCGA-AGTATCAA-TGT--A-TTaa
gi|86255                      : CAT-C-C--T-AAC-GGCC--T-G-AAG-CTG-C-CTTGTCC-A----CG-C-CC-GTT-AAATGAACG-TCT-CGCATGG-CTT--GT-AAA-T-G-TTCGCAAAGGGAGTCAC-C-AAACAGAATAT-CG--AAA--T-GCCTC-C-ATCAAACTTCAAA-----T-G-ACGAA-ATTT--TTT-TG-ACT-ACCC-----GT-TACCCT--AGCAA-A--CA-C--TTTG-TTTTT--G---AAC-C-T-G-TGT-CGCGA-A--TT-CCACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATC-TA-CAGGT--AAC-----ACAAATC-AATC--AATAA-CATACTGA-----GG-AGTATCAACTGT--A-TTTcttttccaa
gi|86254                      : CATAT-T--T-A-CCGGCCCCT-GTA-G-CTG-C-TT---CC-AAAGCCG-C-TCTGTT-AAATGA-CG-TCT-C---TGG-CT---G--AAA-T---TTC-CAAAAA---TAAC-C-AA-CATAATATTCG--AAAA-TTGTC-CAC-ACTGAACTTCAAA-----T---AC-AA-ATTT--TCT-TG-ACT-ACCCACCGTTA-TACCCT--G--AA-A--CA-CACTTTG-TTTT---TT--ACC-C---G-TG--C-CGA-T--TT-C-ACCCA--TCCTTA-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-AGATCTTA-CAGGT-AAAC-----AC-CATC-AATC---ATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCCtattccaa
gi|86256                      : CATAG-C--T-A-C-GACC--TTG-A-G-CTG-CCTT---CC-A----CG-CAC--GT--AAATGA-TG-TCT-C--ATG--CTTCGG--AAA-T-GGTTC-CAAAG----T-GC-C-AA-TA-AGTAT-CG--AAAA---GTCCCAC-AC--AACTTCAAA-----T-aa
gi|86257                      :  ATAC-CGGTGA-C-GACC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CG-C-CC-GAT-AAATGA-CG-TCT-T------------G--AAA-T-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTTCAAC-AC--AACTTCAAA-----T-G-AC-AA-ATT--TTCT-TG-ACT-ACCCG----TA-TACTCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---AAC-A-T-G-TAT------------------------CATT-CAA-TTAGGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC-----A-----C-AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTC
gi|86258                      :   TAC-C--T-A-C-GGC---T-G-T-A-CTG-C-TT---CC-A----CG-C-CC-GTT-AAATAC-TG-TCG-C--AGGGGCGT--GGTAAA-T-G-T---CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-C---AAAA-T-GCCCCACAAC--AACTTCAAA-----T-GAAC-AA-A---GTTCT-TT-ACT-ACCCG----TA-TACCCT--G--AA-AAGCA-C--TTTGTTTTT---G---ACC-CAC-G-TGT-C-CTA-A--TT-C-ACCAATCAGCATT-CAA-TTAAGCAC-GCCA--TTTCAC-ACATC-TA-CAGGT-AAACTGGCAGC-GA---AATC---ATAATCATACTGAA--G-GA-AGT-TCAA--GT--ACTTTATTTCCaaa
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gi|86261                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATACTTAA--G-GA-AGTATCGA-TGT--A-TTTATTTCCaa





Alignments
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lowQualScore                  :      . .. . . .    .. . . . .   . .  ...  . ....     .   .      .  .    ..   ..   .. ..    . .   .     ....    . .  .  .     .  ..    . .   .   . .  ..         ..... . .    . .  . .  .  .     .   ....  .      .. ..  . ..  . ..    .    .......   . . . .   ...   . ..  . .     ..      .   .        . .  ..      . .      .     .    ..  .    ..    ..     .         .. .  .        .   .. .         
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Reference ( family-824 )      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AAATGA-CG-TCTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-ATTT-TTCT-TG-ACTAC-CCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATC--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCC
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Alignments
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Reference ( family-824 )      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AAATGA-CG-TCTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-ATTT-TTCT-TG-ACTAC-CCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATC--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCC
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gi|86246                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCC--GTT-AAATGA-CG-TCTT--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-TCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-ATTTATTCT-TG-ACTAC-CC-----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATC--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATGTCCaa
gi|86247                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-A-AAG-TTATC-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AAATGC-CA-TCTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AGCTTCAAA-----T-G-ACAA-ATTT-T-CT-TG-ACTTC-ACG----TA-TACCCTTAA--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---TT--ATC-C-T-G-TTT----------TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAAGT-AAAC--AC-AACC--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCC
gi|86248                      : CATTC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-C-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AAATGA-CG-TTTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-A-TT-TTCT-TG-GCTAC-CCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---CCC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACACA--AGCATT-CAATTTAAGCAC-G-CG--TTTCGC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATA--AATC--AATAG-CATACTGAA--G-GA-CGTATCaa
gi|86249                      : CATAC-T--A-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CCCA----CGCCC-GTT-AAATGA-CGGTCTC---TG--CTT--G--AAATTG-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATATTCG--AAAA-T-GCC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----TTG-ATAA--TTT-TTCT-TG-ACTTA-CCG----TA-TACCCTC-G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---TTTTACC-C-TTG-TGTTC-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCACAA-ATCTTA-CAGGTAAAAC--AC-AATC--AATCGAAATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGTAAA-ATTATTTCC
gi|86250                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-GGA-G-CTG-C-TT---CC-G----CGACC-GTT-AAATGA-CG-TATC--ATGC-CTT--GA-AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CGAAAAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----TGG-ACAA-A-TT-TTCT-TG-A-TACTCCG----TATTACCCT--G--AATG--CACC--TTTGTTTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TTCC-ACCCA--AGC-TT-CAA--TAAGTAC-G-CA--TTTCACAA-ATCTTA-CAGGTAAAAC--ACAAATCA-AATCA-AATAA-CATA-TGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTCCaa
gi|86251                      : CATAC-C--T-A-C-G-CC--T-GGA-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AACTGA--G-TCTC--ATGG-CTT--G--AAAT-GTTTC-CGAAG----TCACGCAAA-CA-GATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AA-TTCAAA-----T---ACAA-ATTT-TCTT-TG-ACTAC-CCG----TA-TA-CCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTTTTGA---ACC-C-TGG-TGT-T-CGA-AACTT-C-A-CCA--AGCATT-CAT-TTAAGCAC-G-T---TTTCAC-A-ATCTTAGCAGGT--AAC--AC-AATA--AATC--AATAA-CATACTGAAAGG-GACAGTATCAA-TGT--A-TTTTTTTCCaa
gi|86252                      : CATAC-C--G-A-C-G--C--C-G-A-GGCTG-C-TT---CC-AA---CGCCC-GTT-AAATG-----TCTCT-ATGG-CTT--T--ATAT---TTC-TAAAG-----CAC-A-AA-CA-AATAT-AG--AAAA-T-ATC-C-A-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-GCAA-ATTT---CT-T--ACTAC-C-G----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTAG-TTTTT--G---ACC-C-T-G-TGT-C-CCA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G--A--TTTCAC-A-ATCTTA-CATAA-AAAC--AC-AATC--AATC--AA-AA-CATACTGAA--G-GA-AATATCAA-TGT--A-TTTATTCCaa
gi|86253                      : CATACGC--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CACCC-GTTTCAATGA-CG-TCTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TC-C-A-GA-CA-AATAT-CG--AAAAGT-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAAGATTT-TTCTGTGCATAAC-CCG----TA-TA-CCT--G--AA-A--CA-T--TTTGTTTTT---G---ACCGC-T-GTTGT-C-CGACA--TTCC-ACCGA--AGCATTCCAA-TTAAGCACAG-CATGTTTCAC-A-A-CTTA-C-GAT-AAAC--ACTGATC--AATC--AATAACCATA--GAA--GCGA-AGTATCAA-TGT--A-TTCTTTTCCaa
gi|86254                      : CATAT-T--T-A-CCGGCCCCT-GTA-G-CTG-C-TT---CC-AAAGCCGCTCTGTT-AAATGA-CG-TCTC---TGG-CT---G--AAAT---TTC-CAAAAA---TAAC-C-AA-CATAATATTCG--AAAA-TTGTC-C-A-C-ACTGAACTTCAAA-----T---ACAA-ATTT-T-CT-TG-ACTAC-CCACCGTTA-TACCCT--G--AA-A--CA-CACTTTG-TTTT---TT--ACC-C---G-TG--C-CGA-T--TT-C-ACCCA--TCCTTA-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-AGATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-CATC--AATC---ATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCCaa
gi|86255                      : CAT-C-C--T-AAC-GGCC--T-G-AAG-CTG-C-CTTGTCC-A----CGCCC-GTT-AAATGAACG-TCTCGCATGG-CTT--GT-AAAT-G-TTCGCAAAGGGAGTCAC-C-AAACAGAATAT-CG--AAA--T-GCCTCCATC-A---AACTTCAAA-----T-G-ACGA-AATT-TTTT-TG-ACTAC-CCG----T--TACCCT--AGCAA-A--CA-C--TTTG-TTTTT--G---AAC-C-T-G-TGT-CGCGA-A--TT-CCACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATC-TA-CAGGT--AAC--ACAAATC--AATC--AATAA-CATACTGA-----GG-AGTATCAACTGT--ATTTTATTCCaa
gi|86256                      : CATAG-C--T-A-C-GACC--TTG-A-G-CTG-CCTT---CC-A----CGCAC-GT--AAATGA-TG-TCTC--ATG--CTTCGG--AAAT-GGTTC-CAAAG----T-GC-C-AA-TA-AGTAT-CG--AAAA---GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-aa
gi|86257                      :  ATAC-CGGTGA-C-GACC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GAT-AAATGA-CG-TCT----------T--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTT-CAA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-A-TT-TTCT-TG-ACTAC-CCG----TA-TACTCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---AAC-A-T-G-TAT------------------------CATT-CAA-TTAGGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--A-----C--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTC
gi|86258                      :   TAC-C--T-A-C-GGC---T-G-T-A-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AAATAC-TG-TCGC--AGGGGCGT--GGTAAAT-G-T---CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-C---AAAA-T-GCC-CCA-CAAC--AACTTCAAA-----T-GAACAA-A--G-TTCT-TT-ACTAC-CCG----TA-TACCCT--G--AA-AAGCA-C--TTTGTTTTT---G---ACC-CAC-G-TGT-C-CTA-A--TT-C-ACCAATCAGCATT-CAA-TTAAGCAC-GCCA--TTTCAC-ACATC-TA-CAGGT-AAACTGGC-AG-CGAAATC---ATAATCATACTGAA--G-GA-AGT-TCAA--GT--ACTTTATTTCCaaa
gi|86259                      :                                                                                                                        -AATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAAATTTTT-G-ACAA-A-TT-TTCT-TG-ACTAC-CCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTGTTTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTCAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATC--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-AA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCCaa
gi|86260                      :                                                                                                                                                                                                 -CCG----TA-TACCCT--G--AA-A--TA-C--TTTG-TTTTT--G---ACC-G-T-A-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AACATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATC--AATT--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATTAA-TGT--A-TTTATTTCCaa
gi|86261                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATACTTAA--G-GA-AGTATCGA-TGT--A-TTTATTTCCaa


blockSeqs                     :      G GG G A C    CC T G A G   T C  TGT  C AAGC     T   T      A  G    GC   GG   CG GT    T T   G     GGAG    G A  A  T     T  AA    G T   T   T A  TG         ATTTT T A    G T  A    G  C     T   CCGT  T      TA GC  T AG  C AC    T    TTTT      G A T T   TC    C AC  C C     TC      C   T        A C  TG      A G      G     A    TG  A    GA    GA     C         AG C  C        C   AA T
blockSeqs                     :      . .  . . .    .  . G A .   . .  .    . A        .   .      .  .    T    G    .  A     . G   .     A       . .  .  G     T  .     . .   .   . .  .          .     G .    . T  .    .  .     .   .     .      C  .   . .   . .     T    TTGA      . . G .   CG    . .   C .     .       .   .        . .  .       A C      .     A    .   T    A     A      T         .  .  .        .   .  C
blockSeqs                     :      . .  . . .    .  . T . .   . .  .    . .        .   .      .  .    .    G    .  T     . .   .     .       . .  .  .     .  .     . .   .   . .  .          .     . .    . T  .    .  .     .   .     .      .  .   . .   . .     T    TT        . . . .   C     . .   . .     .       .   .        . .  .       . .      .     .    .   A    .     .      .         .  .  .        .   .  .
blockSeqs                     :      . .  . . .    .  . . . .   . .  .    . .        .   .      .  .    .    G    .  .     . .   .     .       . .  .  .     .  .     . .   .   . .  .          .     . .    . T  .    .  .     .   .     .      .  .   . .   . .     T    TG        . . . .   C     . .   . .     .       .   .        . .  .       . .      .     .    .   .    .     .      .         .  .  .        .   .  .
blockSeqs                     :      . .  . . .    .  . . . .   . .  .    . .        .   .      .  .    .    C    .  .     . .   .     .       . .  .  .     .  .     . .   .   . .  .          .     . .    . T  .    .  .     .   .     .      .  .   . .   . .     .    TT        . . . .   C     . .   . .     .       .   .        . .  .       . .      .     .    .   .    .     .      .         .  .  .        .   .  .
blockSeqs                     :      . .  . . .    .  . . . .   . .  .    . .        .   .      .  .    .    G    .  .     . .   .     .       . .  .  .     .  .     . .   .   . .  .          .     . .    . T  .    .  .     .   .     .      .  .   . .   . .     .    TG        . . . .   T     . .   . .     .       .   .        . .  .       . .      .     .    .   .    .     .      .         .  .  .        .   .  .
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Reference ( family-824 )      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AAATGA-CG-TCTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-ATTT-TTCT-TG-ACTAC-CCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATC--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCC
gi|86245                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CAG-C-TT---CC-A----CGCCT-GTT-AAATGA-CG-TCTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-TTC-CCA-C-AC--AACGTCAAG-----T-G-ACAA-A-TT-TTCT-TG-ATTAC-CCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTGTTTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAACAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATC--AATA--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTACCAA-TGT--A-TTTATTTCC
gi|86246                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCC--GTT-AAATGA-CG-TCTT--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-TCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-ATTTATTCT-TG-ACTAC-CC-----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATC--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATGTCCaa
gi|86247                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-A-AAG-TTATC-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AAATGC-CA-TCTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AGCTTCAAA-----T-G-ACAA-ATTT-T-CT-TG-ACTTC-ACG----TA-TACCCTTAA--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---TT--ATC-C-T-G-TTT----------TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAAGT-AAAC--AC-AACC--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTCC
gi|86248                      : CATTC-C--T-A-C-GGCC--T-G-A-C-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GTT-AAATGA-CG-TTTC--ATGG-CTT--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-A-TT-TTCT-TG-GCTAC-CCG----TA-TACCCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---CCC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TT-C-ACACA--AGCATT-CAATTTAAGCAC-G-CG--TTTCGC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--AC-AATA--AATC--AATAG-CATACTGAA--G-GA-CGTATCaa
gi|86249                      : CATAC-T--A-A-C-GGCC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CCCA----CGCCC-GTT-AAATGA-CGGTCTC---TG--CTT--G--AAATTG-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATATTCG--AAAA-T-GCC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----TTG-ATAA--TTT-TTCT-TG-ACTTA-CCG----TA-TACCCTC-G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---TTTTACC-C-TTG-TGTTC-CGA-A--TT-C-ACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCACAA-ATCTTA-CAGGTAAAAC--AC-AATC--AATCGAAATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGTAAA-ATTATTTCC
gi|86250                      : CATAC-C--T-A-C-GGCC--T-GGA-G-CTG-C-TT---CC-G----CGACC-GTT-AAATGA-CG-TATC--ATGC-CTT--GA-AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CGAAAAAA-T-GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----TGG-ACAA-A-TT-TTCT-TG-A-TACTCCG----TATTACCCT--G--AATG--CACC--TTTGTTTTT---G---ACC-C-T-G-TGT-C-CGA-A--TTCC-ACCCA--AGC-TT-CAA--TAAGTAC-G-CA--TTTCACAA-ATCTTA-CAGGTAAAAC--ACAAATCA-AATCA-AATAA-CATA-TGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTCCaa
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gi|86255                      : CAT-C-C--T-AAC-GGCC--T-G-AAG-CTG-C-CTTGTCC-A----CGCCC-GTT-AAATGAACG-TCTCGCATGG-CTT--GT-AAAT-G-TTCGCAAAGGGAGTCAC-C-AAACAGAATAT-CG--AAA--T-GCCTCCATC-A---AACTTCAAA-----T-G-ACGA-AATT-TTTT-TG-ACTAC-CCG----T--TACCCT--AGCAA-A--CA-C--TTTG-TTTTT--G---AAC-C-T-G-TGT-CGCGA-A--TT-CCACCCA--AGCATT-CAA-TTAAGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATC-TA-CAGGT--AAC--ACAAATC--AATC--AATAA-CATACTGA-----GG-AGTATCAACTGT--ATTTTATTCCaa
gi|86256                      : CATAG-C--T-A-C-GACC--TTG-A-G-CTG-CCTT---CC-A----CGCAC-GT--AAATGA-TG-TCTC--ATG--CTTCGG--AAAT-GGTTC-CAAAG----T-GC-C-AA-TA-AGTAT-CG--AAAA---GTC-CCA-C-AC--AACTTCAAA-----T-aa
gi|86257                      :  ATAC-CGGTGA-C-GACC--T-G-A-G-CTG-C-TT---CC-A----CGCCC-GAT-AAATGA-CG-TCT----------T--G--AAAT-G-TTC-CAAAG----TCAC-C-AA-CA-AATAT-CG--AAAA-T-GTT-CAA-C-AC--AACTTCAAA-----T-G-ACAA-A-TT-TTCT-TG-ACTAC-CCG----TA-TACTCT--G--AA-A--CA-C--TTTG-TTTT---G---AAC-A-T-G-TAT------------------------CATT-CAA-TTAGGCAC-G-CA--TTTCAC-A-ATCTTA-CAGGT-AAAC--A-----C--AATC--AATAA-CATACTGAA--G-GA-AGTATCAA-TGT--A-TTTATTTC
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gi|86261                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATACTTAA--G-GA-AGTATCGA-TGT--A-TTTATTTCCaa